sp|Q9SJM0|CALSA_ARATH ----> Callose synthase 10


Intron 1 GTATCAGTGA ... TCGTTGACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A177.55114135
A286.3664729
A392.534232
A480.7283829
A581.822810
A674.713380115
A770.75316090
A869.294375119
A971.89265875
A1066.99172148



>TRINITY_DN47930_c0_g2_i2 from sample A7 / Example spliced isoform
AGGTATTCACATTCAGCAAAAAGTGGCAGACCTTTTTGCTAGTATTTTGGCATTTGTCCCAACTGGTTGGGCTATTCTATGTCTTGCAATAACATGGAAATCCGTGGTAAAAAGGCTGGGCTTATGGAAGTCTGTTTCTGCAATTGCTAGATTATACGATGCGGGCATGGGTATTCTGTTGTTTATTCCTATCGTAGTGT
TGTCATGGTTTCCCTTCGTATCGACATTCCAGACGCGTCTTCTGTTTAATCAGGCTTTCAGTCGTGGGCTCGAGATCTCTCTCATTCTTGCAGGGAACAAGCCAAATGCTCAGTTATGATAATGCAACAGTTGGCCCCTGGCTTTCTCGAGGCCGTATCTCATATTATTGTTAATGATTATTTATCATCATTCCATCTAT
AAAATTGCATGTATTCATTTTTACGATACCAAGGAAATTTTACTTTGTATCATAGCGATTAGACAACGAGGATATTTTATGGTTTTGGGACATGTTGGTGACATGGATATCTGCTTGTTGGACATGAGAGGCTGTGAATTATTGAAAACCAGTACCTACTGGTTGATGTACTAGTTAATGTTTTAATGGCAGAAAGTCAT
ATTTGGCATCTTTTTGGGATTCAACTTGCCTGTAATTGGTCATACATGAGCGGTGTTAAATATCATAACACGCTAGAGAACTGGAGAAAAAAATTAAAATTACCGTCATGATAACGTAACGTTGTTATTTGTAAAGTTTTTATTTGCTTCCCTTGACATAAAACTACAACAATAATTTGTTCAAAGGTACAAAAGTTACA
ACATAACATGTATGACAG


>TRINITY_DN47930_c0_g2_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:
GATGTTCCAGGGTTTAACCATCATAGCTTTCAATGATGGTAAGATTAACATGGGCACAATTAAGGAAGTTCTTAGTGTGGGCCCTACATATTTTATCATGAGGTTCATAGAAAGTGTACTTGATATTCTGATGATGTATGGAGCTTTTGCAATGGCTCGTGGTTTAGCAATTGCAAGGATATTCCTGCATTTTCTCTTGT
TTGGAAGTGCTTCTGGATTTGTTACCTATCTTTATGTGAAGGTGCTTGAAGAACGTAGCAAATCAAATTCAGATTCATTCTATTTTAGGATCTATGCCCTTGTTTTGGGAGTTTATGCAGCTGTCAAGATCTGTTTTAGTCTTATGCTTCGGATTCCTGCATTCCGAAATCTAACCAACAAGTGTGATCAGTGGTCGCTT
ATTCAATTCTTTAAGTGGATGCATCAGGAAAGGTATTATGTTGGACGTGGTCTGTATGAAAGGACTGGTGACTACTGTAGGTATGTGCTTTTCTGGTTGGTGATATTTGGATGCAAGTTTTCATTTGCCTATTTTCTTCAGATAAAGCCACTGGTTAAGCCCACAAGGATAATAAAGGACTTGACAGATTTGAGTTACTC
ATGGCATGATTTGTTATCAAAAAACAATCACAATGTGTTGACAATTGCTACTCTTTGGGCTCCTGTTCTTGCTATATATGTGTTGGATCTTCAAATTTTTTATACTCTTTTATCGGCTATTGTTGGAGGAGTCATTGGAGCAAGAGATCAACTGGGAGAGATACGATCCATTGAGATGGTCCATAAGCGCTTCGAGAGTT
TCCCTGAAGCATTTGTGAGAAACCTTGAGCCACCAATATTCAACAGGCTTCATAGTGATGCTACTAATGCTCAGGCATCTACAGAGACAAGTAAAATCTATGCTGGGAAGTTCTCACCCTTCTGGAATGAAATTATTAAAAGCCTCCGTGAAGAAGATTACATTACCAATCGGGAAATGGAATTGCTTCTCATCCCAAGT
AATTCTGGAAGCTTAAATTCAGTACAATGGCCACTTTTTCTTCTATCCAGTAAGATTTTTATGGCCATAGACTTGGCTGTGGAATGCAGAGGCGCACAAATGGAACTGAGGGACAGAATTTTGAAAGATGAGTATATGTACTATGCTGTTGTCGAATGCTACTACAATGTGGAGAAGATACTGAAATCATTGCTAGATAA
TGAAGGCAGGCTATGGGTTGAAAGATTGTATCGTGATGTAAATGATAGTATACAAGATGGATCTGTTCTTGTCAATTTCCAAATAGATAAGCTTCCTCTTCTGCTATCAAGAATGACAGCACTGACAGGCCTTCTGATACATGAAGAGAAACCTGATCTAGCAAAAGGGACTATGAAAGCTATGCAAGATCTTTATGATG
TAGTTACTCATGATATCTTGTCACCCCCTCTCAGAGAGTATTATGACAATTGGGGCATTCTCACAAAAGCAAGGATTGAAGGACGCCTCTTCTCACAGATGGAATGGCCTAAAGATCCTGAAATTAAGGAGCAGATCAAGAGGTTGCACTTGCTCCTGACTATCAAAGACTATGCTGTCAATATCCCAAAAAACCTAGAG
GCAAGTCGTCGACTAGAATTTTTTACAAACTCTTTGTTCATGAAAATGGCACCGGCAAAGCCTGTGCGAGAGATGATGTCTTTTAGTGTCTTTACTCCATACTACAGTGAGACTGTATTGTACAGCATGTCCGAATTACGGAAGGAAAACGAAGATGGAATTTCTATTCTTTTTTATCTACAAAAGATATTTCCAGATGA
ATGGAAAAATTTTCTGGAGCGTATTGGTCGAGATGAAACTACACTAGATTCGGAGCTTCAGGAAAATTCAAGTGATCTCTTGGAGTTGCGTTTATGGGCTTCATATCGTGGCCAAACATTAGCAAGAACTGTTCGAGGTATGATGTACTATAGAAAAGCTCTGATGCTACAAAGCTATATGGAGAAGCCATTCTATGGGG
ACATCGAGGATGGGATTTCTGGAGTTGATTTGACAAATACACAGGGATATGAGATATCTCGCGATGTACGAGCTCAAGCAGATTTGAAATTTACCTATGTTGTGACATGTCAAATTTATGGACAACAGAAGGTAAAACGAGCAACAGAAGCTGCTGATATTGCTCTTCTCATGCAAAGAAATGAAGCGCTTAGGGTGGCT
TATATTCATGTTGAGGAGACTCTGAAAGATGGGAAAACGCACAAGGAGTTCTATTCAAAACTTATCAAAGCTGATGCAGATGGTAATGACCAGGAAATTTATTCGATCAAGTTGCCTGGGGATCCAAAGCTTGGAGAAGGAAAGCCTGAAAATCAAAATCATGCGATAATCTTCACTCGTGGAGAAGCTATTCAAACTAT
TGACATGAATCAAGACAACTATTTCGAGGAGGCTCTCAAAATGCGTAATCTTCTTGAAGAATTTCATAGTGATCATGGGCTTCGCTCTCCAACAATTCTTGGTGTTCGTGAGCATGTATTCACTGGAAGTGTATCATCTTTAGCCTGGTTCATGTCTAACCAGGAAACAAGTTTTGTGACTTTGGGTCAACGTGTCCTGG
CAAATCCTCTAAAGGTCCGTATGCATTATGGACATCCAGATGTTTTTGATAGGATTTTTCATATCACACGAGGAGGCATAAGTAAGGCATCTCGGGTCATTAATATCAGTGAAGATATTTATGCAGGGTTCAATTCCACTTTACGACAGGGAAACATCACTCATCATGAATACATTCAGGTTGGAAAGGGACGAGATGTC
GGACTAAACCAGATTGCTTTGTTTGAGGGTAAAGTAGCCGGTGGCAATGGAGAACAGGTTCTCAGCAGAGATATGTATAGACTTGGACAGCTCTTTGACTTTTTCAGGATGTTGTCCTTCTACTTCACTACTGTTGGTTTTTATGTTTGTACGATGTTGACAGTCTTGACGGTTTATGTTTTTCTTTATGGTAAAGCATA
TCTAGCCCTGTCTGGTTTGGATATTGCAATCACCAAAAAAGCTCGTTCTTTGGATAGCACAGCCCTGGAGGCAGCTCTTAATACACAGTTCCTGTTCCAAATTGGTGTATTTACTGCTGTGCCAATGGTCATGGGTTTCATCTTAGAACAGGGACTTCTGAAGGCTGTTGTGAATTTCGTGACAATGCAACTTCAACTAT
GCTCTGTATTCTTTACATTTTCTCTTGGAACAAGAACTCATTATTTTGGACGGACTCTTCTCCATGGAGGTGCCAAGTACAGAGCAACTGGAAGAGGATTTGTTGTCCGTCATATCAAATTTGCAGAGAATTACAGGCTTTACTCTCGCAGTCATTTTGTCAAGGCGTTCGAAGTTGTTGTGCTACTCATAGTCTATGTG
GGATATGGTTATGCCAATGGTGCAGTCTCCTACGTCCTTCTGACTATCAGTAGTTGGTTTCTTGCCATATCATGGCTTTTTGCTCCTTATATTTTCAACCCCTCTGGGTTTGAATGGCAGAAAACTGTGCAGGACTTTGACGATTGGACCACCTGGCTTCTCTACAAAGGTGGAATTGGAGTGAAAGCAGAAGAGAGCTG
GGAAACTTGGTGGGATGAGGAGCAGGTACACATTCGCACATTGAGGGGAAGAATTTTTGAGACAATTCTTAGTTTACGGTTTTTTGTCTTTCAATATGGCATTGTGTACAAGTTACATGCTTCTGGAAAATCAACTAATCTATCGGTGTATGGTATATCTTGGCTTATACTGGTTGCTATGATTTTGATTTTCAAGGTAT
TCACATTCAGCAAAAAGgtatcagtgaatttgcagttaatggtgcgatttgttcagggcgctacatttatagcagtagtggcggggcttgtgctcacagttgctatcacatcgttgacagTGGCAGACCTTTTTGCTAGTATTTTGGCATTTGTCCCAACTGGTTGGGCTATTCTATGTCTTGCAATAACATGGAAATCC
GTGGTAAAAAGGCTGGGCTTATGGAAGTCTGTTTCTGCAATTGCTAGATTATACGATGCGGGCATGGGTATTCTGTTGTTTATTCCTATCGTAGTGTTGTCATGGTTTCCCTTCGTATCGACATTCCAGACGCGTCTTCTGTTTAATCAGGCTTTCAGTCGTGGGCTCGAGATCTCTCTCATTCTTGCAGGGAACAAGCC
AAATGCTCAGTTATGATAATGCAACAGTTGGCCCCTGGCTTTCTCGAGGCCGTATCTCATATTATTGTTAATGATTATTTATCATCATTCCATCTATAAAATTGCATGTATTCATTTTTACGATACCAAGGAAATTTTACTTTGTATCATAGCGATTAGACAACGAGGATATTTTATGGTTTTGGGACATGTTGGTGACA
TGGATATCTGCTTGTTGGACATGAGAGGCTGTGAATTATTGAAAACCAGTACCTACTGGTTGATGTACTAGTTAATGTTTTAATGGCAGAAAGTCATATTTGGCATCTTTTTGGGATTCAACTTGCCTGTAATTGGTCATACATGAGCGGTGTTAAATATCATAACACGCTAGAGAACTGGAGAAAAAAATTAAAATTAC
CGTCATGATAACGTAACGTTGTTATTTGTAAAGTTTTTATTTGCTTCCCTTGACATAAAACTACAACAATAATTTGTTCAAAGGTACAAAAGTTACAACATAACATGTATGACAG



Intron 2 GTAAGTTCTA ... CAATATGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A122.6656116
A232.9543.2221
A324.9747.6015
A431.5733.2015
A525.2536.2212
A642.86403
A705.700
A837.5503
A944.078.907
A1031.4313.306



>TRINITY_DN132243_c0_g1_i14 from sample A1 / Example spliced isoform
GTAATTTAAGGGGTTTCTCTTTTATAATGCTACGTGGAAACGTCCACCAATGAAGCCGTCAGTGAAGCAACACGACTGGGCAAGAAGTTGAAGGATACAATTACTTTGATGGTTTTGCGCGTAGGAATTTGAGCTCTGCGCGTATAACGCTGACACGGCAATGGGCTTTTCTGTCGAATATAAACTTTGGAGTCGTGACT
TGCAGCTCGCTTGAATCTCGGTTTGGAGGGCTTGTAAGTTTTGAGTTTCAGACAATACGTTGGAGCTCTGCTAGTTTTGGCCGGGAAGATGCCTGAATGTCTCCAAGGGTTTTATGATAAGCGTCTGAAGTTTTAAATCCTCCCTTAGCTGGAGCATACGCAGGCTTCAGCTTTCGCCTTTTAATTAGCGGAATAATTTA
TGGAGGATTTGGCAGTCGATTTAGTACATTACTGACAGTAACTGGGTTTGAGTTGGCTGAAAGATTCTATCAAACAATTGTCAAGTCCTCTTCGTTCCTGGGATCTCTTCACCTTATCAAATACAGAGAGCACAAACGTCATAGGTATTGAGTTCAATTGAAGCTATAATTAGAGTCCATGTTTTGAGTAGATCGACACA
CTAGAAGTACTCGAGATGTCGAGGGCAGAGACGAACTGGGAGCGACTGGTTCGCTCAGCCCTGCAGAGGCAGCAGCGAAGTAGCCAAAAGCCGGGCAGAATCAATAGTGGGCTTTCTAGTGCTGTCCCTTCTTCCTTGAACGCTGCCAACATCGATGCCATTCTCAAGGCCGCAGATGAAATTCAGGACGAAGATCCCAA
TGTTGCTCGCATTTTGTGTGAGCATGCATATTCTTTGGCACAAAATCTGGATCCAAATAGTGAAGGAAGAGGCGTGCTGCAATTCAAGACAGGATTGATGTCAGTCATCAAGCAAAGGCTTGCAAAAAAGGATGGTGGACAAATTGATCGAAGCCAAGATATTGCCCGCATACAAGAGTTCTACAAGCGCTATAGAGAAA
AGCATAGACTGGATGAACTTCAGGAGGAGGAGCTGAAATTACAGGAGTCGGGGACTTTCAGTGGTGATCTTCAAGAGTTGGAGCGAAGAACTCTTAAAATGAAGAGATTGTATGCAACTTTAAAGGTTCTAGGGGAGGTTGTGGAGGCACTTACAAGGGAAGAGGCTCCTGAAGATGCATCCAATTTGATTCCTGAAGAG
TTCAAAAAAGTAATGGAATCAGATGCAGCGATGACTGAAGGAGCGGTTGCTTATAACATTGTACCATTAGATGCACCTGTGGTTGCTAATGCTATTACCTCTTTTCCAGAGGTGAAGGCTGCAATTTCGGCATTAAGTTATTCTAGAGATTGGCCAAGGTTGCCGGATGATTATTCTGTGCCTCAGGGAAGGAGCATGGA
TATTCTTGATCTTCTACAATATATTTTTGGATTCCAGAATGACAATGTGAGCAACCAGCGCGAACATATTGTTCTCTTGCTTTCAAATGCACAAGCTCGCCTTCGTATCCCTGATGAAGTTGAACCGAAGATGGATGAAGAAGCAATCCGCACGGTGTTTGGGAAGTCTCTTGATAATTACATGAAATGGTGCAGCTATT
TGGGCATGCCTGTTTGGAATAACCTGGAAGCATTGCAGAAAGAAAAACTGATTTTAGTTTGTCTATACTACTTGATTTGGGGAGAAGCCGGCAATGTTCGCTTTTTGCCTGAGTGCATCTGTTACATTTTTCATCATATGTCAAGAGAGCTGGAAGATATTTTGAGACAAGAATCAGCACAACCGGCCAAGAGTTGCATT
GGTGATGCTGGAGTTTCCTTTCTTCAGCAAGTCATCATGCCATTATATGAAACTCTGGCAGCGGAGGCAGCAATTTGTGATAATGGTAAACAACCACATTCTGCATGGCGGAACTATGATGATTTCAATGAGTATTTTTGGTCCCGTAATTGTTTTGAGCTAGGTTGGCCATGGAACAAGGATGCACCATTTTTCTTTAA
ACCTAAGAAAGGAGTTAAGGATTCAAGTGACAGTCGCCGAATTGGTAAAACTTACTTTGTGGAACACCGGACATTCTTCCACTTGTATCATAGCTTTCATCGCTTGTGGATCTTCTTGGCTATGATGTTTCAGGGTTTGACCATCATAGCTTTCAATGATGGGAAGATTAATTCGGGTGTGATAAAAAAACTTCTTAGTG
TTGGACCAACCTTTCTCATTATGAAGTTTATAGAGAGTTTTCTTGCTATTATGATGATGTATGGAGCCTATGGAGCAACCCGTAGTGTTGCTGTTTCTAGGATATTTCTTCGTTTTCTGTGCTTTGGAGGTCTTTCGGGGCTTATGTCTTATCTTTATGTGAAGTCACTTCAAGTTTCGGGTGAAAGTTCTATATTTTTT
AAGATATATATTTTTGTTTTGGGAGTGTATGCTGTTACCCAGTTCTTTTTCAGTTTCCTTATGCGAATTCCTGCTTGCCATGTGCTAACTGAGAGATGTGACCAATGGTCACCTGTACGATTCATAAAGTGGATGCATCAGGAACACTATTATGTTGGGCGAGGGCTATATGAGAGGCCAAGTGACTACATAAGATATGT
GTTTTTTTGGTTGGTGGTTTTCGGCTGCAAGTTTTCTTTTGCCTATTTTCTTGAGATAAAGCCATTGGTAAAACCAACTAGAATAATTGTAGTGGAGAAGGACTTACGATACTCATGGCATGATTTTGTCTCAAAGAATAATCACAATGCGCTGACTATTGCTAGTCTCTGGGCACCAGTTCTTGCTATCTATGTTCTAG
ATCTGTATATTTGGTACACAGTTTTATCTGCTATTGTGGGTGCTCTTATTGGAGCAAAAGAACGACTTGGAGAGATACAGTCAATAGAAACTGTCCGTAAGCGCTTTGAAAGTTTTCCAGAAGCATTTACGAAAAGAATTCAAGCAACAAAGACTAAGAGGCATAGTAGTGGTGTATCACTTGGTCAGGCATCCACTGAA
GCCAAAAAGAGTTATGCTGCCATATTTTCTCCATTCTGGAATGAAATTATCAAGAGCATACGTGAGGAAGATTATATTGCGAATCGGGAGATGGAGTTACTTCTTATCCCAGGCAATACTGGAAACTTACCCTTAGTACAATGGCCTCTTTTCCTTCTGGTCAGCAAGATTTTTCTGGCCGTAGAAATGGCTGTAGAAAG
CAAAGATTCACAGGTGGAACTCTGGGAAAGAATTTCCAAAGATGAGTATATGAAATATGCAGTTGTGGAATGCTATTACAGTGTGGAAAATATATTGAAAGCAATACTGGATGATGAGGGAAGATTATGGGTGGACAGGATATTTTCTGACATAATGGAGAGTCTACAGAAAGCGTCTATTCTTGATGATTTTCAACTGA
CCAAGCTACCTCTTGTGCTATTAAAAATCACTGCACTGACTGGACTTTTGATACATGATGAGACACCTGATTTGGCAGAGGGTGCTGTGAAAGCCGTCCAGGATCTTTACGATGATGTAACCCATGATATTCTTTCATATAATTTAAGAGAGCACTATGACACCTGGAGGATCCTGGCAAAAGCAAGGAATGAAGGACGA
CTGTTCTCCAAACTCGAATGGCCCAAAGATCCAGAACTGAGACAACAAATCAAACGGCTTCATTTACTCCTGACTATAAAGGAATCTGCTGCCAATATTCCGAAGAATTTGGAGGCAAGACGCCGATTACAATTTTTCACTAATTCCTTGTTCATGAAAATGGCACCAACAAAACCTGTGCGAGAAATGCTTTCATTCAG
TGTGTTTACTCCATATTACAAGGAAACTGTTATGTATAGTATTAATGAATTAGAAAAGGAAAACGAAGATGGCATTTCTACAGTGTTCTATCTTCAAAAAATCTTTCCAGATGAATGGAAATATTTTCTGGAGCGTATTGGTCGAGATGAAGGTACACTTGTGTCAGAGCTTAAAGAAAATTCAAATGACCTTTTGGAAT
TGCGGTTATGGGCTTCTTATAGAGGACAGACATTAGCTAGAACTGTTCGGGGCATGATGTACTATCGAAGGGCACTTGTGCTAGAAAGCTATATGGAAAGGCCAATCTATGATGACATTGAGAATATCCTCCCTCAATCCACTATAACCAGTACGCATGGGTATGAGTTATCACGGGAAGCACGTGCACAAGCAGATTTG
AAGTTCACATATGTTGTGACCTGCCAAATCTACGGAAAACAGAAGCAAGACCGAAACCCAGAGGCTGCTGATATTGCATTTCTAATGCAAAGGAACGAGGCACTTAGAGTCGCCTTCATTGATATCGTTGAGAAGCTCAAGGATGGAAAAGTCTGCAAAGAGTTCTATTCAAAACTTGTCAAAGCTGATGTGCATGGAAA
AGACAAGGAAATATACTCGATCAAGTTGCCAGGAAATCCTTTACTTGGGGAGGGAAAGCCAGAAAACCAAAACCATGCAATAATTTTTACTCGTGGAGATGCTGTTCAAACTATTGACATGAATCAGGACAACTACTTTGAGGAAGCTTTGAAAATGCGCAACCTTTTGGAAGAATTTTATGCCGATCACGGACTTCGGC
TTCCTACAATTCTTGGTGTTCGAGAGCATGTTTTCACTGGAAGTGTGTCATCTTTAGCTTCGTTTATGTCCAATCAAGAAGAAAGTTTTGTGACATTGGGTCAGCGTGTTTTGGCAAATCCTCTAAAGGTTCGCATGCACTATGGACACCCAGATGTTTTTGACAGAATTTTTCACATCACGAGAGGAGGCATAAGCAAG
GCATCACGTATTATTAATATAAGTGAAGATATCTATGCAGGGTTTAACTCCACCTTACGGCAAGGCAATATCACTCATCATGAATACATTCAGGTGGGAAAGGGCCGAGATGTTGGACTTAATCAGATTGCAATGTTTGAGGGGAAAGTTGCAGGTGGTAATGGAGAACAAGTTTTAAGCAGAGATGTTTATAGGCTTGG
GCAGCTCTTTGATTTCTTTAGGATGTTATCATTCTACTTCACAACAGTCGGCTTTTATTTTTGTACGATGATGACAGTTCTGACTGTATATATTTTTCTATATGGTAGAGCATATCTGGCTTTGTCTGGAGTTGGTGGATCTATCATGGAGAAAGTTAAAGGCAACACTGCACTGACTGCTGCTCTTAACACACAGTTTT
TATTCCAAATTGGTATATTTACTGCTGTGCCAATGATACTGGGTTGCATCTTGGAGCAAGGATTTTTGAAGGCCATTGTTAGTTTTGTCACAATGCAGATGCAGCTTTGCTCTGTATTTTTCACATTTTCTCTTGGGACAAGGACTCACTACTTTGGCCGCACCATTCTTCATGGTGGAGCAAAGTACAAAGCAACTGGA
AGAGGTTTTGTTGTCCAACATATCAAATTCGCAGAAAATTACAGGCTTTACTCTCGCAGCCATTTTGTAAAAGCACTAGAAGTGGCAATGCTTTTATTGGTCTACACAGCATTTGGTTATAATACAGAGGGTGCATTTGCATACATCCTTCTCACTATCAGTAGTTGGTTCCTTGTTATATCTTGGTTATTTTCCCCCTA
CGTCTTCAATCCTTCTGGCTTTGAGTGGGAAAAGACTGTAAATGATTTCAAAGATTGGACCAATTGGCTCCTTTATAGAGGTGGAATTGGAGTTAAAGGAGAAGAGAGTTGGGAAGCTTGGTGGGATGAGGAACAGGCACATATTCGTTCTTTGAGAGGAAGGATATTTGAGACCATACTAAGTCTACGATTTTTCATCT
TTCAGTATGGTATTGTGTACAAATTACATGCCACTGGAAATGACACTTCCCTTAAGGTTTATGCTTGGTCGTGGATTGTATTAACTGGCCTAATTTTGATATTTAAGATTTTCACATTCAGCCAAAAAGTATCAGTAAATTTCCAATTATTGCTACGACTCATACAGGGCATTACATTTATGTCATGCTTAACTGCCCTT
GTAGTTGTAGTTATTAAGACTGACTTGACAGTGACAGACCTTTTTTCCAGTATGCTTGCATTCATACCAACTGGATGGGGTATCCTGTGTCTTGCTATTGCATGGAAACCTATTGTGAAGAGGCTTGGATTATGGAAGTCGATCCGTTCACTTGGCCGTCTATATGATGCAGGAATGGGCATGATTGTGTTCATCCCCAT
TGCAATATGTTCGTGGTTGCCTTTTGTGTCAACATTCCAGACACGCCTTATGTTCAATCAGGCTTTTAGTCGTGGGTTAGAAATCTCTCTTATTCTTGCAGGGAACAAGCCAAACAAAGAACTATAAGGTCTCTGGAATTTCCACGAGCTTTGACAGAGGCTCTATTTTATCTTCTTAGTAAGATGTATTCTTATGTTAT
TGTTGAAAGCCTGTTATCTGCGTCGAGCAACTTCCTGCAGTATATTGAATCAACAGGTCTTTCTAGGGGTTAGTATTCAAAACCTTGGAGGAGCATGCAAAAGTCTGTCTGTGAAATGTAAATACTAAAATCGTATGAGCTTGGTTTATGTTAATATCTTTATGTATTCATATAGCGATGATGGAATGCATCCGGTTTTA
TTATCATCTTATTTGATTCATGAGAACAAACTTTGTTTCTCAAAACTCAAGGTAGCCAGGGGCTCGTTGATCAATCTGTTAGAAATATGTATTTTAGAATATTATAAATGTGACGGGTTGAATTACTCCTGAACAGGGCTG


>TRINITY_DN132243_c0_g1_i33 from sample A1 / Example unspliced isoform:
GGCTTATGTCTTATCTTTATGTgtaagttctagtttaatcactttgtttccaagtggatatgtttttcttcttgaatcttctccaaaatatgtatgtttcagagccaatgttttattcccttttgattctaaacatttgtaattgttggaaatcatttcaatatgcagGAAGTCACTTCAAGTTTCGGGTGAAAGTTCTA
TATTTTTTAAGATATATATTTTTGTTTTGGGAGTGTATGCTGTTACCCAGTTCTTTTTCAGTTTCCTTATGCGAATTCCTGCTTGCCATGTGCTAACTGAGAGATGTGACCAATGGTCACCTGTACGATTCATAAAGTGGATGCATCAGGAACACTATTATGTTGGGCGAGGGCTATATGAGAGGCCAAGTGACTACATA
AGATATGTGTTTTTTTGGTTGGTGGTTTTCGGCTGCAAGTTTTCTTTTGCCTATTTTCTTGAGATAAAGCCATTGGTAAAACCAACTAGAATAATTGTAGTGGAGAAGGACTTACGATACTCATGGCATGATTTTGTCTCAAAGAATAATCACAATGCGCTGACTATTGCTAGTCTCTGGGCACCAGTTCTTGCTATCTA
TGTTCTAGATCTGTATATTTGGTACACAGTTTTATCTGCTATTGTGGGTGCTCTTATTGGAGCAAAAGAACGACTTGGAGAGATACAGTCAATAGAAACTGTCCGTAAGCGCTTTGAAAGTTTTCCAGAAGCATTTACGAAAAGAATTCAAGCAACAAAGACTAAGAGGCATAGTAGTGGTGTATCACTTGGTC



Intron 3 GTGAGTGTAA ... ATTGATATAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A121.48531217
A234.6217117
A328.09321114
A423.634138
A535.481056
A60300
A720402
A8-1000
A933.33220
A1026.32714



>TRINITY_DN112117_c4_g1_i8 from sample A5 / Example spliced isoform
GACGCAGTCCATGTGCTAGACAGATGCAGTGACAGCAGCAAAACGAAATAAAAGTCGTAAACAACCCTCAAATAAGCGGGCTTTCTGCGCAACTCGCATTCCAACCGGTCAAATACTTAGCGGGCACGGTTTGACGTGGAGTTTTCTTACTTCCAGCTCTTACCCCCGTGGAACAATTCGCCAGCAGCTAAAGTTCACTG
TAATTTCGTAGTTTTTCCGCCATTGATGCGTCGGTCCCGCGTATACTCTCTCTGATAATATTGGAGGAAAGCTGCAAACCCTTCATCGAATCCCATCGCGGACATTGGATCCTCTGTTAATCTGCTCTGTTCCTTGCCCGGCGCGATTCTTCGAGGCTGAATTCCGGTTCTGGAGCTTCGATTGCTATGCCCTAGGGTGT
CCAGGTTTTTGCAGCCATGGCGAGGGTCGAGAAGAACTGGGAGCGCCTGGTTCGAGCAACGTTGCAGCGCGAGCAGCTCCGTACTGGGGCCCGACCAGGTGGCAGAGTACCCACTCCGGGGCTCGTTTCCAGCATTCCGTCCTCTCTCGGGAGAACTACTAATATCGACGCCATTCTTCATGCTGCGGATGAGATTCAGG
GCGAGGATCCCAACGTGGCTCGCATCTTGTGTGAACATGCTTATTCATTGGCACAAAACTTGGACCCCAATAGTGAGGGCAGAGGTGTATTGCAGTTCAAGACGGGGTTGATGTCTGTCATCAAGCAAAAGCTTGCAAAAAAGGATGGGGTGATAATAGATCGAAGCCAGGATATTGCTCGGCTACGAGAGTTCTATAAG
TTGTATAGAGAGAGGCAAAAAGTGGATGAACTTCAGGAAGAGGAGAAGAAATGGAGGGAGTCTGGTGCTGTCAGCGGGGATCCAAAAGAGTTGGAGCGTAGAGCTGTAAAGATGAAGAGAGTTTATGCAACATTAAAGGTTCTAGGTGAGGTTGTGGAGGCCCTCACCAATGAGGAAACAGGCGAATTAATACCTGATGA
GTTAAAAAAGGTAATGCAGTCAGATGCAGCAATGACTGAAGAAATATCTGCATACAATATTGTGCCCCTGGATGCACCTTCAATAACAAATGCTATTGGTTATTTCCCAGAGGTGAGGGCTGCAGTTGCAGCTTTAAGGCTTTCCAGGGATCTGCCTCAGTTGCCCAATGATTTTCCAAAGCCTCAGCAACGGAACCTGG
ATATTTTTGACCTTCTACAATATGTGTTTGGTTTTCAGAAAGACAACATTAACAACCAGCGCGAGCATATTGTTCTTCTGATTGCAAATGCACAAGCTCGCTTTAGTATACCTGAAGGACTTGAACTGAATGTAGATGAAGCGCCGATTCAGGAAGTATTTTTAAAGTCTTTGGATAACTATGTCAAATGGTGTAAATAT
TTGCGTAGACGTCCAGTTTGGATCAGCTTGGATGCATTAAACAAAGAAAAGAAGCTTTTGCTAGTTGCTTTATACTACTTGATTTGGGGTGAAGCTGCCAACGTTCGATATTTGCCTGAATGCATTTGTTATATTTTTCACAATATTGCAAGAGACCTAGAGGAAATCTTGCAGCAACGATTGGCCCAACCGGCTAAGTG
CTGCATTAGCGAAAATGGTGTATCCTTTCTTCAGCAAATCATCTCACCAGTATATGAAATTATAGCAGCGGAGGCTGGAAATAATGATAATGGAAAGGCATCACATTCAGCATGGCGAAACTATGATGATTTCAATGAATACTTTTGGTCGCCAAATTGCTTTGAAATTGGCTGGCCTTGGCACAAGGACGCAAAGTTCT
TCTCCAAACCAAACAAAAAAGCTAAGGGAATATGTCATTCACATTCACTAACAGGGAAAAGCTGCTTTGTTGAGCATAGAACATTTTTTCACCTTTATCACAGCTTCCACCGCCTATGGATTTTCTTGGTTATGATGTTCCAGGGTTTAACCATCATAGCTTTCAATGATGGTAAGATTAACATGGGCACAATTAAGGAA
GTTCTTAGTGTGGGCCCTACATATTTTATCATGAGGTTCATAGAAAGTGTACTTGATATTCTGATGATGTATGGAGCTTTTGCAATGGCTCGTGGTTTAGCAATTGCAAGGATATTCCTGCATTTTCTCTTGTTTGGAAGTGCTTCTGGATTTGTTACCTATCTTTATGTGAAGGTGCTTGAAGAACGTAGCAAATCAAA
TTCAGATTCATTCTATTTTAGGATCTATGCCCTTGTTTTGGGAGTTTATGCAGCTGTCAAGATCTGTTTTAGTCTTATGCTTCGGATTCCTGCATTCCGAAATCTAACCAACAAGTGTGATCAGTGGTCGCTTATTCAATTCTTTAAGTGGATGCATCAGGAAAGGTATTATGTTGGACGTGGTCTGTATGAAAGGACTG
GTGACTACTGTAGGTATGTGCTTTTCTGGTTGGTGATATTTGGATGCAAGTTTTCATTTGCCTATTTTCTTCAGATAAAGCCACTGGTTAAGCCCACAAGGATAATAAAGGACTTGACAGATTTGAGTTACTCATGGCATGATTTGTTATCAAAAAACAATCACAATGTGTTGACAATTGCTACTCTTTGGGCTCCTGTT
CTTGCTATATATGTGTTGGATCTTCAAATTTTTTATACTCTTTTATCGGCTATTGTTGGAGGAGTCATTGGAGCAAGAGATCAACTGGGAGAGATACGATCCATTGAGATGGTCCATAAGCGCTTCGAGAGTTTCCCTGAAGCATTTGTGAGAAACCTTGAGCCACCAATATTCAACAGGCTTCATAGTGATGCTACTAA
TGCTCAGGCATCTACAGAGACAAGTAAAATCTATGCTGGGAAGTTCTCACCCTTCTGGAATGAAATTATTAAAAGCCTCCGTGAAGAAGATTACATTACCAATCGGGAAATGGAATTGCTTCTCATCCCAAGTAATTCTGGAAGCTTAAATTCAGTACAATGGCCACTTTTTCTTCTATCCAGTAAGATTTTTATGGCCA
TAGACTTGGCTGTGGAATGCAGAGGCGCACAAATGGAACTGAGGGACAGAATTTTGAAAGATGAGTATATGTACTATGCTGTTGTCGAATGCTACTACAATGTGGAGAAGATACTGAAATCATTGCTAGATAATGAAGGCAGGCTATGGGTTGAAAGATTGTATCGTGATGTAAATGATAGTATACAAGATGGATCTGTT
CTTGTCAATTTCCAAATAGATAAGCTTCCTCTTCTGCTATCAAGAATGACAGCACTGACAGGCCTTCTGATACATGAAGAGAAACCTGATCTAGCAAAAGGGACTATGAAAGCTATGCAAGATCTTTATGATGTAGTTACTCATGATATCTTGTCACCCCCTCTCAGGTATTGCTGGGAATTCATGATTTTGGTTTTGAA
TGCTCTCATAGTTGAAAAAATCACGGAGTTTGACTGTAACTCATCAGTCAAACTCAGCTTGCTGC


>TRINITY_DN112117_c4_g1_i3 from sample A5 / Example unspliced isoform:
GACGCAGTCCATGTGCTAGACAGATGCAGTGACAGCAGCAAAACGAAATAAAAGTCGTAAACAACCCTCAAATAAGCGGGCTTTCTGCGCAACTCGCATTCCAACCGGTCAAATACTTAGCGGGCACGGTTTGACGTGGAGTTTTCTTACTTCCAGCTCTTACCCCCGTGGAACAATTCGCCAGCAGCTAAAGTTCACTG
TAATTTCGTAGTTTTTCCGCCATTGATGCGTCGGTCCCGCGTATACTCTCTCTGATAATATTGGAGGAAAGCTGCAAACCCTTCATCGAATCCCATCGCGGACATTGGATCCTCTGTTAATCTGCTCTGTTCCTTGCCCGGCGCGATTCTTCGAGGCTGAATTCCGGTTCTGGAGCTTCGATTGCTATGCCCTAGGGTGT
CCAGGTTTTTGCAGCCATGGCGAGGGTCGAGAAGAACTGGGAGCGCCTGGTTCGAGCAACGTTGCAGCGCGAGCAGCTCCGTACTGGGGCCCGACCAGGTGGCAGAGTACCCACTCCGGGGCTCGTTTCCAGCATTCCGTCCTCTCTCGGGAGAACTACTAATATCGACGCCATTCTTCATGCTGCGGATGAGATTCAGG
GCGAGGATCCCAACGTGGCTCGCATCTTGTGTGAACATGCTTATTCATTGGCACAAAACTTGGACCCCAATAGTGAGGGCAGAGGTGTATTGCAGTTCAAGACGGGGTTGATGTCTGTCATCAAGCAAAAGCTTGCAAAAAAGGATGGGGTGATAATAGATCGAAGCCAGGATATTGCTCGGCTACGAGAGTTCTATAAG
TTGTATAGAGAGAGGCAAAAAGTGGATGAACTTCAGGAAGAGGAGAAGAAATGGAGGGAGTCTGGTGCTGTCAGCGGGGATCCAAAAGAGTTGGAGCGTAGAGCTGTAAAGATGAAGAGAGTTTATGCAACATTAAAGGTTCTAGGTGAGGTTGTGGAGGCCCTCACCAATGAGGAAACAGGCGAATTAATACCTGATGA
GTTAAAAAAGGTAATGCAGTCAGATGCAGCAATGACTGAAGAAATATCTGCATACAATATTGTGCCCCTGGATGCACCTTCAATAACAAATGCTATTGGTTATTTCCCAGAGGTGAGGGCTGCAGTTGCAGCTTTAAGGCTTTCCAGGGATCTGCCTCAGTTGCCCAATGATTTTCCAAAGCCTCAGCAACGGAACCTGG
ATATTTTTGACCTTCTACAATATGTGTTTGGTTTTCAGAAAGACAACATTAACAACCAGCGCGAGCATATTGTTCTTCTGATTGCAAATGCACAAGCTCGCTTTAGTATACCTGAAGGACTTGAACTGAATGTAGATGAAGCGCCGATTCAGGAAGTATTTTTAAAGTCTTTGGATAACTATGTCAAATGGTGTAAATAT
TTGCGTAGACGTCCAGTTTGGATCAGCTTGGATGCATTAAACAAAGAAAAGAAGCTTTTGCTAGTTGCTTTATACTACTTGATTTGGGGTGAAGCTGCCAACGTTCGATATTTGCCTGAATGCATTTGTTATATTTTTCACAATATTGCAAGAGACCTAGAGGAAATCTTGCAGCAACGATTGGCCCAACCGGCTAAGTG
CTGCATTAGCGAAAATGGTGTATCCTTTCTTCAGCAAATCATCTCACCAGTATATGAAATTATAGCAGCGGAGGCTGGAAATAATGATAATGGAAAGGCATCACATTCAGCATGGCGAAACTATGATGATTTCAATGAATACTTTTGGTCGCCAAATTGCTTTGAAATTGGCTGGCCTTGGCACAAGGACGCAAAGTTCT
TCTCCAAACCAAACAAAAAAGCTAAGGGAATATGTCATTCACATTCACTAACAGGGAAAAGCTGCTTTGTTGAGCATAGAACATTTTTTCACCTTTATCACAGCTTCCACCGCCTATGGATTTTCTTGGTTATGATGTTCCAGGGTTTAACCATCATAGCTTTCAATGATGGTAAGATTAACATGGGCACAATTAAGGAA
GTTCTTAGTGTGGGCCCTACATATTTTATCATGAGGTTCATAGAAAgtgagtgtaacaagctatcctttcttggaatatttgcacagttcaattccagaagcttaaacactattatgactaactttgaaaaccttcattcttggatatttactgatttttatattaatgtccatggaaattgacacctgggtctatgcaa
gaaaggtggtgaataataaataaattgctattgatatagGTGTACTTGATATTCTGATGATGTATGGAGCTTTTGCAATGGCTCGTGGTTTAGCAATTGCAAGGATATTCCTGCATTTTCTCTTGTTTGGAAGTGCTTCTGGATTTGTTACCTATCTTTATGTGAAGGTGCTTGAAGAACGTAGCAAATCAAATTCAGAT
TCATTCTATTTTAGGATCTATGCCCTTGTTTTGGGAGTTTATGCAGCTGTCAAGATCTGTTTTAGTCTTATGCTTCGGATTCCTGCATTCCGAAATCTAACCAACAAGTGTGATCAGTGGTCGCTTATTCAATTCTTTAAGTGGATGCATCAGGAAAGGTATTATGTTGGACGTGGTCTGTATGAAAGGACTGGTGACTA
CTGTAGGTATGTGCTTTTCTGGTTGGTGATATTTGGATGCAAGTTTTCATTTGCCTATTTTCTTCAGATAAAGCCACTGGTTAAGCCCACAAGGATAATAAAGGACTTGACAGATTTGAGTTACTCATGGCATGATTTGTTATCAAAAAACAATCACAATGTGTTGACAATTGCTACTCTTTGGGCTCCTGTTCTTGCTA
TATATGTGTTGGATCTTCAAATTTTTTATACTCTTTTATCGGCTATTGTTGGAGGAGTCATTGGAGCAAGAGATCAACTGGGAGAGATACGATCCATTGAGATGGTCCATAAGCGCTTCGAGAGTTTCCCTGAAGCATTTGTGAGAAACCTTGAGCCACCAATATTCAACAGGCTTCATAGTGATGCTACTAATGCTCAG
GCATCTACAGAGACAAGTAAAATCTATGCTGGGAAGTTCTCACCCTTCTGGAATGAAATTATTAAAAGCCTCCGTGAAGAAGATTACATTACCAATCGGGAAATGGAATTGCTTCTCATCCCAAGTAATTCTGGAAGCTTAAATTCAGTACAATGGCCACTTTTTCTTCTATCCAGTAAGATTTTTATGGCCATAGACTT
GGCTGTGGAATGCAGAGGCGCACAAATGGAACTGAGGGACAGAATTTTGAAAGATGAGTATATGTACTATGCTGTTGTCGAATGCTACTACAATGTGGAGAAGATACTGAAATCATTGCTAGATAATGAAGGCAGGCTATGGGTTGAAAGATTGTATCGTGATGTAAATGATAGTATACAAGATGGATCTGTTCTTGTCA
ATTTCCAAATAGATAAGCTTCCTCTTCTGCTATCAAGAATGACAGCACTGACAGGCCTTCTGATACATGAAGAGAAACCTGATCTAGCAAAAGGGACTATGAAAGCTATGCAAGATCTTTATGATGTAGTTACTCATGATATCTTGTCACCCCCTCTCAGAGAGTATTATGACAATTGGGGCATTCTCACAAAAGCAAGG
ATTGAAGGACGCCTCTTCTCACAGATGGAATGGCCTAAAGATCCTGAAATTAAGGAGCAGATCAAGAGGTTGCACTTGCTCCTGACTATCAAAGACTATGCTGTCAATATCCCAAAAAACCTAGAGGCAAGTCGTCGACTAGAATTTTTTACAAACTCTTTGTTCATGAAAATGGCACCGGCAAAGCCTGTGCGAGAGAT
GATGTCTTTTAGTGTCTTTACTCCATACTACAGTGAGACTGTATTGTACAGCATGTCCGAATTACGGAAGGAAAACGAAGATGGAATTTCTATTCTTTTTTATCTACAAAAGATATTTCCAGATGAATGGAAAAATTTTCTGGAGCGTATTGGTCGAGATGAAACTACACTAGATTCGGAGCTTCAGGAAAATTCAAGTG
ATCTCTTGGAGTTGCGTTTATGGGCTTCATATCGTGGCCAAACATTAGCAAGAACTGTTCGAGGTATGATGTACTATAGAAAAGCTCTGATGCTACAAAGCTATATGGAGAAGCCATTCTATGGGGACATCGAGGATGGGATTTCTGGAGTTGATTTGACAAATACACAGGGATATGAGATATCTCGCGATGTACGAGCT
CAAGCAGATTTGAAATTTACCTATGTTGTGACATGTCAAATTTATGGACAACAGAAGGTAAAACGAGCAACAGAAGCTGCTGATATTGCTCTTCTCATGCAAAGAAATGAAGCGCTTAGGGTGGCTTATATTCATGTTGAGGAGACTCTGAAAGATGGGAAAACGCACAAGGAGTTCTATTCAAAACTTATCAAAGCTGA
TGCAGATGGTAATGACCAGGAAATTTATTCGATCAAGTTGCCTGGGGATCCAAAGCTTGGAGAAGGAAAGCCTGAAAATCAAAATCATGCGATAATCTTCACTCGTGGAGAAGCTATTCAAACTATTGACATGAATCAAGACAACTATTTCGAGGAGGCTCTCAAAATGCGTAATCTTCTTGAAGAATTTCATAGTGATC
ATGGGCTTCGCTCTCCAACAATTCTTGGTGTTCGTGAGCATGTATTCACTGGAAGTGTATCATCTTTAGCCTGGTTCATGTCTAACCAGGAAACAAGTTTTGTGACTTTGGGTCAACGTGTCCTGGCAAATCCTCTAAAGGTCCGTATGCATTATGGACATCCAGATGTTTTTGATAGGATTTTTCATATCACACGAGGA
GGCATAAGTAAGGCATCTCGGGTCATTAATATCAGTGAAGATATTTATGCAGGGTTCAATTCCACTTTACGACAGGGAAACATCACTCATCATGAATACATTCAGGTTGGAAAGGGACGAGATGTTGGACTAAACCAGATTGCTTTGTTTGAGGGTAAAGTAGCCGGTGGCAATGGAGAACAGGTTCTCAGCAGAGATAT
GTATAGACTTGGACAGCTCTTTGACTTTTTCAGGATGTTGTCCTTCTACTTCACTACTGTTGGTTTTTATGTTTGTACGATGTTGACAGTCTTGACGGTTTATGTTTTTCTTTATGGTAAAGCATATCTAGCCCTGTCTGGTTTGGATATTGCAATCACCAAAAAAGCTCGTTCTTTGGATAGCACAGCCCTGGAGGCAG
CTCTTAATACACAGTTCCTGTTCCAAATTGGTGTATTTACTGCTGTGCCAATGGTCATGGGTTTCATCTTAGAACAGGGACTTCTGAAGGCTGTTGTGAATTTCGTGACAATGCAACTTCAACTATGCTCTGTATTCTTTACATTTTCTCTTGGAACAAGAACTCATTATTTTGGACGGACTCTTCTCCATGGAGGTGCC
AAGTACAGAGCAACTGGAAGAGGATTTGTTGTCCGTCATATCAAATTTGCAGAGAATTACAGGCTTTACTCTCGCAGTCATTTTGTCAAGGCGTTCGAAGTTGTTGTGCTACTCATAGTCTATGTGGGATATGGTTATGCCAATGGTGCAGTCTCCTACGTCCTTCTGACTATCAGTAGTTGGTTTCTTGCCATATCATG
GCTTTTTGCTCCTTATATTTTCAACCCCTCTGGGTTTGAATGGCAGAAAACTGTGCAGGACTTTGACGATTGGACCACCTGGCTTCTCTACAAAGGTGGAATTGGAGTGAAAGCAGAAGAGAGCTGGGAAACTTGGTGGGATGAGGAGCAGGTACACATTCGCACATTGAGGGGAAGAATTTTTGAGACAATTCTTAGTT
TACGGTTTTTTGTCTTTCAATATGGCATTGTGTACAAGTTACATGCTTCTGGAAAATCAACTAATCTATCGGTGTATGGTATATCTTGGCTTATACTGGTTGCTATGATTTTGATTTTCAAGGTATTCACATTCAGCAAAAAGGTATCAGTGAATTTGCAGTTAATGGTGCGATTTGTTCAGGGCGCTACATTTATAGCA
GTAGTGGCGGGGCTTGTGCTCACAGTTGCTATCACATCGATTAACAGTGGCAAACCTTTTGGCCAGTCCTTTGGCATTCATCCCGATTGGTTGGGCTTATGTAAGTCCTTTTCAAATTTTGTTAGAGTGTACTAACGCGGATTAGCAATTATAGAGCCCGAAAATCAAATAAAGAAGCAGGTTATGAGTGAGTTGGGTTT
TTCTCCGGCGTTGATCGATCCGTCACTTTCCAGGCGTACCATCCAACACCTTTTTCAGGACTAACGAGAAAGCAAATGAGGAATTCGGGGAGCCATTTCAAACGCAACTTGAGTTTTAAAAAATCCGATTGCAGAGTTTCCGGTAGATTTGTTCCACAAACGCCGGGGCTCGGGTTTTTAGCGCATAGCAAATCTTGAAA
CTGATCGTGGGTCATTTTTTTTGAAGCCCGGTTTTCATGCTAATAATCCTCTCACCGACTGGGGCGTATCCCTGCTGTGTCATAGATTTCCTAGGGAAGCTCACGGGTGATGGTGGGTTACATTCGCCATTTCTGCTTCCCGAGTTATAGAGCCCGCCATTACTGGGTTGTTAAATGCCTCACAGACTGTTCGCGATAGC
GAAGTTATCTCCTTTAGTAACCAATTACACAGATCAGGAGAAAATCCCGTGTGAGTTCGTGGCAAAAAACCTTGAATGCGATCTCCTTTGAATAATGTGAAAGAAGACAGTGGTTTGTTTAGACGGCCGAGAGGAATGTATTTTAGCACTGCTGATGAGGGGGAGATGATGTCAATGGTCTATAACTGGCCTGCAGAGCA
GGTTGACTTGATTGTGGTTACGGATGGAAGTAGAATACTGGGGCTTGGAGATCTTGGAGTACAGGGTATTGGTATTTCAATTGGAAAGTTGGACTTGTATGTTGCAGCTGCAGGCATAAATCCTCAAAGGGTGCTTCCTGTGATGATTGATTGTGGAACAAATAATGAGAAGCTCCTTGGAGATCCTTTATATCTAGGAT
TGCCAATCCGTAGACTTGATGGGGAAGAGTATGTGTCAGTTATTGATGAATTCATGGAAGCAGTTTTTGCACGGTGGCCAAATGTCATAGTGCAGTTTGAGGACTTCCAGAGCAAGTGGGCATTCAAATTGCTACAGCGTTATCGAAATCATTATAGAATGTTTAATGATGATGTTCAGGGAACCGCAGGAGTTGCTATT
GCAGGTCTCCTAGGAGCTGTAAGAGCACAAGGCCGACCAATATCAGACTTTGCAAAGCAAAAGATTGTTGTTTCCGGTGCAGGGAGTGCAGGAATAGGAGTCTTGAATGCTGCCAGAAGAGCAATGGCAAGATTTTTCGGTGGTACAGAATCTGCCTTGGAAAATGCAAGGCACCAATTCTGGGTACTTGATGCAATGGG
TTTGGTTACAGAAGCACGGAAAGACATTGACCCTGATGTTGCACCATTTGCTAGAAAAGTTGAGGAAGAATTAGGAGAAGGTTCCCAGCTGACTGAAGTGGTAAAAAAAGTTAAGCCAGATGTGTTGATTGGATTAACTGGAATCGGAGGTTTATTTACAAAAGAGGTTTTGGAAGCCCTTAAAGAATCAAGTTGTGTTA
GGCCGGTTGTTTTTGCAATGTCAAATCCAACTAACAATACTGAATGTACACCCGAGCAAGCTTTCAACACTGTGGGACACCATATAGTTTTTGCAAGTGGAAGTCCATTTCCTGACGTGGATCTTGGAAATGGCCAAATTGGGCATTCCAAC



Intron 4 GTAAGTTTTG ... ATTTCCACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A124.29531222
A226.24522116
A318.09771915
A418.82691319
A522.33401310
A614.55941418
A715.351022611
A814.47681211
A918.44731716
A1018.7501112



>TRINITY_DN112297_c4_g3_i3 from sample A2 / Example spliced isoform
CGAAGATGGAATTTCTATTCTTTTTTATCTACAAAAGATATTTCCAGATGAATGGAAAAATTTTCTGGAGCGTATTGGTCGAGATGAAACTACACTAGATTCGGAGCTTCAGGAAAATTCAAGTGATCTCTTGGAGTTGCGTTTATGGGCTTCATATCGTGGCCAAACATTAGCAAGAACTGTTCGAGGTATGATGTACT
ATAGAAAAGCTCTGATGCTACAAAGCTATATGGAGAAGCCATTCTATGGGGACATCGAGGATGGGATTTCTGGAGTTGATTTGACAAATACACAGGGATATGAGATATCTCGCGATGTACGAGCTCAAGCAGATTTGAAATTTACCTATGTTGTGACATGTCAAATTTATGGACAACAGAAGGTAAAACGAGCAACAGAA
GCTGCTGATATTGCTCTTCTCATGCAAAGAAATGAAGCGCTTAGGGTTGCTTATATTCATGTTGAGGAGACTCTGAAAGATGGGAAAACGCACAAGGAGTTCTATTCAAAACTTATCAAAGCTGATGCAGATGGTAATGACCAGGAAATTTATTCGATCAAGTTGCCTGGGGATCCAAAGCTTGGAGAAGGAAAGCCTGA
AAATCAAAATCATGCGATAATCTTCACTCGTGGAGAAGCTATTCAAACTATTGACATGAATCAAGACAACTATTTCGAGGAGGCTCTCAAAATGCGTAATCTTCTTGAAGAATTTCATAGTGATCATGGGCTTCGCTCTCCAACAATTCTTGGTGTTCGTGAGCATGTATTCACTGGAAGTGTATCATCTTTAGCCTGGT
TCATGTCTAACCAGGAAACAAGTTTTGTGACTTTGGGTCAACGTGTCCTGGCAAATCCTCTAAAGGTCCGTATGCATTATGGACATCCAGATGTTTTTGATAGGATTTTTCATATCACACGAGGAGGCATAAGTAAGGCATCTCGGGTCATTAATATCAGTGAAGATATTTATGCAGGGTTCAATTCCACTTTACGACAG
GGAAACATCACTCATCATGAATACATTCAGGTTGGAAAGGGACGAGATGTTGGACTAAACCAGATTGCTTTGTTTGAGGGTAAAGTAGCCGGTGGCAATGGAGAACAGGTTCTCAGCAGAGATATGTATAGACTTGGACAGCTCTTTGACTTTTTCAGGATGTTGTCCTTCTACTTCACTACTGTTGGTTTTTATGTTTG
TACGATGTTGACAGTCTTGACGGTTTATGTTTTTCTTTATGGTAAAGCATATCTAGCCCTGTCTGGTTTGGATATTGCAATCACCAAAAAAGCTCGTTCTTTGGATAGCACAGCCCTGGAGGCAGCTCTTAATACACAGTTCCTGTTCCAAATTGGTGTATTTACTGCTGTGCCAATGGTCATGGGTTTCATCTTAGAAC
AGGGACTTCTGAAGGCTGTTGTGAATTTCGTGACAATGCAACTTCAACTATGCTCTGTATTCTTTACATTTTCTCTTGGAACAAGAACTCATTATTTTGGACGGACTCTTCTCCATGGAGGTGCCAAGTACAGAGCAACTGGAAGAGGATTTGTTGTCCGTCATATCAAATTTGCAGAGAATTACAGGCTTTACTCTCGC
AGTCATTTTGTCAAGGCGTTCGAAGTTGTTGTGCTACTCATAGTCTATGTGGGATATGGTTATGCCAATGGTGCAGTCTCCTACGTCCTTCTGACTATCAGTAGTTGGTTTCTTGCCATATCATGGCTTTTTGCTCCTTATATTTTCAACCCCTCTGGGTTTGAATGGCAGAAAACTGTGCAGGACTTTGACGATTGGAC
CACCTGGCTTCTCTACAAAGGTGGAATTGGAGTGAAAGCAGAAGAGAGCTGGGAAACTTGGTGGGATGAGGAGCAGGTACACATTCGCACATTGAGGGGAAGAATTTTTGAGACAATTCTTAGTTTACGGTTTTTTGTCTTTCAATATGGCATTGTGTACAAGTTACATGCTTCTGGAAAATCAACTAATCTATCGGTGT
ATGGTATATCTTGGCTTATACTGGTTGCTATGATTTTGATTTTCAAGGTATTCACATTCAGCAAAAAGGTATCAGTGAATTTGCAGTTAATGGTGCGATTTGTTCAGGGCGCTACATTTATAGCAGTAGTGGCGGGGCTTGTGCTCACAGTTGCTATCACATCGTTGACAGTGGCAGACCTTTTTGCTAGTATTTTGGCA
TTTGTCCCAACTGGTTGGGCTATTCTATGTCTTGCAATAACATGGAAATCCGTGGTAAAAAGGCTGGGCTTATGGAAGTCTGTTTCTGCAATTGCTAGATTATACGATGCGGGCATGGGTATTCTGTTGTTTATTCCTATCGTAGTGTTGTCATGGTTTCCCTTCGTATCGACATTCCAGACGCGTCTTCTGTTTAATCA
GGCTTTCAGTCGTGGGCTCGAGATCTCTCTCATTCTTGCAGGGAACAAGCCAAATGCTCAGTTATGATAATGCAACAGTTGGCCCCTGGCTTTCTCGAGGCCGTATCTCATATTATTGTTAATGATTATTTATCATCATTCCATCTATAAAATTGCATGTATTCATTTTTACGATACCAAGGAAATTTTACTTTGTATCA
TAGCGATTAGACAACGAGGATATTTTATGGTTTTGGGACATGTTGGTGACATGGATATCTGCTTGTTGGACATGAGAGGCTGTGAATTATTGAAAACCAGTACCTACTGGTTGATGTACTAGTTAATGTTTTAATGGCAGAAAGTCATATTTGGCATCTTTTTGGGATTCAACTTGCCTGTAATTGGTCATACATGAGCG
GTGTTAAATATCATAACACGCTAGAGAACTGGAGAAAAAAATTAAAATTACC


>TRINITY_DN112297_c4_g3_i6 from sample A2 / Example unspliced isoform:
GTTTTTATAATAACTACTTGATTACAGTACAGAGCAACTGGAAGAGGATTTGTTGTCCGTCATATCAAATTTGCAGAGAATTACAGGCTTTACTCTCGCAGTCATTTTGTCAAGGCGTTCGAAGTTGTTGTGCTACTCATAGTCTATGTGGGATATGGTTATGCCAATGGTGCAGTCTCCTACGTCCTTCTGACTATCAG
TAGTTGGTTTCTTGCCATATCATGGCTTTTTGCTCCTTATATTTTCAACCCCTCTGGGTTTGAATGGCAGAAgtaagttttgatatgtttttgatatcattgaagaaaactttgttgacattcagaaattatggcagacttgtcaatattaccaataacttaaaatcactatttattagagtcaatggctgattgcagtt
atcaagattttattagtttgtttgaaatgtggcatttttgcacattatgaggttccatactgacattatatttccacagAACTGTGCAGGACTTTGACGATTGGACCACCTGGCTTCTCTACAAAGGTGGAATTGGAGTGAAAGCAGAAGAGAGCTGGGAAACTTGGTGGGATGAGGAGCAGGTACACATTCGCACATTG
AGGGGAAGAATTTTTGAGACAATTCTTAGTTTACGGTTTTTTGTCTTTCAATATGGCATTGTGTACAAGTTACATGCTTCTGGAAAATCAACTAATCTATCGGTGTATGGTATATCTTGGCTTATACTGGTTGCTATGATTTTGATTTTCAAGGTATTCACATTCAGCAAAAAGGTATCAGTGAATTTGCAGTTAATGGT
GCGATTTGTTCAGGGCGCTACATTTATAGCAGTAGTGGCGGGGCTTGTGCTCACAGTTGCTATCACATCGTTGACAGTGGCAGACCTTTTTGCTAGTATTTTGGCATTTGTCCCAACTGGTTGGGCTATTCTATGTCTTGCAATAACATGGAAATCCGTGGTAAAAAGGCTGGGCTTATGGAAGTCTGTTTCTGCAATTG
CTAGATTATACGATGCGGGCATGGGTATTCTGTTGTTTATTCCTATCGTAGTGTTGTCATGGTTTCCCTTCGTATCGACATTCCAGACGCGTCTTCTGTTTAATCAGGCTTTCAGTCGTGGGCTCGAGATCTCTCTCATTCTTGCAGGGAACAAGCCAAATGCTCAGTTATGATAATGCAACAGTTGGCCCCTGGCTTTC
TCGAGGCCGTATCTCATATTATTGTTAATGATTATTTATCATCATTCCATCTATAAAATTGCATGTATTCATTTTTACGATACCAAGGAAATTTTACTTTGTATCATAGCGATTAGACAACGAGGATATTTTATGGTTTTGGGACATGTTGGTGACATGGATATCTGCTTGTTGGACATGAGAGGCTGTGAATTATTGAA
AACCAGTACCTACTGGTTGATGTACTAGTTAATGTTTTAATGGCAGAAAGTCATATTTGGCATCTTTTTGGGATTCAACTTGCCTGTAATTGGTCATACATGAGCGGTGTTAAATATCATAACACGCTAGAGAACTGGAGAAAAAAATTAAAATTACC



Intron 5 GTGTATGGTA ... GATTTTCAAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A160.98243441
A261.96315348
A358.94314544
A464.52223941
A5608177
A661.666010192
A766.434710581
A862.2559586
A968.16326968
A1062.16285735



>TRINITY_DN42978_c0_g1_i2 from sample A10 / Example spliced isoform
CTTTGTTCATGAAAATGGCACCGGCAAAGCCTGTGCGAGAGATGATGTCTTTTAGTGTCTTTACTCCATACTACAGTGAGACTGTATTGTACAGCATGTCCGAATTACGGAAGGAAAACGAAGATGGAATTTCTATTCTTTTTTATCTACAAAAGATATTTCCAGATGAATGGAAAAATTTTCTGGAGCGTATTGGTCGA
GATGAAACTACACTAGATTCGGAGCTTCAGGAAAATTCAAGTGATCTCTTGGAGTTGCGTTTATGGGCTTCATATCGTGGCCAAACATTAGCAAGAACTGTTCGAGGTATGATGTACTATAGAAAAGCTCTGATGCTACAAAGCTATATGGAGAAGCCATTCTATGGGGACATCGAGGATGGGATTTCTGGAGTTGATTT
GACAAATACACAGGGATATGAGATATCTCGCGATGTACGAGCTCAAGCAGATTTGAAATTTACCTATGTTGTGACATGTCAAATTTATGGACAACAGAAGGTAAAACGAGCAACAGAAGCTGCTGATATTGCTCTTCTCATGCAAAGAAATGAAGCGCTTAGGGTGGCTTATATTCATGTTGAGGAGACTCTGAAAGATG
GGAAAACGCACAAGGAGTTCTATTCAAAACTTATCAAAGCTGATGCAGATGGTAATGACCAGGAAATTTATTCGATCAAGTTGCCTGGGGATCCAAAGCTTGGAGAAGGAAAGCCTGAAAATCAAAATCATGCGATAATCTTCACTCGTGGAGAAGCTATTCAAACTATTGACATGAATCAAGACAACTATTTCGAGGAG
GCTCTCAAAATGCGTAATCTTCTTGAAGAATTTCATAGTGATCATGGGCTTCGCTCTCCAACAATTCTTGGTGTTCGTGAGCATGTATTCACTGGAAGTGTATCATCTTTAGCCTGGTTCATGTCTAACCAGGAAACAAGTTTTGTGACTTTGGGTCAACGTGTCCTGGCAAATCCTCTAAAGGTCCGTATGCATTATGG
ACATCCAGATGTTTTTGATAGGATTTTTCATATCACACGAGGAGGCATAAGTAAGGCATCTCGGGTCATTAATATCAGTGAAGATATTTATGCAGGGTTCAATTCCACTTTACGACAGGGAAACATCACTCATCATGAATACATTCAGGTTGGAAAGGGACGAGATGTTGGACTAAACCAGATTGCTTTGTTTGAGGGTA
AAGTAGCCGGTGGCAATGGAGAACAGGTTCTCAGCAGAGATATGTATAGACTTGGACAGCTCTTTGACTTTTTCAGGATGTTGTCCTTCTACTTCACTACTGTTGGTTTTTATGTTTGTACGATGTTGACAGTCTTGACGGTTTATGTTTTTCTTTATGGTAAAGCATATCTAGCCCTGTCTGGTTTGGATATTGCAATC
ACCAAAAAAGCTCGTTCTTTGGATAGCACAGCCCTGGAGGCAGCTCTTAATACACAGTTCCTGTTCCAAATTGGTGTATTTACTGCTGTGCCAATGGTCATGGGTTTCATCTTAGAACAGGGACTTCTGAAGGCTGTTGTGAATTTCGTGACAATGCAACTTCAACTATGCTCTGTATTCTTTACATTTTCTCTTGGAAC
AAGAACTCATTATTTTGGACGGACTCTTCTCCATGGAGGTGCCAAGTACAGAGCAACTGGAAGAGGATTTGTTGTCCGTCATATCAAATTTGCAGAGAATTACAGGCTTTACTCTCGCAGTCATTTTGTCAAGGCGTTCGAAGTTGTTGTGCTACTCATAGTCTATGTGGGATATGGTTATGCCAATGGTGCAGTCTCCT
ACGTCCTTCTGACTATCAGTAGTTGGTTTCTTGCCATATCATGGCTTTTTGCTCCTTATATTTTCAACCCCTCTGGGTTTGAATGGCAGAAAACTGTGCAGGACTTTGACGATTGGACCACCTGGCTTCTCTACAAAGGTGGAATTGGAGTGAAAGCAGAAGAGAGCTGGGAAACTTGGTGGGATGAGGAGCAGGTACAC
ATTCGCACATTGAGGGGAAGAATTTTTGAGACAATTCTTAGTTTACGGTTTTTTGTCTTTCAATATGGCATTGTGTACAAGTTACATGCTTCTGGAAAATCAACTAATCTATCGGTATTCACATTCAGCAAAAAGGTATCAGTGAATTTGCAGTTAATGGTGCGATTTGTTCAGGGCGCTACATTTATAGCAGTAGTGGC
GGGGCTTGTGCTCACAGTTGCTATCACATCGTTGACAGTGGCAGACCTTTTTGCTAGTATTTTGGCATTTGTCCCAACTGGTTGGGCTATTCTATGTCTTGCAATAACATGGAAATCCGTGGTAAAAAGGCTGGGCTTATGGAAGTCTGTTTCTGCAATTGCTAGATTATACGATGCGGGCATGGGTATTCTGTTGTTTA
TTCCTATCGTAGTGTTGTCATGGTTTCCCTTCGTATCGACATTCCAGACGCGTCTTCTGTTTAATCAGGCTTTCAGTCGTGGGCTCGAGATCTCTCTCATTCTTGCAGGGAACAAGCCAAATGCTCAGTTATGATAATGCAACAGTTGGCCCCTGGCTTTCTCGAGGCCGTATCTCATATTATTGTTAATGATTATTTAT
CATCATTCCATCTATAAAATTGCATGTATTCATTTTTACGATACCAAGGAAATTTTACTTTGTATCATAGCGATTAGACAACGAGGATATTTTATGGTTTTGGGACATGTTGGTGACATGGATATCTGCTTGTTGGACATGAGAGGCTGTGAATTATTGAAAACCAGTACCTACTGGTTGATGTACTAGTTAATGTTTTA
ATGGCAGAAAGTCATATTTGGCATCTTTTTGGGATTCAACTTGCCTGTAATTGGTCATACATGAGCGGTGTTAAATATCATAACACGCTAGAGAACTGGAGAAAAAAATTAAAATTACCGTCATGATAACGTAACGTTGTTATTTGTAAAGTTTTTATTTGCTTCCCTT


>TRINITY_DN42978_c0_g1_i1 from sample A10 / Example unspliced isoform:
CTTTGTTCATGAAAATGGCACCGGCAAAGCCTGTGCGAGAGATGATGTCTTTTAGTGTCTTTACTCCATACTACAGTGAGACTGTATTGTACAGCATGTCCGAATTACGGAAGGAAAACGAAGATGGAATTTCTATTCTTTTTTATCTACAAAAGATATTTCCAGATGAATGGAAAAATTTTCTGGAGCGTATTGGTCGA
GATGAAACTACACTAGATTCGGAGCTTCAGGAAAATTCAAGTGATCTCTTGGAGTTGCGTTTATGGGCTTCATATCGTGGCCAAACATTAGCAAGAACTGTTCGAGGTATGATGTACTATAGAAAAGCTCTGATGCTACAAAGCTATATGGAGAAGCCATTCTATGGGGACATCGAGGATGGGATTTCTGGAGTTGATTT
GACAAATACACAGGGATATGAGATATCTCGCGATGTACGAGCTCAAGCAGATTTGAAATTTACCTATGTTGTGACATGTCAAATTTATGGACAACAGAAGGTAAAACGAGCAACAGAAGCTGCTGATATTGCTCTTCTCATGCAAAGAAATGAAGCGCTTAGGGTGGCTTATATTCATGTTGAGGAGACTCTGAAAGATG
GGAAAACGCACAAGGAGTTCTATTCAAAACTTATCAAAGCTGATGCAGATGGTAATGACCAGGAAATTTATTCGATCAAGTTGCCTGGGGATCCAAAGCTTGGAGAAGGAAAGCCTGAAAATCAAAATCATGCGATAATCTTCACTCGTGGAGAAGCTATTCAAACTATTGACATGAATCAAGACAACTATTTCGAGGAG
GCTCTCAAAATGCGTAATCTTCTTGAAGAATTTCATAGTGATCATGGGCTTCGCTCTCCAACAATTCTTGGTGTTCGTGAGCATGTATTCACTGGAAGTGTATCATCTTTAGCCTGGTTCATGTCTAACCAGGAAACAAGTTTTGTGACTTTGGGTCAACGTGTCCTGGCAAATCCTCTAAAGGTCCGTATGCATTATGG
ACATCCAGATGTTTTTGATAGGATTTTTCATATCACACGAGGAGGCATAAGTAAGGCATCTCGGGTCATTAATATCAGTGAAGATATTTATGCAGGGTTCAATTCCACTTTACGACAGGGAAACATCACTCATCATGAATACATTCAGGTTGGAAAGGGACGAGATGTTGGACTAAACCAGATTGCTTTGTTTGAGGGTA
AAGTAGCCGGTGGCAATGGAGAACAGGTTCTCAGCAGAGATATGTATAGACTTGGACAGCTCTTTGACTTTTTCAGGATGTTGTCCTTCTACTTCACTACTGTTGGTTTTTATGTTTGTACGATGTTGACAGTCTTGACGGTTTATGTTTTTCTTTATGGTAAAGCATATCTAGCCCTGTCTGGTTTGGATATTGCAATC
ACCAAAAAAGCTCGTTCTTTGGATAGCACAGCCCTGGAGGCAGCTCTTAATACACAGTTCCTGTTCCAAATTGGTGTATTTACTGCTGTGCCAATGGTCATGGGTTTCATCTTAGAACAGGGACTTCTGAAGGCTGTTGTGAATTTCGTGACAATGCAACTTCAACTATGCTCTGTATTCTTTACATTTTCTCTTGGAAC
AAGAACTCATTATTTTGGACGGACTCTTCTCCATGGAGGTGCCAAGTACAGAGCAACTGGAAGAGGATTTGTTGTCCGTCATATCAAATTTGCAGAGAATTACAGGCTTTACTCTCGCAGTCATTTTGTCAAGGCGTTCGAAGTTGTTGTGCTACTCATAGTCTATGTGGGATATGGTTATGCCAATGGTGCAGTCTCCT
ACGTCCTTCTGACTATCAGTAGTTGGTTTCTTGCCATATCATGGCTTTTTGCTCCTTATATTTTCAACCCCTCTGGGTTTGAATGGCAGAAAACTGTGCAGGACTTTGACGATTGGACCACCTGGCTTCTCTACAAAGGTGGAATTGGAGTGAAAGCAGAAGAGAGCTGGGAAACTTGGTGGGATGAGGAGCAGGTACAC
ATTCGCACATTGAGGGGAAGAATTTTTGAGACAATTCTTAGTTTACGGTTTTTTGTCTTTCAATATGGCATTGTGTACAAGTTACATGCTTCTGGAAAATCAACTAATCTATCGgtgtatggtatatcttggcttatactggttgctatgattttgattttcaagGTATTCACATTCAGCAAAAAGGTATCAGTGAATTT
GCAGTTAATGGTGCGATTTGTTCAGGGCGCTACATTTATAGCAGTAGTGGCGGGGCTTGTGCTCACAGTTGCTATCACATCGTTGACAGTGGCAGACCTTTTTGCTAGTATTTTGGCATTTGTCCCAACTGGTTGGGCTATTCTATGTCTTGCAATAACATGGAAATCCGTGGTAAAAAGGCTGGGCTTATGGAAGTCTG
TTTCTGCAATTGCTAGATTATACGATGCGGGCATGGGTATTCTGTTGTTTATTCCTATCGTAGTGTTGTCATGGTTTCCCTTCGTATCGACATTCCAGACGCGTCTTCTGTTTAATCAGGCTTTCAGTCGTGGGCTCGAGATCTCTCTCATTCTTGCAGGGAACAAGCCAAATGCTCAGTTATGATAATGCAACAGTTGG
CCCCTGGCTTTCTCGAGGCCGTATCTCATATTATTGTTAATGATTATTTATCATCATTCCATCTATAAAATTGCATGTATTCATTTTTACGATACCAAGGAAATTTTACTTTGTATCATAGCGATTAGACAACGAGGATATTTTATGGTTTTGGGACATGTTGGTGACATGGATATCTGCTTGTTGGACATGAGAGGCTG
TGAATTATTGAAAACCAGTACCTACTGGTTGATGTACTAGTTAATGTTTTAATGGCAGAAAGTCATATTTGGCATCTTTTTGGGATTCAACTTGCCTGTAATTGGTCATACATGAGCGGTGTTAAATATCATAACACGCTAGAGAACTGGAGAAAAAAATTAAAATTACCGTCATGATAACGTAACGTTGTTATTTGTAA
AGTTTTTATTTGCTTCCCTT



Intron 6 GTTTGGACAT ... TAACTTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A136.2547.518.136
A230.065817.932
A335.5340.519.625
A433.33351124
A527.82238.79
A660112
A730.95110.99
A846.133.542
A925604
A10201416



>TRINITY_DN132243_c0_g1_i14 from sample A1 / Example spliced isoform
GTAATTTAAGGGGTTTCTCTTTTATAATGCTACGTGGAAACGTCCACCAATGAAGCCGTCAGTGAAGCAACACGACTGGGCAAGAAGTTGAAGGATACAATTACTTTGATGGTTTTGCGCGTAGGAATTTGAGCTCTGCGCGTATAACGCTGACACGGCAATGGGCTTTTCTGTCGAATATAAACTTTGGAGTCGTGACT
TGCAGCTCGCTTGAATCTCGGTTTGGAGGGCTTGTAAGTTTTGAGTTTCAGACAATACGTTGGAGCTCTGCTAGTTTTGGCCGGGAAGATGCCTGAATGTCTCCAAGGGTTTTATGATAAGCGTCTGAAGTTTTAAATCCTCCCTTAGCTGGAGCATACGCAGGCTTCAGCTTTCGCCTTTTAATTAGCGGAATAATTTA
TGGAGGATTTGGCAGTCGATTTAGTACATTACTGACAGTAACTGGGTTTGAGTTGGCTGAAAGATTCTATCAAACAATTGTCAAGTCCTCTTCGTTCCTGGGATCTCTTCACCTTATCAAATACAGAGAGCACAAACGTCATAGGTATTGAGTTCAATTGAAGCTATAATTAGAGTCCATGTTTTGAGTAGATCGACACA
CTAGAAGTACTCGAGATGTCGAGGGCAGAGACGAACTGGGAGCGACTGGTTCGCTCAGCCCTGCAGAGGCAGCAGCGAAGTAGCCAAAAGCCGGGCAGAATCAATAGTGGGCTTTCTAGTGCTGTCCCTTCTTCCTTGAACGCTGCCAACATCGATGCCATTCTCAAGGCCGCAGATGAAATTCAGGACGAAGATCCCAA
TGTTGCTCGCATTTTGTGTGAGCATGCATATTCTTTGGCACAAAATCTGGATCCAAATAGTGAAGGAAGAGGCGTGCTGCAATTCAAGACAGGATTGATGTCAGTCATCAAGCAAAGGCTTGCAAAAAAGGATGGTGGACAAATTGATCGAAGCCAAGATATTGCCCGCATACAAGAGTTCTACAAGCGCTATAGAGAAA
AGCATAGACTGGATGAACTTCAGGAGGAGGAGCTGAAATTACAGGAGTCGGGGACTTTCAGTGGTGATCTTCAAGAGTTGGAGCGAAGAACTCTTAAAATGAAGAGATTGTATGCAACTTTAAAGGTTCTAGGGGAGGTTGTGGAGGCACTTACAAGGGAAGAGGCTCCTGAAGATGCATCCAATTTGATTCCTGAAGAG
TTCAAAAAAGTAATGGAATCAGATGCAGCGATGACTGAAGGAGCGGTTGCTTATAACATTGTACCATTAGATGCACCTGTGGTTGCTAATGCTATTACCTCTTTTCCAGAGGTGAAGGCTGCAATTTCGGCATTAAGTTATTCTAGAGATTGGCCAAGGTTGCCGGATGATTATTCTGTGCCTCAGGGAAGGAGCATGGA
TATTCTTGATCTTCTACAATATATTTTTGGATTCCAGAATGACAATGTGAGCAACCAGCGCGAACATATTGTTCTCTTGCTTTCAAATGCACAAGCTCGCCTTCGTATCCCTGATGAAGTTGAACCGAAGATGGATGAAGAAGCAATCCGCACGGTGTTTGGGAAGTCTCTTGATAATTACATGAAATGGTGCAGCTATT
TGGGCATGCCTGTTTGGAATAACCTGGAAGCATTGCAGAAAGAAAAACTGATTTTAGTTTGTCTATACTACTTGATTTGGGGAGAAGCCGGCAATGTTCGCTTTTTGCCTGAGTGCATCTGTTACATTTTTCATCATATGTCAAGAGAGCTGGAAGATATTTTGAGACAAGAATCAGCACAACCGGCCAAGAGTTGCATT
GGTGATGCTGGAGTTTCCTTTCTTCAGCAAGTCATCATGCCATTATATGAAACTCTGGCAGCGGAGGCAGCAATTTGTGATAATGGTAAACAACCACATTCTGCATGGCGGAACTATGATGATTTCAATGAGTATTTTTGGTCCCGTAATTGTTTTGAGCTAGGTTGGCCATGGAACAAGGATGCACCATTTTTCTTTAA
ACCTAAGAAAGGAGTTAAGGATTCAAGTGACAGTCGCCGAATTGGTAAAACTTACTTTGTGGAACACCGGACATTCTTCCACTTGTATCATAGCTTTCATCGCTTGTGGATCTTCTTGGCTATGATGTTTCAGGGTTTGACCATCATAGCTTTCAATGATGGGAAGATTAATTCGGGTGTGATAAAAAAACTTCTTAGTG
TTGGACCAACCTTTCTCATTATGAAGTTTATAGAGAGTTTTCTTGCTATTATGATGATGTATGGAGCCTATGGAGCAACCCGTAGTGTTGCTGTTTCTAGGATATTTCTTCGTTTTCTGTGCTTTGGAGGTCTTTCGGGGCTTATGTCTTATCTTTATGTGAAGTCACTTCAAGTTTCGGGTGAAAGTTCTATATTTTTT
AAGATATATATTTTTGTTTTGGGAGTGTATGCTGTTACCCAGTTCTTTTTCAGTTTCCTTATGCGAATTCCTGCTTGCCATGTGCTAACTGAGAGATGTGACCAATGGTCACCTGTACGATTCATAAAGTGGATGCATCAGGAACACTATTATGTTGGGCGAGGGCTATATGAGAGGCCAAGTGACTACATAAGATATGT
GTTTTTTTGGTTGGTGGTTTTCGGCTGCAAGTTTTCTTTTGCCTATTTTCTTGAGATAAAGCCATTGGTAAAACCAACTAGAATAATTGTAGTGGAGAAGGACTTACGATACTCATGGCATGATTTTGTCTCAAAGAATAATCACAATGCGCTGACTATTGCTAGTCTCTGGGCACCAGTTCTTGCTATCTATGTTCTAG
ATCTGTATATTTGGTACACAGTTTTATCTGCTATTGTGGGTGCTCTTATTGGAGCAAAAGAACGACTTGGAGAGATACAGTCAATAGAAACTGTCCGTAAGCGCTTTGAAAGTTTTCCAGAAGCATTTACGAAAAGAATTCAAGCAACAAAGACTAAGAGGCATAGTAGTGGTGTATCACTTGGTCAGGCATCCACTGAA
GCCAAAAAGAGTTATGCTGCCATATTTTCTCCATTCTGGAATGAAATTATCAAGAGCATACGTGAGGAAGATTATATTGCGAATCGGGAGATGGAGTTACTTCTTATCCCAGGCAATACTGGAAACTTACCCTTAGTACAATGGCCTCTTTTCCTTCTGGTCAGCAAGATTTTTCTGGCCGTAGAAATGGCTGTAGAAAG
CAAAGATTCACAGGTGGAACTCTGGGAAAGAATTTCCAAAGATGAGTATATGAAATATGCAGTTGTGGAATGCTATTACAGTGTGGAAAATATATTGAAAGCAATACTGGATGATGAGGGAAGATTATGGGTGGACAGGATATTTTCTGACATAATGGAGAGTCTACAGAAAGCGTCTATTCTTGATGATTTTCAACTGA
CCAAGCTACCTCTTGTGCTATTAAAAATCACTGCACTGACTGGACTTTTGATACATGATGAGACACCTGATTTGGCAGAGGGTGCTGTGAAAGCCGTCCAGGATCTTTACGATGATGTAACCCATGATATTCTTTCATATAATTTAAGAGAGCACTATGACACCTGGAGGATCCTGGCAAAAGCAAGGAATGAAGGACGA
CTGTTCTCCAAACTCGAATGGCCCAAAGATCCAGAACTGAGACAACAAATCAAACGGCTTCATTTACTCCTGACTATAAAGGAATCTGCTGCCAATATTCCGAAGAATTTGGAGGCAAGACGCCGATTACAATTTTTCACTAATTCCTTGTTCATGAAAATGGCACCAACAAAACCTGTGCGAGAAATGCTTTCATTCAG
TGTGTTTACTCCATATTACAAGGAAACTGTTATGTATAGTATTAATGAATTAGAAAAGGAAAACGAAGATGGCATTTCTACAGTGTTCTATCTTCAAAAAATCTTTCCAGATGAATGGAAATATTTTCTGGAGCGTATTGGTCGAGATGAAGGTACACTTGTGTCAGAGCTTAAAGAAAATTCAAATGACCTTTTGGAAT
TGCGGTTATGGGCTTCTTATAGAGGACAGACATTAGCTAGAACTGTTCGGGGCATGATGTACTATCGAAGGGCACTTGTGCTAGAAAGCTATATGGAAAGGCCAATCTATGATGACATTGAGAATATCCTCCCTCAATCCACTATAACCAGTACGCATGGGTATGAGTTATCACGGGAAGCACGTGCACAAGCAGATTTG
AAGTTCACATATGTTGTGACCTGCCAAATCTACGGAAAACAGAAGCAAGACCGAAACCCAGAGGCTGCTGATATTGCATTTCTAATGCAAAGGAACGAGGCACTTAGAGTCGCCTTCATTGATATCGTTGAGAAGCTCAAGGATGGAAAAGTCTGCAAAGAGTTCTATTCAAAACTTGTCAAAGCTGATGTGCATGGAAA
AGACAAGGAAATATACTCGATCAAGTTGCCAGGAAATCCTTTACTTGGGGAGGGAAAGCCAGAAAACCAAAACCATGCAATAATTTTTACTCGTGGAGATGCTGTTCAAACTATTGACATGAATCAGGACAACTACTTTGAGGAAGCTTTGAAAATGCGCAACCTTTTGGAAGAATTTTATGCCGATCACGGACTTCGGC
TTCCTACAATTCTTGGTGTTCGAGAGCATGTTTTCACTGGAAGTGTGTCATCTTTAGCTTCGTTTATGTCCAATCAAGAAGAAAGTTTTGTGACATTGGGTCAGCGTGTTTTGGCAAATCCTCTAAAGGTTCGCATGCACTATGGACACCCAGATGTTTTTGACAGAATTTTTCACATCACGAGAGGAGGCATAAGCAAG
GCATCACGTATTATTAATATAAGTGAAGATATCTATGCAGGGTTTAACTCCACCTTACGGCAAGGCAATATCACTCATCATGAATACATTCAGGTGGGAAAGGGCCGAGATGTTGGACTTAATCAGATTGCAATGTTTGAGGGGAAAGTTGCAGGTGGTAATGGAGAACAAGTTTTAAGCAGAGATGTTTATAGGCTTGG
GCAGCTCTTTGATTTCTTTAGGATGTTATCATTCTACTTCACAACAGTCGGCTTTTATTTTTGTACGATGATGACAGTTCTGACTGTATATATTTTTCTATATGGTAGAGCATATCTGGCTTTGTCTGGAGTTGGTGGATCTATCATGGAGAAAGTTAAAGGCAACACTGCACTGACTGCTGCTCTTAACACACAGTTTT
TATTCCAAATTGGTATATTTACTGCTGTGCCAATGATACTGGGTTGCATCTTGGAGCAAGGATTTTTGAAGGCCATTGTTAGTTTTGTCACAATGCAGATGCAGCTTTGCTCTGTATTTTTCACATTTTCTCTTGGGACAAGGACTCACTACTTTGGCCGCACCATTCTTCATGGTGGAGCAAAGTACAAAGCAACTGGA
AGAGGTTTTGTTGTCCAACATATCAAATTCGCAGAAAATTACAGGCTTTACTCTCGCAGCCATTTTGTAAAAGCACTAGAAGTGGCAATGCTTTTATTGGTCTACACAGCATTTGGTTATAATACAGAGGGTGCATTTGCATACATCCTTCTCACTATCAGTAGTTGGTTCCTTGTTATATCTTGGTTATTTTCCCCCTA
CGTCTTCAATCCTTCTGGCTTTGAGTGGGAAAAGACTGTAAATGATTTCAAAGATTGGACCAATTGGCTCCTTTATAGAGGTGGAATTGGAGTTAAAGGAGAAGAGAGTTGGGAAGCTTGGTGGGATGAGGAACAGGCACATATTCGTTCTTTGAGAGGAAGGATATTTGAGACCATACTAAGTCTACGATTTTTCATCT
TTCAGTATGGTATTGTGTACAAATTACATGCCACTGGAAATGACACTTCCCTTAAGGTTTATGCTTGGTCGTGGATTGTATTAACTGGCCTAATTTTGATATTTAAGATTTTCACATTCAGCCAAAAAGTATCAGTAAATTTCCAATTATTGCTACGACTCATACAGGGCATTACATTTATGTCATGCTTAACTGCCCTT
GTAGTTGTAGTTATTAAGACTGACTTGACAGTGACAGACCTTTTTTCCAGTATGCTTGCATTCATACCAACTGGATGGGGTATCCTGTGTCTTGCTATTGCATGGAAACCTATTGTGAAGAGGCTTGGATTATGGAAGTCGATCCGTTCACTTGGCCGTCTATATGATGCAGGAATGGGCATGATTGTGTTCATCCCCAT
TGCAATATGTTCGTGGTTGCCTTTTGTGTCAACATTCCAGACACGCCTTATGTTCAATCAGGCTTTTAGTCGTGGGTTAGAAATCTCTCTTATTCTTGCAGGGAACAAGCCAAACAAAGAACTATAAGGTCTCTGGAATTTCCACGAGCTTTGACAGAGGCTCTATTTTATCTTCTTAGTAAGATGTATTCTTATGTTAT
TGTTGAAAGCCTGTTATCTGCGTCGAGCAACTTCCTGCAGTATATTGAATCAACAGGTCTTTCTAGGGGTTAGTATTCAAAACCTTGGAGGAGCATGCAAAAGTCTGTCTGTGAAATGTAAATACTAAAATCGTATGAGCTTGGTTTATGTTAATATCTTTATGTATTCATATAGCGATGATGGAATGCATCCGGTTTTA
TTATCATCTTATTTGATTCATGAGAACAAACTTTGTTTCTCAAAACTCAAGGTAGCCAGGGGCTCGTTGATCAATCTGTTAGAAATATGTATTTTAGAATATTATAAATGTGACGGGTTGAATTACTCCTGAACAGGGCTG


>TRINITY_DN132243_c0_g1_i8 from sample A1 / Example unspliced isoform:
GTAATTTAAGGGGTTTCTCTTTTATAATGCTACGTGGAAACGTCCACCAATGAAGCCGTCAGTGAAGCAACACGACTGGGCAAGAAGTTGAAGGATACAATTACTTTGATGGTTTTGCGCGTAGGAATTTGAGCTCTGCGCGTATAACGCTGACACGGCAATGGGCTTTTCTGTCGAATATAAACTTTGGAGTCGTGACT
TGCAGCTCGCTTGAATCTCGGTTTGGAGGGCTTGTAAGTTTTGAGTTTCAGACAATACGTTGGAGCTCTGCTAGTTTTGGCCGGGAAGATGCCTGAATGTCTCCAAGGGTTTTATGATAAGCGTCTGAAGTTTTAAATCCTCCCTTAGCTGGAGCATACGCAGGCTTCAGCTTTCGCCTTTTAATTAGCGGAATAATTTA
TGGAGGATTTGGCAGTCGATTTAGTACATTACTGACAGTAACTGGGTTTGAGTTGGCTGAAAGATTCTATCAAACAATTGTCAAGTCCTCTTCGTTCCTGGGATCTCTTCACCTTATCAAATACAGAGAGCACAAACGTCATAGGTATTGAGTTCAATTGAAGCTATAATTAGAGTCCATGTTTTGAGTAGATCGACACA
CTAGAAGTACTCGAGATGTCGAGGGCAGAGACGAACTGGGAGCGACTGGTTCGCTCAGCCCTGCAGAGGCAGCAGCGAAGTAGCCAAAAGCCGGGCAGAATCAATAGTGGGCTTTCTAGTGCTGTCCCTTCTTCCTTGAACGCTGCCAACATCGATGCCATTCTCAAGGCCGCAGATGAAATTCAGGACGAAGATCCCAA
TGTTGCTCGCATTTTGTGTGAGCATGCATATTCTTTGGCACAAAATCTGGATCCAAATAGTGAAGGAAGAGGCGTGCTGCAATTCAAGACAGGATTGATGTCAGTCATCAAGCAAAGGCTTGCAAAAAAGGATGGTGGACAAATTGATCGAAGCCAAGATATTGCCCGCATACAAGAGTTCTACAAGCGCTATAGAGAAA
AGCATAGACTGGATGAACTTCAGGAGGAGGAGCTGAAATTACAGGAGTCGGGGACTTTCAGTGGTGATCTTCAAGAGTTGGAGCGAAGAACTCTTAAAATGAAGAGATTGTATGCAACTTTAAAGGTTCTAGGGGAGGTTGTGGAGGCACTTACAAGGGAAGAGGCTCCTGAAGATGCATCCAATTTGATTCCTGAAGAG
TTCAAAAAAGTAATGGAATCAGATGCAGCGATGACTGAAGGAGCGGTTGCTTATAACATTGTACCATTAGATGCACCTGTGGTTGCTAATGCTATTACCTCTTTTCCAGAGGTGAAGGCTGCAATTTCGGCATTAAGTTATTCTAGAGATTGGCCAAGGTTGCCGGATGATTATTCTGTGCCTCAGGGAAGGAGCATGGA
TATTCTTGATCTTCTACAATATATTTTTGGATTCCAGAATGACAATGTGAGCAACCAGCGCGAACATATTGTTCTCTTGCTTTCAAATGCACAAGCTCGCCTTCGTATCCCTGATGAAGTTGAACCGAAGATGGATGAAGAAGCAATCCGCACGGTGTTTGGGAAGTCTCTTGATAATTACATGAAATGGTGCAGCTATT
TGGGCATGCCTGTTTGGAATAACCTGGAAGCATTGCAGAAAGAAAAACTGATTTTAGTTTGTCTATACTACTTGATTTGGGGAGAAGCCGGCAATGTTCGCTTTTTGCCTGAGTGCATCTGTTACATTTTTCATCATATGTCAAGAGAGCTGGAAGATATTTTGAGACAAGAATCAGCACAACCGGCCAAGAGTTGCATT
GGTGATGCTGGAGTTTCCTTTCTTCAGCAAGTCATCATGCCATTATATGAAACTCTGGCAGCGGAGGCAGCAATTTGTGATAATGGTAAACAACCACATTCTGCATGGCGGAACTATGATGATTTCAATGAGTATTTTTGGTCCCGTAATTGTTTTGAGCTAGGTTGGCCATGGAACAAGGATGCACCATTTTTCTTTAA
ACCTAAGAAAGGAGTTAAGGATTCAAGTGACAGTCGCCGAATTGGTAAAACTTACTTTGTGGAACACCGGACATTCTTCCACTTGTATCATAGCTTTCATCGCTTGTGGATCTTCTTGGCTATGATGTTTCAGgtttggacattttaattttaatagttgttttttcctccatacaatatttttatgagttttggatgta
tctagtttttaactcaggcaatatttggggtcatctatgctcttagttgacagactgattgttttagtgcagtttcctctttctttcttgggtttaatccccatcttcagaatcatgaggtttttggtatttgcttacattctgtgtttctattcaaggcctcacattttattttctcagtgcttgttttggattataaa
taacttgcagGGTTTGACCATCATAGCTTTCAATGATGGGAAGATTAATTCGGGTGTGATAAAAAAACTTCTTAGTGTTGGACCAACCTTTCTCATTATGAAGTTTATAGAGAGTTTTCTTGCTATTATGATGATGTATGGAGCCTATGGAGCAACCCGTAGTGTTGCTGTTTCTAGGATATTTCTTCGTTTTCTGTGCT
TTGGAGGTCTTTCGGGGCTTATGTCTTATCTTTATGTGAAGGCACTTCAAGTTTCGGGTGAAAGTTCTATATTTTTTAAGATATATATTTTTGTTTTGGGAGTGTATGCTGTTACCCAGTTCTTTTTCAGTTTCCTTATGCGAATTCCTGCTTGCCATGTGCTAACTGAGAGATGTGACCAATGGTCACCTGTACGATTC
ATAAAGTGGATGCATCAGGAACACTATTATGTTGGGCGAGGGCTATATGAGAGGCCAAGTGACTACATAAGATATGTGTTTTTTTGGTTGGTGGTTTTCGGCTGCAAGTTTTCTTTTGCCTATTTTCTTGAGATAAAGCCATTGGTAAAACCAACTAGAATAATTGTAGTGGAGAAGGACTTACGATACTCATGGCATGA
TTTTGTCTCAAAGAATAATCACAATGCGCTGACTATTGCTAGTCTCTGGGCACCAGTTCTTGCTATCTATGTTCTAGATCTGTATATTTGGTACACAGTTTTATCTGCTATTGTGGGTGCTCTTATTGGAGCAAAAGAACGACTTGGAGAGATACAGTCAATAGAAACTGTCCGTAAGCGCTTTGAAAGTTTTCCAGAAG
CATTTACGAAAAGAATTCAAGCAACAAAGACTAAGAGGCATAGTAGTGGTGTATCACTTGGTCAGGCATCCACTGAAGCCAAAAAGAGTTATGCTGCCATATTTTCTCCATTCTGGAATGAAATTATCAAGAGCATACGTGAGGAAGATTATATTGCGAATCGGGAGATGGAGTTACTTCTTATCCCAGGCAATACTGGA
AACTTACCCTTAGTACAATGGCCTCTTTTCCTTCTGGTCAGCAAGATTTTTCTGGCCGTAGAAATGGCTGTAGAAAGCAAAGATTCACAGGTGGAACTCTGGGAAAGAATTTCCAAAGATGAGTATATGAAATATGCAGTTGTGGAATGCTATTACAGTGTGGAAAATATATTGAAAGCAATACTGGATGATGAGGGAAG
ATTATGGGTGGACAGGATATTTTCTGACATAATGGAGAGTCTACAGAAAGCGTCTATTCTTGATGATTTTCAACTGACCAAGCTACCTCTTGTGCTATTAAAAATCACTGCACTGACTGGACTTTTGATACATGATGAGACACCTGATTTGGCAGAGGGTGCTGTGAAAGCCGTCCAGGATCTTTACGATGATGTAACCC
ATGATATTCTTTCATATAATTTAAGAGAGCACTATGACACCTGGAGGATCCTGGCAAAAGCAAGGAATGAAGGACGACTGTTCTCCAAACTCGAATGGCCCAAAGATCCAGAACTGAGACAACAAATCAAACGGCTTCATTTACTCCTGACTATAAAGGAATCTGCTGCCAATATTCCGAAGAATTTGGAGGCAAGACGC
CGATTACAATTTTTCACTAATTCCTTGTTCATGAAAATGGCACCAACAAAACCTGTGCGAGAAATGCTTTCATTCAGTGTGTTTACTCCATATTACAAGGAAACTGTTATGTATAGTATTAATGAATTAGAAAAGGAAAACGAAGATGGCATTTCTACAGTGTTCTATCTTCAAAAAATCTTTCCAGATGAATGGAAATA
TTTTCTGGAGCGTATTGGTCGAGATGAAGGTACACTTGTGTCAGAGCTTAAAGAAAATTCAAATGACCTTTTGGAATTGCGGTTATGGGCTTCTTATAGAGGACAGACATTAGCTAGAACTGTTCGGGGCATGATGTACTATCGAAGGGCACTTGTGCTAGAAAGCTATATGGAAAGGCCAATCTATGATGACATTGAGA
ATATCCTCCCTCAATCCACTATAACCAGTACGCATGGGTATGAGTTATCACGGGAAGCACGTGCACAAGCAGATTTGAAGTTCACATATGTTGTGACCTGCCAAATCTACGGAAAACAGAAGCAAGACCGAAACCCAGAGGCTGCTGATATTGCATTTCTAATGCAAAGGAACGAGGCACTTAGAGTCGCCTTCATTGAT
ATCGTTGAGAAGCTCAAGGATGGAAAAGTCTGCAAAGAGTTCTATTCAAAACTTGTCAAAGCTGATGTGCATGGAAAAGACAAGGAAATATACTCGATCAAGTTGCCAGGAAATCCTTTACTTGGGGAGGGAAAGCCAGAAAACCAAAACCATGCAATAATTTTTACTCGTGGAGATGCTGTTCAAACTATTGACATGAA
TCAGGACAACTACTTTGAGGAAGCTTTGAAAATGCGCAACCTTTTGGAAGAATTTTATGCCGATCACGGACTTCGGCTTCCTACAATTCTTGGTGTTCGAGAGCATGTTTTCACTGGAAGTGTGTCATCTTTAGCTTCGTTTATGTCCAATCAAGAAGAAAGTTTTGTGACATTGGGTCAGCGTGTTTTGGCAAATCCTC
TAAAGGTTCGCATGCACTATGGACACCCAGATGTTTTTGACAGAATTTTTCACATCACGAGAGGAGGCATAAGCAAGGCATCACGTATTATTAATATAAGTGAAGATATCTATGCAGGGTTTAACTCCACCTTACGGCAAGGCAATATCACTCATCATGAATACATTCAGGTGGGAAAGGGCCGAGATGTTGGACTTAAT
CAGATTGCAATGTTTGAGGGGAAAGTTGCAGGTGGTAATGGAGAACAAGTTTTAAGCAGAGATGTTTATAGGCTTGGGCAGCTCTTTGATTTCTTTAGGATGTTATCATTCTACTTCACAACAGTCGGCTTTTATTTTTGTACGATGATGACAGTTCTGACTGTATATATTTTTCTATATGGTAGAGCATATCTGGCTTT
GTCTGGAGTTGGTGGATCTATCATGGAGAAAGTTAAAGGCAACACTGCACTGACTGCTGCTCTTAACACACAGTTTTTATTCCAAATTGGTATATTTACTGCTGTGCCAATGATACTGGGTTGCATCTTGGAGCAAGGATTTTTGAAGGCCATTGTTAGTTTTGTCACAATGCAGATGCAGCTTTGCTCTGTATTTTTCA
CATTTTCTCTTGGGACAAGGACTCACTACTTTGGCCGCACCATTCTTCATGGTGGAGCAAAGTACAAAGCAACTGGAAGAGGTTTTGTTGTCCAACATATCAAATTCGCAGAAAATTACAGGCTTTACTCTCGCAGCCATTTTGTAAAAGCACTAGAAGTGGCAATGCTTTTATTGGTCTACACAGCATTTGGTTATAAT
ACAGAGGGTGCATTTGCATACATCCTTCTCACTATCAGTAGTTGGTTCCTTGTTATATCTTGGTTATTTTCCCCCTACGTCTTCAATCCTTCTGGCTTTGAGTGGGAAAAGACTGTAAATGATTTCAAAGATTGGACCAATTGGCTCCTTTATAGAGGTGGAATTGGAGTTAAAGGAGAAGAGAGTTGGGAAGCTTGGTG
GGATGAGGAACAGGCACATATTCGTTCTTTGAGAGGAAGGATATTTGAGACCATACTAAGTCTACGATTTTTCATCTTTCAGTATGGTATTGTGTACAAATTACATGCCACTGGAAATGACACTTCCCTTAAGGTTTATGCTTGGTCGTGGATTGTATTAACTGGCCTAATTTTGATATTTAAGATTTTCACATTCAGCC
AAAAAGTATCAGTAAATTTCCAATTATTGCTACGACTCATACAGGGCATTACATTTATGTCATGCTTAACTGCCCTTGTAGTTGTAGTTATTAAGACTGACTTGACAGTGACAGACCTTTTTTCCAGTATGCTTGCATTCATACCAACTGGATGGGGTATCCTGTGTCTTGCTATTGCATGGAAACCTATTGTGAAGAGG
CTTGGATTATGGAAGTCGATCCGTTCACTTGGCCGTCTATATGATGCAGGAATGGGCATGATTGTGTTCATCCCCATTGCAATATGTTCGTGGTTGCCTTTTGTGTCAACATTCCAGACACGCCTTATGTTCAATCAGGCTTTTAGTCGTGGGTTAGAAATCTCTCTTATTCTTGCAGGGAACAAGCCAAACAAAGAACT
ATAAGGTCTCTGGAATTTCCACGAGCTTTGACAGAGGCTCTATTTTATCTTCTTAGTAAGATGTATTCTTATGTTATTGTTGAAAGCCTGTTATCTGCGTCGAGCAACTTCCTGCAGTATATTGAATCAACAGGTCTTTCTAGGGGTTAGTATTCAAAACCTTGGAGGAGCATGCAAAAGTCTGTCTGTGAAATGTAAAT
ACTAAAATCGTATGAGCTTGGTTTATGTTAATATCTTTATGTATTCATATAGCGATGATGGAATGCATCCGGTTTTATTATCATCTTATTTGATTCATGAGAACAAACTTTGTTTCTCAAAACTCAAGGTAGCCAGGGGCTCGTTGATCAATCTGTTAGAAATATGTATTTTAGAATATTATAAATGTGACGGGTTGAAT
TACTCCTGAACAGGGCTG



Intron 7 GTATATCATT ... TTGTTCTCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A121.98711723
A221.99551615
A317.79671811
A49.288899
A515.4552811
A611.11820
A715.151414
A80500
A90500
A1018.18931



>TRINITY_DN132243_c0_g1_i17 from sample A1 / Example spliced isoform
GTAATTTAAGGGGTTTCTCTTTTATAATGCTACGTGGAAACGTCCACCAATGAAGCCGTCAGTGAAGCAACACGACTGGGCAAGAAGTTGAAGGATACAATTACTTTGATGGTTTTGCGCGTAGGAATTTGAGCTCTGCGCGTATAACGCTGACACGGCAATGGGCTTTTCTGTCGAATATAAACTTTGGAGTCGTGACT
TGCAGCTCGCTTGAATCTCGGTTTGGAGGGCTTGTAAGTTTTGAGTTTCAGACAATACGTTGGAGCTCTGCTAGTTTTGGCCGGGAAGATGCCTGAATGTCTCCAAGGGTTTTATGATAAGCGTCTGAAGTTTTAAATCCTCCCTTAGCTGGAGCATACGCAGGCTTCAGCTTTCGCCTTTTAATTAGCGGAATAATTTA
TGGAGGATTTGGCAGTCGATTTAGTACATTACTGACAGTAACTGGGTTTGAGTTGGCTGAAAGATTCTATCAAACAATTGTCAAGTCCTCTTCGTTCCTGGGATCTCTTCACCTTATCAAATACAGAGAGCACAAACGTCATAGGTATTGAGTTCAATTGAAGCTATAATTAGAGTCCATGTTTTGAGTAGATCGACACA
CTAGAAGTACTCGAGATGTCGAGGGCAGAGACGAACTGGGAGCGACTGGTTCGCTCAGCCCTGCAGAGGCAGCAGCGAAGTAGCCAAAAGCCGGGCAGAATCAATAGTGGGCTTTCTAGTGCTGTCCCTTCTTCCTTGAACGCTGCCAACATCGATGCCATTCTCAAGGCCGCAGATGAAATTCAGGACGAAGATCCCAA
TGTTGCTCGCATTTTGTGTGAGCATGCATATTCTTTGGCACAAAATCTGGATCCAAATAGTGAAGGAAGAGGCGTGCTGCAATTCAAGACAGGATTGATGTCAGTCATCAAGCAAAGGCTTGCAAAAAAGGATGGTGGACAAATTGATCGAAGCCAAGATATTGCCCGCATACAAGAGTTCTACAAGCGCTATAGAGAAA
AGCATAGACTGGATGAACTTCAGGAGGAGGAGCTGAAATTACAGGAGTCGGGGACTTTCAGTGGTGATCTTCAAGAGTTGGAGCGAAGAACTCTTAAAATGAAGAGATTGTATGCAACTTTAAAGGTTCTAGGGGAGGTTGTGGAGGCACTTACAAGGGAAGAGGCTCCTGAAGATGCATCCAATTTGATTCCTGAAGAG
TTCAAAAAAGTAATGGAATCAGATGCAGCGATGACTGAAGGAGCGGTTGCTTATAACATTGTACCATTAGATGCACCTGTGGTTGCTAATGCTATTACCTCTTTTCCAGAGGTGAAGGCTGCAATTTCGGCATTAAGTTATTCTAGAGATTGGCCAAGGTTGCCGGATGATTATTCTGTGCCTCAGGGAAGGAGCATGGA
TATTCTTGATCTTCTACAATATATTTTTGGATTCCAGAATGACAATGTGAGCAACCAGCGCGAACATATTGTTCTCTTGCTTTCAAATGCACAAGCTCGCCTTCGTATCCCTGATGAAGTTGAACCGAAGATGGATGAAGAAGCAATCCGCACGGTGTTTGGGAAGTCTCTTGATAATTACATGAAATGGTGCAGCTATT
TGGGCATGCCTGTTTGGAATAACCTGGAAGCATTGCAGAAAGAAAAACTGATTTTAGTTTGTCTATACTACTTGATTTGGGGAGAAGCCGGCAATGTTCGCTTTTTGCCTGAGTGCATCTGTTACATTTTTCATCATATGTCAAGAGAGCTGGAAGATATTTTGAGACAAGAATCAGCACAACCGGCCAAGAGTTGCATT
GGTGATGCTGGAGTTTCCTTTCTTCAGCAAGTCATCATGCCATTATATGAAACTCTGGCAGCGGAGGCAGCAATTTGTGATAATGGTAAACAACCACATTCTGCATGGCGGAACTATGATGATTTCAATGAGTATTTTTGGTCCCGTAATTGTTTTGAGCTAGGTTGGCCATGGAACAAGGATGCACCATTTTTCTTTAA
ACCTAAGAAAGGAGTTAAGGATTCAAGTGACAGTCGCCGAATTGGTAAAACTTACTTTGTGGAACACCGGACATTCTTCCACTTGTATCATAGCTTTCATCGCTTGTGGATCTTCTTGGCTATGATGTTTCAGGTTTGGACATTTTAATTTTAATAGTTGTTTTTTCCTCCATACAATATTTTTATGAGTTTTGGATGTA
TCTAGTTTTTAACTCAGGCAATATTTGGGGTCATCTATGCTCTTAGTTGACAGACTGATTGTTTTAGTGCAGTTTCCTCTTTCTTTCTTGGGTTTAATCCCCATCTTCAGAATCATGAGGTTTTTGGTATTTGCTTACATTCTGTGTTTCTATTCAAGGCCTCACATTTTATTTTCTCAGTGCTTGTTTTGGATTATAAA
TAACTTGCAGGGTTTGACCATCATAGCTTTCAATGATGGGAAGATTAATTCGGGTGTGATAAAAAAACTTCTTAGTGTTGGACCAACCTTTCTCATTATGAAGTTTATAGAGAGTTTTCTTGCTATTATGATGATGTATGGAGCCTATGGAGCAACCCGTAGTGTTGCTGTTTCTAGGATATTTCTTCGTTTTCTGTGCT
TTGGAGGTCTTTCGGGGCTTATGTCTTATCTTTATGTGAAGGCACTTCAAGTTTCGGGTGAAAGTTCTATATTTTTTAAGATATATATTTTTGTTTTGGGAGTGTATGCTGTTACCCAGTTCTTTTTCAGTTTCCTTATGCGAATTCCTGCTTGCCATGTGCTAACTGAGAGATGTGACCAATGGTCACCTGTACGATTC
ATAAAGTGGATGCATCAGGAACACTATTATGTTGGGCGAGGGCTATATGAGAGGCCAAGTGACTACATAAGATATGTGTTTTTTTGGTTGGTGGTTTTCGGCTGCAAGTTTTCTTTTGCCTATTTTCTTGAGATAAAGCCATTGGTAAAACCAACTAGAATAATTGTAGTGGAGAAGGACTTACGATACTCATGGCATGA
TTTTGTCTCAAAGAATAATCACAATGCGCTGACTATTGCTAGTCTCTGGGCACCAGTTCTTGCTATCTATGTTCTAGATCTGTATATTTGGTACACAGTTTTATCTGCTATTGTGGGTGCTCTTATTGGAGCAAAAGAACGACTTGGAGAGATACAGTCAATAGAAACTGTCCGTAAGCGCTTTGAAAGTTTTCCAGAAG
CATTTACGAAAAGAATTCAAGCAACAAAGACTAAGAGGCATAGTAGTGGTGTATCACTTGGTCAGGCATCCACTGAAGCCAAAAAGAGTTATGCTGCCATATTTTCTCCATTCTGGAATGAAATTATCAAGAGCATACGTGAGGAAGATTATATTGCGAATCGGGAGATGGAGTTACTTCTTATCCCAGGCAATACTGGA
AACTTACCCTTAGTACAATGGCCTCTTTTCCTTCTGGTCAGCAAGATTTTTCTGGCCGTAGAAATGGCTGTAGAAAGCAAAGATTCACAGGTGGAACTCTGGGAAAGAATTTCCAAAGATGAGTATATGAAATATGCAGTTGTGGAATGCTATTACAGTGTGGAAAATATATTGAAAGCAATACTGGATGATGAGGGAAG
ATTATGGGTGGACAGGATATTTTCTGACATAATGGAGAGTCTACAGAAAGCGTCTATTCTTGATGATTTTCAACTGACCAAGCTACCTCTTGTGCTATTAAAAATCACTGCACTGACTGGACTTTTGATACATGATGAGACACCTGATTTGGCAGAGGGTGCTGTGAAAGCCGTCCAGGATCTTTACGATGATGTAACCC
ATGATATTCTTTCATATAATTTAAGAGAGCACTATGACACCTGGAGGATCCTGGCAAAAGCAAGGAATGAAGGACGACTGTTCTCCAAACTCGAATGGCCCAAAGATCCAGAACTGAGACAACAAATCAAACGGCTTCATTTACTCCTGACTATAAAGGAATCTGCTGCCAATATTCCGAAGAATTTGGAGGCAAGACGC
CGATTACAATTTTTCACTAATTCCTTGTTCATGAAAATGGCACCAACAAAACCTGTGCGAGAAATGCTTTCATTCAGTGTGTTTACTCCATATTACAAGGAAACTGTTATGTATAGTATTAATGAATTAGAAAAGGAAAACGAAGATGGCATTTCTACAGTGTTCTATCTTCAAAAAATCTTTCCAGATGAATGGAAATA
TTTTCTGGAGCGTATTGGTCGAGATGAAGGTACACTTGTGTCAGAGCTTAAAGAAAATTCAAATGACCTTTTGGAATTGCGGTTATGGGCTTCTTATAGAGGACAGACATTAGCTAGAACTGTTCGGGGCATGATGTACTATCGAAGGGCACTTGTGCTAGAAAGCTATATGGAAAGGCCAATCTATGATGACATTGAGA
ATATCCTCCCTCAATCCACTATAACCAGTACGCATGGGTATGAGTTATCACGGGAAGCACGTGCACAAGCAGATTTGAAGTTCACATATGTTGTGACCTGCCAAATCTACGGAAAACAGAAGCAAGACCGAAACCCAGAGGCTGCTGATATTGCATTTCTAATGCAAAGGAACGAGGCACTTAGAGTCGCCTTCATTGAT
ATCGTTGAGAAGCTCAAGGATGGAAAAGTCTGCAAAGAGTTCTATTCAAAACTTGTCAAAGCTGATGTGCATGGAAAAGACAAGGAAATATACTCGATCAAGTTGCCAGGAAATCCTTTACTTGGGGAGGGAAAGCCAGAAAACCAAAACCATGCAATAATTTTTACTCGTGGAGATGCTGTTCAAACTATTGACATGAA
TCAGGACAACTACTTTGAGGAAGCTTTGAAAATGCGCAACCTTTTGGAAGAATTTTATGCCGATCACGGACTTCGGCTTCCTACAATTCTTGGTGTTCGAGAGCATGTTTTCACTGGAAGTGTGTCATCTTTAGCTTCGTTTATGTCCAATCAAGAAGAAAGTTTTGTGACATTGGGTCAGCGTGTTTTGGCAAATCCTC
TAAAGGTTCGCATGCACTATGGACACCCAGATGTTTTTGACAGAATTTTTCACATCACGAGAGGAGGCATAAGCAAGGCATCACGTATTATTAATATAAGTGAAGATATCTATGCAGGGTTTAACTCCACCTTACGGCAAGGCAATATCACTCATCATGAATACATTCAGGTGGGAAAGGGCCGAGATGTTGGACTTAAT
CAGATTGCAATGTTTGAGGGGAAAGTTGCAGGTGGTAATGGAGAACAAGTTTTAAGCAGAGATGTTTATAGGCTTGGGCAGCTCTTTGATTTCTTTAGGATGTTATCATTCTACTTCACAACAGTCGGCTTTTATTTTTGTACGATGATGACAGTTCTGACTGTATATATTTTTCTATATGGTAGAGCATATCTGGCTTT
GTCTGGAGTTGGTGGATCTATCATGGAGAAAGTTAAAGGCAACACTGCACTGACTGCTGCTCTTAACACACAGTTTTTATTCCAAATTGGTATATTTACTGCTGTGCCAATGATACTGGGTTGCATCTTGGAGCAAGGATTTTTGAAGGCCATTGTTAGTTTTGTCACAATGCAGATGCAGCTTTGCTCTGTATTTTTCA
CATTTTCTCTTGGGACAAGGACTCACTACTTTGGCCGCACCATTCTTCATGGTGGAGCAAAGTACAAAGCAACTGGAAGAGGTTTTGTTGTCCAACATATCAAATTCGCAGAAAATTACAGGCTTTACTCTCGCAGCCATTTTGTAAAAGCACTAGAAGTGGCAATGCTTTTATTGGTCTACACAGCATTTGGTTATAAT
ACAGAGGGTGCATTTGCATACATCCTTCTCACTATCAGTAGTTGGTTCCTTGTTATATCTTGGTTATTTTCCCCCTACGTCTTCAATCCTTCTGGCTTTGAGTGGGAAAAGACTGTAAATGATTTCAAAGATTGGACCAATTGGCTCCTTTATAGAGGTGGAATTGGAGTTAAAGGAGAAGAGAGTTGGGAAGCTTGGTG
GGATGAGGAACAGGCACATATTCGTTCTTTGAGAGGAAGGATATTTGAGACCATACTAAGTCTACGATTTTTCATCTTTCAGTATGGTATTGTGTACAAATTACATGCCACTGGAAATGACACTTCCCTTAAGGTTTATGCTTGGTCGTGGATTGTATTAACTGGCCTAATTTTGATATTTAAGATTTTCACATTCAGCC
AAAAAGTATCAGTAAATTTCCAATTATTGCTACGACTCATACAGGGCATTACATTTATGTCATGCTTAACTGCCCTTGTAGTTGTAGTTATTAAGACTGACTTGACAGTGACAGACCTTTTTTCCAGTATGCTTGCATTCATACCAACTGGATGGGGTATCCTGTGTCTTGCTATTGCATGGAAACCTATTGTGAAGAGG
CTTGGATTATGGAAGTCGATCCGTTCACTTGGCCGTCTATATGATGCAGGAATGGGCATGATTGTGTTCATCCCCATTGCAATATGTTCGTGGTTGCCTTTTGTGTCAACATTCCAGACACGCCTTATGTTCAATCAGGCTTTTAGTCGTGGGTTAGAAATCTCTCTTATTCTTGCAGGGAACAAGCCAAACAAAGAACT
ATAAGGTCTCTGGAATTTCCACGAGCTTTGACAGAGGCTCTATTTTATCTTCTTAGTAAGATGTATTCTTATGTTATTGTTGAAAGCCTGTTATCTGCGTCGAGCAACTTCCTGCAGTATATTGAATCAACACGCTTTTCAAATCAACAGGTCTTTCTAGGGGTTAGTATTCAAGACCTTGCAGGAGCATGCAAAAGTCT
GTCTGTGAAATGTAAATACTAAAATCGTATGAGCTTGGTTTATGTTAATATCTTTATGTATTCATATAGCGATGATGGAATGCATCCGGTTTTATTATCATCTTATTTGATTCATGAGAACAAACTTTGTTTCTCAAAACTCAAGGTAGCCAGGGGCTCGTTGATCAATCTGTTAGAAATATGTATTTTAGAATATTATA
AATGTGACGGGTTGAATTACTCCTGAACAGGGCTG


>TRINITY_DN132243_c0_g1_i26 from sample A1 / Example unspliced isoform:
GTAATTTAAGGGGTTTCTCTTTTATAATGCTACGTGGAAACGTCCACCAATGAAGCCGTCAGTGAAGCAACACGACTGGGCAAGAAGTTGAAGGATACAATTACTTTGATGGTTTTGCGCGTAGGAATTTGAGCTCTGCGCGTATAACGCTGACACGGCAATGGGCTTTTCTGTCGAATATAAACTTTGGAGTCGTGACT
TGCAGCTCGCTTGAATCTCGGTTTGGAGGGCTTGTAAGTTTTGAGTTTCAGACAATACGTTGGAGCTCTGCTAGTTTTGGCCGGGAAGATGCCTGAATGTCTCCAAGGGTTTTATGATAAGCGTCTGAAGTTTTAAATCCTCCCTTAGCTGGAGCATACGCAGGCTTCAGCTTTCGCCTTTTAATTAGCGGAATAATTTA
TGGAGGATTTGGCAGTCGATTTAGTACATTACTGACAGTAACTGGGTTTGAGTTGGCTGAAAGATTCTATCAAACAATTGTCAAGTCCTCTTCGTTCCTGGGATCTCTTCACCTTATCAAATACAGAGAGCACAAACGTCATAGGTATTGAGTTCAATTGAAGCTATAATTAGAGTCCATGTTTTGAGTAGATCGACACA
CTAGAAGTACTCGAGATGTCGAGGGCAGAGACGAACTGGGAGCGACTGGTTCGCTCAGCCCTGCAGAGGCAGCAGCGAAGTAGCCAAAAGCCGGGCAGAATCAATAGTGGGCTTTCTAGTGCTGTCCCTTCTTCCTTGAACGCTGCCAACATCGATGCCATTCTCAAGGCCGCAGATGAAATTCAGGACGAAGATCCCAA
TGTTGCTCGCATTTTGTGTGAGCATGCATATTCTTTGGCACAAAATCTGGATCCAAATAGTGAAGGAAGAGGCGTGCTGCAATTCAAGACAGGATTGATGTCAGTCATCAAGCAAAGGCTTGCAAAAAAGGATGGTGGACAAATTGATCGAAGCCAAGATATTGCCCGCATACAAGAGTTCTACAAGCGCTATAGAGAAA
AGCATAGACTGGATGAACTTCAGGAGGAGGAGCTGAAATTACAGGAGTCGGGGACTTTCAGTGGTGATCTTCAAGAGTTGGAGCGAAGAACTCTTAAAATGAAGAGATTGTATGCAACTTTAAAGGTTCTAGGGGAGGTTGTGGAGGCACTTACAAGGGAAGAGGCTCCTGAAGATGCATCCAATTTGATTCCTGAAGAG
TTCAAAAAAGTAATGGAATCAGATGCAGCGATGACTGAAGGAGCGGTTGCTTATAACATTGTACCATTAGATGCACCTGTGGTTGCTAATGCTATTACCTCTTTTCCAGAGGTGAAGGCTGCAATTTCGGCATTAAGTTATTCTAGAGATTGGCCAAGGTTGCCGGATGATTATTCTGTGCCTCAGGGAAGGAGCATGGA
TATTCTTGATCTTCTACAATATATTTTTGGATTCCAGAATGACAATGTGAGCAACCAGCGCGAACATATTGTTCTCTTGCTTTCAAATGCACAAGCTCGCCTTCGTATCCCTGATGAAGTTGAACCGAAGATGGATGAAGAAGCAATCCGCACGGTGTTTGGGAAGTCTCTTGATAATTACATGAAATGGTGCAGCTATT
TGGGCATGCCTGTTTGGAATAAgtatatcattaactgtttatgttgttattctgttctggttttcctatttctagctgaatgatggacatgaccttaacttctaacattgttgttctcagCCTGGAAGCATTGCAGAAAGAAAAACTGATTTTAGTTTGTCTATACTACTTGATTTGGGGAGAAGCCGGCAATGTTCGCT
TTTTGCCTGAGTGCATCTGTTACATTTTTCATCATGTAAGGAGACTGCTTTAGACCAAATTTTCCTTAGAAACAAATTCATGTATGTTTTAAGTTTTTAACAACCTTACAATACACTGAACTCATTTATTTTGATTCATGCT



Intron 8 GTAGATATAC ... ACTCAAACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A129.581003648
A227.75822439
A332.2567.22836
A427.83832440
A541.4433.22324
A627.27421
A724.321463
A860224
A912.5711
A1023.531344



>TRINITY_DN132243_c0_g1_i12 from sample A1 / Example spliced isoform
GTAATTTAAGGGGTTTCTCTTTTATAATGCTACGTGGAAACGTCCACCAATGAAGCCGTCAGTGAAGCAACACGACTGGGCAAGAAGTTGAAGGATACAATTACTTTGATGGTTTTGCGCGTAGGAATTTGAGCTCTGCGCGTATAACGCTGACACGGCAATGGGCTTTTCTGTCGAATATAAACTTTGGAGTCGTGACT
TGCAGCTCGCTTGAATCTCGGTTTGGAGGGCTTGTAAGTTTTGACTTTCAGACAATACGTTGGAGTCCCCACAAATAAAAAAGCCTCTGCTAGTTTTGGCCGGGAAGATGCCTGAATGTCTCCAAGGGTTTTATGATAAGCGTCTGAAGTTTTAAATCCTCCCTTAGCTGGAGCATACGCAGGCTTCAGCTTTCGCCTTT
TAATTAGCGGAATAATTTATGGAGGATTTGGCAGTCGATTTAGTACATTACTGACAGTAACTGGGTTTGAGTTGGCTGAAAGATTCTATCAAACAATTGTCAAGTCCTCTTCCTTCCTGGGATCTCTTCACCTTATCAAATACAGAGAGCACAAACGTCATAGGTATTGAGTTCAATTGAAGCTATAATTAGAGTCCATG
TTTTGAGTAGATCGACACACTAGAAGTACTCGAGATGTCGAGGGCAGAGACGAACTGGGAGCGACTGGTTCGCTCAGCCCTGCAGAGGCAGCAGCGAAGTAGCCAAAAGCCGGGCAGAATCAATAGTGGGCTTTCTAGTGCTGTCCCTTCTTCCTTGAACGCTGCCAACATCGATGCCATTCTCAAGGCCGCAGATGAAA
TTCAGGACGAAGATCCCAATGTTGCTCGCATTTTGTGTGAGCATGCATATTCTTTGGCACAAAATCTGGATCCAAATAGTGAAGGAAGAGGCGTGCTGCAATTCAAGACAGGATTGATGTCAGTCATCAAGCAAAGGCTTGCAAAAAAGGATGGTGGACAAATTGATCGAAGCCAAGATATTGCCCGCATACAAGAGTTC
TACAAGCGCTATAGAGAAAAGCATAGACTGGATGAACTTCAGGAGGAGGAGCTGAAATTACAGGAGTCGGGGACTTTCAGTGGTGATCTTCAAGAGTTGGAGCGAAGAACTCTTAAAATGAAGAGATTGTATGCAACTTTAAAGGTTCTAGGGGAGGTTGTGGAGGCACTTACAAGGGAAGAGGCTCCTGAAGATGCATC
CAATTTGATTCCTGAAGAGTTCAAAAAAGTAATGGAATCAGATGCAGCGATGACTGAAGGAGCGGTTGCTTATAACATTGTACCATTAGATGCACCTGTGGTTGCTAATGCTATTACCTCTTTTCCAGAGGTGAAGGCTGCAATTTCGGCATTAAGTTATTCTAGAGATTGGCCAAGGTTGCCGGATGATTATTCTGTGC
CTCAGGGAAGGAGCATGGATATTCTTGATCTTCTACAATATATTTTTGGATTCCAGAATGACAATGTGAGCAACCAGCGCGAACATATTGTTCTCTTGCTTTCAAATGCACAAGCTCGCCTTCGTATCCCTGATGAAGTTGAACCGAAGATGGATGAAGAAGCAATCCGCACGGTGTTTGGGAAGTCTCTTGATAATTAC
ATGAAATGGTGCAGCTATTTGGGCATGCCTGTTTGGAATAACCTGGAAGCATTGCAGAAAGAAAAACTGATTTTAGTTTGTCTATACTACTTGATTTGGGGAGAAGCCGGCAATGTTCGCTTTTTGCCTGAGTGCATCTGTTACATTTTTCATCATATGTCAAGAGAGCTGGAAGATATTTTGAGACAAGAATCAGCACA
ACCGGCCAAGAGTTGCATTGGTGATGCTGGAGTTTCCTTTCTTCAGCAAGTCATCATGCCATTATATGAAACTCTGGCAGCGGAGGCAGCAATTTGTGATAATGGTAAACAACCACATTCTGCATGGCGGAACTATGATGATTTCAATGAGTATTTTTGGTCCCGTAATTGTTTTGAGCTAGGTTGGCCATGGAACAAGG
ATGCACCATTTTTCTTTAAACCTAAGAAAGGAGTTAAGGATTCAAGTGACAGTCGCCGAATTGGTAAAACTTACTTTGTGGAACACCGGACATTCTTCCACTTGTATCATAGCTTTCATCGCTTGTGGATCTTCTTGGCTATGATGTTTCAGGTTTGGACATTTTAATTTTAATAGTTGTTTTTTCCTCCATACAATATT
TTTATGAGTTTTGGATGTATCTAGTTTTTAACTCAGGCAATATTTGGGGTCATCTATGCTCTTAGTTGACAGACTGATTGTTTTAGTGCAGTTTCCTCTTTCTTTCTTGGGTTTAATCCCCATCTTCAGAATCATGAGGTTTTTGGTATTTGCTTACATTCTGTGTTTCTATTCAAGGCCTCACATTTTATTTTCTCAGT
GCTTGTTTTGGATTATAAATAACTTGCAGGGTTTGACCATCATAGCTTTCAATGATGGGAAGATTAATTCGGGTGTGATAAAAAAACTTCTTAGTGTTGGACCAACCTTTCTCATTATGAAGTTTATAGAGAGTTTTCTTGCTATTATGATGATGTATGGAGCCTATGGAGCAACCCGTAGTGTTGCTGTTTCTAGGATA
TTTCTTCGTTTTCTGTGCTTTGGAGGTCTTTCGGGGCTTATGTCTTATCTTTATGTGAAGGCACTTCAAGTTTCGGGTGAAAGTTCTATATTTTTTAAGATATATATTTTTGTTTTGGGAGTGTATGCTGTTACCCAGTTCTTTTTCAGTTTCCTTATGCGAATTCCTGCTTGCCATGTGCTAACTGAGAGATGTGACCA
ATGGTCACCTGTACGATTCATAAAGTGGATGCATCAGGAACACTATTATGTTGGGCGAGGGCTATATGAGAGGCCAAGTGACTACATAAGATATGTGTTTTTTTGGTTGGTGGTTTTCGGCTGCAAGTTTTCTTTTGCCTATTTTCTTGAGATAAAGCCATTGGTAAAACCAACTAGAATAATTGTAGTGGAGAAGGACT
TACGATACTCATGGCATGATTTTGTCTCAAAGAATAATCACAATGCGCTGACTATTGCTAGTCTCTGGGCACCAGTTCTTGCTATCTATGTTCTAGATCTGTATATTTGGTACACAGTTTTATCTGCTATTGTGGGTGCTCTTATTGGAGCAAAAGAACGACTTGGAGAGATACAGTCAATAGAAACTGTCCGTAAGCGC
TTTGAAAGTTTTCCAGAAGCATTTACGAAAAGAATTCAAGCAACAAAGACTAAGAGGCATAGTAGTGGTGTATCACTTGGTCAGGCATCCACTGAAGCCAAAAAGAGTTATGCTGCCATATTTTCTCCATTCTGGAATGAAATTATCAAGAGCATACGTGAGGAAGATTATATTGCGAATCGGGAGATGGAGTTACTTCT
TATCCCAGGCAATACTGGAAACTTACCCTTAGTACAATGGCCTCTTTTCCTTCTGGTCAGCAAGATTTTTCTGGCCGTAGAAATGGCTGTAGAAAGCAAAGATTCACAGGTGGAACTCTGGGAAAGAATTTCCAAAGATGAGTATATGAAATATGCAGTTGTGGAATGCTATTACAGTGTGGAAAATATATTGAAAGCAA
TACTGGATGATGAGGGAAGATTATGGGTGGACAGGATATTTTCTGACATAATGGAGAGTCTACAGAAAGCGTCTATTCTTGATGATTTTCAACTGACCAAGCTACCTCTTGTGCTATTAAAAATCACTGCACTGACTGGACTTTTGATACATGATGAGACACCTGATTTGGCAGAGGGTGCTGTGAAAGCCGTCCAGGAT
CTTTACGATGATGTAACCCATGATATTCTTTCATATAATTTAAGAGAGCACTATGACACCTGGAGGATCCTGGCAAAAGCAAGGAATGAAGGACGACTGTTCTCCAAACTCGAATGGCCCAAAGATCCAGAACTGAGACAACAAATCAAACGGCTTCATTTACTCCTGACTATAAAGGAATCTGCTGCCAATATTCCGAA
GAATTTGGAGGCAAGACGCCGATTACAATTTTTCACTAATTCCTTGTTCATGAAAATGGCACCAACAAAACCTGTGCGAGAAATGCTTTCATTCAGTGTGTTTACTCCATATTACAAGGAAACTGTTATGTATAGTATTAATGAATTAGAAAAGGAAAACGAAGATGGCATTTCTACAGTGTTCTATCTTCAAAAAATCT
TTCCAGATGAATGGAAATATTTTCTGGAGCGTATTGGTCGAGATGAAACTACACTAGATTCGGAGCTTCAGGAAAATTCAAGTGATCTCTTGGAGTTGCGTTTATGGGCTTCATATCGTGGCCAAACATTAGCAAGAACTGTTCGAGGTATGATGTACTATAGAAAAGCTCTGATGCTACAAAGCTATATGGAGAAGCCA
TTCTATGGGGACATCGAGGATGGGATTTCTGGAGTTGATTTGACAAATACACAGGGATATGAGATATCTCGCGATGTACGAGCTCAAGCAGATTTGAAATTTACCTATGTTGTGACATGTCAAATTTATGGACAACAGAAGGTAAAACGAGCAACAGAAGCTGCTGATATTGCTCTTCTCATGCAAAGAAATGAAGCGCT
TAGGGTTGCTTATATTCATGTTGAGGAGACTCTGAAAGATGGGAAAACGCACAAGGAGTTCTATTCAAAACTTATCAAAGCTGATGCAGATGGTAATGACCAGGAAATTTATTCGATCAAGTTGCCTGGGGATCCAAAGCTTGGAGAAGGAAAGCCTGAAAATCAAAATCATGCGATAATCTTCACTCGTGGAGAAGCTA
TTCAAACTATTGACATGAATCAAGACAACTATTTCGAGGAGGCTCTCAAAATGCGTAATCTTCTTGAAGAATTTCATAGTGATCATGGGCTTCGCTCTCCAACAATTCTTGGTGTTCGTGAGCATGTATTCACTGGAAGTGTATCATCTTTAGCCTGGTTCATGTCTAACCAGGAAACAAGTTTTGTGACTTTGGGTCAA
CGTGTCCTGGCAAATCCTCTAAAGGTCCGTATGCATTATGGACATCCAGATGTTTTTGATAGGATTTTTCATATCACACGAGGAGGCATAAGTAAGGCATCTCGGGTCATTAATATCAGTGAAGATATTTATGCAGGGTTCAATTCCACTTTACGACAGGGAAACATCACTCATCATGAATACATTCAGGTTGGAAAGGG
ACGAGATGTCGGACTAAACCAGATTGCTTTGTTTGAGGGTAAAGTAGCCGGTGGCAATGGAGAACAGGTTCTCAGCAGAGATATGTATAGACTTGGACAGCTCTTTGACTTTTTCAGGATGTTGTCCTTCTACTTCACTACTGTTGGTTTTTATGTTTGTACGATGTTGACAGTCTTGACGGTTTATGTTTTTCTTTATG
GTAAAGCATATCTAGCCCTGTCTGGTTTGGATATTGCAATCACCAAAAAAGCTCGTTCTTTGGATAGCACAGCCCTGGAGGCAGCTCTTAATACACAGTTCCTGTTCCAAATTGGTGTATTTACTGCTGTGCCAATGGTCATGGGTTTCATCTTAGAACAGGGACTTCTGAAGGCTGTTGTGAATTTCGTGACAATGCAA
CTTCAACTATGCTCTGTATTCTTTACATTTTCTCTTGGAACAAGAACTCATTATTTTGGACGGACTCTTCTCCATGGAGGTGCCAAGTACAGAGCAACTGGAAGAGGATTTGTTGTCCGTCATATCAAATTTGCAGAGAATTACAGGCTTTACTCTCGCAGTCATTTTGTCAAGGCGTTCGAAGTTGTTGTGCTACTCAT
AGTCTATGTGGGATATGGTTATGCCAATGGTGCAGTCTCCTACGTCCTTCTGACTATCAGTAGTTGGTTTCTTGCCATATCATGGCTTTTTGCTCCTTATATTTTCAACCCCTCTGGGTTTGAATGGCAGAAAACTGTGCAGGACTTTGACGATTGGACCACCTGGCTTCTCTACAAAGGTGGAATTGGAGTGAAAGCAG
AAGAGAGCTGGGAAACTTGGTGGGATGAGGAGCAGGTACACATTCGCACATTGAGGGGAAGAATTTTTGAGACAATTCTTAGTTTACGGTTTTTTGTCTTTCAATATGGCATTGTGTACAAGTTACATGCTTCTGGAAAATCAACTAATCTATCGGTGTATGGTATATCTTGGCTTATACTGGTTGCTATGATTTTGATT
TTCAAGGTATTCACATTCAGCAAAAAGGTATCAGTGAATTTGCAGTTAATGGTGCGATTTGTTCAGGGCGCTACATTTATAGCAGTAGTGGCGGGGCTTGTGCTCACAGTTGCTATCACATCGTTGACAGTGGCAGACCTTTTTGCTAGTATTTTGGCATTTGTCCCAACTGGTTGGGCTATTCTATGTCTTGCAATAAC
ATGGAAATCCGTGGTAAAAAGGCTGGGCTTATGGAAGTCTGTTTCTGCAATTGCTAGATTATACGATGCGGGCATGGGTATTCTGTTGTTTATTCCTATCGTAGTGTTGTCATGGTTTCCCTTCGTATCGACATTCCAGACGCGTCTTCTGTTTAATCAGGCTTTCAGTCGTGGGCTCGAGATCTCTCTCATTCTTGCAG
GGAACAAGCCAAATGCTCAGTTATGATAATGCAACAGTTGGCCCCTGGCTTTCTCGAGGCCGTATCTCATATTATTGTTAATGATTATTTATCATCATTCCATCTATAAAATTGCATGTATTCATTTTTACGATACCAAGGAAATTTTACTTTGTATCATAGCGATTAGACAACGAGGATATTTTATGGTTTTGGGACAT
GTTGGTGACATGGATATCTGCTTGTTGGACATGAGAGGCTGTGAATTATTGAAAACCAGTACCTACTGGTTGATGTACTAGTTAATGTTTTAATGGCAGAAAGTCATATTTGGCATCTTTTTGGGATTCAACTTGCCTGTAATTGGTCATACATGAGCGGTGTTAAATATCATAACACGCTAGAGAACTGGAGAAAAAAA
ATTAAAATTACCGTCATGATAACGTAACGTTGTTATTTGTAAAGTTTTTATTTGCTACCCTTGACATAAAACTACA


>TRINITY_DN132243_c0_g1_i29 from sample A1 / Example unspliced isoform:
GTAATTTAAGGGGTTTCTCTTTTATAATGCTACGTGGAAACGTCCACCAATGAAGCCGTCAGTGAAGCAACACGACTGGGCAAGAAGTTGAAGGATACAATTACTTTGATGGTTTTGCGCGTAGGAATTTGAGCTCTGCGCGTATAACGCTGACACGGCAATGGGCTTTTCTGTCGAATATAAACTTTGGAGTCGTGACT
TGCAGCTCGCTTGAATCTCGGTTTGGAGGGCTTGTAAGTTTTGAGTTTCAGACAATACGTTGGAGCTCTGCTAGTTTTGGCCGGGAAGATGCCTGAATGTCTCCAAGGGTTTTATGATAAGCGTCTGAAGTTTTAAATCCTCCCTTAGCTGGAGCATACGCAGGCTTCAGCTTTCGCCTTTTAATTAGCGGAATAATTTA
TGGAGGATTTGGCAGTCGATTTAGTACATTACTGACAGTAACTGGGTTTGAGTTGGCTGAAAGATTCTATCAAACAATTGgtagatatactttaccttttgtgctatgtactgtattgtattttattgatttaaaaactgaaagcaaaagtagaagctttctccgtctccatcccaatccccagttttttacattctccg
cacccattttcctctgctctcttcagctaattagccctcactattttattattatatataatctataagtgaaaccctttctgttttgctttttcactcaaacagTCAAGTCCTCTTCCTTCCTGGGATCTCTTCACCTTATCAAATACAGAGAGCACAAACGTCATAGGTATTGAGTTCAATTGAAGCTATAATTAGAG
TCCATGTTTTGAGTAGATCGACACACTAGAAGTACTCGAGATGTCGAGGGCAGAGACGAACTGGGAGCGACTGGTTCGCTCAGCCCTGCAGAGGCAGCAGCGAAGTAGCCAAAAGCCGGGCAGAATCAATAGTGGGCTTTCTAGTGCTGTCCCTTCTTCCTTGAACGCTGCCAACATCGATGCCATTCTCAAGGCCGCAG
ATGAAATTCAGGACGAAGATCCCAATGTTGCTCGCATTTTGTGTGAGCATGCATATTCTTTGGCACAAAATCTGGATCCAAATAGTGAAGGAAGAGGCGTGCTGCAATTCAAGACAGGATTGATGTCAGTCATCAAGCAAAGGCTTGCAAAAAAGGATGGTGGACAAATTGATCGAAGCCAAGATATTGCCCGCATACAA
GAGTTCTACAAGCGCTATAGAGAAAAGCATAGACTGGATGAACTTCAGGAGGAGGAGCTGAAATTACAGGAGTCGGGGACTTTCAGTGGTGATCTTCAAGAGTTGGAGCGAAGAACTCTTAAAATGAAGAGATTGTATGCAACTTTAAAGGTTCTAGGGGAGGTTGTGGAGGCACTTACAAGGGAAGAGGCTCCTGAAGA
TGCATCCAATTTGATTCCTGAAGAGTTCAAAAAAGTAATGGAATCAGATGCAGCGATGACTGAAGGAGCGGTTGCTTATAACATTGTACCATTAGATGCACCTGTGGTTGCTAATGCTATTACCTCTTTTCCAGAGGTGAAGGCTGCAATTTCGGCATTAAGTTATTCTAGAGATTGGCCAAGGTTGCCGGATGATTATT
CTGTGCCTCAGGGAAGGAGCATGGATATTCTTGATCTTCTACAATATATTTTTGGATTCCAGAATGACAATGTGAGCAACCAGCGCGAACATATTGTTCTCTTGCTTTCAAATGCACAAGCTCGCCTTCGTATCCCTGATGAAGTTGAACCGAAGATGGATGAAGAAGCAATCCGCACGGTGTTTGGGAAGTCTCTTGAT
AATTACATGAAATGGTGCAGCTATTTGGGCATGCCTGTTTGGAATAACCTGGAAGCATTGCAGAAAGAAAAACTGATTTTAGTTTGTCTATACTACTTGATTTGGGGAGAAGCCGGCAATGTTCGCTTTTTGCCTGAGTGCATCTGTTACATTTTTCATCATATGTCAAGAGAGCTGGAAGATATTTTGAGACAAGAATC
AGCACAACCGGCCAAGAGTTGCATTGGTGATGCTGGAGTTTCCTTTCTTCAGCAAGTCATCATGCCATTATATGAAACTCTGGCAGCGGAGGCAGCAATTTGTGATAATGGTAAACAACCACATTCTGCATGGCGGAACTATGATGATTTCAATGAGTATTTTTGGTCCCGTAATTGTTTTGAGCTAGGTTGGCCATGGA
ACAAGGATGCACCATTTTTCTTTAAACCTAAGAAAGGAGTTAAGGATTCAAGTGACAGTCGCCGAATTGGTAAAACTTACTTTGTGGAACACCGGACATTCTTCCACTTGTATCATAGCTTTCATCGCTTGTGGATCTTCTTGGCTATGATGTTTCAGGGTTTGACCATCATAGCTTTCAATGATGGGAAGATTAATTCG
GGTGTGATAAAAAAACTTCTTAGTGTTGGACCAACCTTTCTCATTATGAAGTTTATAGAGAGTTTTCTTGCTATTATGATGATGTATGGAGCCTATGGAGCAACCCGTAGTGTTGCTGTTTCTAGGATATTTCTTCGTTTTCTGTGCTTTGGAGGTCTTTCGGGGCTTATGTCTTATCTTTATGTGAAGTCACTTCAAGT
TTCGGGTGAAAGTTCTATATTTTTTAAGATATATATTTTTGTTTTGGGAGTGTATGCTGTTACCCAGTTCTTTTTCAGTTTCCTTATGCGAATTCCTGCTTGCCATGTGCTAACTGAGAGATGTGACCAATGGTCACCTGTACGATTCATAAAGTGGATGCATCAGGAACACTATTATGTTGGGCGAGGGCTATATGAGA
GGCCAAGTGACTACATAAGATATGTGTTTTTTTGGTTGGTGGTTTTCGGCTGCAAGTTTTCTTTTGCCTATTTTCTTGAGATAAAGCCATTGGTAAAACCAACTAGAATAATTGTAGTGGAGAAGGACTTACGATACTCATGGCATGATTTTGTCTCAAAGAATAATCACAATGCGCTGACTATTGCTAGTCTCTGGGCA
CCAGTTCTTGCTATCTATGTTCTAGATCTGTATATTTGGTACACAGTTTTATCTGCTATTGTGGGTGCTCTTATTGGAGCAAAAGAACGACTTGGAGAGATACAGTCAATAGAAACTGTCCGTAAGCGCTTTGAAAGTTTTCCAGAAGCATTTACGAAAAGAATTCAAGCAACAAAGACTAAGAGGCATAGTAGTGGTGT
ATCACTTGGTCAGGCATCCACTGAAGCCAAAAAGAGTTATGCTGCCATATTTTCTCCATTCTGGAATGAAATTATCAAGAGCATACGTGAGGAAGATTATATTGCGAATCGGGAGATGGAGTTACTTCTTATCCCAGGCAATACTGGAAACTTACCCTTAGTACAATGGCCTCTTTTCCTTCTGGTCAGCAAGATTTTTC
TGGCCGTAGAAATGGCTGTAGAAAGCAAAGATTCACAGGTGGAACTCTGGGAAAGAATTTCCAAAGATGAGTATATGAAATATGCAGTTGTGGAATGCTATTACAGTGTGGAAAATATATTGAAAGCAATACTGGATGATGAGGGAAGATTATGGGTGGACAGGATATTTTCTGACATAATGGAGAGTCTACAGAAAGCG
TCTATTCTTGATGATTTTCAACTGACCAAGCTACCTCTTGTGCTATTAAAAATCACTGCACTGACTGGACTTTTGATACATGATGAGACACCTGATTTGGCAGAGGGTGCTGTGAAAGCCGTCCAGGATCTTTACGATGATGTAACCCATGATATTCTTTCATATAATTTAAGAGAGCACTATGACACCTGGAGGATCCT
GGCAAAAGCAAGGAATGAAGGACGACTGTTCTCCAAACTCGAATGGCCCAAAGATCCAGAACTGAGACAACAAATCAAACGGCTTCATTTACTCCTGACTATAAAGGAATCTGCTGCCAATATTCCGAAGAATTTGGAGGCAAGACGCCGATTACAATTTTTCACTAATTCCTTGTTCATGAAAATGGCACCAACAAAAC
CTGTGCGAGAAATGCTTTCATTCAGTGTGTTTACTCCATATTACAAGGAAACTGTTATGTATAGTATTAATGAATTAGAAAAGGAAAACGAAGATGGCATTTCTACAGTGTTCTATCTTCAAAAAATCTTTCCAGATGAATGGAAATATTTTCTGGAGCGTATTGGTCGAGATGAAACTACACTAGATTCGGAGCTTCAG
GAAAATTCAAGTGATCTCTTGGAGTTGCGTTTATGGGCTTCATATCGTGGCCAAACATTAGCAAGAACTGTTCGAGGTATGATGTACTATAGAAAAGCTCTGATGCTACAAAGCTATATGGAGAAGCCATTCTATGGGGACATCGAGGATGGGATTTCTGGAGTTGATTTGACAAATACACAGGGATATGAGATATCTCG
CGATGTACGAGCTCAAGCAGATTTGAAATTTACCTATGTTGTGACATGTCAAATTTATGGACAACAGAAGGTAAAACGAGCAACAGAAGCTGCTGATATTGCTCTTCTCATGCAAAGAAATGAAGCGCTTAGGGTTGCTTATATTCATGTTGAGGAGACTCTGAAAGATGGGAAAACGCACAAGGAGTTCTATTCAAAAC
TTATCAAAGCTGATGCAGATGGTAATGACCAGGAAATTTATTCGATCAAGTTGCCTGGGGATCCAAAGCTTGGAGAAGGAAAGCCTGAAAATCAAAATCATGCGATAATCTTCACTCGTGGAGAAGCTATTCAAACTATTGACATGAATCAAGACAACTATTTCGAGGAGGCTCTCAAAATGCGTAATCTTCTTGAAGAA
TTTCATAGTGATCATGGGCTTCGCTCTCCAACAATTCTTGGTGTTCGTGAGCATGTATTCACTGGAAGTGTATCATCTTTAGCCTGGTTCATGTCTAACCAGGAAACAAGTTTTGTGACTTTGGGTCAACGTGTCCTGGCAAATCCTCTAAAGGTCCGTATGCATTATGGACATCCAGATGTTTTTGATAGGATTTTTCA
TATCACACGAGGAGGCATAAGTAAGGCATCTCGGGTCATTAATATCAGTGAAGATATTTATGCAGGGTTCAATTCCACTTTACGACAGGGAAACATCACTCATCATGAATACATTCAGGTTGGAAAGGGACGAGATGTCGGACTAAACCAGATTGCTTTGTTTGAGGGTAAAGTAGCCGGTGGCAATGGAGAACAGGTTC
TCAGCAGAGATATGTATAGACTTGGACAGCTCTTTGACTTTTTCAGGATGTTGTCCTTCTACTTCACTACTGTTGGTTTTTATGTTTGTACGATGTTGACAGTCTTGACGGTTTATGTTTTTCTTTATGGTAAAGCATATCTAGCCCTGTCTGGTTTGGATATTGCAATCACCAAAAAAGCTCGTTCTTTGGATAGCACA
GCCCTGGAGGCAGCTCTTAATACACAGTTCCTGTTCCAAATTGGTGTATTTACTGCTGTGCCAATGGTCATGGGTTTCATCTTAGAACAGGGACTTCTGAAGGCTGTTGTGAATTTCGTGACAATGCAACTTCAACTATGCTCTGTATTCTTTACATTTTCTCTTGGAACAAGAACTCATTATTTTGGACGGACTCTTCT
CCATGGAGGTGCCAAGTACAGAGCAACTGGAAGAGGATTTGTTGTCCGTCATATCAAATTTGCAGAGAATTACAGGCTTTACTCTCGCAGTCATTTTGTCAAGGCGTTCGAAGTTGTTGTGCTACTCATAGTCTATGTGGGATATGGTTATGCCAATGGTGCAGTCTCCTACGTCCTTCTGACTATCAGTAGTTGGTTTC
TTGCCATATCATGGCTTTTTGCTCCTTATATTTTCAACCCCTCTGGGTTTGAATGGCAGAAAACTGTGCAGGACTTTGACGATTGGACCACCTGGCTTCTCTACAAAGGTGGAATTGGAGTGAAAGCAGAAGAGAGCTGGGAAACTTGGTGGGATGAGGAGCAGGTACACATTCGCACATTGAGGGGAAGAATTTTTGAG
ACAATTCTTAGTTTACGGTTTTTTGTCTTTCAATATGGCATTGTGTACAAGTTACATGCTTCTGGAAAATCAACTAATCTATCGGTGTATGGTATATCTTGGCTTATACTGGTTGCTATGATTTTGATTTTCAAGGTATTCACATTCAGCAAAAAGGTATCAGTGAATTTGCAGTTAATGGTGCGATTTGTTCAGGGCGC
TACATTTATAGCAGTAGTGGCGGGGCTTGTGCTCACAGTTGCTATCACATCGTTGACAGTGGCAGACCTTTTTGCTAGTATTTTGGCATTTGTCCCAACTGGTTGGGCTATTCTATGTCTTGCAATAACATGGAAATCCGTGGTAAAAAGGCTGGGCTTATGGAAGTCTGTTTCTGCAATTGCTAGATTATACGATGCGG
GCATGGGTATTCTGTTGTTTATTCCTATCGTAGTGTTGTCATGGTTTCCCTTCGTATCGACATTCCAGACGCGTCTTCTGTTTAATCAGGCTTTCAGTCGTGGGCTCGAGATCTCTCTCATTCTTGCAGGGAACAAGCCAAATGCTCAGTTATGATAATGCAACAGTTGGCCCCTGGCTTTCTCGAGGCCGTATCTCATA
TTATTGTTAATGATTATTTATCATCATTCCATCTATAAAATTGCATGTATTCATTTTTACGATACCAAGGAAATTTTACTTTGTATCATAGCGATTAGACAACGAGGATATTTTATGGTTTTGGGACATGTTGGTGACATGGATATCTGCTTGTTGGACATGAGAGGCTGTGAATTATTGAAAACCAGTACCTACTGGTT
GATGTACTAGTTAATGTTTTAATGGCAGAAAGTCATATTTGGCATCTTTTTGGGATTCAACTTGCCTGTAATTGGTCATACATGAGCGGTGTTAAATATCATAACACGCTAGAGAACTGGAGAAAAAAAATTAAAATTACCGTCATGATAACGTAACGTTGTTATTTGTAAAGTTTTTATTTGCTACCCTTGACATAAAA
CTACA



Intron 9 GTACAGTTGT ... TATTCACCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A116.06811615
A218.7539117
A323.2481316
A414.9357614
A59.092532
A60200
A721.431142
A8-1000
A915.381104
A1020402



>TRINITY_DN123324_c1_g1_i31 from sample A3 / Example spliced isoform
CGTCCACCAATGAAGCCGTCAGTGAAGCAACACGACTGGGCAAGAAGTTGAAGGATACAATTACTTTGATGGTTTTGCGCGTAGGAATTTGAGCTCTGCGCGTATAACGCTGACACGGCAATGGGCTTTTCTGTCGAATATAAACTTTGGAGTCGTGACTTGCAGCTCGCTTGAATCTCGGTTTGGAGGGCTTGTAAGTT
TTGACTTTCAGACAATACGTTGGAGTCCCCACAAATAAAAAAGCCTCTGCTAGTTTTGGCCGGGAAGATGCCTGAATGTCTCCAAGGGTTTTATGATAAGCGTCTGAAGTTTTAAATCCTCCCTTAGCTGGAGCATACGCAGGCTTCAGCTTTCGCCTTTTAATTAGCGGAATAATTTATGGAGGATTTGGCAGTCGATT
TAGTACATTACTGACAGTAACTGGGTTTGAGTTGGCTGAAAGATTCTATCAAACAATTGTCAAGTCCTCTTCGTTCCTGGGATCTCTTCACCTTATCAAATACAGAGAGCACAAACGTCATAGGTATTGAGTTCAATTGAAGCTATAATTAGAGTCCATGTTTTGAGTAGATCGACACACTAGAAGTACTCGAGATGTCG
AGGGCAGAGACGAACTGGGAGCGACTGGTTCGCTCAGCCCTGCAGAGGCAGCAGCGAAGTAGCCAAAAGCCGGGCAGAATCAATAGTGGGCTTTCTAGTGCTGTCCCTTCTTCCTTGAACGCTGCCAACATCGATGCCATTCTCAAGGCCGCAGATGAAATTCAGGACGAAGATCCCAATGTTGCTCGCATTTTGTGTGA
GCATGCATATTCTTTGGCACAAAATCTGGATCCAAATAGTGAAGGAAGAGGCGTGCTGCAATTCAAGACAGGATTGATGTCAGTCATCAAGCAAAGGCTTGCAAAAAAGGATGGTGGACAAATTGATCGAAGCCAAGATATTGCCCGCATACAAGAGTTCTACAAGCGCTATAGAGAAAAGCATAGACTGGATGAACTTC
AGGAGGAGGAGCTGAAATTACAGGAGTCGGGGACTTTCAGTGGTGATCTTCAAGAGTTGGAGCGAAGAACTCTTAAAATGAAGAGATTGTATGCAACTTTAAAGGTTCTAGGGGAGGTTGTGGAGGCACTTACAAGGGAAGAGGCTCCTGAAGATGCATCCAATTTGATTCCTGAAGAGTTCAAAAAAGTAATGGAATCA
GATGCAGCGATGACTGAAGGAGCGGTTGCTTATAACATTGTACCATTAGATGCACCTGTGGTTGCTAATGCTATTACCTCTTTTCCAGAGGTGAAGGCTGCAATTTCGGCATTAAGTTATTCTAGAGATTGGCCAAGGTTGCCGGATGATTATTCTGTGCCTCAGGGAAGGAGCATGGATATTCTTGATCTTCTACAATA
TATTTTTGGATTCCAGAATGACAATGTGAGCAACCAGCGCGAACATATTGTTCTCTTGCTTTCAAATGCACAAGCTCGCCTTCGTATCCCTGATGAAGTTGAACCGAAGATGGATGAAGAAGCAATCCGCACGGTGTTTGGGAAGTCTCTTGATAATTACATGAAATGGTGCAGCTATTTGGGCATGCCTGTTTGGAATA
ACCTGGAAGCATTGCAGAAAGAAAAACTGATTTTAGTTTGTCTATACTACTTGATTTGGGGAGAAGCCGGCAATGTTCGCTTTTTGCCTGAGTGCATCTGTTACATTTTTCATCATATGTCCAGAGAACTGGAAGATATTTTGAGACAAGAATCAGCACAACCGGCCAAGAGTTGCATTGGTGATGCTGGAGTTTCCTTT
CTTCAGCAAGTCATCATGCCATTATATGAAACTCTGGCAGCGGAGGCAGCAATTTGTGATAATGGTAAACAACCACATTCTGCATGGCGGAACTATGATGATTTCAATGAGTATTTTTGGTCCCGTAATTGTTTTGAGCTAGGTTGGCCATGGAACAAGGATGCACCATTTTTCTTTAAACCTAAGAAAGGAGTTAAGGA
TTCAAGTGACAGTCGCCAAATTGGTAAAACTTACTTTGTGGAACACCGGACATTCTTCCACTTGTATCATAGCTTTCATCGCTTGTGGATCTTCTTGGCTATGATGTTTCAGGGTTTGACCATCATAGCTTTCAATGATGGGAAGATTAATTCGGGTGTGATAAAAAAACTTCTTAGTGTTGGACCAACCTTTCTCATTA
TGAAGTTTATAGAGAGTTTTCTTGCTATTATGATGATGTATGGAGCCTATGGAGCAACCCGTAGTGTTGCTGTTTCTAGGATATTTCTTCGTTTTCTGTGCTTTGGAGGTCTTTCGGGGCTTATGTCTTATCTTTATGTGAAGTCACTTCAAGTTTCGGGTGAAAGTTCTATATTTTTTAAGATATATATTTTTGTTTTG
GGAGTGTATGCTGTTACCCAGTTCTTTTTCAGTTTCCTTATGCGAATTCCTGCTTGCCATGTGCTAACTGAGAGATGTGACCAATGGTCACCTGTACGATTCATAAAGTGGATGCATCAGGAACACTATTATGTTGGGCGAGGGCTATATGAGAGGCCAAGTGACTACATAAGATATGTGTTTTTTTGGTTGGTGGTTTT
CGGCTGCAAGTTTTCTTTTGCCTATTTTCTTGAGATAAAGCCATTGGTAAAACCAACTAGAATAATTGTAGTGGAGAAGGACTTACGATACTCATGGCATGATTTTGTCTCAAAGAATAATCACAATGCGCTGACTATTGCTAGTCTCTGGGCACCAGTTCTTGCTATCTATGTTCTAGATCTGTATATTTGGTACACAG
TTTTATCTTCTATTGTGGGTGCTCTTATTGGAGCAAAAGAACGACTTGGAGAGATACAGTCAATAGAAACTGTCCGTAAGCGCTTTGAAAGTTTTCCAGAAGCATTTACGAAAAGAATTCAAGCAACAAAGACTAAGAGGCATAGTAGTGGTGTATCACTTGGTCAGGCATCCACTGAAGCCAAAAAGAGTTATGCTGCC
ATATTTTCTCCATTCTGGAATGAAATTATCAAGAGCATACGTGAGGAAGATTATATTGCGAATCGGGAGATGGAGTTACTTCTTATCCCAGGCAATACTGGAAACTTACCCTTAGTACAATGGCCTCTTTTCCTTCTGGTCAGCAAGATTTTTCTGGCCGTAGAAATGGCTGTAGAAAGCAAAGATTCACAGGTGGAACT
CTGGGAAAGAATTTCCAAAGATGAGTATATGAAATATGCAGTTGTGGAATGCTATTACAGTGTGGAAAATATATTGAAAGCAATACTGGATGATGAGGGAAGATTATGGGTGGACAGGATATTTTCTGACATAATGGAGAGTCTACAGAAAGCGTCTATTCTTGATGATTTTCAACTGACCAAGCTACCTCTTGTGCTAT
TAAAAATCACTGCACTGACTGGACTTTTGATACATGATGAGACACCTGATTTGGCAGAGGGTGCTGTGAAAGCCGTCCAGGATCTTTACGATGATGTAACCCATGATATTCTTTCATATAATTTAAGAGAGCACTATGACACCTGGAGGATCCTGGCAAAAGCAAGGAATGAAGGACGACTGTTCTCCAAACTCGAATGG
CCCAAAGATCCAGAACTGAGACAACAAATCAAACGGCTTCATTTACTCCTGACTATAAAGGAATCTGCTGCCAATATTCCGAAGAATTTGGAGGCAAGACGCCGATTACAATTTTTCACTAATTCCTTGTTCATGAAAATGGCACCAACAAAACCTGTGCGAGAAATGCTTTCATTCAGTGTGTTTACTCCATATTACAA
GGAAACTGTTATGTATAGTATTAATGAATTAGAAAAGGAAAACGAAGATGGCATTTCTACAGTGTTCTATCTTCAAAAAATCTTTCCAGATGAATGGAAATATTTTCTGGAGCGTATTGGTCGAGATGAAGGTACACTTGTGTCAGAGCTTAAAGAAAATTCAAATGACCTTTTGGAATTGCGGTTATGGGCTTCTTATA
GAGGACAGACATTAGCTAGAACTGTTCGGGGCATGATGTACTATCGAAGGGCACTTGTGCTAGAAAGCTATATGGAAAGGCCAATCTACGATGACATTGAGAATATCCTCCCTCAATCCACTATAACCAGTACGCATGGGTATGAGTTATCACGGGAAGCACGTGCACAAGCAGATTTGAAGTTCACATATGTTGTGACA
TGCCAAATCTATGGAAAACAGAAGCAAGACCGAAACCCAGAGGCTGCTGATATTGCATTTCTAATGCAAAGGAACGAGGCACTTAGAGTCGCCTTCATTGATATCGTTGAGAAGCTCAAGGATGGAAAAGTCTGCAAAGAGTTCTATTCAAAACTTGTCAAAGCTGATGTGCATGGAAAAGACAAGGAAATATACTCGAT
CAAGTTGCCAGGAAATCCTTTACTTGGGGAGGGAAAGCCAGAAAACCAAAACCATGCAATAATTTTTACTCGTGGAGATGCTGTTCAAACTATTGACATGAATCAGGACAACTACTTTGAGGAAGCTTTGAAAATGCGCAACCTTTTGGAAGAATTTTATGCCGATCACGGACTTCGGCTTCCTACAATTCTTGGTGTTC
GAGAGCATGTTTTCACTGGAAGTGTGTCATCTTTAGCTTCGTTTATGTCCAATCAAGAAGAAAGTTTTGTGACATTGGGTCAGCGTGTTTTGGCAAATCCTCTAAAGGTTCGCATGCACTATGGACACCCAGATGTTTTTGACAGAATTTTTCACATCACGAGAGGAGGCATAAGCAAGGCATCACGTATTATTAATATA
AGTGAAGATATCTATGCAGGGTTTAACTCCACCTTACGGCAAGGCAATATCACTCATCATGAATACATTCAGGTTGGAAAGGGACGAGATGTCGGACTAAACCAGATTGCTTTGTTTGAGGGTAAAGTAGCCGGTGGCAATGGAGAACAGGTTCTCAGCAGAGATATGTATAGACTTGGACAGCTCTTTGACTTTTTCAG
GATGTTGTCCTTCTACTTCACTACTGTTGGTTTTTATGTTTGTACGATGTTGACAGTCTTGACGGTTTATGTTTTTCTTTATGGTAAAGCATATCTAGCCCTGTCTGGTTTGGATATTGCAATCACCAAAAAAGCTCGTTCTTTGGATAGCACAGCCCTGGAGGCAGCTCTTAATACACAGTTCCTGTTCCAAATTGGTG
TATTTACTGCTGTGCCAATGGTCATGGGTTTCATCTTAGAACAGGGACTTCTGAAGGTTTGTCAAAATCTAGTAGCTTAGTTTGTTTTATCCGTTGAGTCCATTGCAATATCTCATGATGCTTTGTCACCTGCTTGTGATTTTCTGTTTACTTGGAGATGATAGATGTACTTCAATTATTTATTCCTCTGGTTGGTTAAT
AGCAAAGTTGAAAAAGTCGG


>TRINITY_DN123324_c1_g1_i29 from sample A3 / Example unspliced isoform:
ATACAGGGAACTTGTAAACAAACCATTCTACAAACTTGCAAACGGTAAATTTATGTCTGTTGCTGGTGTTGTGAGCTGATCGAGAGATGAATATTTAGCTGTATGTGTTTGATTTTGTGAATAAGCTCTCAGCAATTTGCCTGGTCTTGGTTTACAAAATTTGCTCCTGAAAATTGATGCTTTTGTATCAATGTTGTAGG
GAGTTTGCTAATTGATAGGTTATTTCAGGTTGGAGCGAAGAACTCTTAAAATGAAGAGATTGTATGCAACTTTAAAGGTTCTAGGGGAGGTTGTGGAGGCACTTACAAGGGAAGAGGCTCCTGAAGATGCATCCAATTTGATTCCTGAAGAGgtacagttgttttgaattaatttttgagaaatacttgtagtaaaattc
tctcagtgcccacacaataaaggatgcactgcatggctcacaccatttttccatgtgatgcaatttttgatctgattaggtagctgcatttatatatccattgtttatatttaagtttgttgcttttatttaactaagttgacattgtatatagtttatttgttatccatatgtgaatgaaatgacaaatctagtcttga
ctctttagcatgttttaaaatagctcacaatctgccatttctattcaccagTTCAAAAAAGTAATGGAATCAGATGCAGCGATGACTGAAGGAGCGGTTGCTTATAACATTGTACCATTAGATGCACCTGTGGTTGCTAATGCTATTACCTCTTTTCCAGAGGTGAAGGCTGCAATTTCGGCATTAAGTTATTCTAGAGA
TTGGCCAAGGTTGCCGGATGATTATTCTGTGCCTCAGGGAAGGAGCATGGATATTCTTGATCTTCTACAATATATTTTTGGATTCCAGAATGACAATGTGAGCAACCAGCGCGAACATATTGTTCTCTTGCTTTCAAATGCACAAGCTCGCCTTCGTATCCCTGATGAAGTTGAACCGAAGATGGATGAAGAAGCAATCC
GCACGGTGTTTGGGAAGTCTCTTGATAATTACATGAAATGGTGCAGCTATTTGGGCATGCCTGTTTGGAATAACCTGGAAGCATTGCAGAAAGAAAAACTGATTTTAGTTTGTCTATACTACTTGATTTGGGGAGAAGCCGGCAATGTTCGCTTTTTGCCTGAGTGCATCTGTTACATTTTTCATCATATGTCCAGAGAA
CTGGAAGATATTTTGAGACAAGAATCAGCACAACCGGCCAAGAGTTGCATTGGTGATGCTGGAGTTTCCTTTCTTCAGCAAGTCATCATGCCATTATATGAAACTCTGGCAGCGGAGGCAGCAATTTGTGATAATGGTAAACAACCACATTCTGCATGGCGGAACTATGATGATTTCAATGAGTATTTTTGGTCCCGTAA
TTGTTTTGAGCTAGGTTGGCCATGGAACAAGGATGCACCATTTTTCTTTAAACCTAAGAAAGGAGTTAAGGTTTGTAGGGAATTATTGGTCCAAATATCTCAATTCATGTGGCATTCTGTTTTAAATTCCATAAATACACCATTGGCATTCGACTAGTATCAGTGAAAACAATGTCTTATTTGAATCGTTAGTTATTTCC
TAGTGGGAATTTTGTTTTTTCTTATTCACCGGAGGTCTTGCTATCAGTTAGGATTGAACAGTTTGACATGTGTTCAATAGAATTGATGCTTCTTTTCTTATACTTTGAAAACAAAATTGATGCATTTTTTGTTATATGCTGGAAACAATCAAACAAAATCAGTTGGCAGCAGGAATAAATGATTTCACTGAACTGTTTGA
GGATATAAATTAGATGTCTCTATGTGGCAGGCTAAGCTTATATACCTTATCAAGTTTTAATAGGTTAGGAAAATCATAAATTCTATCATAGAAGCACATTCAATCCTGTTCATTATTGTTAGCAAGTAAAAGGATGAGAAACACATGCTTTCAATCCTGTTCATGCTCTGGCACTGTAATTTGTAACCATATAGTTGGTA
ATTGCAGAAAAGCATAGATGAGCATTATGGCAGAGTTTATGTTACACAATATTAGAGTATAAAGTTGTGAGGAAACTGCCATAGTTGTCAAACTATTACTTGCCTGATGACCATGCCATTCTTTATAGGTCACGCTATTAACAAAAACTCAAATATCAATATATGCAACAGAGTCTAATAACACAACC



Intron 10 GTAATGTCTT ... ATATTTTCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A114.044948
A216.283617
A311.114806
A420.6350113
A514.812314
A601000
A727.272409
A820401
A919.232105
A1002000



>TRINITY_DN132243_c0_g1_i12 from sample A1 / Example spliced isoform
GTAATTTAAGGGGTTTCTCTTTTATAATGCTACGTGGAAACGTCCACCAATGAAGCCGTCAGTGAAGCAACACGACTGGGCAAGAAGTTGAAGGATACAATTACTTTGATGGTTTTGCGCGTAGGAATTTGAGCTCTGCGCGTATAACGCTGACACGGCAATGGGCTTTTCTGTCGAATATAAACTTTGGAGTCGTGACT
TGCAGCTCGCTTGAATCTCGGTTTGGAGGGCTTGTAAGTTTTGACTTTCAGACAATACGTTGGAGTCCCCACAAATAAAAAAGCCTCTGCTAGTTTTGGCCGGGAAGATGCCTGAATGTCTCCAAGGGTTTTATGATAAGCGTCTGAAGTTTTAAATCCTCCCTTAGCTGGAGCATACGCAGGCTTCAGCTTTCGCCTTT
TAATTAGCGGAATAATTTATGGAGGATTTGGCAGTCGATTTAGTACATTACTGACAGTAACTGGGTTTGAGTTGGCTGAAAGATTCTATCAAACAATTGTCAAGTCCTCTTCCTTCCTGGGATCTCTTCACCTTATCAAATACAGAGAGCACAAACGTCATAGGTATTGAGTTCAATTGAAGCTATAATTAGAGTCCATG
TTTTGAGTAGATCGACACACTAGAAGTACTCGAGATGTCGAGGGCAGAGACGAACTGGGAGCGACTGGTTCGCTCAGCCCTGCAGAGGCAGCAGCGAAGTAGCCAAAAGCCGGGCAGAATCAATAGTGGGCTTTCTAGTGCTGTCCCTTCTTCCTTGAACGCTGCCAACATCGATGCCATTCTCAAGGCCGCAGATGAAA
TTCAGGACGAAGATCCCAATGTTGCTCGCATTTTGTGTGAGCATGCATATTCTTTGGCACAAAATCTGGATCCAAATAGTGAAGGAAGAGGCGTGCTGCAATTCAAGACAGGATTGATGTCAGTCATCAAGCAAAGGCTTGCAAAAAAGGATGGTGGACAAATTGATCGAAGCCAAGATATTGCCCGCATACAAGAGTTC
TACAAGCGCTATAGAGAAAAGCATAGACTGGATGAACTTCAGGAGGAGGAGCTGAAATTACAGGAGTCGGGGACTTTCAGTGGTGATCTTCAAGAGTTGGAGCGAAGAACTCTTAAAATGAAGAGATTGTATGCAACTTTAAAGGTTCTAGGGGAGGTTGTGGAGGCACTTACAAGGGAAGAGGCTCCTGAAGATGCATC
CAATTTGATTCCTGAAGAGTTCAAAAAAGTAATGGAATCAGATGCAGCGATGACTGAAGGAGCGGTTGCTTATAACATTGTACCATTAGATGCACCTGTGGTTGCTAATGCTATTACCTCTTTTCCAGAGGTGAAGGCTGCAATTTCGGCATTAAGTTATTCTAGAGATTGGCCAAGGTTGCCGGATGATTATTCTGTGC
CTCAGGGAAGGAGCATGGATATTCTTGATCTTCTACAATATATTTTTGGATTCCAGAATGACAATGTGAGCAACCAGCGCGAACATATTGTTCTCTTGCTTTCAAATGCACAAGCTCGCCTTCGTATCCCTGATGAAGTTGAACCGAAGATGGATGAAGAAGCAATCCGCACGGTGTTTGGGAAGTCTCTTGATAATTAC
ATGAAATGGTGCAGCTATTTGGGCATGCCTGTTTGGAATAACCTGGAAGCATTGCAGAAAGAAAAACTGATTTTAGTTTGTCTATACTACTTGATTTGGGGAGAAGCCGGCAATGTTCGCTTTTTGCCTGAGTGCATCTGTTACATTTTTCATCATATGTCAAGAGAGCTGGAAGATATTTTGAGACAAGAATCAGCACA
ACCGGCCAAGAGTTGCATTGGTGATGCTGGAGTTTCCTTTCTTCAGCAAGTCATCATGCCATTATATGAAACTCTGGCAGCGGAGGCAGCAATTTGTGATAATGGTAAACAACCACATTCTGCATGGCGGAACTATGATGATTTCAATGAGTATTTTTGGTCCCGTAATTGTTTTGAGCTAGGTTGGCCATGGAACAAGG
ATGCACCATTTTTCTTTAAACCTAAGAAAGGAGTTAAGGATTCAAGTGACAGTCGCCGAATTGGTAAAACTTACTTTGTGGAACACCGGACATTCTTCCACTTGTATCATAGCTTTCATCGCTTGTGGATCTTCTTGGCTATGATGTTTCAGGTTTGGACATTTTAATTTTAATAGTTGTTTTTTCCTCCATACAATATT
TTTATGAGTTTTGGATGTATCTAGTTTTTAACTCAGGCAATATTTGGGGTCATCTATGCTCTTAGTTGACAGACTGATTGTTTTAGTGCAGTTTCCTCTTTCTTTCTTGGGTTTAATCCCCATCTTCAGAATCATGAGGTTTTTGGTATTTGCTTACATTCTGTGTTTCTATTCAAGGCCTCACATTTTATTTTCTCAGT
GCTTGTTTTGGATTATAAATAACTTGCAGGGTTTGACCATCATAGCTTTCAATGATGGGAAGATTAATTCGGGTGTGATAAAAAAACTTCTTAGTGTTGGACCAACCTTTCTCATTATGAAGTTTATAGAGAGTTTTCTTGCTATTATGATGATGTATGGAGCCTATGGAGCAACCCGTAGTGTTGCTGTTTCTAGGATA
TTTCTTCGTTTTCTGTGCTTTGGAGGTCTTTCGGGGCTTATGTCTTATCTTTATGTGAAGGCACTTCAAGTTTCGGGTGAAAGTTCTATATTTTTTAAGATATATATTTTTGTTTTGGGAGTGTATGCTGTTACCCAGTTCTTTTTCAGTTTCCTTATGCGAATTCCTGCTTGCCATGTGCTAACTGAGAGATGTGACCA
ATGGTCACCTGTACGATTCATAAAGTGGATGCATCAGGAACACTATTATGTTGGGCGAGGGCTATATGAGAGGCCAAGTGACTACATAAGATATGTGTTTTTTTGGTTGGTGGTTTTCGGCTGCAAGTTTTCTTTTGCCTATTTTCTTGAGATAAAGCCATTGGTAAAACCAACTAGAATAATTGTAGTGGAGAAGGACT
TACGATACTCATGGCATGATTTTGTCTCAAAGAATAATCACAATGCGCTGACTATTGCTAGTCTCTGGGCACCAGTTCTTGCTATCTATGTTCTAGATCTGTATATTTGGTACACAGTTTTATCTGCTATTGTGGGTGCTCTTATTGGAGCAAAAGAACGACTTGGAGAGATACAGTCAATAGAAACTGTCCGTAAGCGC
TTTGAAAGTTTTCCAGAAGCATTTACGAAAAGAATTCAAGCAACAAAGACTAAGAGGCATAGTAGTGGTGTATCACTTGGTCAGGCATCCACTGAAGCCAAAAAGAGTTATGCTGCCATATTTTCTCCATTCTGGAATGAAATTATCAAGAGCATACGTGAGGAAGATTATATTGCGAATCGGGAGATGGAGTTACTTCT
TATCCCAGGCAATACTGGAAACTTACCCTTAGTACAATGGCCTCTTTTCCTTCTGGTCAGCAAGATTTTTCTGGCCGTAGAAATGGCTGTAGAAAGCAAAGATTCACAGGTGGAACTCTGGGAAAGAATTTCCAAAGATGAGTATATGAAATATGCAGTTGTGGAATGCTATTACAGTGTGGAAAATATATTGAAAGCAA
TACTGGATGATGAGGGAAGATTATGGGTGGACAGGATATTTTCTGACATAATGGAGAGTCTACAGAAAGCGTCTATTCTTGATGATTTTCAACTGACCAAGCTACCTCTTGTGCTATTAAAAATCACTGCACTGACTGGACTTTTGATACATGATGAGACACCTGATTTGGCAGAGGGTGCTGTGAAAGCCGTCCAGGAT
CTTTACGATGATGTAACCCATGATATTCTTTCATATAATTTAAGAGAGCACTATGACACCTGGAGGATCCTGGCAAAAGCAAGGAATGAAGGACGACTGTTCTCCAAACTCGAATGGCCCAAAGATCCAGAACTGAGACAACAAATCAAACGGCTTCATTTACTCCTGACTATAAAGGAATCTGCTGCCAATATTCCGAA
GAATTTGGAGGCAAGACGCCGATTACAATTTTTCACTAATTCCTTGTTCATGAAAATGGCACCAACAAAACCTGTGCGAGAAATGCTTTCATTCAGTGTGTTTACTCCATATTACAAGGAAACTGTTATGTATAGTATTAATGAATTAGAAAAGGAAAACGAAGATGGCATTTCTACAGTGTTCTATCTTCAAAAAATCT
TTCCAGATGAATGGAAATATTTTCTGGAGCGTATTGGTCGAGATGAAACTACACTAGATTCGGAGCTTCAGGAAAATTCAAGTGATCTCTTGGAGTTGCGTTTATGGGCTTCATATCGTGGCCAAACATTAGCAAGAACTGTTCGAGGTATGATGTACTATAGAAAAGCTCTGATGCTACAAAGCTATATGGAGAAGCCA
TTCTATGGGGACATCGAGGATGGGATTTCTGGAGTTGATTTGACAAATACACAGGGATATGAGATATCTCGCGATGTACGAGCTCAAGCAGATTTGAAATTTACCTATGTTGTGACATGTCAAATTTATGGACAACAGAAGGTAAAACGAGCAACAGAAGCTGCTGATATTGCTCTTCTCATGCAAAGAAATGAAGCGCT
TAGGGTTGCTTATATTCATGTTGAGGAGACTCTGAAAGATGGGAAAACGCACAAGGAGTTCTATTCAAAACTTATCAAAGCTGATGCAGATGGTAATGACCAGGAAATTTATTCGATCAAGTTGCCTGGGGATCCAAAGCTTGGAGAAGGAAAGCCTGAAAATCAAAATCATGCGATAATCTTCACTCGTGGAGAAGCTA
TTCAAACTATTGACATGAATCAAGACAACTATTTCGAGGAGGCTCTCAAAATGCGTAATCTTCTTGAAGAATTTCATAGTGATCATGGGCTTCGCTCTCCAACAATTCTTGGTGTTCGTGAGCATGTATTCACTGGAAGTGTATCATCTTTAGCCTGGTTCATGTCTAACCAGGAAACAAGTTTTGTGACTTTGGGTCAA
CGTGTCCTGGCAAATCCTCTAAAGGTCCGTATGCATTATGGACATCCAGATGTTTTTGATAGGATTTTTCATATCACACGAGGAGGCATAAGTAAGGCATCTCGGGTCATTAATATCAGTGAAGATATTTATGCAGGGTTCAATTCCACTTTACGACAGGGAAACATCACTCATCATGAATACATTCAGGTTGGAAAGGG
ACGAGATGTCGGACTAAACCAGATTGCTTTGTTTGAGGGTAAAGTAGCCGGTGGCAATGGAGAACAGGTTCTCAGCAGAGATATGTATAGACTTGGACAGCTCTTTGACTTTTTCAGGATGTTGTCCTTCTACTTCACTACTGTTGGTTTTTATGTTTGTACGATGTTGACAGTCTTGACGGTTTATGTTTTTCTTTATG
GTAAAGCATATCTAGCCCTGTCTGGTTTGGATATTGCAATCACCAAAAAAGCTCGTTCTTTGGATAGCACAGCCCTGGAGGCAGCTCTTAATACACAGTTCCTGTTCCAAATTGGTGTATTTACTGCTGTGCCAATGGTCATGGGTTTCATCTTAGAACAGGGACTTCTGAAGGCTGTTGTGAATTTCGTGACAATGCAA
CTTCAACTATGCTCTGTATTCTTTACATTTTCTCTTGGAACAAGAACTCATTATTTTGGACGGACTCTTCTCCATGGAGGTGCCAAGTACAGAGCAACTGGAAGAGGATTTGTTGTCCGTCATATCAAATTTGCAGAGAATTACAGGCTTTACTCTCGCAGTCATTTTGTCAAGGCGTTCGAAGTTGTTGTGCTACTCAT
AGTCTATGTGGGATATGGTTATGCCAATGGTGCAGTCTCCTACGTCCTTCTGACTATCAGTAGTTGGTTTCTTGCCATATCATGGCTTTTTGCTCCTTATATTTTCAACCCCTCTGGGTTTGAATGGCAGAAAACTGTGCAGGACTTTGACGATTGGACCACCTGGCTTCTCTACAAAGGTGGAATTGGAGTGAAAGCAG
AAGAGAGCTGGGAAACTTGGTGGGATGAGGAGCAGGTACACATTCGCACATTGAGGGGAAGAATTTTTGAGACAATTCTTAGTTTACGGTTTTTTGTCTTTCAATATGGCATTGTGTACAAGTTACATGCTTCTGGAAAATCAACTAATCTATCGGTGTATGGTATATCTTGGCTTATACTGGTTGCTATGATTTTGATT
TTCAAGGTATTCACATTCAGCAAAAAGGTATCAGTGAATTTGCAGTTAATGGTGCGATTTGTTCAGGGCGCTACATTTATAGCAGTAGTGGCGGGGCTTGTGCTCACAGTTGCTATCACATCGTTGACAGTGGCAGACCTTTTTGCTAGTATTTTGGCATTTGTCCCAACTGGTTGGGCTATTCTATGTCTTGCAATAAC
ATGGAAATCCGTGGTAAAAAGGCTGGGCTTATGGAAGTCTGTTTCTGCAATTGCTAGATTATACGATGCGGGCATGGGTATTCTGTTGTTTATTCCTATCGTAGTGTTGTCATGGTTTCCCTTCGTATCGACATTCCAGACGCGTCTTCTGTTTAATCAGGCTTTCAGTCGTGGGCTCGAGATCTCTCTCATTCTTGCAG
GGAACAAGCCAAATGCTCAGTTATGATAATGCAACAGTTGGCCCCTGGCTTTCTCGAGGCCGTATCTCATATTATTGTTAATGATTATTTATCATCATTCCATCTATAAAATTGCATGTATTCATTTTTACGATACCAAGGAAATTTTACTTTGTATCATAGCGATTAGACAACGAGGATATTTTATGGTTTTGGGACAT
GTTGGTGACATGGATATCTGCTTGTTGGACATGAGAGGCTGTGAATTATTGAAAACCAGTACCTACTGGTTGATGTACTAGTTAATGTTTTAATGGCAGAAAGTCATATTTGGCATCTTTTTGGGATTCAACTTGCCTGTAATTGGTCATACATGAGCGGTGTTAAATATCATAACACGCTAGAGAACTGGAGAAAAAAA
ATTAAAATTACCGTCATGATAACGTAACGTTGTTATTTGTAAAGTTTTTATTTGCTACCCTTGACATAAAACTACA


>TRINITY_DN132243_c0_g1_i35 from sample A1 / Example unspliced isoform:
GGAGAAGCCATTCTATGGGGgtaatgtctttattttgattctcgaaatgccttgcgaattttcattataggatattttttgtcattttctaacacttatattttcagACATCGAGGATGGGATTTCTGGAGTTGATTTGACAAATACACAGGGATATGAGATATCTCGCGATGTACGAGCTCAAGCAGATTTGAAATTTA
CCTATGTTGTGACATGTCAAATTTATGGACAACAGAAGGTAAAACGAGCAACAGAAGCTGCTGATATTGCTCTTCTCATGCAAAGAAATGAAGCGCTTAGGGTTGCTTATATTCATGTTGAGGAGACTCTGAAAGATGGGAAAACGCACAAGGAGTTCTATTCAAAACTTATCAAAGCTGATGCAGATGGTAATGACCAG
GAAATTTATTCGATCAAGTTGCCTGGGGATCCAAAGCTTGGAGAAGGAAAGCCTGAAAATCAAAATCATGCGATAATCTTCACTCGTGGAGAAGCTATTCAAACTATTGACATGAATCAAGACAACTATTTCGAGGAGGCTCTCAAAATGCGTAATCTTCTTGAAGAATTTCATAGTGATCATGGGCTTCGCTCTCCAAC
AATTCTTGGTGTTCGTGAGCATGTATTCACTGGAAGTGTATCATCTTTAGCCTGGTTCATGTCTAACCAGGAAACAAGTTTTGTGACTTTGGGTCAACGTGTCCTGGCAAATCCTCTAAAGGTCCGTATGCATTATGGACATCCAGATGTTTTTGATAGGATTTTTCATATCACACGAGGAGGCATAAGTAAGGCATCTC
GGGTCATTAATATCAGTGAAGATATTTATGCAGGGTTCAATTCCACTTTACGACAGGGAAACATCACTCATCATGAATACATTCAGGT



Intron 11 GTAAGACTGG ... TCCTGTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A14.8459.603
A2055.800
A33.2659.712
A41.565.601
A5039.600
A6011.600
A7012.900
A805.600
A9010.800
A10019.700



>TRINITY_DN123324_c1_g1_i31 from sample A3 / Example spliced isoform
CGTCCACCAATGAAGCCGTCAGTGAAGCAACACGACTGGGCAAGAAGTTGAAGGATACAATTACTTTGATGGTTTTGCGCGTAGGAATTTGAGCTCTGCGCGTATAACGCTGACACGGCAATGGGCTTTTCTGTCGAATATAAACTTTGGAGTCGTGACTTGCAGCTCGCTTGAATCTCGGTTTGGAGGGCTTGTAAGTT
TTGACTTTCAGACAATACGTTGGAGTCCCCACAAATAAAAAAGCCTCTGCTAGTTTTGGCCGGGAAGATGCCTGAATGTCTCCAAGGGTTTTATGATAAGCGTCTGAAGTTTTAAATCCTCCCTTAGCTGGAGCATACGCAGGCTTCAGCTTTCGCCTTTTAATTAGCGGAATAATTTATGGAGGATTTGGCAGTCGATT
TAGTACATTACTGACAGTAACTGGGTTTGAGTTGGCTGAAAGATTCTATCAAACAATTGTCAAGTCCTCTTCGTTCCTGGGATCTCTTCACCTTATCAAATACAGAGAGCACAAACGTCATAGGTATTGAGTTCAATTGAAGCTATAATTAGAGTCCATGTTTTGAGTAGATCGACACACTAGAAGTACTCGAGATGTCG
AGGGCAGAGACGAACTGGGAGCGACTGGTTCGCTCAGCCCTGCAGAGGCAGCAGCGAAGTAGCCAAAAGCCGGGCAGAATCAATAGTGGGCTTTCTAGTGCTGTCCCTTCTTCCTTGAACGCTGCCAACATCGATGCCATTCTCAAGGCCGCAGATGAAATTCAGGACGAAGATCCCAATGTTGCTCGCATTTTGTGTGA
GCATGCATATTCTTTGGCACAAAATCTGGATCCAAATAGTGAAGGAAGAGGCGTGCTGCAATTCAAGACAGGATTGATGTCAGTCATCAAGCAAAGGCTTGCAAAAAAGGATGGTGGACAAATTGATCGAAGCCAAGATATTGCCCGCATACAAGAGTTCTACAAGCGCTATAGAGAAAAGCATAGACTGGATGAACTTC
AGGAGGAGGAGCTGAAATTACAGGAGTCGGGGACTTTCAGTGGTGATCTTCAAGAGTTGGAGCGAAGAACTCTTAAAATGAAGAGATTGTATGCAACTTTAAAGGTTCTAGGGGAGGTTGTGGAGGCACTTACAAGGGAAGAGGCTCCTGAAGATGCATCCAATTTGATTCCTGAAGAGTTCAAAAAAGTAATGGAATCA
GATGCAGCGATGACTGAAGGAGCGGTTGCTTATAACATTGTACCATTAGATGCACCTGTGGTTGCTAATGCTATTACCTCTTTTCCAGAGGTGAAGGCTGCAATTTCGGCATTAAGTTATTCTAGAGATTGGCCAAGGTTGCCGGATGATTATTCTGTGCCTCAGGGAAGGAGCATGGATATTCTTGATCTTCTACAATA
TATTTTTGGATTCCAGAATGACAATGTGAGCAACCAGCGCGAACATATTGTTCTCTTGCTTTCAAATGCACAAGCTCGCCTTCGTATCCCTGATGAAGTTGAACCGAAGATGGATGAAGAAGCAATCCGCACGGTGTTTGGGAAGTCTCTTGATAATTACATGAAATGGTGCAGCTATTTGGGCATGCCTGTTTGGAATA
ACCTGGAAGCATTGCAGAAAGAAAAACTGATTTTAGTTTGTCTATACTACTTGATTTGGGGAGAAGCCGGCAATGTTCGCTTTTTGCCTGAGTGCATCTGTTACATTTTTCATCATATGTCCAGAGAACTGGAAGATATTTTGAGACAAGAATCAGCACAACCGGCCAAGAGTTGCATTGGTGATGCTGGAGTTTCCTTT
CTTCAGCAAGTCATCATGCCATTATATGAAACTCTGGCAGCGGAGGCAGCAATTTGTGATAATGGTAAACAACCACATTCTGCATGGCGGAACTATGATGATTTCAATGAGTATTTTTGGTCCCGTAATTGTTTTGAGCTAGGTTGGCCATGGAACAAGGATGCACCATTTTTCTTTAAACCTAAGAAAGGAGTTAAGGA
TTCAAGTGACAGTCGCCAAATTGGTAAAACTTACTTTGTGGAACACCGGACATTCTTCCACTTGTATCATAGCTTTCATCGCTTGTGGATCTTCTTGGCTATGATGTTTCAGGGTTTGACCATCATAGCTTTCAATGATGGGAAGATTAATTCGGGTGTGATAAAAAAACTTCTTAGTGTTGGACCAACCTTTCTCATTA
TGAAGTTTATAGAGAGTTTTCTTGCTATTATGATGATGTATGGAGCCTATGGAGCAACCCGTAGTGTTGCTGTTTCTAGGATATTTCTTCGTTTTCTGTGCTTTGGAGGTCTTTCGGGGCTTATGTCTTATCTTTATGTGAAGTCACTTCAAGTTTCGGGTGAAAGTTCTATATTTTTTAAGATATATATTTTTGTTTTG
GGAGTGTATGCTGTTACCCAGTTCTTTTTCAGTTTCCTTATGCGAATTCCTGCTTGCCATGTGCTAACTGAGAGATGTGACCAATGGTCACCTGTACGATTCATAAAGTGGATGCATCAGGAACACTATTATGTTGGGCGAGGGCTATATGAGAGGCCAAGTGACTACATAAGATATGTGTTTTTTTGGTTGGTGGTTTT
CGGCTGCAAGTTTTCTTTTGCCTATTTTCTTGAGATAAAGCCATTGGTAAAACCAACTAGAATAATTGTAGTGGAGAAGGACTTACGATACTCATGGCATGATTTTGTCTCAAAGAATAATCACAATGCGCTGACTATTGCTAGTCTCTGGGCACCAGTTCTTGCTATCTATGTTCTAGATCTGTATATTTGGTACACAG
TTTTATCTTCTATTGTGGGTGCTCTTATTGGAGCAAAAGAACGACTTGGAGAGATACAGTCAATAGAAACTGTCCGTAAGCGCTTTGAAAGTTTTCCAGAAGCATTTACGAAAAGAATTCAAGCAACAAAGACTAAGAGGCATAGTAGTGGTGTATCACTTGGTCAGGCATCCACTGAAGCCAAAAAGAGTTATGCTGCC
ATATTTTCTCCATTCTGGAATGAAATTATCAAGAGCATACGTGAGGAAGATTATATTGCGAATCGGGAGATGGAGTTACTTCTTATCCCAGGCAATACTGGAAACTTACCCTTAGTACAATGGCCTCTTTTCCTTCTGGTCAGCAAGATTTTTCTGGCCGTAGAAATGGCTGTAGAAAGCAAAGATTCACAGGTGGAACT
CTGGGAAAGAATTTCCAAAGATGAGTATATGAAATATGCAGTTGTGGAATGCTATTACAGTGTGGAAAATATATTGAAAGCAATACTGGATGATGAGGGAAGATTATGGGTGGACAGGATATTTTCTGACATAATGGAGAGTCTACAGAAAGCGTCTATTCTTGATGATTTTCAACTGACCAAGCTACCTCTTGTGCTAT
TAAAAATCACTGCACTGACTGGACTTTTGATACATGATGAGACACCTGATTTGGCAGAGGGTGCTGTGAAAGCCGTCCAGGATCTTTACGATGATGTAACCCATGATATTCTTTCATATAATTTAAGAGAGCACTATGACACCTGGAGGATCCTGGCAAAAGCAAGGAATGAAGGACGACTGTTCTCCAAACTCGAATGG
CCCAAAGATCCAGAACTGAGACAACAAATCAAACGGCTTCATTTACTCCTGACTATAAAGGAATCTGCTGCCAATATTCCGAAGAATTTGGAGGCAAGACGCCGATTACAATTTTTCACTAATTCCTTGTTCATGAAAATGGCACCAACAAAACCTGTGCGAGAAATGCTTTCATTCAGTGTGTTTACTCCATATTACAA
GGAAACTGTTATGTATAGTATTAATGAATTAGAAAAGGAAAACGAAGATGGCATTTCTACAGTGTTCTATCTTCAAAAAATCTTTCCAGATGAATGGAAATATTTTCTGGAGCGTATTGGTCGAGATGAAGGTACACTTGTGTCAGAGCTTAAAGAAAATTCAAATGACCTTTTGGAATTGCGGTTATGGGCTTCTTATA
GAGGACAGACATTAGCTAGAACTGTTCGGGGCATGATGTACTATCGAAGGGCACTTGTGCTAGAAAGCTATATGGAAAGGCCAATCTACGATGACATTGAGAATATCCTCCCTCAATCCACTATAACCAGTACGCATGGGTATGAGTTATCACGGGAAGCACGTGCACAAGCAGATTTGAAGTTCACATATGTTGTGACA
TGCCAAATCTATGGAAAACAGAAGCAAGACCGAAACCCAGAGGCTGCTGATATTGCATTTCTAATGCAAAGGAACGAGGCACTTAGAGTCGCCTTCATTGATATCGTTGAGAAGCTCAAGGATGGAAAAGTCTGCAAAGAGTTCTATTCAAAACTTGTCAAAGCTGATGTGCATGGAAAAGACAAGGAAATATACTCGAT
CAAGTTGCCAGGAAATCCTTTACTTGGGGAGGGAAAGCCAGAAAACCAAAACCATGCAATAATTTTTACTCGTGGAGATGCTGTTCAAACTATTGACATGAATCAGGACAACTACTTTGAGGAAGCTTTGAAAATGCGCAACCTTTTGGAAGAATTTTATGCCGATCACGGACTTCGGCTTCCTACAATTCTTGGTGTTC
GAGAGCATGTTTTCACTGGAAGTGTGTCATCTTTAGCTTCGTTTATGTCCAATCAAGAAGAAAGTTTTGTGACATTGGGTCAGCGTGTTTTGGCAAATCCTCTAAAGGTTCGCATGCACTATGGACACCCAGATGTTTTTGACAGAATTTTTCACATCACGAGAGGAGGCATAAGCAAGGCATCACGTATTATTAATATA
AGTGAAGATATCTATGCAGGGTTTAACTCCACCTTACGGCAAGGCAATATCACTCATCATGAATACATTCAGGTTGGAAAGGGACGAGATGTCGGACTAAACCAGATTGCTTTGTTTGAGGGTAAAGTAGCCGGTGGCAATGGAGAACAGGTTCTCAGCAGAGATATGTATAGACTTGGACAGCTCTTTGACTTTTTCAG
GATGTTGTCCTTCTACTTCACTACTGTTGGTTTTTATGTTTGTACGATGTTGACAGTCTTGACGGTTTATGTTTTTCTTTATGGTAAAGCATATCTAGCCCTGTCTGGTTTGGATATTGCAATCACCAAAAAAGCTCGTTCTTTGGATAGCACAGCCCTGGAGGCAGCTCTTAATACACAGTTCCTGTTCCAAATTGGTG
TATTTACTGCTGTGCCAATGGTCATGGGTTTCATCTTAGAACAGGGACTTCTGAAGGTTTGTCAAAATCTAGTAGCTTAGTTTGTTTTATCCGTTGAGTCCATTGCAATATCTCATGATGCTTTGTCACCTGCTTGTGATTTTCTGTTTACTTGGAGATGATAGATGTACTTCAATTATTTATTCCTCTGGTTGGTTAAT
AGCAAAGTTGAAAAAGTCGG


>TRINITY_DN123324_c1_g1_i20 from sample A3 / Example unspliced isoform:
TGATTTCAATGAGTATTTTTGgtaagactggttttacaaagcctcttgcttacataatgtaactcatatgcaacactaacatatcaattcaataattcctgtgcagGTCCCGTAATTGTTTTGAGCTAGGTTGGCCATGGAACAAGGATGCACCATTTTTCTTTAAACCTAAGAAAGGAGTTAAGGTTTGTAGGGTTTTA
TTGGTCCAAATATCTCAATTCATGTGGCATTCTGTTTTAAATTCCATAAATACACCATTGGCATTCGACTAGTATCAGTGAAAACAATGTCTTATTTGAATCGTTAGTTATTTCCTAGTGGGAATTTTGTTTTTTCTTATTCACCGGAGGTCTTGCTATCAGTTAGGATTGAACAGTTTGACATGTGTTCAATAGAATTG
ATGCTTCTTTTCTTATACTTTGAAAACAAAATTGATGCATTTTTTGTTATATGCTGGAAACAATCAAACAAAATCAGTTGGCAGCAGGAATAAATGATTTCACTGAACTGTTTGAGGATATAAATTAGATGTCTCTATGTGGCAGGCTAAGCTTATATACCTTATCAAGTTTTAATAGGTTAGGAAAATCATAAATTCTA
TCATAGAAGCACATTCAATCCTGTTCATTATTGTTAGCAAGTAAAAGGATGAGAAACACATGCTTTCAATCCTGTTCATGCTCTGGCACTGTAATTTGTAACCATATAGTTGGTAATTGCAGAAAAGCATAGATGAGCATTATGGCAGAGTTTATGTTACACAATATTAGAGTATAAAGTTGTGAGGAAACTGCCATAGT
TGTCAAACTATTACTTGCCTGATGACCATGCCATTCTTTATAGGTCACGCTATTAACAAAAACTCAAATATCAATATATGCAACAGAGTCTAATAACACAACC