NA ----> NA
Intron 1 GTCAGGGCAG ... CAGTAATGAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20 | 12 | 3 | 0 |
| A2 | 18.75 | 13 | 3 | 0 |
| A3 | 0 | 5 | 0 | 0 |
| A4 | 20 | 4 | 1 | 0 |
| A5 | 0 | 4 | 0 | 0 |
| A6 | 15.38 | 44 | 8 | 1 |
| A7 | 15.58 | 65 | 12 | 0 |
| A8 | 15.56 | 38 | 7 | 4 |
| A9 | 15 | 34 | 6 | 1 |
| A10 | 15.69 | 43 | 8 | 0 |
>TRINITY_DN42177_c0_g2_i7 from sample A6 / Example spliced isoformGGACAGAGCCAATGCCTAGCAGGTCCAGAGAATGTTGAAGGAATTTGGGTTTCTTTTAGTTTTTGAAACGAGGGGAAAAACGATCTATTAGATGCCTGGAAATGCAGAATTGGTGATAAAATCTAGTTATGAATCGGAGTTTGTCGTTTGGGTCGAGGCTAGAGCTTAATTCTAGACCAGATGTCAAGTCCCTTAGGAGA
TGGGTTGTGTGTTTCTGCATCATCAGGTTCGACTTGGAGCGGGGGCAGGTCATTGAGGAGTGTTATCCGCCGGGTTCGCTTAGCACCGATGAGGAACTTGACGTTGCTTTCAGTTCGTTTCCGGACTCTATGTCACAGTCTCACAATCGATCCAGTGTTCATGACTGTATGTTTTTCTTCCGGGTTAGAAGGAGGGGGAC
AGCTCCTCCTGCCCAGTCACCTGGATTGAAGCGGTCTGCCTCCACTGGTCGTGAAGGAAGAGAGGAGACTGATCCATCCTCAGGGATTCTCGAATTGATCCCTGAAGAGCAGGAAAGGTTGGGACACAATCTTGTAGAGGAAGATGGCAATGATAATTCTAATTCAAAGTCATCGGTTGAGTTGGGATCCAAAACTTCTA
CTGTAGAGACTGTTTACGATTACTCAGTCCAAACAGATGAGATTTCGGGCAATGATGACGGAGTGGGGTGGTCAAATTTGTCTGTTCCTAGAATTCTTGCAAGTGCTTTATCTAATAGATTTAGAGATAAAGATGTAGCAGAAAGAGGTGAATTGGGCTCTCCCCAATCAAGCAGTTCCAAGCTTGTTTCCTCTCGGCCC
TTACAGCGAAGTGGATCCGACTCGGGGTTGTTCCAAAGTTCCAAAGGTATTGAGAGGACAAGCAGTAGAGGTGTTCCGGGGAGCGGTGGTCCTAGATATCTATATGGATATGTATTCAACAGGCAGAGGCAGGATGAAAGACTGAAACGAGGCGGAGAGCAAAAATCAGTGGTTATTCTGTCACACAGGCCGTATCTAAG
TGTCTTTAAGCCTCTATTACAGATATTGGGGCCCTTGTATTTTGATCTTGGCAAACAAGCACTTGAACATGTGGCTACATATGTTTCAACATGGCCTAGTCCAGCTCCGGGAAAGTTTATGGAGCTTCCAATAGGAAACGCAACTTTGAAAACTCACTTACCTCCTGCACACACTTTACCTACTGGTTGTGGGAGTTCCA
CGGATGACTTTATTTCAGCAATGGCTCCAGTAGCCCCTTTGAATCAATCTATTCCACAAGGAATTTTCCATGAGGCAGATATATTTGGGATGTTCAGAGGGATTTTGTTACAGCTATGGGCACTCTGGGAGCTTCTTTTAATTGGGGAGCCATTGCTAGTGATTGCACCAACCCCATCCCAGTGCTGTGAAGCTGTTGCT
GGACTTGTGGGTTTGATGGCACCTCTTCCTTGTAGTATTGACTTTCGTCCATATTTTACAATCCATGATCCTGATTTTTCCTTGCTGAATTCCCTCAAGGAAGACGAACAGGCTCCTCCTATGATATTGGGTGTTACAAATCTCTTTTTCTTGAAGGCTCTTCGGAACCTTCCCCATGTTATATCAGTTGGCAGTTCACT
TTCAAATAGTGACAGGCTTTCCCTCATTCCCCAGTCATCTATTCATAATAACGGGAATCAAGGAAGACCACAGCTACACCTACAACTTTCAGCTTTGAAAAAATTTACTCCAGCGAATTTGCTGAAGGCTGTAAAGGTCAAGAGAGATGGACCTCTTTGTCTTATGACTGAGCATAAAGAAGCTGTTTGGACTAATTATG
CAGCCACAACCAAGCCAGACACTGCTGTGTTAAATCGGCTTGTTGATGCCGGCATGTCTCCAAGGATTGAGGAGTCAATGTCAGTTGTGAATAATGAGATTTTGCGGCGCCACTTTTTGGAATTTACGACCAACTTTCTTGCTCCCTTTGGCCCATTTTTAAGAGCCACTACCCCCCCAGAAGGAGTTTCGCCCTTTGCA
GACCCTCCTCCTCTTCCGCCATTTGATGCTTATCAATTTCTGGAAGGACTAGCTGCTAGAGGACCAGGAAAGTTTTTATCCAAACGGATGAGAGCAAACTGGTTAGATCTGTACAGACGCTTTCTCAAGGGACCTAATTTTATGCCATGGTTTCAAAGAAGACGCTCAGTTGCTGAACAAGAGCAACATAGAATATGGAG
GCAAGCTCGAGCCAAGGCTGATATTCGACAATTCCTCTCAAAAATGTCTGAGGTGGAGGTTGTTGATTCATTTAATGCTGTGGAGAAGCATCTACTTGCAGAGATACAGTTACAATGCAATGGAGCCGGGAATGCGGAATCCTTGTCTGTATGCCAGAAGCTGAAGAGTGATTTGAGGACAATTTTCAGTGCACTGCCAA
AAGATATGCAAGAGTTGTTACTTTTCAATCCACAGTGTGCAGCTCTTCTCCAGGGTAGTTTGGAATTGACAAAATTGCCAGGCCGACCTACTTTCAACATGGGTAGAGTTTCAGAGCCTATTTCTCATAACAAGTAAATTTTTGTGTAACCTAAGCTGGTGATATGCTGAGCTTGCCTAGCTTGGGTGTATTCTAAGAGT
ATATTGTGCTCTAGTTGCCGAAATGAATTAATGGATCCGGCTTGGACAAATCAGATCTACATGAAGTTATTTATGAATGTTTTCTTATATTTGGAGGTCACTATGATGAAATTGCATTCCAGATGGCTCATTTCACTTCTATTTTGTACCTCGATTTCCAAGCAATATGTGAAGAAATTTTCTTCCATTCAAAATTAATT
TTACAGCAACTGTTGTACTCTACTAATGGATATTTGGCTTTGACTGAAAGTGGTTTTCATATTTGCAGATCAATATTCCTAGAATCTCATCTTTTGTC
>TRINITY_DN42177_c0_g2_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:GGACAGAGCCAATGCCTAGCAGGTCCAGAGAATGTTGAAGGAATTTGGGTTTCTTTTAGTTTTTGAAACGAGGGGAAAAACGATCTATTAGATGCCTGGAAATGCAGAATTGGTGATAAAATCTAGTTATGAATCGGAGTTTGTCGTTTGGGTCGAGGCTAGAGCTTAATTCTAGACCAGATGTCAAGTCCCTTAGGAGA
TGGGTTGTGTGTTTCTGCATCATCAGGTTCGACTTGGAGCGGGGGCAGGTCATTGAGGAGTGTTATCCGCCGGGTTCGCTTAGCACCGATGAGGAACTTGACGTTGCTTTCAGTTCGTTTCCGGACTCTATGTCACAGTCTCACAATCGATCCAGTGTTCATGACTGTATGTTTTTCTTCCGGGTTAGAAGGAGGGGGAC
AGCTCCTCCTGCCCAGTCACCTGGATTGAAGCGGTCTGCCTCCACTGGTCGTGAAGGAAGAGAGGAGACTGATCCATCCTCAGGGATTCTCGAATTGATCCCTGAAGAGCAGGAAAGGTTGGGACACAATCTTGTAGAGGAAGATGGCAATGATAATTCTAATTCAAAGTCATCGGTTGAGTTGGGATCCAAAACTTCTA
CTGTAGAGACTGTTTACGATTACTCAGTCCAAACAGATGAGATTTCGGGCAATGATGACGGAGTGGGGTGGTCAAATTTGTCTGTTCCTAGAATTCTTGCAAGTGCTTTATCTAATAGATTTAGAGATAAAGATGTAGCAGAAAGAGGTGAATTGGGCTCTCCCCAATCAAGCAGTTCCAAGCTTGTTTCCTCTCGGCCC
TTACAGCGAAGTGGATCCGACTCGGGGTTGTTCCAAAGTTCCAAAGGTATTGAGAGGACAAGCAGTAGAGGTGTTCCGGGGAGCGGTGGTCCTAGATATCTATATGGATATGTATTCAACAGGCAGAGGCAGGATGAAAGACTGAAACGAGGCGGAGAGCAAAAATCAGTGGTTATTCTGTCACACAGGCCGTATCTAAG
TGTCTTTAAGCCTCTATTACAGATATTGGGGCCCTTGTATTTTGATCTTGGCAAACAAGCACTTGAACATGTGGCTACATATGTTTCAACATGGCCTAGTCCAGCTCCGGGAAAGTTTATGGAGCTTCCAATAGGAAACGCAACTTTGAAAACTCACTTACCTCCTGCACACACTTTACCTACTGGTTGTGGGAGTTCCA
CGGATGACTTTATTTCAGCAATGGCTCCAGTAGCCCCTTTGAATCAATCTATTCCACAAGGAATTTTCCATGAGGCAGATATATTTGGGATGTTCAGAGGGATTTTGTTACAGCTATGGGCACTCTGGGAGCTTCTTTTAATTGGGGAGCCATTGCTAGTGATTGCACCAACCCCATCCCAGTGCTGTGAAGCTGTTGCT
GGACTTGTGGGTTTGATGGCACCTCTTCCTTGTAGTATTGACTTTCGTCCATATTTTACAATCCATGATCCTGATTTTTCCTTGCTGAATTCCCTCAAGGAAGACGAACAGGCTCCTCCTATGATATTGGGTGTTACAAATCTCTTTTTCTTGAAGGCTCTTCGGAACCTTCCCCATGTTATATCAGTTGGCAGTTCACT
TTCAAATAGTGACAGGCTTTCCCTCATTCCCCAGTCATCTATTCATAATAACGGGAATCAAGGAAGACCACAGCTACACCTACAACTTTCAGCTTTGAAAAAATTTACTCCAGCGAATTTGCTGAAGGCTGTAAAGGTCAAGAGAGATGGACCTCTTTGTCTTATGACTGAGCATAAAGAAGCTGTTTGGACTAATTATG
CAGCCACAACCAAGCCAGACACTGCTGTGTTAAATCGGCTTGTTGATGCCGGCATGTCTCCAAGGATTGAGGAGTCAATGTCAGTTGTGAATAATGAGATTTTGCGGCGCCACTTTTTGGAATTTACGACCAACTTTCTTGCTCCCTTTGGCCCATTTTTAAGAGCCACTACCCCCCCAGAAGGAGTTTCGCCCTTTGCA
GACCCTCCTCCTCTTCCGCCATTTGATGCTTATCAATTTCTGGAAGGACTAGCTGCTAGAGGACCAGGAAAGTTTTTATCCAAACGGATGAGAGCAAACTGGTTAGATCTGTACAGACGCTTTCTCAAGGGACCTAATTTTATGCCATGGTTTCAAAGAAGACGCTCAGTTGCTGAACAAGAGCAACATAGAATATGGAG
GCAAGCTCGAGCCAAGGCTGATATTCGACAATTCCTCTCAAAAATGTCTGAGGTGGAGGTTGTTGATTCATTTAATGCTGTGGAGAAGCATCTACTTGCAGAGATACAgtcagggcagatctgggcacatgcaaagaaggtacttcagccgagattctgtacagtggccttaatgacagcagcagcagtactctctcctt
tggcagttccatacagcagtaatgagGTTACAATGCAATGGAGCCGGC
Intron 2 GCCAAATGAT ... CGTCCCCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 48.08 | 27 | 1 | 25 |
| A2 | 51.52 | 16 | 6 | 17 |
| A3 | 12.5 | 14 | 0 | 2 |
| A4 | 48.39 | 16 | 0 | 15 |
| A5 | 30.43 | 16 | 0 | 7 |
| A6 | 70.59 | 5 | 0 | 12 |
| A7 | 31.03 | 20 | 4 | 9 |
| A8 | 62.96 | 10 | 6 | 17 |
| A9 | 28.57 | 20 | 1 | 8 |
| A10 | 28.13 | 23 | 4 | 9 |
>TRINITY_DN42177_c0_g2_i6 from sample A6 / Example spliced isoformGAAATGAAACCTGCTTTAAATTCAGAAACCTGCAAATTCCGGGAAGCATAAACGTGATGGATTAATCGCCTGGTGGGCCAAATGATTCTTTTACTGTAGTCTCTTTCGACTGGATCAATTTATTTTAGCTTTTCATAATCCTGAAAATCAGAAATGAAACCTGCTTTAAATTCAGAAACCTGCAAATTCCGGGAAGCATA
AACGTGATGGATTAATCGCCTGGTCAAAGCCTGAAAATCAGAAATGAAACATGCTTTAAATTCCGGGAAGCATAAGCGTGAGGGATTAATCGCCCTGCGGGCCAAATGATTCTTTTACTGTAGTCTCTTTCGACTGGATCAATTTATTTTAGCTTTTCCTAAACCTGCATAATCCTGAAAATCAGAAATGAAACCTGCTT
TAAATTCCGGGAAGCATAAGCGAGAAACCTGCAAATTCCGGGAAGCATAAACGTGATGGATTAATCGCCTGGTGGGCCAAATGATTCTTTTACTGTTGAGGGATTAATCGCCCTGCGGGCCAAATGATTCTTTTACTGTAGTCTCTTTCGACTGGATCAATTTATTTTAGCTTTTCCTAACCCTGCAAATCAGTAATGAA
ACCTGCATTAAGTTCAGAAACCTACTTTAGATTCCGGGAAGCATAAGCGTGATGGATTAATCGTCCCCCAGGCCAAATGATTCTTTTACTGTAGTCTCTTTCGACTGGATCAATTTATTTTAGCTTTTCCTAACCCTGCAAATCAG
>TRINITY_DN42177_c0_g2_i4 from sample A6 / Example unspliced isoform:AATACACTGAGCAGCGCTTCGTAACAGATTTGCCGAGGGGAGTTCAATTGCCGAGGGGATTTTGCCGCTGGAGGGGCTGCTCGAATTTTGCTGAAGATTTCGTGATGTTAAGACTGCTCTTCGATGTTGTGAGTTTTACGACGACTTAACTCTTTTACTTGGCATGTTTTTTGCTCAAATGATTCTTTTACTGTAGTCTC
TTTCGACTGGATCAATTTATTTTAGCTTTTCATAATCCTGAAAATCAGAAATGAAACCTGCTTTAAATTCAGAAACCTGCAAATTCCGGGAAGCATAAACGTGATGGATTAATCGCCTGGTCAAAGCCTGAAAATCAGAAATGAAACATGCTTTAAATTCCGGGAAGCATAAGCGTGAGGGATTAATCGCCCTGCGGGCC
AAATGATTCTTTTACTGTAGTCTCTTTCGACTGGATCAATTTATTTTAGCTTTTCCTAAACCTGCATAATCCTGAAAATCAGAAATGAAACCTGCTTTAAATTCAGAAACCTGCAAATTCCGGGAAGCATAAACGTGATGGATTAATCGCCTGGTGGgccaaatgattcttttactgttgagggattaatcgccctgcgg
gccaaatgattcttttactgtagtctctttcgactggatcaatttattttagcttttcctaaccctgcaaatcagtaatgaaacctgcattaagttcagaaacctactttagattccgggaagcataagcgtgatggattaatcgtcccccagGCCAAATGATTCTTTTACTGTAGTCTCTTTCGACTGGATCAATTTAT
TTTAGCTTTTCCTAACCCTGCAAATCAG
Intron 3 GTAAGAGGCA ... AGAGATACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 72.97 | 7.5 | 26 | 12 |
| A2 | 89.66 | 1.5 | 10 | 13 |
| A3 | 86.16 | 2 | 19 | 5 |
| A4 | 75.63 | 6.5 | 28 | 4 |
| A5 | 69.98 | 4 | 11 | 4 |
| A6 | 66.23 | 13 | 7 | 44 |
| A7 | 58.63 | 26.5 | 10 | 65 |
| A8 | 54.57 | 18 | 5 | 38 |
| A9 | 47.53 | 21 | 4 | 34 |
| A10 | 60.42 | 19 | 15 | 43 |
>TRINITY_DN39355_c0_g1_i6 from sample A9 / Example spliced isoformGGAATATATGCACTGTAATGTCACTCCAGATCGTACATTGATTTATTTTTAGTTTCTTATGGGCACTTTTCATGGAGATTGTCTTAACTGCTGTCATTTCTTAGATTTTCAGCCCCGAGCAATTTTCACTCACCCTGAGGGATTCAGAGCAGCTTCGAATTTGGGGTTGAATAGCACTAAAGACGTGGGTGGCCCGGCTT
ATCATACCCAAATCATGGAAAAAAGCACACTTTAAAGTTCATGACTACCTCTGATCCGTTTTAACCTTGTTTTATTTGGGTAACGGATACTGTTTGGGCTCCGAGATCTTAGTGAAGAGGATACAATAAGCACATGGATAGTGATGCTCACATAATTTTTTTATTTCCAGCATAACAGAAGCTGCGTGAGTATCTGATCT
CAAGCTCTTCGGTGATGGTTACAATGCAATGGAGCCGGGAATGCGGAATCCTTGTCTGTATGCCAGAAGCTGAAGAGTGATTTGAGGACAATTTTCAGTGCACTGCCAAAAGATATGCAAGAGTTGTTACTTTTCAATCCACAGTGTGCAGCTCTTCTCCAGGGTAGTTTGGAATTGACAAAATTGCCAGGCCGACCTAC
TTTCAACATGGGTAGAGTTTCAGAGCCTATTTCTCATAACAAGTAAATTTTTGTGTAACCTAAGCTGGTGATATGCTGAGCTTGCCTAGCTTGGGTGTATTCTAAGAGTATATTGTGCTCTAGTTGCCGAAATGAATTAATGGATCCGGCTTGGACAAATCAGATCTACATGAAGTTATTTATGAATGTTTTCTTATATT
TGGAGGTCACTATGATGAAATTGCATTCCAGATGGCTCATTTCACTTCTATTTTGTACCTCGATTTCCAAGCAATATGTGAAGAAATTTTCTTCCATTCAAAATTAATTTTACAGCAACTGTTGTACTCTACTAATGGATATTTGGCTTTGACTGAAAGTGGTTTTCATATTTGCAGATCAATATTCCTAGAATCTCATC
TTTTGTCCTTGATGGTGTTTCTTATCTTTTACTATAGTAC
>TRINITY_DN39355_c0_g1_i3 from sample A9 / Example unspliced isoform:GGAATATATGCACTGTAATGTCACTCCAGATCGTACATTGATTTATTTTTAGTTTCTTATGGGCACTTTTCATGGAGATTGTCTTAACTGCTGTCATTTCTTAGATTTTCAGCCCCGAGCAATTTTCACTCACCCTGAGGGATTCAGAGCAGCTTCGAATTTGGGGTTGAATAGCACTAAAGACGTGGGTGGCCCGGCTT
ATCATACCCAAATCATGGAAAAAAGCACACTTTAAAGTTCATGACTACCTCTGATCCGTTTTAACCTTGTTTTATTTGGGTAACGGATACTGTTTGGGCTCCGAGATCTTAGTGAAGAGGATACAATAAGCACATGGATAGTGATGCTCACATAATTTTTTTATTTCCAGCATAACAGAAGCTGCGTGAGTATCTGATCT
CAAGCTCTTCGGTGATGGgtaagaggcaacgtctaattaattttaggtttagttcagtgttttactcgtgcatttagtagagaaattaaatggtatttttcagttcagattggatgaaactgcacgtattatgatggcacattttgccctggattgttatattttgattagatagtggatagcaaaatgatcatgctcag
tagcacttggattggagttggacagaaattcgattcagctatttgtctgttcaaattgcaatgaaatctctcaagtgggccatagaatttttcaggttggcacccgggctataaataatcaagagaatgctcgatacacagactgtaatttaagataatgattaatgcctggaatgtggaaagggtatttaaaaatcttt
tcccccattggttttttaggacagagccaatgcctagcaggtccagagaatgttgaaggaatttgggtttcttttagtttttgaaacgaggggaaaaacgatctattagatgcctggaaatgcagaattggtgataaaatctagttatgaatcggagtttgtcgtttgggtcgaggctagagcttaattctagaccagat
gtcaagtcccttaggagatgggttgtgtgtttctgcatcatcaggttcgacttggagcgggggcaggtcattgaggagtgttatccgccgggttcgcttagcaccgatgaggaacttgacgttgctttcagttcgtttccggactctatgtcacagtctcacaatcgatccagtgttcatgactgtatgtttttcttccg
ggttagaaggagggggacagctcctcctgcccagtcacctggattgaagcggtctgcctccactggtcgtgaaggaagagaggagactgatccatcctcagggattctcgaattgatccctgaagagcaggaaaggttgggacacaatcttgtagaggaagatggcaatgataattctaattcaaagtcatcggttgagt
tgggatccaaaacttctactgtagagactgtttacgattactcagtccaaacagatgagatttcgggcaatgatgacggagtggggtggtcaaatttgtctgttcctagaattcttgcaagtgctttatctaatagatttagagataaagatgtagcagaaagaggtgaattgggctctccccaatcaagcagttccaag
cttgtttcctctcggcccttacagcgaagtggatccgactcggggttgttccaaagttccaaaggtattgagaggacaagcagtagaggtgttccggggagcggtggtcctagatatctatatggatatgtattcaacaggcagaggcaggatgaaagactgaaacgaggcggagagcaaaaatcagtggttattctgtc
acacaggccgtatctaagtgtctttaagcctctattacagatattggggcccttgtattttgatcttggcaaacaagcacttgaacatgtggctacatatgtttcaacatggcctagtccagctccgggaaagtttatggagcttccaataggaaacgcaactttgaaaactcacttacctcctgcacacactttaccta
ctggttgtgggagttccacggatgactttatttcagcaatggctccagtagcccctttgaatcaatctattccacaaggaattttccatgaggcagatatatttgggatgttcagagggattttgttacagctatgggcactctgggagcttcttttaattggggagccattgctagtgattgcaccaaccccatcccag
tgctgtgaagctgttgctggacttgtgggtttgatggcacctcttccttgtagtattgactttcgtccatattttacaatccatgatcctgatttttccttgctgaattccctcaaggaagacgaacaggctcctcctatgatattgggtgttacaaatctctttttcttgaaggctcttcggaaccttccccatgttat
atcagttggcagttcactttcaaatagtgacaggctttccctcattccccagtcatctattcataataacgggaatcaaggaagaccacagctacacctacaactttcagctttgaaaaaatttactccagcgaatttgctgaaggctgtaaaggtcaagagagatggacctctttgtcttatgactgagcataaagaag
ctgtttggactaattatgcagccacaaccaagccagacactgctgtgttaaatcggcttgttgatgccggcatgtctccaaggattgaggagtcaatgtcagttgtgaataatgagattttgcggcgccactttttggaatttacgaccaactttcttgctccctttggcccatttttaagagccactacccccccagaa
ggagtttcgccctttgcagaccctcctcctcttccgccatttgatgcttatcaatttctggaaggactagctgctagaggaccaggaaagtttttatccaaacggatgagagcaaactggttagatctgtacagacgctttctcaagggacctaattttatgccatggtttcaaagaagacgctcagttgctgaacaaga
gcaacatagaatatggaggcaagctcgagccaaggctgatattcgacaattcctctcaaaaatgtctgaggtggaggttgttgattcatttaatgctgtggagaagcatctacttgcagagatacagTTACAATGCAATGGAGCCGGGAATGCGGAATCCTTGTCTGTATGCCAGAAGCTGAAGAGTGATTTGAGGACAA
TTTTCAGTGCACTGCCAAAAGATATGCAAGAGTTGTTACTTTTCAATCCACAGTGTGCAGCTCTTCTCCAGGGTAGTTTGGAATTGACAAAATTGCCAGGCCGACCTACTTTCAACATGGGTAGAGTTTCAGAGCCTATTTCTCATAACAAGTAAATTTTTGTGTAACCTAAGCTGGTGATATGCTGAGCTTGCCTAGCT
TGGGTGTATTCTAAGAGTATATTGTGCTCTAGTTGCCGAAATGAATTAATGGATCCGGCTTGGACAAATCAGATCTACATGAAGTTATTTATGAATGTTTTCTTATATTTGGAGGTCACTATGATGAAATTGCATTCCAGATGGCTCATTTCACTTCTATTTTGTACCTCGATTTCCAAGCAATATGTGAAGAAATTTTC
TTCCATTCAAAATTAATTTTACAGCAACTGTTGTACTCTACTAATGGATATTTGGCTTTGACTGAAAGTGGTTTTCATATTTGCAGATCAATATTCCTAGAATCTCATCTTTTGTCCTTGATGGTGTTTCTTATCTTTTACTATAGTAC
Intron 4 GTACTAATTA ... GATTGAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 24.14 | 11 | 3 | 4 |
| A2 | 28 | 9 | 1 | 6 |
| A3 | 42.86 | 4 | 4 | 2 |
| A4 | 47.37 | 5 | 5 | 4 |
| A5 | 36.36 | 7 | 3 | 5 |
| A6 | 23.4 | 18 | 5 | 6 |
| A7 | 16.36 | 23 | 5 | 4 |
| A8 | 10.64 | 21 | 4 | 1 |
| A9 | 19.05 | 17 | 4 | 4 |
| A10 | 21.74 | 18 | 4 | 6 |
>TRINITY_DN118051_c7_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoformTTATTTATAGCCCGGGTGCCAACCTGAAAAATTCTATGGCCCACTTGAGAGATTTCATTGTAATTTAAGATAATGATTAATGCCTGGAATGTGGAAAGGGTATTTAAAAATCTTTTCCCCCATTGGTTTTTTAGGACAGAGCCAATGCCTAGCAGGTCCAGAGAATGTTGAAGGAATTTGGGTTTCTTTTAGTTTTTGAA
ACGAGGGGAAAAACGATCTATTAGATGCCTGGAAATGCAGAATTGGTGATAAAATCTAGTTATGAATCGGAGTTTGTCGTTTGGGTCGAGGCTAGAGCTTAATTCTAGACCAGATGTCAAGTCCCTTAGGAGATGGGTTGTGTGTTTCTGCATCATCAGGTTCGACTTGGAGCGGGGGCAGGTCATTGAGGAGTGTTATC
CGCCGGGTTCGCTTAGCACCGATGAGGAACTTGACGTTGCTTTCAGTTCGTTTCCGGACTCTATGTCACAGTCTCACAATCGATCCAGTGTTCATGACTGTATGTTTTTCTTCCGGGTTAGAAGGAGGGGGACAGCTCCTCCTGCCCAGTCACCTGGATTGAAGCGGTCTGCCTCCACTGGTCGTGAAGGAAGAGAGGAG
ACTGATCCATCCTCAGGGATTCTCGAATTGATCCCTGAAGAGCAGGAAAGGTTGGGACACAATCTTGTAGAGGAAGATGGCAATGATAATTCTAATTCAAAGTCATCGGTTGAGTTGGGATCCAAAACTTCTACTGTAGAGACTGTTTACGATTACTCAGTCCAAACAGATGAGATTTCGGGCAATGATGACGGAGTGGG
GTGGTCAAATTTGTCTGTTCCTAGAATTCTTGCAAGTGCTTTATCTAATAGATTTAGAGATAAAGATGTAGCAGAAAGAGGTGAATTGGGCTCTCCCCAATCAAGCAGTTCCAAGCTTGTTTCCTCTCGGCCCTTACAGCGAAGTGGATCCGACTCGGGGTTGTTCCAAAGTTCCAAAGGTATTGAGAGGACAAGCAGTA
GAGGTGTTCCGGGGAGCGGTGGTCCTAGATATCTATATGGATATGTATTCAACAGGCAGAGGCAGGATGAAAGACTGAAACGAGGCGGAGAGCAAAAATCAGTGGTTATTCTGTCACACAGGCCGTATCTAAGTGTCTTTAAGCCTCTATTACAGATATTGGGGCCCTTGTATTTTGATCTTGGCAAACAAGCACTTGAA
CATGTGGCTACATATGTTTCAACATGGCCTAGTCCAGCTCCGGGAAAGTTTATGGAGCTTCCAATAGGAAACGCAACTTTGAAAACTCACTTACCTCCTGCACACACTTTACCTACTGGTTGTGGGAGTTCCACGGATGACTTTATTTCAGCAATGGCTCCAGTAGCCCCTTTGAATCAATCTATTCCACAAGGAATTTT
CCATGAGGCAGATATATTTGGGATGTTCAGAGGGATTTTGTTACAGCTATGGGCACTCTGGGAGCTTCTTTTAATTGGGGAGCCATTGCTAGTGATTGCACCAACCCCATCCCAGTGCTGTGAAGCTGTTGCTGGACTTGTGGGTTTGATGGCACCTCTTCCTTGTAGTATTGACTTTCGTCCATATTTTACAATCCATG
ATCCTGATTTTTCCTTGCTGAATTCCCTCAAGGAAGACGAACAGGCTCCTCCTATGATATTGGGTGTTACAAATCTCTTTTTCTTGAAGGCTCTTCGGAACCTTCCCCATGTTATATCAGTTGGCAGTTCACTTTCAAATAGTGACAGGCTTTCCCTCATTCCCCAGTCATCTATTCATAATAACGGGAATCAAGGAAGA
CCACAGCTACACCTACAACTTTCAGCTTTGAAAAAATTTACTCCAGCGAATTTGCTGAAGGCTGTAAAGGTCAAGAGAGATGGACCTCTTTGTCTTATGACTGAGCATAAAGAAGCTGTTTGGACTAATTATGCAGCCACAACCAAGCCAGACACTGCTGTGTTAAATCGGCTTGTTGATGCCGGCATGTCTCCAAGGAT
TGAGGAGTCAATGTCAGTTGTGAATAATGAGATTTTGCGGCGCCACTTTTTGGAATTTACGACCAACTTTCTTGCTCCCTTTGGCCCATTTTTAAGAGCCACTACCCCCCCAGAAGGAGTTTCGCCCTTTGCAGACCCTCCTCCTCTTCCGCCATTTGATGCTTATCAATTTCTGGAAGGACTAGCTGCTAGAGGACCAG
GAAAGTTTTTATCCAAACGGATGAGAGCAAACTGGTTAGATCTGTACAGACGCTTTCTCAAGGGACCTAATTTTATGCCATGGTTTCAAAGAAGACGCTCAGTTGCTGAACAAGAGCAACATAGAATATGGAGGCAAGCTCGAGCCAAGGCTGATATTCGACAATTCCTCTCAAAAATGTCTGAGGTGGAGGTTGTTGAT
TCATTTAATGCTGTGGAGAAGCATCTACTTGCAGAGATACAGTTACAATGCAATGGAGCCGGGAATGCGGAATCCTTGTCTGTATGCCAGAAGCTGAAGAGTGATTTGAGGACAATTTTCAGTGCACTGCCAAAAGATATGCAAGAGTTGTTACTTTTCAATCCACAGTGTGCAGCTCTTCTCCAGGGTAGTTTGGAATT
GACAAAATTGCCAGGCCGACCTACTTTCAACATGGGTAGAGTTTCAGAGCCTATTTCTCATAACAAGTAAATTTTTGTGTAACCTAAGCTGGTGATATGCTGAGCTTGCCTAGCTTGGGTGTATTCTAAGAGTATATTGTGCTCTAGTTGCCGAAATGAATTAATGGATCCGGCTTGGACAAATCAGATCTACATGAAGT
TATTTATGAATGTTTTCTTATATTTGGAGGCC
>TRINITY_DN118051_c7_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:TATGGGCACTTTTCATGGAGATTGTCTTAACTGCTGTCATTTCTTAGATTTTCAGCCCCGAGCAATTTTCACTCACCCTGAGGGATTCAGAGCAGCTTCGAATTTGGGGTTGAATAGCACTAAAGACGTGGGTGGCCCGGCTTATCATACCCAAATCATGGAAAAAAGCACACTTTAAAGTTCATGACTACCTCTGATCC
GTTTTAACCTTGTTTTATTTGGGTAACGGATACTGTTTGGGCTCCGAGATCTTAGTGAAGAGGATACAATAAGCACATGGATAGTGATGCTCACATAATTTTTTTATTTCCAGCATAACAGAAGCTGCGTGAGTATCTGATCTCAAGCTCTTCGGTGATGGGTAAGAGGCAACGTCTAATTAATTTTAGGTTTAGTTCAG
TGTTTTACTCGTGCATTTAGTAGAGAAATTAAATGGTATTTTTCAGTTCAGATTGGATGAAACTGCACGTATTATGATGGCACATTTTGCCCTGGATTGTTATATTTTGATTAGATAGTGGATAGCAAAATGATCATGCTCAGTAGCACTTGGATTGGAGTTGGACAGAAATTCGATTCAGCTATTTGTCTGTTCAAATT
GCAATGAAATCTCTCAAGTGGGCCATAGAATTTTTCAGGTTGGCACCCGGGCTATAAATAATCAAGAGAATGCTCGATACACAGACTGTAATTTAAGATAATGATTAATGCCTGGAATGTGGAAAGGGTATTTAAAAATCTTTTCCCCCATTGGTTTTTTAGGACAGAGCCAATGCCTAGCAGGTCCAGAGAATGTTGAA
GGAATTTGGGTTTCTTTTAGTTTTTGAAACGAGGGGAAAAACGATCTATTAGATGCCTGGAAATGCAGAATTGGTGATAAAATCTAGTTATGAATCGGAGTTTGTCGTTTGGGTCGAGGCTAGAGCTTAATTCTAGACCAGATGTCAAGTCCCTTAGGAGATGGGTTGTGTGTTTCTGCATCATCAGGTTCGACTTGGAG
CGGGGGCAGGTCATTGAGGAGTGTTATCCGCCGGGTTCGCTTAGCACCGATGAGGAACTTGACGTTGCTTTCAGTTCGTTTCCGGACTCTATGTCACAGTCTCACAATCGATCCAGTGTTCATGACTGTATGTTTTTCTTCCGGGTTAGAAGGAGGGGGACAGCTCCTCCTGCCCAGTCACCTGGATTGAAGCGGTCTGC
CTCCACTGGTCGTGAAGGAAGAGAGGAGACTGATCCATCCTCAGGGATTCTCGAATTGATCCCTGAAGAGCAGGAAAGGTTGGGACACAATCTTGTAGAGGAAGATGGCAATGATAATTCTAATTCAAAGTCATCGGTTGAGTTGGGATCCAAAACTTCTACTGTAGAGACTGTTTACGATTACTCAGTCCAAACAGATG
AGATTTCGGGCAATGATGACGGAGTGGGGTGGTCAAATTTGTCTGTTCCTAGAATTCTTGCAAGTGCTTTATCTAATAGATTTAGAGATAAAGATGTAGCAGAAAGAGGTGAATTGGGCTCTCCCCAATCAAGCAGTTCCAAGCTTGTTTCCTCTCGGCCCTTACAGCGAAGTGGATCCGACTCGGGGTTGTTCCAAAGT
TCCAAAGGTATTGAGAGGACAAGCAGTAGAGGTGTTCCGGGGAGCGGTGGTCCTAGATATCTATATGGATATGTATTCAACAGGCAGAGGCAGGATGAAAGACTGAAACGAGGCGGAGAGCAAAAATCAGTGGTTATTCTGTCACACAGGCCGTATCTAAGTGTCTTTAAGCCTCTATTACAGATATTGGGGCCCTTGTA
TTTTGATCTTGGCAAACAAGCACTTGAACATGTGGCTACATATGTTTCAACATGGCCTAGTCCAGCTCCGGGAAAGTTTATGGAGCTTCCAATAGGAAACGCAACTTTGAAAACTCACTTACCTCCTGCACACACTTTACCTACTGGTTGTGGGAGTTCCACGGATGACTTTATTTCAGCAATGGCTCCAGTAGCCCCTT
TGAATCAATCTATTCCACAAGGAATTTTCCATGAGGCAGATATATTTGGGATGTTCAGAGGGATTTTGTTACAGCTATGGGCACTCTGGGAGCTTCTTTTAATTGGGGAGCCATTGCTAGTGATTGCACCAACCCCATCCCAGTGCTGTGAAGCTGTTGCTGGACTTGTGGGTTTGATGGCACCTCTTCCTTGTAGTATT
GACTTTCGTCCATATTTTACAATCCATGATCCTGATTTTTCCTTGCTGAATTCCCTCAAGGAAGACGAACAGGCTCCTCCTATGATATTGGGTGTTACAAATCTCTTTTTCTTGAAGGCTCTTCGGAACCTTCCCCATGTTATATCAGTTGGCAGTTCACTTTCAAATAGTGACAGGCTTTCCCTCATTCCCCAGTCATC
TATTCATAATAACGGGAATCAAGGAAGACCACAGCTACACCTACAACTTTCAGCTTTGAAAAAATTTACTCCAGCGAATTTGCTGAAGGCTGTAAAGGTCAAGAGAGATGGACCTCTTTGTCTTATGACTGAGCATAAAGAAGCTGTTTGGACTAATTATGCAGCCACAACCAAGCCAGACACTGCTGTGTTAAATCGGC
TTGTTGATGCCGGCATGTCTCCAAGGATTGAGGAGTCAATGTCAGTTGTGAATAATGAGATTTTGCGGCGCCACTTTTTGGAATTTACGACCAACTTTCTTGCTCCCTTTGGCCCATTTTTAAGAGCCACTACCCCCCCAGAAGGAGTTTCGCCCTTTGCAGACCCTCCTCCTCTTCCGCCATTTGATGCTTATCAATTT
CTGGAAGGACTAGCTGCTAGAGGACCAGGAAAGTTTTTATCCAAACGGATGAGAGCAAACTGGTTAGATCTGTACAGgtactaattatgggaggtagatgaactgctttttggttatgttattttcagactctgaatatgattgcatggagtataaaagtgccatttattgtgatttatgtgctacgttcttgggaagaa
cttctcaagaattttaatagaacgcagtgattgaacagACGCTTTCTCAAGGGACCTAATTTTATGCCATGGTTTCAAAGAAGACGCTCAGTTGCTGAACAAGAGCAACATAGAATATGGAGGCAAGCTCGAGCCAAGGCTGATATTCGACAATTCCTCTCAAAAATGTCTGAGGTGGAGGTTGTTGATTCATTTAATGC
TGTGGAGAAGCATCTACTTGCAGAGATACAGTTACAATGCAATGGAGCCGGGAATGCGGAATCCTTGTCTGTATGCCAGAAGCTGAAGAGTGATTTGAGGACAATTTTCAGTGCACTGCCAAAAGATATGCAAGAGTTGTTACTTTTCAATCCACAGTGTGCAGCTCTTCTCCAGGGTAGTTTGGAATTGACAAAATTGC
CAGGCCGACCTACTTTCAACATGGGTAGAGTTTCAGAGCCTATTTCTCATAACAAGTAAATTTTTGTGTAACCTAAGCTGGTGATATGCTGAGCTTGCCTAGCTTGGGTGTATTCTAAGAGTATATTGTGCTCTAGTTGCCGAAATGAATTAATGGATCCGGCTTGGACAAATCAGATCTACATGAAGTTATTTATGAAT
GTTTTCTTATATTTGGAGGCC
Intron 5 GTGGGTGGCC ... TTATTTCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 96.77 | 1 | 38 | 22 |
| A2 | 92.16 | 2 | 31 | 16 |
| A3 | 100 | 0 | 22 | 17 |
| A4 | 96 | 1 | 18 | 30 |
| A5 | 92.59 | 1 | 13 | 12 |
| A6 | 100 | 0 | 4 | 4 |
| A7 | 91.3 | 1 | 16 | 5 |
| A8 | 66.67 | 2 | 3 | 5 |
| A9 | 80 | 1 | 8 | 0 |
| A10 | 70 | 3 | 8 | 6 |
>TRINITY_DN43340_c0_g1_i5 from sample A10 / Example spliced isoformGGGCACTTTTCATGGAGATTGTCTTAACTGCTGTCATTTCTTAGATTTTCAGCCCCGAGCAATTTTCACTCACCCTGAGGGATTCAGAGCAGCTTCGAATTTGGGGTTGAATAGCACTAAAGACCATAACAGAAGCTGCGTGAGTATCTGATCTCAAGCTCTTCGGTGATGGTTACAATGCAATGGAGCCGGGAATGCGG
AATCCTTGTCTGTATGCCAGAAGCTGAAGAGTGATTTGAGGACAATTTTCAGTGCACTGCCAAAAGATATGCAAGAGTTGTTACTTTTCAATCCACAGTGTGCAGCTCTTCTCCAGGGTAGTTTGGAATTGACAAAATTGCCAGGCCGACCTACTTTCAACATGGGTAGAGTTTCAGAGCCTATTTCTCATAACAAGTAA
ATTTTTGTGTAACCTAAGCTGGTGATATGCTGAGCTTGCCTAGCTTGGGTGTATTCTAAGAGTATATTGTGCTCTAGTTGCCGAAATGAATTAATGGATCCGGCTTGGACAAATCAGATCTACATGAAGTTATTTATGAATGTTTTCTTATATTTGGAGGTCACTATGATGAAATTGCATTCCAGATGGCTCATTTCACT
TCTATTTTGTACCTCGATTTCCAAGCAATATGTGAAGAAATTTTCTTCCATTCAAAATTAATTTTACAGCAACTGTTGTACTCTACTAATGGATATTTGG
>TRINITY_DN43340_c0_g1_i7 from sample A10 / Example unspliced isoform:GGGCACTTTTCATGGAGATTGTCTTAACTGCTGTCATTTCTTAGATTTTCAGCCCCGAGCAATTTTCACTCACCCTGAGGGATTCAGAGCAGCTTCGAATTTGGGGTTGAATAGCACTAAAGACgtgggtggcccggcttatcatacccaaatcatggaaaaaagcacactttaaagttcatgactacctctgatccgtt
ttaaccttgttttatttgggtaacggatactgtttgggctccgagatcttagtgaagaggatacaataagcacatggatagtgatgctcacataatttttttatttccagCATAACAGAAGCTGCGTGAGTATCTGATCTCAAGCTCTTCGGTGATGGGTAAGAGGCAACGTCTAATTAATTTTAGGTTTAGTTCAGTGT
TTTACTCGTGCATTTAGTAGAGAAATTAAATGGTATTTTTCAGTTCAGATTGGATGAAACTGCACGTATTATGATGGCACATTTTGCCCTGGATTGTTATATTTTGATTAGATAGTGGATAGCAAAATGATCATGCTCAGTAGCACTTGGATTGGAGTTGGACAGAAATTCGATTCAGCTATTTGTCTGTTCAAATTGCA
ATGAAATCTCTCAAGTGGGCCATAGAATTTTTCAGGTTGGCACCCGGGCTATAAATAATCAAGAGAATGCTCGATACACAGACTGTAATTTAAGATAATGATTAATGCCTGGAATGTGGAAAGGGTATTTAAAAATCTTTTCCCCCATTGGTTTTTTAGGACAGAGCCAATGCCTAGCAGGTCCAGAGAATGTTGAAGGA
ATTTGGGTTTCTTTTAGTTTTTGAAACGAGGGGAAAAACGATCTATTAGATGCCTAGAAATGCAGAATTGGTGATAAAATCTAGTTATGAATCGGAGTTTGTCGTTTGGGTCGAGGCTAGAGCTTAATTCTAGACCAGATGTCAAGTCCCTTAGGAGATGGGTTGTGTGTTTCTGCATCATCAGGTTCGACTTGGAGCGG
GGGCAGGTCATTGAGGAGTGTTATCCGCCGGGTTCGCTTAGCACCGATGAGGAACTTGACGTTGCTTTCAGTTCGTTTCCGGACTCTATGTCACAGTCTCACAATCGATCCAGTGTTCATGACTGTATGTTTTTCTTCCGGGTTAGAAGGAGGGGGACAGCTCCTCCTGCCCAGTCACCTGGATTGAAGCGGTCTGCCTC
CAATGGTCGTGAAGGAAGAGAGGAGACTGATCCATCCTCAGGGATTCTCGAATTGATCCCTGAAGAGCAGGAAAGGTTGGGACACAATCTTGTAGAGGAAGATGGCAATGATAATTCTAATTCAAAGTCATCGGTTGAGTTGGGATCCAAAACTTCTACTGTAGAGACTGTTTACGATTACTCAGTCCAAACAGATGAGA
TTTCGGGCAATGATGACGGAGTGGGGTGGTCAAATTTGTCTGTTCCTAGAATTCTTGCAAGTGCTTTATCTAATAGATTTAGAGATAAAGATGTAGCAGAAAGAGGTGAATTGGGCTCTCCCCAATCAAGCAGTTCCAAGCTTGTTTCCTCTCGGCCCTTACAGCGAAGTGGATCCGACTCGGGGTTGTTCCAAAGTTCC
AAAGGTATTGAGAGGACAAGCAGTAGAGGTGTTCCGGGGAGCGGTGGTCCTAGATATCTATATGGATATGTATTCAACAGGCAGAGGCAGGATGAAAGACTGAAACGAGGCGGAGAGCAAAAATCAGTGGTTATTCTGTCACACAGGCCGTATCTAAGTGTCTTTAAGCCTCTATTACAGATATTGGGGCCCTTGTATTT
TGATCTTGGCAAACAAGCACTTGAACATGTGGCTACATATGTTTCAACATGGCCTAGTCCAGCTCCGGGAAAGTTTATGGAGCTTCCAATAGGAAACGCAACTTTGAAAACTCACTTACCTCCTGCACACACTTTACCTACTGGTTGTGGGAGTTCCACGGATGACTTTATTTCAGCAATGGCTCCAGTAGCCCCTTTGA
ATCAATCTATTCCACAAGGAATTTTCCATGAGGCAGATATATTTGGGATGTTCAGAGGGATTTTGTTACAGCTATGGGCACTCTGGGAGCTTCTTTTAATTGGGGAGCCATTGCTAGTGATTGCACCAACCCCATCCCAGTGCTGTGAAGCTGTTGCTGGACTTGTGGGTTTGATGGCACCTCTTCCTTGTAGTATTGAC
TTTCGTCCATATTTTACAATCCATGATCCTGATTTTTCCTTGCTGAATTCCCTCAAGGAAGACGAACAGGCTCCTCCTATGATATTGGGTGTTACAAATCTCTTTTTCTTGAAGGCTCTTCGGAACCTTCCCCATGTTATATCAGTTGGCAGTTCACTTTCAAATAGTGACAGGCTTTCCCTCATTCCCCAGTCATCTAT
TCATAATAACGGGAATCAAGGAAGACCACAGCTACACCTACAACTTTCAGCTTTGAAAAAATTTACTCCAGCGAATTTGCTGAAGGCTGTAAAGGTCAAGAGAGATGGACCTCTTTGTCTTATGACTGAGCATAAAGAAGCTGTTTGGACTAATTATGCAGCCACAACCAAGCCAGACACTGCTGTGTTAAATCGGCTTG
TTGATGCCGGCATGTCTCCAAGGATTGAGGAGTCAATGTCAGTTGTGAATAATGAGATTTTGCGGCGCCACTTTTTGGAATTTACGACCAACTTTCTTGCTCCCTTTGGCCCATTTTTAAGAGCCACTACCCCCCCAGAAGGAGTTTCGCCCTTTGCAGACCCTCCTCCTCTTCCGCCATTTGATGCTTATCAATTTCTG
GAAGGACTAGCTGCTAGAGGACCAGGAAAGTTTTTATCCAAACGGATGAGAGCAAGCTGGTTAGATCTGTACAGACGCTTTCTCAAGGGACCTAATTTTATGCCATGGTTTCAAAGAAGACGCTCAGTTGCTGAACAAGAGCAACATAGAATATGGAGGCAAGCTCGAGCCAAGGCTGATATTCGACAATTCCTCTCAAA
AATGTCTGAGGTGGAGGTTGTTGATTCATTTAATGCTGTGGAGAAGCATCTACTTGCAGAGATACAGGTTATTCATTGCAGATTAGATTCTAGGATTCTCAGTGTCCCGCAAGGGAAAGCCTTCCACAAGTTGGAGCAAATGTTCACTCTTGTACCTGCACTTGGAATGAACACAGAAAATCGATTATTTTCAGAGTGTT
TCCCAGTGCTTTCATGAGGACATCTCAGGC
Intron 6 GTTGGCACCC ... GGTTTTTTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 66.2 | 12 | 19 | 28 |
| A2 | 70.97 | 9 | 22 | 22 |
| A3 | 57.89 | 16 | 20 | 24 |
| A4 | 71.43 | 9 | 25 | 20 |
| A5 | 70.37 | 4 | 7 | 12 |
| A6 | 86.67 | 1 | 9 | 4 |
| A7 | 58.33 | 5 | 8 | 6 |
| A8 | 100 | 0 | 2 | 0 |
| A9 | 61.29 | 6 | 13 | 6 |
| A10 | 66.15 | 11 | 31 | 12 |
>TRINITY_DN104220_c0_g1_i3 from sample A3 / Example spliced isoformGTTTCTTATGGGCACTTTTCATGGAGATTGTCTTAACTGCTGTCATTTCTTAGATTTTCAGCCCCGAGCAATTTTCACTCACCCTGAGGGATTCAGAGCAGCTTCGAATTTGGGGTTGAATAGCACTAAAGACGTGGGTGGCCCGGCTTATCATACCCAAATCATGGAAAAAAGCACACTTTAAAGTTCATGACTACCTC
TGATCCGTTTTAACCTTGTTTTATTTGGGTAACGGATACTGTTTGGGCTCCGAGATCTTAGTGAAGAGGATACAATAAGCACATGGATAGTGATGCTCACATAATTTTTTTATTTCCAGCATAACAGAAGCTGCGTGAGTATCTGATCTCAAGCTCTTCGGTGATGGGTAAGAGGCAACGTCTAATTAATTTTAGGTTTA
GTTCAGTGTTTTACTCGTGCATTTAGTAGAGAAATTAAATGGTATTTTTCAGTTCAGATTGGATGAAACTGCACGTATTATGATGGCACATTTTGCCCTGGATTGTTATATTTTGATTAGATAGTGGATAGCAAAATGATCATGCTCAGTAGCACTTGGATTGGAGTTGGACAGAAATTCGATTCAGCTATTTGTCTGTT
CAAATTGCAATGAAATCTCTCAAGTGGGCCATAGAATTTTTCAGGACAGAGCCAATGCCTAGCAGGTCCAGAGAATGTTGAAGGAATTTGGGTTTCTTTTAGTTTTTGAAACGAGGGGAAAAACGATCTATTAGATGCCTGGAAATGCAGAATTGGTGATAAAATCTAGTTATGAATCGGAGTTTGTCGTTTGGGTCGAG
GCTAGAGCTTAATTCTAGACCAGATGTCAAGTCCCTTAGGAGATGGGTTGTGTGTTTCTGCATCATCAGGTTCGACTTGGAGCGGGGGCAGGTCATTGAGGAGTGTTATCCGCCGGGTTCGCTTAGCACCGATGAGGAACTTGACGTTGCTTTCAGTTCGTTTCCGGACTCTATGTCACAGTCTCACAATCGATCCAGTG
TTCATGACTGTATGTTTTTCTTCCGGGTTAGAAGGAGGGGGACAGCTCCTCCTGCCCAGTCACCTGGATTGAAGCGGTCTGCCTCCACTGGTCGTGAAGGAAGAGAGGAGACTGATCCATCCTCAGGGATTCTCGAATTGATCCCTGAAGAGCAGGAAAGGTTGGGACACAATCTTGTAGAGGAAGATGGCAATGATAAT
TCTAATTCAAAGTCATCGGTTGAGTTGGGATCCAAAACTTCTACTGTAGAGACTGTTTACGATTACTCAGTCCAAACAGATGAGATTTCGGGCAATGATGACGGAGTGGGGTGGTCAAATTTGTCTGTTCCTAGAATTCTTGCAAGTGCTTTATCTAATAGATTTAGAGATAAAGATGTAGCAGAAAGAGGTGAATTGGG
CTCTCCCCAATCAAGCAGTTCCAAGCTTGTTTCCTCTCGGCCCTTACAGCGAAGTGGATCCGACTCGGGGTTGTTCCAAAGTTCCAAAGGTATTGAGAGGACAAGCAGTAGAGGTGTTCCGGGGAGCGGTGGTCCTAGATATCTATATGGATATGTATTCAACAGGCAGAGGCAGGATGAAAGACTGAAACGAGGCGGAG
AGCAAAAATCAGTGGTTATTCTGTCACACAGGCCGTATCTAAGTGTCTTTAAGCCTCTATTACAGATATTGGGGCCCTTGTATTTTGATCTTGGCAAACAAGCACTTGAACATGTGGCTACATATGTTTCAACATGGCCTAGTCCAGCTCCGGGAAAGTTTATGGAGCTTCCAATAGGAAACGCAACTTTGAAAACTCAC
TTACCTCCTGCACACACTTTACCTACTGGTTGTGGGAGTTCCACGGATGACTTTATTTCAGCAATGGCTCCAGTAGCCCCTTTGAATCAATCTATTCCACAAGGAATTTTCCATGAGGCAGATATATTTGGGATGTTCAGAGGGATTTTGTTACAGCTATGGGCACTCTGGGAGCTTCTTTTAATTGGGGAGCCATTGCT
AGTGATTGCACCAACCCCATCCCAGTGCTGTGAAGCTGTTGCTGGACTTGTGGGTTTGATGGCACCTCTTCCTTGTAGTATTGACTTTCGTCCATATTTTACAATCCATGATCCTGATTTTTCCTTGCTGAATTCCCTCAAGGAAGACGAACAGGCTCCTCCTATGATATTGGGTGTTACAAATCTCTTTTTCTTGAAGG
CTCTTCGGAACCTTCCCCATGTTATATCAGTTGGCAGTTCACTTTCAAATAGTGACAGGCTTTCCCTCATTCCCCAGTCATCTATTCATAATAACGGGAATCAAGGAAGACCACAGCTACACCTACAACTTTCAGCTTTGAAAAAATTTACTCCAGCGAATTTGCTGAAGGCTGTAAAGGTCAAGAGAGATGGACCTCTT
TGTCTTATGACTGAGCATAAAGAAGCTGTTTGGACTAATTATGCAGCCACAACCAAGCCAGACACTGCTGTGTTAAATCGGCTTGTTGATGCCGGCATGTCTCCAAGGATTGAGGAGTCAATGTCAGTTGTGAATAATGAGATTTTGCGGCGCCACTTTTTGGAATTTACGACCAACTTTCTTGCTCCCTTTGGCCCATT
TTTAAGAGCCACTACCCCCCCAGAAGGAGTTTCGCCCTTTGCAGACCCTCCTCCTCTTCCGCCATTTGATGCTTATCAATTTCTGGAAGGACTAGCTGCTAGAGGACCAGGAAAGTTTTTATCCAAACGGATGAGAGCAAACTGGTTAGATCTGTACAGGTACTAATTATGGGAGGTAGATGAACTGCTTTTTGGTTATG
TTATTTTCAGACTCTGAATATGATTGCATGGAGTATAAAAGTGCCATTTATTGTGATTTATGTGC
>TRINITY_DN104220_c0_g1_i8 from sample A3 / Example unspliced isoform:GTTTCTTATGGGCACTTTTCATGGAGATTGTCTTAACTGCTGTCATTTCTTAGATTTTCAGCCCCGAGCAATTTTCACTCACCCTGAGGGATTCAGAGCAGCTTCGAATTTGGGGTTGAATAGCACTAAAGACGTGGGTGGCCCGGCTTATCATACCCAAATCATGGAAAAAAGCACACTTTAAAGTTCATGACTACCTC
TGATCCGTTTTAACCTTGTTTTATTTGGGTAACGGATACTGTTTGGGCTCCGAGATCTTAGTGAAGAGGATACAATAAGCACATGGATAGTGATGCTCACATAATTTTTTTATTTCCAGCATAACAGAAGCTGCGTGAGTATCTGATCTCAAGCTCTTCGGTGATGGGTAAGAGGCAACGTCTAATTAATTTTAGGTTTA
GTTCAGTGTTTTACTCGTGCATTTAGTAGAGAAATTAAATGGTATTTTTCAGTTCAGATTGGATGAAACTGCACGTATTATGATGGCACATTTTGCCCTGGATTGTTATATTTTGATTAGATAGTGGATAGCAAAATGATCATGCTCAGTAGCACTTGGATTGGAGTTGGACAGAAATTCGATTCAGCTATTTGTCTGTT
CAAATTGCAATGAAATCTCTCAAGTGGGCCATAGAATTTTTCAGgttggcacccgggctataaataatcaagagaatgctcgatacacagactgtaatttaagataatgattaatgcctggaatgtggaaagggtatttaaaaatcttttcccccattggttttttagGACAGAGCCAATGCCTAGCAGGTCCAGAGAAT
GTTGAAGGAATTTGGGTTTCTTTTAGTTTTTGAAACGAGGGGAAAAACGATCTATTAGATGCCTGGAAATGCAGAATTGGTGATAAAATCTAGTTATGAATCGGAGTTTGTCGTTTGGGTCGAGGCTAGAGCTTAATTCTAGACCAGATGTCAAGTCCCTTAGGAGATGGGTTGTGTGTTTCTGCATCATCAGGTTCGAC
TTGGAGCGGGGGCAGGTCATTGAGGAGTGTTATCCGCCGGGTTCGCTTAGCACCGATGAGGAACTTGACGTTGCTTTCAGTTCGTTTCCGGACTCTATGTCACAGTCTCACAATCGATCCAGTGTTCATGACTGTATGTTTTTCTTCCGGGTTAGAAGGAGGGGGACAGCTCCTCCTGCCCAGTCACCTGGATTGAAGCG
GTCTGCCTCCACTGGTCGTGAAGGAAGAGAGGAGACTGATCCATCCTCAGGGATTCTCGAATTGATCCCTGAAGAGCAGGAAAGGTTGGGACACAATCTTGTAGAGGAAGATGGCAATGATAATTCTAATTCAAAGTCATCGGTTGAGTTGGGATCCAAAACTTCTACTGTAGAGACTGTTTACGATTACTCAGTCCAAA
CAGATGAGATTTCGGGCAATGATGACGGAGTGGGGTGGTCAAATTTGTCTGTTCCTAGAATTCTTGCAAGTGCTTTATCTAATAGATTTAGAGATAAAGATGTAGCAGAAAGAGGTGAATTGGGCTCTCCCCAATCAAGCAGTTCCAAGCTTGTTTCCTCTCGGCCCTTACAGCGAAGTGGATCCGACTCGGGGTTGTTC
CAAAGTTCCAAAGGTATTGAGAGGACAAGCAGTAGAGGTGTTCCGGGGAGCGGTGGTCCTAGATATCTATATGGATATGTATTCAACAGGCAGAGGCAGGATGAAAGACTGAAACGAGGCGGAGAGCAAAAATCAGTGGTTATTCTGTCACACAGGCCGTATCTAAGTGTCTTTAAGCCTCTATTACAGATATTGGGGCC
CTTGTATTTTGATCTTGGCAAACAAGCACTTGAACATGTGGCTACATATGTTTCAACATGGCCTAGTCCAGCTCCGGGAAAGTTTATGGAGCTTCCAATAGGAAACGCAACTTTGAAAACTCACTTACCTCCTGCACACACTTTACCTACTGGTTGTGGGAGTTCCACGGATGACTTTATTTCAGCAATGGCTCCAGTAG
CCCCTTTGAATCAATCTATTCCACAAGGAATTTTCCATGAGGCAGATATATTTGGGATGTTCAGAGGGATTTTGTTACAGCTATGGGCACTCTGGGAGCTTCTTTTAATTGGGGAGCCATTGCTAGTGATTGCACCAACCCCATCCCAGTGCTGTGAAGCTGTTGCTGGACTTGTGGGTTTGATGGCACCTCTTCCTTGT
AGTATTGACTTTCGTCCATATTTTACAATCCATGATCCTGATTTTTCCTTGCTGAATTCCCTCAAGGAAGACGAACAGGCTCCTCCTATGATATTGGGTGTTACAAATCTCTTTTTCTTGAAGGCTCTTCGGAACCTTCCCCATGTTATATCAGTTGGCAGTTCACTTTCAAATAGTGACAGGCTTTCCCTCATTCCCCA
GTCATCTATTCATAATAACGGGAATCAAGGAAGACCACAGCTACACCTACAACTTTCAGCTTTGAAAAAATTTACTCCAGCGAATTTGCTGAAGGCTGTAAAGGTCAAGAGAGATGGACCTCTTTGTCTTATGACTGAGCATAAAGAAGCTGTTTGGACTAATTATGCAGCCACAACCAAGCCAGACACTGCTGTGTTAA
ATCGGCTTGTTGATGCCGGCATGTCTCCAAGGATTGAGGAGTCAATGTCAGTTGTGAATAATGAGATTTTGCGGCGCCACTTTTTGGAATTTACGACCAACTTTCTTGCTCCCTTTGGCCCATTTTTAAGAGCCACTACCCCCCCAGAAGGAGTTTCGCCCTTTGCAGACCCTCCTCCTCTTCCGCCATTTGATGCTTAT
CAATTTCTGGAAGGACTAGCTGCTAGAGGACCAGGAAAGTTTTTATCCAAACGGATGAGAGCAAACTGGTTAGATCTGTACAGGTACTAATTATGGGAGGTAGATGAACTGCTTTTTGGTTATGTTATTTTCAGACTCTGAATATGATTGCATGGAGTATAAAAGTGCCATTTATTGTGATTTATGTGC