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TCGAATATAATTGGTTTAGAAGTTGATTTGATGGGAGACCAAGAGTCTGCAGTAGCTCAAGCTCCAGTAGTCATGGAATATGCAACAGTAGAAGATACTGTCATGCCAGATGCAAACAAATACGTGACAGAGCATGTGTCTGCATTGGGTCAACATCCACCAGTTGTAGATTATGTAGCTGCAGATAATACTCATTTGCC
TGATGGAAGCAGCTTTACCCAGCATCAAGAGACTGTGATGGAGCAAGTTCCACAACCCAGTACTTATGCTGATGTAGCTGTCACTGGTTTGTCTGACGGAGACAATTATAGCAGACATCAGGATTCTGCAACGGACCCAGCTACAACAGCTGCTGTTTATGGTATTGCAGATAATTCTGGTTTGACTGATGGAAGTAAAT
ATGGTTTGACTGAACAAGAGCCTGCAGCAGACCATGCTCCTCCGTCAACTGTTTACCAAGCTGAAGGTGCTAGTGGCAATTATGATGTAACTAAATACATGGGAGACCCGGATCCTGCGATGGATCAAGCCCCTCTAGCTACAGATTATGGAACTACTGTAGCTATTGGTGCAGACCAGTTTGCTTCTGCTGAACATCAT
GCTGATGAGAATGGTAATATTGTGTCCGAAGAGAACAAGGAACACGAACAACCACAGTATGAGGAGACTCCTGTCATCTCTACTGAAGAAGAAAGATTATGGAGCATAGTAAGGGCAAACTCAGCAGATTTTAATGCATGGACTTCTCTTATTCAAGAGACTGAAAAGACAGCAGAGGAATATTTGCCCAAAATACGAAA
AGTTTATGATGCCTTCTTAGCAGAGTTTCCTTTATGTTATGGATACTGGAAGAAGTATGCAGATCATGAAGCACGCTCGGGTAGTGCTGAAAAGATTGTCGAGGTGTATGAAAGGGCAGTCCAAGCTGTGACATACTCGGTGGATATTTGGATGCACTATGCAATCTTTGCAATGTCAACATACGAAGATCCAGAGACCA
TTCGAAGGGAAGATCAAAGTTCAAATGAGGGCAAAGAGGGCCTCTGAGCACCACTTCATATCTCGGACATAGTATGGTTTTGTCGGGAAGGTTATTCGAACGGGGCCTGTCATATGTTGGAACTGACTACTTGTCCTATCCTCTTTGGGACAAGTACATTGAATTTGAATATTCACAGCAGGAGTGGAGTCGTCTGGCAC
AGATTTATACACGAATTTTGCAAATTCCTATTCAACAGTTGGACCGTTATTACGGCAGTTTCAAGGAACTGGCTGCCAGTCGACCATTATTAGAGTTGCGAACTGTAGAAGAAAATGCAGCAGCTGCTGCAATAGTGACAGTTCAGGAAGGTGGTGAAGGACCTACAGATGGTGATGAAGCACCAAATCCTGAAACTGCC
ACTTTAACTGAGGCTGATGAATTGGAGAAGTATCTGGCTGTTAGAGAAGCAATGCATAAGAAAGCAAAAGAATTTGATGTAAAGATTCATGATTTTGAGACAGCTATTCGTAGACCTTATTTCCATGTAAAGCCTCTAGATGACTTGCAACTTGGCAACTGGCATCGGTATCTCGACTTCATTGAGAAAGTGAATGATTT
TGATCGGACAGTAAAATTGTATGAAAGATGTCTTATTGCATGTGCAAACTACCCAGAGTATTGGATCCGATATGTTCAATGTATGGAAACTGCTGGAAGCATGGAAGTTGCAAATGATGCTCTTGCACGGGCTACACAAATTTTTGTGAAGAGACAACCCGAGATCCACATTTTTGCTGCTCGATTCAAGGAACAGATGG
GAGACATTGCCGGTGCTCGTGCAGAGTATCAATTTCTTTGTACAGAGCTAGCTCCTGGTCTCCTTGATGCTATAATTAAACATGCCAACTTGGAACATCGTCTGGGAAGCTCTGAATCAGCGATATCAATATTTGAAACAACTATTGCAACTGAAAAAGCAAAAGAACAGTCACAGTCGTTGCCTCTGTTGTATATTCAG
TACTCTCGTTTTCTTCAGCTGAGTGCAGGCAATGCCAATAGAGCAAGAGAAGTTTTGGCTGAAGCACTGGAGCTTCTGCCTTTTTCAAAGACACTTCTTGAGGTAGCTATACATTTAGAATCAAGAAGGCCAGGCTCTAAACAAATTGATTACTTAGATTCGGTTGTAGAAAAAATGTTGAACTCAAAGCCTGATGGATC
CTATGAGTTAAGTGCTGTGGATCGAGAGGAGATATCGAGCATATTTTTAGAGTTTGTTGACATCTTTGGAGATATTCATGCTATTAAGAAGGCAGAATTCCGTCATAGGCAGCTTTTTCTACCTCATAAAAGCTCTTCTGAATCTAAGAAACGCTCTGCTGATAGTCTTGCGTCGGATAAGACTAAGGTTGCCAAGACTT
ATACAACTGCTCCTGCTGCTGTATCTCCTGCACAATCGGGTATGTCTGCTTATCCAAATGGACAGGCTCAGTGGGGTGCAGGCTATACACAGCAGTCTCAAGGTTGGCAGCAGCCACCCCCTCAGCAGGCTCCTCAGATGCAACCTCAACAATGGCCAGGCTATGGTCAACAGGGTGGCTATGCTCCTTATGGGGGTTAT
GGAAATTATGGGCATCCTCAACAACCAGCAAACGCAACACAGCAGCAAGGTTATGGAGGTTATGGTCAAGCATATCCGCCACAGGCCTTTGCACAGCAAAATTATGCACAGCCTGCACCAGCAGCAGCTTACACAGCGCCTCAGCAGCAAGCAGCAGCACCCCAGTATTATCCTGGCTATTATTGAGGTCATTTGTCACA
GTTTTGAAATGGATTTTTAGATCTCCTCGACATCTTTAACTTGTCATCATCAATTTGTAAATTAGGGATCTTTCGGGAAGAATATTATCGAAGGGGTTCTGCATTGCACGAATTATTATACTCAATGGTGGTGTTGATCCATCTCATTCAATGTAGCAGTTTCAAAATAGAATTAAATGTTTCCCAGAGTGATCAAATGC
AGGAACCCTTCTCTAACTGTACAAGACTGCAATATTTGTTGGAAGCTCATCTTTGTTTTCTTACATACAGGTGTTGGATTAGTTACTTTAATAATCTCATTACTATATCTAATCACTTGGTGTAATAGATTGGCTGAATTAATTTGCTCGAGAACATCAGCATCATTATTTACTTTAATTTGTTGTATTCTACTATGCAG
AACATTTTTGTCCTTGTATTCAGGCAGAACACAGAATAATGGATCATTGGTATGCGGCATGGTTTATGTACTTGGTTGCATTGGTTTCATAAGCAGTATTGTTACATTTCTTTTTATCCAGTCATTAAGATCCATGACTGTATTAGTTGTCTTTGCTTATTATTGTCATTAAGATCCATG


>TRINITY_DN103070_c0_g1_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:
GAAATATCGCCTCTGAGATGTATATTTATCATTAAATCCCTCTCTTAAATCTTCGAGAGAGCCCTCCCTCATTTTATTCCTCTCCTCTCCCACAGCATTCCTCAAGTTCCAAATCTGGTATTCTGGTATTATTAGTTTACGCGTCCGTCGACCTCGAAGAAGGGCAACACCAGGGGGTTCTACTACGCTACGGCCATTAT
TCGAATATAATTGGTTTAGAAGTTGATTTGATGGGAGACCAAGAGTCTGCAGTAGCTCAAGCTCCAGTAGTCATGGAATATGCAACAGTAGAAGATACTGTCATGCCAGATGCAAACAAATACGTGACAGAGCATGTGTCTGCATTGGGTCAACATCCACCAGTTGTAGATTATGTAGCTGCAGATAATACTCATTTGCC
TGATGGAAGCAGCTTTACCCAGCATCAAGAGACTGTGATGGAGCAAGTTCCACAACCCAGTACTTATGCTGATGTAGCTGTCACTGGTTTGTCTGACGGAGACAATTATAGCAGACATCAGGATTCTGCAACGGACCCAGCTACAACAGCTGCTGTTTATGGTATTGCAGATAATTCTGGTTTGACTGATGGAAGTAAAT
ATGGTTTGACTGAACAAGAGCCTGCAGCAGACCATGCTCCTCCGTCAACTGTTTACCAAGCTGAAGGTGCTAGTGGCAATTATGATGTAACTAAATACATGGGAGACCCGGATCCTGCGATGGATCAAGCCCCTCTAGCTACAGATTATGGAACTACTGTAGCTATTGGTGCAGACCAGTTTGCTTCTGCTGAACATCAT
GCTGATGAGAATGGTAATATTGTGTCCGAAGAGAACAAGGAACACGAACAACCACAGTATGAGGAGACTCCTGTCATCTCTACTGAAGAAGAAAGATTATGGAGCATAGTAAGGGCAAACTCAGCAGATTTTAATGCATGGACTTCTCTTATTCAAGAGACTGAAAAGACAGCAGAGGAATATTTGCCCAAAATACGAAA
AGTTTATGATGCCTTCTTAGCAGAGTTTCCTTTATGTTATGGATACTGGAAGAAGTATGCAGATCATGAAGCACGCTCGGGTAGTGCTGAAAAGATTGTCGAGGTGTATGAAAGGGCAGTCCAAGCTGTGACATACTCGGTGGATATTTGGATGCACTATGCAATCTTTGCAATGTCAACATACGAAGATCCAGAGACCA
TTCGAAGgtacaccaatccttgtcttcatagcaacaaattatatttcctgtggttatttaattggtttatgcaggcagtaacagcatgccttccactttctccatagcaaagtgttgattgggttaacctttaccgtcttttcttctgaccattgttaggttttgctgcagctttgattctacacgtttatggcggaacg
gtttgtccatatgtgaacttttagttttagctgtattagttaatgagagacaacccttgtttgatgaaaccactacacccaatatgaatcattacatttaaaaataataaatacagataatgcattaatttttaattctctccacattctttagtttttgttactctttggatggtccacgtgtaagtctggttccactt
gtcatttgtttgagtgttactgccatttttacttgttaacactcttgaggatatcatgggtgcaacaatacatacaatgctgccagGGAAGATCAAAGTTCAAATGAGGGCAAAGAGGGCCTCTGAGCACCACTTCATATCTCGGACATAGTATGGTTTTGTCGGGAAGGTTATTCGAACGGGGCCTGTCATATGTTGGA
ACTGACTACTTGTCCTATCCTCTTTGGGACAAGTACATTGAATTTGAATATTCACAGCAGGAGTGGAGTCGTCTGGCACAGATTTATACACGAATTTTGCAAATTCCTATTCAACAGTTGGACCGTTATTACGGCAGTTTCAAGGAACTGGCTGCCAGTCGACCATTATTAGAGTTGCGAACTGTAGAAGAAAATGCAGC
AGCTGCTGCAATAGTGACAGTTCAGGAAGGTGGTGAAGGACCTACAGATGGTGATGAAGCACCAAATCCTGAAACTGCCACTTTAACTGAGGCTGATGAATTGGAGAAGTATCTGGCTGTTAGAGAAGCAATGCATAAGAAAGCAAAAGAATTTGATGTAAAGATTCATGATTTTGAGACAGCTATTCGTAGACCTTATT
TCCATGTAAAGCCTCTAGATGACTTGCAACTTGGCAACTGGCATCGGTATCTCGACTTCATTGAGAAAGTGAATGATTTTGATCGGACAGTAAAATTGTATGAAAGATGTCTTATTGCATGTGCAAACTACCCAGAGTATTGGATCCGATATGTTCAATGTATGGAAACTGCTGGAAGCATGGAAGTTGCAAATGATGCT
CTTGCACGGGCTACACAAATTTTTGTGAAGAGACAACCCGAGATCCACATTTTTGCTGCTCGATTCAAGGAACAGATGGGAGACATTGCCGGTGCTCGTGCAGAGTATCAATTTCTTTGTACAGAGCTAGCTCCTGGTCTCCTTGATGCTATAATTAAACATGCCAACTTGGAACATCGTCTGGGAAGCTCTGAATCAGC
GATATCAATATTTGAAACAACTATTGCAACTGAAAAAGCAAAAGAACAGTCACAGTCGTTGCCTCTGTTGTATATTCAGTACTCTCGTTTTCTTCAGCTGAGTGCAGGCAATGCCAATAGAGCAAGAGAAGTTTTGGCTGAAGCACTGGAGCTTCTGCCTTTTTCAAAGACACTTCTTGAGGTAGCTATACATTTAGAAT
CAAGAAGGCCAGGCTCTAAACAAATTGATTACTTAGATTCGGTTGTAGAAAAAATGTTGAACTCAAAGCCTGATGGATCCTATGAGTTAAGTGCTGTGGATCGAGAGGAGATATCGAGCATATTTTTAGAGTTTGTTGACATCTTTGGAGATATTCATGCTATTAAGAAGGCAGAATTCCGTCATAGGCAGCTTTTTCTA
CCTCATAAAAGCTCTTCTGAATCTAAGAAACGCTCTGCTGATAGTCTTGCGTCGGATAAGACTAAGGTTGCCAAGACTTATACAACTGCTCCTGCTGCTGTATCTCCTGCACAATCGGGTATGTCTGCTTATCCAAATGGACAGGCTCAGTGGGGTGCAGGCTATACACAGCAGTCTCAAGGTTGGCAGCAGCCACCCCC
TCAGCAGGCTCCTCAGATGCAACCTCAACAATGGCCAGGCTATGGTCAACAGGGTGGCTATGCTCCTTATGGGGGTTATGGAAATTATGGGCATCCTCAACAACCAGCAAACGCAACACAGCAGCAAGGTTATGGAGGTTATGGTCAAGCATATCCGCCACAGGCCTTTGCACAGCAAAATTATGCACAGCCTGCACCAG
CAGCAGCTTACACAGCGCCTCAGCAGCAAGCAGCAGCACCCCAGTATTATCCTGGCTATTATTGAGGTCATTTGTCACAGTTTTGAAATGGATTTTTAGATCTCCTCGACATCTTTAACTTGTCATCATCAATTTGTAAATTAGGGATCTTTCGGGAAGAATATTATCGAAGGGGTTCTGCATTGCACGAATTATTATAC
TCAATGGTGGTGTTGATCCATCTCATTCAATGTAGCAGTTTCAAAATAGAATTAAATGTTTCCCAGAGTGATCAAATGCAGGAACCCTTCTCTAACTGTACAAGACTGCAATATTTGTTGGAAGCTCATCTTTGTTTTCTTACATACAGGTGTTGGATTAGTTACTTTAATAATCTCATTACTATATCTAATCACTTGGT
GTAATAGATTGGCTGAATTAATTTGCTCGAGAACATCAGCATCATTATTTACTTTAATTTGTTGTATTCTACTATGCAGAACATTTTTGTCCTTGTATTCAGGCAGAACACAGAATAATGGATCATTGGTATGCGGCATGGTTTATGTACTTGGTTGCATTGGTTTCATAAGCAGTATTGTTACATTTCTTTTTATCCAG
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Intron 2 GTGTTGGATT ... TACTATGCAG

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>TRINITY_DN117253_c0_g1_i25 from sample A1 / Example spliced isoform
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TGATTTGATGGGAGACCAAGAGTCTGCAGTAGCTCAAGCTCCAGTAGTCATGGAATATGCAACAGTAGAAGATACTGTCATGCCAGATGCAAACAAATACGTGACAGAGCATGTGTCTGCATTGGGTCAACATCCACCAGTTGTAGATTATGTAGCTGCAGATAATACTCATTTGCCTGATGGAAGCAGCTTTACCCAGC
ATCAAGAGACTGTGATGGAGCAAGTTCCACAACCCAGTACTTATGCTGATGTAGCTGTCACTGGTTTGTCTGACGGAGACAATTATAGCAGACATCAGGATTCTGCAACGGACCCAGCTACAACAGCTGCTGTTTATGGTATTGCAGATAATTCTGGTTTGACTGATGGAAGTAAATATGGTTTGACTGAACAAGAGCCT
GCAGCAGACCATGCTCCTCCGTCAACTGTTTACCAAGCTGAAGGTGCTAGTGGCAATTATGATGTAACTAAATACATGGGAGACCCGGATCCTGCGATGGATCAAGCCCCTCTAGCTACAGATTATGGAACTACTGTAGCTATTGGTGCAGACCAGTTTGCTTCTGCTGAACATCATGCTGATGAGAATGGTAATATTGT
GTCCGAAGAGAACAAGGAACACGAACAACCACAGTATGAGGAGACTCCTGTCATCTCTACTGAAGAAGAAAGATTATGGAGCATAGTAAGGGCAAACTCAGCAGATTTTAATGCATGGACTTCTCTTATTCAAGAGACTGAAAAGACAGCAGAGGAATATTTGCCCAAAATACGAAAAGTTTATGATGCCTTCTTAGCAG
AGTTTCCTTTATGTTATGGATACTGGAAGAAGTATGCAGATCATGAAGCACGCTCGGGTAGTGCTGAAAAGATTGTCGAGGTGTATGAAAGGGCAGTCCAAGCTGTGACATACTCGGTGGATATTTGGATGCACTATGCAATCTTTGCAATGTCAACATACGAAGATCCAGAGACCATTCGAAGGTTATTCGAACGGGGC
CTGTCATATGTTGGAACTGACTACTTGTCCTATCCTCTTTGGGACAAGTACATTGAATTTGAATATTCACAGCAGGAGTGGAGTCGTCTGGCACAGATTTATACACGAATTTTGCAAATTCCTATTCAACAGTTGGACCGTTATTACGGCAGTTTCAAGGAACTGGCTGCCAGTCGACCATTATTAGAGTTGCGAACTGT
AGAAGAAAATGCAGCAGCTGCTGCAATAGTGACAGTTCAGGAAGGTGGTGAAGGACCTACAGATGGTGATGAAGCACCAAATCCTGAAACTGCCACTTTAACTGAGGCTGATGAATTGGAGAAGTATCTGGCTGTTAGAGAAGCAATGCATAAGAAAGCAAAAGAATTTGATGTAAAGATTCATGATTTTGAGACAGCTA
TTCGTAGACCTTATTTCCATGTAAAGCCTCTAGATGACTTGCAACTTGGCAACTGGCATCGGTATCTCGACTTCATTGAGAAAGTGAATGATTTTGATCGGACAGTAAAATTGTATGAAAGATGTCTTATTGCATGTGCAAACTACCCAGAGTATTGGATCCGATATGTTCAATGTATGGAAACTGCTGGAAGCATGGAA
GTTGCAAATGATGCTCTTGCACGGGCTACACAAATTTTTGTGAAGAGACAACCCGAGATCCACATTTTTGCTGCTCGATTCAAGGAACAGATGGGAGACATTGCCGGTGCTCGTGCAGAGTATCAATTTCTTTGTACAGAGCTAGCTCCTGGTCTCCTTGATGCTATAATTAAACATGCCAACTTGGAACATCGTCTGGG
AAGCTCTGAATCAGCGATATCAATATTTGAAACAACTATTGCAACTGAAAAAGCAAAAGAACAGTCACAGTCGTTGCCTCTGTTGTATATTCAGTACTCTCGTTTTCTTCAGCTGAGTGCAGGCAATGCCAATAGAGCAAGAGAAGTTTTGGCTGAAGCACTGGAGCTTCTGCCTTTTTCAAAGACACTTCTTGAGGTAG
CTATACATTTAGAATCAAGAAGGCCAGGCTCTAAACAAATTGATTACTTAGATTCGGTTGTAGAAAAAATGTTGAACTCAAAGCCTGATGGATCCTATGAGTTAAGTGCTGTGGATCGAGAGGAGATATCGAGCATATTTTTAGAGTTTGTTGACATCTTTGGAGATATTCATGCTATTAAGAAGGCAGAATTCCGTCAT
AGGCAGCTTTTTCTACCTCATAAAAGCTCTTCTGAATCTAAGAAACGCTCTGCTGATAGTCTTGCGTCGGATAAGACTAAGGTTGCCAAGACTTATACAACTGCTCCTGCTGCTGTATCTCCTGCACAATCGGGTATGTCTGCTTATCCAAATGGACAGGCTCAGTGGGGTGCAGGCTATACACAGCAGTCTCAAGGTTG
GCAGCAGCCACCCCCTCAGCAGGCTCCTCAGATGCAACCTCAACAATGGCCAGGCTATGGTCAACAGGGTGGCTATGCTCCTTATGGGGGTTATGGAAATTATGGGCATCCTCAACAACCAGCAAACGCAACACAGCAGCAAGGTTATGGAGGTTATGGTCAAGCATATCCGCCACAGGCCTTTGCACAGCAAAATTATG
CACAGCCTGCACCAGCAGCAGCTTACACAGCGCCTCAGCAGCAAGCAGCAGCACCCCAGTATTATCCTGGCTATTATTGAGGTCATTTGTCACAGTTTTGAAATGGATTTTTAGATCTCCTCGACATCTTTAACTTGTCATCATCAATTTGTAAATTAGGGATCTTTCGGGAAGAATATTATCGAAGGGGTTCTGCATTG
CACGAATTATTATACTCAATGGTGGTGTTGATCCATCTCATTCAATGTAGCAGTTTCAAAATAGAATTAAATGTTTCCCAGAGTGATCAAATGCAGGAACCCTTCTCTAACTGTACAAGACTGCAATATTTGTTGGAAGCTCATCTTTGTTTTCTTACATACAGAACATTTTTGTCCTTGTATTCAGGCAGAACACAGAA
TAATGGATCATTGGTATGCGGCATGGTTTATGTACTTGGTTGCATTGGTTTCATAAGC


>TRINITY_DN117253_c0_g1_i21 from sample A1 / Example unspliced isoform:
ATTTATCATTAAATCCCTCTCTTAAATCTTCGAGAGAGCCCTCCCTCATTTTATTCCTCTCCTCTCCCACAGCATTCCTCAAGTTCCAAATCTGGTATTCTGGTATTATTAGTTTACGCGTCCGTCGACCTCGAAGAAGGGCAACACCAGGGGGTTCTACTACGCTACGGCCATTATTCGAATATAATTGGTTTAGAAGT
TGATTTGATGGGAGACCAAGAGTCTGCAGTAGCTCAAGCTCCAGTAGTCATGGAATATGCAACAGTAGAAGATACTGTCATGCCAGATGCAAACAAATACGTGACAGAGCATGTGTCTGCATTGGGTCAACATCCACCAGTTGTAGATTATGTAGCTGCAGATAATACTCATTTGCCTGATGGAAGCAGCTTTACCCAGC
ATCAAGAGACTGTGATGGAGCAAGTTCCACAACCCAGTACTTATGCTGATGTAGCTGTCACTGGTTTGTCTGACGGAGACAATTATAGCAGACATCAGGATTCTGCAACGGACCCAGCTACAACAGCTGCTGTTTATGGTATTGCAGATAATTCTGGTTTGACTGATGGAAGTAAATATGGTTTGACTGAACAAGAGCCT
GCAGCAGACCATGCTCCTCCGTCAACTGTTTACCAAGCTGAAGGTGCTAGTGGCAATTATGATGTAACTAAATACATGGGAGACCCGGATCCTGCGATGGATCAAGCCCCTCTAGCTACAGATTATGGAACTACTGTAGCTATTGGTGCAGACCAGTTTGCTTCTGCTGAACATCATGCTGATGAGAATGGTAATATTGT
GTCCGAAGAGAACAAGGAACACGAACAACCACAGTATGAGGAGACTCCTGTCATCTCTACTGAAGAAGAAAGATTATGGAGCATAGTAAGGGCAAACTCAGCAGATTTTAATGCATGGACTTCTCTTATTCAAGAGACTGAAAAGACAGCAGAGGAATATTTGCCCAAAATACGAAAAGTTTATGATGCCTTCTTAGCAG
AGTTTCCTTTATGTTATGGATACTGGAAGAAGTATGCAGATCATGAAGCACGCTCGGGTAGTGCTGAAAAGATTGTCGAGGTGTATGAAAGGGCAGTCCAAGCTGTGACATACTCGGTGGATATTTGGATGCACTATGCAATCTTTGCAATGTCAACATACGAAGATCCAGAGACCATTCGAAGGTTATTCGAACGGGGC
CTGTCATATGTTGGAACTGACTACTTGTCCTATCCTCTTTGGGACAAGTACATTGAATTTGAATATTCACAGCAGGAGTGGAGTCGTCTGGCACAGATTTATACACGAATTTTGCAAATTCCTATTCAACAGTTGGACCGTTATTACGGCAGTTTCAAGGAACTGGCTGCCAGTCGACCATTATTAGAGTTGCGAACTGT
AGAAGAAAATGCAGCAGCTGCTGCAATAGTGACAGTTCAGGAAGGTGGTGAAGGACCTACAGATGGTGATGAAGCACCAAATCCTGAAACTGCCACTTTAACTGAGGCTGATGAATTGGAGAAGTATCTGGCTGTTAGAGAAGCAATGCATAAGAAAGCAAAAGAATTTGATGTAAAGATTCATGATTTTGAGACAGCTA
TTCGTAGACCTTATTTCCATGTAAAGCCTCTAGATGACTTGCAACTTGGCAACTGGCATCGGTATCTCGACTTCATTGAGAAAGTGAATGATTTTGATCGGACAGTAAAATTGTATGAAAGATGTCTTATTGCATGTGCAAACTACCCAGAGTATTGGATCCGATATGTTCAATGTATGGAAACTGCTGGAAGCATGGAA
GTTGCAAATGATGCTCTTGCACGGGCTACACAAATTTTTGTGAAGAGACAACCCGAGATCCACATTTTTGCTGCTCGATTCAAGGAACAGATGGGAGACATTGCCGGTGCTCGTGCAGAGTATCAATTTCTTTGTACAGAGCTAGCTCCTGGTCTCCTTGATGCTATAATTAAACATGCCAACTTGGAACATCGTCTGGG
AAGCTCTGAATCAGCGATATCAATATTTGAAACAACTATTGCAACTGAAAAAGCAAAAGAACAGTCACAGTCGTTGCCTCTGTTGTATATTCAGTACTCTCGTTTTCTTCAGCTGAGTGCAGGCAATGCCAATAGAGCAAGAGAAGTTTTGGCTGAAGCACTGGAGCTTCTGCCTTTTTCAAAGACACTTCTTGAGGTAG
CTATACATTTAGAATCAAGAAGGCCAGGCTCTAAACAAATTGATTACTTAGATTCGGTTGTAGAAAAAATGTTGAACTCAAAGCCTGATGGATCCTATGAGTTAAGTGCTGTGGATCGAGAGGAGATATCGAGCATATTTTTAGAGTTTGTTGACATCTTTGGAGATATTCATGCTATTAAGAAGGCAGAATTCCGTCAT
AGGCAGCTTTTTCTACCTCATAAAAGCTCTTCTGAATCTAAGAAACGCTCTGCTGATAGTCTTGCGTCGGATAAGACTAAGGTTGCCAAGACTTATACAACTGCTCCTGCTGCTGTATCTCCTGCACAATCGGGTATGTCTGCTTATCCAAATGGACAGGCTCAGTGGGGTGCAGGCTATACACAGCAGTCTCAAGGTTG
GCAGCAGCCACCCCCTCAGCAGGCTCCTCAGATGCAACCTCAACAATGGCCAGGCTATGGTCAACAGGGTGGCTATGCTCCTTATGGGGGTTATGGAAATTATGGGCATCCTCAACAACCAGCAAACGCAACACAGCAGCAAGGTTATGGAGGTTATGGTCAAGCATATCCGCCACAGGCCTTTGCACAGCAAAATTATG
CACAGCCTGCACCAGCAGCAGCTTACACAGCGCCTCAGCAGCAAGCAGCAGCACCCCAGTATTATCCTGGCTATTATTGAGGTCATTTGTCACAGTTTTGAAATGGATTTTTAGATCTCCTCGACATCTTTAACTTGTCATCATCAATTTGTAAATTAGGGATCTTTCGGGAAGAATATTATCGAAGGGGTTCTGCATTG
CACGAATTATTATACTCAATGGTGGTGTTGATCCATCTCATTCAATGTAGCAGTTTCAAAATAGAATTAAATGTTTCCCAGAGTGATCAAATGCAGGAACCCTTCTCTAACTGTACAAGACTGCAATATTTGTTGGAAGCTCATCTTTGTTTTCTTACATACAGgtgttggattagttactttaataatctcattactat
atctaatcacttggtgtaatagattggctgaattaatttgctcgagaacatcagcatcattatttactttaatttgttgtattctactatgcagAACATTTTTGTCCTTGTATTCAGGCAGAACACAGAATAATGGATCATTGGTATGCGGCATGGTTTATGTACTTGGTTGCATTGGTTTCATAAGC



Intron 3 GTACACCAAT ... TTTGCTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A158.8517224662
A257.2912316530
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A943.4818214064
A1046.8513511934



>TRINITY_DN117253_c0_g1_i15 from sample A1 / Example spliced isoform
ATTTATCATTAAATCCCTCTCTTAAATCTTCGAGAGAGCCCTCCCTCATTTTATTCCTCTCCTCTCCCACAGCATTCCTCAAGTTCCAAATCTGGTATTCTGGTATTATTAGTTTACGCGTCCGTCGACCTCGAAGAAGGGCAACACCAGGGGGTTCTACTACGCTACGGCCATTATTCGAATATAATTGGTTTAGAAGT
TGATTTGATGGGAGACCAAGAGTCTGCAGTAGCTCAAGCTCCAGTAGTCATGGAATATGCAACAGTAGAAGATACTGTCATGCCAGATGCAAACAAATACGTGACAGAGCATGTGTCTGCATTGGGTCAACATCCACCAGTTGTAGATTATGTAGCTGCAGATAATACTCATTTGCCTGATGGAAGCAGCTTTACCCAGC
ATCAAGAGACTGTGATGGAGCAAGTTCCACAACCCAGTACTTATGCTGATGTAGCTGTCACTGGTTTGTCTGACGGAGACAATTATAGCAGACATCAGGATTCTGCAACGGACCCAGCTACAACAGCTGCTGTTTATGGTATTGCAGATAATTCTGGTTTGACTGATGGAAGTAAATATGGTTTGACTGAACAAGAGCCT
GCAGCAGACCATGCTCCTCCGTCAACTGTTTACCAAGCTGAAGGTGCTAGTGGCAATTATGATGTAACTAAATACATGGGAGACCCGGATCCTGCGATGGATCAAGCCCCTCTAGCTACAGATTATGGAACTACTGTAGCTATTGGTGCAGACCAGTTTGCTTCTGCTGAACATCATGCTGATGAGAATGGTAATATTGT
GTCCGAAGAGAACAAGGAACACGAACAACCACAGTATGAGGAGACTCCTGTCATCTCTACTGAAGAAGAAAGATTATGGAGCATAGTAAGGGCAAACTCAGCAGATTTTAATGCATGGACTTCTCTTATTCAAGAGACTGAAAAGACAGCAGAGGAATATTTGCCCAAAATACGAAAAGTTTATGATGCCTTCTTAGCAG
AGTTTCCTTTATGTTATGGATACTGGAAGAAGTATGCAGATCATGAAGCACGCTCGGGTAGTGCTGAAAAGATTGTCGAGGTGTATGAAAGGGCAGTCCAAGCTGTGACATACTCGGTGGATATTTGGATGCACTATGCAATCTTTGCAATGTCAACATACGAAGATCCAGAGACCATTCGAAGCTTTGATTCTACACGT
TTATGGCGGAACGGTTTGTCCATATGTGAACTTTTAGTTTTAGCTGTATTAGTTAATGAGAGACAACCCTTGTTTGATGAAACCACTACACCCAATATGAATCATTACATTTAAAAATAATAAATACAGATAATGCATTAATTTTTAATTCTCTCCACATTCTTTAGTTTTTGTTACTCTTTGGATGGTCCACGTGTAAG
TCTGGTTCCACTTGTCATTTGTTTGAGTGTTACTGCCATTTTTACTTGTTAACACTCTTGAGGATATCATGGGTGCAACAATACATACAATGCTGCCAGGGAAGATCAAAGTTCAAATGAGGGCAAAGAGGGCCTCTGAGCACCACTTCATATCTCGGACATAGTATGGTTTTGTCGGGAAGGTTATTCGAACGGGGCCT
GTCATATGTTGGAACTGACTACTTGTCCTATCCTCTTTGGGACAAGTACATTGAATTTGAATATTCACAGCAGGAGTGGAGTCGTCTGGCACAGATTTATACACGAATTTTGCAAATTCCTATTCAACAGTTGGACCGTTATTACGGCAGTTTCAAGGAACTGGCTGCCAGTCGACCATTATTAGAGTTGCGAACTGTAG
AAGAAAATGCAGCAGCTGCTGCAATAGTGACAGTTCAGGAAGGTGGTGAAGGACCTACAGATGGTGATGAAGCACCAAATCCTGAAACTGCCACTTTAACTGAGGCTGATGAATTGGAGAAGTATCTGGCTGTTAGAGAAGCAATGCATAAGAAAGCAAAAGAATTTGATGTAAAGATTCATGATTTTGAGACAGCTATT
CGTAGACCTTATTTCCATGTAAAGCCTCTAGATGACTTGCAACTTGGCAACTGGCATCGGTATCTCGACTTCATTGAGAAAGTGAATGATTTTGATCGGACAGTAAAATTGTATGAAAGATGTCTTATTGCATGTGCAAACTACCCAGAGTATTGGATCCGATATGTTCAATGTATGGAAACTGCTGGAAGCATGGAAGT
TGCAAATGATGCTCTTGCACGGGCTACACAAATTTTTGTGAAGAGACAACCCGAGATCCACATTTTTGCTGCTCGATTCAAGGAACAGATGGGAGACATTGCCGGTGCTCGTGCAGAGTATCAATTTCTTTGTACAGAGCTAGCTCCTGGTCTCCTTGATGCTATAATTAAACATGCCAACTTGGAACATCGTCTGGGAA
GCTCTGAATCAGCGATATCAATATTTGAAACAACTATTGCAACTGAAAAAGCAAAAGAACAGTCACAGTCGTTGCCTCTGTTGTATATTCAGTACTCTCGTTTTCTTCAGCTGAGTGCAGGCAATGCCAATAGAGCAAGAGAAGTTTTGGCTGAAGCACTGGAGCTTCTGCCTTTTTCAAAGACACTTCTTGAGGTAGCT
ATACATTTAGAATCAAGAAGGCCAGGCTCTAAACAAATTGATTACTTAGATTCGGTTGTAGAAAAAATGTTGAACTCAAAGCCTGATGGATCCTATGAGTTAAGTGCTGTGGATCGAGAGGAGATATCGAGCATATTTTTAGAGTTTGTTGACATCTTTGGAGATATTCATGCTATTAAGAAGGCAGAATTCCGTCATAG
GCAGCTTTTTCTACCTCATAAAAGCTCTTCTGAATCTAAGAAACGCTCTGCTGATAGTCTTGCGTCGGATAAGACTAAGGTTGCCAAGACTTATACAACTGCTCCTGCTGCTGTATCTCCTGCACAATCGGGTATGTCTGCTTATCCAAATGGACAGGCTCAGTGGGGTGCAGGCTATACACAGCAGTCTCAAGGTTGGC
AGCAGCCACCCCCTCAGCAGGCTCCTCAGATGCAACCTCAACAATGGCCAGGCTATGGTCAACAGGGTGGCTATGCTCCTTATGGGGGTTATGGAAATTATGGGCATCCTCAACAACCAGCAAACGCAACACAGCAGCAAGGTTATGGAGGTTATGGTCAAGCATATCCGCCACAGGCCTTTGCACAGCAAAATTATGCA
CAGCCTGCACCAGCAGCAGCTTACACAGCGCCTCAGCAGCAAGCAGCAGCACCCCAGTATTATCCTGGCTATTATTGAGGTCATTTGTCACAGTTTTGAAATGGATTTTTAGATCTCCTCGACATCTTTAACTTGTCATCATCAATTTGTAAATTAGGGATCTTTCGGGAAGAATATTATCGAAGGGGTTCTGCATTGCA
CGAATTATTATACTCAATGGTGGTGTTGATCCATCTCATTCAATGTAGCAGTTTCAAAATAGAATTAAATGTTTCCCAGAGTGATCAAATGCAGGAACCCTTCTCTAACTGTACAAGACTGCAATATTTGTTGGAAGCTCATCTTTGTTTTCTTACATACAGGTGTTGGATTAGTTACTTTAATAATCTCATTACTATAT
CTAATCACTTGGTGTAATAGATTGGCTGAATTAATTTGCTCGAGAACATCAGCATCATTATTTACTTTAATTTGTTGTATTCTACTATGCAGAACATTTTTGTCCTTGTATTCAGGCAGAACACAGAATAATGGATCATTGGTATGCGGCATGGTTTATGTACTTGGTTGCATTGGTTTCATAAGC


>TRINITY_DN117253_c0_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:
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TGATTTGATGGGAGACCAAGAGTCTGCAGTAGCTCAAGCTCCAGTAGTCATGGAATATGCAACAGTAGAAGATACTGTCATGCCAGATGCAAACAAATACGTGACAGAGCATGTGTCTGCATTGGGTCAACATCCACCAGTTGTAGATTATGTAGCTGCAGATAATACTCATTTGCCTGATGGAAGCAGCTTTACCCAGC
ATCAAGAGACTGTGATGGAGCAAGTTCCACAACCCAGTACTTATGCTGATGTAGCTGTCACTGGTTTGTCTGACGGAGACAATTATAGCAGACATCAGGATTCTGCAACGGACCCAGCTACAACAGCTGCTGTTTATGGTATTGCAGATAATTCTGGTTTGACTGATGGAAGTAAATATGGTTTGACTGAACAAGAGCCT
GCAGCAGACCATGCTCCTCCGTCAACTGTTTACCAAGCTGAAGGTGCTAGTGGCAATTATGATGTAACTAAATACATGGGAGACCCGGATCCTGCGATGGATCAAGCCCCTCTAGCTACAGATTATGGAACTACTGTAGCTATTGGTGCAGACCAGTTTGCTTCTGCTGAACATCATGCTGATGAGAATGGTAATATTGT
GTCCGAAGAGAACAAGGAACACGAACAACCACAGTATGAGGAGACTCCTGTCATCTCTACTGAAGAAGAAAGATTATGGAGCATAGTAAGGGCAAACTCAGCAGATTTTAATGCATGGACTTCTCTTATTCAAGAGACTGAAAAGACAGCAGAGGAATATTTGCCCAAAATACGAAAAGTTTATGATGCCTTCTTAGCAG
AGTTTCCTTTATGTTATGGATACTGGAAGAAGTATGCAGATCATGAAGCACGCTCGGGTAGTGCTGAAAAGATTGTCGAGGTGTATGAAAGGGCAGTCCAAGCTGTGACATACTCGGTGGATATTTGGATGCACTATGCAATCTTTGCAATGTCAACATACGAAGATCCAGAGACCATTCGAAGgtacaccaatccttgt
cttcatagcaacaaattatatttcctgtggttatttaattggtttatgcaggcagtaacagcatgccttccactttctccatagcaaagtgttgattgggttaacctttaccgtcttttcttctgaccattgttaggttttgctgcagCTTTGATTCTACACGTTTATGGCGGAACGGTTTGTCCATATGTGAACTTTTA
GTTTTAGCTGTATTAGTTAATGAGAGACAACCCTTGTTTGATGAAACCACTACACCCAATATGAATCATTACATTTAAAAATAATAAATACAGATAATGCATTAATTTTTAATTCTCTCCACATTCTTTAGTTTTTGTTACTCTTTGGATGGTCCACGTGTAAGTCTGGTTCCACTTGTCATTTGTTTGAGTGTTACTGC
CATTTTTACTTGTTAACACTCTTGAGGATATCATGGGTGCAACAATACATACAATGCTGCCAGGGAAGATCAAAGTTCAAATGAGGGCAAAGAGGGCCTCTGAGCACCACTTCATATCTCGGACATAGTATGGTTTTGTCGGGAAGGTTATTCGAACGGGGCCTGTCATATGTTGGAACTGACTACTTGTCCTATCCTCT
TTGGGACAAGTACATTGAATTTGAATATTCACAGCAGGAGTGGAGTCGTCTGGCACAGATTTATACACGAATTTTGCAAATTCCTATTCAACAGTTGGACCGTTATTACGGCAGTTTCAAGGAACTGGCTGCCAGTCGACCATTATTAGAGTTGCGAACTGTAGAAGAAAATGCAGCAGCTGCTGCAATAGTGACAGTTC
AGGAAGGTGGTGAAGGACCTACAGATGGTGATGAAGCACCAAATCCTGAAACTGCCACTTTAACTGAGGCTGATGAATTGGAGAAGTATCTGGCTGTTAGAGAAGCAATGCATAAGAAAGCAAAAGAATTTGATGTAAAGATTCATGATTTTGAGACAGCTATTCGTAGACCTTATTTCCATGTAAAGCCTCTAGATGAC
TTGCAACTTGGCAACTGGCATCGGTATCTCGACTTCATTGAGAAAGTGAATGATTTTGATCGGACAGTAAAATTGTATGAAAGATGTCTTATTGCATGTGCAAACTACCCAGAGTATTGGATCCGATATGTTCAATGTATGGAAACTGCTGGAAGCATGGAAGTTGCAAATGATGCTCTTGCACGGGCTACACAAATTTT
TGTGAAGAGACAACCCGAGATCCACATTTTTGCTGCTCGATTCAAGGAACAGATGGGAGACATTGCCGGTGCTCGTGCAGAGTATCAATTTCTTTGTACAGAGCTAGCTCCTGGTCTCCTTGATGCTATAATTAAACATGCCAACTTGGAACATCGTCTGGGAAGCTCTGAATCAGCGATATCAATATTTGAAACAACTA
TTGCAACTGAAAAAGCAAAAGAACAGTCACAGTCGTTGCCTCTGTTGTATATTCAGTACTCTCGTTTTCTTCAGCTGAGTGCAGGCAATGCCAATAGAGCAAGAGAAGTTTTGGCTGAAGCACTGGAGCTTCTGCCTTTTTCAAAGACACTTCTTGAGGTAGCTATACATTTAGAATCAAGAAGGCCAGGCTCTAAACAA
ATTGATTACTTAGATTCGGTTGTAGAAAAAATGTTGAACTCAAAGCCTGATGGATCCTATGAGTTAAGTGCTGTGGATCGAGAGGAGATATCGAGCATATTTTTAGAGTTTGTTGACATCTTTGGAGATATTCATGCTATTAAGAAGGCAGAATTCCGTCATAGGCAGCTTTTTCTACCTCATAAAAGCTCTTCTGAATC
TAAGAAACGCTCTGCTGATAGTCTTGCGTCGGATAAGACTAAGGTTGCCAAGACTTATACAACTGCTCCTGCTGCTGTATCTCCTGCACAATCGGGTATGTCTGCTTATCCAAATGGACAGGCTCAGTGGGGTGCAGGCTATACACAGCAGTCTCAAGGTTGGCAGCAGCCACCCCCTCAGCAGGCTCCTCAGATGCAAC
CTCAACAATGGCCAGGCTATGGTCAACAGGGTGGCTATGCTCCTTATGGGGGTTATGGAAATTATGGGCATCCTCAACAACCAGCAAACGCAACACAGCAGCAAGGTTATGGAGGTTATGGTCAAGCATATCCGCCACAGGCCTTTGCACAGCAAAATTATGCACAGCCTGCACCAGCAGCAGCTTACACAGCGCCTCAG
CAGCAAGCAGCAGCACCCCAGTATTATCCTGGCTATTATTGAGGTCATTTGTCACAGTTTTGAAATGGATTTTTAGATCTCCTCGACATCTTTAACTTGTCATCATCAATTTGTAAATTAGGGATCTTTCGGGAAGAATATTATCGAAGGGGTTCTGCATTGCACGAATTATTATACTCAATGGTGGTGTTGATCCATCT
CATTCAATGTAGCAGTTTCAAAATAGAATTAAATGTTTCCCAGAGTGATCAAATGCAGGAACCCTTCTCTAACTGTACAAGACTGCAATATTTGTTGGAAGCTCATCTTTGTTTTCTTACATACAGGTGTTGGATTAGTTACTTTAATAATCTCATTACTATATCTAATCACTTGGTGTAATAGATTGGCTGAATTAATT
TGCTCGAGAACATCAGCATCATTATTTACTTTAATTTGTTGTATTCTACTATGCAGAACATTTTTGTCCTTGTATTCAGGCAGAACACAGAATAATGGATCATTGGTATGCGGCATGGTTTATGTACTTGGTTGCATTGGTTTCATAAGC



Intron 4 GTTTTGCTGC ... GTGTTTTCAG

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>TRINITY_DN117253_c0_g1_i21 from sample A1 / Example spliced isoform
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TGATTTGATGGGAGACCAAGAGTCTGCAGTAGCTCAAGCTCCAGTAGTCATGGAATATGCAACAGTAGAAGATACTGTCATGCCAGATGCAAACAAATACGTGACAGAGCATGTGTCTGCATTGGGTCAACATCCACCAGTTGTAGATTATGTAGCTGCAGATAATACTCATTTGCCTGATGGAAGCAGCTTTACCCAGC
ATCAAGAGACTGTGATGGAGCAAGTTCCACAACCCAGTACTTATGCTGATGTAGCTGTCACTGGTTTGTCTGACGGAGACAATTATAGCAGACATCAGGATTCTGCAACGGACCCAGCTACAACAGCTGCTGTTTATGGTATTGCAGATAATTCTGGTTTGACTGATGGAAGTAAATATGGTTTGACTGAACAAGAGCCT
GCAGCAGACCATGCTCCTCCGTCAACTGTTTACCAAGCTGAAGGTGCTAGTGGCAATTATGATGTAACTAAATACATGGGAGACCCGGATCCTGCGATGGATCAAGCCCCTCTAGCTACAGATTATGGAACTACTGTAGCTATTGGTGCAGACCAGTTTGCTTCTGCTGAACATCATGCTGATGAGAATGGTAATATTGT
GTCCGAAGAGAACAAGGAACACGAACAACCACAGTATGAGGAGACTCCTGTCATCTCTACTGAAGAAGAAAGATTATGGAGCATAGTAAGGGCAAACTCAGCAGATTTTAATGCATGGACTTCTCTTATTCAAGAGACTGAAAAGACAGCAGAGGAATATTTGCCCAAAATACGAAAAGTTTATGATGCCTTCTTAGCAG
AGTTTCCTTTATGTTATGGATACTGGAAGAAGTATGCAGATCATGAAGCACGCTCGGGTAGTGCTGAAAAGATTGTCGAGGTGTATGAAAGGGCAGTCCAAGCTGTGACATACTCGGTGGATATTTGGATGCACTATGCAATCTTTGCAATGTCAACATACGAAGATCCAGAGACCATTCGAAGGTTATTCGAACGGGGC
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AGAAGAAAATGCAGCAGCTGCTGCAATAGTGACAGTTCAGGAAGGTGGTGAAGGACCTACAGATGGTGATGAAGCACCAAATCCTGAAACTGCCACTTTAACTGAGGCTGATGAATTGGAGAAGTATCTGGCTGTTAGAGAAGCAATGCATAAGAAAGCAAAAGAATTTGATGTAAAGATTCATGATTTTGAGACAGCTA
TTCGTAGACCTTATTTCCATGTAAAGCCTCTAGATGACTTGCAACTTGGCAACTGGCATCGGTATCTCGACTTCATTGAGAAAGTGAATGATTTTGATCGGACAGTAAAATTGTATGAAAGATGTCTTATTGCATGTGCAAACTACCCAGAGTATTGGATCCGATATGTTCAATGTATGGAAACTGCTGGAAGCATGGAA
GTTGCAAATGATGCTCTTGCACGGGCTACACAAATTTTTGTGAAGAGACAACCCGAGATCCACATTTTTGCTGCTCGATTCAAGGAACAGATGGGAGACATTGCCGGTGCTCGTGCAGAGTATCAATTTCTTTGTACAGAGCTAGCTCCTGGTCTCCTTGATGCTATAATTAAACATGCCAACTTGGAACATCGTCTGGG
AAGCTCTGAATCAGCGATATCAATATTTGAAACAACTATTGCAACTGAAAAAGCAAAAGAACAGTCACAGTCGTTGCCTCTGTTGTATATTCAGTACTCTCGTTTTCTTCAGCTGAGTGCAGGCAATGCCAATAGAGCAAGAGAAGTTTTGGCTGAAGCACTGGAGCTTCTGCCTTTTTCAAAGACACTTCTTGAGGTAG
CTATACATTTAGAATCAAGAAGGCCAGGCTCTAAACAAATTGATTACTTAGATTCGGTTGTAGAAAAAATGTTGAACTCAAAGCCTGATGGATCCTATGAGTTAAGTGCTGTGGATCGAGAGGAGATATCGAGCATATTTTTAGAGTTTGTTGACATCTTTGGAGATATTCATGCTATTAAGAAGGCAGAATTCCGTCAT
AGGCAGCTTTTTCTACCTCATAAAAGCTCTTCTGAATCTAAGAAACGCTCTGCTGATAGTCTTGCGTCGGATAAGACTAAGGTTGCCAAGACTTATACAACTGCTCCTGCTGCTGTATCTCCTGCACAATCGGGTATGTCTGCTTATCCAAATGGACAGGCTCAGTGGGGTGCAGGCTATACACAGCAGTCTCAAGGTTG
GCAGCAGCCACCCCCTCAGCAGGCTCCTCAGATGCAACCTCAACAATGGCCAGGCTATGGTCAACAGGGTGGCTATGCTCCTTATGGGGGTTATGGAAATTATGGGCATCCTCAACAACCAGCAAACGCAACACAGCAGCAAGGTTATGGAGGTTATGGTCAAGCATATCCGCCACAGGCCTTTGCACAGCAAAATTATG
CACAGCCTGCACCAGCAGCAGCTTACACAGCGCCTCAGCAGCAAGCAGCAGCACCCCAGTATTATCCTGGCTATTATTGAGGTCATTTGTCACAGTTTTGAAATGGATTTTTAGATCTCCTCGACATCTTTAACTTGTCATCATCAATTTGTAAATTAGGGATCTTTCGGGAAGAATATTATCGAAGGGGTTCTGCATTG
CACGAATTATTATACTCAATGGTGGTGTTGATCCATCTCATTCAATGTAGCAGTTTCAAAATAGAATTAAATGTTTCCCAGAGTGATCAAATGCAGGAACCCTTCTCTAACTGTACAAGACTGCAATATTTGTTGGAAGCTCATCTTTGTTTTCTTACATACAGGTGTTGGATTAGTTACTTTAATAATCTCATTACTAT
ATCTAATCACTTGGTGTAATAGATTGGCTGAATTAATTTGCTCGAGAACATCAGCATCATTATTTACTTTAATTTGTTGTATTCTACTATGCAGAACATTTTTGTCCTTGTATTCAGGCAGAACACAGAATAATGGATCATTGGTATGCGGCATGGTTTATGTACTTGGTTGCATTGGTTTCATAAGC


>TRINITY_DN117253_c0_g1_i10 from sample A1 / Example unspliced isoform:
ATTTATCATTAAATCCCTCTCTTAAATCTTCGAGAGAGCCCTCCCTCATTTTATTCCTCTCCTCTCCCACAGCATTCCTCAAGTTCCAAATCTGGTATTCTGGTATTATTAGTTTACGCGTCCGTCGACCTCGAAGAAGGGCAACACCAGGGGGTTCTACTACGCTACGGCCATTATTCGAATATAATTGGTTTAGAAGT
TGATTTGATGGGAGACCAAGAGTCTGCAGTAGCTCAAGCTCCAGTAGTCATGGAATATGCAACAGTAGAAGATACTGTCATGCCAGATGCAAACAAATACGTGACAGAGCATGTGTCTGCATTGGGTCAACATCCACCAGTTGTAGATTATGTAGCTGCAGATAATACTCATTTGCCTGATGGAAGCAGCTTTACCCAGC
ATCAAGAGACTGTGATGGAGCAAGTTCCACAACCCAGTACTTATGCTGATGTAGCTGTCACTGGTTTGTCTGACGGAGACAATTATAGCAGACATCAGGATTCTGCAACGGACCCAGCTACAACAGCTGCTGTTTATGGTATTGCAGATAATTCTGGTTTGACTGATGGAAGTAAATATGGTTTGACTGAACAAGAGCCT
GCAGCAGACCATGCTCCTCCGTCAACTGTTTACCAAGCTGAAGGTGCTAGTGGCAATTATGATGTAACTAAATACATGGGAGACCCGGATCCTGCGATGGATCAAGCCCCTCTAGCTACAGATTATGGAACTACTGTAGCTATTGGTGCAGACCAGTTTGCTTCTGCTGAACATCATGCTGATGAGAATGGTAATATTGT
GTCCGAAGAGAACAAGGAACACGAACAACCACAGTATGAGGAGACTCCTGTCATCTCTACTGAAGAAGAAAGATTATGGAGCATAGTAAGGGCAAACTCAGCAGATTTTAATGCATGGACTTCTCTTATTCAAGAGACTGAAAAGACAGCAGAGGAATATTTGCCCAAAATACGAAAAGTTTATGATGCCTTCTTAGCAG
AGTTTCCTTTATGTTATGGATACTGGAAGAAGTATGCAGATCATGAAGCACGCTCGGGTAGTGCTGAAAAGATTGTCGAGGTGTATGAAAGGGCAGTCCAAGCTGTGACATACTCGGTGGATATTTGGATGCACTATGCAATCTTTGCAATGTCAACATACGAAGATCCAGAGACCATTCGAAGgttttgctgcagcttt
gattctacacgtttatggcggaacggtttgtccatatgtgaacttttagttttagctgtattagttaatgagagacaacccttgtttgatgaaaccactacacccaatatgaatcattacatttaaaaataataaatacagataatgcattaatttttaattctctccacattctttagtttttgttactctttggatgg
tccacgtgtaagtctggttccacttgtcatttgtttgagtgttactgccatttttacttgttaacactcttgaggatatcatgggtgcaacaatacatacaatgctgccagggaagatcaaagttcaaatgagggcaaagagggcctctgagcaccacttcatatctcggacatagtatggttttgtcgggaaggtaaat
ttagcatattgtgcctaactttggaagtgtcaatgatgttacagtgaaatttttccttctggtccaagatttcggtctgtggtgggtttaatccgatcttttatgtgatggcgacagaaacacaggagagattgtgtgcagttataacaatgaggttttatctgttgcgtgtgttttcagGTTATTCGAACGGGGCCTGT
CATATGTTGGAACTGACTACTTGTCCTATCCTCTTTGGGACAAGTACATTGAATTTGAATATTCACAGCAGGAGTGGAGTCGTCTGGCACAGATTTATACACGAATTTTGCAAATTCCTATTCAACAGTTGGACCGTTATTACGGCAGTTTCAAGGAACTGGCTGCCAGTCGACCATTATTAGAGTTGCGAACTGTAGAA
GAAAATGCAGCAGCTGCTGCAATAGTGACAGTTCAGGAAGGTGGTGAAGGACCTACAGATGGTGATGAAGCACCAAATCCTGAAACTGCCACTTTAACTGAGGCTGATGAATTGGAGAAGTATCTGGCTGTTAGAGAAGCAATGCATAAGAAAGCAAAAGAATTTGATGTAAAGATTCATGATTTTGAGACAGCTATTCG
TAGACCTTATTTCCATGTAAAGCCTCTAGATGACTTGCAACTTGGCAACTGGCATCGGTATCTCGACTTCATTGAGAAAGTGAATGATTTTGATCGGACAGTAAAATTGTATGAAAGATGTCTTATTGCATGTGCAAACTACCCAGAGTATTGGATCCGATATGTTCAATGTATGGAAACTGCTGGAAGCATGGAAGTTG
CAAATGATGCTCTTGCACGGGCTACACAAATTTTTGTGAAGAGACAACCCGAGATCCACATTTTTGCTGCTCGATTCAAGGAACAGATGGGAGACATTGCCGGTGCTCGTGCAGAGTATCAATTTCTTTGTACAGAGCTAGCTCCTGGTCTCCTTGATGCTATAATTAAACATGCCAACTTGGAACATCGTCTGGGAAGC
TCTGAATCAGCGATATCAATATTTGAAACAACTATTGCAACTGAAAAAGCAAAAGAACAGTCACAGTCGTTGCCTCTGTTGTATATTCAGTACTCTCGTTTTCTTCAGCTGAGTGCAGGCAATGCCAATAGAGCAAGAGAAGTTTTGGCTGAAGCACTGGAGCTTCTGCCTTTTTCAAAGACACTTCTTGAGGTAGCTAT
ACATTTAGAATCAAGAAGGCCAGGCTCTAAACAAATTGATTACTTAGATTCGGTTGTAGAAAAAATGTTGAACTCAAAGCCTGATGGATCCTATGAGTTAAGTGCTGTGGATCGAGAGGAGATATCGAGCATATTTTTAGAGTTTGTTGACATCTTTGGAGATATTCATGCTATTAAGAAGGCAGAATTCCGTCATAGGC
AGCTTTTTCTACCTCATAAAAGCTCTTCTGAATCTAAGAAACGCTCTGCTGATAGTCTTGCGTCGGATAAGACTAAGGTTGCCAAGACTTATACAACTGCTCCTGCTGCTGTATCTCCTGCACAATCGGGTATGTCTGCTTATCCAAATGGACAGGCTCAGTGGGGTGCAGGCTATACACAGCAGTCTCAAGGTTGGCAG
CAGCCACCCCCTCAGCAGGCTCCTCAGATGCAACCTCAACAATGGCCAGGCTATGGTCAACAGGGTGGCTATGCTCCTTATGGGGGTTATGGAAATTATGGGCATCCTCAACAACCAGCAAACGCAACACAGCAGCAAGGTTATGGAGGTTATGGTCAAGCATATCCGCCACAGGCCTTTGCACAGCAAAATTATGCACA
GCCTGCACCAGCAGCAGCTTACACAGCGCCTCAGCAGCAAGCAGCAGCACCCCAGTATTATCCTGGCTATTATTGAGGTCATTTGTCACAGTTTTGAAATGGATTTTTAGATCTCCTCGACATCTTTAACTTGTCATCATCAATTTGTAAATTAGGGATCTTTCGGGAAGAATATTATCGAAGGGGTTCTGCATTGCACG
AATTATTATACTCAATGGTGGTGTTGATCCATCTCATTCAATGTAGCAGTTTCAAAATAGAATTAAATGTTTCCCAGAGTGATCAAATGCAGGAACCCTTCTCTAACTGTACAAGACTGCAATATTTGTTGGAAGCTCATCTTTGTTTTCTTACATACAGGTGTTGGATTAGTTACTTTAATAATCTCATTACTATATCT
AATCACTTGGTGTAATAGATTGGCTGAATTAATTTGCTCGAGAACATCAGCATCATTATTTACTTTAATTTGTTGTATTCTACTATGCAGAACATTTTTGTCCTTGTATTCAGGCAGAACACAGAATAATGGATCATTGGTATGCGGCATGGTTTATGTACTTGGTTGCATTGGTTTCATAAGC



Intron 5 GTTTTGCTGC ... TGTCGGGAAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A126.35503184176
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A926.9428177138
A1021.58527139151



>TRINITY_DN117253_c0_g1_i21 from sample A1 / Example spliced isoform
ATTTATCATTAAATCCCTCTCTTAAATCTTCGAGAGAGCCCTCCCTCATTTTATTCCTCTCCTCTCCCACAGCATTCCTCAAGTTCCAAATCTGGTATTCTGGTATTATTAGTTTACGCGTCCGTCGACCTCGAAGAAGGGCAACACCAGGGGGTTCTACTACGCTACGGCCATTATTCGAATATAATTGGTTTAGAAGT
TGATTTGATGGGAGACCAAGAGTCTGCAGTAGCTCAAGCTCCAGTAGTCATGGAATATGCAACAGTAGAAGATACTGTCATGCCAGATGCAAACAAATACGTGACAGAGCATGTGTCTGCATTGGGTCAACATCCACCAGTTGTAGATTATGTAGCTGCAGATAATACTCATTTGCCTGATGGAAGCAGCTTTACCCAGC
ATCAAGAGACTGTGATGGAGCAAGTTCCACAACCCAGTACTTATGCTGATGTAGCTGTCACTGGTTTGTCTGACGGAGACAATTATAGCAGACATCAGGATTCTGCAACGGACCCAGCTACAACAGCTGCTGTTTATGGTATTGCAGATAATTCTGGTTTGACTGATGGAAGTAAATATGGTTTGACTGAACAAGAGCCT
GCAGCAGACCATGCTCCTCCGTCAACTGTTTACCAAGCTGAAGGTGCTAGTGGCAATTATGATGTAACTAAATACATGGGAGACCCGGATCCTGCGATGGATCAAGCCCCTCTAGCTACAGATTATGGAACTACTGTAGCTATTGGTGCAGACCAGTTTGCTTCTGCTGAACATCATGCTGATGAGAATGGTAATATTGT
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CACAGCCTGCACCAGCAGCAGCTTACACAGCGCCTCAGCAGCAAGCAGCAGCACCCCAGTATTATCCTGGCTATTATTGAGGTCATTTGTCACAGTTTTGAAATGGATTTTTAGATCTCCTCGACATCTTTAACTTGTCATCATCAATTTGTAAATTAGGGATCTTTCGGGAAGAATATTATCGAAGGGGTTCTGCATTG
CACGAATTATTATACTCAATGGTGGTGTTGATCCATCTCATTCAATGTAGCAGTTTCAAAATAGAATTAAATGTTTCCCAGAGTGATCAAATGCAGGAACCCTTCTCTAACTGTACAAGACTGCAATATTTGTTGGAAGCTCATCTTTGTTTTCTTACATACAGGTGTTGGATTAGTTACTTTAATAATCTCATTACTAT
ATCTAATCACTTGGTGTAATAGATTGGCTGAATTAATTTGCTCGAGAACATCAGCATCATTATTTACTTTAATTTGTTGTATTCTACTATGCAGAACATTTTTGTCCTTGTATTCAGGCAGAACACAGAATAATGGATCATTGGTATGCGGCATGGTTTATGTACTTGGTTGCATTGGTTTCATAAGC


>TRINITY_DN117253_c0_g1_i14 from sample A1 / Example unspliced isoform:
ATTTATCATTAAATCCCTCTCTTAAATCTTCGAGAGAGCCCTCCCTCATTTTATTCCTCTCCTCTCCCACAGCATTCCTCAAGTTCCAAATCTGGTATTCTGGTATTATTAGTTTACGCGTCCGTCGACCTCGAAGAAGGGCAACACCAGGGGGTTCTACTACGCTACGGCCATTATTCGAATATAATTGGTTTAGAAGT
TGATTTGATGGGAGACCAAGAGTCTGCAGTAGCTCAAGCTCCAGTAGTCATGGAATATGCAACAGTAGAAGATACTGTCATGCCAGATGCAAACAAATACGTGACAGAGCATGTGTCTGCATTGGGTCAACATCCACCAGTTGTAGATTATGTAGCTGCAGATAATACTCATTTGCCTGATGGAAGCAGCTTTACCCAGC
ATCAAGAGACTGTGATGGAGCAAGTTCCACAACCCAGTACTTATGCTGATGTAGCTGTCACTGGTTTGTCTGACGGAGACAATTATAGCAGACATCAGGATTCTGCAACGGACCCAGCTACAACAGCTGCTGTTTATGGTATTGCAGATAATTCTGGTTTGACTGATGGAAGTAAATATGGTTTGACTGAACAAGAGCCT
GCAGCAGACCATGCTCCTCCGTCAACTGTTTACCAAGCTGAAGGTGCTAGTGGCAATTATGATGTAACTAAATACATGGGAGACCCGGATCCTGCGATGGATCAAGCCCCTCTAGCTACAGATTATGGAACTACTGTAGCTATTGGTGCAGACCAGTTTGCTTCTGCTGAACATCATGCTGATGAGAATGGTAATATTGT
GTCCGAAGAGAACAAGGAACACGAACAACCACAGTATGAGGAGACTCCTGTCATCTCTACTGAAGAAGAAAGATTATGGAGCATAGTAAGGGCAAACTCAGCAGATTTTAATGCATGGACTTCTCTTATTCAAGAGACTGAAAAGACAGCAGAGGAATATTTGCCCAAAATACGAAAAGTTTATGATGCCTTCTTAGCAG
AGTTTCCTTTATGTTATGGATACTGGAAGAAGTATGCAGATCATGAAGCACGCTCGGGTAGTGCTGAAAAGATTGTCGAGGTGTATGAAAGGGCAGTCCAAGCTGTGACATACTCGGTGGATATTTGGATGCACTATGCAATCTTTGCAATGTCAACATACGAAGATCCAGAGACCATTCGAAGgttttgctgcagcttt
gattctacacgtttatggcggaacggtttgtccatatgtgaacttttagttttagctgtattagttaatgagagacaacccttgtttgatgaaaccactacacccaatatgaatcattacatttaaaaataataaatacagataatgcattaatttttaattctctccacattctttagtttttgttactctttggatgg
tccacgtgtaagtctggttccacttgtcatttgtttgagtgttactgccatttttacttgttaacactcttgaggatatcatgggtgcaacaatacatacaatgctgccagggaagatcaaagttcaaatgagggcaaagagggcctctgagcaccacttcatatctcggacatagtatggttttgtcgggaagGTTATT

CGAACGGGGCCTGTCATATGTTGGAACTGACTACTTGTCCTATCCTCTTTGGGACAAGTACATTGAATTTGAATATTCACAGCAGGAGTGGAGTCGTCTGGCACAGATTTATACACGAATTTTGCAAATTCCTATTCAACAGTTGGACCGTTATTACGGCAGTTTCAAGGAACTGGCTGCCAGTCGACCATTATTAGAGT
TGCGAACTGTAGAAGAAAATGCAGCAGCTGCTGCAATAGTGACAGTTCAGGAAGGTGGTGAAGGACCTACAGATGGTGATGAAGCACCAAATCCTGAAACTGCCACTTTAACTGAGGCTGATGAATTGGAGAAGTATCTGGCTGTTAGAGAAGCAATGCATAAGAAAGCAAAAGAATTTGATGTAAAGATTCATGATTTT
GAGACAGCTATTCGTAGACCTTATTTCCATGTAAAGCCTCTAGATGACTTGCAACTTGGCAACTGGCATCGGTATCTCGACTTCATTGAGAAAGTGAATGATTTTGATCGGACAGTAAAATTGTATGAAAGATGTCTTATTGCATGTGCAAACTACCCAGAGTATTGGATCCGATATGTTCAATGTATGGAAACTGCTGG
AAGCATGGAAGTTGCAAATGATGCTCTTGCACGGGCTACACAAATTTTTGTGAAGAGACAACCCGAGATCCACATTTTTGCTGCTCGATTCAAGGAACAGATGGGAGACATTGCCGGTGCTCGTGCAGAGTATCAATTTCTTTGTACAGAGCTAGCTCCTGGTCTCCTTGATGCTATAATTAAACATGCCAACTTGGAAC
ATCGTCTGGGAAGCTCTGAATCAGCGATATCAATATTTGAAACAACTATTGCAACTGAAAAAGCAAAAGAACAGTCACAGTCGTTGCCTCTGTTGTATATTCAGTACTCTCGTTTTCTTCAGCTGAGTGCAGGCAATGCCAATAGAGCAAGAGAAGTTTTGGCTGAAGCACTGGAGCTTCTGCCTTTTTCAAAGACACTT
CTTGAGGTAGCTATACATTTAGAATCAAGAAGGCCAGGCTCTAAACAAATTGATTACTTAGATTCGGTTGTAGAAAAAATGTTGAACTCAAAGCCTGATGGATCCTATGAGTTAAGTGCTGTGGATCGAGAGGAGATATCGAGCATATTTTTAGAGTTTGTTGACATCTTTGGAGATATTCATGCTATTAAGAAGGCAGA
ATTCCGTCATAGGCAGCTTTTTCTACCTCATAAAAGCTCTTCTGAATCTAAGAAACGCTCTGCTGATAGTCTTGCGTCGGATAAGACTAAGGTTGCCAAGACTTATACAACTGCTCCTGCTGCTGTATCTCCTGCACAATCGGGTATGTCTGCTTATCCAAATGGACAGGCTCAGTGGGGTGCAGGCTATACACAGCAGT
CTCAAGGTTGGCAGCAGCCACCCCCTCAGCAGGCTCCTCAGATGCAACCTCAACAATGGCCAGGCTATGGTCAACAGGGTGGCTATGCTCCTTATGGGGGTTATGGAAATTATGGGCATCCTCAACAACCAGCAAACGCAACACAGCAGCAAGGTTATGGAGGTTATGGTCAAGCATATCCGCCACAGGCCTTTGCACAG
CAAAATTATGCACAGCCTGCACCAGCAGCAGCTTACACAGCGCCTCAGCAGCAAGCAGCAGCACCCCAGTATTATCCTGGCTATTATTGAGGTCATTTGTCACAGTTTTGAAATGGATTTTTAGATCTCCTCGACATCTTTAACTTGTCATCATCAATTTGTAAATTAGGGATCTTTCGGGAAGAATATTATCGAAGGGG
TTCTGCATTGCACGAATTATTATACTCAATGGTGGTGTTGATCCATCTCATTCAATGTAGCAGTTTCAAAATAGAATTAAATGTTTCCCAGAGTGATCAAATGCAGGAACCCTTCTCTAACTGTACAAGACTGCAATATTTGTTGGAAGCTCATCTTTGTTTTCTTACATACAGGTGTTGGATTAGTTACTTTAATAATC
TCATTACTATATCTAATCACTTGGTGTAATAGATTGGCTGAATTAATTTGCTCGAGAACATCAGCATCATTATTTACTTTAATTTGTTGTATTCTACTATGCAGAACATTTTTGTCCTTGTATTCAGGCAGAACACAGAATAATGGATCATTGGTATGCGGCATGGTTTATGTACTTGGTTGCATTGGTTTCATAAGC



Intron 6 GTATGTTATT ... CATTTCGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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A1014.24491182.8



>TRINITY_DN117253_c0_g1_i21 from sample A1 / Example spliced isoform
ATTTATCATTAAATCCCTCTCTTAAATCTTCGAGAGAGCCCTCCCTCATTTTATTCCTCTCCTCTCCCACAGCATTCCTCAAGTTCCAAATCTGGTATTCTGGTATTATTAGTTTACGCGTCCGTCGACCTCGAAGAAGGGCAACACCAGGGGGTTCTACTACGCTACGGCCATTATTCGAATATAATTGGTTTAGAAGT
TGATTTGATGGGAGACCAAGAGTCTGCAGTAGCTCAAGCTCCAGTAGTCATGGAATATGCAACAGTAGAAGATACTGTCATGCCAGATGCAAACAAATACGTGACAGAGCATGTGTCTGCATTGGGTCAACATCCACCAGTTGTAGATTATGTAGCTGCAGATAATACTCATTTGCCTGATGGAAGCAGCTTTACCCAGC
ATCAAGAGACTGTGATGGAGCAAGTTCCACAACCCAGTACTTATGCTGATGTAGCTGTCACTGGTTTGTCTGACGGAGACAATTATAGCAGACATCAGGATTCTGCAACGGACCCAGCTACAACAGCTGCTGTTTATGGTATTGCAGATAATTCTGGTTTGACTGATGGAAGTAAATATGGTTTGACTGAACAAGAGCCT
GCAGCAGACCATGCTCCTCCGTCAACTGTTTACCAAGCTGAAGGTGCTAGTGGCAATTATGATGTAACTAAATACATGGGAGACCCGGATCCTGCGATGGATCAAGCCCCTCTAGCTACAGATTATGGAACTACTGTAGCTATTGGTGCAGACCAGTTTGCTTCTGCTGAACATCATGCTGATGAGAATGGTAATATTGT
GTCCGAAGAGAACAAGGAACACGAACAACCACAGTATGAGGAGACTCCTGTCATCTCTACTGAAGAAGAAAGATTATGGAGCATAGTAAGGGCAAACTCAGCAGATTTTAATGCATGGACTTCTCTTATTCAAGAGACTGAAAAGACAGCAGAGGAATATTTGCCCAAAATACGAAAAGTTTATGATGCCTTCTTAGCAG
AGTTTCCTTTATGTTATGGATACTGGAAGAAGTATGCAGATCATGAAGCACGCTCGGGTAGTGCTGAAAAGATTGTCGAGGTGTATGAAAGGGCAGTCCAAGCTGTGACATACTCGGTGGATATTTGGATGCACTATGCAATCTTTGCAATGTCAACATACGAAGATCCAGAGACCATTCGAAGGTTATTCGAACGGGGC
CTGTCATATGTTGGAACTGACTACTTGTCCTATCCTCTTTGGGACAAGTACATTGAATTTGAATATTCACAGCAGGAGTGGAGTCGTCTGGCACAGATTTATACACGAATTTTGCAAATTCCTATTCAACAGTTGGACCGTTATTACGGCAGTTTCAAGGAACTGGCTGCCAGTCGACCATTATTAGAGTTGCGAACTGT
AGAAGAAAATGCAGCAGCTGCTGCAATAGTGACAGTTCAGGAAGGTGGTGAAGGACCTACAGATGGTGATGAAGCACCAAATCCTGAAACTGCCACTTTAACTGAGGCTGATGAATTGGAGAAGTATCTGGCTGTTAGAGAAGCAATGCATAAGAAAGCAAAAGAATTTGATGTAAAGATTCATGATTTTGAGACAGCTA
TTCGTAGACCTTATTTCCATGTAAAGCCTCTAGATGACTTGCAACTTGGCAACTGGCATCGGTATCTCGACTTCATTGAGAAAGTGAATGATTTTGATCGGACAGTAAAATTGTATGAAAGATGTCTTATTGCATGTGCAAACTACCCAGAGTATTGGATCCGATATGTTCAATGTATGGAAACTGCTGGAAGCATGGAA
GTTGCAAATGATGCTCTTGCACGGGCTACACAAATTTTTGTGAAGAGACAACCCGAGATCCACATTTTTGCTGCTCGATTCAAGGAACAGATGGGAGACATTGCCGGTGCTCGTGCAGAGTATCAATTTCTTTGTACAGAGCTAGCTCCTGGTCTCCTTGATGCTATAATTAAACATGCCAACTTGGAACATCGTCTGGG
AAGCTCTGAATCAGCGATATCAATATTTGAAACAACTATTGCAACTGAAAAAGCAAAAGAACAGTCACAGTCGTTGCCTCTGTTGTATATTCAGTACTCTCGTTTTCTTCAGCTGAGTGCAGGCAATGCCAATAGAGCAAGAGAAGTTTTGGCTGAAGCACTGGAGCTTCTGCCTTTTTCAAAGACACTTCTTGAGGTAG
CTATACATTTAGAATCAAGAAGGCCAGGCTCTAAACAAATTGATTACTTAGATTCGGTTGTAGAAAAAATGTTGAACTCAAAGCCTGATGGATCCTATGAGTTAAGTGCTGTGGATCGAGAGGAGATATCGAGCATATTTTTAGAGTTTGTTGACATCTTTGGAGATATTCATGCTATTAAGAAGGCAGAATTCCGTCAT
AGGCAGCTTTTTCTACCTCATAAAAGCTCTTCTGAATCTAAGAAACGCTCTGCTGATAGTCTTGCGTCGGATAAGACTAAGGTTGCCAAGACTTATACAACTGCTCCTGCTGCTGTATCTCCTGCACAATCGGGTATGTCTGCTTATCCAAATGGACAGGCTCAGTGGGGTGCAGGCTATACACAGCAGTCTCAAGGTTG
GCAGCAGCCACCCCCTCAGCAGGCTCCTCAGATGCAACCTCAACAATGGCCAGGCTATGGTCAACAGGGTGGCTATGCTCCTTATGGGGGTTATGGAAATTATGGGCATCCTCAACAACCAGCAAACGCAACACAGCAGCAAGGTTATGGAGGTTATGGTCAAGCATATCCGCCACAGGCCTTTGCACAGCAAAATTATG
CACAGCCTGCACCAGCAGCAGCTTACACAGCGCCTCAGCAGCAAGCAGCAGCACCCCAGTATTATCCTGGCTATTATTGAGGTCATTTGTCACAGTTTTGAAATGGATTTTTAGATCTCCTCGACATCTTTAACTTGTCATCATCAATTTGTAAATTAGGGATCTTTCGGGAAGAATATTATCGAAGGGGTTCTGCATTG
CACGAATTATTATACTCAATGGTGGTGTTGATCCATCTCATTCAATGTAGCAGTTTCAAAATAGAATTAAATGTTTCCCAGAGTGATCAAATGCAGGAACCCTTCTCTAACTGTACAAGACTGCAATATTTGTTGGAAGCTCATCTTTGTTTTCTTACATACAGGTGTTGGATTAGTTACTTTAATAATCTCATTACTAT
ATCTAATCACTTGGTGTAATAGATTGGCTGAATTAATTTGCTCGAGAACATCAGCATCATTATTTACTTTAATTTGTTGTATTCTACTATGCAGAACATTTTTGTCCTTGTATTCAGGCAGAACACAGAATAATGGATCATTGGTATGCGGCATGGTTTATGTACTTGGTTGCATTGGTTTCATAAGC


>TRINITY_DN117253_c0_g1_i24 from sample A1 / Example unspliced isoform:
TGCCAACTTGGAACATCGTCTGgtatgttattcaatgctgtgctgattctattggaagttttggtgagctagtgatatgttcacgaggaattttgatgaactaatattatgtgcagtctcaggtttgatactatattttttattcatttcgcagGGAAGCTCTGAATCAGCGATATCAATATTTGAAACAACTATTGCAA
CTGAAAAAGCAAAAGAACAGTCACAGTCGTTGCCTCTGTTGTATATTCAGTACTCTCGTTTTCTTCAGCTGGTAAGTGATTATGGTTATTTTATTTTGAACTGACAATAATTTAATAAGTTATTAACTGTTGTTTCTCTGTTTAGCT



Intron 7 GTTGGAGAAA ... TTCCCCTCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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A1067.95255254



>TRINITY_DN117253_c0_g1_i8 from sample A1 / Example spliced isoform
CTATATAAATTAATAATCATCAAAATGGGAAGAGGCGTCATCCGTCACTATTCTTGGCCAGTGTCCGCTTCGTCTCTCAATTTAATATTTTGAACGTTGCCCATCACTAAATTGTCCCCAAAAATTGGGTCCTGTAAATCGTCTAAGGGATTCTGTCGTGAAGATGATGAGAAGGATACTGCAACGGAAGCTGTTTAATT
CTTCATCATACCCATTTCACAGTGGTAGAAAAATTTGTTTCGAGGTCTCAATTCAAAATCACAAATGCACGGAGTCATCACAGAGATTTCCTTATCCGGCTAGAACGACACCGAGCTTTGCACATGAAGGGTTTGGGTGCTCGTTTGCAATTCAAACGCATTTTCTCTCAAGTCAAGCTCAAGTAAACACTGCAGGACCT
ATTACAGGAATAGTTGAAGTTCCATTGGCACAAACAGGCGAGGGGATTGCAGAGTGTGAGCTCCTGCAATGGTTTGTGCAAGAGGGAGACTCAGTTGAAGAATTTCAACGACTTTGTGAAGTCCAAAGTGATAAAGCAACTATTGAGATCACAAGTCGCTACAAGGGGAAAGTCTCCCAAGTGAGATTCATTCCAGGAGA
TATTATAAAGGGGATTCCAGCGTGCTATGGCAAAGACTATGAGCATTGCAGCCAAAGTTCCTCACTTCCATTATCTGGAAGAAATTAATGTTGATTCTCTCGCGGAGTTAAAAACAGCTTTTCAAGATGCAACAGCTGGGCAAAGTGTGAAACATACGTACTTGCCGTTTCTGATAAAGTCATTATCATTTGCTCTGATG
GAGTATCCTTCAATGAACAGCGTTTTCAATGAGGATGCCTATGAAATGATTTGTAAGGGCTCACACAATATAGGAGTTGCCATGGCAACAACTCATGGCTTGGTTGTCCCCAACATAAAGAATGTTCAATCACTATCCATATTAGAGATTACACATGAGCTTCAACGTCTTGTTCAAGGAGCCTCCAACAACAAACTGAC
CTCAGAAGATGTTTCTGGGGGAACAATAACAGTCAGCAACATTGGGGCCATTGGTGGTAAATTTGGATCTCCTCTTTTAAACGTACCTGAGGTTGCTATAATAGCAATTGGAAGAATTCAGAAGCTTCCTCGCTTTTCAGATGATGAAACAGTTTATCCTGCTTTAGTTATGAATGTTACAATTGGGGCTGATCATCGAG
TCATAGATGGTGCGGCTGTGGCGAAATTTTGCAACCGGTGGAAGGCTTTGATTGAAAATCCAGAGCATCTTCTGCTTCATTTGAGATGATCAGATGGTGTGGCATTTACACCAACTTTCTACATTCCGCTTGAAACAAATAAAGGCTGAGGTCAGAGTTCTGCACCAAGAGGCTAGAGTGGCAAGTATGCTCTGCAGATT
AGTCTGACTTAGGACAATTTGCTTGTTGCCCTTTTGGTTTTATATTGAACATACACGCTTATGTTTATCAGCAGTACTTTGGAGTTTAATGGTTTTTAAGCATGGCCTAACGCCATGTTGTAATCTTGTTTTACTGTTAATACAATTTTATCTTCACAGAAA


>TRINITY_DN117253_c0_g1_i23 from sample A1 / Example unspliced isoform:
CTATATAAATTAATAATCATCAAAATGGGAAGAGGCGTCATCCGTCACTATTCTTGGCCAGTGTCCGCTTCGTCTCTCAATTTAATATTTTGAACGTTGCCCATCACTAAATTGTCCCCAAAAATTGGGTCCTGTAAATCGTCTAAGGGATTCTGTCGTGAAGATGATGAGAAGGATACTGCAACGGAAGCTGTTTAATT
CTTCATCATACCCATTTCACAGTGGTAGAAAAATTTGTTTCGAGGTCTCAATTCAAAATCACAAATGCACGGAGTCATCACAGAGATTTCCTTATCCGGCTAGAACGACACCGAGCTTTGCACATGAAGGGTGTTTGGTGCAGTTTGGGTGCTCGTTTGCAATTCAAACGCATTTTCTCTCAAGTCAAGCTCAAGTAAAC
ACTGCAGGACCTATTACAGGAATAGTTGAAGTTCCATTGGCACAAACAGGCGAGGGGATTGCAGAGTGTGAGCTCCTGCAATGGTTTGTGCAAGAGGGAGACTCAGTTGAAGAATTTCAACGACTTTGTGAAGTCCAAAGTGATAAAGCAACTATTGAGATCACAAGTCGCTACAAGGGGAAAGTCTCCCAAGTGAGATT
CATTCCAGGAGATATTATAAAGgttggagaaacattattggaattagttgtaggtgaaaatcatagtaacacgacacctttaggctcagagggagtacaggtgggtttcacagacataaactcaggggagcctgttttagcatcttgcggatctccagaaaccaaagaaagcaggaaaaatgtattgtctactccagctg
ttcgtcatatggcaaaggaatatggtgtcaatgtaaaagacattcccagtactggtaaagatggaagggtattgaaagaggatgttttgaaatatgtaaatgataaagagagcttgtggggtgagatttcaaccattgctcaagccactcgacccttagaggccgaggttatggattcaagatcagaagtagaagtggac
ttatcccatctaaaatcaacaagagaaaaaatccatgaagataaaagcattcccctcagGGGATTCCAGCGTGCTATGGCAAAGACTATGAGCATTGCAGCCAAAGTTCCTCACTTCCATTATCTGGAAGAAATTAATGTTGATTCTCTCGCGGAGTTAAAAACAGCTTTTCAAGATGCAACAGCTGGGCAAAGTGTGAA
ACATACGTACTTGCCGTTTCTGATAAAGTCATTATCATTTGCTCTGATGGAGTATCCTTCAATGAACAGCGTTTTCAATGAGGATGCCTATGAAATGATTTGTAAGGGCTCACACAATATAGGAGTTGCCATGGCAACAACTCATGGCTTGGTTGTCCCCAACATAAAGAATGTTCAATCACTATCCATATTAGAGATTA
CACATGAGCTTCAACGTCTTGTTCAAGGAGCCTCCAACAACAAACTGACCTCAGAAGATGTTTCTGGGGGAACAATAACAGTCAGCAACATTGGGGCCATTGGTGGTAAATTTGGATCTCCTCTTTTAAACGTACCTGAGGTTGCTATAATAGCAATTGGAAGAATTCAGAAGCTTCCTCGCTTTTCAGATGATGAAACA
GTTTATCCTGCTTTAGTTATGAATGTTACAATTGGGGCTGATCATCGAGTCATAGATGGTGCGGCTGTGGCGAAATTTTGCAACCGGTGGAAGGCTTTGATTGAAAATCCAGAGCATCTTCTGCTTCATTTGAGATGATCAGATGGTGTGGCATTTACACCAACTTTCTACATTCCGCTTGAAACAAATAAAGGCTGAGG
TCAGAGTTCTGCACCAAGAGGCTAGAGTGGCAAGTATGCTCTGCAGATTAGTCTGACTTAGGACAATTTGCTTGTTGCCCTTTTGGTTTTATATTGAACATACACGCTTATGTTTATCAGCAGTACTTTGGAGTTTAATGGTTTTTAAGCATGGCCTAACGCCATGTTGTAATCTTGTTTTACTGTTAATACAATTTTAT
CTTCACAGAAA



Intron 8 GTAAATTTAG ... GTGTTTTCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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A932.77137.73069.6
A1041.3151.316112.2



>TRINITY_DN117253_c0_g1_i20 from sample A1 / Example spliced isoform
ATTTATCATTAAATCCCTCTCTTAAATCTTCGAGAGAGCCCTCCCTCATTTTATTCCTCTCCTCTCCCACAGCATTCCTCAAGTTCCAAATCTGGTATTCTGGTATTATTAGTTTACGCGTCCGTCGACCTCGAAGAAGGGCAACACCAGGGGGTTCTACTACGCTACGGCCATTATTCGAATATAATTGGTTTAGAAGT
TGATTTGATGGGAGACCAAGAGTCTGCAGTAGCTCAAGCTCCAGTAGTCATGGAATATGCAACAGTAGAAGATACTGTCATGCCAGATGCAAACAAATACGTGACAGAGCATGTGTCTGCATTGGGTCAACATCCACCAGTTGTAGATTATGTAGCTGCAGATAATACTCATTTGCCTGATGGAAGCAGCTTTACCCAGC
ATCAAGAGACTGTGATGGAGCAAGTTCCACAACCCAGTACTTATGCTGATGTAGCTGTCACTGGTTTGTCTGACGGAGACAATTATAGCAGACATCAGGATTCTGCAACGGACCCAGCTACAACAGCTGCTGTTTATGGTATTGCAGATAATTCTGGTTTGACTGATGGAAGTAAATATGGTTTGACTGAACAAGAGCCT
GCAGCAGACCATGCTCCTCCGTCAACTGTTTACCAAGCTGAAGGTGCTAGTGGCAATTATGATGTAACTAAATACATGGGAGACCCGGATCCTGCGATGGATCAAGCCCCTCTAGCTACAGATTATGGAACTACTGTAGCTATTGGTGCAGACCAGTTTGCTTCTGCTGAACATCATGCTGATGAGAATGGTAATATTGT
GTCCGAAGAGAACAAGGAACACGAACAACCACAGTATGAGGAGACTCCTGTCATCTCTACTGAAGAAGAAAGATTATGGAGCATAGTAAGGGCAAACTCAGCAGATTTTAATGCATGGACTTCTCTTATTCAAGAGACTGAAAAGACAGCAGAGGAATATTTGCCCAAAATACGAAAAGTTTATGATGCCTTCTTAGCAG
AGTTTCCTTTATGTTATGGATACTGGAAGAAGTATGCAGATCATGAAGCACGCTCGGGTAGTGCTGAAAAGATTGTCGAGGTGTATGAAAGGGCAGTCCAAGCTGTGACATACTCGGTGGATATTTGGATGCACTATGCAATCTTTGCAATGTCAACATACGAAGATCCAGAGACCATTCGAAGGTACACCAATCCTTGT
CTTCATAGCAACAAATTATATTTCCTGTGGTTATTTAATTGGTTTATGCAGGCAGTAACAGCATGCCTTCCACTTTCTCCATAGCAAAGTGTTGATTGGGTTAACCTTTACCGTCTTTTCTTCTGACCATTGTTAGGTTTTGCTGCAGCTTTGATTCTACACGTTTATGGCGGAACGGTTTGTCCATATGTGAACTTTTA
GTTTTAGCTGTATTAGTTAATGAGAGACAACCCTTGTTTGATGAAACCACTACACCCAATATGAATCATTACATTTAAAAATAATAAATACAGATAATGCATTAATTTTTAATTCTCTCCACATTCTTTAGTTTTTGTTACTCTTTGGATGGTCCACGTGTAAGTCTGGTTCCACTTGTCATTTGTTTGAGTGTTACTGC
CATTTTTACTTGTTAACACTCTTGAGGATATCATGGGTGCAACAATACATACAATGCTGCCAGGGAAGATCAAAGTTCAAATGAGGGCAAAGAGGGCCTCTGAGCACCACTTCATATCTCGGACATAGTATGGTTTTGTCGGGAAGGTTATTCGAACGGGGCCTGTCATATGTTGGAACTGACTACTTGTCCTATCCTCT
TTGGGACAAGTACATTGAATTTGAATATTCACAGCAGGAGTGGAGTCGTCTGGCACAGATTTATACACGAATTTTGCAAATTCCTATTCAACAGTTGGACCGTTATTACGGCAGTTTCAAGGAACTGGCTGCCAGTCGACCATTATTAGAGTTGCGAACTGTAGAAGAAAATGCAGCAGCTGCTGCAATAGTGACAGTTC
AGGAAGGTGGTGAAGGACCTACAGATGGTGATGAAGCACCAAATCCTGAAACTGCCACTTTAACTGAGGCTGATGAATTGGAGAAGTATCTGGCTGTTAGAGAAGCAATGCATAAGAAAGCAAAAGAATTTGATGTAAAGATTCATGATTTTGAGACAGCTATTCGTAGACCTTATTTCCATGTAAAGCCTCTAGATGAC
TTGCAACTTGGCAACTGGCATCGGTATCTCGACTTCATTGAGAAAGTGAATGATTTTGATCGGACAGTAAAATTGTATGAAAGATGTCTTATTGCATGTGCAAACTACCCAGAGTATTGGATCCGATATGTTCAATGTATGGAAACTGCTGGAAGCATGGAAGTTGCAAATGATGCTCTTGCACGGGCTACACAAATTTT
TGTGAAGAGACAACCCGAGATCCACATTTTTGCTGCTCGATTCAAGGAACAGATGGGAGACATTGCCGGTGCTCGTGCAGAGTATCAATTTCTTTGTACAGAGCTAGCTCCTGGTCTCCTTGATGCTATAATTAAACATGCCAACTTGGAACATCGTCTGGGAAGCTCTGAATCAGCGATATCAATATTTGAAACAACTA
TTGCAACTGAAAAAGCAAAAGAACAGTCACAGTCGTTGCCTCTGTTGTATATTCAGTACTCTCGTTTTCTTCAGCTGAGTGCAGGCAATGCCAATAGAGCAAGAGAAGTTTTGGCTGAAGCACTGGAGCTTCTGCCTTTTTCAAAGACACTTCTTGAGGTAGCTATACATTTAGAATCAAGAAGGCCAGGCTCTAAACAA
ATTGATTACTTAGATTCGGTTGTAGAAAAAATGTTGAACTCAAAGCCTGATGGATCCTATGAGTTAAGTGCTGTGGATCGAGAGGAGATATCGAGCATATTTTTAGAGTTTGTTGACATCTTTGGAGATATTCATGCTATTAAGAAGGCAGAATTCCGTCATAGGCAGCTTTTTCTACCTCATAAAAGCTCTTCTGAATC
TAAGAAACGCTCTGCTGATAGTCTTGCGTCGGATAAGACTAAGGTTGCCAAGACTTATACAACTGCTCCTGCTGCTGTATCTCCTGCACAATCGGGTATGTCTGCTTATCCAAATGGACAGGCTCAGTGGGGTGCAGGCTATACACAGCAGTCTCAAGGTTGGCAGCAGCCACCCCCTCAGCAGGCTCCTCAGATGCAAC
CTCAACAATGGCCAGGCTATGGTCAACAGGGTGGCTATGCTCCTTATGGGGGTTATGGAAATTATGGGCATCCTCAACAACCAGCAAACGCAACACAGCAGCAAGGTTATGGAGGTTATGGTCAAGCATATCCGCCACAGGTTGTTACTTTGTGATATGGCAGATTGAATATTTTACCATATTTATAATTATTTGAAATA
AATTATATTGATGTAAATGGTCGACTCTGAATATTTTCCCATATTTATATGAAAAAATT


>TRINITY_DN117253_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:
ATTTATCATTAAATCCCTCTCTTAAATCTTCGAGAGAGCCCTCCCTCATTTTATTCCTCTCCTCTCCCACAGCATTCCTCAAGTTCCAAATCTGGTATTCTGGTATTATTAGTTTACGCGTCCGTCGACCTCGAAGAAGGGCAACACCAGGGGGTTCTACTACGCTACGGCCATTATTCGAATATAATTGGTTTAGAAGT
TGATTTGATGGGAGACCAAGAGTCTGCAGTAGCTCAAGCTCCAGTAGTCATGGAATATGCAACAGTAGAAGATACTGTCATGCCAGATGCAAACAAATACGTGACAGAGCATGTGTCTGCATTGGGTCAACATCCACCAGTTGTAGATTATGTAGCTGCAGATAATACTCATTTGCCTGATGGAAGCAGCTTTACCCAGC
ATCAAGAGACTGTGATGGAGCAAGTTCCACAACCCAGTACTTATGCTGATGTAGCTGTCACTGGTTTGTCTGACGGAGACAATTATAGCAGACATCAGGATTCTGCAACGGACCCAGCTACAACAGCTGCTGTTTATGGTATTGCAGATAATTCTGGTTTGACTGATGGAAGTAAATATGGTTTGACTGAACAAGAGCCT
GCAGCAGACCATGCTCCTCCGTCAACTGTTTACCAAGCTGAAGGTGCTAGTGGCAATTATGATGTAACTAAATACATGGGAGACCCGGATCCTGCGATGGATCAAGCCCCTCTAGCTACAGATTATGGAACTACTGTAGCTATTGGTGCAGACCAGTTTGCTTCTGCTGAACATCATGCTGATGAGAATGGTAATATTGT
GTCCGAAGAGAACAAGGAACACGAACAACCACAGTATGAGGAGACTCCTGTCATCTCTACTGAAGAAGAAAGATTATGGAGCATAGTAAGGGCAAACTCAGCAGATTTTAATGCATGGACTTCTCTTATTCAAGAGACTGAAAAGACAGCAGAGGAATATTTGCCCAAAATACGAAAAGTTTATGATGCCTTCTTAGCAG
AGTTTCCTTTATGTTATGGATACTGGAAGAAGTATGCAGATCATGAAGCACGCTCGGGTAGTGCTGAAAAGATTGTCGAGGTGTATGAAAGGGCAGTCCAAGCTGTGACATACTCGGTGGATATTTGGATGCACTATGCAATCTTTGCAATGTCAACATACGAAGATCCAGAGACCATTCGAAGGTACACCAATCCTTGT
CTTCATAGCAACAAATTATATTTCCTGTGGTTATTTAATTGGTTTATGCAGGCAGTAACAGCATGCCTTCCACTTTCTCCATAGCAAAGTGTTGATTGGGTTAACCTTTACCGTCTTTTCTTCTGACCATTGTTAGGTTTTGCTGCAGCTTTGATTCTACACGTTTATGGCGGAACGGTTTGTCCATATGTGAACTTTTA
GTTTTAGCTGTATTAGTTAATGAGAGACAACCCTTGTTTGATGAAACCACTACACCCAATATGAATCATTACATTTAAAAATAATAAATACAGATAATGCATTAATTTTTAATTCTCTCCACATTCTTTAGTTTTTGTTACTCTTTGGATGGTCCACGTGTAAGTCTGGTTCCACTTGTCATTTGTTTGAGTGTTACTGC
CATTTTTACTTGTTAACACTCTTGAGGATATCATGGGTGCAACAATACATACAATGCTGCCAGGGAAGATCAAAGTTCAAATGAGGGCAAAGAGGGCCTCTGAGCACCACTTCATATCTCGGACATAGTATGGTTTTGTCGGGAAGgtaaatttagcatattgtgcctaactttggaagtgtcaatgatgttacagtgaa
atttttccttctggtccaagatttcggtctgtggtgggtttaatccgatcttttatgtgatggcgacagaaacacaggagagattgtgtgcagttataacaatgaggttttatctgttgcgtgtgttttcagGTTATTCGAACGGGGCCTGTCATATGTTGGAACTGACTACTTGTCCTATCCTCTTTGGGACAAGTACA
TTGAATTTGAATATTCACAGCAGGAGTGGAGTCGTCTGGCACAGATTTATACACGAATTTTGCAAATTCCTATTCAACAGTTGGACCGTTATTACGGCAGGTATTGTTTTTCTTCTTTATTTGAGTCATTAAGTAGAAGAGAGTATGATAGAGAAGGGGATAATGACAGGGTTTAGGGATTAGAGAGGAGTGATTTTGTT
TCACTTCACATTTTGTCCTTTTTTGTGTTATTGCATCTGCTGTATATATTTTCCTGACCAATAATTTATTCTTTAGTTGACTTTGCACCACTTAAGCTTTTGACTTCTTTCAAATCAATTATGTTGATTTGTTTTTCAGTTCGTTCTCTTCAATTAAATTTGCTAGCTTTTTGATTGTGCAAATTGTAGTGTTATAAGAG
GGCTATATGTTTGGCTGTATGTAGAATTTTCTGTCTGAGAGGGGCCTTTCTTCTGTGCATCTAGATGATGCAGGCAATTACAGAGGCCTTTTTCCCGTGGCAAAATTTAATTTTATATTCAAGGAGAAAAAGTATTCAGTATGTGTGTAAAACATGAATAAAGTTCATCAGAAAATTCTCACCAATCCTCTTTTTAACCT
GTCATTTACGTAGAAAGGCATACATTAGGAAGATACAATATCCATACTAGTCAAAACAAAAATATAAAAAATTGTCTTTTCACAGAAGTCTGGAATTTCAGCATATCTCATCTTGAGCAATTTTGCCCGACCCAAATAGACAATAAAAAGGAGTATAAGATCAGGTGGAGAAAGGTACAAAGTCTCTCTTCTCACTTATG
CATCAGCTCCCTAATTTGTCCATTGACAGCAGACTTTGACAGCTTGTCATCAGCTGCAGTCAATATAAACATGTTGGAACCTGATACCCTGGAATTGGGAAGCAGCTTGATTGATTTGATCCAGG



Intron 9 GTTTTGCTGC ... ATGCTGCCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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>TRINITY_DN97443_c0_g1_i9 from sample A4 / Example spliced isoform
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AGTAGCTCAAGCTCCAGTAGTCATGGAATATGCAACAGTAGAAGATACTGTCATGCCAGATGCAAACAAATACGTGACAGAGCATGTGTCTGCATTGGGTCAACATCCACCAGTTGTAGATTATGTAGCTGCAGATAATACTCATTTGCCTGATGGAAGCAGCTTTACCCAGCATCAAGAGACTGTGATGGAGCAAGTTC
CACAACCCAGTACTTATGCTGATGTAGCTGTCACTGGTTTGTCTGACGGAGACAATTATAGCAGACATCAGGATTCTGCAACGGACCCAGCTACAACAGCTGCTGTTTATGGTATTGCAGATAATTCTGGTTTGACTGATGGAAGTAAATATGGTTTGACTGAACAAGAGCCTGCAGCAGACCATGCTCCTCCGTCAACT
GTTTACCAAGCTGAAGGTGCTAGTGGCAATTATGATGTAACTAAATACATGGGAGACCCGGATCCTGCGATGGATCAAGCCCCTCTAGCTACAGATTATGGAACTACTGTAGCTATTGGTGCAGACCAGTTTGCTTCTGCTGAACATCATGCTGATGAGAATGGTAATATTGTGTCCGAAGAGAACAAGGAACACGAACA
ACCACAGTATGAGGAGACTCCTGTCATCTCTACTGAAGAAGAAAGATTATGGAGCATAGTAAGGGCAAACTCAGCAGATTTTAATGCATGGACTTCTCTTATTCAAGAGACTGAAAAGACAGCAGAGGAATATTTGCCCAAAATACGAAAAGTTTATGATGCCTTCTTAGCAGAGTTTCCTTTATGTTATGGATACTGGA
AGAAGTATGCAGATCATGAAGCACGCTCGGGTAGTGCTGAAAAGATTGTCGAGGTGTATGAAAGGGCAGTCCAAGCTGTGACATACTCGGTGGATATTTGGATGCACTATGCAATCTTTGCAATGTCAACATACGAAGATCCAGAGACCATTCGAAGGGAAGATCAAAGTTCAAATGAGGGCAAAGAGGGCCTCTGAGCA
CCACTTCATATCTCGGACATAGTATGGTTTTGTCGGGAAGGTTATTCGAACGGGGCCTGTCATATGTTGGAACTGACTACTTGTCCTATCCTCTTTGGGACAAGTACATTGAATTTGAATATTCACAGCAGGAGTGGAGTCGTCTGGCACAGATTTATACACGAATTTTGCAAATTCCTATTCAACAGTTGGACCGTTAT
TACGGCAGTTTCAAGGAACTGGCTGCCAGTCGACCATTATTAGAGTTGCGAACTGTAGAAGAAAATGCAGCAGCTGCTGCAATAGTGACAGTTCAGGAAGGTGGTGAAGGACCTACAGATGGTGATGAAGCACCAAATCCTGAAACTGCCACTTTAACTGAGGCTGATGAATTGGAGAAGTATCTGGCTGTTAGAGAAGC
AATGCATAAGAAAGCAAAAGAATTTGATGTAAAGATTCATGATTTTGAGACAGCTATTCGTAGACCTTATTTCCATGTAAAGCCTCTAGATGACTTGCAACTTGGCAACTGGCATCGGTATCTCGACTTCATTGAGAAAGTGAATGATTTTGATCGGACAGTAAAATTGTATGAAAGATGTCTTATTGCATGTGCAAACT
ACCCAGAGTATTGGATCCGATATGTTCAATGTATGGAAACTGCTGGAAGCATGGAAGTTGCAAATGATGCTCTTGCACGGGCTACACAAATTTTTGTGAAGAGACAACCCGAGATCCACATTTTTGCTGCTCGATTCAAGGAACAGATGGGAGACATTGCCGGTGCTCGTGCAGAGTATCAATTTCTTTGTACAGAGCTA
GCTCCTGGTCTCCTTGATGCTATAATTAAACATGCCAACTTGGAACATCGTCTGGGAAGCTCTGAATCAGCGATATCAATATTTGAAACAACTATTGCAACTGAAAAAGCAAAAGAACAGTCACAGTCGTTGCCTCTGTTGTATATTCAGTACTCTCGTTTTCTTCAGCTGAGTGCAGGCAATGCCAATAGAGCAAGAGA
AGTTTTGGCTGAAGCACTGGAGCTTCTGCCTTTTTCAAAGACACTTCTTGAGGTAGCTATACATTTAGAATCAAGAAGGCCAGGCTCTAAACAAATTGATTACTTAGATTCGGTTGTAGAAAAAATGTTGAACTCAAAGCCTGATGGATCCTATGAGTTAAGTGCTGTGGATCGAGAGGAGATATCGAGCATATTTTTAG
AGTTTGTTGACATCTTTGGAGATATTCATGCTATTAAGAAGGCAGAATTCCGTCATAGGCAGCTTTTTCTACCTCATAAAAGCTCTTCTGAATCTAAGAAACGCTCTGCTGATAGTCTTGCGTCGGATAAGACTAAGGTTGCCAAGACTTATACAACTGCTCCTGCTGCTGTATCTCCTGCACAATCGGGTATGTCTGCT
TATCCAAATGGACAGGCTCAGTGGGGTGCAGGCTATACACAGCAGTCTCAAGGTTGGCAGCAGCCACCCCCTCAGCAGGCTCCTCAGATGCAACCTCAACAATGGCCAGGCTATGGTCAACAGGGTGGCTATGCTCCTTATGGGGGTTATGGAAATTATGGGCATCCTCAACAACCAGCAAACGCAACACAGCAGCAAGG
TTATGGAGGTTATGGTCAAGCATATCCGCCACAGGCCTTTGCACAGCAAAATTATGCACAGCCTGCACCAGCAGCAGCTTACACAGCGCCTCAGCAGCAAGCAGCAGCACCCCAGTATTATCCTGGCTATTATTGAGGTCATTTGTCACAGTTTTGAAATGGATTTTTAGATCTCCTCGACATCTTTAACTTGTCATCAT
CAATTTGTAAATTAGGGATCTTTCGGGAAGAATATTATCGAAGGGGTTCTGCATTGCACGAATTATTATACTCAATGGTGGTGTTGATCCATCTCATTCAATGTAGCAGTTTCAAAATAGAATTAAATGTTTCCCAGAGTGATCAAATGCAGGAACCCTTCTCTAACTGTACAAGACTGCAATATTTGTTGGAAGCTCAT
CTTTGTTTTCTTACATACAGGTGTTGGATTAGTTACTTTAATAATCTCATTACTATATCTAATCACTTGGTGTAATAGATTGGCTGAATTAATTTGCTCGAGAACATCAGCATCATTATTTACTTTAATTTGTTGTATTCTACTATGCAGAACATTTTTGTCCTTGTATTCAGGCAGAACACAGAATAATGGATCATTGG
TATGCGGCATGGTTTATGTACTTGGTTGCATTGGTTTCATAAGCAGTATTGTTACATTTCTTTTTATCCAGTCATTAAGATCCATGACTGTATTAGTTGTCTTTGCTTATTATTGTCATTAA


>TRINITY_DN97443_c0_g1_i8 from sample A4 / Example unspliced isoform:
CTTCGAGAGAGCCCTCCCTCATTTTATTCCTCTCCTCTCCCACAGCATTCCTCAAGTTCCAAATCTGGTATTCTGGTATTATTAGTTTACGCGTCCGTCGACCTCGAAGAAGGGCAACACCAGGGGGTTCTACTACGCTACGGCCATTATTCGAATATAATTGGTTTAGAAGTTGATTTGATGGGAGACCAAGAGTCTGC
AGTAGCTCAAGCTCCAGTAGTCATGGAATATGCAACAGTAGAAGATACTGTCATGCCAGATGCAAACAAATACGTGACAGAGCATGTGTCTGCATTGGGTCAACATCCACCAGTTGTAGATTATGTAGCTGCAGATAATACTCATTTGCCTGATGGAAGCAGCTTTACCCAGCATCAAGAGACTGTGATGGAGCAAGTTC
CACAACCCAGTACTTATGCTGATGTAGCTGTCACTGGTTTGTCTGACGGAGACAATTATAGCAGACATCAGGATTCTGCAACGGACCCAGCTACAACAGCTGCTGTTTATGGTATTGCAGATAATTCTGGTTTGACTGATGGAAGTAAATATGGTTTGACTGAACAAGAGCCTGCAGCAGACCATGCTCCTCCGTCAACT
GTTTACCAAGCTGAAGGTGCTAGTGGCAATTATGATGTAACTAAATACATGGGAGACCCGGATCCTGCGATGGATCAAGCCCCTCTAGCTACAGATTATGGAACTACTGTAGCTATTGGTGCAGACCAGTTTGCTTCTGCTGAACATCATGCTGATGAGAATGGTAATATTGTGTCCGAAGAGAACAAGGAACACGAACA
ACCACAGTATGAGGAGACTCCTGTCATCTCTACTGAAGAAGAAAGATTATGGAGCATAGTAAGGGCAAACTCAGCAGATTTTAATGCATGGACTTCTCTTATTCAAGAGACTGAAAAGACAGCAGAGGAATATTTGCCCAAAATACGAAAAGTTTATGATGCCTTCTTAGCAGAGTTTCCTTTATGTTATGGATACTGGA
AGAAGTATGCAGATCATGAAGCACGCTCGGGTAGTGCTGAAAAGATTGTCGAGGTGTATGAAAGGGCAGTCCAAGCTGTGACATACTCGGTGGATATTTGGATGCACTATGCAATCTTTGCAATGTCAACATACGAAGATCCAGAGACCATTCGAAGgttttgctgcagctttgattctacacgtttatggcggaacggt
ttgtccatatgtgaacttttagttttagctgtattagttaatgagagacaacccttgtttgatgaaaccactacacccaatatgaatcattacatttaaaaataataaatacagataatgcattaatttttaattctctccacattctttagtttttgttactctttggatggtccacgtgtaagtctggttccacttgt
catttgtttgagtgttactgccatttttacttgttaacactcttgaggatatcatgggtgcaacaatacatacaatgctgccagGGAAGATCAAAGTTCAAATGAGGGCAAAGAGGGCCTCTGAGCACCACTTCATATCTCGGACATAGTATGGTTTTGTCGGGAAGGTTATTCGAACGGGGCCTGTCATATGTTGGAAC
TGACTACTTGTCCTATCCTCTTTGGGACAAGTACATTGAATTTGAATATTCACAGCAGGAGTGGAGTCGTCTGGCACAGATTTATACACGAATTTTGCAAATTCCTATTCAACAGTTGGACCGTTATTACGGCAGTTTCAAGGAACTGGCTGCCAGTCGACCATTATTAGAGTTGCGAACTGTAGAAGAAAATGCAGCAG
CTGCTGCAATAGTGACAGTTCAGGAAGGTGGTGAAGGACCTACAGATGGTGATGAAGCACCAAATCCTGAAACTGCCACTTTAACTGAGGCTGATGAATTGGAGAAGTATCTGGCTGTTAGAGAAGCAATGCATAAGAAAGCAAAAGAATTTGATGTAAAGATTCATGATTTTGAGACAGCTATTCGTAGACCTTATTTC
CATGTAAAGCCTCTAGATGACTTGCAACTTGGCAACTGGCATCGGTATCTCGACTTCATTGAGAAAGTGAATGATTTTGATCGGACAGTAAAATTGTATGAAAGATGTCTTATTGCATGTGCAAACTACCCAGAGTATTGGATCCGATATGTTCAATGTATGGAAACTGCTGGAAGCATGGAAGTTGCAAATGATGCTCT
TGCACGGGCTACACAAATTTTTGTGAAGAGACAACCCGAGATCCACATTTTTGCTGCTCGATTCAAGGAACAGATGGGAGACATTGCCGGTGCTCGTGCAGAGTATCAATTTCTTTGTACAGAGCTAGCTCCTGGTCTCCTTGATGCTATAATTAAACATGCCAACTTGGAACATCGTCTGGGAAGCTCTGAATCAGCGA
TATCAATATTTGAAACAACTATTGCAACTGAAAAAGCAAAAGAACAGTCACAGTCGTTGCCTCTGTTGTATATTCAGTACTCTCGTTTTCTTCAGCTGAGTGCAGGCAATGCCAATAGAGCAAGAGAAGTTTTGGCTGAAGCACTGGAGCTTCTGCCTTTTTCAAAGACACTTCTTGAGGTAGCTATACATTTAGAATCA
AGAAGGCCAGGCTCTAAACAAATTGATTACTTAGATTCGGTTGTAGAAAAAATGTTGAACTCAAAGCCTGATGGATCCTATGAGTTAAGTGCTGTGGATCGAGAGGAGATATCGAGCATATTTTTAGAGTTTGTTGACATCTTTGGAGATATTCATGCTATTAAGAAGGCAGAATTCCGTCATAGGCAGCTTTTTCTACC
TCATAAAAGCTCTTCTGAATCTAAGAAACGCTCTGCTGATAGTCTTGCGTCGGATAAGACTAAGGTTGCCAAGACTTATACAACTGCTCCTGCTGCTGTATCTCCTGCACAATCGGGTATGTCTGCTTATCCAAATGGACAGGCTCAGTGGGGTGCAGGCTATACACAGCAGTCTCAAGGTTGGCAGCAGCCACCCCCTC
AGCAGGCTCCTCAGATGCAACCTCAACAATGGCCAGGCTATGGTCAACAGGGTGGCTATGCTCCTTATGGGGGTTATGGAAATTATGGGCATCCTCAACAACCAGCAAACGCAACACAGCAGCAAGGTTATGGAGGTTATGGTCAAGCATATCCGCCACAGGCCTTTGCACAGCAAAATTATGCACAGCCTGCACCAGCA
GCAGCTTACACAGCGCCTCAGCAGCAAGCAGCAGCACCCCAGTATTATCCTGGCTATTATTGAGGTCATTTGTCACAGTTTTGAAATGGATTTTTAGATCTCCTCGACATCTTTAACTTGTCATCATCAATTTGTAAATTAGGGATCTTTCGGGAAGAATATTATCGAAGGGGTTCTGCATTGCACGAATTATTATACTC
AATGGTGGTGTTGATCCATCTCATTCAATGTAGCAGTTTCAAAATAGAATTAAATGTTTCCCAGAGTGATCAAATGCAGGAACCCTTCTCTAACTGTACAAGACTGCAATATTTGTTGGAAGCTCATCTTTGTTTTCTTACATACAGGTGTTGGATTAGTTACTTTAATAATCTCATTACTATATCTAATCACTTGGTGT
AATAGATTGGCTGAATTAATTTGCTCGAGAACATCAGCATCATTATTTACTTTAATTTGTTGTATTCTACTATGCAGAACATTTTTGTCCTTGTATTCAGGCAGAACACAGAATAATGGATCATTGGTATGCGGCATGGTTTATGTACTTGGTTGCATTGGTTTCATAAGCAGTATTGTTACATTTCTTTTTATCCAGTC
ATTAAGATCCATGACTGTATTAGTTGTCTTTGCTTATTATTGTCATTAA



Intron 10 GTACACCAAT ... TGTCGGGAAG

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>TRINITY_DN117253_c0_g1_i21 from sample A1 / Example spliced isoform
ATTTATCATTAAATCCCTCTCTTAAATCTTCGAGAGAGCCCTCCCTCATTTTATTCCTCTCCTCTCCCACAGCATTCCTCAAGTTCCAAATCTGGTATTCTGGTATTATTAGTTTACGCGTCCGTCGACCTCGAAGAAGGGCAACACCAGGGGGTTCTACTACGCTACGGCCATTATTCGAATATAATTGGTTTAGAAGT
TGATTTGATGGGAGACCAAGAGTCTGCAGTAGCTCAAGCTCCAGTAGTCATGGAATATGCAACAGTAGAAGATACTGTCATGCCAGATGCAAACAAATACGTGACAGAGCATGTGTCTGCATTGGGTCAACATCCACCAGTTGTAGATTATGTAGCTGCAGATAATACTCATTTGCCTGATGGAAGCAGCTTTACCCAGC
ATCAAGAGACTGTGATGGAGCAAGTTCCACAACCCAGTACTTATGCTGATGTAGCTGTCACTGGTTTGTCTGACGGAGACAATTATAGCAGACATCAGGATTCTGCAACGGACCCAGCTACAACAGCTGCTGTTTATGGTATTGCAGATAATTCTGGTTTGACTGATGGAAGTAAATATGGTTTGACTGAACAAGAGCCT
GCAGCAGACCATGCTCCTCCGTCAACTGTTTACCAAGCTGAAGGTGCTAGTGGCAATTATGATGTAACTAAATACATGGGAGACCCGGATCCTGCGATGGATCAAGCCCCTCTAGCTACAGATTATGGAACTACTGTAGCTATTGGTGCAGACCAGTTTGCTTCTGCTGAACATCATGCTGATGAGAATGGTAATATTGT
GTCCGAAGAGAACAAGGAACACGAACAACCACAGTATGAGGAGACTCCTGTCATCTCTACTGAAGAAGAAAGATTATGGAGCATAGTAAGGGCAAACTCAGCAGATTTTAATGCATGGACTTCTCTTATTCAAGAGACTGAAAAGACAGCAGAGGAATATTTGCCCAAAATACGAAAAGTTTATGATGCCTTCTTAGCAG
AGTTTCCTTTATGTTATGGATACTGGAAGAAGTATGCAGATCATGAAGCACGCTCGGGTAGTGCTGAAAAGATTGTCGAGGTGTATGAAAGGGCAGTCCAAGCTGTGACATACTCGGTGGATATTTGGATGCACTATGCAATCTTTGCAATGTCAACATACGAAGATCCAGAGACCATTCGAAGGTTATTCGAACGGGGC
CTGTCATATGTTGGAACTGACTACTTGTCCTATCCTCTTTGGGACAAGTACATTGAATTTGAATATTCACAGCAGGAGTGGAGTCGTCTGGCACAGATTTATACACGAATTTTGCAAATTCCTATTCAACAGTTGGACCGTTATTACGGCAGTTTCAAGGAACTGGCTGCCAGTCGACCATTATTAGAGTTGCGAACTGT
AGAAGAAAATGCAGCAGCTGCTGCAATAGTGACAGTTCAGGAAGGTGGTGAAGGACCTACAGATGGTGATGAAGCACCAAATCCTGAAACTGCCACTTTAACTGAGGCTGATGAATTGGAGAAGTATCTGGCTGTTAGAGAAGCAATGCATAAGAAAGCAAAAGAATTTGATGTAAAGATTCATGATTTTGAGACAGCTA
TTCGTAGACCTTATTTCCATGTAAAGCCTCTAGATGACTTGCAACTTGGCAACTGGCATCGGTATCTCGACTTCATTGAGAAAGTGAATGATTTTGATCGGACAGTAAAATTGTATGAAAGATGTCTTATTGCATGTGCAAACTACCCAGAGTATTGGATCCGATATGTTCAATGTATGGAAACTGCTGGAAGCATGGAA
GTTGCAAATGATGCTCTTGCACGGGCTACACAAATTTTTGTGAAGAGACAACCCGAGATCCACATTTTTGCTGCTCGATTCAAGGAACAGATGGGAGACATTGCCGGTGCTCGTGCAGAGTATCAATTTCTTTGTACAGAGCTAGCTCCTGGTCTCCTTGATGCTATAATTAAACATGCCAACTTGGAACATCGTCTGGG
AAGCTCTGAATCAGCGATATCAATATTTGAAACAACTATTGCAACTGAAAAAGCAAAAGAACAGTCACAGTCGTTGCCTCTGTTGTATATTCAGTACTCTCGTTTTCTTCAGCTGAGTGCAGGCAATGCCAATAGAGCAAGAGAAGTTTTGGCTGAAGCACTGGAGCTTCTGCCTTTTTCAAAGACACTTCTTGAGGTAG
CTATACATTTAGAATCAAGAAGGCCAGGCTCTAAACAAATTGATTACTTAGATTCGGTTGTAGAAAAAATGTTGAACTCAAAGCCTGATGGATCCTATGAGTTAAGTGCTGTGGATCGAGAGGAGATATCGAGCATATTTTTAGAGTTTGTTGACATCTTTGGAGATATTCATGCTATTAAGAAGGCAGAATTCCGTCAT
AGGCAGCTTTTTCTACCTCATAAAAGCTCTTCTGAATCTAAGAAACGCTCTGCTGATAGTCTTGCGTCGGATAAGACTAAGGTTGCCAAGACTTATACAACTGCTCCTGCTGCTGTATCTCCTGCACAATCGGGTATGTCTGCTTATCCAAATGGACAGGCTCAGTGGGGTGCAGGCTATACACAGCAGTCTCAAGGTTG
GCAGCAGCCACCCCCTCAGCAGGCTCCTCAGATGCAACCTCAACAATGGCCAGGCTATGGTCAACAGGGTGGCTATGCTCCTTATGGGGGTTATGGAAATTATGGGCATCCTCAACAACCAGCAAACGCAACACAGCAGCAAGGTTATGGAGGTTATGGTCAAGCATATCCGCCACAGGCCTTTGCACAGCAAAATTATG
CACAGCCTGCACCAGCAGCAGCTTACACAGCGCCTCAGCAGCAAGCAGCAGCACCCCAGTATTATCCTGGCTATTATTGAGGTCATTTGTCACAGTTTTGAAATGGATTTTTAGATCTCCTCGACATCTTTAACTTGTCATCATCAATTTGTAAATTAGGGATCTTTCGGGAAGAATATTATCGAAGGGGTTCTGCATTG
CACGAATTATTATACTCAATGGTGGTGTTGATCCATCTCATTCAATGTAGCAGTTTCAAAATAGAATTAAATGTTTCCCAGAGTGATCAAATGCAGGAACCCTTCTCTAACTGTACAAGACTGCAATATTTGTTGGAAGCTCATCTTTGTTTTCTTACATACAGGTGTTGGATTAGTTACTTTAATAATCTCATTACTAT
ATCTAATCACTTGGTGTAATAGATTGGCTGAATTAATTTGCTCGAGAACATCAGCATCATTATTTACTTTAATTTGTTGTATTCTACTATGCAGAACATTTTTGTCCTTGTATTCAGGCAGAACACAGAATAATGGATCATTGGTATGCGGCATGGTTTATGTACTTGGTTGCATTGGTTTCATAAGC


>TRINITY_DN117253_c0_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:
ATTTATCATTAAATCCCTCTCTTAAATCTTCGAGAGAGCCCTCCCTCATTTTATTCCTCTCCTCTCCCACAGCATTCCTCAAGTTCCAAATCTGGTATTCTGGTATTATTAGTTTACGCGTCCGTCGACCTCGAAGAAGGGCAACACCAGGGGGTTCTACTACGCTACGGCCATTATTCGAATATAATTGGTTTAGAAGT
TGATTTGATGGGAGACCAAGAGTCTGCAGTAGCTCAAGCTCCAGTAGTCATGGAATATGCAACAGTAGAAGATACTGTCATGCCAGATGCAAACAAATACGTGACAGAGCATGTGTCTGCATTGGGTCAACATCCACCAGTTGTAGATTATGTAGCTGCAGATAATACTCATTTGCCTGATGGAAGCAGCTTTACCCAGC
ATCAAGAGACTGTGATGGAGCAAGTTCCACAACCCAGTACTTATGCTGATGTAGCTGTCACTGGTTTGTCTGACGGAGACAATTATAGCAGACATCAGGATTCTGCAACGGACCCAGCTACAACAGCTGCTGTTTATGGTATTGCAGATAATTCTGGTTTGACTGATGGAAGTAAATATGGTTTGACTGAACAAGAGCCT
GCAGCAGACCATGCTCCTCCGTCAACTGTTTACCAAGCTGAAGGTGCTAGTGGCAATTATGATGTAACTAAATACATGGGAGACCCGGATCCTGCGATGGATCAAGCCCCTCTAGCTACAGATTATGGAACTACTGTAGCTATTGGTGCAGACCAGTTTGCTTCTGCTGAACATCATGCTGATGAGAATGGTAATATTGT
GTCCGAAGAGAACAAGGAACACGAACAACCACAGTATGAGGAGACTCCTGTCATCTCTACTGAAGAAGAAAGATTATGGAGCATAGTAAGGGCAAACTCAGCAGATTTTAATGCATGGACTTCTCTTATTCAAGAGACTGAAAAGACAGCAGAGGAATATTTGCCCAAAATACGAAAAGTTTATGATGCCTTCTTAGCAG
AGTTTCCTTTATGTTATGGATACTGGAAGAAGTATGCAGATCATGAAGCACGCTCGGGTAGTGCTGAAAAGATTGTCGAGGTGTATGAAAGGGCAGTCCAAGCTGTGACATACTCGGTGGATATTTGGATGCACTATGCAATCTTTGCAATGTCAACATACGAAGATCCAGAGACCATTCGAAGgtacaccaatccttgt
cttcatagcaacaaattatatttcctgtggttatttaattggtttatgcaggcagtaacagcatgccttccactttctccatagcaaagtgttgattgggttaacctttaccgtcttttcttctgaccattgttaggttttgctgcagctttgattctacacgtttatggcggaacggtttgtccatatgtgaactttta
gttttagctgtattagttaatgagagacaacccttgtttgatgaaaccactacacccaatatgaatcattacatttaaaaataataaatacagataatgcattaatttttaattctctccacattctttagtttttgttactctttggatggtccacgtgtaagtctggttccacttgtcatttgtttgagtgttactgc
catttttacttgttaacactcttgaggatatcatgggtgcaacaatacatacaatgctgccagggaagatcaaagttcaaatgagggcaaagagggcctctgagcaccacttcatatctcggacatagtatggttttgtcgggaagGTTATTCGAACGGGGCCTGTCATATGTTGGAACTGACTACTTGTCCTATCCTCT
TTGGGACAAGTACATTGAATTTGAATATTCACAGCAGGAGTGGAGTCGTCTGGCACAGATTTATACACGAATTTTGCAAATTCCTATTCAACAGTTGGACCGTTATTACGGCAGTTTCAAGGAACTGGCTGCCAGTCGACCATTATTAGAGTTGCGAACTGTAGAAGAAAATGCAGCAGCTGCTGCAATAGTGACAGTTC
AGGAAGGTGGTGAAGGACCTACAGATGGTGATGAAGCACCAAATCCTGAAACTGCCACTTTAACTGAGGCTGATGAATTGGAGAAGTATCTGGCTGTTAGAGAAGCAATGCATAAGAAAGCAAAAGAATTTGATGTAAAGATTCATGATTTTGAGACAGCTATTCGTAGACCTTATTTCCATGTAAAGCCTCTAGATGAC
TTGCAACTTGGCAACTGGCATCGGTATCTCGACTTCATTGAGAAAGTGAATGATTTTGATCGGACAGTAAAATTGTATGAAAGATGTCTTATTGCATGTGCAAACTACCCAGAGTATTGGATCCGATATGTTCAATGTATGGAAACTGCTGGAAGCATGGAAGTTGCAAATGATGCTCTTGCACGGGCTACACAAATTTT
TGTGAAGAGACAACCCGAGATCCACATTTTTGCTGCTCGATTCAAGGAACAGATGGGAGACATTGCCGGTGCTCGTGCAGAGTATCAATTTCTTTGTACAGAGCTAGCTCCTGGTCTCCTTGATGCTATAATTAAACATGCCAACTTGGAACATCGTCTGGGAAGCTCTGAATCAGCGATATCAATATTTGAAACAACTA
TTGCAACTGAAAAAGCAAAAGAACAGTCACAGTCGTTGCCTCTGTTGTATATTCAGTACTCTCGTTTTCTTCAGCTGAGTGCAGGCAATGCCAATAGAGCAAGAGAAGTTTTGGCTGAAGCACTGGAGCTTCTGCCTTTTTCAAAGACACTTCTTGAGGTAGCTATACATTTAGAATCAAGAAGGCCAGGCTCTAAACAA
ATTGATTACTTAGATTCGGTTGTAGAAAAAATGTTGAACTCAAAGCCTGATGGATCCTATGAGTTAAGTGCTGTGGATCGAGAGGAGATATCGAGCATATTTTTAGAGTTTGTTGACATCTTTGGAGATATTCATGCTATTAAGAAGGCAGAATTCCGTCATAGGCAGCTTTTTCTACCTCATAAAAGCTCTTCTGAATC
TAAGAAACGCTCTGCTGATAGTCTTGCGTCGGATAAGACTAAGGTTGCCAAGACTTATACAACTGCTCCTGCTGCTGTATCTCCTGCACAATCGGGTATGTCTGCTTATCCAAATGGACAGGCTCAGTGGGGTGCAGGCTATACACAGCAGTCTCAAGGTTGGCAGCAGCCACCCCCTCAGCAGGCTCCTCAGATGCAAC
CTCAACAATGGCCAGGCTATGGTCAACAGGGTGGCTATGCTCCTTATGGGGGTTATGGAAATTATGGGCATCCTCAACAACCAGCAAACGCAACACAGCAGCAAGGTTATGGAGGTTATGGTCAAGCATATCCGCCACAGGCCTTTGCACAGCAAAATTATGCACAGCCTGCACCAGCAGCAGCTTACACAGCGCCTCAG
CAGCAAGCAGCAGCACCCCAGTATTATCCTGGCTATTATTGAGGTCATTTGTCACAGTTTTGAAATGGATTTTTAGATCTCCTCGACATCTTTAACTTGTCATCATCAATTTGTAAATTAGGGATCTTTCGGGAAGAATATTATCGAAGGGGTTCTGCATTGCACGAATTATTATACTCAATGGTGGTGTTGATCCATCT
CATTCAATGTAGCAGTTTCAAAATAGAATTAAATGTTTCCCAGAGTGATCAAATGCAGGAACCCTTCTCTAACTGTACAAGACTGCAATATTTGTTGGAAGCTCATCTTTGTTTTCTTACATACAGGTGTTGGATTAGTTACTTTAATAATCTCATTACTATATCTAATCACTTGGTGTAATAGATTGGCTGAATTAATT
TGCTCGAGAACATCAGCATCATTATTTACTTTAATTTGTTGTATTCTACTATGCAGAACATTTTTGTCCTTGTATTCAGGCAGAACACAGAATAATGGATCATTGGTATGCGGCATGGTTTATGTACTTGGTTGCATTGGTTTCATAAGC



Intron 11 GTTGTTACTT ... TCTTTGACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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A107.54993810



>TRINITY_DN37884_c0_g1_i14 from sample A8 / Example spliced isoform
CTTCGAGAGAGCCCTCCCTCATTTTATTCCTCTCCTCTCCCACAGCATTCCTCAAGTTCCAAATCTGGTATTCTGGTATTATTAGTTTACGCGTCCGTCGACCTCGAAGAAGGGCAACACCAGGGGGTTCTACTACGCTACGGCCATTATTCGAATATAATTGGTTTAGAAGTTGATTTGATGGGAGACCAAGAGTCTGC
AGTAGCTCAAGCTCCAGTAGTCATGGAATATGCAACAGTAGAAGATACTGTCATGCCAGATGCAAACAAATACGTGACAGAGCATGTGTCTGCATTGGGTCAACATCCACCAGTTGTAGATTATGTAGCTGCAGATAATACTCATTTGCCTGATGGAAGCAGCTTTACCCAGCATCAAGAGACTGTGATGGAGCAAGTTC
CACAACCCAGTACTTATGCTGATGTAGCTGTCACTGGTTTGTCTGACGGAGACAATTATAGCAGACATCAGGATTCTGCAACGGACCCAGCTACAACAGCTGCTGTTTATGGTATTGCAGATAATTCTGGTTTGACTGATGGAAGTAAATATGGTTTGACTGAACAAGAGCCTGCAGCAGACCATGCTCCTCCGTCAACT
GTTTACCAAGCTGAAGGTGCTAGTGGCAATTATGATGTAACTAAATACATGGGAGACCCGGATCCTGCGATGGATCAAGCCCCTCTAGCTACAGATTATGGAACTACTGTAGCTATTGGTGCAGACCAGTTTGCTTCTGCTGAACATCATGCTGATGAGAATGGTAATATTGTGTCCGAAGAGAACAAGGAACACGAACA
ACCACAGTATGAGGAGACTCCTGTCATCTCTACTGAAGAAGAAAGATTATGGAGCATAGTAAGGGCAAACTCAGCAGATTTTAATGCATGGACTTCTCTTATTCAAGAGACTGAAAAGACAGCAGAGGAATATTTGCCCAAAATACGAAAAGTTTATGATGCCTTCTTAGCAGAGTTTCCTTTATGTTATGGATACTGGA
AGAAGTATGCAGATCATGAAGCACGCTCGGGTAGTGCTGAAAAGATTGTCGAGGTGTATGAAAGGGCAGTCCAAGCTGTGACATACTCGGTGGATATTTGGATGCACTATGCAATCTTTGCAATGTCAACATACGAAGATCCAGAGACCATTCGAAGGTACACCAATCCTTGTCTTCATAGCAACAAATTATATTTCCTG
TGGTTATTTAATTGGTTTATGCAGGCAGTAACAGCATGCCTTCCACTTTCTCCATAGCAAAGTGTTGATTGGGTTAACCTTTACCGTCTTTTCTTCTGACCATTGTTAGGTTTTGCTGCAGCTTTGATTCTACACGTTTATGGCGGAACGGTTTGTCCATATGTGAACTTTTAGTTTTAGCTGTATTAGTTAATGAGAGA
CAACCCTTGTTTGATGAAACCACTACACCCAATATGAATCATTACATTTAAAAATAATAAATACAGATAATGCATTAATTTTTAATTCTCTCCACATTCTTTAGTTTTTGTTACTCTTTGGATGGTCCACGTGTAAGTCTGGTTCCACTTGTCATTTGTTTGAGTGTTACTGCCATTTTTACTTGTTAACACTCTTGAGG
ATATCATGGGTGCAACAATACATACAATGCTGCCAGGGAAGATCAAAGTTCAAATGAGGGCAAAGAGGGCCTCTGAGCACCACTTCATATCTCGGACATAGTATGGTTTTGTCGGGAAGGTAAATTTAGCATATTGTGCCTAACTTTGGAAGTGTCAATGATGTTACAGTGAAATTTTTCCTTCTGGTCCAAGATTTCGG
TCTGTGGTGGGTTTAATCCGATCTTTTATGTGATGGCGACAGAAACACAGGAGAGATTGTGTGCAGTTATAACAATGAGGTTTTATCTGTTGCGTGTGTTTTCAGGTTATTCGAACGGGGCCTGTCATATGTTGGAACTGACTACTTGTCCTATCCTCTTTGGGACAAGTACATTGAATTTGAATATTCACAGCAGGAGT
GGAGTCGTCTGGCACAGATTTATACACGAATTTTGCAAATTCCTATTCAACAGTTGGACCGTTATTACGGCAGTTTCAAGGAACTGGCTGCCAGTCGACCATTATTAGAGTTGCGAACTGTAGAAGAAAATGCAGCAGCTGCTGCAATAGTGACAGTTCAGGAAGGTGGTGAAGGACCTACAGATGGTGATGAAGCACCA
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GAAAGTGAATGATTTTGATCGGACAGTAAAATTGTATGAAAGATGTCTTATTGCATGTGCAAACTACCCAGAGTATTGGATCCGATATGTTCAATGTATGGAAACTGCTGGAAGCATGGAAGTTGCAAATGATGCTCTTGCACGGGCTACACAAATTTTTGTGAAGAGACAACCCGAGATCCACATTTTTGCTGCTCGAT
TCAAGGAACAGATGGGAGACATTGCCGGTGCTCGTGCAGAGTATCAATTTCTTTGTACAGAGCTAGCTCCTGGTCTCCTTGATGCTATAATTAAACATGCCAACTTGGAACATCGTCTGGGAAGCTCTGAATCAGCGATATCAATATTTGAAACAACTATTGCAACTGAAAAAGCAAAAGAACAGTCACAGTCGTTGCCT
CTGTTGTATATTCAGTACTCTCGTTTTCTTCAGCTGAGTGCAGGCAATGCCAATAGAGCAAGAGAAGTTTTGGCTGAAGCACTGGAGCTTCTGCCTTTTTCAAAGACACTTCTTGAGGTAGCTATACATTTAGAATCAAGAAGGCCAGGCTCTAAACAAATTGATTACTTAGATTCGGTTGTAGAAAAAATGTTGAACTC
AAAGCCTGATGGATCCTATGAGTTAAGTGCTGTGGATCGAGAGGAGATATCGAGCATATTTTTAGAGTTTGTTGACATCTTTGGAGATATTCATGCTATTAAGAAGGCAGAATTCCGTCATAGGCAGCTTTTTCTACCTCATAAAAGCTCTTCTGAATCTAAGAAACGCTCTGCTGATAGTCTTGCGTCGGATAAGACTA
AGGTTGCCAAGACTTATACAACTGCTCCTGCTGCTGTATCTCCTGCACAATCGGGTATGTCTGCTTATCCAAATGGACAGGCTCAGTGGGGTGCAGGCTATACACAGCAGTCTCAAGGTTGGCAGCAGCCACCCCCTCAGCAGGCTCCTCAGATGCAACCTCAACAATGGCCAGGCTATGGTCAACAGGGTGGCTATGCT
CCTTATGGGGGTTATGGAAATTATGGGCATCCTCAACAACCAGCAAACGCAACACAGCAGCAAGGTTATGGAGGTTATGGTCAAGCATATCCGCCACAGGCCTTTGCACAGCAAAATTATGCACAGCCTGCACCAGCAGCAGCTTACACAGCGCCTCAGCAGCAAGCAGCAGCACCCCAGTATTATCCTGGCTATTATTG
AGGTCATTTGTCACAGTTTTGAAATGGATTTTTAGATCTCCTCGACATCTTTAACTTGTCATCATCAATTTGTAAATTAGGGATCTTTCGGGAAGAATATTATCGAAGGGGTTCTGCATTGCACGAATTATTATACTCAATGGTGGTGTTGATCCATCTCATTCAATGTAGCAGTTTCAAAATAGAATTAAATGTTTCCC
AGAGTGATCAAATGCAGGAACCCTTCTCTAACTGTACAAGACTGCAATATTTGTTGGAAGCTCATCTTTGTTTTCTTACATACAGGTGTTGGATTAGTTACTTTAATAATCTCATTACTATATCTAATCACTTGGTGTAATAGATTGGCTGAATTAATTTGCTCGAGAACATCAGCATCATTATTTACTTTAATTTGTTG
TATTCTACTATGCAGAACATTTTTGTCCTTGTATTCAGGCAGAACACAGAATAATGGATCATTGGTATGCGGCATGGTTTATGTACTTGGTTGCATTGGTTTCATAAGCAGTATTGTTACATTTCTTTTTATCCAGTCATTAAGATCCATGACTGTATTAGTTGTCTTTGCTTATTATTGTCATTAAGATCCATGCCTGT
ATTAGCTGTCTGCTTATCATTCTAATTGCACAACCCTATGTGGGACCTAATTATC


>TRINITY_DN37884_c0_g1_i12 from sample A8 / Example unspliced isoform:
CTTCGAGAGAGCCCTCCCTCATTTTATTCCTCTCCTCTCCCACAGCATTCCTCAAGTTCCAAATCTGGTATTCTGGTATTATTAGTTTACGCGTCCGTCGACCTCGAAGAAGGGCAACACCAGGGGGTTCTACTACGCTACGGCCATTATTCGAATATAATTGGTTTAGAAGTTGATTTGATGGGAGACCAAGAGTCTGC
AGTAGCTCAAGCTCCAGTAGTCATGGAATATGCAACAGTAGAAGATACTGTCATGCCAGATGCAAACAAATACGTGACAGAGCATGTGTCTGCATTGGGTCAACATCCACCAGTTGTAGATTATGTAGCTGCAGATAATACTCATTTGCCTGATGGAAGCAGCTTTACCCAGCATCAAGAGACTGTGATGGAGCAAGTTC
CACAACCCAGTACTTATGCTGATGTAGCTGTCACTGGTTTGTCTGACGGAGACAATTATAGCAGACATCAGGATTCTGCAACGGACCCAGCTACAACAGCTGCTGTTTATGGTATTGCAGATAATTCTGGTTTGACTGATGGAAGTAAATATGGTTTGACTGAACAAGAGCCTGCAGCAGACCATGCTCCTCCGTCAACT
GTTTACCAAGCTGAAGGTGCTAGTGGCAATTATGATGTAACTAAATACATGGGAGACCCGGATCCTGCGATGGATCAAGCCCCTCTAGCTACAGATTATGGAACTACTGTAGCTATTGGTGCAGACCAGTTTGCTTCTGCTGAACATCATGCTGATGAGAATGGTAATATTGTGTCCGAAGAGAACAAGGAACACGAACA
ACCACAGTATGAGGAGACTCCTGTCATCTCTACTGAAGAAGAAAGATTATGGAGCATAGTAAGGGCAAACTCAGCAGATTTTAATGCATGGACTTCTCTTATTCAAGAGACTGAAAAGACAGCAGAGGAATATTTGCCCAAAATACGAAAAGTTTATGATGCCTTCTTAGCAGAGTTTCCTTTATGTTATGGATACTGGA
AGAAGTATGCAGATCATGAAGCACGCTCGGGTAGTGCTGAAAAGATTGTCGAGGTGTATGAAAGGGCAGTCCAAGCTGTGACATACTCGGTGGATATTTGGATGCACTATGCAATCTTTGCAATGTCAACATACGAAGATCCAGAGACCATTCGAAGGTACACCAATCCTTGTCTTCATAGCAACAAATTATATTTCCTG
TGGTTATTTAATTGGTTTATGCAGGCAGTAACAGCATGCCTTCCACTTTCTCCATAGCAAAGTGTTGATTGGGTTAACCTTTACCGTCTTTTCTTCTGACCATTGTTAGGTTTTGCTGCAGCTTTGATTCTACACGTTTATGGCGGAACGGTTTGTCCATATGTGAACTTTTAGTTTTAGCTGTATTAGTTAATGAGAGA
CAACCCTTGTTTGATGAAACCACTACACCCAATATGAATCATTACATTTAAAAATAATAAATACAGATAATGCATTAATTTTTAATTCTCTCCACATTCTTTAGTTTTTGTTACTCTTTGGATGGTCCACGTGTAAGTCTGGTTCCACTTGTCATTTGTTTGAGTGTTACTGCCATTTTTACTTGTTAACACTCTTGAGG
ATATCATGGGTGCAACAATACATACAATGCTGCCAGGGAAGATCAAAGTTCAAATGAGGGCAAAGAGGGCCTCTGAGCACCACTTCATATCTCGGACATAGTATGGTTTTGTCGGGAAGGTAAATTTAGCATATTGTGCCTAACTTTGGAAGTGTCAATGATGTTACAGTGAAATTTTTCCTTCTGGTCCAAGATTTCGG
TCTGTGGTGGGTTTAATCCGATCTTTTATGTGATGGCGACAGAAACACAGGAGAGATTGTGTGCAGTTATAACAATGAGGTTTTATCTGTTGCGTGTGTTTTCAGGTTATTCGAACGGGGCCTGTCATATGTTGGAACTGACTACTTGTCCTATCCTCTTTGGGACAAGTACATTGAATTTGAATATTCACAGCAGGAGT
GGAGTCGTCTGGCACAGATTTATACACGAATTTTGCAAATTCCTATTCAACAGTTGGACCGTTATTACGGCAGTTTCAAGGAACTGGCTGCCAGTCGACCATTATTAGAGTTGCGAACTGTAGAAGAAAATGCAGCAGCTGCTGCAATAGTGACAGTTCAGGAAGGTGGTGAAGGACCTACAGATGGTGATGAAGCACCA
AATCCTGAAACTGCCACTTTAACTGAGGCTGATGAATTGGAGAAGTATCTGGCTGTTAGAGAAGCAATGCATAAGAAAGCAAAAGAATTTGATGTAAAGATTCATGATTTTGAGACAGCTATTCGTAGACCTTATTTCCATGTAAAGCCTCTAGATGACTTGCAACTTGGCAACTGGCATCGGTATCTCGACTTCATTGA
GAAAGTGAATGATTTTGATCGGACAGTAAAATTGTATGAAAGATGTCTTATTGCATGTGCAAACTACCCAGAGTATTGGATCCGATATGTTCAATGTATGGAAACTGCTGGAAGCATGGAAGTTGCAAATGATGCTCTTGCACGGGCTACACAAATTTTTGTGAAGAGACAACCCGAGATCCACATTTTTGCTGCTCGAT
TCAAGGAACAGATGGGAGACATTGCCGGTGCTCGTGCAGAGTATCAATTTCTTTGTACAGAGCTAGCTCCTGGTCTCCTTGATGCTATAATTAAACATGCCAACTTGGAACATCGTCTGGGAAGCTCTGAATCAGCGATATCAATATTTGAAACAACTATTGCAACTGAAAAAGCAAAAGAACAGTCACAGTCGTTGCCT
CTGTTGTATATTCAGTACTCTCGTTTTCTTCAGCTGAGTGCAGGCAATGCCAATAGAGCAAGAGAAGTTTTGGCTGAAGCACTGGAGCTTCTGCCTTTTTCAAAGACACTTCTTGAGGTAGCTATACATTTAGAATCAAGAAGGCCAGGCTCTAAACAAATTGATTACTTAGATTCGGTTGTAGAAAAAATGTTGAACTC
AAAGCCTGATGGATCCTATGAGTTAAGTGCTGTGGATCGAGAGGAGATATCGAGCATATTTTTAGAGTTTGTTGACATCTTTGGAGATATTCATGCTATTAAGAAGGCAGAATTCCGTCATAGGCAGCTTTTTCTACCTCATAAAAGCTCTTCTGAATCTAAGAAACGCTCTGCTGATAGTCTTGCGTCGGATAAGACTA
AGGTTGCCAAGACTTATACAACTGCTCCTGCTGCTGTATCTCCTGCACAATCGGGTATGTCTGCTTATCCAAATGGACAGGCTCAGTGGGGTGCAGGCTATACACAGCAGTCTCAAGGTTGGCAGCAGCCACCCCCTCAGCAGGCTCCTCAGATGCAACCTCAACAATGGCCAGGCTATGGTCAACAGGGTGGCTATGCT
CCTTATGGGGGTTATGGAAATTATGGGCATCCTCAACAACCAGCAAACGCAACACAGCAGCAAGGTTATGGAGGTTATGGTCAAGCATATCCGCCACAGgttgttactttgtgatatggcagattgaatattttaccatatttataattatttgaaataaattatattgatgtaaatggtcgactctgaatattttccca
tatttatatgaaaaaattatagatgtaagtgtcattttaatggatttctctttgacagGCCTTTGCACAGCAAAATT



Intron 12 GTACACCAAT ... CCATTGTTAG

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>TRINITY_DN117253_c0_g1_i14 from sample A1 / Example spliced isoform
ATTTATCATTAAATCCCTCTCTTAAATCTTCGAGAGAGCCCTCCCTCATTTTATTCCTCTCCTCTCCCACAGCATTCCTCAAGTTCCAAATCTGGTATTCTGGTATTATTAGTTTACGCGTCCGTCGACCTCGAAGAAGGGCAACACCAGGGGGTTCTACTACGCTACGGCCATTATTCGAATATAATTGGTTTAGAAGT
TGATTTGATGGGAGACCAAGAGTCTGCAGTAGCTCAAGCTCCAGTAGTCATGGAATATGCAACAGTAGAAGATACTGTCATGCCAGATGCAAACAAATACGTGACAGAGCATGTGTCTGCATTGGGTCAACATCCACCAGTTGTAGATTATGTAGCTGCAGATAATACTCATTTGCCTGATGGAAGCAGCTTTACCCAGC
ATCAAGAGACTGTGATGGAGCAAGTTCCACAACCCAGTACTTATGCTGATGTAGCTGTCACTGGTTTGTCTGACGGAGACAATTATAGCAGACATCAGGATTCTGCAACGGACCCAGCTACAACAGCTGCTGTTTATGGTATTGCAGATAATTCTGGTTTGACTGATGGAAGTAAATATGGTTTGACTGAACAAGAGCCT
GCAGCAGACCATGCTCCTCCGTCAACTGTTTACCAAGCTGAAGGTGCTAGTGGCAATTATGATGTAACTAAATACATGGGAGACCCGGATCCTGCGATGGATCAAGCCCCTCTAGCTACAGATTATGGAACTACTGTAGCTATTGGTGCAGACCAGTTTGCTTCTGCTGAACATCATGCTGATGAGAATGGTAATATTGT
GTCCGAAGAGAACAAGGAACACGAACAACCACAGTATGAGGAGACTCCTGTCATCTCTACTGAAGAAGAAAGATTATGGAGCATAGTAAGGGCAAACTCAGCAGATTTTAATGCATGGACTTCTCTTATTCAAGAGACTGAAAAGACAGCAGAGGAATATTTGCCCAAAATACGAAAAGTTTATGATGCCTTCTTAGCAG
AGTTTCCTTTATGTTATGGATACTGGAAGAAGTATGCAGATCATGAAGCACGCTCGGGTAGTGCTGAAAAGATTGTCGAGGTGTATGAAAGGGCAGTCCAAGCTGTGACATACTCGGTGGATATTTGGATGCACTATGCAATCTTTGCAATGTCAACATACGAAGATCCAGAGACCATTCGAAGGTTTTGCTGCAGCTTT
GATTCTACACGTTTATGGCGGAACGGTTTGTCCATATGTGAACTTTTAGTTTTAGCTGTATTAGTTAATGAGAGACAACCCTTGTTTGATGAAACCACTACACCCAATATGAATCATTACATTTAAAAATAATAAATACAGATAATGCATTAATTTTTAATTCTCTCCACATTCTTTAGTTTTTGTTACTCTTTGGATGG
TCCACGTGTAAGTCTGGTTCCACTTGTCATTTGTTTGAGTGTTACTGCCATTTTTACTTGTTAACACTCTTGAGGATATCATGGGTGCAACAATACATACAATGCTGCCAGGGAAGATCAAAGTTCAAATGAGGGCAAAGAGGGCCTCTGAGCACCACTTCATATCTCGGACATAGTATGGTTTTGTCGGGAAGGTTATT
CGAACGGGGCCTGTCATATGTTGGAACTGACTACTTGTCCTATCCTCTTTGGGACAAGTACATTGAATTTGAATATTCACAGCAGGAGTGGAGTCGTCTGGCACAGATTTATACACGAATTTTGCAAATTCCTATTCAACAGTTGGACCGTTATTACGGCAGTTTCAAGGAACTGGCTGCCAGTCGACCATTATTAGAGT
TGCGAACTGTAGAAGAAAATGCAGCAGCTGCTGCAATAGTGACAGTTCAGGAAGGTGGTGAAGGACCTACAGATGGTGATGAAGCACCAAATCCTGAAACTGCCACTTTAACTGAGGCTGATGAATTGGAGAAGTATCTGGCTGTTAGAGAAGCAATGCATAAGAAAGCAAAAGAATTTGATGTAAAGATTCATGATTTT
GAGACAGCTATTCGTAGACCTTATTTCCATGTAAAGCCTCTAGATGACTTGCAACTTGGCAACTGGCATCGGTATCTCGACTTCATTGAGAAAGTGAATGATTTTGATCGGACAGTAAAATTGTATGAAAGATGTCTTATTGCATGTGCAAACTACCCAGAGTATTGGATCCGATATGTTCAATGTATGGAAACTGCTGG
AAGCATGGAAGTTGCAAATGATGCTCTTGCACGGGCTACACAAATTTTTGTGAAGAGACAACCCGAGATCCACATTTTTGCTGCTCGATTCAAGGAACAGATGGGAGACATTGCCGGTGCTCGTGCAGAGTATCAATTTCTTTGTACAGAGCTAGCTCCTGGTCTCCTTGATGCTATAATTAAACATGCCAACTTGGAAC
ATCGTCTGGGAAGCTCTGAATCAGCGATATCAATATTTGAAACAACTATTGCAACTGAAAAAGCAAAAGAACAGTCACAGTCGTTGCCTCTGTTGTATATTCAGTACTCTCGTTTTCTTCAGCTGAGTGCAGGCAATGCCAATAGAGCAAGAGAAGTTTTGGCTGAAGCACTGGAGCTTCTGCCTTTTTCAAAGACACTT
CTTGAGGTAGCTATACATTTAGAATCAAGAAGGCCAGGCTCTAAACAAATTGATTACTTAGATTCGGTTGTAGAAAAAATGTTGAACTCAAAGCCTGATGGATCCTATGAGTTAAGTGCTGTGGATCGAGAGGAGATATCGAGCATATTTTTAGAGTTTGTTGACATCTTTGGAGATATTCATGCTATTAAGAAGGCAGA
ATTCCGTCATAGGCAGCTTTTTCTACCTCATAAAAGCTCTTCTGAATCTAAGAAACGCTCTGCTGATAGTCTTGCGTCGGATAAGACTAAGGTTGCCAAGACTTATACAACTGCTCCTGCTGCTGTATCTCCTGCACAATCGGGTATGTCTGCTTATCCAAATGGACAGGCTCAGTGGGGTGCAGGCTATACACAGCAGT
CTCAAGGTTGGCAGCAGCCACCCCCTCAGCAGGCTCCTCAGATGCAACCTCAACAATGGCCAGGCTATGGTCAACAGGGTGGCTATGCTCCTTATGGGGGTTATGGAAATTATGGGCATCCTCAACAACCAGCAAACGCAACACAGCAGCAAGGTTATGGAGGTTATGGTCAAGCATATCCGCCACAGGCCTTTGCACAG
CAAAATTATGCACAGCCTGCACCAGCAGCAGCTTACACAGCGCCTCAGCAGCAAGCAGCAGCACCCCAGTATTATCCTGGCTATTATTGAGGTCATTTGTCACAGTTTTGAAATGGATTTTTAGATCTCCTCGACATCTTTAACTTGTCATCATCAATTTGTAAATTAGGGATCTTTCGGGAAGAATATTATCGAAGGGG
TTCTGCATTGCACGAATTATTATACTCAATGGTGGTGTTGATCCATCTCATTCAATGTAGCAGTTTCAAAATAGAATTAAATGTTTCCCAGAGTGATCAAATGCAGGAACCCTTCTCTAACTGTACAAGACTGCAATATTTGTTGGAAGCTCATCTTTGTTTTCTTACATACAGGTGTTGGATTAGTTACTTTAATAATC
TCATTACTATATCTAATCACTTGGTGTAATAGATTGGCTGAATTAATTTGCTCGAGAACATCAGCATCATTATTTACTTTAATTTGTTGTATTCTACTATGCAGAACATTTTTGTCCTTGTATTCAGGCAGAACACAGAATAATGGATCATTGGTATGCGGCATGGTTTATGTACTTGGTTGCATTGGTTTCATAAGC


>TRINITY_DN117253_c0_g1_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:
ATTTATCATTAAATCCCTCTCTTAAATCTTCGAGAGAGCCCTCCCTCATTTTATTCCTCTCCTCTCCCACAGCATTCCTCAAGTTCCAAATCTGGTATTCTGGTATTATTAGTTTACGCGTCCGTCGACCTCGAAGAAGGGCAACACCAGGGGGTTCTACTACGCTACGGCCATTATTCGAATATAATTGGTTTAGAAGT
TGATTTGATGGGAGACCAAGAGTCTGCAGTAGCTCAAGCTCCAGTAGTCATGGAATATGCAACAGTAGAAGATACTGTCATGCCAGATGCAAACAAATACGTGACAGAGCATGTGTCTGCATTGGGTCAACATCCACCAGTTGTAGATTATGTAGCTGCAGATAATACTCATTTGCCTGATGGAAGCAGCTTTACCCAGC
ATCAAGAGACTGTGATGGAGCAAGTTCCACAACCCAGTACTTATGCTGATGTAGCTGTCACTGGTTTGTCTGACGGAGACAATTATAGCAGACATCAGGATTCTGCAACGGACCCAGCTACAACAGCTGCTGTTTATGGTATTGCAGATAATTCTGGTTTGACTGATGGAAGTAAATATGGTTTGACTGAACAAGAGCCT
GCAGCAGACCATGCTCCTCCGTCAACTGTTTACCAAGCTGAAGGTGCTAGTGGCAATTATGATGTAACTAAATACATGGGAGACCCGGATCCTGCGATGGATCAAGCCCCTCTAGCTACAGATTATGGAACTACTGTAGCTATTGGTGCAGACCAGTTTGCTTCTGCTGAACATCATGCTGATGAGAATGGTAATATTGT
GTCCGAAGAGAACAAGGAACACGAACAACCACAGTATGAGGAGACTCCTGTCATCTCTACTGAAGAAGAAAGATTATGGAGCATAGTAAGGGCAAACTCAGCAGATTTTAATGCATGGACTTCTCTTATTCAAGAGACTGAAAAGACAGCAGAGGAATATTTGCCCAAAATACGAAAAGTTTATGATGCCTTCTTAGCAG
AGTTTCCTTTATGTTATGGATACTGGAAGAAGTATGCAGATCATGAAGCACGCTCGGGTAGTGCTGAAAAGATTGTCGAGGTGTATGAAAGGGCAGTCCAAGCTGTGACATACTCGGTGGATATTTGGATGCACTATGCAATCTTTGCAATGTCAACATACGAAGATCCAGAGACCATTCGAAGgtacaccaatccttgt
cttcatagcaacaaattatatttcctgtggttatttaattggtttatgcaggcagtaacagcatgccttccactttctccatagcaaagtgttgattgggttaacctttaccgtcttttcttctgaccattgttagGTTTTGCTGCAGCTTTGATTCTACACGTTTATGGCGGAACGGTTTGTCCATATGTGAACTTTTA
GTTTTAGCTGTATTAGTTAATGAGAGACAACCCTTGTTTGATGAAACCACTACACCCAATATGAATCATTACATTTAAAAATAATAAATACAGATAATGCATTAATTTTTAATTCTCTCCACATTCTTTAGTTTTTGTTACTCTTTGGATGGTCCACGTGTAAGTCTGGTTCCACTTGTCATTTGTTTGAGTGTTACTGC
CATTTTTACTTGTTAACACTCTTGAGGATATCATGGGTGCAACAATACATACAATGCTGCCAGGGAAGATCAAAGTTCAAATGAGGGCAAAGAGGGCCTCTGAGCACCACTTCATATCTCGGACATAGTATGGTTTTGTCGGGAAGGTTATTCGAACGGGGCCTGTCATATGTTGGAACTGACTACTTGTCCTATCCTCT
TTGGGACAAGTACATTGAATTTGAATATTCACAGCAGGAGTGGAGTCGTCTGGCACAGATTTATACACGAATTTTGCAAATTCCTATTCAACAGTTGGACCGTTATTACGGCAGTTTCAAGGAACTGGCTGCCAGTCGACCATTATTAGAGTTGCGAACTGTAGAAGAAAATGCAGCAGCTGCTGCAATAGTGACAGTTC
AGGAAGGTGGTGAAGGACCTACAGATGGTGATGAAGCACCAAATCCTGAAACTGCCACTTTAACTGAGGCTGATGAATTGGAGAAGTATCTGGCTGTTAGAGAAGCAATGCATAAGAAAGCAAAAGAATTTGATGTAAAGATTCATGATTTTGAGACAGCTATTCGTAGACCTTATTTCCATGTAAAGCCTCTAGATGAC
TTGCAACTTGGCAACTGGCATCGGTATCTCGACTTCATTGAGAAAGTGAATGATTTTGATCGGACAGTAAAATTGTATGAAAGATGTCTTATTGCATGTGCAAACTACCCAGAGTATTGGATCCGATATGTTCAATGTATGGAAACTGCTGGAAGCATGGAAGTTGCAAATGATGCTCTTGCACGGGCTACACAAATTTT
TGTGAAGAGACAACCCGAGATCCACATTTTTGCTGCTCGATTCAAGGAACAGATGGGAGACATTGCCGGTGCTCGTGCAGAGTATCAATTTCTTTGTACAGAGCTAGCTCCTGGTCTCCTTGATGCTATAATTAAACATGCCAACTTGGAACATCGTCTGGGAAGCTCTGAATCAGCGATATCAATATTTGAAACAACTA
TTGCAACTGAAAAAGCAAAAGAACAGTCACAGTCGTTGCCTCTGTTGTATATTCAGTACTCTCGTTTTCTTCAGCTGAGTGCAGGCAATGCCAATAGAGCAAGAGAAGTTTTGGCTGAAGCACTGGAGCTTCTGCCTTTTTCAAAGACACTTCTTGAGGTAGCTATACATTTAGAATCAAGAAGGCCAGGCTCTAAACAA
ATTGATTACTTAGATTCGGTTGTAGAAAAAATGTTGAACTCAAAGCCTGATGGATCCTATGAGTTAAGTGCTGTGGATCGAGAGGAGATATCGAGCATATTTTTAGAGTTTGTTGACATCTTTGGAGATATTCATGCTATTAAGAAGGCAGAATTCCGTCATAGGCAGCTTTTTCTACCTCATAAAAGCTCTTCTGAATC
TAAGAAACGCTCTGCTGATAGTCTTGCGTCGGATAAGACTAAGGTTGCCAAGACTTATACAACTGCTCCTGCTGCTGTATCTCCTGCACAATCGGGTATGTCTGCTTATCCAAATGGACAGGCTCAGTGGGGTGCAGGCTATACACAGCAGTCTCAAGGTTGGCAGCAGCCACCCCCTCAGCAGGCTCCTCAGATGCAAC
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CAGCAAGCAGCAGCACCCCAGTATTATCCTGGCTATTATTGAGGTCATTTGTCACAGTTTTGAAATGGATTTTTAGATCTCCTCGACATCTTTAACTTGTCATCATCAATTTGTAAATTAGGGATCTTTCGGGAAGAATATTATCGAAGGGGTTCTGCATTGCACGAATTATTATACTCAATGGTGGTGTTGATCCATCT
CATTCAATGTAGCAGTTTCAAAATAGAATTAAATGTTTCCCAGAGTGATCAAATGCAGGAACCCTTCTCTAACTGTACAAGACTGCAATATTTGTTGGAAGCTCATCTTTGTTTTCTTACATACAGAACATTTTTGTCCTTGTATTCAGGCAGAACACAGAATAATGGATCATTGGTATGCGGCATGGTTTATGTACTTG
GTTGCATTGGTTTCATAAGC



Intron 13 GTACACCAAT ... GTGTTTTCAG

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>TRINITY_DN117253_c0_g1_i21 from sample A1 / Example spliced isoform
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ATCAAGAGACTGTGATGGAGCAAGTTCCACAACCCAGTACTTATGCTGATGTAGCTGTCACTGGTTTGTCTGACGGAGACAATTATAGCAGACATCAGGATTCTGCAACGGACCCAGCTACAACAGCTGCTGTTTATGGTATTGCAGATAATTCTGGTTTGACTGATGGAAGTAAATATGGTTTGACTGAACAAGAGCCT
GCAGCAGACCATGCTCCTCCGTCAACTGTTTACCAAGCTGAAGGTGCTAGTGGCAATTATGATGTAACTAAATACATGGGAGACCCGGATCCTGCGATGGATCAAGCCCCTCTAGCTACAGATTATGGAACTACTGTAGCTATTGGTGCAGACCAGTTTGCTTCTGCTGAACATCATGCTGATGAGAATGGTAATATTGT
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GTTGCAAATGATGCTCTTGCACGGGCTACACAAATTTTTGTGAAGAGACAACCCGAGATCCACATTTTTGCTGCTCGATTCAAGGAACAGATGGGAGACATTGCCGGTGCTCGTGCAGAGTATCAATTTCTTTGTACAGAGCTAGCTCCTGGTCTCCTTGATGCTATAATTAAACATGCCAACTTGGAACATCGTCTGGG
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CACAGCCTGCACCAGCAGCAGCTTACACAGCGCCTCAGCAGCAAGCAGCAGCACCCCAGTATTATCCTGGCTATTATTGAGGTCATTTGTCACAGTTTTGAAATGGATTTTTAGATCTCCTCGACATCTTTAACTTGTCATCATCAATTTGTAAATTAGGGATCTTTCGGGAAGAATATTATCGAAGGGGTTCTGCATTG
CACGAATTATTATACTCAATGGTGGTGTTGATCCATCTCATTCAATGTAGCAGTTTCAAAATAGAATTAAATGTTTCCCAGAGTGATCAAATGCAGGAACCCTTCTCTAACTGTACAAGACTGCAATATTTGTTGGAAGCTCATCTTTGTTTTCTTACATACAGGTGTTGGATTAGTTACTTTAATAATCTCATTACTAT
ATCTAATCACTTGGTGTAATAGATTGGCTGAATTAATTTGCTCGAGAACATCAGCATCATTATTTACTTTAATTTGTTGTATTCTACTATGCAGAACATTTTTGTCCTTGTATTCAGGCAGAACACAGAATAATGGATCATTGGTATGCGGCATGGTTTATGTACTTGGTTGCATTGGTTTCATAAGC


>TRINITY_DN117253_c0_g1_i22 from sample A1 / Example unspliced isoform:
ATTTATCATTAAATCCCTCTCTTAAATCTTCGAGAGAGCCCTCCCTCATTTTATTCCTCTCCTCTCCCACAGCATTCCTCAAGTTCCAAATCTGGTATTCTGGTATTATTAGTTTACGCGTCCGTCGACCTCGAAGAAGGGCAACACCAGGGGGTTCTACTACGCTACGGCCATTATTCGAATATAATTGGTTTAGAAGT
TGATTTGATGGGAGACCAAGAGTCTGCAGTAGCTCAAGCTCCAGTAGTCATGGAATATGCAACAGTAGAAGATACTGTCATGCCAGATGCAAACAAATACGTGACAGAGCATGTGTCTGCATTGGGTCAACATCCACCAGTTGTAGATTATGTAGCTGCAGATAATACTCATTTGCCTGATGGAAGCAGCTTTACCCAGC
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GCAGCAGACCATGCTCCTCCGTCAACTGTTTACCAAGCTGAAGGTGCTAGTGGCAATTATGATGTAACTAAATACATGGGAGACCCGGATCCTGCGATGGATCAAGCCCCTCTAGCTACAGATTATGGAACTACTGTAGCTATTGGTGCAGACCAGTTTGCTTCTGCTGAACATCATGCTGATGAGAATGGTAATATTGT
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