sp|Q8GS60|HCAR_ARATH ----> 7-hydroxymethyl chlorophyll a reductase, chloroplastic

Intron 1 GTATGTCAAT ... AACGATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	25	9	2	3
A2	25	3	0	1
A3	12.5	14	0	2
A4	0	8	0	0
A5	50	1	0	1
A6	34.69	32	0	17
A7	27.54	50	2	19
A8	23.21	43	0	13
A9	27.5	29	1	11
A10	9.38	29	0	3

>TRINITY_DN39427_c0_g1_i1 from sample A8 / Example spliced isoform

AGTGGATCAGCAAGGTTTATGTAGATACTTCTTATCTAACATGCACTCTGATAGAAATATGCTTTTTAGTTACAAATTCAATATCTGAAAAAATTTCAAGGTTGCATACTCATTTATTCCATTTTTTCTTTAATCTACTAATTTTTTTAAGAATTCTGCAGGATTTGGTTGTAGGATATATGGGAGTGCCGAAGTACTCA
GGAGTAAGCATGACTCAACATCCTCAATATATTACTGTTAGGAATGAAAGGGGAAGGGAAATGCTTGATATGGTTCGACATCTCTTGGAAATTACTCCAACTGTCAGCAGTGGAAAGCGGCGTTCATTTGTTATGGAAACAGTTAAAGCTGACGACAAAGCAAAAACTGCGAAGGGAAATTCTCAACCTGTTCCAATATT
TGTTGGTAATGCCATTGCCTTTATTCTAAACTTGATTGGACCTAAGGGTTTAGAGTTTGCTCGATATTCATTGGACTATCACACAATACGGAACTATTTGCATGTATATCGTACCTGGGGAAAACAAAGGGCTGAAAAGCACATGCCCTCCTATGCAAAGAAGATCGTTACCATGTACAATGACAATGGAGAAATCGACA
AACTGCTTTCCATAGAATAGATTCTATTTTATTGAAATTGGAAGAGCGATCTAACAGTAGAATTGGAAGACTGGTAAATAACAAGCATGTGCCCAAACAAGTTGTTGAGTTACGAACGAAATCAAGTTCCATTACTACCCCCACACTCTTAAAGGTGGGAGTTGAAATGATTTTGTAAAGTTATCGTGTCACGGATCCTC
CTCTCATACTATGCTACAACACACTTATACCCACAATGTAATTGTACAATAGGTCCAAAGTTAGACGAAATAAATTTTCTTGAAAAGGATTTGGAGAGAGAGTGTGAGATTCTTGGTTAACTTTTGTTGCCTCTAATTTGATGGGTCTCTCATGTTAATATGTACCTGGAGATCCTATATATGTATGTTAGCTGATGGGT
CTCTCAAGTTGATATGTACCTTGAGATCCTATAAATGTATGTTAGCTGGTTAAGATTGTATAAGTTACACTAGTAGAATTTCTTTGAAAACCAATCCTAGACTCTGCGGTTTGCTATTATATTTTCTCAAGTAAACAAGTAATTAAGATGTCCATGTCCATTAAGGTCGCAAGATTATATGCACTTTTCTATAGACTCTA
ATATCATCAACCAATTAGGAAGTATGCTCTATAATATTGTTTTCTATAGGCAATTGAAGAGTAATGGGGAATAACATGCTGCAATGGTATGTGAACCCTAGCTTAAAAATGCTTCATCTTTAAACTATTCATAATGTAAACAAGCAAAGTACAAATGTTTAGGGCTCGGGTGGTGAGTTGAATGAAAGATTTACACACTT
GAATCTATGTATGGATATATGTTTGTACATATGTGTAAGCACTCACGTGCAATTAGTTGACATTACATATGTGTATCTATGTATGGATGGAT

>TRINITY_DN39427_c0_g1_i6 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GGATTTGGTTGTAGGATATATGGGAGTGCCGAAGTACTCAGGAGTAAGCATGACTCAACATCCTCAATATATTACTGTTAGGAATGAAAGGGGAAGGGAAATGCTTGATATGGTTCGACATCTCTTGGAAATTACTCCAACTGTCAGCAGTGGAAAGCGGCGTTCATTTGTTATGGAAACAGTTAAAGCTGACGACAAAG
CAAAAACTGCGAAGGGAAATTCTCAACCTGTTCCAATATTTGTTGGTAATGCCATTGCCTTTATTCTAAACTTGGTGAGTATTCTTGTTTTTGTTGAGATTTATTTTATGTTTTAAAAAATGCTAGTCGTTCTTTTGGGTCAAGAGCTCAAAGCTGCTTATATTTACACTAATCACCATCTTATTGTCAATAAAATGTTG
ATACTATGATGTTTTACATTCCTCATCTCTCTGCACATGAAATGTAACAGTTAGAGTGGTATATTAAATATTAGATCTTGTTTCAATTTTGAGAATTTTGTAATTGTTTGGGCTAGATTGGACCTAAGGGTTTAGAGTTTGCTCGATATTCATTGGACTATCACACAATACGGAACTATTTGCATGTATATCGTACCTGG
GGAAAACAAAGgtatgtcaattgttttgattatgaaatctcttgcctttttgtagagtttagaggtcataacccatgtgtatcttgcaacgatgcagGGCTGAAAAGCACATGCCCTCCTATGCAAAGAAGATCGTTACCATGTACAATGACAATGGAGAAATCGACAAACTGCTTTCCATAGAATAGATTCTATTTTAT
TGAAATTGGAAGAGCGATCTAACAGTAGAATTGGAAGACTGGTAAATAACAAGCATGTGCCCAAACAAGTTGTTGAGTTACGAACGAAATCAAGTTCCATTACTACCCCCACACTCTTAAAGGTGGGAGTTGAAATGATTTTGTAAAGTTATCGTGTCACGGATCCTCCTCTCATACTATGCTACAACACACTTATACCC
ACAATGTAATTGTACAATAGGTCCAAAGTTAGACGAAATAAATTTTCTTGAAAAGGATTTGGAGAGAGAGTGTGAGATTCTTGGTTAACTTTTGTTGCCTCTAATTTGATGGGTCTCTCATGTTAATATGTACCTGGAGATCCTATATATGTATGTTAGCTGATGGGTCTCTCAAGTTGATATGTACCTTGAGATCCTAT
AAATGTATGTTAGCTGGTTAAGATTGTATAAGTTACACTAGTAGAATTTCTTTGAAAACCAATCCTAGACTCTGCGGTTTGCTATTATATTTTCTCAAGTAAACAAGTAATTAAGATGTCCATGTCCATTAAGGTCGCAAGATTATATGCACTTTTCTATAGACTCTAATATCATCAACCAATTAGGAAGTATGCTCTAT
AATATTGTTTTCTATAGGCAATTGAAGAGTAATGGGGAATAACATGCTGCAATGGTATGTGAACCCTAGCTTAAAAATGCTTCATCTTTAAACTATTCATAATGTAAACAAGCAAAGTACAAATGTTTAGGGCTCGGGTGGTGAGTTGAATGAAAGATTTACACACTTGAATCTATGTATGGATATATGTTTGTACATAT
GTGTAAGCACTCACGTGCAATTAGTTGACATTACATATGTGTATCTATGTATGGATGGAT

Intron 2 GTGCCCATAG ... AAATTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	52.22	10.2	7.4	11
A2	30.88	11.2	0	5
A3	66	3.8	5.6	7
A4	31.93	10.8	0.2	5
A5	55.71	3.2	1.2	4
A6	43.24	18.4	0	14
A7	24.74	18.6	0.4	6
A8	37.44	34	1.6	20
A9	22.06	24.8	0.4	7
A10	34.6	30.4	0.6	16

>TRINITY_DN119634_c8_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

CCTTATTTATAGTATTGCAAATTTCACATTATCTTCTTCATTTCTAGAATACATATTTTTGTTACAGTAAACATCTTTTGAATTATAGAGTAAAAGGCAATGTGTAAGGCACTTTTATGGAAATTTCAATTTGTGAATGAACCTTTCAGATCTGTGATTTGGAGTCAAATTTGAGAATTATTAAAACTTGTGAGTTGTTG
AAAATTTTGACTTCCACCTTTTGGGCTTTCCAGGCAGCTGGAGTGAAACGACTGCTCTTTTGTGGAGTTGGTTGCCAGGTGCAAGCACTAAGAATGGTGGAACAATATTTGGGATTGGAGAAACTGTATGTGCTTGGCACAAATTGTGTGGACAATGGGACAAGAAAGGGCCTAGATAAGTTTTTGAAGGTTGCAAGTGA
TAGCCCTGATACTGTTTTGCATTATGAGTTCATGCAGGATTACAAGGTGGGTAAATATCTCCTACCTTTTACATCCTGCAAGTTTTTGTCATGTTTTTGGTAGATATCCCCTAAATTTTATTTCCCTTGTAAAATGTTACATGTGAAATTTTAATTATTTTTCATAAATTCTAGTTGTAATTAAATGGGGATTAATGAG

>TRINITY_DN119634_c8_g1_i15 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CCTTATTTATAGTATTGCAAATTTCACATTATCTTCTTCATTTCTAGAATACATATTTTTGTTACAGTAAACATCTTTTGAATTATAGAGTAAAAGGCAATGTGTAAGGCACTTTTATGGAAATTTCAATTTGTGAATGAACCTTTCAGATCTGTGATTTGGAGTCAAATTTGAGAATTATTAAAACTTGTGAGTTGTTG
AAAATTTTGACTTCCACCTTTTGGGCTTTCCAGGCAGCTGGAGTGAAACGACTGCTCTTTTGTGGAGTTGGTTGCCAGGTGCAAGgtgcccatagaccattcttcataacaactaattagcatcactttagttgaaagctttctttatctaatcaactatggacctttggttttcaaatttgcagCACTAAGAATGGTGG
AACAATATTTGGGATTGGAGAAACTGTATGTGCTTGGCACAAATTGTGTGGACAATGGGACAAGAAAGGGCCTAGATAAGTTTTTGAAGGTTGCAAGTGATAGCCCTGATACTGTTTTGCATTATGAGTTCATGCAGGATTACAAGGTTCATTTGAAGCATTTAGATGGTCATACAGAAGAGGTTCCATATTTCTGTCTT
CCAGCAGATGAGCTAACTGATGTCATTGCTCCTTCCTGCTACAGTTGCTTTGACTACACAAATGCATTAGCGGATTTGGTTGTAGGATATATGGGAGTGCCGAAGTACTCAGGAGTAAGCATGACTCAACATCCTCAATATATTACTGTTAGGAATGAAAGGGGAAGGGAAATGCTTGATATGGTTCGACATCTCTTGGA
AATTACTCCAACTGTCAGCAGTGGAAAGCGGCGTTCATTTGTTATGGAAACAGTTAAAGCTGACGACAAAGCAAAAACTGCGAAGGGAAATTCTCAACCTGTTCCAATATTTGTTGGTAATGCCATTGCCTTTATTCTAAACTTGGTGAGTATTCTTGTTTTTGTTGAGATTTATTTTATGTTTTAAAAAATGCTAGTCG
TTCTTTTGGGTCAAGAGCTCAAAGCTGCTTATATTTACACTAATCACCATCTTATTGTCAATAAAATGTTGATACTATGATGTTTTACATTCCTCATCTCTCTGCAC

Intron 3 GTGAGGCAAC ... GTCTGACAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	26.67	22	9	7
A2	20.75	21	7	4
A3	24.44	17	8	3
A4	27.27	12	8	1
A5	18.92	15	2	5
A6	20	58	11	18
A7	26.88	34	14	11
A8	20.93	51	9	18
A9	20.34	47	8	16
A10	23.91	35	10	12

>TRINITY_DN42516_c0_g1_i5 from sample A7 / Example spliced isoform

CCGTGTTTTAATCTTATGTTTTTGGGATTAAAATGCAGAGCATTCGTGCTCCATAGTTAAAAAACACGAGAAAGCGATTGGAGATTTCAAACCAAATATGTATGCCACACAATCCACATACAATAAGATTTATCCATTCGATTTTGACCGAGCTGAGCAGAGATGGCAATGGCGATTTCCACATGCACGCCCGTCTTCTC
TAAATTTCGACACCTCTCTGTCCCTCTGTCTGTTCGATGCTCCTCATCCTCCGGCGCCTCTAGAAAAGAAATTCAATTAAGGGATGACTGGAGAGAGAGGTCAAAGCCCATTCCTCCTGGTGGAATTTATCCCGCCAAGGACCATTGCAGTCAATGCGGTTTATGTGATACGTATTACATAGCTCATGTCAAGAAGGCAT
GCTCCTTCTTAGGAGACGGCATGTCCAAGATTGAGGTCCTAGAACCAAAAATTCATGGAAGAGGAAGAAAAGAAGACTCGCTGGATGACTTATACTTTGGTGTACATGAGGAAGTAAACTACGCACGAAAGATTGAACCTTTGGAAGGAGCACAGTGGACAGGCATTGTGACCACTATTGCAATTGAGATGTTACGTTCT
AACAAAGTGGATGCAGTTATTTGTGTCCAAAGTGATGCTGAAGATAGGTTTTCACCGAAGCCATTTTTGGCCAGGACACCAGAGGAAGTTCTTGCAGGAAGAGGAGTGAAGCCAACATTATCCCCGAACCTGAACACATTGGCTCTTGTAGAGGCAGCTGGAGTGAAACGACTGCTCTTTTGTGGAGTTGGTTGCCAGGT
GCAAGCACTAAGAATGGTGGAACAATATTTGGGATTGGAGAAACTGTATGTGCTTGGCACAAATTGTGTGGACAATGGGACAAGAAAGGGCCTAGATAAGTTTTTGAAGGTTGCAAGTGATAGCCCTGATACTGTTTTGCATTATGAGTTCATGCAGGATTACAAGGTTCATTTGAAGCATTTAGATGGTCATACAGAAG
AGGTTCCATATTTCTGTCTTCCAGCAGATGAGCTAACTGATGTCATTGCTCCTTCCTGCTACAGTTGCTTTGACTACACAAATGCATTAGCGGATTTGGTTGTAGGATATATGGGAGTGCCGAAGTACTCAGGAGTAAGCATGACTCAACATCCTCAATATATTACTGTTAGGAATGAAAGGGGAAGGGAAATGCTTGAT
ATGGTTCGACATCTCTTGGAAATTACTCCAACTGTCAGCAGTGGAAAGCGGCGTTCATTTGTTATGGAAACAGTTAAAGCTGACGACAAAGCAAAAACTGCGAAGGGAAATTCTCAACCTGTTCCAATATTTGTTGGTAATGCCATTGCCTTTATTCTAAACTTGATTGGACCTAAGGGTTTAGAGTTTGCTCGATATTC
ATTGGACTATCACACAATACGGAACTATTTGCATGTATATCGTACCTGGGGAAAACAAAGGGCTGAAAAGCACATGCCCTCCTATGCAAAGAAGATCGTTACCATGTACAATGACAATGGAGAAATCGACAAACTGCTTTCCATAGAATAGATTCTATTTTATTGAAATTGGAAGAGCGATCTAACAGTAGAATTGGAAG
ACTGGTAAATAACAAGCATGTGCCCAAACAAGTTGTTGAGTTACGAACGAAATCAAGTTCCATTACTACCCCCACACTCTTAAAGGTGGGAGTTGAAATGATTTTGTAAAGTTATCGTGTCACGGATCCTCCTCTCATACTATGCTACAACACACTTATACCCACAATGTAATTGTACAATAGGTCCAAAGTTAGACGAA
ATAAATTTTCTTGAAAAGGATTTGGAGAGAGAGTGTGAGATTCTTGGTTAACTTTTGTTGCCTCTAATTTGATGGGTCTCTCATGTTAATATGTACCTGGAGATCCTATATATGTATGTTAGCTGATGGGTCTCTCAAGTTGATATGTACCTTGAGATCCTATAAATGTATGTTAGCTGGTTAAGATTGTATAAGTTACA
CTAGTAGAATTTCTTTGAAAACCAATCCTAGACTCTGCGGTTTGCTATTATATTTTCTCAAGTAAACAAGTAATTAAGATGTCCATGTCCATTAAGGTCGCAAGATTATATGCACTTTTCTATAGACTCTAATATCATC

>TRINITY_DN42516_c0_g1_i6 from sample A7 / Example unspliced isoform:

AGGAGCACAGTGGACAGGCATTGTGACCACTATTGCAATTGAGATGTTACGTTCTAACAAAGTGGATGCAGTTATTTGTGTCCAAAGTGATGCTGAAGATAGGTTTTCACCGAAGCCATTTTTGGCCAGGACACCAGAGGAAGTTCTTGCAGGAAGAGGAGTGAAGCCAACATTATCCCCGAACCTGAACACATTGGCTC
TTGTAGAGGCAGCTGGAGTGAAACGACTGCTCTTTTGTGGAGTTGGTTGCCAGGTGCAAGCACTAAGAATGGTGGAACAATATTTGGGATTGGAGAAACTGTATGTGCTTGGCACAAATTGTGTGGACAATGGGACAAGAAAGGGCCTAGATAAGTTTTTGAAGGTTGCAAGTGATAGCCCTGATACTGTTTTGCATTAT
GAGTTCATGCAGGATTACAAGGTTCATTTGAAGCATTTAGATGGTCATACAGAAGAGgtgaggcaacattgagatttaattaagggagacagcttgaagtctgacaagGTTCCATATTTCTGTCTTCCAGCAGATGAGCTAACTGATGTCATTGCTCCTTCCTGCTACAGTTGCTTTGACTACACAAATGCATTAGCGGA
TTTGGTTGTAGGATATATGGGAGTGCCGAAGTACTCAGGAGTAAGCATGACTCAACATCCTCAATATATTACTGTTAGGAATGAAAGGGGAAGGGAAATGCTTGATATGGTTCGACATCTCTTGGAAATTACTCCAACTGTCAGCAGTGTAATAATGATAATGTCCTTTTAAATTTAGCTTTTGCATTACTTTCCTTGCA
AGATGCAGTATGGGCCTTAGACAGCCAGCGGTTTTTTATAAGCATAAACATCACATCCCTTAACATTAGTTTGTCATTACAACAGGGAAAGCGGCGTTCATTTGTTATGGAAACAGTTAAAGCTGACGACAAAGCAAAAACTGCGAAGGGAAATTCTCAACCTGTTCCAATATTTGTTGGTAATGCCATTGCCTTTATTC
TAAACTTGATTGGACCTAAGGGTTTAGAGTTTGCTCGATATTCATTGGACTATCACACAATACGGAACTATTTGCATGTATATCGTACCTGGGGAAAACAAAGGGCTGAAAAGCACATGCCCTCCTATGCAAAGAAGATCGTTACCATGTACAATGACAATGGAGAAATCGACAAACTGCTTTCCATAGAATAGATTCTA
TTTTATTGAAATTGGAAGAGCGATCTAACAGTAGAATTGGAAGACTGGTAAATAACAAGCATGTGCCCAAACAAGTTGTTGAGTTACGAACGAAATCAAGTTCCATTACTACCCCCACACTCTTAAAGGTGGGAGTTGAAATGATTTTGTAAAGTTATCGTGTCACGGATCCTCCTCTCATACTATGCTACAACACACTT
ATACCCACAATGTAATTGTACAATAGGTCCAAAGTTAGACGAAATAAATTTTCTTGAAAAGGATTTGGAGAGAGAGTGTGAGATTCTTGGTTAACTTTTGTTGCCTCTAATTTGATGGGTCTCTCATGTTAATATGTACCTGGAGATCCTATATATGTATGTTAGCTGATGGGTCTCTCAAGTTGATATGTACCTTGAGA
TCCTATAAATGTATGTTAGCTGGTTAAGATTGTATAAGTTACACTAGTAGAATTTCTTTGAAAACCAATCCTAGACTCTGCGGTTTGCTATTATATTTTCTCAAGTAAACAAGTAATTAAGATGTCCATGTCCATTAAGGTCGCAAGATTATATGCACTTTTCTATAGACTCTAATATCATC

Intron 4 GTAATAATGA ... ATTACAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	13.04	10	1	2
A2	0	1	0	0
A3	31.03	10	7	2
A4	33.33	2	2	0
A5	33.33	2	1	1
A6	17.29	55	8	15
A7	19.15	57	14	13
A8	18.31	58	7	19
A9	16.28	36	6	8
A10	12.36	39	8	3

>TRINITY_DN42516_c0_g1_i5 from sample A7 / Example spliced isoform

CCGTGTTTTAATCTTATGTTTTTGGGATTAAAATGCAGAGCATTCGTGCTCCATAGTTAAAAAACACGAGAAAGCGATTGGAGATTTCAAACCAAATATGTATGCCACACAATCCACATACAATAAGATTTATCCATTCGATTTTGACCGAGCTGAGCAGAGATGGCAATGGCGATTTCCACATGCACGCCCGTCTTCTC
TAAATTTCGACACCTCTCTGTCCCTCTGTCTGTTCGATGCTCCTCATCCTCCGGCGCCTCTAGAAAAGAAATTCAATTAAGGGATGACTGGAGAGAGAGGTCAAAGCCCATTCCTCCTGGTGGAATTTATCCCGCCAAGGACCATTGCAGTCAATGCGGTTTATGTGATACGTATTACATAGCTCATGTCAAGAAGGCAT
GCTCCTTCTTAGGAGACGGCATGTCCAAGATTGAGGTCCTAGAACCAAAAATTCATGGAAGAGGAAGAAAAGAAGACTCGCTGGATGACTTATACTTTGGTGTACATGAGGAAGTAAACTACGCACGAAAGATTGAACCTTTGGAAGGAGCACAGTGGACAGGCATTGTGACCACTATTGCAATTGAGATGTTACGTTCT
AACAAAGTGGATGCAGTTATTTGTGTCCAAAGTGATGCTGAAGATAGGTTTTCACCGAAGCCATTTTTGGCCAGGACACCAGAGGAAGTTCTTGCAGGAAGAGGAGTGAAGCCAACATTATCCCCGAACCTGAACACATTGGCTCTTGTAGAGGCAGCTGGAGTGAAACGACTGCTCTTTTGTGGAGTTGGTTGCCAGGT
GCAAGCACTAAGAATGGTGGAACAATATTTGGGATTGGAGAAACTGTATGTGCTTGGCACAAATTGTGTGGACAATGGGACAAGAAAGGGCCTAGATAAGTTTTTGAAGGTTGCAAGTGATAGCCCTGATACTGTTTTGCATTATGAGTTCATGCAGGATTACAAGGTTCATTTGAAGCATTTAGATGGTCATACAGAAG
AGGTTCCATATTTCTGTCTTCCAGCAGATGAGCTAACTGATGTCATTGCTCCTTCCTGCTACAGTTGCTTTGACTACACAAATGCATTAGCGGATTTGGTTGTAGGATATATGGGAGTGCCGAAGTACTCAGGAGTAAGCATGACTCAACATCCTCAATATATTACTGTTAGGAATGAAAGGGGAAGGGAAATGCTTGAT
ATGGTTCGACATCTCTTGGAAATTACTCCAACTGTCAGCAGTGGAAAGCGGCGTTCATTTGTTATGGAAACAGTTAAAGCTGACGACAAAGCAAAAACTGCGAAGGGAAATTCTCAACCTGTTCCAATATTTGTTGGTAATGCCATTGCCTTTATTCTAAACTTGATTGGACCTAAGGGTTTAGAGTTTGCTCGATATTC
ATTGGACTATCACACAATACGGAACTATTTGCATGTATATCGTACCTGGGGAAAACAAAGGGCTGAAAAGCACATGCCCTCCTATGCAAAGAAGATCGTTACCATGTACAATGACAATGGAGAAATCGACAAACTGCTTTCCATAGAATAGATTCTATTTTATTGAAATTGGAAGAGCGATCTAACAGTAGAATTGGAAG
ACTGGTAAATAACAAGCATGTGCCCAAACAAGTTGTTGAGTTACGAACGAAATCAAGTTCCATTACTACCCCCACACTCTTAAAGGTGGGAGTTGAAATGATTTTGTAAAGTTATCGTGTCACGGATCCTCCTCTCATACTATGCTACAACACACTTATACCCACAATGTAATTGTACAATAGGTCCAAAGTTAGACGAA
ATAAATTTTCTTGAAAAGGATTTGGAGAGAGAGTGTGAGATTCTTGGTTAACTTTTGTTGCCTCTAATTTGATGGGTCTCTCATGTTAATATGTACCTGGAGATCCTATATATGTATGTTAGCTGATGGGTCTCTCAAGTTGATATGTACCTTGAGATCCTATAAATGTATGTTAGCTGGTTAAGATTGTATAAGTTACA
CTAGTAGAATTTCTTTGAAAACCAATCCTAGACTCTGCGGTTTGCTATTATATTTTCTCAAGTAAACAAGTAATTAAGATGTCCATGTCCATTAAGGTCGCAAGATTATATGCACTTTTCTATAGACTCTAATATCATC

>TRINITY_DN42516_c0_g1_i6 from sample A7 / Example unspliced isoform:

AGGAGCACAGTGGACAGGCATTGTGACCACTATTGCAATTGAGATGTTACGTTCTAACAAAGTGGATGCAGTTATTTGTGTCCAAAGTGATGCTGAAGATAGGTTTTCACCGAAGCCATTTTTGGCCAGGACACCAGAGGAAGTTCTTGCAGGAAGAGGAGTGAAGCCAACATTATCCCCGAACCTGAACACATTGGCTC
TTGTAGAGGCAGCTGGAGTGAAACGACTGCTCTTTTGTGGAGTTGGTTGCCAGGTGCAAGCACTAAGAATGGTGGAACAATATTTGGGATTGGAGAAACTGTATGTGCTTGGCACAAATTGTGTGGACAATGGGACAAGAAAGGGCCTAGATAAGTTTTTGAAGGTTGCAAGTGATAGCCCTGATACTGTTTTGCATTAT
GAGTTCATGCAGGATTACAAGGTTCATTTGAAGCATTTAGATGGTCATACAGAAGAGGTGAGGCAACATTGAGATTTAATTAAGGGAGACAGCTTGAAGTCTGACAAGGTTCCATATTTCTGTCTTCCAGCAGATGAGCTAACTGATGTCATTGCTCCTTCCTGCTACAGTTGCTTTGACTACACAAATGCATTAGCGGA
TTTGGTTGTAGGATATATGGGAGTGCCGAAGTACTCAGGAGTAAGCATGACTCAACATCCTCAATATATTACTGTTAGGAATGAAAGGGGAAGGGAAATGCTTGATATGGTTCGACATCTCTTGGAAATTACTCCAACTGTCAGCAGTgtaataatgataatgtccttttaaatttagcttttgcattactttccttgca
agatgcagtatgggccttagacagccagcggttttttataagcataaacatcacatcccttaacattagtttgtcattacaacagGGAAAGCGGCGTTCATTTGTTATGGAAACAGTTAAAGCTGACGACAAAGCAAAAACTGCGAAGGGAAATTCTCAACCTGTTCCAATATTTGTTGGTAATGCCATTGCCTTTATTC
TAAACTTGATTGGACCTAAGGGTTTAGAGTTTGCTCGATATTCATTGGACTATCACACAATACGGAACTATTTGCATGTATATCGTACCTGGGGAAAACAAAGGGCTGAAAAGCACATGCCCTCCTATGCAAAGAAGATCGTTACCATGTACAATGACAATGGAGAAATCGACAAACTGCTTTCCATAGAATAGATTCTA
TTTTATTGAAATTGGAAGAGCGATCTAACAGTAGAATTGGAAGACTGGTAAATAACAAGCATGTGCCCAAACAAGTTGTTGAGTTACGAACGAAATCAAGTTCCATTACTACCCCCACACTCTTAAAGGTGGGAGTTGAAATGATTTTGTAAAGTTATCGTGTCACGGATCCTCCTCTCATACTATGCTACAACACACTT
ATACCCACAATGTAATTGTACAATAGGTCCAAAGTTAGACGAAATAAATTTTCTTGAAAAGGATTTGGAGAGAGAGTGTGAGATTCTTGGTTAACTTTTGTTGCCTCTAATTTGATGGGTCTCTCATGTTAATATGTACCTGGAGATCCTATATATGTATGTTAGCTGATGGGTCTCTCAAGTTGATATGTACCTTGAGA
TCCTATAAATGTATGTTAGCTGGTTAAGATTGTATAAGTTACACTAGTAGAATTTCTTTGAAAACCAATCCTAGACTCTGCGGTTTGCTATTATATTTTCTCAAGTAAACAAGTAATTAAGATGTCCATGTCCATTAAGGTCGCAAGATTATATGCACTTTTCTATAGACTCTAATATCATC

Intron 5 GTGAGTATTC ... TTTGGGCTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	39.28	10	7	3.5
A2	7.69	11	1	2.5
A3	5.88	15	1	3.5
A4	12.5	15	2.5	1
A5	25	1	0.5	0
A6	14.93	47	10	2.5
A7	7.21	83	7	10.5
A8	14.21	63	12.5	5
A9	6.61	46	3.5	5
A10	7.26	43	3.5	7

>TRINITY_DN42516_c0_g1_i5 from sample A7 / Example spliced isoform

CCGTGTTTTAATCTTATGTTTTTGGGATTAAAATGCAGAGCATTCGTGCTCCATAGTTAAAAAACACGAGAAAGCGATTGGAGATTTCAAACCAAATATGTATGCCACACAATCCACATACAATAAGATTTATCCATTCGATTTTGACCGAGCTGAGCAGAGATGGCAATGGCGATTTCCACATGCACGCCCGTCTTCTC
TAAATTTCGACACCTCTCTGTCCCTCTGTCTGTTCGATGCTCCTCATCCTCCGGCGCCTCTAGAAAAGAAATTCAATTAAGGGATGACTGGAGAGAGAGGTCAAAGCCCATTCCTCCTGGTGGAATTTATCCCGCCAAGGACCATTGCAGTCAATGCGGTTTATGTGATACGTATTACATAGCTCATGTCAAGAAGGCAT
GCTCCTTCTTAGGAGACGGCATGTCCAAGATTGAGGTCCTAGAACCAAAAATTCATGGAAGAGGAAGAAAAGAAGACTCGCTGGATGACTTATACTTTGGTGTACATGAGGAAGTAAACTACGCACGAAAGATTGAACCTTTGGAAGGAGCACAGTGGACAGGCATTGTGACCACTATTGCAATTGAGATGTTACGTTCT
AACAAAGTGGATGCAGTTATTTGTGTCCAAAGTGATGCTGAAGATAGGTTTTCACCGAAGCCATTTTTGGCCAGGACACCAGAGGAAGTTCTTGCAGGAAGAGGAGTGAAGCCAACATTATCCCCGAACCTGAACACATTGGCTCTTGTAGAGGCAGCTGGAGTGAAACGACTGCTCTTTTGTGGAGTTGGTTGCCAGGT
GCAAGCACTAAGAATGGTGGAACAATATTTGGGATTGGAGAAACTGTATGTGCTTGGCACAAATTGTGTGGACAATGGGACAAGAAAGGGCCTAGATAAGTTTTTGAAGGTTGCAAGTGATAGCCCTGATACTGTTTTGCATTATGAGTTCATGCAGGATTACAAGGTTCATTTGAAGCATTTAGATGGTCATACAGAAG
AGGTTCCATATTTCTGTCTTCCAGCAGATGAGCTAACTGATGTCATTGCTCCTTCCTGCTACAGTTGCTTTGACTACACAAATGCATTAGCGGATTTGGTTGTAGGATATATGGGAGTGCCGAAGTACTCAGGAGTAAGCATGACTCAACATCCTCAATATATTACTGTTAGGAATGAAAGGGGAAGGGAAATGCTTGAT
ATGGTTCGACATCTCTTGGAAATTACTCCAACTGTCAGCAGTGGAAAGCGGCGTTCATTTGTTATGGAAACAGTTAAAGCTGACGACAAAGCAAAAACTGCGAAGGGAAATTCTCAACCTGTTCCAATATTTGTTGGTAATGCCATTGCCTTTATTCTAAACTTGATTGGACCTAAGGGTTTAGAGTTTGCTCGATATTC
ATTGGACTATCACACAATACGGAACTATTTGCATGTATATCGTACCTGGGGAAAACAAAGGGCTGAAAAGCACATGCCCTCCTATGCAAAGAAGATCGTTACCATGTACAATGACAATGGAGAAATCGACAAACTGCTTTCCATAGAATAGATTCTATTTTATTGAAATTGGAAGAGCGATCTAACAGTAGAATTGGAAG
ACTGGTAAATAACAAGCATGTGCCCAAACAAGTTGTTGAGTTACGAACGAAATCAAGTTCCATTACTACCCCCACACTCTTAAAGGTGGGAGTTGAAATGATTTTGTAAAGTTATCGTGTCACGGATCCTCCTCTCATACTATGCTACAACACACTTATACCCACAATGTAATTGTACAATAGGTCCAAAGTTAGACGAA
ATAAATTTTCTTGAAAAGGATTTGGAGAGAGAGTGTGAGATTCTTGGTTAACTTTTGTTGCCTCTAATTTGATGGGTCTCTCATGTTAATATGTACCTGGAGATCCTATATATGTATGTTAGCTGATGGGTCTCTCAAGTTGATATGTACCTTGAGATCCTATAAATGTATGTTAGCTGGTTAAGATTGTATAAGTTACA
CTAGTAGAATTTCTTTGAAAACCAATCCTAGACTCTGCGGTTTGCTATTATATTTTCTCAAGTAAACAAGTAATTAAGATGTCCATGTCCATTAAGGTCGCAAGATTATATGCACTTTTCTATAGACTCTAATATCATC

>TRINITY_DN42516_c0_g1_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CCATTGCCTTTATTCTAAACTTGgtgagtattcttgtttttgttgagatttattttatgttttaaaaaatgctagtcgttcttttgggtcaagagctcaaagctgcttatatttacactaatcaccatcttattgtcaataaaatgttgatactatgatgttttacattcctcatctctctgcacatgaaatgtaacagt
tagagtggtatattaaatattagatcttgtttcaattttgagaattttgtaattgtttgggctagATTGGACCTAAGGGTTTAGAGTTTGCTCGATATTCATTGGACTATCACACAATACGGAACTATTTGCATGTATATCGTACCTGGGGAAAACAAAGGGCTGAAAAGCACATGCCCTCCTATGCAAAGAAGATCGTT
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