sp|Q84K11|PPP5_SOLLC ----> Serine/threonine-protein phosphatase 5

Intron 1 GTACTATGAA ... TTATTTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	27.59	21	10	6
A2	31.82	15	13	1
A3	37.93	9	4	7
A4	26.92	19	6	8
A5	23.08	5	2	1
A6	11.11	4	0	1
A7	17.24	12	1	4
A8	16.13	13	1	4
A9	23.08	10	2	4
A10	24.14	11	3	4

>TRINITY_DN116310_c0_g2_i2 from sample A3 / Example spliced isoform

CACATACCAAAATGATGGCGGTACTCTATGTTGACAAGGGGTTAGATATTAACATTGTTTGGATGTTATTTAATATATATATTCTAAGCTAAACCGCTTTTTCCTGTCAATCAACTTAACTACTAATCCCTCTTTCTTCGTGAATCTTCTCCTTTCTGGTGCGTGTCTTTCACGGGGAACAGCGCGGCGCAGCGCAGCTA
TCGTATAATCAAATATATAATTGTACAATACAATATATTTATTCAAAATTACAAACGAAACCTCCCCTCCTGGTCACAACTGAAGAGAACAGAGGTACATTGTTTACTTACTCTCGTCAATTTTTCATACTATTTATTGGATGCATTTTTTAACGTATTATGGACCTTTTAGTTTGAAGGTTTCTTATGGGTGATATTTC
AATCAATACAAATGCAGCAGGAGTATTGAAGAAAGGCTATAAAGAATTTGACGAAGCAGTGCAATTTTAGACCAGGATGCTTAAAGAAGGCTTACTTTGATTTGCTACTTGAGGTTGGAATTGATAGTTCTGATAACGGTTGGAGAGTTGCTTATGGAGTTTGTACTTTAGCAGCTAGGAGCCTTCATATTCGAGACAGA
CATCCTGAAGAAATGTCCAACATGCATGGGGCTACGACATCAGACATTGAACGAGCAGAGGAATTAAAAGCTATTGCTAATGCAGCATTTCAAGCTCACAAATTTTCCCGAGCCATAGAGCTTTATACACAAGCCATAGAATTGAACAGTCAGAATGCAGTGTATTGGGCGAATCGTGCATTTGCACATACAAAACTGGA
GGAATATGGAAGTGCTATTCAGGATGCAACAAAAGCTGTTGAAATTGATTCTAAATATACTAAGGGGTATTACCGGAGAGGTGCTGCATACCTTGCAATGGGCAAATTCAAGGAAGCACTGAAAGATTTTCAGCAGGTTAAGAGAATTTGTCCAAATGATCCTGATGCCACCAAGAAGCTTAAAGAATGTGAGAAAGCTG
TCCAAAAACTTAGGTTTATTGAGGCCATCTCAGTGAATGACCATGAGAATCATTCTGTTGTTGACACCATTGATTATCGTTTAATAGAGGTAGAGCCCCAGTATGCTGGTGCTAGAATAGAAGGAGAAAGTGTAACATTAGAATTTGTAAAGAAAATGATGGACGACTTCAAAAATCAGAAAAATATACACAAAAGGTAT
GCATTCCAAATATTATTGCAAGTAAGGGATTTGCTGAAGGTGATGCCATCACTGGTTGATATCAATGTTCCAAATGGAAAGCAATTCACAGTTTGTGGTGACATCCATGGCCAGTTTTACGACCTTTTGAACATCTTTGAGCTTAATGGGCTTCCTTCGGAGGACAATCCCTATCTTTTTAATGGTGATTTTGTTGATCG
AGGATCATTTTCGGTTGAAGTCATACTTGTACTGTTTGCATTCAAGTGTATGTGCCCAACTGGGCTCTATCTTTCCAGAGGAAATCATGAAAGCAGGAGTATGAACAAGATTTATGGCTTTGAGGGTGAAGTCAAGTCCAAGTACAATGAAAGCATGGTTGAGCTTTTCGCTGAAGTGTTTTGCTGCTTGCCTTTGGCTC
ATGTCCTCAATGACAAGATTTTTGTTGTCCATGGTGGCCTTTTTAGCGTTGACGGTATAAAACTTGACGATATCAGGGCAATTGATCGATTCCGAGAGCCACCTGAAGAGGGTCTGATGTGTGAAATACTTTGGAGTGATCCACAGCCTCGTAAAGGCCGTGGGCCCAGCAAACGAGGCGTCGGTCTGTCCTTTGGAGAA
GATGTGACCAAAAGGTTTCTTCAAGAAAACAATCTTGAGCTGGTTGTCAGATCTCATGAAGTTAAAGAGGAAGGTTATGAAATTGAACACGATGGAAAACTTATCACTGTTTTCTCAGCTCCAAACTATTGTGACCAGATGGGCAACAAGGGTGCATTCATAAATTTCAAGGCCCCAGAACTCAAGCCAGAAATTATCTC
ATTTTCTGCTGTGCCACATCCTGATGTAAGGCCCATGGCATATGCAAATAATTTCATGAGGCTTTTCTCCTGATCACCAGAAGGTTTATTCTAGAGGTTGAACACATCGGTGTTCCTCTTTTAGATGACAGCTGAATCCAAGATATTATTTTGTGTCCACTTCTTCGTAACACGAGAAATATTTCTATCACTTGATATTT
AAGGATAACATTGTGCATGCTTGCTCTTGTTTCGTTAAGGTCAGAGGGTTGAATGAATTTGCAGAAGTCATTTAAGAAAATCTATGCTCATTGGCTTCTGTCCTTCTGAATTCTCTGGTTGATTATATTATTGGTGTTTCTGGTGCTGGAGGTTGTTAAAAGGACTCATGGTCTGTTATCATGTAATATTTTTGACTAAT
AAGGTCATTTTTCCAGGTCCCAAATTCCTAAAATCTGTTGGGATGTTCGGACCTGAGGCAAGCGTGCACTCGTTTGTAAATTCATTTTTGGAAATGTTCATTTTTCTTCCAGTGTTCAAAATGAGATACATTTCTGGTATTTAGAGGACGATCTAGGTATATGCTGCAGGACATCTTTAGGTCGGCAGGCACAGCTTCTG
CTTTATTTCCGACTTCTTGTTGTTTCTCGCATTGTAGAGCACCTAATGTGGAAAAATGAGTGTCCATAGGAATGCTAAGCACTATCTGTGGAATATGAACTTGGGACTAACTGAGACAATAAAAGGTGTAGCTGTTTATGCAGAGGATGCCAAATCTTATTCATAGGTGTCTAATACGCACTGAAAAAGTGCAGAACATG
CCATGGTATCTATCATTACTTCGGGCTGCACAGTGAGGGATGATTGGTCTGCAAGAGAAAGAATGCTTTACATATTCATGGATGAGGGCATAGACACTTAAGCAGACATTGCTTTCTATGTATCAATTTTCGTAATAGACCCATTTGATGAGTATTTTCTTGCAATGCTGGTTATTCATATGTCAT

>TRINITY_DN116310_c0_g2_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CACATACCAAAATGATGGCGGTACTCTATGTTGACAAGGGGTTAGATATTAACATTGTTTGGATGTTATTTAATATATATATTCTAAGCTAAACCGCTTTTTCCTGTCAATCAACTTAACTACTAATCCCTCTTTCTTCGTGAATCTTCTCCTTTCTGGTGCGTGTCTTTCACGGGGAACAGCGCGGCGCAGCGCAGCTA
TCGTATAATCAAATATATAATTGTACAATACAATATATTTATTCAAAATTACAAACGAAACCTCCCCTCCTGGTCACAACTGAAGAGAACAGAGCAGGAGTATTGAAGAAAGGCTATAAAGAATTTGACGAAGCAGTGCAATTTTAGACCAGGATGCTTAAAGAAGGCTTACTTTGATTTGCTACTTGAGGTTGGAATTG
ATAGTTCTGATAACGGTTGGAGAGTTGCTTATGGAGTTTGTACTTTAGCAGCTAGGAGCCTTCATATTCGAGACAGACATCCTGAAGAAATGTCCAACATGCATGGGGCTACGACATCAGACATTGAACGAGCAGAGGAATTAAAAGCTATTGCTAATGCAGCATTTCAAGCTCACAAATTTTCCCGAGCCATAGAGCTT
TATACACAAGCCATAGAATTGAACAGTCAGAATGCAGTGTATTGGGCGAATCGTGCATTTGCACATACAAAACTGGAGGAATATGGAAGTGCTATTCAGGATGCAACAAAAGCTGTTGAAATTGATTCTAAATATACTAAGGGGTATTACCGGAGAGGTGCTGCATACCTTGCAATGGGCAAATTCAAGGAAGCACTGAA
AGATTTTCAGCAGGTTAAGAGAATTTGTCCAAATGATCCTGATGCCACCAAGAAGCTTAAAGAATGTGAGAAAGCTGTCCAAAAACTTAGGTTTATTGAGGCCATCTCAGTGAATGACCATGAGAATCATTCTGTTGTTGACACCATTGATTATCGTTTAATAGAGGTAGAGCCCCAGTATGCTGGTGCTAGAATAGAAG
GAGAAAGTGTAACATTAGAATTTGTAAAGAAAATGATGGACGACTTCAAAAATCAGAAAAATATACACAAAAGgtactatgaatgacatgcatcaaatgtttatgcaatttgttgctgaaaaaatctgtttgataccattatgcaagaaattgctttgtttatgaagaaaatattttatttccagGTATGCATTCCAAAT
ATTATTGCAAGTAAGGGATTTGCTGAAGGTGATGCCATCACTGGTTGATATCAATGTTCCAAATGGAAAGCAATTCACAGTTTGTGGTGACATCCATGGCCAGTTTTACGACCTTTTGAACATCTTTGAGCTTAATGGGCTTCCTTCGGAGGACAATCCCTATCTTTTTAATGGTGATTTTGTTGATCGAGGATCATTTT
CGGTTGAAGTCATACTTGTACTGTTTGCATTCAAGTGTATGTGCCCAACTGGGCTCTATCTTTCCAGAGGAAATCATGAAAGCAGGAGTATGAACAAGATTTATGGCTTTGAGGGTGAAGTCAAGTCCAAGTACAATGAAAGCATGGTTGAGCTTTTCGCTGAAGTGTTTTGCTGCTTGCCTTTGGCTCATGTCCTCAAT
GACAAGATTTTTGTTGTCCATGGTGGCCTTTTTAGCGTTGACGGTATAAAACTTGACGATATCAGGGCAATTGATCGATTCCGAGAGCCACCTGAAGAGGGTCTGATGTGTGAAATACTTTGGAGTGATCCACAGCCTCGTAAAGGCCGTGGGCCCAGCAAACGAGGCGTCGGTCTGTCCTTTGGAGAAGATGTGACCAA
AAGGTTTCTTCAAGAAAACAATCTTGAGCTGGTTGTCAGATCTCATGAAGTTAAAGAGGAAGGTTATGAAATTGAACACGATGGAAAACTTATCACTGTTTTCTCAGCTCCAAACTATTGTGACCAGATGGGCAACAAGGGTGCATTCATAAATTTCAAGGCCCCAGAACTCAAGCCAGAAATTATCTCATTTTCTGCTG
TGCCACATCCTGATGTAAGGCCCATGGCATATGCAAATAATTTCATGAGGCTTTTCTCCTGATCACCAGAAGGTTTATTCTAGAGGTTGAACACATCGGTGTTCCTCTTTTAGATGACAGCTGAATCCAAGATATTATTTTGTGTCCACTTCTTCGTAACACGAGAAATATTTCTATCACTTGATATTTAAGGATAACAT
TGTGCATGCTTGCTCTTGTTTCGTTAAGGTCAGAGGGTTGAATGAATTTGCAGAAGTCATTTAAGAAAATCTATGCTCATTGGCTTCTGTCCTTCTGAATTCTCTGGTTGATTATATTATTGGTGTTTCTGGTGCTGGAGGTTGTTAAAAGGACTCATGGTCTGTTATCATGTAATATTTTTGACTAATAAGGTCATTTT
TCCAGGTCCCAAATTCCTAAAATCTGTTGGGATGTTCGGACCTGAGGCAAGCGTGCACTCGTTTGTAAATTCATTTTTGGAAATGTTCATTTTTCTTCCAGTGTTCAAAATGAGATACATTTCTGGTATTTAGAGGACGATCTAGGTATATGCTGCAGGACATCTTTAGGTCGGCAGGCACAGCTTCTGCTTTATTTCCG
ACTTCTTGTTGTTTCTCGCATTGTAGAGCACCTAATGTGGAAAAATGAGTGTCCATAGGAATGCTAAGCACTATCTGTGGAATATGAACTTGGGACTAACTGAGACAATAAAAGGTGTAGCTGTTTATGCAGAGGATGCCAAATCTTATTCATAGGTGTCTAATACGCACTGAAAAAGTGCAGAACATGCCATGGTATCT
ATCATTACTTCGGGCTGCACAGTGAGGGATGATTGGTCTGCAAGAGAAAGAATGCTTTACATATTCATGGATGAGGGCATAGACACTTAAGCAGACATTGCTTTCTATGTATCAATTTTCGTAATAGACCCATTTGATGAGTATTTTCTTGCAATGCTGGTTATTCATATGTCAT

Intron 2 GTCTGATGTG ... TTGTGACCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50	13	14	12
A2	67.09	13	37	16
A3	71.43	6	14	16
A4	62.26	10	20	13
A5	85.71	1	6	6
A6	66.29	15	25	34
A7	55.93	26	29	37
A8	66.15	11	20	23
A9	64.29	20	30	42
A10	64.52	11	25	15

>TRINITY_DN41693_c0_g1_i1 from sample A7 / Example spliced isoform

CCAAAATGATGGCGGTACTCTATGTTGACAAGGGGTTAGATATTAACATTGTTTGGATGTTATTTAATATATATATTCTAAGCTAAACCGCTTTTTCCTGTCAATCAACTTAACTACTAATCCCTCTTTCTTCGTGAATCTTCTCCTTTCTGGTGCGTGTCTTTCACGGGGAACAGCGCGGCGCAGCGCAGCTATCGTAT
AATCAAATATATAATTGTACAATACAATATATTTATTCAAAATTACAAACGAAACCTCCCCTCCTGGTCACAACTGAAGAGAACAGAGCAGGAGTATTGAAGAAAGGCTATAAAGAATTTGACGAAGCAGTGCAATTTTAGACCAGGATGCTTAAAGAAGGCTTACTTTGATTTGCTACTTGAGGTTGGAATTGATAGTT
CTGATAACGGTTGGAGAGTTGCTTATGGAGTTTGTACTTTAGCAGCTAGGAGCCTTCATATTCGAGACAGACATCCTGAAGAAATGTCCAACATGCATGGGGCTACGACATCAGACATTGAACGAGCAGAGGAATTAAAAGCTATTGCTAATGCAGCATTTCAAGCTCACAAATTTTCCCGAGCCATAGAGCTTTATACA
CAAGCCATAGAATTGAACAGTCAGAATGCAGTGTATTGGGCGAATCGTGCATTTGCACATACAAAACTGGAGGAATATGGAAGTGCTATTCAGGATGCAACAAAAGCTGTTGAAATTGATTCTAAATATACTAAGGGGTATTACCGGAGAGGTGCTGCATACCTTGCAATGGGCAAATTCAAGGAAGCACTGAAAGATTT
TCAGCAGGTTAAGAGAATTTGTCCAAATGATCCTGATGCCACCAAGAAGCTTAAAGAATGTGAGAAAGCTGTCCAAAAACTTAGGTTTATTGAGGCCATCTCAGTGAATGACCATGAGAATCATTCTGTTGTTGACACCATTGATTATCGTTTAATAGAGGTAGAGCCCCAGTATGCTGGTGCTAGAATAGAAGGAGAAA
GTGTAACATTAGAATTTGTAAAGAAAATGATGGACGACTTCAAGAATCAGAAAAATATACACAAAAGGTATGCATTCCAAATATTATTGCAAGTAAGGGATTTGCTGAAGGTGATGCCATCACTGGTTGATATCAATGTTCCAAATGGAAAGCAATTCACAGTTTGTGGTGACATCCATGGCCAGTTTTACGACCTTTTG
AACATCTTTGAGCTTAATGGGCTTCCTTCGGAGGACAATCCCTATCTTTTTAATGGTGATTTTGTTGATCGAGGATCATTTTCGGTTGAAGTCATACTTGTACTGTTTGCATTCAAGTGTATGTGCCCAACTGGGCTCTATCTTTCCAGAGGAAATCATGAAAGCAGGAGTATGAACAAGATTTATGGCTTTGAGGGTGA
AGTCAAGTCCAAGTACAATGAAAGCATGGTTGAGCTTTTCGCTGAAGTGTTTTGCTGCTTGCCTTTGGCTCATGTCCTCAATGACAAGATTTTTGTTGTCCATGGTGGCCTTTTTAGCGTTGATGGTATAAAACTTGATGATATCAGGGCAATTGATCGATTCCGAGAGCCACCTGAAGAGGATGGGCAACAAGGGTGCA
TTCATAAATTTCAAGGCCCCAGAACTCAAGCCAGAAATTATCTCATTTTCTGCTGTGCCACATCCTGATGTAAGGCCCATGGCATATGCAAATAATTTCATGAGGCTTTTCTCCTGATCACCAGAAGGTTTATTCTAGAGGTTGAACACATCGGTGTTCCTCTTTTAGATGACAGCTGAATCCAAGATATTATTTTGTGT
CCACTTCTTCGTAACACGAGAAATATTTCTATCACTTGATATTTAAGGATAACATTGTGCATGCTTGCTCTTGTTTCGTTAAGGTCAGAGGGTTGAATGAATTTGCAGAAGTCATTTAAGAAAATCTATGCTCATTGGCTTCTGTCCTTCTGAATTCTCTGGTTGATTATATTATTGGTGTTTCTGGTGCTGGAGGTTGT
TAAAAGGACTCATGGTCTGTTATCATGTAATATTTTTGACTAATAAGGTCATTTTTCCAGGTCCCAAATTCCTAAAATCTGTTGGGATGTTCGGACCTGAGGCAAGCGTGCACTCGTTTGTAAATTCATTTTTGGAAATGTTCATTTTTCTTCCAGTGTTCAAAATGAGATACATTTCTGGTATTTAGAGGACGATCTAG
GTATATGCTGCAGGACATCTTTAGGTCGGCAGGCACAGCTTCTGCTTTATTTCCTACTTCTTCTTGTTTCTCGCATTGTAGAGCACCTAATGTGGAAAAATGAGTGTCCATAGGAATGCTAAGCACTATCTGTGGAATATGAACTTGGGACTAACTGAGACAATAAAAGGTGTAGCTGTTTATGCAGAGGATGCCAAATC
TTATTCATAGGTGTCTAATACGCACTGAAAAAGTGCAGAACATGCCATGGTATCTATCATTACTTCGGGCTGCACAGTGAGGGATGATTGGTCTGCAAGAGAAAGAATGCTTTACATATTCATGGATGAGGGCATAGACACTTAAGCAGACATTGCTTTCTATGTATCAATTTTCGTAATAAACCCATTTGATGAGTATT
TTCTTGCAATGCTGGTTATTCATATGTCATCTATAACGATCAAATATTTTTGTTTGAGGCTGAGCTGATCCATGGCAACAGAAAAAAATGCATGTTGATGAATACCTGATTTTGCTGAAAAATGCATTGAACGGCGTTGTATTTTTTAAATGTAAAGTGTTAGGCTGGCGGGACTTGAAATTTTGAACCTAATTTGATAT
TTCCAATTTAAAAG

>TRINITY_DN41693_c0_g1_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CCAAAATGATGGCGGTACTCTATGTTGACAAGGGGTTAGATATTAACATTGTTTGGATGTTATTTAATATATATATTCTAAGCTAAACCGCTTTTTCCTGTCAATCAACTTAACTACTAATCCCTCTTTCTTCGTGAATCTTCTCCTTTCTGGTGCGTGTCTTTCACGGGGAACAGCGCGGCGCAGCGCAGCTATCGTAT
AATCAAATATATAATTGTACAATACAATATATTTATTCAAAATTACAAACGAAACCTCCCCTCCTGGTCACAACTGAAGAGAACAGAGCAGGAGTATTGAAGAAAGGCTATAAAGAATTTGACGAAGCAGTGCAATTTTAGACCAGGATGCTTAAAGAAGGCTTACTTTGATTTGCTACTTGAGGTTGGAATTGATAGTT
CTGATAACGGTTGGAGAGTTGCTTATGGAGTTTGTACTTTAGCAGCTAGGAGCCTTCATATTCGAGACAGACATCCTGAAGAAATGTCCAACATGCATGGGGCTACGACATCAGACATTGAACGAGCAGAGGAATTAAAAGCTATTGCTAATGCAGCATTTCAAGCTCACAAATTTTCCCGAGCCATAGAGCTTTATACA
CAAGCCATAGAATTGAACAGTCAGAATGCAGTGTATTGGGCGAATCGTGCATTTGCACATACAAAACTGGAGGAATATGGAAGTGCTATTCAGGATGCAACAAAAGCTGTTGAAATTGATTCTAAATATACTAAGGGGTATTACCGGAGAGGTGCTGCATACCTTGCAATGGGCAAATTCAAGGAAGCACTGAAAGATTT
TCAGCAGGTTAAGAGAATTTGTCCAAATGATCCTGATGCCACCAAGAAGCTTAAAGAATGTGAGAAAGCTGTCCAAAAACTTAGGTTTATTGAGGCCATCTCAGTGAATGACCATGAGAATCATTCTGTTGTTGACACCATTGATTATCGTTTAATAGAGGTAGAGCCCCAGTATGCTGGTGCTAGAATAGAAGGAGAAA
GTGTAACATTAGAATTTGTAAAGAAAATGATGGACGACTTCAAGAATCAGAAAAATATACACAAAAGGTATGCATTCCAAATATTATTGCAAGTAAGGGATTTGCTGAAGGTGATGCCATCACTGGTTGATATCAATGTTCCAAATGGAAAGCAATTCACAGTTTGTGGTGACATCCATGGCCAGTTTTACGACCTTTTG
AACATCTTTGAGCTTAATGGGCTTCCTTCGGAGGACAATCCCTATCTTTTTAATGGTGATTTTGTTGATCGAGGATCATTTTCGGTTGAAGTCATACTTGTACTGTTTGCATTCAAGTGTATGTGCCCAACTGGGCTCTATCTTTCCAGAGGAAATCATGAAAGCAGGAGTATGAACAAGATTTATGGCTTTGAGGGTGA
AGTCAAGTCCAAGTACAATGAAAGCATGGTTGAGCTTTTCGCTGAAGTGTTTTGCTGCTTGCCTTTGGCTCATGTCCTCAATGACAAGATTTTTGTTGTCCATGGTGGCCTTTTTAGCGTTGACGGTATAAAACTTGACGATATCAGGGCAATTGATCGATTCCGAGAGCCACCTGAAGAGGgtctgatgtgtgaaatac
tttggagtgatccacagcctcgtaaaggccgtgggcccagcaaacgaggcgtcggtctgtcctttggagaagatgtgaccaaaaggtttcttcaagaaaacaatcttgagctggttgtcagatctcatgaagttaaagaggaaggttatgaaattgaacacgatggaaaacttatcactgttttctcagctccaaactat
tgtgaccagATGGGCAACAAGGGTGCATTCATAAATTTCAAGGCCCCAGAACTCAAGCCAGAAATTATCTCATTTTCTGCTGTGCCACATCCTGATGTAAGGCCCATGGCATATGCAAATAATTTCATGAGGCTTTTCTCCTGATCACCAGAAGGTTTATTCTAGAGGTTGAACACATCGGTGTTCCTCTTTTAGATGAC
AGCTGAATCCAAGATATTATTTTGTGTCCACTTCTTCGTAACACGAGAAATATTTCTATCACTTGATATTTAAGGATAACATTGTGCATGCTTGCTCTTGTTTCGTTAAGGTCAGAGGGTTGAATGAATTTGCAGAAGTCATTTAAGAAAATCTATGCTCATTGGCTTCTGTCCTTCTGAATTCTCTGGTTGATTATATT
ATTGGTGTTTCTGGTGCTGGAGGTTGTTAAAAGGACTCATGGTCTGTTATCATGTAATATTTTTGACTAATAAGGTCATTTTTCCAGGTCCCAAATTCCTAAAATCTGTTGGGATGTTCGGACCTGAGGCAAGCGTGCACTCGTTTGTAAATTCATTTTTGGAAATGTTCATTTTTCTTCCAGTGTTCAAAATGAGATAC
ATTTCTGGTATTTAGAGGACGATCTAGGTATATGCTGCAGGACATCTTTAGGTCGGCAGGCACAGCTTCTGCTTTATTTCCTACTTCTTCTTGTTTCTCGCATTGTAGAGCACCTAATGTGGAAAAATGAGTGTCCATAGGAATGCTAAGCACTATCTGTGGAATATGAACTTGGGACTAACTGAGACAATAAAAGGTGT
AGCTGTTTATGCAGAGGATGCCAAATCTTATTCATAGGTGTCTAATACGCACTGAAAAAGTGCAGAACATGCCATGGTATCTATCATTACTTCGGGCTGCACAGTGAGGGATGATTGGTCTGCAAGAGAAAGAATGCTTTACATATTCATGGATGAGGGCATAGACACTTAAGCAGACATTGCTTTCTATGTATCAATTT
TCGTAATAAACCCATTTGATGAGTATTTTCTTGCAATGCTGGTTATTCATATGTCATCTATAACGATCAAATATTTTTGTTTGAGGCTGAGCTGATCCATGGCAACAGAAAAAAATGCATGTTGATGAATACCTGATTTTGCTGAAAAATGCATTGAACGGCGTTGTATTTTTTAAATGTAAAGTGTTAGGCTGGCGGGA
CTTGAAATTTTGAACCTAATTTGATATTTCCAATTTAAAAG

Intron 3 GTACATTGTT ... ACAAATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	35.14	24	8	18
A2	37.29	37	16	28
A3	33.33	20	7	13
A4	33.33	6	1	5
A5	36.36	7	5	3
A6	20	6	2	1
A7	23.08	15	4	5
A8	25	3	2	0
A9	20	8	3	1
A10	27.78	13	2	8

>TRINITY_DN119001_c0_g2_i4 from sample A2 / Example spliced isoform

CGTGAATCTTCTCCTTTCTGGTGCGTGTCTTTCACGGGGAACAGCGCGGCGCAGCGCAGCTATCGTATAATCAAATATATAATTGTACAATACAATATATTTATTCAAAATTACAAACGAAACCTCCCCTCCTGGTCACAACTGAAGAGAACAGAGCAGGAGTATTGAAGAAAGGCTATAAAGAATTTGACGAAGCAGTG
CAATTTTAGACCAGGATGCTTAAAGAAGGCTTACTTTGATTTGCTACTTGAGGTTGGAATTGATAGTTCTGATAACGGTTGGAGAGTTGCTTATGGAGTTTGTACTTTAGCAGCTAGGAGCCTTCATATTCGAGACAGACATCCTGAAGAAATGTCCAACATGCATGGGGCTACGACATCAGACATTGAACGAGCAGAGG
AATTAAAAGCTATTGCTAATGCAGCATTTCAAGCTCACAAATTTTCCCGAGCCATAGAGCTTTATACACAAGCCATAGAATTGAACAGTCAGAATGCAGTGTATTGGGCGAATCGTGCATTTGCACATACAAAACTGGAGGAATATGGAAGTGCTATTCAGGATGCAACAAAAGCTGTTGAAATTGATTCTAAATATACT
AAGGGGTATTACCGGAGAGGTGCTGCATACCTTGCAATGGGCAAATTCAAGGAAGCACTGAAAGATTTTCAGCAGGTTAAGAGAATTTGTCCAAATGATCCTGATGCCACCAAGAAGCTTAAAGAATGTGAGAAAGCAGTCCAAAAACTTAGGTTTATTGAGGCCATCTCAGTGAATGACCATGAGAATCATTCTGTTGT
TGACACCATTGATTATCGTTTAATAGAGGTAGAGCCCCAGTATGCTGGTGCTAGAATAGAAGGAGAAAGTGTAACATTAGAATTTGTAAAGAAAATGATGGACGACTTCAAGAATCAGAAAAATATACACAAAAGGTATGCATTCCAAATATTATTGCAAGTAAGGGATTTGCTGAAGGTGATGCCATCACTGGTTGATA
TCAATGTTCCAAATGGAAAGCAATTCACAGTTTGTGGTGACATCCATGGCCAGTTTTACGACCTTTTGAACATCTTTGAGCTTAATGGGCTTCCTTCGGAGGACAATCCCTATCTTTTTAATGGTGATTTTGTTGATCGAGGATCATTTTCGGTTGAAGTCATACTTGTACTGTTTGCATTCAAGTGTATGTGCCCAACT
GGGCTCTATCTTTCCAGAGGAAATCATGAAAGCAGGAGTATGAACAAGATTTATGGCTTTGAGGGTGAAGTCAAGTCCAAGTACAATGAAAGCATGGTTGAGCTTTTCGCTGAAGTGTTTTGCTGCTTGCCTTTGGCTCATGTCCTCAATGACAAGATTTTTGTTGTCCATGGTGGCCTTTTTAGCGTTGATGGTATAAA
ACTTGATGATATCAGGGCAATTGATCGATTCCGAGAGCCACCTGAAGAGGGTCTGATGTGTGAAATACTTTGGAGTGATCCACAGCCTCGTAAAGGCCGTGGGCCCAGCAAACGAGGCGTCGGTCTGTCCTTTGGAGAAGATGTGACCAAAAGGTTTCTTCAAGAAAACAATCTTGAGCTGGTTGTCAGATCTCATGAAG
TTAAAGAGGAAGGTTATGAAATTGAACACGATGGAAAACTTATCACTGTTTTCTCAGCTCCAAACTATTGTGACCAGATGGGCAACAAGGGTGCATTCATAAATTTCAAGGCCCCAGAACTCAAGCCAGAAATTATCTCATTTTCTGCTGTGCCACATCCTGATGTAAGGCCCATGGCATATGCAAATAATTTCATGAGG
CTTTTCTCCTGATCACCAGAAGGTTTATTCTAGAGGTTGAACACATCCTGATGTAAGGCCCATGGCATATGCAAATAATTTCATGAGGCTTTTCTCCTGATCACCAGAAGGTTTATTCTAGAGGTTGAACACATCGGTGTTCCTCTTTTAGATGACAGCTGAATCCAAGATATTATTTTGTGTCCACTTCTTCGTAACAC
GAGAAATATTTCTATCACTTGATATTTAAGGATAACATTGTGCATGCTTGCTCTTGTTTCGTTAAGGTCAGAGGGTTGAATGAATTTGCAGAAGTCATTTAAGAAAATCTATGCTCATTGGCTTCTGTCCTTCTGAATTCTCTGGTTGATTATATTATTGGTGTTTCTGGTGCTGGAGGTTGTTAAAAGGACTCATGGTC
TGTTATCATGTAATATTTTTGACTAATAAGGTCATTTTTCCAGGTCCCAAATTCCTAAAATCTGTTGGGATGTTCGGACCTGAGGCAAGCGTGCACTCGTTTGTAAATTCATTTTTGGAAATGTTCATTTTTCTTCCAGTGTTCAAAATGAGATACATTTCTGGTATTTAGAGGACGATCTAGGTATATGCTGCAGGACA
TCTTTAGGTCGGCAGGCACAGCTTCTGCTTTATTTCCTACTTCTTCTTGTTTCTCGCATTGTAGAGCACCTAATGTGGAAAAATGAGTGTCCATAGGAATGCTAAGCACTATCTGTGGAATATGAACTTGGGACTAACTGAGACAATAAAAGGTGTAGCTGTTTATGCAGAGGATGCCAAATCTTATTCATAGGTGTCTA
ATACGCACTGAAAAAGTGCAGAACATGCCATGGTATCTATCATTACTTCGGGCTGCACAGTGAGGGATGATTGGTCTGCAAGAGAAAGAATGCTTTACATATTCATGGATGAGGGCATAGACACTTAAGCAGACATTGCTTTCTATGTATCAATTTTCGTAATAGACCCATTTGATGAGTATTTTCTTGCAATGCTGGTT
ATTCATATGTCATCTATAACGATCAAATATTTTTGTTTGAGGCTGAGCTGATCCATGGCAACAGAAAAAAATGCATGTTGATGAATACCTGATTTTGCTGAAAAATGCATTGAACGGCGTTGTATTTTTTAAATGTAAAGTGTTAGGCTGGCGGGACTTGAAAT

>TRINITY_DN119001_c0_g2_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CGTGAATCTTCTCCTTTCTGGTGCGTGTCTTTCACGGGGAACAGCGCGGCGCAGCGCAGCTATCGTATAATCAAATATATAATTGTACAATACAATATATTTATTCAAAATTACAAACGAAACCTCCCCTCCTGGTCACAACTGAAGAGAACAGAGgtacattgtttacttactctcgtcaatttttcatactatttatt
ggatgcattttttaacgtattatggaccttttagtttgaaggtttcttatgggtgatatttcaatcaatacaaatgcagCAGGAGTATTGAAGAAAGGCTATAAAGAATTTGACGAAGCAGTGCAATTTTAGACCAGGATGCTTAAAGAAGGCTTACTTTGATTTGCTACTTGAGGTTGGAATTGATAGTTCTGATAACG
GTTGGAGAGTTGCTTATGGAGTTTGTACTTTAGCAGCTAGGAGCCTTCATATTCGAGACAGACATCCTGAAGAAATGTCCAACATGCATGGGGCTACGACATCAGACATTGAACGAGCAGAGGAATTAAAAGCTATTGCTAATGCAGCATTTCAAGCTCACAAATTTTCCCGAGCCATAGAGCTTTATACACAAGCCATA
GAATTGAACAGTCAGAATGCAGTGTATTGGGCGAATCGTGCATTTGCACATACAAAACTGGAGGAATATGGAAGTGCTATTCAGGATGCAACAAAAGCTGTTGAAATTGATTCTAAATATACTAAGGGGTATTACCGGAGAGGTGCTGCATACCTTGCAATGGGCAAATTCAAGGAAGCACTGAAAGATTTTCAGCAGGT
TAAGAGAATTTGTCCAAATGATCCTGATGCCACCAAGAAGCTTAAAGAATGTGAGAAAGCAGTCCAAAAACTTAGGTTTATTGAGGCCATCTCAGTGAATGACCATGAGAATCATTCTGTTGTTGACACCATTGATTATCGTTTAATAGAGGTAGAGCCCCAGTATGCTGGTGCTAGAATAGAAGGAGAAAGTGTAACAT
TAGAATTTGTAAAGAAAATGATGGACGACTTCAAGAATCAGAAAAATATACACAAAAGGTATGCATTCCAAATATTATTGCAAGTAAGGGATTTGCTGAAGGTGATGCCATCACTGGTTGATATCAATGTTCCAAATGGAAAGCAATTCACAGTTTGTGGTGACATCCATGGCCAGTTTTACGACCTTTTGAACATCTTT
GAGCTTAATGGGCTTCCTTCGGAGGACAATCCCTATCTTTTTAATGGTGATTTTGTTGATCGAGGATCATTTTCGGTTGAAGTCATACTTGTACTGTTTGCATTCAAGTGTATGTGCCCAACTGGGCTCTATCTTTCCAGAGGAAATCATGAAAGCAGGAGTATGAACAAGATTTATGGCTTTGAGGGTGAAGTCAAGTC
CAAGTACAATGAAAGCATGGTTGAGCTTTTCGCTGAAGTGTTTTGCTGCTTGCCTTTGGCTCATGTCCTCAATGACAAGATTTTTGTTGTCCATGGTGGCCTTTTTAGCGTTGATGGTATAAAACTTGATGATATCAGGGCAATTGATCGATTCCGAGAGCCACCTGAAGAGGGTCTGATGTGTGAAATACTTTGGAGTG
ATCCACAGCCTCGTAAAGGCCGTGGGCCCAGCAAACGAGGCGTCGGTCTGTCCTTTGGAGAAGATGTGACCAAAAGGTTTCTTCAAGAAAACAATCTTGAGCTGGTTGTCAGATCTCATGAAGTTAAAGAGGAAGGTTATGAAATTGAACACGATGGAAAACTTATCACTGTTTTCTCAGCTCCAAACTATTGTGACCAG
ATGGGCAACAAGGGTGCATTCATAAATTTCAAGGCCCCAGAACTCAAGCCAGAAATTATCTCATTTTCTGCTGTGCCACATCCTGATGTAAGGCCCATGGCATATGCAAATAATTTCATGAGGCTTTTCTCCTGATCACCAGAAGGTTTATTCTAGAGGTTGAACACATCCTGATGTAAGGCCCATGGCATATGCAAATA
ATTTCATGAGGCTTTTCTCCTGATCACCAGAAGGTTTATTCTAGAGGTTGAACACATCGGTGTTCCTCTTTTAGATGACAGCTGAATCCAAGATATTATTTTGTGTCCACTTCTTCGTAACACGAGAAATATTTCTATCACTTGATATTTAAGGATAACATTGTGCATGCTTGCTCTTGTTTCGTTAAGGTCAGAGGGTT
GAATGAATTTGCAGAAGTCATTTAAGAAAATCTATGCTCATTGGCTTCTGTCCTTCTGAATTCTCTGGTTGATTATATTATTGGTGTTTCTGGTGCTGGAGGTTGTTAAAAGGACTCATGGTCTGTTATCATGTAATATTTTTGACTAATAAGGTCATTTTTCCAGGTCCCAAATTCCTAAAATCTGTTGGGATGTTCGG
ACCTGAGGCAAGCGTGCACTCGTTTGTAAATTCATTTTTGGAAATGTTCATTTTTCTTCCAGTGTTCAAAATGAGATACATTTCTGGTATTTAGAGGACGATCTAGGTATATGCTGCAGGACATCTTTAGGTCGGCAGGCACAGCTTCTGCTTTATTTCCTACTTCTTCTTGTTTCTCGCATTGTAGAGCACCTAATGTG
GAAAAATGAGTGTCCATAGGAATGCTAAGCACTATCTGTGGAATATGAACTTGGGACTAACTGAGACAATAAAAGGTGTAGCTGTTTATGCAGAGGATGCCAAATCTTATTCATAGGTGTCTAATACGCACTGAAAAAGTGCAGAACATGCCATGGTATCTATCATTACTTCGGGCTGCACAGTGAGGGATGATTGGTCT
GCAAGAGAAAGAATGCTTTACATATTCATGGATGAGGGCATAGACACTTAAGCAGACATTGCTTTCTATGTATCAATTTTCGTAATAGACCCATTTGATGAGTATTTTCTTGCAATGCTGGTTATTCATATGTCATCTATAACGATCAAATATTTTTGTTTGAGGCTGAGCTGATCCATGGCAACAGAAAAAAATGCATG
TTGATGAATACCTGATTTTGCTGAAAAATGCATTGAACGGCGTTGTATTTTTTAAATGTAAAGTGTTAGGCTGGCGGGACTTGAAAT

Intron 4 GTCTGTGTTA ... TTGCATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	34.38	42	18	26
A2	11.11	32	5	3
A3	23.08	20	10	2
A4	33.33	15	11	4
A5	36.59	13	9	6
A6	6.67	7	0	1
A7	12.82	17	3	2
A8	23.81	8	2	3
A9	28.57	5	3	1
A10	13.73	22	7	0

>TRINITY_DN133578_c2_g2_i9 from sample A1 / Example spliced isoform

CTTAACTACTAATCCCTCTTTCTTCGTGAATCTTCTCCTTTCTGGTGCGTGTCTTTCACGGGGAACAGCGCGGCGCAGCGCAGCTATCGTATAATCAAATATATAATTGTACAATACAATATATTTATTCAAAATTACAAACGAAACCTCCCCTCCTGGTCACAACTGAAGAGAACAGAGCAGGAGTATTGAAGAAAGGC
TATAAAGAATTTGACGAAGCAGTGCAATTTTAGACCAGGATGCTTAAAGAAGGCTTACTTTGATTTGCTACTTGAGGTTGGAATTGATAGTTCTGATAACGGTTGGAGAGTTGCTTATGGAGTTTGTACTTTAGCAGCTAGGAGCCTTCATATTCGAGACAGACATCCTGAAGAAATGTCCAACATGCATGGGGCTACGA
CATCAGACATTGAACGAGCAGAGGAATTAAAAGCTATTGCTAATGCAGCATTTCAAGCTCACAAATTTTCCCGAGCCATAGAGCTTTATACACAAGCCATAGAATTGAACAGTCAGAATGCAGTGTATTGGGCGAATCGTGCATTTGCACATACAAAACTGGAGGAATATGGAAGTGCTATTCAGGATGCAACAAAAGCT
GTTGAAATTGATTCTAAATATACTAAGGGGTATTACCGGAGAGGTGCTGCATACCTTGCAATGGGCAAATTCAAGGAAGCACTGAAAGATTTTCAGCAGGTTAAGAGAATTTGTCCAAATGATCCTGATGCCACCAAGAAGCTTAAAGAATGTGAGAAAGCAGTCCAAAAACTTAGGTTTATTGAGGCCATCTCAGTGAA
TGACCATGAGAATCATTCTGTTGTTGACACCATTGATTATCGTTTAATAGAGGTAGAGCCCCAGTATGCTGGTGCTAGAATAGAAGGAGAAAGTGTAACATTAGAATTTGTAAAGAAAATGATGGACGACTTCAAAAATCAGAAAAATATACACAAAAGGTATGCATTCCAAATATTATTGCAAGTAAGGGATTTGCTGA
AGGTGATGCCATCACTGGTTGATATCAATGTTCCAAATGGAAAGCAATTCACAGTTTGTGGTGACATCCATGGCCAGTTTTACGACCTTTTGAACATCTTTGAGCTTAATGGGCTTCCTTCGGAGGACAATCCCTATCTTTTTAATGGTGATTTTGTTGATCGAGGATCATTTTCGGTTGAAGTCATACTTGTACTGTTT
GCATTCAAGTGTATGTGCCCAACTGGGCTCTATCTTTCCAGAGGAAATCATGAAAGCAGGAGTATGAACAAGATTTATGGCTTTGAGGGTGAAGTCAAGTCCAAGTACAATGAAAGCATGGTTGAGCTTTTCGCTGAAGTGTTTTGCTGCTTGCCTTTGGCTCATGTCCTCAATGACAAGATTTTTGTTGTCCATGGTGG
CCTTTTTAGCGTTGACGGTATAAAACTTGACGATATCAGGGCAATTGATCGATTCCGAGAGCCACCTGAAGAGGGTCTGATGTGTGAAATACTTTGGAGTGATCCACAGCCTCGTAAAGGCCGTGGGCCCAGCAAACGAGGCGTCGGTCTGTCCTTTGGAGAAGATGTGACCAAAAGGTTTCTTCAAGAAAACAATCTTG
AGCTGGTTGTCAGATCTCATGAAGTTAAAGAGGAAGGTTATGAAATTGAACACGATGGAAAACTTATCACTGTTTTCTCAGCTCCAAACTATTGTGACCAGATGGGCAACAAGGGTGCATTCATAAATTTCAAGGCCCCAGAACTCAAGCCAGAAATTATCTCATTTTCTGCTGTGCCACATCCTGATGTAAGGCCCATG
GCATATGCAAATAATTTCATGAGGCTTTTCTCCTGATCACCAGAAGGTTTATTCTAGAGGTTGAACACATCGGTGTTCCTCTTTTAGATGACAGCTGAATCCAAGATATTATTTTGTGTCCACTTCTTCGTAACACGAGAAATATTTCTATCACTTGATATTTAAGGATAACATTGTGCATGCTTGCTCTTGTTTCGTTA
AGGTCAGAGGGTTGAATGAATTTGCAGAAGTCATTTAAGAAAATCTATGCTCATTGGCTTCTGTCCTTCTGAATTCTCTGGTTGATTATATTATTGGTGTTTCTGGTGCTGGAGGTTGTTAAAAGGACTCATGGTCTGTTATCATGTAATATTTTTGACTAATAAGGTCATTTTTCCAGGTCCCAAATTCCTAAAATCTG
TTGGGATGTTCGGACCTGAGGCAAGCGTGCACTCGTTTGTAAATTCATTTTTGGAAATGTTCATTTTTCTTCCAGTGTTCAAAATGAGATACATTTCTGGTATTTAGAGGACGATCTAGGTATATGCTGCAGGACATCTTTAGGTCGGCAGGCACAGCTTCTGCTTTATTTCCTACTTCTTCTTGTTTCTCGCATTGTAG
AGCACCTAATGTGGAAAAATGAGTGTCCATAGGAATGCTAAGCACTATCTGTGGAATATGAACTTGGGACTAACTGAGACAATAAAAGGTGTAGCTGTTTATGCAGAGGATGCCAAATCTTATTCATAGGTGTCTAATACGCACTGAAAAAGTGCAGAACATGCCATGGTATCTATCATTACTTCGGGCTGCACAGTGAG
GGATGATTGGTCTGCAAGAGAAAGAATGCTTTACATATTCATGGATGAGGGCATAGACACTTAAGCAGACATTGCTTTCTATGTATCAATTTTCGTAATAAACCCATTTGATGAGTATTTTCTTGCAATGCTGGTTATTCATATGTCATCTATAACGATCAAATATTTTTGTTTGAGGCTGAGCTGATCCATGGCAACAG
AAAAAAATGCATGTTGATGAATACCTGATTTTGCTGAAAAATGCATTGAACGGCGTTGTATTTTTTAAATGTAAAGTGTTAGGCTGGCGGGACTTGAAATTTTGAACCTAATTTGATATTTCCAATTTAAAAGTGCTTTAATTTTGGGATAAGTGTAGTGTCCCAGGTAAAGCTGCCATAAAT

>TRINITY_DN133578_c2_g2_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CTTAACTACTAATCCCTCTTTCTTCGTGAATCTTCTCCTTTCTGGTGCGTGTCTTTCACGGGGAACAGCGCGGCGCAGCGCAGCTATCGTATAATCAAATATATAATTGTACAATACAATATATTTATTCAAAATTACAAACGAAACCTCCCCTCCTGGTCACAACTGAAGAGAACAGAGCAGGAGTATTGAAGAAAGGC
TATAAAGAATTTGACGAAGCAGTGCAATTTTAGACCAGGATGCTTAAAGAAGGCTTACTTTGATTTGCTACTTGAGGTTGGAATTGATAGTTCTGATAACGGTTGGAGAGTTGCTTATGGAGTTTGTACTTTAGCAGCTAGGAGCCTTCATATTCGAGACAGACATCCTGAAGAAATGTCCAACATGCATGGGGCTACGA
CATCAGACATTGAACGAGCAGAGGAATTAAAAGCTATTGCTAATGCAGCATTTCAAGCTCACAAATTTTCCCGAGCCATAGAGCTTTATACACAAGCCATAGAATTGAACAGTCAGAATGCAGTGTATTGGGCGAATCGTGCATTTGCACATACAAAACTGGAGGAATATGGAAGTGCTATTCAGGATGCAACAAAAGCT
GTTGAAATTGATTCTAAATATACTAAGgtctgtgttaatgtggtctattttcctacccccatgactgatatatgtgtccgatttttgatgatcttgacattgataataacttgcatgcagGGGTATTACCGGAGAGGTGCTGCATACCTTGCAATGGGCAAATTCAAGGAAGCACTGAAAGATTTTCAGCAGGTTAAGAG
AATTTGTCCAAATGATCCTGATGCCACCAAGAAGCTTAAAGAATGTGAGAAAGCAGTCCAAAAACTTAGGTTTATTGAGGCCATCTCAGTGAATGACCATGAGAATCATTCTGTTGTTGACACCATTGATTATCGTTTAATAGAGGTAGAGCCCCAGTATGCTGGTGCTAGAATAGAAGGAGAAAGTGTAACATTAGAAT
TTGTAAAGAAAATGATGGACGACTTCAAAAATCAGAAAAATATACACAAAAGGTATGCATTCCAAATATTATTGCAAGTAAGGGATTTGCTGAAGGTGATGCCATCACTGGTTGATATCAATGTTCCAAATGGAAAGCAATTCACAGTTTGTGGTGACATCCATGGCCAGTTTTACGACCTTTTGAACATCTTTGAGCTT
AATGGGCTTCCTTCGGAGGACAATCCCTATCTTTTTAATGGTGATTTTGTTGATCGAGGATCATTTTCGGTTGAAGTCATACTTGTACTGTTTGCATTCAAGTGTATGTGCCCAACTGGGCTCTATCTTTCCAGAGGAAATCATGAAAGCAGGAGTATGAACAAGATTTATGGCTTTGAGGGTGAAGTCAAGTCCAAGTA
CAATGAAAGCATGGTTGAGCTTTTCGCTGAAGTGTTTTGCTGCTTGCCTTTGGCTCATGTCCTCAATGACAAGATTTTTGTTGTCCATGGTGGCCTTTTTAGCGTTGACGGTATAAAACTTGACGATATCAGGGCAATTGATCGATTCCGAGAGCCACCTGAAGAGGGTCTGATGTGTGAAATACTTTGGAGTGATCCAC
AGCCTCGTAAAGGCCGTGGGCCCAGCAAACGAGGCGTCGGTCTGTCCTTTGGAGAAGATGTGACCAAAAGGTTTCTTCAAGAAAACAATCTTGAGCTGGTTGTCAGATCTCATGAAGTTAAAGAGGAAGGTTATGAAATTGAACACGATGGAAAACTTATCACTGTTTTCTCAGCTCCAAACTATTGTGACCAGATGGGC
AACAAGGGTGCATTCATAAATTTCAAGGCCCCAGAACTCAAGCCAGAAATTATCTCATTTTCTGCTGTGCCACATCCTGATGTAAGGCCCATGGCATATGCAAATAATTTCATGAGGCTTTTCTCCTGATCACCAGAAGGTTTATTCTAGAGGTTGAACACATCGGTGTTCCTCTTTTAGATGACAGCTGAATCCAAGAT
ATTATTTTGTGTCCACTTCTTCGTAACACGAGAAATATTTCTATCACTTGATATTTAAGGATAACATTGTGCATGCTTGCTCTTGTTTCGTTAAGGTCAGAGGGTTGAATGAATTTGCAGAAGTCATTTAAGAAAATCTATGCTCATTGGCTTCTGTCCTTCTGAATTCTCTGGTTGATTATATTATTGGTGTTTCTGGT
GCTGGAGGTTGTTAAAAGGACTCATGGTCTGTTATCATGTAATATTTTTGACTAATAAGGTCATTTTTCCAGGTCCCAAATTCCTAAAATCTGTTGGGATGTTCGGACCTGAGGCAAGCGTGCACTCGTTTGTAAATTCATTTTTGGAAATGTTCATTTTTCTTCCAGTGTTCAAAATGAGATACATTTCTGGTATTTAG
AGGACGATCTAGGTATATGCTGCAGGACATCTTTAGGTCGGCAGGCACAGCTTCTGCTTTATTTCCTACTTCTTCTTGTTTCTCGCATTGTAGAGCACCTAATGTGGAAAAATGAGTGTCCATAGGAATGCTAAGCACTATCTGTGGAATATGAACTTGGGACTAACTGAGACAATAAAAGGTGTAGCTGTTTATGCAGA
GGATGCCAAATCTTATTCATAGGTGTCTAATACGCACTGAAAAAGTGCAGAACATGCCATGGTATCTATCATTACTTCGGGCTGCACAGTGAGGGATGATTGGTCTGCAAGAGAAAGAATGCTTTACATATTCATGGATGAGGGCATAGACACTTAAGCAGACATTGCTTTCTATGTATCAATTTTCGTAATAAACCCAT
TTGATGAGTATTTTCTTGCAATGCTGGTTATTCATATGTCATCTATAACGATCAAATATTTTTGTTTGAGGCTGAGCTGATCCATGGCAACAGAAAAAAATGCATGTTGATGAATACCTGATTTTGCTGAAAAATGCATTGAACGGCGTTGTATTTTTTAAATGTAAAGTGTTAGGCTGGCGGGACTTGAAATTTTGAAC
CTAATTTGATATTTCCAATTTAAAAGTGCTTTAATTTTGGGATAAGTGTAGTGTCCCAGGTAAAGCTGCCATAAAT

Intron 5 GTACATTGTT ... ACTTTAGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	73.53	9	8	25
A2	68.89	28	16	62
A3	77.36	12	7	41
A4	84.21	3	1	16
A5	71.43	6	5	15
A6	56.25	7	2	9
A7	70.18	17	4	40
A8	74.07	7	2	20
A9	77.14	8	3	27
A10	68.29	13	2	28

>TRINITY_DN100190_c0_g1_i7 from sample A5 / Example spliced isoform

TGTCAATCAACTTAACTACTAATCCCTCTTTCTTCGTGAATCTTCTCCTTTCTGGTGCGTGTCTTTCACGGGGAACAGCGCGGCGCAGCGCAGCTATCGTATAATCAAATATATAATTGTACAATACAATATATTTATTCAAAATTACAAACGAAACCTCCCCTCCTGGTCACAACTGAAGAGAACAGAGCTAGGAGCCT
TCATATTCGAGACAGACATCCTGAAGAAATGTCCAACATGCATGGGGCTACGACATCAGACATTGAACGAGCAGAGGAATTAAAAGCTATTGCTAATGCAGCATTTCAAGCTCACAAATTTTCCCGAGCCATAGAGCTTTATACACAAGCCATAGAATTGAACAGTCAGAATGCAGTGTATTGGGCGAATCGTGCATTTG
CACATACAAAACTGGAGGAATATGGAAGTGCTATTCAGGATGCAACAAAAGCTGTTGAAATTGATTCTAAATATACTAAGGTCTGTGTTAATGTGGTCTATTTTCCTACCCCCATGACTGATATATGTGTCCGATTTTTGATGATCTTGACATTGATAATAACTTGCATGCAGGGGTT

>TRINITY_DN100190_c0_g1_i8 from sample A5 / Example unspliced isoform:

TGTCAATCAACTTAACTACTAATCCCTCTTTCTTCGTGAATCTTCTCCTTTCTGGTGCGTGTCTTTCACGGGGAACAGCGCGGCGCAGCGCAGCTATCGTATAATCAAATATATAATTGTACAATACAATATATTTATTCAAAATTACAAACGAAACCTCCCCTCCTGGTCACAACTGAAGAGAACAGAGgtacattgtt
tacttactctcgtcaaattttcatactatttattggatgcattttttaacgtattatggaccgtttagtttgaaggtttcttatgggtgatatttcaatcaatacaaatgcagcaggagtattgaagaaaggctataaagaatttgacgaagcagtgcaattttagaccaggatgcttaaagaaggcttactttgatttg
ctacttgaggttggaattgatagttctgataacggttggagagttgcttatggagtttgtactttagcagCTAGGAGCCTTCATATTCGAGACAGACATCCTGAAGAAATGTCCAACATGCATGGGGCTACGACATCAGACATTGAACGAGCAGAGGAATTAAAAGCTATTGCTAATGCAGCATTTCAAGCTCACAAATT
TTCCCGAGCCATAGAGCTTTATACACAAGCCATAGAATTGAACAGTCAGAATGCAGTGTATTGGGCGAATCGTGCATTTGCACATACAAAACTGGAGGAATATGGAAGTGCTATTCAGGATGCAACAAAAGCTGTTGAAATTGATTCTAAATATACTAAGGGGTATTACCGGAGAGGTGCTGCATACCTTGCAATGGGCA
AATTCAAGGAAGCACTGAAAGATTTTCAGCAGGTTAAGAGAATTTGTCCAAATGATCCTGATGCCACCAAGAAGCTTAAAGAATGTGAGAAAGCAGTCCAAAAACTTAGGTTTATTGAGGCCATCTCAGTGAATGACCATGAGAATCATTCTGTTGTTGACACCATTGATTATCGTTTAATAGAGGTAGAGCCCCAGTAT
GCTGGTGCTAGAATAGAAGGAGAAAGTGTAACATTAGAATTTGTAAAGAAAATGATGGACGACTTCAAAAATCAGAAAAATATACACAAAAGGTATGCATTCCAAATATTATTGCAAGTAAGGGATTTGCTGAAGGTGATGCCATCACTGGTTGATATCAATGTTCCAAATGGAAAGCAATTCACAGTTTGTGGTGACAT
CCATGGCCAGTTTTACGACCTTTTGAACATCTTTGAGCTTAATGGGCTTCCTTCGGAGGACAATCCCTATCTTTTTAATGGTGATTTTGTTGATCGAGGATCATTTTCGGTTGAAGTCATACTTGTACTGTTTGCATTCAAGTGTATGTGCCCAACTGGGCTCTATCTTTCCAGAGGAAATCATGAAAGCAGGAGTATGA
ACAAGATTTATGGCTTTGAGGGTGAAGTCAAGTCCAAGTACAATGAAAGCATGGTTGAGCTTTTCGCTGAAGTGTTTTGCTGCTTGCCTTTGGCTCATGTCCTCAATGACAAGATTTTTGTTGTCCATGGTGGCCTTTTTAGCGTTGACGGTATAAAACTTGACGATATCAGGGCAATTGATCGATTCCGAGAGCCACCT
GAAGAGGGTCTGATGTGTGAAATACTTTGGAGTGATCCACAGCCTCGTAAAGGCCGTGGGCCCAGCAAACGAGGCGTCGGTCTGTCCTTTGGAGAAGATGTGACCAAAAGGTTTCTTCAAGAAAACAATCTTGAGCTGGTTGTCAGATCTCATGAAGTTAAAGAGGAAGGTTATGAAATTGAACACGATGGAAAACTTAT
CACTGTTTTCTCAGCTCCAAACTATTGTGACCAGATGGGCAACAAGGGTGCATTCATAAATTTCAAGGCCCCAGAACTCAAGCCAGAAATTATCTCATTTTCTGCTGTGCCACATCCTGATGTAAGGCCCATGGCATATGCAAATAATTTCATGAGGCTTTTCTCCTGATCACCAGAAGGTTTATTCTAGAGGTTGAACA
CATCGGTGTTCCTCTTTTAGATGACAGCTGAATCCAAGATATTATTTTGTGTCCACTTCTTCGTAACACGAGAAATATTTCTATCACTTGATATTTAAGGATAACATTGTGCATGCTTGCTCTTGTTTCGTTAAGGTCAGAGGGTTGAATGAATTTGCAGAAGTCATTTAAGAAAATCTATGCTCATTGGCTTCTGTCCT
TCTGAATTCTCTGGTTGATTATATTATTGGTGTTTCTGGTGCTGGAGGTTGTTAAAAGGACTCATGGTCTGTTATCATGTAATATTTTTGACTAATA

Intron 6 GTAATGTTTC ... GCTTCAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	22.22	7	2	0
A2	35.71	9	5	0
A3	10.53	17	2	0
A4	14.29	6	1	0
A5	13.33	13	2	0
A6	3.23	30	1	0
A7	26.32	28	10	0
A8	20	28	7	0
A9	19.57	37	9	1
A10	26.83	30	11	0

>TRINITY_DN39803_c0_g1_i1 from sample A9 / Example spliced isoform

CTTAACTACTAATCCCTCTTTCTTCGTGAATCTTCTCCTTTCTGGTGCGTGTCTTTCACGGGGAACAGCGCGGCGCAGCGCAGCTATCGTATAATCAAATATATAATTGTACAATACAATATATTTATTCAAAATTACAAACGAAACCTCCCCTCCTGGTCACAACTGAAGAGAACAGAGCAGGAGTATTGAAGAAAGGC
TATAAAGAATTTGACGAAGCAGTGCAATTTTAGACCAGGATGCTTAAAGAAGGCTTACTTTGATTTGCTACTTGAGGTTGGAATTGATAGTTCTGATAACGGTTGGAGAGTTGCTTATGGAGTTTGTACTTTAGCAGCTAGGAGCCTTCATATTCGAGACAGACATCCTGAAGAAATGTCCAACATGCATGGGGCTACGA
CATCAGACATTGAACGAGCAGAGGAATTAAAAGCTATTGCTAATGCAGCATTTCAAGCTCACAAATTTTCCCGAGCCATAGAGCTTTATACACAAGCCATAGAATTGAACAGTCAGAATGCAGTGTATTGGGCGAATCGTGCATTTGCACATACAAAACTGGAGGAATATGGAAGTGCTATTCAGGATGCAACAAAAGCT
GTTGAAATTGATTCTAAATATACTAAGGGGTATTACCGGAGAGGTGCTGCATACCTTGCAATGGGCAAATTCAAGGAAGCACTGAAAGATTTTCAGCAGGTTAAGAGAATTTGTCCAAATGATCCTGATGCCACCAAGAAGCTTAAAGAATGTGAGAAAGCAGTCCAAAAACTTAGGTTTATTGAGGCCATCTCAGTGAA
TGACCATGAGAATCATTCTGTTGTTGACACCATTGATTATCGTTTAATAGAGGTAGAGCCCCAGTATGCTGGTGCTAGAATAGAAGGAGAAAGTGTAACATTAGAATTTGTAAAGAAAATGATGGACGACTTCAAGAATCAGAAAAATATACACAAAAGGTATGCATTCCAAATATTATTGCAAGTAAGGGATTTGCTGA
AGGTGATGCCATCACTGGTTGATATCAATGTTCCAAATGGAAAGCAATTCACAGTTTGTGGTGACATCCATGGCCAGTTTTACGACCTTTTGAACATCTTTGAGCTTAATGGGCTTCCTTCGGAGGACAATCCCTATCTTTTTAATGGTGATTTTGTTGATCGAGGATCATTTTCGGTTGAAGTCATACTTGTACTGTTT
GCATTCAAGTGTATGTGCCCAACTGGGCTCTATCTTTCCAGAGGAAATCATGAAAGCAGGAGTATGAACAAGATTTATGGCTTTGAGGGTGAAGTCAAGTCCAAGTACAATGAAAGCATGGTTGAGCTTTTCGCTGAAGTGTTTTGCTGCTTGCCTTTGGCTCATGTCCTCAATGACAAGATTTTTGTTGTCCATGGTGG
CCTTTTTAGCGTTGACGGTATAAAACTTGACGATATCAGGGCAATTGATCGATTCCGAGAGCCACCTGAAGAGGGTCTGATGTGTGAAATACTTTGGAGTGATCCACAGCCTCGTAAAGGCCGTGGGCCCAGCAAACGAGGCGTCGGTCTGTCCTTTGGAGAAGATGTGACCAAAAGGTTTCTTCAAGAAAACAATCTTG


AGCTGGTTGTCAGATCTCATGAAGTTAAAGAGGAAGGTTATGAAATTGAACACGATGGAAAACTTATCACTGTTTTCTCAGCTCCAAACTATTGTGACCAGATGGGCAACAAGGGTGCATTCATAAATTTCAAGGCCCCAGAACTCAAGCCAGAAATTATCTCATTTTCTGCTGTGCCACATCCTGATGTAAGGCCCATG
GCATATGCAAATAATTTCATGAGGCTTTTCTCCTGATCACCAGAAGGTTTATTCTAGAGGTTGAACACATCGGTGTTCCTCTTTTAGATGACAGCTGAATCCAAGATATTATTTTGTGTCCACTTCTTCGTAACACGAGAAATATTTCTATCACTTGATATTTAAGGATAACATTGTGCATGCTTGCTCTTGTTTCGTTA
AGGTCAGAGGGTTGAATGAATTTGCAGAAGTCATTTAAGAAAATCTATGCTCATTGGCTTCTGTCCTTCTGAATTCTCTGGTTGATTATATTATTGGTGTTTCTGGTGCTGGAGGTTGTTAAAAGGACTCATGGTCTGTTATCATGTAATATTTTTGACTAATAAGGTCATTTTTCCAGGTCCCAAATTCCTAAAATCTG
TTGGGATGTTCGGACCTGAGGCAAGCGTGCACTCGTTTGTAAATTCATTTTTGGAAATGTTCATTTTTCTTCCAGTGTTCAAAATGAGATACATTTCTGGTATTTAGAGGACGATCTAGGTATATGCTGCAGGACATCTTTAGGTCGGCAGGCACAGCTTCTGCTTTATTTCCTACTTCTTCTTGTTTCTCGCATTGTAG
AGCACCTAATGTGGAAAAATGAGTGTCCATAGGAATGCTAAGCACTATCTGTGGAATATGAACTTGGGACTAACTGAGACAATAAAAGGTGTAGCTGTTTATGCAGAGGATGCCAAATCTTATTCATAGGTGTCTAATACGCACTGAAAAAGTGCAGAACATGCCATGGTATCTATCATTACTTCGGGCTGCACAGTGAG
GGATGATTGGTCTGCAAGAGAAAGAATGCTTTACATATTCATGGATGAGGGCATAGACACTTAAGCAGACATTGCTTTCTATGTATCAATTTTCGTAATAGACCCATTTGATGAGTATTTTCTTGCAATGCTGGTTATTCATATGTCATCTATAACGATCAAATATTTTTGTTTGAGGCTGAGCTGATCCATGGCAACAG
AAAAAAATGCATGTTGATGAATACCTGATTTTGCTGAAAAATGCATTGAACGGCGTTGTATTTTTTAAATGTAAAGTGTTAGGCTGGCGGGACTTGAAATTTTGAACCTAATTTGATATTTCCAATTTAAAAGTGCTTTAATTTTGGGATAAGTGTAGTATCCCAGGTAAAGCTGCCATAAATGGTAATTTATTTGAATG
TTCATGTGATATTTTTGTTAGTAGTTTGACAG

>TRINITY_DN39803_c0_g1_i3 from sample A9 / Example unspliced isoform:

CTTAACTACTAATCCCTCTTTCTTCGTGAATCTTCTCCTTTCTGGTGCGTGTCTTTCACGGGGAACAGCGCGGCGCAGCGCAGCTATCGTATAATCAAATATATAATTGTACAATACAATATATTTATTCAAAATTACAAACGAAACCTCCCCTCCTGGTCACAACTGAAGAGAACAGAGCAGGAGTATTGAAGAAAGGC
TATAAAGAATTTGACGAAGCAGTGCAATTTTAGACCAGGATGCTTAAAGAAGGCTTACTTTGATTTGCTACTTGAGGTTGGAATTGATAGTTCTGATAACGGTTGGAGAGTTGCTTATGGAGTTTGTACTTTAGCAGCTAGGAGCCTTCATATTCGAGACAGACATCCTGAAGAAATGTCCAACATGCATGGGGCTACGA
CATCAGACATTGAACGAGCAGAGGAATTAAAAGCTATTGCTAATGCAGCATTTCAAGCTCACAAATTTTCCCGAGCCATAGAGCTTTATACACAAGCCATAGAATTGAACAGTCAGAATGCAGTGTATTGGGCGAATCGTGCATTTGCACATACAAAACTGGAGGAATATGGAAGTGCTATTCAGGATGCAACAAAAGCT
GTTGAAATTGATTCTAAATATACTAAGGGGTATTACCGGAGAGGTGCTGCATACCTTGCAATGGGCAAATTCAAGGAAGCACTGAAAGATTTTCAGCAGGTTAAGAGAATTTGTCCAAATGATCCTGATGCCACCAAGAAGCTTAAAGAATGTGAGAAAGCAGTCCAAAAACTTAGGTTTATTGAGGCCATCTCAGTGAA
TGACCATGAGAATCATTCTGTTGTTGACACCATTGATTATCGTTTAATAGAGGTAGAGCCCCAGTATGCTGGTGCTAGAATAGAAGGAGAAAGTGTAACATTAGAATTTGTAAAGAAAATGATGGACGACTTCAAGAATCAGAAAAATATACACAAAAGGTATGCATTCCAAATATTATTGCAAGTAAGGGATTTGCTGA
AGGTGATGCCATCACTGGTTGATATCAATGTTCCAAATGGAAAGCAATTCACAGTTTGTGGTGACATCCATGGCCAGTTTTACGACCTTTTGAACATCTTTGAGCTTAATGGGCTTCCTTCGGAGGACAATCCCTATCTTTTTAATGGTGATTTTGTTGATCGAGGATCATTTTCGGTTGAAGTCATACTTGTACTGTTT
GCATTCAAGTGTATGTGCCCAACTGGGCTCTATCTTTCCAGAGGAAATCATGAAAGCAGGAGTATGAACAAGATTTATGGCTTTGAGGGTGAAGTCAAGTCCAAGTACAATGAAAGCATGGTTGAGCTTTTCGCTGAAGTGTTTTGCTGCTTGCCTTTGGCTCATGTCCTCAATGACAAGATTTTTGTTGTCCATGGTGG
CCTTTTTAGCGTTGACGGTATAAAACTTGACGATATCAGGGCAATTGATCGATTCCGAGAGCCACCTGAAGAGGGTCTGATGTGTGAAATACTTTGGAGTGATCCACAGCCTCGTAAAGGCCGTGGGCCCAGCAAACGAGGCGTCGGTCTGTCCTTTGGAGAAGATGTGACCAAAAGGTTTCTTCAAGAAAACAATCTTG


gtaatgtttcattacaagcatatgctctatgctttgttatctgcttattacttgggccctttcaaatctgaaagggcttgaaaacattagtttcttgggcagtgtcttaactaaaatatttgtgcttcaacagAGCTGGTTGTCAGATCTCATGA