NA ----> NA
Intron 1 GTATGCAATC ... TACTGTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 48.05 | 164.3 | 67.1 | 57.9 |
| A2 | 40.42 | 160.5 | 40.7 | 28.7 |
| A3 | 33.92 | 178.7 | 35.6 | 41.4 |
| A4 | 42.29 | 145.5 | 39.9 | 41.3 |
| A5 | 39.39 | 67.9 | 21.4 | 6.8 |
| A6 | 39.77 | 283.6 | 60.1 | 53.4 |
| A7 | 41.01 | 883.4 | 215.7 | 169.1 |
| A8 | 38.74 | 762.4 | 170.9 | 168.8 |
| A9 | 37.09 | 979.9 | 198.5 | 176.1 |
| A10 | 38.64 | 843.7 | 188.7 | 162.3 |
>TRINITY_DN123810_c0_g2_i5 from sample A1 / Example spliced isoformACTTTCTATACTTTCATGTGTTTCAAAATTTAGTTTGAGAACAAAGGTTTCAGTTATCACCGACATTATAGTGAAATTTTTTTAATATAATACAATTTGAGGGCCAAAGTTCACTTGCAGGCAATGAGATATAAGTTAGTGGTATGGTCGATTCAGAGGCTTCAATCCGCGTAGGGACACCACTAATGTTAGCAGCTGCG
AAGAAAAAAATCGATGCATTGCAAGAACACCAGTAATGGCAAGTGAGTCTCAATCAAAGTTTTCAATTATCGAAGGAACAATAGAAACTCTTAATGATGTTGAATCCTCGGGAAAAGAGTCTATTGATACTCTTCTTGCTAAGACAATTCAAGATTCCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAGAAAGCCGATGCGCAGAATATG
GAGTTTGATATAGGATACTCATTTACCTACGACGCGCAGAATATGGAATTTGATACCGTCAGTGTTGAAGATGCTTCACTTTCATGCAGTCAGCCTTCCAGCTCTAGACAGATTGTAAACATTCCCACCCTGGAAGGTTTGGTTTTGGAGGCTCAGAAAGACAAGACAATTCAAGATTCAGGCTATGAAAGACAAGACAA
TTCAAGGTTTCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAGAAAGCCGATGCCCAGAATATAGAGTTTGAAACAGGATGCTTATTTACCAGTGTTGAAGATGCTTCACTTCCATGCTGCCAGCCTTCCAGCTCTATACAGATTGTAAACATTGATGCCCTAGAAAGTTTGGTTTCGAAGGCCATGAAAGACAAGGCAATTCAAGGTTCC
GTTGGCTTGAGTGGCTTCAAAAAAGCCTATGCGCAGAATATGGAGTTTGATACAGGATGCTCATTTACCAGTGTTGAAGCTGCTTCACTTTCATGCTGCCAGCCTTCCAGCTCTATACGCATGCTGTCAGCCTTCCAGCTCTAGACAGATTGTAAACATTGATACCCTAGAAGGTTTGGTTTTGAAGGCTATGGAAGACA
AGAGAATTCAAGATTCCGTTGGCTTGAGTGGTTTCAAGAAAGAAGATGTACAGAATATGGAGTTTGATACAGGATGCTCATTTATCGGTGTTGAAGATGCTTCACTTTCATCCAGTCA
>TRINITY_DN123810_c0_g2_i13 from sample A1 / Example unspliced isoform:ACTTTCTATACTTTCATGTGTTTCAAAATTTAGTTTGAGAACAAAGGTTTCAGTTATCACCGACATTATAGTGAAATTTTTTTAATATAATACAATTTGAGGGCCAAAGTTCACTTGCAGGCAATGAGATATAAGTTAGTGGTATGGTCGATTCAGAGGCTTCAATCCGCGTAGGGACACCACTAATGTTAGCAGCTGCG
AAGAAAAAAATCGATGCATTGCAAGAACACCAGTAATGGCAAGTGAGTCTCAATCAAAGTTTTCAATTATCGAAGGAACAATAGAAACTCTTAATGATGTTGAATCCTCGGGAAAAGAGTCTATTGATACTCTTCTTGCTAAGACAATTCAAGATTCCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAGAAAGCCGATGCGCAGAATATG
GAGTTTGATATAGGATACTCATTTACCTACGACGCGCAGAATATGGAATTTGATACCGTCAGTGTTGAAGATGCTTCACTTTCATGCAGTCAGCCTTCCAGCTCTAGACAGATTGTAAACATTCCCACCCTGGAAGGTTTGGTTTTGGAGGCTCAGAAAGACAAGACAATTCAAGATTCAGGCTATGAAAGACAAGACAA
TTCAAGGTTTCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAGAAAGCCGATGCCCAGAATATAGAGTTTGAAACAGGATGCTTATTTACCAGTGTTGAAGATGCTTCACTTCCATGCTGCCAGCCTTCCAGCTCTATACAGATTGTAAACATTGATGCCCTAGAAAGTTTGGTTTCGAAGGCCATGAAAGACAAGGCAATTCAAGGTTCC
GTTGGCTTGAGTGGCTTCAAAAAAGCCTATGCGCAGAATATGGAGTTTGATACAGGATGCTCATTTACCAGTGTTGAAGCTGCTTCACTTTCATGCTGCCAGCCTTCCAGCTCTATACGCATGCTGTCAGCCTTCCAGCTCTAGACAGATTGTAAACATTGATACCCTAGAAGGTTTGGTTTTGAAGGCTATGGAAGACA
AGgtatgcaatctttttctggttattgacttagtattattgttagtgttatactttccatactcttcctccataggtaagtatgatgaatcctcgggaatagagtttactgatactcttactgttcagAGAATTCAAGATTCCGTTGGCTTGAGTGGTTTCAAGAAAGAAGATGTACAGAATATGGAGTTTGATACAGGA
TGCTCATTTATCGGTGTTGAAGATGCTTCACTTTCATCCAGTCAACCTTCCATCTCTAGGCAGATTGTAAACATTGATACCATAGAAGGTTTGGTTTCAGAGGCTAAGAAAAGCCAGGTATGTAATCTTTTCCTAGTGATTGACTTGGTATAATTGTCACCGTTTCACTTTCCATATCCTTGAACAGTATGTATGATGAA
TTTTCTTTCAGCCTCTATATAAAAATTAGAGTAAGTATTGTTCGAAATTATTTAGGTAAGGGGATGGTTTAATGGGTTGCTGAGTATTTAGACAATTCTCTGAAAGTAAGTGTTTGATTAGAGATCCTTTATATTTTCTAAAAGTATTAGATATAGAAAAACATCCCTGAATTACTGTACTAAATTTTCCAAAAACCATA
ACCCAATACTCAATGCATTGAAGTATGACTGAAACTATTGAACTTCTAACTGTTTGATTGGAGTTCCCTTCTTTTTTTAAAAGTATGTCAGATAGAGAACAACATCCCTTGAATTACCCCACTGAATTTTCCAAAAACCATAACCTGAGTCTGAATGCATTGAAGCATGACTGAAGCTATTGAACTTCTTTGTGTTTTAT
TAATGTTGTTGTTTATGTCAGTTTTATTGAGTGAACTTTTATAGTTAAATAATACAGGAATAAATAATTATGCATAATAACAAAATAGTGGTGCTTGATATAGAAAGAGTTGATGGAAGCTATGGAATTGATTCGCTCCTTGAGGGCAAAGGTACGCTGTGAAGAGGTTGCGGCTCAACGTGCAAAGGAAGAGGCACCAA
AAGGTGGCTTGGAGGTTTTGTCCAAGGTCAAGGAGTTGAGGAAAATGAGAGCACGAACAAAAGAAATTAATGATATGGTAGTGAAGTACATGTTTTAACTGGTTAAATATTTTCTACGCAAATACGCATTTTGATAACCGTGGTTTTAAATATTTTTGATTTCACAGCGTGCGGATGAGATATATGAAGAGAGGGAATTT
CTAGCTATAAAAGCACGACAACTTCGATGTCGTTTGGCACAGCTGTCTGTTTACACAGAAAAAGCTGTTTGTATGATTGAACAGGTGGAGAAAAAATTGAAAGCCCCGAGAACTTATATTGCCAAAAGAGAAAAAGAAGCTGCCGAGGAGGAGACAATGAAAAACAAAGAAAATGCCAGAAAATTGCGTTTAGTGGAAGA
AGCTCTGATGATTAAATGAGTTCACAAGATTGTTCCGAAAGCTCAAATTGTTGGGAAAAACAACAAAATCATGATAGGCTCCTGTGATGATGTCTCCCAGTGATTTTATGCATAGTAAGATAATTCTAGTGCCAGACACTCAAAAAAATTCTTTTGAATGCCAAGTATATTAGCTGATAAACAGGTTTATGTACTGGAGA
AGTAGAAGTTTCTGAGATTTTGCAATGCAACTCATATTCTGTTTATGGTGCTTCTTTCTTTGTAATGATTTTGGTCAATCATTGGTTTTAATATTTTGTGATTTGGAACTCTTGATTAAAGGAGAGATTTAAGATTTTGGTCAGTGTTTATGAAAAAAAA
Intron 2 GTATGCAATC ... TCCTGTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 62.03 | 15 | 34 | 15 |
| A2 | 62.5 | 6 | 17 | 3 |
| A3 | 25.71 | 13 | 5 | 4 |
| A4 | 34.18 | 26 | 19 | 8 |
| A5 | 43.59 | 11 | 9 | 8 |
| A6 | 23.71 | 37 | 21 | 2 |
| A7 | 36.46 | 122 | 100 | 40 |
| A8 | 28.78 | 120 | 67 | 30 |
| A9 | 25.41 | 138 | 75 | 19 |
| A10 | 30.23 | 150 | 79 | 51 |
>TRINITY_DN43173_c2_g3_i10 from sample A8 / Example spliced isoformTGGCTTGAGTGGCTTCAAGAAAGCCGATGCGCAGAATATGGAGTTTGATATAGGATACTCATTTACCTGTGTTGAAGATGCTTCACTTTCATGCTGTCAGCCTTCCAGCTCTAGACAGATATGTAAACATTCCCACCCTGGAAGGTTTGGTTTTGGAGGCTCAGAAAGACAAGACAATTCAAGATTCCGTTGGCTTGAGT
GGCTTCAAGAAAGCCGATGCCCAGAATATAGAGTTTGAAACAGGATGCTTATTTACCAGTGTTGAAGATGCTTCACTTCCATGCTGCCAGCCTTCCAGCTCTCTTCCAGCTCTAGACAGATTGTAAACATTGATACCCTAGAAGTTTTGGTTTTGAAGTTTGGTTTTGACGGCTATGAAAGACAAGACAATCTCAAGGTT
TCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAGAAAGACGATGCGCAGAATATGGAGTTTGATACAGGATTAGGATACTCATTTACACTCATTTACCAGTGTTGAAGATGCTTCGCTTCCAGTGTTGAAGATGCTTCACTTTCATGCTGTCAGACTTCCAGCTCTAGACAGATTGTAAACATT
>TRINITY_DN43173_c2_g3_i11 from sample A8 / Example unspliced isoform:TGGCTTGAGTGGCTTCAAGAAAGCCGATGCGCAGAATATGGAGTTTGATATAGGATACTCATTTACCTGTGTTGAAGATGCTTCACTTTCATGCTGTCAGACTTCCAGCTCTAGACAGATTGTAAACATTGATACCCTAGAAGTTTTGGTTTTGAAGTTTGGTTTTGACGGCTATGAAAGACAAGgtatgcaatcttttt
ctggttattgacttagcattattgttagtgttgtactttccatactcttactccatgaggaagtatgatgatttctcgggaaaagagtctattgataatcttcctgttcagACAATCTCAAGGTTTCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAGAAAGACGATGCGCAGAATATGGAGTTTGATACAGGATTAGGATACTCATTTA
CACTCATTTACCAGTGTTGAAGATGCTTCGCTTCCAGTGTTGAAGATGCTTCACTTTCATGCTGTCAGACTTCCAGCTCTAGACAGATTGTAAACATT
Intron 3 GTAAAAAAAA ... GAAACAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 24.3 | 296 | 95 | 3 |
| A2 | 23.32 | 296 | 90 | 1 |
| A3 | 20.95 | 283 | 75 | 3 |
| A4 | 22.55 | 158 | 46 | 2 |
| A5 | 24.38 | 121 | 39 | 0 |
| A6 | 22.41 | 817 | 236 | 0 |
| A7 | 25.1 | 2002 | 671 | 9 |
| A8 | 23.1 | 2230 | 670 | 10 |
| A9 | 24.23 | 2151 | 688 | 17 |
| A10 | 25.07 | 1796 | 601 | 9 |
>TRINITY_DN43173_c2_g3_i16 from sample A8 / Example spliced isoformTAGACTTTCTATACTTTCATGTGTTTCAAAATTTAGTTTGAGAACAAAGGTTTCAGTTATCACCGACATTATAGTGAAATTTTTTTAATATAATACAATTTGAGGGCCAAAGTTCACTTGCAGGCAATGAGATATAAGTTAGTGGTATGGTCGATTCAGAGGCTTCAATCCGCGTAGGGACACCAGTAATGTTAGCAGCT
GCGAAGAAAAAAATCGATGCATTGCAAGAACACCAGTAATGGCAAGTGAGTCTCAATCAAAGTTTTCAATTATCGAAGGAACAATAGAAACTCTTAATGATGTTGAATCCTCGGGAAAAGAGTCTATTGATACTCTTCTTGCTAAGACAATTCAAGATTCCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAGAAAGACGACGCGCAGAAT
ATGGAATTTGATACCGTCAGTGTTGAAGATGCTTCACTTTCATGCAGTCTGCCTTCCAGCTCTAGACAGATTGTAAACATTCCCACCCTGGAAGGTTTGGTTTTGGAGGCTCAGAAAGACAAGACAATTCAAGATTCCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAGAAAGCCGATGCCCAGAATATAGAGTTTGAAACAGGATGCTT
ATTTACCAGTGTTGAAGATGCTTCACTTCCATGCTGCCAGCCTTCCAGCTCTAGACAGATTGTAAACATTGATGCCCTAGAAAGTTTGGTTTCGAAGGCCATGAAAGACAAGGCAATTCAAGGTTCCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAAAAAGCCTATGCGCAGAATATGGAGTTTGATACAGGATGCTCATTTACCAGTG
TTGAAGCTGCTTCACTTTCATGCTGCCAGCCTTCCAGCTCTAGACAGATTGTAAACATTGATATACGGATTGTAAACATTGATACCCTAGAAGTTTTGGTTTTGAAGTTTGGTTTTGACGGCTATGAGAAGACAAGGTATGCAATCTTTTTCTGGTTATTGACTTAGTATTATTGTTAGTGTTATACTTTCCATACTCTT
CCTCCATAGGTAAGTATGATGAATCCTCGGGAATAGAGTTTACTGATACTCTTACTGTTCAGAGAATTCAAGATTCCGTTGGCTTGAGTGGTTTCAAGAAAGAAGATGTACAATTCAAGGTTTCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAGAAAGACGATGCGCAGAATATGGAGTTTGATACAGGATGCTCATTTATCAGTGTTG
AAGATGCTTCACTTTCATGCTGTCAGACTTCCAGCTCTAGACAGATTGTAAACATTCCAGTCAACCTTCCATCTCTAGGCAGATTGTAAACATTGATACCATAGAAGGTTTGGTTTCAGAGGCTAAGAAAAGCCAGAAAGAGTTGATGGAAGCTATGGAATTGATTCGCTCCTTGAGGGCAAAGGTACGCTGTGAAGAGG
TTGCGGCTCAACGTGCAAAGGAAGAGGCACCAAAAGGTGGCTTGGAGGTTTTGTCCAAGGTCAAGGAGTTGAGGAAAATGAGAGCACGAACAAAAGAAATTAATGATATGCGTGCGGATGAGATATATGAAGAGAGGGAATTTCTAGCTATAAAAGCACGACAACTTCGATGTCGTTTGGCACAGCTGTCTGTTTACACA
GAAAAAGCTGTTTGTATGATTGAACAGGTGGAGAAAAAATTGAAAGCCCCGAGAACTTATATTGCCAAAAGAGAAAAAGAAGCTGCCGAGGAGGAGACAATGAAAAAC
>TRINITY_DN43173_c2_g3_i5 from sample A8 / Example unspliced isoform:TAGACTTTCTATACTTTCATGTGTTTCAAAATTTAGTTTGAGAACAAAGGTTTCAGTTATCACCGACATTATAGTGAAATTTTTTTAATATAATACAATTTGAGGGCCAAAGTTCACTTGCAGGCAATGAGATATAAGTTAGTGGTATGGTCGATTCAGAGGCTTCAATCCGCGTAGGGACACCAGTAATGTTAGCAGCT
GCGAAGAAAAAAATCGATGCATTGCAAGAACACCAGTAATGGCAAGTGAGTCTCAATCAAAGTTTTCAATTATCGAAGGAACAATAGAAACTCTTAATGATGTTGAATCCTCGGGAAAAGAGTCTATTGATACTCTTCTTGCTAAGACAATTCAAGATTCCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAGAAAGACGACGCGCAGAAT
ATGGAATTTGATACCGTCAGTGTTGAAGATGCTTCACTTTCATGCAGTCAGCCTTCCAGCTCTAGACAGATTGTAAACATTCCCACCCTGGAAGGTTTGGTTTTGGAGGCTCAGAAAGACAAGACAATTCAAGATTCCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAGAAAGCCGATGCCCAGAATATAGAGTTTGAAACAGGATGCTT
ATTTACCAGTGTTGAAGATGCTTCACTTCCATGCTGCCAGCCTTCCAGCTCTAGACAGATTGTAAACATTGATGCCCTAGAAAGTTTGGTTTCGAAGGCCATGAAAGACAAGGCAATTCAAGGTTCCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAAAAAGCCTATGCGCAGAATATGGAGTTTGATACAGGATGCTCATTTACCAGTG
TTGAAGCTGCTTCACTTTCATGCTGCCAGCCTTCCAGCTCTAGACAGATTGTAAACATTGATGCCCTAGAAAGTTTGGTTTCGAAGGCCATGAAAGACAAGGCAATTCAAGGTTCCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAAAAAGCCTATGCGCAGAATATGGAGTTTGATACAGGATGCTCATTTACCAGTGTTGAAGCTGCT
TCACTTTCATGCTGCCAGCCTTCCAGCTCTATACGGATTGTAAACATTGATACCCTAGAAGTTTTGGTTTTGAAGTTTGGTTTTGACGGCTATGAGAAGACAAGGTATGCAATCTTTTTCTGGTTATTGACTTAGTATTATTGTTAGTGTTATACTTTCCATACTCTTCCTCCATAGGTAAGTATGATGAATCCTCGGGA
ATAGAGTTTACTGATACTCTTACTGTTCAGAGAATTCAAGATTCCGTTGGCTTGAGTGGTTTCAAGAAAGAAGATGTACAATTCAAGGTTTCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAGAAAGACGATGCGCAGAATATGGAGTTTGATACAGGATGCTCATTTATCAGTGTTGAAGATGCTTCACTTTCATGCTGTCAGACTTCC
AGCTCTAGACAGATTGTAAACATTCCAGTCAACCTTCCATCTCTAGGCAGATTGTAAACATTGATACCATAGAAGGTTTGGTTTCAGAGGCTAAGAAAAGCCAGGTATGTAATCTTTTCCTAGTGATTGACTTGGTATAATTGTCACCGTTTCACTTTCCATATCCTTGAACAGTATGTATGATGAATTTTCTTTCAGCC
TCTATATAAAAATTAGAGTAAGTATTGTTCGAAATTATTTAGGTAAGGGGATGGTTTAATGGGTTGCTGAGTATTTAGACAATTCTCTGAAAGTAAGTGTTTGATTAGAGATCCTTTATATTTTCTAAAAGTATTAGATATAGAAAAACATCCCTGAATTACTGTACTAAATTTTCCAAAAACCATAACCCAATACTCAA
TGCATTGAAGTATGACTGAAACTATTGAACTTCTAACTGTTTGATTGGAGTTCCCTTCTTTTTTTAAAAGTATGTCAGATAGAGAACAACATCCCTTGAATTACCCCACTGAATTTTCCAAAAACCATAACCTGAGTCTGAATGCATTGAAGCATGACTGAAGCTATTGAACTTCTTTGTGTTTTATTAATGTTGTTGTT
TATGTCAGTTTTATTGAGTGAACTTTTATAGTTAAATAATACAGGAATAAATAATTATGCATAATAACAAAATAGTGGTGCTTGATATAGAAAGAGTTGATGGAAGCTATGGAATTGATTCGCTCCTTGAGGGCAAAGGTACGCTGTGAAGAGGTTGCGGCTCAACGTGCAAAGGAAGAGGCACCAAAAGGTGGCTTGGA
GGTTTTGTCCAAGGTCAAGGAGTTGAGGAAAATGAGAGCACGAACAAAAGAAATTAATGATATGGTAGTGAAGTACATGTTTTAACTGGTTAAATATTTTCTACGCAAATACGCATTTTGATAACCGTGGTTTTAAATATTTTTGATTTCACAGCGTGCGGATGAGATATATGAAGAGAGGGAATTTCTAGCTATAAAAG
CACGACAACTTCGATGTCGTTTGGCACAGCTGTCTGTTTACACAGAAAAAGCTGTTTGTATGATTGAACAGgtaaaaaaaaaaaattgtttttgtttatctgatgcaattttcaaaaggcccagttgaatattcagcaggtttagatgcatttcacagtgttactatttagatccgtttcatagtatttggctgcaagga
tacatcccattgtcatgttttggatgcttttttttcattttataggttttgagattagtatcacttaacttgtggttagtgaatttgtttttatgaacagtttacttgcttctcatgttatagttgcaagaactgttcactgtcctttatgtatgcatcagttacagattattcatacatcagctaccatttatccatgt
atagctaccagttattatatatatatatatgtgtcataaaatcaatctttacaatacatttgtatcatctttattcaatctagagaaaacataaaaaccaatccactgtaaattttaaaataaaaacaagtgctacatgctattatttcaaataatttattttaaaaaaggacaattataacttgtgctttcaagctatt
ttatttaaaaatatatatataacttgtacttttagattgctgtcatgctgaatctggaagcagctaaaaaaagtaaaataaaaaattaaacatggtataaaagcatgaatgaaaattatcctatgaaaacctaaaaacttgagatggagggtaaagtggagctttgcaaatttccgatttctggctgcaatctcaagcta
cagtttttatccatacagaactatggaatatcactatataagaagctacagtttttatccatactgaactctcgtcatgatccgggtgaattcaatccagaataattttgggaaactggaaaaacattgttccactatatactgaaacttagttcataacaaaaatctgagcatgctataaatttctgactaatacttat
gaacaactttttgatgaaagagagggtctccttgttacttgattgggttacttgggtaaaatatgtgaggacttaaatgtccacaagaacattgttttactaagataaacctgagtactaggaaaagtgggcctcgaaacatatagattcacttataccaaacttgtaatagatattatgaggataaattgtatcctaag
ttgaagaagtgaattcataaggtattggtgaagatttttatatctatttttcacacatcttatcattaatacaactacttaacttgtggtaggtgaacacagacaggataacccataagttgacttcttctaattacacaggttgaaatccatgcattagttaaataggttgaaatccatgcataagctactaattagtt
ttgatttttcttttttataattatttatagaatttgtaactacttccatgaaatcaattttatgttatcctctttcaatctagaaaagacatacatgttacaactttaaaagcaatgaccatgcaccctaaccttggttaatggtttctaagagcgatgttgaactgctctcagctttgcaatttccttagtctctcaat
tggactaatgttctgaacaatcttaaataggccaatccttctactataatatgttcatggacagaggccacgaagccacattagtctctctgtctcagtgagcccaagaagccatcctgccactccaaattctaaaatataaacatatattaatataaatatataattgttaaagacatatttcaaacaatgtagaaaat
aaatacttacaggagtaaattcatccttgcaaagaaacatatattgcatttaataaacaaagatattgcatttaatgatatgcttcttaatatgttcattgtgagttctctgatatgctaactatgctatgaaacaacagGTGGAGAAAAAATTGAAAGCCCCGAGAACTTATATTGCCAAAAGAGAAAAAGAAGCTGCC
GAGGAGGAGACAATGAAAAAC
Intron 4 GCTATGGAAG ... AGATGTGAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 71.88 | 9 | 16 | 30 |
| A2 | 70.59 | 5 | 5 | 19 |
| A3 | 71.74 | 13 | 15 | 51 |
| A4 | 81.82 | 6 | 20 | 34 |
| A5 | 72.73 | 3 | 9 | 7 |
| A6 | 63.93 | 22 | 36 | 42 |
| A7 | 62.25 | 77 | 134 | 120 |
| A8 | 60.08 | 95 | 173 | 113 |
| A9 | 59.15 | 106 | 190 | 117 |
| A10 | 56.79 | 113 | 182 | 115 |
>TRINITY_DN47100_c6_g1_i7 from sample A7 / Example spliced isoformCAAAATTTAGATTGAGAATAAAGGTGTTTCAGTTATCACTCATATTATAGTGAATTTTTTTTAATACAATATAGTTTGAGGACTAATGTTCACTTCCTCACAATGAGATATAAAATTACTAGTATGGTCGATTCACAAGCTTCAAGAGATCAACTTCAGCACAGCCACATCATTAATGTTAACAGCTTTGAAGAAAAATT
GAAGCTGTGAAGAAGAATTGAAGGAACAGCAGTAATTGCAAGGCTTGAGTGGCTTCAAGAAAGCCGATGCGCAGAATATGGAGTTTGATATAGGATACTCATTTACCTATGCTCATTTATCAGTGTTGAAGATGCTTCACTTTCATGCTGTCAGCCTTCCAGCTCTAGACAGATTGTAAACATTGATACCCTAGAAGGTT
TGGTTTTGAAGGCTATGAAAGTTGAGTGGCTTCAAGAAAGCCGATGCGCAGAATATGGAGTTTGATACAGGATACTCATTTACCAGTGTTGAAGATGCTTCAGACAGATTGTAAACATTGATACCCTAGAAGGTTTGGTTTTGACGGCTATGAAAGACAAGACAATTCAAGGTTTCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAGAAA
GACGATGCGCAGAATATGGAGTTTGATATAGGATACTCATTTACCTAGAATATGGAGTTTGATACAGGATGCTCATTTATCAGTGTTGAAGATGCTTCACTTTCATGCTGTCAGCCTTCCAGCTCT
>TRINITY_DN47100_c6_g1_i5 from sample A7 / Example unspliced isoform:GCTTGAGTGGCTTCAAGAAAGCCGATGCGCAGAATATGGAGTTTGATATAGGATACTCATTTACCTGTGTTGAAGATGCTTCACTTTCATGCTGTCAGACTTCCAGCTCTAGACAGATTGTAAACATTGATACCCTAGAAGGTTTGGTTTTGAAGGCTATGAAAGACAAGACAATCCAAGGTTTCGTTGGCTTGAGTGGC
TTCAAGAAAGCCGATGCGCAGAATATGGAGTTTGATACAGGATACTCATTTACCAGTGTTGAAGATGCTTCGCTTCCATGCTGTCAGCCTTCCAGCTCTAGACAGATTGTAAACATTGATACCCTAGAAGGTTTGGTTTTGACGGCTATGAAAGACAAGACAATTCAAGGTTTCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAGAAAGA
CGATGCGCAGAATATGGAGTTTGATATAGGATACTCATTTACCTAGgctatggaagacaaggtatgcaatctttttctggttatagaattcaagattccgttggcttgagtgggttcaagaaaaaagatgtgaagAATATGGAGTTTGATACAGGATGCTCATTTATCAGTGTTGAAGATGCTTCACTTTCATGCTGTCA
GCCTTCCAGCTCT
Intron 5 GTATGCAATC ... TCCTGTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 71.43 | 4 | 4 | 10 |
| A2 | 33.33 | 8 | 1 | 4 |
| A3 | 33.33 | 4 | 0 | 2 |
| A4 | 0 | 7 | 0 | 0 |
| A5 | 66.67 | 1 | 0 | 2 |
| A6 | 100 | 0 | 0 | 1 |
| A7 | 13.33 | 26 | 0 | 4 |
| A8 | 4.35 | 22 | 0 | 1 |
| A9 | 8 | 23 | 0 | 2 |
| A10 | 27.5 | 29 | 2 | 11 |
>TRINITY_DN47793_c1_g1_i1 from sample A10 / Example spliced isoformCAGTTATCACCGACATTATAGTGAAATTTTTTTAATATAATACAATTTGAGGGCCAAAGTTCACTTGCAGGCAATGAGATATAAGTTAGTGGTATGGTCGATTCAGAGGCTTCAATCCGCGTAGGGACACCACTAATGTTAGCAGCTGCGAAGAAAAAAATCGATGCATTGCAAGAACACCAGTAATGGCAAGTGAGTCT
CAATCAAAGTTTTCAATTATCGAAGGAACAATAGAAACTCTTAATGATGTTGAATCCTCGGGAAAAGAGTCTATTGATACTCTTCTTGCTAAGACAATTCAAGATTCCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAGAAAGACGACGCGCAGAATATGGAATTTGATACCGTCAGTGTTGAAGATGCTTCACTTTCATGCAGTCAGCC
TTCCAGCTCTAGACAGATTGTAAACATTGATACCCTAGAAGCCCACCCTGGAAGGTTTGGTTTTGGAGGCTCAGTTTGGTTTTGAAGGCTATGAAAGACAAGACAATTCAAGATTCCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAGAAAGACGATGCGCAGAATATGGAGTTTGATACCGATGCCCAGAATATAGAGTTTGAAACAGG
ATGCTTCAGGATACTCATTTACCAGTGTTGAAGATGCTTCACTTCCATGCTGCCAGCCTTCCAGCTCTAGACAGATTGTAAACATTGATGCCCTAGAAAGTTTGGTTTCGAAGGCCATGAAAGACAAGGCAATTCAAGGTTCCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAAAAAGCCTATGCGCAGAATATGGAGTTTGATACAGGA
TGCTCATTTACCAGTGTTGAAGCTGCTTCACTTTCATGCTGCCAGCCTTCCAGCTCTATACGGATTGTAAACATTGATACCCTAGAAGGTTTGGTTTTGAAGGCTATGGAAGACAAGAGAATTCAAGATTCCGTTGGCTTGAGTGGTTTCAAGAAAGAAGATGTACAGAATATGGAGTTTGATACAGGATGCTCATTTAT
CAGTGTTGAAGATGCTTCACTTTCATCCAGTCAACCTTCCATCTCTAGGCAGATTGTAAACATTGATACCATAGAAGGTTTGGTTTCAGAGGCTAAGAAAAGCCAGAAAGAGTTGATGGAAGCTATGGAATTGATTCGCTCCTTGAGGGCAAAGGTACGCTGTGAAGAGGTTGCGGCTCAACGTGCAAAGGAAGAGGCAC
CAAAAGGTGGCTTGGAGGTTTTGTCCAAGGTCAAGGAGTTGAGGAAAATGAGAGCACGAACAAAAGAAATTAATGATATGCGTGCGGATGAGATATATGAAGAGAGGGAATTTCTAGCTATAAAAGCACGACAACTTCGATGTCGTTTGGCACAGCTGTCTGTTTACACAGAAAAAGCTGTTTGTATGATTGAACAGGTG
GAGAAAAAATTGAAAGCCCCGAGAACTTATATTGCCAAAAGAGAAAAAGAAGCTGCCGAGGAGGAGACAATGAAAAACAAAGAAAATGCCAGAAAATTGCGTTTAGTGGAAGAAGCTCTGATGATTAAATGAGTTCACAAGATTGTTCCGAAAGCTCAAATTGTTGGGAAAAACAACAAAATCATGATAGGCTCCTGTGA
TGATGTCTCCCAGTGATTTTATGCATAGTAAGATAATTCTAGTGCCAGACACTCAAAAAAATTCTTTTGAATGCCAAGTATATTAGCTGATAAACAGGTTTATGTACTGGAGAAGTAGAAGTTTCTGAGATTTTGCAATGCAACTCATATTCTGTTTATGGTGCTTCTTTCTTTGTAATGATTTTGGTCAATCATTGGTT
TTAATATTTTGTGATTTGGAACTCTTGATTAAAGGAGAGATTTAAGATTTTGGTCAGTGTTTATGAAGATGTTATTTTTTTTAAAATCTTCTGAACACAGTGAAATTTTTTTCGGCTAGTTTAGTCCATAAGGTAAAAGGTCTTTAAAATTTGCAGATTTGTAGATTTGAAGTTTATAAACAACTCAATAACATGATGGA
ATTTATCGCAAA
>TRINITY_DN47793_c1_g1_i6 from sample A10 / Example unspliced isoform:CAGTTATCACCGACATTATAGTGAAATTTTTTTAATATAATACAATTTGAGGGCCAAAGTTCACTTGCAGGCAATGAGATATAAGTTAGTGGTATGGTCGATTCAGAGGCTTCAATCCGCGTAGGGACACCACTAATGTTAGCAGCTGCGAAGAAAAAAATCGATGCATTGCAAGAACACCAGTAATGGCAAGTGAGTCT
CAATCAAAGTTTTCAATTATCGAAGGAACAATAGAAACTCTTAATGATGTTGAATCCTCGGGAAAAGAGTCTATTGATACTCTTCTTGCTAAGACAATTCAAGATTCCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAGAAAGACGACGCGCAGAATATGGAATTTGATACCGTCAGTGTTGAAGATGCTTCACTTTCATGCAGTCAGCC
TTCCAGCTCTAGACAGATTGTAAACATTGATACCCTAGAAGCCCACCCTGGAAGGTTTGGTTTTGGAGGCTCAGTTTGGTTTTGAAGGCTATGAAAGACAAGgtatgcaatcttttgctggtgattgacttggtatcattgttagtgttagactttccatacccttccttgatgagtatcaatgatgagtctactgattc
tcttcctgttcagACAATTCAAGATTCCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAGAAAGACGATGCGCAGAATATGGAGTTTGATACCGATGCCCAGAATATAGAGTTTGAAACAGGATGCTTCAGGATACTCATTTACCAGTGTTGAAGATGCTTCACTTCCATGCTGCCAGCCTTCCAGCTCTAGACAGATTGTAAACATTGAT
GCCCTAGAAAGTTTGGTTTCGAAGGCCATGAAAGACAAGGCAATTCAAGGTTCCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAAAAAGCCTATGCGCAGAATATGGAGTTTGATACAGGATGCTCATTTACCAGTGTTGAAGCTGCTTCACTTTCATGCTGCCAGCCTTCCAGCTCTATACGGATTGTAAACATTGATACCCTAGAAGG
TTTGGTTTTGAAGGCTATGGAAGACAAGAGAATTCAAGATTCCGTTGGCTTGAGTGGTTTCAAGAAAGAAGATGTACAGAATATGGAGTTTGATACAGGATGCTCATTTATCAGTGTTGAAGATGCTTCACTTTCATCCAGTCAACCTTCCATCTCTAGGCAGATTGTAAACATTGATACCATAGAAGGTTTGGTTTCAG
AGGCTAAGAAAAGCCAGAAAGAGTTGATGGAAGCTATGGAATTGATTCGCTCCTTGAGGGCAAAGGTACGCTGTGAAGAGGTTGCGGCTCAACGTGCAAAGGAAGAGGCACCAAAAGGTGGCTTGGAGGTTTTGTCCAAGGTCAAGGAGTTGAGGAAAATGAGAGCACGAACAAAAGAAATTAATGATATGCGTGCGGAT
GAGATATATGAAGAGAGGGAATTTCTAGCTATAAAAGCACGACAACTTCGATGTCGTTTGGCACAGCTGTCTGTTTACACAGAAAAAGCTGTTTGTATGATTGAACAGGTGGAGAAAAAATTGAAAGCCCCGAGAACTTATATTGCCAAAAGAGAAAAAGAAGCTGCCGAGGAGGAGACAATGAAAAACAAAGAAAATGC
CAGAAAATTGCGTTTAGTGGAAGAAGCTCTGATGATTAAATGAGTTCACAAGATTGTTCCGAAAGCTCAAATTGTTGGGAAAAACAACAAAATCATGATAGGCTCCTGTGATGATGTCTCCCAGTGATTTTATGCATAGTAAGATAATTCTAGTGCCAGACACTCAAAAAAATTCTTTTGAATGCCAAGTATATTAGCTG
ATAAACAGGTTTATGTACTGGAGAAGTAGAAGTTTCTGAGATTTTGCAATGCAACTCATATTCTGTTTATGGTGCTTCTTTCTTTGTAATGATTTTGGTCAATCATTGGTTTTAATATTTTGTGATTTGGAACTCTTGATTAAAGGAGAGATTTAAGATTTTGGTCAGTGTTTATGAAGATGTTATTTTTTTTAAAATCT
TCTGAACACAGTGAAATTTTTTTCGGCTAGTTTAGTCCATAAGGTAAAAGGTCTTTAAAATTTGCAGATTTGTAGATTTGAAGTTTATAAACAACTCAATAACATGATGGAATTTATCGCAAA
Intron 6 GTGAGTCTCA ... TTTGAAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 92.9 | 31 | 125.5 | 433.5 |
| A2 | 95.76 | 15.8 | 93.3 | 405.3 |
| A3 | 95.09 | 23.5 | 133.5 | 484 |
| A4 | 93.84 | 23.3 | 107.8 | 398.8 |
| A5 | 87.38 | 26 | 71.8 | 190 |
| A6 | 92.99 | 44 | 112.5 | 624.3 |
| A7 | 91.85 | 154.5 | 441 | 1812.8 |
| A8 | 90.12 | 144.3 | 266.8 | 1349.3 |
| A9 | 89.11 | 245 | 594.8 | 2077.3 |
| A10 | 90.29 | 203.8 | 562.3 | 1984 |
>TRINITY_DN43173_c2_g3_i8 from sample A8 / Example spliced isoformTGGCTTGAGTGGCTTCAAGAAAGCCGATGCGCAGAATATGGAGTTTGATATAGGATACTCATTTACCTATTTAACAACATTATATGTTCTTTGGTGCAAATCATTTCAATGTTGATATTTTATTATAAATATCTTTGGGTTTGTTGTGTACTTTGAGTTTTTTTTTGTTTTCAATACTTTTATGTGTTTCAAAATTTAGA
TTGAGAATAAAGGTGTTTCAGTTATCACTCATATTATAGTGAATTTTTTTTAATACAATATAGTTTGAGGACTAATGTTCACTTCCTCACAATGAGATATAAAATTACTAGTATGGTCGATTCACAAGCTTCAAGAGATCAACTTCAGCACAGCCACATCATTAATGTTAACAGCTTTGAAGAAAAATTGAAGCTGTGAA
GAAGAATTGAAGGAACAGCAGTAATTGCAAGATGCTCATTTATCAGTGTTGAAGATGCTTCACTTTCATGCTGTCAGCCTTCCAGCTCTAGACAGATTGTAAACATTCCCACCCTGGAAGGTTTGGTTTTGGAGGCTCAGAAAGACAAGACAATTCAAGATTCCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAGAAAGCCGATGCCCAG
AATATAGAGTTTGAAACAGGATGCTTATTTACCAGTGTTGAAGATGCTTCACTTCCATGCTGCCAGCCTTCCAGCTCTTGTAAACATTGATACCCTAGAAGTTTTGGTTTTGAAGTTTGGTTTTGACGGCTATGAAAGACAAGACAATTCAAGGTTTCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAGAAAGACGATGCGCAGAATATG
GAGTTTGATATAGGATACTCATTTACCAGTGTTGAAGATGCTTCACTTTCATGCTGTCAGACTTCCAGCTCTAGACAGATTGTAAACATT
>TRINITY_DN43173_c2_g3_i14 from sample A8 / Example unspliced isoform:TGGCTTGAGTGGCTTCAAGAAAGCCGATGCGCAGAATATGGAGTTTGATATAGGATACTCATTTACCTATTTAACAACATTATATGTTCTTTGGTGCAAATCATTTCAATGTTGATATTTTATTATAAATATCTTTGGGTTTGTTGTGTACTTTGAGTTTTTTTTTGTTTTCAATACTTTTATGTGTTTCAAAATTTAGA
TTGAGAATAAAGGTGTTTCAGTTATCACTCATATTATAGTGAATTTTTTTTAATACAATATAGTTTGAGGACTAATGTTCACTTCCTCACAATGAGATATAAAATTACTAGTATGGTCGATTCACAAGCTTCAAGAGATCAACTTCAGCACAGCCACATCATTAATGTTAACAGCTTTGAAGAAAAATTGAAGCTGTGAA
GAAGAATTGAAGGAACAGCAGTAATTGCAAgtgagtctcaatcaaagttttcaattatcgaaggaacaatcgaagctcttaataatgctgaatcttcgagaaagagtctattgataatgttcttgctaagacaattcaagattccgttagcttgagtggcttcaagaaagactgacgcgcagaatatggaatttgaaaca
gGATGCTCATTTATCAGTGTTGAAGATGCTTCACTTTCATGCTGTCAGCCTTCCAGCTCTAGACAGATTGTAAACATTCCCACCCTGGAAGGTTTGGTTTTGGAGGCTCAGAAAGACAAGACAATTCAAGATTCCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAGAAAGCCGATGCCCAGAATATAGAGTTTGAAACAGGATGCTTATT
TACCAGTGTTGAAGATGCTTCACTTCCATGCTGCCAGCCTTCCAGCTCTTGTAAACATTGATACCCTAGAAGTTTTGGTTTTGAAGTTTGGTTTTGACGGCTATGAAAGACAAGACAATTCAAGGTTTCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAGAAAGACGATGCGCAGAATATGGAGTTTGATATAGGATACTCATTTACCAG
TGTTGAAGATGCTTCACTTTCATGCTGTCAGACTTCCAGCTCTAGACAGATTGTAAACATT
Intron 7 GTATGTAATC ... CTTGATATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 24.5 | 245 | 84 | 75 |
| A2 | 23.54 | 229 | 77 | 64 |
| A3 | 19.73 | 236 | 74 | 42 |
| A4 | 22.01 | 163 | 33 | 59 |
| A5 | 20.37 | 86 | 23 | 21 |
| A6 | 21.02 | 498 | 156 | 109 |
| A7 | 22.55 | 1300 | 446 | 311 |
| A8 | 22.97 | 1269 | 399 | 358 |
| A9 | 22.45 | 1413 | 469 | 349 |
| A10 | 21.89 | 1163 | 396 | 256 |
>TRINITY_DN118156_c1_g2_i3 from sample A3 / Example spliced isoformGGGTGTTTCAAAATTTAGTTCGAGAACAAAGGTTTCAGTTATCACCGACATTATAGTGAAATTTTTTTAATATAATACAATTTGAGGGCCAAAGTTCACTTGCAGGCAATGAGATATAAGTTAGTGGTATGGTCGATTCAGAGGCTTCAATCCGCGTAGGGACACCACTAATGTTAGCAGCTGCGAAGAAAAAAATCGAT
GCATTGCAAGAACACCAGTAATGGCAAGTGAGTCTCAATCAAAGTTTTCAATTATCGAAGGAACAATAGAAACTCTTAATGATGTTGAATCCTCGGGAAAAGAGTCTATTGATACTCTTCTTGCTAAGACAATTCAAGATTCCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAGAAAGACGACGCGCAGAATATGGAATTTGATACCGTC
AGTGTTGAAGATGCTTCACTTTCATGCTGTCAGCCTTCCAGCTCTAGACAGATTGTAAACATTCCCACCCTGGAAGGTTTGGTTTTGGAGGCTCAGAAAGACAAGACAATTCAAGATTGATACCCTAGAAGCGTTTGGTTTTGACGGCTATGAAAGACAAGACAATTCAAGGTTTCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAGAAA
GCACGATGCGCAGAATATGGAGTTTGATATAGGATACTCATTTACCTGTGTTGAAGATGCTTCACTTTCATGCTGTCCAGAATATAGAGTTTGAAACAGGATGCTTATTTACCAGTGTTGAAGATGCTTCACTTCCATGCTGCCAGACTTCCAGCTCTAGACAGATTGTAAACATTGATGCCCTAGAAAGTTTGGTTTCG
AAGGCCATGAAAGACAAGGCAATTCAAGGTTCCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAAAAAGCCTATGCGCAGAATATGGAGTTTGATACAGGATGCTCATTTACCAGTGTTGAAGCTGCTTCACTTTCATGCTGCCAGCCTTCCAGCTCTATACGGATTGTAAACATTGATACCCTAGAAGGTTTGGTTTTGAAGGCTATGGA
AGACAAGAGAATTCAAGATTCCGTTGGCTTGAGTGGTTTCAAGAAAGAAGATGTACAGAATATGGAGTTTGATACAGGATGCTCATTTATCGGTGTTGAAGATGCTTCACTTTCATCCAGTCAACCTTCCATCTCTAGGCAGATTGTAAACATTGATACCATAGAAGGTTTGGTTTCAGAGGCTAAGAAAAGCCAGAAAG
AGTTGATGGAAGCTATGGAATTGATTCGCTCCTTGAGGGCAAAGGTACGCTGTGAAGAGGTTGCGGCTCAACGTGCAAAGGAAGAGGCACCAAAAGGTGGCTTGGAGGTTTTGTCCAAGGTCAAGGAGTTGAGGAAAATGAGAGCACGAACAAAAGAAATTAATGATATGCGTGCGGATGAGATATATGAAGAGAGGGAA
TTTCTAGCTATAAAAGCACGACAACTTCGATGTCGTTTGGCACAGCTGTCTGTTTACACAGAAAAAGCTGTTTGTATGATTGAACAGGTGGAGAAAAAATTGAAAGCCCCGAGAACTTATATTGCCAAAAGAGAAAAAGAAGCTGCCGAGGAGGAGACAATGAAAAACAAAGAAAATGCCAGAAAATTGCGTTTAGTGGA
AGAAGCTCTGATGATTAAATGAGTTCACAAGATTGTTCCGAAAGCTCAAATTGTTGGGAAAAACAACAAAATCATGATAGGCTCCTGTGATGATGTCTCCCAGTGATTTTATGCATAGTAAGATAATTCTAGTGCCAGACACTCAAAAAAATTCTTTTGAATGCCAAGTATATTAGCTGATAAACAGGTTTATGTACTGG
AGAAGTAGAAGTTTCTGAGATTTTGCAATGCAACTCATATTCTGTTTATGGTGCTTCTTTCTTTGTAATGATTTTGGTCAATCATTGGTTTTAATATTTTGTGATTTGGAACTCTTGATTAAAGGAGAGATTTAAGATTTTGGTCAGTGTTTATGAAGATGTTATTTTTTTTAAAATCTTCTGAACACAGTGAAATTTTT
TTCGGCTAGTTTAGTCCATAAGGTAAAAGGTC
>TRINITY_DN118156_c1_g2_i9 from sample A3 / Example unspliced isoform:GGGTGTTTCAAAATTTAGTTCGAGAACAAAGGTTTCAGTTATCACCGACATTATAGTGAAATTTTTTTAATATAATACAATTTGAGGGCCAAAGTTCACTTGCAGGCAATGAGATATAAGTTAGTGGTATGGTCGATTCAGAGGCTTCAATCCGCGTAGGGACACCACTAATGTTAGCAGCTGCGAAGAAAAAAATCGAT
GCATTGCAAGAACACCAGTAATGGCAAGTGAGTCTCAATCAAAGTTTTCAATTATCGAAGGAACAATAGAAACTCTTAATGATGTTGAATCCTCGGGAAAAGAGTCTATTGATACTCTTCTTGCTAAGACAATTCAAGATTCCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAGAAAGACGACGCGCAGAATATGGAATTTGATACCGTC
AGTGTTGAAGATGCTTCACTTTCATGCTGTCAGCCTTCCAGCTCTAGACAGATTGTAAACATTCCCACCCTGGAAGGTTTGGTTTTGGAGGCTCAGAAAGACAAGACAATTCAAGATTGATACCCTAGAAGCGTTTGGTTTTGACGGCTATGAAAGACAAGACAATTCAAGGTTTCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAGAAA
GCACGATGCGCAGAATATGGAGTTTGATATAGGATACTCATTTACCTGTGTTGAAGATGCTTCACTTTCATGCTGTCCAGAATATAGAGTTTGAAACAGGATGCTTATTTACCAGTGTTGAAGATGCTTCACTTCCATGCTGCCAGACTTCCAGCTCTAGACAGATTGTAAACATTGATGCCCTAGAAAGTTTGGTTTCG
AAGGCCATGAAAGACAAGGCAATTCAAGGTTCCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAAAAAGCCTATGCGCAGAATATGGAGTTTGATACAGGATGCTCATTTACCAGTGTTGAAGCTGCTTCACTTTCATGCTGCCAGCCTTCCAGCTCTATACGGATTGTAAACATTGATACCCTAGAAGGTTTGGTTTTGAAGGCTATGGA
AGACAAGGTATGCAATCTTTTTCTGGTTATTGACTTAGTATTATTGTTAGTGTTATACTTTCCATACTCTTCCTCCATAGGTAAGTATGATGAATCCTCGGGAATAGAGTTTACTGATACTCTTACTGTTCAGAGAATTCAAGATTCCGTTGGCTTGAGTGGTTTCAAGAAAGAAGATGTACAGAATATGGAGTTTGATA
CAGGATGCTCATTTATCGGTGTTGAAGATGCTTCACTTTCATCCAGTCAACCTTCCATCTCTAGGCAGATTGTAAACATTGATACCATAGAAGGTTTGGTTTCAGAGGCTAAGAAAAGCCAGgtatgtaatcttttcctagtgattgacttggtataattgtcaccgtttcactttccatatccttgaacagtatgtatg
atgaattttctttcagcctctatataaaaattagagtaagtattgttcgaaattatttaggtaaggggatggtttaatgggttgctgagtatttagacaattctctgaaagtaagtattgttcgaaattatttaggtaaggggatggtttaatgggttgctgagtatttagacaattctctgaaagtaagtgtttgatta
gagatcctttatattttctaaaagtattagatatagaaaaacatccctgaattactgtactaaattttccaaaaaccataacccaatactcaatgcattgaagtatgactgaaactattgaacttctaactgtttgattggagttcccttctttttttaaaagtatgtcagatagagaacaacatcccttgaattacccc
actgaattttccaaaaaccataacctgagtctgaatgcattgaagcatgactgaagctattgaacttctttgtgttttattaatgttgttgtttatgtcagttttattgagtgaacttttatagttaaataatacaggaataaataattatgcataataacaaaatagtggtgcttgatatagAAAGAGTTGATGGAAGC
TATGGAATTGATTCGCTCCTTGAGGGCAAAGGTACGCTGTGAAGAGGTTGCGGCTCAACGTGCAAAGGAAGAGGCACCAAAAGGTGGCTTGGAGGTTTTGTCCAAGGTCAAGGAGTTGAGGAAAATGAGAGCACGAACAAAAGAAATTAATGATATGGTAGTGAAGTACATGTTTTAACTGGTTAAATATTTTCTACGCA
AATACGCATTTTGATAACCGTGGTTTTAAATATTTTTGATTTCACAGCGTGCGGATGAGATATATGAAGAGAGGGAATTTCTAGCTATAAAAGCACGACAACTTCGATGTCGTTTGGCACAGCTGTCTGTTTACACAGAAAAAGCTGTTTGTATGATTGAACAGGTAAAAAAAAAAAATTGTTTTTGTTTATCTGATGCA
ATTTTCAAAAGGCCCAGTTGAATATTCAGCAGGTTTAGATGCATTTCACAGTGTTACTATTTAGATCCGTTTCATAGTATTTGGCTGCAAGGATACATCCCATTGTCATGTTTTGGATGCTTTTTTTTCATTTTATAGGTTTTGAGATTAGTATCACTTAACTTGTGGTTAGTGAATTTGTTTTTATGAACAGTTTACTT
GCTTCTCATGTTATAGTTGCAAGA
Intron 8 ATTGATGCCC ... GATTGTAAAC
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 43.91 | 663 | 613 | 425 |
| A2 | 44.7 | 592 | 583 | 374 |
| A3 | 43.69 | 725 | 645 | 480 |
| A4 | 46.18 | 563 | 575 | 391 |
| A5 | 43.89 | 333 | 293 | 228 |
| A6 | 48.33 | 1047 | 1114 | 845 |
| A7 | 47.35 | 3190 | 3251 | 2486 |
| A8 | 46.97 | 2605 | 2554 | 2061 |
| A9 | 45.93 | 3538 | 3329 | 2681 |
| A10 | 46.54 | 3185 | 3082 | 2463 |
>TRINITY_DN110199_c1_g1_i11 from sample A2 / Example spliced isoformTTTGGTTTTGAAGGCTATGAAAGACAAGACAATTCAAGGTTTCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAGAAAGCCGATGCGCAGAATATGGAGTTTGATATAGGATACTCATTTACCTGTGTTGAAGATGCTTCACTTTCATGCTGTCAGCCTTCCAGCTCTAGACAGATTGTAAACATTGATACCCTAGAAGGTTTGGTTTTGA
AGGCTATGAAAGACAAGACAATTCCAAGGTTTCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAGAAAGCCGATGCGCAGAATATGGAGTTTGATACAGGATACTCATTTACCAGTGTTGAAGATGCTTCGCTTCTAGGATACTCATTTACCTGTGTTGAAGATGCTTCACTTTCATGCTGTCAGCCTTCCAGCTCTAGACAGATTGTAAA
CATTGATACCCTAGAAGGTTTGGTTTTGAAGGCTATGGAAGACAAGAGAATTCAAGATTCCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAGAAAGCCGATGCCCAGAATATAGAGTTTGAAACAGGATGCTTATTTACCAGTGTTGAAGATGCTTCACTTCCATGCTGCCAGCCTTCCAGCTCTAGACAGATTGTAAACATTGATGCCC
TAGAAAGTTTGGTTTCGAAGGCCATGAAAGACAAGGCAATTCAAGGTTCCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAAAAAGCCTATGCGCAGAATATGGAGTTTGATACAGGATGCTCATTTACCAGTGTTGAAGCTGCTTCACTTTCATGCTGCCAGCCTTCCAGCTCTATACGGATTGTAAACATTGATACCCTAGAAGGTTTG
GTTTTGAAGGCTATGGAAGACAAGAGAATTCAAGATTCCGTTGGCTTGAGTGGTTTCAAGAAAGAAGATGTACAGAATATGGAGTTTGATACAGGATGCTCATTTATCAGTGTTGAAGATGCTTCACTTTCATCCAGTCAACCTTCCATCTCTAGGCAGATTGTAAACATTGATACCATAGAAGGTTTGGTTTCAGAGGC
TAAGAAAAGTCAGGTAGATAAAAATTTGAAAGCCCTGAGAACTTATATTGCCAAAAGAGAAAAAGAAGCTGCCGAGGAGGAGACAATGAAAAACGAAGAAAATGCCAGAAAATTACGTTTAGCGGAAGAAGCTCTGATGATTGAAGTGGCACAAGATTGTTCCGAAAGCTCAAATTGTTCGGAAAACAACAAAATCTGAA
GATAGTCTCCTTTGATGATGTCTCCTAGTGATTTTATGCATAGTAAGATAATTATAGTGCTAGATATTTGAAAAACAATCTGTTGAATGCCAAGTATATTAGTGGATAAATAGGTTTATGTACTGGAGAAGTAGAAGTTTCTGAGATTTTGCAATGCAACTCATATTCTGTTTATGGTGCTTCTTTCTTTGTAATGATTT
TGGTCAATCATTGGTTTTAATATTTTGTGATTTGGAACTCTTGATTAAAGGAGAGATTTAAGATTTTGGTCAGTGTTTATGAAGATGT
>TRINITY_DN110199_c1_g1_i11 from sample A2 / Example unspliced isoform:TTTGGTTTTGAAGGCTATGAAAGACAAGACAATTCAAGGTTTCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAGAAAGCCGATGCGCAGAATATGGAGTTTGATATAGGATACTCATTTACCTGTGTTGAAGATGCTTCACTTTCATGCTGTCAGCCTTCCAGCTCTAGACAGATTGTAAACATTGATACCCTAGAAGGTTTGGTTTTGA
AGGCTATGAAAGACAAGACAATTCCAAGGTTTCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAGAAAGCCGATGCGCAGAATATGGAGTTTGATACAGGATACTCATTTACCAGTGTTGAAGATGCTTCGCTTCTAGGATACTCATTTACCTGTGTTGAAGATGCTTCACTTTCATGCTGTCAGCCTTCCAGCTCTAGACAGATTGTAAA
CATTGATACCCTAGAAGGTTTGGTTTTGAAGGCTATGGAAGACAAGAGAATTCAAGATTCCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAGAAAGCCGATGCCCAGAATATAGAGTTTGAAACAGGATGCTTATTTACCAGTGTTGAAGATGCTTCACTTCCATGCTGCCAGCCTTCCAGCTCTAGACAGATTGTAAACattgatgccc
tagaaagtttggtttcgaaggccatgaaagacaaggcaattcaaggttccgttggcttgagtggcttcaaaaaagcctatgcgcagaatatggagtttgatacaggatgctcatttaccagtgttgaagctgcttcactttcatgctgccagccttccagctctatacggattgtaaacATTGATACCCTAGAAGGTTTG
GTTTTGAAGGCTATGGAAGACAAGAGAATTCAAGATTCCGTTGGCTTGAGTGGTTTCAAGAAAGAAGATGTACAGAATATGGAGTTTGATACAGGATGCTCATTTATCAGTGTTGAAGATGCTTCACTTTCATCCAGTCAACCTTCCATCTCTAGGCAGATTGTAAACATTGATACCATAGAAGGTTTGGTTTCAGAGGC
TAAGAAAAGTCAGGTAGATAAAAATTTGAAAGCCCTGAGAACTTATATTGCCAAAAGAGAAAAAGAAGCTGCCGAGGAGGAGACAATGAAAAACGAAGAAAATGCCAGAAAATTACGTTTAGCGGAAGAAGCTCTGATGATTGAAGTGGCACAAGATTGTTCCGAAAGCTCAAATTGTTCGGAAAACAACAAAATCTGAA
GATAGTCTCCTTTGATGATGTCTCCTAGTGATTTTATGCATAGTAAGATAATTATAGTGCTAGATATTTGAAAAACAATCTGTTGAATGCCAAGTATATTAGTGGATAAATAGGTTTATGTACTGGAGAAGTAGAAGTTTCTGAGATTTTGCAATGCAACTCATATTCTGTTTATGGTGCTTCTTTCTTTGTAATGATTT
TGGTCAATCATTGGTTTTAATATTTTGTGATTTGGAACTCTTGATTAAAGGAGAGATTTAAGATTTTGGTCAGTGTTTATGAAGATGT
Intron 9 GTATGTAATC ... CTTGATATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 24.86 | 229.4 | 59.3 | 75 |
| A2 | 23.43 | 212.6 | 53 | 64 |
| A3 | 15.97 | 223.5 | 48.4 | 42 |
| A4 | 27.68 | 155.1 | 23.2 | 59 |
| A5 | 20.97 | 80 | 15.5 | 21 |
| A6 | 19.65 | 455.1 | 98.4 | 109 |
| A7 | 21.15 | 1186 | 286.6 | 311 |
| A8 | 23.88 | 1159.9 | 257.3 | 358 |
| A9 | 21.62 | 1291.8 | 297.9 | 349 |
| A10 | 19.75 | 1062.2 | 245.7 | 256 |
>TRINITY_DN123810_c0_g2_i15 from sample A1 / Example spliced isoformAGTGGCTTCAAGAAAGCCGATGCGCAGAATATGGAGTTTGATATAGGATACTCATTTACCTGTGTTGAAGATGCTTCACTTTCATGCTGTCAGCCTTCCAGCTCTAGACAGATTGTAAACATTGATACCCTAGAAGTTTTGGTTTTGAAGGCTATGAAAGACAAGACAATTCAAGGTTTCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAA
GAAAGCCGATGCGCAGAATATGGAGTTTGATATAGGATACTCATTTACCTACGACGCGCAGAATATGGAATTTGATACCGTCAGTGTTGAAGATGCTTCACTTTCATGCTAGTCAGCCTTCCAGCTCTAGACAGATTGTAAACATTCCCACCCTGGAAGGTTTGGTTTTGGAGGCTCAGAAAGACAAGACAATTCAAGAT
TCGATACCCTAGAAGGTTTGGTTTTGAAGGCTATGAAAGACAAGACAATTCAAGGTTTCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAGAAAGCCGATGCCCAGAATATAGAGTTTGAAACAGGATGCTTATTTACCAGTGTTGAAGATGCTTCACTTCCATGCTGCCAGCCTTCCAGCTCTATACAGATTGTAAACATTGATGCCCTA
GAAAGTTTGGTTTCGAAGGCCATGAAAGACAAGGCAATTCAAGGTTCCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAAAAAGCCTATGCGCAGAATATGGAGTTTGATATAGGATACTCATTTACCTGTGTTGAAGATGCTTCACTTTCAGGATGCTCATTTACCAGTGTTGAAGCTGCTTCACTTTCATGCTGCCAGCCTTCCAGCTC
TATACGCATGCTGTCAGCCTTCCAGCTCTAGACAGATTGTAAACATTGATACCCTAGAAGGTTTGGTTTTGAAGGCTATGGAAGACAAGGTATGCAATCTTTTTCTGGTTATTGACTTAGTATTATTGTTAGTGTTATACTTTCCATACTCTTCCTCCATAGGTAAGTATGATGAATCCTCGGGAATAGAGTTTACTGAT
ACTCTTACTGTTCAGAGAATTCAAGATTCCGTTGGCTTGAGTGGTTTCAAGAAAGAAGATGTACAGAATATGGAGTTTGATACAGGATGCTCATTTATCGGTGTTGAAGATGCTTCACTTTCATCCAGTCAACCTTCCATCTCTAGGCAGATTGTAAACATTGATACCATAGAAGGTTTGGTTTCAGAGGCTAAGAAAAG
CCAGAAAGAGTTGATGGAAGCTATGGAATTGATTCGCTCCTTGAGGGCAAAGGTACGCTGTGAAGAGGTTGCGGCTCAACGTGCAAAGGAAGAGGCACCAAAAGGTGGCTTGGAGGTTTTGTCCAAGGTCAAGGAGTTGAGGAAAATGAGAGCACGAACAAAAGAAATTAATGATATGCGTGCGGATGAGATATATGAAG
AGAGGGAATTTCTAGCTATAAAAGCACGACAACTTCGATGTCGTTTGGCACAGCTGTCTGTTTACACAGAAAAAGCTGTTTGTATGATTGAACAGGTGGAGAAAAAATTGAAAGCCCCGAGAACTTATATTGCCAAAAGAGAAAAAGAAGCTGCCGAGGAGGAGACAATGAAAAACAAAGAAAATGCCAGAAAATTGCGT
TTAGTGGAAGAAGCTCTGATGATTAAATGAGTTCACAAGATTGTTCCGAAAGCTCAAATTGTTGGGAAAAACAACAAAATCATGATAGGCTCCTGTGATGATGTCTCCCAGTGATTTTATGCATAGTAAGATAATTCTAGTGCCAGACACTCAAAAAAATTCTTTTGAATGCCAAGTATATTAGCTGATAAACAGGTTTA
TGTACTGGAGAAGTAGAAGTTTCTGAGATTTTGCAATGCAACTCATATTCTGTTTATGGTGCTTCTTTCTTTGTAATGATTTTGGTCAATCATTGGTTTTAATATTTTGTGATTTGGAACTCTTGATTAAAGGAGAGATTTAAGATTTTGGTCAGTGTTTATGAAAAAAAA
>TRINITY_DN123810_c0_g2_i13 from sample A1 / Example unspliced isoform:ACTTTCTATACTTTCATGTGTTTCAAAATTTAGTTTGAGAACAAAGGTTTCAGTTATCACCGACATTATAGTGAAATTTTTTTAATATAATACAATTTGAGGGCCAAAGTTCACTTGCAGGCAATGAGATATAAGTTAGTGGTATGGTCGATTCAGAGGCTTCAATCCGCGTAGGGACACCACTAATGTTAGCAGCTGCG
AAGAAAAAAATCGATGCATTGCAAGAACACCAGTAATGGCAAGTGAGTCTCAATCAAAGTTTTCAATTATCGAAGGAACAATAGAAACTCTTAATGATGTTGAATCCTCGGGAAAAGAGTCTATTGATACTCTTCTTGCTAAGACAATTCAAGATTCCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAGAAAGCCGATGCGCAGAATATG
GAGTTTGATATAGGATACTCATTTACCTACGACGCGCAGAATATGGAATTTGATACCGTCAGTGTTGAAGATGCTTCACTTTCATGCAGTCAGCCTTCCAGCTCTAGACAGATTGTAAACATTCCCACCCTGGAAGGTTTGGTTTTGGAGGCTCAGAAAGACAAGACAATTCAAGATTCAGGCTATGAAAGACAAGACAA
TTCAAGGTTTCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAGAAAGCCGATGCCCAGAATATAGAGTTTGAAACAGGATGCTTATTTACCAGTGTTGAAGATGCTTCACTTCCATGCTGCCAGCCTTCCAGCTCTATACAGATTGTAAACATTGATGCCCTAGAAAGTTTGGTTTCGAAGGCCATGAAAGACAAGGCAATTCAAGGTTCC
GTTGGCTTGAGTGGCTTCAAAAAAGCCTATGCGCAGAATATGGAGTTTGATACAGGATGCTCATTTACCAGTGTTGAAGCTGCTTCACTTTCATGCTGCCAGCCTTCCAGCTCTATACGCATGCTGTCAGCCTTCCAGCTCTAGACAGATTGTAAACATTGATACCCTAGAAGGTTTGGTTTTGAAGGCTATGGAAGACA
AGGTATGCAATCTTTTTCTGGTTATTGACTTAGTATTATTGTTAGTGTTATACTTTCCATACTCTTCCTCCATAGGTAAGTATGATGAATCCTCGGGAATAGAGTTTACTGATACTCTTACTGTTCAGAGAATTCAAGATTCCGTTGGCTTGAGTGGTTTCAAGAAAGAAGATGTACAGAATATGGAGTTTGATACAGGA
TGCTCATTTATCGGTGTTGAAGATGCTTCACTTTCATCCAGTCAACCTTCCATCTCTAGGCAGATTGTAAACATTGATACCATAGAAGGTTTGGTTTCAGAGGCTAAGAAAAGCCAGgtatgtaatcttttcctagtgattgacttggtataattgtcaccgtttcactttccatatccttgaacagtatgtatgatgaa
ttttctttcagcctctatataaaaattagagtaagtattgttcgaaattatttaggtaaggggatggtttaatgggttgctgagtatttagacaattctctgaaagtaagtgtttgattagagatcctttatattttctaaaagtattagatatagaaaaacatccctgaattactgtactaaattttccaaaaaccata
acccaatactcaatgcattgaagtatgactgaaactattgaacttctaactgtttgattggagttcccttctttttttaaaagtatgtcagatagagaacaacatcccttgaattaccccactgaattttccaaaaaccataacctgagtctgaatgcattgaagcatgactgaagctattgaacttctttgtgttttat
taatgttgttgtttatgtcagttttattgagtgaacttttatagttaaataatacaggaataaataattatgcataataacaaaatagtggtgcttgatatagAAAGAGTTGATGGAAGCTATGGAATTGATTCGCTCCTTGAGGGCAAAGGTACGCTGTGAAGAGGTTGCGGCTCAACGTGCAAAGGAAGAGGCACCAA
AAGGTGGCTTGGAGGTTTTGTCCAAGGTCAAGGAGTTGAGGAAAATGAGAGCACGAACAAAAGAAATTAATGATATGGTAGTGAAGTACATGTTTTAACTGGTTAAATATTTTCTACGCAAATACGCATTTTGATAACCGTGGTTTTAAATATTTTTGATTTCACAGCGTGCGGATGAGATATATGAAGAGAGGGAATTT
CTAGCTATAAAAGCACGACAACTTCGATGTCGTTTGGCACAGCTGTCTGTTTACACAGAAAAAGCTGTTTGTATGATTGAACAGGTGGAGAAAAAATTGAAAGCCCCGAGAACTTATATTGCCAAAAGAGAAAAAGAAGCTGCCGAGGAGGAGACAATGAAAAACAAAGAAAATGCCAGAAAATTGCGTTTAGTGGAAGA
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Intron 10 GTAAAAAAAA ... GAAACAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 22.82 | 296 | 95 | 80 |
| A2 | 22.41 | 296 | 90 | 81 |
| A3 | 18.79 | 283 | 75 | 56 |
| A4 | 21.59 | 158 | 46 | 41 |
| A5 | 18.52 | 121 | 39 | 16 |
| A6 | 21.14 | 817 | 236 | 202 |
| A7 | 22.6 | 2002 | 671 | 498 |
| A8 | 22.26 | 2230 | 670 | 607 |
| A9 | 23 | 2151 | 688 | 597 |
| A10 | 23.05 | 1796 | 601 | 475 |
>TRINITY_DN43173_c2_g3_i16 from sample A8 / Example spliced isoformTAGACTTTCTATACTTTCATGTGTTTCAAAATTTAGTTTGAGAACAAAGGTTTCAGTTATCACCGACATTATAGTGAAATTTTTTTAATATAATACAATTTGAGGGCCAAAGTTCACTTGCAGGCAATGAGATATAAGTTAGTGGTATGGTCGATTCAGAGGCTTCAATCCGCGTAGGGACACCAGTAATGTTAGCAGCT
GCGAAGAAAAAAATCGATGCATTGCAAGAACACCAGTAATGGCAAGTGAGTCTCAATCAAAGTTTTCAATTATCGAAGGAACAATAGAAACTCTTAATGATGTTGAATCCTCGGGAAAAGAGTCTATTGATACTCTTCTTGCTAAGACAATTCAAGATTCCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAGAAAGACGACGCGCAGAAT
ATGGAATTTGATACCGTCAGTGTTGAAGATGCTTCACTTTCATGCAGTCTGCCTTCCAGCTCTAGACAGATTGTAAACATTCCCACCCTGGAAGGTTTGGTTTTGGAGGCTCAGAAAGACAAGACAATTCAAGATTCCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAGAAAGCCGATGCCCAGAATATAGAGTTTGAAACAGGATGCTT
ATTTACCAGTGTTGAAGATGCTTCACTTCCATGCTGCCAGCCTTCCAGCTCTAGACAGATTGTAAACATTGATGCCCTAGAAAGTTTGGTTTCGAAGGCCATGAAAGACAAGGCAATTCAAGGTTCCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAAAAAGCCTATGCGCAGAATATGGAGTTTGATACAGGATGCTCATTTACCAGTG
TTGAAGCTGCTTCACTTTCATGCTGCCAGCCTTCCAGCTCTAGACAGATTGTAAACATTGATATACGGATTGTAAACATTGATACCCTAGAAGTTTTGGTTTTGAAGTTTGGTTTTGACGGCTATGAGAAGACAAGGTATGCAATCTTTTTCTGGTTATTGACTTAGTATTATTGTTAGTGTTATACTTTCCATACTCTT
CCTCCATAGGTAAGTATGATGAATCCTCGGGAATAGAGTTTACTGATACTCTTACTGTTCAGAGAATTCAAGATTCCGTTGGCTTGAGTGGTTTCAAGAAAGAAGATGTACAATTCAAGGTTTCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAGAAAGACGATGCGCAGAATATGGAGTTTGATACAGGATGCTCATTTATCAGTGTTG
AAGATGCTTCACTTTCATGCTGTCAGACTTCCAGCTCTAGACAGATTGTAAACATTCCAGTCAACCTTCCATCTCTAGGCAGATTGTAAACATTGATACCATAGAAGGTTTGGTTTCAGAGGCTAAGAAAAGCCAGAAAGAGTTGATGGAAGCTATGGAATTGATTCGCTCCTTGAGGGCAAAGGTACGCTGTGAAGAGG
TTGCGGCTCAACGTGCAAAGGAAGAGGCACCAAAAGGTGGCTTGGAGGTTTTGTCCAAGGTCAAGGAGTTGAGGAAAATGAGAGCACGAACAAAAGAAATTAATGATATGCGTGCGGATGAGATATATGAAGAGAGGGAATTTCTAGCTATAAAAGCACGACAACTTCGATGTCGTTTGGCACAGCTGTCTGTTTACACA
GAAAAAGCTGTTTGTATGATTGAACAGGTGGAGAAAAAATTGAAAGCCCCGAGAACTTATATTGCCAAAAGAGAAAAAGAAGCTGCCGAGGAGGAGACAATGAAAAAC
>TRINITY_DN43173_c2_g3_i7 from sample A8 / Example unspliced isoform:TAGACTTTCTATACTTTCATGTGTTTCAAAATTTAGTTTGAGAACAAAGGTTTCAGTTATCACCGACATTATAGTGAAATTTTTTTAATATAATACAATTTGAGGGCCAAAGTTCACTTGCAGGCAATGAGATATAAGTTAGTGGTATGGTCGATTCAGAGGCTTCAATCCGCGTAGGGACACCAGTAATGTTAGCAGCT
GCGAAGAAAAAAATCGATGCATTGCAAGAACACCAGTAATGGCAAGTGAGTCTCAATCAAAGTTTTCAATTATCGAAGGAACAATAGAAACTCTTAATGATGTTGAATCCTCGGGAAAAGAGTCTATTGATACTCTTCTTGCTAAGACAATTCAAGATTCCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAGAAAGACGACGCGCAGAAT
ATGGAATTTGATACCGTCAGTGTTGAAGATGCTTCACTTTCATGCAGTCAGCCTTCCAGCTCTAGACAGATTGTAAACATTCCCACCCTGGAAGGTTTGGTTTTGGAGGCTCAGAAAGACAAGACAATTCAAGATTCCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAGAAAGCCGATGCCCAGAATATAGAGTTTGAAACAGGATGCTT
ATTTACCAGTGTTGAAGATGCTTCACTTCCATGCTGCCAGCCTTCCAGCTCTAGACAGATTGTAAACATTGATGCCCTAGAAAGTTTGGTTTCGAAGGCCATGAAAGACAAGGCAATTCAAGGTTCCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAAAAAGCCTATGCGCAGAATATGGAGTTTGATACAGGATGCTCATTTACCAGTG
TTGAAGCTGCTTCACTTTCATGCTGCCAGCCTTCCAGCTCTAGACAGATTGTAAACATTGATGCCCTAGAAAGTTTGGTTTCGAAGGCCATGAAAGACAAGGCAATTCAAGGTTCCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAAAAAGCCTATGCGCAGAATATGGAGTTTGATACAGGATGCTCATTTACCAGTGTTGAAGCTGCT
TCACTTTCATGCTGCCAGCCTTCCAGCTCTATACGGATTGTAAACATTGATACCCTAGAAGTTTTGGTTTTGAAGTTTGGTTTTGACGGCTATGAGAAGACAAGGTATGCAATCTTTTTCTGGTTATTGACTTAGTATTATTGTTAGTGTTATACTTTCCATACTCTTCCTCCATAGGTAAGTATGATGAATCCTCGGGA
ATAGAGTTTACTGATACTCTTACTGTTCAGAGAATTCAAGATTCCGTTGGCTTGAGTGGTTTCAAGAAAGAAGATGTACAATTCAAGGTTTCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAGAAAGACGATGCGCAGAATATGGAGTTTGATACAGGATGCTCATTTATCAGTGTTGAAGATGCTTCACTTTCATGCTGTCAGACTTCC
AGCTCTAGACAGATTGTAAACATTCCAGTCAACCTTCCATCTCTAGGCAGATTGTAAACATTGATACCATAGAAGGTTTGGTTTCAGAGGCTAAGAAAAGCCAGGTATGTAATCTTTTCCTAGTGATTGACTTGGTATAATTGTCACCGTTTCACTTTCCATATCCTTGAACAGTATGTATGATGAATTTTCTTTCAGCC
TCTATATAAAAATTAGAGTAAGTATTGTTCGAAATTATTTAGGTAAGGGGATGGTTTAATGGGTTGCTGAGTATTTAGACAATTCTCTGAAAGTAAGTGTTTGATTAGAGATCCTTTATATTTTCTAAAAGTATTAGATATAGAAAAACATCCCTGAATTACTGTACTAAATTTTCCAAAAACCATAACCCAATACTCAA
TGCATTGAAGTATGACTGAAACTATTGAACTTCTAACTGTTTGATTGGAGTTCCCTTCTTTTTTTAAAAGTATGTCAGATAGAGAACAACATCCCTTGAATTACCCCACTGAATTTTCCAAAAACCATAACCTGAGTCTGAATGCATTGAAGCATGACTGAAGCTATTGAACTTCTTTGTGTTTTATTAATGTTGTTGTT
TATGTCAGTTTTATTGAGTGAACTTTTATAGTTAAATAATACAGGAATAAATAATTATGCATAATAACAAAATAGTGGTGCTTGATATAGAAAGAGTTGATGGAAGCTATGGAATTGATTCGCTCCTTGAGGGCAAAGGTACGCTGTGAAGAGGTTGCGGCTCAACGTGCAAAGGAAGAGGCACCAAAAGGTGGCTTGGA
GGTTTTGTCCAAGGTCAAGGAGTTGAGGAAAATGAGAGCACGAACAAAAGAAATTAATGATATGGTAGTGAAGTACATGTTTTAACTGGTTAAATATTTTCTACGCAAATACGCATTTTGATAACCGTGGTTTTAAATATTTTTGATTTCACAGCGTGCGGATGAGATATATGAAGAGAGGGAATTTCTAGCTATAAAAG
CACGACAACTTCGATGTCGTTTGGCACAGCTGTCTGTTTACACAGAAAAAGCTGTTTGTATGATTGAACAGgtaaaaaaaaaaaattgtttttgtttatctgatgcaattttcaaaaggcccagttgaatattcagcaggtttagatgcatttcacagtgttactatttagatccgtttcatagtatttggctgcaagga
tacatcccattgtcatgttttggatgcttttttttcattttataggttttgagattagtatcacttaacttgtggttagtgaatttgtttttatgaacagtttacttgcttctcatgttatagttgcaagaactgttcactgtcctttatgtatgcatcagttacagattattcatacatcagctaccatttatccatgt
atagctaccagttattatatatatatatatgtgtcataaaatcaatctttacaatacatttgtatcatctttattcaatctagagaaaacataaaaaccaatccactgtaaattttaaaataaaaacaagtgctacatgctattatttcaaataatttattttaaaaaaggacaattataacttgtgctttcaagctatt
ttatttaaaaatatatatataacttgtacttttagattgctgtcatgctgaatctggaagcagctaaaaaaagtaaaataaaaaattaaacatggtataaaagcatgaatgaaaattatcctatgaaaacctaaaaacttgagatggagggtaaagtggagctttgcaaatttccgatttctggctgcaatctcaagcta
cagtttttatccatacagaactatggaatatcactatataagaagctacagtttttatccatactgaactctcgtcatgatccgggtgaattcaatccagaataattttgggaaactggaaaaacattgttccactatatactgaaacttagttcataacaaaaatctgagcatgctataaatttctgactaatacttat
gaacaactttttgatgaaagagagggtctccttgttacttgattgggttacttgggtaaaatatgtgaggacttaaatgtccacaagaacattgttttactaagataaacctgagtactaggaaaagtgggcctcgaaacatatagattcacttataccaaacttgtaatagatattatgaggataaattgtatcctaag
ttgaagaagtgaattcataaggtattggtgaagatttttatatctatttttcacacatcttatcattaatacaactacttaacttgtggtaggtgaacacagacaggataacccataagttgacttcttctaattacacaggttgaaatccatgcattagttaaataggttgaaatccatgcataagctactaattagtt
ttgatttttcttttttataattatttatagaatttgtaactacttccatgaaatcaattttatgttatcctctttcaatctagaaaagacatacatgttacaactttaaaagcaatgaccatgcaccctaaccttggttaatggtttctaagagcgatgttgaactgctctcagctttgcaatttccttagtctctcaat
tggactaatgttctgaacaatcttaaataggccaatccttctactataatatgttcatggacagaggccacgaagccacattagtctctctgtctgtcagtgagcccaagaagccatcctgccactccaaattctaaaatataaacatatattaatataaatatataattgttaaagacatatttcaaacaatgtagaaa
ataaatacttacaggagtaaattcatccttgcaaagaaacatatattgcatttaataaacaaagatattgcatttaatgatatgcttcttaatatgttcattgtgagttctctgatatgctaactatgctatgaaacaacagGTGGAGAAAAAATTGAAAGCCCCGAGAACTTATATTGCCAAAAGAGAAAAAGAAGCTG
CCGAGGAGGAGACAATGAAAAACAAAGAAAATGCCAGAAAATTGCGTTTAGTGGAAGAAGCTCTGATGATTAAATGAGTTCACAAGATTGTTCCGAAAGCTCAAATTGTTGGGAAAAACAACAAAATCATGATAGGCTCCTGTGATGATGTCTCCCAGTGATTTTATGCATAGTAAGATAATTCTAGTGCCAGACACTCA
AAAAAATTCTTTTGAATGCCAAGTATATTAGCTGATAAACAGGTTTATGTACTGGAGAAGTAGAAGTTTCTGAGATTTTGCAATGCAACTCATATTCTGTTTATGGTGCTTCTTTCTTTGTAATGATTTTGGTCAATCATTGGTTTTAATATTTTGTGATTTGGAACTCTTGATTAAAGGAGAGATTTAAGATTTTGGTC
AGTGTTTATGAAGATGTTATTTTTTTTAAAATCTTCTGAACACAGTGAAATTTTTTTCGGCTAGTTTAGTCCATAAGGTAAAAGGTCTTTAAAATTTGCAGATTTGTAGATTTGAAGTTTATAAACAACTCAATAACATGATGGAATTTACCGC
Intron 11 GTAGTGAAGT ... GATTTCACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 22.81 | 373.6 | 138.6 | 82.3 |
| A2 | 19.74 | 304 | 90 | 59.6 |
| A3 | 21.68 | 310.8 | 119.9 | 52.2 |
| A4 | 22.91 | 202 | 82 | 38.1 |
| A5 | 20.99 | 118.5 | 37.6 | 25.4 |
| A6 | 18.55 | 852 | 224 | 164.4 |
| A7 | 20.73 | 2104.1 | 644.3 | 456.8 |
| A8 | 19.96 | 2379.6 | 696.6 | 490.5 |
| A9 | 20.69 | 2277.8 | 716.9 | 471.9 |
| A10 | 19.85 | 1826 | 571 | 333.4 |
>TRINITY_DN123810_c0_g2_i15 from sample A1 / Example spliced isoformAGTGGCTTCAAGAAAGCCGATGCGCAGAATATGGAGTTTGATATAGGATACTCATTTACCTGTGTTGAAGATGCTTCACTTTCATGCTGTCAGCCTTCCAGCTCTAGACAGATTGTAAACATTGATACCCTAGAAGTTTTGGTTTTGAAGGCTATGAAAGACAAGACAATTCAAGGTTTCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAA
GAAAGCCGATGCGCAGAATATGGAGTTTGATATAGGATACTCATTTACCTACGACGCGCAGAATATGGAATTTGATACCGTCAGTGTTGAAGATGCTTCACTTTCATGCTAGTCAGCCTTCCAGCTCTAGACAGATTGTAAACATTCCCACCCTGGAAGGTTTGGTTTTGGAGGCTCAGAAAGACAAGACAATTCAAGAT
TCGATACCCTAGAAGGTTTGGTTTTGAAGGCTATGAAAGACAAGACAATTCAAGGTTTCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAGAAAGCCGATGCCCAGAATATAGAGTTTGAAACAGGATGCTTATTTACCAGTGTTGAAGATGCTTCACTTCCATGCTGCCAGCCTTCCAGCTCTATACAGATTGTAAACATTGATGCCCTA
GAAAGTTTGGTTTCGAAGGCCATGAAAGACAAGGCAATTCAAGGTTCCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAAAAAGCCTATGCGCAGAATATGGAGTTTGATATAGGATACTCATTTACCTGTGTTGAAGATGCTTCACTTTCAGGATGCTCATTTACCAGTGTTGAAGCTGCTTCACTTTCATGCTGCCAGCCTTCCAGCTC
TATACGCATGCTGTCAGCCTTCCAGCTCTAGACAGATTGTAAACATTGATACCCTAGAAGGTTTGGTTTTGAAGGCTATGGAAGACAAGGTATGCAATCTTTTTCTGGTTATTGACTTAGTATTATTGTTAGTGTTATACTTTCCATACTCTTCCTCCATAGGTAAGTATGATGAATCCTCGGGAATAGAGTTTACTGAT
ACTCTTACTGTTCAGAGAATTCAAGATTCCGTTGGCTTGAGTGGTTTCAAGAAAGAAGATGTACAGAATATGGAGTTTGATACAGGATGCTCATTTATCGGTGTTGAAGATGCTTCACTTTCATCCAGTCAACCTTCCATCTCTAGGCAGATTGTAAACATTGATACCATAGAAGGTTTGGTTTCAGAGGCTAAGAAAAG
CCAGAAAGAGTTGATGGAAGCTATGGAATTGATTCGCTCCTTGAGGGCAAAGGTACGCTGTGAAGAGGTTGCGGCTCAACGTGCAAAGGAAGAGGCACCAAAAGGTGGCTTGGAGGTTTTGTCCAAGGTCAAGGAGTTGAGGAAAATGAGAGCACGAACAAAAGAAATTAATGATATGCGTGCGGATGAGATATATGAAG
AGAGGGAATTTCTAGCTATAAAAGCACGACAACTTCGATGTCGTTTGGCACAGCTGTCTGTTTACACAGAAAAAGCTGTTTGTATGATTGAACAGGTGGAGAAAAAATTGAAAGCCCCGAGAACTTATATTGCCAAAAGAGAAAAAGAAGCTGCCGAGGAGGAGACAATGAAAAACAAAGAAAATGCCAGAAAATTGCGT
TTAGTGGAAGAAGCTCTGATGATTAAATGAGTTCACAAGATTGTTCCGAAAGCTCAAATTGTTGGGAAAAACAACAAAATCATGATAGGCTCCTGTGATGATGTCTCCCAGTGATTTTATGCATAGTAAGATAATTCTAGTGCCAGACACTCAAAAAAATTCTTTTGAATGCCAAGTATATTAGCTGATAAACAGGTTTA
TGTACTGGAGAAGTAGAAGTTTCTGAGATTTTGCAATGCAACTCATATTCTGTTTATGGTGCTTCTTTCTTTGTAATGATTTTGGTCAATCATTGGTTTTAATATTTTGTGATTTGGAACTCTTGATTAAAGGAGAGATTTAAGATTTTGGTCAGTGTTTATGAAAAAAAA
>TRINITY_DN123810_c0_g2_i13 from sample A1 / Example unspliced isoform:ACTTTCTATACTTTCATGTGTTTCAAAATTTAGTTTGAGAACAAAGGTTTCAGTTATCACCGACATTATAGTGAAATTTTTTTAATATAATACAATTTGAGGGCCAAAGTTCACTTGCAGGCAATGAGATATAAGTTAGTGGTATGGTCGATTCAGAGGCTTCAATCCGCGTAGGGACACCACTAATGTTAGCAGCTGCG
AAGAAAAAAATCGATGCATTGCAAGAACACCAGTAATGGCAAGTGAGTCTCAATCAAAGTTTTCAATTATCGAAGGAACAATAGAAACTCTTAATGATGTTGAATCCTCGGGAAAAGAGTCTATTGATACTCTTCTTGCTAAGACAATTCAAGATTCCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAGAAAGCCGATGCGCAGAATATG
GAGTTTGATATAGGATACTCATTTACCTACGACGCGCAGAATATGGAATTTGATACCGTCAGTGTTGAAGATGCTTCACTTTCATGCAGTCAGCCTTCCAGCTCTAGACAGATTGTAAACATTCCCACCCTGGAAGGTTTGGTTTTGGAGGCTCAGAAAGACAAGACAATTCAAGATTCAGGCTATGAAAGACAAGACAA
TTCAAGGTTTCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAGAAAGCCGATGCCCAGAATATAGAGTTTGAAACAGGATGCTTATTTACCAGTGTTGAAGATGCTTCACTTCCATGCTGCCAGCCTTCCAGCTCTATACAGATTGTAAACATTGATGCCCTAGAAAGTTTGGTTTCGAAGGCCATGAAAGACAAGGCAATTCAAGGTTCC
GTTGGCTTGAGTGGCTTCAAAAAAGCCTATGCGCAGAATATGGAGTTTGATACAGGATGCTCATTTACCAGTGTTGAAGCTGCTTCACTTTCATGCTGCCAGCCTTCCAGCTCTATACGCATGCTGTCAGCCTTCCAGCTCTAGACAGATTGTAAACATTGATACCCTAGAAGGTTTGGTTTTGAAGGCTATGGAAGACA
AGGTATGCAATCTTTTTCTGGTTATTGACTTAGTATTATTGTTAGTGTTATACTTTCCATACTCTTCCTCCATAGGTAAGTATGATGAATCCTCGGGAATAGAGTTTACTGATACTCTTACTGTTCAGAGAATTCAAGATTCCGTTGGCTTGAGTGGTTTCAAGAAAGAAGATGTACAGAATATGGAGTTTGATACAGGA
TGCTCATTTATCGGTGTTGAAGATGCTTCACTTTCATCCAGTCAACCTTCCATCTCTAGGCAGATTGTAAACATTGATACCATAGAAGGTTTGGTTTCAGAGGCTAAGAAAAGCCAGGTATGTAATCTTTTCCTAGTGATTGACTTGGTATAATTGTCACCGTTTCACTTTCCATATCCTTGAACAGTATGTATGATGAA
TTTTCTTTCAGCCTCTATATAAAAATTAGAGTAAGTATTGTTCGAAATTATTTAGGTAAGGGGATGGTTTAATGGGTTGCTGAGTATTTAGACAATTCTCTGAAAGTAAGTGTTTGATTAGAGATCCTTTATATTTTCTAAAAGTATTAGATATAGAAAAACATCCCTGAATTACTGTACTAAATTTTCCAAAAACCATA
ACCCAATACTCAATGCATTGAAGTATGACTGAAACTATTGAACTTCTAACTGTTTGATTGGAGTTCCCTTCTTTTTTTAAAAGTATGTCAGATAGAGAACAACATCCCTTGAATTACCCCACTGAATTTTCCAAAAACCATAACCTGAGTCTGAATGCATTGAAGCATGACTGAAGCTATTGAACTTCTTTGTGTTTTAT
TAATGTTGTTGTTTATGTCAGTTTTATTGAGTGAACTTTTATAGTTAAATAATACAGGAATAAATAATTATGCATAATAACAAAATAGTGGTGCTTGATATAGAAAGAGTTGATGGAAGCTATGGAATTGATTCGCTCCTTGAGGGCAAAGGTACGCTGTGAAGAGGTTGCGGCTCAACGTGCAAAGGAAGAGGCACCAA
AAGGTGGCTTGGAGGTTTTGTCCAAGGTCAAGGAGTTGAGGAAAATGAGAGCACGAACAAAAGAAATTAATGATATGgtagtgaagtacatgttttaactggttaaatattttctacgcaaatacgcattttgataaccgtggttttaaatatttttgatttcacagCGTGCGGATGAGATATATGAAGAGAGGGAATTT
CTAGCTATAAAAGCACGACAACTTCGATGTCGTTTGGCACAGCTGTCTGTTTACACAGAAAAAGCTGTTTGTATGATTGAACAGGTGGAGAAAAAATTGAAAGCCCCGAGAACTTATATTGCCAAAAGAGAAAAAGAAGCTGCCGAGGAGGAGACAATGAAAAACAAAGAAAATGCCAGAAAATTGCGTTTAGTGGAAGA
AGCTCTGATGATTAAATGAGTTCACAAGATTGTTCCGAAAGCTCAAATTGTTGGGAAAAACAACAAAATCATGATAGGCTCCTGTGATGATGTCTCCCAGTGATTTTATGCATAGTAAGATAATTCTAGTGCCAGACACTCAAAAAAATTCTTTTGAATGCCAAGTATATTAGCTGATAAACAGGTTTATGTACTGGAGA
AGTAGAAGTTTCTGAGATTTTGCAATGCAACTCATATTCTGTTTATGGTGCTTCTTTCTTTGTAATGATTTTGGTCAATCATTGGTTTTAATATTTTGTGATTTGGAACTCTTGATTAAAGGAGAGATTTAAGATTTTGGTCAGTGTTTATGAAAAAAAA
Intron 12 GTATGCAATC ... TCCTGTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 16.47 | 142 | 28 | 5 |
| A2 | 8.59 | 117 | 11 | 0 |
| A3 | 2.92 | 133 | 4 | 0 |
| A4 | 4.62 | 124 | 6 | 2 |
| A5 | 11.11 | 64 | 8 | 0 |
| A6 | 6.73 | 208 | 15 | 0 |
| A7 | 9.32 | 808 | 83 | 10 |
| A8 | 8.05 | 674 | 59 | 5 |
| A9 | 6.43 | 990 | 68 | 2 |
| A10 | 5.92 | 843 | 53 | 6 |
>TRINITY_DN47793_c1_g1_i2 from sample A10 / Example spliced isoformTGCGCAGAATATGGAGTTTGATATAGGATACTCATTTACCTGTGTTGAAGATGCTTCACTTTCATGCTGTCAGACTTCCAGCTCTAGACAGATTGTAAACATTGATACCCTAGAAGGTTTGGTTTTGAAGGCTATGAAAGACAAGACAATCCAAGGTTTCGTTGGCTTGAGTGGCTTCAAGAAAGACGATGCGCAGAATA
TGGAGTTTGATACCGATGCCCAGAATATAGAGTTTGAAACAGGATGCTTTAGGATACTCATTTACCTGTGTTGAAGATGCTTCACTTTCACAGGATACTCATTTACCAGTGTTGAAGATGCTTCGCTTCCATGCTGTCAGCCTTCCAGCTCTAGACAGATTGTAAACATTGATACCCTAGTTTCAAGAAAGAAGATGTAC
AGAATATGGAGTTTGATACAGGATGCTCATTTATCAGTGTTGAAGATGCTTCACTTTCATCCAGTCA
>TRINITY_DN47793_c1_g1_i9 from sample A10 / Example unspliced isoform:GTGTTGAAGATGCTTCACTTTCATGCTGTCAGACTTCCAGCTCTAGACAGATTGTAAACATTGATACCCTAGAAGGTTTGGTTTTGAAGGCTATGAAAGACAAGgtatgcaatcttttaccctagtctggttattgacttagcattattgttagtgttgtactttccatactcttactccatgaggaagtatgatgattt
ctcgggaaaagagtctattgataatcttcctgttcagACAATCCAAGG