sp|Q949Y0|UBP6_ARATH ----> Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 6

Intron 1 GTGAGTTGCA ... TTTATTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	15.79	32	8	4
A2	7.94	29	5	0
A3	10.79	37.3	3	6
A4	4.35	22	2	0
A5	11.76	15	1	3
A6	15.86	130.3	20	29
A7	11.56	84.3	12	10
A8	12.04	124.3	16	18
A9	11.85	119	12	20
A10	9.76	101.8	10	12

>TRINITY_DN43953_c3_g1_i7 from sample A8 / Example spliced isoform

TCACGCATTAACACCTTGCCAAAGTAAGATGTATTATTAATGAATTTCAGTGCCAAAAGAATTTTGATTACTTGAGGCTCAAAACAATAATTTTGATTACTCGAGACCTAATCTTCATTGCATGTCTTTCAGTTATTTAACTATCCAGTTTGTTAGATTCTTCTGGAAAAGAGAATCAAACCAAAAGGCAAAGATTTTGA
GGAAAGTAGATTATCCGATAGAGTTGGATGTTCTAGATTTGTGTTCTGATGAGCTGTGTGAGAAGTTGAAGGAACCACGCAAGATTCTTAGAGATCAAGAAAATAAAAAATTTGGATTGAAGTCAAAGGGAAACCAGAGTGATCCCAAGGATAAAGATGTGGAAATGACAAATGCAGAGGTATCCTTGAATAACAACTGT
GAATCATCAACTAGCAATGCTGCTGAAGCTATGGACATACATAAACAAGCACATTTTACTGGAATATATGATCTAGTTTCCGTGCTGACCCATAAAGGGCGGAGTGCGGATTCAGGACATTATGTTGCTTGGGTCAAGCAAGAGAATGGAAAGTGGATTGAATTTGATGATGAAAATCCTATTCCGCAAAGAGAGGAAGA
TATTACAAAGCTTTCTGGTGGAGGGGATTGGCACATGGCATATATATGTATGTACAAAGCTCGCACTATAGTCACTCCTTGAGAGTAAAGACTCGAGAGAAGGGCATATGTGTTATTTTTTTAATTATTCATGTACTATCTTGATTTTTCCTTGGGAAAAAACATTCAGGTGGATTGTCCACCAGCAAAAATATTTTGAT
CTTATAAATCTTATTGACAGATTTATGGAGAAGGCTTTTGTTTAAGCCCTTTCTCATTTGAGATGGATATGAAGGTTATCTTGTATTGCTGGTCAGGTTTAGAAAATGTAATTTTAGTATAAACTACTTCTCAGTTCTGGTATCGTATTGAAGTCCTCGTTAAAAGTTTTATGTTTATTCCCCACTGCTTAATAAAATAG
GCAGTTGTGATTAGTGTGTTCTGGTATTGTAAGCACGCTGATTCATATTAATTCACTGACATTGAGGGGATAAAACGAGGGCCCTACATGGATGCCTTTGTTCGGAATGGAATTACTATATTGTGAGTTTGTTACATACCGGCATGGACCTAACTTTTGTTTACTACTAGATATGCGAATGATATTTAAGTTTAACTAAA
TGGAAAAAAG

>TRINITY_DN43953_c3_g1_i8 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TTCAGGAAGGACATAATCTCAAGCAAAACTATTACAACATGTCCGAAAATACACATTAAATCACAAGCCTAGCAGATTCTAGAAGGAAAAGCGAAAAAATCAAGAAAAGCAAAGCAACAAAAGCTGCAAAATTTAGCGATAACAAGAAATTTACCCTGGTCTGTCTTTTAGAATATTTCCAATTTGGGCATATAAACAGA
AAGAGGTCAAAATTCTTACATCGATTTGATTTATCTCTTGTACCTTCGTCTCTGAACCATTTGGTAGGGTTTTGCAGAGAGAAATTCTGCAGCGATTTGTCATCATGCCTACAGTGAGTGTGAAATGGCAGAAGGAAGTTTTCCCTGCAGTTGAAATTGACACAAGTCAGCCTCCTCTTGTATTTAAATGCCAGCTGTAT
GCGCTTACAGGGGTTCCACCAGAGAGGCAGAAAATTATGGTCAAGGGTGGCCTCCTAAAGGATGATGCTGATTGGAATGCCCTAGGTTTGAAAGAGGGTCAGAGATTGATGATGATGGGCACTGCAGATGAGATAGTGAAGGCTCCAGAAAATGCTCCTGTGTTTCTTGAGGACCTTCCAGAGGAAGAACAGGCTGCATC
TATGGGCCACACAGCTGGTTTATTTAATTTGGGCAATACATGCTACATGAATTCGACTGTACAATGTTTACATTCGGTTCCAGAGCTGAAGTTGTCACTACAGAAGTACACGTATTCTGGGAGGAGCAGCGATTTAGATCCATCATCACATCTTTTAACTGTAGCGACTAGGGATTTATTTGGTGAGCTGGATCGAAGTG
CTCGAGCTGTCGCTCCTATGCAATTTTGGATGGTGCTGAGAAAAAAGTACCCCCAGTTTGCCCAGCAACATAATGGCCTATTTATGCAACAGGATGCAGAGGAATGCTGGACTCAACTTATCTATACACTGTCACAATCTCTTAAGTCCCCAGATTCGAGTGATAATATTGAATCTATGAAGTCCTTATTTGGGATCGAG
CTTACAAGCAAGATTCGATGTGCTGAAAGTGGTGAGGAAAGTTTGGAGACAGAGTTGGTGTACTCATTAAAGTGTCACATATCTCACGAGGTCAACCATTTGCATGAAGGGCTTAAACATGGTCTGAAGTCTGAACTGGAGAAGGTGTCTCCTGTATTAGGCCGTAGTGCAGTGTATTTGAAAGAGTCACGCATTAACAC
CTTGCCAAATTATTTAACTATCCAGTTTGTTAGATTCTTCTGGAAAAGAGAATCAAACCAAAAGGCAAAGATTTTGAGGAAAGTAGATTATCCGATAGAGTTGGATGTTCTAGATTTGTGTTCTGATGAGCTGTGTGAGAAGTTGAAGGAACCACGCAAGATTCTTAGAGATCAAGAAAATAAAAAATTTGGATTGAAGT
CAAAGGGAAACCAGAGTGATCCCAAGGATAAAGATGTGGAAATGACAAATGCAGAGGTATCCTTGAATAACAACTGTGAATCATCAACTAGCAATGCTGCTGAAGCAGCTATGGACATACATAAACAAGCACATTTTACTGGAATATATGATCTAGTTTCCGTGCTGACCCATAAAGGGCGGAGTGCGGATTCAGGACAT
TATGTTGCTTGGGTCAAGCAAGAGAATGgtgagttgcatcaaagttcgaggaattgtgtaattctttcataagtatgtcaattgttggtattaattgcctagaaaatccatctttgactattgcattaaccagagaactgttgagttatattctatttggaggaatggagatgttctttcaagctaatattagttgcaac
aaaatctatctttggtgaattggctgtaatctgcattctttatttcagGAAAGTGGATTGAATTTGATGATGAAAATCCTATTCCGCAAAGAGAGGAAGATATTACAAAGCTTTCTGGTGGAGGGGATTGGCACATGGCATATATATGTATGTACAAAGCTCGCACTATAGTCACTCCTTGAGAGTAAAGACTCGAGAGA
AGGGCATATGTGTTATTTTTTTAATTATTCATGTACTATCTTGATTTTTCCTTGGGAAAAAACATTCAGGTGGATTGTCCACCAGCAAAAATATTTTGATCTTATAAATCTTATTGACAGATTTATGGAGAAGGCTTTTGTTTAAGCCCTTTCTCATTTGAGATGGATATGAAGGTTATCTTGTATTGCTGGTCAGGTTT
AGAAAATGTAATTTTAGTATAAACTACTTCTCAGTTCTGGTATCGTATTGAAGTCCTCGTTAAAAGTTTTATGTTTATTCCCCACTGCTTAATAAAATAGGCAGTTGTGATTAGTGTGTTCTGGTATTGTAAGCACGCTGATTCATATTAATTCACTGACATTGAGGGGATAAAACGAGGGCCCTACATGGATGCCTTTG
TTCGGAATGGAATTACTATATTGTGAGTTTGTTACATACCGGCATGGACCTAACTTTTGTTTACTACTAGATATGCGAATGATATTTAAGTTTAACTAAATGGAAAAAAG

Intron 2 GTAAGTAACT ... GTTAATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	26.5	20	7	0
A2	22.23	17.5	5	8
A3	26.7	34	12	1
A4	17.5	14.5	3	1
A5	39.01	11	7	0
A6	20.01	78	19	0
A7	8.29	80	7	0
A8	17.34	72.5	15	1
A9	14.18	87	14	0
A10	18.58	58.5	13	0

>TRINITY_DN114124_c2_g2_i11 from sample A2 / Example spliced isoform

ATAATCTCAAGCAAAACTATTACAACATGTCCGAAAATACACATTAAATCACAAGCCTAGCAGATTCTAGAAGGAAAAGCGAAAAAATCAAGAAAAGCAAAGCAACAAAAGCTGCAAAATTTAGCGATAACAAGAAATTTACCCTGGTCTGTCTTTTAGAATATTTCCAATTTGGGCATATAAACAGAAAGAGGTCAAAA
TTCTTACATCGATTTGATTTATCTCTTGTACCTTCGTCTCTGAACCATTTGGTAGGGTTTTGCAGAGAGAAATTCTGCAGCGATTTGTCATCATGCCTACAGTGAGTGTGAAATGGCAGAAGGAAGTTTTCCCTGCAGTTGAAATTGACACAAGTCAGCCTCCTCTTGTATTTAAATGCCAGCTGTATGCGCTTACAGGG
GTTCCACCAGAGAGGCAGAAAATTATGGTCAAGGGTGGCCTCCTAAAGGATGATGCTGATTGGAATGCCCTAGGTTTGAAAGAGGGTCAGAGATTGATGATGATGGGCACTGCAGATGAGATAGTGAAGGCTCCAGAAAATGCTCCTGTGTTTCTTGAGGACCTTCCAGAGGAAGAACAGGCTGCATCTATGGGCCACAC
AGCTGGTTTATTTAATTTGGGCAATACATGCTACATGAATTCGACTGTACAATGTTTACATTCGGTTCCAGAGCTGAAGTTGTCACTACAGAAGTACACGTATTCTGGGAGGAGCAGCGATTTAGATCCATCATCACATCTTTTAACTGTAGCGACTAGGGATTTATTTGGTGAGCTGGATCGAAGTGCTCGAGCTGTCG
CTCCTATGCAATTTTGGATGGTGCTGAGAAAAAAGTACCCCCAGTTTGCCCAGCAACATAATGGCCTATTTATGCAACAGGATGCAGAGGAATGCTGGACTCAACTTATCTATACACTGTCACAATCTCTTAAGTCCCCAGATTCGAGTGATAATATTGAATCTATGAAGTCCTTATTTGGGATCGAGCTTACAAGCAAG
ATTCGATGTGCTGAAAGTGGTGAGGAAAGTTTGGAGACAGAGTTGGTGTACTCATTAAAGTGTCACATATCTCACGAGGTCAACCATTTGCATGAAGGGCTTAAACATGGTCTGAAGTCTGAACTGGAGAAGGTGTCTCCTGTATTAGGCCGTAGTGCAGTGTATTTGAAAGAGTCACGCATTAACACCTTGCCAAATTA
TTTAACTATCCAGTTTGTTAGATTCTTCTGGAAAAGAGAATCAAACCAAAAGGCAAAGATTTTGAGGAAAGTAGATTATCCGATAGAGTTGGATGTTCTAGATTTGTGTTCTGATGAGCTGCGTGAGAAGTTGAAGGAACCACGCAAGGTAGATTTTCATCTTACGTCTCAATCATTTGAGAATTTTAAGGTGTCTTACT
GGTTCAGGATTCCTGTGAT

>TRINITY_DN114124_c2_g2_i9 from sample A2 / Example unspliced isoform:

ATAATCTCAAGCAAAACTATTACAACATGTCCGAAAATACACATTAAATCACAAGCCTAGCAGATTCTAGAAGGAAAAGCGAAAAAATCAAGAAAAGCAAAGCAACAAAAGCTGCAAAATTTAGCGATAACAAGAAATTTACCCTGGTCTGTCTTTTAGAATATTTCCAATTTGGGCATATAAACAGAAAGAGGTCAAAA
TTCTTACATCGATTTGATTTATCTCTTGTACCTTCGTCTCTGAACCATTTGGTAGGGTTTTGCAGAGAGAAATTCTGCAGCGATTTGTCATCATGCCTACAGTGAGTGTGAAATGGCAGAAGGAAGTTTTCCCTGCAGTTGAAATTGACACAAGTCAGCCTCCTCTTGTATTTAAATGCCAGCTGTATGCGCTTACAGGG
GTTCCACCAGAGAGGCAGAAAATTATGGTCAAGGGTGGCCTCCTAAAGGATGATGCTGATTGGAATGCCCTAGGTTTGAAAGAGGGTCAGAGATTGATGATGATGGGCACTGCAGATGAGATAGTGAAGGCTCCAGAAAATGCTCCTGTGTTTCTTGAGGACCTTCCAGAGGAAGAACAGGCTGCATCTATGGGCCACAC
AGCTGGTTTATTTAATTTGGGCAATACATGCTACATGAATTCGACTGTACAATGTTTACATTCGGTTCCAGAGCTGAAGTTGTCACTACAGAAGTACACGTATTCTGGGAGGAGCAGCGATTTAGATCCATCATCACATCTTTTAACTGTAGCGACTAGGGATTTATTTGGTGAGCTGGATCGAAGTGCTCGAGCTGTCG
CTCCTATGCAATTTTGGATGGTGCTGAGAAAAAAGTACCCCCAGTTTGCCCAGCAACATAATGGCCTATTTATGCAACAGGATGCAGAGGAATGCTGGACTCAACTTATCTATACACTGTCACAATCTCTTAAGTCCCCAGATTCGAGTGATAATATTGAATCTATGAAGTCCTTATTTGGGATCGAGCTTACAAGCAAG
ATTCGATGTGCTGAAAGTGGTGAGGAAAGTTTGGAGACAGAGTTGGTGTACTCATTAAAGTGTCACATATCTCACGAGGTCAACCATTTGCATGAAGGGCTTAAACATGGTCTGAAGTCTGAACTGGAGAAGGTGTCTCCTGTATTAGGCCGTAGTGCAGTGTATTTGAAAGAGTCACGCATTAACACCTTGCCAAATTA
TTTAACTATCCAGTTTGTTAGATTCTTCTGGAAAAGAGAATCAAACCAAAAGGCAAAGATTTTGAGGgtaagtaactgcctggtgtaccattcgattgttttatgtggtttactgaccccccttggcgtgttaatcgttttgtcttttataaattatctttattagatccggtgagtatatgttctgttaatgcagAAAG
TAGATTATCCGATAGAGTTGGATGTTCTAGATTTGTGTTCTGATGAGCTGCGTGAGAAGTTGAAGGAACCACGCAAGGTAGATTTTCATCTTACGTCTCAATCATTTGAGAATTTTAAGGTGTCTTACTGGTTCAGGATTCCTGTGAT

Intron 3 GTCTGTCTTT ... GGTTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	73.77	8	22	23
A2	63.11	19	26	39
A3	61.67	23	31	43
A4	65.66	17	24	41
A5	78.18	6	10	33
A6	57.38	13	7	28
A7	69.07	15	23	44
A8	68.18	7	11	19
A9	63.56	25.8	21	69
A10	73.74	13	18	55

>TRINITY_DN108246_c0_g1_i7 from sample A3 / Example spliced isoform

CGGACGAATAAATAAAAAACATATAAGTGAAAAAACTATAAGTGATTTCAACTTCAGGAAGGACATAATCTCAAGCAAAACTATTACAACATGTCCGAAAATACACATTAAATCACAAGCCTAGCAGATTCTAGAAGGAAAAGCGAAAAAATCAAGAAAAGCAAAGCAACAAAAGCTGCAAAATTTAGCGATAACAAGAA
ATTTACCCTGAGAGAAATTCTGCAGCGATTTGTCATCATGCCTACAGTGAGTGTGAAATGGCAGAAGGAAGTTTTCCCTGCAGTTGAAATTGACACAAGTCAGCCTCCTCTTGTATTTAAATGCCAGCTGTATGCGCTTACAGGGGTTCCACCAGAGAGGCAGAAAATTATGGTCAAGGGTGGCCTCCTAAAGGATGATG
CTGATTGGAATGCCCTAGGTTTGAAAGAGGGTCAGAGATTGATGATGATGGGCACTGCAGATGAGATAGTGAAGGCTCCAGAAAATGCTCCTGTGTTTCTTGAGGACCTTCCAGAGGAAGAACAGGCTGCATCTATGGGCCACACAGCTGGTTTATTTAATTTGGGCAATACATGCTACATGAATTCGACTGTACAATGT
TTACATTCGGTTCCAGAGCTGAAGTTGTCACTACAGAAGTACACGTATTCTGGGAGGAGCAGCGATTTAGATCCATCATCACATCTTTTAACTGTAGCGACTAGGGATTTATTTGGTGAGCTGGATCGAAGTGCTCGAGCTGTCGCTCCTATGCAATTTTGGATGGTGCTGAGAAAAAAGTACCCCCAGTTTGCCCAGCA
ACATAATGGCCTATTTATGCAACAGGATGCAGAGGAATGCTGGACTCAACTTATCTATACACTGTCACAATCTCTTAAGTCCCCAGATTCGAGTGATAATATTGAATCTATGAAGTCCTTATTTGGGATCGAGCTTACAAGCAAGATTCGATGTGCTGAAAGTGGTGAGGAAAGTTTGGAGACAGAGTTGGTGTACTCAT
TAAAGTGTCACATATCTCACGAGGTCAACCATTTGCATGAAGGGCTTAAACATGGTCTGAAGTCTGAACTGGAGAAGGTGTCTCCTGTATTAGGCCGTAGTGCAGTGTATTTGAAAGAGTCACGCATTAACACCTTGCCAAATTATTTAACTATCCAGTTTGTTAGATTCTTCTGGAAAAGAGAATCAAACCAAAAGGCA
AAGATTTTGAGGAAAGTAGATTATCCGATAGAGTTGGATGTTCTAGATTTGTGTTCTGATGAGCTGTGTGAGAAGTTGAAGGAACCACGCAAGATTCTTAGAGATCAAGAAAATAAAAAATTTGGATTGAAGTCAAAGGGAAACCAGAGTGATCCCAAGGATAAAGATGTGGAAATGACAAATGCAGAGGTATCCTTGAA
TAACAACTGTGAATCATCAACTAGCAATGCTGCTGAAGCTATGGACATACATAAACAAGCACATTTTACTGGAATATATGATCTAGTTTCCGTGCTGACCCATAAAGGGCGGAGTGCGGATTCAGGACATTATGTTGCTTGGGTCAAGCAAGAGAATGGAAAGTGGATTGAATTTGATGATGAAAATCCTATTCCGCAAA
GAGAGGAAGATATTACAAAGCTTTCTGGTGGAGGGGATTGGCACATGGCATATATATGTATGTACAAAGCTCGCACTATAGTCACTCCTTGAGAGTAAAGACTCGAGAGAAGGGCATATGTGTTATTTTTTTAATTATTCATGTACTATCTTGATTTTTCCTTGGGAAAAAACATTCAGGTGGATTGTCCACCAGCAAAA
ATATTTTGATCTTATAAATCTTATTGACAGATTTATGGAGAAGGCTTTTGTTTAAGCCCTTTCTCATTTGAGATGGATATGAAGGTTATCTTGTATTGCTGGTCAGGTTTAGAAAATGTAATTTTAGTATAAACTACTTCTCAGTTCTGGTATCGTATTGAAGTCCTCGTTAAAAGTTTTATGTTTATTCCCCACTGCTT
AATAAAATAGGCAGTTGTGATTAGTGTGTTCTGGTATTGTAAGCACGCTGATTCATATTAATTCACTGACATTGAGGGG

>TRINITY_DN108246_c0_g1_i4 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CGGACGAATAAATAAAAAACATATAAGTGAAAAAACTATAAGTGATTTCAACTTCAGGAAGGACATAATCTCAAGCAAAACTATTACAACATGTCCGAAAATACACATTAAATCACAAGCCTAGCAGATTCTAGAAGGAAAAGCGAAAAAATCAAGAAAAGCAAAGCAACAAAAGCTGCAAAATTTAGCGATAACAAGAA
ATTTACCCTGgtctgtcttttagaatatttccaatttgggcatataaacagaaagaggtcaaaattcttacatcgatttgatttatctcttgtaccttcgtctctgaaccatttggtagggttttgcagAGAGAAATTCTGCAGCGATTTGTCATCATGCCTACAGTGAGTGTGAAATGGCAGAAGGAAGTTTTCCCTGC
AGTTGAAATTGACACAAGTCAGCCTCCTCTTGTATTTAAATGCCAGCTGTATGCGCTTACAGGGGTTCCACCAGAGAGGCAGAAAATTATGGTCAAGGGTGGCCTCCTAAAGGATGATGCTGATTGGAATGCCCTAGGTTTGAAAGAGGGTCAGAGATTGATGATGATGGGCACTGCAGATGAGATAGTGAAGGCTCCAG
AAAATGCTCCTGTGTTTCTTGAGGACCTTCCAGAGGAAGAACAGGCTGCATCTATGGGCCACACAGCTGGTTTATTTAATTTGGGCAATACATGCTACATGAATTCGACTGTACAATGTTTACATTCGGTTCCAGAGCTGAAGTTGTCACTACAGAAGTACACGTATTCTGGGAGGAGCAGCGATTTAGATCCATCATCA
CATCTTTTAACTGTAGCGACTAGGGATTTATTTGGTGAGCTGGATCGAAGTGCTCGAGCTGTCGCTCCTATGCAATTTTGGATGGTGCTGAGAAAAAAGTACCCCCAGTTTGCCCAGCAACATAATGGCCTATTTATGCAACAGGATGCAGAGGAATGCTGGACTCAACTTATCTATACACTGTCACAATCTCTTAAGTC
CCCAGATTCGAGTGATAATATTGAATCTATGAAGTCCTTATTTGGGATCGAGCTTACAAGCAAGATTCGATGTGCTGAAAGTGGTGAGGAAAGTTTGGAGACAGAGTTGGTGTACTCATTAAAGTGTCACATATCTCACGAGGTCAACCATTTGCATGAAGGGCTTAAACATGGTCTGAAGTCTGAACTGGAGAAGGTGT
CTCCTGTATTAGGCCGTAGTGCAGTGTATTTGAAAGAGTCACGCATTAACACCTTGCCAAATTATTTAACTATCCAGTTTGTTAGATTCTTCTGGAAAAGAGAATCAAACCAAAAGGCAAAGATTTTGAGGAAAGTAGATTATCCGATAGAGTTGGATGTTCTAGATTTGTGTTCTGATGAGCTGTGTGAGAAGTTGAAG
GAACCACGCAAGATTCTTAGAGATCAAGAAAATAAAAAATTTGGATTGAAGTCAAAGGGAAACCAGAGTGATCCCAAGGATAAAGATGTGGAAATGACAAATGCAGAGGTATCCTTGAATAACAACTGTGAATCATCAACTAGCAATGCTGCTGAAGCTATGGACATACATAAACAAGCACATTTTACTGGAATATATGA
TCTAGTTTCCGTGCTGACCCATAAAGGGCGGAGTGCGGATTCAGGACATTATGTTGCTTGGGTCAAGCAAGAGAATGGAAAGTGGATTGAATTTGATGATGAAAATCCTATTCCGCAAAGAGAGGAAGATATTACAAAGCTTTCTGGTGGAGGGGATTGGCACATGGCATATATATTTTTCAAGAATGATGAACGAACAT
TCTTTCCACATTTCAACTAGTGAAAATCTAGAGAGAGAGGTTTCTTTAAATACGAACG

Intron 4 GTAGATTTTC ... TAATGGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	28.57	30	0	12
A2	29.82	40	12	17
A3	21.05	45	5	12
A4	34.04	31	5	16
A5	41.18	10	0	7
A6	24.79	88	12	29
A7	22.35	66	5	19
A8	25.26	71	9	24
A9	25.47	120	9	41
A10	27.27	72	6	27

>TRINITY_DN44640_c1_g1_i4 from sample A6 / Example spliced isoform

CATAATCTCAAGCAAAACTATTACAACATGTCCGAAAATACACATTAAATCACAAGCCTAGCAGATTCTAGAAGGAAAAGCGAAAAAATCAAGAAAAGCAAAGCAACAAAAGCTGCAAAATTTAGCGATAACAAGAAATTTACCCTGGTCTGTCTTTTAGAATATTTCCAATTTGGGCATATAAACAGAAAGAGGTCAAA
ATTCTTACATCGATTTGATTTATCTCTTGTACCTTCGTCTCTGAACCATTTGGTAGGGTTTTGCAGAGAGAAATTCTGCAGCGATTTGTCATCATGCCTACAGTGAGTGTGAAATGGCAGAAGGAAGTTTTCCCTGCAGTTGAAATTGACACAAGTCAGCCTCCTCTTGTATTTAAATGCCAGCTGTATGCGCTTACAGG
GGTTCCACCAGAGAGGCAGAAAATTATGGTCAAGGGTGGCCTCCTAAAGGATGATGCTGATTGGAATGCCCTAGGTTTGAAAGAGGGTCAGAGATTGATGATGATGGGCACTGCAGATGAGATAGTGAAGGCTCCAGAAAATGCTCCTGTGTTTCTTGAGGACCTTCCAGAGGAAGAACAGGCTGCATCTATGGGCCACA
CAGCTGGTTTATTTAATTTGGGCAATACATGCTACATGAATTCGACTGTACAATGTTTACATTCGGTTCCAGAGCTGAAGTTGTCACTACAGAAGTACACGTATTCTGGGAGGAGCAGCGATTTAGATCCATCATCACATCTTTTAACTGTAGCGACTAGGGATTTATTTGGTGAGCTGGATCGAAGTGCTCGAGCTGTC
GCTCCTATGCAATTTTGGATGGTGCTGAGAAAAAAGTACCCCCAGTTTGCCCAGCAACATAATGGCCTATTTATGCAACAGGATGCAGAGGAATGCTGGACTCAACTTATCTATACACTGTCACAATCTCTTAAGTCCCCAGATTCGAGTGATAATATTGAATCTATGAAGTCCTTATTTGGGATCGAGCTTACAAGCAA
GATTCGATGTGCTGAAAGTGGTGAGGAAAGTTTGGAGACAGAGTTGGTGTACTCATTAAAGTGTCACATATCTCACGAGGTCAACCATTTGCATGAAGGGCTTAAACATGGTCTGAAGTCTGAACTGGAGAAGGTGTCTCCTGTATTAGGCCGTAGTGCAGTGTATTTGAAAGAGTCACGCATTAACACCTTGCCAAATT
ATTTAACTATCCAGTTTGTTAGATTCTTCTGGAAAAGAGAATCAAACCAAAAGGCAAAGATTTTGAGGAAAGTAGATTATCCGATAGAGTTGGATGTTCTAGATTTGTGTTCTGATGAGCTGCGTGAGAAGTTGAAGGAACCACGCAAGATTCTTAGAGATCAAGAAAATAAAAAATTTGGATTGAAGTCAAAGGGAAAC
CAGAGTGATCCCAAGGATAAAGATGTGGAAATGACAAATGCAGAGGTATCCTTGAATAACAACTGTGAATCATCAACTAGCAATGCTGCTGAAGCTATGGACATACATAAACAAGCACATTTTACTGGAATATATGATCTAGTTTCCGTGCTGACCCATAAAGGGCGGAGTGCGGATTCAGGACATTATGTTGCTTGGGT
CAAGCAAGAGAATGGAAAGTGGATTGAATTTGATGATGAAAATCCTATTCCGCAAAGAGAGGAAGATATTACAAAGCTTTCTGGTGGAGGGGATTGGCACATGGCATATATATGTATGTACAAAGCTCGCACTATAGTCACTCCTTGAGAGTAAAGACTCGAGAGAAGGGCATATGTGTTATTTTTTTAATTATTCATGT
ACTATCTTGATTTTTCCTTGGGAAAAAACATTCAGGTGGATTGTCCACCAGCAAAAATATTTTGATCTTATAAATCTTATTGACAGATTTATGGAGAAGGCTTTTGTTTAAGCCCTTTCTCATTTGAGATGGATATGAAGGTTATCTTGTATTGCTGGTCAGGTTTAGAAAATGTAATTTTAGTATAAACTACTTCTCAG
TTCTGGTATCGTATTGAAGTCCTCGTTAAAAGTTTTATGTTTATTCCCCACTGCTTAATAAAATAGGCAGTTGTGATTAGTGTGTTCTGGTATTGTAAGCACGCTGATTCATATTAATTCACTGACATTGAGGGGATAAAACGAGGGCCCTACATGGAAGCCTTTGTTCGGAATGGAATTACTATATTGTGAGTTTGTTA
C

>TRINITY_DN44640_c1_g1_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CATAATCTCAAGCAAAACTATTACAACATGTCCGAAAATACACATTAAATCACAAGCCTAGCAGATTCTAGAAGGAAAAGCGAAAAAATCAAGAAAAGCAAAGCAACAAAAGCTGCAAAATTTAGCGATAACAAGAAATTTACCCTGGTCTGTCTTTTAGAATATTTCCAATTTGGGCATATAAACAGAAAGAGGTCAAA
ATTCTTACATCGATTTGATTTATCTCTTGTACCTTCGTCTCTGAACCATTTGGTAGGGTTTTGCAGAGAGAAATTCTGCAGCGATTTGTCATCATGCCTACAGTGAGTGTGAAATGGCAGAAGGAAGTTTTCCCTGCAGTTGAAATTGACACAAGTCAGCCTCCTCTTGTATTTAAATGCCAGCTGTATGCGCTTACAGG
GGTTCCACCAGAGAGGCAGAAAATTATGGTCAAGGGTGGCCTCCTAAAGGATGATGCTGATTGGAATGCCCTAGGTTTGAAAGAGGGTCAGAGATTGATGATGATGGGCACTGCAGATGAGATAGTGAAGGCTCCAGAAAATGCTCCTGTGTTTCTTGAGGACCTTCCAGAGGAAGAACAGGCTGCATCTATGGGCCACA
CAGCTGGTTTATTTAATTTGGGCAATACATGCTACATGAATTCGACTGTACAATGTTTACATTCGGTTCCAGAGCTGAAGTTGTCACTACAGAAGTACACGTATTCTGGGAGGAGCAGCGATTTAGATCCATCATCACATCTTTTAACTGTAGCGACTAGGGATTTATTTGGTGAGCTGGATCGAAGTGCTCGAGCTGTC
GCTCCTATGCAATTTTGGATGGTGCTGAGAAAAAAGTACCCCCAGTTTGCCCAGCAACATAATGGCCTATTTATGCAACAGGATGCAGAGGAATGCTGGACTCAACTTATCTATACACTGTCACAATCTCTTAAGTCCCCAGATTCGAGTGATAATATTGAATCTATGAAGTCCTTATTTGGGATCGAGCTTACAAGCAA
GATTCGATGTGCTGAAAGTGGTGAGGAAAGTTTGGAGACAGAGTTGGTGTACTCATTAAAGTGTCACATATCTCACGAGGTCAACCATTTGCATGAAGGGCTTAAACATGGTCTGAAGTCTGAACTGGAGAAGGTGTCTCCTGTATTAGGCCGTAGTGCAGTGTATTTGAAAGAGTCACGCATTAACACCTTGCCAAATT
ATTTAACTATCCAGTTTGTTAGATTCTTCTGGAAAAGAGAATCAAACCAAAAGGCAAAGATTTTGAGGAAAGTAGATTATCCGATAGAGTTGGATGTTCTAGATTTGTGTTCTGATGAGCTGCGTGAGAAGTTGAAGGAACCACGCAAGgtagattttcatcttacgtctcaatcatttgagaattttaaggtgtcttac
tggttcaggattcctgtgataacatgtgtttatttatctatcatgaaattgagaaccatattctgtattggaaatgtaatgggcagATTCTTAGAGATCAAGAAAATAAAAAATTTGGATTGAAGTCAAAGGGAAACCAGAGTGATCCCAAGGATAAAGATGTGGAAATGACAAATGCAGAGGTATCCTTGAATAACAAC
TGTGAATCATCAACTAGCAATGCTGCTGAAGCTATGGACATACATAAACAAGCACATTTTACTGGAATATATGATCTAGTTTCCGTGCTGACCCATAAAGGGCGGAGTGCGGATTCAGGACATTATGTTGCTTGGGTCAAGCAAGAGAATGGAAAGTGGATTGAATTTGATGATGAAAATCCTATTCCGCAAAGAGAGGA
AGATATTACAAAGCTTTCTGGTGGAGGGGATTGGCACATGGCATATATATGTATGTACAAAGCTCGCACTATAGTCACTCCTTGAGAGTAAAGACTCGAGAGAAGGGCATATGTGTTATTTTTTTAATTATTCATGTACTATCTTGATTTTTCCTTGGGAAAAAACATTCAGGTGGATTGTCCACCAGCAAAAATATTTT
GATCTTATAAATCTTATTGACAGATTTATGGAGAAGGCTTTTGTTTAAGCCCTTTCTCATTTGAGATGGATATGAAGGTTATCTTGTATTGCTGGTCAGGTTTAGAAAATGTAATTTTAGTATAAACTACTTCTCAGTTCTGGTATCGTATTGAAGTCCTCGTTAAAAGTTTTATGTTTATTCCCCACTGCTTAATAAAA
TAGGCAGTTGTGATTAGTGTGTTCTGGTATTGTAAGCACGCTGATTCATATTAATTCACTGACATTGAGGGGATAAAACGAGGGCCCTACATGGAAGCCTTTGTTCGGAATGGAATTACTATATTGTGAGTTTGTTAC

Intron 5 GTAAGATGTA ... TGTCTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	19.57	37	7.5	9
A2	14.29	30	8.1	5
A3	24	38	9.3	12
A4	8.64	52.9	10	5
A5	42.11	11	2.5	8
A6	20.97	98	8.8	26
A7	28.06	100	13.8	39
A8	26.36	95	7.5	34
A9	22.82	115	6.9	34
A10	24.24	75	6.3	24

>TRINITY_DN108246_c0_g1_i4 from sample A3 / Example spliced isoform

CGGACGAATAAATAAAAAACATATAAGTGAAAAAACTATAAGTGATTTCAACTTCAGGAAGGACATAATCTCAAGCAAAACTATTACAACATGTCCGAAAATACACATTAAATCACAAGCCTAGCAGATTCTAGAAGGAAAAGCGAAAAAATCAAGAAAAGCAAAGCAACAAAAGCTGCAAAATTTAGCGATAACAAGAA
ATTTACCCTGGTCTGTCTTTTAGAATATTTCCAATTTGGGCATATAAACAGAAAGAGGTCAAAATTCTTACATCGATTTGATTTATCTCTTGTACCTTCGTCTCTGAACCATTTGGTAGGGTTTTGCAGAGAGAAATTCTGCAGCGATTTGTCATCATGCCTACAGTGAGTGTGAAATGGCAGAAGGAAGTTTTCCCTGC
AGTTGAAATTGACACAAGTCAGCCTCCTCTTGTATTTAAATGCCAGCTGTATGCGCTTACAGGGGTTCCACCAGAGAGGCAGAAAATTATGGTCAAGGGTGGCCTCCTAAAGGATGATGCTGATTGGAATGCCCTAGGTTTGAAAGAGGGTCAGAGATTGATGATGATGGGCACTGCAGATGAGATAGTGAAGGCTCCAG
AAAATGCTCCTGTGTTTCTTGAGGACCTTCCAGAGGAAGAACAGGCTGCATCTATGGGCCACACAGCTGGTTTATTTAATTTGGGCAATACATGCTACATGAATTCGACTGTACAATGTTTACATTCGGTTCCAGAGCTGAAGTTGTCACTACAGAAGTACACGTATTCTGGGAGGAGCAGCGATTTAGATCCATCATCA
CATCTTTTAACTGTAGCGACTAGGGATTTATTTGGTGAGCTGGATCGAAGTGCTCGAGCTGTCGCTCCTATGCAATTTTGGATGGTGCTGAGAAAAAAGTACCCCCAGTTTGCCCAGCAACATAATGGCCTATTTATGCAACAGGATGCAGAGGAATGCTGGACTCAACTTATCTATACACTGTCACAATCTCTTAAGTC
CCCAGATTCGAGTGATAATATTGAATCTATGAAGTCCTTATTTGGGATCGAGCTTACAAGCAAGATTCGATGTGCTGAAAGTGGTGAGGAAAGTTTGGAGACAGAGTTGGTGTACTCATTAAAGTGTCACATATCTCACGAGGTCAACCATTTGCATGAAGGGCTTAAACATGGTCTGAAGTCTGAACTGGAGAAGGTGT
CTCCTGTATTAGGCCGTAGTGCAGTGTATTTGAAAGAGTCACGCATTAACACCTTGCCAAATTATTTAACTATCCAGTTTGTTAGATTCTTCTGGAAAAGAGAATCAAACCAAAAGGCAAAGATTTTGAGGAAAGTAGATTATCCGATAGAGTTGGATGTTCTAGATTTGTGTTCTGATGAGCTGTGTGAGAAGTTGAAG
GAACCACGCAAGATTCTTAGAGATCAAGAAAATAAAAAATTTGGATTGAAGTCAAAGGGAAACCAGAGTGATCCCAAGGATAAAGATGTGGAAATGACAAATGCAGAGGTATCCTTGAATAACAACTGTGAATCATCAACTAGCAATGCTGCTGAAGCTATGGACATACATAAACAAGCACATTTTACTGGAATATATGA
TCTAGTTTCCGTGCTGACCCATAAAGGGCGGAGTGCGGATTCAGGACATTATGTTGCTTGGGTCAAGCAAGAGAATGGAAAGTGGATTGAATTTGATGATGAAAATCCTATTCCGCAAAGAGAGGAAGATATTACAAAGCTTTCTGGTGGAGGGGATTGGCACATGGCATATATATTTTTCAAGAATGATGAACGAACAT
TCTTTCCACATTTCAACTAGTGAAAATCTAGAGAGAGAGGTTTCTTTAAATACGAACG

>TRINITY_DN108246_c0_g1_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CGGACGAATAAATAAAAAACATATAAGTGAAAAAACTATAAGTGATTTCAACTTCAGGAAGGACATAATCTCAAGCAAAACTATTACAACATGTCCGAAAATACACATTAAATCACAAGCCTAGCAGATTCTAGAAGGAAAAGCGAAAAAATCAAGAAAAGCAAAGCAACAAAAGCTGCAAAATTTAGCGATAACAAGAA
ATTTACCCTGGTCTGTCTTTTAGAATATTTCCAATTTGGGCATATAAACAGAAAGAGGTCAAAATTCTTACATCGATTTGATTTATCTCTTGTACCTTCGTCTCTGAACCATTTGGTAGGGTTTTGCAGAGAGAAATTCTGCAGCGATTTGTCATCATGCCTACAGTGAGTGTGAAATGGCAGAAGGAAGTTTTCCCTGC
AGTTGAAATTGACACAAGTCAGCCTCCTCTTGTATTTAAATGCCAGCTGTATGCGCTTACAGGGGTTCCACCAGAGAGGCAGAAAATTATGGTCAAGGGTGGCCTCCTAAAGGATGATGCTGATTGGAATGCCCTAGGTTTGAAAGAGGGTCAGAGATTGATGATGATGGGCACTGCAGATGAGATAGTGAAGGCTCCAG
AAAATGCTCCTGTGTTTCTTGAGGACCTTCCAGAGGAAGAACAGGCTGCATCTATGGGCCACACAGCTGGTTTATTTAATTTGGGCAATACATGCTACATGAATTCGACTGTACAATGTTTACATTCGGTTCCAGAGCTGAAGTTGTCACTACAGAAGTACACGTATTCTGGGAGGAGCAGCGATTTAGATCCATCATCA
CATCTTTTAACTGTAGCGACTAGGGATTTATTTGGTGAGCTGGATCGAAGTGCTCGAGCTGTCGCTCCTATGCAATTTTGGATGGTGCTGAGAAAAAAGTACCCCCAGTTTGCCCAGCAACATAATGGCCTATTTATGCAACAGGATGCAGAGGAATGCTGGACTCAACTTATCTATACACTGTCACAATCTCTTAAGTC
CCCAGATTCGAGTGATAATATTGAATCTATGAAGTCCTTATTTGGGATCGAGCTTACAAGCAAGATTCGATGTGCTGAAAGTGGTGAGGAAAGTTTGGAGACAGAGTTGGTGTACTCATTAAAGTGTCACATATCTCACGAGGTCAACCATTTGCATGAAGGGCTTAAACATGGTCTGAAGTCTGAACTGGAGAAGGTGT
CTCCTGTATTAGGCCGTAGTGCAGTGTATTTGAAAGAGTCACGCATTAACACCTTGCCAAAgtaagatgtattattaatgaatttcagttccaaaagaattttgattacttgaggctcaaaacaataattttgattactcgagacctaatcttcattgcatgtctttcagTTATTTAACTATCCAGTTTGTTAGATTCTT
CTGGAAAAGAGAATCAAACCAAAAGGCAAAGATTTTGAGGAAAGTAGATTATCCGATAGAGTTGGATGTTCTAGATTTGTGTTCTGATGAGCTGTGTGAGAAGTTGAAGGAACCACGCAAGATTCTTAGAGATCAAGAAAATAAAAAATTTGGATTGAAGTCAAAGGGAAACCAGAGTGATCCCAAGGATAAAGATGTGG
AAATGACAAATGCAGAGGTATCCTTGAATAACAACTGTGAATCATCAACTAGCAATGCTGCTGAAGCTATGGACATACATAAACAAGCACATTTTACTGGAATATATGATCTAGTTTCCGTGCTGACCCATAAAGGGCGGAGTGCGGATTCAGGACATTATGTTGCTTGGGTCAAGCAAGAGAATGGAAAGTGGATTGAA
TTTGATGATGAAAATCCTATTCCGCAAAGAGAGGAAGATATTACAAAGCTTTCTGGTGGAGGGGATTGGCACATGGCATATATATGTATGTACAAAGCTCGCACTATAGTCACTCCTTGAGAGTAAAGACTCGAGAGAAGGGCATATGTGTTATTTTTTTAATTATTCATGTACTATCTTGATTTTTCCTTGGGAAAAAA
CATTCAGGTGGATTGTCCACCAGCAAAAATATTTTGATCTTATAAATCTTATTGACAGATTTATGGAGAAGGCTTTTGTTTAAGCCCTTTCTCATTTGAGATGGATATGAAGGTTATCTTGTATTGCTGGTCAGGTTTAGAAAATGTAATTTTAGTATAAACTACTTCTCAGTTCTGGTATCGTATTGAAGTCCTCGTTA
AAAGTTTTATGTTTATTCCCCACTGCTTAATAAAATAGGCAGTTGTGATTAGTGTGTTCTGGTATTGTAAGCACGCTGATTCATATTAATTCACTGACATTGAGGGG