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Intron 1 GTATGCCTCA ... ATGTGAGCAG

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>TRINITY_DN111413_c0_g1_i6 from sample A3 / Example spliced isoform
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TCGTCAGTTCTTTTTTTTCCCGTGTGGCATGCCAGTGCGTCTGCCCTATGACGACGTGACGGCTTTTTTAACCGGGACCCTGCAAATTCGCCATAAATCTTCGTTCCGGGAAGCTCCGTTTTTCTATTAGAAAACCCTTCACAGTGAGCTTCGGGAACATTCTCTGCATAATTCTCGACGACGGAAAAAATCCAGAACAT
ATCCGATCCGGCGATCTGATCTGCAAGCAGTGAAGATTCCGTTCCATACCCCAATTTGCTTTCAAATTCAAACGCCGGGGTTTATTAAAAGATGTGGTAAGGCGAGCCGTTGAAATTGATTTTAAAAATGCAGCCAAACAGGCCTGGGGCACCGGACAGACCCCCGTCTCAGCAGTATTCTCCATTTTCAGTTCCAGGTT
CAGCATCAGGGATGGCATCTAGACCTTTCCTACCAGGTTCAACACAGCCAATGAGGCCAGAGCAACCTCCTAGTCAACCTGTTTATCCCCCAGGAACTCCTATCCAAGGCTTTTCTGTAGTCCCACCATCCTCAACTCCTTTTGCAGGACCAGAACAGAACTATCCGAGAACAACACCACCAGTAAGGTCAAATGGTCCC
GTTGTACCATTTCAGCTATCCCCGAATTTACCACCACCAAGGGGAGGTCCTCCATCTTTTGTTCATCCCACACCAGGTGGCCCCATGATAGCTCAGCCGATGGTGCCTCCACCGGGGTCATCAGCAGTCCAGCAGATTGCACCTACTTCAGGTCCACGGCCGCCTCCTGTGCCATCATCTGCCTCTGTACCAATGGGCCC
TCCACTGCAGTCAGCAAATTATATGTCACTGGGAGGGAATTTCCCTCCACCAACAAATCAGTCTTCATTAGAATATCCACCAGGCAGAACATCATCGATTCCTATCTCTGGACCACCTATGCCGCATTCTGTTAGTCAACCATATCAAGGTGGACAAGGTGGCCAGGTCCCTTTTTTTGCTCCACGAACCGCATTTCCTA
GTCCTCAGCCTGGGATTCCTGCCCAACAACATTTTCCCCAGCAAGGAGGTCCACTGGCATATCCCGGCGCTGTGTCACAACCACCTATGCTGTCTTCCTATATGGATGCTCAGAAAGCAAGAGCACCACCTTCATATCCAATGGCAGTACCTCCTGCAGGGGGCATTCAAGGATTGGTTGAGGAGTTCCAGTCATTGTCT
GTGGGGTCTGTTCCCGGATCCATTGATGCAGGAGTTGATCCCAATTTGCTGCCACGACCACTGGATGAAGCAGACATAGAGGGCACATCCTCAAGTTCTTTATACATGTCAAATTGTCATCCAAGGCATCTTCGGTTTACAACAAATGCAATACCAAATTCCCAGTCATTGATGGCTCGGTGGCATCTGCCTCTTGGGGC
TGTGGTTCATCCTCTTGCAGAACCTCCAAATGGGGAGGAGATACCTGTTGTCGATTTTGGTTCCTCTGGAATTGTGAGGTGTAGAAGATGTCGAACTTACGTTAACCCTTATGTCACATTCACTGATGGTGGCAGACGTTGGAGGTGCAATGTTTGCTCTTTGCTGAATGATGTTGCAGGAGAATATTTTTCACCTCTGG
ATGTAAATGGTAGACGACGAGATGCAGATGAGCGTCCGGAACTTTCTAAGGGCAGTGTGGAATTTGTTGCACCAACTGAATATATGGTCCGACCACCAATGCCACCGTTATATTTCTTCCTCATTGATGTCTCTCTGTCATCTGTTAGAAATGGCATGCTTAAGGTTGCAGCGGAGACGATAAAATCGTCTTTGGATAAG
CTTCCTGGTTTTCCCAGAACACAGATTGGATTTCTTACATTTGACAGTGCTTTGCATTTTTATAACCTAAAGTCGTCATTGACACAGCCTCAAATGATGGTTGTAGCAGATTTGGATGACCCATTTTTGCCATTGCCAGATGATCTGCTTGTGAATTTGTCTGATTCTCGACATGTGGTGGAAGCTCTGCTAGATAGTCT
TCCGTCAATGTTTGAGGAAAATACCAATATCGAGTCTGCTTTTGGACCTGCTCTTAAAGCAGCTTTCATGGTCATGAGCCAACTTGGGGGAAAGCTGCTCATTTTTCAGAGCACTTTACCTTCTCTTGGGGTTGGACGTCTAAAGCTAAGGGGGGATGATCCACGCATTTATGGTACAGATAAAGAGCACACAGTTCGGG
TTGCAGAGGACCCATTCTATAAACAGATGGCTGCAGATCTTACAAAATATCAGATTGGGGTGAATCTATATGCATTTAGCGATAAATATACAGATATAGCTTCCTTAGGTACTTTATCAAAATATACAGGTGGCCAGGTTTATTATTACCCATCCTTTCAGGCGAGTCTTTACAAGGAAAAGTTTAGCCATGAACTGGCT
AGAGATTTAACAAGAGAGACTGCATGGGAAGCTGTTATGCGCATACGATGTGGGAAAGGTGTACGATTTACAACTTATCATGGACATTTCATGCTAAGGTCTTCAGATTTATTGGCACTTCCAGCTGTTGATTGTGACAAAGCTTTCGCAATGCAGCTAACATTGGAGGACACCCTCTTGACAACCCAGACTGTCTATTT
TCAAGTTGCTCTCCTATATACATCATCCTCAGGTGAAAGACGTATACGGGTTCTTACAACGGCTGTCCCTGTAGTGTCAGACCTAGGTGAAATGTATCGCAATGCCGATACAGGGGCCATAATAAGTTTAATGAGCAGACTTGCAATTGAGAAAACTTTATCTCATAAGTTGGAAGAAGCACGCCATGTTACACAGTTGA
GGATTGTAAGAAGTTTACAAGAGTACCGAAATCTGTTTGCTGTGCAACATCGTTTGGCTGGACGGCTTATTTATCCAGACTCATTAAAACTTTTACCTCTTTATGGACTTGCTCTGTGTAAGTCCCTAGCTCTAAGAGGAGGATTTGCAGATGCCCACATTGACGAGCGCTCTGCAGCTGGTTTTAATATGATGATCATA
CCCATTAAGAGACTACTGAAGCTTCTTTATCCATCTTTGGGACGCCTTGATGAATATTTGCTAAAGGGTCCTGTTATGGGTGGAGATGATGCCAAAGGTTCACTTCAACGTCTGGTGTTGTCTGCTGAGAGATTGGATCCCAGAGGGGCCTTTTTGTATGATGATGGTTTTCGCTTTGTTCTTTGGTTGGGGAAAGTATT
GCCGACAGAATTCATTAAAAATTTGCTTGGAGTTGAAGCAGCCAATAGCCCTGATCTATCAAAGGTACCAGTAATTGAGCAGAATAATGAGCTCTCAAGAAAGCTCTTGGTCACTTTAAATACGTTGAGAGAGAGAGATCCTGCATTTTATCAGCATTGCTATCTATTAAGACAGGGGGAGCAACCAAGAGAAGGTTCTC
TCCTATTATTCAATCTCGTGGAAGATCAGATTGCAGGGACCAGTGGATATGTAGAATGGCTTCTTCAGATACATCGCCAAGTTCAGCAAAAGTGATAAGGATTTCTAAAATAACCATTGAGGCGGTTTTCTTGTGTGCATTCTAAGTTTCCAGAAACTGTTTGTCAAGAAGCATATAAAAGTTAGGGTAATTTGCCATTG
CCTGTTTCAGTTTCTTATTTGTTTTGAATTTCAGGTAGTAGCCTATGATCATTATTTGTCAAAAGTCAACTGCTTCTTTATGCACATTATTCTTCCGGTTCTTGTATCTTTTACCTTTGATTAATTGTTCTTCTAGTGGATATTTGCCTTGGTGCTTTCTATGTAATGTAGCAGAGAGCATACCTGGAGAAAGGACAACT
ACATTTGTCTCTAAAAATTTTGTTTTTTAACGATTTCTTATAATTTATTTACATGTTGCTTATCAGTTTCCTCACTCAAAGGCTCTCTCATGTAATAGAAATCACAGATGGCATTTTTTTTATTTGTCATTTACCAATGCAACCTGTAATGTCTTATGTCTTGCATCAGCAAAACATATGGTTGGTGCTTCGGTGAGGGG


>TRINITY_DN111413_c0_g1_i4 from sample A3 / Example unspliced isoform:
GGAGGAGATACCTGTTGTCGATTTTGGTTCCTCTGGAATTGTGAGGTGTAGAAGATGTCGAACTTACGTTAACCCTTATGTCACATTCACTGATGGTGGCAGACGTTGGAGGTGCAATGTTTGCTCTTTGCTGAATGATGTTGCAGGAGAATATTTTTCACCTCTGGATGTAAATGGTAGACGACGAGATGCAGATGAGC
GTCCGGAACTTTCTAAGGGCAGTGTGGAATTTGTTGCACCAACTGAATATATGGTCCGACCACCAATGCCACCGTTATATTTCTTCCTCATTGATGTCTCTCTGTCATCTGTTAGAAATGGCATGCTTAAGGTTGCAGCGGAGACGATAAAATCGTCTTTGGATAAGCTTCCTGGTTTTCCCAGAACACAGATTGGATTT
CTTACATTTGACAGTGCTTTGCATTTTTATAACCTAAAGTCGTCATTGACACAGCCTCAAATGATGGTTGTAGCAGATTTGGATGACCCATTTTTGCCATTGCCAGATGATCTGCTTGTGAATTTGTCTGATTCTCGACATGTGGTGGAAGCTCTGCTAGATAGTCTTCCGTCAATGTTTGAGGAAAATACCAATATCGA
GTCTGCTTTTGGACCTGCTCTTAAAGCAGCTTTCATGGTCATGgtatgcctcatattaattacttgattcatcacaactatttctttgaaggataatctcgtacacttggtagtttctgccagtatggctcttaagtttttatttttaaagcagttgtactttggaatgtgagcagAGCCAACTTGGGGGAAAGCTGCTC
ATTTTTCAGAGCACTTTACCTTCTCTTGGGGTTGGACGTCTAAAGCTAAGGGGGGATGATCCACGCATTTATGGTACAGATAAAGAGCACACAGTTCGGGTTGCAGAGGACCCATTCTATAAACAGATGGCTGCAGATCTTACAAAATATCAGATTGGGGTGAATCTATATGCATTTAGCGATAAATATACAGATATAGC
TTCCTTAGGTACTTTATCAAAATATACAGGTGGCCAGGTTTATTATTACCCATCCTTTCAGGCGAGTCTTTACAAGGAAAAGTTTAGCCATGAACTGGCTAGAGATTTAACAAGAGAGACTGCATGGGAAGCTGTTATGCGCATACGATGTGGGAAAGGTGTACGATTTACAACTTATCATGGACATTTCATGCTAAGGT
CTTCAGATTTATTGGCACTTCCAGCTGTTGATTGTGACAAAGCTTTCGCAATGCAGCTAACATTGGAGGACACCCTCTTGACAACCCAGACTGTCTATTTTCAAGTTGCTCTCCTATATACATCATCCTCAGGTGAAAGACGTATACGGGTTCTTACAACGGCTGTCCCTGTAGTGTCAGACCTAGGTGAAATGTATCGC
AATGCCGATACAGGGGCCATAATAAGTTTAATGAGCAGACTTGCAATTGAGAAAACTTTATCTCATAAGTTGGAAGAAGCACGCCATGTTACACAGTTGAGGATTGTAAGAAGTTTACAAGAGTACCGAAATCTGTTTGCTGTGCAACATCGTTTGGCTGGACGGCTTATTTATCCAGACTCATTAAAACTTTTACCTCT
TTATGGACTTGCTCTGTGTAAGTCCCTAGCTCTAAGAGGAGGATTTGCAGATGCCCACATTGACGAGCGCTCTGCAGCTGGTTTTAATATGATGATCATACCCATTAAGAGACTACTGAAGCTTCTTTATCCATCTTTGGGACGCCTTGATGAATATTTGCTAAAGGGTCCTGTTATGGGTGGAGATGATGCCAAAGGTT
CACTTCAACGTCTGGTGTTGTCTGCTGAGAGATTGGATCCCAGAGGGGCCTTTTTGTATGATGATGGTTTTCGCTTTGTTCTTTGGTTGGGGAAAGTATTGCCGACAGAATTCATTAAAAATTTGCTTGGAGTTGAAGCAGCCAATAGCCCTGATCTATCAAAGGTACCAGTAATTGAGCAGAATAATGAGCTCTCAAGA
AAGCTCTTGGTCACTTTAAATACGTTGAGAGAGAGAGATCCTGCATTTTATCAGCATTGCTATCTATTAAGACAGGGGGAGCAACCAAGAGAAGGTTCTCTCCTATTATTCAATCTCGTGGAAGATCAGATTGCAGGGACCAGTGGATATGTAGAATGGCTTCTTCAGATACATCGCCAAGTTCAGCAAAAGTGATAAGG
ATTTCTAAAATAACCATTGAGGCGGTTTTCTTGTGTGCATTCTAAGTTTCCAGAAACTGTTTGTCAAGAAGCATATAAAAGTTAGGGTAATTTGCCATTGCCTGTTTCAGTTTCTTATTTGTTTTGAATTTCAGGTAGTAGCCTATGATCATTATTTGTCAAAAGTCAACTGCTTCTTTATGCACATTATTCTTCCGGTT
CTTGTATCTTTTACCTTTGATTAATTGTTCTTCTAGTGGATATTTGCCTTGGTGCTTTCTATGTAATGTAGCAGAGAGCATACCTGGAGAAAGGACAACTACATTTGTCTCTAAAAATTTTGTTTTTTAACGATTTCTTATAATTTATTTACATGTTGCTTATCAGTTTCCTCACTCAAAGGCTCTCTCATGTAATAGAA
ATCACAGATGGCATTTTTTTTATTTGTCATTTACCAATGCAACCTGTAATGTCTTATGTCTTGCATCAGCAAAACATATGGTTGGTGCTTCGGTGAGGGG



Intron 2 GTATCCTTTT ... CAAACTACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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A1017.36100821



>TRINITY_DN120068_c0_g1_i2 from sample A2 / Example spliced isoform
CTCGTGTCTCATAAGTTGTCGCTAGCAGAGAAATTAGTCACTGATCACGGTTTCGAATCTCGCGGCCACCATTCGCTACCGCCCCTCACATTACATATCTGACGACGGTTGCCGTAGAATTCCGGCCTGAAATCTCTGTCATATAACGGCAACCGAAGCTCACCCGGCTCTATTTTTTGCTTGGTTAATTTTAATTTCGT
CAGTTCTTTTTTTTTCCCGTGTGGCATGCCAGTGCGTCTGCCCTATGACGACGTGACGGCTTTTTTAACCGGGACCCTGCAAATTCGCCATAAATCTTCGTTCCGGGAAGCTCCGTTTTTCTATTAGAAAACCCTTCACAGTGAGCTTCGGGAACATTCTCTGCATAATTCTCGACGACGGAAAAAATCCAGAACATATC
CGATCCGGCGATCTGATCTGCAAGCAGTGAAGATTCCGTTCCATACCCCAATTTGCTTTCAAATTCAAACGCCGGGGTTTATTAAAAGATGTGGTAAGGCGAGCCGTTGAAATTGATTTTAAAAATGCAGCCAAACAGGCCTGGGGCACCGGACAGACCCCCGTCTCAGCAGTATTCTCCATTTTCAGTTCCAGGTTCAG
CATCAGGGATGGCATCGAGACCTTTCCTACCAGGTTCAACACAGCCAATGAGGCCAGAGCAACCTCCTAGTCAACCTGTTTATCCCCCAGGAACTCCTATCCAAGGCTTTTCTGTAGTCCCACCATCCTCAACTCCTTTTGCAGGACCAGAACAGAACTATCCGAGAACAACACCACCAGTAAGGTCAAATGGTCCCGTT
GTACCATTTCAGCTATCCCCGAATTTACCACCACCAAGGGGAGGTCCTCCATCTTTTGTTCATCCCACACCAGGTGGCCCCATGATAGCTCAGCCGATGGTGCCTCCACCGGGGTCATCAGCAGTCCAGCAGATTGCACCTACTTCAGGTCCACGGCCGCCTCCTGTGCCATCATCTGCCTCTGTACCAATGGGCCCTCC
ACTGCAGTCAGCAAATTATATGTCACTGGGAGGGAATTTCCCTCCACCAACAAATCAGTCTTCATTAGAATATCCACCAGGCAGAACATCATCGATTCCTATCTCTGGACCACCTATGCCGCATTCGGTTAGTCAACCATATCAAGGTGGACAAGGTGGCCAGGTCCCTTTTTTTGCTCCACGAACCGCATTTCCTAGTC
CTCAGCCTGGGATTCCTGCCCAACAACATTTTCCCCAGCAAGGAGGTCCACTGGCATATCCCGGCGCTGTGTCACAACCACCTATGCTGTCTTCCTATATGGATGCTCAGAAAGCAAGAGCACCACCTTCATATCCAATGGCAGTACCTCCTGCAGGGGGCATTCAAGGATTGGTTGAGGAGTTCCAGTCATTGTCTGTG
GGGTCTGTTCCCGGATCCATTGATGCAGGAGTTGATCCCAATTTGCTGCCACGACCACTGGATGAAGCAGACATAGAGGGCACATCCTCAAGTTCTTTATACATGTCAAATTGTCATCCAAGGCATCTTCGGTTTACAACAAATGCAATACCAAATTCCCAGTCATTGATGGCTCGGTGGCATCTGCCTCTTGGGGCTGT
GGTTCATCCTCTCGCAGAACCTCCAAATGGGGAGGAGATACCTGTTGTCGATTTTGGTTCCTCTGGAATTGTGAGGTGTAGAAGATGTCGAACTTACGTTAACCCTTATGTCACATTCACTGATGGTGGCAGACGTTGGAGGTGCAATGTTTGCTCTTTGCTGAATGATGTTGCAGGAGAATATTTTTCACCTCTGGATG
TAAATGGTAGACGACGAGATGCAGATGAGCGTCCGGAACTTTCTAAGGGCAGTGTGGAATTTGTTGCACCAACTGAATATATGGTCCGACCACCAATGCCACCATTATATTTCTTCCTCATTGATGTCTCTCTGTCATCTGTTAGAAATGGCATGCTTAAGGTTGCAGCGGAGACGATAAAATCGTCTTTGGATAAGCTT
CCTGGTTTTCCCAGAACACAGATTGGATTTCTTACATTTGACAGTGCTTTGCATTTTTATAACCTAAAGTCGTCATTGACACAGCCTCAAATGATGGTTGTAGCAGATTTGGATGACCCATTTTTGCCATTGCCAGATGATCTGCTTGTGAATTTGTCTGATTCTCGACATGTGGTGGAAGCTCTGCTAGATAGTCTTCC
GTCAATGTTTGAGGAAAATACCAATATCGAGTCTGCTTTTGGACCTGCTCTTAAAGCAGCTTTCATGGTCATGAGCCAACTTGGGGGAAAGCTGCTCATTTTTCAGAGCACTTTACCTTCTCTTGGGGTTGGACGTCTAAAGCTAAGGGGGGATGATCCACGCATTTATGGTACAGATAAAGAGCACACAGTTCGGGTTG
CAGAGGACCCATTCTATAAACAGATGGCTGCAGATCTTACAAAATATCAGATTGGGGTGAATCTATATGCATTTAGCGATAAATATACAGATATAGCTTCCTTAGGTACTTTATCAAAATATACAGGTGGCCAGGTTTATTATTACCCATCCTTTCAGGCGAGTCTTTACAAGGAAAAGTTTAGCCATGAACTGGCTAGA
GATCTAACAAGAGAGACTGCATGGGAAGCTGTTATGCGCATACGATGTGGGAAAGGTGTACGATTTACAACTTATCATGGACATTTCATGCTAAGGTCTTCAGATTTATTGGCACTTCCAGCTGTTGATTGTGACAAAGCTTTTGCAATGCAGCTAACATTGGAGGACACCCTCTTGACAACCCAGACTGTCTATTTTCA
AGTTGCTCTCCTATATACATCATCCTCAGGTGAAAGACGTATACGGGTTCTTACAACGGCTGTCCCTGTAGTGTCAGACCTAGGTGAAATGTATCGCAATGCCGATACAGGGGCCATAATAAGTTTAATGAGCAGACTTGCAATTGAGAAAACTTTATCTCATAAGTTGGAAGAAGCACGCCATGTTACACAGTTGAGGA
TTGTAAGAAGTTTACAAGAGTACCGAAATCTGTTTGCTGTGCAACATCGTTTGGCTGGACGGCTTATTTATCCAGACTCATTAAAACTTTTACCTCTTTATGGACTTGCTCTGTGTAAGTCCTTAGCTCTAAGAGGAGGATTTGCAGATGCCCACATTGACGAGCGCTCTGCAGCTGGTTTTAATATGATGATCATACCC
ATTAAGAGACTACTGAAGCTTCTTTATCCATCTTTGGGACGCCTTGATGAATATTTGCTAAAGGGTCCTGTTATGGGTGGAGATGATGCCAAAGGTTCACTTCAACGTCTGGTGTTGTCTGCTGAGAGATTGGATCCCAGAGGGGCCTTTTTGTATGATGATGGTTTTCGCTTTGTTCTTTGGTTGGGGAAAGTATTGCC
GACAGAATTCATTAAAAATTTGCTTGGAGTTGAAGCAGCCAATAGCCCTGATCTATCAAAGGTACCAGTAATTGAGCAGAATAATGAGCTCTCAAGAAAGCTCTTGGTCACTTTAAATACGTTGAGAGAGAGAGATCCTGCATTTTATCAGCATTGCTATCTATTAAGACAGGGGGAGCAACCAAGAGAAGGTTCTCTCC
TATTATTCAATCTCGTGGAAGATCAGATTGCAGGGACCAGTGGATATGTAGAATGGCTTCTTCAGATACATCGCCAAGTTCAGCAAAAGTGATAAGGATTTCTAAAATAACCATTGAGGCGGTTTTCTTGTGTGCATTCTAAGTTTCCAGAAACTGTTTGTCAAGAAGCATATAAAAGTTAGGGTAATTTGCCATTGCCT
GTTTCAGTTTCTTATTTGTTTTGAATTTCAGGTAGTAGCCTATGATCATTATTTGTCAAAAGTCAACTGCTTCTTTATGCACATTATTCTTCCGGTTCTTGTATCTTTTACCTTTGATTAATTGTTCTTCTAGTGGATATTTGCCTTGGTGCTTTCTATGTAATGTAGCAGAGAGCATACCTGGAGAAAGGACAACTACA
TTTGTCTCTAAAAATTTTGTTTTTTAACGATTTCTTATAATTTATTTACATGTTGCTTATCAGTTTCCTCACTCAAAGGCTCTCTCATGTAATAGAAATCACAGATGGCATTTTTTTTATTTGTCATTTACCAATGCAACCTGTAATGTCTTATGTCTTGCATCAGCAAAACATATGGTTGGTGCTTCGGTGAGGGATTA
TTATACTGTTGACAGTAATCATTCCTTTGTGC


>TRINITY_DN120068_c0_g1_i4 from sample A2 / Example unspliced isoform:
CTCGTGTCTCATAAGTTGTCGCTAGCAGAGAAATTAGTCACTGATCACGGTTTCGAATCTCGCGGCCACCATTCGCTACCGCCCCTCACATTACATATCTGACGACGGTTGCCGTAGAATTCCGGCCTGAAATCTCTGTCATATAACGGCAACCGAAGCTCACCCGGCTCTATTTTTTGCTTGGTTAATTTTAATTTCGT
CAGTTCTTTTTTTTTCCCGTGTGGCATGCCAGTGCGTCTGCCCTATGACGACGTGACGGCTTTTTTAACCGGGACCCTGCAAATTCGCCATAAATCTTCGTTCCGGGAAGCTCCGTTTTTCTATTAGAAAACCCTTCACAGTGAGCTTCGGGAACATTCTCTGCATAATTCTCGACGACGGAAAAAATCCAGAACATATC
CGATCCGGCGATCTGATCTGCAAGCAGTGAAGATTCCGTTCCATACCCCAATTTGCTTTCAAATTCAAACGCCGGGGTTTATTAAAAGATGTGGTAAGGCGAGCCGTTGAAATTGATTTTAAAAATGCAGCCAAACAGGCCTGGGGCACCGGACAGACCCCCGTCTCAGCAGTATTCTCCATTTTCAGTTCCAGGTTCAG
CATCAGGGATGGCATCGAGACCTTTCCTACCAGGTTCAACACAGCCAATGAGGCCAGAGCAACCTCCTAGTCAACCTGTTTATCCCCCAGGAACTCCTATCCAAGGCTTTTCTGTAGTCCCACCATCCTCAACTCCTTTTGCAGGACCAGAACAGAACTATCCGAGAACAACACCACCAGTAAGGTCAAATGGTCCCGTT
GTACCATTTCAGCTATCCCCGAATTTACCACCACCAAGGGGAGGTCCTCCATCTTTTGTTCATCCCACACCAGGTGGCCCCATGATAGCTCAGCCGATGGTGCCTCCACCGGGGTCATCAGCAGTCCAGCAGATTGCACCTACTTCAGGTCCACGGCCGCCTCCTGTGCCATCATCTGCCTCTGTACCAATGGGCCCTCC
ACTGCAGTCAGCAAATTATATGTCACTGGGAGGGAATTTCCCTCCACCAACAAATCAGTCTTCATTAGAATATCCACCAGGCAGAACATCATCGATTCCTATCTCTGGACCACCTATGCCGCATTCGGTTAGTCAACCATATCAAGGTGGACAAGGTGGCCAGGTCCCTTTTTTTGCTCCACGAACCGCATTTCCTAGTC
CTCAGCCTGGGATTCCTGCCCAACAACATTTTCCCCAGCAAGGAGGTCCACTGGCATATCCCGGCGCTGTGTCACAACCACCTATGCTGTCTTCCTATATGGATGCTCAGAAAGCAAGAGCACCACCTTCATATCCAATGGCAGTACCTCCTGCAGGGGGCATTCAAGGATTGGTTGAGGAGTTCCAGTCATTGTCTGTG
GGGTCTGTTCCCGGATCCATTGATGCAGGAGTTGATCCCAATTTGCTGCCACGACCACTGGATGAAGCAGACATAGAGGGCACATCCTCAAGTTCTTTATACATGTCAAATTGTCATCCAAGGCATCTTCGGTTTACAACAAATGCAATACCAAATTCCCAGTCATTGATGGCTCGGTGGCATCTGCCTCTTGGGGCTGT
GGTTCATCCTCTCGCAGAACCTCCAAATGGGGAGGAGATACCTGTTGTCGATTTTGGTTCCTCTGGAATTGTGAGGTGTAGAAGATGTCGAACTTACGTTAACCCTTATGTCACATTCACTGATGGTGGCAGACGTTGGAGGTGCAATGTTTGCTCTTTGCTGAATGATGTTGCAGGAGAATATTTTTCACCTCTGGATG
TAAATGGTAGACGACGAGATGCAGATGAGCGTCCGGAACTTTCTAAGGGCAGTGTGGAATTTGTTGCACCAACTGAATATATGGTCCGACCACCAATGCCACCATTATATTTCTTCCTCATTGATGTCTCTCTGTCATCTGTTAGAAATGGCATGCTTAAGGTTGCAGCGGAGACGATAAAATCGTCTTTGGATAAGCTT
CCTGGTTTTCCCAGAACACAGATTGGATTTCTTACATTTGACAGTGCTTTGCATTTTTATAACCTAAAGTCGTCATTGACACAGCCTCAAATGATGGTTGTAGCAGATTTGGATGACCCATTTTTGCCATTGCCAGATGATCTGCTTGTGAATTTGTCTGATTCTCGACATGTGGTGGAAGCTCTGCTAGATAGTCTTCC
GTCAATGTTTGAGGAAAATACCAATATCGAGTCTGCTTTTGGACCTGCTCTTAAAGCAGCTTTCATGGTCATGAGCCAACTTGGGGGAAAGCTGCTCATTTTTCAGAGCACTTTACCTTCTCTTGGGGTTGGACGTCTAAAGCTAAGGGGGGATGATCCACGCATTTATGGTACAGATAAAGAGCACACAGTTCGGGTTG
CAGAGGACCCATTCTATAAACAGATGGCTGCAGATCTTACAAAATATCAGATTGGGGTGAATCTATATGCATTTAGCGATAAATATACAGATATAGCTTCCTTAGGTACTTTATCAAAATATACAGGTGGCCAGGTTTATTATTACCCATCCTTTCAGGCGAGTCTTTACAAGGAAAAGTTTAGCCATGAACTGGCTAGA
GATCTAACAAGAGAGACTGCATGGGAAGCTGTTATGCGCATACGATGTGGGAAAGGTGTACGATTTACAACTTATCATGGACATTTCATGCTAAGGTCTTCAGATTTATTGGCACTTCCAGCTGTTGATTGTGACAAAGCTTTTGCAATGCAGCTAACATTGGAGGACACCCTCTTGACAACCCAGACTGTCTATTTTCA
AGTTGCTCTCCTgtatccttttttatgaaaaattgaagttcttacgagacactgcagatgagctcttatggagcaaaacatgtttaatggaactcacttttgtagttattgttgcaaagcatttctatttattgctgatatgccatcaacttcatatcaggcttggggctttggtctttttggtgtttgtagccttctca
gggttatagcttctttcatctgcctgtggccaagtaaaacatagtgcctgatcttctacatgttttcctttcaatatagagtattttcttttaatttagatatctagctatggtatttactcttttttggtatatatatgtaaactgcctcttgaacactggatacttctcttttacttgtttaagtgcaggagttgcca
ttatttccaaaacagggaggaggggatgctgtaaagtgtattgcttttgttaaaaagtttaaaaagtaattgctccttaacaaactacagATATACATCATCCTCAGGTGAAAGACGTATACGGGTTCTTACAACGGCTGTCCCTGTAGTGTCAGACCTAGGTGAAATGTATCGCAATGCCGATACAGGGGCCATAATAA
GTTTAATGAGCAGACTTGCAATTGAGAAAACTTTATCTCATAAGTTGGAAGAAGCACGCCATGTTACACAGTTGAGGATTGTAAGAAGTTTACAAGAGTACCGAAATCTGTTTGCTGTGCAACATCGTTTGGCTGGACGGCTTATTTATCCAGACTCATTAAAACTTTTACCTCTTTATGGACTTGCTCTGTGTAAGTCC
TTAGCTCTAAGAGGAGGATTTGCAGATGCCCACATTGACGAGCGCTCTGCAGCTGGTTTTAATATGATGATCATACCCATTAAGAGACTACTGAAGCTTCTTTATCCATCTTTGGGACGCCTTGATGAATATTTGCTAAAGGGTCCTGTTATGGGTGGAGATGATGCCAAAGGTTCACTTCAACGTCTGGTGTTGTCTGC
TGAGAGATTGGATCCCAGAGGGGCCTTTTTGTATGATGATGGTTTTCGCTTTGTTCTTTGGTTGGGGAAAGTATTGCCGACAGAATTCATTAAAAATTTGCTTGGAGTTGAAGCAGCCAATAGCCCTGATCTATCAAAGGTACCAGTAATTGAGCAGAATAATGAGCTCTCAAGAAAGCTCTTGGTCACTTTAAATACGT
TGAGAGAGAGAGATCCTGCATTTTATCAGCATTGCTATCTATTAAGACAGGGGGAGCAACCAAGAGAAGGTTCTCTCCTATTATTCAATCTCGTGGAAGATCAGATTGCAGGGACCAGTGGATATGTAGAATGGCTTCTTCAGATACATCGCCAAGTTCAGCAAAAGTGATAAGGATTTCTAAAATAACCATTGAGGCGG
TTTTCTTGTGTGCATTCTAAGTTTCCAGAAACTGTTTGTCAAGAAGCATATAAAAGTTAGGGTAATTTGCCATTGCCTGTTTCAGTTTCTTATTTGTTTTGAATTTCAGGTAGTAGCCTATGATCATTATTTGTCAAAAGTCAACTGCTTCTTTATGCACATTATTCTTCCGGTTCTTGTATCTTTTACCTTTGATTAAT
TGTTCTTCTAGTGGATATTTGCCTTGGTGCTTTCTATGTAATGTAGCAGAGAGCATACCTGGAGAAAGGACAACTACATTTGTCTCTAAAAATTTTGTTTTTTAACGATTTCTTATAATTTATTTACATGTTGCTTATCAGTTTCCTCACTCAAAGGCTCTCTCATGTAATAGAAATCACAGATGGCATTTTTTTTATTT
GTCATTTACCAATGCAACCTGTAATGTCTTATGTCTTGCATCAGCAAAACATATGGTTGGTGCTTCGGTGAGGGATTATTATACTGTTGACAGTAATCATTCCTTTGTGC



Intron 3 GTGAATCTAT ... GCTTCCTTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A164.7671155106
A269.2759143123
A372.284212099
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A866.0472157123
A967.0488199159
A1068.8372172146



>TRINITY_DN45668_c0_g1_i1 from sample A10 / Example spliced isoform
GTGTCTCATAAGTTGTCGCTCGCAGAGAAATTAGTCACCGATCACGGTTTCGAATCTCGCGGCCACCATTCGCTACCGCCCCTCACATTACATATCTGACGACGGTTGCCGTAGAATTCCGGCCTGAAATCTCTGTCATATAACGGCAACCGAAGCTCACCCGGCTCTATTTTTTGCTTGGTTAATTTTAATTTCGTCAG
TTCTTTTTTTTCCCGTGTGGCATGCCAGTGCGTCTGCCCTATGACGACGTGACGGCTTTTTTAACCGGGACCCTGCAAATTCGCCATAAATCTTCGTTCCGGGAAGCTCCGTTTTTCTATTAGAAAACCCTTCACAGTGAGCTTCGGGAACATTCTCTGCATAATTCTCGACGACGGAAAAAATCCAGAACATATCCGAT
CCGGCGATCTGATCTGCAAGCAGTGAAGATTCCGTTCCATACCCCAATTTGCTTTCAAATTCAAACGCCGGGGTTTATTAAAAGATGTGGTAAGGCGAGCCGTTGAAATTGATTTTAAAAATGCAGCCAAACAGGCCTGGGGCACCGGACAGACCCCCGTCTCAGCAGTATTCTCCATTTTCAGTTCCAGGTTCAGCATC
AGGGATGGCATCTAGACCTTTCCTACCAGGTTCAACACAGCCAATGAGGCCAGAGCAACCTCCTAGTCAACCTGTTTATCCCCCAGGAACTCCTATCCAAGGCTTTTCTGTAGTCCCACCATCCTCAACTCCTTTTGCAGGACCAGAACAGAACTATCCGAGAGCAACACCACCAGTAAGGTCAAATGGTCCCGTTGTAC
CATTTCAGCTATCCCCGAATTTACCACCACCAAGGGGAGGTCCTCCATCTTTTGTTCATCCCACACCAGGTGGCCCCATGATAGCTCAGCCGATGGTGCCTCCACCGGGGTCATCAGCAGTCCAGCAGATTGCACCTACTTCAGGTCCACGGCCGCCTCCTGTGCCATCATCTGCCTCTGTACCAATGGGCCCTCCACTG
CAGTCAGCAAATTATATGTCACTGGGAGGGAATTTCCCTCCACCAACAAATCAGTCTTCATTAGAATATCCACCAGGCAGAACATCATCGATTCCTATCTCTGGACCACCTATGCCGCATTCTGTTAGTCAACCATATCAAGGTGGACAAGGTGGCCAGGTCCCTTTTTTTGCTCCACGAACCGCATTTCCTAGTCCTCA
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>TRINITY_DN45668_c0_g1_i2 from sample A10 / Example unspliced isoform:
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