sp|Q9FN03|UVR8_ARATH ----> Ultraviolet-B receptor UVR8

Intron 1 GTACTATACG ... TGTCTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	75	2	4	0
A2	72.72	3	5	4
A3	72.72	3	5	0
A4	52.38	6	5	2
A5	78.57	1.5	4	0
A6	65.07	8.5	12	2
A7	73.08	7	12	2
A8	69.62	14.5	21	1
A9	75.92	6.5	14	0
A10	72.22	5	8	2

>TRINITY_DN99794_c0_g1_i6 from sample A4 / Example spliced isoform

TCGTGACATTGCACCAAAACTCTTCTTCCATTAAAATTTCAGAAATCAGAGCGCATTTCATTTCAAATACCTCAAACGAAGTTTGGAATCGACTCAGAGGGATTCGAAAATCCGACTTCTCTGCGTTTTTTTCTTACCGCCTTCGGTGACTGTGTCTATTTCTATGTTTTGGTCCTCTCCGAAGTGCGCATTTTGTTCCC
CGGAGAAGATTTTGTGGCCATAGTAGGCTTGCGGAGGGTTTTTGTAAGCTTGTAGGTGCTTTATTTTTAAGGCTTTGCCTTACATTTTGGTTCATTATCGGTTCTTGAACACTGGCAATGCTCAACAAAGAAGAAACACAAGAGAGAGGTGAGAATTTAGAGGGGATTGGGATATTCATGTGGGGCTACCTCCCTGCGGT
TTCTCAGCAAAGGGCACCATTGCTGTTGCCCACACCTGTCCCTCGCTCGACCACGCAAGAGCCCTGGAACAAGGTGTGCAGTGGTGGGTGTGGGTTTGCAGTCGCCATTTCAGAGTCGGGAAAGCTTAATACTTGGGGTTCAACAGATGATCTGGGTCAAAGCTATGTGACCTCCGGGAAACACGAGGAGAATCCTGAAC
CTTTTCCATTACAAACAGATGCTGCTATCACACAAGCAGCAGCTGGTTGGGCGCATTGTGTTGCTGTAACAGATAGAGGAGAAGTCTACACATGGGGTTGGAAAGAGTGCGTTCCAACCAGTAAGGTCACCACTGATCAGACAGCAACTGGAACTTTAAGTTCGGAGAAAGATTCATTGGACAGTCCGGCTGAATTGCCG
AAAGACCAAGGTGATGGGTCACTTATTAGGTCTTCTTTTACTGATCAGTACGAGTGTCCTGACTCTTGTGCAAGTACTTCATCAGAAATTTTACAGAAAAATAAGAATAGTACCACATCATCAGGTGCTAGGAATAAAACTGCTGCATCTGGTCTGTTGCAAAATGATAAGATGGAAGGGAATTCTTCAGCAGGTACCAA
GCCATATCTGAGCCGGTCTGTTCCAAGGATTTCTAGCAGTGGTGGCTTAACAAGTTATGATCAAAGTGGCGAAGATGGGACCAAGCGTAGAAGGTTAGTTGCAGCTAAGTATGCCAGTTTGCCTGAGAGTTCTGCTGGTGATGAGGTTGTCTCAGCACCGCCTTGTCTTGTTACCTTACGACCAGGAGTAAAAATAGTTA
CAGTGGCTGCTGGTGGGAGGCATACATTAGCACTATCAGATACAGGTAAAGTTTGGGGTTGGGGCTACGGAGGTGAGGGACAACTTGGTTTGGGTTCTCGTATAAGAACGGTTTCTTCACCTCAGCCTGTGCCCTGTATAGATACATCCTCTCACTGGAAAGAACTACATCCAACAGGCTCAAAAGGAAGCATAATAGCT
GAAGGGCAAGTTGCCAAAGTACCTGGTAATTGTGTTAAGGCAATTGCATGTGGAGGACGGCACAGTGCGGTGATCACAGATGCGGGGGCCCTGTTAACATTTGGATGGGGTCTATATGGGCAGTGTGGACAAGGTTGTACGGAAGATGAGCTTTATCCAACCTATGTTTCATCTCTAGGAGGCTTGCAAGTACAAGGAGT
AGCTGCTGGATTGTGGCATACTGTCTGTATCACTGTGACGGGAGATGTCTATGCCTTTGGTGGAAATCAATTTGGTCAACTTGGCACAGGTGGAGACCAAGCTGAGATGTTTCCAAGGCTTTTGGAGGCATCAAGTTTGGAGCATGAACATGCTAAAATGGTTTCCTGTGGGGCTCGACATAGTGCTATATGTACAGATC
TCGAAAGAACTTTGCTCTAACAAAGTATGCGAAGCTCTTGGATTGCCCCAACGCTCACCATAGATGCAAATTTGTTTTTGGTCTGCCTGTAGATATGGATGGTCTTTATGAAGTTTATGAAAATGCATATTTAAGTATTGATTTAGTCTGTAATGTTGTTTGGTTTCTAAGAAAATGGAAAGGCCTTTTGCTGGGGCTGG
AACAAGTATGGACAGCTTGGATTGGGTGATGCCATCGATAGGAACATCCCGTGTGAAGCTCAATTTGAAAATTGCTTTGTTAAAAGTGTTGCATGCGGATGGTGGCACACATTAGCATCAGCCACTTCTCAATAAGGGTTGTTGATAAAAATGCAATGTTCGAGGGCTCGGCAATCAGATTATCTGGCATACCAAAGATT
CTCAGCAATCAGATTATGTGATATACTGTGGGTGGTTTACTTTTAAGTTACACTCAGTTTTGGATTTTGGGGTCTTGCCTTAAAAAGGCACGGATAAATTCCTACATCTAGTGTTTATAGAGTTCTAAACATTCCTATACTGGACCTTGTAAATCATGCGCACAACTGATCTTTGACAAATCTGATGATTGCTAAGCAGG
TAGATTGAGATTGGTTCCTATAATGCTGGCTTCTTGTATCTATAAGTCTGAATTGTATGTATGTGGATGCTGGTAACTGTGGATGATGCTGGTAACTGTGGATGCTAGCTTCTTGTATCTATAAGTCTGAATTGTATGTATGTGGATGCTGGTAACTGTGGATGATGCTGGTAACTGTGGATGCTAGCTTCTTGTATCTA
TAAGTCTGA

>TRINITY_DN99794_c0_g1_i4 from sample A4 / Example unspliced isoform:

CCCCAGCCAAGCCACTAGCCACTTGTGGGTTGATATTGAGTTCATAGTTGCATTCAAATTCTTAGGCCAGTTCTCGAGAATATTTAGAACAGTTTGCCTAGTGCATCCCTAAGCACAAGAGAAAATTCTAGATGGCGACATCCATAAGCTGTTTACTGCATAGGGATGTCCTCCGGCCCATCATGGGTATTTGTCAAGCA
TGTATGAAAATCCATTCAAGCAGAATGAACAACAATAGCACCCTGCTAGGATGATGTAAGTGCATGTATGAAAATCCATTCAAGCAGAATGAACAACAATAGCACCCTGCTAGGATGATGTCAATGCAAAGTGAAAGGGAGGATATGTCGTTTTTATAGGATCCACTGACTTCTTTATTTAATATGCTTGGTTGCAGGTC
GTTATCGTGGTCCTTATAGGCCTTTACTTGAATGCATGTCAAATAAGTAATTAGATTGATATAGTTGTTTGATTATTAACGTCTATTCGTTGTAGTGTGGACAAGGTTGTACGGAAGATGAGCTTTATCCAACCTATGTTTCATCTCTAGGAGGCTTGCAAGTACAAGGAGTAGCTGCTGGATTGTGGCATACTGTCTGT
ATCACTGTGACGGGAGATGTCTATGCCTTTGGTGGAAATCAATTTGGTCAACTTGGCACAGGTGGAGACCAAGCTGAGATGTTTCCAAGGCTTTTGGAGGCATCAAGTTTGGAGCATGAACATGCTAAAATGGTTTCCTGTGGGGCTCGACATAGTGCTATATGTACAGgtactatacgtggagtcttatcatgtcattt
ataatgtatgagtttcattttcaatattttccagtggcttgtctttttattagttggttccctaaagaatggcatatcaatcaagaatgtgattgttttgggtctaaaagcatagcagaatagtagaacgtgtttccttcatgttgcgagcaattgataatttgatatattagatttgttacttgttgaggctacccttt
gtctttcagATCTCGAAAGAACTTTGCTCTAACAAAGTATGCGAAGCTCTTGGATTGCCCCAACGCTCACCATAGATGCAAATTTGTTTTTGGTCTGCCTGTAGATATGGATGGTCTTTATGAAGTTTATGAAAATGCATATTTAAGTATTGATTTAGTCTGTAATGTTGTTTGGTTTCTAAGAAAATGGAAAGGCCTTT
TGCTGGGGCTGGAACAAGTATGGACAGCTTGGATTGGGTGATGCCATCGATAGGAACATCCCGTGTGAAGCTCAATTTGAAAATTGCTTTGTTAAAAGTGTTGCATGCGGATGGTGGCACACATTAGCATCAGCCACTTCTCAATAAGGGTTGTTGATAAAAATGCAATGTTCGAGGGCTCGGCAATCAGATTATCTGGC
ATACCAAAGATTCTCAGCAATCAGATTATGTGATATACTGTGGGTGGTTTACTTTTAAGTTACACTCAGTTTTGGATTTTGGGGTCTTGCCTTAAAAAGGCACGGATAAATTCCTACATCTAGTGTTTATAGAGTTCTAAACATTCCTATACTGGACCTTGTAAATCATGCGCACAACTGATCTTTGACAAATCTGATGA
TTGCTAAGCAGGTAGATTGAGATTGGTTCCTATAATGCTGGCTTCTTGTATCTATAAGTCTGAATTGTATGTATGTGGATGCTGGTAACTGTGGATGATGCTGGTAACTGTGGATGCTAGCTTCTTGTATCTATAAGTCTGAATTGT

Intron 2 GTACCTGTTT ... TTAATGCTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20	20	0	5
A2	17.86	23	0	5
A3	27.59	21	2	8
A4	12.12	29	1	4
A5	14.29	18	0	3
A6	10	9	0	1
A7	6.06	31	0	2
A8	5.88	16	0	1
A9	19.15	38	0	9
A10	14.81	23	0	4

>TRINITY_DN107956_c0_g2_i7 from sample A3 / Example spliced isoform

CGTGGACCGATGCCACGTGGATGGTGCCATCGTTTGGAAAAAAAATTGCACCCAGAGAGGGAAGAGGGTCCTGTTGTTATTGTTGTTAAAAGACTGCCTTGTTATTTCTATCGTGACATTGCACCAAAACTCTTCTTCCATTAAAATTTCAGAAATCAGAGCGCATTTCATTTCAAATACCTTAAACGAAGTTTGGAATT
GATTCAGAGGGATTCGAAAATCCGACTTCTCTGCGTTTTTTTCTTACCGCCTTCGGTGACTGTGTCTATTTCTATGTTTTGGTCCTCTCCGAAGTGCGCATTTTGTTCCCCGGAGAAGATTTTGTGGCCATAGTAGGCTTGCGGAGGGTTTTTGTAAGCTTGTAGGTGCTTTATTTTTAAGGCTTTGCCTTACATTTTGG
TTCATTATCGGTTCTTGAACACTGGCAATGCTCAACAAAGAAGAAACACAAGAGAGAGGTGAGAATTTAGAGGGGATTGGGATATTCATGTGGGGCTACCTCCCTGCGGTTTCTCAGCAAAGGGCACCATTGCTGTTGCCCACACCTGTCCCTCGCTCGACCACGCAAGAGCCCTGGAACAAGGTGTGCAGTGGTGGGTG
TGGGTTTGCAGTCGCCATTTCAGAGTCGGGAAAGCTTAATACTTGGGGTTCAACAGATGATCTGGGTCAAAGCTATGTGACCTCCGGGAAACACGAGGAGAATCCTGAACCTTTTCCATTACAAACAGATGCTGCTATCACACAAGCAGCAGCTGGTTGGGCGCATTGTGTTGCTGTAACAGATAGAGGAGAAGTCTACA
CATGGGGTTGGAAAGAGTGCGTTCCAACCAGTAAGGTCACCACTGATCAGACAGCAACTGGAACTTTAAGTTCGGAGAAAGATTCATTGGACAGTCCGGCTGAATTGCCGAAAGACCAAGGTACCAAGCCATATCTGAGCCGGTCTGTTCCAAGGATTTCTAGCAGTGGTGGCTTAACAAGTTATGATCAAAGTGGCGAA
GATGGGACCAAGCGTAGAAGGTTAGTTGCAGCTAAGTATGCCAGTTTGCCTGAGAGTTCTGCTGGTGATGAGGTTGTCTCAGCACCGCCTTGTCTTGTTACCTTACGACCAGGAGTAAAAATAGTTACAGTGGCTGCTGGTGGGAGGCATACATTAGCACTATCAGATACAGGTAAAGTTTGGGGTTGGGGCTACGGAGG
TGAGGGACAACTTGGTTTGGGTTCTCGTATAAGAACGGTTTCTTCACCTCAGCCTGTGCCCTGTATAGATACATCCTCTCACTGGAAAGAACTACATCCAACAGGCTCAAAAGGAAGCATAATAGCTGAAGGGCAAGTTGCCAAAGTACCTGGTAATTGTGTTAAGGCAATTGCATGTGGAGGACGGCACAGTGCGGTGA
TCACAGATGCGGGGGCCCTGTTAACATTTGGATGGGGTCTATATGGGCAGTGTGGACAAGGTTGTACGGAAGATGAGCTTTATCCAACCTATGTTTCATCTCTAGGAGGCTTGCAAGTACAAGGAGTAGCTGCTGGATTGTGGCATACTGTCTGTATCACTGTGACGGGAGATGTCTATGCCTTTGGTGGAAATCAATTT
GGTCAACTTGGCACAGGTGGAGACCAAGCTGAGATGTTTCCAAGGCTTTTGGAGGCATCAAGTTTGGAGCATGAACATGCTAAAATGGTTTCCTGTGGGGCTCGACATAGTGCTATATGTACAGAAAATGGAAAGGCCTTTTGCTGGGGCTGGAACAAGTATGGACAGCTTGGATTGGGTGATGCCATCGATAGGAACAT
CCCGTGTGAAGCTCAATTTGAAAATTGCTTTGTTAAAAGTGTTGCATGCGGATGGTGGCACACATTAGCATCAGCCACTTCTCAATAAGGGTTGTTGATAAAAATGCAATGTTCGAGGGCTCGGCAATCAGATTATCTGGCATACCAAAGATTCTCAGCAA

>TRINITY_DN107956_c0_g2_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GAGGTATAGTAAATAGTTTCTTGCAAATATTGTCTCCTATTTCTGGTAGTAGATTTTTCAACCCCAAACAAGTGTTCTTTATTATTTGAATCATTTTCTGTTCACAATCTTTTGAACAGGAGAATCCTGAACCTTTTCCATTACAAACAGATGCTGCTATCACACAAGCAGCAGCTGGTTGGGCGCATTGTGTTGCTGTA
ACAGgtacctgtttttaggtcatggggtatattttgaatttacgatattggatgtgtttggttctcgtcatcttagaatggtcttactcgttatttatggttttccttattttgattttttttaatgctagATAGAGGAGAAGTCTACACATGGGGTTGGAAAGAGTGCGTTCCAACCAGTAAGGTCACCACTGATCAGA
CAGCAACTGGAACTTTAAGTTCGGAGAAAGATTCATTGGACAGTCCGGCTGAATTGCCGAAAGACCAAGGTACCAAGCCATATCTGAGCCGGTCTGTTCCAAGGATTTCTAGCAGTGGTGGCTTAACAAGTTATGATCAAAGTGGCGAAGATGGGACCAAGCGTAGAAGGTTAGTTGCAGCTAAGTATGCCAGTTTGCCT
GAGAGTTCTGCTGGTGATGAGGTTGTCTCAGCACCGCCTTGTCTTGTTACCTTACGACCAGGAGTAAAAATAGTTACAGTGGCTGCTGGTGGGAGGCATACATTAGCACTATCAGATACAGGTAAAGTTTGGGGTTGGGGCTACGGAGGTGAGGGACAACTTGGTTTGGGTTCTCGTATAAGAACGGTTTCTTCACCTCA
GCCTGTGCCCTGTATAGATACATCCTCTCACTGGAAAGAACTACATCCAACAGGCTCAAAAGGAAGCATAATAGCTGAAGGGCAAGTTGCCAAAGTACCTGGTAATTGTGTTAAGGCAATTGCATGTGGAGGACGGCACAGTGCGGTGATCACAGATGCGGGGGCCCTGTTAACATTTGGATGGGGTCTATATGGGCAGT
GTGGACAAGGTTGTACGGAAGATGAGCTTTATCCAACCTATGTTTCATCTCTAGGAGGCTTGCAAGTACAAGGAGTAGCTGCTGGATTGTGGCATACTGTCTGTATCACTGTGACGGGAGATGTCTATGCCTTTGGTGGAAATCAATTTGGTCAACTTGGCACAGGTGGAGACCAAGCTGAGATGTTTCCAAGGCTTTTG
GAGGCATCAAGTTTGGAGCATGAACATGCTAAAATGGTTTCCTGTGGGGCTCGACATAGTGCTATATGTACAGAAAATGGAAAGGCCTTTTGCTGGGGCTGGAACAAGTATGGACAGCTTGGATTGGGTGATGCCATCGATAGGAACATCCCGTGTGAAGCTCAATTTGAAAATTGCTTTGTTAAAAGTGTTGCATGCGG
ATGGTGGCACACATTAGCATCAGCCACTTCTCAATAAGGGTTGTTGATAAAAATGCAATGTTCGAGGGCTCGGCAATCAGATTATCTGGCATACCAAAGATTCTCAGCAA

Intron 3 GTTTGTGCAA ... TTGTGTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	2.47	19.8	1	0
A2	28.45	14	2	9
A3	0	24.8	0	0
A4	12.06	22	3	3
A5	19.41	6.3	1	2
A6	5.18	46.3	5	0
A7	2.1	46.8	1	1
A8	0.66	76	1	0
A9	7.69	42.3	7	0
A10	4.49	42.5	2	2

>TRINITY_DN40922_c0_g1_i5 from sample A6 / Example spliced isoform

CAGAGAGGGAAGAGGGTCCTGTTGTTATTGTTGTTAAAAGATTGCGTGCCTTGTTATTTCTATCGTGACATTGCACCAAAACTCTTCTTCCATTAAAATTTCAGAAATCAGAGCGCATTTCATTTCAAATACCTCAAACGAAGTTTGGAATCGACTCAGAGGGATTCGAAAATCCGACTTCTCTGCGTTTATTTCTTACC
GCCTTCGGTGACTGTGTCTATTTCTATGTTTTGGTCCTCTCCGAAGTGCGCATTTTGTTCCCCGGAGAAGATTTTGTGGCCATAGTAGGCTTTCGGAGGGTTTTTGTAAGCTTATAGGTGCTTTATTTTTAAGGCTTTGCCTTACATTTTGGTTCATTATCGGTTCTTGAACACTGGCAATGCTCAACAAAGAAGAAACA
CAAGAGAGAGGTGAGAATTTAGAGGGGATTGGGATATTCATGTGGGGCTACCTCCCTGCGGTTTCTCAGCAAAGGGCACCATTGCTGTTGCCCACACCTGTCCCTCGCTCGACCACGCAAGAGCCCTGGAACAAGGTGTGCAGTGGTGGGTGTGGGTTTGCAGTCGCCATTTCAGAGTCGGGAAAGCTTAATACTTGGGG
TTCAACAGATGATCTGGGTCAAAGCTATGTGACCTCCGGGAAACACGAGGAGAATCCTGAACCTTTTCCATTACAAACAGATGCTGCTATCACACAAGCAGCAGCTGGTTGGGCGCATTGTGTTGCTGTAACAGATAGAGGAGAAGTCTACACATGGGGTTGGAAAGAGTGCGTTCCAACCAGTAAGGTCACCACTGATC
AGACAGCAACTGGAACTTTAAGTTCGGAGAAAGATTCATTGGACAGTCCGGCTGAATTGCCGAAAGACCAAGGTGATGGGTCACTTATTAGGTCTTCTTTTACTGATCAGTACGAGTGTCCTGACTCTTGTGCAAGTACTTCATCAGAAATTTTACAGAAAAATAAGAATAGTACCACATCATCAGGTGCTAGGAATAAA
ACTGCTGCATCTGGTCTGTTGCAAAATGATAAGATGGAAGGGAATTCTTCAGCAGGTACCAAGCCATATCTGAGCCGGTCTGTTCCAAGGATTTCTAGCAGTGGTGGCTTAACAAGTTATGATCAAAGTGGCGAAGATGGGACCAAGCGTAGAAGGTTAGTTGCAGCTAAGTATGCCAGTTTGCCTGAGAGTTCTGCTGG
TGATGAGGTTGTCTCAGCACCGCCTTGTCTTGTTACCTTACGACCAGGAGTAAAAATAGTTACAGTGGCTGCTGGTGGGAGGCATACATTAGCACTATCAGATACAGGTAAAGTTTGGGGTTGGGGCTACGGAGGTGAGGGACAACTTGGTTTGGGTTCTCGTATAAGAACGGTTTCTTCACCTCAGCCTGTGCCCTGTA
TAGATACATCCTCTCACTGGAAAGAACTACATCCAACAGGCTCAAAAGGAAGCATAATAGCTGAAGGGCAAGTTGCCAAAGTACCTGGTAATTGTGTTAAGGCAATTGCATGTGGAGGACGGCACAGTGCGGTGATCACAGATGCGGGGGCCCTGTTAACATTTGGATGGGGTCTATATGGGCAGTGTGGACAAGGTTGT
ACGGAAGATGAGCTTTATCCAACCTATGTTTCATCTCTAGGAGGCTTGCAAGTACAAGGAGTAGCTGCTGGATTGTGGCATACTGTCTGTATCACTGTGACGGGAGATGTCTATGCCTTTGGTGGAAATCAATTTGGTCAACTTGGCACAGGTGGAGACCAAGCTGAGATGTTTCCAAGGCTTTTGGAGGCATCAAGTTT
GGAGCATGAACATGCTAAAATGGTTTCCTGTGGGGCTCGACATAGTGCTATATGTACAGAAAATGGAAAGGCCTTTTGCTGGGGCTGGAACAAGTATGGACAGCTTGGATTGGGTGATGCCATCGATAGGAACATCCCGTGTGAAGCTCAATTTGAAAATTGCTTTGTTAAAAGTGTTGCATGCGGATGGTGGCACACAT
TAGCATCAGCCACTTCTCAATAAGGGTTGTTGATAAAAATGCAATGTTCGAGGGCTCGGCAATCAGATTATCTGGCATACCAAAGATTCTCAGCAATCAGATTATGTGATATACTGTGGGTGGTTTACTTTTAAGTTACACTCAGTTTTGGATTTTGGGGTCTTGCCTTAAAAAGGCACGGATAAATTCCTACATCTAGT
GTTTATAGAGTTCTAAACATTCCTATACTGGACCTTGTAAATCATGCGCACAACTGATCTTTGACAAATCTGATGATTGCTAAGCAGGTAGATTGAGATTGGTTCCTATAATGCTGGCTTCTTGTATCTATAAGTCTGAATTGTATGTATGTGGATGCTGGTAACTGTGGATGATGCTGGTAACTGTGGATGCTAGCTTC
TTGTATCTATAAGTCTGAATTGTTCATGTGCATCCAGAGTTCCAAATCATGCATTTTTTGCCAGGCCTAAAAGGTGTTCAGGATAATTATTTGTTCCAAGTTACCTGTGGAAACTTGCTGTAAGATGCAAGCTTGAATGGATCACGTTGCCATATTCCATTACGTAACTCTTTTCTGTCATCCTTTAAGTAGGACAAGTA
GGTTCACAAGTTCCAAATGTGTGCTAAGATTAGTGTTTAGAAGATAATAAATTGTAGC

>TRINITY_DN40922_c0_g1_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CAGAGAGGGAAGAGGGTCCTGTTGTTATTGTTGTTAAAAGATTGCGTGCCTTGTTATTTCTATCGTGACATTGCACCAAAACTCTTCTTCCATTAAAATTTCAGAAATCAGAGCGCATTTCATTTCAAATACCTCAAACGAAGTTTGGAATCGACTCAGAGGGATTCGAAAATCCGACTTCTCTGCGTTTATTTCTTACC
GCCTTCGGTGACTGTGTCTATTTCTATGTTTTGGTCCTCTCCGAAGTGCGCATTTTGTTCCCCGGAGAAGATTTTGTGGCCATAGTAGGCTTTCGGAGGGTTTTTGTAAGCTTATAGGTGCTTTATTTTTAAGGCTTTGCCTTACATTTTGGTTCATTATCGGTTCTTGAACACTGGCAATGCTCAACAAAGAAGAAACA
CAAGAGAGAGGTGAGAATTTAGAGGGGATTGGGATATTCATGTGGGGCTACCTCCCTGCGGTTTCTCAGCAAAGGGCACCATTGCTGTTGCCCACACCTGTCCCTCGCTCGACCACGCAAGAGCCCTGGAACAAGGTGTGCAGTGGTGGGTGTGGGTTTGCAGTCGCCATTTCAGAGTCGGGAAAGCTTAATACTTGGGG
TTCAACAGATGATCTGGGTCAAAGCTATGTGACCTCCGGGAAACACGAGGAGAATCCTGAACCTTTTCCATTACAAACAGATGCTGCTATCACACAAGCAGCAGCTGGTTGGGCGCATTGTGTTGCTGTAACAGATAGAGGAGAAGTCTACACATGGGGTTGGAAAGAGTGCGTTCCAACCAGTAAGGTCACCACTGATC
AGACAGCAACTGGAACTTTAAGTTCGGAGAAAGATTCATTGGACAGTCCGGCTGAATTGCCGAAAGACCAAGGTGATGGGTCACTTATTAGGTCTTCTTTTACTGATCAGTACGAGTGTCCTGACTCTTGTGCAAGTACTTCATCAGAAATTTTACAGAAAAATAAGAATAGTACCACATCATCAGGTGCTAGGAATAAA
ACTGCTGCATCTGGTCTGTTGCAAAATGATAAGATGGAAGGGAATTCTTCAGCAGGTACCAAGCCATATCTGAGCCGGTCTGTTCCAAGGATTTCTAGCAGTGGTGGCTTAACAAGTTATGATCAAAGTGGCGAAGATGGGACCAAGCGTAGAAGGTTAGTTGCAGCTAAGTATGCCAGTTTGCCTGAGAGTTCTGCTGG
TGATGAGGTTGTCTCAGCACCGCCTTGTCTTGTTACCTTACGACCAGGAGTAAAAATAGTTACAGTGGCTGCTGGTGGGAGGCATACATTAGCACTATCAGATACAGGTAAAGTTTGGGGTTGGGGCTACGGAGGTGAGGGACAACTTGGTTTGGGTTCTCGTATAAGAACGGTTTCTTCACCTCAGCCTGTGCCCTGTA
TAGATACATCCTCTCACTGGAAAGAACTACATCCAACAGGCTCAAAAGGAAGCATAATAGCTGAAGGGCAAGTTGCCAAAGTACCTGGTAATTGTGTTAAGGCAATTGCATGTGGAGGACGGCACAGTGCGGTGATCACAGATGCGGGGGCCCTGTTAACATTTGGATGGGGTCTATATGGGCAGTGTGGACAAGGTTGT
ACGGAAGATGAGCTTTATCCAACCTATGTTTCATCTCTAGGAGGCTTGCAAGTACAAGGAGTAGCTGCTGGATTGTGGCATACTGTCTGTATCACTGTGACGGGAGATGTCTATGCCTTTGGTGGAAATCAATTTGGTCAACTTGGCACAGGTGGAGACCAAGCTGAGgtttgtgcaattgatctctctaaatttatcat
tcattgtacatgttgatgttttcagatgactttcaaaagacatcataattgatatacagaattggttgtgtttagATGTTTCCAAGGCTTTTGGAGGCATCAAGTTTGGAGCATGAACATGCTAAAATGGTTTCCTGTGGGGCTCGACATAGTGCTATATGTACAGATCTCGAAAGAACTTTGCTCTAACAAAGTATGCG
AAGCTCTTGGATTGCCCCAACGCTCACCATAGATGCAAATTTGTTTTTGGTCTGCCTGTAGATATGGATGGTCTTTATGAAGTTTATGAAAATGCATATTTAAGTATTGATTTAGTCTGTAATGTTGTTTGGTTTCTAAGAAAATGGAAAGGCCTTTTGCTGGGGCTGGAACAAGTATGGACAGCTTGGATTGGGTGATG
CCATCGATAGGAACATCCCGTGTGAAGCTCAATTTGAAAATTGCTTTGTTAAAAGTGTTGCATGCGGATGGTGGCACACATTAGCATCAGCCACTTCTCAATAAGGGTTGTTGATAAAAATGCAATGTTCGAGGGCTCGGCAATCAGATTATCTGGCATACCAAAGATTCTCAGCAATCAGATTATGTGATATACTGTGG
GTGGTTTACTTTTAAGTTACACTCAGTTTTGGATTTTGGGGTCTTGCCTTAAAAAGGCACGGATAAATTCCTACATCTAGTGTTTATAGAGTTCTAAACATTCCTATACTGGACCTTGTAAATCATGCGCACAACTGATCTTTGACAAATCTGATGATTGCTAAGCAGGTAGATTGAGATTGGTTCCTATAATGCTGGCT
TCTTGTATCTATAAGTCTGAATTGTATGTATGTGGATGCTGGTAACTGTGGATGATGCTGGTAACTGTGGATGCTAGCTTCTTGTATCTATAAGTCTGAATTGTTCATGTGCATCCAGAGTTCCAAATCATGCATTTTTTGCCAGGCCTAAAAGGTGTTCAGGATAATTATTTGTTCCAAGTTACCTGTGGAAACTTGCT
GTAAGATGCAAGCTTGAATGGATCACGTTGCCATATTCCATTACGTAACTCTTTTCTGTCATCCTTTAAGTAGGACAAGTAGGTTCACAAGTTCCAAATGTGTGCTAAGATTAGTGTTTAGAAGATAATAAATTGTAGC

Intron 4 GTAAGATGTC ... GCATATACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	40.53	33.8	9	23
A2	27.58	21.6	3	8
A3	14.16	12.4	1	2
A4	28.26	15.3	4	6
A5	28.57	5	0	2
A6	23.25	57.1	2	17
A7	22.89	61.4	2	18
A8	26.19	56.9	1	20
A9	34	35.4	0	18
A10	36.97	49.6	0	29

>TRINITY_DN135151_c0_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

CTGTCTTGTGGATTTTTATAGAATAATTTCATACTATGCTGTGCCATCAGATATGACATACTTGTTGATACTCTTCTCAGAGTCGGGAAAGCTTAATACTTGGGGTTCAACAGATGATCTGGGTCAAAGCTATGTGACCTCCGGGAAACACGAGGAGAATCCTGAACCTTTTCCATTACAAACAGATGCTGCTATCACAC
AAGCAGCAGCTGGTTGGGCGCATTGTGTTGCTGTAACAGATAGAGGAGAAGTCTACACATGGGGTTGGAAAGAGTGCGTTCCAACCAGTAAGGTCACCACTGATCAGACAGCAACTGGAACTTTAAGTTCGGAGAAAGATTCATTGGACAGTCCGGCTGAATTGCCGAAAGACCAAGGTACCAAGCCATATCTGAGCCGG
TCTGTTCCAAGGATTTCTAGCAGTGGTGGCTTAACAAGTTATGATCAAAGTGGCGAAGATGGGACCAAGCGTAGAAGGTTAGTTGCAGCTAAGTATGCCAGTTTGCCTGAGAGTTCTGCTGGTGATGAGGTTGTCTCAGCACCGCCTTGTCTTGTTACCTTACGACCAGGAGTAAAAATAGTTACAGTGGCTGCTGGTGG
GAGGCATACATTAGCACTATCAGATACAGGTAAAGTTTGGGGTTGGGGCTACGGAGGTGAGGGACAACTTGGTTTGGGTTCTCGTATAAGAACGGTTTCTTCACCTCAGCCTGTGCCCTGTATAGATACATCCTCTCACTGGAAAGAACTACATCCAACAGGCTCAAAAGGAAGCATAATAGCTGAAGGGCAAGTTGCCA
AAGTACCTGGTAATTGTGTTAAGGCAATTGCATGTGGAGGACGGCACAGTGCGGTGATCACAGATGCGGGGGCCCTGTTAACATTTGGATGGGGTCTATATGGGCAGTGTGGACAAGGTTGTACGGAAGATGAGCTTTATCCAACCTATGTTTCATCTCTAGGAGGCTTGCAAGTACAAGGAGTAGCTGCTGGATTGTGG
CATACTGTCTGTATCACTGTGACGGGAGATGTCTATGCCTTTGGTGGAAATCAATTTGGTCAACTTGGCACAGGTGGAGACCAAGCTGAGATGTTTCCAAGGCTTTTGGAGGCATCAAGTTTGGAGCATGAACATGCTAAAATGGTTTCCTGTGGGGCTCGACATAGTGCTATATGTACAGAAAATGGAAAGGCCTTTTG
CTGGGGCTGGAACAAGTATGGACAGCTTGGATTGGGTGATGCCATCGATAGGAACATCCCGTGTGAAGCTCAATTTGAAAATTGCTTTGTTAAAAGTGTTGCATGCGGATGGTGGCACACATTAGCATCAGCCACTTCTCAATAAGGGTTGTTGATAAAAATGCAATGTTCGAGGGCTCGGCAATCAGATTATCTGGCAT
ACCAAAGATTCTCAGCAATCAGATTATGTGATATACTGTGGGTGGTTTACTTTTAAGTTACACTCAGTTTTGGATTTTGGGGTCTTGCCTTAAAAAGGCACGGATAAATTCCTACATCTAGTGTTTATAGAGTTCTAAACATTCCTATACTGGACCTTGTAAATCATGCGCACAACTGATCTTTGACAAATCTGATGATT
GCTAAGCAGGTAGATTGAGATTGGTTCCTATAATGCTGGCTTCTTGTATCTATAAGTCTGAATTGTATGTATGTGGATGCTGGTAACTGTGGATGATGCTGGTAACTGTGGATGCTAGCTTCTTGTATCTATAAGTCTGAATTGTTCATGTGCATCCAGAGTTCCAAATCATGCATTTTTTGCCAGGCCTAAAAGGTGTT
CAGGATAATTATTTGTTCCAAGTTACCTGTGGAAACTTGCTGTAAGATGCAAGCTTGAATGGATCACGTTGCCATATTCCATTACGTAACTCTTTTCTGTCATCCTTTAAGTAGGACAAGTAGGTTCACAAGTTCCAAATGTGTGCTAAGATTAGTGTTTAGAAGATAATAAATTGTAGCT

>TRINITY_DN135151_c0_g1_i9 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AAGAACTTTGCTCTAACAAAGTATGCGAAGCTCTTGGATTGCCCCAACGCTCACCATAGATGCAAATTTGTTTTTGGTCTGCCTGTAGATATGGATGGTCTTTATGAAGTTTATGAAAATGCATATTTAAGTATTGATTTAGTCTGTAATGTTGTTTGGTTTCTAAGAAAATGGAAAGGCCTTTTGCTGGGGCTGGAACA
AGTATGGACAGgtaagatgtccgtttttcttttagttttatacctgcaggcataacatgcgctggatttccacaatgagtgcttaatcacatgcagtttgttccttactaataattgtgctgctttgcatatacagCTTGGATTGGGTGATGCCATCGATAGGAACATCCCGTGTGAAGCTCAATTTGAAAATTGCTTTG
TTAAAAGTGTTGCATGCGGATGGTGGCACACATTAGCATCAGCCACTTCTCAATAAGGGTTGTTGATAAAAATGCAATGTTCGAGGGCTCGGCAATCAGATTATCTGGCATACCAAAGATTCTCAGCAATCAGATTATGTGATATACTGTGGGTGGTTTACTTTTAAGTTACACTCAGTTTTGGATTTTGGGGTCTTGCC
TTAAAAAGGCACGGATAAATTCCTACATCTAGTGTTTATAGAGTTCTAAACATTCCTATACTGGACCTTGTAAATCATGCGCACAACTGATCTTTGACAAATCTGATGATTGCTAAGCAGGTAGATTGAGATTGGTTCCTATAATGCTGGCTTCTTGTATCTATAAGTCTGAATTGTATGTATGTGGATGCTGGTAACTG
TGGATGATGCTGGTAACTGTGGATGCTAGCTTCTTGTATCTATAAGTCTGAATTGTTCATGTGCATCCAGAGTTCCAAATCATGCATTTTTTGCCAGGCCTAAAAGGTGTTCAGGATAATTATTTGTTCCAAGTTACCTGTGGAAACTTGCTGTAAGATGCAAGCTTGAATGGATCACGTTGCCATATTCCATTACGTAA
CTCTTTTCTGTCATCCTTTAAGTAGGACAAGTAGGTTCACAAGTTCCAAATGTGTGCTAAGATTAGTGTTTAGAAGATAATAAATTGTAGCT

Intron 5 GTGATGGGTC ... TCTTCAGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	51.11	11	14	9
A2	76.92	3	11	9
A3	65.52	5	14	5
A4	67.44	7	16	13
A5	62.96	5	11	6
A6	48.15	14	16	10
A7	52	12	12	14
A8	63.64	6	9	12
A9	53.85	12	17	11
A10	62.07	11	15	21

>TRINITY_DN135151_c0_g1_i12 from sample A1 / Example spliced isoform

ACCAAACGGCTTTCCCGAAGCTTCTGCCGCGACCGGTATCACCTGCATTTTTCTTGTGGCGGGCAGGCCATTGCGAGTATTCTAGAGGTTCAAACAGTTCCACGTGTCACTGTTTTTGCAGCTTTTGACCCGATTTTCAGCCTACCACGTGGACCGATGCCACGTGGATGGTGCCATCGTTTGGAAAAAAATTGCACCCA
GAGAGGGAAGAGGGTCCTGTTGTTATTGTTGTTAAAAGACTGCCTTGTTATTTCTATCGTGACATTGCACCAAAACTCTTCTTCCATTAAAATTTCAGAAATCAGAGCGCATTTCATTTCAAATACCTTAAACGAAGTTTGGAATTGATTCAGAGGGATTCGAAAATCCGACTTCTCTGCGTTTTTTTCTTACCGCCTTC
GGTGACTGTGTCTATTTCTATGTTTTGGTCCTCTCCGAAGTGCGCATTTTGTTCCCCGGAGAAGATTTTGTGGCCATAGTAGGCTTGCGGAGGGTTTTTGTAAGCTTATAGGTGCTTTATTTTTAAGGCTTTGCCTTACATTTTGGTTCATTATCGGTTCTTGAACACTGGCAATGCTCAACAAAGAAGAAACACAAGAG
AGAGGTGAGAATTTAGAGGGGATTGGGATATTCATGTGGGGCTACCTCCCTGCGGTTTCTCAGCAAAGGGCACCATTGCTGTTGCCCACACCTGTCCCTCGCTCGACCACGCAAGAGCCCTGGAACAAGGTGTGCAGTGGTGGGTGTGGGTTTGCAGTCGCCATTTCAGAGTCGGGAAAGCTTAATACTTGGGGTTCAAC
AGATGATCTGGGTCAAAGCTATGTGACCTCCGGGAAACACGAGGAGAATCCTGAACCTTTTCCATTACAAACAGATGCTGCTATCACACAAGCAGCAGCTGGTTGGGCGCATTGTGTTGCTGTAACAGATAGAGGAGAAGTCTACACATGGGGTTGGAAAGAGTGCGTTCCAACCAGTAAGGTCACCACTGATCAGACAG
CAACTGGAACTTTAAGTTCGGAGAAAGATTCATTGGACAGTCCGGCTGAATTGCCGAAAGACCAAGGTACCAAGCCATATCTGAGCCGGTCTGTTCCAAGGATTTCTAGCAGTGGTGGCTTAACAAGTTATGATCAAAGTGGCGAAGATGGGACCAAGCGTAGAAGGTTAGTTGCAGCTAAGTATGCCAGTTTGCCTGAG
AGTTCTGCTGGTGATGAGGTTGTCTCAGCACCGCCTTGTCTTGTTACCTTACGACCAGGAGTAAAAATAGTTACAGTGGCTGCTGGTGGGAGGCATACATTAGCACTATCAGATACAGGTAAAGTTTGGGGTTGGGGCTACGGAGGTGAGGGACAACTTGGTTTGGGTTCTCGTATAAGAACGGTTTCTTCACCTCAGCC
TGTGCCCTGTATAGATACATCCTCTCACTGGAAAGAACTACATCCAACAGGCTCAAAAGGAAGCATAATAGCTGAAGGGCAAGTTGCCAAAGTACCTGGTAATTGTGTTAAGGCAATTGCATGTGGAGGACGGCACAGTGCGGTGATCACAGGTGAAGTTTCTGTATTTTATATCCTTTTTTTAATGTGTTTTATGAGCT
TGGCCTGTAGAAGAATGTATGCTGTA

>TRINITY_DN135151_c0_g1_i10 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ACCAAACGGCTTTCCCGAAGCTTCTGCCGCGACCGGTATCACCTGCATTTTTCTTGTGGCGGGCAGGCCATTGCGAGTATTCTAGAGGTTCAAACAGTTCCACGTGTCACTGTTTTTGCAGCTTTTGACCCGATTTTCAGCCTACCACGTGGACCGATGCCACGTGGATGGTGCCATCGTTTGGAAAAAAATTGCACCCA
GAGAGGGAAGAGGGTCCTGTTGTTATTGTTGTTAAAAGACTGCCTTGTTATTTCTATCGTGACATTGCACCAAAACTCTTCTTCCATTAAAATTTCAGAAATCAGAGCGCATTTCATTTCAAATACCTTAAACGAAGTTTGGAATTGATTCAGAGGGATTCGAAAATCCGACTTCTCTGCGTTTTTTTCTTACCGCCTTC
GGTGACTGTGTCTATTTCTATGTTTTGGTCCTCTCCGAAGTGCGCATTTTGTTCCCCGGAGAAGATTTTGTGGCCATAGTAGGCTTGCGGAGGGTTTTTGTAAGCTTATAGGTGCTTTATTTTTAAGGCTTTGCCTTACATTTTGGTTCATTATCGGTTCTTGAACACTGGCAATGCTCAACAAAGAAGAAACACAAGAG
AGAGGTGAGAATTTAGAGGGGATTGGGATATTCATGTGGGGCTACCTCCCTGCGGTTTCTCAGCAAAGGGCACCATTGCTGTTGCCCACACCTGTCCCTCGCTCGACCACGCAAGAGCCCTGGAACAAGGTGTGCAGTGGTGGGTGTGGGTTTGCAGTCGCCATTTCAGAGTCGGGAAAGCTTAATACTTGGGGTTCAAC
AGATGATCTGGGTCAAAGCTATGTGACCTCCGGGAAACACGAGGAGAATCCTGAACCTTTTCCATTACAAACAGATGCTGCTATCACACAAGCAGCAGCTGGTTGGGCGCATTGTGTTGCTGTAACAGATAGAGGAGAAGTCTACACATGGGGTTGGAAAGAGTGCGTTCCAACCAGTAAGGTCACCACTGATCAGACAG
CAACTGGAACTTTAAGTTCGGAGAAAGATTCATTGGACAGTCCGGCTGAATTGCCGAAAGACCAAGgtgatgggtcacttattaggtcttcttttactgatcagtacgagtgtcctgactcttgtgcaagtacttcatcagaaattttacagaaaaataagaatagtaccacatcatcaggtgctaggaataaaactgct
gcatctggtctgttgcaaaatgataagatggaagggaattcttcagcagGTACCAAGCCATATCTGAGCCGGTCTGTTCCAAGGATTTCTAGCAGTGGTGGCTTAACAAGTTATGATCAAAGTGGCGAAGATGGGACCAAGCGTAGAAGGTTAGTTGCAGCTAAGTATGCCAGTTTGCCTGAGAGTTCTGCTGGTGATGA
GGTTGTCTCAGCACCGCCTTGTCTTGTTACCTTACGACCAGGAGTAAAAATAGTTACAGTGGCTGCTGGTGGGAGGCATACATTAGCACTATCAGATACAGGTAAAGTTTGGGGTTGGGGCTACGGAGGTGAGGGACAACTTGGTTTGGGTTCTCGTATAAGAACGGTTTCTTCACCTCAGCCTGTGCCCTGTATAGATA
CATCCTCTCACTGGAAAGAACTACATCCAACAGGCTCAAAAGGAAGCATAATAGCTGAAGGGCAAGTTGCCAAAGTACCTGGTAATTGTGTTAAGGCAATTGCATGTGGAGGACGGCACAGTGCGGTGATCACAGGTGAAGTTTCTGTATTTTATATCCTTTTTTTAATGTGTTTTATGAGCTTGGCCTGTAGAAGAATG
TATGCTGTA

Intron 6 GTACTATACG ... GGTTTCTAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	17.39	19	4	8.5
A2	20.83	19	5	5
A3	19.23	21	5	3
A4	22.73	17	5	8
A5	40	6	4	3.5
A6	19.05	51	12	14
A7	17.14	58	12	12
A8	22.57	72	21	11
A9	29.79	33	14	4
A10	21.62	29	8	6

>TRINITY_DN99794_c0_g1_i10 from sample A4 / Example spliced isoform

TCGTGACATTGCACCAAAACTCTTCTTCCATTAAAATTTCAGAAATCAGAGCGCATTTCATTTCAAATACCTTAAACGAAGTTTGGAATTGATTCAGAGGGATTCGAAAATCCGACTTCTCTGCGTTTTTTTCTTACCGCCTTCGGTGACTGTGTCTATTTCTATGTTTTGGTCCTCTCCGAAGTGCGCATTTTGTTCCC
CGGAGAAGATTTTGTGGCCATAGTAGGCTTGCGGAGGGTTTTTGTAAGCTTGTAGGTGCTTTATTTTTAAGGCTTTGCCTTACATTTTGGTTCATTATCGGTTCTTGAACACTGGCAATGCTCAACAAAGAAGAAACACAAGAGAGAGGTGAGAATTTAGAGGGGATTGGGATATTCATGTGGGGCTACCTCCCTGCGGT
TTCTCAGCAAAGGGCACCATTGCTGTTGCCCACACCTGTCCCTCGCTCGACCACGCAAGAGCCCTGGAACAAGGTGTGCAGTGGTGGGTGTGGGTTTGCAGTCGCCATTTCAGAGTCGGGAAAGCTTAATACTTGGGGTTCAACAGATGATCTGGGTCAAAGCTATGTGACCTCCGGGAAACACGAGGAGAATCCTGAAC
CTTTTCCATTACAAACAGATGCTGCTATCACACAAGCAGCAGCTGGTTGGGCGCATTGTGTTGCTGTAACAGATAGAGGAGAAGTCTACACATGGGGTTGGAAAGAGTGCGTTCCAACCAGTAAGGTCACCACTGATCAGACAGCAACTGGAACTTTAAGTTCGGAGAAAGATTCATTGGACAGTCCGGCTGAATTGCCG
AAAGACCAAGGTGATGGGTCACTTATTAGGTCTTCTTTTACTGATCAGTACGAGTGTCCTGACTCTTGTGCAAGTACTTCATCAGAAATTTTACAGAAAAATAAGAATAGTACCACATCATCAGGTGCTAGGAATAAAACTGCTGCATCTGGTCTGTTGCAAAATGATAAGATGGAAGGGAATTCTTCAGCAGGTACCAA
GCCATATCTGAGCCGGTCTGTTCCAAGGATTTCTAGCAGTGGTGGCTTAACAAGTTATGATCAAAGTGGCGAAGATGGGACCAAGCGTAGAAGGTTAGTTGCAGCTAAGTATGCCAGTTTGCCTGAGAGTTCTGCTGGTGATGAGGTTGTCTCAGCACCGCCTTGTCTTGTTACCTTACGACCAGGAGTAAAAATAGTTA
CAGTGGCTGCTGGTGGGAGGCATACATTAGCACTATCAGATACAGGTAAAGTTTGGGGTTGGGGCTACGGAGGTGAGGGACAACTTGGTTTGGGTTCTCGTATAAGAACGGTTTCTTCACCTCAGCCTGTGCCCTGTATAGATACATCCTCTCACTGGAAAGAACTACATCCAACAGGCTCAAAAGGAAGCATAATAGCT
GAAGGGCAAGTTGCCAAAGTACCTGGTAATTGTGTTAAGGCAATTGCATGTGGAGGACGGCACAGTGCGGTGATCACAGATGCGGGGGCCCTGTTAACATTTGGATGGGGTCTATATGGGCAGTGTGGACAAGGTTGTACGGAAGATGAGCTTTATCCAACCTATGTTTCATCTCTAGGAGGCTTGCAAGTACAAGGAGT
AGCTGCTGGATTGTGGCATACTGTCTGTATCACTGTGACGGGAGATGTCTATGCCTTTGGTGGAAATCAATTTGGTCAACTTGGCACAGGTGGAGACCAAGCTGAGATGTTTCCAAGGCTTTTGGAGGCATCAAGTTTGGAGCATGAACATGCTAAAATGGTTTCCTGTGGGGCTCGACATAGTGCTATATGTACAGAAA
ATGGAAAGGCCTTTTGCTGGGGCTGGAACAAGTATGGACAGCTTGGATTGGGTGATGCCATCGATAGGAACATCCCGTGTGAAGCTCAATTTGAAAATTGCTTTGTTAAAAGTGTTGCATGCGGATGGTGGCACACATTAGCATCAGCCACTTCTCAATAAGGGTTGTTGATAAAAATGCAATGTTCGAGGGCTCGGCAA
TCAGATTATCTGGCATACCAAAGATTCTCAGCAATCAGATTATGTGATATACTGTGGGTGGTTTACTTTTAAGTTACACTCAGTTTTGGATTTTGGGGTCTTGCCTTAAAAAGGCACGGATAAATTCCTACATCTAGTGTTTATAGAGTTCTAAACATTCCTATACTGGACCTTGTAAATCATGCGCACAACTGATCTTT
GACAAATCTGATGATTGCTAAGCAGGTAGATTGAGATTGGTTCCTATAATGCTGGCTTCTTGTATCTATAAGTCTGAATTGTATGTATGTGGATGCTGGTAACTGTGGATGATGCTGGTAACTGTGGATGCTAGCTTCTTGTATCTATAAGTCTGAATTGTTCATGTGCATCCAGAGTTCCAAATCATGCATTTTTTGCC
AGGCCTAAAAGGTGTTCAGGATAATTATTTGTTCCAAGTTACCTGTGGAAACTTGCTGTAAGATGCAAGCTTGAATGGATCACATGTATGTGGATGCTGGTAACTGTGGATGATGCTGGTAACTGTGGATGCTAGCTTCTTGTATCTATAAGTCTGA

>TRINITY_DN99794_c0_g1_i4 from sample A4 / Example unspliced isoform:

CCCCAGCCAAGCCACTAGCCACTTGTGGGTTGATATTGAGTTCATAGTTGCATTCAAATTCTTAGGCCAGTTCTCGAGAATATTTAGAACAGTTTGCCTAGTGCATCCCTAAGCACAAGAGAAAATTCTAGATGGCGACATCCATAAGCTGTTTACTGCATAGGGATGTCCTCCGGCCCATCATGGGTATTTGTCAAGCA
TGTATGAAAATCCATTCAAGCAGAATGAACAACAATAGCACCCTGCTAGGATGATGTAAGTGCATGTATGAAAATCCATTCAAGCAGAATGAACAACAATAGCACCCTGCTAGGATGATGTCAATGCAAAGTGAAAGGGAGGATATGTCGTTTTTATAGGATCCACTGACTTCTTTATTTAATATGCTTGGTTGCAGGTC
GTTATCGTGGTCCTTATAGGCCTTTACTTGAATGCATGTCAAATAAGTAATTAGATTGATATAGTTGTTTGATTATTAACGTCTATTCGTTGTAGTGTGGACAAGGTTGTACGGAAGATGAGCTTTATCCAACCTATGTTTCATCTCTAGGAGGCTTGCAAGTACAAGGAGTAGCTGCTGGATTGTGGCATACTGTCTGT
ATCACTGTGACGGGAGATGTCTATGCCTTTGGTGGAAATCAATTTGGTCAACTTGGCACAGGTGGAGACCAAGCTGAGATGTTTCCAAGGCTTTTGGAGGCATCAAGTTTGGAGCATGAACATGCTAAAATGGTTTCCTGTGGGGCTCGACATAGTGCTATATGTACAGgtactatacgtggagtcttatcatgtcattt
ataatgtatgagtttcattttcaatattttccagtggcttgtctttttattagttggttccctaaagaatggcatatcaatcaagaatgtgattgttttgggtctaaaagcatagcagaatagtagaacgtgtttccttcatgttgcgagcaattgataatttgatatattagatttgttacttgttgaggctacccttt
gtctttcagatctcgaaagaactttgctctaacaaagtatgcgaagctcttggattgccccaacgctcaccatagatgcaaatttgtttttggtctgcctgtagatatggatggtctttatgaagtttatgaaaatgcatatttaagtattgatttagtctgtaatgttgtttggtttctaagAAAATGGAAAGGCCTTT
TGCTGGGGCTGGAACAAGTATGGACAGCTTGGATTGGGTGATGCCATCGATAGGAACATCCCGTGTGAAGCTCAATTTGAAAATTGCTTTGTTAAAAGTGTTGCATGCGGATGGTGGCACACATTAGCATCAGCCACTTCTCAATAAGGGTTGTTGATAAAAATGCAATGTTCGAGGGCTCGGCAATCAGATTATCTGGC
ATACCAAAGATTCTCAGCAATCAGATTATGTGATATACTGTGGGTGGTTTACTTTTAAGTTACACTCAGTTTTGGATTTTGGGGTCTTGCCTTAAAAAGGCACGGATAAATTCCTACATCTAGTGTTTATAGAGTTCTAAACATTCCTATACTGGACCTTGTAAATCATGCGCACAACTGATCTTTGACAAATCTGATGA
TTGCTAAGCAGGTAGATTGAGATTGGTTCCTATAATGCTGGCTTCTTGTATCTATAAGTCTGAATTGTATGTATGTGGATGCTGGTAACTGTGGATGATGCTGGTAACTGTGGATGCTAGCTTCTTGTATCTATAAGTCTGAATTGT