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>TRINITY_DN96131_c0_g1_i3 from sample A4 / Example spliced isoform
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ATATTTAAAGAAGCGGCCCAGTCTTCAGTCACGCCTTTTCATATCGATTTTATTGACTTTGAGGCCCTTTCCTCCTACCCATCTTCTCTGTCAAAGAGTTTACGATCGATATCATTATTATTATAGTTCCTTTTCTCCTTTGCCCAGGTCGCGGCTTCGAGGCCCTCTGCTCGCTCGGCAGGTCACGGGTTCGAATTCCA
AAATCCAAGTTTCGCAAATCAGAAACAAGATAACAAGATGCCCTCCTCATTGGGATGGTGCCGTCCGGAGGAACTCGTGGAGAATCTTAGTTCAGTGGACGCCGCGGCGAAACTGAAGGCCCTCAGGGACGTAAAGAACCAAATAATCGGCAACAAGACCAAAAAATTGTCCTATATAAAGCTCGGCGCAGTTTCAAGAG
TTGTGGAGATCCTGGCTAGCGAATCGGAGGCTCCGCTGTTAGTTCAATCCGCAGCTGCTGTTGGGAGCTTTGCATATGGGATTGAATTGGGAGCCAAGACGGTCTTGGACAGTGGGGTTCTGCCTCATCTCTTCCGTATGCTCTGCAATGAAGATGATCAGGTTGTGGAGGCTGGTGCTAGGTCCCTAAAAATGATTTTC
CAGTCAGCACATGCACCGAAAAATGATATGCTTCAAGGTCAGAGAATGGATCTACTACTTACCCTTCTGAACAGTACAAATGAAACTGTGGCAGAAGTTGCCGCAAGTGTTATTGCACGTTGCTGTGAAACCGGCATGCAACAGCATGCTTTGTTGAATGCTGGTGCTTTGGACATCCTTGTAGGTCTGCTGGGAAGCTC
TCTAAAGAGAACAGAAGCTTGTTTAGATGCATTAAGAGCTCTTGTCAAGAAAAATCCTCAAATTTCTATGAAGTTGATTGCTGCAAAACAGGGTGTTGCTCTAGCTACAATCATCAAATTAGTAAAGGATAAATCTCCTCGCACAAGATTGCTTGCTTGCATGTGCTTGACAAATGTAGGCTGTGCTTGCCCTTCTAGCT
ATCCAAAAGAATTGGAGATGAGGACTAATATGTTACCTATTTTAGTCAAGCTGCTTGATGAGCCTGGTCAAGTTGGAGAAGAAGCTCCTAGTGTATTGGCAGATCTGGTTGCAAATAATGAAGAGCTGCAGAAGCTAGCCTATGGCATAAATGCTGTTGAAAAGCTGTGTAAATTTTTGCACAAAGATTCCTTGCAATCC
AAGCATCTACAAGGTGTATTAATAGCTCTATCTGAGCTTGGGTCTCGGTTGGAAGAAATCAGGAAGAAGGTTCTATCCTCGGAGCCCCAAGGCCCAATTGCTGCTGCTTTGGTACATGAATCTATGGCTGTGCGCATAGCGGCTTGCACTTTTATAAAAAGCATTTCTCGATCTGTTAAGAATCTCCGTACCTCCCCTAC
AGATGAAGGTGTTGTTTTTCCTCTGTTCAAGTTGTTGGATGATGACTCCCCAGCAGTGCAGGTTGAGGCTTTGAGTGCGATCAGTAATGTTGTGCTTGATTTTACACCTCATAAAACGGTTTTCTTTAAGTGTGGGGGTGTGATGCAACTCATTCAGCTTGCTAAGTCAATGGATCCAATGCTGAGGCTGAATGCAGTAT
GGGCTTTGAGAAACTTGTTGTACTTGGCAGACATGTCAGTGAAAGGGAAGGTGATGGAAGATCTCACTGTAACAACCTTGTCAAGCTTGATTCATGATCCCGAAGAGGTGGTCCAAGAGCAAGCACTGGCATTTGTTCGTAACCTGGTATATGGAAGTGTTGAATCTGTTCAGCAAGTTTTTGTTGAAGATGGACTAATT
CTTAGAGCTGTGGTGCAACAATTACGTATTGCAACAGGACCAGAAGTTTGCACACAGGGGCTTTATGTGCTTTGCAATGTCGCAGCAGGGAATGAGATTCACAAAGATGAAGTCATGCGTTTTGTTCAAGCATCTTTCCAGGAAGAGTGTATTCCTTTGATTAGATTTTTGCAGGACATGAACAACGCTCAAGTTCGTGT
GGCAGCAGTATGGTGTATAATGAACCTATGCTATCCTGAAAGCCCTGGTGTTCTTTCTCGTATAGAAGGGCTTATACATGCAGGAATCCTTTCACAACTTCAAAATATGACCGATGATCCCTGCTTAGATGTTAAAGATCGCGTGAAAACTGCATTGGAGCATTTTATGGCTACAGAAATCTCATTGTAGTACCAGATTT
TCCTGTAAAGATTTAATCCAAGCTCTTTAACATCAAGCTAGTTTGGAACTCATGTACCAGACATGTTTGGGTTCGCTCAAAAGCACTTGTCAGGAATTTTGTTTTGAAGATATGGAGCTTCCATGAGATAGTCTGTAACAAGACGAGGATTTATAAGACTATCTCTGTCTTAAAGGAACCTTTTCTTTTGTACAAGAGAA
TATTGTTATATTTTGTGGACCTCATTAGCGATGTGCTAGGTCACATGCTATTGAAAATCAAACGCTGGAATTAGCCTGGAAATGAAAACCGTAAAGAGACTTTCCTCTATCATCTCATACCTCTATCAAGTTGAATCAGTTGAGCGTAACAGGCTTTAATGATGCCTTGGTGTTCTACTTTTGAAAGGCTTCTACACAAC
CATTATCATGTGAAATCCTTTCTTGGAGACTCAGGTTACAGGGCTTCATGGATTGTGGAAAGTATGTCTTCTTATTTTTATGAAACAAATAGGCACACAACACCAGACTCTGAACAGTGCAACGTCTGTGCGCCTTACTAATTTGGTGTAGTTGAGAACATAGCTATTGGCTACGAAGGGAGAATGGAGTCCAAAGTACT
CCATTGGATTTAGTTGCAGACGGCTTACCCTATATAGCTCTATATTGATCTGAACAATGATGCACCACCGTGGCAGCTATGTTGTGAGCTTCTTTGTAGCATATTCAATGTAAAATCTTCCGAAACTCGTTTTGAACTTTTGAAAGCCATATAAATGTTTTATGCATAATTTAAATCCATTTTGAAATTTCTAGCACATG
AATGTTTCATAGATTTTGA


>TRINITY_DN96131_c0_g1_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:
GCCACGAACAAATCCCTAGGCTTTCAGCATTATAGAAAGGGAGCTCCATCCGGTGGCGTCAGAGCGGTGATCCAATCGCCCTCAAGAACATGCCATTGGAGGAGGAGAGGGAGGAGGAACCGGAAGCGGATTAAATGGATGTGTTTATTACTCTGGAAAGGGCTTGAAAACGAAAGCAATCGATCAAAGGATGCAATCCA
ATATTTAAAGAAGCGGCCCAGTCTTCAGTCACGCCTTTTCATATCGATTTTATTGACTTTGAGGCCCTTTCCTCCTACCCATCTTCTCTGTCAAAGAGTTTACGATCGATATCATTATTATTATAGTTCCTTTTCTCCTTTGCCCAGGTCGCGGCTTCGAGGCCCTCTGCTCGCTCGGCAGGTCACGGGTTCGAATTCCA
AAATCCAAGTTTCGCAAATCAGAAACAAGATAACAAGATGCCCTCCTCATTGGGATGGTGCCGTCCGGAGGAACTCGTGGAGAATCTTAGTTCAGTGGACGCCGCGGCGAAACTGAAGGCCCTCAGGGACGTAAAGAACCAAATAATCGGCAACAAGACCAAAAAATTGTCCTATATAAAGCTCGGCGCAGTTTCAAGAG
TTGTGGAGATCCTGGCTAGCGAATCGGAGGCTCCGCTGTTAGTTCAATCCGCAGCTGCTGTTGGGAGCTTTGCATATGGGATTGAATTGGGAGCCAAGACGGTCTTGGACAGTGGGGTTCTGCCTCATCTCTTCCGTATGCTCTGCAATGAAGATGATCAGGTTGTGGAGGCTGGTGCTAGGTCCCTAAAAATGATTTTC
CAGTCAGCACATGCACCGAAAAATGATATGCTTCAAGGTCAGAGAATGGATCTACTACTTACCCTTCTGAACAGTACAAATGAAACTGTGGCAGAAGTTGCCGCAAGTGTTATTGCACGTTGCTGTGAAACCGGCATGCAACAGCATGCTTTGTTGAATGCTGGTGCTTTGGACATCCTTGTAGGTCTGCTGGGAAGCTC
TCTAAAGAGAACAGAAGCTTGTTTAGATGCATTAAGAGCTCTTGTCAAGAAAAATCCTCAAATTTCTATGAAGTTGATTGCTGCAAAACAGGGTGTTGCTCTAGCTACAATCATCAAATTAGTAAAGGATAAATCTCCTCGCACAAGATTGCTTGCTTGCATGTGCTTGACAAATGTAGGCTGTGCTTGCCCTTCTAGCT
ATCCAAAAGAATTGGAGATGAGGACTAATATGTTACCTATTTTAGTCAAGCTGCTTGATGAGCCTGGTCAAGTTGGAGAAGAAGCTCCTAGTGTATTGGCAGATCTGGTTGCAAATAATGAAGAGCTGCAGAAGCTAGCCTATGGCATAAATGCTGTTGAAAAGCTGTGTAAATTTTTGCACAAAGATTCCTTGCAATCC
AAGCATCTACAAGGTGTATTAATAGCTCTATCTGAGCTTGGGTCTCGGTTGGAAGAAATCAGGAAGAAGGTTCTATCCTCGGAGCCCCAAGGCCCAATTGCTGCTGCTTTGGTACATGAATCTATGGCTGTGCGCATAGCGGCTTGCACTTTTATAAAAAGCATTTCTCGATCTGTTAAGgtgtgttcctttgcctcagt
tgctctgcataaataatttttagttgctccgttgaatctggaaaatctttgttacattttactaatatctgaagagtttcattacacagAATCTCCGTACCTCCCC



Intron 2 GTATTATTAC ... ATTTCTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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>TRINITY_DN111407_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform
GCGAAACGGAAAATTAAGGCGGAACAAAACAAAAACACACTACATTAGCGGTCGTCATGATAATGTAATGTAGAGGATTGCCACGAACAAATCCCTAGGCTTTCAGCATTATAGAAAGGGAGCTCCATCCGGTGGCGTCAGAGCGGTGATCCAATCGCCCTCAAGAACATGCCATTGGAGGAGGAGAGGGAGGAGGAACC
GGAAGCGGATTAAATGGATGTGTTTATTACTCTGGAAAGGGCTTGAAAACGAAAGCAATCGATCAAAGGATGCAATCCAATATTTAAAGAAGCGGCCCAGTCTTCAGTCACGCCTTTTCATATCGATTTTATTGACTTTGAGGCCCTTTCCTCCTACCCATCTTCTCTGTCAAAGAGTTTACGATCGATATCATTATTAT
TATAGTTCCTTTTCTCCTTTGCCCAGGTCGCGGCTTCGAGGCCCTCTGCTCGCTCGGCAGGTCACGGGTTCGAATTCCAAAATCCAAGTTTCGCAAATCAGAAACAAGATAACAAGATGCCCTCCTCATTGGGATGGTGCCGTCCGGAGGAACTCGTGGAGAATCTTAGTTCAGTGGACGCCGCGGCGAAACTGAAGGCC
CTCAGGGACGTAAAGAACCAAATAATCGGCAACAAGACCAAAAAATTGTCCTATATAAAGCTCGGCGCAGTTTCAAGAGTTGTGGAGATCCTGGCTAGCGAATCGGAGGCTCCGCTGTTAGTTCAATCCGCAGCTGCTGTTGGGAGCTTTGCATATGGGATTGAATTGGGAGCCAAGACGGTCTTGGACAGTGGGGTTCT
GCCTCATCTCTTCCGTATGCTCTGCAATGAAGATGATCAGGTTGTGGAGGCTGGTGCTAGGTCCCTAAAAATGATTTTCCAGTCAGCACATGCACCGAAAAATGATATGCTTCAAGGTCAGAGAATGGATCTACTACTTACCCTTCTGAACAGTACAAATGAAACTGTGGCAGAAGTTGCCGCAAGTGTTATTGCACGTT
GCTGTGAAACCGGCATGCAACAGCATGCTTTGTTGAATGCTGGTGCTTTGGACATCCTTGTAGGTCTGCTGGGAAGCTCTCTAAAGAGAACAGAAGCTTGTTTAGATGCATTAAGAGCTCTTGTCAAGAAAAATCCTCAAATTTCTATGAAGTTGATTGCTGCAAAACAGGGTGTTGCTCTAGCTACAATCATCAAATTA
GTAAAGGATAAATCTCCTCGCACAAGATTGCTTGCTTGCATGTGCTTGACAAATGTAGGCTGTGCTTGCCCTTCTAGCTATCCAAAAGAATTGGAGATGAGGACTAATATGTTACCTATTTTAGTCAAGCTGCTTGATGAGCCTGGTCAAGTTGGAGAAGAAGCTCCTAGTGTATTGGCAGATCTGGTTGCAAATAATGA
AGAGCTGCAGAAGCTAGCCTATGGCATAAATGCTGTTGAAAAGCTGTGTAAATTTTTGCACAAAGATTCCTTGCAATCCAAGCATCTACAAGGTGTATTAATAGCTCTATCTGAGCTTGGGTCTCGGTTGGAAGAAATCAGGAAGAAGGTTCTATCCTCGGAGCCCCAAGGCCCAATTGCTGCTGCTTTGGTACATGAAT
CTATGGCTGTGCGCATAGCGGCTTGCACTTTTATAAAAAGCATTTCTCGATCTGTTAAGAATCTCCGTACCTCCCCTACAGATGAAGGTGTTGTTTTTCCTCTGTTCAAGTTGTTGGATGATGACTCCCCAGCAGTGCAGGTTGAGGCTTTGAGTGCGATCAGTAATGTTGTGCTTGATTTTACACCTCATAAAACGGTT
TTCTTTAAGTGTGGGGGTGTGATGCAACTCATTCAGCTTGCTAAGTCAATGGATCCAATGCTGAGGCTGAATGCAGTATGGGCTTTGAGAAACTTGTTGTACTTGGCAGACATGTCAGTGAAAGGGAAGGTGATGGAAGATCTCACTGTAACAACCTTGTCAAGCTTGATTCATGATCCCGAAGAGGTGGTCCAAGAGCA
AGCACTGGCATTTGTTCGTAACCTGGTATATGGAAGTGTTGAATCTGTTCAGCAAGTTTTTGTTGAAGATGGACTAATTCTTAGAGCTGTGGTGCAACAATTACGTATTGCAACAGGACCAGAAGTTTGCACACAGGGGCTTTATGTGCTTTGCAATGTCGCAGCAGGGAATGAGATTCACAAAGATGAAGTCATGCGTT
TTGTTCAAGCATCTTTCCAGGAAGAGTGTATTCCTTTGATTAGATTTTTGCAGGACATGAACAACGCTCAAGTTCGTGTGGCAGCAGTATGGTGTATAATGAACCTATGCTATCCTGAAAGCCCTGGTGTTCTTTCTCGTATAGAAGGGCTTATACATGCAGGAATCCTTTCACAACTTCAAAATATGACCGATGATCCC
TGCTTAGATGTTAAAGATCGCGTGAAAACTGCATTGGAGCATTTTATGGCTACAGAAATCTCATTGTAGTACCAGATTTTCCTGTAAAGATTTAATCCAAGCTCTTTAACATCAAGCTAGTTTGGAACTCATGTACCAGACATGTTTGGGTTCGCTCAAAAGCACTTGTCAGGAATTTTGTTTTGAAGATATGGAGCTTC
CATGAGATAGTCTGTAACAAGACGAGGATTTATAAGACTATCTCTGTCTTAAAGGAACCTTTTCTTTTGTACAAGAGAATATTGTTATATTTTGTGGACCTCATTAGCGATGTGCTAGGTCACATGCTATTGAAAATCAAACGCTGGAATTAGCCTGGAAATGAAAACCGTAAAGAGACTTTCCTCTATCATCTCATACC
TCTATCAAGTTGAATCAGTTGAGCGTAACAGGCTTTAATGATGCCTTGGTGTTCTACTTTTGAAAGGCTTCTACACAACCATTATCATGTGAAATCCTTTCTTGGAGACTCAGGTTACAGGGCTTCATGGATTGTGGAAAGTATGTCTTCTTATTTTTATGAAACAAATAGGCACACAACACCAGACTCTGAACAGTGCA
ACGTCTGTGCGCCTTACTAATTTGGTGTAGTTGAGAACATAGCTATTGGCTACGAAGGGAGAATGGAGTCCAAAGTACTCCATTGGATTTAGTTGCAGACGGCTTACCCTATATAGCTCTATATTGATCTGAACAATGATGCACCACCGTGGCAGCTATGTTGTGAGCTTCTTTGTAGCATATTCAATGTAAAATCTTCC
GAAACTCGTTTTGAACTTTTGAAAGCCATATAAATGTTTTATGCATAATTTAAATCCATTTTGAAATTTCTAG


>TRINITY_DN111407_c0_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:
GCGAAACGGAAAATTAAGGCGGAACAAAACAAAAACACACTACATTAGCGGTCGTCATGATAATGTAATGTAGAGGATTGCCACGAACAAATCCCTAGGCTTTCAGCATTATAGAAAGGGAGCTCCATCCGGTGGCGTCAGAGCGGTGATCCAATCGCCCTCAAGAACATGCCATTGGAGGAGGAGAGGGAGGAGGAACC
GGAAGCGGATTAAATGGATGTGTTTATTACTCTGGAAAGGGCTTGAAAACGAAAGCAATCGATCAAAGGATGCAATCCAATATTTAAAGAAGCGGCCCAGTCTTCAGTCACGCCTTTTCATATCGATTTTATTGACTTTGAGGCCCTTTCCTCCTACCCATCTTCTCTGTCAAAGAGTTTACGATCGATATCATTATTAT
TATAGTTCCTTTTCTCCTTTGCCCAGGTCGCGGCTTCGAGGCCCTCTGCTCGCTCGGCAGGTCACGGGTTCGAATTCCAAAATCCAAGTTTCGCAAATCAGAAACAAGATAACAAGATGCCCTCCTCATTGGGATGGTGCCGTCCGGAGGAACTCGTGGAGAATCTTAGTTCAGTGGACGCCGCGGCGAAACTGAAGGCC
CTCAGGGACGTAAAGAACCAAATAATCGGCAACAAGACCAAAAAATTGTCCTATATAAAGCTCGGCGCAGTTTCAAGAGTTGTGGAGATCCTGGCTAGCGAATCGGAGGCTCCGCTGTTAGTTCAATCCGCAGCTGCTGTTGGGAGCTTTGCATATGGGATTGAATTGGGAGCCAAGACGGTCTTGGACAGTGGGGTTCT
GCCTCATCTCTTCCGTATGCTCTGCAATGAAGATGATCAGGTTGTGGAGGCTGGTGCTAGGTCCCTAAAAATGATTTTCCAGTCAGCACATGCACCGAAAAATGATATGCTTCAAGGTCAGAGAATGGATCTACTACTTACCCTTCTGAACAGTACAAATGAAACTGTGGCAGAAGTTGCCGCAAGTGTTATTGCACGTT
GCTGTGAAACCGGCATGCAACAGCATGCTTTGTTGAATGCTGGTGCTTTGGACATCCTTGTAGGTCTGCTGGGAAGCTCTCTAAAGAGAACAGAAGCTTGTTTAGATGCATTAAGAGCTCTTGTCAAGAAAAATCCTCAAATTTCTATGAAGTTGATTGCTGCAAAACAGGGTGTTGCTCTAGCTACAATCATCAAATTA
GTAAAGGATAAATCTCCTCGCACAAGATTGCTTGCTTGCATGTGCTTGACAAATGTAGGCTGTGCTTGCCCTTCTAGCTATCCAAAAGAATTGGAGATGAGGACTAATATGTTACCTATTTTAGTCAAGCTGCTTGATGAGCCTGGTCAAGTTGGAGAAGAAGCTCCTAGTGTATTGGCAGATCTGGTTGCAAATAATGA
AGAGCTGCAGAAGCTAGCCTATGGCATAAATGCTGTTGAAAAGCTGTGTAAATTTTTGCACAAAGATTCCTTGCAATCCAAGCATCTACAAGGTGTATTAATAGCTCTATCTGAGCTTGGGTCTCGGTTGGAAGAAATCAGGAAGAAGGTTCTATCCTCGGAGCCCCAAGGCCCAATTGCTGCTGCTTTGGTACATGAAT
CTATGGCTGTGCGCATAGCGGCTTGCACTTTTATAAAAAGCATTTCTCGATCTGTTAAGAATCTCCGTACCTCCCCTACAGATGAAGGTGTTGTTTTTCCTCTGTTCAAGTTGTTGGATGATGACTCCCCAGCAGTGCAGGTTGAGGCTTTGAGTGCGATCAGTAATGTTGTGCTTGATTTTACACCTCATAAAACGGTT
TTCTTTAAGTGTGGGGGTGTGATGCAACTCATTCAGCTTGCTAAGTCAATGGATCCAATGCTGAGGCTGAATGCAGTATGGGCTTTGAGAAACTTGTTGTACTTGGCAGACATGTCAGTGAAAGGGAAGGTGATGGAAGATCTCACTGTAACAACCTTGTCAAGCTTGATTCATGATCCCGAAGAGGTGGTCCAAGAGCA
AGCACTGGCATTTGTTCGTAACCTGGTATATGGAAGTGTTGAATCTGTTCAGCAAGTTTTTGTTGAAGATGGACTAATTCTTAGAGCTGTGGTGCAACAATTACGTATTGCAACAGGACCAGAAGTTTGCACACAGGGGCTTTATGTGCTTTGCAATGTCGCAGCAGGGAATGAGATTCACAAAGATGAAGTCATGCGTT
TTGTTCAAGCATCTTTCCAGGAAGAGTGTATTCCTTTGATTAGATTTTTGCAGGACATGAACAACGCTCAAGTTCGTGTGGCAGCAGTATGGTGTATAATGAACCTATGCTATCCTGAAAGCCCTGGTGTTCTTTCTCGTATAGAAGGGCTTATACATGCAGGAATCCTTTCACAACTTCAAAATATGACCGATGATCCC
TGCTTAGATGTTAAAGATCGCGTGAAAACTGCATTGGAGCATTTTATGGCTACAGAAATCTCATTGTAGTACCAGATTTTCCTGTAAAGATTTAATCCAAGCTCTTTAACATCAAGCTAGTTTGGAACTCATGTACCAGACATGTTTGGGTTCGCTCAAAAGCACTTGTCAGGAATTTTGTTTTGAAGgtattattactg
tgacatagctgcattaaggctttgttggtatttaaccatagtggtagtccctggtaatttcatgagacgaacttctcattgggattttccattcctttctgtattcgatacgggatttatatggatattgaaatttcaactggggaactttatttctgcagATATGGAGCTTCCATGAGATAGTCTGTAACAAGACGAGG
ATTTATAAGACTATCTCTGTCTTAAAGGAACCTTTTCTTTTGTACAAGAGAATATTGTTATATTTTGTGGACCTCATTAGCGATGTGCTAGGTCACATGCTATTGAAAATCAAACGCTGGAATTAGCCTGGAAATGAAAACCGTAAAGAGACTTTCCTCTATCATCTCATACCTCTATCAAGTTGAATCAGTTGAGCGTA
ACAGGCTTTAATGATGCCTTGGTGTTCTACTTTTGAAAGGCTTCTACACAACCATTATCATGTGAAATCCTTTCTTGGAGACTCAGGTTACAGGGCTTCATGGATTGTGGAAAGTATGTCTTCTTATTTTTATGAAACAAATAGGCACACAACACCAGACTCTGAACAGTGCAACGTCTGTGCGCCTTACTAATTTGGTG
TAGTTGAGAACATAGCTATTGGCTACGAAGGGAGAATGGAGTCCAAAGTACTCCATTGGATTTAGTTGCAGACGGCTTACCCTATATAGCTCTATATTGATCTGAACAATGATGCACCACCGTGGCAGCTATGTTGTGAGCTTCTTTGTAGCATATTCAATGTAAAATCTTCCGAAACTCGTTTTGAACTTTTGAAAGCC
ATATAAATGTTTTATGCATAATTTAAATCCATTTTGAAATTTCTAG



Intron 3 GTATTCCCTT ... TCTGTTTTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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>TRINITY_DN111407_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform
GCGAAACGGAAAATTAAGGCGGAACAAAACAAAAACACACTACATTAGCGGTCGTCATGATAATGTAATGTAGAGGATTGCCACGAACAAATCCCTAGGCTTTCAGCATTATAGAAAGGGAGCTCCATCCGGTGGCGTCAGAGCGGTGATCCAATCGCCCTCAAGAACATGCCATTGGAGGAGGAGAGGGAGGAGGAACC
GGAAGCGGATTAAATGGATGTGTTTATTACTCTGGAAAGGGCTTGAAAACGAAAGCAATCGATCAAAGGATGCAATCCAATATTTAAAGAAGCGGCCCAGTCTTCAGTCACGCCTTTTCATATCGATTTTATTGACTTTGAGGCCCTTTCCTCCTACCCATCTTCTCTGTCAAAGAGTTTACGATCGATATCATTATTAT
TATAGTTCCTTTTCTCCTTTGCCCAGGTCGCGGCTTCGAGGCCCTCTGCTCGCTCGGCAGGTCACGGGTTCGAATTCCAAAATCCAAGTTTCGCAAATCAGAAACAAGATAACAAGATGCCCTCCTCATTGGGATGGTGCCGTCCGGAGGAACTCGTGGAGAATCTTAGTTCAGTGGACGCCGCGGCGAAACTGAAGGCC
CTCAGGGACGTAAAGAACCAAATAATCGGCAACAAGACCAAAAAATTGTCCTATATAAAGCTCGGCGCAGTTTCAAGAGTTGTGGAGATCCTGGCTAGCGAATCGGAGGCTCCGCTGTTAGTTCAATCCGCAGCTGCTGTTGGGAGCTTTGCATATGGGATTGAATTGGGAGCCAAGACGGTCTTGGACAGTGGGGTTCT
GCCTCATCTCTTCCGTATGCTCTGCAATGAAGATGATCAGGTTGTGGAGGCTGGTGCTAGGTCCCTAAAAATGATTTTCCAGTCAGCACATGCACCGAAAAATGATATGCTTCAAGGTCAGAGAATGGATCTACTACTTACCCTTCTGAACAGTACAAATGAAACTGTGGCAGAAGTTGCCGCAAGTGTTATTGCACGTT
GCTGTGAAACCGGCATGCAACAGCATGCTTTGTTGAATGCTGGTGCTTTGGACATCCTTGTAGGTCTGCTGGGAAGCTCTCTAAAGAGAACAGAAGCTTGTTTAGATGCATTAAGAGCTCTTGTCAAGAAAAATCCTCAAATTTCTATGAAGTTGATTGCTGCAAAACAGGGTGTTGCTCTAGCTACAATCATCAAATTA
GTAAAGGATAAATCTCCTCGCACAAGATTGCTTGCTTGCATGTGCTTGACAAATGTAGGCTGTGCTTGCCCTTCTAGCTATCCAAAAGAATTGGAGATGAGGACTAATATGTTACCTATTTTAGTCAAGCTGCTTGATGAGCCTGGTCAAGTTGGAGAAGAAGCTCCTAGTGTATTGGCAGATCTGGTTGCAAATAATGA
AGAGCTGCAGAAGCTAGCCTATGGCATAAATGCTGTTGAAAAGCTGTGTAAATTTTTGCACAAAGATTCCTTGCAATCCAAGCATCTACAAGGTGTATTAATAGCTCTATCTGAGCTTGGGTCTCGGTTGGAAGAAATCAGGAAGAAGGTTCTATCCTCGGAGCCCCAAGGCCCAATTGCTGCTGCTTTGGTACATGAAT
CTATGGCTGTGCGCATAGCGGCTTGCACTTTTATAAAAAGCATTTCTCGATCTGTTAAGAATCTCCGTACCTCCCCTACAGATGAAGGTGTTGTTTTTCCTCTGTTCAAGTTGTTGGATGATGACTCCCCAGCAGTGCAGGTTGAGGCTTTGAGTGCGATCAGTAATGTTGTGCTTGATTTTACACCTCATAAAACGGTT
TTCTTTAAGTGTGGGGGTGTGATGCAACTCATTCAGCTTGCTAAGTCAATGGATCCAATGCTGAGGCTGAATGCAGTATGGGCTTTGAGAAACTTGTTGTACTTGGCAGACATGTCAGTGAAAGGGAAGGTGATGGAAGATCTCACTGTAACAACCTTGTCAAGCTTGATTCATGATCCCGAAGAGGTGGTCCAAGAGCA
AGCACTGGCATTTGTTCGTAACCTGGTATATGGAAGTGTTGAATCTGTTCAGCAAGTTTTTGTTGAAGATGGACTAATTCTTAGAGCTGTGGTGCAACAATTACGTATTGCAACAGGACCAGAAGTTTGCACACAGGGGCTTTATGTGCTTTGCAATGTCGCAGCAGGGAATGAGATTCACAAAGATGAAGTCATGCGTT
TTGTTCAAGCATCTTTCCAGGAAGAGTGTATTCCTTTGATTAGATTTTTGCAGGACATGAACAACGCTCAAGTTCGTGTGGCAGCAGTATGGTGTATAATGAACCTATGCTATCCTGAAAGCCCTGGTGTTCTTTCTCGTATAGAAGGGCTTATACATGCAGGAATCCTTTCACAACTTCAAAATATGACCGATGATCCC
TGCTTAGATGTTAAAGATCGCGTGAAAACTGCATTGGAGCATTTTATGGCTACAGAAATCTCATTGTAGTACCAGATTTTCCTGTAAAGATTTAATCCAAGCTCTTTAACATCAAGCTAGTTTGGAACTCATGTACCAGACATGTTTGGGTTCGCTCAAAAGCACTTGTCAGGAATTTTGTTTTGAAGATATGGAGCTTC
CATGAGATAGTCTGTAACAAGACGAGGATTTATAAGACTATCTCTGTCTTAAAGGAACCTTTTCTTTTGTACAAGAGAATATTGTTATATTTTGTGGACCTCATTAGCGATGTGCTAGGTCACATGCTATTGAAAATCAAACGCTGGAATTAGCCTGGAAATGAAAACCGTAAAGAGACTTTCCTCTATCATCTCATACC
TCTATCAAGTTGAATCAGTTGAGCGTAACAGGCTTTAATGATGCCTTGGTGTTCTACTTTTGAAAGGCTTCTACACAACCATTATCATGTGAAATCCTTTCTTGGAGACTCAGGTTACAGGGCTTCATGGATTGTGGAAAGTATGTCTTCTTATTTTTATGAAACAAATAGGCACACAACACCAGACTCTGAACAGTGCA
ACGTCTGTGCGCCTTACTAATTTGGTGTAGTTGAGAACATAGCTATTGGCTACGAAGGGAGAATGGAGTCCAAAGTACTCCATTGGATTTAGTTGCAGACGGCTTACCCTATATAGCTCTATATTGATCTGAACAATGATGCACCACCGTGGCAGCTATGTTGTGAGCTTCTTTGTAGCATATTCAATGTAAAATCTTCC
GAAACTCGTTTTGAACTTTTGAAAGCCATATAAATGTTTTATGCATAATTTAAATCCATTTTGAAATTTCTAG


>TRINITY_DN111407_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:
GCGAAACGGAAAATTAAGGCGGAACAAAACAAAAACACACTACATTAGCGGTCGTCATGATAATGTAATGTAGAGGATTGCCACGAACAAATCCCTAGGCTTTCAGCATTATAGAAAGGGAGCTCCATCCGGTGGCGTCAGAGCGGTGATCCAATCGCCCTCAAGAACATGCCATTGGAGGAGGAGAGGGAGGAGGAACC
GGAAGCGGATTAAATGGATGTGTTTATTACTCTGGAAAGGGCTTGAAAACGAAAGCAATCGATCAAAGGATGCAATCCAATATTTAAAGAAGCGGCCCAGTCTTCAGTCACGCCTTTTCATATCGATTTTATTGACTTTGAGGCCCTTTCCTCCTACCCATCTTCTCTGTCAAAGAGTTTACGATCGATATCATTATTAT
TATAGTTCCTTTTCTCCTTTGCCCAGGTCGCGGCTTCGAGGCCCTCTGCTCGCTCGGCAGGTCACGGGTTCGAATTCCAAAATCCAAGTTTCGCAAATCAGAAACAAGATAACAAGATGCCCTCCTCATTGGGATGGTGCCGTCCGGAGGAACTCGTGGAGAATCTTAGTTCAGTGGACGCCGCGGCGAAACTGAAGGCC
CTCAGGGACGTAAAGAACCAAATAATCGGCAACAAGACCAAAAAATTGTCCTATATAAAGCTCGGCGCAGTTTCAAGAGTTGTGGAGATCCTGGCTAGCGAATCGGAGGCTCCGCTGTTAGTTCAATCCGCAGCTGCTGTTGGGAGCTTTGCATATGGGATTGAATTGGGAGCCAAGACGGTCTTGGACAGTGGGGTTCT
GCCTCATCTCTTCCGTATGCTCTGCAATGAAGATGATCAGGTTGTGGAGGCTGGTGCTAGGTCCCTAAAAATGATTTTCCAGTCAGCACATGCACCGAAAAATGATATGCTTCAAGGTCAGAGAATGGATCTACTACTTACCCTTCTGAACAGTACAAATGAAACTGTGGCAGAAGTTGCCGCAAGTGTTATTGCACGTT
GCTGTGAAACCGGCATGCAACAGCATGCTTTGTTGAATGCTGGTGCTTTGGACATCCTTGTAGGTCTGCTGGGAAGCTCTCTAAAGAGAACAGAAGCTTGTTTAGATGCATTAAGAGCTCTTGTCAAGAAAAATCCTCAAATTTCTATGAAGTTGATTGCTGCAAAACAGGGTGTTGCTCTAGCTACAATCATCAAATTA
GTAAAGGATAAATCTCCTCGCACAAGATTGCTTGCTTGCATGTGCTTGACAAATGTAGGCTGTGCTTGCCCTTCTAGCTATCCAAAAGAATTGGAGATGAGGACTAATATGTTACCTATTTTAGTCAAGCTGCTTGATGAGCCTGGTCAAGTTGGAGAAGAAGCTCCTAGTGTATTGGCAGATCTGGTTGCAAATAATGA
AGAGCTGCAGAAGCTAGCCTATGGCATAAATGCTGTTGAAAAGCTGTGTAAATTTTTGCACAAAGATTCCTTGCAATCCAAGCATCTACAAGGTGTATTAATAGCTCTATCTGAGCTTGGGTCTCGGTTGGAAGAAATCAGGAAGAAGGTTCTATCCTCGGAGCCCCAAGGCCCAATTGCTGCTGCTTTGGTACATGAAT
CTATGGCTGTGCGCATAGCGGCTTGCACTTTTATAAAAAGCATTTCTCGATCTGTTAAGAATCTCCGTACCTCCCCTACAGATGAAGGTGTTGTTTTTCCTCTGTTCAAGTTGTTGGATGATGACTCCCCAGCAGTGCAGGTTGAGGCTTTGAGTGCGATCAGTAATGTTGTGCTTGATTTTACACCTCATAAAACGGTT
TTCTTTAAGTGTGGGGGTGTGATGCAACTCATTCAGCTTGCTAAGTCAATGGATCCAATGCTGAGGCTGAATGCAGTATGGGCTTTGAGAAACTTGTTGTACTTGGCAGACATGTCAGTGAAAGGGAAGGTGATGGAAGATCTCACTGTAACAACCTTGTCAAGCTTGATTCATGgtattcccttcctttgcatgcttca
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