NA ----> NA

Intron 1 GTACGCTTGC ... ACTGTTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	53.42	17	25	14
A2	56	11	21	7
A3	53.25	18	28	13
A4	47.37	10	15	3
A5	63.64	6	16	5
A6	31.96	66	36	26
A7	31.85	46	31	12
A8	35.14	36	16	23
A9	36.84	42	25	24
A10	31.31	34	23	8

>TRINITY_DN116470_c4_g1_i4 from sample A3 / Example spliced isoform

GGGAAAGATTAGGTCTACAAGTGGAGACGGTGAATTGGAACTCAGCATTAAACAGCCAACGTCCTTAGCTAAAATGCCATTTTGACTGTGCAGTTAGTGAGGAAAAGTTTCGAATGGGTCTCCGCATCCTGTTATCTAAAAGGACATTATGTTCTCTGACTGTTACTGAAAACTACGGATCTCAGAGGGCAGCAGGGCCT
TCGGCCAACGTTTTCTCAGGGTTCAAACCAAGAGGGAGAGAGGAGGTGAATTTGATTACTTGCTACTTTGGCTGTGTCCTGCAACACATATGAAGAGTTCAAGGATGACATTTCGGAAATTATTTGTAAATGGTTTGTAAGAAAGAGTTTGTCATCTCAAATAAATCTTGGTCAGTCATTCTAAGTGGAAGTCTCTTTCC
TATTTTTTTTTTTTCAGTAGTATTGAGCTCGCAGTTATGGAAATAAGAGTATTTGTGAAGGTCAGAATAACAGCCTCTGTTTGACTTACAAGGAGGTTACTTGGGAGAAATAAAAAAATCTCTCTTATAAAAATGGTTCACTTAAATCCGACAATTCAAAAAGGACTTTTACCAAACAAAATAAATTCCACTTCTCTTGA
CCTGCATCAAGACAACAATGGATGATACATAGTTGGAAATTGTTGCATTGCTTATAGTGATACATAATGTTATCAGAACCAGATTGGTGGATCTCCAAAACTAGAAACTGGTCAGAACTGGGAAAAAAATTGGTCGACCAAAAAATACATAAAATATTAAAGGTGCAACTGCATATAACTAAAGTAGCACCGAGTGCAAT
CCGAAGTAACCAGACACGGCCTTTAAGCCTGAAGTGTCCCGTGTTCACGTGTCGGTCACGGACATGTCCTGACATTGTGTTGGACGTGTCTCGACCTATGAGAATTGTGTCCTGAAAACATGACACAACCATGTTGCGAAAACAGGACACATAACTTGAAAAAGTGGCCCACGGGTTATAAAAAACGATTTTACCCTCAT
TCATTCACATTTTTCGATGATGTTTGAGCTCTGAGAGGGTTTTATTTTGCAGGGAAGAGGATTAGAAGGAGGGACTGCAAATGACTTGAGGGTGGATTTTAGTGGGAGCATTGCAAGTTTTTGAGCAGGCAACAAGAAGAATGTCTCAGTCAACAAGGGTAGCTGGTAAAGGGCAAAGGAGAGGGAGGAATATCCTAGTT
GGTGTCTCCCCTTCTCCTCCGAATCCAAGCTTGAGTTTATCTAATGCTGCTACTGCTCCATCTGCTGCTAGTGGAGCTGTTGGTGTTGCATATAACCCTGTATTAGCAAGACAACATGCCCAAGAGAAGAAATACCCCTTGTGGAAGCATGTAACAAGGAAATCAGGG

>TRINITY_DN116470_c4_g1_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GGGAAAGATTAGGTCTACAAGTGGAGACGGTGAATTGGAACTCAGCATTAAACAGCCAACGTCCTTAGCTAAAATGCCATTTTGACTGTGCAGTTAGTGAGGAAAAGTTTCGAATGGGTCTCCGCATCCTGTTATCTAAAAGGACATTATGTTCTCTGACTGTTACTGAAAACTACGGATCTCAGAGGGCAGCAGGGCCT
TCGGCCAACGTTTTCTCAGGGTTCAAACCAAGAGGGAGAGAGgtacgcttgctcttcttacttagtgtgctgttaaatttaattttgttgagatgataaggttttgtaattcgcgattggtgggagctttcttgacatcttttgcttccataacactgccctccctgctaaaaaatggcagcagaaaagtttgggtagtg
tgaaaggggaacatatattgttttgaatgtttgtttaactgactgtaagaagaaacaataggatgggtttctctttgtttcaaaggcgagtctcttagggtttcgtggtgcattctgggttataacacgttgagggcatattattattattattgacggtaagaagagacaataggatgggtttctctttgtttcaaaga
caagtctcttagggtggggcattctgggttatatcatgttgagggcataataataaaatttaatgtcacagtctagtcagactaaattgatgtatgggatttgataaagtctaccaaagtgtatttacccattttggattcgaacctgtgatctgtgatctccaaggagggaatacatgtttttaaccatcaggcccact
caagctgtacatgcatataatctattgggttgtggtttagctgcaacttggagcaattgctgtaaggtttacccaggttcaattgtttttggcaggaaattgatgtatgggacttgattaagccttttaacgaagacttactggccggtctttactggagcaccagaaggggaaggggacagcttgctggactgtggtgc
agagaaaggggtaccttccctggtgttgtgcaggtttatgcggaatgaaggggttggggtaaaatggaaggaacaagagggtaatcggccaacggttggcgttgacaatacttttaattagtgaaaggtaatccttgcaccggcgttaccccataaacttcagtcacctcattaaagagatgtttacttagggatcatac
catactacttagatgtttacttaggggttataccatactactttttccataagttagtaggtcacgacaccagggattcaaacgccggactgatctttccttcaaaggcatttatcagattaagtctatcaaggtttacctacctactccggatacgaacttgtgatctccaagggaaaacttaaccattatgcccactc
aatctgtatacgcatataatctgttgggctgtggtctagctacaacttggagcagttgctgtgatgatgacccaggttcaaattttggcaggcttgcccacctgtgtggtggatggcagctctgcctcattggtgatgtatgttgtagtagtcaactatcagtattgtagtggtctgcgtgccattgttgcttggccttt
aggctgttgatgcatgtgctgcgtaactggccaaccaaaacctgtttccagtgcgtgtgtgtatatcttttaatgtggaacttgatatctctgcaatttcacagcttttctgccttgggtacaagaatatgaatgccattcactgtctgagatacaatatgtctggcctaacctgataggaggatttacttgtgttgtga
attagcctgattataacctagtggtcaaagtgaattatgcagggattgtgctcagccttacctgtttgtaagttgatatttatttgcctaggtaggaatatgacaagggaccaagcagggtggaaaagttgaaaacaaggctgagatctatagctgaataattagttacatgtcattcaaatgtaggtgcttgatttggt
agatactgcttatgaagaatggcttttgggtaccgtgcaaccacaatttattttaaacggcacacaagcactattcttgcagagttttgtttgttctttttcttttcaagtaaagaaaagcgttcttcaagcaatactttatattcccatcataatggcaagtactacgcaccataattttgatcactatattgattgga
gaatttgattcgtcactgttttagGAGGTGAATTTGATTACTTGCTACTTTGGCTGTGTCCTGCAACACATATGAAGAGTTCAAGGATGACATTTCGGAAATTATTTGTAAATGGTTTGTAAGAAAGAGTTTGTCATCTCAAATAAATCTTGGTCAGTCATTCTAAGTGGAAGTCTCTTTCCTATTTTTTTTTTTTCAGT
AGTATTGAGCTCGCAGTTATGGAAATAAGAGTATTTGTGAAGGTCAGAATAACAGCCTCTGTTTGACTTACAAGGAGGTTACT

Intron 2 GTACGCTTGC ... ACTGTTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	53.42	17	25	14
A2	56	11	21	7
A3	53.25	18	28	13
A4	47.37	10	15	3
A5	63.64	6	16	5
A6	31.96	66	36	26
A7	31.85	46	31	12
A8	35.14	36	16	23
A9	36.84	42	25	24
A10	31.31	34	23	8

>TRINITY_DN108858_c5_g1_i2 from sample A4 / Example spliced isoform

GGGAAAGATTAGGTCTACAAGTGGAGACGGTGAATTGGAACTCAGCATTAAACAGCCAACGTCCTTAGCTAAAATGCCATTTTGACTGTGCAGTTAGTGAGGAAAAGTTTCGAATGGGTCTCCGCATCCTGTTATCTAAAAGGACATTATGTTCTCTGACTGTTACTGAAAACTACGGATCTCAGAGGGCAGCAGGGCCT
TCGGCCAACGTTTTCTCAGGGTTCAAACCAAGAGGGAGAGAGGAGGTGAATTTGATTACTTGCTACTTTGGCTGTGTCCTGCAACACATATGAAGAGTTCAAGGATGACATTTCGGAAATTATTTGTAAATGGTTTGTAAGAAAGAGTTTGTCATCTCAAATAAATCTTGGTCAGTCATTCTAAGTGGAAGTCTCTTTCC
TATTTTTTTTTTTTCAGTAGTATTGAGCTCGCAGTTATGGAAATAAGAGTATTTGTGAAGGTCAGAATAACAGCCTCTGTTTGACTTACAAGGAGGTTACTATGGAGAAATAAAAAAATCTCTCTTATAAAAATGGTTCACTTAAATCCGACAATTCAAAAAGGACTTTTACCAAACAAAATAAATTCCACTTCTCTTGA
CCTGCATCAAGACAACAATGGATGATACATAGTTGGAAATTGTTGCATTGCTTATAGTGATACATAATGTTATCAGAACCAGATTGGTGGATCTCCAAAACTAGAAACTGGTCAGAACTGGGAAAAAAATTGGTCGACCAAAAAATACATAAAATATTAAAGGTGCAACTGCATATAACTAAAGTAGCACCGAGTGCAAT
CCGAAGTAACCAGACACGGCCTTTAAGCCTGAAGTGTCCCGTGTTCACGTGTCGGTCACGGACATGTCCTGACATTGTGTTGGACGTGTCTCGACCTATGAGAATTGTGTCCTGAAAACATGACACAACCATGTTGCGAAAACAGGACACATAACTTGAAAAAGTGGCCCACGGGTTATAAAAAACGATTTTACCCTCAT
TCATTCACATTTTTCGATGATGTTTGAGCTCTGAGAGGGTTTTATTTTGCAGGGAAGAGGATTAGAAGGAGGGACTGCAAATGACTTGAGGGTGGATTTTAGTGGGAGCATTGCAAGTTTTTGAGCAGGCAACAAGAAGAATGTCTCAG

>TRINITY_DN108858_c5_g1_i1 from sample A4 / Example unspliced isoform:

GGGAAAGATTAGGTCTACAAGTGGAGACGGTGAATTGGAACTCAGCATTAAACAGCCAACGTCCTTAGCTAAAATGCCATTTTGACTGTGCAGTTAGTGAGGAAAAGTTTCGAATGGGTCTCCGCATCCTGTTATCTAAAAGGACATTATGTTCTCTGACTGTTACTGAAAACTACGGATCTCAGAGGGCAGCAGGGCCT
TCGGCCAACGTTTTCTCAGGGTTCAAACCAAGAGGGAGAGAGgtacgcttgctcttcttacttagtgtgctgttaaatttaattttgttgagatgataaggttttgtaattcgcgattggtgggagctttcttgacatcttttgcttccataacactgccctccctgctaaaaaatggcagcagaaaagtttgggtagtg
tgaaaggggaacatatattgttttgaatgtttgtttaactgactgtaagaagaaacaataggatgggtttctctttgtttcaaaggcgagtctcttagggtttcgtggtgcattctgggttataacacgttgagggcatattattattattattgacggtaagaagagacaataggatgggtttctctttgtttcaaaga
caagtctcttagggtggggcattctgggttatatcatgttgagggcataataataaaatttaatgtcacagtctagtcagactaaattgatgtatgggatttgataaagtctaccaaagtgtatttacccattttggattcgaacctgtgatctgtgatctccaaggagggaatacatgtttttaaccatcaggcccact
caagctgtacatgcatataatctattgggttgtggtttagctgcaacttggagcaattgctgtaaggtttacccaggttcaattgtttttggcaggaaattgatgtatgggacttgattaagccttttaacgaagacttactggccggtctttactggagcaccagaaggggaaggggacagcttgctggactgtggtgc
agagaaaggggtaccttccctggtgttgtgcaggtttatgcggaatgaaggggttggggtaaaatggaaggaacaagagggtaatcggccaacggttggcgttgacaatacttttaattagtgaaaggtaatccttgcaccggcgttaccccataaacttcagtcacctcattaaagagatgtttacttagggatcatac
catactacttagatgtttacttaggggttataccatactactttttccataagttagtaggtcacgacaccagggattcaaacgccggactgatctttccttcaaaggcatttatcagattaagtctatcaaggtttacctacctactccggatacgaacttgtgatctccaagggaaaacttaaccattatgcccactc
aatctgtatacgcatataatctgttgggctgtggtctagctacaacttggagcagttgctgtgatgatgacccaggttcaaattttggcaggcttgcccacctgtgtggtggatggcagctctgcctcattggtgatgtatgttgtagtagtcaactatcagtattgtagtggtctgcgtgccattgttgcttggccttt
aggctgttgatgcatgtgctgcgtaactggccaaccaaaacctgtttccagtgcgtgtgtgtatatcttttaatgtggaacttgatatctctgcaatttcacagcttttctgccttgggtacaagaatatgaatgccattcactgtctgagatacaatatgtctggcctaacctgataggaggatttacttgtgttgtga
attagcctgattataacctagtggtcaaagtgaattatgcagggattgtgctcagccttacctgtttgtaagttgatatttatttgcctaggtaggaatatgacaagggaccaagcagggtggaaaagttgaaaacaaggctgagatctatagctgaataattagttacatgtcattcaaatgtaggtgcttgatttggt
agatactgcttatgaagaatggcttttgggtaccgtgcaaccacaatttattttaaacggcacacaagcactattcttgcagagttttgtttgttctttttcttttcaagtaaagaaaagcgttcttcaaagcaatactttatattcccatcataatggcaagtactacgcaccataattttgatcactatattgattgg
agaatttgattcgtcactgttttagGAGGTGAATTTGATTACTTGCTACTTTGGCTGTGTCCTGCAACACATATGAAGAGTTCAAGGATGACATTTCGGAAATTATTTGTAAATGGTTTGTAAGAAAGAGTTTGTCATCTCAAATAAATCTTGGTCAGTCATTCTAAGTGGAAGTCTCTTTCCTATTTTTTTTTTTTCAG
TAGTATTGAGCTCGCAGTTATGGAAATAAGAGTATTTGTGAAGGTCAGAATAACAGCCTCTGTTTGACTTACAAGGAGGTTACTATGGAGAAATAAAAAAATCTCTCTTATAAAAATGGTTCACTTAAATCCGACAATTCAAAAAGGACTTTTACCAAACAAAATAAATTCCACTTCTCTTGACCTGCATCAAGACAACA
ATGGATGATACATAGTTGGAAATTGTTGCATTGCTTATAGTGATACATAATGTTATCAGAACCAGATTGGTGGATCTCCAAAACTAGAAACTGGTCAGAACTGGGAAAAAAATTGGTCGACCAAAAAATACATAAAATATTAAAGGTGCAACTGCATATAACTAAAGTAGCACCGAGTGCAATCCGAAGTAACCAGACAC
GGCCTTTAAGCCTGAAGTGTCCCGTGTTCACGTGTCGGTCACGGACATGTCCTGACATTGTGTTGGACGTGTCTCGACCTATGAGAATTGTGTCCTGAAAACATGACACAACCATGTTGCGAAAACAGGACACATAACTTGAAAAAGTGGCCCACGGGTTATAAAAAACGATTTTACCCTCATTCATTCACATTTTTCGA
TGATGTTTGAGCTCTGAGAGGGTTTTATTTTGCAGGGAAGAGGATTAGAAGGAGGGACTGCAAATGACTTGAGGGTGGATTTTAGTGGGAGCATTGCAAGTTTTTGAGCAGGCAACAAGAAGAATGTCTCAG

Intron 3 GTAGGTGCTT ... ACTGTTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	91.67	5	55	14
A2	100	0	17	7
A3	80	6	24	13
A4	100	0	30	3
A5	83.33	2	10	5
A6	83.33	15	75	26
A7	92.98	4	53	12
A8	78.31	18	65	23
A9	82.69	9	43	24
A10	88.89	5	40	8

>TRINITY_DN37632_c0_g1_i5 from sample A8 / Example spliced isoform

GGAAGGGAAAGATTAGGTCTACAAGTGGAGACGGTGAATTGGAACTCAGCATTAAACAGCCAACGTCCTTAGCTAAAATGCCATTTTGACTGTGCAGTTAGTGAGGAAAAGTTTCGAATGGGTCTCCGCATCCTGTTATCTAAAAGGACATTATGTTCTCTGACTGTTACTGAAAACTACGGATCTCAGAGGGCAGCAGG
GCCTTCGGCCAACGTTTTCTCAGGGTTCAAACCAAGAGGGAGAGAGGAATATGACAAGGGACCAAGCAGGGTGGAAAAGTTGAAAACAAGGCTGAGATCTATAGCTGAATAATTAGTTACATGTCATTCAAATGAGGTGAATTTGATTACTTGCTACTTTGGCTGTGTCCTGCAACACATATGAAGAGTTCAAGGATGAC
ATTTCGGAAATTATTTGTAAATGGTTTGTAAGAAAGAGTTTGTCATCTCAAATAAATCTTGGTCAGTCATTCTAAGTGGAAGTCTCTTTCCTATTTTTTTTTTTTCAGTAGTATTGAGCTCGCAGTTATGGAAATAAGAGTATTTGTGAAGGTCAGAATAACAGCCTCTGTTTGACTTACAAGGAGGTTACTATGGAGAA
ATAAAAAAATCTCTCTTATAAAAATGGTTCACTTAAATCCGACAATTCAAAAAGGACTTTTACCAAACAAAATAAATTCCAC

>TRINITY_DN37632_c0_g1_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GGAAGGGAAAGATTAGGTCTACAAGTGGAGACGGTGAATTGGAACTCAGCATTAAACAGCCAACGTCCTTAGCTAAAATGCCATTTTGACTGTGCAGTTAGTGAGGAAAAGTTTCGAATGGGTCTCCGCATCCTGTTATCTAAAAGGACATTATGTTCTCTGACTGTTACTGAAAACTACGGATCTCAGAGGGCAGCAGG
GCCTTCGGCCAACGTTTTCTCAGGGTTCAAACCAAGAGGGAGAGAGGAAATTGATGTATGGGACTTGATTAAGCCTTTTAAGGAAGACTTACTGGCCGGTCTTTACTGGAGCACCAGAAGGGGAAGGGGACAGCTTGCTGGACTGTGGTGCAGAGAAAGGGGTACCTTCCCTGGTGTTGTGCAGGTTTATGCGGAATGAA
GGGGTTGGGGTAAAATGGAAGGAACAAGAGGGTAATCGGCCAACGGTTGGCGTTGACAATACTTTTAATTAGTGAAAGGTAATCCTTGCACCGGCGTTACCCCATAAACTTCAGTCACCTCATTAAAGAGATGTTTACTTAGGGATCATACCATACTACTTAGATGTTTACTTAGGGGTTATACCATACTACTTTTTCCA
TAAGTTAGTAGGTCACGACACCAGGGATTCAAACGCCGGACTGATCTTTCCTTCAAAGGCATTTATCAGATTAAGTCTATCAAGGTTTACCTACCTACTCCGGATACGAACTTGTGATCTCCAAGGGAAAACTTAACCATTATGCCCACTCAATCTGTATACGCATATAATCTGTTGGGCTGTGGTCTAGCTACAACTTG
GAGCAGTTGCTGTGATGATGACCCAGGTTCAAATTTTGGCAGGCTTGCCCACCTGTGTGGTGGATGGCAGCTCTGCCTCATTGGTGATGTATGTTGTAGTAGTCAACTATCAGTATTGTAGTGGTCTGCGTGCCATTGTTGCTTGGCCTTTAGGCTGTTGATGCATGTGCTGCGTAACTGGCCAACCAAAACCTGTTTCC
AGTGCGTGTGTGTATATCTTTTAATGTGGAACTTGATATCTCTGCAATTTCACAGCTTTTCTGCCTTGGGTACAAGAATATGAATGCCATTCACTGTCTGAGATACAATATGTCTGGCCTAACCTGATAGGAGGATTTACTTGTGTTGTGAATTAGCCTGATTATAACCTAGTGGTCAAAGTGAATTATGCAGGGATTGT
GCTCAGCCTTACCTGTTTGTAAGTTGATATTTATTTGTTTGTAGGAATATGACAAGGGACCAAGCAGGGTGGAAAAGTTGAAAACAAGGCTGAGATCTATAGCTGAATAATTAGTTACATGTCATTCAAATgtaggtgcttgatttggtagatactgcttatgaagaatggcttttgggtaccgtgcaaccacaatttat
tttaaacggcacacaagcactattcttgcagagttttgtttgttctttttcttttcaagtaaagaaaagcgttcttcaaagcaatactttatattcccatcataatggcaagtactacgcaccataattttgatcactatattgattggagaatttgattcgtcactgttttagGAGGTGAATTTGATTACTTGCTACTT
TGGCTGTGTCCTGCAACACATATGAAGAGTTCAAGGATGACATTTCGGAAATTATTTGTAAATGGTTTGTAAGAAAGAGTTTGTCATCTCAAATAAATCTTGGTCAGTCATTCTAAGTGGAAGTCTCTTTCCTATTTTTTTTTTTTCAGTAGTATTGAGCTCGCAGTTATGGAAATAAGAGTATTTGTGAAGGTCAGAAT
AACAGCCTCTGTTTGACTTACAAGGAGGTTACTATGGAGAAATAAAAAAATCTCTCTTATAAAAATGGTTCACTTAAATCCGACAATTCAAAAAGGACTTTTACCAAACAAAATAAATTCCAC

Intron 4 GTACGCTTGC ... ACTGTTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	53.42	17	25	14
A2	56	11	21	7
A3	53.25	18	28	13
A4	47.37	10	15	3
A5	63.64	6	16	5
A6	31.96	66	36	26
A7	31.85	46	31	12
A8	35.14	36	16	23
A9	36.84	42	25	24
A10	31.31	34	23	8

>TRINITY_DN116470_c4_g1_i4 from sample A3 / Example spliced isoform

GGGAAAGATTAGGTCTACAAGTGGAGACGGTGAATTGGAACTCAGCATTAAACAGCCAACGTCCTTAGCTAAAATGCCATTTTGACTGTGCAGTTAGTGAGGAAAAGTTTCGAATGGGTCTCCGCATCCTGTTATCTAAAAGGACATTATGTTCTCTGACTGTTACTGAAAACTACGGATCTCAGAGGGCAGCAGGGCCT
TCGGCCAACGTTTTCTCAGGGTTCAAACCAAGAGGGAGAGAGGAGGTGAATTTGATTACTTGCTACTTTGGCTGTGTCCTGCAACACATATGAAGAGTTCAAGGATGACATTTCGGAAATTATTTGTAAATGGTTTGTAAGAAAGAGTTTGTCATCTCAAATAAATCTTGGTCAGTCATTCTAAGTGGAAGTCTCTTTCC
TATTTTTTTTTTTTCAGTAGTATTGAGCTCGCAGTTATGGAAATAAGAGTATTTGTGAAGGTCAGAATAACAGCCTCTGTTTGACTTACAAGGAGGTTACTTGGGAGAAATAAAAAAATCTCTCTTATAAAAATGGTTCACTTAAATCCGACAATTCAAAAAGGACTTTTACCAAACAAAATAAATTCCACTTCTCTTGA
CCTGCATCAAGACAACAATGGATGATACATAGTTGGAAATTGTTGCATTGCTTATAGTGATACATAATGTTATCAGAACCAGATTGGTGGATCTCCAAAACTAGAAACTGGTCAGAACTGGGAAAAAAATTGGTCGACCAAAAAATACATAAAATATTAAAGGTGCAACTGCATATAACTAAAGTAGCACCGAGTGCAAT
CCGAAGTAACCAGACACGGCCTTTAAGCCTGAAGTGTCCCGTGTTCACGTGTCGGTCACGGACATGTCCTGACATTGTGTTGGACGTGTCTCGACCTATGAGAATTGTGTCCTGAAAACATGACACAACCATGTTGCGAAAACAGGACACATAACTTGAAAAAGTGGCCCACGGGTTATAAAAAACGATTTTACCCTCAT
TCATTCACATTTTTCGATGATGTTTGAGCTCTGAGAGGGTTTTATTTTGCAGGGAAGAGGATTAGAAGGAGGGACTGCAAATGACTTGAGGGTGGATTTTAGTGGGAGCATTGCAAGTTTTTGAGCAGGCAACAAGAAGAATGTCTCAGTCAACAAGGGTAGCTGGTAAAGGGCAAAGGAGAGGGAGGAATATCCTAGTT
GGTGTCTCCCCTTCTCCTCCGAATCCAAGCTTGAGTTTATCTAATGCTGCTACTGCTCCATCTGCTGCTAGTGGAGCTGTTGGTGTTGCATATAACCCTGTATTAGCAAGACAACATGCCCAAGAGAAGAAATACCCCTTGTGGAAGCATGTAACAAGGAAATCAGGG

>TRINITY_DN116470_c4_g1_i6 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GGGAAAGATTAGGTCTACAAGTGGAGACGGTGAATTGGAACTCAGCATTAAACAGCCAACGTCCTTAGCTAAAATGCCATTTTGACTGTGCAGTTAGTGAGGAAAAGTTTCGAATGGGTCTCCGCATCCTGTTATCTAAAAGGACATTATGTTCTCTGACTGTTACTGAAAACTACGGATCTCAGAGGGCAGCAGGGCCT
TCGGCCAACGTTTTCTCAGGGTTCAAACCAAGAGGGAGAGAGgtacgcttgctcttcttacttagtgtgctgttaaatttaattttgttgagatgataaggttttgtaattcgcgattggtgggagctttcttgacatcttttgcttccataacactgccctccctgctaaaaaatggcagcagaaaagtttgggtagtg
tgaaaggggaacatatattgttttgaatgtttgtttaactgactgtaagaagaaacaataggatgggtttctctttgtttcaaaggcgagtctcttagggtttcgtggtgcattctgggttataacacgttgagggcatattattattattattgacggtaagaagagacaataggatgggtttctctttgtttcaaaga
caagtctcttagggtggggcattctgggttatatcatgttgagggcataataataaaatttaatgtcacagtctagtcagactaaattgatgtatgggatttgataaagtctaccaaagtgtatttacccattttggattcgaacctgtgatctgtgatctccaaggagggaatacatgtttttaaccatcaggcccact
caagctgtacatgcatataatctattgggttgtggtttagctgcaacttggagcaattgctgtaaggtttacccaggttcaattgtttttggcaggaaattgatgtatgggacttgattaagccttttaacgaagacttactggccggtctttactggagcaccagaaggggaaggggacagcttgctggactgtggtgc
agagaaaggggtaccttccctggtgttgtgcaggtttatgcggaatgaaggggttggggtaaaatggaaggaacaagagggtaatcggccaacggttggcgttgacaatacttttaattagtgaaaggtaatccttgcaccggcgttaccccataaacttcagtcacctcattaaagagatgtttacttagggatcatac
catactacttagatgtttacttaggggttataccatactactttttccataagttagtaggtcacgacaccagggattcaaacgccggactgatctttccttcaaaggcatttatcagattaagtctatcaaggtttacctacctactccggatacgaacttgtgatctccaagggaaaacttaaccattatgcccactc
aatctgtatacgcatataatctgttgggctgtggtctagctacaacttggagcagttgctgtgatgatgacccaggttcaaattttggcaggcttgcccacctgtgtggtggatggcagctctgcctcattggtgatgtatgttgtagtagtcaactatcagtattgtagtggtctgcgtgccattgttgcttggccttt
aggctgttgatgcatgtgctgcgtaactggccaaccaaaacctgtttccagtgcgtgtgtgtatatcttttaatgtggaacttgatatctctgcaatttcacagcttttctgccttgggtacaagaatatgaatgccattcactgtctgagatacaatatgtctggcctaacctgataggaggatttacttgtgttgtga
attagcctgattataacctagtggtcaaagtgaattatgcagggattgtgctcagccttacctgtttgtaagttgatatttatttgtttgtaggaatatgacaagggaccaagcagggtggaaaagttgaaaacaaggctgagatctatagctgaataattagttacatgtcattcaaatgtaggtgcttgatttggtag
atactgcttatgaagaatggcttttgggtaccgtgcaaccacaatttattttaaacggcacacaagcactattcttgcagagttttgtttgttctttttcttttcaagtaaagaaaagcgttcttcaaagcaatactttatattcccatcataatggcaagtactacgcaccataattttgatcactatattgattggag
aatttgattcgtcactgttttagGAGGTGAATTTGATTACTTGCTACTTTGGCTGTGTCCTGCAACACATATGAAGAGTTCAAGGATGACATTTCGGAAATTATTTGTAAATGGTTTGTAAGAAAGAGTTTGTCATCTCAAATAAATCTTGGTCAGTCATTCTAAGTGGAAGTCTCTTTCCTATTTTTTTTTTTTCAGTA
GTATTGAGCTCGCAGTTATGGAAATAAGAGTATTTGTGAAGGTCAGAATAACAGCCTCTGTTTGACTTACAAGGAGGTTACTATGGAGAAATAAAAAAATCTCTCTTATAAAAATGGTTCACTTAAATCCGACAATTCAAAAAGGACTTTTACCAAACAAAATAAATTCCACTTCTCTTGACCTGCATCAAGACAACAAT
GGATGATACATAGTTGGAAATTGTTGCATTGCTTATAGTGATACATAATGTTATCAGAACCAGATTGGTGGATCTCCAAAACTAGAAACTGGTCAGAACTGGGAAAAAAATTGGTCGACCAAAAAATACATAAAATATTAAAGGTGCAACTGCATATAACTAAAGTAGCACCGAGTGCAATCCGAAGTAACCAGACACGG
CCTTTAAGCCTGAAGTGTCCCGTGTTCACGTGTCGGTCACGGACATGTCCTGACATTGTGTTGGACGTGTCTCGACCTATGAGAATTGTGTCCTGAAAACATGACACAACCATGTTGCGAAAACAGGACACATAACTTGAAAAAGTGGCCCACGGGTTATAAAAAACGATTTTACCCTCATTCATTCACATTTTTCGATG
ATGTTTGAGCTCTGAGAGGGTTTTATTTTGCAGGGAAGAGGATTAGAAGGAGGGACTGCAAATGACTTGAGGGTGGATTTTAGTGGGAGCATTGCAAGTTTTTGAGCAGGCAACAAGAAGAATGTCTCAGTCAACAAGGGTAGCTGGTAAAGGGCAAAGGAGAGGGAGGAATATCCTAGTTGGTGTCTCCCCTTCTCCTC
CGAATCCAAGCTTGAGTTTATCTAATGCTGCTACTGCTCCATCTGCTGCTAGTGGAGCTGTTGGTGTTGCATATAACCCTGTATTAGCAAGACAACATGCCCAAGAGAAGAAATACCCCTTGTGGAAGCATGTAACAAGGAAATCAGGG

Intron 5 GTACGCTTGC ... TTTTTGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	60.42	19	25	33
A2	53.62	16	21	16
A3	58.33	15	28	14
A4	53.12	15	15	19
A5	57.89	8	16	6
A6	26.25	59	36	6
A7	26.87	49	31	5
A8	22.58	36	16	5
A9	27.73	43	25	8
A10	20.48	66	23	11

>TRINITY_DN116470_c4_g1_i10 from sample A3 / Example spliced isoform

GGGAAAGATTAGGTCTACAAGTGGAGACGGTGAATTGGAACTCAGCATTAAACAGCCAACGTCCTTAGCTAAAATGCCATTTTGACTGTGCAGTTAGTGAGGAAAAGTTTCGAATGGGTCTCCGCATCCTGTTATCTAAAAGGACATTATGTTCTCTGACTGTTACTGAAAACTACGGATCTCAGAGGGCAGCAGGGCCT
TCGGCCAACGTTTTCTCAGGGTTCAAACCAAGAGGGAGAGAGGAAATTGATGTATGGGACTTGATTAAGCCTTTTAACGAAGACTTACTGGCCGGTCTTTACTGGAGCACCAGAAGGGGAAGGGGACAGCTTGCTGGACTGTGGTGCAGAGAAAGGGGTACCTTCCCTGGTGTTGTGCAGGTTTATGCGGAATGAAGGGG
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>TRINITY_DN116470_c4_g1_i6 from sample A3 / Example unspliced isoform:

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