sp|Q6NKU9|TI223_ARATH ----> Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM22-3

Intron 1 GTATGAGCAT ... CGCTATGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	33.91	76	7	39
A2	35.19	35	11	19
A3	22.41	45	5	13
A4	22.22	35	3	10
A5	32.56	29	3	14
A6	26.79	645	12	236
A7	25.24	314	7	106
A8	28.91	364	31	148
A9	23.77	311	4	97
A10	27.63	317	13	121

>TRINITY_DN101609_c0_g1_i3 from sample A3 / Example spliced isoform

ACTTATCCCAACTAATTGCAGTTCATGCAAGTTGTGTGCATGCCTTATTTCATCAAAAGATCGTATGCATTAGATTAGTTATTTCATCAAGATTACATGCACTAGATCTACTCAACTAAATATCCCACATTTATTTTCAGCATACAGACATGATAGATATTGTTGTGGCAATTTGTGTAAGAAATGGAAATTAGTTCCTA
TTTTCTAACACCTTAGGCATTTTGCATTGGGAGTTGCAAGAGTGATTCAATAATGTGATAAAAAGGACATGATAATTTCTACTACTGGCTATATTGCACTGGCATTTGTGATGTGGATCATGCATGGTATGTACTATGTACTACTGGCTACTCTTTTTATGGGATTCCTTGAGATGTGGACACTACAAATTTATCCAACA
CCTTGATATTCTGCTGTTATATAGAACCTTCTTTCTGTATTGTATTATCTTTCTTTAATATTGTTCCTGTCCTACAGCATAGATGAAGAACGTAAATGCCTTATTTACTCTTCCTTTTTGTATTTCTTACTCATGGACCCACTTTTCATATGGAATTTGTTTGGTGATCTGTGGTCAACAGGTTGCTTTGATTGGTATAT
TACATAGAGTAGTGATAACATGCAGTGATAGTGTAGACTATACTAATATAAAACGTTTTCTGGTTTAAAATATGGACTCCATTCTTAAGATTTCAGTATTTTATTAATCCAGGTTCAGGGCTTGTCAAAAGGAGAGGTTTCAAAGGATCGCTTGGAGAGGGAGGTTCCTCTGCAAAGTCTTTTGCCATTCTGTCTGGAGT
TCACAGTCTTGTTGTATGCTACCTGAAGAAGTTACGTGGGAAAGATGATGTCATTAATGCAGGTGTTGCGGGTTGTGTTACTGGCCTTGCTCTGAGTATGCCAGGGTCGCCACAAGCCCTTGCACAGAGTTGTCTCACTTTTGGTGCCTTTTCTTTTATTATTGAGGGGCTTAACAAACGACAAGCTGCAATTGCACTTC
CTCTTTCAAATGCAAGGTCGCTGAAACAGGCCCTAACTAGTCCAGGGCAGGTTTCCTTTCCAGTTCTTGCTCCATTTACACTGCCGTGTCCTTTTTTGGAAGGCATTTCAGCCTTTTATCAATCAAAGTTGGATACATTTAGGAAGCCTAACTTGTAACGTTTTTGACTGGCAAATGTTGTACTGATTTTATTTGTTTTT
TAAACTTGTTTGAGCAGTTGCTTACAAGTTGTATGAACGCAATTTTGTTGTGCTTTTTAAATGTTTTTTCAGATTATTGGG

>TRINITY_DN101609_c0_g1_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GAGAGGGAGGTTCCTCTGCAAAGGTGAGGCCCCAGGGTTTTGTTTATCTTGGGATTTTAATCTACTTAAATAGGTTTCTCCCAGATTAAGTGTTTACTGGAATGGCTGATCCCATAATCTGTGGAATAGGCCTGTAATATGTCAAGGAATATCATGTTGTGATTACCTTGTTGTACTTCTTTTCTACCATGACAAGGATA
TCATTATATGGTCATCAGGGTATTCTGCACATGTTTTCTTATTAATATTAACCACAAGCTTTCCTCATGAGTGTAGTCTTTTGCCATTCTGTCTGGAGTTCACAGTCTTGTTGTATGCTACCTGAAGAAGTTACGTGGGAAAGATGATGgtatgagcatcttttattctcttgcatatctggattttattatgttatttc
ttttattgagcgtttttcttatattcatggcaaaggacaaagtatcactagtttcctttttgatcaatattatttctattcctgtatcccctatctgtctagtggttttctttctatcctttctatcccgattcatgatctatattaccttgaaagatccttgaatgcaggtttggcttctaaactaaaagattggttcg
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CAGGGCAGGTTTCCTTTCCAGTTCTTGCTCCATTTACACTGCCGTGTCCTTTTTTGGAAGGCATTTCAGCCTTTTATCAATCAAAGTTGGATACATTTAGGAAGCCTAACTTGTAACGTTTTTGACTGGCAAATGTTGTACTGATTTTATTTGTTTTTTAAACTTGTTTGAGCAGTTGCTTACAAGTTGTATGAACGCAA
TTTTGTTGTGCTTTTTAAATGTTTTTTCAGATTATTGGG

Intron 2 GTGAGGCCCC ... ATGAGTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	5	47.5	2	3
A2	10.22	44	1	9
A3	5.97	47.5	1	5
A4	12.07	18.5	0	5
A5	6.17	23	0	3
A6	0.73	553	4	4
A7	1.67	269	2	7
A8	6.21	289.5	9	29
A9	1.96	302.5	2	10
A10	2.99	277	8	9

>TRINITY_DN101609_c0_g1_i3 from sample A3 / Example spliced isoform

ACTTATCCCAACTAATTGCAGTTCATGCAAGTTGTGTGCATGCCTTATTTCATCAAAAGATCGTATGCATTAGATTAGTTATTTCATCAAGATTACATGCACTAGATCTACTCAACTAAATATCCCACATTTATTTTCAGCATACAGACATGATAGATATTGTTGTGGCAATTTGTGTAAGAAATGGAAATTAGTTCCTA
TTTTCTAACACCTTAGGCATTTTGCATTGGGAGTTGCAAGAGTGATTCAATAATGTGATAAAAAGGACATGATAATTTCTACTACTGGCTATATTGCACTGGCATTTGTGATGTGGATCATGCATGGTATGTACTATGTACTACTGGCTACTCTTTTTATGGGATTCCTTGAGATGTGGACACTACAAATTTATCCAACA
CCTTGATATTCTGCTGTTATATAGAACCTTCTTTCTGTATTGTATTATCTTTCTTTAATATTGTTCCTGTCCTACAGCATAGATGAAGAACGTAAATGCCTTATTTACTCTTCCTTTTTGTATTTCTTACTCATGGACCCACTTTTCATATGGAATTTGTTTGGTGATCTGTGGTCAACAGGTTGCTTTGATTGGTATAT
TACATAGAGTAGTGATAACATGCAGTGATAGTGTAGACTATACTAATATAAAACGTTTTCTGGTTTAAAATATGGACTCCATTCTTAAGATTTCAGTATTTTATTAATCCAGGTTCAGGGCTTGTCAAAAGGAGAGGTTTCAAAGGATCGCTTGGAGAGGGAGGTTCCTCTGCAAAGTCTTTTGCCATTCTGTCTGGAGT
TCACAGTCTTGTTGTATGCTACCTGAAGAAGTTACGTGGGAAAGATGATGTCATTAATGCAGGTGTTGCGGGTTGTGTTACTGGCCTTGCTCTGAGTATGCCAGGGTCGCCACAAGCCCTTGCACAGAGTTGTCTCACTTTTGGTGCCTTTTCTTTTATTATTGAGGGGCTTAACAAACGACAAGCTGCAATTGCACTTC
CTCTTTCAAATGCAAGGTCGCTGAAACAGGCCCTAACTAGTCCAGGGCAGGTTTCCTTTCCAGTTCTTGCTCCATTTACACTGCCGTGTCCTTTTTTGGAAGGCATTTCAGCCTTTTATCAATCAAAGTTGGATACATTTAGGAAGCCTAACTTGTAACGTTTTTGACTGGCAAATGTTGTACTGATTTTATTTGTTTTT
TAAACTTGTTTGAGCAGTTGCTTACAAGTTGTATGAACGCAATTTTGTTGTGCTTTTTAAATGTTTTTTCAGATTATTGGG

>TRINITY_DN101609_c0_g1_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GAGAGGGAGGTTCCTCTGCAAAGgtgaggccccagggttttgtttatcttgggattttaatctacttaaataggtttctcccagattaagtgtttactggaatggctgatcccataatctgtggaataggcctgtaatatgtcaaggaatatcatgttgtgattaccttgttgtacttcttttctaccatgacaaggata
tcattatatggtcatcagggtattctgcacatgttttcttattaatattaaccacaagctttcctcatgagtgtagTCTTTTGCCATTCTGTCTGGAGTTCACAGTCTTGTTGTATGCTACCTGAAGAAGTTACGTGGGAAAGATGATGGTATGAGCATCTTTTATTCTCTTGCATATCTGGATTTTATTATGTTATTTC
TTTTATTGAGCGTTTTTCTTATATTCATGGCAAAGGACAAAGTATCACTAGTTTCCTTTTTGATCAATATTATTTCTATTCCTGTATCCCCTATCTGTCTAGTGGTTTTCTTTCTATCCTTTCTATCCCGATTCATGATCTATATTACCTTGAAAGATCCTTGAATGCAGGTTTGGCTTCTAAACTAAAAGATTGGTTCG
CTATGTAGTCATTAATGCAGGTGTTGCGGGTTGTGTTACTGGCCTTGCTCTGAGTATGCCAGGGTCGCCACAAGCCCTTGCACAGAGTTGTCTCACTTTTGGTGCCTTTTCTTTTATTATTGAGGGGCTTAACAAACGACAAGCTGCAATTGCACTTCCTCTTTCAAATGCAAGGTCGCTGAAACAGGCCCTAACTAGTC
CAGGGCAGGTTTCCTTTCCAGTTCTTGCTCCATTTACACTGCCGTGTCCTTTTTTGGAAGGCATTTCAGCCTTTTATCAATCAAAGTTGGATACATTTAGGAAGCCTAACTTGTAACGTTTTTGACTGGCAAATGTTGTACTGATTTTATTTGTTTTTTAAACTTGTTTGAGCAGTTGCTTACAAGTTGTATGAACGCAA
TTTTGTTGTGCTTTTTAAATGTTTTTTCAGATTATTGGG