NA ----> NA

Intron 1 GTTGGGTTGC ... TGGCTAGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	60	1	2	1
A2	17.65	7	3	0
A3	40	6	7	1
A4	66.67	1	2	2
A5	33.33	3	1	2
A6	37.5	15	15	3
A7	52.54	14	12	19
A8	48.39	16	23	7
A9	39.13	14	12	6
A10	34.88	14	12	3

>TRINITY_DN41373_c0_g1_i2 from sample A6 / Example spliced isoform

TTGGGGAATGGATTCAAAGATGGGAAGATGAATAATATTCCTCTTTTACTTTACGCATTCACACTATATGCCACCTTTGCGTGGGATGGCTCTGTACTTACCGTAGCTCCTCTATTTACTTTGACTAGCGACTTCTGTAAATATTTTTCATAACCGCCCTGTTACCAGTGATGAATTGGGTTTCTTCAATACGATAATAC
GAGGATTCATTTGGGCATTCAATTTCATTAAAAGAGAGTCAGGAGGAGAGCTGAACGTAAAATATCAGGCCAATGAATTGATGAACATAATTGGCTAGAGGTAGCAGGGCATGATCTATGTTTGAGAAAAGTCTCAAGTGAGCTTGACATGTGAAAACAGATCATGCACCAACTCCAGCTTCCAGAAATGTCGGAAGCTT
CCTTGCTTCTCACAGAATCGCTGCGCAGTTTCCTCTATTCTGAACTTCCAACATTGGTTCGGGGACAGAATTGGGTATTGCTTTACAGTACATGGAGGCATGGAGTATCACTTTTAACTTTATACCGGAGAAGCACTTTTTGCCCTGGCCCATGTTTGCTGGTGGCTAAGGATGCTCAGGGTACTGTCTTGGGTGGTTTA
TTAGAAGCACCCCTACAACCATCTAACAAAAAAAAATATCAGGGAACAAATGACACTTTTGTTTTCACAAATGTTTCTGGCAAACCAGTTTTATTCCGCCCAACAGGTGCTAATCGGTATTTTGTTTTATGTACAAGAGATTCACTAGCAATAGGTGGGGGTGGGCATTTTGCACTTTACTTGGATGAAGATATGTTGAA
TGGATCAAGTGCTACATCTGAAACATTTGGTAATCCATGTCTTGCACACACAGAAGACTTCATAGTGACAGACATTGAGCTCTGGGGATTTGCTCACACATCAAAATACTCATTAGCGCCATATAGTGAACCACAAGAAGCTCCAGGAATCAGCAGATTGTACACCTAAACATTGGCATCATTCGCACGTGCTGGGAGAA
TGGTGTGAATTGGCTAAACTTGAAGAAACTATTTTTGTTTTCAATATTGATCATGTGCTAAGCGGATGAAGGTTGCAGGTTACATATGCAACTTTAACTTATAGGTTTGTACCTTTCACTAAATTAATCTTGATCAACTGTTATCTATAGCAGTTTTCATGTTGACCTCAACAGTTGTATTGGGGTTTGCCTCAGATTGG
TATTCTTCTTACATTTCACAAATTATATATCACTCAATTTTGACCACACTTATACATACCCTTTAAGTATATATACATACCCTTTAAGTACATATATATACCCTAATTTATCTATATATAGAATGTTTTGTATAATTTAAG

>TRINITY_DN41373_c0_g1_i4 from sample A6 / Example unspliced isoform:

TTGGGGAATGGATTCAAAGATGGGAAGATGAATAATATTCCTCTTTTACTTTACGCATTCACACTATATGCCACCTTTGCGTGGGATGGCTCTGTACTTACCGTAGCTCCTCTATTTACTTTGACTAGCGACTTCTGTAAATATTTTTCATAACCGCCCTGTTACCAGTGATGAATTGGGTTTCTTCAATACGATAATAC
GAGGTGGCTAAGGATGCTCAGGGTACTGTCTTGGGTGGTTTATTAGAAGCACCCCTACAACCATCTAACAAAAAAAAATATCAGGGAACAAATGACACTTTTGTTTTCACAAATGTTTCTGGCAAACCAGTTTTATTCCGCCCAACAGGTGCTAATCGGTATTTTGTTTTATGTACAAGAGATTCACTAGCAATAGGTGG
GGGTGGGCATTTTGCACTTTACTTGGATGAAGATATGTAAGCTTTCTCTTTTTATAAGAGCATTTTCGTTTTTAATTTAGGGAGGAAAGAGCGTATGAAGAAGAATGATTCGAGGATAGGAAAGTGAACAATGTGCTATCACCATAAATGTCCAATTTGATAATTCACATTTTCGATGGAAGAAGAGATCATAATAAAGA
TGGATTGAAAGGGAAAAAATATGATGAAGCTCCTTGACTCCTTTTGTAAATTTTTCTTGTTAAGGTTGAATGGATCAAGTGCTACATCTGAAACATTTGGTAATCCATGTCTTGCACACACAGAAGACTTCATAGTGACAGACATTGAGCTCTGGGGATTTGCTCACACATCAAAATACTCATTAGCGCCATATAGTGAA
CCACAAGAAGCTCCAGGAATCAGCAGATTGTACACCTAAACATTGGCATCATTCGCACGTGgttgggttgctattcccttcattttatattatcaaggcattttgaatatttataattccactttctgcatattcgtaaggccatatcagtatgccattcattaacatcaaattgctacatggtctggaatagtcagcct
attgtggtctcagctacaaactaattatttattcacagcatttttcatttatagaaatatcatacattttgaacttcaaatgcccagtaattttctttttgtaggaactgtcatggcaaacgatattactgcataactgtgttttgatcgttataatgtttttggctagaagCTGGGAGAATGGTGTGAATTGGCTAAAC
TTGAAGAAACTATTTTTGTTTTCAATATTGATCATGTGCTAAGCGGATGAAGGTTGCAGGTTACATATGCAACTTTAACTTATAGGTTTGTACCTTTCACTAAATTAATCTTGATCAACTGTTATCTATAGCAGTTTTCATGTTGACCTCAACAGTTGTATTGGGGTTTGCCTCAGATTGGTATTCTTCTTACATTTCAC
AAATTATATATCACTCAATTTTGACCACACTTATACATACCCTTTAAGTATATATACATACCCTTTAAGTACATATATATACCCTAATTTATCTATATATAGAATGTTTTGTATAATTTAAG

Intron 2 GTAAGCTTTC ... TCTTGTTAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20.18	7.9	2	2
A2	47.62	11	2	10
A3	51.25	5.8	4	6
A4	40	3	0	2
A5	28.57	5	0	2
A6	38.72	34.8	6	22
A7	43.64	31	7	24
A8	46.52	41.4	13	36
A9	46.55	26.5	3	23
A10	46.51	23	2	20

>TRINITY_DN41373_c0_g1_i2 from sample A6 / Example spliced isoform

TTGGGGAATGGATTCAAAGATGGGAAGATGAATAATATTCCTCTTTTACTTTACGCATTCACACTATATGCCACCTTTGCGTGGGATGGCTCTGTACTTACCGTAGCTCCTCTATTTACTTTGACTAGCGACTTCTGTAAATATTTTTCATAACCGCCCTGTTACCAGTGATGAATTGGGTTTCTTCAATACGATAATAC
GAGGATTCATTTGGGCATTCAATTTCATTAAAAGAGAGTCAGGAGGAGAGCTGAACGTAAAATATCAGGCCAATGAATTGATGAACATAATTGGCTAGAGGTAGCAGGGCATGATCTATGTTTGAGAAAAGTCTCAAGTGAGCTTGACATGTGAAAACAGATCATGCACCAACTCCAGCTTCCAGAAATGTCGGAAGCTT
CCTTGCTTCTCACAGAATCGCTGCGCAGTTTCCTCTATTCTGAACTTCCAACATTGGTTCGGGGACAGAATTGGGTATTGCTTTACAGTACATGGAGGCATGGAGTATCACTTTTAACTTTATACCGGAGAAGCACTTTTTGCCCTGGCCCATGTTTGCTGGTGGCTAAGGATGCTCAGGGTACTGTCTTGGGTGGTTTA
TTAGAAGCACCCCTACAACCATCTAACAAAAAAAAATATCAGGGAACAAATGACACTTTTGTTTTCACAAATGTTTCTGGCAAACCAGTTTTATTCCGCCCAACAGGTGCTAATCGGTATTTTGTTTTATGTACAAGAGATTCACTAGCAATAGGTGGGGGTGGGCATTTTGCACTTTACTTGGATGAAGATATGTTGAA

TGGATCAAGTGCTACATCTGAAACATTTGGTAATCCATGTCTTGCACACACAGAAGACTTCATAGTGACAGACATTGAGCTCTGGGGATTTGCTCACACATCAAAATACTCATTAGCGCCATATAGTGAACCACAAGAAGCTCCAGGAATCAGCAGATTGTACACCTAAACATTGGCATCATTCGCACGTGCTGGGAGAA
TGGTGTGAATTGGCTAAACTTGAAGAAACTATTTTTGTTTTCAATATTGATCATGTGCTAAGCGGATGAAGGTTGCAGGTTACATATGCAACTTTAACTTATAGGTTTGTACCTTTCACTAAATTAATCTTGATCAACTGTTATCTATAGCAGTTTTCATGTTGACCTCAACAGTTGTATTGGGGTTTGCCTCAGATTGG
TATTCTTCTTACATTTCACAAATTATATATCACTCAATTTTGACCACACTTATACATACCCTTTAAGTATATATACATACCCTTTAAGTACATATATATACCCTAATTTATCTATATATAGAATGTTTTGTATAATTTAAG

>TRINITY_DN41373_c0_g1_i7 from sample A6 / Example unspliced isoform:

TTGGGGAATGGATTCAAAGATGGGAAGATGAATAATATTCCTCTTTTACTTTACGCATTCACACTATATGCCACCTTTGCGTGGGATGGCTCTGTACTTACCGTAGCTCCTCTATTTACTTTGACTAGCGACTTCTGTAAATATTTTTCATAACCGCCCTGTTACCAGTGATGAATTGGGTTTCTTCAATACGATAATAC
GAGGATTCATTTGGGCATTCAATTTCATTAAAAGAGAGTCAGGAGGAGAGCTGAACGTAAAATATCAGGCCAATGAATTGATGAACATAATTGGCTAGAGGTAGCAGGGCATGATCTATGTTTGAGAAAAGTCTCAAGTGAGCTTGACATGTGAAAACAGATCATGCACCAACTCCAGCTTCCAGAAATGTCGGAAGCTT
CCTTGCTTCTCACAGAATCGCTGCGCAGTTTCCTCTATTCTGAACTTCCAACATTGGTTCGGGGACAGAATTGGGTATTGCTTTACAGTACATGGAGGCATGGAGTATCACTTTTAACTTTATACCGGAGAAGCACTTTTTGCCCTGGCCCATGTTTGCTGGTGGCTAAGGATGCTCAGGGTACTGTCTTGGGTGGTTTA
TTAGAAGCACCCCTACAACCATCTAACAAAAAAAAATATCAGGGAACAAATGACACTTTTGTTTTCACAAATGTTTCTGGCAAACCAGTTTTATTCCGCCCAACAGGTGCTAATCGGTATTTTGTTTTATGTACAAGAGATTCACTAGCAATAGGTGGGGGTGGGCATTTTGCACTTTACTTGGATGAAGATATgtaagc
tttctctttttataagagcattttcgtttttaatttagggaggaaagagcgtatgaagaagaatgattcgaggataggaaagtgaacaatgtgctatcaccataaatgtccaatttgataattcacattttcgatggaagaagagatcataataaagatggattgaaagggaaaaaatatgatgaagctccttgactcct
tttgtaaatttttcttgttaagGTTGAATGGATCAAGTGCTACATCTGAAACATTTGGTAATCCATGTCTTGCACACACAGAAGACTTCATAGTGACAGACATTGAGCTCTGGGGATTTGCTCACACATCAAAATACTCATTAGCGCCATATAGTGAACCACAAGAAGCTCCAGGAATCAGCAGATTGTACACCTAAACA
TTGGCATCATTCGCACGTGCTGGGAGAATGGTGTGAATTGGCTAAACTTGAAGAAACTATTTTTGTTTTCAATATTGATCATGTGCTAAGCGGATGAAGGTTGCAGGTTACATATGCAACTTTAACTTATAGGTTTGTACCTTTCACTAAATTAATCTTGATCAACTGTTATCTATAGCAGTTTTCATGTTGACCTCAAC
AGTTGTATTGGGGTTTGCCTCAGATTGGTATTCTTCTTACATTTCACAAATTATATATCACTCAATTTTGACCACACTTATACATACCCTTTAAGTATATATACATACCCTTTAAGTACATATATATACCCTAATTTATCTATATATAGAATGTTTTGTATAATTTAAG

Intron 3 GTGCTAATCG ... TGTACAAGAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	62.54	3	4.8	5.4
A2	81.82	1	5	4
A3	71.43	2	6	4
A4	100	0	1	1
A5	33.33	2	2	0
A6	57.5	15	26	14.6
A7	77.01	4	13.8	13
A8	58.78	17	32.4	16.2
A9	82.74	5	25.6	22.4
A10	49.78	17	21.8	12

>TRINITY_DN45742_c0_g1_i12 from sample A7 / Example spliced isoform

GGCATTCAATTTCATTAAAAGAGAGTCAGGAAGAGAGCTGAACGTAAAATATCAGGCCACTGAATTGATGAACATAATTGGCTAGAGGTAGCAGGGCATGATCTATGTTTGAGAAAAGTCTCAAGTGAGCTTGACATGTGAAAACAGATCATGCACCAACTCCAGCTTCCAGAAATGTCGGAAGCTTCCTTGCTTCTCAC
AGAATCGCTGCGCAGTTTCCTCTATTCTGAACTTCCAACATTGGTTCGGGGACAGAATTGGGTATTGCTTTACAGTACATGGAGGCATGGAGTATCACTTTTAACTTTATACCGGAGAAGCACTTTTTGCCCTGGCCCATGTTTGCTGGTGGCTAAGGATGCTCAGGGTACTGTCTTGGGTGGTTTATTAGAAGCACCCC
TACAACCATCTAACAAAAAAAAATATCAGGGAACAAATGACACTTTTGTTTTCACAAATGTTTCTGGCAAACCAGTTTTATTCCGCCCAACAGATTCACTAGCAATAGGTGGGGGTGGGCATTTTGCACTTTACTTGGATGAAGATATGTTGAATGGATCAAGTGCTACATCTGAAACATTTGGTAATCCATGTCTTGCA
CACACAGAAGACTTCATAGTGACAGACATTGAGCTCTGGGGATTTGCTCACACATCAAAATACTCATTAGCGCCATATAGTGAACCACAAGAAGCTCCAGGAATCAGCAGATTGTACACCTAAACATTGGCATCATTCTCACATGCTGGGAGAATGGTGTGAATTGGCTAAACTTGAAGAAACTATTTTTGTTTTCAATA
TTGATCATGTGCTAAGCGGATGAAGGTTGCAGGTTACATATGCAACTTTAACTTATAGGTTTCTACCTTTCACTAAATTAATCTTGATCAACTGTTATCTATAGCAGTTTTCATGTTGACCTCAACAGTTGTATTGGGGTTTGCCTCAGATTGGTATTCTTCTTACATTTCACAAATTATATATCACTCAATTTTGACCA
CATTTATACATACCCTTTAAGTATATATACATACCCTTTAAGTACATATATATACCCTAATTTATCTATATATAGAATGTTTTGTATAATTTAAGGAAAGGGGAAATTGTTC

>TRINITY_DN45742_c0_g1_i5 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TTCTTCTTTTACTTTACGCATTCACACTATATGCCACCTTTGCGTGGGATGGCTCTGTACTTACCGTAGCTCCTCTATTTACTTTGACTAGCGACTTCTGTAAATATTTTTCATAACCGCCCTGTTACCAGTGATGAATTGGGTTTCTTCAATACGATAATACGAGATCATGCACCAACTCCAGCTTCCAGAAATGTCGG
AAGCTTCCTTGCTTCTCACAGAATCGCTGCGCAGTTTCCTCTATTCTGAACTTCCAACATTGGTTCGGGGACAGAATTGGGTATTGCTTTACAGTACATGGAGGCATGGAGTATCACTTTTAACTTTATACCGGAGAAGCACTTTTTGCCCTGGCCCATGTTTGCTGGTGGCTAAGGATGCTCAGGGTACTGTCTTGGGT
GGTTTATTAGAAGCACCCCTACAACCATCTAACAAAAAAAAATATCAGGGAACAAATGACACTTTTGTTTTCACAAATGTTTCTGGCAAACCAGTTTTATTCCGCCCAACAGgtgctaatcggtattttgttttatgtacaagagATTCACTAGCAATAGGTGGGGGTGGGCATTTTGCACTTTACTTGGATGAAGATAT
GTTGAATGGATCAAGTGCTACATCTGAAACATTTGGTAATCCATGTCTTGCACACACAGAAGACTTCATAGTGACAGACATTGAGCTCTGGGGATTTGCTCACACATCAAAATACTCATTAGCGCCATATAGTGAACCACAAGAAGCTCCAGGAATCAGCAGATTGTACACCTAAACATTGGCATCATTCTCACATGGAA
CTGTCATGGCAAACGATATTACTGCATAACTGTGTTTTGATCGTTATAATGTTTTTGGCTAGAAGCTGGGAGAATGGTGTGAATTGGCTAAACTTGAAGAAACTATTTTTGTTTTCAATATTGATCATGTGCTAAGCGGATGAAGGTTGCAGGTTACATATGCAACTTTAACTTATAGGTTTCTACCTTTCACTAAATTA
ATCTTGATCAACTGTTATCTATAGCAGTTTTCATGTTGACCTCAACAGTTGTATTGGGGTTTGCCTCAGATTGGTATTCTTCTTACATTTCACAAATTATATATCACTCAATTTTGACCACATTTATACATACCCTTTAAGTATATATACATACCCTTTAAGTACATATATATACCCTAATTTATCTATATATAGAATGT
TTTGTATAATTTAAGGAAAGGGGAAATTGTTC

Intron 4 GTGGCTAAGG ... CGCCCAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	88.67	1	11	4.7
A2	62.96	5	12	5
A3	100	0	3	6
A4	77.78	1	6	1
A5	66.67	2	6	2
A6	76.32	9	32	26
A7	84.07	3	18	13.7
A8	66.66	18	40	32
A9	82.85	5	23	25.3
A10	75.72	7	22	21.7

>TRINITY_DN41245_c0_g1_i2 from sample A9 / Example spliced isoform

AGTTTTACTTGAAGATGCAGCAATTACACAATGCATCTACTTGGTCTTGATCTTGAAGATGCAGCAGTTGCAACTGATTTGTCTTGATCTTGTTTGGGTGGATGCTTTATTTGCATCGTTAGATTAGGAGATTATGTAAGTTGTAATGCGGAAGTATTTGTTTTCTCCCTGTGTTCTAAGTGAGATATACTGAAGTCAGT
TGCCAGTTTGATGCACACCCAACTTTAATATCAAGAATAGTTGACTCGGTTGGCATGTTTTGGAAGCTAGGATTCATTTGGGCATTCAATTTCATTAAAAGAGAGTCAGGAGGAGAGCTGAACGTAAAATATCAGGCCAATGAATTGATGAACATAATTGGCTAGAGGTAGCAGGGCATGATCTATGTTTGAGAAAAGTC
TCAAGTGAGCTTGACATGTGAAAACAGATCATGCACCAACTCCAGCTTCCAGAAATGTCGGAAGCTTCCTTGCTTCTCACAGAATCGCTGCGCAGTTTCCTCTATTCTGAACTTCCAACATTGGTTCGGGGACAGAATTGGGTATTGCTTTACAGTACATGGAGGCATGGAGTATCACTTTTAACTTTATACCGGAGAAG
CACTTTTTGCCCTGGCCCATGTTTGCTGGTGCTAATCGGTATTTTGTTTTATGTACAAGAGATTCACTAGCAATAGGTGGGGGTGGGCATTTTGCACTTTACTTGGATGAAGATATGTTGAATGGATCAAGTGCTACATCTGAAACATTTGGTAATCCATGTCTTGCACACACAGAAGACTTCATAGTGACAGACATTGA
GCTCTGGGGATTTGCTCACACATCAAAATACTCATTAGCGCCATATAGTGAACCACAAGAAGCTCCAGGAATCAGCAGATTGTACACCTAAACATTGGCATCATTC

>TRINITY_DN41245_c0_g1_i3 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TAATATTCCTCTTTTACTTTACGCATTCACACTATATGCCACCTTTGCGTGGGATGGCTCTGTACTTACCGTAGCTCCTCTATTTACTTTGACTAGCGACTTCTGTAAATATTTTTCATAACCGCCCTGTTACCATTGATGAATTGGGTTTCTTCAATACGATAATACGAGATCATGCACCAACTCCAGCTTCCAGAAAT
GTCGGAAGCTTCCTTGCTTCTCACAGAATCGCTGCGCAGTTTCCTCTATTCTGAACTTCCAACATTGGTTCGGGGACAGAATTGGGTATTGCTTTACAGTACATGGAGGCATGGAGTATCACTTTTAACTTTATACCGGAGAAGCACTTTTTGCCCTGGCCCATGTTTGCTGgtggctaaggatgctcagggtactgtct
tgggtggtttattagaagcacccctacaaccatctaacaaaaaaaaatatcagggaacaaatgacacttttgttttcacaaatgtttctggcaaaccagttttattccgcccaacagGTGCTAATCGGTATTTTGTTTTATGTACAAGAGATTCACTAGCAATAGGTGGGGGTGGGCATTTTGCACTTTACTTGGATGAA
GATATGTTGAATGGATCAAGTGCTACATCTGAAACATTTGGTAATCCATGTCTTGCACACACAGAAGACTTCATAGTGACAGACATTGAGCTCTGGGGATTTGCTCACACATCAAAATACTCATTAGCGCCATATAGTGAACCACAAGAAGCTCCAGGAATCAGCAGATTGTACACCTAAACATTGGCATCATTC