sp|Q9C7A8|PSF2_ARATH ----> DNA replication complex GINS protein PSF2

Intron 1 GTATGTATTT ... TTAATTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	35.78	201	112	11.3
A2	34.45	156	82	2.3
A3	32.35	184	88	9.3
A4	29.67	128	54	2.7
A5	31.19	75	34	2.7
A6	30.79	642	285.7	29
A7	32.63	914	442.7	35
A8	30.93	981	439.3	49
A9	33.15	873	433	38.7
A10	32.82	814	397.7	31.3

>TRINITY_DN129273_c2_g2_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

TATCACATATCTTGAATATGTATATTGGATGATTTCCCACCAAAATAAAAAGTTTGGATGCTCCCGCCCTCATGTTCCAACTCAGTCGAAACTCGACCCCAGATCTTCACGCAGCGGCAAAGACAGTCCTATGTAGCCTGTGACAGAGGTATAGAGGTACCCGCGACGCCCTCGTCCCGAAAGACGCGATAAAGAGGAAG
AGCAAAGCACCAGAGGCGCAGCAAAGGACCCACAAGCCCTTCAGATGCAGAGATATACCGTAGACAGGAATTTTGCCAGTGCATAAAGGCTAATTAATAGAGCAATGGCTGGCCAGTCCGATCCACAGTTATCGCTTTTCTCTTCAGCAGAGGTTGAATTTTTGGCAGAGGACGAAATGACAGACATTATTCCAAACGTG
CGCATGGATGCTTTAAACATGATTTGTGGAGATTTTGGTCCATTCCGTCCTCAAATCCCTTCAAAAGTACCGCTATGGTTGGCAATTGCATTGAAGAAACGTGGGAAATGTAGAATACAACCACCAAGTTGGATGACTGTTGAGAGATTGACAGAAGTTCTTGATGCTGAGCGTGAAGCCCCAAGAGAATTTCAGCCACT
GCCATTCCATTATGTGGAGATCTCAAGGTTGCTTTTCGACTACGCACGTGATGATATACCAGACATATATCTTGTAAGGTCTTTAATAGAAGATATAAGGGATGTCAGATTCCACAAGGTTGAGACTGGCTTAGAGTCAATTGACTCTAGAACTCATGCAGTGAAGGTCAATCTAGTGCGGCCATTTATAGTGAGAGCTC
TTCAAACTTTCTATAAACATGATACTGGAGACGAACAAGTGGATGGCAATAGCCAACCTGCTCCAGCAGATCGTGGTGCACGACGTGTGCTCCGACCTCGCTAAATATTCCAGATGTTGCTGGTTGAAGATTCCTGAGATGAATTGTCAAAAATTGACTGTAGTATAGACATTGAATTATCATTGTTAATGTTTCCATTT
GAATATGAGCAATTCAAAGAAGTCAAATTTTGCTGACAGGCTTTGGCAGTACATTCTTGCTGACGTGTCAGGTTATTGCCCATAATCCATTAAAACAGTTTCCAAGTAGTCACGTCTGCACCCCAAAATTATCAATGTATATAGCACTGGTTTTTTTTCCACTTTTGATAAAAACAATCAAAATGAATGTGAAATACTAA
TAGATAAATGAGGAACTGGGGAGCTGATAACATTCTTCTTTCTCAAATTGGCAATATATCTCTCATAGTTTAAGATTATGCAGACTTTCTATTGTATCTACTATGCAGGGAACTTACAAAATTTTGTACAAAGAAAAACTGTAGTATGATTTGAAATTGTTGCACAGATCAGTTGATTCAAAAGGTTAAGTCTTAATACC
AAAAATCTCATAGCCAAGATTAGTGTTCTGTGTAGGTTCCGCAATTTGAAGAAATGCATAAAAAGGCCTGCC

>TRINITY_DN129273_c2_g2_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TTTTATATTGTCGTGAAATATTTTAATTACTTGTAGTCTGTTAACAAGTATTTTAAACAATTAGAGTATACAAAGGTTTTGATTTTGTTTTTAGTGTAGGTTGAATTTTTGGCAGAGGACGAAATGACAGACATTATTCCAAACGTGCGCATGGATGCTTTAAACATGATTTGTGTATAGACCATCTCCATCTCTCCTTG
TTACTTGGGAATCAGTGTGCACATTTGTTCTTTCTATTCTTCTTTGGAATTTCCATGTTTTATTTATTGGCTTCAACTATGTTAGGTTTTCTTTATACAATTTGATTTTTGGCTCTAACGGAGGCTTAAATATTTTTAAAATATGTGTAGGGAGATTTTGGTCCATTCCGTCCTCAAATCCCTTCAAAAGTACCGCTATG
GTTGGCAATTGCATTGAAGAAACGTGGGAAATGTAGAATACAACCACCAAGTTGGATGACTGTTGAGAGATTGACAGAAGTTCTTGATGCTGAGCGTGAAGCCCCAAGAGAATTTCAGCCACTGCCATTCCATTATGTGGAGATCTCAAGGTTGCTTTTCGACTAgtatgtatttctaacaatgcccttattgccattat
tttaattgccatttgagtcttttgtgttgattcaaggaacaatgtggaggcacattcttttccagctgtaatatctaacctcttttttaaacaattggcttattgattaattttagCGCACGTGATGATATACCAGACATATATCTTGTAAGTATTCTTTGAGGTTACTTTTATTATCATCTTTTAAATAATAATATATA
CTTACAAATTGCTTTTGCTTAGAGTAGCTTGAATGTATGTTTCCAATTTCAACCTTGTTGTAG

Intron 2 GTAAGTATAC ... GATTGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	18.54	123	0	28
A2	15.12	73	0	13
A3	10.92	106	0	13
A4	15.73	75	0	14
A5	14.89	40	0	7
A6	15.64	561	2	104
A7	17.78	666	0	144
A8	14.94	1184.3	4	208
A9	15.38	765	0	139
A10	12.83	469	0	69

>TRINITY_DN40655_c1_g2_i3 from sample A9 / Example spliced isoform

CACAAACACAAGAAACATCCCCTTAAAATTCGTTACGGAGTATTTTCTTTTAAAAATATGTGAAATATATCTGAACAGTTATCACATATCTTGAATATGTATATTGGATGATTTCCCACCAAAATAAAAAGTTTGGATGCTCCCGCCCTCATGTTCCAACTCAGTCGAAACTCGACCCCAGATCTTCACGCAGCGGCAAA
GACAGTCCTATGTAGCCTGTGACAGAGGTATAGAGGTACCCGCGACGCCCTCGTCCCGAAAGACGCGATAAAGAGGAAGAGCAAAGCACCAGAGGCGCAGCAAAGGACCCACAAGCCCTTCAGATGCAGAGATATACCGTAGACAGGAATTTTGCCAGTGCATAAAGGCTAATTAATAGAGCAATGGCTGGCCAGTCCGA
TCCACAGTTATCGCTTTTCTCTTCAGCAGAGGTTGAATTTTTGGCAGAGGACGAAATGACAGACATTATTCCAAACGTGCGCATGGATGCTTTAAACATGATTTGTGGAGATTTTGGTCCATTCCGTCCTCAAATCCCTTCAAAAGTACCGCTATGGTTGGCAATTGCATTGAAGAAACGTGGGAAATGTAGAATACAAC
CACCAAGTTGGATGACTGTTGAGAGATTGACAGAAGTTCTTGATGCTGAGCGTGAAGCCCCAAGAGAATTTCAGCCACTGCCATTCCATTATGTGGAGATCTCAAGGTTGCTTTTCGACTACGCACGTGATGATATACCAGACATATATCTTGTAAGGTCTTTAATAGAAGATATAAGGGATGTCAGATTCCACAAGGTT
GAGACTGGCTTAGAGTCAATTGACTCTAGAACTCATGCAGTGAAGGTCAATCTAGTGCGGCCATTTATAGTGAGAGCTCTTCAAACTTTCTATAAACATGATACTGGAGACGAACAAGTGGATGGCAATAGCCAACCTGCTCCAGCAGATCGTGGTGCACGACGTGTGCTCCGACCTCGCTAAATATTCCAGATGTTGCT
GGTTGAAGATTCCTGAGATGAATTGTCAAAAATTGACTGTAGTATAGACATTGAATTATCATTGTTAATGTTTCCATTTGAATATGAGCAATTCAAAGAAGTCAAATTTTGCTGACAGGCTTTGGCAGTACATTCTTGCTGACGTGTCAGGTTATTGCCCATAATCCATTAAAACAGTTTCCAAGTAGTCACGTCTGCAC
CCCAAAATTATCAATGTATATAGCACTGGTTTTTTTTCCACTTTTGATAAAAACAATCAAAATGAATGTGAAATACTAATAGATAAATGAGGAACTGGGGAGCTGATAACATTCTTCTTTCTCAAATTGGCAATATATCTCTCATAGTTTAAGATTATGCAGACTTTCTATTGTATCTACTATGCAGGGAACTTACAAAA
TTTTGTACAAAGAAAAACTGTAGTATGATTTGAAATTGTTGCACAGATCAGTTGATTCAAAAGGTTAAGTCTTAATACCAAAAATCTCATAGCCAAGATTAGTGTTCTGTGTAGGTTCCGCAATTTGAAGAAATGCATAAAAAGGCC

>TRINITY_DN40655_c1_g2_i1 from sample A9 / Example unspliced isoform:

CTCCAGCAGATCGTGGTGCACGAgtaagtatacatgtatttttgcatctgtagggacttgggtaatatgggatataagttcaaactgcttagatgatttaaatgatgtctttttgggcttcttatgaatacttttttatggttaaaattaattaggaaaacgctttgaatgcttttattttttcgctgattatttgtaaa
ttctctgatggttaaatctttcttatggattgtgcagCGTGTGCTCCGACCTCGCTAAATATTCCAGATGTTGCTGGTTGAAGATTCCTGAGATGAATTGTCAAAAATTGACTGTAGTATAGACATTGAATTATCATTGTTAATGTTTCCATTTGAATATGAGCAATTCAAAGAAGTCAAATTTTGCTGACAGGCTTTGG
CAGTACATTCTTGCTGACGTGTCAGGTTATTGCCCATAATCCATTAAAACAGTTTCCAAGTAGTCACGTCTGCACCCCAAAATTATCAATGTATATAGCACTGGTTTTTTTTCCACTTTTGATAAAAACAATCAAAATGAATGTGAAATACTAATAGATAAATGAGGAACTGGGGAGCTGATAACATTCTTCTTTCTCAA
ATTGGCAATATATCTCTCATAGTTTAAGATTATGCAGACTTTCTATTGTATCTACTATGCAGGGAACTTACAAAATTTTGTACAAAGAAAAACTGTAGTATGATTTGAAATTGTTGCACAGATCAGTTGATTCAAAAGGTTAAGTCTTAATACCAAAAATCTCATAGCCAAGATTAGTGTTCTGTGTAGGTTCCGCAATT
TGAAGAAATGCATAAAAAGGCC

Intron 3 GTAATTTTTT ... ACGTTGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	16.61	123	29	20
A2	12.26	93	13	13
A3	10.6	97	14	9
A4	15.03	65	13	10
A5	14.5	56	11	8
A6	13.5	490.5	83	70
A7	13.69	633.5	113	88
A8	13.36	856.5	138	126
A9	12.95	642	108	83
A10	13.04	510	101	52

>TRINITY_DN36139_c0_g1_i4 from sample A8 / Example spliced isoform

AGAGATTCTACCTTTGATGCTGAAAAGTCAACGGACTCCATGGGAATGCATGTGGGTCCTTAGCATCACACCTACGGAGAAGGAAACACCTAGCACCACCAATCAGAAATGAAAGATAAAGAGAGCTATTGACAACCCCGCACCAAAAAGAAGAAGAATATAAACACCAGATACCGATGTGATGGCAAATAATAGGTCTA
CAGAGTAGTAAGCCACTGTCTCCTAGAAAGGAATAAAGACAACCAAACAAATGAGGACTGATAACCTCTTAACTGAATAACCCATGGGCCACGAGAGAACCATGTCAACATTTGTAGTCAAGATGAAGCAGGAGAGTCTGGGAGGAAAATCACTACAAAAACCTGCTGGCATGGCTTCCTGCCATCAGTGGCGGTGCTGA
ACTGAACCCTAGCAGCTGCTCCATCTTCCCCAGTAGCCTCCTGCATATTACCAACTAAACACTACACTGACACCCCTTGTAACTGATGCCTAACATTTTTTTTTGAAATTTATGCATCTGTATTTGTTCTTCTTTAGTAGATCTTTTAATGGTTATTTATGGTCTATAACATTCTGGGTTTCTTTGAAGTGTTCAACTTT
AAATGTGGGAAAACAATTAATTCATTGCCTACACAGAGAGATTGACAGAAGTTCTTGATGCTGAGCGTGAAGCCCCAAGAGAATTTCAGCCACTGCCATTCCATTATGTGGAGATCTCAAGGTTGCTTTTCGACTACGCACGTGATGATATACCAGACATATATCTTGTAAGGTCTTTAATAGAAGATATAAGGGATGTC
AGATTCCACAAGGTTGAGACTGGCTTAGAGTCAATTGACTCTAGAACTCATGCAGTGAAGCTAAAAAACCTTTCTGCTATGGAGGTCAATCTAGTGCGGCCATTTATAGTGAGAGCTCTTCAAACTTTCTATAAACATGATACTGGAGACGAACAAGTGGATGGCAATAGCCAACCTGCTCCAGCAGATCGTGGTGCACG
ACGTGTGCTCCGACCTCGCTAAATATTCCAGATGTTGCTGGTTGAAGATTCCTGAGATGAATTGTCAAAAATTGACTGTAGTATAGACATTGAATTATCATTGTTAATGTTTCCATTTGAATATGAGCAATTCAAAGAAGTCAAATTTTGCTGACAGGCTTTGGCAGTACATTCTTGCTGACGTGTCAGGTTATTGCCCA
TAATCCATTAAAACAGTTTCCAAGTAGTCACGTCTGCACCCCAAAATTATCAATGTATATAGCACTGGTTTTTTTTCCACTTTTGATAAAAACAATCAAAATGAATGTGAAATACTAATAGATAAATGAGGAACTGGGGAGCTGATAACATTCTTCTTTCTCAAATTGGCAATATATCTCTCATAGTTTAAGATTATGCA
GACTTTCTATTGTATCTACTATGCAGGGAACTTACAAAATTTTGTACAAAGAAAAACTGTAGTATGATTTGAAATTGTTGCACAGATCAGTTGATTCAAAAGGTTAAGTCTTAATACCAAAAATCTCATAGCCAAGATTAGTGTTCTGTGTAGGTTCCGCAATTTGAAGAAATGCATAAAAAGGCC

>TRINITY_DN36139_c0_g1_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TGAAAGTGGCTCGGTTTACAGTTGTAAAAAAAAGAAGTTACAATCGCACACAAACACAAGAAACATCCCCTTAAAATTCGTTACGGAGTATTTTCTTTTAAAAATATGTGAAATATATCTGAACAGTTATCACATATCTTGAATATGTATATTGGATGATTTCCCACCAAAATAAAAAGTTTGGATGCTCCCGCCCTCAT
GTTCCAACTCAGTCGAAACTCGACCCCAGATCTTCACGCAGCGGCAAAGACAGTCCTATGTAGCCTGTGACAGAGGTATAGAGGTACCCGCGACGCCCTCGTCCCGAAAGACGCGATAAAGAGGAAGAGCAAAGCACCAGAGGCGCAGCAAAGGACCCACAAGCCCTTCAGATGCAGAGATATACCGTAGACAGGAATTT
TGCCAGTGCATAAAGGCTAATTAATAGAGCAATGGCTGGCCAGTCCGATCCACAGTTATCGCTTTTCTCTTCAGCAGAGGTTGAATTTTTGGCAGAGGACGAAATGACAGACATTATTCCAAACGTGCGCATGGATGCTTTAAACATGATTTGTGGAGATTTTGGTCCATTCCGTCCTCAAATCCCTTCAAAAGTACCGC
TATGGTTGGCAATTGCATTGAAGAAACGTGGGAAATGTAGAATACAACCACCAAGTTGGATGACTGTTGAGAGATTGACAGAAGTTCTTGATGCTGAGCGTGAAGCCCCAAGAGAATTTCAGCCACTGCCATTCCATTATGTGGAGATCTCAAGGTTGCTTTTCGACTACGCACGTGATGATATACCAGACATATATCTT
GTAAGGTCTTTAATAGAAGATATAAGGGATGTCAGATTCCACAAGGTTGAGACTGGCTTAGAGTCAATTGACTCTAGAACTCATGCAGTGAAGgtaattttttttaaatatgaagatattcttaatatatgcttgaaagattagggtaaaataagcgaatgctttctagtgtcacataccttgaattaaaaattgcaaac
gttggcagCTAAAAAACCTTTCTGCTATGGAGGTCAATCTAGTGCGGCCATTTATAGTGAGAGCTCTTCAAACTTTCTATAAACATGATACTGGAGACGAACAAGTGGATGGCAATAGCCAACCTGCTCCAGCAGATCGTGGTGCACGACGTGTGCTCCGACCTCGCTAAATATTCCAGATGTTGCTGGTTGAAGATTCC
TGAGATGAATTGTCAAAAATTGACTGTAGTATAGACATTGAATTATCATTGTTAATGTTTCCATTTGAATATGAGCAATTCAAAGAAGTCAAATTTTGCTGACAGGCTTTGGCAGTACATTCTTGCTGACGTGTCAGGTTATTGCCCATAATCCATTAAAACAGTTTCCAAGTAGTCACGTCTGCACCCCAAAATTATCA
ATGTATATAGCACTGGTTTTTTTTCCACTTTTGATAAAAACAATCAAAATGAATGTGAAATACTAATAGATAAATGAGGAACTGGGGAGCTGATAACATTCTTCTTTCTCAAATTGGCAATATATCTCTCATAGTTTAAGATTATGCAGACTTTCTATTGTATCTACTATGCAGGGAACTTACAAAATTTTGTACAAAGA
AAAACTGTAGTATGATTTGAAATTGTTGCACAGATCAGTTGATTCAAAAGGTTAAGTCTTAATACCAAAAATCTCATAGCCAAGATTAGTGTTCTGTGTAGGTTCCGCAATTTGAAGAAATGCATAAAAAGGCC

Intron 4 GTAATTTTTT ... TGCTATGGAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	22.27	164	29	65
A2	18.32	107	13	35
A3	17.61	131	14	42
A4	19.8	81	13	27
A5	18.29	67	11	19
A6	18.9	607	83	200
A7	19.42	751	113	249
A8	20.16	1095	138	415
A9	19.53	820	108	290
A10	18.34	590	101	164

>TRINITY_DN36139_c0_g1_i2 from sample A8 / Example spliced isoform

TGAAAGTGGCTCGGTTTACAGTTGTAAAAAAAAGAAGTTACAATCGCACACAAACACAAGAAACATCCCCTTAAAATTCGTTACGGAGTATTTTCTTTTAAAAATATGTGAAATATATCTGAACAGTTATCACATATCTTGAATATGTATATTGGATGATTTCCCACCAAAATAAAAAGTTTGGATGCTCCCGCCCTCAT
GTTCCAACTCAGTCGAAACTCGACCCCAGATCTTCACGCAGCGGCAAAGACAGTCCTATGTAGCCTGTGACAGAGGTATAGAGGTACCCGCGACGCCCTCGTCCCGAAAGACGCGATAAAGAGGAAGAGCAAAGCACCAGAGGCGCAGCAAAGGACCCACAAGCCCTTCAGATGCAGAGATATACCGTAGACAGGAATTT
TGCCAGTGCATAAAGGCTAATTAATAGAGCAATGGCTGGCCAGTCCGATCCACAGTTATCGCTTTTCTCTTCAGCAGAGGTTGAATTTTTGGCAGAGGACGAAATGACAGACATTATTCCAAACGTGCGCATGGATGCTTTAAACATGATTTGTGGAGATTTTGGTCCATTCCGTCCTCAAATCCCTTCAAAAGTACCGC
TATGGTTGGCAATTGCATTGAAGAAACGTGGGAAATGTAGAATACAACCACCAAGTTGGATGACTGTTGAGAGATTGACAGAAGTTCTTGATGCTGAGCGTGAAGCCCCAAGAGAATTTCAGCCACTGCCATTCCATTATGTGGAGATCTCAAGGTTGCTTTTCGACTACGCACGTGATGATATACCAGACATATATCTT
GTAAGGTCTTTAATAGAAGATATAAGGGATGTCAGATTCCACAAGGTTGAGACTGGCTTAGAGTCAATTGACTCTAGAACTCATGCAGTGAAGGTCAATCTAGTGCGGCCATTTATAGTGAGAGCTCTTCAAACTTTCTATAAACATGATACTGGAGACGAACAAGTGGATGGCAATAGCCAACCTGCTCCAGCAGATCG
TGGTGCACGACGTGTGCTCCGACCTCGCTAAATATTCCAGATGTTGCTGGTTGAAGATTCCTGAGATGAATTGTCAAAAATTGACTGTAGTATAGACATTGAATTATCATTGTTAATGTTTCCATTTGAATATGAGCAATTCAAAGAAGTCAAATTTTGCTGACAGGCTTTGGCAGTACATTCTTGCTGACGTGTCAGGT
TATTGCCCATAATCCATTAAAACAGTTTCCAAGTAGTCACGTCTGCACCCCAAAATTATCAATGTATATAGCACTGGTTTTTTTTCCACTTTTGATAAAAACAATCAAAATGAATGTGAAATACTAATAGATAAATGAGGAACTGGGGAGCTGATAACATTCTTCTTTCTCAAATTGGCAATATATCTCTCATAGTTTAA
GATTATGCAGACTTTCTATTGTATCTACTATGCAGGGAACTTACAAAATTTTGTACAAAGAAAAACTGTAGTATGATTTGAAATTGTTGCACAGATCAGTTGATTCAAAAGGTTAAGTCTTAATACCAAAAATCTCATAGCCAAGATTAGTGTTCTGTGTAGGTTCCGCAATTTGAAGAAATGCATAAAAAGGCC

>TRINITY_DN36139_c0_g1_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TGAAAGTGGCTCGGTTTACAGTTGTAAAAAAAAGAAGTTACAATCGCACACAAACACAAGAAACATCCCCTTAAAATTCGTTACGGAGTATTTTCTTTTAAAAATATGTGAAATATATCTGAACAGTTATCACATATCTTGAATATGTATATTGGATGATTTCCCACCAAAATAAAAAGTTTGGATGCTCCCGCCCTCAT
GTTCCAACTCAGTCGAAACTCGACCCCAGATCTTCACGCAGCGGCAAAGACAGTCCTATGTAGCCTGTGACAGAGGTATAGAGGTACCCGCGACGCCCTCGTCCCGAAAGACGCGATAAAGAGGAAGAGCAAAGCACCAGAGGCGCAGCAAAGGACCCACAAGCCCTTCAGATGCAGAGATATACCGTAGACAGGAATTT
TGCCAGTGCATAAAGGCTAATTAATAGAGCAATGGCTGGCCAGTCCGATCCACAGTTATCGCTTTTCTCTTCAGCAGAGGTTGAATTTTTGGCAGAGGACGAAATGACAGACATTATTCCAAACGTGCGCATGGATGCTTTAAACATGATTTGTGGAGATTTTGGTCCATTCCGTCCTCAAATCCCTTCAAAAGTACCGC
TATGGTTGGCAATTGCATTGAAGAAACGTGGGAAATGTAGAATACAACCACCAAGTTGGATGACTGTTGAGAGATTGACAGAAGTTCTTGATGCTGAGCGTGAAGCCCCAAGAGAATTTCAGCCACTGCCATTCCATTATGTGGAGATCTCAAGGTTGCTTTTCGACTACGCACGTGATGATATACCAGACATATATCTT
GTAAGGTCTTTAATAGAAGATATAAGGGATGTCAGATTCCACAAGGTTGAGACTGGCTTAGAGTCAATTGACTCTAGAACTCATGCAGTGAAGgtaattttttttaaatatgaagatattcttaatatatgcttgaaagattagggtaaaataagcgaatgctttctagtgtcacataccttgaattaaaaattgcaaac
gttggcagctaaaaaacctttctgctatggagGTCAATCTAGTGCGGCCATTTATAGTGAGAGCTCTTCAAACTTTCTATAAACATGATACTGGAGACGAACAAGTGGATGGCAATAGCCAACCTGCTCCAGCAGATCGTGGTGCACGACGTGTGCTCCGACCTCGCTAAATATTCCAGATGTTGCTGGTTGAAGATTCC
TGAGATGAATTGTCAAAAATTGACTGTAGTATAGACATTGAATTATCATTGTTAATGTTTCCATTTGAATATGAGCAATTCAAAGAAGTCAAATTTTGCTGACAGGCTTTGGCAGTACATTCTTGCTGACGTGTCAGGTTATTGCCCATAATCCATTAAAACAGTTTCCAAGTAGTCACGTCTGCACCCCAAAATTATCA
ATGTATATAGCACTGGTTTTTTTTCCACTTTTGATAAAAACAATCAAAATGAATGTGAAATACTAATAGATAAATGAGGAACTGGGGAGCTGATAACATTCTTCTTTCTCAAATTGGCAATATATCTCTCATAGTTTAAGATTATGCAGACTTTCTATTGTATCTACTATGCAGGGAACTTACAAAATTTTGTACAAAGA
AAAACTGTAGTATGATTTGAAATTGTTGCACAGATCAGTTGATTCAAAAGGTTAAGTCTTAATACCAAAAATCTCATAGCCAAGATTAGTGTTCTGTGTAGGTTCCGCAATTTGAAGAAATGCATAAAAAGGCC

Intron 5 GTATAGACCA ... ATATGTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	15.38	165	4	30
A2	24.34	115	2	37
A3	16.59	181	0	36
A4	13.64	95	0	15
A5	23.86	67	6	21
A6	15.71	531	2	99
A7	14.3	893	4	149
A8	18.91	729	2	170
A9	13.64	874	2	138
A10	14.09	805	5	132

>TRINITY_DN129273_c2_g2_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

TATCACATATCTTGAATATGTATATTGGATGATTTCCCACCAAAATAAAAAGTTTGGATGCTCCCGCCCTCATGTTCCAACTCAGTCGAAACTCGACCCCAGATCTTCACGCAGCGGCAAAGACAGTCCTATGTAGCCTGTGACAGAGGTATAGAGGTACCCGCGACGCCCTCGTCCCGAAAGACGCGATAAAGAGGAAG
AGCAAAGCACCAGAGGCGCAGCAAAGGACCCACAAGCCCTTCAGATGCAGAGATATACCGTAGACAGGAATTTTGCCAGTGCATAAAGGCTAATTAATAGAGCAATGGCTGGCCAGTCCGATCCACAGTTATCGCTTTTCTCTTCAGCAGAGGTTGAATTTTTGGCAGAGGACGAAATGACAGACATTATTCCAAACGTG
CGCATGGATGCTTTAAACATGATTTGTGGAGATTTTGGTCCATTCCGTCCTCAAATCCCTTCAAAAGTACCGCTATGGTTGGCAATTGCATTGAAGAAACGTGGGAAATGTAGAATACAACCACCAAGTTGGATGACTGTTGAGAGATTGACAGAAGTTCTTGATGCTGAGCGTGAAGCCCCAAGAGAATTTCAGCCACT
GCCATTCCATTATGTGGAGATCTCAAGGTTGCTTTTCGACTACGCACGTGATGATATACCAGACATATATCTTGTAAGGTCTTTAATAGAAGATATAAGGGATGTCAGATTCCACAAGGTTGAGACTGGCTTAGAGTCAATTGACTCTAGAACTCATGCAGTGAAGGTCAATCTAGTGCGGCCATTTATAGTGAGAGCTC
TTCAAACTTTCTATAAACATGATACTGGAGACGAACAAGTGGATGGCAATAGCCAACCTGCTCCAGCAGATCGTGGTGCACGACGTGTGCTCCGACCTCGCTAAATATTCCAGATGTTGCTGGTTGAAGATTCCTGAGATGAATTGTCAAAAATTGACTGTAGTATAGACATTGAATTATCATTGTTAATGTTTCCATTT
GAATATGAGCAATTCAAAGAAGTCAAATTTTGCTGACAGGCTTTGGCAGTACATTCTTGCTGACGTGTCAGGTTATTGCCCATAATCCATTAAAACAGTTTCCAAGTAGTCACGTCTGCACCCCAAAATTATCAATGTATATAGCACTGGTTTTTTTTCCACTTTTGATAAAAACAATCAAAATGAATGTGAAATACTAA
TAGATAAATGAGGAACTGGGGAGCTGATAACATTCTTCTTTCTCAAATTGGCAATATATCTCTCATAGTTTAAGATTATGCAGACTTTCTATTGTATCTACTATGCAGGGAACTTACAAAATTTTGTACAAAGAAAAACTGTAGTATGATTTGAAATTGTTGCACAGATCAGTTGATTCAAAAGGTTAAGTCTTAATACC
AAAAATCTCATAGCCAAGATTAGTGTTCTGTGTAGGTTCCGCAATTTGAAGAAATGCATAAAAAGGCCTGCC

>TRINITY_DN129273_c2_g2_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TTTTATATTGTCGTGAAATATTTTAATTACTTGTAGTCTGTTAACAAGTATTTTAAACAATTAGAGTATACAAAGGTTTTGATTTTGTTTTTAGTGTAGGTTGAATTTTTGGCAGAGGACGAAATGACAGACATTATTCCAAACGTGCGCATGGATGCTTTAAACATGATTTGTgtatagaccatctccatctctccttg
ttacttgggaatcagtgtgcacatttgttctttctattcttctttggaatttccatgttttatttattggcttcaactatgttaggttttctttatacaatttgatttttggctctaacggaggcttaaatatttttaaaatatgtgtagGGAGATTTTGGTCCATTCCGTCCTCAAATCCCTTCAAAAGTACCGCTATG
GTTGGCAATTGCATTGAAGAAACGTGGGAAATGTAGAATACAACCACCAAGTTGGATGACTGTTGAGAGATTGACAGAAGTTCTTGATGCTGAGCGTGAAGCCCCAAGAGAATTTCAGCCACTGCCATTCCATTATGTGGAGATCTCAAGGTTGCTTTTCGACTAGTATGTATTTCTAACAATGCCCTTATTGCCATTAT
TTTAATTGCCATTTGAGTCTTTTGTGTTGATTCAAGGAACAATGTGGAGGCACATTCTTTTCCAGCTGTAATATCTAACCTCTTTTTTAAACAATTGGCTTATTGATTAATTTTAGCGCACGTGATGATATACCAGACATATATCTTGTAAGTATTCTTTGAGGTTACTTTTATTATCATCTTTTAAATAATAATATATA
CTTACAAATTGCTTTTGCTTAGAGTAGCTTGAATGTATGTTTCCAATTTCAACCTTGTTGTAG