NA ----> NA

Intron 1 GTAACGCTTT ... TCCCTGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	46.67	8	2	7
A2	83.33	3	1	15
A3	72.73	6	2	16
A4	62.5	9	0	15
A5	83.33	1	0	5
A6	77.68	25	4	87
A7	67.39	15	4	31
A8	74.07	7	0	20
A9	73.24	19	3	52
A10	78.46	14	7	51

>TRINITY_DN36537_c0_g1_i1 from sample A9 / Example spliced isoform

GGAACCACGAGTTACTTGAGGACACCAGTCTTACTCTAAAGTTCCAAAATTCTACAATTACTTTACCCAGTACAAGGTGAAATATCCGGTTTGATAGCAATTGCTTATCCAATCACGATTCTCAAACCCAAGCGCTACAAATTTGAATCTGCTAGAGTGATATATATAATTATATTGGGTTTGGCATCTAGGCATTCTTC
GCGTGTGCACTGATCAGCGATATCTGTAACAACTGCCAAACCATGAGCTACCAGAACAATAAGGGAATGGTGGAGGGTTATCCACCACCAGGCTATACACCCCCCTACCCATATCCACCCCCAGGGTATCAGGGCCCCCCTGCACCTGGTTACCCTTATCCACCACCGCCACCTCCTGGCTACCAACCTCCTCTTGATCA
AGCACACTGCTGTCATCATGGATCTCCTCAAGGATATCAACAGGGTTACCAGGGGTATTTCAATCCGGGATATCCACCTCAGCAGTACCCTCCACCTCAGCAGTACTCTACATTTTCTTCACCCGATACTCAAGGCGGATACACCGGCTTTTTAGAAGGATGCATGGCAGCTCTTTGCTGCTGCTGTTTGCTTGGGGAGT
GCTGCCCGTGATATGGTATAAATGTATATGAAGAAAGTGCTAGCAGCAATTGGTTTGAAGATGTGCAATGAGTAAGATATGGGCCATCCAGTTTGAAGCTTTTTCTCATTGTTCTGTTTCTTGACTCTGCCAAACAGGATTAAGAGCAAGAAGCTATTAATGTGGACAGGCACATGTTGAAGTAGTGTTTTCCATGTTGG
ATTAGTAGTAAAGTGTTTGAGATTACCATCATTAATAGCTGAAATGGGTTGGTTTTATATTGTAAAGATCTATTTTATGATTGCTTGAAAACTGCGGGAGAGATGAAAAACTAGTTCTTTACTATATATTTTGTGTATGTAACATGAGATTTTGGGTTTTATTATACATGCCAGATTTGGAACCATGCTATGGGATACTT
GTAAGAGAGTTTTCTTACGAATTGTGAATATCCTTTCTGTTTGGATAGCATTGCCTTCTGCTCAAGGGATGATAATTGAGTAGATGCCTGATTGGAGGCCTGAACGTGTGTTTTACCAGTTGAAAAATGTGGCCCATTACTGTCTATTTAGTTTATGTAACATGCTTCCTTTGTGTTTTATTGTGCATGCTAGAATTGGA
ACGGTT

>TRINITY_DN36537_c0_g1_i5 from sample A9 / Example unspliced isoform:

GGAACCACGAGTTACTTGAGGACACCAGTCTTACTCTAAAGTTCCAAAATTCTACAATTACTTTACCCAGTACAAGGTGAAATATCCGGTTTGATAGCAATTGCTTATCCAATCACGgtaacgctttccttaactggtccggcgcttttttaagttatttgctgattcttcttaaccccaaccctacctctaaccctacc
gaggatagaaaagcacccaaagtcacaggattcggggctaattctgtcttgcttagctggttctcccgattctgccatttctgatctgtattcctattatttctctccgataactaaaaacattttgatattttccctggcagATTCTCAAACCCAAGCGCTACAAATTTGAATCTGCTAGAGTGATATATATAATTATA
TTGGGTTTGGCATCTAGGCATTCTTCGCGTGTGCACTGATCAGCGATATCTGTAACAACTGCCAAACCATGAGCTACCAGAACAATAAGGGAATGGTGGAGGGTTATCCACCACCAGGTAAGTTGATTATTTTTGTGTAGTTATTCTCTATTTTGTCTCTCTTAACCATTATGTCAATTTGCGATGACTATTATAATTGC
TAAATCTCGTGGAGAATGATGGATATTTCATGACTGCAATTGGTTTGCTGTTAATTTGTCTTGTTTCATTATTAGATGCAGGGACTGAGAATGATCAGTAGTATATTTCCGGAAGTGGGTATATGTTAAATTCACATATCTGATTGCCAATTTAGTGGAAAACTGATGGGTTTTCTTTGGTTGCAATTGGGTATATGTTA
ATTTTCCCCTTTTTTCTACTGTTTGATTTGTAGGCTATACACCCCCCTACCCATATCCACCCCCAGGGTATCAGGGCCCCCCTGCACCTGGTTACCCTTATCCACCACCGCCACCTCCTGGCTACCAACCTCCTCTTGATCAAGCACACTGCTGTCATCATGGATCTCCTCAAGGATATCAACAGGGTTACCAGGGGTAT
TTCAATCCGGGATATCCACCTCAGCAGTACCCTCCACCTCAGCAGTACTCTACATTTTCTTCACCCGATACTCAAGGCGGATACACCGGCTTTTTAGAAGGATGCATGGCAGCTCTTTGCTGCTGCTGTTTGCTTGGGGAGTGCTGCCCGTGATATGGTATAAATGTATATGAAGAAAGTGCTAGCAGCAATTGGTTTGA
AGATGTGCAATGAGTAAGATATGGGCCATCCAGTTTGAAGCTTTTTCTCATTGTTCTGTTTCTTGACTCTGCCAAACA

Intron 2 GTAACGCTTT ... TCCCTGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	43.75	9	4	7
A2	83.33	3	1	15
A3	72.73	6	2	16
A4	62.5	9	0	15
A5	83.33	1	0	5
A6	77.68	25	4	87
A7	67.39	15	4	31
A8	74.07	7	0	20
A9	73.24	19	3	52
A10	77.27	15	7	51

>TRINITY_DN39840_c0_g1_i1 from sample A10 / Example spliced isoform

CGCAAAACCGACGCTTAATACCGTCCATGGAACCACGAGTTACTTGAGGACACCAGTCTTACTCTAAAGTTCCAAAATTCTACAATTACTTTACCCAGTACAAGGTGAAATATCCGGTTTGATAGCAATTGCTTATCCAATCACGATTCTCAAACCCAAGCGCTACAAATTTGAATCTGCTAGAGTGATATATATAATTA
TATTGGGTTTGGCATCTAGGCATTCTTCGCGTGTGCACTGATCAGCGATATCTGTAACAACTGCCAAACCATGAGCTACCAGAACAATAAGGGAATGGTGGAGGGTTATCCACCACCAGGCTATACACCCCCCTACCCATATCCACCCCCAGGGTATCAGGGCCCCCCTGCACCTGGTTACCCTTATCCACCACCGCCAC
CTCCTGGCTACCAACCTCCTCTTGATCAAGCACACTGCTGTCATCATGGATCTCCTCAAGGATATCAACAGGGTTACCAGGGGTATTTCAATCCGGGATATCCACCTCAGCAGTACCCTCCACCTCAGCAGTACTCTACATTTTCTTCACCCGATACTCAAGGCGGATACACCGGCTTTTTAGAAGGATGCATGGCAGCT
CTTTGCTGCTGCTGTTTGCTTGGGGAGTGCTGCCCGTGATATGGTATAAATGTATATGAAGAAAGTGCTAGCAGCAATTGGTTTGAAGATGTGCAATGAGTAAGATATGGGCCATCCAGTTTGAAGCTTTTTCTCATTGTTCTGTTTCTTGACTCTGCCAAACAGGATTAAGAGCAAGAAGCTATTAATGTGGACAGGCA
CATGTTGAAGTAGTGTTTTCCATGTTGGATTAGTAGTAAAGTGTTTGAGATTACCATCATTAATAGCTGAAATGGGTTGGTTTTATATTGTAAAGATCTATTTTATGATTGCTTGAAAACTGCGGGAGAGATGAAAAACTAGTTCTTTACTATATATTTTGTGTATGTAACATGAGATTTTGGGTTTTATTATACATGCC
AGATTTGGAACCATGCTATGGGATACTTGTAAGAGAGTTTTCTTACGAATTGTGAATATCCTTTCTGTTTGGATAGCATTGCCTTCTGCTCAAGGGATGATAATTGAGTAGATGCCTGATTGGAGGCCTGAACGTGTGTTTTACCAGTTGAAAAATGTGGCCCATTACTGTCTATTTAGTTTATGTAACATGCTTCC

>TRINITY_DN39840_c0_g1_i2 from sample A10 / Example unspliced isoform:

CGCAAAACCGACGCTTAATACCGTCCATGGAACCACGAGTTACTTGAGGACACCAGTCTTACTCTAAAGTTCCAAAATTCTACAATTACTTTACCCAGTACAAGGTGAAATATCCGGTTTGATAGCAATTGCTTATCCAATCACGgtaacgctttccttaactggtccggcgctttttttaagttatttgctgattcttc
ttaaccccaaccctacctctaaccctaccgaggatagaaaagcacccaaagtcacaggattcggggctaattctgtcttgcttagctggttctcccgattctgccatttctgatctgtattcctattatttctctccgataactaaaaacattttgatattttccctggcagATTCTCAAACCCAAGCGCTACAAATTTG
AATCTGCTAGAGTGATATATATAATTATATTGGGTTTGGCATCTAGGCATTCTTCGCGTGTGCACTGATCAGCGATATCTGTAACAACTGCCAAACCATGAGCTACCAGAACAATAAGGGAATGGTGGAGGGTTATCCACCACCAGGCTATACACCCCCCTACCCATATCCACCCCCAGGGTATCAGGGCCCCCCTGCAC
CTGGTTACCCTTATCCACCACCGCCACCTCCTGGCTACCAACCTCCTCTTGATCAAGCACACTGCTGTCATCATGGATCTCCTCAAGGATATCAACAGGGTTACCAGGGGTATTTCAATCCGGGATATCCACCTCAGCAGTACCCTCCACCTCAGCAGTACTCTACATTTTCTTCACCCGATACTCAAGGCGGATACACC
GGCTTTTTAGAAGGATGCATGGCAGCTCTTTGCTGCTGCTGTTTGCTTGGGGAGTGCTGCCCGTGATATGGTATAAATGTATATGAAGAAAGTGCTAGCAGCAATTGGTTTGAAGATGTGCAATGAGTAAGATATGGGCCATCCAGTTTGAAGCTTTTTCTCATTGTTCTGTTTCTTGACTCTGCCAAACAGGATTAAGA
GCAAGAAGCTATTAATGTGGACAGGCACATGTTGAAGTAGTGTTTTCCATGTTGGATTAGTAGTAAAGTGTTTGAGATTACCATCATTAATAGCTGAAATGGGTTGGTTTTATATTGTAAAGATCTATTTTATGATTGCTTGAAAACTGCGGGAGAGATGAAAAACTAGTTCTTTACTATATATTTTGTGTATGTAACAT
GAGATTTTGGGTTTTATTATACATGCCAGATTTGGAACCATGCTATGGGATACTTGTAAGAGAGTTTTCTTACGAATTGTGAATATCCTTTCTGTTTGGATAGCATTGCCTTCTGCTCAAGGGATGATAATTGAGTAGATGCCTGATTGGAGGCCTGAACGTGTGTTTTACCAGTTGAAAAATGTGGCCCATTACTGTCT
ATTTAGTTTATGTAACATGCTTCC

Intron 3 GTAAGCATTC ... ATGCACGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	29.41	12	1.5	5
A2	27.27	8	1.5	3
A3	60	4	1	6
A4	20	8	1	2
A5	0	1	0	0
A6	32.8	84	3	41
A7	28.57	35	6	14
A8	25	36	4.5	12
A9	20.55	58	4	15
A10	25.58	32	1.5	11

>TRINITY_DN47605_c2_g2_i4 from sample A7 / Example spliced isoform

CCACGAGTTACTTGAGGACACCAGTCTTACTCTAAAGTTCCAAAATTCTACAATTACTTTACCCAGTACAAGGTGAAATATCCGGTTTGATAGCAATTGCTTATCCAATCACGATTCTCAAACCCAAGCGCTACAAATTTGAATCTGCTAGAGTGATATATATAATTATATTGGGTTTGGCATCTAGGCATTCTTCGCGT
GTGCACTGATCAGCGATATCTGTAACAACTGCCAAACCATGAGCTACCAGAACAATAAGGGAATGGTGGAGGGTTATCCACCACCAGGCTATACACCCCCCTACCCATATCCACCCCCAGGGTATCAGGGCCCCCCTGCACCTGGTTACCCTTATCCACCACCGCCACCTCCTGGCTACCAACCTCCTCTTGATCAAGCA
CACTGCTGTCATCATGGATCTCCTCAAGGATATCAACAGGGTTACCAGGGGTATTTCAATCCGGGATATCCACCTCAGCAGTACCCTCCACCTCAGCAGTACTCTACATTTTCTTCACCCGATACTCAAGGCGGATACACCGGCTTTTTAGAAGGATGCATGGCAGCTCTTTGCTGCTGCTGTTTGCTTGGGGAGTGCTG
CCCGTGATATGGTATAAATGTATATGAAGAAAGTGCTAGCAGCAATTGGTTTGAAGATGTGCAATGAGTAAGATATGGGCCATCCAGTTTGAAGCTTTTTCTCATTGTTCTGTTTCTTGACTCTGCCAAACAGGATTAAGAGCAAGAAGCTATTAATGTGGACAGGCACATGTTGAAGTAGTGTTTTCCATGTTGGATTA
GTAGTAAAGTGTTTGAGATTACCATCATTAATAGCTGAAATGGGTTGGTTTTATATTGTAAAGATCTATTTTATGATTGCTTGAAAACTGCGGGAGAGATGAAAAACTAGTTCTTTACTATATATTTTGTGTATGTAACATGAGATTTTGGGTTTTATTATACATGCCAGATTTGGAACCATGCTATGGGATACTTGTAA
GAGAGTTTTCTTACGAATTGTGAATATCCTTTCTGTTTGGATAGCATTGCCTTCTGCTCAAGGGATGATAATTGAGTAGATGCCTGATTGGAGGCCTGAACGTGTGTTTTACCAGTTGAAAAATGTGGCTCATTACTGTCTATTTAGTTTATGTAACATGCA

>TRINITY_DN47605_c2_g2_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TTTCCTTAACTGGTCCGGCGCTTTTTTAAGTTATTTGCTGATTCTTCTTAACCCCAACCCTACCTCTAACCCTACCGAGGATAGAAAAGCACCCAAAGTCACAGGATTCGGGGCTAATTCTGTCTTGCTTAGCTGGTTCTCCCGATTCTGCCATTTCTGATCTGTATTCCTATTATTTCTCTCCGATAACTAAAAACATT
TTGATATTTTCCCTGGCAGATTCTCAAACCCAAGCGCTACAAATTTGAATCTGCTAGAGTGATATATATAATTATATTGGGTTTGGCATCTAGGCATTCTTCGCGTGTGCACTGATCAGCGATATCTGTAACAACTGCCAAACCATGAGCTACCAGAACAATAAGGGAATGGTGGAGGGTTATCCACCACCAGGCTATAC
ACCCCCCTACCCATATCCACCCCCAGGGTATCAGGGCCCCCCTGCACCTGGTTACCCTTATCCACCACCGCCACCTCCTGGCTACCAACCTCCTCTTGATCAAGCACACTGCTGTCATCATGGATCTCCTCAAGGATATCAACAGGGTTACCAGGGGTATTTCAATCCGGGATATCCACCTCAGCAGTACCCTCCACCTC
AGCAGTACTCTACATTTTCTTCACCCGATACTCAAGGCGGATACACCGGCTTTTTAGAAGGATGgtaagcattcattgaagacttgtgtacctaatgatgtatttggtctgctttgatgattacattgttgcatattgtttgttctcattgtatgtgaattggattaggtcaagtgttaattggcatttgccaacattat
tgaatttttaatggatccctagagccagttaccttccacagatatgcggactaggatcttaattatgcagggaacctggcttactgtggttcgcttttatcttggtttatctccatgtattgggttgggtagtcttttccataggaaaaattattttgagattctttattgtgccattgacaatttgttgatgttgttgg
taatgcacgcagCATGGCAGCTCTTTGCTGCTGCTGTTTGCTTGGGGAGTGCTGCCCGTGATATGGTATAAATGTATATGAAGAAAGTGCTAGCAGCAATTGGTTTGAAGATGTGCAATGAGTAAGATATGGGCCATCCAGTTTGAAGCTTTTTCTCATTGTTCTGTTTCTTGACTCTGCCAAACAGGATTAAGAGCAAG
AAGCTATTAATGTGGACAGGCACATGTTGAAGTAGTGTTTTCCATGTTGGATTAGTAGTAAAGTGTTTGAGATTACCATCATTAATAGCTGAAATGGGTTGGTTTTATATTGTAAAGATCTATTTTATGATTGCTTGAAAACTGCGGGAGAGATGAAAAACTAGTTCTTTACTATATATTTTGTGTATGTAACATGAGAT
TTTGGGTTTTATTATACATGCCAGATTTGGAACCATGCTATGGGATACTTGTAAGAGAGTTTTCTTACGAATTGTGAATATCCTTTCTGTTTGGATAGCATTGCCTTCTGCTCAAGGGATGATAATTGAGTAGATGCCTGATTGGAGGCCTGAACGTGTGTTTTACCAGTTGAAAAATGTGGCTCATTACTGTCTATTTA
GTTTATGTAACATGCA

Intron 4 GTATATGTTA ... TGATTTGTAG

Found issues: Low number of reads

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	0	1	0	0
A2	-1	0	0	0
A3	-1	0	0	0
A4	75	1	1	3
A5	-1	0	0	0
A6	52.94	8	2	9
A7	50	2	1	2
A8	53.33	7	1	8
A9	50	5	0	5
A10	50	1	0	1

>TRINITY_DN35130_c0_g1_i2 from sample A6 / Example spliced isoform

CCGGTAACGCTTTCCTTAACTGGTCCGGCGCTTTTTTAAGTTATTTGCTGATTCTTCTTAACCCCAACCCTACCTCTAACCCTACCGAGGATAGAAAAGCACCCAAAGTCACAGGATTCGGGGCTAATTCTGTCTTGCTTAGCTGGTTCTCCCGATTCTGCCATTTCTGATCTGTATTCCTATTATTTCTCTCCGATAAC
TAAAAACATTTTGATATTTTCCCTGGCAGATTCTCAAACCCAAGCGCTACAAATTTGAATCTGCTAGAGTGATATATATAATTATATTGGGTTTGGCATCTAGGCATTCTTCGCGTGTGCACTGATCAGCGATATCTGTAACAACTGCCAAACCATGAGCTACCAGAACAATAAGGGAATGGTGGAGGGTTATCCACCAC
CAGGTAAGTTGATTATTTTTGTGTAGTTATTCTCTATTTTGTCTCTCTTAACCATTATGTCAATTTGCGATGACTATTATAATTGCTAAATCTCGTGGAGAATGATGGATATTTCATGACTGCAATTGGTTTGCTGTTAATTTGTCTTGTTTCATTATTAGATGCAGGGACTGAGAATGATCAGTAGTATATTTCCGGAA
GTGGGCTATACACCCCCCTACCCATATCCACCCCCAGGGTATCAGGGCCCCCCTGCACCTGGTTACCCTTATCCACCACCGCCACCTCCTGGCTACCAACCTCCTCTTGATCAAGCACACTGCTGTCATCATGGATCTCCTCAAGGATATCAACAGGGTTACCAGGGGTATTTCAATCCGGGATATCCACCTCAGCAGTA
CCCTCCACCTCAGCAGTACTCTACATTTTCTTCACCCGATACTCAAGGCGGATACACCGGCTTTTTAGAAGGATGCATGGCAGCTCTTTGCTGCTGCTGTTTGCTTGGGGAGTGCTGCCCGTGATATGGTATAAATGTATATGAAGAAAGTGCTAGCAGCAATTGGTTTGAAGATGTGCAATGAGTAAGATATGGGCCAT
CCAGTTTGAAGCTTTTTCTCATTGTTCTGTTTCTTGACTCTGCCAAACAGGATTAAGAGCAAGAAGCTATTAATGTGGACAGGCACATGTTGAAGTAGTGTTTTCCATGTTGGATTAGTAGTAAAGTGTTTGAGATTACCATCATTAATAGCTGAAATGGGTTGGTTTTATATTGTAAAGATCTATTTTATGATTGCTTG
AAAACTGCGGGAGAGATGAAAAACTAGTTCTTTACTATATATTTTGTGTATGTAACATGAGATTTTGGGTTTTATTATACATGCCAGATTTGGAACCATGCTATGGGATACTTGTAAGAGAGTTTTCTTACGAATTGTGAATATCCTTTCTGTTTGGATAGCATTGCCTTCTGCTCAAGGGATGATAATTGAGTAGATGC
CTGATTGGAGGCCTGAACGTGTGTTTTACCAGTTGAAAAATGTGGCCCATTACTGTCTATTTAGTTTATGTAACATGCTTCCTTTGTGTTTACAAAAAAAA

>TRINITY_DN35130_c0_g1_i5 from sample A6 / Example unspliced isoform:

AGTATATTTCCGGAAGTGGgtatatgttaaattcacatatctgattgccaatttagtggaaaactgatgggttttctttggttgcaattgggtatatgttaattttccccttttttctactgtttgatttgtagGCTATACACCCCCCTACCCATATCCACCCCCAGGGTATCAGGGCCCCCCTGCACCTGGTTACCCTT
ATCCACCACCGCCACCTCCTGGCTACCAACCTCCTCTTGATCAAGCACACTGCTGTCATCATGGATCTCCTCAAGGATATCAACAGGGTTACCAGGGGTATTTCAATCCGGGATATCCACCTCAGCAGTACCCTCCACCTCAGCAGTACTCTACATTTTCTTCACCCGATACTCAAGGCGGATACACCGGCTTTTTAGAA
GGATGCATGGCAGCTCTTTGCTGCTGCTGTTTGCTTGGGGAGTGCTGCCCGTGATATGGTATAAATGTATATGAAGAAAGTGCTAGCAGCAATTGGTTTGAAGATGTGCAATGAGTAAGATATGGGCCATCCAGTTTGAAGCTTTTTCTCATTGTTCTGTTTCTTGACTCTGCCAAACAGGATTAAGAGCAAGAAGCTAT
TAATGTGGACAGGCACATGTTGAAGTAGTGTTTTCCATGTTGGATTAGTAGTAAAGTGTTTGAGATTACCATCATTAATAGCTGAAATGGGTTGGTTTTATATTGTAAAGATCTATTTTATGATTGCTTGAAAACTGCGGGAGAGATGAAAAACTAGTTCTTTACTATATATTTTGTGTATGTAACATGAGATTTTGGGT
TTTATTATACATGCCAGATTTGGAACCATGCTATGGGATACTTGTAAGAGAGTTTTCTTACGAATTGTGAATATCCTTTCTGTTTGGATAGCATTGCCTTCTGCTCAAGGGATGATAATTGAGTAGATGCCTGATTGGAGGCCTGAACGTGTGTTTTACCAGTTGAAAAATGTGGCCCATTACTGTCTATTTAGTTTATG
TAACATGCTTCCTTTGTGTTTACAAAAAAAA

Intron 5 GTAAGTTGAT ... TGATTTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20	2	1	0
A2	0	4	0	0
A3	33.33	6	6	0
A4	50	4	5	3
A5	33.33	1	1	0
A6	21.99	55	22	9
A7	25.01	16.5	9	2
A8	28.21	28	14	8
A9	24.59	23	10	5
A10	24.44	17	10	1

>TRINITY_DN36537_c0_g1_i3 from sample A9 / Example spliced isoform

GGAACCACGAGTTACTTGAGGACACCAGTCTTACTCTAAAGTTCCAAAATTCTACAATTACTTTACCCAGTACAAGGTGAAATATCCGGTTTGATAGCAATTGCTTATCCAATCACGGTAACGCTTTCCTTAACTGGTCCGGCGCTTTTTTAAGTTATTTGCTGATTCTTCTTAACCCCAACCCTACCTCTAACCCTACC
GAGGATAGAAAAGCACCCAAAGTCACAGGATTCGGGGCTAATTCTGTCTTGCTTAGCTGGTTCTCCCGATTCTGCCATTTCTGATCTGTATTCCTATTATTTCTCTCCGATAACTAAAAACATTTTGATATTTTCCCTGGCAGATTCTCAAACCCAAGCGCTACAAATTTGAATCTGCTAGAGTGATATATATAATTATA
TTGGGTTTGGCATCTAGGCATTCTTCGCGTGTGCACTGATCAGCGATATCTGTAACAACTGCCAAACCATGAGCTACCAGAACAATAAGGGAATGGTGGAGGGTTATCCACCACCAGGCTATACACCCCCCTACCCATATCCACCCCCAGGGTATCAGGGCCCCCCTGCACCTGGTTACCCTTATCCACCACCGCCACCT
CCTGGCTACCAACCTCCTCTTGATCAAGCACACTGCTGTCATCATGGATCTCCTCAAGGATATCAACAGGGTTACCAGGGGTATTTCAATCCGGGATATCCACCTCAGCAGTACCCTCCACCTCAGCAGTACTCTACATTTTCTTCACCCGATACTCAAGGCGGATACACCGGCTTTTTAGAAGGATGCATGGCAGCTCT
TTGCTGCTGCTGTTTGCTTGGGGAGTGCTGCCCGTGATATGGTATAAATGTATATGAAGAAAGTGCTAGCAGCAATTGGTTTGAAGATGTGCAATGAGTAAGATATGGGCCATCCAGTTTGAAGCTTTTTCTCATTGTTCTGTTTCTTGACTCTGCCAAACAGGATTAAGAGCAAGAAGCTATTAATGTGGACAGGCACA
TGTTGAAGTAGTGTTTTCCATGTTGGATTAGTAGTAAAGTGTTTGAGATTACCATCATTAATAGCTGAAATGGGTTGGTTTTATATTGTAAAGATCTATTTTATGATTGCTTGAAAACTGCGGGAGAGATGAAAAACTAGTTCTTTACTATATATTTTGTGTATGTAACATGAGATTTTGGGTTTTATTATACATGCCAG
ATTTGGAACCATGCTATGGGATACTTGTAAGAGAGTTTTCTTACGAATTGTGAATATCCTTTCTGTTTGGATAGCATTGCCTTCTGCTCAAGGGATGATAATTGAGTAGATGCCTGATTGGAGGCCTGAACGTGTGTTTTACCAGTTGAAAAATGTGGCCCATTACTGTCTATTTAGTTTATGTAACATGCTTCCTTTGT
GTTTTATTGTGCATGCTAGAATTGGAACGGTT

>TRINITY_DN36537_c0_g1_i5 from sample A9 / Example unspliced isoform:

GGAACCACGAGTTACTTGAGGACACCAGTCTTACTCTAAAGTTCCAAAATTCTACAATTACTTTACCCAGTACAAGGTGAAATATCCGGTTTGATAGCAATTGCTTATCCAATCACGGTAACGCTTTCCTTAACTGGTCCGGCGCTTTTTTAAGTTATTTGCTGATTCTTCTTAACCCCAACCCTACCTCTAACCCTACC
GAGGATAGAAAAGCACCCAAAGTCACAGGATTCGGGGCTAATTCTGTCTTGCTTAGCTGGTTCTCCCGATTCTGCCATTTCTGATCTGTATTCCTATTATTTCTCTCCGATAACTAAAAACATTTTGATATTTTCCCTGGCAGATTCTCAAACCCAAGCGCTACAAATTTGAATCTGCTAGAGTGATATATATAATTATA
TTGGGTTTGGCATCTAGGCATTCTTCGCGTGTGCACTGATCAGCGATATCTGTAACAACTGCCAAACCATGAGCTACCAGAACAATAAGGGAATGGTGGAGGGTTATCCACCACCAGgtaagttgattatttttgtgtagttattctctattttgtctctcttaaccattatgtcaatttgcgatgactattataattgc
taaatctcgtggagaatgatggatatttcatgactgcaattggtttgctgttaatttgtcttgtttcattattagatgcagggactgagaatgatcagtagtatatttccggaagtgggtatatgttaaattcacatatctgattgccaatttagtggaaaactgatgggttttctttggttgcaattgggtatatgtta
attttccccttttttctactgtttgatttgtagGCTATACACCCCCCTACCCATATCCACCCCCAGGGTATCAGGGCCCCCCTGCACCTGGTTACCCTTATCCACCACCGCCACCTCCTGGCTACCAACCTCCTCTTGATCAAGCACACTGCTGTCATCATGGATCTCCTCAAGGATATCAACAGGGTTACCAGGGGTAT
TTCAATCCGGGATATCCACCTCAGCAGTACCCTCCACCTCAGCAGTACTCTACATTTTCTTCACCCGATACTCAAGGCGGATACACCGGCTTTTTAGAAGGATGCATGGCAGCTCTTTGCTGCTGCTGTTTGCTTGGGGAGTGCTGCCCGTGATATGGTATAAATGTATATGAAGAAAGTGCTAGCAGCAATTGGTTTGA
AGATGTGCAATGAGTAAGATATGGGCCATCCAGTTTGAAGCTTTTTCTCATTGTTCTGTTTCTTGACTCTGCCAAACA

Intron 6 GTATAAATGT ... TGCCAAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	5.7	8
A2	90.14	1	10.3	8
A3	100	0	3.7	4
A4	100	0	3.3	2
A5	100	0	8	7
A6	96.49	5	112.3	163
A7	93.89	3	33.3	59
A8	91.93	5	33	81
A9	90.5	7	53.7	81
A10	100	0	32.7	25

>TRINITY_DN36537_c0_g1_i2 from sample A9 / Example spliced isoform

GGGGAGTGCTGCCCGTGATATGGATTAAGAGCAAGAAGCTATTAATGTGGACAGGCACATGTTGAAGTAGTGTTTTCCATGTTGGATTAGTAGTAAAGTGTTTGAGATTACCATCATTAATAGCTGAAATGGGTTGGTTTTATATTGTAAAGATCTATTTTATGATTGCTTGAAAACTGCGGGAGAGATGAAAAACTAGT
TCTTTACTATATATTTTGTGTATGTAACATGAGATTTTGGGTTTTATTATACATGCCAGATTTGGAACCATGCTATGGGATACTTGTAAGAGAGTTTTCTTACGAATTGTGAATATCCTTTCTGTTTGGATAGCATTGCCTTCTGCTCAAGGGATGATAATTGAGTAGATGCCTGATTGGAGGCCTGAACGTGTGTTTTA
CCAGTTGAAAAATGTGGCCCATTACTGTCTATTTAGTTTATGTAACATGCTTCCTTTGTGTTTTATTGTGCATGCTAGAATTGGAACGGTT

>TRINITY_DN36537_c0_g1_i1 from sample A9 / Example unspliced isoform:

GGAACCACGAGTTACTTGAGGACACCAGTCTTACTCTAAAGTTCCAAAATTCTACAATTACTTTACCCAGTACAAGGTGAAATATCCGGTTTGATAGCAATTGCTTATCCAATCACGATTCTCAAACCCAAGCGCTACAAATTTGAATCTGCTAGAGTGATATATATAATTATATTGGGTTTGGCATCTAGGCATTCTTC
GCGTGTGCACTGATCAGCGATATCTGTAACAACTGCCAAACCATGAGCTACCAGAACAATAAGGGAATGGTGGAGGGTTATCCACCACCAGGCTATACACCCCCCTACCCATATCCACCCCCAGGGTATCAGGGCCCCCCTGCACCTGGTTACCCTTATCCACCACCGCCACCTCCTGGCTACCAACCTCCTCTTGATCA
AGCACACTGCTGTCATCATGGATCTCCTCAAGGATATCAACAGGGTTACCAGGGGTATTTCAATCCGGGATATCCACCTCAGCAGTACCCTCCACCTCAGCAGTACTCTACATTTTCTTCACCCGATACTCAAGGCGGATACACCGGCTTTTTAGAAGGATGCATGGCAGCTCTTTGCTGCTGCTGTTTGCTTGGGGAGT
GCTGCCCGTGATATGgtataaatgtatatgaagaaagtgctagcagcaattggtttgaagatgtgcaatgagtaagatatgggccatccagtttgaagctttttctcattgttctgtttcttgactctgccaaacagGATTAAGAGCAAGAAGCTATTAATGTGGACAGGCACATGTTGAAGTAGTGTTTTCCATGTTGG
ATTAGTAGTAAAGTGTTTGAGATTACCATCATTAATAGCTGAAATGGGTTGGTTTTATATTGTAAAGATCTATTTTATGATTGCTTGAAAACTGCGGGAGAGATGAAAAACTAGTTCTTTACTATATATTTTGTGTATGTAACATGAGATTTTGGGTTTTATTATACATGCCAGATTTGGAACCATGCTATGGGATACTT
GTAAGAGAGTTTTCTTACGAATTGTGAATATCCTTTCTGTTTGGATAGCATTGCCTTCTGCTCAAGGGATGATAATTGAGTAGATGCCTGATTGGAGGCCTGAACGTGTGTTTTACCAGTTGAAAAATGTGGCCCATTACTGTCTATTTAGTTTATGTAACATGCTTCCTTTGTGTTTTATTGTGCATGCTAGAATTGGA
ACGGTT