sp|Q949W8|XK2_ARATH ----> Xylulose kinase 2

Intron 1 GTTTTACAGT ... TCTTCCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	23.08	10	2	4
A2	0	3	0	0
A3	23.81	8	4	1
A4	12.5	7	0	2
A5	35	13	4	10
A6	30.16	22	10	9
A7	23.68	29	4	14
A8	17.07	34	6	8
A9	13.79	25	5	3
A10	16.28	18	3	4

>TRINITY_DN42826_c0_g1_i3 from sample A8 / Example spliced isoform

CAAGATTCCAATATCTATATAATCACCATTCCTAAATCCCGAAGTAACCCAGTTACGTGGAGGGCGGATGCATGCATTGCCCCATGAATTTTTATAAAAGAACTGAAAGCAATCCATTTGGGTAAATCTCCTCGATGCTAGCGCAATCTAATTGGCTTCCATCCAGAAGCGAGCCGAACCGAATTTCTAATTTTAATTCT
ATACATACGCAAGCGGTAATCTCTGTCAAGGGATGTAAGAGATTGTCACTGTTGAAGGGCTACACAAATACATCAAGGCAGAATTTGGGCACTGTATCGGTTTGCATTTTGAGGGCACAACTGGGCAAAAATCCCAAAGTCATGGCCGCTGCCGATCGGCGATATTCTCTTCCAGAGGACGCACTGTTTCTTGGCTTTGA
CAGCTCTACACAGTCTCTCAAAGCAACTGTTTTGGACTATAATCTGCGGATTGTCCTCTCTGAAACAGTTCATTTTGATTCAGAGTTACCACATTACAAGACGAAGGATGGAGTATACAGAGATCCATCAGGCAATGGGCGTGTTGTGTCATCACCTTTGATGTGGGTAGAAGCTCTTGACCTTGTACTGAACAAATTAA
AGAAGGCAGATTTGAAATTTGATAAAGTCAGGGCTATTTCTGGAAGTGGGCAGCAGCATGGGAGTGTTTATTGGAGAAAGGGAGCCTTGGCCTCCATTCTAAAAGGAGTGAATCCAAAAGATCCTTTGGCTGTGCAGCTTCAGGATGCTTTTTCCACGAATGAATCACCTATTTGGATGGATAGTAGTACAACATCACAG
TGCAGAGAAATTGAGAAGGCTGTTGGTGGTGCAGCTGAATTGGCTTTGCTTACTGGGTCTTGCGCACATGAAAGATACACAGGACCTCAGATACGGAAATTATATGAGACAAAAAAGGATGTCTATGATAACACTGAAAGAATTTCACTTGTAAGTTCCTTCATGGCATCCCTTTTTATTGGTGGCTATGCCAGCATTGA
TGAAAGCGATGGAGCAGGGATGAATTTGATGGATCTAAGACAAAGAACTTGGTCAAAGGAAGCCTTGGAGGCCACTGCTCCAGACTTGGAAGAGAAGCTTGGACCATTGGCTCCATCATATGCTATTGCTGGTAATTTGAGTACATATTTTGTAGACAGGTTCATGTTTGACAAAAATTGTTTAGTTATCCAGTGGTCCG
GAGACAATCCAAATAGCTTGGCAGGTTTGGCTTTGAATCGTCCTGGAGATCTTGCAATCAGTTTGGGTACAAGTGACGTAGTTTTTGGAATTACAACCGAACCACGCCCTGGCCTAGAAGGACATGTCTTACCCAATCCTGTTGATCCAAATTGCTATATGGTGATGCTGGTTTACAAAAATGGGTCACTAACACGAGAA
GAGGTTCGAAACCGCTGTGCAAATGGATCATGGGACATGTTCAACAATTTTTTAGATCAAACTCCTCCTCTAAATGGTGGGAAACTAGGATTCTACTTCAAAGAACCTGAGATTCTCCCTCCTCTCCCAGTTGGAATTCATCGCTATGAGATTAATAACTGTGAGGATCATGCGGAGGGTGGTGTAACAATTCAGAATGT
ACCAGAGTTTGATGCACCTTCTGAGGTGCGGGCAATTATTGAAGGCCAGTTCCTGTCAATGCGTGCACACACAGAGAGGATAGGAATGCCGACACCACCAGAACGACTGATAGCAACTGGTGGAGCATCTGCAAATAGGAAGCTCCTTTCACTCATTGCTTCAATTTTTGGTTGCTCTGTCTATACTGTTGAGAGGCCAG
GTGCTGCATTAAGGGCAGCTCATGGATGGGTGTGCCAGAAGGAAGGTAAATTTGTACCTATTTCACAACTATATGAAGAAAAATCAGAAGATACATCTCTGTCATGTAAACTTGCTGCCCCTGCTGGTGACAAGGATTTATACTCCAAGTATAGCTCCATTATGTCTGAGAGGATGAAAATTGAGCAAGAGTTGGTGGAG
CAGATTGCTATTAAATAGATACTTCTGCTCATCCATGAGGTGAATGGTGAGTGAAAGAAAGATGGTTGCATGCCTTCCATGGGCTTAACATTTTTACATTGGTAGTCATAGAGCTCGCCATTGGTGGCTTAAATTATACTATTTTTACAGAAATAATCACAGCCCTTAGTTCTGTTCGAGGGTGACAGTTTTGCCTACCG
ACAACAGTGACTGATGGCAGCTATAGAAAATATTTTGATATATGAATGCTATTGATGGGATAACCGTATCAATTGGATAAAATCATAAAACTGGTTGTTGGGTAAAGTTCCTTATTTGTCCCTATGTATTCTACTAGAAATATTCAGTTTATATTATTTTCCTTGGTAGCAGGCCTCTGCATGCTTGAATACTGTTATGT
CATATTACTTAATTGTTCTTGTGATTGCAGTTTATGGGAAACTAAACCCCCCAGAG

>TRINITY_DN42826_c0_g1_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CAAGATTCCAATATCTATATAATCACCATTCCTAAATCCCGAAGTAACCCAGTTACGTGGAGGGCGGATGCATGCATTGCCCCATGAATTTTTATAAAAGAACTGAAAGCAATCCATTTGGGTAAATCTCCTCGATGCTAGCGCAATCTAATTGGCTTCCATCCAGAAGCGAGCCGAACCGAATTTCTAATTTTAATTCT
ATACATACGCAAGCGGTAATCTCTGTCAAGGGATGTAAGAGATTGTCACTGTTGAAGGGCTACACAAATACATCAAGGCAGAATTTGGGCACTGTATCGGTTTGCATTTTGAGGGCACAACTGGGCAAAAATCCCAAAGTCATGGCCGCTGCCGATCGGCGATATTCTCTTCCAGAGGACGCACTGTTTCTTGGCTTTGA
CAGCTCTACACAGTCTCTCAAAGCAACTGTTTTGGACTATAATCTGCGGATTGTCCTCTCTGAAACAGTTCATTTTGATTCAGAGTTACCACATTACAAGACGAAGGATGGAGTATACAGAGATCCATCAGGCAATGGGCGTGTTGTGTCATCACCTTTGATGTGGGTAGAAGCTCTTGACCTTGTACTGAACAAATTAA
AGAAGGCAGATTTGAAATTTGATAAAGTCAGGGCTATTTCTGGAAGTGGGCAGCAGCATGGGAGTGTTTATTGGAGAAAGGGAGCCTTGGCCTCCATTCTAAAAGGAGTGAATCCAAAAGATCCTTTGGCTGTGCAGCTTCAGGATGCTTTTTCCACGAATGAATCACCTATTTGGATGGATAGTAGTACAACATCACAG
TGCAGAGAAATTGAGAAGGCTGTTGGTGGTGCAGCTGAATTGGCTTTGCTTACTGGGTCTTGCGCACATGAAAGATACACAGGACCTCAGATACGGAAATTATATGAGACAAAAAAGGATGTCTATGATAACACTGAAAGAATTTCACTTGTAAGTTCCTTCATGGCATCCCTTTTTATTGGTGGCTATGCCAGCATTGA
TGAAAGCGATGGAGCAGGGATGAATTTGATGGATCTAAGACAAAGAACTTGGTCAAAGGAAGCCTTGGAGGCCACTGCTCCAGACTTGGAAGAGAAGCTTGGACCATTGGCTCCATCATATGCTATTGCTGGTAATTTGAGTACATATTTTGTAGACAGGTTCATGTTTGACAAAAATTGTTTAGTTATCCAGTGGTCCG
GAGACAATCCAAATAGCTTGGCAGGTTTGGCTTTGAATCGTCCTGGAGATCTTGCAATCAGTTTGGGTACAAGTGACGTAGTTTTTGGAATTACAACCGAACCACGCCCTGGCCTAGAAGGACATGTCTTACCCAATCCTGTTGATCCAAATTGCTATATGGTGATGCTGGTTTACAAAAATGGGTCACTAACACGAGAA
GAGGTTCGAAACCGCTGTGCAAATGGATCATGGGACATGTTCAACAATTTTTTAGATCAAACTCCTCCTCTAAATGgttttacagtgctttgatttgactaatttatggcatatgcttcatattcatgagtcattactttcaatggtttattcaattattattcatcttgtgcattatcagtgaaacaaacttttaacat
agccagcttcatcatctggctattggagagtcatgcataaatccaatttgtatcaattgaattaaaaatttagaacaatagttttcatctttctactgaggaagtgcacttcaggttattcatttcagatattcttccacagGTGGGAAACTAGGATTCTACTTCAAAGAACCTGAGATTCTCCCTCCTCTCCCAGTTGG
AATTCATCGCTATGAGATTAATAACTGTGAGGATCATGCGGAGGGTGGTGTAACAATTCAGAATGTACCAGAGTTTGATGCACCTTCTGAGGTGCGGGCAATTATTGAAGGCCAGTTCCTGTCAATGCGTGCACACACAGAGAGGATAGGAATGCCGACACCACCAGAACGACTGATAGCAACTGGTGGAGCATCTGCAA
ATAGGAAGCTCCTTTCACTCATTGCTTCAATTTTTGGTTGCTCTGTCTATACTGTTGAGAGGCCAGATTCTGCTTCACTAGGTGCTGCATTAAGGGCAGCTCATGGATGGGTGTGCCAGAAGGAAGGTAAATTTGTACCTATTTCACAACTATATGAAGAAAAATCAGAAGATACATCTCTGTCATGTAAACTTGCTGCC
CCTGCTGGTGACAAGGATTTATACTCCAAGTATAGCTCCATTATGTCTGAGAGGATGAAAATTGAGCAAGAGTTGGTGGAGCAGATTGCTATTAAATAGATACTTCTGCTCATCCATGAGGTGAATGGTGAGTGAAAGAAAGATGGTTGCATGCCTTCCATGGGCTTAACATTTTTACATTGGTAGTCATAGAGCTCGCC
ATTGGTGGCTTAAATTATACTATTTTTACAGAAATAATCACAGCCCTTAGTTCTGTTCGAGGGTGACAGTTTTGCCTACCGACAACAGTGACTGATGGCAGCTATAGAAAATATTTTGATATATGAATGCTATTGATGGGATAACCGTATCAATTGGATAAAATCATAAAACTGGTTGTTGGGTAAAGTTCCTTATTTGT
CCCTATGTATTCTACTAGAAATATTCAGTTTATATTATTTTCCTTGGTAGCAGGCCTCTGCATGCTTGAATACTGTTATGTCATATTACTTAATTGTTCTTGTGATTGCAGTTTATGGGAAACTAAACCCCCCAGAG

Intron 2 GTTTTACAGT ... TCTTCCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	23.08	10	2	4
A2	0	3	0	0
A3	23.81	8	4	1
A4	12.5	7	0	2
A5	35	13	4	10
A6	30.16	22	10	9
A7	23.68	29	4	14
A8	17.07	34	6	8
A9	13.79	25	5	3
A10	16.28	18	3	4

>TRINITY_DN45323_c0_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

GCTAGTTTATTAACAGTAAAGTTTGAAAGAAGGCTATAAAAGGAGAGAAGGAAATAACATGAATAATAATGCATTCTGACCTCATGCTCTATATACTTGAAATGTTTTCATATACTTTTGTAAATTCCTGGTCCTAATTTTTTTCTCCAAGCAACTAGGTTTGGCTTTGAATCGTCCTGGAGATCTTGCAATCAGTTTGG
GTACAAGTGACGTAGTTTTTGGAATTACAACCGAACCACGCCCTGGCCTAGAAGGACATGTCTTACCCAATCCTGTTGATCCAAATTGCTATATGGTGATGCTGGTTTACAAAAATGGGTCACTAACACGAGAAGAGGTTCGAAACCGCTGTGCAAATGGATCATGGGACACATTCAACAATTTTTTAGATCAAACTCCT
CCTCTAAATGGTGGGAAACTAGGATTCTACTTCAAAGAACCTGAGATTCTCCCTCCTCTCCCAGTTGGAATTCATCGCTATGAGATTAATAACTGTGAGGATCATGCGGAGGGTGGTGTAACAATTCAGAATGTACCAGAGTTTGATGCACCTTCTGAGGTGCGGGCAATTATTGAAGGCCAGTTCCTGTCAATGCGTGC
ACACACAGAGAGGATAGGAATGCCGACACCACCAGAACGACTGATAGCAACTGGTGGAGCATCTGCAAATAGGAAGCTCCTTTCACTCATTGCTTCAATTTTTGGTTGCTCTGTCTATACTGTTGAGAGGCCAGATTCTGCTTCACTAGGTGCTGCATTAAGGGCAGCTCATGGATGGGTGTGCCAGAAGGAAGGTAAAT
TTGTACCTATTTCACAACTATATGAAGAAAAATCAGAAGATACATCTCTGTCATGTAAACTTGCTGCCCCTGCTGGTGACAAGGATTTATACTCCAAGTATAGCTCCATTATGTCTGAGAGGATGAAAATTGAGCAAGAGTTGGTGGAGCAGATTGCTATTAAATAGATACTTCTGCTCATCCATGAGGTGAATGGTGAG
TGAAAGAAAGATGGTTGCATGCCTTCCATGGGCTTAACATTTTTACATTGGTAGTCATAGAGCTCGCCATTGGTGGCTTAAATTATACTATTTTTACAGAAATAATCACAGCCCTTAGTTCTGTTCGAGGGTGACAGTTTTGCCTACCGACAACAGTGACTGATGGCAGCTATAGAAAATATTTTGATATATGAATGCTA
TTGATGGGATAACCGTATCAATTGGATAAAATCATAAAACTGGTTGTTGGGTAAAGTTCCTTATTTGTCCCTATGTATTCTACTAGAAATATTCAGTTTATATTATTTTCCTTGGTAGCAGGCCTCTGCATG

>TRINITY_DN45323_c0_g1_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GGCTGGCAAATTCTAAAAATAGCTTTTATGTGAAAATTGTAGACTGGATTGAATAGGATACGGCTCGCAAATTCCATAACTAGCTATTGTGTGAAAACTATACACACAGTGTATTGAATATGAAATGAAATCTCCAATTTATTGAGATACCCAAGATTCCAATATGTATATAATCACCATTCCTAAATCCCCAAGTAACC
CAGTTACGTGGAGGGCGGATGCATGCATTGCCCCATGAATTTTTATAAAAGAACTGAAAGCAATCCATTTGGGTAAATCTCCTCGATGCTAGCGCAATCTAATTGGCTTCCATCCAGAAGCGAGCCGAACCGAATTTCTAATTTTAATTCTATACATACGCAAGCGGTAATCTCTGTCAAGGGATGTAAGAGATTGTCAC
TGTTGAAGGGCTACACAAATACATCAAGGCAGAATTTGGGCACTGTATCGGTTTGCATTTTGAGGGCACAACTGGGCAAAAATCCCAAAGTCATGGCCGCTGCCGATCGGCGATGTTCTCTTCCAGAGGACGCACTGTTTCTTGGCTTTGACAGCTCTACACAGTCTCTCAAAGCAACTGTTTTGGACTATAATCTGCGG
ATTGTCCTCTCTGAAACAGTTCATTTTGATTCAGAGTTACCACATTACAAGACGAAGGATGGAGTATACAGAGATCCATCAGGCAATGGGCGTGTTGTGTCATCACCTTTGATGTGGGTAGAAGCTCTTGACCTTGTACTGAACAAATTAAAGAAGGCAGATTTGAAATTTGATAAAGTCAGGGCTATTTCTGGAAGTGG
GCAGCAGCATGGGAGTGTTTATTGGAGAAAGGGAGCCTTGGACTCCATTCTAAAAGGAGTGAATCCAAAAGATCCTTTGGCTGTGCAGCTTCAGGATGCTTTTTCCACGAATGAATCACCTATTTGGATGGATAGTAGTACAACATCACAGTGCAGAGAAATTGAGAAGGCTGTTGGTGGTGCAGCTGAATTGGCTTTGC
TTACTGGGTCTTGCGCACATGAAAGATACACAGGACCTCAGATACGGAAATTATATGAGACAAAAAAGGATGTCTATGATAACACTGAAAGAATTTCACTTGTAAGTTCCTTCATGGCATCCCTTTTTATTGGTGGCTATGCCAGCATTGATGAAAGCGATGGAGCAGGGATGAATTTGATGGATCTAAGACAAAGAACT
TGGTCAAAGGAAGCCTTGGAGGCCACTGCTCCAGACTTGGAAGAGAAGCTTGGACCATTGGCTCCATCATATGCTATTGCTGGTAATTTGAGTACATATTTTGTAGACAGGTTCATGTTTGACAAAAATTGTTTAGTTATCCAGTGGTCCGGAGACAATCCAAATAGCTTGGCAGGTTTGGCTTTGAATCGTCCTGGAGA
TCTTGCAATCAGTTTGGGTACAAGTGACGTAGTTTTTGGAATTACAACCGAACCACGCCCTGGCCTAGAAGGACATGTCTTACCCAATCCTGTTGATCCAAATTGCTATATGGTGATGCTGGTTTACAAAAATGGGTCACTAACACGAGAAGAGGTTCGAAACCGCTGTGCAAATGGATCATGGGACATGTTCAACAATT
TTTTAGATCAAACTCCTCCTCTAAATGgttttacagtgctttgatttgactaatttatgctccatattcatgagtcattactttcaatggtttattcaattattattcatcttgtgcattatcagtgaaacaaacttttaacatagccagcttcgtcatctggctattggagagccatgcatgaatccaatttgtatcaa
ttgaattaaaaatttagaacaatagttttcatctttctactgaggaagtgcacttcaggtcattcatttcagatattcttccacagGTGGGAAACTAGGATTCTACTTCAAAGAACCTGAGATTCTCCCTCCTCTCCCAGTTGGAATTCATCGCTATGAGATTAATAACTGTGAGGATCATGCGGAGGGTGGTGTAACAA
TTCAGAATGTACCAGAGTTTGATGCACCTTCTGAGGTGCGGGCAATTATTGAAGGCCAGTTCCTGTCAATGCGTGCACACACAGAGAGGATAGGAATGCCGACACCACCAGAACGACTGATAGCAACTGGTGGAGCATCTGCAAATAGGAAGCTCCTTTCACTCATTGCTTCAATTTTTGGTTGCTCTGTCTATACTGTT
GAGAGGCCAGATTCTGCTTCACTAGGTGCTGCATTAAGGGCAGCTCATGGATGGGTGTGCCAGAAGGAAGGTAAATTTGTACCTATTTCACAACTATATGAAGAAAAATCAGAAGATACATCTCTGTCATGTAAACTTGCTGCCCCTGCTGGTGACAAGGATTTATACTCCAAGTATAGCTCCATTATGTCTGAGAGGAT
GAAAATTGAGCAAGAGTTGGTGGAGCAGATTGCTATTAAATAGATACTTCTGCTCATCCATGAGGTGAATGGTGAGTGAAAGAAAGATGGTTGCATGCCTTCCATGGGCTTAACATTTTTACATTGGTAGTCATAGAGCTCGCCATTGGTGGCTTAAATTATACTATTTTTACAGAAATAATCACAGCCCTTAGTTCTGT
TCGAGGGTGACAGTTTTGCCTACCGACAACAGTGACTGATGGCAGCTATAGAAAATATTTTGATATATGAATGCTATTGATGGGATAACCGTATCAATTGGATAAAATCATAAAACTGGTTGTTGGGTAAAGTTCCTTATTTGTCCCTATGTATTCTACTAGAAATATTCAGTTTATATTATTTTCCTTGGTAGCAGGCC
TCTGCATG

Intron 3 GTGGGGCAGT ... TTAATTGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	30.43	16	2	7
A2	21.43	22	4	6
A3	19.05	17	0	4
A4	30.77	9	0	4
A5	0	3	0	0
A6	18.39	71	2	16
A7	19.18	59	0	14
A8	21.05	45	0	12
A9	11.63	38	0	5
A10	15.63	27	0	5

>TRINITY_DN41039_c0_g3_i3 from sample A6 / Example spliced isoform

GAGAGCCATGCATGAATCCAATTTGTATCAATTGAATTAAAAATATAGAACAATAGTTTTCATCTTTCTACTGAGGAAGTGCACTTCAGGTCATTCATTTCAGATATTCTTCCACAGGTGGGAAACTAGGATTCTACTTCAAAGAACCTGAGATTCTCCCTCCTCTCCCAGTTGGAATTCATCGCTATGAGATTAATAAC
TGTGAGGATCATGCGGAGGGTGGTGTAACAATTCAGAATGTACCAGAGTTTGATGCACCTTCTGAGGTGCGGGCAATTATTGAAGGCCAGTTCCTGTCAATGCGTGCACACACAGAGAGGATAGGAATGCCGACACCACCAGAACGACTGATAGCAACTGGTGGAGCATCTGCAAATAGGAAGCTCCTTTCACTCATTGC
TTCAATTTTTGGTTGCTCTGTCTATACTGTTGAGAGGCCAGATTCTGCTTCACTAGGTGCTGCATTAAGGGCAGCTCATGGATGGGTGTGCCAGAAGGAAGGTAAATTTGTACCTATTTCACAACTATATGAAGAAAAATCAGAAGATACATCTCTGTCATGTAAACTTGCTGCCCCTGCTGGTGACAAGGATTTATACT
CCAAGTATAGCTCCATTATGTCTGAGAGGATGAAAATTGAGCAAGAGTTGGTGGAGCAGATTGCTATTAAATAGATACTTCTGCTCATCCATGAGGTGAATGGTGAGTGAAAGAAAGATGGTTGCATGCCTTCCATGGGCTTAACATTTTTACATTGGTAGTCATAGAGCTCGCCATTGGTGGCTTAAATTATACTATTT
TTACAGAAATAATCACAGCCCTTAGTTCTGTTCGAGGGTGACAGTTTTGCCTACCGACAACAGTGACTGATGGCAGCTATAGAAAATATTTTGATATATGAATGCTATTGATGGGATAACCGTATCAATTGGATAAAATCATAAAACTGGTTGTTGGGTAAAGTTCCTTATTTGTCCCTATGTATTCTACTAGAAATATT
CAGTTTATATTATTTTCCTTGGTAGCAGGCCTCTGCATGCTTGAATACTGTTATGTCATATTACTTAATTGTTCTTGTGATTGCAGTTTATGGGAAACTAAACCCCCCAG

>TRINITY_DN41039_c0_g3_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:

AGTTTGATGCACCTTCTGAGgtggggcagtgaaaaaacttaaaaagttatttttgaggcattagattttcttagttcactagtaaaagcttttccaaacaatctgacagattaatggacacatgcttgtgttcttttttaattgcaatccttcttagaatttggtgtttaacacaggtatgtacatctcaaataaaatta
tgtacctaaatttcaaggttttctgcttattttcattcgtttgttttaattgaagGTGCGGGCAATTATTGAAGGCCAGTTCCTGTCAATGCGTGCACACACAGAGAGGATAGGAATGCCGACACCACCAGAACGACTGATAGCAACTGGTGGAGCATCTGCAAATAGGAAGCTCCTTTCACTCATTGCTTCAATTTTTG
GTTGCTCTGTCTATACTGTTGAGAGGCCAGATTCTGCTTCACTAGGTGCTGCATTAAGGGCAGCTCATGGATGGGTGTGCCAGAAGGAAGGTAAATTTGTACCTATTTCACAACTATATGAAGAAAAATCAGAAGATACATCTCTGTCATGTAAACTTGCTGCCCCTGCTGGTGACAAGGATTTATACTCCAAGTATAGC
TCCATTATGTCTGAGAGGATGAAAATTGAGCAAGAGTTGGTGGAGCAGATTGCTATTAAATAGATACTTCTGCTCATCCATGAGGTGAATGGTGAGTGAAAGAAAGATGGTTGCATGCCTTCCATGGGCTTAACATTTTTACATTGGTAGTCATAGAGCTCGCCATTGGTGGCTTAAATTATACTATTTTTACAGAAATA
ATCACAGCCCTTAGTTCTGTTCGAGGGTGACAGTTTTGCCTACCGACAACAGTGACTGATGGCAGCTATAGAAAATATTTTGATATATGAATGCTATTGATGGGATAACCGTATCAATTGGATAAAATCATAAAACTGGTTGTTGGGTAAAGTTCCTTATTTGTCCCTATGTATTCTACTAGAAATATTCAGTTTATATT
ATTTTCCTTGGTAGCAGGCCTCTGCATGCTTGAATACTGTTATGTCATATTACTTAATTGTTCTTGTGATTGCAGTTTATGGGAAACTAAACCCCCCAG

Intron 4 GTATGAATGA ... CCACAACAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	44.44	5	2	6
A2	-1	0	0	0
A3	100	0	1	1
A4	50	3	3	3
A5	33.33	2	1	1
A6	41.18	5	5	2
A7	42.86	8	8	4
A8	45.83	13	12	10
A9	44.83	8	7	6
A10	47.37	10	8	10

>TRINITY_DN45977_c1_g1_i2 from sample A10 / Example spliced isoform

CTATGATCATTACATGTCCAGAAAACCAAACATGAGCGGAGCTTCTCTATTTCTGCAGCCTTACTTTAATGGAGACTAGGGTTTGAGAGAAGGGTATTCGAACAAATTCCTGAATGTAAAGAAGTTGTATGGAATTCAACAATTGAAACATATGCCTGGCTTGGACATGGGGATGACAACTCTTTCTCCAAATGGGAGCA
GGAGAACTCAAGCCAACCCCATTCATTTTCACCACAGTTGTCAGTTCATGTATAGGCATAGCAAACATCAAAGAAGATTCCAGCTCAAATGTGTGTATAGAATACTGCCACATTCACATTGGTGATGATATTTTCGCAATAAAAAGTGGATGGGATGAGCACGGAATCACTCAGGGGCATCCAACTTCAGACATAATTAT
TATGTTTCAAAGTGAAGACAGATATTGGGAGAGGTCAAACAGTGTGCAAATAGGTACAAGTTTGGTAGCTTCATCTATAGGGATGTGCAAATATTTACTTCAGTAAGGCCTCTATATGCCTCCATTGATGAGAAACATCATCCTTCGCAGTAGTATAATCGATTGGTGGCAAGAAGAATCCTACACCAATCTGATGTCAC
TGTTTCTGCTGGTATTCTAATGATTGGCTTACCCAATTCAAATGATTGTGCATTTTCAATGTCAATCAGAAGAAATGGAAATGGGTTGATGTGTGCACTTGGAAGAGGAATTCCATTGCCAAGGCCAGGATTTCCAAGAATATGATCACCGAGAATTCCTTGGATGGTTTCTTCAGGAATTAGTATCATGCTCTCTTCTA
ATGGTACCAGATTGCCTATCAGTGGTCCAATTCCTTCTTGGATTATGCATGTTCTAGGAAGTATGATTCGCAAGCCAAGTGAGATGCAGATGTTGCAGGAAAGCTCCTATATTTTACCAGTCTTTCCTTGGTTACAAAATAATGTGGGGAAGAGAGGAAAATTTGACTCTTTTTTCACTACACAAAAGAGTTATCTATTA
CACTCTTACAAGGAAGCAGGATGTTGACAAGCTCATGAGGGATACATTGGACAAAGTTCTGGTTCTCTGATTTGGAAGGGCCACAGATGTTG

>TRINITY_DN45977_c1_g1_i7 from sample A10 / Example unspliced isoform:

CTATGATCATTACATGTCCAGAAAACCAAACATGAGCGGAGCTTCTCTATTTCTGCAGCCTTACTTTAATGGAGACTAGGGTTTGAGAGAAGGGTATTCGAACAAATTCCTGAATGTAAAGAAGTTGTATGGAATTCAACAATTGAAACATATGCCTGGCTTGGACATGGGGATGACAACTCTTTCTCCAAATGGGAGCA
GGAGAACTCAAGCCAACCCCATTCATTTTCACCACAGTTGTCAGTTCATGTATAGGCATAGCAAACATCAAAGAAGATTCCAGCTCAAATGTGTGTATAGAATACTGCCACATTCACATTGGTGATGATATTTTCGCAATAAAAAGTGGATGGGATGAGCACGGAATCACTCAGGGGCATCCAACTTCAGACATAATTAT
TATGTTTCAAAGTGAAGACAGATATTGGGAGAGGTCAAACAGTGTGCAAATAGGTACAAGTTTGGTAGCTTCATCTATAGgtatgaatgaaggagccacaacaagGGATGTGCAAATATTTACTTCAGTAAGGCCTCTATATGCCTCCATTGATGAGAAACATCATCCTTCGCAGTAGTATAATCGATTGGTGGCAAGAA
GAATCCTACACCAATCTGATGTCACTGTTTCTGCTGGTATTCTAATGATTGGCTTACCCAATTCAAATGATTGTGCATTTTCAATGTCAATCAGAAGAAATGGAAATGGGTTGATGTGTGCACTTGGAAGAGGAATTCCATTGCCAAGGCCAGGATTTCCAAGAATATGATCACCGAGAATTCCTTGGATGGTTTCTTCA
GGAATTAGTATCATGCTCTCTTCTAATGGTACCAGATTGCCTATCAGTGGTCCAATTCCTTCTTGGATTATGCATGTTCTAGGAAGTATGATTCGCAAGCCAAGTGAGATGCAGATGTTGCAGGAAAGCTCCTATATTTTACCAGTCTTTCCTTGGTTACAAAATAATGTGGGGAAGAGAGGAAAATTTGACTCTTTTTT
CACTACACAAAAGAGTTATCTATTACACTCTTACAAGGAAGCAGGATGTTGACAAGCTCATGAGGGATACATTGGACAAAGTTCTGGTTCTCTGATTTGGAAGGGCCACAGATGTTG

Intron 5 GTAAGTGACA ... GCATCTATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	58.44	2	1	4
A2	72.73	3	9	7
A3	90.91	0.5	2	7
A4	60	4	4	8
A5	33.33	2	0	2
A6	30	7	4	2
A7	27.27	8	4	2
A8	4.76	10	1	0
A9	0	1	0	0
A10	61.9	4	9	4

>TRINITY_DN45977_c1_g1_i7 from sample A10 / Example spliced isoform

CTATGATCATTACATGTCCAGAAAACCAAACATGAGCGGAGCTTCTCTATTTCTGCAGCCTTACTTTAATGGAGACTAGGGTTTGAGAGAAGGGTATTCGAACAAATTCCTGAATGTAAAGAAGTTGTATGGAATTCAACAATTGAAACATATGCCTGGCTTGGACATGGGGATGACAACTCTTTCTCCAAATGGGAGCA
GGAGAACTCAAGCCAACCCCATTCATTTTCACCACAGTTGTCAGTTCATGTATAGGCATAGCAAACATCAAAGAAGATTCCAGCTCAAATGTGTGTATAGAATACTGCCACATTCACATTGGTGATGATATTTTCGCAATAAAAAGTGGATGGGATGAGCACGGAATCACTCAGGGGCATCCAACTTCAGACATAATTAT
TATGTTTCAAAGTGAAGACAGATATTGGGAGAGGTCAAACAGTGTGCAAATAGGTACAAGTTTGGTAGCTTCATCTATAGGTATGAATGAAGGAGCCACAACAAGGGATGTGCAAATATTTACTTCAGTAAGGCCTCTATATGCCTCCATTGATGAGAAACATCATCCTTCGCAGTAGTATAATCGATTGGTGGCAAGAA
GAATCCTACACCAATCTGATGTCACTGTTTCTGCTGGTATTCTAATGATTGGCTTACCCAATTCAAATGATTGTGCATTTTCAATGTCAATCAGAAGAAATGGAAATGGGTTGATGTGTGCACTTGGAAGAGGAATTCCATTGCCAAGGCCAGGATTTCCAAGAATATGATCACCGAGAATTCCTTGGATGGTTTCTTCA
GGAATTAGTATCATGCTCTCTTCTAATGGTACCAGATTGCCTATCAGTGGTCCAATTCCTTCTTGGATTATGCATGTTCTAGGAAGTATGATTCGCAAGCCAAGTGAGATGCAGATGTTGCAGGAAAGCTCCTATATTTTACCAGTCTTTCCTTGGTTACAAAATAATGTGGGGAAGAGAGGAAAATTTGACTCTTTTTT
CACTACACAAAAGAGTTATCTATTACACTCTTACAAGGAAGCAGGATGTTGACAAGCTCATGAGGGATACATTGGACAAAGTTCTGGTTCTCTGATTTGGAAGGGCCACAGATGTTG

>TRINITY_DN45977_c1_g1_i6 from sample A10 / Example unspliced isoform:

CTCTAAGTCTTTAGTCATTTTCCTCAGTGCTTACACCTACTTGGAAGCAATGGAACAAGATTCCAGCTCAAATGTGTGTATAGAATACTGCCACATTCACATTGGTGATGATATTTTCGCAATAAAAAGTGGATGGGATGAGCACGGAATCACTCAGGGGCATCCAACTTCAGACATAATTATTATgtaagtgacaggca
caactccaatttgtttggggattataattggaagtaaaatatatgggggaatggaagtgggaggaaacttgatgtttataatgcatctatagGTTTCAAAGTGAAGACAGATATTGGGAGAGGTCAAACAGTGTGCAAATAGGTACAAGTTTGGTAGCTTCATCTATAGGTATGAATGAAGGAGCCACAACAAGGTAATG
TATTATTGTGTGTTTAATATGGCTA