sp|Q8RY59|RCD1_ARATH ----> Inactive poly [ADP-ribose] polymerase RCD1
Intron 1 GTGAGTTTAC ... GTTTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 57.3 | 38 | 16 | 51 |
| A2 | 50.77 | 32 | 11 | 33 |
| A3 | 58.75 | 33 | 2 | 47 |
| A4 | 66.67 | 23 | 2 | 46 |
| A5 | 58.82 | 7 | 3 | 10 |
| A6 | 44.97 | 82 | 4 | 67 |
| A7 | 47.37 | 90 | 1 | 81 |
| A8 | 47.48 | 125 | 0 | 113 |
| A9 | 47.64 | 122 | 0 | 111 |
| A10 | 46.3 | 58 | 2 | 50 |
>TRINITY_DN110254_c0_g1_i17 from sample A4 / Example spliced isoformAGTCTACTACATCCACGAATAAGGTACTGTAAGAAGACAAAGATTTACAAAAAAGATTTCATGGAGGCGGTTAACAAAGTAGATAATGTTCCCCATTCTTTTCTCGTGTCCAAGAAACTACATATGGACAATAAATGCAATTCATTGATAAATCAGCCATGAAATTCTGGCATCAGGATGGTTTTTAGGGATTTGCTTTC
AAGCTCGCACATCAGATGACAGACATTACCTAGTTTGATCTTATGATCAGTTGAAGCTGCCACTGTTCAATGATGTAATTTGATTAATATCTTTGACAATGTAATGGAAGGACACCATACTTCTTGTTTCTAGTACTATCTAGTTAGTAGCTATACGTTAATGTTAAAATTCAAGTGATCCATACAGATCAATAGCTTAC
TGCCTGATAATATTTCAGTAATAGCTGTTACACTTGGTTATGTCTAGAAGGTACTAACTAAAATCCACTGAATATGGTGGACATCTGCTGCATGGAGGACAAGGTTCCTTTGCACACTCTTATATTTAGGGTCTATCTTCTGTTTTCTTTTTCAGAGTGTCATGATGCATGGAGATGAAAATAACATTCTTCTCAAAGGA
TTTCCTTCTCCATTTCTTGGCATGGCAATGATGATTTAAAGTCATCTAGTTTGGATTACCTGATAATGGCTTTGGAAGGTTAATGTTTAGGATATGAGATGACTTTTCCAATTTGATATGGCAAGAAGCGCCTTAATGAAGTTTCTATTTGTGGGATTTAGTTTGTGAATTTCTCAAAGTTCAGAAATGAAAAACTTGGA
TTTTGTATAAAGTTAGAATCATTTGAATCCTGCGAGGTTGGTTTCATGTGGAAATGGTGCAAGATTTTGATTGGATTTCATACAATATGGTAACTTTTAAACTAAATTTAACCCAATAAAGCTATTCTACTGAATATAGAAAACTATAAAATTGAAAGAAAATATGTGCAGCATGAAGGCTCAAAAACACTGATCTCATA
CTTATTTTTATTGTGATGTGAGAAAAGGAATAAATTTATGACATTTTGGTTTTAAGAAAATTTTTCTGTTCGAAGAAGAAACTAGACTTGAAAATTGAAAGGAAAAGGAAGCCATAGGCTTGACAGGACAAATTGAGGCATGAAGGCATCGAATTCTCATTTCTA
>TRINITY_DN110254_c0_g1_i14 from sample A4 / Example unspliced isoform:AGTCTACTACATCCACGAATAAGGTACTGTAAAAAGACAAAGATTTACAAAgtgagtttacagattatctgtctttaatgataatatctgcattttttcaaatttgtcatgctcattttatgttatttgcctataaattttgaagactatttttatagcaaccatgctctggtacagttggagtaatgggaaagtccttt
ataaagacaattaagttctggcttatgatatctagcactcggaggatacactgactttctgtttattagtaggtgccgggagttctttaacatgggtgattaagagcagttgaaaatggagttctttaaaatatgtaattttggggtatctttagcaacatgctgcagggtgatatgccatttttcgtagtcatagatat
gttttcaatttggaatgtggaactatggtaatctaatcccctacaaagatgattattaggcccatgttcccttttgctggtccgtccaaccagtgttaggattaatgtagttagtgatgctactcaatggggcttgaactcatgttcactgtttggcaagtaccatggctaaccactaggttactacattattggtaata
gggatcgtgctattggtcttgttcacgtatattgttatgtctgtctaggtagccttgtattggtaaagtgtattttcaactattttgtgtttttgctctatgaaattgattttagctgaatgcattataaagcataaatttattccattgttgctattgtgctattggtcttgttcacatatattgttatgtctttatag
gtaactgtgtagtgataaaggattttgtttgtttttgttttatatcttttgtggttgggttccttttgtatggatttgttaatgcagttgtaaggcgtaaattgtattgttcatcttgtgagttttttaaggaaggtttcctttctcaattccggctgtcatttgtttttgcagAAAGATTTCATGGAGGCGGTTAACAA
AGTAGATAATGTTCCCCATTCTTTTCTCGTGTCCAAGAAACTACATATGGACAATAAATGCAATTCATTGATAAATCAGCCATGAAATTCTGGCATCAGGATGGTTTTTAGGGATTTGCTTTCAAGCTCGCACATCAGATGACAGACATTACCTAGTTTGATCTTATGATCAGTTGAAGCTGCCACTGTTCAATGATGTA
ATTTGATTAATATCTTTGACAATGTAATGGAAGGACACCATACTTCTTGTTTCTAGTACTATCTAGTTAGTAGCTATACGTTAATGTTAAAATTCAAGTGATCCATACAGATCAATAGCTTACTGCCTGATAATATTTCAGTAATAGCTGTTACACTTGGTTATGTCTAGAAGGTACTAACTAAAATCCACTGAATATGG
TGGACATCTGCTGCATGGAGGACAAGGTTCCTTTGCACACTCTTATATTTAGGGTCTATCTTCTGTTTTCTTTTTCAGAGTGTCATGATGCATGGAGATGAAAATAACATTCTTCTCAAAGGATTTCCTTCTCCATTTCTTGGCATGGCAATGATGATTTAAAGTCATCTAGTTTGGATTACCTGATAATGGCTTTGGAA
GGTTAATGTTTAGGATATGAGATGACTTTTCCAATTTGATATGGCAAGAAGCGCCTTAATGAAGTTTCTATTTGTGGGATTTAGTTTGTGAATTTCTCAAAGTTCAGAAATGAAAAACTTGGATTTTGTATAAAGTTAGAATCATTTGAATCCTGCGAGGTTGGTTTCATGTGGAAATGGTGCAAGATTTTGATTGGATT
TCATACAATATGGTAACTTTTAAACTAAATTTAACCCAATAAAGCTATTCTACTGAATATAGAAAACTATAAAATTGAAAGAAAATATGTGCAGCATGAAGGCTCAAAAACACTGATCTCATACTTATTTTTATTGTGATGTGAGAAAAGGAATAAATTTATGACATTTTGGTTTTAAGAAAATTTTTCTGTTCGAAGAA
GAAACTAGACTTGAAAATTGAAAGGAAAAGGAAGCCATAGGCTTGACAGGACAAATTGAGGCATGAAGGCATCGAATTCTCATTTCTA
Intron 2 GTACCCACTT ... TGCTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 4.13 | 418 | 17 | 19 |
| A2 | 4.55 | 398.5 | 15 | 23 |
| A3 | 2.17 | 359.5 | 9 | 7 |
| A4 | 5.96 | 205 | 6 | 20 |
| A5 | 8.39 | 131 | 16 | 8 |
| A6 | 1.37 | 539 | 5 | 10 |
| A7 | 1.95 | 905.5 | 16 | 20 |
| A8 | 1.86 | 1136.5 | 19 | 24 |
| A9 | 1.42 | 940.5 | 18 | 9 |
| A10 | 1.69 | 783 | 3 | 24 |
>TRINITY_DN133342_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoformGAGAAGCAATACAGCGAGGGTTTGTACGAGAAATAAACTTGCATTGTGTGGGAAGCAGGTGTTTCTGGAGGCAAGTAAGGAAGGAAGGAGGAAGAGCTTTGCAGGAGCAAATTCTGTGGGGGCTTTGTTTTCTTCGGAACAAAAAAATTTAGCCTTTGGTCCTGCAGGTTCTGATTCTTGACCTTGCTACTCCACACTTA
CTGTGATTTTTTGTTCTCTTTTTCGTTTGGGTTTGGTGTTGTGTATATTTCCGGCGGGGACTTGTTAGGGTTTATGAAAACCAGATACTAGATTTGGCTCTTTAATTTTGTGGCTTCATCTGGTTAGGGGGTTAAAAAATTTGTGGGAAGTTAAATTTGGGGTTGTAAGTTGTTTTCGCGGGGTTGCAGGGCTGAATAAT
AGCTGGGGGCCAGCTTGTTCAGTCCTGAAATGGTGTCGCGAACCTAAAATATAGTGCATCGTGATAGCGATGTTGTAAATAAATAAGGAACCTGTGGGGTAAATTCATGATAGAAATGGAGAACAAAGGGGAGTATATCTCCAAGCTTGCCAGAAGCATTGTGCATAGAGTTCAAATGAAAAGAAAAGGATCTTACAAAC
ACAGTGATATATATCGTAGTGGCTTAACATCGGGTAGAGGGGCTTTAAAATTGGCTAAGGGGACGAGTGTTGTTCCTAACTCTAGAAATGGAACACGTCAAGCTGTCGGGAATGTGAAATGCTGTGATGGGTGTCGAATGGAGGGTTATTCCCGCAAGGCAATTTTGCACAATTATGGGAATTTTCGCAAGAGTGCGGTT
CCTGAGAGGCTTATGTATTATTGGAATGGCGGGTGGAATGATTTTTCCGTTGAAGCTTCAGAGTCGCTTCGGAAGGCATTCTCAGATGGCATGCCCAGTATAGAAGTGGTAATAGATGAATCGCGTTACCTCGTCGATTTTTTGCGCATGCTGCAAATAGATTTGAGGGTGGGTTGTCAAAGATCCATTGCCTGGATAGA
CAAGAATGGCTCTTGTTTTTTCCCTAAAGGCTTCTTTGAGGATAATATTGATGATGTCGACTTCGCCCCCAAAGTCGAGGTTGAGATTGAGATTCGAATAAGTGCAACTGAGGGTTCGCAGGCTGAGAAACGTCGAGTTCAGGGTAACTTGGAGCCCTTGTCCGAGGCTTCGGACACTAAAAGACATGTGCCTTCCAGTT
CTGACCCCTCATTCGCTGTTGCGAAAACTGAGAAATACGAACTTGCTAGTAACTTAGAGTCCTGGAAGGTTACCAAATCTGATCACAAGAGTAAAGTACTCTGTGATGACATTAAAGCAGACAAATTGACCAGGAAAGCATCAGTTGAGGTCCCTGCACCTACAAATGAATTGGAGAGAGGTTCGAGCCACAAAGGCAAT
GTGCCGGCTGCTTTACCCTCCAAATCATCGAAAGATTCAAAAGATGAGGAGGCTACTGGCAGTGCTGTCAATAGTTCTCAAGGATTAGAATCCAAACAGTGTTCAAGTTTAGAAGCTTCTGAATTTGAATCGTTGGGTGACAGACTGATCAAATTGGAAGATGGAAATGAAGAGTATGCGGCCGTGCAAAATCGTTTTCT
CTCCGGTTTCAGCAAAAGTGCAGTTGCAACCACTGTTACTGGTATTTATCGAAATACCCATGCAAGTGCGATGGGCCAGGTTCGACTGCACGCTTTTCGGAGGCAGGTTGAGATAACTAGGAGGTCCCGTGGTAATGCAAATGTCAGGACTGCCTGGCATGGCACTTCCAGCAAATGTGCTGCAGCAATCATACTTCATG
GTTTTAGCTTGAGCAAAACACATGATAATGGCCCATCATATGGTGTTGGTGTTTATCTTGCTCCAGAAGGTCGCTCCCATCTCAGTGCTGCATTTTCGGATATCGACAAAAATGGTGAACAACATATGGTGCTGTGTCGGGTTATTCTGGGAAATGTGGAGAGAGTCCCTCTTGGCTCTCATCAGTTCCATCCTAGTTGT
GAAAAGTTCGATTCTGGGGTTGATGATCTCACAAATCCGAAGTGTTACATTATTTGGAGCACTCACATGAACATGCATATTCTTCCGGAGTACATTGTGAGCTTTAAGGTTCCACATCAAATGCATGGTAATGTTCCCATTTTACCTTTTCTTGTGCCATATGACGAATGATAAATATTTCACAAACTTGGTTAACTGTT
CCAGTTAGCATGCATAGGCCCCAGCTGAATACTAGCTAAATATTGATGTCTTACTGCTATAGAATGCTGGGATGAAATGAAAGCAAAGCAAGGCATCTGTGGTGTTCCCAAAAGTTTCAGCAGTTCTCTGGAGGATGTTGAAGTTGCTCGCCAGGGTTCTATCTATGAGACGGTAACTAATATGACTTGGAATAGTGTCT
ATTTTTATAGGCAATTGAATGTATAAATTTGGGAGATGTATTACTGCTTCTTCTTTCTTAGATTTACACTAAACCTATAGGTGACATGTAATTGGTAGTGTGGTGGCAATTTCCATTTTCCTTTATGCACTGGAGGTTTTATCTCTCCTACAGGTTAATGTAAGTCATTAGTTCTTGGTTTTATCCTATTGGCAATTTCT
TTTGGTTTGATACTGCTTATATTGGTTTCCAGCACCTTTCTTCAGCTTCAGCTGAGGGAAGAAAATGCAAGACGCAAGCATCGGCAAAAGGATCAACACGAATTCCCAGTACTGCTAACATGTCATTCCCAAAGTTGTTCTCAGTCATAAGAAAGTCCATGCCTACATCTTATATGAATACATTGGAACACCTCTATGCT
CAGTACAAGGTAGGAAAAATTGGCAAAGACATCATCGTAAGGAATGTCAGAACGATTGTTGGAGATAAGTTGCTGATTGCAGCTATTCAAAGCATTAGAGGCCAGATGAAATGTACACAAATGTTAAACAGAGTGGAGCATCGTCCACATTCTTTCCTGGGTTCTGACAGGCTAAATCTAGATAATGAGTCTACTACATC
CACGAATAAGAAAGATTTCATGGAGGCGGTTAACAAAGTAGATAATGTTCCCCATTCTTTTCTCGTGTCCAAGAAACTACATATGGACAATAAATGCAATTCATTGATAAATCAGCCATGAAATTCTGGCATCAGGATGGTTTTTAGGGATTTGCTTTCAAGCCCGC
>TRINITY_DN133342_c0_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:GAGAAGCAATACAGCGAGGGTTTGTACGAGAAATAAACTTGCATTGTGTGGGAAGCAGGTGTTTCTGGAGGCAAGTAAGGAAGGAAGGAGGAAGAGCTTTGCAGGAGCAAATTCTGTGGGGGCTTTGTTTTCTTCGGAACAAAAAAATTTAGCCTTTGGTCCTGCAGGTTCTGATTCTTGACCTTGCTACTCCACACTTA
CTGTGATTTTTTGTTCTCTTTTTCGTTTGGGTTTGGTGTTGTGTATATTTCCGGCGGGGACTTGTTAGGGTTTATGAAAACCAGATACTAGATTTGGCTCTTTAATTTTGTGGCTTCATCTGGTTAGGGGGTTAAAAAATTTGTGGGAAGTTAAATTTGGGGTTGTAAGTTGTTTTCGCGGGGTTGCAGGGCTGAATAAT
AGCTGGGGGCCAGCTTGTTCAGTCCTGAAATGGTGTCGCGAACCTAAAATATAGTGCATCGTGATAGCGATGTTGTAAATAAATAAGGAACCTGTGGGGTAAATTCATGATAGAAATGGAGAACAAAGGGGAGTATATCTCCAAGCTTGCCAGAAGCATTGTGCATAGAGTTCAAATGAAAAGAAAAGGATCTTACAAAC
ACAGTGATATATATCGTAGTGGCTTAACATCGGGTAGAGGGGCTTTAAAATTGGCTAAGGGGACGAGTGTTGTTCCTAACTCTAGAAATGGAACACGTCAAGCTGTCGGGAATGTGAAATGCTGTGATGGGTGTCGAATGGAGGGTTATTCCCGCAAGGCAATTTTGCACAATTATGGGAATTTTCGCAAGAGTGCGGTT
CCTGAGAGGCTTATGTATTATTGGAATGGCGGGTGGAATGATTTTTCCGTTGAAGCTTCAGAGTCGCTTCGGAAGGCATTCTCAGATGGCATGCCCAGTATAGAAGTGGTAATAGATGAATCGCGTTACCTCGTCGATTTTTTGCGCATGCTGCAAATAGATTTGAGGGTGGGTTGTCAAAGATCCATTGCCTGGATAGA
CAAGAATGGCTCTTGTTTTTTCCCTAAAGGCTTCTTTGAGGATAATATTGATGATGTCGACTTCGCCCCCAAAGTCGAGGTTGAGATTGAGATTCGAATAAGTGCAACTGAGGGTTCGCAGGCTGAGAAACGTCGAGTTCAGGGTAACTTGGAGCCCTTGTCCGAGGCTTCGGACACTAAAAGACATGTGCCTTCCAGTT
CTGACCCCTCATTCGCTGTTGCGAAAACTGAGAAATACGAACTTGCTAGTAACTTAGAGTCCTGGAAGGTTACCAAATCTGATCACAAGAGTAAAGTACTCTGTGATGACATTAAAGCAGACAAATTGACCAGGAAAGCATCAGTTGAGGTCCCTGCACCTACAAATGAATTGGAGAGAGGTTCGAGCCACAAAGGCAAT
GTGCCGGCTGCTTTACCCTCCAAATCATCGAAAGATTCAAAAGATGAGGAGGCTACTGGCAGTGCTGTCAATAGTTCTCAAGGATTAGAATCCAAACAGTGTTCAAGTTTAGAAGCTTCTGAATTTGAATCGTTGGGTGACAGACTGATCAAATTGGAAGATGGAAATGAAGAGTATGCGGCCGTGCAAAATCGTTTTCT
CTCCGGTTTCAGCAAAAGTGCAGTTGCAACCACTGTTACTGGTATTTATCGAAATACCCATGCAAGTGCGATGGGCCAGGTTCGACTGCACGCTTTTCGGAGGCAGGTTGAGATAACTAGGAGGTCCCGTGGTAATGCAAATGTCAGGACTGCCTGGCATGGCACTTCCAGCAAATGTGCTGCAGCAATCATACTTCATG
GTTTTAGCTTGAGCAAAACACATGATAATGGCCCATCATATGGTGTTGGTGTTTATCTTGCTCCAGAAGGTCGCTCCCATCTCAGTGCTGCATTTTCGGATATCGACAAAAATGGTGAACAACATATGGTGCTGTGTCGGGTTATTCTGGGAAATGTGGAGAGAGTCCCTCTTGGCTCTCATCAGTTCCATCCTAGTTGT
GAAAAGTTCGATTCTGGGGTTGATGATCTCACAAATCCGAAGTGTTACATTATTTGGAGCACTCACATGAACATGCATATTCTTCCGGAGTACATTGTGAGCTTTAAGGTTCCACATCAAATGCATGAATGCTGGGATGAAATGAAAGCAAAGCAAGGCATCTGTGGTGTTCCCAAAAGTTTCAGCAGTTCTCTGGAGGA
TGTTGAAGTTGCTCGCCAGGGTTCTATCTATGAGACGCACCTTTCTTCAGCTTCAGCTGAGGGAAGAAAATGCAAGACGCAAGCATCGGCAAAAGGATCAACACGAATTCCCAGTACTGCTAACATGTCATTCCCAAAGTTGTTCTCAGTCATAAGAAAGTCCATGCCTACATCTTATATGAATACATTGGAACACCTCT
ATGCTCAGTACAAGGTAGCTATTCTTCTTTTGTAGAGTTTTGTTGCCATTGATATAGCGACGCAGATTGCAGAATCAAATGCACAGAAAGTTAGATCCATGCCCCTGTGTGTAATTGTCAGGTAGGAAAAATTGGCAAAGACATCATCGTAAGGAATGTCAGAACGATTGTTGGAGATAAGTTGCTGATTGCAGCTATTC
AAAGCATTAGAGGCCAGgtacccacttttttgaattcagacgtccaggatttgaattgtttgctagcatctccagcttttgctaccaagataaactgtgtcacacaaaatattggaataatgttggattaacctgcttgttttttactttagagtcacaactaggtttacatcagctaactgggtttatataattccaat
aaaatggcctgtatatatgagttttcacatactgttgccttgtctacttttgagatgtattttgtttttgttcctcaattttttatgccatcgctcttgcattttagagttagctgtataatttttcattcttgtcatttttatgtagaaaaagatcaagttcagcatgctatatgttgctttgcagATGAAATGTACAC
AAATGTTAAACAGAGTGGAGCATCGTCCACATTCTTTCCTGGGTTCTGACAGGCTAAATCTAGATAATGAGTCTACTACATCCACGAATAAGGTACTGTAAGAAGACAAAGATTTACAAAGTGAGTTTACAGATTATCTGTCTTTAATGATAATATCTGCATTTTTTCAAATTTGTCATGCTCATTTTATGTTATTTGCC
TATAAATTTTGAAGACTATTTTTATAGCAACCATGCTCTGGTACAGTTGGAGTAATGGGAAAGTCCTTTATAAAGACAATTAAGTTCTGGCTTATGATATCTAGCACTCGGAGGATACACTGACTTTCTGTTTATTAGTAGGTGCTGGGAGTTCTTTAACATGGGTGATTAAGAGCAGTTGAAAATGGAGTTCTTAAAAA
TATGTAATTTTGGGGTATCTTTAGCAACATGCTGCAGGGTGATATGCCATTTTTCGTAGTCATAGATATGTTTTCAATTTGGAATGTGGAACTATGGTAATCTAATCCCCTACAAAGATGATTATTAGGCCCAGGTTCGCTTTTGCTGGTCCGTCCAACCAGTGTTAGGATTAATGTAGTTAGTGATGCTACTCAATGGG
GCTTGAACTCATGTTCACTGTTTGGCAAGTACCATGGCTAACCACTAGGTTACTACATTATTGGTAATAGGGATCGTGCTATTGGTCTTGTTCACGTATATTGTTATGTCTGTCTAGGTAGCCTTGTATTTGTAAAGTGTATTTTCAACTAGTTTGTGTTTTTGCTCTATGATAAATTTATTCCATTGTTGCTATTGTGC
TATTGGTCTTGTTCACATATATTGTTATGTCTTTATAGGTAACTGTGTAGTGATAAAGGATTTTGTTTGTTTTTGTTTTATATCTTTTGTGGTTGGGTTCCTTTTGTATGGATTTGTTAATGCAGTTGTAAGGCGTAAATTGTATTGTTCATCTTGTGAGTTTTTTAAGGAAGGTTTCCTTTCTCAATTCCGGCTCTCAT
TTGTTTTTGCAGAAAGATTTCATGGAGGCGGTTAACAAAGTAGATAATGTTCCCCATTCTTTTCTCGTGTCCAAGAAACTACATATGGACAATAAATGCAATTCATTGATAAATCAGACCCTTGCAATTAGGCGACAATCACAAATAAATGGCCAGAGCTCTAGCAGGCCAGGGTCCTGTTCTGATCAGAATTCAATTCA
TTGTGAGAAGGAAAATTCTTCTCCAATCACTGGGGCTGTCTAGACACCGGATTTCAAGATTAATGAATAAAGGTTCACACGTGGTTTCACATGCACCAGTTTTCAAGAATAGATTCATGGCATGCTTGATAGATTTGCAGCCATGTCCTTTTCCTCGTTGGAATTCTAGCGTTTTCAATCTTGAGTAGTAATGTCATTAA
CATGTTTCTCTCTTTTCTTAGCAAATGGAAGTATGCAGCTTTTGCATATGGTGCCAATTTAACTCATCTAAGGAAATTTCTGAACTAATTATTCCTTAGCTCTCTTTTGATTGAAGAGTCTAAAGTTTCTCTCTTCCTAAGGCAAAAATGTGCGTAATTTACACAACTTAAGGATATGTATGAAAACTGTTCTCTCTTCT
TTAATATATTATTGAGATTTTAATGATATTTATCTCTAC
Intron 3 GTAACAACAA ... TCTTTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 28.18 | 232.4 | 95.1 | 72 |
| A2 | 24.75 | 171.6 | 65.1 | 20 |
| A3 | 24.79 | 150.8 | 55.7 | 18 |
| A4 | 30.69 | 117.8 | 54.1 | 27 |
| A5 | 29.38 | 52.7 | 23.9 | 19 |
| A6 | 17.54 | 336.6 | 83.7 | 64 |
| A7 | 20.69 | 466.9 | 138.6 | 72 |
| A8 | 20.02 | 656.3 | 185.8 | 126 |
| A9 | 18.86 | 523.1 | 143.5 | 72 |
| A10 | 19.4 | 294.5 | 83.6 | 45 |
>TRINITY_DN122603_c1_g3_i2 from sample A2 / Example spliced isoformTTGCTAGCCACCGCCTAATCGACACATTGGAAAACTAACATTTTATGTTTATACTATTATTGAAAAATCTTCAAATTTAGATTTTTAATATTTTTTAAAGTATAAAATAAATGTAGATATTTTTGCGCAATATATAGGAGAGATGAACAGAGAAGCAATACAGCGAGGGTTTGTACGAGAAATAAACTTGCATTGTGTGG
GAAGCAGGTGTTTCTGGAGGCAAGTAAGGAAGGAAGGAGGAAGAGCTTTGCAGGAGCAAATTCTGTGGGGGCTTTGTTTTCTTCGGAACAAAAAAATTTAGCCTTTGGTCCTGCAGGTTCTGATTCTTGACCTTGCTACTCCACACTTACTGTGATTTTTTGTTCTCTTTTTCGTTTGGGTTTGGTGTTGTGTATATTTC
CGGCGGGGACTTGTTAGGGTTTATGAAAACCAGATACTAGATTTGGCTCTTTAATTTTGTGGCTTCATCTGGTTAGGGGGTTAAAAAATTTGTGGGAAGTTAAATTTGGGGTTGTAAGTTGTTTTCGCGGGGTTGCAGGGCTGAATAATAGCTGGGGGCCAGCTTGTTCAGTCCTGAAATGGTGTCGCGAACCTAAAATA
TAGTGCATCGTGATAGCGATGTTGTAAATAAATAAGGAACCTGTGGGGTAAATTCATGATAGAAATGGAGAACAAAGGGGAGTATATCTCCAAGCTTGCCAGAAGCATTGTGCATAGAGTTCAAATGAAAAGAAAAGGATCTCACAAACACAGTGATATATATCGTAGTGGCTTAACATCGGGTAGAGGGGCTTTAAAAT
TGGCTAAGGGGACGAGTGTTGTTCCTAACTCTAGAAATGGAACACGTCAAGCTGTCGGGAATGTGAAATGCTGTGATGGGTGTCGAATGGAGGGTTGTTCCTGCAAGGCAATTTTGCACAATTATGGGAATTTTCGCAAGAGTGCGGTTCCTGAGAGGCTTATGTATTATTGGAATGGCGGGTGGAATGATTTTTCCGTT
GAAGCTTCAGAGTCGCTTCGGAAGGCATTCTCAGATGGCATGCCCAGTATAGAAGTGGTAATAGATGAATCGCGTTACCTCGTCGATTTTTTGCGCATGCTGCAAATAGATTTGAGGGTGGGTTGTCAAAGATCCATTTCCTGGATAGACAAGAATGGCTCTTGTTTTTTCCCTAAAGGCTTCTTCGAGGATAATATTGA
TGATGTCGACTTCGCCCCCAAAGTCGAGGTTGAGATTGAGATTCGAATAAGTGCAACTGAGGGTTCGCAGGCTGAGAAACGTCGAGTTCAGGGTAACTTGGAGCCCTTGTCCGAGGCTTCGGACACTAAAAGACATGTGCCTTCCAGTTCTGACCCCTCATTCGCTGTTGCGAAAACTGAGAAATACGAACTTGCTAGTA
ACTTAGAGTCCTGGAAGGTTACCAAATCTGATCACAAGAGTAAAGTACTCTGTGATGACATTAAAGCAGACAAATTGACCAGGAAAGCATCAGTTGAGGTCCCTGCACCTACAAATGAATTGGAGAGAGGTTCGAGCCACAAAGGCAATGTGCCGGCTGCTTTACCCTCCAAATCATCGAAAGATTCAAAAGATGAGGAG
GCTACTGGCAGTGCTGTCAATAGTTCTCAAGGATTAGAATCCAAACAGTGTTCAAGTTTAGAAGCTTCTGAATTTGAATCGTTGGGTGACAGACTGATCAAATTGGAAGATGGAAATGAAGAGTATGCGGCCGTGCAAAATCGTTTTCTCTCCGGTTTCAGTAAAAGTGCAGTTGCAACCACTGTTACTGGTATTTATCG
AAATACCCATGCAAGTGCGATGGGCCAGGTTCGACTGCACGCTTTTCGGAGGCAGGTTGAGATAACTAGGAGGTCCCGTGGTAATGCAAATGTCAGGACTGCCTGGCATGGCACTTCCAGCAAATGTGCTGCAGCAATCATACTTCATGGTTTTAGCTTGAGCAAAACACATGATAATGGCCCATCATATGGTGTTGGTG
TTTATCTTGCTCCAGAAGGTCGCTCCCATCTCAGTGCTGCATTTTCGGATATCGACAAAAATGGTGAACAACACATGGTGCTGTGTCGGGTTATTCTGGGAAATGTGGAGAGAGTCCCTCTTGGCTCTCATCAGTTCCATCCTAGTTGTGAAAAGTTCGATTCTGGGGTTGATGATCTCACAAATCCGAAGTGTTACATT
ATTTGGAGCACTCACATGAACATGCATATTCTTCCGGAGTACATTGTGAGCTTTAAGGTTCCACATCAAATGCATGAATGCTGGGATGAAATGAAAGCAAAGCAAGGCATCTGTGGTGTTCCCAAAAGTTTCAGCAGTTCTCTGGAGGATGTTGAAGTTGCTCGCCAGGGTTCTATCTATGAGACGCACCTTTCTTCAGC
TTCAGCTGAGGGAAGAAAATGCAAGACGCAAGCATCTGCAAAAGGATCAACACGAATTCCCAGTACTGCTAACATGTCATTCCCAAAGTTGTTCTCAGTCATAAGAAAGTCCATGCCTACATCTTATATGAATACATTGGAACACCTCTATGCTCAGTACAAGGTAGGAAAAATTGGCAAAGACATCATCGTAAGGAATG
TCAGAACGATTGTTGGAGATAAGTTGCTGATTGCAGCTATTCAAAGCATTAGAGGCCAGATGAAATGTACACAAATGTTAAACAGAGTGGAGCATCGTCCACATTCTTTCCTGGGTTCTGACAGGCTAAATCTAGATAATGAGTCTACTACATCCACGAATAAGAAAGATTTCATGGAGGCGGTTAACAAAGTAGATAAT
GTTCCCCATTCTTTTCTCGTGTCCAAGAAACTACATATGGACAATAAATGCAATTCATTGATAAATCAGCCATGAAATTCTGGCATCAGGATGGTTTTTAGGGATTTGCTTTCAAGCTCGCACATCAGATGACAGACATTACCTAGTTTGATCTTATGATCAGTTGAAGCTGCCACTGTTCAATGATGTAATTTGATTAA
TATCTTTGACAATGTAATGGAAGGACACCATACTTCTTGTTTCTAGTACTATCTAGTTAGTAGCTATATGTTAATGTTAAAATTCAAGTGATCCATACAGATCAATAGCTTACTGCCTGATAATATCTCAGTAATAGCTGTTACACTTGGTTACGTTTAGAAGGTACTAACTAAAATCCACTGAATATGGTGGACATCTG
CTGCATGGAGGACAAGGTTCCTTTTCACACTCTTATATATAGGGTCTATCTTCTGTTTTCTTTTTCAGAGTGTCATGATGCATGGAGATGAAAATAACATTCTTCTCAAAGGATTTCCTTCGCCATTTCTTGGCATGGCAATGATGATTTAAAGTCATCTAGTTTGGATTACCTGATAATGGCTTTGGAAGGTTAATGTT
TAGGATATGAGATGACTTTTCCAATTTGATATGGCAAGAAGCGCCTTAATGAAGTTTCTATTTGTGGGATTTAGTTTGTGAATTTCTCAAAGTTCAGAAATGAAAAACTTGGATTTTGTATAAAGTTAGAATCATTTGAATCCCACGAGGTTGGTTTCATGTGGAAATGGTGCAAGATTTTGATTGGATTTCATACAATA
TGGTAACTTTTAAACTAAATTTAACCCAATAAAGCTATTCTACTGAATATAGAAAACTATAAAATTGAAAGAAAATATGTGCAGCATGAAGGCTCAAAAACACTGATCTCATACTTATTTTTATTGTGATGTGAGAAAAGGAATAAATTTATGACATTTTGGTTTTAAGAAAATTTTTCTGTTCGAAGAAGAAACTAGAC
TTGAAAATTGAAAGGAAAAGGAAGCCATAGGCTTGACAGGACAAATTGAGGCATGAAGGCATCGAATTCTCATTTCTATTTGTAAAATGCTTAAGTGCAAAGAAAATTAGGAAACAAGAAATAATAAAAAGAGACATCAAAGAGTTGTGGAATATCTCTAGTAATGAGTGCTGATATTTTGTGTGATGACATGGTCATAG
GGAGGAGAGTTATGCCCTCATTATAGTACGGGGTTTGAAAAATGTAAAATTGACTTCTGCCTAGAAAGTACAAGGGCTAGAAACATTCAAGAAGGATAACCCATAGCTAGGATGCAAAACATAATTGATGATTGTGATTCTAGAAAACATTGAACATGGATTTGAAGGGACTATATAAGGAAATGGAGGAAAGGGCAGAT
GTGGAGTAATGATGCTGAAGTGATGTAGGAAATTTTACAACTACAGAACTTATTACTTGACCACAAAAATAG
>TRINITY_DN122603_c1_g3_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:TTGCTAGCCACCGCCTAATCGACACATTGGAAAACTAACATTTTATGTTTATACTATTATTGAAAAATCTTCAAATTTAGATTTTTAATATTTTTTAAAGTATAAAATAAATGTAGATATTTTTGCGCAATATATAGGAGAGATGAACAGAGAAGCAATACAGCGAGGGTTTGTACGAGAAATAAACTTGCATTGTGTGG
GAAGCAGGTGTTTCTGGAGGCAAGTAAGGAAGGAAGGAGGAAGAGCTTTGCAGGAGCAAATTCTGTGGGGGCTTTGTTTTCTTCGGAACAAAAAAATTTAGCCTTTGGTCCTGCAGGTTCTGATTCTTGACCTTGCTACTCCACACTTACTGTGATTTTTTGTTCTCTTTTTCGTTTGGGTTTGGTGTTGTGTATATTTC
CGGCGGGGACTTGTTAGGGTTTATGAAAACCAGATACTAGATTTGGCTCTTTAATTTTGTGGCTTCATCTGGTTAGGGGGTTAAAAAATTTGTGGGAAGTTAAATTTGGGGTTGTAAGTTGTTTTCGCGGGGTTGCAGGGCTGAATAATAGCTGGGGGCCAGCTTGTTCAGTCCTGAAATGGTGTCGCGAACCTAAAATA
TAGTGCATCGTGATAGCGATGTTGTAAATAAATAAGGAACCTGTGGGGTAAATTCATGATAGAAATGGAGAACAAAGGGGAGTATATCTCCAAGCTTGCCAGAAGCATTGTGCATAGAGTTCAAATGAAAAGAAAAGGATCTCACAAACACAGTGATATATATCGTAGTGGCTTAACATCGGGTAGAGGGGCTTTAAAAT
TGGCTAAGGGGACGAGTGTTGTTCCTAACTCTAGAAATGGAACACGTCAAGCTGTCGGGAATGTGAAATGCTGTGATGGGTGTCGAATGGAGGGTTGTTCCTGCAAGGCAATTTTGCACAATTATGGGAATTTTCGCAAGAGTGCGGTTCCTGAGAGGCTTATGTATTATTGGAATGGCGGGTGGAATGATTTTTCCGTT
GAAGCTTCAGAGTCGCTTCGGAAGGCATTCTCAGATGGCATGCCCAGTATAGAAGTGGTAATAGATGAATCGCGTTACCTCGTCGATTTTTTGCGCATGCTGCAAATAGATTTGAGGGTGGGTTGTCAAAGATCCATTTCCTGGATAGACAAGAATGGCTCTTGTTTTTTCCCTAAAGGCTTCTTCGAGGATAATATTGA
TGATGTCGACTTCGCCCCCAAAGTCGAGGTTGAGATTGAGATTCGAATAAGTGCAACTGAGGGTTCGCAGGCTGAGAAACGTCGAGTTCAGGGTAACTTGGAGCCCTTGTCCGAGGCTTCGGACACTAAAAGACATGTGCCTTCCAGTTCTGACCCCTCATTCGCTGTTGCGAAAACTGAGAAATACGAACTTGCTAGTA
ACTTAGAGTCCTGGAAGGTTACCAAATCTGATCACAAGAGTAAAGTACTCTGTGATGACATTAAAGCAGACAAATTGACCAGGAAAGCATCAGTTGAGGTCCCTGCACCTACAAATGAATTGGAGAGAGGTTCGAGCCACAAAGGCAATGTGCCGGCTGCTTTACCCTCCAAATCATCGAAAGATTCAAAAGATGAGGAG
GCTACTGGCAGTGCTGTCAATAGTTCTCAAGGATTAGAATCCAAACAGTGTTCAAGTTTAGAAGCTTCTGAATTTGAATCGTTGGGTGACAGACTGATCAAATTGGAAGATGGAAATGAAGAGTATGCGGCCGTGCAAAATCGTTTTCTCTCCGGTTTCAGTAAAAGTGCAGTTGCAACCACTGTTACTGGTATTTATCG
AAATACCCATGCAAGTGCGATGGGCCAGGTTCGACTGCACGCTTTTCGGAGGCAGGTTGAGATAACTAGGAGGTCCCGTGGTAATGCAAATGTCAGGACTGCCTGGCATGGCACTTCCAGCAAATGTGCTGCAGCAATCATACTTCATGGTTTTAGCTTGAGCAAAACACATGATAATGGCCCATCATATGGTGTTGGTG
TTTATCTTGCTCCAGAAGGTCGCTCCCATCTCAGTGCTGCATTTTCGGATATCGACAAAAATGGTGAACAACACATGGTGCTGTGTCGGGTTATTCTGGGAAATGTGGAGAGAGTCCCTCTTGGCTCTCATCAGTTCCATCCTAGTTGTGAAAAGTTCGATTCTGGGGTTGATGATCTCACAAATCCGAAGTGTTACATT
ATTTGGAGCACTCACATGAACATGCATATTCTTCCGGAGTACATTGTGAGCTTTAAGGTTCCACATCAAATGCATGAATGCTGGGATGAAATGAAAGCAAAGCAAGGCATCTGTGGTGTTCCCAAAAGTTTCAGCAGTTCTCTGGAGGATGTTGAAGTTGCTCGCCAGGGTTCTATCTATGAGACGCACCTTTCTTCAGC
TTCAGCTGAGGGAAGAAAATGCAAGACGCAAGCATCTGCAAAAGGATCAACACGAATTCCCAGTACTGCTAACATGTCATTCCCAAAGTTGTTCTCAGTCATAAGAAAGTCCATGCCTACATCTTATATGAATACATTGGAACACCTCTATGCTCAGTACAAGGTAGGAAAAATTGGCAAAGACATCATCGTAAGGAATG
TCAGAACGATTGTTGGAGATAAGTTGCTGATTGCAGCTATTCAAAGCATTAGAGGCCAGATGAAATGTACACAAATGTTAAACAGAGTGGAGCATCGTCCACATTCTTTCCTGGGTTCTGACAGGCTAAATCTAGATAATGAGTCTACTACATCCACGAATAAGAAAGATTTCATGGAGGCGGTTAACAAAGTAGATAAT
GTTCCCCATTCTTTTCTCGTGTCCAAGAAACTACATATGGACAATAAATGCAATTCATTGATAAATCAGgtaacaacaatctttttaataaaagaaaaatgatccacttttaatatgaatacatcatatgtctatttaaaaatggttaatgttgaaattgaaaaaggtagcttggaagatctcagaaataatctatcaag
tgtgttttggtatggttgaaaaataaggaatgttccttttcagccataaaaattgatacataaatttaaaatttaatgcgatcaaatttctttttcagCCATGAAATTCTGGCATCAGGATGGTTTTTAGGGATTTGCTTTCAAGCTCGCACATCAGATGACAGACATTACCTAGTTTGATCTTATGATCAGTTGAAGCT
GCCACTGTTCAATGATGTAATTTGATTAATATCTTTGACAATGTAATGGAAGGACACCATACTTCTTGTTTCTAGTACTATCTAGTTAGTAGCTATATGTTAATGTTAAAATTCAAGTGATCCATACAGATCAATAGCTTACTGCCTGATAATATCTCAGTAATAGCTGTTACACTTGGTTACGTTTAGAAGGTACTAAC
TAAAATCCACTGAATATGGTGGACATCTGCTGCATGGAGGACAAGGTTCCTTTTCACACTCTTATATATAGGGTCTATCTTCTGTTTTCTTTTTCAGAGTGTCATGATGCATGGAGATGAAAATAACATTCTTCTCAAAGGATTTCCTTCGCCATTTCTTGGCATGGCAATGATGATTTAAAGTCATCTAGTTTGGATTA
CCTGATAATGGCTTTGGAAGGTTAATGTTTAGGATATGAGATGACTTTTCCAATTTGATATGGCAAGAAGCGCCTTAATGAAGTTTCTATTTGTGGGATTTAGTTTGTGAATTTCTCAAAGTTCAGAAATGAAAAACTTGGATTTTGTATAAAGTTAGAATCATTTGAATCCCACGAGGTTGGTTTCATGTGGAAATGGT
GCAAGATTTTGATTGGATTTCATACAATATGGTAACTTTTAAACTAAATTTAACCCAATAAAGCTATTCTACTGAATATAGAAAACTATAAAATTGAAAGAAAATATGTGCAGCATGAAGGCTCAAAAACACTGATCTCATACTTATTTTTATTGTGATGTGAGAAAAGGAATAAATTTATGACATTTTGGTTTTAAGAA
AATTTTTCTGTTCGAAGAAGAAACTAGACTTGAAAATTGAAAGGAAAAGGAAGCCATAGGCTTGACAGGACAAATTGAGGCATGAAGGCATCGAATTCTCATTTCTATTTGTAAAATGCTTAAGTGCAAAGAAAATTAGGAAACAAGAAATAATAAAAAGAGACATCAAAGAGTTGTGGAATATCTCTAGTAATGAGTGC
TGATATTTTGTGTGATGACATGGTCATAGGGAGGAGAGTTATGCCCTCATTATAGTACGGGGTTTGAAAAATGTAAAATTGACTTCTGCCTAGAAAGTACAAGGGCTAGAAACATTCAAGAAGGATAACCCATAGCTAGGATGCAAAACATAATTGATGATTGTGATTCTAGAAAACATTGAACATGGATTTGAAGGGAC
TATATAAGGAAATGGAGGAAAGGGCAGATGTGGAGTAATGATGCTGAAGTGATGTAGGAAATTTTACAACTACAGAACTTATTACTTGACCACAAAAATAG
Intron 4 GTAATGTTCC ... ACTGCTATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 16.73 | 418 | 84 | 42 |
| A2 | 13.74 | 383 | 61 | 29 |
| A3 | 13.18 | 382 | 58 | 35.5 |
| A4 | 15.61 | 319 | 59 | 40.5 |
| A5 | 19.59 | 156 | 38 | 17 |
| A6 | 13.76 | 395 | 63 | 44 |
| A7 | 12.67 | 717 | 104 | 69 |
| A8 | 14.66 | 710 | 122 | 73.5 |
| A9 | 13.09 | 704 | 106 | 68 |
| A10 | 13.04 | 580 | 87 | 40 |
>TRINITY_DN133342_c0_g1_i5 from sample A1 / Example spliced isoformGAGAAGCAATACAGCGAGGGTTTGTACGAGAAATAAACTTGCATTGTGTGGGAAGCAGGTGTTTCTGGAGGCAAGTAAGGAAGGAAGGAGGAAGAGCTTTGCAGGAGCAAATTCTGTGGGGGCTTTGTTTTCTTCGGAACAAAAAAATTTAGCCTTTGGTCCTGCAGGTTCTGATTCTTGACCTTGCTACTCCACACTTA
CTGTGATTTTTTGTTCTCTTTTTCGTTTGGGTTTGGTGTTGTGTATATTTCCGGCGGGGACTTGTTAGGGTTTATGAAAACCAGATACTAGATTTGGCTCTTTAATTTTGTGGCTTCATCTGGTTAGGGGGTTAAAAAATTTGTGGGAAGTTAAATTTGGGGTTGTAAGTTGTTTTCGCGGGGTTGCAGGGCTGAATAAT
AGCTGGGGGCCAGCTTGTTCAGTCCTGAAATGGTGTCGCGAACCTAAAATATAGTGCATCGTGATAGCGATGTTGTAAATAAATAAGGAACCTGTGGGGTAAATTCATGATAGAAATGGAGAACAAAGGGGAGTATATCTCCAAGCTTGCCAGAAGCATTGTGCATAGAGTTCAAATGAAAAGAAAAGGATCTTACAAAC
ACAGTGATATATATCGTAGTGGCTTAACATCGGGTAGAGGGGCTTTAAAATTGGCTAAGGGGACGAGTGTTGTTCCTAACTCTAGAAATGGAACACGTCAAGCTGTCGGGAATGTGAAATGCTGTGATGGGTGTCGAATGGAGGGTTATTCCCGCAAGGCAATTTTGCACAATTATGGGAATTTTCGCAAGAGTGCGGTT
CCTGAGAGGCTTATGTATTATTGGAATGGCGGGTGGAATGATTTTTCCGTTGAAGCTTCAGAGTCGCTTCGGAAGGCATTCTCAGATGGCATGCCCAGTATAGAAGTGGTAATAGATGAATCGCGTTACCTCGTCGATTTTTTGCGCATGCTGCAAATAGATTTGAGGGTGGGTTGTCAAAGATCCATTGCCTGGATAGA
CAAGAATGGCTCTTGTTTTTTCCCTAAAGGCTTCTTTGAGGATAATATTGATGATGTCGACTTCGCCCCCAAAGTCGAGGTTGAGATTGAGATTCGAATAAGTGCAACTGAGGGTTCGCAGGCTGAGAAACGTCGAGTTCAGGGTAACTTGGAGCCCTTGTCCGAGGCTTCGGACACTAAAAGACATGTGCCTTCCAGTT
CTGACCCCTCATTCGCTGTTGCGAAAACTGAGAAATACGAACTTGCTAGTAACTTAGAGTCCTGGAAGGTTACCAAATCTGATCACAAGAGTAAAGTACTCTGTGATGACATTAAAGCAGACAAATTGACCAGGAAAGCATCAGTTGAGGTCCCTGCACCTACAAATGAATTGGAGAGAGGTTCGAGCCACAAAGGCAAT
GTGCCGGCTGCTTTACCCTCCAAATCATCGAAAGATTCAAAAGATGAGGAGGCTACTGGCAGTGCTGTCAATAGTTCTCAAGGATTAGAATCCAAACAGTGTTCAAGTTTAGAAGCTTCTGAATTTGAATCGTTGGGTGACAGACTGATCAAATTGGAAGATGGAAATGAAGAGTATGCGGCCGTGCAAAATCGTTTTCT
CTCCGGTTTCAGCAAAAGTGCAGTTGCAACCACTGTTACTGGTATTTATCGAAATACCCATGCAAGTGCGATGGGCCAGGTTCGACTGCACGCTTTTCGGAGGCAGGTTGAGATAACTAGGAGGTCCCGTGGTAATGCAAATGTCAGGACTGCCTGGCATGGCACTTCCAGCAAATGTGCTGCAGCAATCATACTTCATG
GTTTTAGCTTGAGCAAAACACATGATAATGGCCCATCATATGGTGTTGGTGTTTATCTTGCTCCAGAAGGTCGCTCCCATCTCAGTGCTGCATTTTCGGATATCGACAAAAATGGTGAACAACATATGGTGCTGTGTCGGGTTATTCTGGGAAATGTGGAGAGAGTCCCTCTTGGCTCTCATCAGTTCCATCCTAGTTGT
GAAAAGTTCGATTCTGGGGTTGATGATCTCACAAATCCGAAGTGTTACATTATTTGGAGCACTCACATGAACATGCATATTCTTCCGGAGTACATTGTGAGCTTTAAGGTTCCACATCAAATGCATGAATGCTGGGATGAAATGAAAGCAAAGCAAGGCATCTGTGGTGTTCCCAAAAGTTTCAGCAGTTCTCTGGAGGA
TGTTGAAGTTGCTCGCCAGGGTTCTATCTATGAGACGCACCTTTCTTCAGCTTCAGCTGAGGGAAGAAAATGCAAGACGCAAGCATCGGCAAAAGGATCAACACGAATTCCCAGTACTGCTAACATGTCATTCCCAAAGTTGTTCTCAGTCATAAGAAAGTCCATGCCTACATCTTATATGAATACATTGGAACACCTCT
ATGCTCAGTACAAGGTAGCTATTCTTCTTTTGTAGAGTTTTGTTGCCATTGATATAGCGACGCAGATTGCAGAATCAAATGCACAGAAAGTTAGATCCATGCCCCTGTGTGTAATTGTCAGGTAGGAAAAATTGGCAAAGACATCATCGTAAGGAATGTCAGAACGATTGTTGGAGATAAGTTGCTGATTGCAGCTATTC
AAAGCATTAGAGGCCAGGTACCCACTTTTTTGAATTCAGACGTCCAGGATTTGAATTGTTTGCTAGCATCTCCAGCTTTTGCTACCAAGATAAACTGTGTCACACAAAATATTGGAATAATGTTGGATTAACCTGCTTGTTTTTTACTTTAGAGTCACAACTAGGTTTACATCAGCTAACTGGGTTTATATAATTCCAAT
AAAATGGCCTGTATATATGAGTTTTCACATACTGTTGCCTTGTCTACTTTTGAGATGTATTTTGTTTTTGTTCCTCAATTTTTTATGCCATCGCTCTTGCATTTTAGAGTTAGCTGTATAATTTTTCATTCTTGTCATTTTTATGTAGAAAAAGATCAAGTTCAGCATGCTATATGTTGCTTTGCAGATGAAATGTACAC
AAATGTTAAACAGAGTGGAGCATCGTCCACATTCTTTCCTGGGTTCTGACAGGCTAAATCTAGATAATGAGTCTACTACATCCACGAATAAGGTACTGTAAGAAGACAAAGATTTACAAAGTGAGTTTACAGATTATCTGTCTTTAATGATAATATCTGCATTTTTTCAAATTTGTCATGCTCATTTTATGTTATTTGCC
TATAAATTTTGAAGACTATTTTTATAGCAACCATGCTCTGGTACAGTTGGAGTAATGGGAAAGTCCTTTATAAAGACAATTAAGTTCTGGCTTATGATATCTAGCACTCGGAGGATACACTGACTTTCTGTTTATTAGTAGGTGCTGGGAGTTCTTTAACATGGGTGATTAAGAGCAGTTGAAAATGGAGTTCTTAAAAA
TATGTAATTTTGGGGTATCTTTAGCAACATGCTGCAGGGTGATATGCCATTTTTCGTAGTCATAGATATGTTTTCAATTTGGAATGTGGAACTATGGTAATCTAATCCCCTACAAAGATGATTATTAGGCCCAGGTTCGCTTTTGCTGGTCCGTCCAACCAGTGTTAGGATTAATGTAGTTAGTGATGCTACTCAATGGG
GCTTGAACTCATGTTCACTGTTTGGCAAGTACCATGGCTAACCACTAGGTTACTACATTATTGGTAATAGGGATCGTGCTATTGGTCTTGTTCACGTATATTGTTATGTCTGTCTAGGTAGCCTTGTATTTGTAAAGTGTATTTTCAACTAGTTTGTGTTTTTGCTCTATGATAAATTTATTCCATTGTTGCTATTGTGC
TATTGGTCTTGTTCACATATATTGTTATGTCTTTATAGGTAACTGTGTAGTGATAAAGGATTTTGTTTGTTTTTGTTTTATATCTTTTGTGGTTGGGTTCCTTTTGTATGGATTTGTTAATGCAGTTGTAAGGCGTAAATTGTATTGTTCATCTTGTGAGTTTTTTAAGGAAGGTTTCCTTTCTCAATTCCGGCTCTCAT
TTGTTTTTGCAGAAAGATTTCATGGAGGCGGTTAACAAAGTAGATAATGTTCCCCATTCTTTTCTCGTGTCCAAGAAACTACATATGGACAATAAATGCAATTCATTGATAAATCAGACCCTTGCAATTAGGCGACAATCACAAATAAATGGCCAGAGCTCTAGCAGGCCAGGGTCCTGTTCTGATCAGAATTCAATTCA
TTGTGAGAAGGAAAATTCTTCTCCAATCACTGGGGCTGTCTAGACACCGGATTTCAAGATTAATGAATAAAGGTTCACACGTGGTTTCACATGCACCAGTTTTCAAGAATAGATTCATGGCATGCTTGATAGATTTGCAGCCATGTCCTTTTCCTCGTTGGAATTCTAGCGTTTTCAATCTTGAGTAGTAATGTCATTAA
CATGTTTCTCTCTTTTCTTAGCAAATGGAAGTATGCAGCTTTTGCATATGGTGCCAATTTAACTCATCTAAGGAAATTTCTGAACTAATTATTCCTTAGCTCTCTTTTGATTGAAGAGTCTAAAGTTTCTCTCTTCCTAAGGCAAAAATGTGCGTAATTTACACAACTTAAGGATATGTATGAAAACTGTTCTCTCTTCT
TTAATATATTATTGAGATTTTAATGATATTTATCTCTAC
>TRINITY_DN133342_c0_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:GAGAAGCAATACAGCGAGGGTTTGTACGAGAAATAAACTTGCATTGTGTGGGAAGCAGGTGTTTCTGGAGGCAAGTAAGGAAGGAAGGAGGAAGAGCTTTGCAGGAGCAAATTCTGTGGGGGCTTTGTTTTCTTCGGAACAAAAAAATTTAGCCTTTGGTCCTGCAGGTTCTGATTCTTGACCTTGCTACTCCACACTTA
CTGTGATTTTTTGTTCTCTTTTTCGTTTGGGTTTGGTGTTGTGTATATTTCCGGCGGGGACTTGTTAGGGTTTATGAAAACCAGATACTAGATTTGGCTCTTTAATTTTGTGGCTTCATCTGGTTAGGGGGTTAAAAAATTTGTGGGAAGTTAAATTTGGGGTTGTAAGTTGTTTTCGCGGGGTTGCAGGGCTGAATAAT
AGCTGGGGGCCAGCTTGTTCAGTCCTGAAATGGTGTCGCGAACCTAAAATATAGTGCATCGTGATAGCGATGTTGTAAATAAATAAGGAACCTGTGGGGTAAATTCATGATAGAAATGGAGAACAAAGGGGAGTATATCTCCAAGCTTGCCAGAAGCATTGTGCATAGAGTTCAAATGAAAAGAAAAGGATCTTACAAAC
ACAGTGATATATATCGTAGTGGCTTAACATCGGGTAGAGGGGCTTTAAAATTGGCTAAGGGGACGAGTGTTGTTCCTAACTCTAGAAATGGAACACGTCAAGCTGTCGGGAATGTGAAATGCTGTGATGGGTGTCGAATGGAGGGTTATTCCCGCAAGGCAATTTTGCACAATTATGGGAATTTTCGCAAGAGTGCGGTT
CCTGAGAGGCTTATGTATTATTGGAATGGCGGGTGGAATGATTTTTCCGTTGAAGCTTCAGAGTCGCTTCGGAAGGCATTCTCAGATGGCATGCCCAGTATAGAAGTGGTAATAGATGAATCGCGTTACCTCGTCGATTTTTTGCGCATGCTGCAAATAGATTTGAGGGTGGGTTGTCAAAGATCCATTGCCTGGATAGA
CAAGAATGGCTCTTGTTTTTTCCCTAAAGGCTTCTTTGAGGATAATATTGATGATGTCGACTTCGCCCCCAAAGTCGAGGTTGAGATTGAGATTCGAATAAGTGCAACTGAGGGTTCGCAGGCTGAGAAACGTCGAGTTCAGGGTAACTTGGAGCCCTTGTCCGAGGCTTCGGACACTAAAAGACATGTGCCTTCCAGTT
CTGACCCCTCATTCGCTGTTGCGAAAACTGAGAAATACGAACTTGCTAGTAACTTAGAGTCCTGGAAGGTTACCAAATCTGATCACAAGAGTAAAGTACTCTGTGATGACATTAAAGCAGACAAATTGACCAGGAAAGCATCAGTTGAGGTCCCTGCACCTACAAATGAATTGGAGAGAGGTTCGAGCCACAAAGGCAAT
GTGCCGGCTGCTTTACCCTCCAAATCATCGAAAGATTCAAAAGATGAGGAGGCTACTGGCAGTGCTGTCAATAGTTCTCAAGGATTAGAATCCAAACAGTGTTCAAGTTTAGAAGCTTCTGAATTTGAATCGTTGGGTGACAGACTGATCAAATTGGAAGATGGAAATGAAGAGTATGCGGCCGTGCAAAATCGTTTTCT
CTCCGGTTTCAGCAAAAGTGCAGTTGCAACCACTGTTACTGGTATTTATCGAAATACCCATGCAAGTGCGATGGGCCAGGTTCGACTGCACGCTTTTCGGAGGCAGGTTGAGATAACTAGGAGGTCCCGTGGTAATGCAAATGTCAGGACTGCCTGGCATGGCACTTCCAGCAAATGTGCTGCAGCAATCATACTTCATG
GTTTTAGCTTGAGCAAAACACATGATAATGGCCCATCATATGGTGTTGGTGTTTATCTTGCTCCAGAAGGTCGCTCCCATCTCAGTGCTGCATTTTCGGATATCGACAAAAATGGTGAACAACATATGGTGCTGTGTCGGGTTATTCTGGGAAATGTGGAGAGAGTCCCTCTTGGCTCTCATCAGTTCCATCCTAGTTGT
GAAAAGTTCGATTCTGGGGTTGATGATCTCACAAATCCGAAGTGTTACATTATTTGGAGCACTCACATGAACATGCATATTCTTCCGGAGTACATTGTGAGCTTTAAGGTTCCACATCAAATGCATGgtaatgttcccattttaccttttcttgtgccatatgacgaatgataaatatttcacaaacttggttaactgtt
ccagttagcatgcataggccccagctgaatactagctaaatattgatgtcttactgctatagAATGCTGGGATGAAATGAAAGCAAAGCAAGGCATCTGTGGTGTTCCCAAAAGTTTCAGCAGTTCTCTGGAGGATGTTGAAGTTGCTCGCCAGGGTTCTATCTATGAGACGGTAACTAATATGACTTGGAATAGTGTCT
ATTTTTATAGGCAATTGAATGTATAAATTTGGGAGATGTATTACTGCTTCTTCTTTCTTAGATTTACACTAAACCTATAGGTGACATGTAATTGGTAGTGTGGTGGCAATTTCCATTTTCCTTTATGCACTGGAGGTTTTATCTCTCCTACAGGTTAATGTAAGTCATTAGTTCTTGGTTTTATCCTATTGGCAATTTCT
TTTGGTTTGATACTGCTTATATTGGTTTCCAGCACCTTTCTTCAGCTTCAGCTGAGGGAAGAAAATGCAAGACGCAAGCATCGGCAAAAGGATCAACACGAATTCCCAGTACTGCTAACATGTCATTCCCAAAGTTGTTCTCAGTCATAAGAAAGTCCATGCCTACATCTTATATGAATACATTGGAACACCTCTATGCT
CAGTACAAGGTAGGAAAAATTGGCAAAGACATCATCGTAAGGAATGTCAGAACGATTGTTGGAGATAAGTTGCTGATTGCAGCTATTCAAAGCATTAGAGGCCAGATGAAATGTACACAAATGTTAAACAGAGTGGAGCATCGTCCACATTCTTTCCTGGGTTCTGACAGGCTAAATCTAGATAATGAGTCTACTACATC
CACGAATAAGAAAGATTTCATGGAGGCGGTTAACAAAGTAGATAATGTTCCCCATTCTTTTCTCGTGTCCAAGAAACTACATATGGACAATAAATGCAATTCATTGATAAATCAGCCATGAAATTCTGGCATCAGGATGGTTTTTAGGGATTTGCTTTCAAGCCCGC
Intron 5 GTATGTCGTG ... GCCATGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 78.95 | 2 | 10 | 5 |
| A2 | 100 | 0 | 6 | 3 |
| A3 | 100 | 0 | 4 | 3 |
| A4 | 63.64 | 2 | 6 | 1 |
| A5 | 100 | 0 | 10 | 2 |
| A6 | 71.43 | 1 | 0 | 5 |
| A7 | 40.74 | 8 | 10 | 1 |
| A8 | 74.45 | 3 | 2 | 15.5 |
| A9 | 86.67 | 1 | 5 | 8 |
| A10 | 33.33 | 3 | 2 | 1 |
>TRINITY_DN48852_c0_g2_i4 from sample A7 / Example spliced isoformCGCGGGCATTGTTGACTTTTGCAGAAGCCGATGCCTATTTTTAAGGGGGAGCTTGCTTTCGCCCCAAGCAAAGAAAAGCAAAAAGACTTTAAAAAATTATAAAGAGACTTTAATAACTCAAACAGTTTGGTGGGGTCAGGCGGTTAGCTTGACGGCCAAGTTCAATTGCTAGCCACCGCCTAATCGACACATTGGAAAAC
TAACATTTTATGTTTATACTATTATTGAAAAATCTTCAAATTTAGATTTTTAATATTTTTTAAAGTATAAAATAAATGTAGATATTTTTGCGCAATATATAGGAGAGATGAACAGAGAAGCAATACAGCGAGGGTTTGTACGAGAAATAAACTTGCATTGTGTGGGAAGCAGGTGTTTCTGGAGGCAAGTAAGGAAGGAA
GGAGGAAGAGCTTTGCAGGAGCAAATTCTGTGGGGGCTTTGTTTTCTTCGGAACAAAAAAATTTAGCCTTTGGTCCTGCAGGTTCTGATTCTTGACCTTGCTACTCCACACTTACTGTGATTTTTTGTTCTCTTTTTCGTTTGGGTTTGGTGTTGTGTATATTTCCGGCGGGGACTTGTTAGGGTTTATGAAAACCAGAT
ACTAGATTTGGCTCTTTAATTTTGTGGCTTCATCTGGTTAGGGGGTTAAAAAATTTGTGGGAAGTTAAATTTGGGGTTGTAAGTTGTTTTCGCGGGGTTGCAGGGCTGAATAATAGCTGGGGGCCAGCTTGTTCAGTCCTGAAATGGTGTCGCGAACCTAAAATATAGTGCATCGTGATAGCGATGTTGTAAATAAATAA
GGAACCTGTGGGGTAAATTCATGATAGAAATGGAGAACAAAGGGGAGTATATCTCCAAGCTTGCCAGAAGCATTGTGCATAGAGTTCAAATGAAAAGAAAAGGATCTTACAAACACAGTGATATATATCGTAGTGGCTTAACATCGGGTAGAGGGGCTTTGAAATTGGCTAAGGGGACGAGTGTTGTTCCTAACTCTAGA
AATGGAACACGTCAAGCTGTCGGGAATGTGAAATGCTGTGATGGGTGTCGAATGGAGGGTTGTTCCTGCAAGGCAATTTTGCACAATTATGGGAATTTTCGCAAGAGTGCGGTTCCTGAGAGGCTTATGTATTATTGGAATGGCGGGTGGAATGATTTTTCCGTTGAAGCTTCAGAGTCGCTTCGGAAGGCATTCTCAGA
TGGCATGCCCAGTATAGAAGTGGTAATAGATGAATCGCGTTACCTCGTCGATTTTTTGCGCATGCTGCAAATAGATTTGAGGGTGGGTTGTCAAAGATCCATTGCCTGGATAGACAAGAATGGCTCTTGTTTTTTCCCTAAAGGCTTCTTTGAGGATAATATTGATGATGTCGACTTCGCCCCCAAAGTCGAGGTTGAGA
TCGAGATTCGAATAAGTGCAACTGAGGGTTCGCAGGCTGAGAAACGTCGAGTTCAGGGTAACTTGGAGCCCTTGTCCGAGGCTTCGGACACTAAAAGACATGTGCCTTCCAGTTCTGACCCCTCATTCGCTGTTGCGAAAACTGAGAAATACGAACTTGCTAGTAACTTAGAGTCCTGGAAGGTTACCAAATCTGATCAC
AAGAGTAAAGTACTCTGTGATGACATTAAAGCAGACAAATTGACCAGGAAAGCATCAGTTGAGGTCCCTGCACCTACAAATGAATTGGAGAGAGGTTCGAGCCACAAAGGCAATGTGCCGGCTGCTTTACCCTCCAAATCATCGAAAGATTCAAAAGATGAGGAGGCTACTGGCAGTGCTGTCAATAGTTCTCAAGGATT
AGAATCCAAACAGTGTTCAAGTTTAGAAGCTTCTGAATTTGAATCGTTGGGTGACAGACTGATCAAATTGGAAGATGGAAATGAAGAGTATGCGGCCGTGCAAAATCGTTTTCTCTCCGGTTTCAGTAAAAGTGCAGTTGCAACCACTGTTACTGGTATTTATCGAAATACCCATGCAAGTGCGATGGGCCAGGTTCGAC
TGCACGCTTTTCGGAGGCAGGTTGAGATAACTAGGAGGTCCCGTGGTAATGCAAATGTCAGGACTGCCTGGCATGGCACTTCCAGCAAATGTGCTGCAGCAATCATACTTCATGGTTTTAGCTTGAGCAAAACACATGATAATGGCCCATCATATGGTGTTGGTGTTTATCTTGCTCCAGAAGGTCGCTCCCATCTCAGT
GCTGCATTTTCGGATATCGACAAAAATGGTGAACAACACATGGTGCTGTGTCGGGTTATTCTGGGAAATGTGGAGAGAGTCCCTCTTGGCTCTCATCAGTTCCATCCTAGTTGTGAAAAGTTCGATTCTGGGGTTGATGATCTCACAAATCCGAAGTGTTACATTATTTGGAGCACTCACATGAACATGCATATTCTTCC
GGAGTACATTGTGAGCTTTAAGGTTCCACATCAAATGCATGAATGCTGGGATGAAATGAAAGCAAAGCAAGGCATCTGTGGTGTTCCCAAAAGTTTCAGCAGTTCTCTGGAGGATGTTGAAGTTGCTCGCCAGGGTTCTATCTATGAGACGCACCTTTCTTCAGCTTCAGCTGAGGGAAGAAAATGCAAGACGCAAGCAT
CTGCAAAAGGATCAACACGAATTCCCAGTACTGCTAACATGTCATTCCCAAAGTTGTTCTCAGTCATAAGAAAGTCCATGCCTACATCTTATATGAATACATTGGAACACCTCTATGCTCAGTACAAGGTAGGAAAAATTGGCAAAGACATCATCGTAAGGAATGTCAGAATGATTGTTGGAGATAAGTTGCTGATTGCA
GCTATTCAAAGCATTAGAGGCCAGATGAAATGTACACAAATGTTAAACAGAGTGGAGCATCGTCCACATTCTTTCCTGGGTTCTGACAGGCTAAATCTAGATAATGAGTCTACTACATCCACGAATAAGAAAGATTTCATGGAGGCGGTTAACAAAGTAGATAATGTTCCCCATTCTTTGCTCGTGTCCAAGAAACTACA
TATGGACAATAAATGCAATTCATTGATAAATCAGACCCTTGCAATTAGGCGACAATCACAAATAAATGGTCAGAGCTCTAGTAGGCCAGGGTCCTGTTCTGATCAGAATTCAATTCATTGTGAGAAGGAAAATTCTTCTCCAATCACTGGGGCAGCAAGAATCGAGCTTCATCATTTCAAGAGTTAAATACTGGTTATCA
AAAAACACCTGAGAAACAATGGTGGTGCGTCAAATTCAAAAGTGGCATGGGTCGTGTAAGGCAGCAAGAATTGAGCTTCATCATTCAAGAGTTAAACCCTGGTCATCAAGGAAACCTGAGAAACAATGGAGGTGCATCAAATTCAAAAGTGACAAGGGTCGAGTAAGACTGGATTGCAGACCAAGGATAGAAGCAAATGG
GCACCATGGAAGACACTGGCTTGCAGACCAAGGATAGAAGCAAATGGGCACCATGGAAGACACTGGATTGCAGACCAAGGATAGAAGCAAATGGGCACCATGGAAGACACTGGATTGCAGAAGGATAGAAGCAAATGGGCACCATGGAAGACATGAATTGGAGACAAAGGATAGAAGCAAATGGGCATCATGGAACGTCA
CACAGGATTGTTGCAGCCAAAGGATATTTTATGCAAATCTGAAGCAAATGGGCACCATGGGACGTGATAAAGGATTGCAGGGAAAGGATATTTTATGCAAATCTTCCGAGATTCTAAACATTTCAGGGAGAGCAATCTTGAATATTTATAATCCTCAAAATGTTAACTGGCAAATCTTTTGTATCTTTTCCGGTTTCAAT
ATATTTTATAAAATAAGTCTGTGAACTTCTAAATAAAATTAAATTTATTATAAACTATACAAGGGCATTTATTTTCAGCTTTTTTATTATGAATGTAATATTTTTTTAAAAAAGTCCAATGATGAAAATCCAAGAGAAACTGGGCAGACTCGGA
>TRINITY_DN48852_c0_g2_i14 from sample A7 / Example unspliced isoform:TCCATTTTGACATCCACGCGTAAAGTTCCAATTTGTTAAAGAATGTTGATGTAGAAGCTTTGCGTAGACCACCAAAACATGCTTTCATAAATACCATACTCTGTACTGTATGGTAGATGTGTTGGTAAGATGTTAAATTGGGTATTGGGGAGTTTTAATTCTAGTTGGCTTGGTGACATGATCGTGCATTTTTGGCAGTA
CGGTTAACGTATGTGAGTAACATCAATTTGCGGTTTTGTCAACTACAACCTTCTGGGAGTTGCTGGCTTTGTTGATCGCACCAGAATCTAGTACATTGAAATTAGTTGGTTTGAACTCACCTGAATGGGCTTTTTTGGTTCCATCTCGAGCAAAATCAGTTGATGGATGCATCCTTCAGTGTAGATTGTTATACGTACAC
GCAAGATGTCCTTGTATATTGGACAGAAGCAGTAGCCAAGCATCTAGTGGCAGCAAGAATCGAGCTTCATCATTTCAAGAGTTAAATACTGGTTATCAAAAAACACCTGAGAAACAATGGTGGTGCGTCAAATTCAAAAGTGGCATGGGTCGTGTAAGgtatgtcgtggtgctatcacaatgagtctggccatattatac
tcgccacaatgaaaagctgactatgagatgtaagaaatgagttacagatggaattagaaaagtgtggttttaattgggaccacaaccaggagagtaaaataaagttttgggcctattgtctctcttcaaattagttcttttgaaccgatctgaatgggcttttttggttccatctcgagcaaaattagttgattgatgca
tcctatagtgtagattgttattagtaacacacaagctgtaattgtatgttggacagaagcagcaacgaagcttctagtggtaaacaagtggcatccatttgcatgcggctctgcaattgtccgattctcagcttggattaaacttcatctaaatgctttttttctcctttgtttgattaagtattttgctttggctgtgc
aattgttcataaaatttacaaaccatgctttccattttatgccatggcagGCAGCAAGAATTGAGCTTCATCATTCAAGAGTTAAACCCTGGTCATCAAGGAAACCTGAGAAACAATGGAGGTGCATCAAATTCAAAAGTGACAAGGGTCGAGTAAGGTATGTCGTGATGCTATCACAATGATTCTGGCCATATTATATT
CGCAACAATGAAAAGCTGACTATTAGAAGTAAGAAACGGGTCTTACAGATTGAATTAGAGAAGTGTGGTTTTAATTGGGATCACAACCAGGAGATTAAAGTTTTGGGTTAACTAGTCTCTCTTCAAATGGTCTAATGGAGCATATTGCTTTGATAATATTTTTAATTCAATCCGGTGGCAAATTCAAGCATAAGGGCTTT
GTTGCGATTTTTAATTCAAACCGATGGCAAGATGCCATGGTTGGTGACATTGCTGACGAGGGATATTTAATGCAATTTTTTTAAAGATTCGGAAAGATTAAGTAACCGTGTTGAATATTTAATGGCAAACTGGATTGCAGACCAAGGATAGAAGCAAATGGGCACCATGGAAGACACTGGGACACTGGATTGCAGACCAA
GGATAGAAGCAAATGGGCACCATGGAAGACACTGGATTGCAGAAGGATAGAAGCAAATGGGCACCATGGAAGACATGAATTGGAGACAAAGGATAGAAGCAAATGGGCATCATGGAACGTCACACAGGATTGTTGCAGCCAAAGGATATTTTATGCAAATCTGAAGCAAATGGGCACCATGGGACGTGATAAAGGATTGC
AGGGAAAGGATATTTTATGCAAATCTTC
Intron 6 GTATGTAAGG ... TAACTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 25.07 | 161.1 | 52.5 | 46.3 |
| A2 | 15.95 | 125.6 | 14.7 | 27 |
| A3 | 25.76 | 122.5 | 34.3 | 43 |
| A4 | 22.97 | 97.9 | 32.5 | 24 |
| A5 | 29.67 | 31.3 | 16.1 | 9 |
| A6 | 20.66 | 286.8 | 67.5 | 63.1 |
| A7 | 19.72 | 384.8 | 79.1 | 85.9 |
| A8 | 20.53 | 620.7 | 120.7 | 165.1 |
| A9 | 20.95 | 446.6 | 110 | 101 |
| A10 | 22.07 | 231.9 | 64.7 | 53.1 |
>TRINITY_DN122437_c1_g2_i4 from sample A3 / Example spliced isoformGAGAGATGAACAGAGAAGCAATACAGCGAGGGTTTGTACGAGAAATAAACTTGCATTGTGTGGGAAGCAGGTGTTTCTGGAGGCAAGTAAGGAAGGAAGGAGGAAGAGCTTTGCAGGAGCAAATTCTGTGGGGGCTTTGTTTTCTTCGGAACAAAAAAATTTAGCCTTTGGTCCTGCAGGTTCTGATTCTTGACCTTGCT
ACTCCACACTTACTGTGATTTTTTGTTCTCTTTTTCGTTTGGGTTTGGTGTTGTGTATATTTCCGGCGGGGACTTGTTAGGGTTTATGAAAACCAGATACTAGATTTGGCTCTTTAATTTTGTGGCTTCATCTGGTTAGGGGGTTAAAAAATTTGTGGGAAGTTAAATTTGGGGTTGTAAGTTGTTTTCGCGGGGTTGCA
GGGCTGAATAATAGCTGGGGGCCAGCTTGTTCAGTCCTGAAATGGTGTCGCGAACCTAAAATATAGTGCATCGTGATAGCGATGTTGTAAATAAATAAGGAACCTGTGGGGTAAATTCATGATAGAAATGGAGAACAAAGGGGAGTATATCTCCAAGCTTGCCAGAAGCATTGTGCATAGAGTTCAAATGAAAAGAAAAG
GATCTTACAAACACAGTGATATATATCGTAGTGGCTTAACATCGGGTAGAGGGGCTTTAAAATTGGCTAAGGGGACGAGTGTTGTTCCTAACTCTAGAAATGGAACACGTCAAGCTGTCGGGAATGTGAAATGCTGTGATGGGTGTCGAATGGAGGGTTATTCCCGCAAGGCAATTTTGCACAATTATGGGAATTTTCGC
AAGAGTGCGGTTCCTGAGAGGCTTATGTATTATTGGAATGGCGGGTGGAATGATTTTTCCGTTGAAGCTTCAGAGTCGCTTCGGAAGGCATTCTCAGATGGCATGCCCAGTATAGAAGTGGTAATAGATGAATCGCGTTACCTCGTCGATTTTTTGCGCATGCTGCAAATAGATTTGAGGGTGGGTTGTCAAAGATCCAT
TTCCTGGATAGACAAGAATGGCTCTTGTTTTTTCCCTAAAGGCTTCTTTGAGGATAATATTGATGATGTCGACTTCGCCCCCAAAGTCGAGGTTGAGATTGAGATTCGAATAAGTGCAACTGAGGGTTCGCAGGCTGAGAAACGTCGAGTTCAGGGTAACTTGGAGCCCTTGTCCGAGGCTTCGGACACTAAAAGACATG
TGCCTCCCAGTTCTGACCCCTCATTCGCTGTTGCGAAAACTGAGAAATACGAACTTGCTAGTAACTTAGAGTCCTGGAAGGTTACCAAATCTGATCACAAGAGTAAAGTACTCTGTGATGACATTAAAGCATACAAATTGACCAGGAAAGCATCAGTTGAGGTCCCTGCACCTACAAATGAATTGGAGAGAGGTTCGAGC
CACAAAGGCAATGTGCCGGCTGCTTTACCCTCCAAATCATCGAAAGATTCAAAAGATGAGGATGCTACTGGCAGTGCTGTCAATAGTTCTCAAGGATTAGAATCCAAACAGTGTTCAAGTTTAGAAGCTTCTGAATTTGAATCGTTGGGTGACAGACTGATCAAATTGGAAGATGGAAATGAAGAGTATGCGGCCGTGCA
AAATCGTTTTCTCTCCGGTTTCAGTAAAAGTGCAGTTGCAACCACTGTTACTGGTATTTATCGAAATACCCATGCAAGTGCGATGGGCCAGGTTCGACTGCACGCTTTTCGGAGGCAGGTTGAGATAACTAGGAGGTCCCGTGGTAATGCAAATGTCAGGACTGCCTGGCATGGCACTTCCAGCAAATGTGCTGCAGCAA
TCATACTTCATGGTTTTAGCTTGAGCAAAACACATGATAATGGCCCATCATATGGTGTTGGTGTTTATCTTGCTCCAGAAGGTCGCTCCCATCTCAGTGCTGCATTTTCGGATATCGACAAAAATGGTGAACAACATATGGTGCTGTGTCGGGTTATTCTGGGAAATGTGGAGAGAGTCCCTCTTGGCTCTCATCAGTTC
CATCCTAGTTGTGAAAAGTTCGATTCTGGGGTTGATGATCTCACAAATCCGAAGTGTTACATTATTTGGAGCACTCACATGAACATGCATATTCTTCCGGAGTACATTGTGAGCTTTAAGGTTCCACATCAAATGCATGAATGCTGGGATGAAATGAAAGCAAAGCAAGGCATCTGTGGTGTTCCCAAAAGTTTCAGCAG
TTCTCTGGAGGATGTTGAAGTTGCTCGCCAGGGTTCTATCTATGAGACGCACCTTTCTTCAGCTTCAGCTGAGGGAAGAAAATGCAAGACGCAAGCATCTGCAAAAGGATCAACACGAATTCCCAGTACTGCTAACATGTCATTCCCAAAGTTGTTCTCAGTCATAAGAAAGTCCATGCCTACATCTTATATGAATACAT
TGGAACACCTCTATGCTCAGTACAAGGTAGGAAAAATTGGCAAAGACATCATCGTAAGGAATGTCAGAATGATTGTTGGAGATAAGTTGCTGATTGCAGCTATTCAAAGCATTAGAGGCCAGAAAAAGATCAAGTTCAGCATGCTATATGTTGCTTTGCAGATGAAATGTACACAAATGTTAAACAGAGTGGAGCATCGT
CCACATTCTTTCCTGGGTTCTGACAGGCTAAATCTAGATAATGAGTCTACTACATCCACGAATAAGAAAGATTTCATGGAGGCGGTTAACAAAGTAGATAATGTTCCCCATTCTTTTCTCGTGTCCAAGAAACTACATATGGACAATAAATGCAATTCATTGATAAATCAGACCCTTGCAATTAGGCGACAATCACAAAT
AAATGGCCAGAGCTCTAGCAGGCCAGGGTCCTGTTCTGATCAGAATTCAATTCATTGTGAGAAGGAAAATTCTTCTCCAATCACTGGGGCTGTCTAGACACCGGATTTCAAGATTAATGAATAAAGGTTCACACGTGGTTTCACATGCACCAGTTTTCAAGAATAGATTCATGGCATGCTTGATAGATTTGCAGCCATGT
CGTTTTCCTCGTTGGAATTCTAACGTTTTCAATCTTGAGTAGTAATGTCATTAACATGTTTCTCTCTTTTCTTAGCAAATGGAAGTATGCAGCTTTTGCATATGGTGCCAATTTAACTCATCTAAGGAAATTTCTGAACTAATTATTCCTTAGCTCTCTTTTGATTGAAGAGTCTAAAGTTTCTCTCTTCCTAAGGCAAA
AATGTGCGTAATTTACACAACTTAAGGATATGTATGAAAACTGTTCTCTCTTCTTTAATATATTATTGAGATTTTAATGATATTTATCTCTACACTGCAAAATAGAGTAATGCCGATCAGTTTTTGATTTTTAGGTCTGCTTGAAGAATATTAGAACTGCTGTTATTTTATTATGTTAATAGCTGTTTTTTATTGTTTTG
GGAAGAGGCATATTATTTGACCTTGATCAGTGGTGGAAAACTGTACATGATTTCTTTGTTTGGAAATTTAGCTTTTGTCATAGTTCCAGTCACTATCGCGATTCATTACACTGATGCAAATGTAGTTTGCATGCAATATTTTACATATATTTTCTGCTGTTAAAACGAGAGAATTTGTATATTGCTTTTGTAAATAATGT
TTCAAACAAATGTATATTAGACTAAGACTCCACACTGTCGACAATGGGATAGTATTTGTTATTCGCATGTAAATTTGTCACTCGTGAATTTTGCCCGTTTTAGATGTTGATGGGCATATAAAAAGAAAATGGCACATGGATTATTAAAACACTTTAATTTGTAAAATGATGCACATTACGAAGTACATTGTAATAACACT
TTAATCTATCACTAATCAAATTTCTAGAAATAGTAGCGGAAATGGACTAATTTCTAAAACATGTACTGTTGTTGAAGTGATTTTTTCTTATTCTGTAAATTGCACTTTACTCTTGAATGATAGAATGGTAAGGCAATATATGGACAATATTTTGGTTGTTCAAAATTGTTTTACTGTATTTTGAGAACGTTGATTTCGTA
TGGGTTCTGTGATATCCATTTTGACACCCACGCGTAAAGTTCCAATTTGTTAAAGAATGTTGATGTAGAAGCTTTGCGTAGACCACCAAAACATGCTTTCATAAATACCATACTCTGTACTGTATGGTAGATGTGTTGGTAAGATGTTAAATTGGGTATTGGGGAGTTTTAATTCTAGTTGGCTTGGTGACATGATCGTG
CATTTTTGGCAGTACGGTTAACGTATGTGAGTAACATCAATTTGCGGTTTTGTCAACTACAACCTTCTGGGAGTTGCTGGCTTTGTTGATCGCACCAGAATCTAGTACATTGAAATTGTTGGTTTGAACTCACCTGAATGGGCTTTTTTGGTTCCATCTCGAGCAAAATCAGTTGATGGATGCATCCTTCAGTGTAGATT
GTTATACGTACACGCAAGATGTCCTTGTATATTGGACAGAAGCAGTAGCGAAGCTTCTAGTGGTAGACAAGTGGCATCCATTTGCATTCTGCTCTGCATTTATATGTCCGATGCTCAGCTTGGACCAAACTTCATCAAAATGCTTATTTCCTCCTTTGTTTGGTCAAGTATTTTGCTTTTTCTGTGCTATTGTTTATCAA
ATTTACAGACACTGCTTTCC
>TRINITY_DN122437_c1_g2_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:GAGAGATGAACAGAGAAGCAATACAGCGAGGGTTTGTACGAGAAATAAACTTGCATTGTGTGGGAAGCAGGTGTTTCTGGAGGCAAGTAAGGAAGGAAGGAGGAAGAGCTTTGCAGGAGCAAATTCTGTGGGGGCTTTGTTTTCTTCGGAACAAAAAAATTTAGCCTTTGGTCCTGCAGGTTCTGATTCTTGACCTTGCT
ACTCCACACTTACTGTGATTTTTTGTTCTCTTTTTCGTTTGGGTTTGGTGTTGTGTATATTTCCGGCGGGGACTTGTTAGGGTTTATGAAAACCAGATACTAGATTTGGCTCTTTAATTTTGTGGCTTCATCTGGTTAGGGGGTTAAAAAATTTGTGGGAAGTTAAATTTGGGGTTGTAAGTTGTTTTCGCGGGGTTGCA
GGGCTGAATAATAGCTGGGGGCCAGCTTGTTCAGTCCTGAAATGGTGTCGCGAACCTAAAATATAGTGCATCGTGATAGCGATGTTGTAAATAAATAAGGAACCTGTGGGGTAAATTCATGATAGAAATGGAGAACAAAGGGGAGTATATCTCCAAGCTTGCCAGAAGCATTGTGCATAGAGTTCAAATGAAAAGAAAAG
GATCTTACAAACACAGTGATATATATCGTAGTGGCTTAACATCGGGTAGAGGGGCTTTAAAATTGGCTAAGGGGACGAGTGTTGTTCCTAACTCTAGAAATGGAACACGTCAAGCTGTCGGGAATGTGAAATGCTGTGATGGGTGTCGAATGGAGGGTTATTCCCGCAAGGCAATTTTGCACAATTATGGGAATTTTCGC
AAGAGTGCGGTTCCTGAGAGGCTTATGTATTATTGGAATGGCGGGTGGAATGATTTTTCCGTTGAAGCTTCAGAGTCGCTTCGGAAGGCATTCTCAGATGGCATGCCCAGTATAGAAGTGGTAATAGATGAATCGCGTTACCTCGTCGATTTTTTGCGCATGCTGCAAATAGATTTGAGGGTGGGTTGTCAAAGATCCAT
TTCCTGGATAGACAAGAATGGCTCTTGTTTTTTCCCTAAAGGCTTCTTTGAGGATAATATTGATGATGTCGACTTCGCCCCCAAAGTCGAGGTTGAGATTGAGATTCGAATAAGTGCAACTGAGGGTTCGCAGGCTGAGAAACGTCGAGTTCAGGGTAACTTGGAGCCCTTGTCCGAGGCTTCGGACACTAAAAGACATG
TGCCTCCCAGTTCTGACCCCTCATTCGCTGTTGCGAAAACTGAGAAATACGAACTTGCTAGTAACTTAGAGTCCTGGAAGGTTACCAAATCTGATCACAAGAGTAAAGTACTCTGTGATGACATTAAAGCATACAAATTGACCAGGAAAGCATCAGTTGAGGTCCCTGCACCTACAAATGAATTGGAGAGAGGTTCGAGC
CACAAAGGCAATGTGCCGGCTGCTTTACCCTCCAAATCATCGAAAGATTCAAAAGATGAGGATGCTACTGGCAGTGCTGTCAATAGTTCTCAAGGATTAGAATCCAAACAGTGTTCAAGTTTAGAAGCTTCTGAATTTGAATCGTTGGGTGACAGACTGATCAAATTGGAAGATGGAAATGAAGAGTATGCGGCCGTGCA
AAATCGTTTTCTCTCCGGTTTCAGTAAAAGTGCAGTTGCAACCACTGTTACTGGTATTTATCGAAATACCCATGCAAGTGCGATGGGCCAGGTTCGACTGCACGCTTTTCGGAGGCAGGTTGAGATAACTAGGAGGTCCCGTGGTAATGCAAATGTCAGGACTGCCTGGCATGGCACTTCCAGCAAATGTGCTGCAGCAA
TCATACTTCATGGTTTTAGCTTGAGCAAAACACATGATAATGGCCCATCATATGGTGTTGGTGTTTATCTTGCTCCAGAAGGTCGCTCCCATCTCAGTGCTGCATTTTCGGATATCGACAAAAATGGTGAACAACATATGGTGCTGTGTCGGGTTATTCTGGGAAATGTGGAGAGAGTCCCTCTTGGCTCTCATCAGTTC
CATCCTAGTTGTGAAAAGTTCGATTCTGGGGTTGATGATCTCACAAATCCGAAGTGTTACATTATTTGGAGCACTCACATGAACATGCATATTCTTCCGGAGTACATTGTGAGCTTTAAGGTTCCACATCAAATGCATGAATGCTGGGATGAAATGAAAGCAAAGCAAGGCATCTGTGGTGTTCCCAAAAGTTTCAGCAG
TTCTCTGGAGGATGTTGAAGTTGCTCGCCAGGGTTCTATCTATGAGACGCACCTTTCTTCAGCTTCAGCTGAGGGAAGAAAATGCAAGACGCAAGCATCTGCAAAAGGATCAACACGAATTCCCAGTACTGCTAACATGTCATTCCCAAAGTTGTTCTCAGTCATAAGAAAGTCCATGCCTACATCTTATATGAATACAT
TGGAACACCTCTATGCTCAGTACAAGGTAGGAAAAATTGGCAAAGACATCATCGTAAGGAATGTCAGAATGATTGTTGGAGATAAGTTGCTGATTGCAGCTATTCAAAGCATTAGAGGCCAGATGAAATGTACACAAATGTTAAACAGAGTGGAGCATCGTCCACATTCTTTCCTGGGTTCTGACAGGCTAAATCTAGAT
AATGAGTCTACTACATCCACGAATAAGAAAGATTTCATGGAGGCGGTTAACAAAGTAGATAATGTTCCCCATTCTTTTCTCGTGTCCAAGAAACTACATATGGACAATAAATGCAATTCATTGATAAATCAGACCCTTGCAATTAGGCGACAATCACAAATAAATGGCCAGAGCTCTAGCAGGCCAGGGTCCTGTTCTGA
TCAGAATTCAATTCATTGTGAGAAGGAAAATTCTTCTCCAATCACTGGGgtacgtaaggactagcactattttctttgtcttcctttcttttctggaagagatttgaacatctttaacagtttatttctttgtttcctgggaaagtattttcgatctatgttaatgtagtgtggtttgtagtagcaatgatgaagtttgt
tgggaatgcaaaggttctgtaactattgacgttggggaagaaaaacattaatccaatgttgttagtggtgtgttttgtttgagatttttataatgaaagtttagttttttacaatattatggcttgctgataagggatgatctgttgtgaattgtcataacttgcagGCTGTCTAGACACCGGATTTCAAGATTAATGAA
TAAAGGTTCACACGTGGTTTCACATGCACCAGTTTTCAAGAATAGATTCATGGCATGCTTGATAGATTTGCAGCCATGTCGTTTTCCTCGTTGGAATTCTAACGTTTTCAATCTTGAGTAGTAATGTCATTAACATGTTTCTCTCTTTTCTTAGCAAATGGAAGTATGCAGCTTTTGCATATGGTGCCAATTTAACTCAT
CTAAGGAAATTTCTGAACTAATTATTCCTTAGCTCTCTTTTGATTGAAGAGTCTAAAGTTTCTCTCTTCCTAAGGCAAAAATGTGCGTAATTTACACAACTTAAGGATATGTATGAAAACTGTTCTCTCTTCTTTAATATATTATTGAGATTTTAATGATATTTATCTCTACACTGCAAAATAGAGTAATGCCGATCAGT
TTTTGATTTTTAGGTCTGCTTGAAGAATATTAGAACTGCTGTTATTTTATTATGTTAATAGCTGTTTTTTATTGTTTTGGGAAGAGGCATATTATTTGACCTTGATCAGTGGTGGAAAACTGTACATGATTTCTTTGTTTGGAAATTTAGCTTTTGTCATAGTTCCAGTCACTATCGCGATTCATTACACTGATGCAAAT
GTAGTTTGCATGCAATATTTTACATATATTTTCTGCTGTTAAAACGAGAGAATTTGTATATTGCTTTTGTAAATAATGTTTCAAACAAATGTATATTAGACTAAGACTCCACACTGTCGACAATGGGATAGTATTTGTTATTCGCATGTAAATTTGTCACTCGTGAATTTTGCCCGTTTTAGATGTTGATGGGCATATAA
AAAGAAAATGGCACATGGATTATTAAAACACTTTAATTTGTAAAATGATGCACATTACGAAGTACATTGTAATAACACTTTAATCTATCACTAATCAAATTTCTAGAAATAGTAGCGGAAATGGACTAATTTCTAAAACATGTACTGTTGTTGAAGTGATTTTTTCTTATTCTGTAAATTGCACTTTACTCTTGAATGAT
AGAATGGTAAGGCAATATATGGACAATATTTTGGTTGTTCAAAATTGTTTTACTGTATTTTGAGAACGTTGATTTCGTATGGGTTCTGTGATATCCATTTTGACACCCACGCGTAAAGTTCCAATTTGTTAAAGAATGTTGATGTAGAAGCTTTGCGTAGACCACCAAAACATGCTTTCATAAATACCATACTCTGTACT
GTATGGTAGATGTGTTGGTAAGATGTTAAATTGGGTATTGGGGAGTTTTAATTCTAGTTGGCTTGGTGACATGATCGTGCATTTTTGGCAGTACGGTTAACGTATGTGAGTAACATCAATTTGCGGTTTTGTCAACTACAACCTTCTGGGAGTTGCTGGCTTTGTTGATCGCACCAGAATCTAGTACATTGAAATTGTTG
GTTTGAACTCACCTGAATGGGCTTTTTTGGTTCCATCTCGAGCAAAATCAGTTGATGGATGCATCCTTCAGTGTAGATTGTTATACGTACACGCAAGATGTCCTTGTATATTGGACAGAAGCAGTAGCGAAGCTTCTAGTGGTAGACAAGTGGCATCCATTTGCATTCTGCTCTGCATTTATATGTCCGATGCTCAGCTT
GGACCAAACTTCATCAAAATGCTTATTTCCTCCTTTGTTTGGTCAAGTATTTTGCTTTTTCTGTGCTATTGTTTATCAAATTTACAGACACTGCTTTCC
Intron 7 GTAGACAAGT ... GCCATGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 68.75 | 5 | 13 | 9 |
| A2 | 79.87 | 1.7 | 4 | 9 |
| A3 | 43.01 | 4.7 | 6 | 1 |
| A4 | 100 | 0 | 6 | 7 |
| A5 | 77.78 | 0.7 | 2 | 2 |
| A6 | 100 | 0 | 5 | 5 |
| A7 | 50.78 | 7.3 | 11 | 4 |
| A8 | 66.67 | 4 | 14 | 2 |
| A9 | 88.24 | 1 | 7 | 8 |
| A10 | 71.43 | 1 | 5 | 0 |
>TRINITY_DN48852_c0_g2_i14 from sample A7 / Example spliced isoformTCCATTTTGACATCCACGCGTAAAGTTCCAATTTGTTAAAGAATGTTGATGTAGAAGCTTTGCGTAGACCACCAAAACATGCTTTCATAAATACCATACTCTGTACTGTATGGTAGATGTGTTGGTAAGATGTTAAATTGGGTATTGGGGAGTTTTAATTCTAGTTGGCTTGGTGACATGATCGTGCATTTTTGGCAGTA
CGGTTAACGTATGTGAGTAACATCAATTTGCGGTTTTGTCAACTACAACCTTCTGGGAGTTGCTGGCTTTGTTGATCGCACCAGAATCTAGTACATTGAAATTAGTTGGTTTGAACTCACCTGAATGGGCTTTTTTGGTTCCATCTCGAGCAAAATCAGTTGATGGATGCATCCTTCAGTGTAGATTGTTATACGTACAC
GCAAGATGTCCTTGTATATTGGACAGAAGCAGTAGCCAAGCATCTAGTGGCAGCAAGAATCGAGCTTCATCATTTCAAGAGTTAAATACTGGTTATCAAAAAACACCTGAGAAACAATGGTGGTGCGTCAAATTCAAAAGTGGCATGGGTCGTGTAAGGTATGTCGTGGTGCTATCACAATGAGTCTGGCCATATTATAC
TCGCCACAATGAAAAGCTGACTATGAGATGTAAGAAATGAGTTACAGATGGAATTAGAAAAGTGTGGTTTTAATTGGGACCACAACCAGGAGAGTAAAATAAAGTTTTGGGCCTATTGTCTCTCTTCAAATTAGTTCTTTTGAACCGATCTGAATGGGCTTTTTTGGTTCCATCTCGAGCAAAATTAGTTGATTGATGCA
TCCTATAGTGTAGATTGTTATTAGTAACACACAAGCTGTAATTGTATGTTGGACAGAAGCAGCAACGAAGCTTCTAGTGGTAAACAAGTGGCATCCATTTGCATGCGGCTCTGCAATTGTCCGATTCTCAGCTTGGATTAAACTTCATCTAAATGCTTTTTTTCTCCTTTGTTTGATTAAGTATTTTGCTTTGGCTGTGC
AATTGTTCATAAAATTTACAAACCATGCTTTCCATTTTATGCCATGGCAGGCAGCAAGAATTGAGCTTCATCATTCAAGAGTTAAACCCTGGTCATCAAGGAAACCTGAGAAACAATGGAGGTGCATCAAATTCAAAAGTGACAAGGGTCGAGTAAGGTATGTCGTGATGCTATCACAATGATTCTGGCCATATTATATT
CGCAACAATGAAAAGCTGACTATTAGAAGTAAGAAACGGGTCTTACAGATTGAATTAGAGAAGTGTGGTTTTAATTGGGATCACAACCAGGAGATTAAAGTTTTGGGTTAACTAGTCTCTCTTCAAATGGTCTAATGGAGCATATTGCTTTGATAATATTTTTAATTCAATCCGGTGGCAAATTCAAGCATAAGGGCTTT
GTTGCGATTTTTAATTCAAACCGATGGCAAGATGCCATGGTTGGTGACATTGCTGACGAGGGATATTTAATGCAATTTTTTTAAAGATTCGGAAAGATTAAGTAACCGTGTTGAATATTTAATGGCAAACTGGATTGCAGACCAAGGATAGAAGCAAATGGGCACCATGGAAGACACTGGGACACTGGATTGCAGACCAA
GGATAGAAGCAAATGGGCACCATGGAAGACACTGGATTGCAGAAGGATAGAAGCAAATGGGCACCATGGAAGACATGAATTGGAGACAAAGGATAGAAGCAAATGGGCATCATGGAACGTCACACAGGATTGTTGCAGCCAAAGGATATTTTATGCAAATCTGAAGCAAATGGGCACCATGGGACGTGATAAAGGATTGC
AGGGAAAGGATATTTTATGCAAATCTTC
>TRINITY_DN48852_c0_g2_i15 from sample A7 / Example unspliced isoform:TCCATTTTGACATCCACGCGTAAAGTTCCAATTTGTTAAAGAATGTTGATGTAGAAGCTTTGCGTAGACCACCAAAACATGCTTTCATAAATACCATACTCTGTACTGTATGGTAGATGTGTTGGTAAGATGTTAAATTGGGTATTGGGGAGTTTTAATTCTAGTTGGCTTGGTGACATGATCGTGCATTTTTGGCAGTA
CGGTTAACGTATGTGAGTAACATCAATTTGCGGTTTTGTCAACTACAACCTTCTGGGAGTTGCTGGCTTTGTTGATCGCACCAGAATCTAGTACATTGAAATTAGTTGGTTTGAACTCACCTGAATGGGCTTTTTTGGTTCCATCTCGAGCAAAATCAGTTGATGGATGCATCCTTCAGTGTAGATTGTTATACGTACAC
GCAAGATGTCCTTGTATATTGGACAGAAGCAGTAGCCAAGCATCTAGTGgtagacaagtggcatccatttgcattctgctctgcatttatatgtccgatgctcagcttggaccaaacttcatcaaaatgcttatttcctcctttgtttggtcaagtattttgctttttctgtgctattgtttatcaaatttacagacact
gctttccattctatgccatggcagGCAGCAAGAATCGAGCTTCATCATTTCAAGAGTTAAATACTGGTTATCAAAAAACACCTGAGAAACAATGGTGGTGCGTCAAATTCAAAAGTGGCATGGGTCGTGTAAGGTATGTCGTGGTGCTATCACAATGAGTCTGGCCATATTATACTCGCCACAATGAAAAGCTGACTATG
AGATGTAAGAAATGAGTTACAGATGGAATTAGAAAAGTGTGGTTTTAATTGGGACCACAACCAGGAGAGTAAAATAAAGTTTTGGGCCTACTTGTCTCTCTTCAAATTAGTTCTTTTGAACCGATCTGAATGGGCTTTTTTGGTTCCATCTCGAGCAAAATTAGTTGATTGATGCATCCTATAGTGTAGATTGTTATTAG
TAACACACAAGCTGTAATTGTATGTTGGACAGAAGCAGCAGCGAAGCTTCTAGTGGTAAACAAGTGGCATCCATTTGCATGCGGCTCTGCAATTATATGCAGCAAGAATTGAGCTTCATCATTCAAGAGTTAAACCCTGGTCATCAAGGAACACCTGAGAAACAATGGAGGTGCATCAAATTCAAAAGTGACAAGGGTCG
AGTAAGGTATGTCGTGATGCTATCACAATGATTCTGGCCATATTATATTCGCAACAATGAAAAGCTGACAGAAACGGGTCTTACAGATTGAATTAGAGAAGTGTGGTTTTAATTGGGATCACAACCAGGAGAGTAAAGTTTTGGGTTAACTCTAGTCTCTCTTCAAATGGTCTAATGGAGCATATTGCTTTGATAATATT
TTTAATTCAATCCGGTGGCAAATTCAAGCATAAGGGCTTTGTTGCGATTTTTAATTCAAACCGATGGCAAGATGCCATGGTTGGTGACACGGGATTGCTGACGAGGGATATTTAATGCAATTTTTTTAAAGATTCGGAAAGATTAAGTAACCGTGTTGAATAATTAATGGCAAATAGGAGCAAATGGGCACCATGGAAGA
CACTGGATTGCAGACCAAGGATAGAAGCAAATGGGCACCATGGAAGACACTGGATTCTTGCAGACCAAGGATAGAAGCAAATGGGCACCATGGAAGACACTGGATTGCAGACCAAGGATAGAAGCAAATGGGCACCATGGAAGACACTGGATTGCAGAAGGATAGAAGCAAATGGGCACCATGGAAGACATGAATTGGAG
ACAAAGGATAGAAGCAAATGGGCATCATGGAACGTCACACAGGATTGTTGCAGCCAAAGGATATTTTATGCAAATCTGAAGCAAATGGGCACCATGGGACGTGATAAAGGATTGCAGGGAAAGGATATTTTATGCAAATCTTCTGAGATTCCAAACATTTCAGGGAGAGCAATCTTGAATATTTATAATCCTCAAAATGT
TAACTGGCAAATCTTTTGTATCTTTTCCGGTTTCAATATATTTTATAAAATAAGTCTGTGAACTTCTAAATAAAATTAAATTTATTATAAACTATACAAGGGCATTTATTTTCAGCTTTTTTATTATGAATGTAATATTTTTTTAAAAAAGTCCAATGATGAAAATCCAAGAGAAACTGGGCAGACTCGGA
Intron 8 GTAACTAATA ... TGGTTTCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 17.73 | 566 | 23 | 122 |
| A2 | 22.61 | 493 | 12 | 144 |
| A3 | 17.23 | 466 | 6 | 97 |
| A4 | 19.69 | 367 | 16 | 90 |
| A5 | 18.03 | 241 | 8 | 53 |
| A6 | 20.87 | 489 | 6 | 129 |
| A7 | 18.98 | 965 | 15 | 226 |
| A8 | 20.87 | 986 | 8 | 260 |
| A9 | 18.82 | 966 | 8 | 224 |
| A10 | 18.3 | 826 | 8 | 185 |
>TRINITY_DN133342_c0_g1_i5 from sample A1 / Example spliced isoformGAGAAGCAATACAGCGAGGGTTTGTACGAGAAATAAACTTGCATTGTGTGGGAAGCAGGTGTTTCTGGAGGCAAGTAAGGAAGGAAGGAGGAAGAGCTTTGCAGGAGCAAATTCTGTGGGGGCTTTGTTTTCTTCGGAACAAAAAAATTTAGCCTTTGGTCCTGCAGGTTCTGATTCTTGACCTTGCTACTCCACACTTA
CTGTGATTTTTTGTTCTCTTTTTCGTTTGGGTTTGGTGTTGTGTATATTTCCGGCGGGGACTTGTTAGGGTTTATGAAAACCAGATACTAGATTTGGCTCTTTAATTTTGTGGCTTCATCTGGTTAGGGGGTTAAAAAATTTGTGGGAAGTTAAATTTGGGGTTGTAAGTTGTTTTCGCGGGGTTGCAGGGCTGAATAAT
AGCTGGGGGCCAGCTTGTTCAGTCCTGAAATGGTGTCGCGAACCTAAAATATAGTGCATCGTGATAGCGATGTTGTAAATAAATAAGGAACCTGTGGGGTAAATTCATGATAGAAATGGAGAACAAAGGGGAGTATATCTCCAAGCTTGCCAGAAGCATTGTGCATAGAGTTCAAATGAAAAGAAAAGGATCTTACAAAC
ACAGTGATATATATCGTAGTGGCTTAACATCGGGTAGAGGGGCTTTAAAATTGGCTAAGGGGACGAGTGTTGTTCCTAACTCTAGAAATGGAACACGTCAAGCTGTCGGGAATGTGAAATGCTGTGATGGGTGTCGAATGGAGGGTTATTCCCGCAAGGCAATTTTGCACAATTATGGGAATTTTCGCAAGAGTGCGGTT
CCTGAGAGGCTTATGTATTATTGGAATGGCGGGTGGAATGATTTTTCCGTTGAAGCTTCAGAGTCGCTTCGGAAGGCATTCTCAGATGGCATGCCCAGTATAGAAGTGGTAATAGATGAATCGCGTTACCTCGTCGATTTTTTGCGCATGCTGCAAATAGATTTGAGGGTGGGTTGTCAAAGATCCATTGCCTGGATAGA
CAAGAATGGCTCTTGTTTTTTCCCTAAAGGCTTCTTTGAGGATAATATTGATGATGTCGACTTCGCCCCCAAAGTCGAGGTTGAGATTGAGATTCGAATAAGTGCAACTGAGGGTTCGCAGGCTGAGAAACGTCGAGTTCAGGGTAACTTGGAGCCCTTGTCCGAGGCTTCGGACACTAAAAGACATGTGCCTTCCAGTT
CTGACCCCTCATTCGCTGTTGCGAAAACTGAGAAATACGAACTTGCTAGTAACTTAGAGTCCTGGAAGGTTACCAAATCTGATCACAAGAGTAAAGTACTCTGTGATGACATTAAAGCAGACAAATTGACCAGGAAAGCATCAGTTGAGGTCCCTGCACCTACAAATGAATTGGAGAGAGGTTCGAGCCACAAAGGCAAT
GTGCCGGCTGCTTTACCCTCCAAATCATCGAAAGATTCAAAAGATGAGGAGGCTACTGGCAGTGCTGTCAATAGTTCTCAAGGATTAGAATCCAAACAGTGTTCAAGTTTAGAAGCTTCTGAATTTGAATCGTTGGGTGACAGACTGATCAAATTGGAAGATGGAAATGAAGAGTATGCGGCCGTGCAAAATCGTTTTCT
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GAAAAGTTCGATTCTGGGGTTGATGATCTCACAAATCCGAAGTGTTACATTATTTGGAGCACTCACATGAACATGCATATTCTTCCGGAGTACATTGTGAGCTTTAAGGTTCCACATCAAATGCATGAATGCTGGGATGAAATGAAAGCAAAGCAAGGCATCTGTGGTGTTCCCAAAAGTTTCAGCAGTTCTCTGGAGGA
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AAAGCATTAGAGGCCAGGTACCCACTTTTTTGAATTCAGACGTCCAGGATTTGAATTGTTTGCTAGCATCTCCAGCTTTTGCTACCAAGATAAACTGTGTCACACAAAATATTGGAATAATGTTGGATTAACCTGCTTGTTTTTTACTTTAGAGTCACAACTAGGTTTACATCAGCTAACTGGGTTTATATAATTCCAAT
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GCTTGAACTCATGTTCACTGTTTGGCAAGTACCATGGCTAACCACTAGGTTACTACATTATTGGTAATAGGGATCGTGCTATTGGTCTTGTTCACGTATATTGTTATGTCTGTCTAGGTAGCCTTGTATTTGTAAAGTGTATTTTCAACTAGTTTGTGTTTTTGCTCTATGATAAATTTATTCCATTGTTGCTATTGTGC
TATTGGTCTTGTTCACATATATTGTTATGTCTTTATAGGTAACTGTGTAGTGATAAAGGATTTTGTTTGTTTTTGTTTTATATCTTTTGTGGTTGGGTTCCTTTTGTATGGATTTGTTAATGCAGTTGTAAGGCGTAAATTGTATTGTTCATCTTGTGAGTTTTTTAAGGAAGGTTTCCTTTCTCAATTCCGGCTCTCAT
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>TRINITY_DN133342_c0_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:GAGAAGCAATACAGCGAGGGTTTGTACGAGAAATAAACTTGCATTGTGTGGGAAGCAGGTGTTTCTGGAGGCAAGTAAGGAAGGAAGGAGGAAGAGCTTTGCAGGAGCAAATTCTGTGGGGGCTTTGTTTTCTTCGGAACAAAAAAATTTAGCCTTTGGTCCTGCAGGTTCTGATTCTTGACCTTGCTACTCCACACTTA
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CTGACCCCTCATTCGCTGTTGCGAAAACTGAGAAATACGAACTTGCTAGTAACTTAGAGTCCTGGAAGGTTACCAAATCTGATCACAAGAGTAAAGTACTCTGTGATGACATTAAAGCAGACAAATTGACCAGGAAAGCATCAGTTGAGGTCCCTGCACCTACAAATGAATTGGAGAGAGGTTCGAGCCACAAAGGCAAT
GTGCCGGCTGCTTTACCCTCCAAATCATCGAAAGATTCAAAAGATGAGGAGGCTACTGGCAGTGCTGTCAATAGTTCTCAAGGATTAGAATCCAAACAGTGTTCAAGTTTAGAAGCTTCTGAATTTGAATCGTTGGGTGACAGACTGATCAAATTGGAAGATGGAAATGAAGAGTATGCGGCCGTGCAAAATCGTTTTCT
CTCCGGTTTCAGCAAAAGTGCAGTTGCAACCACTGTTACTGGTATTTATCGAAATACCCATGCAAGTGCGATGGGCCAGGTTCGACTGCACGCTTTTCGGAGGCAGGTTGAGATAACTAGGAGGTCCCGTGGTAATGCAAATGTCAGGACTGCCTGGCATGGCACTTCCAGCAAATGTGCTGCAGCAATCATACTTCATG
GTTTTAGCTTGAGCAAAACACATGATAATGGCCCATCATATGGTGTTGGTGTTTATCTTGCTCCAGAAGGTCGCTCCCATCTCAGTGCTGCATTTTCGGATATCGACAAAAATGGTGAACAACATATGGTGCTGTGTCGGGTTATTCTGGGAAATGTGGAGAGAGTCCCTCTTGGCTCTCATCAGTTCCATCCTAGTTGT
GAAAAGTTCGATTCTGGGGTTGATGATCTCACAAATCCGAAGTGTTACATTATTTGGAGCACTCACATGAACATGCATATTCTTCCGGAGTACATTGTGAGCTTTAAGGTTCCACATCAAATGCATGGTAATGTTCCCATTTTACCTTTTCTTGTGCCATATGACGAATGATAAATATTTCACAAACTTGGTTAACTGTT
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Intron 9 GTAGCTACTC ... TAATTGTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 18.61 | 343.4 | 89 | 10.4 |
| A2 | 18.75 | 347.1 | 91.3 | 5.4 |
| A3 | 18.27 | 283.9 | 71.7 | 7.1 |
| A4 | 18.55 | 235.4 | 60.7 | 3.9 |
| A5 | 20.37 | 127.2 | 37.6 | 4.7 |
| A6 | 16.87 | 391.2 | 88.9 | 2.3 |
| A7 | 16.81 | 724.6 | 164.2 | 7 |
| A8 | 17.35 | 844.7 | 199.4 | 5.7 |
| A9 | 15.46 | 705.9 | 142.6 | 4.9 |
| A10 | 17.12 | 600.4 | 139.4 | 8.4 |
>TRINITY_DN133342_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoformGAGAAGCAATACAGCGAGGGTTTGTACGAGAAATAAACTTGCATTGTGTGGGAAGCAGGTGTTTCTGGAGGCAAGTAAGGAAGGAAGGAGGAAGAGCTTTGCAGGAGCAAATTCTGTGGGGGCTTTGTTTTCTTCGGAACAAAAAAATTTAGCCTTTGGTCCTGCAGGTTCTGATTCTTGACCTTGCTACTCCACACTTA
CTGTGATTTTTTGTTCTCTTTTTCGTTTGGGTTTGGTGTTGTGTATATTTCCGGCGGGGACTTGTTAGGGTTTATGAAAACCAGATACTAGATTTGGCTCTTTAATTTTGTGGCTTCATCTGGTTAGGGGGTTAAAAAATTTGTGGGAAGTTAAATTTGGGGTTGTAAGTTGTTTTCGCGGGGTTGCAGGGCTGAATAAT
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CAAGAATGGCTCTTGTTTTTTCCCTAAAGGCTTCTTTGAGGATAATATTGATGATGTCGACTTCGCCCCCAAAGTCGAGGTTGAGATTGAGATTCGAATAAGTGCAACTGAGGGTTCGCAGGCTGAGAAACGTCGAGTTCAGGGTAACTTGGAGCCCTTGTCCGAGGCTTCGGACACTAAAAGACATGTGCCTTCCAGTT
CTGACCCCTCATTCGCTGTTGCGAAAACTGAGAAATACGAACTTGCTAGTAACTTAGAGTCCTGGAAGGTTACCAAATCTGATCACAAGAGTAAAGTACTCTGTGATGACATTAAAGCAGACAAATTGACCAGGAAAGCATCAGTTGAGGTCCCTGCACCTACAAATGAATTGGAGAGAGGTTCGAGCCACAAAGGCAAT
GTGCCGGCTGCTTTACCCTCCAAATCATCGAAAGATTCAAAAGATGAGGAGGCTACTGGCAGTGCTGTCAATAGTTCTCAAGGATTAGAATCCAAACAGTGTTCAAGTTTAGAAGCTTCTGAATTTGAATCGTTGGGTGACAGACTGATCAAATTGGAAGATGGAAATGAAGAGTATGCGGCCGTGCAAAATCGTTTTCT
CTCCGGTTTCAGCAAAAGTGCAGTTGCAACCACTGTTACTGGTATTTATCGAAATACCCATGCAAGTGCGATGGGCCAGGTTCGACTGCACGCTTTTCGGAGGCAGGTTGAGATAACTAGGAGGTCCCGTGGTAATGCAAATGTCAGGACTGCCTGGCATGGCACTTCCAGCAAATGTGCTGCAGCAATCATACTTCATG
GTTTTAGCTTGAGCAAAACACATGATAATGGCCCATCATATGGTGTTGGTGTTTATCTTGCTCCAGAAGGTCGCTCCCATCTCAGTGCTGCATTTTCGGATATCGACAAAAATGGTGAACAACATATGGTGCTGTGTCGGGTTATTCTGGGAAATGTGGAGAGAGTCCCTCTTGGCTCTCATCAGTTCCATCCTAGTTGT
GAAAAGTTCGATTCTGGGGTTGATGATCTCACAAATCCGAAGTGTTACATTATTTGGAGCACTCACATGAACATGCATATTCTTCCGGAGTACATTGTGAGCTTTAAGGTTCCACATCAAATGCATGGTAATGTTCCCATTTTACCTTTTCTTGTGCCATATGACGAATGATAAATATTTCACAAACTTGGTTAACTGTT
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ATTTTTATAGGCAATTGAATGTATAAATTTGGGAGATGTATTACTGCTTCTTCTTTCTTAGATTTACACTAAACCTATAGGTGACATGTAATTGGTAGTGTGGTGGCAATTTCCATTTTCCTTTATGCACTGGAGGTTTTATCTCTCCTACAGGTTAATGTAAGTCATTAGTTCTTGGTTTTATCCTATTGGCAATTTCT
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CAGTACAAGGTAGGAAAAATTGGCAAAGACATCATCGTAAGGAATGTCAGAACGATTGTTGGAGATAAGTTGCTGATTGCAGCTATTCAAAGCATTAGAGGCCAGATGAAATGTACACAAATGTTAAACAGAGTGGAGCATCGTCCACATTCTTTCCTGGGTTCTGACAGGCTAAATCTAGATAATGAGTCTACTACATC
CACGAATAAGAAAGATTTCATGGAGGCGGTTAACAAAGTAGATAATGTTCCCCATTCTTTTCTCGTGTCCAAGAAACTACATATGGACAATAAATGCAATTCATTGATAAATCAGCCATGAAATTCTGGCATCAGGATGGTTTTTAGGGATTTGCTTTCAAGCCCGC
>TRINITY_DN133342_c0_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:GAGAAGCAATACAGCGAGGGTTTGTACGAGAAATAAACTTGCATTGTGTGGGAAGCAGGTGTTTCTGGAGGCAAGTAAGGAAGGAAGGAGGAAGAGCTTTGCAGGAGCAAATTCTGTGGGGGCTTTGTTTTCTTCGGAACAAAAAAATTTAGCCTTTGGTCCTGCAGGTTCTGATTCTTGACCTTGCTACTCCACACTTA
CTGTGATTTTTTGTTCTCTTTTTCGTTTGGGTTTGGTGTTGTGTATATTTCCGGCGGGGACTTGTTAGGGTTTATGAAAACCAGATACTAGATTTGGCTCTTTAATTTTGTGGCTTCATCTGGTTAGGGGGTTAAAAAATTTGTGGGAAGTTAAATTTGGGGTTGTAAGTTGTTTTCGCGGGGTTGCAGGGCTGAATAAT
AGCTGGGGGCCAGCTTGTTCAGTCCTGAAATGGTGTCGCGAACCTAAAATATAGTGCATCGTGATAGCGATGTTGTAAATAAATAAGGAACCTGTGGGGTAAATTCATGATAGAAATGGAGAACAAAGGGGAGTATATCTCCAAGCTTGCCAGAAGCATTGTGCATAGAGTTCAAATGAAAAGAAAAGGATCTTACAAAC
ACAGTGATATATATCGTAGTGGCTTAACATCGGGTAGAGGGGCTTTAAAATTGGCTAAGGGGACGAGTGTTGTTCCTAACTCTAGAAATGGAACACGTCAAGCTGTCGGGAATGTGAAATGCTGTGATGGGTGTCGAATGGAGGGTTATTCCCGCAAGGCAATTTTGCACAATTATGGGAATTTTCGCAAGAGTGCGGTT
CCTGAGAGGCTTATGTATTATTGGAATGGCGGGTGGAATGATTTTTCCGTTGAAGCTTCAGAGTCGCTTCGGAAGGCATTCTCAGATGGCATGCCCAGTATAGAAGTGGTAATAGATGAATCGCGTTACCTCGTCGATTTTTTGCGCATGCTGCAAATAGATTTGAGGGTGGGTTGTCAAAGATCCATTGCCTGGATAGA
CAAGAATGGCTCTTGTTTTTTCCCTAAAGGCTTCTTTGAGGATAATATTGATGATGTCGACTTCGCCCCCAAAGTCGAGGTTGAGATTGAGATTCGAATAAGTGCAACTGAGGGTTCGCAGGCTGAGAAACGTCGAGTTCAGGGTAACTTGGAGCCCTTGTCCGAGGCTTCGGACACTAAAAGACATGTGCCTTCCAGTT
CTGACCCCTCATTCGCTGTTGCGAAAACTGAGAAATACGAACTTGCTAGTAACTTAGAGTCCTGGAAGGTTACCAAATCTGATCACAAGAGTAAAGTACTCTGTGATGACATTAAAGCAGACAAATTGACCAGGAAAGCATCAGTTGAGGTCCCTGCACCTACAAATGAATTGGAGAGAGGTTCGAGCCACAAAGGCAAT
GTGCCGGCTGCTTTACCCTCCAAATCATCGAAAGATTCAAAAGATGAGGAGGCTACTGGCAGTGCTGTCAATAGTTCTCAAGGATTAGAATCCAAACAGTGTTCAAGTTTAGAAGCTTCTGAATTTGAATCGTTGGGTGACAGACTGATCAAATTGGAAGATGGAAATGAAGAGTATGCGGCCGTGCAAAATCGTTTTCT
CTCCGGTTTCAGCAAAAGTGCAGTTGCAACCACTGTTACTGGTATTTATCGAAATACCCATGCAAGTGCGATGGGCCAGGTTCGACTGCACGCTTTTCGGAGGCAGGTTGAGATAACTAGGAGGTCCCGTGGTAATGCAAATGTCAGGACTGCCTGGCATGGCACTTCCAGCAAATGTGCTGCAGCAATCATACTTCATG
GTTTTAGCTTGAGCAAAACACATGATAATGGCCCATCATATGGTGTTGGTGTTTATCTTGCTCCAGAAGGTCGCTCCCATCTCAGTGCTGCATTTTCGGATATCGACAAAAATGGTGAACAACATATGGTGCTGTGTCGGGTTATTCTGGGAAATGTGGAGAGAGTCCCTCTTGGCTCTCATCAGTTCCATCCTAGTTGT
GAAAAGTTCGATTCTGGGGTTGATGATCTCACAAATCCGAAGTGTTACATTATTTGGAGCACTCACATGAACATGCATATTCTTCCGGAGTACATTGTGAGCTTTAAGGTTCCACATCAAATGCATGAATGCTGGGATGAAATGAAAGCAAAGCAAGGCATCTGTGGTGTTCCCAAAAGTTTCAGCAGTTCTCTGGAGGA
TGTTGAAGTTGCTCGCCAGGGTTCTATCTATGAGACGCACCTTTCTTCAGCTTCAGCTGAGGGAAGAAAATGCAAGACGCAAGCATCGGCAAAAGGATCAACACGAATTCCCAGTACTGCTAACATGTCATTCCCAAAGTTGTTCTCAGTCATAAGAAAGTCCATGCCTACATCTTATATGAATACATTGGAACACCTCT
ATGCTCAGTACAAGgtagctattcttcttttgtagagttttgttgccattgatatagcgacgcagattgcagaatcaaatgcacagaaagttagatccatgcccctgtgtgtaattgtcagGTAGGAAAAATTGGCAAAGACATCATCGTAAGGAATGTCAGAACGATTGTTGGAGATAAGTTGCTGATTGCAGCTATTC
AAAGCATTAGAGGCCAGGTACCCACTTTTTTGAATTCAGACGTCCAGGATTTGAATTGTTTGCTAGCATCTCCAGCTTTTGCTACCAAGATAAACTGTGTCACACAAAATATTGGAATAATGTTGGATTAACCTGCTTGTTTTTTACTTTAGAGTCACAACTAGGTTTACATCAGCTAACTGGGTTTATATAATTCCAAT
AAAATGGCCTGTATATATGAGTTTTCACATACTGTTGCCTTGTCTACTTTTGAGATGTATTTTGTTTTTGTTCCTCAATTTTTTATGCCATCGCTCTTGCATTTTAGAGTTAGCTGTATAATTTTTCATTCTTGTCATTTTTATGTAGAAAAAGATCAAGTTCAGCATGCTATATGTTGCTTTGCAGATGAAATGTACAC
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TATAAATTTTGAAGACTATTTTTATAGCAACCATGCTCTGGTACAGTTGGAGTAATGGGAAAGTCCTTTATAAAGACAATTAAGTTCTGGCTTATGATATCTAGCACTCGGAGGATACACTGACTTTCTGTTTATTAGTAGGTGCTGGGAGTTCTTTAACATGGGTGATTAAGAGCAGTTGAAAATGGAGTTCTTAAAAA
TATGTAATTTTGGGGTATCTTTAGCAACATGCTGCAGGGTGATATGCCATTTTTCGTAGTCATAGATATGTTTTCAATTTGGAATGTGGAACTATGGTAATCTAATCCCCTACAAAGATGATTATTAGGCCCAGGTTCGCTTTTGCTGGTCCGTCCAACCAGTGTTAGGATTAATGTAGTTAGTGATGCTACTCAATGGG
GCTTGAACTCATGTTCACTGTTTGGCAAGTACCATGGCTAACCACTAGGTTACTACATTATTGGTAATAGGGATCGTGCTATTGGTCTTGTTCACGTATATTGTTATGTCTGTCTAGGTAGCCTTGTATTTGTAAAGTGTATTTTCAACTAGTTTGTGTTTTTGCTCTATGATAAATTTATTCCATTGTTGCTATTGTGC
TATTGGTCTTGTTCACATATATTGTTATGTCTTTATAGGTAACTGTGTAGTGATAAAGGATTTTGTTTGTTTTTGTTTTATATCTTTTGTGGTTGGGTTCCTTTTGTATGGATTTGTTAATGCAGTTGTAAGGCGTAAATTGTATTGTTCATCTTGTGAGTTTTTTAAGGAAGGTTTCCTTTCTCAATTCCGGCTCTCAT
TTGTTTTTGCAGAAAGATTTCATGGAGGCGGTTAACAAAGTAGATAATGTTCCCCATTCTTTTCTCGTGTCCAAGAAACTACATATGGACAATAAATGCAATTCATTGATAAATCAGACCCTTGCAATTAGGCGACAATCACAAATAAATGGCCAGAGCTCTAGCAGGCCAGGGTCCTGTTCTGATCAGAATTCAATTCA
TTGTGAGAAGGAAAATTCTTCTCCAATCACTGGGGCTGTCTAGACACCGGATTTCAAGATTAATGAATAAAGGTTCACACGTGGTTTCACATGCACCAGTTTTCAAGAATAGATTCATGGCATGCTTGATAGATTTGCAGCCATGTCCTTTTCCTCGTTGGAATTCTAGCGTTTTCAATCTTGAGTAGTAATGTCATTAA
CATGTTTCTCTCTTTTCTTAGCAAATGGAAGTATGCAGCTTTTGCATATGGTGCCAATTTAACTCATCTAAGGAAATTTCTGAACTAATTATTCCTTAGCTCTCTTTTGATTGAAGAGTCTAAAGTTTCTCTCTTCCTAAGGCAAAAATGTGCGTAATTTACACAACTTAAGGATATGTATGAAAACTGTTCTCTCTTCT
TTAATATATTATTGAGATTTTAATGATATTTATCTCTAC
Intron 10 GTACCCACTT ... TGCTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20.23 | 418 | 15 | 106 |
| A2 | 28.16 | 398 | 15 | 156 |
| A3 | 23.62 | 359 | 9 | 111 |
| A4 | 28.32 | 205 | 6 | 81 |
| A5 | 20.12 | 131 | 16 | 33 |
| A6 | 23.87 | 539 | 5 | 169 |
| A7 | 23.67 | 903 | 18 | 280 |
| A8 | 25.03 | 1135 | 12 | 379 |
| A9 | 22.55 | 941 | 19 | 274 |
| A10 | 26.75 | 783 | 7 | 286 |
>TRINITY_DN110254_c0_g1_i11 from sample A4 / Example spliced isoformGCGGGAGCGAGGGTTTGTACGAGAAATAAACTTGCATTGTGTGGGAAGCAGGTGTTTCTGGAGGCAAGTAAGGAAGGAAGGAGGAAGAGCTTTGCAGGAGCAAATTCTGTGGGGGCTTTGTTTTCTTCGGAACAAAAAAATTTAGCCTTTGGTCCTGCAGGTTCTGATTCTTGACCTTGCTACTCCACACTTACTGTGAT
TTTTTGTTCTCTTTTTCGTTTGGGTTTGGTGTTGTGTATATTTCCGGCGGGGACTTGTTAGGGTTTATGAAAACCAGATACTAGATTTGGCTCTTTAATTTTGTGGCTTCATCTGGTTAGGGGGTTAAAAAATTTGTGGGAAGTTAAATTTGGGGTTGTAAGTTGTTTTCGCGGGGTTGCAGGGCTGAATAATAGCTGGG
GGCCAGCTTGTTCAGTCCTGAAATGGTGTCGCGAACCTAAAATATAGTGCATCGTGATAGTGATGTTGTAAATAAATAAGGAACCTGTGGGGTAAATTCATGATAGAAATGGAGAACAAAGGGGAGTATATCTCCAAGCTTGCCAGAAGCATTGTGCATAGAGTTCAAATGAAAAGAAAAGGATCTTACAAACACAGTGA
TATATATCGTAGTGGCTTAACATCGGGTAGAGGGGCTTTAAAATTGGCTAAGGGGACGAGTGTTGTTCCTAACTCTAGAAATGGAACACGTCAAGCTGTCGGGAATGTGAAATGCTGTGATGGGTGTCGAATGGAGGGTTATTCCCGCAAGGCAATTTTGCACAATTATGGGAATTTTCGCAAGAGTGCGGTTCCTGAGA
GGCTTATGTATTATTGGAATGGCGGGTGGAATGATTTTTCCGTTGAAGCTTCAGAGTCGCTTCGGAAGGCATTCTCAGATGGCATGCCCAGTATAGAAGTGGTAATAGATGAATCGCGTTACCTCGTCGATTTTTTGCGCATGCTGCAAATAGATTTGAGGGTGGGTTGTCAAAGATCCATTGCCTGGATAGACAAGAAT
GGCTCTTGTTTTTTCCCTAAAGGCTTCTTTGAGGATAATATTGATGATGTCGACTTCGCCCCCAAAGTCGAGGTTGAGATCGAGATTCGAATAAGTGCAACTGAGGGTTCGCAGGCTGAGAAACGTCGAGTTCAGGGTAACTTGGAGCCCTTGTCCGAGGCTTCGGACACTAAAAGACATGTGCCTTCCAGTTCTGACCC
CTCATTCGCTGTTGCGAAAACTGAGAAATACGAACTTGCTAGTAACTTAGAGTCCTGGAAGGTTACCAAATCTGATCACAAGAGTAAAGTACTCTGTGATGACATTAAAGCATACAAATTGACCAGGAAAGCATCAGTTGAGGTCCCTGCACCTACAAATGAATTGGAGAGAGGTTCGAGCCACAAAGGCAATGTGCCGG
CTGCTTTACCCTCCAAATCATCGAAAGATTCAAAAGATGAGGATGCTACTGGCAGTGCTGTCAATAGTTCTCAAGGATTAGAATCCAAACAGTGTTCAAGTTTAGAAGCTTCTGAATTTGAATCGTTGGGTGACAGACTGATCAAATTGGAAGATGGAAATGAAGAGTATGCGGCCGTGCAAAATCGTTTTCTCTCCGGT
TTCAGTAAAAGTGCAGTTGCAACCACTGTTACTGGTATTTATCGAAATACCCATGCAAGTGCGATGGGCCAGGTTCGACTGCACGCTTTTCGGAGGCAGGTTGAGATAACTAGGAGGTCCCGTGGTAATGCAAATGTCAGGACTGCCTGGCATGGCACGTCCAGCAAATGTGCTGCAGCAATCATACTTCATGGTTTTAG
CTTGAGCAAAACACATGATAATGGCCCATCATATGGTGTTGGTGTTTATCTTGCTCCAGAAGGTCGCTCCCATCTCAGTGCTGCATTTTCGGATATCGACAAAAATGGTGAACAACATATGGTGCTGTGTCGGGTTATTCTGGGAAATGTGGAGAGAGTCCCTCTTGGCTCTCATCAGTTCCATCCTAGTTGTGAAAAGT
TCGATTCTGGGGTTGATGATCTCACAAATCCGAAGTGTTACATTATTTGGAGCACTCACATGAACATGCATATTCTTCCGGAGTACATTGTGAGCTTTAAGGTTCCACATCAAATGCATGAATGCTGGGATGAAATGAAAGCAAAGCAAGGCATCTGTGGTGTTCCCAAAAGTTTCAGCAGTTCTCTGGAGGATGTTGAA
GTTGCTCGCCAGGGTTCTATCTATGAGACGCACCTTTCTTCAGCTTCAGCTGAGGGAAGAAAATGCAAGACGCAAGCATCGGCAAAAGGATCAACACGAATTCCCAGTACTGCTAACATGTCATTCCCAAAGTTGTTCTCAGTCATAAGAAAGTCCATGCCTACATCTTATATGAATACATTGGAACACCTCTATGCTCA
GTACAAGGTAGGAAAAATTGGCAAAGACATCATCGTAAGGAATGTCAGAATGATTGTTGGAGATAAGTTGCTGATTGCAGCTATTCAAAGCATTAGAGGCCAGATGAAATGTACACAAATGTTAAACAGAGTGGAGCATCGTCCACATTCTTTCCTGGGTTCTGACAGGCTAAATCTAGATAATGAGTCTACTACATCCA
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TGATCAGTTGAAGCTGCCACTGTTCAATGATGTAATTTGATTAATATCTTTGACAATGTAATGGAAGGACACCATACTTCTTGTTTCTAGTACTATCTAGTTAGTAGCTATACGTTAATGTTAAAATTCAAGTGATCCATACAGATCAATAGCTTACTGCCTGATAATATTTCAGTAATAGCTGTTACACTTGGTTATGT
CTAGAAGGTACTAACTAAAATCCACTGAATATGGTGGACATCTGCTGCATGGAGGACAAGGTTCCTTTGCACACTCTTATATTTAGGGTCTATCTTCTGTTTTCTTTTTCAGAGTGTCATGATGCATGGAGATGAAAATAACATTCTTCTCAAAGGATTTCCTTCTCCATTTCTTGGCATGGCAATGATGATTTAAAGTC
ATCTAGTTTGGATTACCTGATAATGGCTTTGGAAGGTTAATGTTTAGGATATGAGATGACTTTTCCAATTTGATATGGCAAGAAGCGCCTTAATGAAGTTTCTATTTGTGGGATTTAGTTTGTGAATTTCTCAAAGTTCAGAAATGAAAAACTTGGATTTTGTATAAAGTTAGAATCATTTGAATCCTGCGAGGTTGGTT
TCATGTGGAAATGGTGCAAGATTTTGATTGGATTTCATACAATATGGTAACTTTTAAACTAAATTTAACCCAATAAAGCTATTCTACTGAATATAGAAAACTATAAAATTGAAAGAAAATATGTGCAGCATGAAGGCTCAAAAACACTGATCTCATACTTATTTTTATTGTGATGTGAGAAAAGGAATAAATTTATGACA
TTTTGGTTTTAAGAAAATTTTTCTGTTCGAAGAAGAAACTAGACTTGAAAATTGAAAGGAAAAGGAAGCCATAGGCTTGACAGGACAAATTGAGGCATGAAGGCATCGAATTCTCATTTCTATTTGTAAAATGCTTAAGTGCAAAGAAAATTAGGAAACAAGAAATAATAAAAAGAGACATCAAAGAGTTGTGGAATATC
TCTAGTAATGAGTGCTGATATTTTGTGTGATGACATGGTCATAGGGAGGAGAGTTATGCCCTCATTATAGTACGGGGTTTGAAAAATGTAAAATTGACTTCTGCCTAGAAAGTACAAGGGCTAGAAACATTCAAGAAGGATAACCCATAGCTAGGATGCAAAACATAATTGATGATTGTGATTCTAGAAAACATTGAACA
TGGATTTGAAGGGACTATATAAGGAAATGGAGGAAAGGGCAGATGTGGAGTAATGATGCTGAAGTGATGTAGGAAATTTTACAACTACAGAACTTATTACTTGACCACAAAAATAGACTCTTTAAAAA
>TRINITY_DN110254_c0_g1_i10 from sample A4 / Example unspliced isoform:GCTATTCTTCTTTTGTAGAGTTTTGTTGCCATTGATATAGCGACGCAGATTGCAGAATCAAATGCACAGAAAGTTAGATCCATGCCCCTGTGTGTAATTGTCAGGTAGGAAAAATTGGCAAAGACATCATCGTAAGGAATGTCAGAATGATTGTTGGAGATAAGTTGCTGATTGCAGCTATTCAAAGCATTAGAGGCCAG
gtacccacttttttgaattcagacgtccaggatttgaattgtttgctagcatctccagcttttgcttaccaagataaactgtgtcacacaaaatattggaataatgttggattaacctgcttgttttttactttagagtcacaactaggtttacatcagctaactgggtttatataattccaataaaatggcctgtatat
atgagttttcacatactgttgccttgtctacttttgagatgtattttgtttttgttcctcaattttttatgccatcgctcttgcattttagagttagctgtataatttttcattcttgtcatttttatgtagaaaaagatcaagttcagcatgctatatgttgctttgcagATGAAATGTACACAAATGTTAAACAGAGT
GGAGCATCGTCCACATTCTTTCCTGGGTTCTGACAGGCTAAATCTAGATAATGAGTCTACTACATCCACGAATAAGAAAGATTTCATGGAGGCGGTTAACAAAGTAGATAATGTTCCCCATTCTTTTCTCGTGTCCAAGAAACTACATATGGACAATAAATGCAATTCATTGATAAATCAGGTAACAACAATCTTTTTAA
TAAAAGAAAAATGATCCACTTTTAATATGAATACATCATATGTCTATTTAAAAATGGTTAATGTTGAAATTGAAAAAGGTAGCTTGGAAGATCTCAGAAATAATCTATCAAGTGTGTTTTGGTATGGTTGAAAAATAAGGAATGTTCCTTTTCAGCCATAAAAATTGATACATAAATTTAAAATTTAATGCGATCAAATT
TCTTTTTCAGCCATGAAATTCTGGCATCAGGATGGTTTTTAGGGATTTGCTTTCAAGCTCGCACATCAGATGACAGACATTACCTAGTTTGATCTTATGATCAGTTGAAGCTGCCACTGTTCAATGATGTAATTTGATTAATATCTTTGACAATGTAATGGAAGGACACCATACTTCTTGTTTCTAGTACTATCTAGTTA
GTAGCTATACGTTAATGTTAAAATTCAAGTGATCCATACAGATCAATAGCTTACTGCCTGATAATATTTCAGTAATAGCTGTTACACTTGGTTATGTCTAGAAGGTACTAACTAAAATCCACTGAATATGGTGGACATCTGCTGCATGGAGGACAAGGTTCCTTTGCACACTCTTATATTTAGGGTCTATCTTCTGTTTT
CTTTTTCAGAGTGTCATGATGCATGGAGATGAAAATAACATTCTTCTCAAAGGATTTCCTTCTCCATTTCTTGGCATGGCAATGATGATTTAAAGTCATCTAGTTTGGATTACCTGATAATGGCTTTGGAAGGTTAATGTTTAGGATATGAGATGACTTTTCCAATTTGATATGGCAAGAAGCGCCTTAATGAAGTTTCT
ATTTGTGGGATTTAGTTTGTGAATTTCTCAAAGTTCAGAAATGAAAAACTTGGATTTTGTATAAAGTTAGAATCATTTGAATCCTGCGAGGTTGGTTTCATGTGGAAATGGTGCAAGATTTTGATTGGATTTCATACAATATGGTAACTTTTAAACTAAATTTAACCCAATAAAGCTATTCTACTGAATATAGAAAACTA
TAAAATTGAAAGAAAATATGTGCAGCATGAAGGCTCAAAAACACTGATCTCATACTTATTTTTATTGTGATGTGAGAAAAGGAATAAATTTATGACATTTTGGTTTTAAGAAAATTTTTCTGTTCGAAGAAGAAACTAGACTTGAAAATTGAAAGGAAAAGGAAGCCATAGGCTTGACAGGACAAATTGAGGCATGAAGG
CATCGAATTCTCATTTCTA
Intron 11 GTACTGTAAG ... GTTTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 16.82 | 331.5 | 35 | 67 |
| A2 | 16.69 | 364.5 | 16 | 73 |
| A3 | 15.28 | 321.5 | 19 | 58 |
| A4 | 26.27 | 205 | 6 | 73 |
| A5 | 19.52 | 99 | 13 | 24 |
| A6 | 14.88 | 589 | 10 | 103 |
| A7 | 14.37 | 1002 | 24 | 168 |
| A8 | 15.34 | 1220 | 33 | 221 |
| A9 | 14.48 | 962.5 | 14 | 163 |
| A10 | 13.8 | 768.5 | 19 | 123 |
>TRINITY_DN133342_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoformGAGAAGCAATACAGCGAGGGTTTGTACGAGAAATAAACTTGCATTGTGTGGGAAGCAGGTGTTTCTGGAGGCAAGTAAGGAAGGAAGGAGGAAGAGCTTTGCAGGAGCAAATTCTGTGGGGGCTTTGTTTTCTTCGGAACAAAAAAATTTAGCCTTTGGTCCTGCAGGTTCTGATTCTTGACCTTGCTACTCCACACTTA
CTGTGATTTTTTGTTCTCTTTTTCGTTTGGGTTTGGTGTTGTGTATATTTCCGGCGGGGACTTGTTAGGGTTTATGAAAACCAGATACTAGATTTGGCTCTTTAATTTTGTGGCTTCATCTGGTTAGGGGGTTAAAAAATTTGTGGGAAGTTAAATTTGGGGTTGTAAGTTGTTTTCGCGGGGTTGCAGGGCTGAATAAT
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CCTGAGAGGCTTATGTATTATTGGAATGGCGGGTGGAATGATTTTTCCGTTGAAGCTTCAGAGTCGCTTCGGAAGGCATTCTCAGATGGCATGCCCAGTATAGAAGTGGTAATAGATGAATCGCGTTACCTCGTCGATTTTTTGCGCATGCTGCAAATAGATTTGAGGGTGGGTTGTCAAAGATCCATTGCCTGGATAGA
CAAGAATGGCTCTTGTTTTTTCCCTAAAGGCTTCTTTGAGGATAATATTGATGATGTCGACTTCGCCCCCAAAGTCGAGGTTGAGATTGAGATTCGAATAAGTGCAACTGAGGGTTCGCAGGCTGAGAAACGTCGAGTTCAGGGTAACTTGGAGCCCTTGTCCGAGGCTTCGGACACTAAAAGACATGTGCCTTCCAGTT
CTGACCCCTCATTCGCTGTTGCGAAAACTGAGAAATACGAACTTGCTAGTAACTTAGAGTCCTGGAAGGTTACCAAATCTGATCACAAGAGTAAAGTACTCTGTGATGACATTAAAGCAGACAAATTGACCAGGAAAGCATCAGTTGAGGTCCCTGCACCTACAAATGAATTGGAGAGAGGTTCGAGCCACAAAGGCAAT
GTGCCGGCTGCTTTACCCTCCAAATCATCGAAAGATTCAAAAGATGAGGAGGCTACTGGCAGTGCTGTCAATAGTTCTCAAGGATTAGAATCCAAACAGTGTTCAAGTTTAGAAGCTTCTGAATTTGAATCGTTGGGTGACAGACTGATCAAATTGGAAGATGGAAATGAAGAGTATGCGGCCGTGCAAAATCGTTTTCT
CTCCGGTTTCAGCAAAAGTGCAGTTGCAACCACTGTTACTGGTATTTATCGAAATACCCATGCAAGTGCGATGGGCCAGGTTCGACTGCACGCTTTTCGGAGGCAGGTTGAGATAACTAGGAGGTCCCGTGGTAATGCAAATGTCAGGACTGCCTGGCATGGCACTTCCAGCAAATGTGCTGCAGCAATCATACTTCATG
GTTTTAGCTTGAGCAAAACACATGATAATGGCCCATCATATGGTGTTGGTGTTTATCTTGCTCCAGAAGGTCGCTCCCATCTCAGTGCTGCATTTTCGGATATCGACAAAAATGGTGAACAACATATGGTGCTGTGTCGGGTTATTCTGGGAAATGTGGAGAGAGTCCCTCTTGGCTCTCATCAGTTCCATCCTAGTTGT
GAAAAGTTCGATTCTGGGGTTGATGATCTCACAAATCCGAAGTGTTACATTATTTGGAGCACTCACATGAACATGCATATTCTTCCGGAGTACATTGTGAGCTTTAAGGTTCCACATCAAATGCATGGTAATGTTCCCATTTTACCTTTTCTTGTGCCATATGACGAATGATAAATATTTCACAAACTTGGTTAACTGTT
CCAGTTAGCATGCATAGGCCCCAGCTGAATACTAGCTAAATATTGATGTCTTACTGCTATAGAATGCTGGGATGAAATGAAAGCAAAGCAAGGCATCTGTGGTGTTCCCAAAAGTTTCAGCAGTTCTCTGGAGGATGTTGAAGTTGCTCGCCAGGGTTCTATCTATGAGACGGTAACTAATATGACTTGGAATAGTGTCT
ATTTTTATAGGCAATTGAATGTATAAATTTGGGAGATGTATTACTGCTTCTTCTTTCTTAGATTTACACTAAACCTATAGGTGACATGTAATTGGTAGTGTGGTGGCAATTTCCATTTTCCTTTATGCACTGGAGGTTTTATCTCTCCTACAGGTTAATGTAAGTCATTAGTTCTTGGTTTTATCCTATTGGCAATTTCT
TTTGGTTTGATACTGCTTATATTGGTTTCCAGCACCTTTCTTCAGCTTCAGCTGAGGGAAGAAAATGCAAGACGCAAGCATCGGCAAAAGGATCAACACGAATTCCCAGTACTGCTAACATGTCATTCCCAAAGTTGTTCTCAGTCATAAGAAAGTCCATGCCTACATCTTATATGAATACATTGGAACACCTCTATGCT
CAGTACAAGGTAGGAAAAATTGGCAAAGACATCATCGTAAGGAATGTCAGAACGATTGTTGGAGATAAGTTGCTGATTGCAGCTATTCAAAGCATTAGAGGCCAGATGAAATGTACACAAATGTTAAACAGAGTGGAGCATCGTCCACATTCTTTCCTGGGTTCTGACAGGCTAAATCTAGATAATGAGTCTACTACATC
CACGAATAAGAAAGATTTCATGGAGGCGGTTAACAAAGTAGATAATGTTCCCCATTCTTTTCTCGTGTCCAAGAAACTACATATGGACAATAAATGCAATTCATTGATAAATCAGCCATGAAATTCTGGCATCAGGATGGTTTTTAGGGATTTGCTTTCAAGCCCGC
>TRINITY_DN133342_c0_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:GAGAAGCAATACAGCGAGGGTTTGTACGAGAAATAAACTTGCATTGTGTGGGAAGCAGGTGTTTCTGGAGGCAAGTAAGGAAGGAAGGAGGAAGAGCTTTGCAGGAGCAAATTCTGTGGGGGCTTTGTTTTCTTCGGAACAAAAAAATTTAGCCTTTGGTCCTGCAGGTTCTGATTCTTGACCTTGCTACTCCACACTTA
CTGTGATTTTTTGTTCTCTTTTTCGTTTGGGTTTGGTGTTGTGTATATTTCCGGCGGGGACTTGTTAGGGTTTATGAAAACCAGATACTAGATTTGGCTCTTTAATTTTGTGGCTTCATCTGGTTAGGGGGTTAAAAAATTTGTGGGAAGTTAAATTTGGGGTTGTAAGTTGTTTTCGCGGGGTTGCAGGGCTGAATAAT
AGCTGGGGGCCAGCTTGTTCAGTCCTGAAATGGTGTCGCGAACCTAAAATATAGTGCATCGTGATAGCGATGTTGTAAATAAATAAGGAACCTGTGGGGTAAATTCATGATAGAAATGGAGAACAAAGGGGAGTATATCTCCAAGCTTGCCAGAAGCATTGTGCATAGAGTTCAAATGAAAAGAAAAGGATCTTACAAAC
ACAGTGATATATATCGTAGTGGCTTAACATCGGGTAGAGGGGCTTTAAAATTGGCTAAGGGGACGAGTGTTGTTCCTAACTCTAGAAATGGAACACGTCAAGCTGTCGGGAATGTGAAATGCTGTGATGGGTGTCGAATGGAGGGTTATTCCCGCAAGGCAATTTTGCACAATTATGGGAATTTTCGCAAGAGTGCGGTT
CCTGAGAGGCTTATGTATTATTGGAATGGCGGGTGGAATGATTTTTCCGTTGAAGCTTCAGAGTCGCTTCGGAAGGCATTCTCAGATGGCATGCCCAGTATAGAAGTGGTAATAGATGAATCGCGTTACCTCGTCGATTTTTTGCGCATGCTGCAAATAGATTTGAGGGTGGGTTGTCAAAGATCCATTGCCTGGATAGA
CAAGAATGGCTCTTGTTTTTTCCCTAAAGGCTTCTTTGAGGATAATATTGATGATGTCGACTTCGCCCCCAAAGTCGAGGTTGAGATTGAGATTCGAATAAGTGCAACTGAGGGTTCGCAGGCTGAGAAACGTCGAGTTCAGGGTAACTTGGAGCCCTTGTCCGAGGCTTCGGACACTAAAAGACATGTGCCTTCCAGTT
CTGACCCCTCATTCGCTGTTGCGAAAACTGAGAAATACGAACTTGCTAGTAACTTAGAGTCCTGGAAGGTTACCAAATCTGATCACAAGAGTAAAGTACTCTGTGATGACATTAAAGCAGACAAATTGACCAGGAAAGCATCAGTTGAGGTCCCTGCACCTACAAATGAATTGGAGAGAGGTTCGAGCCACAAAGGCAAT
GTGCCGGCTGCTTTACCCTCCAAATCATCGAAAGATTCAAAAGATGAGGAGGCTACTGGCAGTGCTGTCAATAGTTCTCAAGGATTAGAATCCAAACAGTGTTCAAGTTTAGAAGCTTCTGAATTTGAATCGTTGGGTGACAGACTGATCAAATTGGAAGATGGAAATGAAGAGTATGCGGCCGTGCAAAATCGTTTTCT
CTCCGGTTTCAGCAAAAGTGCAGTTGCAACCACTGTTACTGGTATTTATCGAAATACCCATGCAAGTGCGATGGGCCAGGTTCGACTGCACGCTTTTCGGAGGCAGGTTGAGATAACTAGGAGGTCCCGTGGTAATGCAAATGTCAGGACTGCCTGGCATGGCACTTCCAGCAAATGTGCTGCAGCAATCATACTTCATG
GTTTTAGCTTGAGCAAAACACATGATAATGGCCCATCATATGGTGTTGGTGTTTATCTTGCTCCAGAAGGTCGCTCCCATCTCAGTGCTGCATTTTCGGATATCGACAAAAATGGTGAACAACATATGGTGCTGTGTCGGGTTATTCTGGGAAATGTGGAGAGAGTCCCTCTTGGCTCTCATCAGTTCCATCCTAGTTGT
GAAAAGTTCGATTCTGGGGTTGATGATCTCACAAATCCGAAGTGTTACATTATTTGGAGCACTCACATGAACATGCATATTCTTCCGGAGTACATTGTGAGCTTTAAGGTTCCACATCAAATGCATGAATGCTGGGATGAAATGAAAGCAAAGCAAGGCATCTGTGGTGTTCCCAAAAGTTTCAGCAGTTCTCTGGAGGA
TGTTGAAGTTGCTCGCCAGGGTTCTATCTATGAGACGCACCTTTCTTCAGCTTCAGCTGAGGGAAGAAAATGCAAGACGCAAGCATCGGCAAAAGGATCAACACGAATTCCCAGTACTGCTAACATGTCATTCCCAAAGTTGTTCTCAGTCATAAGAAAGTCCATGCCTACATCTTATATGAATACATTGGAACACCTCT
ATGCTCAGTACAAGGTAGCTATTCTTCTTTTGTAGAGTTTTGTTGCCATTGATATAGCGACGCAGATTGCAGAATCAAATGCACAGAAAGTTAGATCCATGCCCCTGTGTGTAATTGTCAGGTAGGAAAAATTGGCAAAGACATCATCGTAAGGAATGTCAGAACGATTGTTGGAGATAAGTTGCTGATTGCAGCTATTC
AAAGCATTAGAGGCCAGGTACCCACTTTTTTGAATTCAGACGTCCAGGATTTGAATTGTTTGCTAGCATCTCCAGCTTTTGCTACCAAGATAAACTGTGTCACACAAAATATTGGAATAATGTTGGATTAACCTGCTTGTTTTTTACTTTAGAGTCACAACTAGGTTTACATCAGCTAACTGGGTTTATATAATTCCAAT
AAAATGGCCTGTATATATGAGTTTTCACATACTGTTGCCTTGTCTACTTTTGAGATGTATTTTGTTTTTGTTCCTCAATTTTTTATGCCATCGCTCTTGCATTTTAGAGTTAGCTGTATAATTTTTCATTCTTGTCATTTTTATGTAGAAAAAGATCAAGTTCAGCATGCTATATGTTGCTTTGCAGATGAAATGTACAC
AAATGTTAAACAGAGTGGAGCATCGTCCACATTCTTTCCTGGGTTCTGACAGGCTAAATCTAGATAATGAGTCTACTACATCCACGAATAAGgtactgtaagaagacaaagatttacaaagtgagtttacagattatctgtctttaatgataatatctgcattttttcaaatttgtcatgctcattttatgttatttgcc
tataaattttgaagactatttttatagcaaccatgctctggtacagttggagtaatgggaaagtcctttataaagacaattaagttctggcttatgatatctagcactcggaggatacactgactttctgtttattagtaggtgctgggagttctttaacatgggtgattaagagcagttgaaaatggagttcttaaaaa
tatgtaattttggggtatctttagcaacatgctgcagggtgatatgccatttttcgtagtcatagatatgttttcaatttggaatgtggaactatggtaatctaatcccctacaaagatgattattaggcccaggttcgcttttgctggtccgtccaaccagtgttaggattaatgtagttagtgatgctactcaatggg
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TTGTGAGAAGGAAAATTCTTCTCCAATCACTGGGGCTGTCTAGACACCGGATTTCAAGATTAATGAATAAAGGTTCACACGTGGTTTCACATGCACCAGTTTTCAAGAATAGATTCATGGCATGCTTGATAGATTTGCAGCCATGTCCTTTTCCTCGTTGGAATTCTAGCGTTTTCAATCTTGAGTAGTAATGTCATTAA
CATGTTTCTCTCTTTTCTTAGCAAATGGAAGTATGCAGCTTTTGCATATGGTGCCAATTTAACTCATCTAAGGAAATTTCTGAACTAATTATTCCTTAGCTCTCTTTTGATTGAAGAGTCTAAAGTTTCTCTCTTCCTAAGGCAAAAATGTGCGTAATTTACACAACTTAAGGATATGTATGAAAACTGTTCTCTCTTCT
TTAATATATTATTGAGATTTTAATGATATTTATCTCTAC
Intron 12 GTATGTCGTG ... TGGACAGAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 100 | 0 | 12 | 6 |
| A2 | 100 | 0 | 5 | 4 |
| A3 | 100 | 0 | 4 | 2 |
| A4 | 63.64 | 2 | 7 | 0 |
| A5 | 73.33 | 2 | 10 | 1 |
| A6 | 100 | 0 | 5 | 2 |
| A7 | 75 | 3 | 10 | 8 |
| A8 | 63.64 | 4 | 3 | 11 |
| A9 | 80 | 1 | 7 | 1 |
| A10 | 100 | 0 | 2 | 0 |
>TRINITY_DN48852_c0_g2_i6 from sample A7 / Example spliced isoformTCCATTTTGACATCCACGCGTAAAGTTCCAATTTGTTAAAGAATGTTGATGTAGAAGCTTTGCGTAGACCACCAAAACATGCTTTCATAAATACCATACTCTGTACTGTATGGTAGATGTGTTGGTAAGATGTTAAATTGGGTATTGGGGAGTTTTAATTCTAGTTGGCTTGGTGACATGATCGTGCATTTTTGGCAGTA
CGGTTAACGTATGTGAGTAACATCAATTTGCGGTTTTGTCAACTACAACCTTCTGGGAGTTGCTGGCTTTGTTGATCGCACCAGAATCTAGTACATTGAAATTAGTTGGTTTGAACTCACCTGAATGGGCTTTTTTGGTTCCATCTCGAGCAAAATCAGTTGATGGATGCATCCTTCAGTGTAGATTGTTATACGTACAC
GCAAGATGTCCTTGTATATTGGACAGAAGCAGTAGCCAAGCATCTAGTGGCAGCAAGAATCGAGCTTCATCATTTCAAGAGTTAAATACTGGTTATCAAAAAACACCTGAGAAACAATGGTGGTGCGTCAAATTCAAAAGTGGCATGGGTCGTGTAAGCAGCAGCGAAGCTTCTAGTGGTAAACAAGTGGCATCCATTTG
CATGCGGCTCTGCAATTATATGCAGCAAGAATTGAGCTTCATCATTCAAGAGTTAAACCCTGGTCATCAAGGAACACCTGAGAAACAATGGAGGTGCATCAAATTCAAAAGTGACAAGGGTCGAGTAAGGAGCAAATGGGCACCATGGAAGACACTGGATTGCAGACCAAGGATAGAAGCAAATGGGCACCATGGAAGAC
ACTGGATGAATTGGAGACAAAGGATAGAAGCAAATGGGCATCATGGAACGTCACACAGGATTGTTGCAGCCAAAGGATATTTTATGCAAATCTGAAGCAAATGGGCACCATGGGACGTGATAAAGGATTGCAGGGAAAGGATATTTTATGCAAATCTTC
>TRINITY_DN48852_c0_g2_i15 from sample A7 / Example unspliced isoform:TCCATTTTGACATCCACGCGTAAAGTTCCAATTTGTTAAAGAATGTTGATGTAGAAGCTTTGCGTAGACCACCAAAACATGCTTTCATAAATACCATACTCTGTACTGTATGGTAGATGTGTTGGTAAGATGTTAAATTGGGTATTGGGGAGTTTTAATTCTAGTTGGCTTGGTGACATGATCGTGCATTTTTGGCAGTA
CGGTTAACGTATGTGAGTAACATCAATTTGCGGTTTTGTCAACTACAACCTTCTGGGAGTTGCTGGCTTTGTTGATCGCACCAGAATCTAGTACATTGAAATTAGTTGGTTTGAACTCACCTGAATGGGCTTTTTTGGTTCCATCTCGAGCAAAATCAGTTGATGGATGCATCCTTCAGTGTAGATTGTTATACGTACAC
GCAAGATGTCCTTGTATATTGGACAGAAGCAGTAGCCAAGCATCTAGTGGTAGACAAGTGGCATCCATTTGCATTCTGCTCTGCATTTATATGTCCGATGCTCAGCTTGGACCAAACTTCATCAAAATGCTTATTTCCTCCTTTGTTTGGTCAAGTATTTTGCTTTTTCTGTGCTATTGTTTATCAAATTTACAGACACT
GCTTTCCATTCTATGCCATGGCAGGCAGCAAGAATCGAGCTTCATCATTTCAAGAGTTAAATACTGGTTATCAAAAAACACCTGAGAAACAATGGTGGTGCGTCAAATTCAAAAGTGGCATGGGTCGTGTAAGgtatgtcgtggtgctatcacaatgagtctggccatattatactcgccacaatgaaaagctgactatg
agatgtaagaaatgagttacagatggaattagaaaagtgtggttttaattgggaccacaaccaggagagtaaaataaagttttgggcctacttgtctctcttcaaattagttcttttgaaccgatctgaatgggcttttttggttccatctcgagcaaaattagttgattgatgcatcctatagtgtagattgttattag
taacacacaagctgtaattgtatgttggacagaagCAGCAGCGAAGCTTCTAGTGGTAAACAAGTGGCATCCATTTGCATGCGGCTCTGCAATTATATGCAGCAAGAATTGAGCTTCATCATTCAAGAGTTAAACCCTGGTCATCAAGGAACACCTGAGAAACAATGGAGGTGCATCAAATTCAAAAGTGACAAGGGTCG
AGTAAGGTATGTCGTGATGCTATCACAATGATTCTGGCCATATTATATTCGCAACAATGAAAAGCTGACAGAAACGGGTCTTACAGATTGAATTAGAGAAGTGTGGTTTTAATTGGGATCACAACCAGGAGAGTAAAGTTTTGGGTTAACTCTAGTCTCTCTTCAAATGGTCTAATGGAGCATATTGCTTTGATAATATT
TTTAATTCAATCCGGTGGCAAATTCAAGCATAAGGGCTTTGTTGCGATTTTTAATTCAAACCGATGGCAAGATGCCATGGTTGGTGACACGGGATTGCTGACGAGGGATATTTAATGCAATTTTTTTAAAGATTCGGAAAGATTAAGTAACCGTGTTGAATAATTAATGGCAAATAGGAGCAAATGGGCACCATGGAAGA
CACTGGATTGCAGACCAAGGATAGAAGCAAATGGGCACCATGGAAGACACTGGATTCTTGCAGACCAAGGATAGAAGCAAATGGGCACCATGGAAGACACTGGATTGCAGACCAAGGATAGAAGCAAATGGGCACCATGGAAGACACTGGATTGCAGAAGGATAGAAGCAAATGGGCACCATGGAAGACATGAATTGGAG
ACAAAGGATAGAAGCAAATGGGCATCATGGAACGTCACACAGGATTGTTGCAGCCAAAGGATATTTTATGCAAATCTGAAGCAAATGGGCACCATGGGACGTGATAAAGGATTGCAGGGAAAGGATATTTTATGCAAATCTTCTGAGATTCCAAACATTTCAGGGAGAGCAATCTTGAATATTTATAATCCTCAAAATGT
TAACTGGCAAATCTTTTGTATCTTTTCCGGTTTCAATATATTTTATAAAATAAGTCTGTGAACTTCTAAATAAAATTAAATTTATTATAAACTATACAAGGGCATTTATTTTCAGCTTTTTTATTATGAATGTAATATTTTTTTAAAAAAGTCCAATGATGAAAATCCAAGAGAAACTGGGCAGACTCGGA
Intron 13 GTACTGTAAA ... GTTTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 14.5 | 331.5 | 20.3 | 56.3 |
| A2 | 11.1 | 364.5 | 9.3 | 46.3 |
| A3 | 13.6 | 321.5 | 7.7 | 50.7 |
| A4 | 20.98 | 205 | 3.3 | 55 |
| A5 | 12.63 | 99 | 5.7 | 14.7 |
| A6 | 11.77 | 589 | 6 | 79 |
| A7 | 9.77 | 1002 | 8.7 | 110 |
| A8 | 10.77 | 1220 | 11 | 149 |
| A9 | 11.72 | 962.5 | 4.7 | 128.3 |
| A10 | 8.67 | 768.5 | 6.3 | 74.3 |
>TRINITY_DN133342_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoformGAGAAGCAATACAGCGAGGGTTTGTACGAGAAATAAACTTGCATTGTGTGGGAAGCAGGTGTTTCTGGAGGCAAGTAAGGAAGGAAGGAGGAAGAGCTTTGCAGGAGCAAATTCTGTGGGGGCTTTGTTTTCTTCGGAACAAAAAAATTTAGCCTTTGGTCCTGCAGGTTCTGATTCTTGACCTTGCTACTCCACACTTA
CTGTGATTTTTTGTTCTCTTTTTCGTTTGGGTTTGGTGTTGTGTATATTTCCGGCGGGGACTTGTTAGGGTTTATGAAAACCAGATACTAGATTTGGCTCTTTAATTTTGTGGCTTCATCTGGTTAGGGGGTTAAAAAATTTGTGGGAAGTTAAATTTGGGGTTGTAAGTTGTTTTCGCGGGGTTGCAGGGCTGAATAAT
AGCTGGGGGCCAGCTTGTTCAGTCCTGAAATGGTGTCGCGAACCTAAAATATAGTGCATCGTGATAGCGATGTTGTAAATAAATAAGGAACCTGTGGGGTAAATTCATGATAGAAATGGAGAACAAAGGGGAGTATATCTCCAAGCTTGCCAGAAGCATTGTGCATAGAGTTCAAATGAAAAGAAAAGGATCTTACAAAC
ACAGTGATATATATCGTAGTGGCTTAACATCGGGTAGAGGGGCTTTAAAATTGGCTAAGGGGACGAGTGTTGTTCCTAACTCTAGAAATGGAACACGTCAAGCTGTCGGGAATGTGAAATGCTGTGATGGGTGTCGAATGGAGGGTTATTCCCGCAAGGCAATTTTGCACAATTATGGGAATTTTCGCAAGAGTGCGGTT
CCTGAGAGGCTTATGTATTATTGGAATGGCGGGTGGAATGATTTTTCCGTTGAAGCTTCAGAGTCGCTTCGGAAGGCATTCTCAGATGGCATGCCCAGTATAGAAGTGGTAATAGATGAATCGCGTTACCTCGTCGATTTTTTGCGCATGCTGCAAATAGATTTGAGGGTGGGTTGTCAAAGATCCATTGCCTGGATAGA
CAAGAATGGCTCTTGTTTTTTCCCTAAAGGCTTCTTTGAGGATAATATTGATGATGTCGACTTCGCCCCCAAAGTCGAGGTTGAGATTGAGATTCGAATAAGTGCAACTGAGGGTTCGCAGGCTGAGAAACGTCGAGTTCAGGGTAACTTGGAGCCCTTGTCCGAGGCTTCGGACACTAAAAGACATGTGCCTTCCAGTT
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