sp|Q9LXD1|RLF_ARATH ----> Cytochrome b5 domain-containing protein RLF

Intron 1 GTATCCTTGG ... ATTCTGGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	13.87	149	28.3	24
A2	14.73	110	12.5	19
A3	14.9	177	21	31
A4	11.49	77	9.8	10
A5	11.43	31	7.4	4
A6	17.03	887	101.4	182
A7	17.64	1200.1	121.1	257
A8	17.38	1621	194.2	341
A9	17.41	1326	192.8	279.7
A10	14.21	880	101.3	145.8

>TRINITY_DN111437_c6_g5_i2 from sample A2 / Example spliced isoform

CACCGATATTCATGCTTTACAGACAATCACAAAGCTCTGTTGGTTGTCCGATCTGATTGTTGCCCTTGTTTCCCATCAACAGAAGCCGAGTGATTATAATTGAAAACACCTGAGCATTGACATTCAGGGATTTGTAACTTTCTTTTGTCCTTCAGCTTGGAAGATCAAAAGGATATTTCAGGAATCATGGATGACTTTAC
TTTTTGTCAGGGTGATTTGTTGGCTGATGAAGATCAACTAGGCTCACCAAAACCCATGCCTCGGGTTTCTGACCTTTCTATACATGACGAGTCCGATAGTGCTAAACATGGAGAACCAAAAGTGCCTAGTGATACAAATTCAAAAATCATTCAGGTTTCACCTCCTAAAGTCAAAATCCCTGAAATGCAAGAGACAGCCA
CAGCAAAAGTTTCAGCATTCAAGCAACCTGTTTCAATTGCAAAACCAGTACGTCGAGCAAAGGTTCCATTTGAAAAGGGACACAGTCAAATGGATTGGTTGAAGCTTACACAGACGCATCCTGATTTAGCAGGTCTCAAGGGGAGCTCAAATAGAAGGCTCATTTCTATGGATGAAGTGAAACAGCACAAAAGCGAAGGA
GATATTTGGACAGTGCTTAAAGGTTGTGTATACAATATTTCGCCTTACATGAAGTTTCATCCGGGAGGTGAGGATATGTTGATGAAGGCCACTGGAAAAGATTGCACTGCCCTCTTCAATAAATATCATGCTTGGGTGAATGCAGAGTTTCTGTTGGAGAAGTGTTTGGTTGGTTTCTTAGACGTCCCCACGTAACAGAC
GAGAGCATGAATGAAAATTATTGTAGTATCAAAGATACTAGATAAGAGAATAAAGGAAACTATCTCCCATATAGTGAATATTCATGCTATACTTAACAATGATGCAAAGTCAAATATGTCAGTATCATTTGATTTCCCAAATTGGGTTAAATGAACATTTTAATTTACAAGTTGTCATGCAACTCTCGTATTCAATTCTT
GAAGAAGTTGGAATTGCATTATCTGTATAACAACAAACCACGGGATTATTAGATTGCCAAAATTTTCAGTATCCACCCTCAGTTTGTATTTTATTAGTAAAGAATACTCAAAATCATGTTAGCCA

>TRINITY_DN111437_c6_g5_i6 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CACCGATATTCATGCTTTACAGACAATCACAAAGCTCTGTTGGTTGTCCGATCTGATTGTTGCCCTTGTTTCCCATCAACAGAAGCCGAGTGATTATAATTGAAAACACCTGAGCATTGACATTCAGGGATTTGTAACTTTCTTTTGTCCTTCAGCTTGGAAGATCAAAAGGATATTTCAGGAATCATGGATGACTTTAC
TTTTTGTCAGGGTGATTTGTTGGCTGATGAAGATCAACTAGGCTCACCAAAACCCATGCCTCGGGTTTCTGACCTTTCTATACATGACGAGTCCGATAGTGCTAAACATGGAGAACCAAAAGTGCCTAGTGATACAAATTCAAAAATCATTCAGGTTTCACCTCCTAAAGTCAAAATCCCTGAAATGCAAGAGACAGCCA
CAGCAAAAGTTTCAGCATTCAAGCAACCTGTTTCAATTGCAAAACCAGTACGTCGAGCAAAGGTTCCATTTGAAAAGGGACACAGTCAAATGGATTGGTTGAAGCTTACACAGACGCATCCTGATTTAGCAGGTCTCAAGGGGAGCTCAAATAGAAGGCTCATTTCTATGGATGAAGTGAAACAGCACAAAAGCGAAGGA
GATATTTGGACAGTGCTTAAAGGTTGTGTATACAATATTTCGCCTTACATGAAGTTTCATCCGGGAGGTGAGGATATGTTGATGAAGGCCACTGGAAAAGATTGCACTGCCCTCTTCAgtatccttgggatttatgatgttttagtttcagagattatcaccaaactctagtattgctaattatttgtgtaggtaaacag
ctgagcaagataattagaaagcggcatctagatctttcttttcacgtggctttctttggatccttgacattctggtagATAAATATCATGCTTGGGTGAATGCAGAGTTTCTGTTGGAGAAGTGTTTGGTTGGTTTCTTAGACGTCCCCACGTAACAGACGAGAGCATGAATGAAAATTATTGTAGTATCAAAGATACTA
GATAAGAGAATAAAGGAAACTATCTCCCATATAGTGAATATTCATGCTATACTTAACAATGATGCAAAGTCAAATATGTCAGTATCATTTGATTTCCCAAATTGGGTTAAATGAACATTTTAATTTACAAGTTGTCATGCAACTCTCGTATTCAATTCTTGAAGAAGTTGGAATTGCATTATCTGTATAACAACAAACCA
CGGGATTATTAGATTGCCAAAATTTTCAGTATCCACCCTCAGTTTGTATTTTATTAGTAAAGAATACTCAAAATCATGTTAGCCA

Intron 2 GTATGAATAT ... CTTATTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	30.6	118	50	7
A2	30.93	91.5	40	1
A3	28.07	149.8	55	4
A4	31.76	86.7	39	0
A5	28.99	47	19	0
A6	25.13	545.5	171.7	12
A7	28.28	877.6	328.7	14
A8	24.07	1082.5	321.7	16
A9	23.98	914.1	274.3	19
A10	24.14	563	166	9

>TRINITY_DN36478_c0_g1_i8 from sample A8 / Example spliced isoform

GGAATATAAGTGAAAAATTGAAGAAAATGGTGTAAAGTTGTCACCGATATTCATGCTTTACAGACAATCACAAAGCTCTGTTGGTTGTCCGATCTGATTGTTGCCCTTGTTTCCCATCAACAGAAGCCGAGTGATTATAATTGAAAACACCTGAGCATTGACATTCAGGGATTTGTAACTTTCTTTTGTCCTTCAGCTTG
GAAGATCAAAAGGATATTTCAGGAATCATGGATGACTTTACTTTTTGTCAGGGTGATTTGTTGGCTGATGAAGATCAACTAGGCTCACCAAAACCCATGCCTCGGGTTTCTGACCTTTCTATACATGACGAGTCCGATAGTGCTAAACATGGAGAACCAAAAGTGCCTAGTGATACAAATTCAAAAATCATTCAGGTTTC
ACCTCCTAAAGTCAAAATCCCTGAAATGCAAGAGACAGCCACAGCAAAAGTTTCAGCATTCAAGCAACCTGTTTCAATTGCAAAACCAGTACGTCGAGCAAAGGTTCCATTTGAAAAGGGACACAGTCAAATGGATTGGTTGAAGCTTACACAGACGCATCCTGATTTAGCAGGTCTCAAGGGGAGCTCAAATAGAAGGC
TCATTTCTATGGATGAAGTGAAACAGCACAAAAGCGAAGGAGATATTTGGACAGTGCTTAAAGGTTGTGTATACAATATTTCGCCTTACATGAAGTTTCATCCGGGAGGTGAGGATATGTTGATGAAGGCCACTGGAAAAGATTGCACTGCCCTCTTCAATAAATATCATGCTTGGGTGAATGCAGAGTTTCTGTTGGAG
AAGTGTTTGGTTGGTTTCTTAGACGTCCCCACGTAACAGACGAGAGCATGAATGAAAATTATTGTAGTATCAAAGATACTAGATAAGAGAATAAAGGAAACTATCTCCCATATAGTGAATATTCATGCTATACTTAACAATGATGCAAAGTCAAATATGTCAGTATCATTTGATTTCCCAAATTGGGTTAAATGAACATT
TTAATTTACAAGTTGTCATGCAACTCTCGTATTCAATTCTTGAAGAAGTTGGAATTGCATTATCTGTATAACAACAAACCACGGGATTATTAGATTGCCAAAATTTTCAGTATCCACCCTCAGTTTGTATTTTATTAGTAAAGAATACTCAAAATCATGTTAGCCTAT

>TRINITY_DN36478_c0_g1_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GGAATATAAGTGAAAAATTGAAGAAAATGGTGTAAAGTTGTCACCGATATTCATGCTTTACAGACAATCACAAAGCTCTGTTGGTTGTCCGATCTGATTGTTGCCCTTGTTTCCCATCAACAGAAGCCGAGTGATTATAATTGAAAACACCTGCTTGGAAGATCAAAAGGATATTTCAGGAATCATGGATGACTTTACTT
TTTGTCAGTGCAGGGTGATTTGTTGGCTGATGAAGATCAACTAGGCTCACCAAAACCCATGCCTCGGGTTTCTGACCTTTCTATACATGACGAGTCCGATAGTGCTAAACATGGAGAACCAAAAGTGCCTAGTGATACAAATTCAAAAATCATTCAGGTTTCACCTCCTAAAGTCAAAATCCCTGAAATGCAAGAGACAG
CCACAGCAAAAGTTTCAGCATTCAAGCAACCTGTTTCAATTGCAAAACCAGTACGTCGAGCAAAGGTTCCATTTGAAAAGGGACACAGTCAAATGGATTGGTTGAAGCTTACACAGACGCATCCTGATTTAGCAGTGTTTCAGGTCTCAAGGGGAGCTCAAATAGAAGGCTCATTTCTATGGATGAAGTGAAACAGCACA
AAAGCGAAGGAGATATTTGGACAGTGCTTAAAGGTTGTGTATACAATATTTCGCCTTACATGAAGTTTCATCCGGGAGgtatgaatattagctatactatgcatggttacttgtctctttttaggaatgaaaatgcacgcccatagcatgaaaattttcatttagtagaaatattgaaattatcctggcttccttactga
gctgattgaaatctgcaataatcattgtctatatctagaagcatttaaagaagtgtgttttactatattttttataatattttccttatccatgaattcaaattttatgttttggtaacaaagggatgatgtagaggtgctcagtaagttggtagtcatgatacttttgtgcataaaaaggtagatcagtttgatataga
tgagcttttgtgtctcttttgcatgaatatgaagtccagaaattactttgctttctccataacgcttgaagtcaagtacatttgtatagttatgaccaatattgcttattaagctctggaacaatgctggaagaagcatcattacacgtgtgcttatgtgtgtcattcaaaatttcaatcaatgttgctggcaatgtccc
agtttgcctgagcaatgctttatctatttcttgtgttttagctattgaactggttaaggaatgagacatgagttattgaaaaactttcaggcattcaaataatttagattggtatgtgctgattttattcttttgttcttactgaactggaggagtgcgattcacttgagttttagacacacttaaattctgtagtttgc
ccaagaacaacttaaagggctgtttttcttttgtacagcctggagtgaaagatatatatcacataccctcatgtgaataaactaaaatgtaaaaaaaattgttgcactaagagaaacaaggttctgttacagcatggagtctctcagtagactccatgcacttacagagtggaagagatgtgtcacattgtatgaataac
gaaaatggaaaaaaattgacgtccaatgtgtagtgtcaattttttttcttttcaaaatactagtattgatacttctaaaccccagactttttaagtggacagaaatttgcacctagtttttttaatcattctgggtgcttaatagatctgaggataagatggatctatgttgtgatctaataaagtatatcatcctaagt
gaatgaatctcttaggcagccacgatagtcagtgggaagaaaagaagtttctgtgaccagattgttttaactataattgctgtgggaaggctgaaacattgcgctattgcaaatttagtgtaataactgtacatgtctttgtccttaatgatcaaacaacggactgataaaattgtcagtttaattcccttgagctcaat
atgcaggtatttctcatgcagtccctcacgcatccttgccagttgtttttctgccgtgttatttgtcacatatataaatatcgctctctatatgaatatataccatgttgacacgttcttattgcagGTGAGGATATGTTGATGAAGGCCACTGGAAAAGATTGCACTGCCCTCTTCAGTATCCTTGGGATTTATGATGT
TTTAGTTTCAGAGATTATCACCAAACTCTAGTATTGCTAATTATTTGTGTAGGTAAACAGCTGAGCAAGATAATTAGAAAGCGGCATCTAGATCTTTCTTTTCACGTGGCTTTCTTTGGATCCTTGACATTCTGGTAGATAAATATCATGCTTGGGTGAATGCAGAGTTTCTGTTGGAGAAGTGTTTGGTTGGTTTCTTA
GACGTCCCCACGTAACAGACGAGAGCATGAATGAAAATTATTGTAGTATCAAAGATACTAGATAAGAGAATAAAGGAAACTATCTCCCATATAGTGAATATTCATGCTATACTTAACAATGATGCAAAGTCAAATATGTCAGTATCATTTGATTTCCCAAATTGGGTTAAATGAACATTTTAATTTACAAGTTGTCATGC
AACTCTCGTATTCAATTCTTGAAGAAGTTGGAATTGCATTATCTGTATAACAACAAACCACGGGATTATTAGATTGCCAAAATTTTCAGTATCCACCCTCAGTTTGTATTTTATTAGTAAAGAATACTCAAAATCATGTTAGCCTAT

Intron 3 GTAAACAGCT ... GTGAATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	47.57	54	12	49
A2	55.95	37	4	47
A3	53.66	57	1	66
A4	52.78	17	10	19
A5	56.25	7	4	9
A6	54.1	325	37	383
A7	55.54	361	26	451
A8	54.39	556	56	663
A9	54.87	412	56	501
A10	55.76	242	23	305

>TRINITY_DN36478_c0_g1_i5 from sample A8 / Example spliced isoform

GGAATATAAGTGAAAAATTGAAGAAAATGGTGTAAAGTTGTCACCGATATTCATGCTTTACAGACAATCACAAAGCTCTGTTGGTTGTCCGATCTGATTGTTGCCCTTGTTTCCCATCAACAGAAGCCGAGTGATTATAATTGAAAACACCTGAGCATTGACATTCAGGGATTTGTAACTTTCTTTTGTCCTTCAGCTTG
GAAGATCAAAAGGATATTTCAGGAATCATGGATGACTTTACTTTTTGTCAGGGTGATTTGTTGGCTGATGAAGATCAACTAGGCTCACCAAAACCCATGCCTCGGGTTTCTGACCTTTCTATACATGACGAGTCCGATAGTGCTAAACATGGAGAACCAAAAGTGCCTAGTGATACAAATTCAAAAATCATTCAGGTTTC
ACCTCCTAAAGTCAAAATCCCTGAAATGCAAGAGACAGCCACAGCAAAAGTTTCAGCATTCAAGCAACCTGTTTCAATTGCAAAACCAGTACGTCGAGCAAAGGTTCCATTTGAAAAGGGACACAGTCAAATGGATTGGTTGAAGCTTACACAGACGCATCCTGATTTAGCAGGTCTCAAGGGGAGCTCAAATAGAAGGC
TCATTTCTATGGATGAAGTGAAACAGCACAAAAGCGAAGGAGATATTTGGACAGTGCTTAAAGGTTGTGTATACAATATTTCGCCTTACATGAAGTTTCATCCGGGAGGTGAGGATATGTTGATGAAGGCCACTGGAAAAGATTGCACTGCCCTCTTCAGTATCCTTGGGATTTATGATGTTTTAGTTTCAGAGATTATC
ACCAAACTCTAGTATTGCTAATTATTTGTGTAGAGTTTCTGTTGGAGAAGTGTTTGGTTGGTTTCTTAGACGTCCCCACGTAACAGACGAGAGCATGAATGAAAATTATTGTAGTATCAAAGATACTAGATAAGAGAATAAAGGAAACTATCTCCCATATAGTGAATATTCATGCTATACTTAACAATGATGCAAAGTCA
AATATGTCAGTATCATTTGATTTCCCAAATTGGGTTAAATGAACATTTTAATTTACAAGTTGTCATGCAACTCTCGTATTCAATTCTTGAAGAAGTTGGAATTGCATTATCTGTATAACAACAAACCACGGGATTATTAGATTGCCAAAATTTTCAGTATCCACCCTCAGTTTGTATTTTATTAGTAAAGAATACTCAAA
ATCATGTTAGCCTAT

>TRINITY_DN36478_c0_g1_i7 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GGAATATAAGTGAAAAATTGAAGAAAATGGTGTAAAGTTGTCACCGATATTCATGCTTTACAGACAATCACAAAGCTCTGTTGGTTGTCCGATCTGATTGTTGCCCTTGTTTCCCATCAACAGAAGCCGAGTGATTATAATTGAAAACACCTGAGCATTGACATTCAGGGATTTGTAACTTTCTTTTGTCCTTCAGCTTG
GAAGATCAAAAGGATATTTCAGGAATCATGGATGACTTTACTTTTTGTCAGGGTGATTTGTTGGCTGATGAAGATCAACTAGGCTCACCAAAACCCATGCCTCGGGTTTCTGACCTTTCTATACATGACGAGTCCGATAGTGCTAAACATGGAGAACCAAAAGTGCCTAGTGATACAAATTCAAAAATCATTCAGGTTTC
ACCTCCTAAAGTCAAAATCCCTGAAATGCAAGAGACAGCCACAGCAAAAGTTTCAGCATTCAAGCAACCTGTTTCAATTGCAAAACCAGTACGTCGAGCAAAGGTTCCATTTGAAAAGGGACACAGTCAAATGGATTGGTTGAAGCTTACACAGACGCATCCTGATTTAGCAGGTCTCAAGGGGAGCTCAAATAGAAGGC
TCATTTCTATGGATGAAGTGAAACAGCACAAAAGCGAAGGAGATATTTGGACAGTGCTTAAAGGTTGTGTATACAATATTTCGCCTTACATGAAGTTTCATCCGGGAGGTGAGGATATGTTGATGAAGGCCACTGGAAAAGATTGCACTGCCCTCTTCAGTATCCTTGGGATTTATGATGTTTTAGTTTCAGAGATTATC
ACCAAACTCTAGTATTGCTAATTATTTGTGTAGgtaaacagctgagcaagataattagaaagcggcatctagatctttcttttcacgtggctttctttggatccttgacattctggtagataaatatcatgcttgggtgaatgcagAGTTTCTGTTGGAGAAGTGTTTGGTTGGTTTCTTAGACGTCCCCACGTAACAGA
CGAGAGCATGAATGAAAATTATTGTAGTATCAAAGATACTAGATAAGAGAATAAAGGAAACTATCTCCCATATAGTGAATATTCATGCTATACTTAACAATGATGCAAAGTCAAATATGTCAGTATCATTTGATTTCCCAAATTGGGTTAAATGAACATTTTAATTTACAAGTTGTCATGCAACTCTCGTATTCAATTCT
TGAAGAAGTTGGAATTGCATTATCTGTATAACAACAAACCACGGGATTATTAGATTGCCAAAATTTTCAGTATCCACCCTCAGTTTGTATTTTATTAGTAAAGAATACTCAAAATCATGTTAGCCTAT