sp|Q8GWH5|RTNLT_ARATH ----> Reticulon-like protein B22
Intron 1 GTATGGATTT ... CTTTGAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 17 | 83.1 | 5.7 | 17 |
| A2 | 24.48 | 105.3 | 12.4 | 34 |
| A3 | 17.86 | 69.5 | 4.2 | 15 |
| A4 | 36.93 | 85.4 | 12.3 | 50 |
| A5 | 19.6 | 45.8 | 2.2 | 11 |
| A6 | 21.48 | 353.1 | 13.7 | 96 |
| A7 | 26.2 | 370.2 | 15.8 | 131 |
| A8 | 21.46 | 382.5 | 13.8 | 104 |
| A9 | 25.7 | 391.7 | 12.1 | 135 |
| A10 | 20.38 | 346.1 | 14.2 | 88 |
>TRINITY_DN121285_c1_g1_i5 from sample A2 / Example spliced isoformCACAAATTATCGAAGCATCTCAAAGCCGGTGCGACACTTTGCGAAAGGCCAGCACGGGAAGTGTGTGGAATAACCGAGCAGACACTTTGCGAAAGGCCAGCACGGGAAGTGTGTGGAATAACCGAGCAGAGATTCGTACTTCAAACATCCAAGATAATATTTAAAAGACATTAGGCCTCAGCACCTACGAGTCTAGGACT
ACCCAAATAATTGAGCAATCAGAGTAGAAGAAATTTGAGATTGATTCATAGAGATTGTGTGCGAATGGAGTTCAATATGACAGTACTGAGGAAACCAGGAATGCCTCTGGTCATTCTGATATGCGGAAGCCTTGTATATTATCACTGTGCAATACGCAATTCAAGTATGGTGTCTCTCGTCTGCGATGTTCTCATAGTCC
TCCTCTGCTCCTTTGCAGTGCTGGGAATGCTTTTCCGCCAGATGAACGTCTCTGTACCTGTAGACCCTCTGGAATGGCAAATTTCACAGGAAACTGCCAATAAAATTGCTGCATGCATGGCCAACACTATTGGTGCTACGGAATCTGTTCTTAGAGTTGCTGCAAGTGGTCATGACAAGAAACTATTTCTCAAGGTAGTT
CTTGTTCTGTATCTTTTATCTGCTCTAGGAAGAGTGGCATCGGGTGCTACAGTTGCATATGCAGCATTATGGTTTGTTTCATTGATCTTCTGCACCTCAAATTTGTCACCTGAATCAACGTGCCAGTCTCAATTTCTTAACAGGAAGAGAGATGGAACAAGGTCTGGAGTGCAAGAAAGTTGAACATGATGAATTGGGAA
GTTGAACATGATGAATTGGGTCTATGAATATGTCTTCTTGCAATGGTCACGAGTTCATTCTTTTTGAAACAGCATGAAACCCCACTTTGATAGGGGGATGTATATCCATTTAGAAATTTATGATAACCCTTCGTTTAAATGGCAAGACAGGTGTAAAATATCTGTGTTCTCTTGCCATTTTGTTCAAAGTATTGAAGATG
ATAATCAGATTTTCCGATTCTTAAATTGGACCAATATGCGGAGTTTATATTTTCAATGCAACAAGCGTGGGCTTGGAATTGTTACATGGTAGTTGGGGACATTCAACTGTCATCCATGGACCATAAGTTGTATGTCAAATTCATGAGGAAAAATATCTCATGCGAGGATACTTTGGTTGGCAGATTTTTTGTAAACTTGC
TGATTTTTGTAACAAACCTGTCTGCATTTTGACGGCAGTTGCATAAGAGGATATAAAGGTAACATTGAGTGTCTCTACACAGCTAAAATTTTTGTAAGCCTTATTTATGGTAAATGGAAAAGTCTGAAAATGCTGACATATTATAACAGTTTAGTTGTTTCAGAATTGTTCCATTGGGAAAATAATTAAACTTAAATGGA
AAGATGATATTTCATATTTTAACATTCTGTCTTTGTACAAATAAACG
>TRINITY_DN121285_c1_g1_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:CCTAAATCCCTTTAGGGGCAGTTGATTTAGAGAGTGCCCTTGGCTACTGGGATTGCTATAAGAAAAGTTATGAGCAGATAGATCATGATGATAAAAAAGTCATAAATGGCTTCCAAACCACAATGAGAATGTGGGTGTATAATAAGCATGAAGTTACAGCCCTTAGATTTGGCAGCTCAAAAATAAAATCTTACTTGATG
AGGAACTCATTTCTTGGAGAAACACACCTCTTAAGGCCTTGATTCACATCGAAGATCTAGGCTATTTGTCGACCAGGGATTACAAGACTTGTGCCAACAGAATAACATGAATGCATTAAATACATACAACTATATTTTGTAGACTGTGGCTGGGTCCATCTAAACGGGCTTTAAACAGGATATTTGACTTGCCTTGCTTC
CTTTCCTTTTTTACCATAACACAACATCCAACATGCTCTTTTGCAGGTAGTTCTTGTTCTGTATCTTTTATCTGCTCTAGGAAGAGTGGCATCGGGTGCTACAGTTGCATATGCAGgtatggatttgaattttttatagttggctattgtagttttctttaagaatgaagagacctgacaatgaataaagtttgtgtcat
tttacgagcaacaaaactaatattgttctgtctctttgaacagCATTATGGTTTGTTTCATTGATCTTCTGCACCTCAAATTTGTCACCTGAATCAACGTGCCAGTCTCAATTTCTTAACAGGAAGAGAGATGGAACAAGGTCTGGAGTGCAAGAAAGTTGAACATGATGAATTGGGAAGTTGAACATGATGAATTGGGT
CTATGAATATGTCTTCTTGCAATGGTCACGAGTTCATTCTTTTTGAAACAGCATGAAACCCCACTTTGATAGGGGGATGTATATCCATTTAGAAATTTATGATAACCCTTCGTTTAAATGGCAAGACAGGTGTAAAATATCTGTGTTCTCTTGCCATTTTGTTCAAAGTATTGAAGATGATAATCAGATTTTCCGATTCT
TAAATTGGACCAATATGCGGAGTTTATATTTTCAATGCAACAAGCGTGGGCTTGGAATTGTTACATGGTAGTTGGGGACATTCAACTGTCATCCATGGACCATAAGTTGTATGTCAAATTCATGAGGAAAAATATCTCATGCGAGGATACTTTGGTTGGCAGATTTTTTGTAAACTTGCTGATTTTTGTAACAAACCTGT
CTGCATTTTGACGGCAGTTGCATAAGAGGATATAAAGGTAACATTGAGTGTCTCTACACAGCTAAAATTTTTGTAAGCCTTATTTATGGTAAATGGAAAAGTCTGAAAATGCTGACATATTATAACAGTTTAGTTGTTTCAGAATTGTTCCATTGGGAAAATAATTAAACTTAAATGGAAAGATGATATTTCATATTTTA
ACATTCTGTCTTTGTACAAATAAACG
Intron 2 GTAAGGACAT ... TCTTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 14.47 | 65 | 11 | 6 |
| A2 | 12.77 | 82 | 12 | 10 |
| A3 | 15.94 | 58 | 11 | 5 |
| A4 | 20.25 | 63 | 16 | 11 |
| A5 | 29.31 | 41 | 17 | 0 |
| A6 | 12.62 | 263 | 38 | 0 |
| A7 | 13.74 | 295 | 47 | 7 |
| A8 | 13.26 | 314 | 48 | 0 |
| A9 | 10.95 | 309 | 38 | 1 |
| A10 | 14.63 | 280 | 48 | 3 |
>TRINITY_DN40079_c0_g1_i6 from sample A9 / Example spliced isoformCTTAATTTAGCAACCAGTAGCTTTCGTATTGCATTAAAATACGTTTTCTCGGCGGCACAGTCATTGACCAAGGATCTCTGTAATTGGTTAAGCCTCAAGGAATCCACCTCCCAATGAGTACCTTCCATATGTTAATTATACAAAACAAAGCATCACAAAGCCGGTGCCACAAATTATCGAAGCATCTCAAAGCCGGTGCG
ACACTTTGCGAAAGGCCAGCACGGGAAGTGTGTGGAATAACCGAGCAGACACTTTGCGAAAGGCCAGCACGGGAAGTGTGTGGAATAACCGAGCAGAGATTCGTACTTCAAACATCCAAGATAATATTTAAAAGACATTAGGCCTCAGCACCTACGAGTCTAGGACTACCCAAATAATTGAGCAATCAGGTAGAAGAAAT
TTGAGATTGATTCATAGAGATTGATTCATAGAGATTGTGTGCGAATGGAGTTCAATATGACAGTACTGAGGAAACCAGGAATGCCTCTGGTCATTCTGATATGCGGAAGCCTTGTATATTATCACTGTGCAATACGCAATTCAAGTATGGTGTCTCTCGTCTGCGATGTTCTCATAGTCCTCCTCTGCTCCTTTGCAGTG
CTGGGAATGCTTTTCCGCCAGATGAACGTCTCTGTACCTGTAGACCCTCTGGAATGGCAAATTTCACAGGAAACTGCCAATAAAATTGCTGCATGCATGGCCAACACTATTGGTGCTACGGAATCTGTTCTTAGAGTTGCTGCAAGTGGTCATGACAAGAAACTATTTCTCAAGGTAGTTCTTGTTCTGTATCTTTTATC
TGCTCTAGGAAGAGTGGCATCGGGTGCTACAGTTGCATATGCAGCATTATGGTTTGTTTCATTGATCTTCTGCACCTCAAATTTGTCACCTGAATCAACGTGCCAGTCTCAATTTCTTAACAGGAAGAGAGATGGAACAAGGTCTGGAGTGCAAGAAAGTTGAACATGATGAATTGGGAAGTTGAACATGATGAATTGGG
TCTATGAATATGTCTTCTTGCAATGGTCACGAGTTCATTCTTTTTGAAACAGCATGAAACCCCACTTTGATAGGGGGATGTATATCCATTTAGAAATTTATGATAACCCTTCGTTTAAATGGCAAGACAGGTGTAAAATATCTGTGTTCTCTTGCCATTTTGTTCAAAGTATTGAAGATGATAATCAGATTTTCCGATTC
TTAAATTGGACCAATATGCGGAGTTTATATTTTCAATGCAACAAGCGTGGGCTTGGAATTGTTACATGGTAGTTGGGGACATTCAACTGTCATCCATGGACCATAAGTTGTATGTCAAATTCATGAGGAAAAATATCTCATGCGAGGATACTTTGGTTGGCAGATTTTTTGTAAACTTGCTGATTTTTGTAACAAACGTG
TCTGCATTTTGACGGCAGTTGCATAAGAGGATATAAAGGTAACATTGAGTGTCTCTACACAGCTAAAATTTTTGTAAGCCTTATTTATGGTAAATGGAAAAGTCTGAAAATGCTGACATATTATAACAGTTTAGTTGTTTCAGAATTGTTCCATTGGGAAAATAATTAAACTTAAATGGAAAGATGATATTTCATATTTT
AACATTCTGTCTTTGTACAAATGAACGAACATGTTGTTGCAGTCATATAAGAAAGTTGTAATGCACGTGTTAGAATCAGTTTTTGCA
>TRINITY_DN40079_c0_g1_i1 from sample A9 / Example unspliced isoform:CTTAATTTAGCAACCAGTAGCTTTCGTATTGCATTAAAATACGTTTTCTCGGCGGCACAGTCATTGACCAAGGATCTCTGTAATTGGTTAAGCCTCAAGGAATCCACCTCCCAATGAGTACCTTCCATATGTTAATTATACAAAACAAAGCATCACAAAGCCGGTGCCACAAATTATCGAAGCATCTCAAAGCCGGTGCG
ACACTTTGCGAAAGGCCAGCACGGGAAGTGTGTGGAATAACCGAGCAGACACTTTGCGAAAGGCCAGCACGGGAAGTGTGTGGAATAACCGAGCAGAGATTCGTACTTCAAACATCCAAGATAATATTTAAAAGACATTAGGCCTCAGCACCTACGAGTCTAGGACTACCCAAATAATTGAGCAATCAGAGTAGAAGAAA
TTTGAGATTGATTCATAGAGATTGTGTGCGAATGGAGTTCAATATGACAGTACTGAGGAAACCAGGAATGCCTCTGGTCATTCTGATATGCGGAAGCCTTGTATATTATCACTGTGCAATACGCAATTCAAGTATGGTGTCTCTCGTCTGCGATGTTCTCATAGTCCTCCTCTGCTCCTTTGCAGTGCTGGGAATGCTTT
TCCGCCAGATGAACGTCTCTGTACCTGTAGACCCTCTGGAATGGCAAATTTCACAGGAAACTGCCAATAAAATTGCTGCATGCATGGCCAACACTATTGGTGCTACGGAATCTGTTCTTAGAGTTGCTGCAAGTGGTCATGACAAGAAACTATTTCTCAAGgtaaggacatctttccagtggttgaaagacgtaaataat
gattagatgttgtagttcgacagagcatatttggtttcactgtttttgcagcacatgtagctcatgtaattgcttggcgtcaccttacaatctgctcatatgggtagggcctaccttgtcttcatggttttcaaaggtgaactaattgtcctttatcattcagccctaaatccctttaggggcagttgatttagagagtg
cccttggctactgggattgctataagaaaagttatgagcagatagatcatgatgataaaaaagtcataaatggcttccaaaccacaatgagaatgtgggtgtataataagcatgaagttacagcccttagatttggcagctcaaaaataaaatcttacttgatgaggaactcatttcttggagaaacacacctcttaagg
ccttgatccacatcgaagatctaggctatttgtcgaccagggattacaagacttgtgccaacagaataacatgaatgcattaaatacatacaactatattttgtagactgtggctgggtccatctaaaggggctttaggggctttaaacaggatatttgacttgccttgcttcctttccttttttaccataacacaacat
ccaacatgctcttttgcagGTAGTTCTTGTTCTGTATCTTTTATCTGCTCTAGGAAGAGTGGCATCGGGTGCTACAGTTGCATATGCAGGTATGGATTTGAATTTTTTATAGTTTGCTATTGTAGTTTTCTTTAAGAATGAAGAGACCTGACAATGAATAAAGTTTGTGTCATTTTACGAGCAACAAAACTAATATTGTT
CTGTCTCTTTGAACAGCATTATGGTTTGTTTCATTGATCTTCTGCACCTCAAATTTGTCACCTGAATCAACGTGCCAGTCTCAATTTCTTAACAGGAAGAGAGATGGAACAAGGTCTGGAGTGCAAGAAAGTTGAACATGATGAATTGGGAAGTTGAACATGATGAATTGGGTCTATGAATATGTCTTCTTGCAATGGTC
ACGAGTTCATTCTTTTTGAAACAGCATGAAACCCCACTTTGATAGGGGGATGTATATCCATTTAGAAATTTATGATAACCCTTCGTTTAAATGGCAAGACAGGTGTAAAATATCTGTGTTCTCTTGCCATTTTGTTCAAAGTATTGAAGATGATAATCAGATTTTCCGATTCTTAAATTGGACCAATATGCGGAGTTTAT
ATTTTCAATGCAACAAGCGTGGGCTTGGAATTGTTACATGGTAGTTGGGGACATTCAACTGTCATCCATGGACCATAAGTTGTATGTCAAATTCATGAGGAAAAATATCTCATGCGAGGATACTTTGGTTGGCAGATTTTTTGTAAACTTGCTGATTTTTGTAACAAACGTGTCTGCATTTTGACGGCAGTTGCATAAGA
GGATATAAAGGTAACATTGAGTGTCTCTACACAGCTAAAATTTTTGTAAGCCTTATTTATGGTAAATGGAAAAGTCTGAAAATGCTGACATATTATAACAGTTTAGTTGTTTCAGAATTGTTCCATTGGGAAAATAATTAAACTTAAATGGAAAGATGATATTTCATATTTTAACATTCTGTCTTTGTACAAATGAACGA
ACATGTTGTTGCAGTCATATAAGAAAGTTGTAATGCACGTGTTAGAATCAGTTTTTGCA
Intron 3 GTAAGGACAT ... TCTTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 25.71 | 65 | 11 | 34 |
| A2 | 25.79 | 82 | 12 | 45 |
| A3 | 24.18 | 58 | 11 | 26 |
| A4 | 29.61 | 63 | 16 | 37 |
| A5 | 22.64 | 41 | 17 | 7 |
| A6 | 18.2 | 263 | 38 | 79 |
| A7 | 21.02 | 295 | 47 | 110 |
| A8 | 19.9 | 314 | 48 | 108 |
| A9 | 19.64 | 309 | 38 | 113 |
| A10 | 19.66 | 280 | 48 | 89 |
>TRINITY_DN109356_c6_g1_i6 from sample A3 / Example spliced isoformGTAATTGGTTAAGCCTCAAGGAATCCACCTCCCAATGAGTACCTTCCATATGTTAATTATACAAAACAAAGCATCACAAAGCCGGTGCCACAAATTATCGAAGCATCTCAAAGCCGGTGCGACACTTTGCGAAAGGCCAGCACGGGAAGTGTGTGGAATAACCGAGCAGACACTTTGCGAAAGGCCAGCACGGGAAGTGT
GTGGAATAACCGAGCAGAGATTCGTACTTCAAACATCCAAGATAATATTTAAAAGACATTAGGCCTCAGCACCTACGAGTCTAGGACTACCCAAATAATTGAGCAATCAGCACTTTGCGAAAGGCCAGCACAGTAGAAGAAATTTGAGATTGATTCATAGAGATTGTGTGCGAATGGAGTTCAATATGACAGTACTGAGG
AAACCAGGAATGCCTCTGGTCATTCTGATATGCGGAAGCCTTGTATATTATCACTGTGCAATACGCAATTCAAGTATGGTGTCTCTCGTCTGCGATGTTCTCATAGTCCTCCTCTGCTCCTTTGCAGTGCTGGGAATGCTTTTCCGCCAGATGAACGTCTCTGTACCTGTAGACCCTCTGGAATGGCAAATTTCACAGGA
AACTGCCAATAAAATTGCTGCATGCATGGCCAACACTATTGGTGCTACGGAATCTGTTCTTAGAGTTGCTGCAAGTGGTCATGACAAGAAACTATTTCTCAAGGTAGTTCTTGTTCTGTATCTTTTATCTGCTCTAGGAAGAGTGGCATCGGGTGCTACAGTTGCATATGCAGCATTATGGTTTGTTTCATTGATCTTCT
GCACCTCAAATTTGTCACCTGAATCAACGTGCCAGTCTCAATTTCTTAACAGGAAGAGAGATGGAACAAGGTCTGGAGTGCAAGAAAGTTGAACATGATGAATTGGGAAGTTGAACATGATGAATTGGGTCTATGAATATGTCTTCTTGCAATGGTCACGAGTTCATTCTTTTTGAAACAGCATGAAACCCCACTTTGAT
AGGGGGATGTATATCCATTTAGAAATTTATGATAACCCTTCGTTTAAATGGCAAGACAGGTGTAAAATATCTGTGTTCTCTTGCCATTTTGTTCAAAGTATTGAAGATGATAATCAGATTTTCCGATTCTTAAATTGGACCAATATGCGGAGTTTATATTTTCAATGCAACAAGCGTGGGCTTGGAATTGTTACATGGTA
GTTGGGGACATTCAACTGTCATCCATGGACCATAAGTTGTATGTCAAATTCATGAGGAAAAATATCTCATGCGAGGATACTTTGGTTGGCAGATTTTTTGTAAACTTGCTGATTTTTGTAACAAACCTGTCTGCATTTTGACGGCAGTTGCATAAGAGGATATAAAGGTAACATTGAGTGTCTCTACACAGCTAAAATTT
TTGTAAGCCTTATTTATGGTAAATGGAAAAGTCTGAAAATGCTGACATATTATAACAGTTTAGTTGTTTCAGAATTGTTGCATTGGGAAAATAATTAAACTTAAATGGAAAAATGTTATTTCATATTTTAACATTCTGTCTTTGTACAAATGAACGAACATGTTGTTGCAGTCATATAAGAAAGTTGTAATGCACGTGTT
AGAATCAGTTTTTGCATTCCAAGTTATCAGGTCCTGTTTTCAACAATAAGA
>TRINITY_DN109356_c6_g1_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:ACCGTGTTTCAAAAAGTGGCGTCCCTGTATCAGTACCCGTCCCCGTACCCACATTTCCTGGCAACTTAGCTAATTTTTGGTCATGTGGGCTGTGGGTAGTAGTGTAGTTTGTTACTGTCTCATGTGGTGTGAAGTAGGCCTTCAGCAGGGTTGTTAAGTTTGCTATTTTTTAATATTTGTTGGACATGCTGAGACGACCC
AATTTAAGTACATAAAGTACTCTTGTCTCTCATTTGGGGTCAGGAATGCGATTTTATTGAAATATTTATTTTGATATTTGTCTCTTTTCTGTGTTCTTGTTTTCTATTTTCTCCATCGACAAGGATCTCCTGTTTCTTATCCACATATGTTACAGATAAGTGTCTAATGAAACTTTATGTTTTATGGTTCATCTCATTTA
GCCTTCCCCTGAAATTTCATGGATGTTGTTATTGTAGTGTACCTGTAGACCCTCTGGAATGGCAAATTTCACAGGAAACTGCCAATAAAATTGCTGCATGCATGGCCAACACTATTGGTGCTACGGAATCTGTTCTTAGAGTTGCTGCAAGTGGTCATGACAAGAAACTATTTCTCAAGgtaaggacatctttccagtgg
ttgaaagacgtaaataatgattagatgttgtagttcgacagagcatatttggtttcactgtttttgcagcacatgtagctcatgtaattgcttggggtcaccttacaatctgctcatatgggtagggcctaccttgtcttcatggttttcaaaggtgaactaattgtcctttatcattcagccctaaatccctttagggg
cagttgatttagagaatgcccttggctactggggttgctataagaaaagttatgaacatatagatcatgatgataaaaaagtcataaatggattccaaaccacaatgaaaatgtgggtgtataataagcatggagttacagccctgaaatttggcagctcaaaaataaaatcttacttgatgaggaactcatttcttgga
gaaacacacctcttaaggccttgatccacatcgaagatctaggctatttgtcgaccagggattacaagacttgtgccaacagaataacatgaatgcattaaatacatacaactatattttgtagactgtggctgggtccatctaaacgggctttaaacaggatatttgacttgccttgcttcctttccttttttaccata
acacaacatccaacatgctcttttgcagGTAGTTCTTGTTCTGTATCTTTTATCTGCTCTAGGAAGAGTGGCATCGGGTGCTACAGTTGCATATGCAGCATTATGGTTTGTTTCATTGATCTTCTGCACCTCAAATTTGTCACCTGAATCAACGTGCCAGTCTCAATTTCTTAACAGGAAGAGAGATGGAACAAGGTCTG
GAGTGCAAGAAAGTTGAACATGATGAATTGGGAAGTTGAACATGATGAATTGGGTCTATGAATATGTCTTCTTGCAATGGTCACGAGTTCATTCTTTTTGAAACAGCATGAAACCCCACTTTGATAGGGGGATGTATATCCATTTAGAAATTTATGATAACCCTTCGTTTAAATGGCAAGACAGGTGTAAAATATCTGTG
TTCTCTTGCCATTTTGTTCAAAGTATTGAAGATGATAATCAGATTTTCCGATTCTTAAATTGGACCAATATGCGGAGTTTATATTTTCAATGCAACAAGCGTGGGCTTGGAATTGTTACATGGTAGTTGGGGACATTCAACTGTCATCCATGGACCATAAGTTGTATGTCAAATTCATGAGGAAAAATATCTCATGCGAG
GATACTTTGGTTGGCAGATTTTTTGTAAACTTGCTGATTTTTGTAACAAACCTGTCTGCATTTTGACGGCAGTTGCATAAGAGGATATAAAGGTAACATTGAGTGTCTCTACACAGCTAAAATTTTTGTAAGCCTTATTTATGGTAAATGGAAAAGTCTGAAAATGCTGACATATTATAACAGTTTAGTTGTTTCAGAAT
TGTTGCATTGGGAAAATAATTAAACTTAAATGGAAAAATGTTATTTCATATTTTAACATTCTGTCTTTGTACAAATGAACGAACATGTTGTTGCAGTCATATAAGAAAGTTGTAATGCACGTGTTAGAATCAGTTTTTGCATTCCAAGTTATCAGGTCCTGTTTTCAACAATAAGA
Intron 4 GTAAGGACAT ... TCTTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 8.45 | 65 | 4.4 | 6 |
| A2 | 10.87 | 82 | 6.6 | 10 |
| A3 | 7.94 | 58 | 5 | 5 |
| A4 | 14.86 | 63 | 9.4 | 11 |
| A5 | 0 | 41 | 7.4 | 0 |
| A6 | 0 | 263 | 15.8 | 0 |
| A7 | 2.32 | 295 | 18.8 | 7 |
| A8 | 0 | 314 | 19.2 | 0 |
| A9 | 0.32 | 309 | 15.8 | 1 |
| A10 | 1.06 | 280 | 19.8 | 3 |
>TRINITY_DN102528_c7_g1_i2 from sample A4 / Example spliced isoformAAATTATCGAAGCATCTCAAAGCCGGTGCGACACTTTGCGAAAGGCCAGCACGGGAAGTGTGTGGAATAACCGAGCAGACACTTTGCGAAAGGCCAGCACGGGAAGTGTGTGGAATAACCGAGCAGAGATTCGTACTTCAAACATCCAAGATAATATTTAAAAGACATTAGGCCTCAGCACCTACGAGTCTAGGACTACC
CAAATAATTGAGCAATCAGAGTAGAAGAAATTTGAGATTGATTCATAGAGATTGTGTGCGAATGGAGTTCAATATGACAGTACTGAGGAAACCAGGAATGCCTCTGGTCATTCTGATATGCGGAAGCCTTGTATATTATCACTGTGCAATACGCAATTCAAGTATGGTGTCTCTCGTCTGCGATGTTCTCATAGTCCTCC
TCTGCTCCTTTGCAGTGCTGGGAATGCTTTTCCGCCAGATGAACGTCTCTGTACCTGTAGACCCTCTGGAATGGCAAATTTCACAGGAAACTGCCAATAAAATTGCTGCATGCATGGCCAACACTATTGGTGCTACGGAATCTGTTCTTAGAGTTGCTGCAAGTGGTCATGACAAGAAACTATTTCTCAAGGTAGTTCTT
GTTCTGTATCTTTTATCTGCTCTAGGAAGAGTGGCATCGGGTGCTACAGTTGCATATGCAGCATTATGGTTTGTTTCATTGATCTTCTGCACCTCAAATTTGTCACCTGAATCAACGTGCCAGTCTCAATTTCTTAACAGGAAGAGAGATGGAACAAGGTCTGGAGTGCAAGAAAGTTGAACATGATGAATTGGGAAGTT
GAACATGATGAATTGGGTCTATGAATATGTCTTCTTGCAATGGTCACGAGTTCATTCTTTTTGAAACAGCATGAAACCCCACTTTGATAGGGGGATGTATATCCATTTAGAAATTTATGATAACCCTTCGTTTAAATGGCAAGACAGGTGTAAAATATCTGTGTTCTCTTGCCATTTTGTTCAAAGTATTGAAGATGATA
ATCAGATTTTCCGATTCTTAAATTGGACCAATATGCGGAGTTTATATTTTCAATGCAACAAGCGTGGGCTTGGAATTGTTACATGGTAGTTGGGGACATTCAACTGTCATCCATGGACCATAAGTTGTATGTCAAATTCATGAGGAAAAATATCTCATGCGAGGATACTTTGGTTGGCAGATTTTTTGTAAACTTGCTGA
TTTTTGTAACAAACCTGTCTGCATTTTGACGGCAGTTGCATAAGAGGATATAAAGGTAACATTGAGTGTCTCTACACAGCTAAAATTTTTGTAAGCCTTATTTATGGTAAATGGAAAAGTCTGAAAATGCTGACATATTATAACAGTTTAGTTGTTTCAGAATTGTTGCATTGGGAAAATAATTAAACTTAAATGGAAAG
ATGATATTTCATATTTTAACATTCTGTCTTTGTACAAATGAACGAACATGTTGTTGCAGTCATATAAGAAAGTTGTAATGCACGTGTTAGAATCAGTTTTTGCATTCAAAGTTGTCAGGTCCTGTTTTTAACAATAAGATTTTGGGCAATTCTTTCAATTTTTTTTGTTCAGATGTCTAATATATGCATGCACATCATGT
ATGCACACATGCATAGAGATGTTTATTTATTTCATCAATGTTTCATAAGACCTTGAGAGTGGGAATGTCAGAAAATATATCTATATCCTTGTTTCAGCCAACGTAGGCCGAAAGACAAACTTTCTTGGAAACAAGGATCTTCTTAAGTGAAGTTTTTAGTTTTGATCAAAATGACAGAAGCTTAAGTCATTCCAGTTAAA
TATCCCGCTACCCAAATGCCAGGAAATGATTTGATGAAGTATGGTTGGGAATTTCCTAGATAATATATAATCCTGTTATAAAGTTTGTCAAATACATCAATGAATAATTCTAGGCCTTCTATTTTTTTTCCCGAGTTCCTTAATGAAATCCTTTCTAAAGTCTTCATTGGAGAGCCCAACTAGGGATCAAAGAAGGTGGG
TTAAAGTCAGGGAAG
>TRINITY_DN102528_c7_g1_i5 from sample A4 / Example unspliced isoform:TATCAATATACATATATACATGTATGATGTGACAATGACATGTTTTATTTTTATAAATTTTAATATATATATATATAGTACCCCGACGTACCCAAGTACCGTGTTTCAAAAAGTGGCGTCCCTGTATCAGTACCCGTCCCCGTACCCACATTTCCTGGCAACTTAGCTAATTTTTGGTCATGTGGGCTGTGGGTAGTAGT
GTAGTTTGTTACTGTCTCATGTGGTGTGAAGTAGGCCTTCAGCAGGGTTGTTAAGTTTGCTATTTTTTAATATTTGTTGGACATGCTGAGACGACCCAATTTAAGTACATAAAGTACTCTTGTCTCTCATTTGGGGTCAGGAATGCGATTTTATTGAAATATTTATTTTGATATTTGTCTCTTTTCTGTGTTCTTGTTTT
CTATTTTCTCCATCGACAAGGATCTCCTGTTTCTTATCCACATATGTTACAGATAAGTGTCTAATGAAACTTTATGTTTTATGGTTCATCTCATTGAGCCTTCCCCTGAAATTTCATGGATGTTGTTATTGTAGTGTACCTGTAGACCCTCTGGAATGGCAAATTTCACAGGAAACTGCCAATAAAATTGCTGCATGCAT
GGCCAACACTATTGGTGCTACGGAATCTGTTCTTAGAGTTGCTGCAAGTGGTCATGACAAGAAACTATTTCTCAAGgtaaggacatctttccagtggttgaaagacgtaaataatgattagatgttgtagttcgacagagcatatttggtttcactgtttttgcatcacatgtagctcatgtaattgcttggcgtcacct
tacaatctgctcatatggatagggcctaccttgtcttcatggttttcaaaggtgaactaattgtcctttatcattcagccctaaatccctttaggggcagttgatttagagagtgcccttggctactgggattgctataagaaaagttatgagcagatagatcatgatgataaaaaagtcataaatggcttccaaaccac
aatgagaatgtgggtgtataataagcatgaagttacagcccttagatttggcagctcaaaaataaaatcttgatgaggaactcatttcttggagaaacacacctcttaaggccttgatccacatcgaagatctaggctatttgtcgaccagggattacaagacttgtgccaacagaataacatgaatgcattaaatacat
acaactatattttgtagactgtggctgggtccatctaaacgggctttaaacaggatatttgacttgccttgcttcctttccttttttaccataacacaacatccaacatgctcttttgcagGTAGTTCTTGTTCTGTATCTTTTATCTGCTCTAGGAAGAGTGGCATCGGGTGCTACAGTTGCATATGCAGGTATGGATT
TGAATTTTTTATAGTTGGCTATTGTAGTTTTCTTTAAGAATGAAGAGACCTGACAATGAATAAAGTTTGTGTCATTTTACGAGCAACAAAACTAATATTGTTCTGTCTCTTTGAACAGCATTATGGTTTGTTTCATTGATCTTCTGCACCTCAAATTTGTCACCTGAATCAACGTGCCAGTCTCAATTTCTTAACAGGAA
GAGAGATGGAACAAGGTCTGGAGTGCAAGAAAGTTGAACATGATGAATTGGGAAGTTGAACATGATGAATTGGGTCTATGAATATGTCTTCTTGCAATGGTCACGAGTTCATTCTTTTTGAAACAGCATGAAACCCCACTTTGATAGGGGGATGTATATCCATTTAGAAATTTATGATAACCCTTCGTTTAAATGGCAAG
ACAGGTGTAAAATATCTGTGTTCTCTTGCCATTTTGTTCAAAGTATTGAAGATGATAATCAGATTTTCCGATTCTTAAATTGGACCAATATGCGGAGTTTATATTTTCAATGCAACAAGCGTGGGCTTGGAATTGTTACATGGTAGTTGGGGACATTCAACTGTCATCCATGGACCATAAGTTGTATGTCAAATTCATGA
GGAAAAATATCTCATGCGAGGATACTTTGGTTGGCAGATTTTTTGTAAACTTGCTGATTTTTGTAACAAACCTGTCTGCATTTTGACGGCAGTTGCATAAGAGGATATAAAGGTAACATTGAGTGTCTCTACACAGCTAAAATTTTTGTAAGCCTTATTTATGGTAAATGGAAAAGTCTGAAAATGCTGACATATTATAA
CAGTTTAGTTGTTTCAGAATTGTTGCATTGGGAAAATAATTAAACTTAAATGGAAAGATGATATTTCATATTTTAACATTCTGTCTTTGTACAAATGAACGAACATGTTGTTGCAGTCATATAAGAAAGTTGTAATGCACGTGTTAGAATCAGTTTTTGCATTCAAAGTTGTCAGGTCCTGTTTTTAACAATAAGATTTT
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