sp|P51423|RL40_BRARP ----> Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein

Intron 1 GTATTCTGTG ... TTATTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	61.05	67	7	105
A2	58.29	78	9	109
A3	58.16	118	8	164
A4	57.93	69	10	95
A5	59.52	51	11	75
A6	60.64	322	7	496
A7	59.75	351	7	521
A8	59.05	163	7	235
A9	57.45	357	3	482
A10	58.13	368	14	511

>TRINITY_DN46834_c0_g1_i9 from sample A7 / Example spliced isoform

ATGGCCTCTTGAGCAGTTTTTGAGCAGTTTTTGAAACTTTAGTGTCCTGCAACATTTAAGGGATTTCACTAGTGATACAATCTTGTAGCTATGGCTGAGCTTTGTTAGGTCTTCTTCGTTGTCTTTATTCCGTTTTCAAGATGCAGATCTTTGTCAAGACCCTCACTGGCAAGACAATCACTCTCGAGGTTGAGAGTTCT
GACACCATTGACAATGTAAAAGCCAAGATCCAGGACAAGGAAGG

>TRINITY_DN46834_c0_g1_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:

ATGGCCTCTTGAGCAGTTTTTGAGCAGTTTTTGAAACTTTAGTGTCCTGCAACATTTAAGGGATTTCACTAGTGATACAATCTTGTAGCTATGGCTGAGCTTTGTTAGgtattctgtgctctttatatcgtcccggtcttctttgtttggtatggatccccagatttgtatttttctgccgttgcttttggaaaaaaata
aatccaccatacttttgataatttaggtattcattgtttttgtagatagatattgtttctctccgagaccctgctagtgtttctgtatttctgtccccgtgtttagtgtttaggtttttgtcgccaaccttgtaatggggttacactcttagtttcgtttggcgaagtttttttttttaatttctggctaaggcccagct
gtttagagctttaatcctggtgagagttcagatttatagcttttgtcagtgtaatgttagacatatctgagaaccttagggtttctttaaatcttttgtgggttcattataataattttacttaaggtcctgctaaagttcgacaggtgcctaatgacttttgtcatgtaaggttttgcttttatggttttattggattt
ttatttagtccaattcgagctatgttgtgatattctgtgctttccttagtgtaaatttagtccagttcagatttatattttgtaagtgtagttttagacatatctgagaactttttagggtttcgttcaatctctttgtgggttcatgataagaattttacttaatgtcctgcaaaagtttgacaggtgcctaatgactt
ttgccatgttaggttctacttgtggttttcctggctttttattgagtccagttcgagcttatgttatgatattctgtgcttttcttccctgcctccctttgtagactgttaatattttgttttcagggtcattgttagcgaaaatttcttttaaagtatacgtctgtgtctctattcttcctggtctaccatggtggtta
ttattcaatttatgataggtttctgtactggttttaagatgtatttgtctccaaatttgcttttatctcgtgctttttatagctctcttgattatttattttattgttgtgctagtttacgtgatactttgtggttaatgtattaccgtgacctctgattatttgcagatcttcttcagtgaccttttgattatttgcag


GTCTTCTTCGTTGTCTTTATTCCGTTTTCAAGATGCAGATCTTTGTCAAGACCCTCACTGGCAAGACAATCACTCTCGAGGTTGAGAGTTCTGACACCATTGACAATGTAAAAGCCAAGATCCAGGACAAGGAAGGCATTCCCCCGGATCAGCAGCGTTTGATCTTTGCCGGAAAACAGTTAGAAGACGGC

Intron 2 GTATTCTGTG ... TTATTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	51.8	67	7	72
A2	51.85	78	9	84
A3	51.44	118	8	125
A4	51.75	69	10	74
A5	54.05	51	11	60
A6	52.23	322	7	352
A7	53.26	351	7	400
A8	53.03	163	7	184
A9	51.36	357	3	377
A10	51.64	368	14	393

>TRINITY_DN46834_c0_g1_i9 from sample A7 / Example spliced isoform

ATGGCCTCTTGAGCAGTTTTTGAGCAGTTTTTGAAACTTTAGTGTCCTGCAACATTTAAGGGATTTCACTAGTGATACAATCTTGTAGCTATGGCTGAGCTTTGTTAGGTCTTCTTCGTTGTCTTTATTCCGTTTTCAAGATGCAGATCTTTGTCAAGACCCTCACTGGCAAGACAATCACTCTCGAGGTTGAGAGTTCT
GACACCATTGACAATGTAAAAGCCAAGATCCAGGACAAGGAAGG

>TRINITY_DN46834_c0_g1_i7 from sample A7 / Example unspliced isoform:

ATGGCCTCTTGAGCAGTTTTTGAGCAGTTTTTGAAACTTTAGTGTCCTGCAACATTTAAGGGATTTCACTAGTGATACAATCTTGTAGCTATGGCTGAGCTTTGTTAGgtattctgtgctctttatatcgtcccggtcttctttgtttggtatggatccccagatttgtatttttctgccgttgcttttggaaaaaaata
aatccaccatacttttgataatttaggtattcattgtttttgtagatagatattgtttctctccgagaccctgctagtgtttctgtatttctgtccccgtgtttagtgtttaggtttttgtcgccaaccttgtaatggggttacactcttagtttcgtttggcgaagttttttttttaatttctggctaaggcccagctg
tttagagctttaatcctggtgagagttcagatttatagcttttgtcagtgtaatgttagacatatctgagaaccttagggtttctttaaatcttttgtgggttcattataataattttacttaaggtcctgctaaagttcgacaggtgcctaatgacttttgtcatgtaaggttttgcttttatggttttattggatttt
tatttagtccaattcgagctatgttgtgatattctgtgctttccttagtgtaaatttagtccagttcagatttatattttgttagtgtagttctagacatatctgagaactttttagggtttcgttcaatctttttgtgggttcatgataataattttactgaatgtcctgcaaaagtttgacaggtgcctaatgacttt
tgccatgttaggttctacttgtggttttcctggctttttattgagtccagttcgagcttatgttatgatattctgtgcttttcttccctgcctccctttgtagactgttaatattttgttttcagggtcactattagcgaaaatttcttttaaagtatacgtctgtgtctctattcttcctggtctaccatggtggttat
tattcaatttatgataggtttctgtactggttttaagatgtatttgtctccaaatttgcttttatctcatgccttttatagctctcttgattatttattttattgttgtgctagtttacgtgatactttgtggttaatgtattaccgtgacctctgattatttgcagatcttcttcagtgaccttttgattatttgcagG
TCTTCTTCGTTGTCTTTATTCCGTTTTCAAGATGCAGATCTTTGTCAAGACCCTCACTGGCAAGACAATCACTCTCGAGGTTGAGAGTTCTGACACCATTGACAATGTAAAAGCCAAGATCCAGGACAAGGAAGG

Intron 3 GTATGGATCC ... TTATTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	60.34	69	7	105
A2	61.24	69	6	109
A3	58.57	116	10	164
A4	56.55	73	8	95
A5	59.06	52	12	75
A6	60.86	319	11	496
A7	59.82	350	9	521
A8	58.9	164	7	235
A9	57.66	354	3	482
A10	58.4	364	15	511

>TRINITY_DN46834_c0_g1_i11 from sample A7 / Example spliced isoform

GTATGGCCTCTTGAGCAGTTTTTGAAGCTTTAGTGTCGTGCAACATTTAAGGGATTTCACTAGTGATACAATCTTGTAGCTATGGCTGAGCTTTGTTAGGTATTCTGTGCTCTTTATATCATCCCGGTCTTCTTTGATCGGTCTTCTTCGTTGTCTTTATTCCGTTTTCAAGATGCAGATCTTTGTCAAGACCCTCACTG
GCAAGACAATCACTCTCGAGGTTGAGAGTTCTGACACCATTGACAATGTAAAAGCCAAGATCCAGGACAAGGAAGG

>TRINITY_DN46834_c0_g1_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GTATGGCCTCTTGAGCAGTTTTTGAAGCTTTAGTGTCGTGCAACATTTAAGGGATTTCACTAGTGATACAATCTTGTAGCTATGGCTGAGCTTTGTTAGGTATTCTGTGCTCTTTATATCATCCCGGTCTTCTTTGATCGgtatggatccccagatttgtatttttctgccgttgcttttggaaaaaaataaatccacca
tacttttgataatttaggtattcattgtttttgtagatagatattgtttctctccgagaccctgctagtgtttctgtatttctgtccccgtgtttagtctttaggtttttgtctccaaccttgtaacggggttacactcttagtttcgtttggcgaagttttttttgatttctggcgaaggcccagctgtttagagcttt
aatcctggtgagagttcagatttatagcttttgtcagtgtaatgttagacatatctgagaaccttagggtttctttaaatcttttgtgggttcattataataattttacttaaggtcctgctaaagttcgacaggtgcctaatgacttttgtcatgtaaggttttgcttttatggttttattggatttttatttagtcca
attcgagctatgttgtgatattctgtgctttccttagtgtaaatttagtccagttcagatttatattttgtaagtgtagttttagacatatctgagaactttttagggtttcgttcaatctctttgtgggttcatgataagaattttacttaatgtcctgcaaaagtttgacaggtgcctaatgacttttgccatgttag
gttctacttgtggttttcctggctttttattgagtccagttcgagcttatgttatgatattctgtgcttttcttccctgcctccctttgtagactgttaatattttgttttcagggtcattgttagcgaaaatttcttttaaagtatacgtctgtgtctctattcttcctggtctaccatggtggttattattcaattta
tgataggtttctgtactggttttaagatgtatttgtctccaaatttgcttttatctcgtgctttttatagctctcttgattatttattttattgttgtgctagtttacgtgatactttgtggttaatgtattaccgtgacctctgattatttgcagatcttcttcagtgaccttttgattatttgcagGTCTTCTTCGTT
GTCTTTATTCCGTTTTCAAGATGCAGATCTTTGTCAAGACCCTCACTGGCAAGACAATCACTCTCGAGGTTGAGAGTTCTGACACCATTGACAATGTAAAAGCCAAGATCCAGGACAAGGAAGGCATTCCCCCGGATCAGCAGCGTTTGATCTTTGCCGGAAAACAGTTAGAAGACGGC

Intron 4 GTGAGAGTTC ... AGTTTGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	52.82	92	13	103
A2	52.22	97	14	106
A3	50.67	147	10	151
A4	51.83	79	8	85
A5	50.79	62	8	64
A6	52.07	416	20	452
A7	52.75	412	21	460
A8	53.69	182	12	211
A9	51.95	418	12	452
A10	51.64	441	10	471

>TRINITY_DN114409_c2_g1_i12 from sample A2 / Example spliced isoform

CAGTTTTTGAGCAGTTTTTGAAACTTTAGTGTCCTGCAACATTTAAGGGATTTCACTAGTGATACAATCTTGTAGCTATGGCTGAGCTTTGTTAGGTATTCTGTGCTCTTTATATCGTCCCGGTCTTCTTTGTTTGGTATGGATCCCCAGATTTGTATTTTTCTGCCGTTGCTTTTGGAAAAAAATAAATCCACCATACT
TTTGATAATTTAGGTATTCATTGTTTTTGTAGATAGATATTGTTTCTCTCCGAGACCCTGCTAGTGTTTCTGTATTTCTGTCCCCGTGTTTAGTGTTTAGGTTTTTGTCGCCAACCTTGTAATGGGGTTACACTCTTAGTTTCGTTTGGCGAAGTTTTTTTTTTTAATTTCTGGCTAAGGCCCAGCTGTTTAGAGCTTTA

ATCCTGGTCTTCTTCGTTGTCTTTATTCCGTTTTCAAGATGCAGATCTTTGTCAAGACCCTCACTGGCAAGACAATCACTCTCGAGGTTGAGAGTTCTGACACCATTGACAATGTAAAAGCCAAGATCCAGGACAAGGAAGGCATTCCCCC

>TRINITY_DN114409_c2_g1_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CAGTTTTTGAGCAGTTTTTGAAACTTTAGTGTCCTGCAACATTTAAGGGATTTCACTAGTGATACAATCTTGTAGCTATGGCTGAGCTTTGTTAGGTATTCTGTGCTCTTTATATCGTCCCGGTCTTCTTTGTTTGGTATGGATCCCCAGATTTGTATTTTTCTGCCGTTGCTTTTGGAAAAAAATAAATCCACCATACT
TTTGATAATTTAGGTATTCATTGTTTTTGTAGATAGATATTGTTTCTCTCCGAGACCCTGCTAGTGTTTCTGTATTTCTGTCCCCGTGTTTAGTGTTTAGGTTTTTGTCGCCAACCTTGTAATGGGGTTACACTCTTAGTTTCGTTTGGCGAAGTTTTTTTTTTTAATTTCTGGCTAAGGCCCAGCTGTTTAGAGCTTTA

ATCCTGgtgagagttcagatttatagcttttgtcagtgtaatgttagacatatctgagaactttagggtttctttaaatcttttgtgggttcattataataattttacttaaggtcctgctaaagttcgacaggtgcctaatgacttttgtcatgtaaggttttgcttttatggttttattggatttttatttagtccaa
ttcgagttatgttgtgatattctgtgctttccttagtgtaaatttagtccagttcagatttatattttgttagtgtagttctagacatatctgagaactttttagggtttcgttcaatctctttgtgggttcatgataagaattttacttaatgtcctgcaaaagtttgacagGTCTTCTTCGTTGTCTTTATTCCGTTT
TCAAGATGCAGATCTTTGTCAAGACCCTCACTGGCAAGACAATCACTCTCGAGGTTGAGAGTTCTGACACCATTGACAATGTAAAAGCCAAGATCCAGGACAAGGAAGGCATTCCCCC

Intron 5 GTGAGAGTTC ... TTATTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	47.62	11	14	6
A2	67.57	6	14	11
A3	50	9	12	6
A4	56.52	5	8	5
A5	58.33	5	11	3
A6	47.62	22	21	19
A7	56.25	21	16	38
A8	79.49	4	13	18
A9	52	12	13	13
A10	50	13	10	16

>TRINITY_DN44578_c3_g1_i1 from sample A9 / Example spliced isoform

CAGGTATGGCCTCTTGAGCAGTTTTTGAGCAGTTTTTGAAACTTTAGTGTCCTGCAACATTTAAGGGATTTCACTAGTGATACAATCTTGTAGCTATGGCTGAGCTTTGTTAGGTATTCTGTGCTCTTTATATCATCCCGGTCTTCTTTGATCGGTATGGATCCCCAGATTTGTATTTTTCTGCCGTTGCTTTTGGAAAA
AAATAAATCCACCATACTTTTGATAATTTAGGTATTCATTGTTTTTGTAGATAGATATTGTTTCTCTCCGAGACCCTGCTAGTGTTTCTGTATTTCTGTCCCCGTGTTTAGTCTTTAGGTTTTTGTCTCCAACCTTGTAACGGGGTTACACTCTTAGTTTCGTTTGGCGAAGTTTTTTTTGATTTCTGGCGAAGGCCCAG
CTGTTTAGAGCTTTAATCCTGGTCTTCTTCGTTGTCTTTATTCCGTTTTCAAGATGCAGATCTTTGTCAAGACCCTCACTGGCAAGACAATCACTCTC

>TRINITY_DN44578_c3_g1_i2 from sample A9 / Example unspliced isoform:

CAGGTATGGCCTCTTGAGCAGTTTTTGAGCAGTTTTTGAAACTTTAGTGTCCTGCAACATTTAAGGGATTTCACTAGTGATACAATCTTGTAGCTATGGCTGAGCTTTGTTAGGTATTCTGTGCTCTTTATATCATCCCGGTCTTCTTTGATCGGTATGGATCCCCAGATTTGTATTTTTCTGCCGTTGCTTTTGGAAAA
AAATAAATCCACCATACTTTTGATAATTTAGGTATTCATTGTTTTTGTAGATAGATATTGTTTCTCTCCGAGACCCTGCTAGTGTTTCTGTATTTCTGTCCCCGTGTTTAGTCTTTAGGTTTTTGTCTCCAACCTTGTAACGGGGTTACACTCTTAGTTTCGTTTGGCGAAGTTTTTTTTGATTTCTGGCGAAGGCCCAG
CTGTTTAGAGCTTTAATCCTGgtgagagttcagatttatagcttttgtcagtgtaatgttagacatatctgagaaccttagggtttctttaaatcttttgtgggttcattataataattttacttaaggtcctgctaaagttcgacaggtgcctaatgacttttgtcatgtaaggttttgcttttatggttttattggat
ttttatttagtccaattcgagctatgttgtgatattctgtgctttccttagtgtaaatttagtccagttcagatttatattttgtaagtgtagttttagacatatctgagaactttttagggtttcgttcaatctctttgtgggttcatgataagaattttacttaatgtcctgcaaaagtttgacaggtgcctaatgac
ttttgccatgttaggttctacttgtggttttcctggctttttattgagtccagttcgagcttatgttatgatattctgtgcttttcttccctgcctccctttgtagattgttaatattttgttttcagggtcactattagcgaaaatttcttctaaagtatacgtctctgtttctattcttcctggtctactatggtggt
attattcaatttatgataggtttttgtactggttttaagatgtatttttctccaaatttgcttttatctcatgctttttatagctctcttgattatttattttattgttgtgctagtttacgcgatactttgtggttaatgtagtaccgtgacctctgattatttgcagatcttcttcagtgaccttttgattatttgca
gGTCTTCTTCGTTGTCTTTATTCCGTTTTCAAGATGCAGATCTTTGTCAAGACCCTCACTGGCAAGACAATCACTCTC

Intron 6 GTGAGAGTTC ... TTATTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	49.77	69.7	12.9	79.8
A2	56.5	71.1	13.7	84.7
A3	50.17	110.7	10.7	124.2
A4	53.54	60.2	8	72.1
A5	50.45	48.7	9.4	56.8
A6	52.88	309.7	19.9	372.8
A7	57.52	316	17.8	397.6
A8	61.88	139.1	12.4	181
A9	53.69	309.7	12.6	365.6
A10	54.48	325.8	9.6	386.7

>TRINITY_DN114409_c2_g1_i12 from sample A2 / Example spliced isoform

CAGTTTTTGAGCAGTTTTTGAAACTTTAGTGTCCTGCAACATTTAAGGGATTTCACTAGTGATACAATCTTGTAGCTATGGCTGAGCTTTGTTAGGTATTCTGTGCTCTTTATATCGTCCCGGTCTTCTTTGTTTGGTATGGATCCCCAGATTTGTATTTTTCTGCCGTTGCTTTTGGAAAAAAATAAATCCACCATACT
TTTGATAATTTAGGTATTCATTGTTTTTGTAGATAGATATTGTTTCTCTCCGAGACCCTGCTAGTGTTTCTGTATTTCTGTCCCCGTGTTTAGTGTTTAGGTTTTTGTCGCCAACCTTGTAATGGGGTTACACTCTTAGTTTCGTTTGGCGAAGTTTTTTTTTTTAATTTCTGGCTAAGGCCCAGCTGTTTAGAGCTTTA

ATCCTGGTCTTCTTCGTTGTCTTTATTCCGTTTTCAAGATGCAGATCTTTGTCAAGACCCTCACTGGCAAGACAATCACTCTCGAGGTTGAGAGTTCTGACACCATTGACAATGTAAAAGCCAAGATCCAGGACAAGGAAGGCATTCCCCC

>TRINITY_DN114409_c2_g1_i7 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CAGTTTTTGAGCAGTTTTTGAAACTTTAGTGTCCTGCAACATTTAAGGGATTTCACTAGTGATACAATCTTGTAGCTATGGCTGAGCTTTGTTAGGTATTCTGTGCTCTTTATATCGTCCCGGTCTTCTTTGTTTGGTATGGATCCCCAGATTTGTATTTTTCTGCCGTTGCTTTTGGAAAAAAATAAATCCACCATACT
TTTGATAATTTAGGTATTCATTGTTTTTGTAGATAGATATTGTTTCTCTCCGAGACCCTGCTAGTGTTTCTGTATTTCTGTCCCCGTGTTTAGTGTTTAGGTTTTTGTCGCCAACCTTGTAATGGGGTTACACTCTTAGTTTCGTTTGGCGAAGTTTTTTTTTTTAATTTCTGGCTAAGGCCCAGCTGTTTAGAGCTTTA

ATCCTGgtgagagttcagatttatagcttttgtcagtgtaatgttagacatatctgagaactttagggtttctttaaatcttttgtgggttcattatattacttttacttaatgtcctgctaaagttcgacaggtgcctaatgacttttgtcatgtaaggttttgcttttatggttttattggatttttatttagtccaa
ttcgagttatgttgtgatattctgtgctttccttagtgtaaatttagtccagttcagatttatattttgtaagtgtagttttagacatatctgagaactttttagggtttcgttcaatctctttgtgggttcatgataagaattttacttaatgtcctgcaaaagtttgacaggtgcctaatgacttttgccatgttagg
ttctacttgtggttttcctggctttttattgagtccagttcgagcttatgttatgatattctgtgcttttcttccctgcctccctttgtagactgttaatattttgttttcagggtcattgttagcgaaaatttcttttaaagtatacgtctgtgtctctattcttcctggtctaccatggtggttattattcaatttat
gataggtttctgtactggttttaagatgtatttgtctccaaatttgcttttatctcgtgctttttatagctctcttgattatttattttattgttgtgctagtttacgtgatactttgtggttaatgtattaccgtgacctctgattatttgcagatcttcttcagtgaccttttgattatttgcagGTCTTCTTCGTTG
TCTTTATTCCGTTTTCAAGATGCAGATCTTTGTCAAGACCCTCACTGGCAAGACAATCACTCTCGAGGTTGAGAGTTCTGACACCATTGACAATGTAAAAGCCAAGATCCAGGACAAGGAAGGCATTCCCCC

Intron 7 GTGCCTAATG ... TTATTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50	103	19	103
A2	50.47	106	28	108
A3	51.13	151	3	158
A4	50.87	85	6	88
A5	52.24	64	4	70
A6	51.19	452	16	474
A7	51.32	460	26	485
A8	51.38	211	13	223
A9	50.55	452	7	462
A10	50.89	471	14	488

>TRINITY_DN114409_c2_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoform

CAGTTTTTGAGCAGTTTTTGAAACTTTAGTGTCCTGCAACATTTAAGGGATTTCACTAGTGATACAATCTTGTAGCTATGGCTGAGCTTTGTTAGGTATTCTGTGCTCTTTATATCGTCCCGGTCTTCTTTGTTTGGTATGGATCCCCAGATTTGTATTTTTCTGCCGTTGCTTTTGGAAAAAAATAAATCCACCATACT
TTTGATAATTTAGGTATTCATTGTTTTTGTAGATAGATATTGTTTCTCTCCGAGACCCTGCTAGTGTTTCTGTATTTCTGTCCCCGTGTTTAGTGTTTAGGTTTTTGTCGCCAACCTTGTAATGGGGTTACACTCTTAGTTTCGTTTGGCGAAGTTTTTTTTTTTAATTTCTGGCTAAGGCCCAGCTGTTTAGAGCTTTA
ATCCTGGTGAGAGTTCAGATTTATAGCTTTTGTCAGTGTAATGTTAGACATATCTGAGAACTTTAGGGTTTCTTTAAATCTTTTGTGGGTTCATTATAATAATTTTACTTAAGGTCCTGCTAAAGTTCGACAGGTGCCTAATGACTTTTGTCATGTAAGGTTTTGCTTTTATGGTTTTATTGGATTTTTATTTAGTCCAA
TTCGAGTTATGTTGTGATATTCTGTGCTTTCCTTAGTGTAAATTTAGTCCAGTTCAGATTTATATTTTGTTAGTGTAGTTCTAGACATATCTGAGAACTTTTTAGGGTTTCGTTCAATCTCTTTGTGGGTTCATGATAAGAATTTTACTTAATGTCCTGCAAAAGTTTGACAGGTCTTCTTCGTTGTCTTTATTCCGTTT
TCAAGATGCAGATCTTTGTCAAGACCCTCACTGGCAAGACAATCACTCTCGAGGTTGAGAGTTCTGACACCATTGACAATGTAAAAGCCAAGATCCAGGACAAGGAAGGCATTCCCCC

>TRINITY_DN114409_c2_g1_i7 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CAGTTTTTGAGCAGTTTTTGAAACTTTAGTGTCCTGCAACATTTAAGGGATTTCACTAGTGATACAATCTTGTAGCTATGGCTGAGCTTTGTTAGGTATTCTGTGCTCTTTATATCGTCCCGGTCTTCTTTGTTTGGTATGGATCCCCAGATTTGTATTTTTCTGCCGTTGCTTTTGGAAAAAAATAAATCCACCATACT
TTTGATAATTTAGGTATTCATTGTTTTTGTAGATAGATATTGTTTCTCTCCGAGACCCTGCTAGTGTTTCTGTATTTCTGTCCCCGTGTTTAGTGTTTAGGTTTTTGTCGCCAACCTTGTAATGGGGTTACACTCTTAGTTTCGTTTGGCGAAGTTTTTTTTTTTAATTTCTGGCTAAGGCCCAGCTGTTTAGAGCTTTA
ATCCTGGTGAGAGTTCAGATTTATAGCTTTTGTCAGTGTAATGTTAGACATATCTGAGAACTTTAGGGTTTCTTTAAATCTTTTGTGGGTTCATTATATTACTTTTACTTAATGTCCTGCTAAAGTTCGACAGGTGCCTAATGACTTTTGTCATGTAAGGTTTTGCTTTTATGGTTTTATTGGATTTTTATTTAGTCCAA
TTCGAGTTATGTTGTGATATTCTGTGCTTTCCTTAGTGTAAATTTAGTCCAGTTCAGATTTATATTTTGTAAGTGTAGTTTTAGACATATCTGAGAACTTTTTAGGGTTTCGTTCAATCTCTTTGTGGGTTCATGATAAGAATTTTACTTAATGTCCTGCAAAAGTTTGACAGgtgcctaatgacttttgccatgttagg
ttctacttgtggttttcctggctttttattgagtccagttcgagcttatgttatgatattctgtgcttttcttccctgcctccctttgtagactgttaatattttgttttcagggtcattgttagcgaaaatttcttttaaagtatacgtctgtgtctctattcttcctggtctaccatggtggttattattcaatttat
gataggtttctgtactggttttaagatgtatttgtctccaaatttgcttttatctcgtgctttttatagctctcttgattatttattttattgttgtgctagtttacgtgatactttgtggttaatgtattaccgtgacctctgattatttgcagatcttcttcagtgaccttttgattatttgcagGTCTTCTTCGTTG
TCTTTATTCCGTTTTCAAGATGCAGATCTTTGTCAAGACCCTCACTGGCAAGACAATCACTCTCGAGGTTGAGAGTTCTGACACCATTGACAATGTAAAAGCCAAGATCCAGGACAAGGAAGGCATTCCCCC

Intron 8 GTGCCTAATG ... TTATTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	51.67	101	11	108
A2	51.24	98	18	103
A3	51.4	156	1	165
A4	54.59	89	6	107
A5	53.74	68	4	79
A6	51.24	473	12	497
A7	50.82	481	13	497
A8	50.89	221	11	229
A9	50.42	472	6	480
A10	51.25	486	6	511

>TRINITY_DN100172_c0_g1_i2 from sample A4 / Example spliced isoform

GTTTCGTTCAATCTCTTTGTGGGTTCATGATAAGAATTTTACTTAATGTCCTGCAAAAGTTTGACAGGTCTTCTTCGTTGTCTTTATTCCGTTTTCAAGATGCAGATCTTTGTCAAGACCCTCACTGGCAAGACAATCACTCTCGAGGTTGAGAGTTCTGACACCATTGACAATGTAAAAGCCAAGATCCAGGACAAGGA
AGGCATTCCCCCGGATCAGCAGCGTTTGATCTTTGCCGGAAAACAGTTAGAAGACGGCAGAACCCT

>TRINITY_DN100172_c0_g1_i4 from sample A4 / Example unspliced isoform:

GTTTCGTTCAATCTCTTTGTGGGTTCATGATAAGAATTTTACTTAATGTCCTGCAAAAGTTTGACAGgtgcctaatgacttttgccatgttaggttctacttgtggttttcctggctttttatttattccagttcgagcttatgttatgatattctgtgcttttcttccctgcctccctttgtagattgttaatattttg
ttttcagggtcactattagcgaaaatttcttctaaagtatacgtctctgtttctattcttcctggtctactatggtggtattattcaatttatgataggtttttgtactggttttaagatgtatttttctccaaatttgcttttatctcatgctttttatagctctcttgattatttattttattgttgtgctagtttac
gcgatactttgtggttaatgtagtaccgtgacctctgattatttgcagGTCTTCTTCGTTGTCTTTATTCCGTTTTCAAGATGCAGATCTTTGTCAAGACCCTCACTGGCAAGACAATCACTCTCGAGGTTGAGAGTTCTGACACCATTGACAATGTAAAAGCCAAGATCCAGGACAAGGAAGGCATTCCCCCGGATCAG
CAGCGTTTGATCTTTGCCGGAAAACAGTTAGAAGACGGCAGAACCCT

Intron 9 GTGCCTAATG ... TTATTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	51.67	101	11	108
A2	51.24	98	18	103
A3	51.4	156	1	165
A4	54.59	89	6	107
A5	53.74	68	4	79
A6	51.24	473	12	497
A7	50.82	481	13	497
A8	50.89	221	11	229
A9	50.42	472	6	480
A10	51.25	486	6	511

>TRINITY_DN100172_c0_g1_i2 from sample A4 / Example spliced isoform

GTTTCGTTCAATCTCTTTGTGGGTTCATGATAAGAATTTTACTTAATGTCCTGCAAAAGTTTGACAGGTCTTCTTCGTTGTCTTTATTCCGTTTTCAAGATGCAGATCTTTGTCAAGACCCTCACTGGCAAGACAATCACTCTCGAGGTTGAGAGTTCTGACACCATTGACAATGTAAAAGCCAAGATCCAGGACAAGGA
AGGCATTCCCCCGGATCAGCAGCGTTTGATCTTTGCCGGAAAACAGTTAGAAGACGGCAGAACCCT

>TRINITY_DN100172_c0_g1_i3 from sample A4 / Example unspliced isoform:

GTTTCGTTCAATCTCTTTGTGGGTTCATGATAAGAATTTTACTTAATGTCCTGCAAAAGTTTGACAGgtgcctaatgacttttgccatgttaggttctacttgtggttttcctggctttttattgagtccagttcgagcttatgttatgatattctgtgcttttcttccctgcctccctttgtagattgttaatattttg
ttttcagggtcattgttagcgaaaatttcttttaaagtatacgtctgtgtctctattcttcctggtctaccatggtggttattattcaatttatgataggtttctgtactggttttaagatgtatttgtctccaaatttgcttttatctcgtgctttttatagctctcttgattatttattttattgttgtgctagttta
cgcgatactttgtggttaatgtagtaccgtgacctctgattatttgcagGTCTTCTTCGTTGTCTTTATTCCGTTTTCAAGATGCAGATCTTTGTCAAGACCCTCACTGGCAAGACAATCACTCTCGAGGTTGAGAGTTCTGACACCATTGACAATGTAAAAGCCAAGATCCAGGACAAGGAAGGCATTCCCCCGGATCA
GCAGCGTTTGATCTTTGCCGGAAAACAGTTAGAAGACGGCAGAACCCT

Intron 10 GTATGCTTTT ... TGGTTTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	51.35	18	9	29
A2	46.15	14	5	19
A3	42.22	13	4	15
A4	26.32	7	4	1
A5	48.72	10	9	10
A6	33.33	13	2	11
A7	34	33	15	19
A8	38.46	12	7	8
A9	24.64	26	8	9
A10	41.18	15	12	9

>TRINITY_DN110569_c0_g1_i2 from sample A5 / Example spliced isoform

AATTTTTTGGTCTTAAATGATTTCAATTGCAAATCTCTGATCTCTAGTTTCAGCTTCAAAACAGAAAATACAAAAAATCTGCTGCAATCCCAGGCTCAACGGATATGGGGGAGATGGCTGATAACAGGTAAAATATGCCCTTTTTATAACCCTACTTTTCCCGCCACGCTCAAGTATTAAGATGGGTTAGATGTTCCCTG
ATACATTATGTTCACCGTTGGTTATGCTTCGCCCGTGCCTGCCGATATATGGACCGTAAGTTTCTTAATTCTTAAATCACCGGGGTTTGTAATTCTTTGGTCTTAATGATTTCAATTTCATGCCTCTGATCTCTGGTTTCAACTTCCAAGCAAAAATTACAAAAAAGTTGCTGCAATCCCCCGCTCAACCTAGAAGGTGA
GGTGGTCTGATGTGCCCGTGCCTGTGCCGACACTATTGGCTTTGAATTGAAGAAGTCCTGGGTGCTGCTGAAATCCTACATTCAACTGATGCCGTTCGATACTTCGTCTGACGATTGGGATAGTCTGGCTCGTTGATCTGCTTGCCTGCCATTTCTACCATTGAACGGATGGCCATTTAAACTCCGCACCTACTCCCATA
AATGCACATCAATGCAGATCTACCTGCCGCCGACACTCTTAGGCAGGGCTGCATCCATCTACGGTGTCGAGATTTCACATACCTATGCGATTGAACCTGTTCCGGATGATTTTAATGAAGATTATCTTAAGAATCTACCCGATCTTCCAACGATATTCAGTTTCCTTGCCCCGGAGACAGCCACAGGAAGCTTCAACAAA
GAGATTAGAAGAGGAGGATTTGGGAATGTATACGCAGGAACTTTGACCGATGGTGCTCAAGTTGCCATGAAATGTCTACTAAATGAGATTGGGCATGGACAATGGGCTTTTTGTGCAGAAATCGCCACCATATGGTGCCTTAATCATTCCAATCTTGTAAGTTTGTGCGGTGTCTGTGTGGAAGGGCCACAACGTATTCT
GGTCTACGAATTCATGCCCAACGGGTCTCTGAATAAATGGTTGTTTGCTTCAGACAAAAAGCTGGATTGGAAGACCAGATATTCAATTGCGCATGACATTGGTAGGGGACTTGTATACCTGCACGAGGAGTCTAGACTTGGTATTCTGCTCTTAATGTCAAGCCTCAGAACATTCTCTTGGATGACGATTTCAAGGCTAA
AGTCTTTGATTTTGGCATGGCGAGGTCTCTAAAACGAGATTCAGAAATTCATGTGGTTACATGTGTGAGAGGGACCCCTGGATACATGGCGCCCAAGTGGTTTATGGGGTGGGGAGTTACTTTACAAGAGCGATGTGTTCATCTATGGGATGGTGCTTCTGGAAATAATCAGGGGGAGTAAGAACGTGAATAACTCTAAG
GATTCAAAAAATTGGTATTTTGCTTCTCTTGCTTTCAAGGCTGCCAGACATGGGAAAATGGATGAATTGATTGAGAGTGGATTGAAATTAAAGAGGCCGCAAGAGATGGATGAGGCTTATCAGTTGATAAAGACGGCCCTGTGGTGTATTCAAAGCAATTCGGGGTATGAGACCTTCAATGGGAATGGTGGTGCGATTAT
TGGAAGGAGATTTTGAGTTAATGGATCCTCCATTGGCCTGCATGCTCCCATTCGCCCCGTCGCTTGAGGAAGAGACGCACCCGGATTCAGACCGCTAAGGTATGCAGGAATTTGCAGTATATGTGGTTTTCTCAAAGCTCTTTTTCAACAGATGATGTGTCTACATTAGTATTTCCCCTTTATGGTGAAGAAATAGCAGG
TGTTGAATTTTCATTATTTTGAAG

>TRINITY_DN110569_c0_g1_i11 from sample A5 / Example unspliced isoform:

AATTTTTTGGTCTTAAATGATTTCAATTGCAAATCTCTGATCTCTAGTTTCAGCTTCAAAACAGAAAATACAAAAAATCTGCTGCAATCCCAGGCTCAACGGATATGGGGGAGATGGCTGATAACAGGTAAAATATGCCCTTTTTATAACCCTACTTTTCCCGCCACGCTCAAGTATTAAGATGGGTTAGATGTTCCCTG
ATACATTATGTTCACCGTTGGTTATGCTTCGCCCGTGCCTGCCGATATATGGACCGTAAGTTTCTTAATTCTTAAATCACCGGGGTTTGTAATTCTTTGGTCTTAATGATTTCAATTTCATGCCTCTGATCTCTGGTTTCAACTTCCAAGCAAAAATTACAAAAAAGTTGCTGCAATCCCCCGCTCAACCTAGAAGGTGA
GGTGGTCTGATGTGCCCGTGCCTGTGCCGACACTATTGGCTTTGAATTGAAGAAGTCCTGGGTGCTGCTGAAATCCTACATTCAACTGATGgtatgcttttttcaatcaattcatgtgcacaagtatcattgtaattgtgaagaacaagatggggaagttatatttttatgatgtaaggtgtttctacaagtgggagtag
actctttgaaaaaaaatatattggtttgtagCCGTTCGATACTTCGTCTGACGATTGGGATAGTCTGGCTCGTTGATCTGCTTGCCTGCCATTTCTACCATTGAACGGATGGCCATTTAAACTCCGCACCTACTCCCATAAATGCACATCAATGCAGATCTACCTGCCGCCGACACTCTTAGGCAGGGCTGCATCCATCT
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GTTGCCATGAAATGTCTACTAAATGAGATTGGGCATGGACAATGGGCTTTTTGTGCAGAAATCGCCACCATATGGTGCCTTAATCATTCCAATCTTGTAAGTTTGTGCGGTGTCTGTGTGGAAGGGCCACAACGTATTCTGGTCTACGAATTCATGCCCAACGGGTCTCTGAATAAATGGTTGTTTGCTTCAGACAAAAA
GCTGGATTGGAAGACCAGATATTCAATTGCGCATGACATTGGTAGGGGACTTGTATACCTGCACGAGGAGTCTAGACTTGGTATTCTGCTCTTAATGTCAAGCCTCAGAACATTCTCTTGGATGACGATTTCAAGGCTAAAGTCTTTGATTTTGGCATGGCGAGGTCTCTAAAACGAGATTCAGAAATTCATGTGGTTAC
ATGTGTGAGAGGGACCCCTGGATACATGGCGCCCAAGTGGTTTATGGGGTGGGGAGTTACTTTACAAGAGCGATGTGTTCATCTATGGGATGGTGCTTCTGGAAATAATCAGGGGGAGTAAGAACGTGAATAACTCTAAGGATTCAAAAAATTGGTATTTTGCTTCTCTTGCTTTCAAGGCTGCCAGACATGGGAAAATG
GATGAATTGATTGAGAGTGGATTGAAATTAAAGAGGCCGCAAGAGATGGATGAGGCTTATCAGTTGATAAAGACGGCCCTGTGGTGTATTCAAAGCAATTCGGGGTATGAGACCTTCAATGGGAATGGTGGTGCGATTATTGGAAGGAGATTTTGAGTTAATGGATCCTCCATTGGCCTGCATGCTCCCATTCGCCCCGT
CGCTTGAGGAAGAGACGCACCCGGATTCAGACCGCTAAGGAGACAGGGCCGCTCAAACACGCCCTCAATGAACTTGCTACAAAGAAGAACATCACGATTCCTACTTATCAATTTACAAAGGAAGGAGAAGCACATTGCCCGTCCTTTACAGCAACCGTAGAGATTAACGGGC