sp|Q9SQT8|DHQSD_ARATH ----> Bifunctional 3-dehydroquinate dehydratase/shikimate dehydrogenase, chloroplastic

Intron 1 GCCAAAGTGG ... GGAGCTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	65.53	90.7	118.7	223.7
A2	66.64	87.7	150	190
A3	71.74	63.7	140	168
A4	67.7	70.9	128	160
A5	76.6	22.6	48	97
A6	66.62	57.9	76	152
A7	65.4	162.7	203	401
A8	69.72	62.4	94	189
A9	67.84	117.9	182	306
A10	68.51	109.1	146	320

>TRINITY_DN105805_c1_g1_i3 from sample A2 / Example spliced isoform

CATCATCATTACTTACAGGTGGCAACTGATTTCATAAAAAGCATACGTGGCAAGAAATCAAGAGTTTGCAAGGTCATTGTTTCTAATCATAATTTCCAAAGTACTCCATCAGTTGAGGAACTTGGTCATCTTGTTACAAGATTACAATCCACAGGAGCTGACATTGTAAAATTTACGACAACTGCCACTAATGTTACTGA
TGTGGCTCGGGTTTTTCAAATGTTTGCTTACTCTCAAGTTCCCATTATTGCATCGGTGATTTCTGCCAGAGGGCTAATTAGTTGGATTCTTTGCCCAAAGTTTGGTGGGTATCTTACATATGGCTCCTTGGGAGCAGGGAAGGAATCGGCTTTGGGTCAACCAGCATTGACGGATCTATTAAACATATACAGGATAAAAA
ACTTGGGAAGAGATACCAAGGTTTTTGGAATTATAGGAAATCCAGTAGGTCACAGCAAAGGACCAATTCTGCACAATCAGGCATTCAGAGAGATAGGGCTTGATGCAGTATATGTACCTTTTCTTGTTGATGATCTTGCGGAGTTTCTAAGGGTTTATTCTTCCCCTGATTTTGCTGGTTTCAGTGTTACAATACCTCAC
AAGGAGGCCGCTGTTCAGTGTTGTCATGAAGTGGAACCAATTGCTCAGTCTATTGGAGCAGTAAATACAATAGTGAGGAGGCAAAGTGATGGAAAACTTATTGGGTATAACACAGACTATACAGGTGCCATTTCTGCAATCGAAGATGGTCTAAAAGGTAGACTTAGCGGAAGAGATTGGGGAAACACTTCCCCTCTTTC
TGGAAGACTGTTTGTGGTTGTCGGAGCTGGAGGAGCAGGTAAAGCCCTTGCATATGGGGCAAAAGAGAAGGGGGCAAGGGTTGTGATTGCTAATCGTAATTATGAAAGAGCAAAGGCACTGGCAATTTTAGTTGGGGGGGAAGCTATCTCTCTAGACAAGTTGGACAGCTTTTGTCCAGAGAATGGAATGATTCTTGCAA
ACACTACTTCTGTTGGAATGCATCCAAATGTGATGGAAACACCTCTATCTAAGGAAGCTTTAGGAGCATACAATCTGGTTTTTGATGCCGTTTACACACCAAAAGTTACTAGACTCTTACGAGAAGCAAAGGAGGCTGGAGCTACTGTTGTAAGTGGGTTGGAAATGTTCATAAGGCAGGCCATGGCTCAATTTGAACTC
TTTACTGGTTCTCCAGCCCCCGGGGTGCTAATGCGGGAAATAGTTGCAAGACTGTAAACATACTTGAGCACCTCTTGGAGACATATGCAGCTGCATTCATGTTGAGCTTGTTGGTGCTACATTGTGTTTCAGTTGTAACAGATTCTTTGGAATGACATTGCCTTTTGGAAAAAAAATCAGTGCTCTATTAACATTTATAG
GCCATGATTCTTCTGGATAAAATTATTGTTCTCGTGATAAATCATGGGAGACATGTAAAGTGCATAGCTAAATCAGCAGTGGATCATATGTATTATATGTGGATGGTTTTGGAATCCTTTTGGCTACTAGTGTCATAAAAGTGTTTTTTACTTTGCACATCAAGTCGCCTAGGCATCTTGACAGCACTCTGAAGATACAA
ATGCTAGAGACGTGAGATAATATTTTAGTTGAATGAACTGCATGCTTATGCAAAACCTATTAATAAAATATGTTTGGATGCTTATGAAATGTAATACAATAGAATATAGTGGCCTTATCGTTGATGAAATTTTGTTATCAATGTCAAGCTTGGGTGTTAGCAAGTTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAC

>TRINITY_DN105805_c1_g1_i4 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GTCTCATCCTCGGTAACACCAAATGACAATGTTCCTCTAGATTTGTATACAGTACAAGGCAAGGAAATTCATTGGGTGCGATGGGAAATATACTCAATCGGTCTAACATAACATCCCATTCTACCCAATCAACTAAAATCCGCCCAAGGCCGAAACCAGCAATGGCCCAAAACAGAGGATGCCTTGTTTGCTGCCCTGTC
ATATCACATTCAGTGGAAGAGACACTGAAGCAAATGCAACAAGCCAAAGTCGATGGAGCAGACGTTGTTGAGATCAGGATCGATTTCTTAAAAAACTTCAATCCAAAGGCTGATTTAGCAATTCTGCTCAAAGAAAGACCACTGCCCATCATCATTACTTACAGgccaaagtgggagggaggtgagtatgaaggtgatga
tgcaacacgtcttgatgtacttcgtttggctatagaattggatgctgactatgttgatgtggagctccagGTGGCAACTGATTTCATAAAAAGCATACGTGGCAAGAAATCAAGAGTTTGCAAGGTCATTGTTTCTAATCATAATTTCCAAAGTACTCCATCAGTTGAGGAACTTGGTCATCTTGTTACAAGATTACAAT
CCACAGGAGCTGACATTGTAAAATTTACGACAACTGCCACTAATGTTACTGATGTGGCTCGGGTTTTTCAAATGTTTGCTTACTCTCAAGTGAGTTAACAGACAGATTATTGAAAGACAGTGTTCAGTCTTTTTTTTTTATGGGAAGGTTAAAAGAAATGAACCCTTCAATTTTGTTCCCATTATTGCATCGGTGATTTC
TGCCAGAGGGCTAATTAGTTGGATTCTTTGCCCAAAGTTTGGTGGGTATCTTACATATGGCTCCTTGGGAGCAGGGAAGGAATCGGCTTTGGGTCAACCAGCATTGACGGATCTATTAAACATATACAGGATAAAAAACTTGGGAAGAGATACCAAGGTTTTTGGAATTATAGGAAATCCAGTAGGTCACAGCAAAGGAC
CAATTCTGCACAATCAGGCATTCAGAGAGATAGGGCTTGATGCAGTATATGTACCTTTTCTTGTTGATGATCTTGCGGAGTTTCTAAGGGTTTATTCTTCCCCTGATTTTGCTGGTTTCAGTGTTACAATACCTCACAAGGAGGCCGCTGTTCAGTGTTGTCATGAAGTGGAACCAATTGCTCAGTCTATTGGAGCAGTA
AATACAATAGTGAGGAGGCAAAGTGATGGAAAACTTATTGGGTATAACACAGACTATACAGGTGCCATTTCTGCAATCGAAGATGGTCTAAAAGGTAGACTTAGCGGAAGAGATTGGGGAAACACTTCCCCTCTTTCTGGAAGACTGTTTGTGGTTGTCGGAGCTGGAGGAGCAGGTAAAGCCCTTGCATATGGGGCAAA
AGAGAAGGGGGCAAGGGTTGTGATTGCTAATCGTAATTATGAAAGAGCAAAGGCACTGGCAATTTTAGTTGGGGGGGAAGCTATCTCTCTAGACAAGTTGGACAGCTTTTGTCCAGAGAATGGAATGATTCTTGCAAACACTACTTCTGTTGGAATGCATCCAAATGTGATGGAAACACCTCTATCTAAGGAAGCTTTAG
GAGCATACAATCTGGTTTTTGATGCCGTTTACACACCAAAAGTTACTAGACTCTTACGAGAAGCAAAGGAGGCTGGAGCTACTGTTGTAAGTGGGTTGGAAATGTTCATAAGGCAGGCCATGGCTCAATTTGAACTCTTTACTGGTTCTCCAGCCCCCGGGGTGCTAATGCGGGAAATAGTTGCAAGACTGTAAACATAC
TTGAGCACCTCTTGGAGACATATGCAGCTGCATTCATGTTGAGCTTGTTGGTGCTACATTGTGTTTCAGTTGTAACAGATTCTTTGGAATGACATTGCCTTTTGGAAAAAAAATCAGTGCTCTATTAACATTTATAGGCCATGATTCTTCTGGATAAAATTATTGTTCTCGTGATAAATCATGGGAGACATGTAAAGTGC
ATAGCTAAATCAGCAGTGGATCATATGTATTATATGTGGATGGTTTTGGAATCCTTTTGGCTACTAGTGTCATAAAAGTGTTTTTTACTTTGCACATCAAGTCGCCTAGGCATCTTGACAGCACTCTGAAGATACAAATGCTAGAGACGTGAGATAATATTTTAGTTGAATGAACTGCATGCTTATGCAAAACCTATTAA
TAAAATATGTTTGGATGCTTATGAAATGTAATACAATAGAATATAGTGGCCTTATCGTTGATGAAATTTTGTTATCAATGTCAAGCTTGGGTGTTAGCAAGTTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAC

Intron 2 GTATCTCCTT ... AATCTTTAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	5.95	119	8.3	27.7
A2	7.81	99	9.7	21.7
A3	4.05	141	6.3	44
A4	7.77	96	8.7	28.7
A5	2.99	61	2	18
A6	5.96	372	27	87.3
A7	4.49	591	30.7	142.7
A8	3.93	583	26	147.3
A9	4.33	596	29.7	146
A10	3.53	481	19	108.7

>TRINITY_DN104716_c0_g1_i3 from sample A3 / Example spliced isoform

AGATTCTAGTCCTAAGCTTGGCGAATTCAATATTAAAAATAGCTCAATAGATAGAGAGTAATCAAATAAACACAAATTCAAAGGTCTCATCCTCGGTAACACCAAATGACAATGTTCCTCTAGATTTGTATACAGTACAAGGCAAGGAAATTCATTGGGTGCGATGGGAAATATACTCAATCGGTCTAACATAACATCCC
ATTCTACCCAATCAACTAAAATCCGCCCAAGGCCGAAACCAGCAATGGCCCAAAACAGAGGATGCCTTGTTTGCTGCCCTGTCATATCACATTCAGTGGAAGAGACACTGAAGCAAATGCAACAAGCCAAAGTCGATGGAGCAGACGTTGTTGAGATCAGGATCGATTTCTTAAAAAACTTCAATCCAAAGGCTGATTTA
GCAATTCTGCTCAAAGAAAGACCACTGCCCATCATCATTACTTACAGGCCAAAGTGGGAGGGAGGTGAGTATGAAGGTGATGATGCAACACGTCTTGATGTACTTCGTTTGGCTATAGAATTGGATGCTGACTATGTTGATGTGGAGCTCCAGGTGGCAACTGATTTCATAAAAAGCATACGTGGCAAGAAATCAAGAGT
TTGCAAGGTCATTGTTTCTAATCATAATTTCCAAAGTACTCCATCAGTTGAGGAACTTGGTCATCTTGTTACAAGATTACAATCCACAGGAGCTGACATTGTAAAATTTACGACAACTGCCACTAATGTTACTGATGTGGCTCGGGTTTTTCAAATGTTTGCTTACTCTCAAGTTCCCATTATTGCATCGGTGATTTCTG
CCAGAGGGCTAATTAGTTGGATTCTTTGCCCAAAGTTTGGTGGGTATCTTACATATGGCTCCTTGGGAGCAGGGAAGGAATCGGCTTTGGGTCAACCAGCATTGACGGATCTATTAAACATATACAGGATAAAAAACTTGGGAAGAGATACCAAGGTTTTTGGAATTATAGGAAATCCAGTAGGTCACAGCAAAGGACCA
ATTCTGCACAATCAGGCATTCAGAGAGATAGGGCTTGATGCAGTATATGTACCTTTTCTTGTTGATGATCTTGCGGAGTTTCTAAGGGTTTATTCTTCCCCTGATTTTGCTGGTTTCAGTGTTACAATACCTCACAAGGAGGCCGCTGTTCAGTGTTGTCATGAAGTGGAACCAATTGCTCAGTCTATTGGAGCAGTAAA
TACAATAGTGAGGAGGCAAAGTGATGGAAAACTTATTGGGTATAACACAGACTATACAGGTGCCATTTCTGCAATCGAAGATGGTCTAAAAGGTAGACTTAGCGGAAGAGATTGGGGAAACACTTCCCCTCTTTCTGGAAGACTGTTTGTGGTTGTCGGAGCTGGAGGAGCAGGTAAAGCCCTTGCATATGGGGCAAAAG
AGAAGGGGGCAAGGGTTGTGATTGCTAATCGTAATTATGAAAGAGCAAAGGCACTGGCAATTTTAGTTGGGGGGGAAGCTATCTCTCTAGACAAGTTGGACAGCTTTTGTCCAGAGAATGGAATGATTCTTGCAAACACTACTTCTGTTGGAATGCATCCAAATGTGATGGAAACACCTCTATCTAAGGAAGCTTTAGGA
GCATACAATCTGGTTTTTGATGCCGTTTACACACCAAAAGTTACTAGACTCTTACGAGAAGCAAAGGAGGCTGGAGCTACTGTTGTAAGTGGGTTGGAAATGTTCATAAGGCAGGCCATGGCTCAATTTGAACTCTTTACTGGTTCTCCAGCCCCCGGGGTGCTAATGCGGGAAATAGTTGCAAGACTGTAAACATACTT
GAGCACCTCTTGGAGACATATGCAGCTGCATTCATGTTGAGCTTGTTGGTGCTACATTGTGTTTCAGTTGTAACAGATTCTTTGGAATGACATTGCCTTTTGGAAAAAAAATCAGTGCTCTATTAACATTTATAGGCCATGATTCTTCTGGATAAAATTATTGTTCTCGTGATAAATCATGGGAGACATGTAAAGTGCAT
AGCTAAATCAGCAGTGGATCATATGTATTATATGTGGATGGTTTTGGAATCCTTTTGGCTACTAGTGTCATAAAAGTGTTTTTTACTTTGCACATCAAGTCGCCTAGGCATCTTGACAGCACTCTGAAGATACAAATGCTAGAGACGTGAGATAATATTTTAGTTGAATGAACTGCATGCTTATGCAAAACCTATTAATA
AAATATGTTTGGATGCTTATGAAATGTAATACAATAGAATATAGTGGCC

>TRINITY_DN104716_c0_g1_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:

TGTGATTGCTAATCGTAATTATGgtatctccttttcccataagtacacactgaataacatagattctatgtgtttcttcctcaaggggattgcattttattatcttaattattctctcacactactgtattataaatttgataatgtttgttgtttcttttcaatctttaagAAAGAGCAAAGGCACTGGCGATTTTAGT
TGGGGGGGAAGCTATCTCTCTAGACAAGTTGGACAGCTTTTGTCCAGAGAATGGAATGATTCTTGCAAACACTACTTCTGTTGGAATGCATCCAAATGTGATGGAAACACCTCTATCTAAGGAAGCTTTAGGAGCATACAATCTGGTTTTTGATGCCGTTTACACACCAAAAGTTACTAGACTCTTACGAGAAGCAAAGG
AGGCTGGAGCTACTGTTGTAAGTGGGTTGGAAATGTTCATAAGGCAGGCCATGGCTCAATTTGAACTCTTTACTGGTTCTCCAGCCCCCGGGGTGCTAATGCGGGAAATAGTTGCAAGACTGTAAACATACTTGAGCACCTCTTGGAGACATATGCAGCTGCATTCATGTTGAGCTTGTTGGTGCTACATTGTGTTTCAG
TTGTAACAGATTCTTTGGAATGACATTGCCTTTTGGAAAAAAAATCAGTGCTCTATTAACATTTATAGGCCATGATTCTTCTGGATAAAATTATTGTTCTCGTGATAAATCATGGGAGACATGTAAAGTGCATAGCTAAATCAGCAGTGGATCATATGTATTATATGTGGATGGTTTTGGAATCCTTTTGGCTACTAGTG
TCATAAAAGTGTTTTTTACTTTGCACATCAAGTCGCCTAGGCATCTTGACAGCACTCTGAAGATACAAATGCTAGAGACGTGAGATAATATTTTAGTTGAATGAACTGCATGCTTATGCAAAACCTATTAATAAAATATGTTTGGATGCTTATGAAATGTAATACAATAGAATATAGTGGCC