NA ----> NA

Intron 1 GTCTGCTAAA ... TTTTCTGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	71.43	2	0	5
A2	75	2	0	6
A3	60	6	1	9
A4	50	5	0	5
A5	20	4	1	1
A6	45.71	19	0	16
A7	46.15	14	0	12
A8	60.87	9	0	14
A9	53.85	12	0	14
A10	44.44	15	1	12

>TRINITY_DN43623_c0_g1_i6 from sample A10 / Example spliced isoform

CGAAAAGATGAACTTCAATTTGATTTAATCATAGGCTTCTAACACATCAAAATCAGGGGTCGTTATTACGATTACAAAACAAAATAACTGCAGAGCCTGACACAAGAGTCCTCGTAAACATTACAAAGTCTGGAATGCTTCGGAACTCAAACGAATCCACAATATTAAAGAGCTTTTTATGCCATGCAATCTGCCCTGGA
ATTTATTATGACAACATTCCCATCATAAGTTTATATTGGTGCGTGCTGCAGCTGCTGCTGATTGGAGCTCCTTATGGACGGAAGGACGTCCTTCGTGGCTATCGAATCTTTCTCGCGGTGCACGAGGCGGCCATCCCAGTCCTGAGGAAGGTTGGTTTCGGGCAGAACATGGATCTGGATACTAGGCAACCTTTTCTCAG
TCATCAAGATGTTCATCACGATGAGGATGAACGGGAAAAAAGCAGGACAGAGGAAAAACGGGATTGTGCTGGGATTCTTTGCCCTCCAATTTCACGGTGGGCGAAATGGTTGGTTGGATCAGCGATATGGATTGGGAGAGGAATTTCTTGTGTTTGTGCCCGACAAAGTGACACCAATGCCATAGTTACCATTGATTTGA
CGCCAATTCAAGAAGAAAGATTGCAAAGATTGAAGCATCGTGTTGAAGTTGCATTTGATCCTGAAAGAGAAGATCACCAGGAGACATTGAAGGCTCTTTGGTATGCTGCCTTTCCTGGACGAGAGTTTCATGGTTTGATTTCAGAGCAGTGGAAGGACATGGGATGGCAGGGAAAAGATCCATCTACTGATTTTATGGAA
GGACATGGGATGGCAGGGAAAAGATCCATCTACTGATTTTAGGGGAGGTGGCTTTATATCTTTGGAGAATTTGCTTTTCTTTGCAAAGACATATCCTAGATCCTTTCAACGCCTCCTCCAAAAGCAAGAAGGAACTAGAGCCACATGGGAGTATCCATTTGCTGTAGCTGGTGTAAACATCACTTTCATGCTCATTCAGA
TGCTTGATCTTCGATCTGAAAAACCTAGCACATCAATGGGGGCAATCTTCCTAAAGATGCTTGCAGAGGATGAATGGGCATTTGACTTGCTTTACTGTATTACATTCGAAATAATGGATGAGCAATGGCTTGAAATGCAGGCTTCTTACATGGAATTCAATGTGTAAACTCGTTCTTTGATTTAATTCCTATTTTCTGTA
TGGACTATATCAACTGTATTTTGGGTCCTGTTTCAGGCTTACATAGAGCATTCGTTTTTCTTATTTGTGTTTAACTGCATTGCCTATCAGAATGTTTTGAAAGCCACTCGCTCTCAGCTTGAAAGAGAGTTGCAAATGGAGAATGTTTTCAGACTCAAAGACATGCAATCCTACACCTTGCTGTCGTCTCAATAACAATC
TTTAAACTGCGGCTTCTACAGAAAGTGGATCTGACTTGTTCTCCTAATTTTGTATTTGTTCCTTGGTCAAGCAGCTGTTCTGATTATGAGTGGTTTGAGTTACATTTTAAAGAAATTTATGCCTTTTGGCTATGGTTTATGAGTGGTTTGAGTTACATTTTAAAGAAATTTATGCCTTTTGGCTATGGTTGCGGAGTAAC
CATTTTTTGTTCCCATCGTTTCCTATTACATGTACTTCAATTCATTTTCTATTTAATATTGTTAAGGTTTCTGTAGACAAGATGAGATGTGGGACCGTAAAAAAGGATAATTAGCATTCTATTGTGGGATCGATATTGAACAAGAATCTTGGTAATCAGTTCGAATGCAAGATATAGTTTGGGTTGAACTTTCCAGTTAT
TTGATGTGTAAACGGAAGGAAATAATCCATACAGGTAATGCTATTCATCTCTATAATGCGTGGAATATATTTCTGTATGCCATGAGGAACAGTTAAACACCTTTCCCAGAATGTATGATGTTTCTGACAGTTGA

>TRINITY_DN43623_c0_g1_i3 from sample A10 / Example unspliced isoform:

ACGAGGCGGCCATCCCAGTCCTGgtctgctaaaatctccgaatattcatttaccggacattgttttggcctgtatatatcctttgactgataacgatttcattctcttccatatttagttggttaagctaggacttatggtttgcagtttgaagtttgaaccctgatgtttgcttgctatgttttctgaagAGGAAGGTT
GGTTTCGGGCAGAACATGGATCTGGATACTAGGCAACCTTTTCTCAGTCATCAAGATGTTCATCACGATGAGGATGAACGGGAAAAAAGCAGGACAGAGGAAAAACGGGATTGTGCTGGGATTCTTTGCCCTCCAATTTCACGGTGGGCGAAATGGTTGGTTGGATCAGCGATATGGATTGGGAGAGGAATTTCTTGTGT
TTGTGCCCGACAAAGTGACACCAATGCCATAGTTACCATTGATTTGACGCCAATTCAAGAAGAAAGATTGCAAAGATTGAAGCATCGTGTTGAAGTTGCATTTGATCCTGAAAGAGAAGATCACCAGGAGACATTGAAGGCTCTTTGGTATGCTGCCTTTCCTGGACGAGAGTTTCATGGTTTGATTTCAGAGCAGTGGA
AGGACATGGGATGGCAGGGAAAAGATCCATCTACTGATTTTATGGAAGGACATGGGATGGCAGGGAAAAGATCCATCTACTGATTTTAGGGGAGGTGGCTTTATATCTTTGGAGAATTTGCTTTTCTTTGCAAAGACATATCCTAGATCCTTTCAACGCCTCCTCCAAAAGCAAGAAGGAACTAGAGCCACATGGGAGTA
TCCATTTGCTGTAGCTGGTGTAAACATCACTTTCATGCTCATTCAGATGCTTGATCTTCGATCTGAAAAACCTAGCACATCAATGGGGGCAATCTTCCTAAAGATGCTTGCAGAGGATGAATGGGCATTTGACTTGCTTTACTGTATTACATTCGAAATAATGGATGAGCAATGGCTTGAAATGCAGGCTTCTTACATGG
AATTCAAT

Intron 2 GTATATATCC ... TTTTCTGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	45.45	6	5.7	5
A2	46.15	7	0	6
A3	39.13	14	1.7	9
A4	55.56	4	0	5
A5	25	3	1.7	1
A6	44.44	20	2	16
A7	40	18	2.7	12
A8	36.84	24	3.3	14
A9	36.84	24	0.7	14
A10	36.36	21	2	12

>TRINITY_DN121166_c12_g1_i8 from sample A1 / Example spliced isoform

GGCTGCAGCTGCTGCTGATTGGAGCTCCTTATGGACGGAAGGACGTCCTTCGTGGCTATCGAATCTTTCTCGCGGTGCACGAGGCGGCCATCCCAGTCCTGATCTGCTAAAATCTCCGAATATTCATTTACCGGACATTGTTTTGGCCTAGGAAGGTTGGTTTCGGGCAGAACATGGATCTGGATACTAGGCAACCTTTT
CTCAGTCATCAAGATGTTCATCACGATGAGGATGAACGGGAAAAAAGCAGGACAGAGGAAAAACGGGATTGTGCTGGGATTCTTTGCCCTCCAATTTCACGGTGGGCGAAATGGTTGGTTGATGTTGTAGTTGGATCAGCGATATGGATTGGGAGAGGAATTTCTTGTGTTTGTGCCCGACAAAGTGACACCAATGCCAT
AGTTACCATTGATTTGACGCCAATTCAAGAAGAAAGATTGCAAAGATTGAAGCATCGTGTTGAAGTTGCATTTGATCCTGAAAGAGAAGATCACCAGGAGACATTGAAGGCTCTTTGGTATGCTGCCTTTCCTGGACGAGAGTTTCATGGTTTGATTTCAGAGCAGTGGAAGGACATGGGATGGCAGGGAAAAGATCCAT
CTACTGATTTTAGGGGAGGTGGCTTTATATCTTTGGAGAATTTGCTTTTCTTTGCAAAGACATATCCTAGATCCTTTCAACGCCTCCTCCAAAAGCAAGAAGGAACTAGAGCCACATGGGAGTATCCATTTGCTGTAGCTGGTGTAAACATCACTTTCATGCTCATTCAGATGCTTGATCTTCGATCTGAAAAACCTAGC
ACATCAATGGGGGCAATCTTCCTAAAGATGCTTGCAGAGGATGAATGGGCATTTGACTTGCTTTACTGTATTACATTCGAAATAATGGATGAGCAATGGCTTGAAATGCAGGCTTCTTACATGGAATTCAATAATGTTTTGAAAGCCACTCGCTCTCAGCTTGAAAGAGAGTTGCAAATGGAGAATGTTTTCAGACTCAA
AGACATGCAATCCTACACCTTGCTGTCGTCTCAATAACAATCTTTAAACTGCGGCTTCTACAGAAAGTGGATCTGACTTGTTCTCCTAATTTTGTATTTGTTCCTTGGTCAAGCAGCTGTTCTGATTATGAGTGGTTTGAGTTACATTTTAAAGAAATTTATGCCTTTTGGCTATGGTTTATGAGTGGTTTGAGTTACAT
TTTAAAGAAATTTATGCCTTTTGGCTATGGTTGCGGAGTAACCATTTTTTGTTCCCATCGTTTCCTATTACATGTACTTCAATTCATTTTCTATTTAATATTGTTAAGGTTTCTGTAGACAAGATGAGATGTGGGACCGTAAAAAAGGATAATTAGCATTCTATTGTGGGATCGATATTGAACAAGAATCTTGGTAATCA
GTTCGAATGCAAG

>TRINITY_DN121166_c12_g1_i9 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGCTGCAGCTGCTGCTGATTGGAGCTCCTTATGGACGGAAGGACGTCCTTCGTGGCTATCGAATCTTTCTCGCGGTGCACGAGGCGGCCATCCCAGTCCTGATCTGCTAAAATCTCCGAATATTCATTTACCGGACATTGTTTTGGCCTgtatatatcctttgactgataacgatttcattctcttccatatttagttgg
ttaagctaggacttatggtttgcagtttgaagtttgaaccctgatgtttgcttgctatgttttctgaagAGGAAGGTTGGTTTCGGGCAGAACATGGATCTGGATACTAGGCAACCTTTTCTCAGTCATCAAGATGTTCATCACGATGAGGATGAACGGGAAAAAAGCAGGACAGAGGAAAAACGGGATTGTGCTGGGAT
TCTTTGCCCTCCAATTTCACGGTGGGCGAAATGGTTGGGTAAGTACCTTTAATAATAA

Intron 3 GTGTAAACTC ... TGCCTATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	22.22	7	1	3
A2	11.11	4	1	0
A3	17.65	7	0	3
A4	38.46	8	3	7
A5	33.33	1	1	0
A6	15.38	55	13	7
A7	22.92	37	8	14
A8	26.95	61	20	25
A9	18.8	31	7.4	7
A10	20.63	25	4	9

>TRINITY_DN41128_c0_g1_i7 from sample A6 / Example spliced isoform

CATGAATATCGCCTCGAGGAAAAAGAATGTGAAGCAGGACCTTGTTTGCAGAGATCCTTTCAACGCCTCCTCCAAAAGCAAGAAGGAACTAGAGCCACATGGGAGTATCCATTTGCTGTAGCTGGTGTAAACATCACTTTCATGCTCATTCAGATGCTTGATCTTCGATCTGAAAAACCTAGCACATCAATGGGGGCAAT
CTTCCTAAAGATGCTTGCAGAGGATGAATGGGCATTTGACTTGCTTTACTGTATTACATTCGAAATAATGGATGAGCAATGGCTTGAAATGCAGGCTTCTTACATGGAATTCAATAATGTTTTGAAAGCCACTCGCTCTCAGCTTGAAAGAGAGTTGCAAATGGAGAATGTTTTCAGACTCAAAGACATGCAATCCTACA
CCTTGCTGTCGTCTCAATAACAATCTTTAAACTGCGGTTTCTACAGAAAGTGGATCTGACTTGTTCTCCTAATTTTGTATTTGTTCCTTGGTCAAGCAGCTGTTCTGATTATGAGTGGTTTGAGTTACATTTTAAAGAAATTTATGCCTTTTGGCTATGGTTTATGAGTGGTTTGAGTTACATTTTAAAGAAATTTATGC
CTTTTGGCTATGGTTGCGGAGTAACCATTTTTTGTTCCCATCGTTTCCTATTACATGTACTTCAATTCATTTTCTATTTAATATTGTTAAGGTTTCTGTAGACAAGATGAGATGTGGGACCGTAAAAAAGGATAATTAGCATTCTATTGTGGGATCGATATTGAACAAGAATCTTGGTAATCAGTTCGAATGCAAGATAT
AGTTTGGGTTGAACTTTCCAGTTATTTGATGTGTAAACGGAAGGAAATAATCCATACAGGTAATGCTATTCATCTCTATAATGCGTGGAATATATTTCTGTATGCCATGAGGAACAGTTAAACACCTTTCCCAGAATGTATGATGTTTCTGACAGTTGGCA

>TRINITY_DN41128_c0_g1_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CTTCAATTTGATTTAATCATAGGCTTCTAACACATCAAAATCAGGGGTCGTTATTACGATTACAAAACAAAATAACTGCAGAGCCTGACACAAGAGTCCTCGTAAACATTACAAAGTCTGGAATGCTTCGGAACTCAAACGAATCCACAATATTAAAGAGCTTTTTATGCCATGCAATCTGCCCTGGAATTTATTATGAC
AACATTCCCATCATAAGTTTATATTGGTGCGTGCTGCAGCTGCTGCTGATTTGGAGCTCCTTATGGACGGAAGGACGTCCTTCGTGGCTATCGAATCTTTCTCGCGGTGCACGAGGCGGCCATCCCAGTCCTGAGGAAGGTTGGTTTCGGGCAGAACATGGATCTGGATACTAGGCAACCTTTTCTCAGTCATCAAGATG
TTCATCACGATGAGGATGAACGGGAAAAAAGCAGGACAGAGGAAAAACGGGATTGTGCTGGGATTCTTTGCCCTCCAATTTCACGGTGGGCGAAATGGTTGGTTGGATCAGCGATATGGATTGGGAGAGGAATTTCTTGTGTTTGTGCCCGACAAAGTGACACCAATGCCATAGTTACCATTGATTTGACGCCAATTCAA
GAAGAAAGATTGCAAAGATTGAAGCATCGTGTTGAAGTTGCATTTGATCCTGAAAGAGAAGATCACCAGGAGACATTGAAGGCTCTTTGGTATGCTGCCTTTCCTGGACGAGAGTTTCATGGTTTGATTTCAGAGCAGTGGAAGGACATGGGATGGCAGGGAAAAGATCCATCTACTGATTTTAGGGGAGGTGGCTTTAT
ATCTTTGGAGAATTTGCTTTTCTTTGCAAAGACATATCCTAGATCCTTTCAACGCCTCCTCCAAAAGCAAGAAGGAACTAGAGCCACATGGGAGTATCCATTTGCTGTAGCTGGTGTAAACATCACTTTCATGCTCATTCAGATGCTTGATCTTCGATCTGAAAAACCTAGCACATCAATGGGGGCAATCTTCCTAAAGA
TGCTTGCAGAGGATGAATGGGCATTTGACTTGCTTTACTGTATTACATTCGAAATAATGGATGAGCAATGGCTTGAAATGCAGGCTTCTTACATGGAATTCAATgtgtaaactcgttctttgatttaattcctattttctgtatggactatatcaactgtattttgggtcctgtttcaggcttacatagagcattcgttt
ttcttatttgtgtttaactgcattgcctatcagAATGTTTTGAAAGCCACTCGCTCTCAGCTTGAAAGAGAGTTGCAAATGGAGAATGTTTTCAGACTCAAAGACATGCAATCCTACACCTTGCTGTCGTCTCAATAACAATCTTTAAACTGCGGTTTCTACAGAAAGTGGATCTGACTTGTTCTCCTAATTTTGTATTT
GTTCCTTGGTCAAGCAGCTGTTCTGATTATGAGTGGTTTGAGTTACATTTTAAAGAAATTTATGCCTTTTGGCTATGGTTTATGAGTGGTTTGAGTTACATTTTAAAGAAATTTATGCCTTTTGGCTATGGTTGCGGAGTAACCATTTTTTGTTCCCATCGTTTCCTATTACATGTACTTCAATTCATTTTCTATTTAAT
ATTGTTAAGGTTTCTGTAGACAAGATGAGATGTGGGACCGTAAAAAAGGATAATTAGCATTCTATTGTGGGATCGATATTGAACAAGAATCTTGGTAATCAGTTCGAATGCAAGATATAGTTTGGGTTGAACTTTCCAGTTATTTGATGTGTAAACGGAAGGAAATAATCCATACAGGTAATGCTATTCATCTCTATAAT
GCGTGGAATATATTTCTGTATGCCATGAGGAACAGTTAAACACCTTTCCCAGAATGTATGATGTTTCTGACAGTTGGCA