sp|Q9M2V9|MAEA_ARATH ----> Protein MAEA homolog

Intron 1 GTATCCTTTA ... CTTACTGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	13.7	422	67	78.2
A2	14.42	362	61	62.2
A3	19.42	361	87	66.9
A4	19.58	271	66	65
A5	19.11	127	30	21.7
A6	16.99	1686	345	342.1
A7	14.66	2136	367	459
A8	17.63	2499	535	489.4
A9	18.76	2213	511	430.5
A10	12.68	1619	235	284.3

>TRINITY_DN116681_c4_g3_i6 from sample A1 / Example spliced isoform

ATTCGAATATAATTCATTTCTTTACCTTGATGCATAACTTGCTGCATCAACGATATTTATTCCCGGATGGCCCGTGGAGTCCAATTTTCGATATTGGGGGGCGAATGCCTCCAATTTTTTTACACCGGATGCGCGGACTATTGATCTCTGTTAATTCACAGTAACCAATTTGGTCCAGGCTATCAAGATTTAAGATGGAA
AAAGAAGCATTAGCAAATGGCGATGCAGTACCCACAACTCTTGCTCCTACTCCAGCACGTTTAAATGATCATCTCTCAGAGTCATTAAGGCTTGAACATCAACTTATGAGAGTGCCATTTGAACATCTAAAGAAATCAATGAGGACTAGCAATCGAACTGTTGAGAAGGAGATGAATGCTGTAATGTCAGGTGTTGCAGA
AGCAGCACAAAAGGACATGTCAAAAGAAGAGGCTGTTCAACACCTGACATCTCTTGTCTCACGACTTCAGGGCCTGAAAAGAAAGCTAGATGAGAGCAACAAGAGTGAGCAGTTGCAAGTACAGAGGTGCCGTGCCAGGCTGGACCATTTGAGTGTGCTACGGGCAGAAAATCAACAGGAATGGAACAACATACGAGTGA
AGAGGATTCTTGTTGACTATATGCTACGCTTATCCTATTATGACACTGCCATGAAACTTGCTGAGAGTAGTGCCATACAGGATCTTGTGGATATTAATGTCTTTATGGATGCAAAGAAGGTTGTAGAATGTTTGCAAAATAGGGACTGTGCTCCTGCTCTAGCTTGGTGTGCTGAGAACAAATCTAAGCTGAAGAAGGTT
AAGAGCAAGTTTGAATTCCAGCTCAGGCTGCAAGAGTTTATTGAGCTTGTTCGAGTTGACCATAGCATGGATGCAATAGCATATGCTCGGAAGCACCTTGCACCATGGGGGTCCACCAATATGAAAGAGCTTCAGCATGCAATGGCAACGCTTGCTTTTAGAAGCAATACAGATTGTGCAACATACAAGGTATTATTTGA
TGCAAAGCAATGGGATAATCTGGTCCTGCAATTCAAGGAGGAGTTCTGCAAACTATATGGAATGACTATTGAGCCACTGCTAAATATTTATCTACAAGCTGGGTTATCTGCTCTTAAGACCCAATTTTGCTATGAGGAAAATTGTACAAAAGAAGACCCACTGTCACATGATAGCTTCCAGAATCTTGCTTCAGACTTAC
CTTTCTCAAAGCATATCCACTCTAAGCTCGTGTGCTACATTTCAAAAGAACTAATGGATGCAGATAATCCACCTTTGGTTTTACCAAATGGTTATGTCTACAGTACTAAGGCTTTGGATGAAATGGCAAAGAAAAACAATGGAAAAGTGACCTGCCCAAAGACTGGCACAGTTTGTGATTTTACAGATCTTAGCAAGGCA
TTCATTTCATAGAATTGTAACAGGCCTCTCATTTGTACATATGGTTTCGAAGTGATGTGAATTAATCAGATGCTTGCTTTTTGTTTCAATTAGGATTGGAAGCAGATTCAATCATTATTATGTAACTGTATCTACCAAATCCTGAATTCATTTGGTTGAATTTGTCTTTAATATAAATGCAATGAAGCAATCCAACCTTC
TCTCTCGTGAA

>TRINITY_DN116681_c4_g3_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CTAGATGAGAGCAACAAGAGTGAGCAGTTGCAAGTACAGAGGTGCCGTGCCAGGCTGGACCATTTGAGTGTGCTACGGGCAGAAAATCAACAGGAATGGAACAACATACGAGTGAAGAGGATTCTTGTTGACTATATGCTACGCTTATCCTATTATGACACTGCCATGAAACTTGCTGAGAGTAGTGCCATACAGGATCT
TGTGGATATTAATGTCTTTATGGATGCAAAGAAGGTTGTAGAATGTTTGCAAAATAGGGACTGTGCTCCTGCTCTAGCTTGGTGTGCTGAGAACAAATCTAAGCTGAAGAAGGTTAAGAGCAAGTTTGAATTCCAGCTCAGGCTGCAAGAGTTTATTGAGCTTGTTCGAGTTGACCATAGCATGGATGCAATAGCATATG
CTCGGAAGCACCTTGCACCATGGGGGTCCACCAATATGAAAGAGCTTCAGCATGCAATGGCAACGCTTGCTTTTAGAAGCAATACAGATTGTGCAACATACAAGGTATTATTTGATGCAAAGCAATGGGATAATCTGGTCCTGCAATTCAAGGAGGAGTTCTGCAAACTATATGGAATGACTATTGAGCCACTGCTAAAT
ATTTATCTACAAGCTGGGTTATCTGCTCTTAAGACCCAgtatcctttaatctgtataatgcttcattatatatttcaatcaggcaggtaaaagtttgtcaaatgcaggctaggttgcttttatatttttctgagtcccttgagattgtttccttgacttactgaagATTTTGCTATGAGGAAAATTGTA

Intron 2 GTAAGATTTT ... AATGTAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20.05	291	0	73
A2	21.64	239	0	66
A3	19.08	246	0	58
A4	14.43	172	0	29
A5	13.82	131	1	21
A6	21.57	1407.3	0	387
A7	19.77	1437	0	354
A8	20.9	2437	0	644
A9	21.24	1791.3	0	483
A10	19.33	976.3	1	234

>TRINITY_DN37180_c0_g1_i6 from sample A8 / Example spliced isoform

CACCAATGTTGCACCACTTGGACTAGGCAAAGTCTTGTCTGGCATGTAACTCGTCAGCTTGGGAAAGACTCGGGGAAGACTTGGAACAGACTCGACAAGGCTTGTTAAACATGAAAAAACTTAAAATATGGTCAATTTGGGCAAAATAGAGGTTAACGACATTTCCAATAAAACCTTAAAGTCGTATTTTCAAAAACTAA
ACTTCAAAATTAAACCTAACCGAAATTTCAAAAAAATGTGGTCCATTCTTCATTTGATACCAAGTTGATCCATTGCGTCAAACGCCAAATCTCGTAAAGCACCCCACAGTTGAGCTCATGGTTATAATGTGCTTTACACTAAACGTAGATCTAGAGTTATGGACTGGAAACTAAACCGAATCGTTGAATCATTTGCGTCT
GATCTCATTTTCGCGGGGGAGTGACTTTTCTTTGACGGGCGAGTGTTGCATTTAAGGGAGGAGTAAAGTGAAATTTGTGCTATTTCATGGATGCGTGGTTGTCGGCATCACAGAGCGACGTCCCTTGAAATCAGGCTATCAAGATTTAAGATGGAAAAAGAAGCATTAGCAAATGGCGATGCAGTACCCACAACTCTTGC
TCCTACTCCAGCACGTTTAAATGATCATCTCTCAGAGTCATTAAGGCTTGAACATCAACTTATGAGAGTGCCATTTGAACATCTAAAGAAATCAATGAGGACTAGCAATCGAACTGTTGAGAAGGAGATGAATGCTGTAATGTCAGGTGTTGCAGAAGCAGCACAAAAGGACATGTCAAAAGAAGAGGCTGTTCAACACC
TGACATCTCTTGTCTCACGACTTCAGGGCCTGAAAAGAAAGCTAGATGAGAGCAACAAGAGTGAGCAGTTGCAAGTACAGAGGTGCCGTGCCAGGCTGGACCATTTGAGTGTGCTACGGGCAGAAAATCAACAGGAATGGAACAACATACGAGTGAAGAGGATTCTTGTTGACTATATGCTACGCTTATCCTATTATGAC
ACTGCCATGAAACTTGCTGAGAGTAGTGCCATACAGGATCTTGTGGATATTAATGTCTTTATGGATGCAAAGAAGGTTGTAGAATGTTTGCAAAATAGGGACTGTGCTCCTGCTCTAGCTTGGTGTGCTGAGAACAAATCTAAGCTGAAGAAGGTTAAGAGCAAGTTTGAATTCCAGCTCAGGCTGCAAGAGTTTATTGA
GCTTGTTCGAGTTGACCATAGCATGGATGCAATAGCATATGCTCGGAAGCACCTTGCACCATGGGGGTCCACCAATATGAAAGAGCTTCAGCATGCAATGGCAACGCTTGCTTTTAGAAGCAATACAGATTGTGCAACATACAAGGTATTATTTGATGCAAAGCAATGGGATAATCTGGTCCTGCAATTCAAGGAGGAGT
TCTGCAAACTATATGGAATGACTATTGAGCCACTGCTAAATATTTATCTACAAGCTGGGTTATCTGCTCTTAAGACCCAATTTTGCTATGAGGAAAATTGTACAAAAGAAGACCCACTGTCACATGATAGCTTCCAGAATCTTGCTTCAGACTTACCTTTCTCAAAGCATATCCACTCTAAGCTCGTGTGCTACATTTCA
AAAGAACTAATGGATGCAGATAATCCACCTTTGGTTTTACCAAATGGTTATGTCTACAGTACTAAGGCTTTGGATGAAATGGCAAAGAAAAACAATGGAAAAGTGACCTGCCCAAAGACTGGCACAGTTTGTGATTTTACAGATCTTAGCAAGGCATTCATTTCATAGAATTGTAACAGGCCTCTCATTTGTACATATGG
TTTCGAAGTGATGTGAATTAATCAGATGCTTGCTTTTTGTTTCAATTAGGATTGGAAGCAGATTCAATCATTATTATGTAACTGTATCTACCAAATCCTGAATTCATTTGGTTGAATTTGTCTTTAATATAAATGCAATGAAGCAATCCAACCTTCTCTCTCGTGATCTTTGTGTCTCTTTTGTGCCCTTATCAATTTAT
ATTTTGGGTTAAATAGTTCTTAATTTAAAAAAATATTTGAGGAATGCTTTGTACAAGTGATATTTAGATAAATCAAAGGCCTATTGCTACATGCATAATTGAATATTACTGGGATACTTCCAAAGGTCACACACACATCATTTACATGTCTAACAGGATCCAGGGAAGTATAGTTGATACAAAATAAAGCTATTAGTGGG
GATGGACTAAATGTAAAAATCATCATTCTATGAATTAACCCCGAGAAGTTTGTGAATCTTGGAGATCTCACATCAGGAG

>TRINITY_DN37180_c0_g1_i7 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TGGTTATGTCTACAGTACTAAGgtaagattttcatccttttaagacatggtgagtgcaattgcccataggaattcaactcacatataaataaaaatcaaatattttctattttctagttcatacaagaagaaattttccggcctttcaagaattgagtagcaaaactacatacagcacattaacttaaatgcaaacaaag
gaagaaatatgttgactccaagtgccaaagcggtagtttgtctatttgttttggttgcacattgccatataacgaccgtgataagtgggtgtgagtgtgtggttagaggtgcatgaatgaaatatatgtgtttgttcatgcacactgtaatttctatataactaggtattttttctgttttctggatgttatggagatga
ccagactatacttactttgcatccattgcaatgtaacagGCTTTGGATGAAATGGCAAAGAAAAACAATGGAAAAGTGACCTGCCCAAAGACTGGCACAGTTTGTGATTTTACAGATCTTAGCAAGGCATTCATTTCATAGAATTGTAACAGGCCTCTCATTTGTACATATGGTTTCGAAGTGATGTGAATTAATCAGAT
GCTTGCTTTTTGTTTCAATTAGGATTGGAAGCAGATTCAATCATTATTATGTAACTGTATCTACCAAATCCTGAATTCATTTGGTTGAATTTGTCTTTAATATAAATGCAATGAAGCAATCCAACCTTCTCTCTCGTGATCTTTGTGTCTCTTTTGTGCCCTTATCAATTTATATTTTGGGTTAAATAGTTCTTAATTTA
AAAAAATATTTGAGGAATGCTTTGTACAAGTGATATTTAGATAAATCAAAGGCCTATTGCTACATGCATAATTGAATATTACTGGGATACTTCCAAAGGTCACACACACATCATTTACATGTCTAACAGGATCCAGGGAAGTATAGTTGATACAAAATAAAGCTATTAGTGGGGATGGACTAAATGTAAAAATCATCATT
CTATGAATTAACCCCGAGAAGTTTGTGAATCTTGGAGATCTCACATCAGGAG

Intron 3 GTATCCTTTA ... AATCAGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	14.49	422	60	83
A2	14.22	362	61	59
A3	17.39	361	87	65
A4	18.37	271	63	59
A5	16.72	127	30	21
A6	16.84	1686	330	353
A7	16.43	2136	363	477
A8	16.94	2499	530	489
A9	17.75	2213	505	450
A10	13.68	1619	233	280

>TRINITY_DN41544_c0_g1_i5 from sample A6 / Example spliced isoform

GAGAGAGGGTGCATTGGCTTCCTTGGACAAAATCGATCTCATAGAAAACTACTTCAAATCTTCCCAAATTGATCAAGTTTGCATAGATCATCATCATCAAGGCATCTACAAGGTTATCCAGCTAGATGAGAGCAACAAGAGTGAGCAGTTGCAAGTACAGAGGTGCCGTGCCAGGCTGGACCATTTGAGTGTGCTACGGG
CAGAAAATCAACAGGAATGGAACAACATACGAGTGAAGAGGATTCTTGTTGACTATATGCTACGCTTATCCTATTATGACACTGCCATGAAACTTGCTGAGAGTAGTGCCATACAGGATCTTGTGGATATTAATGTCTTTATGGATGCAAAGAAGGTTGTAGAATGTTTGCAAAATAGGGACTGTGCTCCTGCTCTAGCT
TGGTGTGCTGAGAACAAATCTAAGCTGAAGAAGGTTAAGAGCAAGTTTGAATTCCAGCTCAGGCTGCAAGAGTTTATTGAGCTTGTTCGAGTTGACCATAGCATGGATGCAATAGCATATGCTCGGAAGCACCTTGCACCATGGGGGTCCACCAATATGAAAGAGCTTCAGCATGCAATGGCAACGCTTGCTTTTAGAAG
CAATACAGATTGTGCAACATACAAGGTATTATTTGATGCAAAGCAATGGGATAATCTGGTCCTGCAATTCAAGGAGGAGTTCTGCAAACTATATGGAATGACTATTGAGCCACTGCTAAATATTTATCTACAAGCTGGGTTATCTGCTCTTAAGACCCAATTTTGCTATGAGGAAAATTGTACAAAAGAAGACCCACTGT
CACATGATAGCTTCCAGAATCTTGCTTCAGACTTACCTTTCTCAAAGCATATCCACTCTAAGCTCGTGTGCTACATTTCAAAAGAACTAATGGATGCAGATAATCCACCTTTGGTTTTACCAAATGGTTATGTCTACAGTACTAAGGCTTTGGATGAAATGGCAAAGAAAAACAATGGAAAAGTGACCTGCCCAAAGACT
GGCACAGTTTGTGATTTTACAGATCTTAGCAAGGCATTCATTTCATAGAATTGTAACAGGCCTCTCATTTGTACATATGGTTTCGAAGTGATGTGAATTAATCAGATGCTTGCTTTTTGTTTCAATTAGGATTGGAAGCAGATTCAATCATTATTATGTAACTGTATCTACCAAATCCTGAATTCATTTGGTTGAATTTG
TCTTTAATATAAATGCAATGAAGCAATCCAACCTTCTCTCTCGTGATCTTTGTGTCTCTTTTGTGCCCTTATCAATTTATATTTTGGGTTAAATAGTTCTTAATTTAAAAAAATATTTGAGGAATGCTTTGTACAAGTGATATTTAGATAAATCAAAGGCCTATTGCTACA

>TRINITY_DN41544_c0_g1_i6 from sample A6 / Example unspliced isoform:

AAAGAAGGTAGTAACATTGTCTTGATTTTGAAATTTCATTCAAACAATTTCTTCATCCATCTTGCATGCATTCTTGTTTATCTTGTCATTATGTTATATTGAGGGATTGTACTCACCAATGTTGCACCACTTGGACTAGGCAAAGTCTTGTCTGGCATGTAACTCGTCAGCTTGGGAAAGACTCGGGGAAGACTTGGAAC
AGACTCGACAAGGCTTGTTAAACATGAAAAAACTTAAAATATGGTCAATTTTGGGCAAAAAAGAGGTTAACGACATTTCCAATAAAACCTTAAAGTCGTATTTTCAAAAACTAAACTTCAAAATTAAACCTAACCGAAATTTCAAAAAAATGTGGTCCATTCTTCATTTGATACCAAGTTGATCCATTGCGTCAAACGCC
AAATCTCGTAAAGCACCCCACAGTTGAGCTCATGGTTATAATGTGCTTTACACTAAACGTAGATCTAGAGTTATGGACTGGAAACTAAACCGAATCGTTGAATCATTTGCGTCTGATCTCATTTTCGCGGGGGAGTGACTTTTCTTTGACGGGCGAGTGTTGCATTTAAGGGAGGAGTAAAGTGAAATTTGTGCTATTTC
ATGGATGCGTGGTTGTCGGCATCACAGAGCGACGTCCCTTGAAATCAGGCTATCAAGATTTAAGATGGAAAAAGAAGCATTAGCAAATGGCGATGCAGTACCCACAACTCTTGCTCCTACTCCAGCACGTTTAAATGATCATCTCTCAGAGTCATTAAGGCTTGAACATCAACTTATGAGAGTGCCATTTGAACATCTAA
AGAAATCAATGAGGACTAGCAATCGAACTGTTGAGAAGGAGATGAATGCTGTAATGTCAGGTGTTGCAGAAGCAGCACAAAAGGACATGTCAAAAGAAGAGGCTGTTCAACACCTGACATCTCTTGTCTCACGACTTCAGGGCCTGAAAAGAAAGCTAGATGAGAGCAACAAGAGTGAGCAGTTGCAAGTACAGAGGTGC
CGTGCCAGGCTGGACCATTTGAGTGTGCTACGGGCAGAAAATCAACAGGAATGGAACAACATACGAGTGAAGAGGATTCTTGTTGACTATATGCTACGCTTATCCTATTATGACACTGCCATGAAACTTGCTGAGAGTAGTGCCATACAGGATCTTGTGGATATTAATGTCTTTATGGATGCAAAGAAGGTTGTAGAATG
TTTGCAAAATAGGGACTGTGCTCCTGCTCTAGCTTGGTGTGCTGAGAACAAATCTAAGCTGAAGAAGGTTAAGAGCAAGTTTGAATTCCAGCTCAGGCTGCAAGAGTTTATTGAGCTTGTTCGAGTTGACCATAGCATGGATGCAATAGCATATGCTCGGAAGCACCTTGCACCATGGGGGTCCACCAATATGAAAGAGC
TTCAGCATGCAATGGCAACGCTTGCTTTTAGAAGCAATACAGATTGTGCAACATACAAGGTATTATTTGATGCAAAGCAATGGGATAATCTGGTCCTGCAATTCAAGGAGGAGTTCTGCAAACTATATGGAATGACTATTGAGCCACTGCTAAATATTTATCTACAAGCTGGGTTATCTGCTCTTAAGACCCAgtatcct
ttaatctgtataatgcttcattatatatttcaatcaggcagATTTTGCTATGAGGAAAATTGTACAAAAGAAGACCCACTGTCACATGATAGCTTCCAGAATCTTGCTTCAGACTTACCTTTCTCAAAGCATATCCACTCTAAGCTCGTGTGCTACATTTCAAAAGAACTAATGGATGCAGATAATCCACCTTTGGTTTT
ACCAAATGGTTATGTCTACAGTACTAAGGCTTTGGATGAAATGGCAAAGAAAAACAATGGAAAAGTGACCTGCCCAAAGACTGGCACAGTTTGTGATTTTACAGATCTTAGCAAGGCATTCATTTCATAGAATTGTAACAGGCCTCTCATTTGTACATATGGTTTCGAAGTGATGTGAATTAATCAGATGCTTGCTTTTT
GTTTCAATTAGGATTGGAAGCAGATTCAATCATTATTATGTAACTGTATCTACCAAATCCTGAATTCATTTGGTTGAATTTGTCTTTAATATAAATGCAATGAAGCAATCCAACCTTCTCTCTCGTGATCTTTGTGTCTCTTTTGTGCCCTTATCAATTTATATTTTGGGTTAAATAGTTCTTAATTTAAAAAAATATTT
GAGGAATGCTTTGTACAAGTGATATTTAGATAAATCAAAGGCCTATTGCTACA

Intron 4 GTGTGCCAAG ... GATTGCGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	19.97	611	145	160
A2	18.08	725	149	171
A3	19.06	760	148	210
A4	20.81	470	112	135
A5	18.75	390	97	83
A6	17.08	1872	340	431
A7	17.71	2744	501	680
A8	16.26	1501	238	345
A9	16.46	2701	479	585
A10	17.46	2905	600	629

>TRINITY_DN120247_c5_g1_i6 from sample A2 / Example spliced isoform

TCGTCAGCTTGGGAAAGACTCGGGGAAGACTTGGAACAGACTCGACAAGGCTTGTTAAACATGAAAAAACTTAAAATATGGTCAATTTGGGCAAAATAGAGGTTAACGACATTTCCAATAAAACCTTAAAGTCGTATTTTCAAAAACTAAACTTCAAAATTAAACCTAACCGAAATTTCAAAAAAATGTGGTCCATTCTT
CATTTGATACCAAGTTGATCCATTGCGTCAAACGCCAAATCTCGTAAAGCACCCCACAGTTGAGCTCATGGTTATAATGTGCTTTACACTAAACGTAGATCTAGAGTTATGGACTGGAAACTAAACCGAATCGTTGAATCATTTGCGTCTGATCTCATTTTCGCGGGGGAGTGACTTTTCTTTGACGGGCGAGTGTTGCA
TTTAAGGGAGGAGTAAAGTGAAATTTGTGCTATTTCATGGATGCGTGGTTGTCGGCATCACAGAGCGACGTCCCTTGAAATCAGGCTATCAAGATTTAAGATGGAAAAAGAAGCATTAGCAAATGGCGATGCAGTACCCACAACTCTTGCTCCTACTCCAGCACGTTTAAATGATCATCTCTCAGAGTCATTAAGGCTTG
AACATCAACTTATGAGAGTGCCATTTGAACATCTAAAGAAATCAATGAGGACTAGCAATCGAACTGTTGAGAAGGAGATGAATGCTGTAATGTCAGGTGTTGCAGAAGCAGCACAAAAGGACATGTCAAAAGAAGAGGCTGTTCAACACCTGACATCTCTTGTCTCACGACTTCAGGGCCTGAAAAGAAAGCTAGATGAG
AGCAACAAGAGTGAGCAGTTGCAAGTACAGAGGTGCCGTGCCAGGCTGGACCATTTGAGTGTGCTACGGGCAGAAAATCAACAGGAATGGAACAACATACGAGTGAAGAGGATTCTTGTTGACTATATGCTACGCTTATCCTATTATGACACTGCCATGAAACTTGCTGAGAGTAGTGCCATACAGGATCTTGTGGATAT
TAATGTCTTTATGGATGCAAAGAAGGTTGTAGAATGTTTGCAAAATAGGGACTGTGCTCCTGCTCTAGCTTGGTGTGCTGAGAACAAATCTAAGCTGAAGAAGGTTAAGGTAACATTTAGCCTGGTGTGCTGCTGCTTTATTTTGACATTTTGACATTTTCACGATATGACAATGAATTCTGAGTCTGGTATTTTGATAG
TAAAACCTGGATTATTGAGTGCTGCCCTATATGCCAAAACTGCTTCACTAAGTAAAATGTTGACATGAACTGACACTTTCTTTGGGATTGAAAAACTGAATCATAGAAAATATTGTTACTAACATGTTGAATAGTCAACGTAAGAAGTGAAGACGTTTACTTGGTTCTAGTTTTAAGCACAGTTTACATTATTTGTGCCA
AGCTCTTGTATTTTGTGGGTTTAGTTATTAGGACACAAATTATTAGAAATCTCAAACACA

>TRINITY_DN120247_c5_g1_i8 from sample A2 / Example unspliced isoform:

TCGTCAGCTTGGGAAAGACTCGGGGAAGACTTGGAACAGACTCGACAAGGCTTGTTAAACATGAAAAAACTTAAAATATGGTCAATTTGGGCAAAATAGAGGTTAACGACATTTCCAATAAAACCTTAAAGTCGTATTTTCAAAAACTAAACTTCAAAATTAAACCTAACCGAAATTTCAAAAAAATGTGGTCCATTCTT
CATTTGATACCAAGTTGATCCATTGCGTCAAACGCCAAATCTCGTAAAGCACCCCACAGTTGAGCTCATGGTTATAATGTGCTTTACACTAAACGTAGATCTAGAGTTATGGACTGGAAACTAAACCGAATCGTTGAATCATTTGCGTCTGATCTCATTTTCGCGGGGGAGTGACTTTTCTTTGACGGGCGAGTGTTGCA
TTTAAGGGAGGAGTAAAGTGAAATTTGTGCTATTTCATGGATGCGTGGTTGTCGGCATCACAGAGCGACGTCCCTTGAAATCAGgtgtgccaagatttctttctcataaacttctttcagttccatctgtcatcgtggactaattttcatttctggggagtttaatctccgggcagtaattaaaccctaacttatcatct
gggtttttttgacacttcaaaccttcaccttatttcagggccaagtatcagatctagggtcaatttaattcttggcttcatatcttttaaagccttagtggctgtgtcaaacctcaacctctgattttttttagacaacgtttaagtgcatcgtgatccagttcggcgtggattcgttgttggacccaagtctccttcta
aatcgatttggaccaataattctagtgacgacccttgcttatggctttatctctgtgaagcgtcacgatcagtttttttgggaattagtcacgtcaaaaccattgccggccataagtttatcctcgatcaaaaattgaagctcgactttacattaatcttggaagatcgcatttcgattgcgtagGCTATCAAGATTTAA
GATGGAAAAAGAAGCATTAGCAAATGGCGATGCAGTACCCACAACTCTTGCTCCTACTCCAGCACGTTTAAATGATCATCTCTCAGAGTCATTAAGGCTTGAACATCAACTTATGAGAGTGCCATTTGAACATCTAAAGAAATCAATGAGGACTAGCAATCGAACTGTTGAGAAGGAGATGAATGCTGTAATGTCAGGTG
TTGCAGAAGCAGCACAAAAGGACATGTCAAAAGAAGAGGCTGTTCAACACCTGACATCTCTTGTCTCACGACTTCAGGGCCTGAAAAGAAAGCTAGATGAGAGCAACAAGAGTGAGCAGTTGCAAGTACAGAGGTGCCGTGCCAGGCTGGACCATTTGAGTGTGCTACGGGCAGAAAATCAACAGGAATGGAACAACATA
CGAGTGAAGAGGATTCTTGTTGACTATATGCTACGCTTATCCTATTATGACACTGCCATGAAACTTGCTGAGAGTAGTGCCATACAGGATCTTGTGGATATTAATGTCTTTATGGATGCAAAGAAGGTTGTAGAATGTTTGCAAAATAGGGACTGTGCTCCTGCTCTAGCTTGGTGTGCTGAGAACAAATCTAAGCTGAA
GAAGGTTAAGAGCAAGTTTGAATTCCAGCTCAGGCTGCAAGAGTTTATTGAGCTTGTTCGAGTTGACCATAGCATGGATGCAATAGCATATGCTCGGAAGCACCTTGCACCATGGGGGTCCACCAATATGAAAGAGCTTCAGCATGCAATGGCAACGCTTGCTTTTAGAAGCAATACAGATTGTGCAACATACAAGGTAT
TATTTGATGCAAAGCAATGGGATAATCTGGTCCTGCAATTCAAGGAGGAGTTCTGCAAACTATATGGAATGACTATTGAGCCACTGCTAAATATTTATCTACAAGCTGGGTTATCTGCTCTTAAGACCCAATTTTGCTATGAGGAAAATTGTACAAAAGAAGACCCACTGTCACATGATAGCTTCCAGAATCTTGCTTCA
GACTTACCTTTCTCAAAGCATATCCACTCTAAGCTCGTGTGCTACATTTCAAAAGAACTAATGGATGCAGATAATCCACCTTTGGTTTTACCAAATGGTTATGTCTACAGTACTAAGGCTTTGGATGAAATGGCAAAGAAAAACAATGGAAAAGTGACCTGCCCAAAGACTGGCACAGTTTGTGATTTTACAGATCTTAG
CAAGGCATTCATTTCATAGAATTGTAACAGGCCTCTCATTTGTACATATGGTTTCGAAGTGATGTGAATTAATCAGATGCTTGCTTTTTGTTTCAATTAGGATTGGAAGCAGATTCAATCATTATTATGTAACTGTATCTACCAAATCCTGAATTCATTTGGTTGAATTTGTCTTTAATATAAATGCAATGAAGCAATCC
AACCTTCTCTCTCGTGATCTTTGTGTCTCTTTTGTGCCCTTATCAATTTATATTTTGGGTTAAATAGTTCTTAATTTAAAAAAATATTTGAGGAATGCTTTGTACAAGTGATATTTAGATAAATCAAAGGCCA

Intron 5 GTAAAAGTTT ... CTTACTGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50	83	12	83
A2	52.8	59	3	66
A3	52.21	65	1	71
A4	53.91	59	8	69
A5	52.27	21	2	23
A6	50.7	353	35	363
A7	50.52	477	25	487
A8	51.49	489	36	519
A9	50.39	450	32	457
A10	51.89	280	15	302

>TRINITY_DN41544_c0_g1_i6 from sample A6 / Example spliced isoform

AAAGAAGGTAGTAACATTGTCTTGATTTTGAAATTTCATTCAAACAATTTCTTCATCCATCTTGCATGCATTCTTGTTTATCTTGTCATTATGTTATATTGAGGGATTGTACTCACCAATGTTGCACCACTTGGACTAGGCAAAGTCTTGTCTGGCATGTAACTCGTCAGCTTGGGAAAGACTCGGGGAAGACTTGGAAC
AGACTCGACAAGGCTTGTTAAACATGAAAAAACTTAAAATATGGTCAATTTTGGGCAAAAAAGAGGTTAACGACATTTCCAATAAAACCTTAAAGTCGTATTTTCAAAAACTAAACTTCAAAATTAAACCTAACCGAAATTTCAAAAAAATGTGGTCCATTCTTCATTTGATACCAAGTTGATCCATTGCGTCAAACGCC
AAATCTCGTAAAGCACCCCACAGTTGAGCTCATGGTTATAATGTGCTTTACACTAAACGTAGATCTAGAGTTATGGACTGGAAACTAAACCGAATCGTTGAATCATTTGCGTCTGATCTCATTTTCGCGGGGGAGTGACTTTTCTTTGACGGGCGAGTGTTGCATTTAAGGGAGGAGTAAAGTGAAATTTGTGCTATTTC
ATGGATGCGTGGTTGTCGGCATCACAGAGCGACGTCCCTTGAAATCAGGCTATCAAGATTTAAGATGGAAAAAGAAGCATTAGCAAATGGCGATGCAGTACCCACAACTCTTGCTCCTACTCCAGCACGTTTAAATGATCATCTCTCAGAGTCATTAAGGCTTGAACATCAACTTATGAGAGTGCCATTTGAACATCTAA
AGAAATCAATGAGGACTAGCAATCGAACTGTTGAGAAGGAGATGAATGCTGTAATGTCAGGTGTTGCAGAAGCAGCACAAAAGGACATGTCAAAAGAAGAGGCTGTTCAACACCTGACATCTCTTGTCTCACGACTTCAGGGCCTGAAAAGAAAGCTAGATGAGAGCAACAAGAGTGAGCAGTTGCAAGTACAGAGGTGC
CGTGCCAGGCTGGACCATTTGAGTGTGCTACGGGCAGAAAATCAACAGGAATGGAACAACATACGAGTGAAGAGGATTCTTGTTGACTATATGCTACGCTTATCCTATTATGACACTGCCATGAAACTTGCTGAGAGTAGTGCCATACAGGATCTTGTGGATATTAATGTCTTTATGGATGCAAAGAAGGTTGTAGAATG
TTTGCAAAATAGGGACTGTGCTCCTGCTCTAGCTTGGTGTGCTGAGAACAAATCTAAGCTGAAGAAGGTTAAGAGCAAGTTTGAATTCCAGCTCAGGCTGCAAGAGTTTATTGAGCTTGTTCGAGTTGACCATAGCATGGATGCAATAGCATATGCTCGGAAGCACCTTGCACCATGGGGGTCCACCAATATGAAAGAGC
TTCAGCATGCAATGGCAACGCTTGCTTTTAGAAGCAATACAGATTGTGCAACATACAAGGTATTATTTGATGCAAAGCAATGGGATAATCTGGTCCTGCAATTCAAGGAGGAGTTCTGCAAACTATATGGAATGACTATTGAGCCACTGCTAAATATTTATCTACAAGCTGGGTTATCTGCTCTTAAGACCCAGTATCCT
TTAATCTGTATAATGCTTCATTATATATTTCAATCAGGCAGATTTTGCTATGAGGAAAATTGTACAAAAGAAGACCCACTGTCACATGATAGCTTCCAGAATCTTGCTTCAGACTTACCTTTCTCAAAGCATATCCACTCTAAGCTCGTGTGCTACATTTCAAAAGAACTAATGGATGCAGATAATCCACCTTTGGTTTT
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>TRINITY_DN41544_c0_g1_i4 from sample A6 / Example unspliced isoform:

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