NA ----> NA

Intron 1 GCTTGAAATC ... TTAAGATGAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	55.56	52	63	67
A2	56.86	44	66	50
A3	55.96	48	76	46
A4	54.81	47	61	53
A5	66.04	9	16	19
A6	62.04	52	39	131
A7	54.41	106	74	179
A8	54.37	94	36	188
A9	54.36	68	54	108
A10	51.52	72	60	93

>TRINITY_DN118352_c0_g1_i9 from sample A2 / Example spliced isoform

TAAACTCTACTCCATTTTATTTTGAAAAGATATCGTGTTTTGAATATTCCTATTTGAAAACTAGCCATCAGAAGAAGCCGCGAGAGGATAAACAGGTCGATTCCCACGTTTTTGTTTTTGGTTGACTGTAGAAGGCAAAGGCAAAGGCATGATGTCAGCAAATTCGTAAACGCGACTTACTTGCCCAGATCTGTGGAGCG
AAGCCGCCTTCTGCAAACGAGGCAATCTTGATCTTCTAGAAGCTTCGTATTCCGACTCTGATTTCAAATAAGAAGATCCAGGCCCTGAGCTCAGCTTTAAATTCAGGAAATCTCAATAGCCATTTGGAGGCCGGGGCATCAGCAGCGACCGCCATTGTTTTACACAAGGCAGCCAGGGTATCCCGGAACAGGGCCCATTC
TCAAATCCCCTGCTAATATATTGCAAACCATAAGAAATGCAGCATGTTCCAACAACAATAGAGGAACAAATTATTGCAAAATCAATTCAGGAGGAATGTACATGGGAGACTCTTCCAAAACGTCTTCAAATCATACTATCTTCTAAAGAAGAATGGCACAGGAAAATCAAAGAACATTGCATAAAAAAACGTTTGCAGTG
GAGTGATTGTTTTGCAAGAAAAACATGTAAAGAAAGCGAGTATTATGAAGATATGATGCGTTATCTACGCAAAAATCTCGCGCTTTTCCCTTATCACTTAGCAGAATATGTATGTCGAATAATGAGAATATCACCTTTCAGATACTACTGTGACATGCTTTACGAAGTTATGAAAAATGAGCAACCATATGATCGTATAC
CGAATTTCAGTGCTGCAGATGCCTTACGGCTTACTGGTATTGGAAGGAATGAATTTATTGACATTATGAACAAGTGCAGATCTAAGAAAATTATGTGGAAGCTTAACAAATCAATAGTGAAAGAGTTGCTGCCAACACAGCCAGTTGACTTCCCAATTGAACCATGGTGGGGTGTCTGTCTTGTCAATTTTACCTTGGAG
GAATTTCGGAAACTCACAGACGAGGAGATGTCAACAATAGATAAAATCTGCAAAGAGGAAGCAAATTCATTTGTGTTGTTTGATCCTGAAATCATTCAAGGTCTATATAGAAGAGGATTAGTGTACTTCGATGTCCCTGTTTATCCAGATGACCGTTTAAAAGTTTCAAAGCTTCAAGGATTTGTTTCAAACCGGGAGCA
GTCATATGAAGATCCTACAGAAGAGATATTGTATGCTCTTTTTGTGGTTTCAAGTGAGCATGCAACAGTTGCTGAATTGGCTACAACATTACAGGCTGATTTGCGTCATCTTCAGGCTGCAGCATCTATTGCATGTCGATTAGGATGGGCAATAAAAGTCATTGATCCTGCTGTTGTTCTTCAAGATTCGAGTATGCCTG
GATCCCCAAATAGTTTGATCAATGATGATGATGATGGTTCTTCTTTGACAGGCCTTGGTGCTGAGAATCCTTTGAGTCGAAGAAATTCAGATTTCCAGGCAGATGCAGTGAGTGGTGATATCTTAAAGGTGGCTTCTAGTTCTGCACGTGTTGCATTTATTGTTGATGCTAATATAACATCATATTTAATGATGGGCTCT
CTATCACCTGGTCCTATGCTCTCACTCCTGTATATGAGCCTGGTACTAAATCAGCTGAAGGATCTTCTACAACACTTGATGCAACATCTGGGACAAAACCAGAGAATTCAGATGATTACCATAGTAACGATGTGATTCTGCCTGGAGTTAATCTCTTATTTGATGGTTCATCTTTGCACCCTTTTGATATCGGCACCTGT
TTGCAGGGCAGACTCCCTGTTTCTTTAATTGCAGAAGCATCTACAGCATCGGTCTCATTGCAAACAAGAAGAAATTAATTTGATATGGTTTAGTGGAAGTGCTCTTGCAGGATTTGTTGTCTGCCTCATGAGTTTCAAACTGTGTTGAAGCTCTGCCTGCAATCATCAGGAGAATTGGTTGATGGACAAAATCACTCTGT
GAGAAGATACTGATGTCCATCATTACTTTACAACATTCAATAGCTTGTCCACGCTGAAAAGTTTGACAGATGTTGCTATTGAATTGTACCAGTGAAGGCATAAATATTTGCCATAGTTATTGATTTGTTCAAATGGCATAGTACAATGAATCATGTTCTCAATTTTATACTGCCCCTTTACTATTTGTTCTTTGGTGTCT
CTATGCCCCTCTGAATGAAGTAGTTAAAGAGGCATGTGTAGCAGCAATGTTACCAACAGTTCAGGGAGAAGCAACTCTCGGCAGTGTTCATGAGCGGCTGTGCAAATAACTTCAATCTTGCATGTCAATTTTTTGGATGACCATTGCAAAGCAATGCATTAATTTATTCAATTTTAGTTTCCATAAAAATGGTGCCACCT
TTGAGTGATAGCACTTTCAATTTGTCAGCAACATTGAGATATTATTTGTTTCAATCTGTTTTTGGTACCCCATTGCTAGAACAAAAGGAAGACTACAGAACGTCAACACTCGATTCCTCAATAATTTTATGGTTTGTAGTAGGATAATGTGAAGTATTGGGTAGTTCTCAACATAAACAGAAATCTGGATTGAATATCAC
TGTTCTCTGTTTTGCTCTTTTGTTGTTATAACATTCTCTATGAAGTGGATTGTATAAACTGTCTAGCCTAAGCTGAATGCGCTATTGTATTTACTCGTCCTATTAACGATTATTGATAGATTCCAGTTATATTATTATGCATTTTCAGAGATAAATTGCAAGGAAGATATGATGTTCTGGGAAATCGCTCCCTTGTATTA
GCACCCAGTTGTGCGAAGCTGTTAATTGTCAAATAAGTTCCCAAACACTCTTTTCACGCAAAGTTATATGAATACTATAGA

>TRINITY_DN118352_c0_g1_i10 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GGCAGCCAGGGATTTCGGAACAGCATGTTCCAACAACAATAGAGGAACAAATTATTGCAAAATCAATTCAGGAGGAATGTACATGGGAGACTCTTCCAAAACGTCTTCAAATCATACTATCTTCTAAAGAAGAATGGCACAGGAAAATCAAAGAACATTGCATAAAAAAACGTTTGCAGTGGAGTGATTGTTTTGCAAGA
AAAACATGTAAAGAAAGCGAGTATTATGAAGATATGATGCGTTATCTACGCAAAAATCTCGCGCTTTTCCCTTATCACTTAGCAGAATATGTATGTCGAATAATGAGAATATCACCTTTCAGATACTACTGTGACATGCTTTACGAAGTTATGAAAAATGAGCAACCATATGATCGTATACCGAATTTCAGTGCTGCAGA
TGCCTTACGGCTTACTGGTATTGGAAGGAATGAATTTATTGACATTATGAACAAGTGCAGATCTAAGAAAATTATGTGGAAGCTTAACAAATCAATAGTGAAAGAGTTGCTGCCAACACAGCCAGTTGACTTCCCAATTGAACCATGGTGGGGTGTCTGTCTTGTCAATTTTACCTTGGAGGAATTTCGGAAACTCACAG
ACGAGGAGATGTCAACAATAGATAAAATCTGCAAAGAGGAAGCAAATTCATTTGTGTTGTTTGATCCTGAAATCATTCAAGGTCTATATAGAAGAGGATTAGTGTACTTCGATGTCCCTGTTTATCCAGATGACCGTTTAAAAGTTTCAAAGCTTCAAGGATTTGTTTCAAACCGGGAGCAGTCATATGAAGATCCTACA
GAAGAGATATTGTATGCTCTTTTTGTGGTTTCAAGTGAGCATGCAACAGTTGCTGAATTGGCTACAACATTACAGGCTGATTTGCGTCATCTTCAGGCTGCAGCATCTATTGCATGTCGATTAGGATGGGCAATAAAAGTCATTGATCCTGCTGTTGTTCTTCAAGATTCGAGTATGCCTGGATCCCCAAATAGTTTGAT
CAATGATGATGATGATGGTTCTTCTTTGACAGGCCTTGGTGCTGAGAATCCTTTGAGTCGAAGAAATTCAGATTTCCAGGCAGATGCAGTGAGTGGTGATATCTTAAAGGTGGCTTCTAGTTCTGCACGTGTTGCATTTATTGTTGATGCTAATATAACATCATATTTAATGATGGGCTCTCTATCACCTGgcttgaaat
ctcatgctgtcaccctctatgaagcaggaaagttggatgatgctagtgttgcagagctttgcaaagatctgctgacattagaaggcacaaaatttgagggtgagctgcaagagtttgcaaatcatgcgttcagtcttcgatgtgcccttgaatgtcttcgatcaggtggattaagtaccgacacctcagctgatgatgtt
gacttaattgaccttcactctagcacaggtggctctggtaatgcagaaaatctgcgaaaaagtactgcaaacttaaatggcttggaggaaataaaatcaaacggttctagaagtcaagacctccactcgagtgattctagaatcagtgagactgatgatcagccttttgcctcaagtgaccgattaccagagtttactac
agtaattgaaaattcttcggagtgttttcctgaccagtttacaaagtcagagcttggcttcaatcaggaagcaacctctttgagctctattgaaacaactgccagtgtaaagaatcgtgtgaagcggaagcgaaaatatcgagtggatgtcctccgttgtgaaagcttagctggcttggcgccagcaacattgaatcgtt
tatttcatcgtgattatgacatcattgtttcaatggttcctcttccttcttctccttcaactattttgcctggaggtgcaagtcacatcaattttggtccaccatcttatgctgcattgactccatggttgaaactgattctatacacagctgcaggctctggtcctctttctattattttgatgaaaggtcagcgacta
agaattcttcctccacccttagcagggtgtgaaaaagctttgatgtgggcatgggatggatctactgtaggaggactgggtggcaagtttgatggtactcttgtaaatggaagtattcttttacattgcttgaattctttgctgagatactcagctgtgcttgttcagcctctcttaaaagtcgatttgaatgagtctgg
aatgcctattacaaaggatataccgttacctttgatcaatttagatggttcatatgcgaaggagattgggcttagtaatgaagaaattacacaactgaattcaacattaacaaatttggtcaaggaactccaactttggactataggatatattcgtgttataaaggttcataagatagatgtttatgagaatttttctc
ctaaatttacaagttatgaatgggttccactaagcttagaacttggaattccacttttcagcccagaactgtgcagaaccatatgcaatagggtaacacaatcacagctgcttcaagcatattctctatcagagcatcgtgaagcaatgcaaaagttaaggaaaaggctgcatgatttttgtgccgagtatcatgcaact
ggtccaattgcaaaaaatgtttatgctagggaacaaacacaagatgtatctccccagctgacaagttatgcaagtggaagatggaattctattgttgaacctccagctcctattactcctgggacagaaaatgaacgtgagccatctaagcattttgaatggcacaggcaacagtctgagattataagttttaatggggt
taagatgagGTCCTATGCTCTCACTCCTGTATATGAGCCTGGTACTAAATCAGCTGAAGGATCTTCTACAACACTTGATGCAACATCTGGGACAAAACCAGAGAATTCAGATGATTACCATAGTAACGATGTGATTCTGCCTGGAGTTAATCTCTTATTTGATGGTTCATCTTTGCACCCTTTTGATATCGGCACCTGTT
TGCAGGGCAGACTCCCTGTTTCTTTAATTGCAGAAGCATCTACAGCATCGGTCTCATTGCAAACAAGAAGAAATTAATTTGATATGGTTTAGTGGAAGTGCTCTTGCAGGATTTGTTGTCTGCCTCATGAGTTTCAAACTGTGTTGAAGCTCTGCCTGCAATCATCAGGAGAATTGGTTGATGGACAAAATCACTCTGTG
AGAAGATACTGATGTCCATCATTACTTTACAACATTCAATAGCTTGTCCACGCTGAAAAGTTTGACAGATGTTGCTATTGAATTGTACCAGTGAAGGCATAAATATTTGCCATAGTTATTGATTTGTTCAAATGGCATAGTACAATGAATCATGTTCTCAATTTTATACTGCCCCTTTACTATTTGTTCTTTGGTGTCTC
TATGCCCCTCTGAATGAAGTAGTTAAAGAGGCATGTGTAGCAGCAATGTTACCAACAGTTCAGGGAGAAGCAACTCTCGGCAGTGTTCATGAGCGGCTGTGCAAATAACTTCAATCTTGCATGTCAATTTTTTGGATGACCATTGCAAAGCAATGCATTAATTTATTCAATTTTAGTTTCCATAAAAATGGTGCCACCTT
TGAGTGATAGCACTTTCAATTTGTCAGCAACATTGAGATATTATTTGTTTCAATCTGTTTTTGGTACCCCATTGCTAGAACAAAAGGAAGACTACAGAACGTCAACACTCGATTCCTCAATAATTTTATGGTTTGTAGTAGGATAATGTGAAGTATTGGGTAGTTCTCAACATAAACAGAAATCTGGATTGAATATCACT
GTTCTCTGTTTTGCTCTTTTGTTGTTATAACATTCTCTATGAAGTGGATTGTATAAACTGTCTAGCCTAAGCTGAATGCGCTATTGTATTTACTCGTCCTATTAACGATTATTGATAGATTCCAGTTATATTATTATGCATTTTCAGAGATAAATTGCAAGGAAGATATGATGTTCTGGGAAATCGCTCCCTTGTATTAG
CACCCAGTTGTGCGAAGCTGTTAATTGTCAAATAAGTTCCCAAACACTCTTTTCACGCAAAGTTATATGAATACTATAGA

Intron 2 GTTCATAAGA ... CACTTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	77.47	22.5	66	88
A2	84.99	9.2	54	47
A3	91.41	4.7	41	59
A4	83.57	8.4	44	41
A5	100	0	21	21
A6	81.92	17.9	87	73
A7	84.19	19.2	95	108
A8	74.98	38	103	123
A9	79.91	17.8	69	72
A10	77.13	20.2	66	69

>TRINITY_DN118352_c0_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoform

TAGGATATATTCGTGTTATAAAGCCCAGAACTGTGCAGAACCATATGCAATAGGGTAACACAATCACAGCTGCTTCAAGCATATTCTCTATCAGAGCATCGTGAAGCAATGCAAAAGTTAAGGAAAAGGCTGCATGATTTTTGTGCCGAGTATCATGCAACTGGTCCAATTGCAAAAAATGTTTATGCTAGGGAACAAAC
ACAAGATGTATCTCCCCAGCTGACAAGTTATGCAAGTGGAAGATGGAATTCTATTGTTGAACCTCCAGCTCCTATTACTCCTGGGACAGAAAATGAACGTGAGCCATCTAAGCATTTTGAATGGCACAGGCAACAGTCTGAGATTATAAGTTTTAATGGGGTTAAGATGAGGCTTGAAATCTCATGCTGTCACCCTCTAT
GAAGCAGGAAAGTTGGATGATGCTAGTGTTGCAGAGCTTTGCAAAGATCTGCTGACATTAGAAGGCACAAAATTTGAGGGTGAGCTGCAAGAGTTTGCAAATCATGCGTTCAGTCTTCGATGTGCCCTTGAATGTCTTCGATCAGGTGGATTAAGTACCGACACCTCAGCTGATGATGTTGACTTAATTGACCTTCACTC
TAGCACAGGTGGCTCTGGTAATGCAGAAAATCTGCGAAAAAGTACTGCAAACTTAAATGGCTTGGAGGAAATAAAATCAAACGGTTCTAGAAGTCAAGACCTCCACTCGAGTGATTCTAGAATCAGTGAGACTGATGATCAGCCTTTTGCCTCAAGTGACCGATTACCAGAGTTTACTACAGTAATTGAAAATTCTTCGG
AGTGTTTTCCTGACCAGTTTACAAAGTCAGAGCTTGGCTTCAATCAGGAAGCAACCTCTTTGAGCTCTATTGAAACAACTGCCAGTGTAAAGAATCGTGTGAAGCGGAAGCGAAAATATCGAGTGGATGTCCTCCGTTGTGAAAGCTTAGCTGGCTTGGCGCCAGCAACATTGAATCGTTTATTTCATCGTGATTATGAC
ATCATTGTTTCAATGGTTCCTCTTCCTTCTTCTCCTTCAACTATTTTGCCTGGAGGTGCAAGTCACATCAATTTTGGTCCACCATCTTATGCTGCATTGACTCCATGGTTGAAACTGATTCTATACACAGCTGCAGGCTCTGGTCCTCTTTCTATTATTTTGATGAAAGGTCAGCGACTAAGAATTCTTCCTCCACCCTT
AGCAGGGTGTGAAAAAGCTTTGATGTGGGCATGGGATGGATCTACTGTAGGAGGACTGGGTGGCAAGTTTGATGGTACTCTTGTAAATGGAAGTATTCTTTTACATTGCTTGAATTCTTTGCTGAGATACTCAGCTGTGCTTGTTCAGCCTCTCTTAAAAGTCGATTTGAATGAGTCTGGAATGCCTATTACAAAGGATA
TACCGTTACCTTTGATCAATTTAGATGGTTCATATGCGAAGGAGATTGGGCTTAGTAATGAAGAAATTACACAACTGAATTCAACATTAACAAATTTGGTCAAGGAACTCCAACTTTGGACTATAGGATATATTCGTGTTATAAAGGTTCATAAGATAGATGTTTATGAGAATTTTTCTCCTAAATTTACAAGTTATGAA
TGGGTTCCACTAAGCTTAGAACTTGGAATTCCACTTTTCAGCCCAGAACTGTGCAGAACCATATGCAATAGGGTAACACAATCACAGCTGCTTCAAGCATATTCTCTATCAGAGCATCGTGAAGCAATGCAAAAGTTAAGGAAAAGGCTGCATGATTTTTGTGCCGAGTATCATGCAACTGGTCCAATTGCAAAAAATGT
TTATGCTAGGGAACAAACACAAGATGTATCTCCCCAGCTGACAAGTTATGCAAGTGGAAGATGGAATTCTATTGTTGAACCTCCAGCTCCTATTACTCCTGGGACAGAAAATGAACGTGAGCCATCTAAGCATTTTGAATGGCACAGGCAACAGTCTGAGATTATAAGTTTTAATGGGGTTAAGATGAGGTCCTATGCTC
TCACTCCTGTATATGAGCCTGGTACTAAATCAGCTGAAGGATCTTCTACAACACTTGATGCAACATCTGGGACAAAACCAGAGAATTCAGATGATTACCATAGTAACGATGTGATTCTGCCTGGAGTTAATCTCTTATTTGATGGTTCATCTTTGCACCCTTTTGATATCGGCACCTGTTTGCAGGGCAGACTCCCTGTT
TCTTTAATTGCAGAAGCATCTACAGCATCGGTCTCATTGCAAACAAGAAGAAATTAATTTGATATGGTTTAGTGGAAGTGCTCTTGCAGGATTTGTTGTCTGCCTCATGAGTTTCAAACTGTGTTGAAGCTCTGCCTGCAATCATCAGGAGAATTGGTTGATGGACAAAATCACTCTGTGAGAAGATACTGATGTCCATC
ATTACTTTACAACATTCAATAGCTTGTCCACGCTGAAAAGTTTGACAGATGTTGCTATTGAATTGTACCAGTGAAGGCATAAATATTTGCCATAGTTATTGATTTGTTCAAATGGCATAGTACAATGAATCATGTTCTCAATTTTATACTGCCCCTTTACTATTTGTTCTTTGGTGTCTCTATGCCCCTCTGAATGAAGT
AGTTAAAGAGGCATGTGTAGCAGCAATGTTACCAACAGTTCAGGGAGAAGCAACTCTCGGCAGTGTTCATGAGCGGCTGTGCAAATAACTTCAATCTTGCATGTCAATTTTTTGGATGACCATTGCAAAGCAATGCATTAATTTATTCAATTTTAGTTTCCATAAAAATGGTGCCACCTTTGAGTGATAGCACTTTCAAT
TTGTCAGCAACATTGAGATATTATTTGTTTCAATCTGTTTTTGGTACCCCATTGCTAGAACAAAAGGAAGACTACAGAACGTCAACACTCGATTCCTCAATAATTTTATGGTTTGTAGTAGGATAATGTGAAGTATTGGGTAGTTCTCAACATAAACAGAAATCTGGATTGAATATCACTGTTCTCTGTTTTGCTCTTTT
GTTGTTATAACATTCTCTATGAAGTGGATTGTATAAACTGTCTAGCCTAAGCTGAATGCGCTATTGTATTTACTCGTCCTATTAACGATTATTGATAGATTCCAGTTATATTATTATGCATTTTCAGAGATAAATTGCAAGGAAGATATGATGTTCTGGGAAATCGCTCCCTTGTATTAGCACCCAGTTGTGCGAAGCTG
TTAATTGTCAAATAAGTTCCCAAACACTCTTTTCACGCAAAGTTATATGAATACTATAGA

>TRINITY_DN118352_c0_g1_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:

TAGGATATATTCGTGTTATAAAGCCCAGAACTGTGCAGAACCATATGCAATAGGGTAACACAATCACAGCTGCTTCAAGCATATTCTCTATCAGAGCATCGTGAAGCAATGCAAAAGTTAAGGAAAAGGCTGCATGATTTTTGTGCCGAGTATCATGCAACTGGTCCAATTGCAAAAAATGTTTATGCTAGGGAACAAAC
ACAAGATGTATCTCCCCAGCTGACAAGTTATGCAAGTGGAAGATGGAATTCTATTGTTGAACCTCCAGCTCCTATTACTCCTGGGACAGAAAATGAACGTGAGCCATCTAAGCATTTTGAATGGCACAGGCAACAGTCTGAGATTATAAGTTTTAATGGGGTTAAGATGAGGCTTGAAATCTCATGCTGTCACCCTCTAT
GAAGCAGGAAAGTTGGATGATGCTAGTGTTGCAGAGCTTTGCAAAGATCTGCTGACATTAGAAGGCACAAAATTTGAGGGTGAGCTGCAAGAGTTTGCAAATCATGCGTTCAGTCTTCGATGTGCCCTTGAATGTCTTCGATCAGGTGGATTAAGTACCGACACCTCAGCTGATGATGTTGACTTAATTGACCTTCACTC
TAGCACAGGTGGCTCTGGTAATGCAGAAAATCTGCGAAAAAGTACTGCAAACTTAAATGGCTTGGAGGAAATAAAATCAAACGGTTCTAGAAGTCAAGACCTCCACTCGAGTGATTCTAGAATCAGTGAGACTGATGATCAGCCTTTTGCCTCAAGTGACCGATTACCAGAGTTTACTACAGTAATTGAAAATTCTTCGG
AGTGTTTTCCTGACCAGTTTACAAAGTCAGAGCTTGGCTTCAATCAGGAAGCAACCTCTTTGAGCTCTATTGAAACAACTGCCAGTGTAAAGAATCGTGTGAAGCGGAAGCGAAAATATCGAGTGGATGTCCTCCGTTGTGAAAGCTTAGCTGGCTTGGCGCCAGCAACATTGAATCGTTTATTTCATCGTGATTATGAC
ATCATTGTTTCAATGGTTCCTCTTCCTTCTTCTCCTTCAACTATTTTGCCTGGAGGTGCAAGTCACATCAATTTTGGTCCACCATCTTATGCTGCATTGACTCCATGGTTGAAACTGATTCTATACACAGCTGCAGGCTCTGGTCCTCTTTCTATTATTTTGATGAAAGGTCAGCGACTAAGAATTCTTCCTCCACCCTT
AGCAGGGTGTGAAAAAGCTTTGATGTGGGCATGGGATGGATCTACTGTAGGAGGACTGGGTGGCAAGTTTGATGGTACTCTTGTAAATGGAAGTATTCTTTTACATTGCTTGAATTCTTTGCTGAGATACTCAGCTGTGCTTGTTCAGCCTCTCTTAAAAGTCGATTTGAATGAGTCTGGAATGCCTATTACAAAGGATA
TACCGTTACCTTTGATCAATTTAGATGGTTCATATGCGAAGGAGATTGGGCTTAGTAATGAAGAAATTACACAACTGAATTCAACATTAACAAATTTGGTCAAGGAACTCCAACTTTGGACTATAGGATATATTCGTGTTATAAAGgttcataagatagatgtttatgagaatttttctcctaaatttacaagttatgaa
tgggttccactaagcttagaacttggaattccacttttcagCCCAGAACTGTGCAGAACCATATGCAATAGGGTAACACAATCACAGCTGCTTCAAGCATATTCTCTATCAGAGCATCGTGAAGCAATGCAAAAGTTAAGGAAAAGGCTGCATGATTTTTGTGCCGAGTATCATGCAACTGGTCCAATTGCAAAAAATGT
TTATGCTAGGGAACAAACACAAGATGTATCTCCCCAGCTGACAAGTTATGCAAGTGGAAGATGGAATTCTATTGTTGAACCTCCAGCTCCTATTACTCCTGGGACAGAAAATGAACGTGAGCCATCTAAGCATTTTGAATGGCACAGGCAACAGTCTGAGATTATAAGTTTTAATGGGGTTAAGATGAGGTCCTATGCTC
TCACTCCTGTATATGAGCCTGGTACTAAATCAGCTGAAGGATCTTCTACAACACTTGATGCAACATCTGGGACAAAACCAGAGAATTCAGATGATTACCATAGTAACGATGTGATTCTGCCTGGAGTTAATCTCTTATTTGATGGTTCATCTTTGCACCCTTTTGATATCGGCACCTGTTTGCAGGGCAGACTCCCTGTT
TCTTTAATTGCAGAAGCATCTACAGCATCGGTCTCATTGCAAACAAGAAGAAATTAATTTGATATGGTTTAGTGGAAGTGCTCTTGCAGGATTTGTTGTCTGCCTCATGAGTTTCAAACTGTGTTGAAGCTCTGCCTGCAATCATCAGGAGAATTGGTTGATGGACAAAATCACTCTGTGAGAAGATACTGATGTCCATC
ATTACTTTACAACATTCAATAGCTTGTCCACGCTGAAAAGTTTGACAGATGTTGCTATTGAATTGTACCAGTGAAGGCATAAATATTTGCCATAGTTATTGATTTGTTCAAATGGCATAGTACAATGAATCATGTTCTCAATTTTATACTGCCCCTTTACTATTTGTTCTTTGGTGTCTCTATGCCCCTCTGAATGAAGT
AGTTAAAGAGGCATGTGTAGCAGCAATGTTACCAACAGTTCAGGGAGAAGCAACTCTCGGCAGTGTTCATGAGCGGCTGTGCAAATAACTTCAATCTTGCATGTCAATTTTTTGGATGACCATTGCAAAGCAATGCATTAATTTATTCAATTTTAGTTTCCATAAAAATGGTGCCACCTTTGAGTGATAGCACTTTCAAT
TTGTCAGCAACATTGAGATATTATTTGTTTCAATCTGTTTTTGGTACCCCATTGCTAGAACAAAAGGAAGACTACAGAACGTCAACACTCGATTCCTCAATAATTTTATGGTTTGTAGTAGGATAATGTGAAGTATTGGGTAGTTCTCAACATAAACAGAAATCTGGATTGAATATCACTGTTCTCTGTTTTGCTCTTTT
GTTGTTATAACATTCTCTATGAAGTGGATTGTATAAACTGTCTAGCCTAAGCTGAATGCGCTATTGTATTTACTCGTCCTATTAACGATTATTGATAGATTCCAGTTATATTATTATGCATTTTCAGAGATAAATTGCAAGGAAGATATGATGTTCTGGGAAATCGCTCCCTTGTATTAGCACCCAGTTGTGCGAAGCTG
TTAATTGTCAAATAAGTTCCCAAACACTCTTTTCACGCAAAGTTATATGAATACTATAGA

Intron 3 GTCAGCGACT ... CACTTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	79.69	20	70	88
A2	89.66	6	57.3	47
A3	92.36	4	39	59
A4	84.19	7	33.7	41
A5	100	0	16.3	21
A6	78.44	14	29	73
A7	84.82	16	71	108
A8	72.41	33	50.3	123
A9	80.07	16	57.3	72
A10	79.11	17	60	69

>TRINITY_DN45590_c0_g2_i8 from sample A8 / Example spliced isoform

TCTTTCTATTATTTTGATGAAAGCCCAGAACTGTGCAGAACCATATGCAATAGGGTAACACAATCACAGCTGCTTCAAGCATATTCTCTATCAGAGCATCGTGAAGCAATGCAAAAGTTAAGGAAAAGGCTGCATGATTTTTGTGCCGAGTATCATGCAACTGGTCCAATTGCAAAAAATGTTTATGCTAGGGAACAAAC
ACAAGATGTATCTCCCCAGCTGACAAGTTATGCAAGTGGAAGATGGAATTCTATTGTTGAACCTCCAGCTCCTATTACTCCTGGGACAGAAAATGAACGTGAGCCATCTAAGCATTTTGAATGGCACAGGCAACAGTCTGAGATTATAAGTTTTAATGGGGTTAAGATGAGGTACTATCACTCCCCCTTCCAAGACTTGT
GTTTGTCTTCATCTTCTTCTTAGCCTTCCATTATTCAGTGAGCGGCCTTTAGGTCTTTGAGCTTACTGCTTTTAGACTGGCCCCGTTTGGACTTTAGTCTTTACTGTTACTTTTCACTTTATTATTTCATTTATTTACTTTCATTTAGTTCTTAGTTTTAACTTTTAAAATTAGGGAATAATGTCCTTTTGTCTCTAGTT
CCTACATAGATGGAATGTTAGATTCTCAGTCCCAGTAGCCATTTTGTATTCTAGTGGACATTAATGAAATATATCTTTCTTTTTATCTTTATTGGCCATGGGAAGTATATTATGTTCTATGCAGTTACCTGTGTGAAGTAACATTTGAGGCCTAAACTTTCCCTGTTCTAAATAGATCCACTGGTATATGCTTTTGGTCA
AATTTTACAACCATG

>TRINITY_DN45590_c0_g2_i6 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GGATAAACAGGTCGATTCCCACGTTTTTGTTTTTGGTTGACTGTAGAAGGCAAAGGCAAAGGCATGATGTCAGCAAATTCGTAAACGCGACTTACTTGCCCAGATCTGTGGAGCGAAGCCGCCTTCTGCAAACGAGGCAATCTTGATCTTCTAGAAGCTTCGTATTCCGACTCTGATTTCAAATAAGAAGATCCAGGCCC
TGAGCTCAGCTTTAAATTCAGGAAATCTCAATAGCCATTTGGAGGCCGGGGCATCAGCAGCGACCGCCATTGTTTTACACAAGGCAGCCAGGGTATCCCGGAACAGGGCCCATTCTCAAATCCCCTGCTAATATATTGCAAACCATAAGAAATGCAGCATGTTCCAACAACAATAGAGGAACAAATTATTGCAAAATCAA
TTCAGGAGGAATGTACATGGGAGACTCTTCCAAAACGTCTTCAAATCATACTATCTTCTAAAGAAGAATGGCACAGGAAAATCAAAGAACATTGCATAAAAAAACGTTTGCAGTGGAGTGATTGTTTTGCAAGAAAAACATGTAAAGAAAGCGAGTATTATGAAGATATGATGCGTTATCTACGCAAAAATCTCGCGCTT
TTCCCTTATCACTTAGCAGAATATGTATGTCGAATAATGAGAATATCACCTTTCAGATACTACTGTGACATGCTTTACGAAGTTATGAAAAATGAGCAACCATATGATCGTATACCGAATTTCAGTGCTGCAGATGCCTTACGGCTTACTGGTATTGGAAGGAATGAATTTATTGACATTATGAACAAGTGCAGATCTAA
GAAAATTATGTGGAAGCTTAACAAATCAATAGTGAAAGAGTTGCTGCCAACACAGCCAGTTGACTTCCCAATTGAACCATGGTGGGGTGTCTGTCTTGTCAATTTTACCTTGGAGGAATTTCGGAAACTCACAGACGAGGAGATGTCAACAATAGATAAAATCTGCAAAGAGGAAGCAAATTCATTTGTGTTGTTTGATC
CTGAAATCATTCAAGGTCTATATAGAAGAGGATTAGTGTACTTCGATGTCCCTGTTTATCCAGATGACCGTTTAAAAGTTTCAAAGCTTCAAGGATTTGTTTCAAACCGGGAGCAGTCATATGAAGATCCTACAGAAGAGATATTGTATGCTCTTTTTGTGGTTTCAAGTGAGCATGCAACAGTTGCTGAATTGGCTACA
ACATTACAGGCTGATTTGCGTCATCTTCAGGCTGCAGCATCTATTGCATGTCGATTAGGATGGGCAATAAAAGTCATTGATCCTGCTGTTGTTCTTCAAGATTCGAGTATGCCTGGATCCCCAAATAGTTTGATCAATGATGATGATGATGGTTCTTCTTTGACAGGCCTTGGTGCTGAGAATCCTTTGAGTCGAAGAAA
TTCAGATTTCCAGGCAGATGCAGTGAGTGGTGATATCTTAAAGGTGGCTTCTAGTTCTGCACGTGTTGCATTTATTGTTGATGCTAATATAACATCATATTTAATGATGGGCTCTCTATCACCTGGCTTGAAATCTCATGCTGTCACCCTCTATGAAGCAGGAAAGTTGGATGATGCTAGTGTTGCAGAGCTTTGCAAAG
ATCTGCTGACATTAGAAGGCACAAAATTTGAGGGTGAGCTGCAAGAGTTTGCAAATCATGCGTTCAGTCTTCGATGTGCCCTTGAATGTCTTCGATCAGGTGGATTAAGTACCGACACCTCAGCTGATGATGTTGACTTAATTGACCTTCACTCTAGCACAGGTGGCTCTGGTAATGCAGAAAATCTGCGAAAAAGTACT
GCAAACTTAAATGGCTTGGAGGAAATAAAATCAAACGGTTCTAGAAGTCAAGACCTCCACTCGAGTGATTCTAGAATCAGTGAGACTGATGATCAGCCTTTTGCCTCAAGTGACCGATTACCAGAGTTTACTACAGTAATTGAAAATTCTTCGGAGTGTTTTCCTGACCAGTTTACAAAGTCAGAGCTTGGCTTCAATCA
GGAAGCAACCTCTTTGAGCTCTATTGAAACAACTGCCAGTGTAAAGAATCGTGTGAAGCGGAAGCGAAAATATCGAGTGGATGTCCTCCGTTGTGAAAGCTTAGCTGGCTTGGCGCCAGCAACATTGAATCGTTTATTTCATCGTGATTATGACATCATTGTTTCAATGGTTCCTCTTCCTTCTTCTCCTTCAACTATTT
TGCCTGGAGGTGCAAGTCACATCAATTTTGGTCCACCATCTTATGCTGCATTGACTCCATGGTTGAAACTGATTCTATACACAGCTGCAGGCTCTGGTCCTCTTTCTATTATTTTGATGAAAGgtcagcgactaagaattcttcctccacccttagcagggtgtgaaaaagctttgatgtgggcatgggatggatctact
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