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Intron 1 GCCAAAGCCA ... TCAAAGACAG

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>TRINITY_DN44017_c1_g1_i7 from sample A9 / Example spliced isoform
CTCTGAGGGACAAGCCAAAGCGGACCTGGGAAGTTTCAGTTGAGCACAATCTAACACGTAACACAGACGCTGATTTTCTCCAAGGTTCCGTGTTAGATTACACCAAGGACGATTTCAACTCAATTCGCGGTAAAGCTGATCAAATATACGACTGCAATTGATGAAGAACTTTTGACGTGAATTCCAGTAGTAGCTTCAAT
GGGTGGGAATGAATTTAGGTACATCTTGTCACGTGACATCAATTCACCAGTGGCTTATCAAGTGGATAAGCTAGAAGGCAAGCTATTTACAAAGTCTTTCTCAGAGGGGGAAAATTGTATAGAGAATCTCACACCCGAGCTTTATGTTGAGTGTGCTTTATATCTTGGTGGTGATCCATTTGGACTTCCTACAAGAACAA
GGTTGGAACCTACAGGGGAGCCAAAATGCTGGAAAGAGTTTAGTAAACTGAGTGCAAAATACAGGGATTTGACTGCGGATGCACAGCTTGCTTTCACAGTTTGGGATGTTTCTTCTCTCAAGAAGGATGAGATCATTGGTGGTGCGACCTTCCGTCTTTTCAACAGCAAAAAACAACTTAAATCAGGACAGCAGAAGCTT
AGGCTTTGGCCTGGGATAAAAGCAGATGGGTCGGTGCCTACTACTACACCTGGAAAGGTACCTAAGTCAGAGCGTGGAAAAATTGAGCACTTGGAGAAGCTAGTCAACAAGTATGAACGTGGACAGATTCCATGTATTAATTGGCTTGATGAGCTTGCATTCAGAGCCATCGGAAAAATCAAAGAGAGAGAAAGTAGATG
CAGTGGGACATCTCAATTATATCTTATTGTTCAACTAATTCCTTTCGAGCACCAAGTTTCTTTCCAGGATCGAGGAGCAAATTATCTATCGCCATCTCCAATTTCTTCGACTAATGAGCTAGTAACTGTATGGGATCCAGAAGTGGGACGACCTAACCCCTCAGAAACTAAGCAAGTGAAACTAGCTAGGAGTTTGACAA
GGGGCGTAATTGACCGAGATTTGAAACCTACTTCTATTGAAAGAAAGGAATTGTTGAAGATATTGAAGTACCCTCCAACACGCACATTGAGAGGAGATGAAAGGCAACTTCTCTGGAAGTTTCGGTTTTCTTTGGTTTCTGAGAAAAAGGCTTTGACAAAGTTTCTTCGTTGCGTTGAATGGAGTGATGCCCAGGAAGCG
AGGCAGGCAGTGGATTTGATGCGGAAGTGGGCACCTATCGACACTGCAGATGCATTGGAGCTCTTGTCTCCTGTATTCAAAAACGAAGATGTGCGTGCATATGCAGTAAATGTCCTCGAACGAGCAGAGGATGAAGAGCTGCAGTGCTACTTGCTTCAACTTGTGCAGGCCCTCCGATTTGAGCATTATGAGAAATCACA
GCTTGCCCTTTTTCTTGTTCAGCGTTCTGTTTATAATATTGATTTGGCTAGCTTCCTTCGTTGGTATGTCATGGTGGAGATCCCTGATCCTACATATGCGCAAAGGTTCTTATCTACCTATGAAATTTTGGAAGACTATATTGTAAAGTATAAGCCTGAGGGGAGAGAGGATGAGAATGGAGTTAAGATGTGGCAGAGTT
TAGTGCGTCAGACGGAATTAATTGCTCAGTTGTGCACAATCATGAAAGATGTTAACACCGTCCGTGGGACTCAAAAGAAAATTGACAAGTTGCGGCAATTACTTGCAGGTCTTTTGAGTGAGCTCACCTATTTTGAGGAGCCAATACCTTTGCCTTTGGACCCTAAAGTCCTAATCACTGGGATAATACCAGAAGAATCA
ACCCTTTTCAAGAGTGCTTTACATCCTCTACGATTGACTTTCAGAAATGCAGATGGTGGAAAAAGCATGGTGATGTTCAAAAAGGGTGATGACATCAGACAAGATCAATTGGTTATTCAAATGGTGTCATTGATGGATCGACTGTTAAAGCTGGAAAATCTTGACCTACAGTTAACTCCATATAAAGTATTGGCAACAGG
CCATGAAGAAGGAATGCTAGAGTTCATACCATCAAGTTCTTTAGCTCAAATTCTTTCAGACCATCGGAGTCTTGTAAACTATCTGCAGCAATATCATCCCGATGAAAATGGACCATTTGGCATTACGGCAACATGTCTGGAAACATTTATAAAAAGCTGTGCTGGCTACTGTGTTATTACCTACATCCTCGGTGTTGGTG
ACAGGCATCTTGACAATCTCCTTTTGAGGGACGATGGAAGACTTTTCCATGTTGACTTTGGCTACATTCTCGGTAAAGATCCTAAACCATTTCCACCACCAATGAAACTGTGCAAGGAAATGGTAGAAGCAATGGGTGGAGCAGAAAGCCAATACTATGGGAGATTCAAATCTTATTGCTGTGAGGCCTACAATATCCTG
AGGAAATCCAGTAACCTTATCCTGAATTTGTTCCACTTAATGGCTGGGGCAAGCATTCCTGCTATTGCTTCCGATCCGGAGAAAGGGATTCTTAAGCTTCAAGAAAAATTCCGTTTGGATTTGGATGACGAGGAGGCAATACAATTCTTCCAGACCCTTATTAATGAGAGTGTCAGCGCTTTATTCCCTCAAATGGTGGA
GACAATTCATAGATGGGCTCAGTATTGGCGTTAAAGATGGAGGTTTCAATTGAAATAAATGTTGTTACCGTTGAAGATTTTATTGTGATTGATAATGTTACGATGATAATTCCAACACTTAGGAGGTCTGCATTGTTTGTTCCTCCTGCTGTAATCTGAGTGAAACATAAGCGTTGGAGTACTGTTGATCAACATATTAT
TTAATTAACTTTATGTTATTTGGGTTCTCATAAATCTACATGTCTAAAACTGAAAATTTAGGAAACTGTTGGACAATGTTTTTATCAGTGTGCTTGGAACTGGAATTTCAGAGAAACACTTAGGAGGTCTGCATTGTT


>TRINITY_DN44017_c1_g1_i9 from sample A9 / Example unspliced isoform:
CTCTGAGGGACAAGCCAAAGCGGACCTGGGAAGTTTCAGTTGAGCACAATCTAACACGTAACACAGACGCTGATTTTCTCCAAGGTTCCGTGTTAGATTACACCAAGGACGATTTCAACTCAATTCGCGGTAAAGCTGATCAAATATACGACTGCAATTGATGAAGAACTTTTGACGTGAATTCCAGTAGTAGCTTCAAT
GGGTGGGAATGAATTTAGGTACATCTTGTCACGTGACATCAATTCACCAGTGGCTTATCAAGTGGATAAGCTAGAAGGCAAGCTATTTACAAAGTCTTTCTCAGAGGGGGAAAATTGTATAGAGAATCTCACACCCGAGCTTTATGTTGAGTGTGCTTTATATCTTGGTGGTGATCCATTTGGACTTCCTACAAGAACAA
GGTTGGAACCTACAGGGGAGCCAAAATGCTGGAAAGAGTTTAGTAAACTGAGTGCAAAATACAGGGATTTGACTGCGGATGCACAGCTTGCTTTCACAGTTTGGGATGTTTCTTCTCTCAAGAAGGATGAGATCATTGGTGGTGCGACCTTCCGTCTTTTCAACAGCAAAAAACAACTTAAATCAGGACAGCAGAAGCTT
AGGCTTTGGCCTGGGATAAAAGCAGATGGGTCGGTGCCTACTACTACACCTGGAAAGGTACCTAAGTCAGAGCGTGGAAAAATTGAGCACTTGGAGAAGCTAGTCAACAAGTATGAACGTGGACAGATTCCATGTATTAATTGGCTTGATGAGCTTGCATTCAGAGCCATCGGAAAAATCAAAGAGAGAGAAAGTAGATG
CAGTGGGACATCTCAATTATATCTTATTGTTCAACTAATTCCTTTCGAGCACCAAGTTTCTTTCCAGGATCGAGGAGCAAATTATCTATCGCCATCTCCAATTTCTTCGACTAATGAGCTAGTAACTGTATGGGATCCAGAAGTGGGACGACCTAACCCCTCAGAAACTAAGCAAGTGAAACTAGCTAGGAGTTTGACAA
GGGGCGTAATTGACCGAGATTTGAAACCTACTTCTATTGAAAGAAAGGAATTGTTGAAGATATTGAAGTACCCTCCAACACGCACATTGAGAGGAGATGAAAGGCAACTTCTCTGGAAGTTTCGGTTTTCTTTGGTTTCTGAGAAAAAGGCTTTGACAAAGTTTCTTCGTTGCGTTGAATGGAGTGATGCCCAGGAAGCG
AGGCAGGCAGTGGATTTGATGCGGAAGTGGGCACCTATCGACACTGCAGATGCATTGGAGCTCTTGTCTCCTGTATTCAAAAACGAAGATGTGCGTGCATATGCAGTAAATGTCCTCGAACGAGCAGAGGATGAAGAGCTGCAGTGCTACTTGCTTCAACTTGTGCAGGCCCTCCGATTTGAGCATTATGAGAAATCACA
GCTTGCCCTTTTTCTTGTTCAGCGTTCTGTTTATAATATTGATTTGGCTAGCTTCCTTCGTTGGTATGTCATGGTGGAGATCCCTGATCCTACATATGCGCAAAGGTTCTTATCTACCTATGAAATTTTGGAAGACTATATTGTAAAGgccaaagccagtcctagtacatgagatgagcattgatgcagagcacagatca
tcagtggcagagtatttttcaaggctagccagagcatccagagcttcacctcagtaccctttgtcatgactgagccccacatgaaccctttgagatgatctggttgggtcatggttcacttgtcagagtagaaagcagacaactgatacacttcccttgcccctatgcagtcagagttgatcatcaggactatattcaaa
gacagTATAAGCCTGAGGGGAGAGAGGATGAGAATGGAGTTAAGATGTGGCAGAGTTTAGTGCGTCAGACGGAATTAATTGCTCAGTTGTGCACAATCATGAAAGATGTTAACACCGTCCGTGGGACTCAAAAGAAAATTGACAAGTTGCGGCAATTACTTGCAGGTCTTTTGAGTGAGCTCACCTATTTTGAGGAGCCA
ATACCTTTGCCTTTGGACCCTAAAGTCCTAATCACTGGGATAATACCAGAAGAATCAACCCTTTTCAAGAGTGCTTTACATCCTCTACGATTGACTTTCAGAAATGCAGATGGTGGAAAAAGCATGGTGATGTTCAAAAAGGGTGATGACATCAGACAAGATCAATTGGTTATTCAAATGGTGTCATTGATGGATCGACT
GTTAAAGCTGGAAAATCTTGACCTACAGTTAACTCCATATAAAGTATTGGCAACAGGCCATGAAGAAGGAATGCTAGAGTTCATACCATCAAGTTCTTTAGCTCAAATTCTTTCAGACCATCGGAGTCTTGTAAACTATCTGCAGCAATATCATCCCGATGAAAATGGACCATTTGGCATTACGGCAACATGTCTGGAAA
CATTTATAAAAAGCTGTGCTGGCTACTGTGTTATTACCTACATCCTCGGTGTTGGTGACAGGCATCTTGACAATCTCCTTTTGAGGGACGATGGAAGACTTTTCCATGTTGACTTTGGCTACATTCTCGGTAAAGATCCTAAACCATTTCCACCACCAATGAAACTGTGCAAGGAAATGGTAGAAGCAATGGGTGGAGCA
GAAAGCCAATACTATGGGAGATTCAAATCTTATTGCTGTGAGGCCTACAATATCCTGAGGAAATCCAGTAACCTTATCCTGAATTTGTTCCACTTAATGGCTGGGGCAAGCATTCCTGCTATTGCTTCCGATCCGGAGAAAGGGATTCTTAAGCTTCAAGAAAAATTCCGTTTGGATTTGGATGACGAGGAGGCAATACA
ATTCTTCCAGACCCTTATTAATGAGAGTGTCAGCGCTTTATTCCCTCAAATGGTGGAGACAATTCATAGATGGGCTCAGTATTGGCGTTAAAGATGGAGGTTTCAATTGAAATAAATGTTGTTACCGTTGAAGATTTTATTGTGATTGATAATGTTACGATGATAATTCCAACACTTAGGAGGTCTGCATTGTTTGTTCC
TCCTGCTGTAATCTGAGTGAAACATAAGCGTTGGAGTACTGTTGATCAACATATTATTTAATTAACTTTATGTTATTTGGGTTCTCATAAATCTACATGTCTAAAACTGAAAATTTAGGAAACTGTTGGACAATGTTTTTATCAGTGTGCTTGGAACTGGAATTTCAGAGAAACACTTAGGAGGTCTGCATTGTT



Intron 2 GTAAAGATCC ... GAGCAGAAAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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A1065.33396879



>TRINITY_DN44482_c0_g1_i8 from sample A6 / Example spliced isoform
TGACATCAGACAAGATCAATTGGGACGCACCTGGGGAAATTGAAGGATAAGTTGAATCATGGAAATGGATTGTTATTTTGTGGATATGTGAATATCATCAACAGTCACCGGGCATCTCTTGAATCCAGGTTATTCAAATGGTGTCATTGATGGATCGACTGTTAAAGCTGGAAAATCTTGACCTACAGTTAACTCCATAT
AAAGTATTGGCAACAGGCCATGAAGAAGGAATGCTAGAGTTCATACCATCAAGTTCTTTAGCTCAAATTCTTTCAGACCATCGGAGTCTTGTAAACTATCTGCAGCAATATCATCCCGATGAAAATGGACCATTTGGCATTACGGCAACATGTCTGGAAACATTTATAAAAAGCTGTGCTGGCTACTGTGTTATTACCTA
CATCCTCGGTGTTGGTGACAGGCATCTTGACAATCTCCTTTTGAGGGACGATGGAAGACTTTTCCATGTTGACTTTGGCTACATTCTCGCCAATACTATGGGAGATTCAAATCTTATTGCTGTGAGGCCTACAATATCCTGAGGAAATCCAGTAACCTTATCCTGAATTTGTTCCACTTAATGGCTGGGGCAAGCATTCC
TGCTATTGCTTCCGATCCGGAGAAAGGGATTCTTAAGCTTCAAGAAAAATTCCGTTTGGATTTGGATGACGAGGAGGCAATACAATTCTTCCAGACCCTTATTAATGAGAGTGTCAGCGCTTTATTCCCTCAAATG


>TRINITY_DN44482_c0_g1_i13 from sample A6 / Example unspliced isoform:
TCCGAATATCGAGGAGAACAATTCACGAGAAGAAACTGCACAGAAATTCGGCCAATATCGTCTTCGTATCATAAGTTGAGATGAATTTGAATAGGTCCGGAATTGCGGTTTCTAATCGAGGCCCAACGAATTGATTCTTTGCAGCCAAGGACGATTTCAACTCAATTCGCGGTAAAGCTGATCAAATATACGACTGCAAT
TGATGAAGAACTTTTGACGTGAATTCCAGTAGTAGCTTCAATGGGTGGGAATGAATTTAGGTACATCTTGTCACGTGACATCAATTCACCAGTGGCTTATCAAGTGGATAAGCTAGAAGGCAAGCTATTTACAAAGTCTTTCTCAGAGGGGGAAAATTGTATAGAGAATCTCACACCCGAGCTTTATGTTGAGTGTGCTT
TATATCTTGGTGGTGATCCATTTGGACTTCCTACAAGAACAAGGTTGGAACCTACAGGGGAGCCAAAATGCTGGAAAGAGTTTAGTAAACTGAGTGCAAAATACAGGGATTTGACTGCGGATGCACAGCTTGCTTTCACAGTTTGGGATGTTTCTTCTCTCAAGAAGGATGAGATCATTGGTGGTGCGACCTTCCGTCTT
TTCAACAGCAAAAAACAACTTAAATCAGGACAGCAGAAGCTTAGGCTTTGGCCTGGGATAAAAGCAGATGGGTCGGTGCCTACTACTACACCTGGAAAGGTACCCAAGTCAGAGCGTGGAGAAATTGACCGCTTGGAGAAGCTAGTCAACAAGTATGAACGTGGACAGATTCCATGTATTAATTGGCTTGATGAGCTTGC
ATTCAGAGCCATCGGAAAAATCAAAGAGAGAGAAAGTAGATGCAGTGGGACATCTCAATTATATCTTATTGTTCAACTAATTCCTTTCGAGCACCAAGTTTCTTTCCAGGATCGAGGAGCAAATTATCTATCGCCATCTCCAATTTCTTCGACTAATGAGCTAGTAACTGTATGGGATCCAGAAGTGGGACGACCTAACC
CCTCAGAAACTAAGCAAGTGAAACTAGCTAGGAGTTTGACAAGGGGCGTAATTGACCGAGATTTGAAACCTACTTCTATTGAAAGAAAGGAATTGTTGAAGATATTGAAGTACCCTCCAACACGCACATTGAGAGGAGATGAAAGGCAACTTCTCTGGAAGTTTCGTTTTTCTTTGGTTTCTGAGAAAAAGGCTTTGACA
AAGTTTCTTCGTTGCGTTGAATGGAGTGATGCCCAGGAAGCGAGGCAGGCAGTGGATTTGATGCGGAAGTGGGCACCTATCGACACTGCAGATGCATTGGAGCTCTTGTCTCCTGTATTCAAAAACGAAGATGTGCGTGCATATGCAGTAAATGTCCTCGAACGAGCAGAGGATGAAGAGCTGCAGTGCTACTTGCTTCA
ACTTGTGCAGGCCCTCCGATTTGAGCATTATGAGAAATCACAGCTTGCCCTTTTTCTTGTTCAGCGTTCTGTTTATAATATTGATTTGGCTAGCTTCCTTCGTTGGTATGTCATGGTGGAGATCCCTGATCCTACATATGCGCAAAGGTTCTTATCTACCTATGAAATTTTGGAAGACTATATTGTAAAGTATAAGCCTG
AGGGGAGAGAGGATGAGAATGGAGTTAAGATGTGGCAGAGTTTAGTGCGTCAGACGGAATTAATTGCTCAGTTGTGCACAATCATGAAAGATGTTAACACCGTCCGTGGGACTCAAAAGAAAATTGACAAGTTGCGGCAATTACTTGCAGGTCTTTTGAGTGAGCTCACCTATTTTGAGGAGCCAATACCTTTGCCTTTG
GACCCTAAAGTCCTAATCACTGGGATAATACCAGAAGAATCAACCCTTTTCAAGAGTGCTTTACATCCTCTACGATTGACTTTCAGAAATGCAGATGGTGGAAAAAGCATGGTGATGTTCAAAAAGGGTGATGACATCAGACAAGATCAATTGGTTATTCAAATGGTGTCATTGATGGATCGACTGTTAAAGCTGGAAAA
TCTTGACCTACAGTTAACTCCATATAAAGTATTGGCAACAGGCCATGAAGAAGGAATGCTAGAGTTCATACCATCAAGTTCTTTAGCTCAAATTCTTTCAGACCATCGGAGTCTTGTAAACTATCTGCAGCAATATCAGCCCGATAAAAATGGACCATTTGGCATTACGGCAACATGTCTGGAAACATTTATAAAAAGCT
GTGCTGGCTACTGTGTTATTACCTACATCCTCGGTGTTGGTGACAGGCATCTTGACAATCTCCTTTTGAGGGACGATGGAAGACTTTTCCATGTTGACTTTGGCTACATTCTCGgtaaagatcctaaaccatttccaccaccaatgaaactgtgcaaggaaatggtagaagcaatgggtggagcagaaagCCAATACTAT
GGGAGATTCAAATCTTATTGCTGTGAGGCCTACAATATCCTGAGGAAATCCAGTAACCTTATCCTGAATTTGTTCCACTTAATGGCTGGGGCAAGCATTCCTGCTATTGCTTCCGATCCGGAGAAAGGGATTCTTAAGCTTCAAGAAAAATTCCGTTTGGATTTGGATGACGAGGAGGCAATACAATTCTTCCAGACCCT
TATTAATGACAGCGTCAGCGCTTTATTCCCTCAAATGTTGGAGCAAATGCATAGATGTGCTCAGTATTGGCGTTAAAGATAGAGGTTCTACGTATTGCATAGATGTAAATCCATATTTTTTCCATCAAAGCTTGCCTTGTTCAATTGAAATAACTGCTGTTATCGTTGAAGATTTTATCGCGATTGATAATGTTCTGATG
GTAATTCCAAAGACATAGGAGGCCTGCATTGTTTGTTCCTCCTGCT



Intron 3 GTAAGTCTTT ... TTCTTTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A156.242935.839
A258.4344551
A346.447.13645.8
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A561.271323.617.6
A659.55.679.3
A737.1125.811.619
A870.793410.6
A948.54221328.5
A1070.4482117.2



>TRINITY_DN131376_c0_g1_i17 from sample A1 / Example spliced isoform
CAGCGTTCCTTTGCACCTTTGGGACAATTGCTAGTTTTAAATTAAACCTAACTTTGCATGAAAACAGTATATGTTTCTTGGGCATTATACTACTACTTGCTCGTTGGAATCAATGAATTGGATTTTTATATACCTATTTACCTGCTATCGGTCGTGTACTTTTCATACTTACGAACTCTGAGGGACAAGCCAAAGCGGAC
CTGGGAAGTTTCAGTTGAGCACAATCTAACACGTAACACAGACGCTGATTTTCTCCAAGGTTCCGTGTTAGATTACACCAAGGACGATTTCAACTCAATTCGCGGTAAAGCTGATCAAATATACGACTGCAATTGATGAAGAACCTTTGACGTGAATTCCAGTAGTAGCTTCAATGGGTGGGAATGAATTTAGGTACATC
TTGTCACGTGACATCAATTCACCAGTGGCTTATCAAGTGGCTAAGCTAGAAGGCAAGCTATTTACAAAGTCTTTCTCAGAGGGGGAAAATTGTATAGAGAATCTCACACCCGAGCTTTATGTTGAGTGTGCTTTATATCTTGGTGGTGATCCATTTGGACTTCCTACAAGAACAAGGTTATAAACATAATGGAGCTTTGC
ATTCCTTTTATGACACTTCTAGATTTTTTCAGCAATTCTAGTTTTCAATTCTGTTGAGTATGTGTTACAGACACAGATTTTCTCTATTGTCCAAGAAAAAATTCGTGTAGAGGTAGAATGAGATATTAAATTTGTAATTTACCTTGTTAAATTAAGCTTCATGATTTGCATTTTTTACAATTAGTGTGAATGCCAATATT
CTTGATTTTCTAAAGAAGTTTCATTTCACTTTCACAGGTTGGAACCTACAGGGGAGCCAAAATGCTGGAAAGAGTTTAGTAAACTGAGTGCAAAATACAGGGATTTGACTGCGGATGCACAGCTTGCTTTCACAGTAAGTTTGAGTAGGCTTTGTATTATTGCACTGTATATGAGTGTAAACCAGAATCCAGGGATAAGT
GAGAGCAAAGAAAATACTCATGTATATTTCACCGCTGCCATTAATTTGAAATTTTCTCAACATCGAATTTTGCCTTTGATTAAAGCAATTCTTGATGCTAGAGGAAATTCCTAGATGGTGGATACTTAAGTTGTAGAACTTCAGAGTTCATTGTGCACAAATATACTAATGGCCACCAAATACAATCTACAGAGAATTGC
AATTCACTACGGCAATCGAACAGTTCCGACAATTTACTGACCAGATTTCAAAGATGACATTGGCAGATGATGGAAATATATGTGGGATGCATTTATTTTGGTCCTTGCCATGGCAACATGCTAATTAATTATCATAGTAGTAGAGCAATGATGCACAAATAAAGATTGACAACCTTTGTCAGTGCCCCATGATTGATAAA
GCTAACATTCAAAGACAAAGAGGTGCTTGATTTAACATGTCTGTGTAATTAATTTCAATGGATGTTTTCATGGGGCATTGGGTTGAGGTTGTCAAAGACAAAGGGATTAAAAGCAATAAAGTGTGGTCAATGATTTGCCCAAGATTTCTCTGGATCTAAGGAATTGAACATGTTGACTTGCATGTTACTATATCAATGCA
CTTATCCCTTCGCATGCTTTAAATCTTACCATCATGCTTTACCCTGATTCCTATCATCTCAGCCTTCTCTACCAGATTGGTGGTGGCCTAAAAATAGAGAATAGCGCAAACCCACAAAAGTCAGACTCACATCTGTTGAAATAGAGAATGATACCCCTAAAGAAGGCTAGAAAGTTTGTCCCCAAAATTTACCATGAGGT
ACATGTCTAATCCTCAATTTGATGAATACAAGGCTTCTTGTTCCAAATTGTCTCAGCACACTTTGCTCAACTATTTCATAGGTAGGGTGC


>TRINITY_DN131376_c0_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:
CAGCGTTCCTTTGCACCTTTGGGACAATTGCTAGTTTTAAATTAAACCTAACTTTGCATGAAAACAGTATATGTTTCTTGGGCATTATACTACTACTTGCTCGTTGGAATCAATGAATTGGATTTTTATATACCTATTTACCTGCTATCGGTCGTGTACTTTTCATACTTACGAACTCTGAGGGACAAGCCAAAGCGGAC
CTGGGAAGTTTCAGTTGAGCACAATCTAACACGTAACACAGACGCTGATTTTCTCCAAGGTTCCGTGTTAGATTACAgtaagtcttttcttcgtaaccctagctaccggagatatccacttgtaactataaatgcagaagaatgtgctctgtaaactttaaatctccgaatatcgaggagaacaattcacgagaagaaac
tgcacagaaattcggccaatatcgtcttcgtatcataagttgagatgaatttgaataggtccggaattgcggtttctaatcgaggcccaacgaattgattctttgcagCCAAGGACGATTTCAACTCAATTCGCGGTAAAGCTGATCAAATATACGACTGCAATTGATGAAGAACCTTTGACGTGAATTCCAGTAGTAGC
TTCAATGGGTGGGAATGAATTTAGGTACATCTTGTCACGTGACATCAATTCACCAGTGGCTTATCAAGTGGCTAAGCTAGAAGGCAAGCTATTTACAAAGTCTTTCTCAGAGGGGGAAAATTGTATAGAGAATCTCACACCCGAGCTTTATGTTGAGTGTGCTTTATATCTTGGTGGTGATCCATTTGGACTTCCTACAA
GAACAAGGTTGGAACCTACAGGGGAGCCAAAATGCTGGAAAGAGTTTAGTAAACTGAGTGCAAAATACAGGGATTTGACTGCGGATGCACAGCTTGCTTTCACAGTTTGGGATGTTTCTTCTCTCAAGAAGGATGAGATCATTGGTGGTGCGACCTTCCGTCTTTTCAACAGCAAAAAACAACTTAAATCAGGACAGCAG
AAGCTTAGGCTTTGGCCTGGGATAAAAGCAGATGGGTCGGTGCCTACTACTACACCTGGAAAGGTACCTAAGTCAGAGCGTGGAAAAATTGAGCACTTGGAGAAGCTAGTCAACAAGTATGAACGTGGACAGATTCCATGTATTAATTGGCTTGATGAGCTTGCATTCAGAGCCATCGGAAAAATCAAAGAGAGAGAAAG
TAGATGCAGTGGGACATCTCAATTATATCTTATTGTTCAACTAATTCCTTTCGAGCACCAAGTTTCTTTCCAGGATCGAGGAGCAAATTATCTATCGCCATCTCCAATTTCTTCGACTAATGAGCTAGTAACTGTATGGGATCCAGAAGTGGGACGACCTAACCCCTCAGAAACTAAGCAAGTGAAACTAGCTAGGAGTT
TGACAAGGGGCGTAATTGACCGAGATTTGAAACCTACTTCTATTGAAAGAAAGGAATTGTTGAAGATATTGAAGTACCCTCCAACACGCACATTGAGAGGAGATGAAAGGCAACTTCTCTGGAAGTTTCGGTTTTCTTTGGTTTCTGAGAAAAAGGCTTTGACAAAGTTTCTTCGTTGCGTTGAATGGAGTGATGCCCAG
TAAACTATTGGTAGGAAGCGAGGCAGGCAGTGGATTTGATGCGGAAGTGGGCACCTATCGACACTGCAGATGCATTGGAGCTCTTGTCTCCTGTATTCAAAAACGAAGATGTGCGTGCATATGCAGTAAATGTCCTCGAACGAGCAGAGGATGAAGAGCTGCAGTGCTACTTGCTTCAACTTGTGCAGGCCCTCCGATTT
GAGCATTATGAGAAATCACAGCTTGCCCTTTTTCTTGTTCAGCGTTCTGTTTATAATATTGATTTGGCTAGCTTCCTTCGTTGGTATGTCATGGTGGAGATCCCTGATCCTACATATGCGCAAAGGTTCTTATCTACCTATGAAATTTTGGAAGACTATATTGTAAAGTATAAGCCTGAGGGGAGAGAGGATGAGAATGG
AGTTAAGATGTGGCAGAGTTTAGTGCGTCAGACGGAATTAATTGCTCAGTTGTGCACAATCATGAAAGATGTTAACACCGTCCGTGGGACTCAAAAGAAAATTGACAAGTTGCGGCAATTACTTGCAGGTCTTTTGAGTGAGCTCACCTATTTTGAGGAGCCAATACCTTTGCCTTTGGACCCTAAAGTCCTAATCACTG
GGATAATACCAGAAGAATCAACCCTTTTCAAGAGTGCTTTACATCCTCTACGATTGACTTTCAGAAATGCAGATGGTGGAAAAAGCATGGTGATGTTCAAAAAGGGTGATGACATCAGACAAGATCAATTGGTTATTCAAATGGTGTCATTGATGGATCGACTGTTAAAGCTGGAAAATCTTGACCTACAGTTAACTCCA
TATAAAGTATTGGCAACAGGCCATGAAGAAGGAATGCTAGAGTTCATACCATCAAGTTCTTTAGCTCAAATTCTTTCAGACCATCGGAGTCTTGTAAACTATCTGCAGCAATATCATCCCGATGAAAATGGACCATTTGGCATTACGGCAACATGTCTGGAAACATTTATAAAAAGCTGTGCTGGCTACTGTGTTATTAC
CTACATCCTCGGTGTTGGTGACAGGCATCTTGACAATCTCCTTTTGAGGGACGATGGAAGACTTTTCCATGTTGACTTTGGCTACATTCTCGGTAAAGATCCTAAACCATTTCCACCACCAATGAAACTGTGCAAGGAAATGGTAGAAGCAATGGGTGGAGCAGAAAGCCAATACTATGGGAGATTCAAATCTTATTGCT
GTGAGGCCTACAATATCCTGAGGAAATCCAGTAACCTTATCCTGAATTTGTTCCACTTAATGGCTGGGGCAAGCATTCCTGCTATTGCTTCCGATCCGGAGAAAGGGATTCTTAAGCTTCAAGAAAAATTCCGTTTGGATTTGGATGACGAGGAGGCAATACAATTCTTCCAGACCCTTATTAATGAGAGTGTCAGCGCT
TTATTCCCTCAAATGGTGGAGACAATTCATAGATGGGCTCAGTATTGGCGTTAAAGATGGAGGTTTCAATTGAAATAAATGTTGTTACCGTTGAAGATTTTATTGTGATTGATAATGTTACGATGATAATTCCAAGACTTAGGAGGTCTGCATTGTTTGTTCCTCCTGCTGTAATCTGAGTGAAACATAAGCGTTGGAGT
ACTGTTGATCAACATATTATTTAATTAACTTTATGTTATTTGGGTTCTCATAAATCTACATGTCTAAAACTGAAAATTTAGGAAACTGTTGGACAATGTTTTTATCAGTGTGCTTGGAACTGGAATTTCAGAGAAACACTTAGGAGGTCTGCATTGTTTG



Intron 4 GTTATTCAAA ... TGACCTACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A176.4782329
A280.3952120
A362.71111621
A476.3293127
A585.1921013
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A773.26256374
A856.73374354
A965.22366669
A1054.29242730



>TRINITY_DN47391_c0_g2_i3 from sample A10 / Example spliced isoform
ATGAATTGGATTTTTATATACCTATTTACCTGCTATCGGTCGTGTACTTTTCATACTTACGAACTCTGAGGGACAAGCCAAAGCGGACCTGGGAAGTTTCAGTTGAGCACAATCTAACACGTAACACAGACGCTGATTTTCTCCAAGGTTCCGTGTTAGATTACAGTAAGTCTTTTCTTCGTAACCCTAGCTACCGGAGA
TATCCACTTGTAACTATAAATGCAGAAGAATGTGCTCTGTAAACTTTAAATCTCCGAATATCGAGGAGAACAATTCACGAGAAGAAACTGCACAGAAATTCGGCCAATATCGTCTTCGTATCATAAGTTGAGATGAATTTGAATAGGTCCGGAATTGCGGTTTCTAATCGAGGCCCAACGAATTGATTCTTTGCAGCCAA
GGACGATTTCAACTCAATTCGCGGTAAAGCTGATCAAATATACGACTGCAATTGATGAAGAACTTTTGACGTGAATTCCAGTAGTAGCTTCAATGGGTGGGAATGAATTTAGGTACATCTTGTCACGTGACATCAATTCACCAGTGGCTTATCAAGTGGATAAGCTAGAAGGCAAGCTATTTACAAAGTCTTTCTCAGAG
GGGGAAAATTGTATAGAGAATCTCACACCCGAGCTTTATGTTGAGTGTGCTTTATATCTTGGTGGTGATCCATTTGGACTTCCTACAAGAACAAGGTTGGAACCTACAGGGGAGCCAAAATGCTGGAAAGAGTTTAGTAAACTGAGTGCAAAATACAGGGATTTGACTGCGGATGCACAGCTTGCTTTCACAGTTTGGGA
TGTTTCTTCTCTCAAGAAGGATGAGATCATTGGTGGTGCGACCTTCCGTCTTTTCAACAGCAAAAAACAACTTAAATCAGGACAGCAGAAGCTTAGGCTTTGGCCTGGGATAAAAGCAGATGGGTCGGTGCCTACTACTACACCTGGAAAGGTACCTAAGTCAGAGCGTGGAAAAATTGAGCACTTGGAGAAGCTAGTCA
ACAAGTATGAACGTGGACAGATTCCATGTATTAATTGGCTTGATGAGCTTGCATTCAGAGCCATCGGAAAAATCAAAGAGAGAGAAAGTAGATGCAGTGGGACATCTCAATTATATCTTATTGTTCAACTAATTCCTTTCGAGCACCAAGTTTCTTTCCAGGATCGAGGAGCAAATTATCTATCGCCATCTCCAATTTCT
TCGACTAATGAGCTAGTAACTGTATGGGATCCAGAAGTGGGACGACCTAACCCCTCAGAAACTAAGCAAGTGAAACTAGCTAGGAGTTTGACAAGGGGCGTAATTGACCGAGATTTGAAACCTACTTCTATTGAAAGAAAGGAATTGTTGAAGATATTGAAGTACCCTCCAACACGCACATTGAGAGGAGATGAAAGGCA
ACTTCTCTGGAAGTTTCGTTTTTCTTTGGTTTCTGAGAAAAAGGCTTTGACAAAGTTTCTTCGTTGCGTTGAATGGAGTGATGCCCAGGAAGCGAGGCAGGCAGTGGATTTGATGCGGAAGTGGGCACCTATCGACACTGCAGATGCATTGGAGCTCTTGTCTCCTGTATTCAAAAACGAAGATGTGCGTGCATATGCAG
TAAATGTCCTCGAACGAGCAGAGGATGAAGAGCTGCAGTGCTACTTGCTTCAACTTGTGCAGGCCCTCCGATTTGAGCATTATGAGAAATCACAGCTTGCCCTTTTTCTTGTTCAGCGTTCTGTTTATAATATTGATTTGGCTAGCTTCCTTCGTTGGTATGTCATGGTGGAGATCCCTGATCCTACATATGCGCAAAGG
TTCTTATCTACCTATGAAATTTTGGAAGACTATATTGTAAAGTATAAGCCTGAGGGGAGAGAGGATGAGAATGGAGTTAAGATGTGGCAGAGTTTAGTGCGTCAGACGGAATTAATTGCTCAGTTGTGCACAATCATGAAAGATGTTAACACCGTCCGTGGGACTCAAAAGAAAATTGACAAGTTGCGGCAATTACTTGC
AGGTCTTTTGAGTGAGCTCACCTATTTTGAGGAGCCAATACCTTTGCCTTTGGACCCTAAAGTCCTAATCACTGGGATAATACCAGAAGAATCAACCCTTTTCAAGAGTGCTTTACATCCTCTACGATTGACTTTCAGAAATGCAGATGGTGGAAAAAGCATGGTGATGTTCAAAAAGGGTGATGACATCAGACAAGATC
AATTGTTAACTCCATATAAAGTATTGGCAACAGGCCATGAAGAAGGAATGCTAGAGTTCATACCATCAAGTTCTTTAGCTCAAATTCTTTCAGACCATCGGAGTCTTGTAAACTATCTGCAGCAATATCATCCCGATGAAAATGGACCATTTGGCATTACGGCAACATGTCTGGAAACATTTATAAAAAGCTGTGCTGGC
TACTGTGTTATTACCTACATCCTCGGTGTTGGTGACAGGCATCTTGACAATCTCCTTTTGAGGGACGATGGAAGACTTTTCCATGTTGACTTTGGCTACATTCTCGGTAAAGATCCTAAACCATTTCCACCACCAATGAAACTGTGCAAGGAAATGGTAGAAGCAATGGGTGGAGCAGAAAGCCAATACTATGGGAGATT
CAAATCTTATTGCTGTGAGGCCTACAATATCCTGAGGAAATCCAGTAACCTTATCCTGAATTTGTTCCACTTAATGGCTGGGGCAAGCATTCCTGCTATTGCTTCCGATCCGGAGAAAGGGATTCTTAAGCTTCAAGAAAAATTCCGTTTGGATTTGGATGACGAGGAGGCAATACAATTCTTCCAGACCCTTATTAATG
AGAGTGTCAGCGCTTTATTCCCTCAAATGGTGGAGACAATTCATAGATGGGCTCAGTATTGGCGTTAAAGATGGAGGTTTCAATTGAAATAAATGTTGTTACCGTTGAAGATTTTATTGTGATTGATAATGTTACGATGATAATTCCAAGACTTAGGAGGTCTGCATTGTTTGTTCCTCCTGCTGTAATCTGAGTGAAAC
ATAAGCGTTGGAGTACTGTTGATCAACATATTATTTAATTAACTTTATGTTATTTGGGTTCTCATAAATCTACATGTCTAAAACTGAAAATTTAGGAAACTGTTGGACAATGTTTTTATCAGTGTGCTTGGAACTGGAATTTCAGAGAAACACTTAGGAGGTCTGCATTGTTTG


>TRINITY_DN47391_c0_g2_i12 from sample A10 / Example unspliced isoform:
ATGAATTGGATTTTTATATACCTATTTACCTGCTATCGGTCGTGTACTTTTCATACTTACGAACTCTGAGGGACAAGCCAAAGCGGACCTGGGAAGTTTCAGTTGAGCACAATCTAACACGTAACACAGACGCTGATTTTCTCCAAGGTTCCGTGTTAGATTACAATGAAGAACTTTTGACGTGAATTCCAGTAGTAGCT
TCAATGGGTGGGAATGAATTTAGGTACATCTTGTCACGTGACATCAATTCACCAGTGGCTTATCAAGTGGATAAGCTAGAAGGCAAGCTATTTACAAAGTCTTTCTCAGAGGGGGAAAATTGTATAGAGAATCTCACACCCGAGCTTTATGTTGAGTGTGCTTTATATCTTGGTGGTGATCCATTTGGACTTCCTACAAG
AACAAGGTTGGAACCTACAGGGGAGCCAAAATGCTGGAAAGAGTTTAGTAAACTGAGTGCAAAATACAGGGATTTGACTGCGGATGCACAGCTTGCTTTCACAGTTTGGGATGTTTCTTCTCTCAAGAAGGATGAGATCATTGGTGGTGCGACCTTCCGTCTTTTCAACAGCAAAAAACAACTTAAATCAGGACAGCAGA
AGCTTAGGCTTTGGCCTGGGATAAAAGCAGATGGGTCGGTGCCTACTACTACACCTGGAAAGGTACCTAAGTCAGAGCGTGGAAAAATTGAGCACTTGGAGAAGCTAGTCAACAAGTATGAACGTGGACAGATTCCATGTATTAATTGGCTTGATGAGCTTGCATTCAGAGCCATCGGAAAAATCAAAGAGAGAGAAAGT
AGATGCAGTGGGACATCTCAATTATATCTTATTGTTCAACTAATTCCTTTCGAGCACCAAGTTTCTTTCCAGGATCGAGGAGCAAATTATCTATCGCCATCTCCAATTTCTTCGACTAATGAGCTAGTAACTGTATGGGATCCAGAAGTGGGACGACCTAACCCCTCAGAAACTAAGCAAGTGAAACTAGCTAGGAGTTT
GACAAGGGGCGTAATTGACCGAGATTTGAAACCTACTTCTATTGAAAGAAAGGAATTGTTGAAGATATTGAAGTACCCTCCAACACGCACATTGAGAGGAGATGAAAGGCAACTTCTCTGGAAGTTTCGTTTTTCTTTGGTTTCTGAGAAAAAGGCTTTGACAAAGTTTCTTCGTTGCGTTGAATGGAGTGATGCCCAGG
AAGCGAGGCAGGCAGTGGATTTGATGCGGAAGTGGGCACCTATCGACACTGCAGATGCATTGGAGCTCTTGTCTCCTGTATTCAAAAACGAAGATGTGCGTGCATATGCAGTAAATGTCCTCGAACGAGCAGAGGATGAAGAGCTGCAGTGCTACTTGCTTCAACTTGTGCAGGCCCTCCGATTTGAGCATTATGAGAAA
TCACAGCTTGCCCTTTTTCTTGTTCAGCGTTCTGTTTATAATATTGATTTGGCTAGCTTCCTTCGTTGGTATGTCATGGTGGAGATCCCTGATCCTACATATGCGCAAAGGTTCTTATCTACCTATGAAATTTTGGAAGACTATATTGTAAAGTATAAGCCTGAGGGGAGAGAGGATGAGAATGGAGTTAAGATGTGGCA
GAGTTTAGTGCGTCAGACGGAATTAATTGCTCAGTTGTGCACAATCATGAAAGATGTTAACACCGTCCGTGGGACTCAAAAGAAAATTGACAAGTTGCGGCAATTACTTGCAGGTCTTTTGAGTGAGCTCACCTATTTTGAGGAGCCAATACCTTTGCCTTTGGACCCTAAAGTCCTAATCACTGGGATAATACCAGAAG
AATCAACCCTTTTCAAGAGTGCTTTACATCCTCTACGATTGACTTTCAGAAATGCAGATGGTGGAAAAAGCATGGTGATGTTCAAAAAGGGTGATGACATCAGACAAGATCAATTGgttattcaaatggtgtcattgatggatcgactgttaaagctggaaaatcttgacctacagTTAACTCCATATAAAGTATTGGCA
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TGGTGACAGGCATCTTGACAATCTCCTTTTGAGGGACGATGGAAGACTTTTCCATGTTGACTTTGGCTACATTCTCGGTAAAGATCCTAAACCATTTCCACCACCAATGAAACTGTGCAAGGAAATGGTAGAAGCAATGGGTGGAGCAGAAAGCCAATACTATGGGAGATTCAAATCTTATTGCTGTGAGGCCTACAATA
TCCTGAGGAAATCCAGTAACCTTATCCTGAATTTGTTCCACTTAATGGCTGGGGCAAGCATTCCTGCTATTGCTTCCGATCCGGAGAAAGGGATTCTTAAGCTTCAAGAAAAATTCCGTTTGGATTTGGATGACGAGGAGGCAATACAATTCTTCCAGACCCTTATTAATGAGAGTGTCAGCGCTTTATTCCCTCAAATG
GTGGAGACAATTCATAGATGGGCTCAGTATTGGCGTTAAAGATGGAGGTTTCAATTGAAATAAATGTTGTTACCGTTGAAGATTTTATTGTGATTGATAATGTTACGATGATAATTCCAAGACTTAGGAGGTCTGCATTGTTTGTTCCTCCTGCTGTAATCTGAGTGAAACATAAGCGTTGGAGTACTGTTGATCAACAT
ATTATTTAATTAACTTTATGTTATTTGGGTTCTCATAAATCTACATGTCTAAAACTGAAAATTTAGGAAACTGTTGGACAATGTTTTTATCAGTGTGCTTGGAACTGGAATTTCAGAGAAACACTTAGGAGGTCTGCATTGTTTG



Intron 5 GTTATAAACA ... ACTTTCACAG

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>TRINITY_DN131376_c0_g1_i5 from sample A1 / Example spliced isoform
CAGCGTTCCTTTGCACCTTTGGGACAATTGCTAGTTTTAAATTAAACCTAACTTTGCATGAAAACAGTATATGTTTCTTGGGCATTATACTACTACTTGCTCGTTGGAATCAATGAATTGGATTTTTATATACCTATTTACCTGCTATCGGTCGTGTACTTTTCATACTTACGAACTCTGAGGGACAAGCCAAAGCGGAC
CTGGGAAGTTTCAGTTGAGCACAATCTAACACGTAACACAGACGCTGATTTTCTCCAAGGTTCCGTGTTAGATTACAGTAAGTCTTTTCTTCGTAACCCTAGCTACCGGAGATATCCACTTGTAACTATAAATGCAGAAGAATGTGCTCTGTAAACTTTAAATCTCCGAATATCGAGGAGAACAATTCACGAGAAGAAAC
TGCACAGAAATTCGGCCAATATCGTCTTCGTATCATAAGTTGAGATGAATTTGAATAGGTCCGGAATTGCGGTTTCTAATCGAGGCCCAACGAATTGATTCTTTGCAGCCAAGGACGATTTCAACTCAATTCGCGGTAAAGCTGATCAAATATACGACTGCAATTGATGAAGAACCTTTGACGTGAATTCCAGTAGTAGC
TTCAATGGGTGGGAATGAATTTAGGTACATCTTGTCACGTGACATCAATTCACCAGTGGCTTATCAAGTGGCTAAGCTAGAAGGCAAGCTATTTACAAAGTCTTTCTCAGAGGGGGAAAATTGTATAGAGAATCTCACACCCGAGCTTTATGTTGAGTGTGCTTTATATCTTGGTGGTGATCCATTTGGACTTCCTACAA
GAACAAGGTTGGAACCTACAGGGGAGCCAAAATGCTGGAAAGAGTTTAGTAAACTGAGTGCAAAATACAGGGATTTGACTGCGGATGCACAGCTTGCTTTCACAGTTTGGGATGTTTCTTCTCTCAAGAAGGATGAGATCATTGGTGGTGCGACCTTCCGTCTTTTCAACAGCAAAAAACAACTTAAATCAGGACAGCAG
AAGCTTAGGCTTTGGCCTGGGATAAAAGCAGATGGGTCGGTGCCTACTACTACACCTGGAAAGGTACCTAAGTCAGAGCGTGGAAAAATTGAGCACTTGGAGAAGCTAGTCAACAAGTATGAACGTGGACAGATTCCATGTATTAATTGGCTTGATGAGCTTGCATTCAGAGCCATCGGAAAAATCAAAGAGAGAGAAAG
TAGATGCAGTGGGACATCTCAATTATATCTTATTGTTCAACTAATTCCTTTCGAGCACCAAGTTTCTTTCCAGGATCGAGGAGCAAATTATCTATCGCCATCTCCAATTTCTTCGACTAATGAGCTAGTAACTGTATGGGATCCAGAAGTGGGACGACCTAACCCCTCAGAAACTAAGCAAGTGAAACTAGCTAGGAGTT
TGACAAGGGGCGTAATTGACCGAGATTTGAAACCTACTTCTATTGAAAGAAAGGAATTGTTGAAGATATTGAAGTACCCTCCAACACGCACATTGAGAGGAGATGAAAGGCAACTTCTCTGGAAGTTTCGGTTTTCTTTGGTTTCTGAGAAAAAGGCTTTGACAAAGTTTCTTCGTTGCGTTGAATGGAGTGATGCCCAG
TAAACTATTGGTAGGAAGCGAGGCAGGCAGTGGATTTGATGCGGAAGTGGGCACCTATCGACACTGCAGATGCATTGGAGCTCTTGTCTCCTGTATTCAAAAACGAAGATGTGCGTGCATATGCAGTAAATGTCCTCGAACGAGCAGAGGATGAAGAGCTGCAGTGCTACTTGCTTCAACTTGTGCAGGCCCTCCGATTT
GAGCATTATGAGAAATCACAGCTTGCCCTTTTTCTTGTTCAGCGTTCTGTTTATAATATTGATTTGGCTAGCTTCCTTCGTTGGTATGTCATGGTGGAGATCCCTGATCCTACATATGCGCAAAGGTTCTTATCTACCTATGAAATTTTGGAAGACTATATTGTAAAGTATAAGCCTGAGGGGAGAGAGGATGAGAATGG
AGTTAAGATGTGGCAGAGTTTAGTGCGTCAGACGGAATTAATTGCTCAGTTGTGCACAATCATGAAAGATGTTAACACCGTCCGTGGGACTCAAAAGAAAATTGACAAGTTGCGGCAATTACTTGCAGGTCTTTTGAGTGAGCTCACCTATTTTGAGGAGCCAATACCTTTGCCTTTGGACCCTAAAGTCCTAATCACTG
GGATAATACCAGAAGAATCAACCCTTTTCAAGAGTGCTTTACATCCTCTACGATTGACTTTCAGAAATGCAGATGGTGGAAAAAGCATGGTGATGTTCAAAAAGGGTGATGACATCAGACAAGATCAATTGGTTATTCAAATGGTGTCATTGATGGATCGACTGTTAAAGCTGGAAAATCTTGACCTACAGTTAACTCCA
TATAAAGTATTGGCAACAGGCCATGAAGAAGGAATGCTAGAGTTCATACCATCAAGTTCTTTAGCTCAAATTCTTTCAGACCATCGGAGTCTTGTAAACTATCTGCAGCAATATCATCCCGATGAAAATGGACCATTTGGCATTACGGCAACATGTCTGGAAACATTTATAAAAAGCTGTGCTGGCTACTGTGTTATTAC
CTACATCCTCGGTGTTGGTGACAGGCATCTTGACAATCTCCTTTTGAGGGACGATGGAAGACTTTTCCATGTTGACTTTGGCTACATTCTCGGTAAAGATCCTAAACCATTTCCACCACCAATGAAACTGTGCAAGGAAATGGTAGAAGCAATGGGTGGAGCAGAAAGCCAATACTATGGGAGATTCAAATCTTATTGCT
GTGAGGCCTACAATATCCTGAGGAAATCCAGTAACCTTATCCTGAATTTGTTCCACTTAATGGCTGGGGCAAGCATTCCTGCTATTGCTTCCGATCCGGAGAAAGGGATTCTTAAGCTTCAAGAAAAATTCCGTTTGGATTTGGATGACGAGGAGGCAATACAATTCTTCCAGACCCTTATTAATGAGAGTGTCAGCGCT
TTATTCCCTCAAATGGTGGAGACAATTCATAGATGGGCTCAGTATTGGCGTTAAAGATGGAGGTTTCAATTGAAATAAATGTTGTTACCGTTGAAGATTTTATTGTGATTGATAATGTTACGATGATAATTCCAAGACTTAGGAGGTCTGCATTGTTTGTTCCTCCTGCTGTAATCTGAGTGAAACATAAGCGTTGGAGT
ACTGTTGATCAACATATTATTTAATTAACTTTATGTTATTTGGGTTCTCATAAATCTACATGTCTAAAACTGAAAATTTAGGAAACTGTTGGACAATGTTTTTATCAGTGTGCTTGGAACTGGAATTTCAGAGAAACACTTAGGAGGTCTGCATTGTTTG


>TRINITY_DN131376_c0_g1_i14 from sample A1 / Example unspliced isoform:
CAGCGTTCCTTTGCACCTTTGGGACAATTGCTAGTTTTAAATTAAACCTAACTTTGCATGAAAACAGTATATGTTTCTTGGGCATTATACTACTACTTGCTCGTTGGAATCAATGAATTGGATTTTTATATACCTATTTACCTGCTATCGGTCGTGTACTTTTCATACTTACGAACTCTGAGGGACAAGCCAAAGCGGAC
CTGGGAAGTTTCAGTTGAGCACAATCTAACACGTAACACAGACGCTGATTTTCTCCAAGGTTCCGTGTTAGATTACACCAAGGACGATTTCAACTCAATTCGCGGTAAAGCTGATCAAATATACGACTGCAATTGATGAAGAACCTTTGACGTGAATTCCAGTAGTAGCTTCAATGGGTGGGAATGAATTTAGGTACATC
TTGTCACGTGACATCAATTCACCAGTGGCTTATCAAGTGGCTAAGCTAGAAGGCAAGCTATTTACAAAGTCTTTCTCAGAGGGGGAAAATTGTATAGAGAATCTCACACCCGAGCTTTATGTTGAGTGTGCTTTATATCTTGGTGGTGATCCATTTGGACTTCCTACAAGAACAAGgttataaacataatggagctttgc
attccttttatgacacttctagattttttcagcaattctagttttcaattctgttgagtatgtgttacagacacagattttctctattgtccaagaaaaaattcgtgtagaggtagaatgagatattaaatttgtaatttaccttgttaaattaagcttcatgatttgcattttttacaattagtgtgaatgccaatatt
cttgattttctaaagaagtttcatttcactttcacagGTTGGAACCTACAGGGGAGCCAAAATGCTGGAAAGAGTTTAGTAAACTGAGTGCAAAATACAGGGATTTGACTGCGGATGCACAGCTTGCTTTCACAGTTTGGGATGTTTCTTCTCTCAAGAAGGATGAGATCATTGGTGGTGCGACCTTCCGTCTTTTCAAC
AGCAAAAAACAACTTAAATCAGGACAGCAGAAGCTTAGGCTTTGGCCTGGGATAAAAGCAGATGGGTCGGTGCCTACTACTACACCTGGAAAGGTACCTAAGTCAGAGCGTGGAAAAATTGAGCACTTGGAGAAGCTAGTCAACAAGTATGAACGTGGACAGATTCCATGTATTAATTGGCTTGATGAGCTTGCATTCAG
AGCCATCGGAAAAATCAAAGAGAGAGAAAGTAGATGCAGTGGGACATCTCAATTATATCTTATTGTTCAACTAATTCCTTTCGAGCACCAAGTTTCTTTCCAGGATCGAGGAGCAAATTATCTATCGCCATCTCCAATTTCTTCGACTAATGAGCTAGTAACTGTATGGGATCCAGAAGTGGGACGACCTAACCCCTCAG
AAACTAAGCAAGTGAAACTAGCTAGGAGTTTGACAAGGGGCGTAATTGACCGAGATTTGAAACCTACTTCTATTGAAAGAAAGGAATTGTTGAAGATATTGAAGTACCCTCCAACACGCACATTGAGAGGAGATGAAAGGCAACTTCTCTGGAAGTTTCGGTTTTCTTTGGTTTCTGAGAAAAAGGCTTTGACAAAGTTT
CTTCGTTGCGTTGAATGGAGTGATGCCCAGGAAGCGAGGCAGGCAGTGGATTTGATGCGGAAGTGGGCACCTATCGACACTGCAGATGCATTGGAGCTCTTGTCTCCTGTATTCAAAAACGAAGATGTGCGTGCATATGCAGTAAATGTCCTCGAACGAGCAGAGGATGAAGAGCTGCAGTGCTACTTGCTTCAACTTGT
GCAGGCCCTCCGATTTGAGCATTATGAGAAATCACAGCTTGCCCTTTTTCTTGTTCAGCGTTCTGTTTATAATATTGATTTGGCTAGCTTCCTTCGTTGGTATGTCATGGTGGAGATCCCTGATCCTACATATGCGCAAAGGTTCTTATCTACCTATGAAATTTTGGAAGACTATATTGTAAAGTATAAGCCTGAGGGGA
GAGAGGATGAGAATGGAGTTAAGATGTGGCAGAGTTTAGTGCGTCAGACGGAATTAATTGCTCAGTTGTGCACAATCATGAAAGATGTTAACACCGTCCGTGGGACTCAAAAGAAAATTGACAAGTTGCGGCAATTACTTGCAGGTCTTTTGAGTGAGCTCACCTATTTTGAGGAGCCAATACCTTTGCCTTTGGACCCT
AAAGTCCTAATCACTGGGATAATACCAGAAGAATCAACCCTTTTCAAGAGTGCTTTACATCCTCTACGATTGACTTTCAGAAATGCAGATGGTGGAAAAAGCATGGTGATGTTCAAAAAGGGTGATGACATCAGACAAGATCAATTGGTTATTCAAATGGTGTCATTGATGGATCGACTGTTAAAGCTGGAAAATCTTGA
CCTACAGTTAACTCCATATAAAGTATTGGCAACAGGCCATGAAGAAGGAATGCTAGAGTTCATACCATCAAGTTCTTTAGCTCAAATTCTTTCAGACCATCGGAGTCTTGTAAACTATCTGCAGCAATATCATCCCGATGAAAATGGACCATTTGGCATTACGGCAACATGTCTGGAAACATTTATAAAAAGCTGTGCTG
GCTACTGTGTTATTACCTACATCCTCGGTGTTGGTGACAGGCATCTTGACAATCTCCTTTTGAGGGACGATGGAAGACTTTTCCATGTTGACTTTGGCTACATTCTCGGTAAAGATCCTAAACCATTTCCACCACCAATGAAACTGTGCAAGGAAATGGTAGAAGCAATGGGTGGAGCAGAAAGCCAATACTATGGGAGA
TTCAAATCTTATTGCTGTGAGGCCTACAATATCCTGAGGAAATCCAGTAACCTTATCCTGAATTTGTTCCACTTAATGGCTGGGGCAAGCATTCCTGCTATTGCTTCCGATCCGGAGAAAGGGATTCTTAAGCTTCAAGAAAAATTCCGTTTGGATTTGGATGACGAGGAGGCAATACAATTCTTCCAGACCCTTATTAA
TGAGAGTGTCAGCGCTTTATTCCCTCAAATGGTGGAGACAATTCATAGATGGGCTCAGTATTGGCGTTAAAGATGGAGGTTTCAATTGAAATAAATGTTGTTACCGTTGAAGATTTTATTGTGATTGATAATGTTACGATGATAATTCCAAGACTTAGGAGGTCTGCATTGTTTGTTCCTCCTGCTGTAATCTGAGTGAA
ACATAAGCGTTGGAGTACTGTTGATCAACATATTATTTAATTAACTTTATGTTATTTGGGTTCTCATAAATCTACATGTCTAAAACTGAAAATTTAGGAAACTGTTGGACAATGTTTTTATCAGTGTGCTTGGAACTGGAATTTCAGAGAAACACTTAGGAGGTCTGCATTGTTTG



Intron 6 GTTATAAACA ... ACTTTCACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A134.1852276
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A816.1352100
A914.1485148
A107.597366



>TRINITY_DN108827_c0_g2_i16 from sample A4 / Example spliced isoform
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ACTTGTAACTATAAATGCAGAAGAATGTGCTCTGTAAACTTTAAATCTCCGAATATCGAGGAGAACAATTCACGAGAAGAAACTGCACAGAAATTCGGCCAATATCGTCTTCGTATCATAAGTTGAGATGAATTTGAATAGGTCCGGAATTGCGGTTTCTAATCGAGGCCCAACGAATTGATTCTTTGCAGCCAAGGACG
ATTTCAACTCAATTCGCGGTAAAGCTGATCAAATATACGACTGCAATTGATGAAGAACTTTTGACGTGAATTCCAGTAGTAGCTTCAATGGGTGGGAATGAATTTAGGTACATCTTGTCACGTGACATCAATTCACCAGTGGCTTATCAAGTGGCTAAGCTAGAAGGCAAGCTATTTACAAAGTCTTTCTCAGAGGGGGA
AAATTGTATAGAGAATCTCACACCCGAGCTTTATGTTGAGTGTGCTTTATATCTTGGTGGTGATCCATTTGGACTTCCTACAAGAACAAGGTTGGAACCTACAGGGGAGCCAAAATGCTGGAAAGAGTTTAGTAAACTGAGTGCAAAATACAGGGATTTGACTGCGGATGCACAGCTTGCTTTCACAGTTTGGGATGTTT
CTTCTCTCAAGAAGGATGAGATCATTGGTGGTGCGACCTTCCGTCTTTTCAACAGCAAAAAACAACTTAAATCAGGACAGCAGAAGCTTAGGCTTTGGCCTGGGATAAAAGCAGATGGGTCGGTGCCTACTACTACACCTGGAAAGGTACCTAAGTCAGAGCGTGGAAAAATTGAGCACTTGGAGAAGCTAGTCAACAAG
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TAATGAGCTAGTAACTGTATGGGATCCAGAAGTGGGACGACCTAACCCCTCAGAAACTAAGCAAGTGAAACTAGCTAGGAGTTTGACAAGGGGCGTAATTGACCGAGATTTGAAACCTACTTCTATTGAAAGAAAGGAATTGTTGAAGATATTGAAGTACCCTCCAACACGCACATTGAGAGGAGATGAAAGGCAACTTC
TCTGGAAGTTTCGGTTTTCTTTGGTTTCTGAGAAAAAGGCTTTGACAAAGTTTCTTCGTTGCGTTGAATGGAGTGATGCCCAGGAAGCGAGGCAGGCAGTGGATTTGATGCGGAAGTGGGCACCTATCGACACTGCAGATGCATTGGAGCTCTTGTCTCCTGTATTCAAAAACGAAGATGTGCGTGCATATGCAGTAAAT
GTCCTCGAACGAGCAGAGGATGAAGAGCTGCAGTGCTACTTGCTTCAACTTGTGCAGGCCCTCCGATTTGAGCATTATGAGAAATCACAGCTTGCCCTTTTTCTTGTTCAGCGTTCTGTTTATAATATTGATTTGGCTAGCTTCCTTCGTTGGTATGTCATGGTGGAGATCCCTGATCCTACATATGCGCAAAGGTTCTT
ATCTACCTATGAAATTTTGGAAGACTATATTGTAAAGTATAAGCCTGAGGGGAGAGAGGATGAGAATGGAGTTAAGATGTGGCAGAGTTTAGTGCGTCAGACGGAATTAATTGCTCAGTTGTGCACAATCATGAAAGATGTTAACACCGTCCGTGGGACTCAAAAGAAAATTGACAAGTTGCGGCAATTACTTGCAGGTC
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GTTATTCAAATGGTGTCATTGATGGATCGACTGTTAAAGCTGGAAAATCTTGACCTACAGTTAACTCCATATAAAGTATTGGCAACAGGCCATGAAGAAGGAATGCTAGAGTTCATACCATCAAGTTCTTTAGCTCAAATTCTTTCAGACCATCGGAGTCTTGTAAACTATCTGCAGCAATATCATCCCGATGAAAATGG
ACCATTTGGCATTACGGCAACATGTCTGGAAACATTTATAAAAAGCTGTGCTGGCTACTGTGTTATTACCTACATCCTCGGTGTTGGTGACAGGCATCTTGACAATCTCCTTTTGAGGGACGATGGAAGACTTTTCCATGTTGACTTTGGCTACATTCTCGGTAAAGATCCTAAACCATTTCCACCACCAATGAAACTGT
GCAAGGAAATGGTAGAAGCAATGGGTGGAGCAGAAAGCCAATACTATGGGAGATTCAAATCTTATTGCTGTGAGGCCTACAATATCCTGAGGAAATCCAGTAACCTTATCCTGAATTTGTTCCACTTAATGGCTGGGGCAAGCATTCCTGCTATTGCTTCCGATCCGGAGAAAGGGATTCTTAAGCTTCAAGAAAAATTC
CGTTTGGATTTGGATGACGAGGAGGCAATACAATTCTTCCAGACCCTTATTAATGAGAGTGTCAGCGCTTTATTCCCTCAAATGGTGGAGACAATTCATAGATGGGCTCAGTATTGGCGTTAAAGATGGAGGTTTCAATTGAAATAAATGTTGTTACCGTTGAAGATTTTATTGTGATTGATAATGTTACGATGATAATT
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AGAAACACTTAGGAGGTCTGCATTGTTTG


>TRINITY_DN108827_c0_g2_i17 from sample A4 / Example unspliced isoform:
ATGAAGAACTTTTGACGTGAATTCCAGTAGTAGCTTCAATGGGTGGGAATGAATTTAGGTACATCTTGTCACGTGACATCAATTCACCAGTGGCTTATCAAGTGGCTAAGCTAGAAGGCAAGCTATTTACAAAGTCTTTCTCAGAGGGGGAAAATTGTATAGAGAATCTCACACCCGAGCTTTATGTTGAGTGTGCTTTA
TATCTTGGTGGTGATCCATTTGGACTTCCTACAAGAACAAGgttataaacataatggagctttgcattccttttatgacacttctagattttttcagcaattctagttttcaattctgttgagtatgtgttacagacacagattttctctattgtccaagaaaacattcgtgtagaggtagaatgagatattaaatttgt
aatttaccttgttaaattaagcttcatgatttgcactttttacagttagtgtgaatgccaatattccttatttcctaaaatgtttcatttcactttcacagGTTGGAACCTACAGGGGAGCCAAAATGCTGGAAAGAGTTTAGTAAACTGAGTGCAAAATACAGGGATTTGACTGCGGATGCACAGCTTGCTTTCACAGT
TTGGGATGTTTCTTCTCTCAAGAAGGATGAGATCATTGGTGGTGCGACCTTCCGTCTTTTCAACAGCAAAAAACAACTTAAATCAGGACAGCAGAAGCTTAGGCTTTGGCCTGGGATAAAAGCAGATGGGTCGGTGCCTACTACTACACCTGGAAAGGTACCTAAGTCAGAGCGTGGAAAAATTGAGCACTTGGAGAAGC
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AAGGCAACTTCTCTGGAAGTTTCGGTTTTCTTTGGTTTCTGAGAAAAAGGCTTTGACAAAGTTTCTTCGTTGCGTTGAATGGAGTGATGCCCAGGAAGCGAGGCAGGCAGTGGATTTGATGCGGAAGTGGGCACCTATCGACACTGCAGATGCATTGGAGCTCTTGTCTCCTGTATTCAAAAACGAAGATGTGCGTGCAT
ATGCAGTAAATGTCCTCGAACGAGCAGAGGATGAAGAGCTGCAGTGCTACTTGCTTCAACTTGTGCAGGCCCTCCGATTTGAGCATTATGAGAAATCACAGCTTGCCCTTTTTCTTGTTCAGCGTTCTGTTTATAATATTGATTTGGCTAGCTTCCTTCGTTGGTATGTCATGGTGGAGATCCCTGATCCTACATATGCG
CAAAGGTTCTTATCTACCTATGAAATTTTGGAAGACTATATTGTAAAGTATAAGCCTGAGGGGAGAGAGGATGAGAATGGAGTTAAGATGTGGCAGAGTTTAGTGCGTCAGACGGAATTAATTGCTCAGTTGTGCACAATCATGAAAGATGTTAACACCGTCCGTGGGACTCAAAAGAAAATTGACAAGTTGCGGCAATT
ACTTGCAGGTCTTTTGAGTGAGCTCACCTATTTTGAGGAGCCAATACCTTTGCCTTTGGACCCTAAAGTCCTAATCACTGGGATAATACCAGAAGAATCAACCCTTTTCAAGAGTGCTTTACATCCTCTACGATTGACTTTCAGAAATGCAGATGGTGGAAAAAGCATGGTGATGTTCAAAAAGGGTGATGACATCAGAC
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GATGAAAATGGACCATTTGGCATTACGGCAACATGTCTGGAAACATTTATAAAAAGCTGTGCTGGCTACTGTGTTATTACCTACATCCTCGGTGTTGGTGACAGGCATCTTGACAATCTCCTTTTGAGGGACGATGGAAGACTTTTCCATGTTGACTTTGGCTACATTCTCGGTAAAGATCCTAAACCATTTCCACCACC
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AAGAAAAATTCCGTTTGGATTTGGATGACGAGGAGGCAATACAATTCTTCCAGACCCTTATTAATGAGAGTGTCAGCGCTTTATTCCCTCAAATGGTGGAGACAATTCATAGATGGGCTCAGTATTGGCGTTAAAGATGGAGGTTTCAATTGAAATAAATGTTGTTACCGTTGAAGATTTTATTGTGATTGATAATGTTA
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