sp|A0A0P0V5U9|YUC1_ORYSJ ----> Indole-3-pyruvate monooxygenase YUCCA1

Intron 1 GTAAGTATTA ... ATTGTTAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	46.97	76.3	80.2	55
A2	45.42	37	28.6	33
A3	57.5	33.7	46.2	45
A4	40.88	41.7	36.8	21
A5	48.12	25	22.4	24
A6	20.7	148.3	59.8	18
A7	16.61	217.3	75.2	12
A8	17.78	301.3	95.6	36
A9	22.79	185	75.8	34
A10	22.48	152	64.6	24

>TRINITY_DN45573_c1_g1_i7 from sample A6 / Example spliced isoform

AGAGACTATTGGTTCAATTCGTCCAACAATTCCATTAGCGGAGAATTTCCAGTTGAGCTGAAGGGACTTGCTAATTGCGGTCACTTCCACTTTAATAAAAACAACTTGAGTGGATAAATTTCACCAGAGGTATTCCTTGAAAATATGAGCCTTGAGGTAAAACATGTGTCATTTGATGACAATTCATTCACAGGACAGAG
CCCCTCAAGTACTGGAAATGTATCCCCTCAAGTACTGGAAATGTATTTAATTTGACTCTCGTTTTAGTCAAATGTAACCCCTCAAGTATTGGAAATGTACCATCTTTGACTCTCTTTTGAGTCTCCCATATGGTCTAATTCCTTTTGGATTTTAAATTACACAAAATCTCCAACTCCTCTTTATGTTGGAAATGAAGGTT
AAACATCCCCACTTACAAAAATGAATAATGTTCAGTTTACTAACTGTAGTGTCAAATACGAAAGGACACGTGTCATGTGAAAAATAACACAAATGTGTGTTGGTGTATATGTAACCCGGTTACAATTCTGTTGTTTATTT

>TRINITY_DN45573_c1_g1_i27 from sample A6 / Example unspliced isoform:

AGATATTTTTCTTTGTTTAATGATTAATCTGACAGGTATTTGGTGAATCAAGGCTGCATTAAGCCACTGTGCAATTTGTTAGTCTGCTGAAGCCCAAGTTGTTAATGATGCATTTCAACGTGTTGTTGTTGGTGCCAAGGCAATTGGGAAATACACCATCCACATGGAAAGGTGGAGATTCTTGTGTGATGGAATTTCTT
TCATCAGTTAGCGAATAACTTCATTGATTTTGAAAGGCTGCAGGTTTTCTGGGCGCATTCCAGAAGAGCTGGGCAAGCTGCATAAGTTCATTACTCTGTAAGTAAATGCTCCTAAAAAAACCCTTATTTTTATGAACAAGTACACTTTATGACATTGTGAACCGTTTTCGTTTTTGGTAGGGACACGAATTTTAATGATT
TATCTGTAGGTATTCCTCCATCGTTGAGTAATCTTACGAGAGACTATTGGTTCAATTCGTCCAACAATTCCATTAGCGGAGAATTTCCAGTTGAGCTGAAGGGACTTGCTAATTGCGGTCACTTgtaagtattatattttcttgagtataagtttttccttcgtgcaggaatatgtgttttatacgttgttacctttcta
actggtgcttatatcgttgattgttaaagCCACTTTAATAAAAACAACTTGAGTGGATAAATTTCACCAGAGGTATTCCTTGAAAATATGAGCCTTAAGGTAAAACATGTGTAAGTATCCATGTTCATTGTGCTTAAAGGATTTAATTTACTTCAGAATAAACGATTTTGATGAAATTAGACCTTGAACATAGTGCCACT
GTGTGCAGGTCATTTGATGACAATTCATTCACAGGACAGAGCCCCTCAAGTACTGGAAATGTATCCCCTCAAGTACTGGAAATGTATTTTATTTGACTCTCGTTTTAGTCAAATGTAACCCCTCAAGTATTGGAAATGTACCATCTTTGACTCTCTTTTGAGTCTCCCATATGGTCTAATTCCTTTTGGATTTTAAATTA
CACAAAATCTCCAACTCCTCTTTATGTTGGAAATGAAGGTTAAACATCCCCACTTACAAAAATGAATAATGTTCAGTTTACTAACTGTAGTGTCAAATACGAAAGGACACGTGTCATGTGAAAAATAACACAAATGTGTGTTGGTGTATATGTAACCCGGTTACAATTCTGTTGTTTATTT

Intron 2 GTAAATCCAA ... GCTTTACCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	53.72	28	22	43
A2	57.33	16	18	25
A3	37.93	36	10	34
A4	52.58	23	19	32
A5	64.71	9	18	15
A6	44.62	18	9	20
A7	47.37	55	42	57
A8	34.82	102	40	69
A9	27.17	63	18	29
A10	32.1	92	36	51

>TRINITY_DN136523_c1_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

GTGAGTGCTAAGCCAACAATGGGAATATAAGAGTGGTTTGTACTTAAATAGTGAAATCAATAGTGGATGTTGCCGTGGCATAACTGGCTGGTTGCATAAGGATAGGATAGGCGAGGTTGATAGACTACACTAGGGCAAATCTGTAATTGAATTTAGGAAGGGCCAGACTAGGGCAGGGCTAAGCAGATGAGGCCTCTAAA
CGAATGTATACATGAAATTGAAGGAAATAAGTTAGTGATACATCACAGTTCTCCATCGTGGAAAAGGAAAAGGCAAAGGCAGCTCAAGCTCATCCAGCAGAGATCCTTTCAGAGCAGAACAGACTATATTTCTGAAACCATTTACCTTCCAGTGCTCTGCAGCGCAGTGCAGTCCAACATCCTCTGTCGCATATCATCTA
AGGATTATGTCATCTGCCTCAGAAACAGACAACACAACTCTGGGCACACAGACAACACTCAGCACATCTACGACTTCTGAAAGCAAAGCAAAACTCAGGAAATAATAAAAAAACCACTCTGCTTGACTCAAGAACGGAACCCAACCTTCATTGCAACACCCAAAAAATTAACCCAACCTTCTAAGAGAAGCGCGAATGTA
CCTGAAATTGAAGCTCCAATTATTGAGAGAGAGCATTGATCTCAGCTGTGTCAAGCTCGTTTGTCTCCATTCCAGTCCAGCAAGCCGAAATTCATTGCCTCTATTCCAGATCTGATGCTAACAGCCAACAAAAGAGACGCCCAGCCAGCCGAAGTTCATTGCCTCGTTTGTCTCCTTTCCAGTCCAACCAGCCGAAGTTC
ATTGCCTCCTCTATCACATACTGAACCAGAATCAGACATGAAACCACACTCAGATTCAGACACCCGGCAACACACATCTTCCACTCCAACCCGGAAACCCAATCTTACAAATGTTGAAATCCATGGATAGAGGAGGAGGAAGGAGGTAAATGTTGAAATTGTGTGAGAGTTGAGATTTATATATCCTCCCTTCCAATGGA
TAGATGATTTTCCTCCTTTGCTCGGCTTTCTGCAATGAAGAAGCGTTGCATATGAAGAAAATTTGTTCTCTCTTCAACGAATTAGGACTCTATCTACCTCTGTAACAGAAGTATAAACGCAAAAAGCACATGAGTCAGCAGATGGAACCGTTACTCTCATGAGTCAGCTGTACTTACAGTATTCCGAACAACCATGGATG
GTTTGGCTTTGTGATGGAAGAGGTCAAGGCAGAGTTCCATGCCCAAATTTCCACACCCTACGACGAGAATTTCCAAAAAATGATTTCCACACCCGACGACGAGAATTTCGTGAGAATGAATGATGCTCCCGCTGAAGGTCTGCATACCCACGATGGAAGGAACGAGATAATATACGTGTAAGAGATAATTGCCCGTTAGC
AGATCATTAGAGATCCTTTGCCAAAGAGGAACTCAAATATGAAATTGCCCGTGCCCGCCACAAGCAATTAGAGAACAAGCAGGACTGAAGACTTTGCTGTGAATTTACAGACGCGGGTGTGCTGAATCGGAACTTCTGTCCGGCATGAAATGACCAGGTTTGTGCTCTTCTGTGCTATAATGAAATTTATTGTATTGCAA
GATTTCTTCATCAAGATTTATTGTATGAAATCTTGAACTTTTCAAATCAATCTTACAGTATTCCAACCATCCTTTGACCAAGAAACCTGATCACCCAATCATTCTTCTCCACTTCAGAATTATAACTTTTTTTCTGACAAGATTGAACTTTTTCAAAGGCCAACCTAATGCTGGAAACAACATTTCCTCCATTTCCGATC
CTTGAATTTTTAATGTCTAATGGCTAATCATTCATTCCAGACCCAATGTCTTTATTACCATGTCCAATCTATTAACATGTATCCCATATTTCCCTTCTTTTTATCCCTTAAAAGTGCTTCATGAAGCTCATTTTCACCTTCAGACATCAGTTCTCTTGAGTTACTTTTTTATTTATTTAGGTTTGTATTTCTAGATTCAC
TTTTTGCAAGATCAACAGCAGTTCGTACAGCTGCTATTGTGTAAGCAACTGACTCATAAACTGCTTGAGCTGCGTTGGCCACATCCATGAATTTCACATCTTGTTTTATACACACGAATACCCGAGCAATGGTTTTTGTGGCCATATCATGGCAGTTCATCTTACTTTCCATCTGTTGTCTGGCATGAAAATTATCTTCA
CATATGTCAAGAATAGAATCTCTTGTTGGATGTGGACTCAAACTTTCATGTGTAGATCATCATGAAGAGGAGGCAAATCATATATTACAACATTAGATGATTTTTCATGGCCTTGCTTTATCATGTTGAAACAACCATTCATTCATATTGGTAACATCAGCCTTCGGGTGAAGGACTAGGAGGAAAAGGATCGTAGCTAT
CCCCGAAGTATGCCGTGGGATGGTAGCAGGTGCTTGTGATTGTGATGACACCATAAATCTTTTGTCTGTCTCATTTCTATCACTGAACATGAACTAGTATCCTCTTCTGGTTTGAAAGTTGTCAAATTCCAAAATACTTCAACTCATTCTGAATGTTGACTCTTGAGAATGTCATAACAACACAGTCACAAGGAAGATAA
TGATAAAACTTCGAAAAAATGATATAAGTACATTCCTGAGCCAAGAAACTGCTCTTGAAAAATATAGATGAATTAAATAATAAATAAATGCACTAACTGACTTCTCTTTTGCCGGATTCAACATTTCAGTGTTGGCTTCCTCAAAATTCCATTCAATATCATGTTCATTGGTAACTTTTTTCATTGATCTCATTTTTGCC
TCTAAATTCGGTAACTTTGGTTGACAACTTACCAAAGATCTAAGGAAGAAGACATGACCCTTCTTACATCAATGACACATAAAGGATCCCTACTGATGAAAAGTTCTAACAACGTAAATAGAGAATTCAATAGCATTTTTGGGTCAACATTTAAAACAGCCTTATAAATTATTTCTGCCTGTCTGTTGACTCTGCAATCA
GAACACAATTCAATGGCAGATGCAGTAAATTCTTTTACATATTTTGAAGAAAAAACAGAACGGATGTCATACAACTCTGGCAAGTCGACACACCTTGGTGCAACAAAAAACAAAGTAGCTATTGCTTATTTTAAATTCATTAGGGCATGCCCTAAAGTAGTTGTTAAATAGTTAACGTCATACTGTTATAAGTGTCAACT
AAAAGCAATGCAGAGAGATTTTATTGTGTCTTTGCCTTCTATAAATTGTAAAGTACATTACATTTCATTCAATAAAACACTAGTTTCTACTTATTATTTTCAATTTCAAACATTCTGGAATGAACTATGCATCCGCAGCTCTTCCTATTTTTGATAAAGGTTTGAGGTTGCAAAAGGTGACCGTGTGCCTCTGTCAAAGA
CAAAGTAAAATCATTGGTG

>TRINITY_DN136523_c1_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AAAAATATAAAAACTTTTGGCTTACTTTACAAGTAATTAAAAATTGTATAAACTTTTAACATATCCAAATTATAAAAAAACTTTTGACTTACTTTACAAACAATTAAAAATTATACAAACTTTTCACACACCCAAATTAAAAAAAAACACATGCAAAATTTGCTAAAGAAGACGATAGAGAAAGCCGAGGATGAAAAAAG
AAAATCATTAAATGCACCTTACCACTTTTGGAAACCACCTTGGGTGAGAGTATGAGACTATGTTCTAGACCACAATTACTGACCTGTGTTCCTATAATCTTACTGATATGTTCTTATTCACAACGAAACCTCCATTCATCCATACATTTTCTTTCTTCTTGTTTCGTCTTAAAATGTAGTGAGTGCTAAGCCAACAATGG
GAATATAAGAGTGGTTTGTACTTAAATAGTGAAATCAATAGTGGATGTTGCCGTGGCATAACTGGCTGGTTGCATAAGGATAGGATAGGCGAGGTTGATAGACTACACTAGGGCAAATCTGTAATTGAATTTAGGAAGGGCCAGACTAGGGCAGGGCTAAGCAGATGAGGCCTCTAAACGAATGTATACATGAAATTGAA
GGAAATAAGTTAGTGATACATCACAGTTCTCCATCGTGGAAAAGGAAAAGGCAAAGGCAGCTCAAGCTCATCCAGCAGAGATCCTTTCAGAGCAGAACAGACTATATTTCTGAAACCATTTACCTTCCAGTGCTCTGCAGCGCAGTGCAGTCCAACATCCTCTGTCGCATATCATCTAAGGATTATGTCATCTGCCTCAG
AAACAGACAACACAACTCTGGGCACACAGACAACACTCAGCACATCTACGACTTCTGAAAGCAAAGCAAAACTCAGGAAATAATAAAAAAACCACTCTGCTTGACTCAAGAACGGAACCCAACCTTCATTGCAACACCCAAAAAATTAACCCAACCTTCTAAGAGAAGCGCGAATGTACCTGAAATTGAAGCTCCAATTA
TTGAGAGAGAGCATTGATCTCAGCTGTGTCAAGCTCGTTTGTCTCCATTCCAGTCCAGCAAGCCGAAATTCATTGCCTCTATTCCAGATCTGATGCTAACAGCCAACAAAAGAGACGCCCAGCCAGCCGAAGTTCATTGCCTCGTTTGTCTCCTTTCCAGTCCAACCAGCCGAAGTTCATTGCCTCCTCTATCACATACT
GAACCAGAATCAGACATGAAACCACACTCAGATTCAGACACCCGGCAACACACATCTTCCACTCCAACCCGGAAACCCAATCTTACAAATGTTGAAATCCATGGATAGAGGAGGAGGAAGGAGGTAAATGTTGAAATTGTGTGAGAGTTGAGATTTATATATCCTCCCTTCCAATGGATAGATGATTTTCCTCCTTTGCT
CGGCTTTCTGCAATGAAGAAGCGTTGCATATGAAGAAAATTTGTTCTCTCTTCAACGAATTAGGACTCTATCTACCTCTGTAACAGAAGTATAAACGCAAAAAGCACATGAGTCAGCAGATGGAACCGTTACTCTCATGAGTCAGCTGgtaaatccaaaacgttactctcatgcttttcttcaattgcgattcatgattt
tcttcaagtgtgattcatgctttttgtttctattttcattcatgttttttgtcaatgaaccgtcagctggtaaatccaaaacgctactcccatgctttttctttctattttcattcatgctttttggcaaagattttgccgtgattcacgcaggttgtaagattttgcagattttcattcatgccttttgctttaccagT
ACTTACAGTATTCCGAACAACCATGGATGGTTTGGCTTTGTGATGGAAGAGGTCAAGGCAGAGTTCCATGCCCAAATTTCCACACCCTACGACGAGAATTTCCAAAAAATGATTTCCACACCCGACGACGAGAATTTCGTGAGAATGAATGATGCTCCCGCTGAAGGTCTGCATACCCACGATGGAAGGAACGAGATAAT
ATACGTGTAAGAGATAATTGCCCGTTAGCAGATCATTAGAGATCCTTTGCCAAAGAGGAACTCAAATATGAAATTGCCCGTGCCCGCCACAAGCAATTAGAGAACAAGCAGGACTGAAGACTTTGCTGTGAATTTACAGACGCGGGTGTGCTGAATCGGAACTTCTGTCCGGCATGAAATGACCAGGTTTGTGCTCTTCT
GTGCTATAATGAAATTTATTGTATTGCAAGATTTCTTCATCAAGATTTATTGTATGAAATCTTGAACTTTTCAAATCAATCTTACAGTATTCCAAACATCCTTTTGACCAAGAAACCTGATCACCCAATCATTCTTCTCCACTTCAGAATTATAACTTTTTTTCTGACAAGATTGAACTTTTTCAAAGGCCAACCTAATG
CTGGAAACAACATTTCCTCCATTTCCGATCCTTGAATTTTTAATGTCTAATGGCTAATCATTCATTCCAGACCCAATGTCTTTATTACCATGTCCAATCTATTAACATGTATCCCATATTTCCCTTCTTTTTATCCCTTAAAAGTGCTTCATGAAGCTCATTTTCACCTTCAGACATCAGTTCTCTTGAGTTACTTTTTT
ATTTATTTAGGTTTGTATTTCTAGATTCACTTTTTGCAAGATCAACAGCAGTTCGTACAGCTGCTATTGTGTAAGCAACTGACTCATAAACTGCTTGAGCTGCGTTGGCCACATCCATGAATTTCACATCTTGTTTTATACACACGAATACCCGAGCAATGGTTTTTGTGGCCATATCATGGCAGTTCATCTTACTTTCC
ATCTGTTGTCTGGCATGAAAATTATCTTCACATATGTCAAGAATAGAATCTCTTGTTGGATGTGGACTCAAACTTTCATGTGTAGATCATCATGAAGAGGAGGCAAATCATATATTACAACATTAGATGATTTTTCATGGCCTTGCTTTATCATGTTGAAACAACCATTCATTCATATTGGTAACATCAGCCTTCGGGTG
AAGGACTAGGAGGAAAAGGATCGTAGCTATCCCCGAAGTATGCCGTGGGATGGTAGCAGGTGCTTGTGATTGTGATGACACCATAAATCTTTTGTCTGTCTCATTTCTATCACTGAACATGAACTAGTATCCTCTTCTGGTTTGAAAGTTGTCAAATTCCAAAATACTTCAACTCATTCTGAATGTTGACTCTTGAGAAT
GTCATAACAACACAGTCACAAGGAAGATAATGATAAAACTTCGAAAAAATGATATAAGTACATTCCTGAGCCAAGAAACTGCTCTTGAAAAATATAGATGAATTAAATAATAAATAAATGCACTAACTGACTTCTCTTTTGCCGGATTCAACATTTCAGTGTTGGCTTCCTCAAAATTCCATTCAATATCATGTTCATTG
GTAACTTTTTTCATTGATCTCATTTTTGCCTCTAAATTCGGTAACTTTGGTTGACAACTTACCAAAGATCTAAGGAAGAAGACATGACCCTTCTTACATCAATGACACATAAAGGATCCCTACTGATGAAAAGTTCTAACAACGTAAATAGAGAATTCAATAGCATTTTTGGGTCAACATTTAAAACAGCCTTATAAATT
ATTTCTGCCTGTCTGTTGACTCTGCAATCAGAACACAATTCAATGGCAGATGCAGTAAATTCTTTTACATATTTTGAAGAAAAAACAGAACGGATGTCATACAACTCTGGCAAGTCGACACACCTTGGTGCAACAAAAAACAAAGTAGCTATTGCTTATTTTAAATTCATTAGGGCATGCCCTAAAGTAGTTGTTAAATA
GTTAACGTCATACTGTTATAAGTGTCAACTAAAAGCAATGCAGAGAGATTTTATTGTGTCTTTGCCTTCTATAAATTGTAAAGTACATTACATTTCATTCAATAAAACACTAGTTTCTACTTATTATTTTCAATTTCAAACATTCTGGAATGAACTATGCATCCGCAGCTCTTCCTATTTTTGATAAAGGTTTGAGGTTG
CAAAAGGTGACCGTGTGCCTCTGTCAAAGACAAAGTAAAATCATTGGTGAAGATGTTTAGTTCTTTACTGTTCTCAAGCCTCAAGTTCTTCAATCTCTTGTCTGTCTGTTGTTGTGTAATGATATGCAATCTTATATGATTAGGTAGGCTGATTTTGCAGTCCATCAATGATTAATGACCAAATCCCCTTAGCTGGTTAT
CATGTTCGAGTGGGAAACTATCTATAGACAATAGTGTTTCCATGTTGTCCAAACATTGATCATTAGGAGGGCAAGAGTGCCATTGTTATACCATGTGAAAGTTTGCTTCGTTTGTTGGTACAAATCTAACTGTGAAGTGTAGCAGTCATGTTTTAACTTTTTAAGAAAGAAAAAATGGGACAAAAAAAACGTGAAAGTTG
AGCTTGATTGAAATGGTGAAAAAAAAACATTTTTTAGGCATATTCATGTCAAAAGACTTACTAGAATGTTCAAAAACCAACAAGGGTGATGGATTCTAGTTATGGATCAGCTGTATCGATTTATAGTTTTGGAGGAAACCGTTTGAAATACATTGAGGCTAAATCACTACTACAAGGTAGGGGTATTTGAGACATTAATT
TAAGACAGTTAACTCTAATTGTTGCTCATTTATCCAATTTATTTGACTTTATTTTCTGAACATTTCATCTCTTGGGCGACACATCATCAACAGGAAGTGAATTTGAGTGCTTCTATTTCATCCTCCCTTGTAGTGTATTTCCCTTTGCTTTCTCTGAACTAGTATGTTGCACAATCTCATTTCCCTCTTGGTTTCCATTG
TGACTTGAACCTACCTCGTTTCCTTACTTGCAAGTCCTCCACCTCTATGGATCCTCCTCCTCTGCTATTTTGCTTGGCACTATAGCCTGCAAAACACAAAGAAGAAGAGGACCTATAGTCTGGGAAGAACAAATTGTTGAGCCATTCTTGTAAATCCTTGTTGCCTTGTGGGAAGGATGGCATTTGCAATGGGTTTTGAT
TACTCCCAATGAATCCACGGCCTCCATCAATGTTTTTTCTTTGTCTTTCATCATTTTCTCTCCATCACTGTTTTCCAATTGCAAAAATCCATAAGGACCAAAAACAACAATACCCTTTAGGTGCTCGCTTCACTGACAAAATCCTCCATGAAGCCCTGCACTATTCATACCTGTATTGGCTCTTTGGTGCCTAGGGTCCA
TCAACCTGCTCTTCAGTTTCTTCTGTATCTGGTGTCAACCCTTGCCACTCACTTACTGTTGTCTATTAAACCCCTGTTTTGGGTGGCTTGATAGGGCTTTGGGTGGCTTCTTATTTGAATACCTATCCTCTGCTTTGTCTCCATGGTAGCGGCTTTGCATGGAGAAAAAATCATTTTGTGGTTTAGTTGATGGATTAGGA
CTAACCTCTTGAAAATGAAGCCTGAACTTACTTGGAGGGGCACAACCCAGATATTACAGTGAAATAATGGCTTCATAGCAGGAGTAAGCTCTCTCTTCATCATTTAGTGTAGTCTCTCTTTCATTATTTTAGTTTGCATTAGCATGGGATGTCTTCTATCCTGAGAGTTTCAGTTTTTTATTAAGTGTGTGGTTCCCATT
CCCCATCCTAGTTGAGCCTACTCCATTGTATTTAATTGGCTACTTGTAGACCCTAGACCTAGCTTAGTTTACACAAGAAATGATATGCCTTCTATTTGGATTGTGTGGTTGGAACAATGATGGCCTCAAACAAGTATCAAGTTTTTTAAGCTCTATTAGAATTTATGAGGAAGCCTTCTGTTGACTCATGCATTGTCCAT
ATTTGGCTTATTTATAAATATTTAGAGCTTTTGCAGAAAACCCATATCATCTCAAGGGTTATCTATCTTCTTTGCACTCTTTCTAATCATGGTACCTTATTTGGGAGCAATTTATATTTGGCAGAAGAACTGGGTTTTAAATGCTCTCTGTTTCAAAATGTACTTAGAATTTGGTCACCATACTTTCGCATTCCATTTCA
CAAATACTTGCTCACTCAGTTCTGTCATGAGTACATTTTAATTTTTAATCCTTTCTTCTTTGCTAGCATACTAGTAGGTGTATATTGGCTAAACCTCAATAACGCGCGAACACAGGATTAAGGGTATATAATCTCTGCCAATATCTGAACTTTCCATTGATGGCAAAAGGACACTGAAATAGCAGTGGAATAAGATAAAA
TCCGAATGTGTCTGAAAGCTTGTCAAGCTGTATATGTATATAATCACTACCAGTAACCTTGAAATTTGAATACATAGATCTTTAAATCAACCTTAAATGGGATCAACCCATGCTCTGCAATGGCTAAAGCCTTGCTGCCCCATGAAATACCATTCATTACAGGTGTAGTTGCAGTACAATTCCAGTATAGATGTTGATGC
AGTATAGGTACCATACAGATGCAGACGCAGTATGGATGCAGTACAAATGAGTTGCATTGGGAAGACGTTCTCCACGGGAATCCACGGTGATGGAGAATGACTCATTTAGTGACGAATGGCCCTAGCGTAGTCTTAATAGACTAGAGATGCAGATTATGGACATTCTCACCAAGTTAGCGACTTGGCGCATAATGTCTCCC
TTGCTGAGAGGGAGTGTTGATATTCTCCATGGTTCCAGCATCGGGCAAACATTTTGCAGATCATTCTCTTGGATGGGTTTGCAACCCAGAGAGAATGGCCCCGTCGTAGCCCTTGATTGTGGCTCGG

Intron 3 GTAAGTAAAT ... TTATCTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	38.62	52	18.7	47
A2	32.75	57	19.7	36
A3	45.93	43	34.3	39
A4	39.37	44	27.3	30
A5	51.28	28	24.7	35
A6	19.03	146	29	40
A7	15.3	228	22.3	60
A8	12.98	325	39	58
A9	14.03	194	18.3	45
A10	21.17	162	26	61

>TRINITY_DN45573_c1_g1_i10 from sample A6 / Example spliced isoform

GATTTTGAAAGGCTGCAGGTTTTCTGGGCGCATTCCAGAAGAGCTGGGCAAGCTGCATAAGTTCATTACTCTGTATTCCTCCATCGTTGAGTAATCTTACGGGAGACTACTGGTTCAATTCGTCCAACAATTCCATTAGCGGAGAATTTCCAGTTGAGCTGAAGGGACTTGCTAATTGCGGTCACTTGTAAGTATTATAT
TTTCTTGAGTATAAGTTTTTCCTTCGTGCAGGAATATGTGTTTTATACGTTGTTACCTTTCTAACTGGTGCTTATATCGTTGATTGTTAAAGCCACTTTAATAAAAACAACTTGAGTGGATAAATTTCACCAGAGGTATTCCTTGAAAATATGAGCCTTAAGGTAAAACATGTGTAAGTATCCATGTTCATTGTGCTTAA
AGGATTTAATTTACTTCAGAATAAACGATTTTGATGAAATTAGACCTTGAACATAGTGCCACTGTGTGCAGGTCATTTGATGACAATTCATTCACAGGACAGAGCCCCTCAAGTACTGGAAATGTATCCCCTCAACTACTGGAAATGTATTTTATTTGACTCTCGTTTTAGTCAAATGTAACCCCTCAAGTATTGGAAAT
GTACCATCTTTGACTCTCTTTTGAGTCTCCCATATGGTCTAATTCCTTTTGGATTTTAAATTACACAAAATCTCCAACTCCTCTTTATGTTGGAAATGAAGGTTAAACATCCCCACTTACAAAAATGAATAATGTTCAGTTTACTAACTGTAGTGTCAAATACGAAAGGACACGTGTCATGTGAAAAATAACACAAATGT
GTGTTGGTGTATATGTAACCCGGTTACAATTCTGTTGTTTATTT

>TRINITY_DN45573_c1_g1_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:

ATAAGAGGGTATAATATACAAATTGACTGAATGAAGTCATCATTGTAGGGATTTTTATTGTACAATCCAGGCTTGACAGGACTGATTCCCAGTAGTTTGGGTAATTTGCAACATCCTCGGACGTTGTAAGCATTTTGAATCTTGTAATTCAATCTTGGCAATTTTGTTCAAATTGTTTACAATCGACTAATTTCTAACTC
GTTTTAGGATTTTGAAAGGCTGCAGGTTTTCTGGGCGCATTCCAGAAGAGCTGGGCAAGCTGCATAAGTTCATTACTCTgtaagtaaatgctcctaaaaaaacccttatttttatgaacaagtacactttatgacattgtgaaccgttttcgtttttggtagggacacgaattttaatgatttatctgtagGTATTCCTC
CATCGTTGAGTAATCTTACGAGAGACTATTGGTTCAATTCGTCCAACAATTCCATTAGCGGAGAATTTCCAGTTGAGCTGAAGGGACTTGCTAATTGCGGTCACTTGTAAGTATTATATTTTCTTGAGTATAAGTTTTTCCTTCGTGCAGGAATATGTGTTTTATACGTTGTTACCTTTCTAACTGGTGCTTATATCGTT
GATTGTTAAAGCCACTTTAATAAAAACAACTTGAGTGGATAAATTTCACCAGAGGTATTCCTTGAAAATATGAGCCTTAAGGTAAAACATGTGTAAGTATCCATGTTCATTGTGCTTAAAGGATTTAATTTACTTCAGAATAAACGATTTTGATGAAATTAGACCTTGAACATAGTGCCACTGTGTGCAGGTCATTTGAT
GACAATTCATTCACAGGACAGAGCCCCTCAAGTACTGGAAATGTATCCCCTCAACTACTGGAAATGTATTTTATTTGACTCTCGTTTTAGTCAAATGTAACCCCTCAAGTATTGGAAATGTACCATCTTTGACTCTCTTTTGAGTCTCCCATATGGTCTAATTCCTTTTGGATTTTAAATTACACAAAATCTCCAACTCC
TCTTTATGTTGGAAATGAAGGTTAAACATCCCCACTTACAAAAATGAATAATGTTCAGTTTACTAACTGTAGTGTCAAATACGAAAGGACACGTGTCATGTGAAAAATAACACAAATGTGTGTTGGTGTATATGTAACCCGGTTACAATTCTGTTGTTTATTT

Intron 4 GTTTCATAAT ... GTGATGGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	70.55	91	218	53
A2	70.92	73	178	26
A3	71.95	62	159	33
A4	77.72	43	150	25
A5	65.98	33	64	19
A6	70.48	93	222	44
A7	73.4	216	596	109
A8	71.32	156	388	81
A9	72	161	414	83
A10	73.45	206	570	123

>TRINITY_DN45573_c1_g1_i2 from sample A6 / Example spliced isoform

AGCAAAGGAATGCTGGAAAGATTCTGAAGGAGGAGAAAGAGCTCAAATTCTTCAAAAGCAAGGGTGAAGGAAGGGAAGGTCATGTCAATGGAGGAAGGATGCATATCTAATGCCATGAGGTCAAGGCAGAGTTCCATGCCCAAATTTCCACACCCTACGACGAGAATTTCCAAAAAATGATTTCCACACCCGACGACGAG
AATTTCGTGAGAATGAATGATGCTCCCGCTGAAGGTCTGCATACCCACGATGGAAGGAACGAGATAATATACGTGTAAGAGATAATTGCCCATTAGCAGAGCATTAGAGATCCTTTGCGAAAGAGGAACTCCCCCCCTTCTTGGGAGAGAGCAGGGCGGGAGTTCTTATAATTGCCCGTTAGCAGATCATCAGAGAACCT
TTGCCAAAGAGGGGTTAGCAGATCATTATAGATCCTTTGCCAAAGAGGAACTCAAATATGAAATTGCCCGTGCCCGCCACAAGCAATTAGAGAACAAGCAGGACTGAAGACTTTTCTGTGAATTTACAGACGCTGGTGTGCTGAATCGGAACTTCTGTCCGGCATGAAATGACCAGGTATTTGGTGAATCAAGGATGCAT
TAAGCCACTGTGCAATT

>TRINITY_DN45573_c1_g1_i8 from sample A6 / Example unspliced isoform:

AGCAAAGGAATGCTGGAAAGATTCTGAAGGAGGAGAAAGAGCTCAAATTCTTCAAAAGCAAGGGTGAAGGAACGGAAGGTCATGTCAATGGAGGAAGGATGCATATCTAATGCCATGgtttcataatgctgacacaacaaaatgccactaaatttacatctggtactccacaagccacacaattgttgttgggaccacac
aacaaagtctagaagcatattgggttttatatgatgcaagctgggaaaccaaccaacaagaagttgcaagctatctacaacatcaacaataaataagctctaacagttgattcaagtacttaaaatgagtacttacagtattccgaacaaccatggatggtttggctttgtgatggaagAGGTCAAGGCAGAGTTCCATG
CCCAAATTTCCACACCCTACGACGAGAATTTCCAAAAAATGATTTCCACACCCGACGACGAGAATTTCGTGAGAATGAATGATGCTCCCGCTGAAGGTCTGCATACCCACGATGGAAGGAACGAGATAATATACGTGTAAGAGATAATTGCCCATTAGCAGAGCATTAGAGATCCTTTGCGAAAGAGGAACTCCCCCCCT
TCTTGGGAGAGAGCAGGGCGGGAGTTCTTATAATTGCCCGTTAGCAGATCATCAGAGAACCTTTGCCAAAGAGGGGTTAGCAGATCATTATAGATCCTTTGCCAAAGAGGAACTCAAATATGAAATTGCCCGTGCCCGCCACAAGCAATTAGAGAACAAGCAGGACTGAAGACTTTTCTGTGAATTTACAGACGCTGGTG
TGCTGAATCGGAACTTCTGTCCGGCATGAAATGACCAGGTATTTGGTGAATCAAGGATGCATTAAGCCACTGTGCAATT

Intron 5 GTAAGTATCC ... CTGTGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	32.77	92.7	36	54.2
A2	43.64	49.2	30	46.2
A3	40.14	51.7	36	33.2
A4	30.93	48	14	29.1
A5	43.49	29.9	22	24
A6	16.88	193.4	23	55.7
A7	11.27	275	15	55.1
A8	15.32	492.7	28	151
A9	18.78	270.7	30	95.4
A10	10.13	203	2	44.1

>TRINITY_DN45573_c1_g1_i23 from sample A6 / Example spliced isoform

AGAGACTATTGGTTCAATTCGTCCAACAATTCCATTAGCGGAGAATTTCCAGTTGAGCTGAAGGGACTTGCTAATTGCGGTCACTTCCACTTTAATAAAAACAACTTGAGTGGATAAATTTCACCAGAGGTATTCCTTGAAAATATGAGCCTTAAGGTAAAACATGTGTCATTTGATGACAATTCATTCACAGGACAGAG
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>TRINITY_DN45573_c1_g1_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:

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