sp|Q9FNN3|ILP1_ARATH ----> Transcriptional repressor ILP1

Intron 1 GCATACTCTG ... CTTGTTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	61.43	54	78	94
A2	63.49	23	35	45
A3	61.54	20	21	43
A4	69.51	25	46	68
A5	80.95	4	19	15
A6	69.38	32	71	74
A7	68.83	36	69	90
A8	70.59	35	70	98
A9	76.11	27	77	95
A10	67.71	36	70	81

>TRINITY_DN48263_c0_g1_i6 from sample A7 / Example spliced isoform

GTTGCTGTGATACTTCTCTTTGGTTTTCCAAGTCTGTCACCATGGCTCCATGAACAAATCTGTTAACGACGGTCGTTACTAGTTTTCACAAATCCGAGAGAAACACAAATTGGAGCTAGGGCGAGAAGACTTTGGTGGTTGGTTGTGGGCATAGGCATCTCAGGGTTGGCTGCCCATTCGGAGGATGAACAAGGCTAAGA
ATTTCAGGCGTCGAGCTGAAGAGCACGACGACGAGGACACTAATGGCAATGGCAGCGAAAGTTTGGTCATCAAGCCATTGTCTAGCAAAACGCAGAAGCCGGGCAAGGAAAAGCCTTCCAGCAGACCCGCCCCGGGTTCGCATCTCCTCAGCTTCGCCGACGATGGCAGAATCACCAAGAAGGACAAATCCAAACAGAAA
CAGCCATCCTCCAGGCCACCTCCTCCTCGGAGCCTCCTGAGCTTCGACGCCGACGAAGATGGTGGAGCCGAACAGGGTTTCCAGAGAACGAAGAAGAAAACGGGGTTGGGTGTCGGCCATGGTTCTGCGCACAAGATTGCCCCGTCGAAGGACCGGGGAGCGGCACCCACGACGCCTTCAATTACCTCCAACGTCCAGCC
CCAGGCGGGCGAATACACCAAAGAAAAGCTTCTGGAGTTACAGAAAAATACTAAAAGCCTTGGGGGTTCGAAACCTCAACCTCTGGCTGAGAGTAATAAGGCCTCGGAGACCGTGGTCGTGTTGAAGGGTTTGGTTAAGCCGTCTGGCGAGGGCAACGGGTTGGGATTGGATGAGGAAAAATTGAAGGGCGAAAAATTTA
GAGCGGAAAAGGATGATGTAGAGGACAGTTTGGTTTTGAAAGGCATCGACACGGCAGGCGTGGGAATTCCTGACCAAGCGACCATAAATGCTATTAGGGCCAAACGCGAGCGCCTGCGGAAGGCCCGCGCCGCCCCGGATTATATTCCTTTAGATGGCGCCCGGATCTCTGCCCATGGCGGTGAATTGTTGAAGGACGGA
GTTGACTCCAGCGACGACGAAGTTGAGATTCATGGCAGGCTTGCAATGCTGGGGGACAAGCCCAGCGACCTTAAGAAGGGGGTTTTCGAGTCATTGGAACGGGGGACAGGTAATTTAAGCTTAAGAGGAGATATAGAACACGGTGATGAGGATGAGGACGACGAAGATAAGAGATGGGAAGAGGAGCAGTTCAGGAAGGG
TTTTGGAAAGAGAGTAGATGATGCTTCAAACAGGGCGACCGCTTCGCAGGTGCCCGCAGCCGGAGTCTCAGCCCCGGCCTCCACTTCTGCGCCTGGTTCATTTCAAGTTGGTCAAACAGTTGGCTATGCAGCGAGCGGTTATGCAGCTGCCCCGCCGCAAAATTGGTGTATTGCTGGAAGCTGGAGCGCTGAAGTGATGT
CTCTTTCCCAGCATGCTGATGTTACAACTCGAGCTTTGCAGGAAAGTATTCAGAGGCTCAGGGAAACTCATGGAAGGACTAAGGCTGATTTGCATAGAACTGATGAGAATCTGTCTGCATCCTTAATGAACATTACTGTTCTGGAGAAGTCTCTGGCATCTGCTGGGGAGAAATATGTTTTCATGCAGAAGTTCCGTGAT
TTTATTGCTGTTATATGTGAATTTCTAAAGGACAAAGCTCCTTATATAGAGGAACTAGAAGAGCAAATGCAGCGACTTCATGAAGAGCGTGCAACAGCAATTGTAGAGAGACGGGCAGCTGATGATGCTGATGAAAGGGCGGAAGTAGAAGCTGCAATCAATGCGGCCAAGTTGGTCCTAAGTAAAGGTGCTGGTACAGC
CACTGCTGCTGCAGCTGCTGCAGCAGCACAAGCTGCTGCTGCAGCTGCAAGAGAGGGAACAAATTTACCACCTCAGTTAGATGAGTTTGGTCGTGATGTGAACTTACAGAAGCGAGCAGATATGAAGCGAAGGGATGAAGCTCGTAAGCAGCGAAGAGCTCGTGCTGCTTCAAAGAAAGCTGCATCCTTTGCTGCAAATG
GCAATGCTAACCAATATATAGAAGGGGAATCTAGCAGTGATGAAAGTGATAGTGACTGTAGGGCCTATCAATCTAGTCGGGATGAGTTGTTACAGACAGCTGATCAAGTTTTTAGTGATGCAGCTGTGGAGTACTCAAAACTTTCTATTGTCAAAGAAAGATTTGAAGGGTGGAAGAGGCTCTTCTCCTCAACTTATCGT
GATGCTTATATGTCTTTGAGTGCACCAGCAATCTTCTCCCCATATGTACGGTTGGAACTCCTAAAGTGGGACCCGCTGTATGAAGATGCGGATTTGAATAATATGCAATGGTCTCGTGGAGAAGGTTGCATTACCAATTTTGCATCATGAAGTTGCACATTGCTGGGATAGGCTGAGTACAAAGGGGACTAAAAATGCAG
TTTCTGCAGTACAAGTAATTCTGAACTACATTCCTGCATCAAATGAGGCTCTGCAAGAATTGTTGGCAGCAGTCCGCATGCGCTTGGCTGAAGCAGTTGCCGAACTACAGGTGCCAAATTGGAGTATTCCTGTTACAAATGCTGTATCTCAAGCTGCACGGATTGCAGCATACAAATTTGGCATGTCTGTTCGGTTGCTT
AAAAATATTGCTTTATGGAAAGATATCTTGGCAATGCCTGTTTTGGAGCAACTTGCCCTGGATGAACTTCTATGTGGGAAAGTGCTGCCTCATCTAAGGAACATTGTGCAGAATATTCATGATGCAATTACAAGGACTGAAAGGGTTGTTGCAGCGTTATTTGGTGTTTGGACTGGTCCCAATTACTCTGGGGAACTAAG
CTGCAAATTACTACCTCTGGTTGAATACATAGTAACACTTGGAAAAGAGCTTGAGAAAAAGCAAGCACGAGGTGCCAGTACTGAAGATATATCAGGCCTTGCTCGTCGGCTGAAAAAGATGTTAGTTGAACTTAATGAATATGACAAAGCTCGGTGCATATTGAAGACCTTTCAACTGAAAGAAGCTTTGTAGGTGTTTT
CACATCATAGTTTTATTATGATGGGTGCTGTTTCCAGTTGAAAATACACAATTCTTTCTTCAGACCTTAACAGCAATGCCAACCTTAACTTGCTCTCTTTGGATCCTTTCATGGAAGTATATTCCTTAGTCTACCCAGCCAGATCTTTAGCATGCATTTCTCTCAAGTGAAAACACGCAAGTTTCTAAGAGAGAATTGAG
AATTAGAGCGGCAACCCAATGTGTATAATCCGTTGGATACTATAAATAATGCCTGAGATACACAGGTTTTCTGTGCAGTTTTGCATTAGTGACAGATTGTAACATATTCTTCAATCAACACATTTATGCAAGACCCCTTATAGGGAGAACTAAACGATGCTGGAGCCCACAGTCAACAGCTGCAGCTATGTAACTTAAAG
CACTTGTCATTCCTTTATCATTGTCTGGCATTGATGCCAGTGCAGTTGCAGGTAATTCTTTTAATTTCTGCAGTGAGAAAATGCGTTTTAAACTTTTTAATATATAGAAAATGAGATGAAGCCATGATGAGAGTCTGTTGTCTCCACTACATTAAAGCTTTTTCTTAATATCGATGTTGTGAACATTATCATGATCACCT
TCGGTCATATGCAGAGCTGACCAGGATACTCATTCCTGGCAGTGCAGGCCTATGTAGTAAAGTTTGTTGGCTGTTGTGATTTAGTATGCCCACTTTTATGCTTTACCTGAGTTCATTATTAGTTTGCCGTCTACATTGCCCTGATGAACAGCCGTGTCTGTATAGCCCTTTAATAACAATTCTATTGCAAAATGCAGTGT
TTGAGAACTTAGCATCATGATATCCCCTAAGAAGAGATTGTAATGACACCTGATTAGAATTCTAACTCATCTCAGGCAGGTGGATGAATATTTGAATTTCATGTTAGACACCTATTGCTGATCTCATCAGTTTTAAGTTTAAAATCTCTAGAAGCCTTGGCCTTTTTAGAATGAAATTCCGTGGTAATAAAAATGGAGAA
TAACTGGTAAAAATGAAAAATTTGCAGGTACTTCCTACTAAAAGCCTTGGCCTATTTAAAATGAAACTATCGCGGCAATAAAACTGGAAAAATATTTGATAAAAATTAAGGTATTATCTAACGGAATTGAATCTGTCCCGGAATACTGGGCGTAAGTTGATAATGACTAAAGAACAATTCACTAGTAAAGTATTTATTAA
TCAACGCTGCCTCTAAATATGTTTAACTTCAATGTTAGGGTCTTGCTTTAGCTTTCGTTATGGAAAGCTTTTGCTTTTAGGTTTTTGCTCTTCATTCTTAGCTTGAAGATGCTTCGTCGAGTCTCTCTATGCAGTTTTTTCTTTCTTCTGTTTACTCCAGGGATTTCAGTGGGCATTTAATTTGATATTTAGTTGGCATC
CTCGAGTAGGGGAACAATGAAGGCTTTGCTTGTTATCATGAAGCGTTGGCGGTCTTAGTTTTTCTGCAAGACTGCGTGCATTTTCTCCATGTTATTTATCTAAAACTAGGCTGCAAGAGCAGGATCCCAATGCAATGTTTTTGCTTTCACATGTGGAATTTGGAACAAGATGTAAAAGTACAAAACAAAGAGTATTCTCC
AAATAGAACAGAGTGACAAATAATGGTGAGGCTTATTATTGTTGACACAGACCAACTTTGATCTCTTCCAATAGAACAGTGATGGACAAATAATGATGATGCTGATTATTGTTTACGGAGACCAACTTTGATCTGTTGGAACTTGAGAAAGTTGATAACAATCAGTAGAGATTTGTTTTAATATTTTGTTTTTATTGTAG
AAAAGCTTGGAGTGAAATTTCCTTAGATTATTTTGATTTTCATGAATTTACAAATTAAGTAGATTCGTAATGTTACAAATATCTTGGAATGAGACATTGTTGATATTTGAAGTTGGA

>TRINITY_DN48263_c0_g1_i7 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GTTGCTGTGATACTTCTCTTTGGTTTTCCAAGTCTGTCACCATGGCTCCATGAACAAATCTGTTAACGACGGTCGTTACTAGTTTTCACAAATCCGAGAGAAACACAAATTGGAGCTAGGGCGAGAAGACTTTGGTGGTTGGTTGTGGGCATAGGCATCTCAGGGTTGGCTGCCCATTCGGAGGATGAACAAGGCTAAGA
ATTTCAGGCGTCGAGCTGAAGAGCACGACGACGAGGACACTAATGGCAATGGCAGCGAAAGTTTGGTCATCAAGCCATTGTCTAGCAAAACGCAGAAGCCGGGCAAGGAAAAGCCTTCCAGCAGACCCGCCCCGGGTTCGCATCTCCTCAGCTTCGCCGACGATGGCAGAATCACCAAGAAGGACAAATCCAAACAGAAA
CAGCCATCCTCCAGGCCACCTCCTCCTCGGAGCCTCCTGAGCTTCGACGCCGACGAAGATGGTGGAGCCGAACAGGGTTTCCAGAGAACGAAGAAGAAAACGGGGTTGGGTGTCGGCCATGGTTCTGCGCACAAGATTGCCCCGTCGAAGGACCGGGGAGCGGCACCCACGACGCCTTCAATTACCTCCAACGTCCAGCC
CCAGGCGGGCGAATACACCAAAGAAAAGCTTCTGGAGTTACAGAAAAATACTAAAAGCCTTGGGGGTTCGAAACCTCAACCTCTGGCTGAGAGTAATAAGGCCTCGGAGACCGTGGTCGTGTTGAAGGGTTTGGTTAAGCCGTCTGGCGAGGGCAACGGGTTGGGATTGGATGAGGAAAAATTGAAGGGCGAAAAATTTA
GAGCGGAAAAGGATGATGTAGAGGACAGTTTGGTTTTGAAAGGCATCGACACGGCAGGCGTGGGAATTCCTGACCAAGCGACCATAAATGCTATTAGGGCCAAACGCGAGCGCCTGCGGAAGGCCCGCGCCGCCCCGGATTATATTCCTTTAGATGGCGCCCGGATCTCTGCCCATGGCGGTGAATTGTTGAAGGACGGA
GTTGACTCCAGCGACGACGAAGTTGAGATTCATGGCAGGCTTGCAATGCTGGGGGACAAGCCCAGCGACCTTAAGAAGGGGGTTTTCGAGTCATTGGAACGGGGGACAGGTAATTTAAGCTTAAGAGGAGATATAGAACACGGTGATGAGGATGAGGACGACGAAGATAAGAGATGGGAAGAGGAGCAGTTCAGGAAGGG
TTTTGGAAAGAGAGTAGATGATGCCTCAAACAGGGTGACCGCTTCGCAGGTGCCCGCAGCCGGAGTCTCAGCCCCGGCCTCCACTTCTGCGCCTGGTTCATTTCAAGTTGCTCAAACAGTTGGCTATGCAGCCGCCCCGCCGCAAAATTGGCCTATTGCTGGAAGCCGGAGCGCTGAAGTGATGTCTCTTTCCCAGCATG
CTGATGTTACAACTCGAGCTTTGCAGGAAAGTATTCAGAGGCTCAGGGAAACTCATGGAAGGACTAAGGCTGATTTGCATAGAACTGATGAGAATCTGTCTGCATCCTTAATGAACATTACTGTTCTGGAGAAGTCTCTGGCATCTGCTGGGGAGAAATATGTTTTCATGCAGAAGTTCCGTGATTTTATTGCTGTTATA
TGTGAATTTCTAAAGGACAAAGCTCCTTATATAGAGGAACTAGAAGAGCAAATGCAGCGACTTCATGAAGAGCGTGCAACAGCAATTGTAGAGAGACGGGCAGCTGATGATGCTGATGAAAGGGCGGAAGTAGAAGCTGCAATCAATGCGGCCAAGTTGGTCCTAAGTAAAGGTGCTGGTACAGCCACTGCTGCTGCAGC
TGCTGCAGCAGCACAAGCTGCTGCTGCAGCTGCAAGAGAGGGAACAAATTTACCACCTCAGTTAGATGAGTTTGGTCGTGATGTGAACTTACAGAAGCGAGCAGATATGAAGCGAAGGGATGAAGCTCGTAAGCAGCGAAGAGCTCGTGCTGCTTCAAAGAAAGCTGCATCCTTTGCTGCAAATGGCAATGCTAACCAAT
ATATAGAAGGGGAATCTAGCAGTGATGAAAGTGATAGTGACTGTAGGGCCTATCAATCTAGTCGGGATGAGTTGTTACAGACAGCTGATCAAGTTTTTAGTGATGCAGCTGTGGAGTACTCAAAACTTTCTATTGTCAAAGAAAGATTTGAAGGGTGGAAGAGGCTCTTCTCCTCAACTTATCGTGATGCTTATATGTCT
TTGAGTGCACCAGCAATCTTCTCCCCATATGTACGGTTGGAACTCCTAAAGTGGGACCCGCTGTATGAAGATGCGGATTTGAATAATATGCAATGgcatactctgctttttgattatggtatgccagagaatgccaacgattttgaaccagaggatgctgatgcagaccttgttccagGTCTCGTGGAGAAGGTTGCATT
ACCAATTTTGCATCATGAAGTTGCACATTGCTGGGATAGGCTGAGTACAAAGGGGACTAAAAATGCAGTTTCTGCAGTACAAGTAATTCTGAACTACATTCCTGCATCAAATGAGGCTCTGCAAGAATTGTTGGCAGCAGTCCGCATGCGCTTGGCTGAAGCAGTTGCCGAACTACAGGTGCCAAATTGGAGTATTCCTG
TTACAAATGCTGTATCTCAAGCTGCACGGATTGCAGCATACAAATTTGGCATGTCTGTTCGGTTGCTTAAAAATATTGCTTTATGGAAAGATATCTTGGCAATGCCTGTTTTGGAGCAACTTGCCCTGGATGAACTTCTATGTGGGAAAGTGCTGCCTCATCTAAGGAACATTGTGCAGAATATTCATGATGCAATTACA
AGGACTGAAAGGGTTGTTGCAGCGTTATTTGGTGTTTGGACTGGTCCCAATTACTCTGGGGAACTAAGCTGCAAATTACTACCTCTGGTTGAATACATAGTAACACTTGGAAAAGAGCTTGAGAAAAAGCAAGCACGAGGTGCCAGTACTGAAGATATATCAGGCCTTGCTCGTCGGCTGAAAAAGATGTTAGTTGAACT
TAATGAATATGACAAAGCTCGGTGCATATTGAAGACCTTTCAACTGAAAGAAGCTTTGTAGGTGTTTTCACATCATAGTTTTATTATGATGGGTGCTGTTTCCAGTTGAAAATACACAATTCTTTCTTCAGACCTTAACAGCAATGCCAACCTTAACTTGCTCTCTTTGGATCCTTTCATGGAAGTATATTCCTTAGTCT
ACCCAGCCAGATCTTTAGCATGCATTTCTCTCAAGTGAAAACACGCAAGTTTCTAAGAGAGAATTGAGAATTAGAGCGGCAACCCAATGTGTATAATCCGTTGGATACTATAAATAATGCCTGAGATACACAGGTTTTCTGTGCAGTTTTGCATTAGTGACAGATTGTAACATATTCTTCAATCAACACATTTATGCAAG
ACCCCTTATAGGGAGAACTAAACGATGCTGGAGCCCACAGTCAACAGCTGCAGCTATGTAACTTAAAGCACTTGTCATTCCTTTATCATTGTCTGGCATTGATGCCAGTGCAGTTGCAGGTAATTCTTTTAATTTCTGCAGTGAGAAAATGCGTTTTAAACTTTTTAATATATAGAAAATGAGATGAAGCCATGATGAGA
GTCTGTTGTCTCCACTACATTAAAGCTTTTTCTTAATATCGATGTTGTGAACATTATCATGATCACCTTCGGTCATATGCAGAGCTGACCAGGATACTCATTCCTGGCAGTGCAGGCCTATGTAGTAAAGTTTGTTGGCTGTTGTGATTTAGTATGCCCACTTTTATGCTTTACCTGAGTTCATTATTAGTTTGCCGTCT
ACATTGCCCTGATGAACAGCCGTGTCTGTATAGCCCTTTAATAACAATTCTATTGCAAAATGCAGTGTTTGAGAACTTAGCATCATGATATCCCCTAAGAAGAGATTGTAATGACACCTGATTAGAATTCTAACTCATCTCAGGCAGGTGGATGAATATTTGAATTTCATGTTAGACACCTATTGCTGATCTCATCAGTT
TTAAGTTTAAAATCTCTAGAAGCCTTGGCCTTTTTAGAATGAAATTCCGTGGTAATAAAAATGGAGAATAACTGGTAAAAATGAAAAATTTGCAGGTACTTCCTACTAAAAGCCTTGGCCTATTTAAAATGAAACTATCGCGGCAATAAAACTGGAAAAATATTTGATAAAAATTAAGGTATTATCTAACGGAATTGAAT
CTGTCCCGGAATACTGGGCGTAAGTTGATAATGACTAAAGAACAATTCACTAGTAAAGTATTTATTAATCAACGCTGCCTCTAAATATGTTTAACTTCAATGTTAGGGTCTTGCTTTAGCTTTCGTTATGGAAAGCTTTTGCTTTTAGGTTTTTGCTCTTCATTCTTAGCTTGAAGATGCTTCGTCGAGTCTCTCTATGC
AGTTTTTTCTTTCTTCTGTTTACTCCAGGGATTTCAGTGGGCATTTAATTTGATATTTAGTTGGCATCCTCGAGTAGGGGAACAATGAAGGCTTTGCTTGTTATCATGAAGCGTTGGCGGTCTTAGTTTTTCTGCAAGACTGCGTGCATTTTCTCCATGTTATTTATCTAAAACTAGGCTGCAAGAGCAGGATCCCAATG
CAATGTTTTTGCTTTCACATGTGGAATTTGGAACAAGATGTAAAAGTACAAAACAAAGAGTATTCTCCAAATAGAACAGAGTGACAAATAATGGTGAGGCTTATTATTGTTGACACAGACCAACTTTGATCTCTTCCAATAGAACAGTGATGGACAAATAATGATGATGCTGATTATTGTTTACGGAGACCAACTTTGAT
CTGTTGGAACTTGAGAAAGTTGATAACAATCAGTAGAGATTTGTTTTAATATTTTGTTTTTATTGTAGAAAAGCTTGGAGTGAAATTTCCTTAGATTATTTTGATTTTCATGAATTTACAAATTAAGTAGATTCGTAATGTTACAAATATCTTGGAATGAGACATTGTTGATATTTGAAGTTGGA

Intron 2 GTTTTCTTTG ... TTTGTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	61.7	18	0	29
A2	61.54	10	1	16
A3	72.22	5	0	13
A4	50	17	1	17
A5	81.82	2	0	9
A6	58.82	7	0	10
A7	54.9	23	0	28
A8	57.14	6	0	8
A9	55.56	24	0	30
A10	63.46	19	1	33

>TRINITY_DN47474_c0_g1_i4 from sample A10 / Example spliced isoform

AGTCTGTCACCATGGCTCCATGAACAAATCTGTTAACGACGGTCGTTACTAGTTTTCACAAATCCGAGAGAAACACAAATTGGAGCTAGGGCGAGAAGACTTTGGTGGTTGGTTGTGGGCATAGGCATCTCAGGGTTGGCTGCCCATTCGGAGGATGAACAAGGCTAAGAATTTCAGGCGTCGAGCTGAAGAGCACGACG
ACGAGGACACTAATGGCAATGGCAGCGAAAGTTTGGTCATCAAGCCATTGTCTAGCAAAACGCAGAAGCCGGGCAAGGAAAAGCCTTCCAGCAGACCCGCCCCGGGTTCGCATCTCCTCAGCTTCGCCGACGATGGCGGAATCACCAAGAAGGACAAATCCAAACAGAAACAGCCATCCTCCAGGCCACCTCCTCCTCGG
ATCCTCCTGAGCTTCGACGCCGACGAAGATGGTGGAGCCGAACAGGGTTTCCAGAGAACGAAGAAGAAAACGGGGTTGGGTGTCGGCCATGGTTCTGCGCACAAGATTGCCCCGTCGAAGGACCGGGGAGCGGCACCCACGACGCCTTCAATTACCTCCAACGTCCAGCCCCAGGCGGGCGAATACACCAAAGAAAAGCT
TCTGGAGTTACAGAAAAATACTAAAAGCCTTGGGGGTTCGAAACCTCAACCTCTGGCTGAGAGTAATAAGGCCTCGGAGACCGTGGTCGTGTTGAAGGGTTTGGTTAAGCCGTCTGGCGAGGGCAACGGGTTGGGATTGGATGAGGAAAAATTGAAGGGCGAAAAATTTAGAGCGGAAAAGGATGATGTAGAGGACAGTT
TGGTTTTGAAAGGCATCGACACGGCAGGCGTGGGAATTCCTGACCAAGCGACCATAAATGCTATTAGGGCCAAACGCGAGCGCCTGCGGAAGGCCCGCGCCGCCCCGGATTATATTCCTTTAGATGGCGCCCGGATCTCTGCCCATGGCGGTGAATTGTTGAAGGACGGAGTTGACTCCAGCGACGACGAAGTTGAGATT
CATGGCAGGCTTGCAATGCTGGGGGACAAGCCCAACGACCTTAAGAAGGGGGTTTTCTAGTCATTGGAACGGGGGACAGGTAATTTAAGCTTAAGAGGAGATATAGAACACGGTGATGAGGATGAGGACGACGAAGATAAGAGATGGGAAGAGGAGCAGTTCAGGAAGGGTTTTGGAAAGAGAGTAGATGATGCCTCAAA
CAGGGTGACCGCTTCGCAGGTGCCCGCAGCCGGAGTCTCAGCCCCAGCCTCCACTTCTGCGCCTGGTTCATTTCAAGTTGCTCAAACAGTTGGCTATGCAGCCGCCCCGCCGCAAAATTGGCCTATTGCTGGAAGCCGGAGCGCTGAAGTGATGTCTCTTTCCCAGCATGCTGATGTTGCAACTCGAGCTTTGCAGGAAA
GTCTTCAGAGGCTCAGGGAAACTCATGGAAGGACTAAGGCTGATTTGCATAGAACTGATGAGAATCTGTCTGCATCCTTAATGAACATTACTGTTCTGGAGAAGTCTCTGGCATCTGCTGGGGAGAAATATGTTTTCATGCAGAAGTTCCGTGATTTTATTGCTGTTATATGTGAATTTCTAAAGGAGGTCTCAGGGTCG
ATTCCCCGGGCAGGCTGCCTCTATTGGGTTCCTTACTTCACCTCCCCATCGGGTCAGGGGACTAATCACTGCCGATGGGTTTACACTGGGTTTCCCTTGAGGACAAAGCTCCTTATATAGAGGAACTAGAAGAGCAAATGCAGCGACTTCATGAAGAGCGTGCAACAGCAATTGTAGAGAGACGGGCAGCTGATGATGCT
GATGAAAGGGCGGAAGTAGAAGCTGCAATCAATGCGGCCAAGTTGGTCCTAAGTAAAGGTGCTGGTACAGCCACTGCTGCTGCAGCTGCTGCAGCAGCACAAGCTGCTGCTGCAGCTGCAAGAGAGGGAACAAATTTACCACCTCAGTTAGATGAGTTTGGTCGTGATGTGAACTTACAGAAGCGAGCAGATATGAAGCG
AAGGGATGAAGCTCGTAAGCAGCGAAGAGCTCGTGCTGCTTCAAAGAAAGCTGCATCCTTTGCTGCAAATGGCAATGCTAACCAATATATAGAAGGGGAATCTAGCAGTGATGAAAGTGATAGTGACTGTAGGGCCTATCAATCTAGTCGGGATGAGTTGTTACAGACAGCTGATCAAGTTTTTAGTGATGCAGCTGTGG
AGTACTCAAAACTTTCTATTGTCAAAGAAAGATTTGAAGGGTGGAAGAGGCTCTTCTCCTCAACTTATCGTGATGCTTATATGTCTTTGAGTGCACCAGCAATCTTCTCCCCATATGTACGGTTGGAACTCCTAAAGTGGGACCCGCTGTATGAAGATGCGGATTTGAATAATATGCAATGGTCTCGTGGAGAAGGTTGC
ATTACCAATTTTGCATCATGAAGTTGCACATTGCTGGGATAGGCTGAGTACAAAGGGGACTAAAAATGCAGTTTCTGCAGTACAAGTAATTCTGAACTACATTCCTGCATCAAATGAGGCTCTGCAAGAATTGTTGGCAGCAGTCCGCATGCGCTTGGCTGAAGCAGTTGCCGAACTACAGGTGCCAAATTGGATTATTC
CTGTTACAAATGCTGTATCTCAAGCTGCACGGATTGCAGCATACAAATTTGGCATGTCTGTTCGGTTGCTTAAAAATATTGCTTTATGGAAAGATATCTTGGCAATGCCTGTTTTGGAGCAACTTGCCCTGGATGAACTTCTATGTGGGAAAGTGCTGCCTCATCTAAGGAACATTGTGCAGAATATTCATGATGCAATT
ACAAGGACTGAAAGGGTTGTTGCAGCGTTATTTGGTGTTTGGACTGGTCCCAATTACTCTGGGGAACTAAGCTGCAAATTACTACCTCTGGTTGAATACATAGTAACACTTGGAAAAGAGCTTGAGAAAAAGCAAGCACGAGGTGCCAGTACTGAAGATATATCAGGCCTTGCTCGTCGGCTGAAAAAGATGTTAGTTGA
ACTTAATGAATATGACAAAGCTCGGTGCATATTGAAGACCTTTCAACTGAAAGAAGCTTTGTAGGTGTTTTCACATCATAGTTTTATTATGATGGGTGCTGTTTCCAGTTGAAAATACACAATTCTTTCTTCAGACCTTAACAGCAATGCCAACCTTAACTTGCTCTCTTTGGATCCTTTCATGGAAGTATATTCCTTAG
TCTACCCAGCCAGATCTTTAGCATGCATTTCTCTCAAGTGAAAACACGCAAGTTTCTAAGAGAGAATTGAGAATTAGAGCGGCAACCCAATGTGTATAATCCGTTGGATACTATAAATAATGCCTGAGATACACAGGTTTTCTGTGCAGTTTTGCATTAGTGACAGATTGTAACATATTCTTCAATCAACACATTTATGC
AAGACCCCTTATAGGGAGAACTAAACGATGCTGGAGCCCACAGTCAACAGCTGCAGCTATGTAACTTAAAGCACTTGTCATTCCTTTATCATTGTCTGGCATTGATGCCAGTGCAGTTGCAGGTAATTCTTTTAATTTCTGCAGTGAGAAAATGCGTTTTAAACTTTTTAATATATAGAAAATGAGATGAAGCCATGATG
AGAGTCTGTTGTCTCCACTACATTAAAGCTTTTTCTTAATATCGATGTTGTGAACATTATCATGATCACCTTCGGTCATATGCAGAGCTGACCAGGATACTCATTCCTGGCAGTGCAGGCCTATGTAGTAAAGTTTGTTGGCTGTTGTGATTTAGTATGCCCACTTTTATGCTTTACCTGAGTTCATTATTAGTTTGCCG
TCTACATTGCCCTGATGAACAGCCGTGTCTGTATAGCCCTTTAATAACAATTCTATTGCAAAATGCAGTGTTTGAGAACTTAGCATCATGATATCCCCTAAGAAGAGATTGTAATGACACCTGATTAGAATTCTAACTCATCTCAGGCAGGTGGATGAATATTTGAATTTCATGTTAGACACCTATTGCTGATCTCATCA
GTTTTAAGTTTAAAATCTCTAGAAGCCTTGGCCTTTTTAGAATGAAATTCCGTGGTAATAAAAATGGAGAATAACTGGTAAAAATGAAAAATTTGCAGGTACTTCCTACTAAAAGCCTTGGCCTATTTAAAATGAAACTATCGCGGCAATAAAACTGGAAAAATATTTGATAAAAATTAAGGTATTATCTAACGGAATTG
AATCTGTCCCGGAATACTGGGCGTAAGTTGATAATGACTAAAGAACAATTCACTAGTAAAGTATTTATTAATCAACGCTGCCTCTAAATATGTTTAACTTCAATGTTAGGGTCTTGCTTTAGCTTTCGTTATGGAAAGCTTTTGCTTTTAGGTTTTTGCTCTTCATTCTTAGCTTGAAGATGCTTCGTCGAGTCTCTCTA
TGCAGTTTTTTCTTTCTTCTGTTTACTCCAGGGATTTCAGTGGGCATTTAATTTGATATTTAGTTGGCATCCTCGAGTAGGGGAACAATGAAGGCTTTGCTTGTTATCATGAAGCGTTGGCGGTCTTAGTTTTTCTGCAAGACTGCGTGCATTTTCTCCATGTTATTTATCTAAAACTAGGCTGCAAGAGCAGGATCCCA
ATGCAATGTTTTTGCTTTCACATGTGGAATTTGGAACAAGATGTAAAAGTACAAAACAAAGAGTATTCTCCAAATAGAACAGAGTGACAAATAATGGTGAGGCTTATTATTGTTGACACAGACCAACTTTGATCTCTTCCAATAGAACAGTGATGGACAAATAATGATGATGCTGATTATTGTTTACGGAGACCAACTTT
GATCTGTTGGAACTTGAGAAAGTTGATAACAATCAGTAGAG

>TRINITY_DN47474_c0_g1_i5 from sample A10 / Example unspliced isoform:

ACTGGGTTTCCCTTGAGgttttctttgaaaaaaatatgttgcatatttgctagtaatttggtcaatcttgaaatttgaacttttctcagtattgagcatcatctggtgaatttgttgcagGACAAAGCTCCTTATATAGAGGAACTAGAAGAGCAAATGCAGCGACTTCATGAAGAGCGTGCAACAGCAATTGTAGAGAG
ACGGGCAGCTGATGATGCTGATGAAAGGGCGGAAGTAGAAGCTGCAATCAATGCGGCCAAGTTGGTCCTAAGTAAAGGTGCTGGTACAGCCACTGCTGCTGCAGCTGCTGCAGCAGCACAAGCTGCTGCTGCAGCTGCAAGAGAGGGAACAAATTTACCACCTCAGTTAGATGAGTTTGGTCGTGATGTGAACTTACAGA
AGCGAGCAGATATGAAGCGAAGGGATGAAGCTCGTAAGCAGCGAAGAGCTCGTGCTGCTTCAAAGAAAGCTGCATCCTTTGCTGCAAATGGCAATGCTAACCAATATATAGAAGGGGAATCTAGCAGTGATGAAAGTGATAGTGACTGTAGGGCCTATCAATCTAGTCGGGATGAGTTGTTACAGACAGCTGATCAAGTT
TTTAGTGATGCAGCTGTGGAGTACTCAAAACTTTCTATTGTCAAAGAAAGATTTGAAGGGTGGAAGAGGCTCTTCTCCTCAACTTATCGTGATGCTTATATGTCTTTGAGTGCACCAGCAATCTTCTCCCCATATGTACGGTTGGAACTCCTAAAGTGGGACCCGCTGTATGAAGATGCGGATTTGAATAATATGCAATG