sp|O22193|PUB4_ARATH ----> U-box domain-containing protein 4

Intron 1 GTATGTAGAC ... TTGGTCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	68.42	6	22	4
A2	43.48	13	12	8
A3	78.57	3	17	5
A4	58.33	10	23	5
A5	45.45	6	7	3
A6	32.87	48	40	7
A7	33.91	76	54	24
A8	34.05	61	33	30
A9	27.62	38	18	11
A10	33.33	69	35	34

>TRINITY_DN46057_c0_g1_i4 from sample A7 / Example spliced isoform

GTCAACATTTATAAAAGGTGATTTATGTATTATGGAATGTTGATGTGGCGAGCTGACTTCGTATAGTTTGAGCCCTCGCATTGGTTGACAGGTTGTCTGATTTGAAAAGTCGTTCAACATTCCCTAGGGTTAACGGAATGCATGGAGCAGCATTGAATGTTGAAGTACGTGGCTATTTATAGTAAACTTCTCGATTTTCC
ACCCTAGTGAAGCTCAATTTCACTATTTGTTTCAAAGAATTGTGCCATCACCCGCCTGTAGCGTGCATATGGAGGTTTGGAAACTGTTTGATTGTTCATCTCAGGAGGGTTTTGAAAGCATTGAAAGGATTGAAATTTTAAAAGAAGAGCTATCAAATGAGTGACTTAGTGGCAATGAATTTTGATTATAAGCTCGTACT
GTCAAAATACATGATACAGAATGACTTGACATGCACAATCTTATTGATATTGTTTGAGGGTCGGCTTTATTGATTTTCTATTTCAATCTCAGAATTTCTTTTAAAAGAAATGATATTGTTGCAAGGTTTGCAACAATTCTTCATTGATCAAGGTTTATTTGGATATGGAGTTTGGTTTAGTTGTGGTTGAGGAAATTGAA
AGTGATTATTCTGTCATTATATTATTGGCATGTTTAAATGATGAAATAAGTGAAAGAACAATGTTGATTACTTTAAATAATTTTGGTTATTGAAACTTTGGTTAATGAATAGAATGAAATTCATTTTGGAGATATATAGGCTCATAAATTGTCATTAAATGAACATATGCACTAAACATTAAATGATTGTGGGAATGTTA
GATCCATGATGAAGACTTTCATGGATGAAGCTGGCAGTGATGATTATCATGATGGATGAATACTGTTTGTGATAATTGGATGTTGTTTTGACCGTTGAGGTTATTGGATAATTTGAACATGTATCATTTGTCATTCCCCTCATTAGCTTTCACTAATTTGTTCATTCACTCACTATCATTTTCCCAACAGACCTTTTTCC
CATGTTCAAAGAGAAATAGTCGAGAGATATAAGTGATTTTTAGTTTGAAAATGAAATAATTTCAAACAAGCTTGATGTCCCG

>TRINITY_DN46057_c0_g1_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GTCAACATTTATAAAAGGTGATTTATGTATTATGGAATGTTGATGTGGCGAGCTGACTTCGTATAGTTTGAGCCCTCGCATTGGTTGACAGGTTGTCTGATTTGAAAAGTCGTTCAACATTCCCTAGGGTTAACGGAATGCATGGAGCAGCATTGAATGTTGAAGTACGTGGCTATTTATAGTAAACTTCTCGACTTTCC
ACCCTGGTGAAGCTCAATTTCACTATTTGTTTCAAAGAATTGTGCCATCACCCGCCTGTAGCGTGCATATGGAGGTTTGGAAACTGTTTGATTGTTCATCTCAGGAGGGTTTTGAAAGCATTGAAAGgtatgtagaccgacaatatactctatatcaaataatgaatatgcaagatagtttatattggctctagttgacc
agcatattgcttggactactgttaatatgcttgaaataaatgatttggatttaaatttgatggtgtttttcatagttgaaatgttggtaaatgtctgtatacaatatgaaatattggtcacagtcattgtttggcttgaaagcatcgttggttgagttactgatttagaaatgagtttactgatgttgcataaaagagtt
taaaaccctccctgcttggtgcagactatttcatttcatgtacaaactattatgagacactgttgaagaaaattgttgaaataaactgttgagggtttgtatgtcattgtcattttgaaatacagtcaatcattaagtttatacgatgactaacagtttttccctctcgacttacgagagttggtcactattacttgatt
ttaggaatcttaaaaccagtttcacgcctcagtacgcaaatgcttgaattcgatccattgtccatactttcaagcaaattttagggtttacatttgaccgctccttagactatcaaaagcttggttcagtgtttcatgagcccaatggtatgaattggttgtttaaccaatggtattgttgatttaaaattctctcattc
aaaaaatgaagaagacctaaatttatttgactaattttgaagctcaaagactactggaagtattcatcctgtcgacccaagattctaacctcaaattgtcggaagttttgatgacatgattgtcaaagagttggtttcaattttgaacctaaagtcataagttatctccagtaactcaaaatatcataacttgattttac
ttacggcgctctaatgcattatctcgaaagcctttagggttttgtttgatcagagaaatgaataagcattgatgttgttggttacatgagttgcaaagtatgtggcgcatattgtgttagactttctcaatgattgtttgaagggatttgctacaagttgatgaaaaataagtgttgaaattgcactcaattttttagtt
gattatatatgcattaaaaagtcgttacataattgaatataagctcaaatgtgaattacaagaatctttgaatataagctcaaatgtgaattacaagagtctttgaatataagctcaaatctgaattacaagagtcttagttgatcataagattgtattggaatggctgttcataagaaattgtcttggctttgttttga
aataagaacttgaacttaaagttcaaacgttcagtttgttttgcatggcaaaatcaaagagttgcatgcttccatgaaagtttattttgatttcaagtcataagaaagattgtacgcaagtcttgaaggttattgtttattcagtcacttggaattttgttggtcacagGATTGAAATTTTAAAAGAAGAGCTATCAAAT
GAGTGACTTAGTGGCAATGAATTTTGATTATAAGCTCGTACTGTCAAAATACATGATACAGAATGACTTGACATGCACAATCTTATTGATATTGTTTGAGGGTCGGCTTTATTGATTTTCTATTTCAATCTCAGAATTTCTTTTAAAAGAAATGATATTGTTGCAAGGTTTGCAACAATTCTTCATTGATCAAGGTTTAT
TTGGATATGGAGTTTGGTTTAGTTGTGGTTGAGGAAATTGAAAGTGATTATTCTGTCATTATATTATTGGCATGTTTAAATGATGAAATAAGTGAAAGAACAATGTTGATTACTTTAAATAATTTTGGTTATTGAAACTTTGGTTAATGAATAGAATGAAATTCATTTTGGAGATATATAGGCTCATAAATTGTCATTAA
ATGAACATATGCACTAAACATTAAATGATTGTGGGAATGTTAGATCCATGATGAAGACTTTCATGGATGAAGCTGGCAGTGATGATTATCATGATGGATGAATACTGTTTGTGATAATTGGATGTTGTTTTGACCGTTGAGGTTATTGGATAATTTGAACATGTATCATTTGTCATTCCCCTCATTAGCTTTCACTAATT
TGTTCATTCACTCACTATCATTTTCCCAACAGACCTTTTTCCCATGTTCAAAGAGAAATAGTCGAGAGATATAAGTGATTTTTAGTTTGAAAATGAAATAATTTCAAACAAGCTTGATGTCCCG

Intron 2 GTAAGGATTG ... CAATTACTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	44.44	5	5	3
A2	44.44	5	3	5
A3	57.14	3	3	5
A4	28.57	5	1	3
A5	33.33	3	0	3
A6	17.65	7	0	3
A7	30.43	8	1	6
A8	28.57	5	1	3
A9	29.03	11	0	9
A10	24.41	15.5	4	6

>TRINITY_DN129458_c3_g1_i6 from sample A1 / Example spliced isoform

GCTCAATTTCACTATTTGTTTCAAAGAATTGTGCCATCACCCGCCTGTAGCGTGCATATGGAGGTTTGGAAACTGTTTGATTGTTCATCTCAGGAGGGTTTTGAAAGCATTGAAAGGTGGTCTTGGGTAAAAAACTAGGTTACAGGACCATCATTTATTGTGAAGACTGTGTGCGATGGCCATGGTTTGCATTTCCAACT
TTTCATATAATTTGTTCTCCACATCTGGTGGATATATATGCACTCCCGTCACAGAGTATGATTGAAAATGTACCTCAGTGGGCACAGAGTACCTGTAGGGTAGTTGGTGATCTTTCTCGGGATGCAGTTTACAAGTCAGAATGTTTCGACTCAAGTGAAGCATTAACTGAGGTCACCCCAGTTTTTGGTCCGAACGATAA
CTCTGAGTCTATACCAATTGTGGGAATTCTTCCAGGTTCTAAGAATGTAAAGCTCTCTATTGGACTGCCATACTTCATGGCAGTAGCAGAACACATACAAGAGAGA

>TRINITY_DN129458_c3_g1_i19 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGGTTTTTGATTTGATGTTTAAGGCAGATTCATAGATCAAGCTTCTGCTGGATATTGCTCGATTAATATAAAGGCATCTCAATGGTTGTTTACAAAAGCTTTCTCTAACTTTGACGTTGCTCTTTGTAGTGAACATGGTCCAAGGGAAAATGCTAAAGCAACACCATCAAATGCTGTGGTAGGCATGATAGATACAAATG
CTGTAGATGTTGTTATTCTATCGAATGGTCCCGGGGAAGTTGTAACATGGGTAAAGCCTGTAGTACGTGCCTTAAGGCAATACTTCAAGGCAAAAAGATCAAATATACGCATCTCGGTTCTCCTATGTCCATGTCCTCATGCCTCAGGTGAAGAAATGAAAGTCATCCAGTCTTTTGAAGAAGTGGATAGATGTCTTGTG
GTCTTGGGTAAAAAACTAGGTTACAGGACCATCATTTATTGTGAAGACTGTGTGCGATGGCCATGGTTTGCATTTCCAACTTTTCATATAATTTGTTCTCCACAgtaaggattgggaaagatttgtgattttctagagaatttgctagatgatcagatgatgtcccaatattttatgatttgattttcattgttaattat
caataccttctttttctgtcaattactagTCTGGTGGATATATATGCACTCCCGTCACAGAGTATGATTGAAAATGTACCTCAGTGGGCACAGAGTACCTGTAGGGTAGTTGGTGATCTTTCTCGGGATGCAGTTTACAAGTCAGAATGTTTCGACTCAAGTGAAGCATTAACTGAGGTCACCCCAGTTTTTGGTCCGAA
CGATAACTCTGAGTCTATACCAATTGTGGGAATTCTTCCAGGTTCTAAGAATGTAAAGCTCTCTATTGGACTGCCATACTTCATGGCAGTAGCAGAACACATACAAGAGAGAATGGGGAAAAATGTTCGTTTCATATTGCCTTTGGCACCAACTGTCACTTTGAGCAAGCTTGAACAATATGCCGACCCAAATCAGAACA
AGTTTATTTCAAAATTTCAATGGGGAAGTGGAGAGCTTGTCATGGCCACCTCAAATGAACACTCTAGCATGATTGCAAACTTAGTGTCAGAAAAAGGATCACGGATTGAGATTTGGCAAGTTTTTCCACCTTATAAGCTTTACAAAGAATGCACATTGTGCCTCACAACTATTGGCATCAATACAGCAGAACTTGGCTAT
CTAGGAGTTCCCATGGTGGTGGTGCTGCCAACACATATACTTCAGGTTTTCAGGGGTGCCACGGGAGGATTGATGGGTCTGTTGCTAAAGGTGCCTGGAATGATTGGAGATACGGTTGCATATTTGATGAATTTTATGAAACTAAAGACTTTTGGATTTGTTTCATGGCCAAACCGGTGGGCAAAGGAAGAAATCATTCC
TGAACTTATTGGTCGTATTAAACCAAAGGACGTTGCCATAAAAGTCATCAAGCTTCTTGAATCTCCAAGCACATTAAAAAATATGCAATCAGATTTGTTGAGAGTGGGTAATGAACAGAAGCAGAAGCTAAAACTCAATGAAGTAGAACATCAAGATGGGCCAGCCATTGCCATTGCTCGCATTGTTGATGATTTGGTGA
ATACCTGATCTAATAGGTTTAAGCAACCGAGTTCTTAAACAAATAGAGGGTAAACCAAATCAATACATCCTTATGTATATTCTTCAGGTGGCTGTGTATACATGTATCTTTGGACAACATAAATAGCGTGGATTTGGAGCCAGGAGAATCTCTTCCCAGACAGAGATAACGAGTAAATTCAGTATTGACAGTTGATAGAA
TAATTTGCAACCAGATTTAGGTTTCCCAGTTTATTTCTAGGAAATATAATATGAGCTGGGTGAGAAATTCAGAGCTATCTTAAGTGATTTCTCTTCAGAATTGGTGGCGCATAACCAAACTTAAAGAAAGGATTACTGTGTTGTAAATTTGTAACGTCACTGCACGTGGAATAATAAAGAATTCATTGTAATTTGAATAA
GAAATGCAAAGAATGATGTTCTAGCAGTAAAGCATTGCATGTGAGAATTTGAAAAAACAATCGTTGAAATGCTGAGATTAACCATACTTTTAACAGTAA

Intron 3 GTAAGAACCT ... TACTTGTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	52.5	19	4	21
A2	53.85	12	4	14
A3	72.73	3	3	8
A4	22.22	7	0	2
A5	-1	0	0	0
A6	56.6	23	9	30
A7	41.18	30	11	21
A8	56.76	48	14	63
A9	48	39	14	36
A10	50	10	9	10

>TRINITY_DN129458_c3_g1_i7 from sample A1 / Example spliced isoform

CGCGAATGTCTGGGTGTTTCTTCCCTCCTAAAACCTACCCGTGCATTTATACATATATTCACAGCAGCTACATCCCTTTCAATTCCCTGCTCTGTAATATTCTACATTCGTCACAACTACCACCTGAAGAGCTTCTGCTTACTCTGTCGTGTTCCCGAAGTCACAGCACAAATTCTATCAACCCACTGTGCTTGCTTGTG
CTGTCACAGTAGTATCATTGTAATTGTAGCAGACAATGCTTATATACAGTTGTGGAGCAGTAACGAGATCGCCATCAACGTCAATTGCTTGGAGCACATGCGGATACGGAGCTGTCGTTAATAAAAGTTATGGAAGAAGGCCCCAGCTGCTGCATACTAGATTCATAGATCAAGCTTCTGCTGGATATTGCTCGATTAAT
ATAAAGGCATCTCAATGGTTGTTTACAAAAGCTTTCTCTAACTTTGACGTTGCTCTTTGTAGTGAACATGGTCCAAGGGAAAATGCTAAAGCAACACCATCAAATGCTGTGGTAGGCATGATAGATACAAATGCTGTAGATGTTGTTATTCTATCGAATGGTCCCGGGGAAGTTGTAACATGGGTAAAGCCTGTAGTACG
TGCCTTAAGGCAATACTTCAAGGCAAAAAGATCAAATATACGCATCTCGGTTCTCCTATGTCCATGTCCTCATGCCTCAGGTGAAGAAATGAAAGTCATCCAGTCTTTTGAAGAAGTGGATAGATGTCTTGTGGTCTTGGGTAAAAAACTAGGTTACAGGACCATCATTTATTGTGAAGACTGTGTGCGATGGCCATGTC
TGGTGGATATATATGCACTCCCGTCACAGAGTATGATTGAAAATGTACCTCAGTGGGCACAGAGTACCTGTAGGGTAGTTGGTGATCTTTCTCGGGATGCAGTTTACAAGTCAGAATGTTTCGACTCAAGTGAAGCATTAACTGAGGTCACCCCAGTTTTTGGTCCGAACGATAACTCTGAGTCTATACCAATTGTGGGA
ATTCTTCCAGGTTCTAAGAATGTAAAGCTCTCTATTGGACTGCCATACTTCATGGCAGTAGCAGAACACATACAAGAGAGAATGGGGAAAAATGTTCGTTTCATATTGCCTTTGGCACCAACTGTCACTTTGAGCAAGCTTGAACAATATGCCGACCCAAATCAGAACAAGTTTATTTCAAAATTTCAATGGGGAAGTGG
AGAGCTTGTCATGGCCACCTCAAATGAACACTCTAGCATGATTGCAAACTTAGTGTCAGAAAAAGGATCACGGATTGAGATTTGGCAAGTTTTTCCACCTTATAAGCTTTACAAAGAATGCACATTGTGCCTCACAACTATTGGCATCAATACAGCAGAACTTGGCTATCTAGGAGTTCCCATGGTGGTGGTGCTGCCAA
CACATATACTTCAGGTTTTCAGGGGTGCCACGGGAGGATTGATGGGTCTGTTGCTAAAGGTGCCTGGAATGATTGGAGATACGGTTGCATATTTGATGAATTTTATGAAACTAAAGACTTTTGGATTTGTTTCATGGCCAAACCGGTGGGCAAAGGAAGAAATCATTCCTGAACTTATTGGTCGTATTAAACCAAAGGAC
GTTGCCATAAAAGTCATCAAGCTTCTTGAATCTCCAAGCACATTAAAAAATATGCAATCAGATTTGTTGAGAGTGGGTAATGAACAGAAGCAGAAGCTAAAACTCAATGAAGTAGAACATCAAGATGGGCCAGCCATTGCCATTGCTCGCATTGTTGATGATTTGGTGAATACCTGATCTAATAGATTATGAAGCTCAAG
CAAGTGGCTAATGTGTTTTGCTGCTAACTGTTATTCCTCTGAGTGGGCTGGCCATCCTGTTTAAGCAACCGAGTTCTTAAACAAATAGAGGGTAAACCAAATCAATACATCCTTATGTATATTCTTCAGGTGGCTGTGTATACATGTATCTTTGGACAACATAAATAGCGTGGATTTGGAGCCAGGAGAATCTCTTCCCA
GACAGAGATAACGAGTAAATTCAGTATTGACAGTTGATAGAATAATTTGCAACCAGATTTAGGTTTCCCAGTTTATTTCTAGGAAATATAATATGAGCTGGGTGAGAAATTCAGAGCTATCTTAAGTGATTTCTCTTCAGAATTGGTGGCGCATAACCAAACTTAAAGAAAGGATTACTGTGTTGTAAATTTGTAACGTC
ACTGCACGTGGAATAATAAAGAATTCATTGTAATTTGAATAAGAAATGCAAAGAATGATGTTCTAGCAGTAAAGCATTGCATGTGAGAATTTGAAAAAACAATCGTTGAAATGCTGAGATTAACCATACTTTTAACAGTAA

>TRINITY_DN129458_c3_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGGTTTTTGATTTGATGTTTAAGGCAGATTCATAGATCAAGCTTCTGCTGGATATTGCTCGATTAATATAAAGGCATCTCAATGGTTGTTTACAAAAGCTTTCTCTAACTTTGACGTTGCTCTTTGTAGTGAACATGGTCCAAGGGAAAATGCTAAAGCAACACCATCAAATGCTGTGGTAGGCATGATAGATACAAATG
CTGTAGATGTTGTTATTCTATCGAATGGTCCCGGGGAAGTTGTAACATGGGTAAAGCCTGTAGTACGTGCCTTAAGGCAATACTTCAAGGCAAAAAGATCAAATATACGCATCTCGGTTCTCCTATGTCCATGTCCTCATGCCTCAGGTGAAGAAATGAAAGTCATCCAGTCTTTTGAAGAAGTGGATAGATGTCTTGGT
CCAGACAGGTTCTTGCAACTGGTGTTCCTTGGTGATGTTCAAGAAGGTTGGGAGTGGAGAAAGAAAGGTGTATGCATATTTTTGGGTGGAGATCAGTTCAATGCAGTGGTCTTGGGTAAAAAACTAGGTTACAGGACCATCATTTATTGTGAAGACTGTGTGCGATGGCCATGTCTGGTGGATATATATGCACTCCCGTC
ACAGAGTATGATTGAAAATGTACCTCAGTGGGCACAGAGTACCTGTAGGGTAGTTGGTGATCTTTCTCGGGATGCAGTTTACAAGTCAGAATGTTTCGACTCAAGTGAAGCATTAACTGAGGTCACCCCAGTTTTTGGTCCGAACGATAACTCTGAGTCTATACCAATTGTGGGAATTCTTCCAGGTTCTAAGAATGTAA
AGCTCTCTATTGGACTGCCATACTTCATGGCAGTAGCAGAACACATACAAGAGAGAATGGGGAAAAATGTTCGTTTCATATTGCCTTTGGCACCAACTGTCACTTTGAGCAAGCTTGAACAATATGCCGACCCAAATCAGAACAAGTTTATTTCAAAATTTCAATGGGGAAGTGGAGAGCTTGTCATGGCCACCTCAAAT
GAACACTCTAGCATGATTGCAAACTTAGTGTCAGAAAAAGGATCACGGATTGAGATTTGGCAAGTTTTTCCACCTTATAAGCTTTACAAAGAATGCACATTGTGCCTCACAACTATTGGCATCAATACAGCAGAACTTGGCTATCTAGGAGTTCCCATGGTGGTGGTGCTGCCAACACATATACTTCAGGTTTTCAGGGG
TGCCACGGGAGGATTGATGGGTCTGTTGCTAAAGGTGCCTGGAATGATTGGAGATACGGTTGCATATTTGATGAATTTTATGAAACTAAAGACTTTTGGATTTGTTTCATGGCCAAACCGGTGGGCAAAGGAAGAAATCATTCCTGAACTTATTGGTCGTATTAAACCAAAGGACGTTGCCATAAAAGTCATCAAGCTTC
TTGAATCTCCAAGCACATTAAAAAATATGCAATCAGATTTGTTGAGAGTGGGTAATGAACAGAAGCAGAAGCTAAAACTCAATGAAGTAGAACATCAAGATGGGCCAGCCATTGCCATTGCTCGCATTGTTGATGATTTGGTGAATACCTGATCTAATAGGTATTTACAATTTTCTTTGACCGATTCTCTTGGTCCTGAC
CATGCAATTGTTTTATATCTCTTTATTTATTTATGATTTCTTAAAATAGGAATTGACAGGAATCCAGATTATGAAGCTCAAGCAAGTGGCTAATGTGTTTTGCTGCTAACTGTTATTCCTCTGAGTGGGCTGGCCATCCTgtaagaacctggattaccattctaaggggaaaatgtctgtactttttgacatattagtgt
ggtctatagggagcaagcaatacttctggaaaatggaggaatctgtggatcactttttctaaactgcttattctgaaggttcattttttacttgtcagGTTTAAGCAACCGAGTTCTTAAACAAATAGAGGGTAAACCAAATCAATACATCCTTATGTATATTCTTCAGGTGGCTGTGTATACATGTATCTTTGGACAAC
ATAAATAGCGTGGATTTGGAGCCAGGAGAATCTCTTCCCAGACAGAGATAACGAGTAAATTCAGTATTGACAGTTGATAGAATAATTTGCAACCAGATTTAGGTTTCCCAGTTTATTTCTAGGAAATATAATATGAGCTGGGTGAGAAATTCAGAGCTATCTTAAGTGATTTCTCTTCAGAATTGGTGGCGCATAACCAA
ACTTAAAGAAAGGATTACTGTGTTGTAAATTTGTAACGTCACTGCACGTGGAATAATAAAGAATTCATTGTAATTTGAATAAGAAATGCAAAGAATGATGTTCTAGCAGTAAAGCATTGCATGTGAGAATTTGAAAAAACAATCGTTGAAATGCTGAGATTAACCATACTTTTAACAGTAA

Intron 4 GTATGTAGAC ... TTGATTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	57.58	14	22	16
A2	50.93	15.8	11.8	21
A3	32.25	37.8	17	19
A4	46	27	23	23
A5	30.02	15	7	5.9
A6	26.4	209.6	39.4	111
A7	28.6	172.9	52.9	85.6
A8	25.37	165.8	32.6	80.1
A9	17.01	189.8	17.8	60
A10	28.32	150.8	33.3	85.9

>TRINITY_DN129458_c3_g1_i37 from sample A1 / Example spliced isoform

GCTCAATTTCACTATTTGTTTCAAAGAATTGTGCCATCACCCGCCTGTAGCGTGCATATGGAGGTTTGGAAACTGTTTGATTGTTCATCTCAGGAGGGTTTTGAAAGCATTGAAAGGAATCTTAAAACCAGTTTCACGCCTCAGTAAGCAAATGCTTGAATTCGATCCATTGTCCATACTTTCAAGCAAATTTTAGGGTT
TACATTTGACCGCTCCTTAGACTATCAAAAGCTTGGTTCAGTGTTTCATGAGCCCAATGGTATGAATTGGTTGTTTAACCAATGGTATTGTTGATTTAAAATTCTCTCATTCAAAAAATGAAGAAGACCTAAATTTATTTGACTAATTTTGAAGCTCAAAGACTACTGGAAGTATTCATCCTGTCGACCCAAGATTCTAA
CCTCAAATTGTCGGAAGTTTTGATGACATGATTGTCAAAGAGTTGGTTTCAATTTTGAACCTAAAGTCATAAGTTATCTCCAGTAACTCAAAATATCATAACTTGGTTTTACTTACGGCGCCCTAATGCATTATCTCGAAAGCCTTTAGGGTTTTGTTTGATCAGAGAAATGAATAAGCATTGATGTTGTTGGTTACATG
AGTTGCAAAGTATGTGGCGCATATTGTGTTAGACTTTCTCAATGATTGTTTGAAGGGATTTGCTACAAGTTGATGAAAAATAAGTGTTGAAATTGCACTCAATTTTTTAGTTGATTATATATGCATTAAAAAGTCGTTACATAATTGAATATAAGCTCAAATGTGAATTACAAGAATCTTTGAATATAAGCTCAAATGTG
AATTACAAGTCTTAGTTGATCATAAGATTGTATTGGAATGGCTGTTCATAAGAAATTGTCTTGGCTTTGTTTTGAAATAAGAACTTGAACTTAAAGTTCAAACGTTCAGTTTGTTTTGCATGGCAAAATCAAAGAGTTGCATGCTTCCATGAAAGTTTATTTTGATTTCAAGTACGCAAGTCTTGAAGGTTATTGTTTAT
TCAGTCACTTGGAATTTTGTTGGTCACAGGATTGAAATTTTAAAAGAAGAGCTATCAAATGAGTGACTTAGTGGCAATGAATTTTGATTATAAGCTCGTACTGTCAAAATACATGATACAGAATGACTTGACATGCACAATCTTATTGATATTGTTTGAGGGTCGGCTTTATTGATTTTCTATTTCATTCTCAGAATTTC
TTTTAAAAGAAATGATATTGTTGCAAGGTTTGCAACAATTCTTCATTGATCAAGGTTTATTTGGATATGGAGTTTGGTTTAGTTGTGGTTGAGGAAATTGAAAGTGATTATTCTGTCATTATATTATTGGCATGTTTAAATGATGAAATAAGTGAAAGAACAATGTTGATTACTTTTAATAATTATGTGTTATGTTATGG
AGACTTTCATAACATAATTTTGGTTATTGAAACTTTGGTTAATGAATAGAATGAAATTCATTTTGGAGATATATAGGCTCATAAATTGTCATTAAATGAACATATGCAGTAAACATTAAATGATTGTGGGAATGTTAGATCCATGATGAAGACTTTCATGGATGAAGCTGGCAGTGATGATTATCATGATGGATGAATAC
TGTTTGTGATAATTGGATGTTGTTTTGACCGTTGAGGTTATTGGATAATTTGAACATGTATCATTTGTCATTCCCCTCATTAGCTTTCACTAATTTGTTCATTCACTCCCTATCATTTTCCCAACAGACCTTTTTCCCATGTTCAAAGAGAAATAGTCGAGAGATATAAGTGATTTTTAGTTTGAAAATGAAATAATTTC
AAACAAGCTTGATGTCCCATCACCCTGTTTCCTTGAAAAATATGATTGCATGCATGATTGTTGTTTTAGTACAGAGCCATTAATA

>TRINITY_DN129458_c3_g1_i12 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GCTCAATTTCACTATTTGTTTCAAAGAATTGTGCCATCACCCGCCTGTAGCGTGCATATGGAGGTTTGGAAACTGTTTGATTGTTCATCTCAGGAGGGTTTTGAAAGCATTGAAAGgtatgtagaccgacaatatactctatatcaaataatgaatatgcaagatagtttatattggctctagttgaccagcatattgct
tggactactgttaatatgcttgaaataaatgatttggatttaaatttgatggtgtttttcatagttgaaatgttggtaaatgtctgtatacaatatgaaatattggtcacagtcattgtttggcttgaaagcatcgttggttgagttactgatttagaaatgagtttactgatgttgcataaaagagtttaaaaccctcc
ctgcttggtgcagactatttcatttcatgtacaaactattatgagacactgttgaagaaaattgttgaaataaactgttgagggtttgtacgtcattgtcattttgaaatacagtcaatcattaagtttatacgatgactaacagtttttccctctcgacttacgagagttggtcactattacttgattttagGAATCTT
AAAACCAGTTTCACGCCTCAGTAAGCAAATGCTTGAATTCGATCCATTGTCCATACTTTCAAGCAAATTTTAGGGTTTACATTTGACCGCTCCTTAGACTATCAAAAGCTTGGTTCAGTGTTTCATGAGCCCAATGGTATGAATTGGTTGTTTAACCAATGGTATTGTTGATTTAAAATTCTCTCATTCAAAAAATGAAG
AAGACCTAAATTTATTTGACTAATTTTGAAGCTCAAAGACTACTGGAAGTATTCATCCTGTCGACCCAAGATTCTAACCTCAAATTGTCGGAAGTTTTGATGACATGATTGTCAAAGAGTTGGTTTCAATTTTGAACCTAAAGTCATAAGTTATCTCCAGTAACTCAAAATATCATAACTTGGTTTTACTTACGGCGCCC
TAATGCATTATCTCGAAAGCCTTTAGGGTTTTGTTTGATCAGAGAAATGAATAAGCATTGATGTTGTTGGTTACATGAGTTGCAAAGTATGTGGCGCATATTGTGTTAGACTTTCTCAATGATTGTTTGAAGGGATTTGCTACAAGTTGATGAAAAATAAGTGTTGAAATTGCACTCAATTTTTTAGTTGATTATATATG
CATTAAAAAGTCGTTACATAATTGAATATAAGCTCAAATGTGAATTACAAGAATCTTTGAATATAAGCTCAAATGTGAATTACAAGTCTTAGTTGATCATAAGATTGTATTGGAATGGCTGTTCATAAGAAATTGTCTTGGCTTTGTTTTGAAATAAGAACTTGAACTTAAAGTTCAAACGTTCAGTTTGTTTTGCATGG
CAAAATCAAAGAGTTGCATGCTTCCATGAAAGTTTATTTTGATTTCAAGTACGCAAGTCTTGAAGGTTATTGTTTATTCAGTCACTTGGAATTTTGTTGGTCACAGGATTGAAATTTTAAAAGAAGAGCTATCAAATGAGTGACTTAGTGGCAATGAATTTTGATTATAAGCTCGTACTGTCAAAATACATGATACAGAA
TGACTTGACATGCACAATCTTATTGATATTGTTTGAGGGTCGGCTTTATTGATTTTCTATTTCATTCTCAGAATTTCTTTTAAAAGAAATGATATTGTTGCAAGGTTTGCAACAATTCTTCATTGATCAAGGTTTATTTGGATATGGAGTTTGGTTTAGTTGTGGTTGAGGAAATTGAAAGTGATTATTCTGTCATTATA
TTATTGGCATGTTTAAATGATGAAATAAGTGAAAGAACAATGTTGATTACTTTTAATAATTATGTGTTATGTTATGGAGACTTTCATAACATAATTTTGGTTATTGAAACTTTGGTTAATGAATAGAATGAAATTCATTTTGGAGATATATAGGCTCATAAATTGTCATTAAATGAACATATGCAGTAAACATTAAATGA
TTGTGGGAATGTTAGATCCATGATGAAGACTTTCATGGATGAAGCTGGCAGTGATGATTATCATGATGGATGAATACTGTTTGTGATAATTGGATGTTGTTTTGACCGTTGAGGTTATTGGATAATTTGAACATGTATCATTTGTCATTCCCCTCATTAGCTTTCACTAATTTGTTCATTCACTCCCTATCATTTTCCCA
ACAGACCTTTTTCCCATGTTCAAAGAGAAATAGTCGAGAGATATAAGTGATTTTTAGTTTGAAAATGAAATAATTTCAAACAAGCTTGATGTCCCATCACCCTGTTTCCTTGAAAAATATGATTGCATGCATGATTGTTGTTTTAGTACAGAGCCATTAATA

Intron 5 GTATTTACAA ... AGGAATCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	44.44	10	10	6
A2	50	3	5	1
A3	27.27	4	1	2
A4	0	6	0	0
A5	-1	0	0	0
A6	11.76	15	4	0
A7	19.57	37	12	6
A8	20.79	40	13	8
A9	13.58	35	4	7
A10	8.2	28	2	3

>TRINITY_DN129458_c3_g1_i7 from sample A1 / Example spliced isoform

CGCGAATGTCTGGGTGTTTCTTCCCTCCTAAAACCTACCCGTGCATTTATACATATATTCACAGCAGCTACATCCCTTTCAATTCCCTGCTCTGTAATATTCTACATTCGTCACAACTACCACCTGAAGAGCTTCTGCTTACTCTGTCGTGTTCCCGAAGTCACAGCACAAATTCTATCAACCCACTGTGCTTGCTTGTG
CTGTCACAGTAGTATCATTGTAATTGTAGCAGACAATGCTTATATACAGTTGTGGAGCAGTAACGAGATCGCCATCAACGTCAATTGCTTGGAGCACATGCGGATACGGAGCTGTCGTTAATAAAAGTTATGGAAGAAGGCCCCAGCTGCTGCATACTAGATTCATAGATCAAGCTTCTGCTGGATATTGCTCGATTAAT
ATAAAGGCATCTCAATGGTTGTTTACAAAAGCTTTCTCTAACTTTGACGTTGCTCTTTGTAGTGAACATGGTCCAAGGGAAAATGCTAAAGCAACACCATCAAATGCTGTGGTAGGCATGATAGATACAAATGCTGTAGATGTTGTTATTCTATCGAATGGTCCCGGGGAAGTTGTAACATGGGTAAAGCCTGTAGTACG
TGCCTTAAGGCAATACTTCAAGGCAAAAAGATCAAATATACGCATCTCGGTTCTCCTATGTCCATGTCCTCATGCCTCAGGTGAAGAAATGAAAGTCATCCAGTCTTTTGAAGAAGTGGATAGATGTCTTGTGGTCTTGGGTAAAAAACTAGGTTACAGGACCATCATTTATTGTGAAGACTGTGTGCGATGGCCATGTC
TGGTGGATATATATGCACTCCCGTCACAGAGTATGATTGAAAATGTACCTCAGTGGGCACAGAGTACCTGTAGGGTAGTTGGTGATCTTTCTCGGGATGCAGTTTACAAGTCAGAATGTTTCGACTCAAGTGAAGCATTAACTGAGGTCACCCCAGTTTTTGGTCCGAACGATAACTCTGAGTCTATACCAATTGTGGGA
ATTCTTCCAGGTTCTAAGAATGTAAAGCTCTCTATTGGACTGCCATACTTCATGGCAGTAGCAGAACACATACAAGAGAGAATGGGGAAAAATGTTCGTTTCATATTGCCTTTGGCACCAACTGTCACTTTGAGCAAGCTTGAACAATATGCCGACCCAAATCAGAACAAGTTTATTTCAAAATTTCAATGGGGAAGTGG
AGAGCTTGTCATGGCCACCTCAAATGAACACTCTAGCATGATTGCAAACTTAGTGTCAGAAAAAGGATCACGGATTGAGATTTGGCAAGTTTTTCCACCTTATAAGCTTTACAAAGAATGCACATTGTGCCTCACAACTATTGGCATCAATACAGCAGAACTTGGCTATCTAGGAGTTCCCATGGTGGTGGTGCTGCCAA
CACATATACTTCAGGTTTTCAGGGGTGCCACGGGAGGATTGATGGGTCTGTTGCTAAAGGTGCCTGGAATGATTGGAGATACGGTTGCATATTTGATGAATTTTATGAAACTAAAGACTTTTGGATTTGTTTCATGGCCAAACCGGTGGGCAAAGGAAGAAATCATTCCTGAACTTATTGGTCGTATTAAACCAAAGGAC
GTTGCCATAAAAGTCATCAAGCTTCTTGAATCTCCAAGCACATTAAAAAATATGCAATCAGATTTGTTGAGAGTGGGTAATGAACAGAAGCAGAAGCTAAAACTCAATGAAGTAGAACATCAAGATGGGCCAGCCATTGCCATTGCTCGCATTGTTGATGATTTGGTGAATACCTGATCTAATAGATTATGAAGCTCAAG
CAAGTGGCTAATGTGTTTTGCTGCTAACTGTTATTCCTCTGAGTGGGCTGGCCATCCTGTTTAAGCAACCGAGTTCTTAAACAAATAGAGGGTAAACCAAATCAATACATCCTTATGTATATTCTTCAGGTGGCTGTGTATACATGTATCTTTGGACAACATAAATAGCGTGGATTTGGAGCCAGGAGAATCTCTTCCCA
GACAGAGATAACGAGTAAATTCAGTATTGACAGTTGATAGAATAATTTGCAACCAGATTTAGGTTTCCCAGTTTATTTCTAGGAAATATAATATGAGCTGGGTGAGAAATTCAGAGCTATCTTAAGTGATTTCTCTTCAGAATTGGTGGCGCATAACCAAACTTAAAGAAAGGATTACTGTGTTGTAAATTTGTAACGTC
ACTGCACGTGGAATAATAAAGAATTCATTGTAATTTGAATAAGAAATGCAAAGAATGATGTTCTAGCAGTAAAGCATTGCATGTGAGAATTTGAAAAAACAATCGTTGAAATGCTGAGATTAACCATACTTTTAACAGTAA

>TRINITY_DN129458_c3_g1_i29 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CGCGAATGTCTGGGTGTTTCTTCCCTCCTAAAACCTACCCGTGCATTTATACATATATTCACAGCAGCTACATCCCTTTCAATTCCCTGCTCTGTAATATTCTACATTCGTCACAACTACCACCTGAAGAGCTTCTGCTTACTCTGTCGTGTTCCCGAAGTCACAGCACAAATTCTATCAACCCACTGTGCTTGCTTGTG
CTGTCACAGTAGTATCATTGTAATTGTAGCAGACAATGCTTATATACAGTTGTGGAGCAGTAACGAGATCGCCATCAACGTCAATTGCTTGGAGCACATGCGGATACGGAGCTGTCGTTAATAAAAGTTATGGAAGAAGGCCCCAGCTGCTGCATACTAGAGCTTAGCTAGAGCCTCGGAGACGTGAAGAGTGTGAAGAC
TTAGGGATTGCTATCGGTAGAGACGGATCGAGGGATCGCTAGTGTAGCACATCAAAGCGTCAAAAGGTTTCGTCAAAAAATAGATCAGATTATATAGGATTGTAGCCGCCATCCATTTAGCCTACACGTGCGTTTAGCCGCTAACAATTTGTACAACTGCTGTCGACTGTACGAACAACGTACCGATTGGTTTGTGCACA
ACAGGCTCAAATTTTTGAATTTCAGATTCATAGATCAAGCTTCTGCTGGATATTGCTCGATTAATATAAAGGCATCTCAATGGTTGTTTACAAAAGCTTTCTCTAACTTTGACGTTGCTCTTTGTAGTGAACATGGTCCAAGGGAAAATGCTAAAGCAACACCATCAAATGCTGTGGTAGGCATGATAGATACAAATGCT
GTAGATGTTGTTATTCTATCGAATGGTCCCGGGGAAGTTGTAACATGGGTAAAGCCTGTAGTACGTGCCTTAAGGCAATACTTCAAGGCAAAAAGATCAAATATACGCATCTCGGTTCTCCTATGTCCATGTCCTCATGCCTCAGGTGAAGAAATGAAAGTCATCCAGTCTTTTGAAGAAGTGGATAGATGTCTTGTGGT
CTTGGGTAAAAAACTAGGTTACAGGACCATCATTTATTGTGAAGACTGTGTGCGATGGCCATGTCTGGTGGATATATATGCACTCCCGTCACAGAGTATGATTGAAAATGTACCTCAGTGGGCACAGAGTACCTGTAGGGTAGTTGGTGATCTTTCTCGGGATGCAGTTTACAAGTCAGAATGTTTCGACTCAAGTGAAG
CATTAACTGAGGTCACCCCAGTTTTTGGTCCGAACGATAACTCTGAGTCTATACCAATTGTGGGAATTCTTCCAGGTTCTAAGAATGTAAAGCTCTCTATTGGACTGCCATACTTCATGGCAGTAGCAGAACACATACAAGAGAGAATGGGGAAAAATGTTCGTTTCATATTGCCTTTGGCACCAACTGTCACTTTGAGC
AAGCTTGAACAATATGCCGACCCAAATCAGAACAAGTTTATTTCAAAATTTCAATGGGGAAGTGGAGAGCTTGTCATGGCCACCTCAAATGAACACTCTAGCATGATTGCAAACTTAGTGTCAGAAAAAGGATCACGGATTGAGATTTGGCAAGTTTTTCCACCTTATAAGCTTTACAAAGAATGCACATTGTGCCTCAC
AACTATTGGCATCAATACAGCAGAACTTGGCTATCTAGGAGTTCCCATGGTGGTGGTGCTGCCAACACATATACTTCAGGTTTTCAGGGGTGCCACGGGAGGATTGATGGGTCTGTTGCTAAAGGTGCCTGGAATGATTGGAGATACGGTTGCATATTTGATGAATTTTATGAAACTAAAGACTTTTGGATTTGTTTCAT
GGCCAAACCGGTGGGCAAAGGAAGAAATCATTCCTGAACTTATTGGTCGTATTAAACCAAAGGACGTTGCCATAAAAGTCATCAAGCTTCTTGAATCTCCAAGCACATTAAAAAATATGCAATCAGATTTGTTGAGAGTGGGTAATGAACAGAAGCAGAAGCTAAAACTCAATGAAGTAGAACATCAAGATGGGCCAGCC
ATTGCCATTGCTCGCATTGTTGATGATTTGGTGAATACCTGATCTAATAGgtatttacaattttctttgaccgattctcttggtcctgaccatgcaattgttttatatctctttatttatttatgatttcttaaaataggaattgacaggaatccagATTATGAAGCTCAAGCAAGTGGCTAATGTGTTTTGCTGCTAAC
TGTTATTCCTCTGAGTGGGCTGGCCATCCTGTAAGAACCTGGATTACCATTCTAAGGGGAAAATGTCTGTACTTTTTGACATATTAGTGTGGTCTATAGGGAGCAAGCAATACTTCTGGAAAATGGAGGAATCTGTGGATCACTTTTTCTAAACTGCTTATTCTGAAGGTTCATTTTTTACTTGTCAGGTTTAAGCAACC
GAGTTCTTAAACAAATAGAGGGTAAACCAAATCAATACATCCTTATGTATATTCTTCAGGTGGCTGTGTATACATGTATCTTTGGACAACATAAATAGCGTGGATTTGGAGCCAGGAGAATCTCTTCCCAGACAGAGATAACGAGTAAATTCAGTATTGACAGTTGATAGAATAATTTGCAACCAGATTTAGGTTTCCCA
GTTTATTTCTAGGAAATATAATATGAGCTGGGTGAGAAATTCAGAGCTATCTTAAGTGATTTCTCTTCAGAATTGGTGGCGCATAACCAAACTTAAAGAAAGGATTACTGTGTTGTAAATTTGTAACGTCACTGCACGTGGAATAATAAAGAATTCATTGTAATTTGAATAAGAAATGCAAAGAATGATGTTCTAGCAGT
AAAGCATTGCATGTGAGAATTTGAAAAAACAATCGTTGAAATGCTGAGATTAACCATACTTTTAACAGTAA

Intron 6 GTATGTAGAC ... ATATATATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	73.33	8	22	3
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A10	71.43	14	35	2

>TRINITY_DN42957_c2_g1_i8 from sample A8 / Example spliced isoform

GTTTGAGCCCTCGCATTGGTTGACAGGTTGTCTGATTTGAAAAGTCGTTCAACATTCCCTAGGGTTAACGGAATGCATGGAGCAGCATTGAATGTTGAAGTACGTGGCTATTTATAGTAAACTTCTCGACTTTCCACCCTGGTGAAGCTCAATTTCACTATTTGTTTCAAAGAATTGTGCCATCACCCGCCTGTAGCGTG
CATATGGAGGTTTGGAAACTGTTTGATTGTTCATCTCAGGAGGGTTTTGAAAGCATTGAAAGATGAATTTCTTCAGCAGGGAGGTAACAGAGGTAACCGAGGTGATAGAGGTAAATGGGGAAGAG

>TRINITY_DN42957_c2_g1_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GTTTGAGCCCTCGCATTGGTTGACAGGTTGTCTGATTTGAAAAGTCGTTCAACATTCCCTAGGGTTAACGGAATGCATGGAGCAGCATTGAATGTTGAAGTACGTGGCTATTTATAGTAAACTTCTCGATTTTCCACCCTAGTGAAGCTCAATTTCACTATTTGTTTCAAAGAATTGTGCCATCACCCGCCTGTAGCGTG
CATATGGAGGTTTGGAAACTGTTTGATTGTTCATCTCAGGAGGGTTTTGAAAGCATTGAAAGgtatgtagaccgacaatatactctatatcaaataatgaatatgcaagatagtttatattggctctagttgaccagcatattgcttggactactgttaatatgcttgaaataaatgatttggatttaaatttgatggtg
tttttcatagttgaaatgttggtaaatgtctgtatacaatatgaaatattggtcacagtcattgtttggcttgaaagcatcgttggttgagttactgatttagaaatgagtttactgatgttgcataaaagagtttaaaaccctccctgcttggtgcagactatttcatttcatgtacaaactattatgagacattgttg
aagaaaattgttgaaataaactgttgagggtttgtacgtcattgtcattttgaaatacagtcaatcattaagtttatacgatgactaacagtttttccctctcgacttacgagagttggtcactattacttgattttaggaatcttaaaaccagtttcacgcctcagtaagcaaatgcttgaattcgatccattgtccat
actttcaagcaaattttagggtttacatttgaccgctccttagactatcaaaagcttggttcagtgtttcatgagcccaatggtatgaattggttgtttaaccaatggtattgttgatttaaaatcctctcattcaaaaaatgaagaagacctaaatttatttgactaattttgaagctcaaagactactggaagtattc
atcctgtcgacccaagattctaacctcaaattgtcggaagttttgatgacatgattgtcaaagagttggtttcaattttgaacctaaagtcataagttatctccagtaactcaaaatatcataacttgattttacttacggcgctctaatgcattatctcgaaagcctttagggttttgtttgatcagagaaatgaataa
gcattgatgttgttggttacatgagttgcaaagtatgtggcgcatattgtgttagactttctcaatgattgtttgaagggatttgctacaagttgatgaaaaataagtgttgaaattgcactcatttttttagttgattatatatgcattaaaaagtcgttacataattgaatataagctcaaatgtgaattacaagaat
ctttgaatataagctcaaatgtgaattacaagagtctttgaatataagctcaaatctgaattacaagagtcttagttgatcataagattgtattggaatggctgttcataagaaattgtcttggctttgttttgaaataagaacttgaacttaaagttcaaacgttcagtttgttttgcatggcaaaatcaaagacttgc
atgcttccatgaaagtttattttgatttcaagtacgcaagtcttgaaggttattgtttattcagtcacttggaattttgttggtcacaggattgaaattttaaaagaagagctatcaaatgagtgacttagtggcaatgaattttgattataagctcgtactgtcaaaatacatgatacagaatgacttgacatgcacaa
tcttattgatattgtttgagggtcggctttattgattttctatttcaatctcagaatttcttttaaaagaaatgatattgttgcaaggtttgcaacaattcttcattgatcaaggtttatttggatatggagtttggtttagttgtggttgaggaaattgaaagtgattattctgtcattatattattggcatgtttaaa
tgatgaaataagtgaaagaacaatgttgattactttaaataattatgtgttatgttatggagactttcataacataattttggttattgaaactttggttaatgaatagaatgaaattcattttggagatatataggctcataaattgtcattaaatgaacatatgcactaaacattaaatgattgtgggaatgttagat
ccatgatgaagactttcatggatgaagctggcagtgatgattatcatgatggatgaatactgtttgtgataattggatgttgttttgaccgttgaggttattggataatttgaacatgtatcatttgtcattcccctcattagctttcactaatttgttcattcactccctatcattttcccaacagacctttttcccat
gttcaaagagaaatagtcgagagatataagtgatttttagtttgaaaatgaaataatttcaaacaagcttgatgtcccatcaccctgtttccttgaaaaatatgattgcatgcatgattgttgttttagtacagagccattaatagattatccaaattgcaaatttatttgatatatattcttattgttatgtacatgta
ctgatcatgctcttcatggctataatatatatagATGAATTTCTTCAGCAGGGAGGTAACAGAGGTAACCGAGGTGATAGAGGTAAATGGGGAAGAG

Intron 7 GTATGTAGAC ... ATATATATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	73.33	8	22	3
A2	80	3	12	1
A3	85	3	17	6
A4	71.88	9	23	3
A5	87.5	1	7	2
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A7	56.84	41	54	2
A8	66	17	33	1
A9	60	12	18	3
A10	71.43	14	35	2

>TRINITY_DN42957_c2_g1_i8 from sample A8 / Example spliced isoform

GTTTGAGCCCTCGCATTGGTTGACAGGTTGTCTGATTTGAAAAGTCGTTCAACATTCCCTAGGGTTAACGGAATGCATGGAGCAGCATTGAATGTTGAAGTACGTGGCTATTTATAGTAAACTTCTCGACTTTCCACCCTGGTGAAGCTCAATTTCACTATTTGTTTCAAAGAATTGTGCCATCACCCGCCTGTAGCGTG
CATATGGAGGTTTGGAAACTGTTTGATTGTTCATCTCAGGAGGGTTTTGAAAGCATTGAAAGATGAATTTCTTCAGCAGGGAGGTAACAGAGGTAACCGAGGTGATAGAGGTAAATGGGGAAGAG

>TRINITY_DN42957_c2_g1_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GTTTGAGCCCTCGCATTGGTTGACAGGTTGTCTGATTTGAAAAGTCGTTCAACATTCCCTAGGGTTAACGGAATGCATGGAGCAGCATTGAATGTTGAAGTACGTGGCTATTTATAGTAAACTTCTCGATTTTCCACCCTAGTGAAGCTCAATTTCACTATTTGTTTCAAAGAATTGTGCCATCACCCGCCTGTAGCGTG
CATATGGAGGTTTGGAAACTGTTTGATTGTTCATCTCAGGAGGGTTTTGAAAGCATTGAAAGgtatgtagaccgacaatatactctatatcaaataatgaatatgcaagatagtttatattggctctagttgaccagcatattgcttggactactgttaatatgcttgaaataaatgatttggatttaaatttgatggtg
tttttcatagttgaaatgttggtaaatgtctgtatacaatatgaaatattggtcacagtcattgtttggcttgaaagcatcgttggttgagttactgatttagaaatgagtttactgatgttgcataaaagagtttaaaaccctccctgcttggtgcagactatttcatttcatgtacaaactattatgagacattgttg
aagaaaattgttgaaataaactgttgagggtttgtacgtcattgtcattttgaaatacagtcaatcattaagtttatacgatgactaacagtttttccctctcgacttacgagagttggtcactattacttgattttaggaatcttaaaaccagtttcacgcctcagtaagcaaatgcttgaattcgatccattgtccat
actttcaagcaaattttagggtttacatttgaccgctccttagactatcaaaagcttggttcagtgtttcatgagcccaatggtatgaattggttgtttaaccaatggtattgttgatttaaaatcctctcattcaaaaaatgaagaagacctaaatttatttgactaattttgaagctcaaagactactggaagtattc
atcctgtcgacccaagattctaacctcaaattgtcggaagttttgatgacatgattgtcaaagagttggtttcaattttgaacctaaagtcataagttatctccagtaactcaaaatatcataacttgattttacttacggcgctctaatgcattatctcgaaagcctttagggttttgtttgatcagagaaatgaataa
gcattgatgttgttggttacatgagttgcaaagtatgtggcgcatattgtgttagactttctcaatgattgtttgaagggatttgctacaagttgatgaaaaataagtgttgaaattgcactcatttttttagttgattatatatgcattaaaaagtcgttacataattgaatataagctcaaatgtgaattacaagaat
ctttgaatataagctcaaatgtgaattacaagagtctttgaatataagctcaaatctgaattacaagagtcttagttgatcataagattgtattggaatggctgttcataagaaattgtcttggctttgttttgaaataagaacttgaacttaaagttcaaacgttcagtttgttttgcatggcaaaatcaaagacttgc
atgcttccatgaaagtttattttgatttcaagtcataagaaagattgtacgcaagtcttgaaggttattgtttattcagtcacttggaattttgttggtcacaggattgaaatgttaaaagaagagctatcaaatgagtgacttagtggcaatgaattttgattataagctcgtactgtcaaaatacatgatacagaatg
acttgacatgcacaatcttattgatattgtttgagggtcggctttattgattttctatttcaatctcagaatttcttttaaaagaaatgatattgttgcaaggtttgcaacaattcttcattgatcaaggtttatttggatatggagtttggtttagttgtggttgaggaaattgaaagtgattattctgtcattatatt
attggcatgtttaaatgatgaaataagtgaaagaacaatgttgattactttaaataattatgtgttatgttatggagactttcataacataattttggttattgaaactttggttaatgaatagaatgaaattcattttggagatatataggctcataaattgtcattaaatgaacatatgcactaaacattaaatgatt
gtgggaatgttagatccatgatgaagactttcatggatgaagctggcagtgatgattatcatgatggatgaatactgtttgtgataattggatgttgttttgaccgttgaggttattggataatttgaacatgtatcatttgtcattcccctcattagctttcactaatttgttcattcactccctatcattttcccaac
agacctttttcccatgttcaaagagaaatagtcgagagatataagtgatttttagtttgaaaatgaaataatttcaaacaagcttgatgtcccatcaccctgtttccttgaaaaatatgattgcatgcatgattgttgttttagtacagagccattaatagattatccaaattgcaaatttatttgatatatattcttat
tgttatgtacatgtactgatcatgctcttcatggctataatatatatagATGAATTTCTTCAGCAGGGAGGTAACAGAGGTAACCGAGGTGATAGAGGTAAATGGGGAAGAG

Intron 8 GTCCAGACAG ... TTCAATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50.87	14.7	14	13.5
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A4	56.66	9.3	9	13.5
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A7	58.44	25.7	26	41.3
A8	49.16	25.7	26	23
A9	54.47	26	38	23
A10	50.49	31.7	23	38

>TRINITY_DN129458_c3_g1_i19 from sample A1 / Example spliced isoform

GGGTTTTTGATTTGATGTTTAAGGCAGATTCATAGATCAAGCTTCTGCTGGATATTGCTCGATTAATATAAAGGCATCTCAATGGTTGTTTACAAAAGCTTTCTCTAACTTTGACGTTGCTCTTTGTAGTGAACATGGTCCAAGGGAAAATGCTAAAGCAACACCATCAAATGCTGTGGTAGGCATGATAGATACAAATG
CTGTAGATGTTGTTATTCTATCGAATGGTCCCGGGGAAGTTGTAACATGGGTAAAGCCTGTAGTACGTGCCTTAAGGCAATACTTCAAGGCAAAAAGATCAAATATACGCATCTCGGTTCTCCTATGTCCATGTCCTCATGCCTCAGGTGAAGAAATGAAAGTCATCCAGTCTTTTGAAGAAGTGGATAGATGTCTTGTG
GTCTTGGGTAAAAAACTAGGTTACAGGACCATCATTTATTGTGAAGACTGTGTGCGATGGCCATGGTTTGCATTTCCAACTTTTCATATAATTTGTTCTCCACAGTAAGGATTGGGAAAGATTTGTGATTTTCTAGAGAATTTGCTAGATGATCAGATGATGTCCCAATATTTTATGATTTGATTTTCATTGTTAATTAT
CAATACCTTCTTTTTCTGTCAATTACTAGTCTGGTGGATATATATGCACTCCCGTCACAGAGTATGATTGAAAATGTACCTCAGTGGGCACAGAGTACCTGTAGGGTAGTTGGTGATCTTTCTCGGGATGCAGTTTACAAGTCAGAATGTTTCGACTCAAGTGAAGCATTAACTGAGGTCACCCCAGTTTTTGGTCCGAA
CGATAACTCTGAGTCTATACCAATTGTGGGAATTCTTCCAGGTTCTAAGAATGTAAAGCTCTCTATTGGACTGCCATACTTCATGGCAGTAGCAGAACACATACAAGAGAGAATGGGGAAAAATGTTCGTTTCATATTGCCTTTGGCACCAACTGTCACTTTGAGCAAGCTTGAACAATATGCCGACCCAAATCAGAACA
AGTTTATTTCAAAATTTCAATGGGGAAGTGGAGAGCTTGTCATGGCCACCTCAAATGAACACTCTAGCATGATTGCAAACTTAGTGTCAGAAAAAGGATCACGGATTGAGATTTGGCAAGTTTTTCCACCTTATAAGCTTTACAAAGAATGCACATTGTGCCTCACAACTATTGGCATCAATACAGCAGAACTTGGCTAT
CTAGGAGTTCCCATGGTGGTGGTGCTGCCAACACATATACTTCAGGTTTTCAGGGGTGCCACGGGAGGATTGATGGGTCTGTTGCTAAAGGTGCCTGGAATGATTGGAGATACGGTTGCATATTTGATGAATTTTATGAAACTAAAGACTTTTGGATTTGTTTCATGGCCAAACCGGTGGGCAAAGGAAGAAATCATTCC
TGAACTTATTGGTCGTATTAAACCAAAGGACGTTGCCATAAAAGTCATCAAGCTTCTTGAATCTCCAAGCACATTAAAAAATATGCAATCAGATTTGTTGAGAGTGGGTAATGAACAGAAGCAGAAGCTAAAACTCAATGAAGTAGAACATCAAGATGGGCCAGCCATTGCCATTGCTCGCATTGTTGATGATTTGGTGA
ATACCTGATCTAATAGGTTTAAGCAACCGAGTTCTTAAACAAATAGAGGGTAAACCAAATCAATACATCCTTATGTATATTCTTCAGGTGGCTGTGTATACATGTATCTTTGGACAACATAAATAGCGTGGATTTGGAGCCAGGAGAATCTCTTCCCAGACAGAGATAACGAGTAAATTCAGTATTGACAGTTGATAGAA
TAATTTGCAACCAGATTTAGGTTTCCCAGTTTATTTCTAGGAAATATAATATGAGCTGGGTGAGAAATTCAGAGCTATCTTAAGTGATTTCTCTTCAGAATTGGTGGCGCATAACCAAACTTAAAGAAAGGATTACTGTGTTGTAAATTTGTAACGTCACTGCACGTGGAATAATAAAGAATTCATTGTAATTTGAATAA
GAAATGCAAAGAATGATGTTCTAGCAGTAAAGCATTGCATGTGAGAATTTGAAAAAACAATCGTTGAAATGCTGAGATTAACCATACTTTTAACAGTAA

>TRINITY_DN129458_c3_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGGTTTTTGATTTGATGTTTAAGGCAGATTCATAGATCAAGCTTCTGCTGGATATTGCTCGATTAATATAAAGGCATCTCAATGGTTGTTTACAAAAGCTTTCTCTAACTTTGACGTTGCTCTTTGTAGTGAACATGGTCCAAGGGAAAATGCTAAAGCAACACCATCAAATGCTGTGGTAGGCATGATAGATACAAATG
CTGTAGATGTTGTTATTCTATCGAATGGTCCCGGGGAAGTTGTAACATGGGTAAAGCCTGTAGTACGTGCCTTAAGGCAATACTTCAAGGCAAAAAGATCAAATATACGCATCTCGGTTCTCCTATGTCCATGTCCTCATGCCTCAGGTGAAGAAATGAAAGTCATCCAGTCTTTTGAAGAAGTGGATAGATGTCTTGgt
ccagacaggttcttgcaactggtgttccttggtgatgttcaagaaggttgggagtggagaaagaaaggtgtatgcatatttttgggtggagatcagttcaatgcagTGGTCTTGGGTAAAAAACTAGGTTACAGGACCATCATTTATTGTGAAGACTGTGTGCGATGGCCATGTCTGGTGGATATATATGCACTCCCGTC
ACAGAGTATGATTGAAAATGTACCTCAGTGGGCACAGAGTACCTGTAGGGTAGTTGGTGATCTTTCTCGGGATGCAGTTTACAAGTCAGAATGTTTCGACTCAAGTGAAGCATTAACTGAGGTCACCCCAGTTTTTGGTCCGAACGATAACTCTGAGTCTATACCAATTGTGGGAATTCTTCCAGGTTCTAAGAATGTAA
AGCTCTCTATTGGACTGCCATACTTCATGGCAGTAGCAGAACACATACAAGAGAGAATGGGGAAAAATGTTCGTTTCATATTGCCTTTGGCACCAACTGTCACTTTGAGCAAGCTTGAACAATATGCCGACCCAAATCAGAACAAGTTTATTTCAAAATTTCAATGGGGAAGTGGAGAGCTTGTCATGGCCACCTCAAAT
GAACACTCTAGCATGATTGCAAACTTAGTGTCAGAAAAAGGATCACGGATTGAGATTTGGCAAGTTTTTCCACCTTATAAGCTTTACAAAGAATGCACATTGTGCCTCACAACTATTGGCATCAATACAGCAGAACTTGGCTATCTAGGAGTTCCCATGGTGGTGGTGCTGCCAACACATATACTTCAGGTTTTCAGGGG
TGCCACGGGAGGATTGATGGGTCTGTTGCTAAAGGTGCCTGGAATGATTGGAGATACGGTTGCATATTTGATGAATTTTATGAAACTAAAGACTTTTGGATTTGTTTCATGGCCAAACCGGTGGGCAAAGGAAGAAATCATTCCTGAACTTATTGGTCGTATTAAACCAAAGGACGTTGCCATAAAAGTCATCAAGCTTC
TTGAATCTCCAAGCACATTAAAAAATATGCAATCAGATTTGTTGAGAGTGGGTAATGAACAGAAGCAGAAGCTAAAACTCAATGAAGTAGAACATCAAGATGGGCCAGCCATTGCCATTGCTCGCATTGTTGATGATTTGGTGAATACCTGATCTAATAGGTATTTACAATTTTCTTTGACCGATTCTCTTGGTCCTGAC
CATGCAATTGTTTTATATCTCTTTATTTATTTATGATTTCTTAAAATAGGAATTGACAGGAATCCAGATTATGAAGCTCAAGCAAGTGGCTAATGTGTTTTGCTGCTAACTGTTATTCCTCTGAGTGGGCTGGCCATCCTGTAAGAACCTGGATTACCATTCTAAGGGGAAAATGTCTGTACTTTTTGACATATTAGTGT
GGTCTATAGGGAGCAAGCAATACTTCTGGAAAATGGAGGAATCTGTGGATCACTTTTTCTAAACTGCTTATTCTGAAGGTTCATTTTTTACTTGTCAGGTTTAAGCAACCGAGTTCTTAAACAAATAGAGGGTAAACCAAATCAATACATCCTTATGTATATTCTTCAGGTGGCTGTGTATACATGTATCTTTGGACAAC
ATAAATAGCGTGGATTTGGAGCCAGGAGAATCTCTTCCCAGACAGAGATAACGAGTAAATTCAGTATTGACAGTTGATAGAATAATTTGCAACCAGATTTAGGTTTCCCAGTTTATTTCTAGGAAATATAATATGAGCTGGGTGAGAAATTCAGAGCTATCTTAAGTGATTTCTCTTCAGAATTGGTGGCGCATAACCAA
ACTTAAAGAAAGGATTACTGTGTTGTAAATTTGTAACGTCACTGCACGTGGAATAATAAAGAATTCATTGTAATTTGAATAAGAAATGCAAAGAATGATGTTCTAGCAGTAAAGCATTGCATGTGAGAATTTGAAAAAACAATCGTTGAAATGCTGAGATTAACCATACTTTTAACAGTAA

Intron 9 GTATGTAGAC ... ATATATATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	73.33	8	22	3
A2	70.59	5	12	3
A3	85	3	17	6
A4	71.88	9	23	3
A5	87.5	1	7	2
A6	64.52	22	40	5
A7	55.67	43	54	4
A8	62.26	20	33	3
A9	51.43	17	18	6
A10	72.92	13	35	5

>TRINITY_DN42683_c1_g1_i8 from sample A9 / Example spliced isoform

AGCTGACTTCGTATAGTTTGAGCCCTCGCATTGGTTGACAGGTTGTCTGATTTGAAAAGTGGTTCAACATTCCCTAGGGTTAACGGAATGCATGGAGCAGCATTGAATGTTGAAGTACGTGGCTATTTATAGTAAACTTCTCGATTTTCCACCCTAGTGAAGCTCAATTTCACTATTTGTTTCAAAGAATTGTGCCATCA
CCCGCCTGTAGCGTGCATATGGAGGTTTGGAAACTGTTTGATTGTTCATCTCAGGAGGGTTTTGAAAGCATTGAAAGATGAATTTCTTCAGCAGGGAGGTAACAGAGGTAACCGAGGTGATAGAGGTAAATGGGGAAGAGGTCAGCAACCTCCTTGGCAAGGAGGAAGAAATAAAATGTTAATATTTTTAATCGATTTCG
ATGTTGATTCAAAGGAGTTTAACCAACTTCTCCATGCTAGTTTCTTAAACCTAGCTGGCCAAGTCCATTTCCCAGCTGCCAAATCTTATGTTAGGCCATCCCCATATTCTCATCGGAGCATTATTGACATATCTGTACCTCCACATGTGTCTATGCAACCTGAACCCCAAAACAATGATGGTTGGAATCAACTTATTTGT
AATTAGCCATCTGGTGTTCGTGGATGGCCCATTCTTTCACTGCCCTTGCCTCCACCACCACTTGAGCAGCATGATCACCGAGAAGCTTCAGTTGCATCTCAGGCCCAACGTTTACAACTCATTGATGAACCAAAAGCCTCACCTAAACAATCACTCACAACCAAAGGAAAAAGGCCTGGCAAATCTTCCAAGTCTAGTTC
TTCTAAAGCTTCCTCCCATTCTATTACATCCCACCCCATATTGCTAGAAGCCAATACTGGAGCAAGAGACATCACTCTAGGTGATGTACAGTTGGCAAGTCAAGGGGCGGAATCAACTAGACAAAGAGAACAGTCAGGCAAAAAAGACACTTCACAAGGAAGTGGACAAAGGCAGACCGCTTGTCATAAAGCATATGGAT
TTTGATGAAGTTCATAATGTTTTGACTGGTGGATGTATCTTGACTGTGTTTGAGTGATGGCAGATTTTTGGACATGTTATCTTTCATTTTTGACTTATTAGGAAGGCATGAAGGATATAATGAAATACTTCTTTATTATTATATTTCATGTTTATAT

>TRINITY_DN42683_c1_g1_i2 from sample A9 / Example unspliced isoform:

AGCTGACTTCGTATAGTTTGAGCCCTCGCATTGGTTGACAGGTTGTCTGATTTGAAAAGTGGTTCAACATTCCCTAGGGTTAACGGAATGCATGGAGCAGCATTGAATGTTGAAGTACGTGGCTATTTATAGTAAACTTCTCGATTTTCCACCCTAGTGAAGCTCAATTTCACTATTTGTTTCAAAGAATTGTGCCATCA
CCCGCCTGTAGCGTGCATATGGAGGTTTGGAAACTGTTTGATTGTTCATCTCAGGAGGGTTTTGAAAGCATTGAAAGgtatgtagaccgacaatatactctatatcaaataatgaatatgcaagatagtttatattggctctagttgaccagcatattgcttggactactgttaatatgcttgaaataaatgatttggat
ttaaatttgatggtgtttttcatagttgaaatgttggtaaatgtctgtatacaatatgaaatattggtcacagtcattgtttggcttgaaagcatcgttggttgagttactgatttagaaatgagtttactgatgttgcataaaagagtttaaaaccctccctgcttggtgcagactatttcatttcatgtacaaactat
tatgagacactgttgaagaaaattgttgaaataaactgttgagggtttgtacgtcattgtcattttgaaatacagtcaatcattaagtttatacgatgactaacagtttttccctctcgacttacgagagttggtcactattacttgattttaggaatcttaaaaccagtttcacgcctcagtaagcaaatgcttgaatt
cgatccattgtccatactttcaagcaaattttagggtttacatttgaccgctccttagactatcaaaagcttggttcagtgtttcatgagcccaatggtatgaattggttgtttaaccaatggtattgttgatttaaaatcctctcattcaaaaaatgaagaagacctaaatttatttgactaattttgaagctcaaaga
ctactggaagtattcatcctgtcgacccaagattctaacctcaaattgtcggaagttttgatgacatgattgtcaaagagttggtttcaattttgaacctaaagtcataagttatctccagtaactcaaaatatcataacttggttttacttacggcgccctaatgcattatctcgaaagcctttagggttttgtttgat
cagagaaatgaataagcattgatgttgttggttacatgagttgcaaagtatgtggcgcatattgtgttagactttctcaatgattgtttgaagggatttgctacaagttgatgaaaaataagtgttgaaattgcactcaattttttagttgattatatatgcattaaaaagtcgttacataattgaatataagctcaaat
gtgaattacaagaatctttgaatataagctcaaatgtgaattacaagaatctttgaatataagctcaaatgtgaatcttagttgatcataagattgtattggaatggctgttcataagaaattgtcttggctttgttttgaaataagaacttgagcttaaagttcaaacattcagtttgttttgcatggcaaaatcaaag
acttgcatgcttccatgaaagtttattttgatttcaagtcataagaaagattgtacgcaagtcttgaaggttattgtttattcagtcacttggaattttgttggtcacaggattgaaattttaaaagaagagctatcaaatgagtgacttagtggcaatgaattttgattataagctcgtactgtcaaaatacatgatac
agaatgacttgacatgcacaatcttattgatattgtttgagggtcggctttattgattttctatttcattctcagaatttcttttaaaagaaatgatattgttgcaaggtttgcaacaattcttcattgatcaaggtttatttggatatggagtttggtttagttgtggttgaggaaattgaaagtgattattctgtcat
tatattattggcatgtttaaatgatgaaataagtgaaagaacaatgttgattactttaaataattatgtgttatgttatggagactttcataacataattttggttattgaaactttggttaatgaatagaatgaaattcattttggagatatataggctcataaattgtcattaaatgaacatatgcactaaacattaa
atgattgtgggaatgttagatccatgatgaagactttcatggatgaagctggcagtgatgattatcatgatggatgaatactgtttgtgataattggatgttgttttgaccgttgaggttattggataatttgaacatgtatcatttgtcattcccctcattagctttcactaatttgttcattcactcactatcatttt
cccaacagacctttttcccatgttcaaagagaaatagtcgagagatataagtgatttttagtttgaaaatgaaataatttcaaacaagcttgatgtcccatcaccctgtttccttgaaaaatatgattgcatgcatgattgttgttttagtacagagccattaatagattatccaaattgcaaatttatttgatatatat
tcttattgttatgtacatgtactgatcatgctcttcatggctataatatatatagATGAATTTCTTCAGCAGGGAGGTAACAGAGGTAACCGAGGTGATAGAGGTAAATGGGGAAGAGGTCAGCAACCTCCTTGGCAAGGAGGAAGAAATAAAATGTTAATATTTTTAATCGATTTCGATGTTGATTCAAAGGAGTTTAA
CCAACTTCTCCATGCTAGTTTCTTAAACCTAGCTGGCCAAGTCCATTTCCCAGCTGCCAAATCTTATGTTAGGCCATCCCCATATTCTCATCGGAGCATTATTGACATATCTGTACCTCCACATGTGTCTATGCAACCTGAACCCCAAAACAATGATGGTTGGAATCAACTTATTTGTAATTAGCCATCTGGTGTTCGTG
GATGGCCCATTCTTTCACTGCCCTTGCCTCCACCACCACTTGAGCAGCATGATCACCGAGAAGCTTCAGTTGCATCTCAGGCCCAACGTTTACAACTCATTGATGAACCAAAAGCCTCACCTAAACAATCACTCACAACCAAAGGAAAAAGGCCTGGCAAATCTTCCAAGTCTAGTTCTTCTAAAGCTTCCTCCCATTCT
ATTACATCCCACCCCATATTGCTAGAAGCCAATACTGGAGCAAGAGACATCACTCTAGGTGATGTACAGTTGGCAAGTCAAGGGGCGGAATCAACTAGACAAAGAGAACAGTCAGGCAAAAAAGACACTTCACAAGGAAGTGGACAAAGGCAGACCGCTTGTCATAAAGCATATGGATTTTGATGAAGTTCATAATGTTT
TGACTGGTGGATGTATCTTGACTGTGTTTGAGTGATGGCAGATTTTTGGACATGTTATCTTTCATTTTTGACTTATTAGGAAGGCATGAAGGATATAATGAAATACTTCTTTATTATTATATTTCATGTTTATATTTGTGACAGATGTTTTGGCTTATCATATGCTACTTTCTTTGGAGAGGCAAGGAGAATATCCGGGA
TTAATAAAATATATGAAAGGGGTCCCACCTATTTATATTATATTTTATTTAAATAAACTTGACTTAGTTTATTTATCCTAATTAAAGTATCTTAACTAAAAAGTAGTTTCCAACTACCTCAACTTCTTATTCAAAGATAAAAGGAGAGGAGAATGAAGGAAAGAGGGAAGAGAGGAAAAGAACTCTGAGAAGAGAGGAAA
AGAACTCTGATAAAAAAGGTTTTCTCTTGTACAAAGAGAGATATTATCTTTCATTTTCTTTTCCATTTCTGTGTTATTACAGAACTGAGATTTTCTTGTTGATAGCAGGAAGTGTTGAAGGTGGCAAATAAGAATCGAGATACATGTGACTACCTATTAAGAACCTATTAAGAGAGTGGTAGCAGAGCGGTTAGGGTTTT
CAAGGCCTGGTTGCCATGTCCAAGATGAGACTGGTTGTATGAACTAAAAAAACCTAAGCGTGTTAATGTTGAGGAGCCGTGGGCTACGTTGAAGTGATGTGTGATCTAGATGAGCTTATCTGTTAGAAGCTGTCAAGGTCGTGGAACTACATCAAGGTAACATGTTGCTTTCATGCTTCTTTTCCCTTGAAGAGATTGAA
CACGAGGAAATCTCTGGAATCATACTCCAAGAAAATCCGTGCCCTAGCCTATTAGCATGGCAGTGAAGATGATCTGCGGAAGTTAATTAAGTCTCTTCTTTGTTGTGGAAATGTTTTGTGTTGATAAGGCAATGCCTTACCTTCTCCTTCTTTCTAGTTCGACGCCCCCCTAATAGGCCACGTCAAAGTGAGTCTTCTGC
TCTGCCACAATGGTGATTTATGTGCATATGACTATTTCGTTGGACCGGTTATAACATCATTGTCATAGGCGGTGACAACTCCATCTCTTACTGCAAAAATTCTGGAAATGCTTTTGCTCACCTCAAATGGTGAGCCAAAGAGAAAACGTTTTTATGAGAATGCGCACTGCATTTGCAACTGACCAAGAATCAAATAATAA
GTGCATGAAAAGAAGCATTTTCCAAGTCGATAAGCAGAACAATTAATAGTAGAGTTTATCTTCGATTGCGAGTCCCGATTTCTTGTGTCGACTATCCTGACTGCATATTAGTCCACTGCTTTACTAATGGAGATAATACATTGTTGCATTAATATGTAAATCTTGCAAAATTGTTTGAATAGTTTTATCTCACAAAGAGG
AAAATTGTTGAAGACAACCAAGCTAAAGCATTCACCCAGTAGAGAACGATCTATCAAGAAGCAAAATCAATGTGTCGTCATAAAATTTAATGTCGACTTGGAGAAGCCATCGAATCATTTTGATGTTGACCAAAGCTTACCCGGTTGGAGATTATACGTTGAAGCCTATAGTAGAAATGTCAAGATGAACGCAAAGGCCA
CAGAAAAGAGAAAGGATTGTGCCTACCCGGACCAATTAATATTTTTGCTACATTTAAAGAATTGTATCTAGTGATCATGTCATTGTTCGAGGAGTAATTACATGGAAGAGCGTGAAGGAGTCGCTAAAACAAACTGCTGGTAACCTGAGTAAGAGCCACTGAATCTGTTGTCATCTTCCTCGATCACTGAAGCGTCCAAT
CCCTAATCTCAAATCTGAGCGTGCATGGAAGTATCTCTGGAGTCACCATAAGCTGTAGTAAAGATTGGGAAGAAGCGCGTGAATAAGTTCAAGAGGCCTCAGAGCGATCGTTGCATCACTGTCAAGGAGAATTGGGTATTATTTGTGAGGAGAAATTCAAGGACGTTCTGTACTAATATTACACACAGCATTTCAATATT
GAAGAGGAAAGGAAGACTGTGTCGTTGTTTCTCTCTCAGGTCTCATGATATTGAGGTTTGCTTGGCAATATTTACATTAACTGCAAACCCTATGCATAGTAATACAAATGTTGAAACATGATAAATTGTTAGGGTTTGATCTGTGATTCGCCCTGCTAATTTTTGCAAAATTTGCGCACACAGATTTTTGCTTTCTCAAG
TTAAATTATTTGCAAACAGTTCTTTTTGCAATTGTAAGAGTTTGACGTAGAATCCATATATTGCCCATACAATGAACTGATTGCATTTCAGGTTTTAAAAAATGTATTCACTTGTATCTATTGTTGCTGGTGTTTGGAGTCGCTTGCTTGACATAATAAAGATAAAATGTGGGATGTATATGTCTCCACCCGTGATAAAT
ACGCGCAGAAAGAAGAGTTTTGAGGAAGCATATCGAAAAAGCAGTGGCCTTGATCTGCATTTCAAGAAGAAACGAGGTTATAAAGGATATTTTTTATGAAATGGTGTTGACCTGCAAAAATATATTGTTTAGAACAAATTTAAAGCTTTAAAGGGGCACTTGTTCGTTGCAGAGTGTGCATTGCATCTTTCAGTTGGGCC
TGGTCGCAGAGGTCTTTGATGGCGTGATTGATGGCATGATTGGAAGTATTGTTTGAATACGATTGTTGTTGTAGTGTAGGAGCAATAATGGTAGTCTTCGTACAGTGAAGGCAAAGCACTTGCCTGGGATTTGGAACTACCTACTCCTTCTACGCAGTTCCTCCATTTGTTTTTTGTTTGAAGACGAGTATATACAGGTT
GATGAAGGTCAAGCCCTCAATGGATGAGAGGGCTGCAAATACAATTGTTTATATTGAGCACAATGAAAATATGGCCCAATAAGACTTGGGCAAAAGGTATCTAGAGTTTATTAAATACAACATAAGTTTTATTTTCTGTCCACGCATATCCCACATTTGGAAAGGGTTCAAAATCTTCCTTATTTGTATTAAAAGATATC
CCGACTTATGTTAAAAGATGTGGAGAGGTATATCAACAAGTGTTGATGGGTGAAGTAAAATTTCTTCATCAATAATCACAATGTTTAAACGAGTGATGTTTTGATGTATTTAAACATTGTAGGTGACTGATAACAATGCTTAAACGAATTATAATGTTTAAACGAGTGATGTTTTGATGTATTTAAACATTGTAGGTGAC
TAATGACAATGTTTAAACGAATCATAATGTTTAAACGAGTGATGTTGATGTATTTGAAC

Intron 10 GTATGTAGAC ... CTTGGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	87.5	2	22	6
A2	75.65	3.7	12	11
A3	73.33	6	17	16
A4	68.42	9	23	16
A5	55.56	4	7	3
A6	55.74	31.7	40	39.9
A7	52.8	36.4	54	27
A8	55.43	21.7	33	21
A9	54.13	14.4	18	16
A10	51.63	30.7	35	30.6

>TRINITY_DN39364_c1_g1_i6 from sample A6 / Example spliced isoform

TAGTAAACTTCTCGATTTTCCACCCTAGTGAAGCTCAATTTCACTATTTGTTTCAAAGAATTGTGCCATCACCCGCCTGTAGCGTGCATATGGAGGTTTGGAAACTGTTTGATTGTTCATCTCAGGAGGGTTTTGAAAGCATTGAAAGACTATTTCATTTCATGTACAAACTATTATGAGACACTGTTGAAGAAAATTGT
TGAAATAAACTGTTGAGGGTTTGTATGTCATTGTCATTTTGAAATACAGTCAATCATTAAGTTTATACGATGACTAACAGTTTTTCCCTCTCGACTTACGAGAGTTGGTCACTATTACTTGATTTTAGGAATCTTAAAACCAGTTTCACGCCTCAGTAAGCAAATGCTTGAATTCGATCCATTGTCCATACTTTCAAGCA
AATTTTAGGGTTTACATTTGACCGCTCCTTAGACTATCAAAAGCTTGGTTCAGTGTTTCATGAGCCCAATGGTATGAATTGGTTGTTTAACCAATGGTATTGTTGATTTAAAATTCTCTCATTCAAAAAATGAAGAAGACCTAAATTTATTTGACTAATTTTGAAGCTCAAAGACTACTGGAAGTATTCATCCTGTCGAC
CCAAGATTCTAACCTCAAATTGTCGGAAGTTTTGATGACATGATTGTCAAAGAGTTGGTTTCAATTTTGAACCTAAAGTCATAAGTTATCTCCAGTAACTCAAAATATCATAACTTGGTTTTACTTACGGCGCCCTAATGCATTATCTCGAAAGCCTTTAGGGTTTTGTTTGATCAGAGAAATGAATAAGCATTGATGTT
GTTGGTTACATGAGTTGCAAAGTATGTGGCGCATATTGTGTTAGACTTTCTCAATGATTGTTTGAAGGGATTTGCTACAAGTTGATGAAAAATAAGTGTTGAAATTGCACTCAATTTTTTAGTTGATTATATATGCATTAAAAAGTCGTTACATAATTGAATATAAGCTCAAATGTGAATTACAAGAATCTTTGAATATA
AGCTCAAATGTGAATTACAAGAGTCTTTGAATATAAGCTCAAATCTGAATTACAAGAGTCTTAGTTGATCATAAGATTGTATTGGAAGGGCTGTTCATAAGAAATTGTCTTGGCTTTGTTTTGAAATAAGAACTTGAGCTTAAAGTTCAAACATTCAGTTTGTTTTGCATGGCAAAATCAAAGACTTGCATGCTTCCATG
AAAGTTTATTTTGATTTCAAGT

>TRINITY_DN39364_c1_g1_i3 from sample A6 / Example unspliced isoform:

TAGTAAACTTCTCGATTTTCCACCCTAGTGAAGCTCAATTTCACTATTTGTTTCAAAGAATTGTGCCATCACCCGCCTGTAGCGTGCATATGGAGGTTTGGAAACTGTTTGATTGTTCATCTCAGGAGGGTTTTGAAAGCATTGAAAGgtatgtagaccgacaatatactctatatcaaataatgaaattgcaagatagt
ttattttggctctagttgaccagcatattgcttggactactgttaatatgcttgaaataaatgatttggatttaaatttgatggtgtttttcatagttgaaatgttggtaaatgtctgtatacaatatgaaatattggtcacagtcattgtttggcttgaaagcatcgttggttgagttactgatttagaaatgagttta
ctgatgttgcataaaagagtttaaaaccctccctgcttggtgcagACTATTTCATTTCATGTACAAACTATTATGAGACACTGTTGAAGAAAATTGTTGAAATAAACTGTTGAGGGTTTGTATGTCATTGTCATTTTGAAATACAGTCAATCATTAAGTTTATACGATGACTAACAGTTTTTCCCTCTCGACTTACGAGA
GTTGGTCACTATTACTTGATTTTAGGAATCTTAAAACCAGTTTCACGCCTCAGTAAGCAAATGCTTGAATTCGATCCATTGTCCATACTTTCAAGCAAATTTTAGGGTTTACATTTGACCGCTCCTTAGACTATCAAAAGCTTGGTTCAGTGTTTCATGAGCCCAATGGTATGAATTGGTTGTTTAACCAATGGTATTGT
TGATTTAAAATTCTCTCATTCAAAAAATGAAGAAGACCTAAATTTATTTGACTAATTTTGAAGCTCAAAGACTACTGGAAGTATTCATCCTGTCGACCCAAGATTCTAACCTCAAATTGTCGGAAGTTTTGATGACATGATTGTCAAAGAGTTGGTTTCAATTTTGAACCTAAAGTCATAAGTTATCTCCAGTAACTCAA
AATATCATAACTTGGTTTTACTTACGGCGCCCTAATGCATTATCTCGAAAGCCTTTAGGGTTTTGTTTGATCAGAGAAATGAATAAGCATTGATGTTGTTGGTTACATGAGTTGCAAAGTATGTGGCGCATATTGTGTTAGACTTTCTCAATGATTGTTTGAAGGGATTTGCTACAAGTTGATGAAAAATAAGTGTTGAA
ATTGCACTCAATTTTTTAGTTGATTATATATGCATTAAAAAGTCGTTACATAATTGAATATAAGCTCAAATGTGAATTACAAGAATCTTTGAATATAAGCTCAAATGTGAATTACAAGAGTCTTTGAATATAAGCTCAAATCTGAATTACAAGAGTCTTAGTTGATCATAAGATTGTATTGGAAGGGCTGTTCATAAGAA
ATTGTCTTGGCTTTGTTTTGAAATAAGAACTTGAGCTTAAAGTTCAAACATTCAGTTTGTTTTGCATGGCAAAATCAAAGACTTGCATGCTTCCATGAAAGTTTATTTTGATTTCAAGTCATAAGAAAGATTGTACGCAAGTCTTGAAGGTTATTGTTTATTCAGTCACTTGGAATTTTGTTGGTCACAGGATG

Intron 11 GTATGTAGAC ... TTGGTCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	68.42	6	22	4
A2	43.48	13	12	8
A3	78.57	3	17	5
A4	58.33	10	23	5
A5	45.45	6	7	3
A6	32.87	48	40	7
A7	33.91	76	54	24
A8	34.05	61	33	30
A9	27.62	38	18	11
A10	33.33	69	35	34

>TRINITY_DN46057_c0_g1_i4 from sample A7 / Example spliced isoform

GTCAACATTTATAAAAGGTGATTTATGTATTATGGAATGTTGATGTGGCGAGCTGACTTCGTATAGTTTGAGCCCTCGCATTGGTTGACAGGTTGTCTGATTTGAAAAGTCGTTCAACATTCCCTAGGGTTAACGGAATGCATGGAGCAGCATTGAATGTTGAAGTACGTGGCTATTTATAGTAAACTTCTCGATTTTCC
ACCCTAGTGAAGCTCAATTTCACTATTTGTTTCAAAGAATTGTGCCATCACCCGCCTGTAGCGTGCATATGGAGGTTTGGAAACTGTTTGATTGTTCATCTCAGGAGGGTTTTGAAAGCATTGAAAGGATTGAAATTTTAAAAGAAGAGCTATCAAATGAGTGACTTAGTGGCAATGAATTTTGATTATAAGCTCGTACT
GTCAAAATACATGATACAGAATGACTTGACATGCACAATCTTATTGATATTGTTTGAGGGTCGGCTTTATTGATTTTCTATTTCAATCTCAGAATTTCTTTTAAAAGAAATGATATTGTTGCAAGGTTTGCAACAATTCTTCATTGATCAAGGTTTATTTGGATATGGAGTTTGGTTTAGTTGTGGTTGAGGAAATTGAA
AGTGATTATTCTGTCATTATATTATTGGCATGTTTAAATGATGAAATAAGTGAAAGAACAATGTTGATTACTTTAAATAATTTTGGTTATTGAAACTTTGGTTAATGAATAGAATGAAATTCATTTTGGAGATATATAGGCTCATAAATTGTCATTAAATGAACATATGCACTAAACATTAAATGATTGTGGGAATGTTA
GATCCATGATGAAGACTTTCATGGATGAAGCTGGCAGTGATGATTATCATGATGGATGAATACTGTTTGTGATAATTGGATGTTGTTTTGACCGTTGAGGTTATTGGATAATTTGAACATGTATCATTTGTCATTCCCCTCATTAGCTTTCACTAATTTGTTCATTCACTCACTATCATTTTCCCAACAGACCTTTTTCC
CATGTTCAAAGAGAAATAGTCGAGAGATATAAGTGATTTTTAGTTTGAAAATGAAATAATTTCAAACAAGCTTGATGTCCCG

>TRINITY_DN46057_c0_g1_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GTCAACATTTATAAAAGGTGATTTATGTATTATGGAATGTTGATGTGGCGAGCTGACTTCGTATAGTTTGAGCCCTCGCATTGGTTGACAGGTTGTCTGATTTGAAAAGTCGTTCAACATTCCCTAGGGTTAACGGAATGCATGGAGCAGCATTGAATGTTGAAGTACGTGGCTATTTATAGTAAACTTCTCGACTTTCC
ACCCTGGTGAAGCTCAATTTCACTATTTGTTTCAAAGAATTGTGCCATCACCCGCCTGTAGCGTGCATATGGAGGTTTGGAAACTGTTTGATTGTTCATCTCAGGAGGGTTTTGAAAGCATTGAAAGgtatgtagaccgacaatatactctatatcaaataatgaatatgcaagatagtttatattggctctagttgacc
agcatattgcttggactactgttaatatgcttgaaataaatgatttggatttaaatttgatggtgtttttcatagttgaaatgttggtaaatgtctgtatacaatatgaaatattggtcacagtcattgtttggcttgaaagcatcgttggttgagttactgatttagaaatgagtttactgatgttgcataaaagagtt
taaaaccctccctgcttggtgcagactatttcatttcatgtacaaactattatgagacactgttgaagaaaattgttgaaataaactgttgagggtttgtatgtcattgtcattttgaaatacagtcaatcattaagtttatacgatgactaacagtttttccctctcgacttacgagagttggtcactattacttgatt
ttaggaatcttaaaaccagtttcacgcctcagtacgcaaatgcttgaattcgatccattgtccatactttcaagcaaattttagggtttacatttgaccgctccttagactatcaaaagcttggttcagtgtttcatgagcccaatggtatgaattggttgtttaaccaatggtattgttgatttaaaattctctcattc
aaaaaatgaagaagacctaaatttatttgactaattttgaagctcaaagactactggaagtattcatcctgtcgacccaagattctaacctcaaattgtcggaagttttgatgacatgattgtcaaagagttggtttcaattttgaacctaaagtcataagttatctccagtaactcaaaatatcataacttgattttac
ttacggcgctctaatgcattatctcgaaagcctttagggttttgtttgatcagagaaatgaataagcattgatgttgttggttacatgagttgcaaagtatgtggcgcatattgtgttagactttctcaatgattgtttgaagggatttgctacaagttgatgaaaaataagtgttgaaattgcactcaattttttagtt
gattatatatgcattaaaaagtcgttacataattgaatataagctcaaatgtgaattacaagaatctttgaatataagctcaaatgtgaattacaagagtctttgaatataagctcaaatctgaattacaagagtcttagttgatcataagattgtattggaatggctgttcataagaaattgtcttggctttgttttga
aataagaacttgaacttaaagttcaaacgttcagtttgttttgcatggcaaaatcaaagagttgcatgcttccatgaaagtttattttgatttcaagtacgcaagtcttgaaggttattgtttattcagtcacttggaattttgttggtcacagGATTGAAATTTTAAAAGAAGAGCTATCAAATGAGTGACTTAGTGGC
AATGAATTTTGATTATAAGCTCGTACTGTCAAAATACATGATACAGAATGACTTGACATGCACAATCTTATTGATATTGTTTGAGGGTCGGCTTTATTGATTTTCTATTTCAATCTCAGAATTTCTTTTAAAAGAAATGATATTGTTGCAAGGTTTGCAACAATTCTTCATTGATCAAGGTTTATTTGGATATGGAGTTT
GGTTTAGTTGTGGTTGAGGAAATTGAAAGTGATTATTCTGTCATTATATTATTGGCATGTTTAAATGATGAAATAAGTGAAAGAACAATGTTGATTACTTTAAATAATTTTGGTTATTGAAACTTTGGTTAATGAATAGAATGAAATTCATTTTGGAGATATATAGGCTCATAAATTGTCATTAAATGAACATATGCACT
AAACATTAAATGATTGTGGGAATGTTAGATCCATGATGAAGACTTTCATGGATGAAGCTGGCAGTGATGATTATCATGATGGATGAATACTGTTTGTGATAATTGGATGTTGTTTTGACCGTTGAGGTTATTGGATAATTTGAACATGTATCATTTGTCATTCCCCTCATTAGCTTTCACTAATTTGTTCATTCACTCAC
TATCATTTTCCCAACAGACCTTTTTCCCATGTTCAAAGAGAAATAGTCGAGAGATATAAGTGATTTTTAGTTTGAAAATGAAATAATTTCAAACAAGCTTGATGTCCCG

Intron 12 GTTAGTGCCA ... AGAATACCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	26.62	51	13	24
A2	25.54	86	21	38
A3	31.68	69	29	35
A4	26.25	59	23	19
A5	33.33	40	17	23
A6	38	31	27	11
A7	21.84	68	28	10
A8	45.76	16	24	3
A9	26.71	59	18	25
A10	31.33	57	30	22

>TRINITY_DN45052_c1_g2_i11 from sample A10 / Example spliced isoform

CAATGACTCTGTAAAAGTTTAACTTCGATTTTTAATTGTTGAAAACAGGAAACACAAATATACTAAGAGCATGCTAATCTGCAAACATGTCATGTCTTTCACGCATGACGAATGATGTTTGGAAATCCCAGAGATTATCGAGAACAGGTAGCGGATAAGGGCGGGAGTGAGAATGGAGTTGATTTTGGCTGGGAATTTAG
AGGGATGGAGTCCATTTCATCATGGAATCATGAAACCCACGACATCTGCACCTAAAGTAAGAATCTCCTCCTGCTGCTGCTACACCTCCAGCGACAGACACAGAATAGCTGCTCCCAAAAAGCGGTGGAGCTTAGGATCCCCCACTTGGAACCAATTAGCGACTCTCCGGTCAGGGTGGTCATCTATTACCAGGACGGGT
GGCTTCAGTGGCAAGGCTGTTGAACATGGCAACTTGGAACGCACTCAAAGCAGCAGCAGCAGATCAGAGGACTTGAACTTAAGATTGGATGGTGGAACTGGTCTTGAAGAAGGTTATGTAGGATTGTTCATCAGATTGCTTGGCCTAGACAATGCTCCACCTGACAGGGATCAAGCAATCAAGACACTTTGGCAACATTC
AAATGGAGGAAAACAGTTTGTTGATGAGATTGTCAAGTTTGATGGTAGTGTTATTCTGACTGTTTGCCTTCTTTCATCAGACATGCCTTCAACTGCAGAAGCAGCTGCAGGCCTTTTACGGAATATTTCTTCAATCAATTCTTACAGGACACTAGTTGCCAAAGCTGGAGCAGTTGAGGAAATTGCTGGTTTGTTGACTA
GACGTTCTTTATCCCCAGAGGTAAAGGAGCAAAGTATGTATGTCCTTTGGAATTTGTCAGTTGATGAGAAGCTCAGAGCAAAAATGGCAAATTCAGAACTTCTGTCAGCCCTTATTCAGGCACTCGGTGATGACAAAGTTGGGGTAAAGGAGGCAGCAGCTGGAGTCTTGGCAAATTTAGCCATGAGTGAGTGTAATCAT
TGCGTCATGGTGGAAGCCGGGGTTATTCGAAAGCTGGCAAATCTCTTGAAAGACAGTAAAAATGCATCAAAGGTTGTGAGACGAGAAGCAAGAAATGCCTTACTGGAATTAGTGAAAGACAGTTATCACAAGCTTCTTGTTATAGAGGAAGGTCTGATTCTAGTACCTTTGATTGGTGGAAGTGCATTTAGATCCTTCAA
GTCTCCTGTTAAAGATGCACCTTTACCTGAGGGTGTGAACCTTAAAGAAGTTTTTTCAACTCCCTCTAGATTTGGGTTGAATGTTAAGTCTGTTGGGCATGGACTTGATGAGACATCGAGGATAGCAATAGAGGTGCAAGGGCAGCAGCAGTTCCTTGCACAGTTTGGAGTTTTGGAAAAGGATGAAGGAACCAAACCTC
ATCTATTGACTGCATCAGAACCGAGGGTTACTCTTATGCCATGGTGGGATGGGATTGCTCGCTTAGTTTTTATACTTGTTCTTGATGATTTGTCAGCTGTTGAATGGGCTGCATATTCAATTGCTGACATTTCCATCAATGAAGAAATGCGAAATGCAATACAGGAGGCTGGAGCAATTCCACACCTTGTACGGTTGCTT
GGACACAAAGACGAGGCCCTGAAAATTGCTGCAGCATTTGCTCTGGAGAGGCTTTCTCTGAGCTTTAAAGTCCGCAGATCAATAGAATCACATGGTGCCGTGGATCCCTTGGTATATATTCTGAAGGAAGATGTCTTCTCCAATAACCTTAAAGAAAAGGTTGTCACCATACTGGCCCGGTTATCACAAACTGGTGAAGA
AGTGAAAGTCATGATTCAATCTCGAGCGATTCCTGGACTACTGGATATCATGAACTCAGAAAACACAACTGCAGAGGCAAAGACTGAAGCAGAGGGTGTTCTTGATGAACTTTCAGCAATGAAGTTTAGAACCAGATGAGTTAAGCAATGATGAATTAGAGTGCATATCAGCAGAAAAAGAAGAAATATGGTCAGCCATG
GGTGCAGCTTCTCGATTATTAATTAAACTTCTTGGTTTTGAGGGCATTTGTAATTCCATAGAATGTGAACACTTTGTCTGTGTACTACGTGGTATTCTCAAATCTACCATTCCTCTCAATGTGAAAGACTGGGTTGCTGCTTGCCTTTTGAAATTAGGTTTAGTTGGTATGGCATCAGATCTGAGCTTTCCTATTAACTT
GGAAGTAACTTTACATGACACCATTCCAAAACTGATCGAGGGGGTTGGGGTTATGTCGCCTCCAACTACAAGGGAAAAATCTGTTGTAGAGCTACACAATATTGTGTCTCAAGGTGTTGTGGATTATGCTGTAGCAATTGCTAACAGAGGTGCCATATTTCCACTTGTTAATTTGCTTGATGAAGGTAGTGAAAGGGCCC
AAGAAGCTGCCCTTGCAATCCTTTACAACCTTGGTATGAATGACGAGAACCATCCTGCAATAGTAGCAGCTGGGGCAATTCCACATTTGGAACGATTAGTACGTTTAGAGAGATCTGAATGGAAGCTTGCACTGTATTTATTAAGGGCACTTCAAATATGACAAACTTATAATTCAAATTTCGGACCACATTGTTAGTAT
CGGAAATTTTTGGGCTTCAATATCATCTCTGTGCTGTTGCTAATAGCTCTCTGAGTTATTGATGTTTCATCTTTAGGCATATAGTGTTCAGACATTCCACATGTAATGTCGGCATTTGTTCTTTTGCTTCTTCGTTTGACATCAATTTCATTATACATTTTATATAACGGATTGGAATTGAAGAAAACCAACACCATATG
CTTGGACATTAAAAATGGAATATACCTATATTATAAATTTATACCTCAACATATCGCGGGGCTGATTCTGGAATCGGGTTCTTTATATTTTCTAGATTAGTATTTGATCTAGCCGAGTATATTGTCCAGTATGTTTTACTGATTGTATACTTTTACTGATTGTATACTTTGTATGTATTTTGGCAAAGACAGTATGTATT
ACTGTTTGTATACTTTGTATGTATTTTGGCAAAGACTTTTGGGGTATGTGGCATTTCTATTTTGGGGCCATAGTTTTCTGCTGATGATCATGTACTCTTTGATTCAGATTTTTGAATATCAATAGTATGCTTTTTTTCGTGG

>TRINITY_DN45052_c1_g2_i7 from sample A10 / Example unspliced isoform:

CAATGACTCTGTAAAAGTTTAACTTCGATTTTTAATTGTTGAAAACAGGAAACACAAATATACTAAGAGCATGCTAATCTGCAAACATGTCATGTCTTTCACGCATGACGAATGATGTTTGGAAATCCCAGAGATTATCGAGAACAGGTAGCGGATAAGGGCGGGAGTGAGAATGGAGTTGATTTTGGCTGGGAATTTAG
AGGGATGGAGTCCATTTCATCATGGAATCATGAAACCCACGACATCTGCACCTAAAGTAAGAATCTCCTCCTGCTGCTGCTACACCTCCAGCGACAGACACAGAATAGCTGCTCCCAAAAAGCGGTGGAGCTTAGGATCCCCCACTTGGAACCAATTAGCGACTCTCCGGTCAGGGTGGTCATCTATTACCAGGACGGGT
GGCTTCAGTGGCAAGGCTGTTGAACATGGCAACTTGGAACGCACTCAAAGCAGCAGCAGCAGATCAGAGgttagtgccagttcccagtgccatccaatcttgattctctccattcagtcaggtctctgtcattctctaacagatgggatgcgtgcttcagccttccatttttacgtagctttctgtttccgggtcggggc
agggcgccggtatctattatgttcgtggaagcgaatttactacatgggttttgaaaccatgacctattgttgacaattgccaccgttaaatgagttgaactatttcaccattgcctacttattcttattttcattcgtccatctactcttggttaccttattatctttttagcaattaaataaaagtaggagtgggagta
ttgctcactgggctggacctaatgatgacgcaaatataatttgtaatgattaattgttgcagtgggttacagagattcttgatatctttttctttctcgaatttttcttggatcttcccttacccacttttgttgcggtgggcgtcgagggatgctacggccggaggccgcaactatttagactagttacttatactaga
gcaaccgaattctgtgtaaaataccccaattggattctgtacagaataccagGACTTGAACTTAAGATTGGATGGTGGAACTGGTCTTGAAGAAGGTTATGTAGGATTGTTCATCAGATTGCTTGGCCTAGACAATGCTCCACCTGACAGGGATCAAGCAATCAAGACACTTTGGCAACATTCAAATGGAGGAAAACAGT
TTGTTGATGAGATTGTCAAGTTTGATGGTAGTGTTATTCTGACTGTTTGCCTTCTTTCATCAGACATGCCTTCAACTGCAGAAGCAGCTGCAGGCCTTTTACGGAATATTTCTTCAATCAATTCTTACAGGACACTAGTTGCCAAAGCTGGAGCAGTTGAGGAAATTGCTGGTTTGTTGACTAGACGTTCTTTATCCCCA
GAGGTAAAGGAGCAAAGTATGTATGTCCTTTGGAATTTGTCAGTTGATGAGAAGCTCAGAGCAAAAATGGCAAATTCAGAACTTCTGTCAGCCCTTATTCAGGCACTCGGTGATGACAAAGTTGGGGTAAAGGAGGCAGCAGCTGGAGTCTTGGCAAATTTAGCCATGAGTGAGTGTAATCATTGCGTCATGGTGGAAGC
CGGGGTTATTCGAAAGCTGGCAAATCTCTTGAAAGACAGTAAAAATGCATCAAAGGTTGTGAGACGAGAAGCAAGAAATGCCTTACTGGAATTAGTGAAAGACAGTTATCACAAGCTTCTTGTTATAGAGGAAGGTCTGATTCTAGTACCTTTGATTGGTGGAAGTGCATTTAGATCCTTCAAGTCTCCTGTTAAAGATG
CACCTTTACCTGAGGGTGTGAACCTTAAAGAAGTTTTTTCAACTCCCTCTAGATTTGGGTTGAATGTTAAGTCTGTTGGGCATGGACTTGATGAGACATCGAGGATAGCAATAGAGGTGCAAGGGCAGCAGCAGTTCCTTGCACAGTTTGGAGTTTTGGAAAAGGATGAAGGAACCAAACCTCATCTATTGACTGCATCA
GAACCGAGGGTTACTCTTATGCCATGGTGGGATGGGATTGCTCGCTTAGTTTTTATACTTGTTCTTGATGATTTGTCAGCTGTTGAATGGGCTGCATATTCAATTGCTGACATTTCCATCAATGAAGAAATGCGAAATGCAATACAGGAGGCTGGAGCAATTCCACACCTTGTACGGTTGCTTGGACACAAAGACGAGGC
CCTGAAAATTGCTGCAGCATTTGCTCTGGAGAGGCTTTCTCTGAGCTTTAAAGTCCGCAGATCAATAGAATCACATGGTGCCGTGGATCCCTTGGTATATATTCTGAAGGAAGATGTCTTCTCCAATAACCTTAAAGAAAAGGTTGTCACCATACTGGCCCGGTTATCACAAACTGGTGAAGAAGTGAAAGTCATGATTC
AATCTCGAGCGATTCCTGGACTACTGGATATCATGAACTCAGAAAACACAACTGCAGAGGCAAAGACTGAAGCAGAGGGTGTTCTTGATGAACTTTCAGCAATGAAGTTTAGAACCAGATGAGTTAAGCAATGATGAATTAGAGTGCATATCAGCAGAAAAAGAAGAAATATGGTCAGCCATGGGTGCAGCTTCTCGATT
ATTAATTAAACTTCTTGGTTTTGAGGGCATTTGTAATTCCATAGAATGTGAACACTTTGTCTGTGTACTACGTGGTATTCTCAAATCTACCATTCCTCTCAATGTGAAAGACTGGGTTGCTGCTTGCCTTTTGAAATTAGGTTTAGTTGGTATGGCATCAGATCTGAGCTTTCCTATTAACTTGGAAGTAACTTTACATG
ACACCATTCCAAAACTGATCGAGGGGGTTGGGGTTATGTCGCCTCCAACTACAAGGGAAAAATCTGTTGTAGAGCTACACAATATTGTGTCTCAAGGTGTTGTGGATTATGCTGTAGCAATTGCTAACAGAGGTGCCATATTTCCACTTGTTAATTTGCTTGATGAAGGTAGTGAAAGGGCCCAAGAAGCTGCCCTTGCA
ATCCTTTACAACCTTGGTATGAATGACGAGAACCATCCTGCAATAGTAGCAGCTGGGGCAATTCCACATTTGGAACGATTAGTACGTTTAGAGAGATCTGAATGGAAGCTTGCACTGTATTTATTAAGGGCACTTCAAATATGACAAACTTATAATTCAAATTTCGGACCACATTGTTAGTATCGGAAATTTTTGGGCTT
CAATATCATCTCTGTGCTGTTGCTAATAGCTCTCTGAGTTATTGATGTTTCATCTTTAGGCATATAGTGTTCAGACATTCCACATGTAATGTCGGCATTTGTTCTTTTGCTTCTTCGTTTGACATCAATTTCATTATACATTTTATATAACGGATTGGAATTGAAGAAAACCAACACCATATGCTTGGACATTAAAAATG
GAATATACCTATATTATAAATTTATACCTCAACATATCGCGGGGCTGATTCTGGAATCGGGTTCTTTATATTTTCTAGATTAGTATTTGATCTAGCCGAGTATATTGTCCAGTATGTTTTACTGATTGTATACTTTTACTGATTGTATACTTTGTATGTATTTTGGCAAAGACAGTATGTATTACTGTTTGTATACTTTG
TATGTATTTTGGCAAAGACTTTTGGGGTATGTGGCATTTCTATTTTGGGGCCATAGTTTTCTGCTGATGATCATGTACTCTTTGATTCAGATTTTTGAATATCAATAGTATGCTTTTTTTCGTGG

Intron 13 GTATTTACAA ... TACTTGTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	61.76	13	10	21
A2	42.42	19	5	14
A3	50	8	1	8
A4	50	2	0	2
A5	-1	0	0	0
A6	61.22	19	4	30
A7	31.34	46	12	21
A8	51.22	60	13	63
A9	50.7	35	4	36
A10	35.71	18	2	10

>TRINITY_DN129458_c3_g1_i19 from sample A1 / Example spliced isoform

GGGTTTTTGATTTGATGTTTAAGGCAGATTCATAGATCAAGCTTCTGCTGGATATTGCTCGATTAATATAAAGGCATCTCAATGGTTGTTTACAAAAGCTTTCTCTAACTTTGACGTTGCTCTTTGTAGTGAACATGGTCCAAGGGAAAATGCTAAAGCAACACCATCAAATGCTGTGGTAGGCATGATAGATACAAATG
CTGTAGATGTTGTTATTCTATCGAATGGTCCCGGGGAAGTTGTAACATGGGTAAAGCCTGTAGTACGTGCCTTAAGGCAATACTTCAAGGCAAAAAGATCAAATATACGCATCTCGGTTCTCCTATGTCCATGTCCTCATGCCTCAGGTGAAGAAATGAAAGTCATCCAGTCTTTTGAAGAAGTGGATAGATGTCTTGTG
GTCTTGGGTAAAAAACTAGGTTACAGGACCATCATTTATTGTGAAGACTGTGTGCGATGGCCATGGTTTGCATTTCCAACTTTTCATATAATTTGTTCTCCACAGTAAGGATTGGGAAAGATTTGTGATTTTCTAGAGAATTTGCTAGATGATCAGATGATGTCCCAATATTTTATGATTTGATTTTCATTGTTAATTAT
CAATACCTTCTTTTTCTGTCAATTACTAGTCTGGTGGATATATATGCACTCCCGTCACAGAGTATGATTGAAAATGTACCTCAGTGGGCACAGAGTACCTGTAGGGTAGTTGGTGATCTTTCTCGGGATGCAGTTTACAAGTCAGAATGTTTCGACTCAAGTGAAGCATTAACTGAGGTCACCCCAGTTTTTGGTCCGAA
CGATAACTCTGAGTCTATACCAATTGTGGGAATTCTTCCAGGTTCTAAGAATGTAAAGCTCTCTATTGGACTGCCATACTTCATGGCAGTAGCAGAACACATACAAGAGAGAATGGGGAAAAATGTTCGTTTCATATTGCCTTTGGCACCAACTGTCACTTTGAGCAAGCTTGAACAATATGCCGACCCAAATCAGAACA
AGTTTATTTCAAAATTTCAATGGGGAAGTGGAGAGCTTGTCATGGCCACCTCAAATGAACACTCTAGCATGATTGCAAACTTAGTGTCAGAAAAAGGATCACGGATTGAGATTTGGCAAGTTTTTCCACCTTATAAGCTTTACAAAGAATGCACATTGTGCCTCACAACTATTGGCATCAATACAGCAGAACTTGGCTAT
CTAGGAGTTCCCATGGTGGTGGTGCTGCCAACACATATACTTCAGGTTTTCAGGGGTGCCACGGGAGGATTGATGGGTCTGTTGCTAAAGGTGCCTGGAATGATTGGAGATACGGTTGCATATTTGATGAATTTTATGAAACTAAAGACTTTTGGATTTGTTTCATGGCCAAACCGGTGGGCAAAGGAAGAAATCATTCC
TGAACTTATTGGTCGTATTAAACCAAAGGACGTTGCCATAAAAGTCATCAAGCTTCTTGAATCTCCAAGCACATTAAAAAATATGCAATCAGATTTGTTGAGAGTGGGTAATGAACAGAAGCAGAAGCTAAAACTCAATGAAGTAGAACATCAAGATGGGCCAGCCATTGCCATTGCTCGCATTGTTGATGATTTGGTGA
ATACCTGATCTAATAGGTTTAAGCAACCGAGTTCTTAAACAAATAGAGGGTAAACCAAATCAATACATCCTTATGTATATTCTTCAGGTGGCTGTGTATACATGTATCTTTGGACAACATAAATAGCGTGGATTTGGAGCCAGGAGAATCTCTTCCCAGACAGAGATAACGAGTAAATTCAGTATTGACAGTTGATAGAA
TAATTTGCAACCAGATTTAGGTTTCCCAGTTTATTTCTAGGAAATATAATATGAGCTGGGTGAGAAATTCAGAGCTATCTTAAGTGATTTCTCTTCAGAATTGGTGGCGCATAACCAAACTTAAAGAAAGGATTACTGTGTTGTAAATTTGTAACGTCACTGCACGTGGAATAATAAAGAATTCATTGTAATTTGAATAA
GAAATGCAAAGAATGATGTTCTAGCAGTAAAGCATTGCATGTGAGAATTTGAAAAAACAATCGTTGAAATGCTGAGATTAACCATACTTTTAACAGTAA

>TRINITY_DN129458_c3_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGGTTTTTGATTTGATGTTTAAGGCAGATTCATAGATCAAGCTTCTGCTGGATATTGCTCGATTAATATAAAGGCATCTCAATGGTTGTTTACAAAAGCTTTCTCTAACTTTGACGTTGCTCTTTGTAGTGAACATGGTCCAAGGGAAAATGCTAAAGCAACACCATCAAATGCTGTGGTAGGCATGATAGATACAAATG
CTGTAGATGTTGTTATTCTATCGAATGGTCCCGGGGAAGTTGTAACATGGGTAAAGCCTGTAGTACGTGCCTTAAGGCAATACTTCAAGGCAAAAAGATCAAATATACGCATCTCGGTTCTCCTATGTCCATGTCCTCATGCCTCAGGTGAAGAAATGAAAGTCATCCAGTCTTTTGAAGAAGTGGATAGATGTCTTGGT
CCAGACAGGTTCTTGCAACTGGTGTTCCTTGGTGATGTTCAAGAAGGTTGGGAGTGGAGAAAGAAAGGTGTATGCATATTTTTGGGTGGAGATCAGTTCAATGCAGTGGTCTTGGGTAAAAAACTAGGTTACAGGACCATCATTTATTGTGAAGACTGTGTGCGATGGCCATGTCTGGTGGATATATATGCACTCCCGTC
ACAGAGTATGATTGAAAATGTACCTCAGTGGGCACAGAGTACCTGTAGGGTAGTTGGTGATCTTTCTCGGGATGCAGTTTACAAGTCAGAATGTTTCGACTCAAGTGAAGCATTAACTGAGGTCACCCCAGTTTTTGGTCCGAACGATAACTCTGAGTCTATACCAATTGTGGGAATTCTTCCAGGTTCTAAGAATGTAA
AGCTCTCTATTGGACTGCCATACTTCATGGCAGTAGCAGAACACATACAAGAGAGAATGGGGAAAAATGTTCGTTTCATATTGCCTTTGGCACCAACTGTCACTTTGAGCAAGCTTGAACAATATGCCGACCCAAATCAGAACAAGTTTATTTCAAAATTTCAATGGGGAAGTGGAGAGCTTGTCATGGCCACCTCAAAT
GAACACTCTAGCATGATTGCAAACTTAGTGTCAGAAAAAGGATCACGGATTGAGATTTGGCAAGTTTTTCCACCTTATAAGCTTTACAAAGAATGCACATTGTGCCTCACAACTATTGGCATCAATACAGCAGAACTTGGCTATCTAGGAGTTCCCATGGTGGTGGTGCTGCCAACACATATACTTCAGGTTTTCAGGGG
TGCCACGGGAGGATTGATGGGTCTGTTGCTAAAGGTGCCTGGAATGATTGGAGATACGGTTGCATATTTGATGAATTTTATGAAACTAAAGACTTTTGGATTTGTTTCATGGCCAAACCGGTGGGCAAAGGAAGAAATCATTCCTGAACTTATTGGTCGTATTAAACCAAAGGACGTTGCCATAAAAGTCATCAAGCTTC
TTGAATCTCCAAGCACATTAAAAAATATGCAATCAGATTTGTTGAGAGTGGGTAATGAACAGAAGCAGAAGCTAAAACTCAATGAAGTAGAACATCAAGATGGGCCAGCCATTGCCATTGCTCGCATTGTTGATGATTTGGTGAATACCTGATCTAATAGgtatttacaattttctttgaccgattctcttggtcctgac
catgcaattgttttatatctctttatttatttatgatttcttaaaataggaattgacaggaatccagattatgaagctcaagcaagtggctaatgtgttttgctgctaactgttattcctctgagtgggctggccatcctgtaagaacctggattaccattctaaggggaaaatgtctgtactttttgacatattagtgt
ggtctatagggagcaagcaatacttctggaaaatggaggaatctgtggatcactttttctaaactgcttattctgaaggttcattttttacttgtcagGTTTAAGCAACCGAGTTCTTAAACAAATAGAGGGTAAACCAAATCAATACATCCTTATGTATATTCTTCAGGTGGCTGTGTATACATGTATCTTTGGACAAC
ATAAATAGCGTGGATTTGGAGCCAGGAGAATCTCTTCCCAGACAGAGATAACGAGTAAATTCAGTATTGACAGTTGATAGAATAATTTGCAACCAGATTTAGGTTTCCCAGTTTATTTCTAGGAAATATAATATGAGCTGGGTGAGAAATTCAGAGCTATCTTAAGTGATTTCTCTTCAGAATTGGTGGCGCATAACCAA
ACTTAAAGAAAGGATTACTGTGTTGTAAATTTGTAACGTCACTGCACGTGGAATAATAAAGAATTCATTGTAATTTGAATAAGAAATGCAAAGAATGATGTTCTAGCAGTAAAGCATTGCATGTGAGAATTTGAAAAAACAATCGTTGAAATGCTGAGATTAACCATACTTTTAACAGTAA

Intron 14 GTATGTAGAC ... TTGGTCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	68.42	6	22	4
A2	43.48	13	12	8
A3	78.57	3	17	5
A4	58.33	10	23	5
A5	45.45	6	7	3
A6	32.87	48	40	7
A7	33.91	76	54	24
A8	34.05	61	33	30
A9	27.62	38	18	11
A10	33.33	69	35	34

>TRINITY_DN42683_c1_g1_i12 from sample A9 / Example spliced isoform

AGCTGACTTCGTATAGTTTGAGCCCTCGCATTGGTTGACAGGTTGTCTGATTTGAAAAGTGGTTCAACATTCCCTAGGGTTAACGGAATGCATGGAGCAGCATTGAATGTTGAAGTACGTGGCTATTTATAGTAAACTTCTCGATTTTCCACCCTAGTGAAGCTCAATTTCACTATTTGTTTCAAAGAATTGTGCCATCA
CCCGCCTGTAGCGTGCATATGGAGGTTTGGAAACTGTTTGATTGTTCATCTCAGGAGGGTTTTGAAAGCATTGAAAGGATTGAAATTTTAAAAGAAGAGCTATCAAATGAGTGACTTAGTGGCAATGAATTTTGATTATAAGCTCGTACTGTCAAAATACATGATACAGAATGACTTGACATGCACAATCTTATTGATAT
TGTTTGAGGGTCGGCTTTATTGATTTTCTATTTCATTCTCAGAATTTCTTTTAAAAGAAATGATATTGTTGCAAGGTTTGCAACAATTCTTCATTGATCAAGGTTTATTTGGATATGGAGTTTGGTTTAGTTGTGGTTGAGGAAATTGAAAGTGATTATTCTGTCATTATATTATTGGCATGTTTAAATGATGAAATAAG
TGAAA

>TRINITY_DN42683_c1_g1_i2 from sample A9 / Example unspliced isoform:

AGCTGACTTCGTATAGTTTGAGCCCTCGCATTGGTTGACAGGTTGTCTGATTTGAAAAGTGGTTCAACATTCCCTAGGGTTAACGGAATGCATGGAGCAGCATTGAATGTTGAAGTACGTGGCTATTTATAGTAAACTTCTCGATTTTCCACCCTAGTGAAGCTCAATTTCACTATTTGTTTCAAAGAATTGTGCCATCA
CCCGCCTGTAGCGTGCATATGGAGGTTTGGAAACTGTTTGATTGTTCATCTCAGGAGGGTTTTGAAAGCATTGAAAGgtatgtagaccgacaatatactctatatcaaataatgaatatgcaagatagtttatattggctctagttgaccagcatattgcttggactactgttaatatgcttgaaataaatgatttggat
ttaaatttgatggtgtttttcatagttgaaatgttggtaaatgtctgtatacaatatgaaatattggtcacagtcattgtttggcttgaaagcatcgttggttgagttactgatttagaaatgagtttactgatgttgcataaaagagtttaaaaccctccctgcttggtgcagactatttcatttcatgtacaaactat
tatgagacactgttgaagaaaattgttgaaataaactgttgagggtttgtacgtcattgtcattttgaaatacagtcaatcattaagtttatacgatgactaacagtttttccctctcgacttacgagagttggtcactattacttgattttaggaatcttaaaaccagtttcacgcctcagtaagcaaatgcttgaatt
cgatccattgtccatactttcaagcaaattttagggtttacatttgaccgctccttagactatcaaaagcttggttcagtgtttcatgagcccaatggtatgaattggttgtttaaccaatggtattgttgatttaaaatcctctcattcaaaaaatgaagaagacctaaatttatttgactaattttgaagctcaaaga
ctactggaagtattcatcctgtcgacccaagattctaacctcaaattgtcggaagttttgatgacatgattgtcaaagagttggtttcaattttgaacctaaagtcataagttatctccagtaactcaaaatatcataacttggttttacttacggcgccctaatgcattatctcgaaagcctttagggttttgtttgat
cagagaaatgaataagcattgatgttgttggttacatgagttgcaaagtatgtggcgcatattgtgttagactttctcaatgattgtttgaagggatttgctacaagttgatgaaaaataagtgttgaaattgcactcaattttttagttgattatatatgcattaaaaagtcgttacataattgaatataagctcaaat
gtgaattacaagaatctttgaatataagctcaaatgtgaattacaagaatctttgaatataagctcaaatgtgaatcttagttgatcataagattgtattggaatggctgttcataagaaattgtcttggctttgttttgaaataagaacttgagcttaaagttcaaacattcagtttgttttgcatggcaaaatcaaag
acttgcatgcttccatgaaagtttattttgatttcaagtcataagaaagattgtacgcaagtcttgaaggttattgtttattcagtcacttggaattttgttggtcacagGATTGAAATTTTAAAAGAAGAGCTATCAAATGAGTGACTTAGTGGCAATGAATTTTGATTATAAGCTCGTACTGTCAAAATACATGATAC
AGAATGACTTGACATGCACAATCTTATTGATATTGTTTGAGGGTCGGCTTTATTGATTTTCTATTTCATTCTCAGAATTTCTTTTAAAAGAAATGATATTGTTGCAAGGTTTGCAACAATTCTTCATTGATCAAGGTTTATTTGGATATGGAGTTTGGTTTAGTTGTGGTTGAGGAAATTGAAAGTGATTATTCTGTCAT
TATATTATTGGCATGTTTAAATGATGAAATAAGTGAAAGAACAATGTTGATTACTTTAAATAATTATGTGTTATGTTATGGAGACTTTCATAACATAATTTTGGTTATTGAAACTTTGGTTAATGAATAGAATGAAATTCATTTTGGAGATATATAGGCTCATAAATTGTCATTAAATGAACATATGCACTAAACATTAA
ATGATTGTGGGAATGTTAGATCCATGATGAAGACTTTCATGGATGAAGCTGGCAGTGATGATTATCATGATGGATGAATACTGTTTGTGATAATTGGATGTTGTTTTGACCGTTGAGGTTATTGGATAATTTGAACATGTATCATTTGTCATTCCCCTCATTAGCTTTCACTAATTTGTTCATTCACTCACTATCATTTT
CCCAACAGACCTTTTTCCCATGTTCAAAGAGAAATAGTCGAGAGATATAAGTGATTTTTAGTTTGAAAATGAAATAATTTCAAACAAGCTTGATGTCCCATCACCCTGTTTCCTTGAAAAATATGATTGCATGCATGATTGTTGTTTTAGTACAGAGCCATTAATAGATTATCCAAATTGCAAATTTATTTGATATATAT
TCTTATTGTTATGTACATGTACTGATCATGCTCTTCATGGCTATAATATATATAGATGAATTTCTTCAGCAGGGAGGTAACAGAGGTAACCGAGGTGATAGAGGTAAATGGGGAAGAGGTCAGCAACCTCCTTGGCAAGGAGGAAGAAATAAAATGTTAATATTTTTAATCGATTTCGATGTTGATTCAAAGGAGTTTAA
CCAACTTCTCCATGCTAGTTTCTTAAACCTAGCTGGCCAAGTCCATTTCCCAGCTGCCAAATCTTATGTTAGGCCATCCCCATATTCTCATCGGAGCATTATTGACATATCTGTACCTCCACATGTGTCTATGCAACCTGAACCCCAAAACAATGATGGTTGGAATCAACTTATTTGTAATTAGCCATCTGGTGTTCGTG
GATGGCCCATTCTTTCACTGCCCTTGCCTCCACCACCACTTGAGCAGCATGATCACCGAGAAGCTTCAGTTGCATCTCAGGCCCAACGTTTACAACTCATTGATGAACCAAAAGCCTCACCTAAACAATCACTCACAACCAAAGGAAAAAGGCCTGGCAAATCTTCCAAGTCTAGTTCTTCTAAAGCTTCCTCCCATTCT
ATTACATCCCACCCCATATTGCTAGAAGCCAATACTGGAGCAAGAGACATCACTCTAGGTGATGTACAGTTGGCAAGTCAAGGGGCGGAATCAACTAGACAAAGAGAACAGTCAGGCAAAAAAGACACTTCACAAGGAAGTGGACAAAGGCAGACCGCTTGTCATAAAGCATATGGATTTTGATGAAGTTCATAATGTTT
TGACTGGTGGATGTATCTTGACTGTGTTTGAGTGATGGCAGATTTTTGGACATGTTATCTTTCATTTTTGACTTATTAGGAAGGCATGAAGGATATAATGAAATACTTCTTTATTATTATATTTCATGTTTATATTTGTGACAGATGTTTTGGCTTATCATATGCTACTTTCTTTGGAGAGGCAAGGAGAATATCCGGGA
TTAATAAAATATATGAAAGGGGTCCCACCTATTTATATTATATTTTATTTAAATAAACTTGACTTAGTTTATTTATCCTAATTAAAGTATCTTAACTAAAAAGTAGTTTCCAACTACCTCAACTTCTTATTCAAAGATAAAAGGAGAGGAGAATGAAGGAAAGAGGGAAGAGAGGAAAAGAACTCTGAGAAGAGAGGAAA
AGAACTCTGATAAAAAAGGTTTTCTCTTGTACAAAGAGAGATATTATCTTTCATTTTCTTTTCCATTTCTGTGTTATTACAGAACTGAGATTTTCTTGTTGATAGCAGGAAGTGTTGAAGGTGGCAAATAAGAATCGAGATACATGTGACTACCTATTAAGAACCTATTAAGAGAGTGGTAGCAGAGCGGTTAGGGTTTT
CAAGGCCTGGTTGCCATGTCCAAGATGAGACTGGTTGTATGAACTAAAAAAACCTAAGCGTGTTAATGTTGAGGAGCCGTGGGCTACGTTGAAGTGATGTGTGATCTAGATGAGCTTATCTGTTAGAAGCTGTCAAGGTCGTGGAACTACATCAAGGTAACATGTTGCTTTCATGCTTCTTTTCCCTTGAAGAGATTGAA
CACGAGGAAATCTCTGGAATCATACTCCAAGAAAATCCGTGCCCTAGCCTATTAGCATGGCAGTGAAGATGATCTGCGGAAGTTAATTAAGTCTCTTCTTTGTTGTGGAAATGTTTTGTGTTGATAAGGCAATGCCTTACCTTCTCCTTCTTTCTAGTTCGACGCCCCCCTAATAGGCCACGTCAAAGTGAGTCTTCTGC
TCTGCCACAATGGTGATTTATGTGCATATGACTATTTCGTTGGACCGGTTATAACATCATTGTCATAGGCGGTGACAACTCCATCTCTTACTGCAAAAATTCTGGAAATGCTTTTGCTCACCTCAAATGGTGAGCCAAAGAGAAAACGTTTTTATGAGAATGCGCACTGCATTTGCAACTGACCAAGAATCAAATAATAA
GTGCATGAAAAGAAGCATTTTCCAAGTCGATAAGCAGAACAATTAATAGTAGAGTTTATCTTCGATTGCGAGTCCCGATTTCTTGTGTCGACTATCCTGACTGCATATTAGTCCACTGCTTTACTAATGGAGATAATACATTGTTGCATTAATATGTAAATCTTGCAAAATTGTTTGAATAGTTTTATCTCACAAAGAGG
AAAATTGTTGAAGACAACCAAGCTAAAGCATTCACCCAGTAGAGAACGATCTATCAAGAAGCAAAATCAATGTGTCGTCATAAAATTTAATGTCGACTTGGAGAAGCCATCGAATCATTTTGATGTTGACCAAAGCTTACCCGGTTGGAGATTATACGTTGAAGCCTATAGTAGAAATGTCAAGATGAACGCAAAGGCCA
CAGAAAAGAGAAAGGATTGTGCCTACCCGGACCAATTAATATTTTTGCTACATTTAAAGAATTGTATCTAGTGATCATGTCATTGTTCGAGGAGTAATTACATGGAAGAGCGTGAAGGAGTCGCTAAAACAAACTGCTGGTAACCTGAGTAAGAGCCACTGAATCTGTTGTCATCTTCCTCGATCACTGAAGCGTCCAAT
CCCTAATCTCAAATCTGAGCGTGCATGGAAGTATCTCTGGAGTCACCATAAGCTGTAGTAAAGATTGGGAAGAAGCGCGTGAATAAGTTCAAGAGGCCTCAGAGCGATCGTTGCATCACTGTCAAGGAGAATTGGGTATTATTTGTGAGGAGAAATTCAAGGACGTTCTGTACTAATATTACACACAGCATTTCAATATT
GAAGAGGAAAGGAAGACTGTGTCGTTGTTTCTCTCTCAGGTCTCATGATATTGAGGTTTGCTTGGCAATATTTACATTAACTGCAAACCCTATGCATAGTAATACAAATGTTGAAACATGATAAATTGTTAGGGTTTGATCTGTGATTCGCCCTGCTAATTTTTGCAAAATTTGCGCACACAGATTTTTGCTTTCTCAAG
TTAAATTATTTGCAAACAGTTCTTTTTGCAATTGTAAGAGTTTGACGTAGAATCCATATATTGCCCATACAATGAACTGATTGCATTTCAGGTTTTAAAAAATGTATTCACTTGTATCTATTGTTGCTGGTGTTTGGAGTCGCTTGCTTGACATAATAAAGATAAAATGTGGGATGTATATGTCTCCACCCGTGATAAAT
ACGCGCAGAAAGAAGAGTTTTGAGGAAGCATATCGAAAAAGCAGTGGCCTTGATCTGCATTTCAAGAAGAAACGAGGTTATAAAGGATATTTTTTATGAAATGGTGTTGACCTGCAAAAATATATTGTTTAGAACAAATTTAAAGCTTTAAAGGGGCACTTGTTCGTTGCAGAGTGTGCATTGCATCTTTCAGTTGGGCC
TGGTCGCAGAGGTCTTTGATGGCGTGATTGATGGCATGATTGGAAGTATTGTTTGAATACGATTGTTGTTGTAGTGTAGGAGCAATAATGGTAGTCTTCGTACAGTGAAGGCAAAGCACTTGCCTGGGATTTGGAACTACCTACTCCTTCTACGCAGTTCCTCCATTTGTTTTTTGTTTGAAGACGAGTATATACAGGTT
GATGAAGGTCAAGCCCTCAATGGATGAGAGGGCTGCAAATACAATTGTTTATATTGAGCACAATGAAAATATGGCCCAATAAGACTTGGGCAAAAGGTATCTAGAGTTTATTAAATACAACATAAGTTTTATTTTCTGTCCACGCATATCCCACATTTGGAAAGGGTTCAAAATCTTCCTTATTTGTATTAAAAGATATC
CCGACTTATGTTAAAAGATGTGGAGAGGTATATCAACAAGTGTTGATGGGTGAAGTAAAATTTCTTCATCAATAATCACAATGTTTAAACGAGTGATGTTTTGATGTATTTAAACATTGTAGGTGACTGATAACAATGCTTAAACGAATTATAATGTTTAAACGAGTGATGTTTTGATGTATTTAAACATTGTAGGTGAC
TAATGACAATGTTTAAACGAATCATAATGTTTAAACGAGTGATGTTGATGTATTTGAAC

Intron 15 GTTTGCATTT ... CAATTACTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	17.67	18.7	5	3
A2	19.52	15.5	2	5
A3	17	20.2	3	5
A4	12.42	21.2	3	3
A5	23.08	5	0	3
A6	8.6	16	0	3
A7	9.76	43	3	6
A8	13.96	22.2	4	3
A9	17.09	27	2	9
A10	15.38	36.5	7	6

>TRINITY_DN129458_c3_g1_i14 from sample A1 / Example spliced isoform

GGGTTTTTGATTTGATGTTTAAGGCAGATTCATAGATCAAGCTTCTGCTGGATATTGCTCGATTAATATAAAGGCATCTCAATGGTTGTTTACAAAAGCTTTCTCTAACTTTGACGTTGCTCTTTGTAGTGAACATGGTCCAAGGGAAAATGCTAAAGCAACACCATCAAATGCTGTGGTAGGCATGATAGATACAAATG
CTGTAGATGTTGTTATTCTATCGAATGGTCCCGGGGAAGTTGTAACATGGGTAAAGCCTGTAGTACGTGCCTTAAGGCAATACTTCAAGGCAAAAAGATCAAATATACGCATCTCGGTTCTCCTATGTCCATGTCCTCATGCCTCAGGTGAAGAAATGAAAGTCATCCAGTCTTTTGAAGAAGTGGATAGATGTCTTGGT
CCAGACAGGTTCTTGCAACTGGTGTTCCTTGGTGATGTTCAAGAAGGTTGGGAGTGGAGAAAGAAAGGTGTATGCATATTTTTGGGTGGAGATCAGTTCAATGCAGTGGTCTTGGGTAAAAAACTAGGTTACAGGACCATCATTTATTGTGAAGACTGTGTGCGATGGCCATGTCTGGTGGATATATATGCACTCCCGTC
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>TRINITY_DN129458_c3_g1_i19 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGGTTTTTGATTTGATGTTTAAGGCAGATTCATAGATCAAGCTTCTGCTGGATATTGCTCGATTAATATAAAGGCATCTCAATGGTTGTTTACAAAAGCTTTCTCTAACTTTGACGTTGCTCTTTGTAGTGAACATGGTCCAAGGGAAAATGCTAAAGCAACACCATCAAATGCTGTGGTAGGCATGATAGATACAAATG
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