NA ----> NA

Intron 1 GTATGTTTTT ... TGGTGTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50	16	2	16
A2	60	12	0	18
A3	45.95	20	0	17
A4	84.62	2	0	11
A5	47.83	12	0	11
A6	39.13	56	1	36
A7	35.76	106	0	59
A8	44.91	157	0	128
A9	42.11	77	2	56
A10	44.55	56	0	45

>TRINITY_DN117211_c0_g1_i5 from sample A2 / Example spliced isoform

TGTTGGGTGTCTTGTAAATAATGGTCGAGTTACAGTTTGTATACGTAAATCTCATATTGCAGCCTTAGAGTTTGTATACTTTATTCATGAAAGTGAGTTTTGATTGGTTGGTTGATGGAGTCAGTGTGTTTTGCAGGTATATTTGCAAATCAAAATCACCTAAGTTAAGTAAGTAGGTGCAAGCAGATGAGGAGGAGGTA
GATCATGTAGTGCAAGCAGATGAGTGCATAAAGTACGCTCTATTGATCTGGATCAATAGACAAGGCAATTTGTGTTGTTTAAAAACGACAATAATTTCATGAAATTGTAAAATCGTATTCAAATAATTTCATGAAAATGTGAAATCATATTTTTATATTGTAAATTATATTCTTACTTTTTTATATTTAAACTAAACGCT
GAAAAATATATGTTCAATAAAAATTTTATTTTCCAGGGGAAGGGATTTAACCCTTTTCCAAAACCCCGAGGATAGCTACGGCTGCAGCTATCTTTGAGGAGTCTCCTGTGTTCCCGTGTGTGCTTATGAGTCTCTTGTGTGTGAGTTTTTGAGGAGTCTCGTGTGTTAAAGTGTGTGTTCCTGTGTGTGAGTTTTTAATG
AATATCTTATGGAATTTAAAAAATATTATTTTTAATTTTTAATTTTGCATATATTATGCTTTTTTTAAATTTAAAGTAATTGACTAATTATTTATATTGTTTACTGGAAAGGAATACATAAATGCCCTATTACAGTATGCTGACATATTTACTAAGGAAGTAAATCAAGTTTGGGTAAGATTTAGCCAGATGAGTAAAC

>TRINITY_DN117211_c0_g1_i8 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CTCTTTTCAATAAACTTCCATCTACTTTCAGTGTTTCAGGGTTTGGATTGGATTTGGGAAAAATAATTTCATTCGGTTTTAAATTAATATTTAGATTGTTTGAATATTATGGGTTTACATTTTAGTTTTTACATATGTCGTGTTGTTGGGTGTCTTGTAAATAATGTCTCCCATTCCTACTCTTAGAAACCTGGGAATGG
TCGAGTTACAGTTTGTAAACGTAAATTTCATATTGCAGCCTTCCTCTGATTTTGATTGGTTGGTTGATGGAGTCAGTGTGTTTTGCAGGTATATTTGCAAATCAAAATCACCTAAGTTAAGTAGGTGCAAGCAGATGAGGAGGAGGTAGATCATGTAGTGCAAGCAGATGAGTGCATAAAgtatgtttttatttcatccc
tgtttaaagtatgtttttatgtttttatttcatcagtatgtttttatttcatccctgtttaaagtataaaggcgtgaaaactgccttttgacatttattattacatttttaacaataaatgaatttgttttttttggtgtgtagGTACGCTCTATTGATCTGGATCAATAGACAAGGCAATTTGTGTTGTTTAAAAACGA
CAATAATTTCATGAAATTGTAAAATCGTATTCAAATAATTTCATGAAAATGTGAAATCATATTTTTATATTGTAAATTATATTCTTACTTTTTTATATTTAAACTAAACGCTGAAAAATATATGTTCAATAAAAATTTTATTTTCCAGGGGAAGGGATTTAACCCTTTTCCAAAACCCCGAGGATAGCTACGGCTGCAGC
TATCTTTGAGGAGTCTCCTGTGTTCCCGTGTGTGCTTATGAGTCTCTTGTGTGTGAGTTTTTGAGGAGTCTCGTGTGTTAAAGTGTGTGTTCCTGTGTGTGAGTTTTTAATGAATATCTTATGGAATTTAAAAAATATTATTTTTAATTTTTAATTTTGCATATATTATGCTTTTTTTAAATTTAAAGTAATTGACTAAT
TATTTATATTGTTTACTGGAAAGGAATACATAAATGCCCTATTACAGTATGCTGACATATTTACTAAGGAAGTAAATCAAGTTTGGGTAAGATTTAGCCAGATGAGTAAAC

Intron 2 GTATATCATG ... TGTGTAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	34.91	130.5	79	52
A2	42.75	89	73	37
A3	37.69	130	91	41
A4	37.84	66.5	39	30
A5	38.87	49	31	26
A6	32.75	967.5	494	330
A7	34.72	1084.5	609	381
A8	32.48	1562.5	732	628
A9	31.95	1073	469	443
A10	34.02	974	536	342

>TRINITY_DN119284_c1_g1_i7 from sample A3 / Example spliced isoform

TGTGTTTTTCTTTCATGCTCTGCGTTTTTCTTCGTTTTAGTCTCTGTGTTTTTCTTGGTCTGTTTACTGGATTGAGGGTTTAATCAATGGAGGGCGATGGCAGAGGAAGACGTATCTAGGGTTTTGCAAGGTGGGGCATGCAGATAAGGAGGCGCAGATGCAGAGTGTGTTTTGCAGGTATATTTGCAAATCAAAATCAC
TAAAGTAGATGCAAGCAGATGATGCTGAGGTACGCCATATTGATCTGGATCAATAAACACTTCAATTGGTCTGTTCATGACGACAATTTAACTTCATGAAAATGTGAAATCATATTTTATTTATTGTATTATATTCTTAATTTTTTTATATGTAAAATAAACACTGGAAAATATATGTTAAATAAAATTTTTACTTTCCT
GGGAAAGGGTTAACCCTTTTCCAAAACCCTGAGGATAGCTACGGCCGCAGCTATCTTTGAGGAGTCTCATGTGTTCCTGTGTATGCTCATGTGTCCTGTGTATGCTTATTAGTCTCATGTGTTCCTGTGTTCCTGTTTATGCTTATGAGTCTCTTATGTGTATGCTTATGAGTCTCATGTGTTCCTGTGTTCCTGTTTAT
GCTTATGAGTCTCTTATGTGTGAATCCTTAATGTATAACAAGCACATTCTTCACCATTGCTGAACAAAAAATTCAATGACTAACACTTTGACAAACTACAAAACTGTGTACAAACTTCATCAAATCTGCATCCCTTCATTGAATGGCATATCAATTTAGTTTTTTGCATATAACTTAGTGAGTAATATGCATAATTATTT
CTCTTATCTCTTATGTGTGAGTTTTTAACTTAAAAATTTA

>TRINITY_DN119284_c1_g1_i9 from sample A3 / Example unspliced isoform:

TGTGTTTTTCTTTCATGCTCTGCGTTTTTCTTCGTTTTAGTCTCTGTGTTTTTCTTGGTCTGTTTACTGGATTGAGGGTTTAATCAATGAGAAGGGGGGGTTCAATCAATGGAGGGCGATGGCAGAGGAAGACGTATCTAGGGTTTTGCAAGGTGGGGCATGCAGATAAGGAGGCGCAGATGCAGAGTGTGTTTTGCAGG
TATATTTGCAAATCAAAATCACTAAAGTAGATGCAAGCAGATGATGCTGAGgtatatcatgtatgtttttatttttttattttttccatgtttaaagtaaaaagtattattttttcatctctgttttatctttgatgtgtgccggtgaaaacttccttttaacatttaacaatttaagtttaaaatttgtttttacctgt
ttgtgtaacagGTACGCCATATTGATCTGGATCAATAAACACTTCAATTGGTCTGTTGTTCATGACAGACAATTTAACTTCATGAAAATGTGAAATCATATTTTATTTATTGTATTATATTCTTAATTTTTTTATATGTAAAATAAACACTGGAAAATATATGTTAAATAAAATTTTTACTTTCCTGGGAAAGGGTTAAC
CCTTTTCCAAAACCCTGAGGATAGCTACGGCCGCAGCTATCTTTGAGGAGTCTCATGTGTTCCTGTGTATGCTCATGTGTCCTGTGTATGCTTATTAGTCTCATGTGTTCCTGTGTTCCTGTTTATGCTTATGAGTCTCTGTTTATGCTTATGAGTCTCTTATGTGTGAATCCTTAATGTATAACAAGCACATTCTT

Intron 3 GTATATCATG ... TGTGTAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	49.53	54	23	53
A2	54.29	32	15	38
A3	46.15	49	9	42
A4	52.54	28	2	31
A5	50.94	26	1	27
A6	46.97	403	3	357
A7	46.49	434	2	377
A8	46.86	744	6	656
A9	47.38	502	0	452
A10	47.8	379	0	347

>TRINITY_DN117211_c0_g1_i19 from sample A2 / Example spliced isoform

GGATAGTTCAATCCTTCATTTGGCTGGGAGGAGAGGAGAGCAAGTTCATTCCTTCATTTGGCCGGGAGAAGGAGAAGGAGAGGGAGAGGAGAGCGTAGCTAGCAGAGTGGAGGTTTTGTCCCTGCGTTTTTTATTTTATTTTATTTTGTGTATTTTGATCTGGGTGTTGTTTTTTATAAGCATGGCCATGCTTTAACTGC
GTTTTTCTTTTGTTTTGTGTTTTTTCTTCTTCCATGTCGTTTCTTCGTTTTAGGCTCTGTTTTTTTTCCTTTTAGGCTCTACTTTTCTTCGTTTTAGTCTCTGTGTTTTTCTTTCATGCTCTGCGTTTTTCTTCGTTTTAGTCTCTGTGTTTTTCTTGGTCTGTTTACTGGATTGAGGTCATGCTCGTTTAATCAATGGA
GGGCGATGGCAGAGGAAGACGTATCTAGGGTTTTGCAAGGTGGGGCATGCAGATAAGGAGGCGCAGATGCAGAGTGTGTTTTGCAGGTATATTTGCAAATCAAAATCACTTAAGTAGGTGCAAGCAGATGAGGAGGAGGTAGATCATGTAAAAGTAGATGCAAGCAGATGATGCTGAGGTACGCCATATTGATCTGGATC
AATAAACACTTCAATTGGTCTGTTGTTCATGACAGACAATTTAACTCCATGAAAATGTGAAATCATATTTTGTTTATTGTATTATATTCTTAATTTTTTTTATATGTAAAATAAACACTGGAAAATATATGTTAAATAAAATTTTTATTTTCCTGGGAAAGGGTTAACCCTTTTCCAAAACCCTGAGGATAGCTACGGCC
GCAGCTATCTTTGAGGAGTCTCATGTGTTCCTGTGTATGCTCATGTGTTCCTGTGTATGTTTATGAGTCTCATGTGTTCCTGTGTTCCTGTTTATGCTTATGAGTCTCTTATGTGTGAATCCTTGCTGAACAAAAAATTCAATGACTAACACTTTGACAAACTACAAAACTGTGTACAAACTTCATCAGATCTGTGTACA
AACTTCATTGAATGGCATATCAATTTTTTATGAGTGTCTTATGTGTGAGTTTTTAACATATAACTTAGTGAGTAATATGTTAGACATAATTATTTCTCTAATGTGTGAGTTTTTAACCTATAAATGTTTTAATATGTTTTTTTAAAAAACATAATTATATTTAATTTTTAATCAGTTAATACATATTATATAA

>TRINITY_DN117211_c0_g1_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CTCTTTTCAATAAACTTCCATCTACTTTCAGTGTTTCAGGGTTTGGATTGGATTTGGGAAAAATAATTTCATTCGGTTTTAAATTAATATTTAGATTGTTTGAATATTATGGGTTTACATTTTAGTTTTTACATATGTCGTGTTGTTGGGTGTCTTGTAAATAATGTCTCCCATTCCTACTCTTAGAAACCTGGGAATGG
TCGAGTTACAGTTTGTAAACGTAAATTTCATATTGCAGCCTTCCTCTGATTTTGATTGGTTGGTTGATGGAGTCAGTGTGTTTTGCAGGTATATTTGCAAATCAAAATCACTTAAGTAGGTGCAAGCAGATGAGGAGGAGGTAGATCATGTAAAAGTAGATGCAAGCAGATGATGCTGAGgtatatcatgtatgttttta
ttttttattttttccatgtttaaagtaaaaagtattattttttcatctctgttttatctttgatgtgtgccggtgaaaacttccctttaacatttaacaatttaagtttaaaatttgtttttacctgtttgtgtaacagGTACGCCATATTGATCTGGATCAATAAACACTTCAATTGGTCTGTTGTTCATGACAGACAA
TTTAACTCCATGAAAATGTGAAATCATATTTTGTTTATTGTATTATATTCTTAATTTTTTTTATATGTAAAATAAACACTGGAAAATATATGTTAAATAAAATTTTTATTTTCCTGGGAAAGGGTTAACCCTTTTCCAAAACCCTGAGGATAGCTACGGCCGCAGCTATCTTTGAGGAGTCTCATGTGTTCCTGTGTATG
CTCATGTGTTCCTGTGTATGTTTATGAGTCTCATGTGTTCCTGTGTTCCTGTTTATGCTTATGAGTCTCTTATGTGTGAATCCTTGCTGAACAAAAAATTCAATGACTAACACTTTGACAAACTACAAAACTGTGTACAAACTTCATCAGATCTGTGTACAAACTTCATTGAATGGCATATCAATTTTTTATGAGTGTCT
TATGTGTGAGTTTTTAACATATAACTTAGTGAGTAATATGTTAGACATAATTATTTCTCTAATGTGTGAGTTTTTAACCTATAAATGTTTTAATATGTTTTTTTAAAAAACATAATTATATTTAATTTTTAATCAGTTAATACATATTATATAA