sp|Q9SIC9|PP178_ARATH ----> Pentatricopeptide repeat-containing protein GUN1, chloroplastic

Intron 1 GTATTAATCA ... ATGCTTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	56.5	87	105	121
A2	60.62	76	108	126
A3	59.76	67	98	101
A4	52.65	76	80	89
A5	72.09	18	44	49
A6	60.38	21	32	32
A7	65.97	57	98	123
A8	57.78	38	44	60
A9	69.45	42	85	106
A10	62.14	53	73	101

>TRINITY_DN46667_c0_g1_i11 from sample A7 / Example spliced isoform

TAAAAGAAAGACCTATAAATTAAAAAGGTCATGTGACTGGTAGAAAAGTGTATTCAAGTGGAAACTCCTCCGATGGACAGCGGAAAATATGGAGCGGCCCAATCGATGCAGTGGGCAAATTGAGGCCGGAGAAAAATCGAATTTTTTTTTCCTCCATAAAATACCATAATAGAAACAAACAAAGCCTTACAACTTTTCTC
CTCTGCCATTCGTTCCGATTATATTGGGAAAGGGGTCGAGGGTTCCAATCCCCTGGGTTCCACCTGCGACTCCCAAACCCTCAATTAACGCAATTCCAAATACAGCGATACGTGCGGAGGTTGCCAGATCCACAGTCGAAGAAGAGCAAGAGAAGGAGGAAGCTGGGAAAAATGTTTTGGCGGATGACTGGTTTCTCGCC
TCCATCAGCGGTGGATTCAATTTTGGACAAAGAAACATGTACAGTTGAAGACCTCTTTGATGAGGAGGAAATTATTCAAGAATGCAAGACTATCAACAATCGCCTTATTAATTTTCTTCGAGGTAAGGAACAGATGCAACAAATGCTATGTTACATTGTACAAGAGGCACCAGAAGGTGCAGAAAGTAAACGAGCTTTCA
GGTTTCCATTTATAGCTTGTGAGATATTCACTTGTGAAATTGACATTATTCTCAAGGCACTGGTTGAAGAGGAAGAGTTAATGAATTTACTGTTTTCCTTCTTGGAATCCGACCGGCTCCATGGGACCTTGCTGGTTGGATACTTTAGCAAGGTTGTAATATGCTTGTTGTTAAGAAAGACAGTCGCTACCATCCGATAT
ATTCAAGCACATCAAGAGATACTGGCTAAGTTGGTGAATTTGATTGGTATCCCATCAATCATGGAGATGCATTGAGCTCATCGAGTTGTCCTGGAGTACATCAAAATGCAGCAGAAACACTTTGTGCTATAACTCATCTTGCTCCATCCGCACTGGCCTTGAGGCTTTCCAGCCCAAGCTTTGTTGAAAGGATTTTTTGT
AATGCCTTAGAGAGCCCACAATTAGCAGCAGGGTCTCGGCGACCCCTAATGCATTACCCTGGGGAAGGCCGCCCGAATTTCAAGAAAATCATGATCACCAGTGGAGTGCACAGAGAATCGTGGTGGGTGCAGGAGGAGCACGCAAGAGTAGTAGCAATGGAGGAGGTATGTGTACGTGTCCCGAGCTTCCCACATATTAT
TCAATCCCCGAATTCGATGCCCGACCCGAGGTTGAGCTTGGATCACATTTCTGTGGTAGGAGGTCCACTAGATTTGTGTCAAAAATGCATTTTGGCAGACCCAAAATCTGTTCAGGTAAACACAACAAACTTACAAAGGTAGCTTTGGACCAGGCTCTCCACATTGACCCCAGGGACAATATTGCCTCTCTGCTGACCTA
TTGGTCCCCCAAGCTTTCCGGATCTGAGGATTATGCTTATATTATCAGAGAGCTGGGGAACAAAGCAGAGTGCAAAAAGGCAATTGAATGCTTTGAGTGGGCAGTTTCCCGCGAAAGGAGAAGAAATGAGCAAGGGAAACTGCTGAGCATTCTGATCATCATTTTGGGTCAACATGGGAGGGTGGGGTTTGCAAGGAAAG
TCTTTGATAAAGCCAAAGCAGAGGGCTATGGAAACACTGTTTTTGCCTTCTCTTCTCTCATCAGTTCCTATGGCCGCAGTGGTCTATGCAAGGAAGTCGTTGGTGTCTTTGAGTCAATGAAGCGGTCTGGCTGTAAGCCAAACCTTGTTTCTTATAGTGTTGTTGTTGATGCTTTTGCCAAGGGGGGTGTGGATTTCAAG
CAAGCCTTGGAAGCTTTTGATGAAATGATAAGGGAAGGAGTGCAACCTGACCAAATTACATTCAATTCTCTTCTCGTTGTTTGTGTTCAAGGGGGGTTATGGGAAGAGGGGTTGTGGGAAGAGGCTCATGGTATGTTTGAAGAGTTGCTGTATCGAGGAATTGTTCCCGACATTTTCACTTACAATACTGTCAGATGCAC
TTTGTAAAGGAGGGAAGATGGACATGCTGCTTTTATTATGTCTGGAATGCCACGAAATAATATTTGGCCTAATGTTGTCACTTACAGTACTGTAATTGATGGGTATGCTAAAGCCGGACAGCTCGACGCGGCACTGGGGTTATACCACGAGATGAAGTGTGCTGGCATTGATCTTGACAGAGTTTCTTACAACACTCTGT
TGTCCATTTATGCCAAGCTTGGTAGGTTTGAAGATGCTTTTAGAGTTTGTGATGAGATGGAAAAGGCTGGTTTCAAGAAGGATACTGTAACATATAATGCTCTCTTGGGTGGCTATGGAAAACAGGGGAGGTACAACAAAGTAAAATCTCTGTTTGAAGAGATGAAGGCAGAGTCTATCGCTCCTAATGTGCTAACTTAC
TCTACTTTAATAGATATATATTCTAAAGGAGGATTACAGGCTGAGGCTAAGCACATTCTAAATGAGTTTGAACAGACTAGGTTAGAGCCAGATGTAGTGCTTTATAGTGCTCTGATTGATGCTTTATGTAAGAAGGGCTCAGTTGAAGGGGCCGTGGCTCTGTTGGATAAGATGACGAAGGAAGGTATAGCACCAAATAT
TGTTACTTATAACTCTATTATTGATGCCTTCGGGAGGAGTGGCCAGGTCCATCCCAGAAGTTGGTATGAGGGATCCTCTGAAATGGTTGTAGAAGATAAGACCCTGGACAAGTCTCTGAAAGATGGGGCAAACTAGAGTACAAAATGTTCACAAAAGGACAAAAACAAGGCAGATAATGCATTAACACCGGCTGGGCAGC
TTGGAATTGAGAGACCTCGTAGTATATATCTTTCTGGCTCCAAGGAGATGAAACAAAGGTCCAAGGAGATTTTGTGTACGGTGGAAATGTTTCATAAAATGCATGAGCTTGGAATCAAACCAAATGTAGTAACATTTTCAGCCATTCTAAATGCTTGCAGGGATGTGTGCCTCTTCTTAATAAATATATTTTGGAGGGCT
ACTTGCTGTGTGTTTTATTAGGTTAAAATATTTGAGCTATTTTGTTGATAATCCTCCTCAAATAAGCCTCAAGGATCCCTTTAAAGTATCAGGGTACCTATAGGAAGAGCGG

>TRINITY_DN46667_c0_g1_i13 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TAAAAGAAAGACCTATAAATTAAAAAGGTCATGTGACTGGTAGAAAAGTGTATTCAAGTGGAAACTCCTCCGATGGACAGCGGAAAATATGGAGCGGCCCAATCGATGCAGTGGGCAAATTGAGGCCGGAGAAAAATCGAATTTTTTTTTCCTCCATAAAATACCATAATAGAAACAAACAAAGCCTTACAACTTTTCTC
CTCTGCCATTCGTTCCGATTATATTGGGAAAGGGGTCGAGGGTTCCAATCCCCTGGGTTCCACCTGCGACTCCCAAACCCTCAATTAACGCAATTCCAAATACAGCGATACGTGCGGAGGTTGCCAGATCCACAGTCGAAGAAGAGCAAGAGAAGGAGGAAGCTGGGAAAAATGTTTTGGCGGATGACTGGTTTCTCGCC
TCCATCAGCGGTGGATTCAATTTTGGACAAAGAAACATGTACAGTTGAAGACCTCTTTGATGAGGAGGAAATTATTCAAGAATGCAAGACTATCAACAATCGCCTTATTAATTTTCTTCGAGGTAAGGAACAGATGCAACAAATGCTATGTTACATTGTACAAGAGGCACCAGAAGGTGCAGAAAGTAAACGAGCTTTCA
GGTTTCCATTTATAGCTTGTGAGATATTCACTTGTGAAATTGACATTATTCTCAAGGCACTGGTTGAAGAGGAAGAGTTAATGAATTTACTGTTTTCCTTCTTGGAATCCGACCGGCTCCATGGGACCTTGCTGGTTGGATACTTTAGCAAGGTTGTAATATGCTTGTTGTTAAGAAAGACAGTCGCTACCATCCGATAT
ATTCAAGCACATCAAGAGATACTGGCTAAGTTGGTGAATTTGATTGGTATCCCATCAATCATGGAGgtattaatcaggctagttggagctgacaatcatatgtatacatatcatgtcgatgctttgcaatggttagctgatactaacttgctagaaatgcttgtagATGCATTGAGCTCATCGAGTTGTCCTGGAGTACA
TCAAAATGCAGCAGAAACACTTTGTGCTATAACTCATCTTGCTCCATCCGCACTGGCCTTGAGGCTTTCCAGCCCAAGCTTTGTAGAAAGGCTTTTTTGTAATGCCTTAGAGAACCCACAATCAAAATCTACATTAGTGCATTCATTGTCTGTATGTATCTCCTTGTTGGACCCAAAGAGATCAACATATGCAGCAGCTG
GTGCAGTTTGGGGAAATCACATCAGTGAGCCAGTTATAGCACCAAATCCTGAGACAGTGGATGGCATGCTACATGGCCTTGGTCAATTGCTAGAGCTGTTGAATGTGTCTTCTGATGCAAATGTCCTCCCTACCACCTATGGAGAATTAAGACCTCCTTTGGGAATACATCGTTTAAAGATAGTGGAATTCATCGCGGTT
TTGTTGAAGAGTGGGAGTGAAGTTGCTTGGCAGGAGTTGGTTCGTTTGGGTGCTATTCAGACAATTATAAAACTTTTTTTCGAATATCCCTTCAACAATAGTCTGCATCATTATGTTGAGTGTATCATAAGCTCATGCTTGGAAAGCAACAGTACTATTGTTATTGATCACCTGTTCCAAGATTGTGATTTGATGGGGAA
ACTTCTGGCAGCAGATGAAAAGCCCTTTGTTATTGATGATCCCAGCAAGCCAATAGCATCTACACGTGGTAAATCTCCTCCAAGGACAGGAAATATGGGACATATTACACGAATTGCAAACAGGTTGTGTCATATTGGGAATAACAATATCCAGATACAAGCCTATCTACAGGCAAACCCTAACTGGAACGTGTGGCAAA
TGACCACTCTTCAAAGCCGTAATACAGTGCAGAACGTCTTACAATGGGCATGCGGCCGCCCAACTACAATACAGGAGCGGAATTTGGACAATGATGAAGATGAATTTCGTGACAGAGATTATGATATATCAGCAATGACAAATAATTTAGCTGAAGCTTTTCGCTATGGAATGGTGGAGAACGAGGATATTGGAGATGTC
CGTGGAACCACTGACAAAGATGATGAGGATGTCTTCTTTGATGATGAGTCTGCAGAAGTAGTTGTCTCATCTCTCCACGTGGGAGAAGAGGATGAAAGTGGACAATTGAAAGATACAGTGTTTACAAATCCTAACTGGTTTGCTTTCCAAGACGAGGGATCTAAAGAATCGCCACCTACATTTCTTGTTTCCTCTCCCAT
ACGGATAGATGATAACCAGATAAATAGCATGATGACCTCGGATACTACTGATGGCAGTAATGGAAGTGATGATGAGGTCGTGGTAGGAGAAGATGAGGAGATAATAGATACTTCTACTTCCAATAGTTCATTTGCAACAACCTTTGATACGGCATTTTGTAATGACTCACCACAATCTACTAATTTAGTTGAGGATCTGT
CATTGGAATTGGAGAAGGTTGACATATCAGATAATTCATCTCCATTTCAATGTGAAGAAAGAATTCTGGGCATGTGTTCTGTTAAAACTCCAGACTGGGTGGGATGGAGGGAATCTGAAGATTTGGAAGGCACTTCTGGAAGAAATCAGCTCAGCAAGAATAATCCTTCAGAGATGGAGATGGCAAATGCGGCAGAGACA
GGATATGGATCTACCTTATCTCCACCTGACCAAGGATGTGCCATTGAAATGGATGCCGAGAGTAGCAAGGGGGCACTAGATGAAAGTTCCAGTGCATCGCTAAAGGAAGGGTCAGAAGCAGAGGGATTAAGGGGTAGAATGGGATTACCTTCATTTGTTGAGAATGTGGAATTTGTGGGAGTGGAGGTATAGGGTACAAG
AAGGGCGACAAAATGTTATTTGGAGAGGAGTGAGGAAGGCTGCACAAGGGAAACGGAATGATGCTGTACTCCAATTTGATGTTACCAAAAATCCATTTGAAATTCTGATGTTAATGCCATTAGCTACTGGCATGGTGATTATGAGCAGACCGTGGCTTGGCATGAACCTTTGTAACTTAACATAAAATAGCTATTTTGTT
GTATATCCAAGCACAGGAAACTTAGACAGGAAACCAAGAAGTTTTTTGTATAGAACGCACTTCAAATGTTGGGAAAATTATTTTCATAAAGTGGATTGCAGTAATGGCTTTCAACATAGTATAAGGATTTCATGCCCAAGCTTCTTAATTTATTTGCATGTTACAGTTTTTGTTTTCTTTCTGTTCACAAGGGTCCATGA
TCATCAAGTTATTGCATTAGTCATGTAGTTAAACATTTTGCCAT

Intron 2 GTAGGTCCTG ... TTTGCTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	14.22	187	1	31
A2	9.49	124	0	13
A3	20.55	174	0	45
A4	18.02	91	1	20
A5	19.3	46	0	11
A6	14.73	191	0	33
A7	15.6	368	0	68
A8	16.4	265	0	52
A9	16.8	322	0	65
A10	10.99	332	0	41

>TRINITY_DN118044_c0_g2_i4 from sample A3 / Example spliced isoform

GTTTGGGTAAGGTCGTGACGCTGCCAGCAGCCTCTGGGAAGAAGCGTGTGAAAGAACGAGGGAGATAAAACAGATTGAGTATCTTTGACCATCAAAGAATTTCAGCCGTATTAATAGGAGGATATCCACATGATACGGTGAAGGGAAGAGAGTCATCGGGGGAGCAAGAATTTCCAAGATATGGCATCCTCCATTAACGG
CACTCCTCCTCATCCAAACTCGAATTGCTCAATTACATCAGCAGCAGGGCCGGGGCGACCCCCTAATGCATTTCCCCGGGGAAGGCCGCCAGAATTTCAAGAAAACCATCATCACCAGTGGAATGCACAGAGAATCGTGGTGGGTGCAGGAGGAGCACGCAAGAGTAGCAGCAATGGAGGAGGTATGTGTACACGTCCCG
AGTTCCCCACATATTATTCAATCCCCGAATCCGATCCCCGACCCCAGGTTGAGCTTGGCTCACATTTCTGTGGTAGGAGGTCCACTAGATTTGTGTCAAAAATGCATTTTGGCAGACCCAAAATCTGTTCAGGTAAACACAGTAAACTTGCAGAGGTAGCTCTGGACCAGGTTCTCCACATTGACCCCAAGGACAATATT
GCCTCTCTGCTGACCTATTGGTCTCCCAAGCTTTCTGGGTCTGAGGATTATGCTTATATTCTCAGAGAGCTGGGGAACAAAGCAGAGTGCAAAAAGGCAATTGAATGCTTTGAGTGGGCAGTTTCTCGTGAAAGGCGAAAAAATGAGCAAGGGAAACTGTTGAGCATTCTGATAAGCATTTTGGGTCGGCATGGGAGGGT
GGGGCTTGCAAGGCAAGTCTTTGATAAAGCCAAAGCAGAGGGCTATGGAAACACTGTTTTTGCCTTCTCTGCTCTCATCAGTGCCTATGGCCGCAGCGGTCTGTGCAAGGAAGCCATTGGTGTCTTTGAGTCAATGAAGAGGTCTGGTTGTAAGCCAAACCTTGTTTCTTATAATGCTGTTATTGATGCTTTTGCCAAGG
GGAGTGTGGATTTCAAGCAAGCCTCTGAAGCTTTTGATGAAATGATAAGGGAAGGAGTGCAACCTGACCGAATTACATTCAATTCTCTGCTCTCTGTCTGTGTTCGAGGGGGGTTATGGGAAGATGCTCATGCTATGTTTGAAGAGTTGCTGTATCGAGGAATTGTTCCCGACATTTTCACTTACAATACTCTGTTAGAT
GCACTTTGTAAAGGAGGGCAGATGGACATGGCTGCTTTTATTATGTCTGGAATGCCACGAAATAATATTTGGCCTAATGTTGTCACTTACAGTACTGTAATTGATGGGTATGCTAAAGCCGGACAGCTCGACGCGGCACTGGGGTTATACCACGAGATGAAGTGTGCTGGCATTGATCTTGACAGAGTTTCTTACAACAC
TCTGTTGTCCATTTATGCCAAGCTTGGTAGGTTTGAAGATGCTTTTAGAGTTTGTGATGAGATGGAAAAGGCTGGTTTCAAGAAGGATACTGTAACATATAATGCTCTCTTGGGTGGCTATGGAAAACAGGGGAGGTACAACAAAGTAAAATCTCTGTTTGAAGAGATGAAGGCAGAGTCTATCGCTCCTAATGTGCTAA
CTTACTCTACTTTAATAGATATATATTCTAAAGGAGGATTACAGGCTGAGGCTAAGCACATTCTAAATGAGTTTGAACAGACTAGGTTAGAGCCAGATGTAGTGCTTTATAGTGCTCTGATTGATGCTTTATGTAAGAAGGGCTCAGTTGAAGGGGCCGTGGCTCTGTTGGATAAGATGACGAAGGAAGGTATAGCACCA
AATATTGTTACTTATAACTCTATTATTGATGCCTTCGGGAGGAGTGGCCAGGTCCATCCCAGAAGTTGGTATGAGGGATCCTCTGAAATGGTTGTAGAAGATAAGACCCTGGACAAGTCTCTGAAAGATGGGGCAAACCAGAGTACAAAATGTTCACAAAAGGACAAAAACAAGGCAGATAATGCATTAACACCGGCTGG
GCAGCTTGGAATTGAGAGACCTCGTAGTATATATCTTTCTGGCTCCAAGGAGATGAAACAAAGGTCCAAGGAGATTTTGTGTACGGTGGAAATGTTTCATAAAATGCATGAGCTTGGAATCAAACCAAATGTAGTAACATTTTCAGCCATTCTAAATGCTTGCAGGTATGTTTCCATCTTATTTCTCCTTTCTGTCAATA
GATGTCAAGTTAGAATATTGTTTTTGTCTGATGCCTTTAAATGAGAACTTTTTGCATGCAGGGATGTGTGCCTCTTCTTAATTAATATATTTTGGACGGCTACTTGC

>TRINITY_DN118044_c0_g2_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GCCTTCGGGAGGAGTGGCCAGgtaggtcctgcagctccaagttcacagcataggcaatggagttcttttcataatatctgacttatagtactttaaaatctgttttaacattttaaaggtaagtgttttcatcttgggcctttgcttcagGTCCATCCCAGAAGTTGGTATGAGGGATCCTCTGAAATGGTTGTAGAAGA
TAAGACCCTGGACAAGTCTCTGAAAGATGGGGCAAACCAGAGTACAAAATGTTCACAAAAGGACAAAAACAAGGCAGATAATGCATTAACACCGGCTGGGCAGCTTGGAATTGAGAGACCTCGTAGTATATATCTTTCTGGCTCCAAGGAGATGAAACAAAGGTCCAAGGAGATTTTGTGTACGGTGGAAATGTTTCATA
AAATGCATGAGCTTGGAATCAAACCAAATGTAGTAACATTTTCAGCCATTCTAAATGCTTGCAGTCGTTGTCGATCCTTTGAAGAAGCTTCCATGTTGTTGGAAGAGCTGTACTTCTTTGATAGTCGTGTGTATGGTGTAGCACATGGGTTGCTAATGGGATTTCGTGAGAGAGTATGGGGGCATGCGCAAGAACTTTTT
GATGAAGTTACTCGGATGGATTCTTCCACTGCATCAGCCTTTTACAATGCTCTCACTGATATGCTATGGCATTTTGGCCAGGTTCATATAGTTCATTGCCTTAAGCTCTATTGTTTAGAGATTATTATATCCTAC

Intron 3 GTGTGGCTTT ... ATCTCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	13.07	133	8	20
A2	15.45	104	6	19
A3	13.08	93	2	14
A4	16.44	122	13	24
A5	24.29	53	10	17
A6	10.53	34	0	4
A7	11.88	89	0	12
A8	11.39	70	0	9
A9	11.21	95	0	12
A10	12	110	0	15

>TRINITY_DN106222_c2_g2_i11 from sample A5 / Example spliced isoform

GTGTATTCAAGTGGAAACTCCTCCGATGGACAGCGGAAAATATGGAGCGGCCCAATCGATGCAGTGGGCAAATTGAGGCCGGAGAAAAATCGAATTTTTTTTTCCTCCATAAAATACCATAATAGAAACAAACAAAGCCTTACAACTTTTCTCCTCTGCCATTCGTTCCGATTATATTGGGAAAGGGGTCGAGGGTTCCA
ATCCCCTGGGTTCCACCTGCGACTCCCAAACCCTCAATTAACGCAATTCCAAATACAGCGATACGTGCGGAGGTTGCCAGATCCACAGTCGAAGAAGAGCAAGAGAAGGAGGAAGCTGGGAAAAATGTTTTGGCGGATGACTGGTTTCTCGCCTCCATCAGCGGTGGATTCAATTTTGGACAAAGAAACATGTACAGTTG
AAGACCTCTTTGATGAGGAGGAAATTATTCAAGAATGCAAGACTATCAACAATCGCCTTATTAATTTTCTTCGAGGTAAGGAACAGATGCAACAAATGCTATGTTACATTGTACAAGAGGCACCAGAAGGTGCAGAAAGTAAACGAGCTTTCAGGTTTCCATTTATAGCTTGTGAGATATTCACTTGTGAAATTGACATT
ATTCTCAAGGCACTGGTTGAAGAGGAAGAGTTAATGAATTTACTGTTTTCCTTCTTGGAATCCGACCGGCTCCATGGGACCTTGCTGGTTGGATACTTTAGCAAGGTTGTAATATGCTTGTTGTTAAGAAAGACAGTCGCTACCATCCGATATATTCAAGCACATCAAGAGATACTGGCTAAGTTGGTGAATTTGATTGG
TATCCCATCAATCATGGAGGTATTAATCAGGCTAGTTGGAGCTGACAATCATATGTATACATATCATGTCGATGCTTTGCAATGGTTAGCTGATACTAACTTGCTAGAAATGCTTGTAGATGCATTGAGCTCATCGAGTTGTCCTGGAGTACATCAAAATGCAGCAGAAACACTTTGTGCTATAACTCATCTTGCTCCAT
CCGCACTGGCCTTGAGGCTTTCCAGCCCAAGCTTTGTAGAAAGGCTTTTTTGTAATGCCTTAGAGAACCCACAATCAAAATCTACATTAGTGCATTCATTGTCTGTATGTATCTCCTTGTTGGACCCAAAGAGATCAACATATGCAGCAGCTGGTGCAGTTTGGGGAAATCACATCAGTGAGCCAGTTATAGCACCAAAT
CCTGAGACAGTGGATGGCATGCTACATGGCCTTGGTCAATTGCTAGAGCTGTTGAATGTGTCTTCTGATGCAAATGTCCTCCCTACCACCTATGGAGAATTAAGACCTCCTTTGGGAATACATCGTTTAAAGATAGTGGAATTCATCGCGGTTTTGTTGAAGAGTGGGAGTGAAGTTGCTTGGCAGGAGTTGGTTCGTTT
GGGTGCTATTCAGACAATTATAAAACTTTTTTTCGAATATCCCTTCAACAATAGTCTGCATCATTATGTTGAGTGTATCATAAGCTCATGCTTGGAAAGCAACAGTACTATTGTTATTGATCACCTGTTCCAAGATTGTGATTTGATGGGGAAACTTCTGGCAGCAGATGAAAAGCCCTTTGTTATTGATGATCCCAGCA
AGCCAATAGCATCTACACGTGGTAAATCTCCTCCAAGGACAGGAAATATGGGACATATTACACGAATTGCAAACAGGTTGTGTCATATTGGGAATAACAATATCCAGATACAAGCCTATCTACAGGCAAACCCTAACTGGAACGTGTGGCAAATGACCACTCTTCAAAGCCGTAATACAGTGCAGAACGTCTTACAATGG
GCATGCGGCCGCCCAACTACAATACAGGAGCGGAATTTGGACAATGATGAAGATGAATTTCGTGACAGAGATTATGATATATCAGCAATGACAAATAATTTAGCTGAAGCTTTTCGCTATGGAATGGTGGAGAACGAGGATATTGGAGATGTCCGTGGAACCACTGACAAAGATGATGAGGATGTCTTCTTTGATGATGA
GTCTGCAGAAGTAGTTGTCTCATCTCTCCACGTGGGAGAAGAGGATGAAAGTGGACAATTGAAAGATACAGTGTTTACAAATCCTAACTGGTTTGCTTTCCAAGACGAGGGATCTAAAGAATCGCCACCTACATTTCTTGTTTCCTCTCCCATACGGATAGATGATAACCAGATAAATAGCATGATGACCTCGGATACTA
CTGATGGCAGTAATGGAAGTGATGATGAGGTCGTGGTAGGAGAAGATGAGGAGATAATAGATACTTCTACTTCCAATAGTTCATTTGCAACAACCTTTGATACGGCATTTTGTAATGACTCACCACAATCTACTAATTTAGTTGAGGATCTGTCATTGGAATTGGAGAAGGTTGACATATCAGATAATTCATCTCCATTT
CAATGTGAAGAAAGAATTCTGGGCATGTGTTCTGTTAAAACTCCAGACTGGGTGGGATGGAGGGAATCTGAAGATTTGGAAGGCACTTCTGGAAGAAATCAGCTCAGCAAGAATAATCCTTCAGAGATGGAGATGGCAAATGCGGCAGAGACAGGATATGGATCTACCTTATCTCCACCTGACCAAGGATGTGCCATTGA
AATGGATGCCGAGAGTAGCAAGGGGGCACTAGATGAAAGTTCCAGTGCATCGCTAAAGGAAGGGTCAGAAGCAGAGGGATTAAGGGGTAGAATGGGATTACCTTCATTTGTTGAGAATGTGGAATTTGTGGGAGTGGAGGTATAGGGTACAAGAAGGGCGACAAAATGTTATTTGGAGAGGAGTGAGGAAGGCTGCACAA
GGGAAACGGAATGATGCTGTACTCCAATTTGATGTTACCAAAAATCCATTTGAAATTCTGATGTTAATGCCATTAGCTACTGGCATGGTGATTATGAGCAGACCGTGGCTTGGCATGAACCTTTGTAACTTAACATAAAATAGCTATTTTGTTGTATATCCAAGCACAGGAAACTTAGACAGGAAACCAAGAAGTTTTTT
GTATAGAACGCACTTCAAATGTTGGGAAAATTATTTTCATAAAGTGGATTGCAGTAATGGCTTTCAACATAAC

>TRINITY_DN106222_c2_g2_i10 from sample A5 / Example unspliced isoform:

ACTTATCGTTCTCTTCACATTAAAATCATTGAATGTTCAAAAATCTCTAGTGTTGGTTGTCCCTAATTATGTCCATTACTGTTTTTTTCATTGTTCTAAATCGAGTTGTCCTGGAGTACATCAAAATGCAGCAGAAACACTTTGTGCTATAACTCATCTTGCTCCATCCGCACTGGCCTTGAGGCTTTCCAGCCCAAGgt
gtggctttggttgttaactattcctgtctgcaattgcttgattactgtataacttgtgttctatgattagagatctttatgacagtatcgctcagtgtattttgttttctgatcaaatttatctctgcagCTTTGTAGAAAGGCTTTTTTGTAATGCCTTAGAGAACCCACAATCAAAATCTACATTAGTGCATTCATTG
TCTGTATGTATCTCCTTGTTGGACCCAAAGAGATCAACATATGCAGCAGCTGGTGCAGTTTGGGGAAATCACATCAGTGAGCCAGTTATAGCACCAAATCCTGAGACAGTGGATGGCATGCTACATGGCCTTGGTCAATTGCTAGAGCTGTTGAATGTGTCTTCTGATGCAAATGTCCTCCCTACCACCTATGGAGAATT
AAGACCTCCTTTGGGAATACATCGTTTAAAGATAGTGGAATTCATCGCGGTTTTGTTGAAGAGTGGGAGTGAAGTTGCTTGGCAGGAGTTGGTTCGTTTGGGTGCTATTCAGACAATTATAAAACTTTTTTTCGAATATCCCTTCAACAATAGTCTGCATCATTATGTTGAGTGTATCATAAGCTCATGCTTGGAAAGCA
ACAGTACTATTGTTATTGATCACCTGTTCCAAGATTGTGATTTGATGGGGAAACTTCTGGCAGCAGATGAAAAGCCCTTTGTTATTGATGATCCCAGCAAGCCAATAGCATCTACACGTGGTAAATCTCCTCCAAGGACAGGAAATATGGGACATATTACACGAATTGCAAACAGGTTGTGTCATATTGGGAATAACAAT
ATCCAGATACAAGCCTATCTACAGGCAAACCCTAACTGGAACGTGTGGCAAATGACCACTCTTCAAAGCCGTAATACAGTGCAGAACGTCTTACAATGGGCATGCGGCCGCCCAACTACAATACAGGAGCGGAATTTGGACAATGATGAAGATGAATTTCGTGACAGAGATTATGATATATCAGCAATGACAAATAATTT
AGCTGAAGCTTTTCGCTATGGAATGGTGGAGAACGAGGATATTGGAGATGTCCGTGGAACCACTGACAAAGATGATGAGGATGTCTTCTTTGATGATGAGTCTGCAGAAGTAGTTGTCTCATCTCTCCACGTGGGAGAAGAGGATGAAAGTGGACAATTGAAAGATACAGTGTTTACAAATCCTAACTGGTTTGCTTTCC
AAGACGAGGGATCTAAAGAATCGCCACCTACATTTCTTGTTTCCTCTCCCATACGGATAGATGATAACCAGATAAATAGCATGATGACCTCGGATACTACTGATGGCAGTAATGGAAGTGATGATGAGGTCGTGGTAGGAGAAGATGAGGAGATAATAGATACTTCTACTTCCAATAGTTCATTTGCAACAACCTTTGAT
ACGGCATTTTGTAATGACTCACCACAATCTACTAATTTAGTTGAGGATCTGTCATTGGAATTGGAGAAGGTTGACATATCAGATAATTCATCTCCATTTCAATGTGAAGAAAGAATTCTGGGCATGTGTTCTGTTAAAACTCCAGACTGGGTGGGATGGAGGGAATCTGAAGATTTGGAAGGCACTTCTGGAAGAAATCA
GCTCAGCAAGAATAATCCTTCAGAGATGGAGATGGCAAATGCGGCAGAGACAGGATATGGATCTACCTTATCTCCACCTGACCAAGGATGTGCCATTGAAATGGATGCCGAGAGTAGCAAGGGGGCACTAGATGAAAGTTCCAGTGCATCGCTAAAGGAAGGGTCAGAAGCAGAGGGATTAAGGGGTAGAATGGGATTAC
CTTCATTTGTTGAGAATGTGGAATTTGTGGGAGTGGAGGTATAGGGTACAAGAAGGGCGACAAAATGTTATTTGGAGAGGAGTGAGGAAGGCTGCACAAGGGAAACGGAATGATGCTGTACTCCAATTTGATGTTACCAAAAATCCATTTGAAATTCTGATGTTAATGCCATTAGCTACTGGCATGGTGATTATGAGCAG
ACCGTGGCTTGGCATGAACCTTTGTAACTTAACATAAAATAGCTATTTTGTTGTATATCCAAGCACAGGAAACTTAGACAGGAAACCAAGAAGTTTTTTGTATAGAACGCACTTCAAATGTTGGGAAAATTATTTTCATAAAGTGGATTGCAGTAATGGCTTTCAACATAAC

Intron 4 GTATGGGGTA ... TATTTTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	15.65	248	46	8
A2	14.29	174	29	0
A3	10.98	219	27	6
A4	20.66	169	44	1
A5	10.75	83	10	2
A6	10	180	20	1
A7	11.87	609	82	5
A8	8.63	561	53	4
A9	10.07	545	61	4
A10	7.7	563	47	0

>TRINITY_DN46667_c0_g1_i13 from sample A7 / Example spliced isoform

TAAAAGAAAGACCTATAAATTAAAAAGGTCATGTGACTGGTAGAAAAGTGTATTCAAGTGGAAACTCCTCCGATGGACAGCGGAAAATATGGAGCGGCCCAATCGATGCAGTGGGCAAATTGAGGCCGGAGAAAAATCGAATTTTTTTTTCCTCCATAAAATACCATAATAGAAACAAACAAAGCCTTACAACTTTTCTC
CTCTGCCATTCGTTCCGATTATATTGGGAAAGGGGTCGAGGGTTCCAATCCCCTGGGTTCCACCTGCGACTCCCAAACCCTCAATTAACGCAATTCCAAATACAGCGATACGTGCGGAGGTTGCCAGATCCACAGTCGAAGAAGAGCAAGAGAAGGAGGAAGCTGGGAAAAATGTTTTGGCGGATGACTGGTTTCTCGCC
TCCATCAGCGGTGGATTCAATTTTGGACAAAGAAACATGTACAGTTGAAGACCTCTTTGATGAGGAGGAAATTATTCAAGAATGCAAGACTATCAACAATCGCCTTATTAATTTTCTTCGAGGTAAGGAACAGATGCAACAAATGCTATGTTACATTGTACAAGAGGCACCAGAAGGTGCAGAAAGTAAACGAGCTTTCA
GGTTTCCATTTATAGCTTGTGAGATATTCACTTGTGAAATTGACATTATTCTCAAGGCACTGGTTGAAGAGGAAGAGTTAATGAATTTACTGTTTTCCTTCTTGGAATCCGACCGGCTCCATGGGACCTTGCTGGTTGGATACTTTAGCAAGGTTGTAATATGCTTGTTGTTAAGAAAGACAGTCGCTACCATCCGATAT
ATTCAAGCACATCAAGAGATACTGGCTAAGTTGGTGAATTTGATTGGTATCCCATCAATCATGGAGGTATTAATCAGGCTAGTTGGAGCTGACAATCATATGTATACATATCATGTCGATGCTTTGCAATGGTTAGCTGATACTAACTTGCTAGAAATGCTTGTAGATGCATTGAGCTCATCGAGTTGTCCTGGAGTACA
TCAAAATGCAGCAGAAACACTTTGTGCTATAACTCATCTTGCTCCATCCGCACTGGCCTTGAGGCTTTCCAGCCCAAGCTTTGTAGAAAGGCTTTTTTGTAATGCCTTAGAGAACCCACAATCAAAATCTACATTAGTGCATTCATTGTCTGTATGTATCTCCTTGTTGGACCCAAAGAGATCAACATATGCAGCAGCTG
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>TRINITY_DN46667_c0_g1_i9 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TAAAAGAAAGACCTATAAATTAAAAAGGTCATGTGACTGGTAGAAAAGTGTATTCAAGTGGAAACTCCTCCGATGGACAGCGGAAAATATGGAGCGGCCCAATCGATGCAGTGGGCAAATTGAGGCCGGAGAAAAATCGAATTTTTTTTTCCTCCATAAAATACCATAATAGAAACAAACAAAGCCTTACAACTTTTCTC
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ACG