sp|Q94JS4|SMT3B_ARATH ----> 24-methylenesterol C-methyltransferase 3

Intron 1 GTGATGGCTA ... CTAGTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	68.42	15	36	29
A2	94.12	1	17	15
A3	81.33	7	27	34
A4	69.23	8	16	20
A5	58.33	5	8	6
A6	75.76	12	44	31
A7	64.49	19	26	43
A8	65	14	24	28
A9	63.78	23	39	42
A10	67.44	28	57	59

>TRINITY_DN41297_c2_g1_i4 from sample A8 / Example spliced isoform

CAAGAATGGCAATGTCAACTGCATCTAGGAGCTCTCCCTTACAAATATTCAGCCATACGAATGCATTTCACAAGTGCCCACCATCAACCAAAGCCTCTAATATATCCCCCAAAAAAGACCCAATTGGCAGAGAGGTCCTTGGATTGGACGTAGATTGCTGCTGAGAGGTGCGTTCTGGCAGGGACTTACGATGGCGGGAC
AAGGAAGCAACTCCTTTTCAGCTCTTGCCAAAGCAAAGGGCTCAGGAATTGAAGAGGTATTGAAGAATGTAGACTGGCCAGAGCAGTTTCCCTTCAAGAAGGAAGACTTTGAACGTTTTGATGAGTCATCTGATCAACTTTTCTATTCCTCTCCAAGATTTGTTACACATATTGACGATCCTGCAATTAATGCCCTTACT
AAATTTTATGCATCTGTTTTCCCTCCAAGCAACACACCTGGCGTGGCCTTGCTTGATATGTGTAGTAGCTGGGTTAGCCATTATCCAAAAGGTTACAAGCAAGATAGAATTGTAGGCATGGGCATGAATGAAGATGAGCTGAGACGCAATCCAATTTTGACAGAGTATACTATACAAGATTTGAACGTGAATCCCAAAGT
ACCATTTGAAGATAATTCATTTGATGTCATCACAAATGCGGTAAGTGTTGATTATGTTAACAAGCCACTAGATGTCTTTCTAGAGATGAGAAGAGTTCTTAAGCCCGGGGGTCTTGCAATTATGAGCTTCTCCAATCGTTGCTTTTGGACAAAGGCAATATCCATATGGACGTCAACTGGCGATGTTGATCATGTATGGA
TTGTTGGTTCTTACTTTCATTATACTGGAGGCTTTGAACCACCCCAGGTCTAAATAGAAAGAGGAAGAAATTTTGCCAAAATCTTGCCAGATTTGATAAATTTTAGCTTCTGGAGATCCTCTTCCATTACTCTTTCTATGCCCAACATTGTAAGCCCTTAGATCCAAATTTAATGGACTAAGAGGCACTTCTTTTTTTAA
ATATTTTGTAATAATTATTAAATGAGAGCAGTGGGATACTCAGCACCCACATCCCATCCCCCCTGGGGGGATTTGTACTGTGTAAATGTTTTATCAATAAATTTTTCTAACAACACAACAAACACACACGCACTTCATCCATCTCTTTCATTCAAAG

>TRINITY_DN41297_c2_g1_i18 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CAAGAATGGCAATGTCAACTGCATCTAGGAGCTCTCCCTTACAAATATTCAGCCATACGAATGCATTTCACAAGTGCCCACCATCAACCAAAGCCTCTAATATATCCCCCAAAAAAGACCCAATTGGCAGAGgtgatggctatcccataaatttgtattttcaaaataagtgttttggttttaagagatacccattggat
cgcacgagttcatttcttctaaattcaaagttgagggaaccactcccccattctagttgcagAGGTCCTTGGATTGGACGTAGATTGCTGCTGAGAGGTGCGTTCTGGCAGGGACTTACGATGGCGGGACAAGGAAGCAACTCCTTTTCAGCTCTTGCCAAAGCAAAGGGCTCAGGAATTGAAGAGGTATTGAAGAATGT
AGACTGGCCAGAGCAGTTTCCCTTCAAGAAGGAAGACTTTGAACGTTTTGATGAGTCATCTGATCAACTTTTCTATTCCTCTCCAAGATTTGTTACACATATTGACGATCCTGCAATTAATGCCCTTACTAAATTTTATGCATCTGTTTTCCCTCCAAGCAACACACCTGGCGTGGCCTTGCTTGATATGTGTAGTAGCT
GGGTTAGCCATTATCCAAAAGGTTACAAGCAAGATAGAATTGTAGGCATGGGCATGAATGAAGATGAGCTGAGACGCAATCCAATTTTGACAGAGTATACTATACAAGATTTGAACGTGAATCCCAAAGTACCATTTGAAGATAATTCATTTGATGTCATCACAAATGCGGTAAGTGTTGATTATGTTAACAAGCCACTA
GATGTCTTTCTAGAGATGAGAAGAGTTCTTAAGCCCGGGGGTCTTGCAATTATGAGCTTCTCCAATCGTTGCTTTTGGACAAAGGCAATATCCATATGGACGTCAACTGGCGATGTTGATCATGTATGGATTGTTGGTTCTTACTTTCATTATACTGGAGGCTTTGAACCACCCCAGGTCTAAATAGAAAGAGGAAGAAA
TTTTGCCAAAATCTTGCCAGATTTGATAAATTTTAGCTTCTGGAGATCCTCTTCCATTACTCTTTCTATGCCCAACATTGTAAGCCCTTAGATCCAAATTTAATGGACTAAGAGGCACTTCTTTTTTTAAATATTTTGTAATAATTATTAAATGAGAGCAGTGGGATACTCAGCACCCACATCCCATCCCCCCTGGGGGG
ATTTGTACTGTGTAAATGTTTTATCAATAAATTTTTCTAACAACACAACAAACACACACGCACTTCATCCATCTCTTTCATTCAAAG

Intron 2 GTATGTAAAC ... TCCCTCCAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	90	1	11	7
A2	100	0	15	11
A3	82.86	3	16	13
A4	100	0	3	1
A5	100	0	6	0
A6	76.7	12	34	45
A7	89.69	5	51	36
A8	74.47	12	31	39
A9	80.74	13	46	63
A10	83.05	10	54	44

>TRINITY_DN42492_c2_g1_i3 from sample A9 / Example spliced isoform

GAAGACTTTGAACGTTTTGATGACAACACACCTGGCGTGGCCTTGCTTGATATGTGTAGTAGCTGGGTTAGCCATTATCCAAAAGGTTACAAGCAAGATAGAATTGTAGGCATGGGCATGAATGAAGATGAGCTGAGACGCAATCCAATTTTGACAGAGTATACTATACAAGATTTGAACGTGAATCCCAAAGTACCATT
TGAAGATAATTCATTTGATGTCATCACAAATGCGGTAAGTGTTGATTATGTTAACAAGCCACTAGATGTCTTTCTAGAGATGAGAAGAGTTCTTAAGCCCGGGGGTCTTGCAATTATGAGCTTCTCCAATCGTTGCTTTTGGACAAAGGCAATATCCATATGGACGTCAACTGGCGATGTTGATCATGTATGGATTGTTG
GTTCTTACTTTCATTATACTGGAGGCTTTGAACCACCCCAGGCATTGGATATCTCACCAAACCCTGGGCGAACAGATCCCATGTATGTCGTTTTCTCAAGAAAATTGCCAGCATAAGTTTTTGTTATGATTTATGTGATGCGGTGGAATCAAACAACTTCCCCTCCCCGCCCAGACTCCAGAAAAGAAGAAGAGCCTGGT
GGGGGGTGCAATTTTATATAAACTTTTTTTTATTGTAATTAAAATATGTAAATGACAATTTGTTATTCTAAATTATAAAATTGAGATTTTGTTTATTCTAGAGGAGCTCTTCAGTGTACGTTGTGAAGTTGATCTAGCAGCCCTAGGCATATACTTTTCCCTAGACAGCTTTAGATAATCTTTTTTAGAATATTCTTTCA
TGCACAAAAAAAATTACACATGCACACAAATTATTTTAATGTAAGAAAATGTTGTGCAACCACAGTTGGAAAATTGACCTGTAAATTTATATAAAATGCTCAAAAGGATGACTGGCATTTAACTATTAAGCAGGAATCTGATATACAGCTCTGCAGCCTTGAAATCTTGCTTTCTCAAATAACTGCAAGTATGACACAAT
TTCATGTTAATTGTTTCAACATACTTCTGAATAGATAAATTAATTTACGTGAGGCTTGTTTTGCATTGCC

>TRINITY_DN42492_c2_g1_i5 from sample A9 / Example unspliced isoform:

CCCGACTTGTGATCTCTGTTATCTTTCCAACTCCACAACATTTCTGTTTAGAGGTAGTCTTAATGCCACGTGACACCAAGTTAACTGCTATAAAAAATCAACTATACACAGCCCATCATAGGTGGTCAAGAATGGCAATGTCAACTGCATCTAGGAGCTCTCCCTTACAAATATTCAGCCATACGAATGCATTTCACAAG
TGCCCACCATCAACCAAAGCCTCTAATATATCCCCCAAAAAAGACCCAATTGGCAGAGGTGATGGCTATCCCATAAATTTGTATTTTCAAAATAAGTGTTTTGGTTTTAAGAGATACCCATTGGATCGCACGAGTTCATTTCTTCTAAATTCAAAGTTGAGGGAACCACTCCCCCATTCTAGTTGCAGAGGTCCTTGGAT
TGGACGTAGATTGCTGCTGAGAGGTGCGTTCTGGCAGGGACTTACGATGGCGGGACAAGGAAGCAACTCCTTTTCAGCTCTTGCCAAAGCAAAGGGCTCAGGAATTGAAGAGGTATTGAAGAATGTAGACTGGCCAGAGCAGTTTCCCTTCAAGAAGGAAGACTTTGAACGTTTTGATGAgtatgtaaaccatgtcatct
gatcaacttttctattcctctccaagatttgttacacatattgacgatcctgcaattaatgcccttactaaattttatgcatctgttttccctccaagCAACACACCTGGCGTGGCCTTGCTTGATATGTGTAGTAGCTGGGTTAGCCATTATCCAAAAGGTTACAAGCAAGATAGAATTGTAGGCATGGGCATGAATGA
AGATGAGCTGAGACGCAATCCAATTTTGACAGAGTATACTATACAAGATTTGAACGTGAATCCCAAAGTACCATTTGAAGATAATTCATTTGATGTCATCACAAATGCGGTAAGTGTTGATTATGTTAACAAGCCACTAGATGTCTTTCTAGAGATGAGAAGAGTTCTTAAGCCCGGGGGTCTTGCAATTATGAGCTTCT
CCAATCGTTGCTTTTGGACAAAGGCAATATCCATATGGACGTCAACTGGCGATGTTGATCATGTATGGATTGTTGGTTCTTACTTTCATTATACTGGAGGCTTTGAACCACCCCAGGCATTGGATATCTCACCAAACCCTGGGCGAACAGATCCCATGTCTAAATAGAAAGAGGAAGAAATTTTGCCAAAATCTTGCCAG
ATTTGATAAATTTTAGCTTCTGGAGATCCTCTTCCATTACTCTTTCTATGCCCAACATTCAGGTCTAAACAGAAAGAGGAGGAAATTTTGCCAAAATCTTGCGAGATTTGATAAATTTTAGCTTCTGGAGATCCTCTTCCATCACTCTTTCTATGCCCAGCATTGTAAGCCCTTAGATCCAAATTTAATGGACTAAGAGG
CACTTCTTTTTGGAAATATTTTGTAATAATTATTAAACGAGAGCAGTGGGATACTCAGCGCCCACATCCCATCCCCCCTGGGGGGATTTGTACTGTGTAAATGTTTTATGAATAATTTTTTCTAACACAACAAACACACACACACTTTTAATTTGCAGGGTGTATACTTTAATCAAAA

Intron 3 GTGATGGCTA ... CCCATTCTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	75.9	10	36	27
A2	85	3	17	17
A3	83.33	6	27	33
A4	71.43	7	16	19
A5	60	5	8	7
A6	79.38	10	44	33
A7	69.39	15	26	42
A8	67.09	13	24	29
A9	66.67	20	39	41
A10	68.79	27	57	62

>TRINITY_DN40538_c5_g1_i9 from sample A6 / Example spliced isoform

CAAGAATGGCAATGTCAACTGCATCTAGGAGCTCTCCCTTACAAATATTCAGCCATACGAATGCATTTCACAAGTGCCCACCATCAACCAAAGCCTCTAATATATCCCCCAAAAAAGACCCAATTGGCAGAGTTGCAGAGGTCCTTGGATTGGACGTAGATTGCTGCTGAGAGGTGCGTTCTGGCAGGGACTTACGATGG
CGGGACAAGGAAGCAACTCCTTTTCAGCTCTTGCCAAAGCAAAGGGCTCAGGAATTGAAGAGGTATTGAAGAATGTAGACTGGCCAGAGCAGTTTCCCTTCAAGAAGGAAGACTTTGAACGTTTTGATGAGTCATCTGATCAACTTTTCTATTCCTCTCCAAGATTTGTTACACATATTGACGATCCTGCAATTAATGCC
CTTACTAAATTTTATGCATCTGTTTTCCCTCCAAGCAACACACCTGGCGTGGCCTTGCTTGATATGTGTAGTAGCTGGGTTAGCCATTATCCAAAAGGTTACAAGCAAGATAGAATTGTAGGCATGGGCATGAATGAAGATGAGCTGAGACGCAATCCAATTTTGACAGAGTATACTATACAAGATTTGAACGTGAATCC
CAAAGTACCATTTGAAGATAATTCATTTGATGTCATCACAAATGCGGTAAGTGTTGATTATGTTAACAAGCCACTAGATGTCTTTCTAGAGATGAGAAGAGTTCTTAAGCCCGGGGGTCTTGCAATTATGAGCTTCTCCAATCGTTGCTTTTGGACAAAGGCAATATCCATATGGACGTCAACTGGCGATGTTGATCATG
TATGGATTGTTGGTTCTTACTTTCATTATACTGGAGGCTTTGAACCACCCCAGGTCTAAATAGAAAGAGGAAGAAATTTTGCCAAAATCTTGCCAGATTTGATAAATTTTAGCTTCTGGAGATCCTCTTCCATTACTCTTTCTATGCCCAACATTGGAGATCCTCTTCCATCACTCTTTCTATGCCCAGCATTGTAAGCC
CTTAGATCCAAATTTAATGGACTAAGAGGCACTTCTTTTTTTAAATATTTTGTAATAATTATTAAACGAGAGCAGTGGGATACTCAGCGCCCACATCCCATCCCCCCTGGGGGGATTTGTACTGTGTAAATGTTTTATCAATAAATTTTTCTAACAACACAACAAACACACACGCACTTCATCCATCTCTTT

>TRINITY_DN40538_c5_g1_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CAAGAATGGCAATGTCAACTGCATCTAGGAGCTCTCCCTTACAAATATTCAGCCATACGAATGCATTTCACAAGTGCCCACCATCAACCAAAGCCTCTAATATATCCCCCAAAAAAGACCCAATTGGCAGAGgtgatggctatcccataaatttgtattttcaaaataagtgttttggttttaagagatacccattggat
cgcacgagttcatttcttctaaattcaaagttgagggaaccactcccccattctagTTGCAGAGGTCCTTGGATTGGACGTAGATTGCTGCTGAGAGGTGCGTTCTGGCAGGGACTTACGATGGCGGGACAAGGAAGCAACTCCTTTTCAGCTCTTGCCAAAGCAAAGGGCTCAGGAATTGAAGAGGTATTGAAGAATGT
AGACTGGCCAGAGCAGTTTCCCTTCAAGAAGGAAGACTTTGAACGTTTTGATGAGTCATCTGATCAACTTTTCTATTCCTCTCCAAGATTTGTTACACATATTGACGATCCTGCAATTAATGCCCTTACTAAATTTTATGCATCTGTTTTCCCTCCAAGCAACACACCTGGCGTGGCCTTGCTTGATATGTGTAGTAGCT
GGGTTAGCCATTATCCAAAAGGTTACAAGCAAGATAGAATTGTAGGCATGGGCATGAATGAAGATGAGCTGAGACGCAATCCAATTTTGACAGAGTATACTATACAAGATTTGAACGTGAATCCCAAAGTACCATTTGAAGATAATTCATTTGATGTCATCACAAATGCGGTAAGTGTTGATTATGTTAACAAGCCACTA
GATGTCTTTCTAGAGATGAGAAGAGTTCTTAAGCCCGGGGGTCTTGCAATTATGAGCTTCTCCAATCGTTGCTTTTGGACAAAGGCAATATCCATATGGACGTCAACTGGCGATGTTGATCATGTATGGATTGTTGGTTCTTACTTTCATTATACTGGAGGCTTTGAACCACCCCAGGTCTAAATAGAAAGAGGAAGAAA
TTTTGCCAAAATCTTGCCAGATTTGATAAATTTTAGCTTCTGGAGATCCTCTTCCATTACTCTTTCTATGCCCAACATTCAGGTCTAAACAGAAAGAGGAGGAAATTTTGCCAAAATCTTGCGAGATTTGATAAATTTTAGCTTCTGGAGATCCTCTTCCATCACTCTTTCTATGCCCAGCATTGTAAGCCCTTAGATCC
AAATTTAATGGACTAAGAGGCACTTCTTTTTGGAAATATTTTGTAATAATTATTAAACGAGAGCAGTGGGATACTCAGCGCCCACATCCCATCCCCCCTGGGGGGATTTGTACTGTGTAAATGTTTTATGAATAATTTTTTCTAACACAACAAACACACACACACTTTTAATTTGCAGGGTGTATACTTTAATCAAGTTT
AATTTTACTTTTAATCTATTTTCTCATTTTTTGCAAGCGGT

Intron 4 GTCATCTGAT ... TCCCTCCAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	90.91	1	13	7
A2	100	0	16	11
A3	82.86	3	16	13
A4	100	0	3	1
A5	100	0	6	0
A6	77.36	12	37	45
A7	90.2	5	56	36
A8	75.76	12	34	41
A9	82.31	13	58	63
A10	83.61	10	58	44

>TRINITY_DN42492_c2_g1_i11 from sample A9 / Example spliced isoform

GAAGACTTTGAACGTTTTGATGACAACACACCTGGCGTGGCCTTGCTTGATATGTGTAGTAGCTGGGTTAGCCATTATCCAAAAGGTTACAAGCAAGATAGAATTGTAGGCATGGGCATGAATGAAGATGAGCTGAGACGCAATCCAATTTTGACAGAGTATACTATACAAGATTTGAACGTGAATCCCAAAGTACCATT
TGAAGATAATTCATTTGATGTCATCACAAATGCGTGAGTGTTGGGGACTAGAGATTTCTGAGGTTTTCAAGCACTTTTTCCTTTAGAGCACTTATCCCAGCTGGAGCCAGATGTTATCACATCCATAATAGCCGGGCTACCATGATTGCAGAG

>TRINITY_DN42492_c2_g1_i8 from sample A9 / Example unspliced isoform:

CCCGACTTGTGATCTCTGTTATCTTTCCAACTCCACAACATTTCTGTTTAGAGGTAGTCTTAATGCCACGTGACACCAAGTTAACTGCTATAAAAAATCAACTATACACAGCCCATCATAGGTGGTCAAGAATGGCAATGTCAACTGCATCTAGGAGCTCTCCCTTACAAATATTCAGCCATACGAATGCATTTCACAAG
TGCCCACCATCAACCAAAGCCTCTAATATATCCCCCAAAAAAGACCCAATTGGCAGAGGTGATGGCTATCCCATAAATTTGTATTTTCAAAATAAGTGTTTTGGTTTTAAGAGATACCCATTGGATCGCACGAGTTCATTTCTTCTAAATTCAAAGTTGAGGGAACCACTCCCCCATTCTAGTTGCAGAGGTCCTTGGAT
TGGACGTAGATTGCTGCTGAGAGGTGCGTTCTGGCAGGGACTTACGATGGCGGGACAAGGAAGCAACTCCTTTTCAGCTCTTGCCAAAGCAAAGGGCTCAGGAATTGAAGAGGTATTGAAGAATGTAGACTGGCCAGAGCAGTTTCCCTTCAAGAAGGAAGACTTTGAACGTTTTGATGAgtcatctgatcaacttttct
attcctctccaagatttgttacacatattgacgatcctgcaattaatgcccttactaaattttatgcatctgttttccctccaagCAACACACCTGGCGTGGCCTTGCTTGATATGTGTAGTAGCTGGGTTAGCCATTATCCAAAAGGTTACAAGCAAGATAGAATTGTAGGCATGGGCATGAATGAAGATGAGCTGAGA
CGCAATCCAATTTTGACAGAGTATACTATACAAGATTTGAACGTGAATCCCAAAGTACCATTTGAAGATAATTCATTTGATGTCATCACAAATGCGGTAAGTGTTGATTATGTTAACAAGCCACTAGATGTCTTTCTAGAGATGAGAAGAGTTCTTAAGCCCGGGGGTCTTGCAATTATGAGGCATTGGATATCTCACCA
AACCCTGGGCGAACAGATCCCATGTCTAAATAGAAAGAGGAAGAAATTTTGCCAAAATCTTGCCAGATTTGATAAATTTTAGCTTCTGGAGATCCTCTTCCATTACTCTTTCTATGCCCAACATTGTAAGCCCTTAGATCCAAATTTAATGGACTAAGAGGCACTTCTTTTTTTAAATATTTTGTAATAATTATTAAACG
AGAGCAGTGGGATACTCAGCGCCCACATCCCATCCCCCCTGGGGGGATTTGTACTGTGTAAATGTTTTATCAATAAATTTTTCTAACAACACAACAAACACACACGCACTTCATCCATCTCTTTCATTCAAAGAAACTCTCTTTCCTTTTTTCTTTTATTTTATTATGTGCTTGAG

Intron 5 GTATGTTAGA ... TTGGGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	22.73	85	32	18
A2	21.6	49	17	10
A3	17.16	70	17	12
A4	20.29	55	9	19
A5	19.4	27	3	10
A6	20.34	376	64	128
A7	19.52	367	54	124
A8	20.97	326	62	111
A9	18.39	364	67	97
A10	19.16	268	69	58

>TRINITY_DN44826_c0_g4_i9 from sample A7 / Example spliced isoform

CGTGACGCTATTTTTGTTATACTGCGTTCAAGAAAAGGAAACAGCTGCAGAAGATCGAACCCGCAACCTGCAACTGGATCGACCATGGCACCTTCACAGGATCCAATTGTGGATTTACAGACATCCTCAGAAGGTGAAGAGCGCGCCATTTCTAGCGTTCTCATGATAATCGCAATGCAGGCAGAGGCCCTTCCTTTAGT
CAGCAAGTTTAATCTTTCGGAAGTTGAAGCTTCAGTGTTTCCAAAGGGTGTCCCTTGGATTAGATACCATGGAACATATAAAGATCTTGAAATTAATATTGTTATTCCTGGAAAAGATACAGTATTTGGCATTGACAGTGTTGGAACAGTAACGGCAGCTCTTGTGACTTATGCTTCAGTCCAGGCTCTAAAGCCAGATA
TTATTTTAAATGTAGGCACTGCTGGTGGCTTCAAGGACAAGGGAGCATGCATTGGTGATGTGTTTTTGGCAACGGATGTCGCTTTTCATGACCGCAGAATACCAATCCCTGTATTTGATCAGTATGGAATAAGAGCCAGACCAACATTTTCAACACCTAATCTTGTTAAAGAACTTGGTCTTAAGGTTGGAAAATTATCC
ACGGGTGATTCTCTTGACATGTCCTCACAAGATGAAGAATTGATCAGGGCTAATGACACATCAGTCAAAGACATGGAGGGTGCTGCAGTTGCTTATGTGACAGAACTTTTCTCAGTTCCTGCTATATTTGTCAAGGCTATTACAGATGTTGTGGACGGAGAAAAACCAACTGCAGAGGAGTTCCTGGAAAATCTCTCTAC
TGTAACTCTAGCATTGGATCAGGCAGTCGTTCGAGTTGTGGACTTCATAAATGGGAAGCGACTCTCTGATCTTTAATTATTCAATGTTCACTTAAGATTTGATTTGACTGTGTTTTGGTAATTACACACTTATAGTAGTGTTCAAATTGTTCTCATTGTCGTGGAGAGACTGTACATTAATATTACTTAGTAGCATGGTG
AATGTAATTCACAAAGTTTATTCAGAGGTTGCACTGGTAGTTTTCCCCTGAAGTGGTGCTTACTAGGGCAAACACATAGAGCATGTAGCACTTGTTGGCATATCCATTGTTGAGGAAATATCACTTGTTGGGATATCCCTTGTTGAGCATGTATCCACATTGACTATCTTATGGAAATGTTGGGTTGGCCTATTCCAGTT
GATTCGAGGACAGGTTATAGATAATCTATAATGCTATTTTTATGTTTTATATGAATGCATTATTCCTTTTGTATACAAATTGCACAAATAGAAATATCTTTGAGATCCC

>TRINITY_DN44826_c0_g4_i7 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CGTGACGCTATTTTTGTTATACTGCGTTCAAGAAAAGGAAACAGCTGCAGAAGATCGAACCCGCAACCTGCAACTGGATCGACCATGGCACCTTCACAGGATCCAATTGTGGATTTACAGACATCCTCAGAAGGTGAAGAGCGCGCCATTTCTAGCGTTCTCATGATAATCGCAATGCAGGCAGAGGCCCTTCCTTTAGT
CAGCAAGTTTAATCTTTCGGAAGTTGAAGCTTCAGTGTTTCCAAAGGGTGTCCCTTGGATTAGATACCATGGAACATATAAAGATCTTGAAATTAATATTGTTATTCCTGGAAAAGATACAGTATTTGGCATTGACAGTGTTGGAACAGTAACGGCAGCTCTTGTGACTTATGCTTCAGTCCAGGCTCTAAAGCCAGATA
TTATTTTAAATGTAGGCACTGCTGGTGGCTTCAAGGACAAGGGAGCATGCATTGGTGATGTGTTTTTGGCAACGGATGTCGCTTTTCATGACCGCAGAATACCAATCCCTGTATTTGATCAGTATGGAATAAGAGCCAGACCAACATTTTCAACACCTAATCTTGTTAAAGAACTTGGTCTTAAGGTTGGAAAATTATCC
ACGGGTGATTCTCTTGACATGTCCTCACAAGATGAAGAATTGATCAGGGCTAATGACACATCAGTCAAAGACATGGAGgtatgttagaaacttagaagtttgttgtcatatcatttttctccggcactacaacctcctttagctgatgcccttcttgtgctatgactgcaaataataaaattcataattgctgtttttta
acctcaagcagatgtaagataattgtttgtgccattctatcataagctgtgattattccatcatgacactacgaaaattaccattatatgccattatcttttaacattttttggcacatgtatgtttatgtttgcttgtaatgtcctttgagacctacctggtctataggacctcttctcttagaatcaaatgagactca
gacacagggttatgatgcacccaacgtgacattgtggccttctacaatggttctcgaattggcttgagttgggttccttgtactcttatttacttttatatataatattttaagcattttttaatcctttgctaatatcttgctggggaggattagtgaaatgcatggaatatttgggtgcagGGTGCTGCAGTTGCTTA
TGTGACAGAACTTTTCTCAGTTCCTGCTATATTTGTCAAGGCTATTACAGATGTTGTGGACGGAGAAAAACCAACTGCAGAGGAGTTCCTGGAAAATCTCTCTACTGTAACTCTAGCATTGGATCAGGCAGTCGTTCGAGTTGTGGACTTCATAAATGGGAAGCGACTCTCTGATCTTTAATTATTCAATGTTCACTTAA
GATTTGATTTGACTGTGTTTTGGTAATTACACACTTATAGTAGTGTTCAAATTGTTCTCATTGTCGTGGAGAGACTGTACATTAATATTACTTAGTAGCATGGTGAATGTAATTCACAAAGTTTATTCAGAGGTTGCACTGGTAGTTTTCCCCTGAAGTGGTGCTTACTAGGGCAAACACATAGAGCATGTAGCACTTGT
TGGCATATCCATTGTTGAGGAAATATCACTTGTTGGGATATCCCTTGTTGAGCATGTATCCACATTGACTATCTTATGGAAATGTTGGGTTGGCCTATTCCAGTTGATTCGAGGACAGGTTATAGATAATCTATAATGCTATTTTTATGTTTTATATGAATGCATTATTCCTTTTGTATACAAATTGCACAAATAGAAAT
ATCTTTGAGATCCC

Intron 6 GTATGTTAGA ... TTGGCTTGAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	21.66	85	32	15
A2	21.6	49	17	10
A3	18.6	70	17	15
A4	20.29	55	9	19
A5	18.18	27	3	9
A6	19.74	376	64	121
A7	19.69	367	54	126
A8	20.1	326	62	102
A9	17.93	364	67	92
A10	19.16	268	69	58

>TRINITY_DN44826_c0_g4_i9 from sample A7 / Example spliced isoform

CGTGACGCTATTTTTGTTATACTGCGTTCAAGAAAAGGAAACAGCTGCAGAAGATCGAACCCGCAACCTGCAACTGGATCGACCATGGCACCTTCACAGGATCCAATTGTGGATTTACAGACATCCTCAGAAGGTGAAGAGCGCGCCATTTCTAGCGTTCTCATGATAATCGCAATGCAGGCAGAGGCCCTTCCTTTAGT
CAGCAAGTTTAATCTTTCGGAAGTTGAAGCTTCAGTGTTTCCAAAGGGTGTCCCTTGGATTAGATACCATGGAACATATAAAGATCTTGAAATTAATATTGTTATTCCTGGAAAAGATACAGTATTTGGCATTGACAGTGTTGGAACAGTAACGGCAGCTCTTGTGACTTATGCTTCAGTCCAGGCTCTAAAGCCAGATA
TTATTTTAAATGTAGGCACTGCTGGTGGCTTCAAGGACAAGGGAGCATGCATTGGTGATGTGTTTTTGGCAACGGATGTCGCTTTTCATGACCGCAGAATACCAATCCCTGTATTTGATCAGTATGGAATAAGAGCCAGACCAACATTTTCAACACCTAATCTTGTTAAAGAACTTGGTCTTAAGGTTGGAAAATTATCC
ACGGGTGATTCTCTTGACATGTCCTCACAAGATGAAGAATTGATCAGGGCTAATGACACATCAGTCAAAGACATGGAGGGTGCTGCAGTTGCTTATGTGACAGAACTTTTCTCAGTTCCTGCTATATTTGTCAAGGCTATTACAGATGTTGTGGACGGAGAAAAACCAACTGCAGAGGAGTTCCTGGAAAATCTCTCTAC
TGTAACTCTAGCATTGGATCAGGCAGTCGTTCGAGTTGTGGACTTCATAAATGGGAAGCGACTCTCTGATCTTTAATTATTCAATGTTCACTTAAGATTTGATTTGACTGTGTTTTGGTAATTACACACTTATAGTAGTGTTCAAATTGTTCTCATTGTCGTGGAGAGACTGTACATTAATATTACTTAGTAGCATGGTG
AATGTAATTCACAAAGTTTATTCAGAGGTTGCACTGGTAGTTTTCCCCTGAAGTGGTGCTTACTAGGGCAAACACATAGAGCATGTAGCACTTGTTGGCATATCCATTGTTGAGGAAATATCACTTGTTGGGATATCCCTTGTTGAGCATGTATCCACATTGACTATCTTATGGAAATGTTGGGTTGGCCTATTCCAGTT
GATTCGAGGACAGGTTATAGATAATCTATAATGCTATTTTTATGTTTTATATGAATGCATTATTCCTTTTGTATACAAATTGCACAAATAGAAATATCTTTGAGATCCC

>TRINITY_DN44826_c0_g4_i8 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CGTGACGCTATTTTTGTTATACTGCGTTCAAGAAAAGGAAACAGCTGCAGAAGATCGAACCCGCAACCTGCAACTGGATCGACCATGGCACCTTCACAGGATCCAATTGTGGATTTACAGACATCCTCAGAAGGTGAAGAGCGCGCCATTTCTAGCGTTCTCATGATAATCGCAATGCAGGCAGAGGCCCTTCCTTTAGT
CAGCAAGTTTAATCTTTCGGAAGTTGAAGCTTCAGTGTTTCCAAAGGGTGTCCCTTGGATTAGATACCATGGAACATATAAAGATCTTGAAATTAATATTGTTATTCCTGGAAAAGATACAGTATTTGGCATTGACAGTGTTGGAACAGTAACGGCAGCTCTTGTGACTTATGCTTCAGTCCAGGCTCTAAAGCCAGATA
TTATTTTAAATGTAGGCACTGCTGGTGGCTTCAAGGACAAGGGAGCATGCATTGGTGATGTGTTTTTGGCAACGGATGTCGCTTTTCATGACCGCAGAATACCAATCCCTGTATTTGATCAGTATGGAATAAGAGCCAGACCAACATTTTCAACACCTAATCTTGTTAAAGAACTTGGTCTTAAGGTTGGAAAATTATCC
ACGGGTGATTCTCTTGACATGTCCTCACAAGATGAAGAATTGATCAGGGCTAATGACACATCAGTCAAAGACATGGAGgtatgttagaaacttagaagtttgttgtcatatcatttttctccggcactacaacctcctttagctgatgcccttcttgtgctatgactgcaaataataaaattcataattgctgtttttta
acctcaagcagatgtaagataattgtttgtgccattctatcataagctgtgattattccatcatgacactacgaaaattaccattatatgccattatcttttaacattttttggcacatgtatgtttatgtttgcttgtaatgtcctttgagacctacctggtctataggacctcttctcttagaatcaaatgagactca
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