sp|O80915|PR1B4_ARATH ----> PRA1 family protein B4

Intron 1 GTAAGGATTT ... GTTGTAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	67.84	12.8	23.9	30
A2	55.31	19.7	26.3	22
A3	53.02	23.8	32.7	21
A4	50.71	10.7	12.3	9
A5	46.66	19.1	19.3	14
A6	44.25	141.6	105.4	119
A7	59.3	110.6	157	164
A8	54.05	84.1	87.6	110
A9	52.26	133.1	133.9	157
A10	55.12	123.3	127.7	175

>TRINITY_DN118004_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

ATGAAAGAAAAGTACGAATCCCAACGTCAACGTCTCCACTGTTCTGCAACGCCTTTAGCAGGGAATTTGTGTTTTCTTGTGGGAAGCTTAAGCTTTTGTGCTGTTTTCTTCCACGGCGACAATCCTCGAGACAAAGGCATTCATTTCACGCGCTCGCCCGCAAAGCCAAGTTATTCGTGTGTTGCAGCTTTATGTATTGG
TGCTGCGGCCCCTTCGATACCCACGCCTGCCCAAACCAACGAGCAGATTCTTAAATCGAATATGGTCTGGTCGTTTCACTTTATAATGGAGGTGTTTTCGAAGAAATCAATCCATTCCATACCCACCGGTTCCGTCAAAGGCGACTCCTAATCAGTTTCACTAACAAGCCATTGTATTCGCGCTCTCATAGAAGGATTTG
CAATAGAGGTGGACGGAAGAGGATAAAAGATCGACTATGAATTGAGGGTTTGGCTGAGAGATCAGGTGTTGCATTTGAACTATCGAAGTACCTGTCCAGTAATTTGGTTCAAGATCCGCAGAGTGCGGCAAGAAAAGGACTACATAATGGCAGCTTCAAAATTCCCTTCGACGTCAGCTTCTACTCCAATCCTTCCCATA
TCTCAACCTCTACTTTCCAGCCCTGCGGCCCGAGTTTTCCTGTCCAAAGCCTCAGAAGGGGTTAAAAATGCAATGTACCATCGTCGGCCATGGCTGGAACTCGTGGATCATAACGCGTTCTCCAAGCCCGAGTCCCTCGCTGAGGCAACATCCAGAATCAGGAAAAACTGGACCTATTTCCGCATAAATTATGTGATTAT
GCTATGCTCCATGGTAGCCTTCAGCCTGCTTTCACATCTTGTTTCACTCTTCTTTCTCTTGGTCTTGCTGGGGGGCTGGTCTTTTCTCTACTTTTTCCGCACAGAGCCTCTGGTTTTGTATGGCAGGAGGTTCAGCGAGAGGGAAGTTCTGGGGATTTTGTCAGTCCTCAGTATCGTAATTGTGTTTTTGACGGATGTTG
GGTCTGTGCTTATTTCTTCCCTCATTTTTGGTATGGCGATTGTTTGTGTGCACGGTGCATTCAGGGCGCCTGAGGATCTTTTCTTAGAGGAGCAATCTGTGGCATCCGGTTTCATGTCTTTCACCGCTAATGTCCCTGTTCAGCCTGTTGTTGCCACCTATGTCTAACTGGCTAACCACAGCATTTGTTTATTTTTGTAG
TTGGGACTTCATGCTATATGTATCAATTCATACAAGCATAAATTCATTCATAGGGAAAATAAAATGTTCGATTCAGTCCTATATTGTTCTTTCACCTCTGCCTCTATTTTAATATTTTTTTGTAATTCCAAGTTTATCTGGCTGCATAAACATTAAATATGGCTGGCATATCGCAAAAAAGTTCAGATCTGCTTTCAGTT
TTGCTGTAGACCGTATAACTCTTGAAAACTTTATTTCATACAAAATAAGGATGAGCAGGAGCATTGGCATTTTACATGATGGGATGCAGCAGTGATTTAAAGTCCTCTGTTTCTGAGTTGTGTGGAGA

>TRINITY_DN118004_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ATGAAAGAAAAGTACGAATCCCAACGTCAACGTCTCCACTGTTCTGCAACGCCTTTAGCAGGGAATTTGTGTTTTCTTGTGGGAAGCTTAAGCTTTTGTGCTGTTTTCTTCCACGGCGACAATCCTCGAGACAAAGGCATTCATTTCACGCGCTCGCCCGCAAAGCCAAGTTATTCGTGTGTTGCAGCTTTATGTATTGG
TGCTGCGGCCCCTTCGATACCCACGCCTGCCCAAACCAACGAGCAGATTCTTAAATCGAATATGGTCTGGTCGTTTCACTTTATAATGGAGGTGTTTTCGAAGAAATCAATCCATTCCATACCCACCGGTTCCGTCAAAGGCGACTCCTAATCAGTTTCACTAACAAGCCATTGTATTCGCGCTCTCATAGAAGGATTTG
CAATAGAGGTGGACGGAAGAGGATAAAAGATCGACTATGAATTGAGGGTTTGGCTGAGAGATCAGGTGTTGCATTTGgtaaggatttgctttattggacagatttggtcatgaatttcattttataggggagagacgatcttttcacagtattttaatccgaatttatcaaagacagtccagatccagaaattgcttata
atgctgttgaagtttttgcaaaatcttacaaaaggatactgtcgaagttgtaacagAACTATCGAAGTACCTGTCCAGTAATTTGGTTCAAGATCCGCAGAGTGCGGCAAGAAAAGGACTACATAATGGCAGCTTCAAAATTCCCTTCGACGTCAGCTTCTACTCCAATCCTTCCCATATCTCAACCTCTACTTTCCAGC
CCTGCGGCCCGAGTTTTCCTGTCCAAAGCCTCAGAAGGGGTTAAAAATGCAATGTACCATCGTCGGCCATGGCTGGAACTCGTGGATCATAACGCGTTCTCCAAGCCCGAGTCCCTCGCTGAGGCAACATCCAGAATCAGGAAAAACTGGACCTATTTCCGCATAAATTATGTGATTATGCTATGCTCCATGGTAGCCTT
CAGCCTGCTTTCACATCTTGTTTCACTCTTCTTTCTCTTGGTCTTGCTGGGGGGCTGGTCTTTTCTCTACTTTTTCCGCACAGAGCCTCTGGTTTTGTATGGCAGGAGGTTCAGCGAGAGGGAAGTTCTGGGGATTTTGTCAGTCCTCAGTATCGTAATTGTGTTTTTGACGGATGTTGGGTCTGTGCTTATTTCTTCCC
TCATTTTTGGTATGGCGATTGTTTGTGTGCACGGTGCATTCAGGGCGCCTGAGGATCTTTTCTTAGAGGAGCAATCTGTGGCATCCGGTTTCATGTCTTTCACCGCTAATGTCCCTGTTCAGCCTGTTGTTGCCACCTATGTCTAACTGGCTAACCACAGCATTTGTTTATTTTTGTAGTTGGGACTTCATGCTATATGT
ATCAATTCATACAAGCATAAATTCATTCATAGGGAAAATAAAATGTTCGATTCAGTCCTATATTGTTCTTTCACCTCTGCCTCTATTTTAATATTTTTTTGTAATTCCAAGTTTATCTGGCTGCATAAACATTAAATATGGCTGGCATATCGCAAAAAAGTTCAGATCTGCTTTCAGTTTTGCTGTAGACCGTATAACTC
TTGAAAACTTTATTTCATACAAAATAAGGATGAGCAGGAGCATTGGCATTTTACATGATGGGATGCAGCAGTGATTTAAAGTCCTCTGTTTCTGAGTTGTGTGGAGA

Intron 2 GTAAATTGTC ... TCTTATCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	22.51	12	2	5
A2	13.95	18.3	4.3	1.7
A3	20.28	17	5	3.7
A4	17.15	17.7	4	3.3
A5	17.22	21.7	5	4
A6	13.1	122.7	18.7	18.3
A7	18.01	139.3	37	24.7
A8	18.36	66.3	18.3	11.7
A9	16.59	121	24.7	23.7
A10	15.46	115.7	26	16.3

>TRINITY_DN41802_c0_g1_i1 from sample A7 / Example spliced isoform

GGCAATATGAAAGAAAAGTACGAATCCCAACGTCAACGTCTCCACTGTTCTGCAACGCCTTTAGCAGGGAATTTGTGTTTTCTTGTGGGAAGCTTAAGCTTTTGTGCTGTTTTCTTCCACGGCGACAATCCTCGAGACAAAGGCATTCATTTCACGCGCTCGCCCGCAAAGCCAAGTTATTCGTGTGTTGCAGCTTTATG
TAGTGGTGCTGCGGCCCCTTCGATACCCACGCCTGCCCAAACCAACGAGCAGATTCTTAAATCGAATATGGTCTGGTCGTTTCACTTTATAATGGAGGTGTTTTCGAAGAAATCAATCCATTCCATACCCACCGGTTCCGTCAAAGGCGACTCCTAATCAGTTTCACTAACAAGCCATTGTATTCGCGCTCTCATAGAAG
GATTTGCAATAGAGGTGGACGGAAGAGGATAAAAGATCGACTATGAATTGAGGGTTTGGCTGAGAGATCAGGTGTTGCATTTGAACTATCGAAGTACCTGTCCAGTAATTTGGTTCAAGATCCGCAGAGTGCGGCAAGAAAAGGACTACATAATGGCAGCTTCAAAATTCCCTTCGACGTCAGCTTCTACTCCAATCCTT
CCCATATCTCAACCTCTACTTTCCAGCCCTGCGGCCCGAGTTTTCCTGTCCAAAGCCTCAGAAGGGGTTAAAAATGCAATGTACCATCGTCGGCCATGGCTGGAACTCGTGGATCATAACGCGTTCTCCAAGCCCGAGTCCCTCGCTGAGGCAACATCCAGAATCAGGAAAAACTGGACCTATTTCCGCATAAATTATGT
GATTATGCTATGCTCCATGGTAGCCTTCAGCCTGCTTTCACATCTTGTTTCACTCTTCTTTCTCTTGGTCTTGCTGGGGGGCTGGTCTTTTCTCTACTTTTTCCGCACAGAGCCTCTGGTTTTGTATGGCAGGAGGTTCAGCGAGAGGGAAGTTCTGGGGATTTTGTCAGTCCTCAGTATCGTAATTGTGTTTTTGACGG
ATGTTGGGTCTGTGCTTATTTCTTCCCTCATTTTTGGTATGGCGATTGTTTGTGTGCACGGTGCATTCAGGGCGCCTGAGGATCTTTTCTTAGAGGAGCAATCTGTGGCATCCGGTTTCATGTCTTTCACCGCTAATGTCCCTGTTCAGCCTGTTGTTGCCACCTATGTCTAACTGGCTAACCACAGCATTTGTTTATTT
TTGTAGTTGGAACTTCATGCTATATGTATCAATTCATACAAGCATAAATTCATTCATAGGGAAAATAAAATGTTCGATTCAGTCCTATATTGTTCTTTCACCTCTGCCTCTATTTTAATATTTTTTTGTAATTCCAAGTTTATCTGGCTGCATAAACATTAAATATGGCTGGCATATCGCAAAAAAGTTCAGATCTGCTT
TCAGTTTTGCTGTAGACCGTGTAACTCTTGAAAACTTTATTTCATACAAAATAAGGATGAGCAGAGCATTGGCATTTTACATGATGGGATGCAGCAGTGATTTAAAGTCCTCTGTTTCTGAGTTGTGTGTGGAGAATATTGTTGAATCTGTATCACCCTGTTGATTTTATTTTCAATGCTGACCTAACACTTTCAGCCAT
GCTTGCCAAATGGCCAATGGCTAGCATCTCAAAGAAATCATGAATTATGTATGACCCATAACCATCTTATATTTTGATAAAAAAATATTTTTTTTAAAAAAAAA

>TRINITY_DN41802_c0_g1_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GGCAATATGAAAGAAAAGTACGAATCCCAACGTCAACGTCTCCACTGTTCTGCAACGCCTTTAGCAGGGAATTTGTGTTTTCTTGTGGGAAGCTTAAGCTTTTGTGCTGTTTTCTTCCACGGCGACAATCCTCGAGACAAAGGCATTCATTTCACGCGCTCGCCCGCAAAGCCAAGTTATTCGTGTGTTGCAGCTTTATG
TAGTGGTGCTGCGGCCCCTTCGATACCCACGCCTGCCCAAACCAACGAGCAGATTCTTAAATCGAATATGGTCTGGTCGTTTCACTTTATAATGGAGGTGTTTTCGAAGAAATCAATCCATTCCATACCCACCGGTTCCGTCAAAGGCGACTCCTAATCAGTTTCACTAACAAGCCATTGTATTCGCGCTCTCATAGgta
aattgtctttttcacagctttaatttgcttatctgactgaattgtttggttagcattcatcagcagcatgtcgtagaatcatggcaatatcttgatttcatcaaaagaaagtacggcccattttccattttcgaaggattgattccatattcgactaccttatttaattcgtattctttaatcttgtcataatgctccgt
caaaatcgtcaaaatctgtacaagattggtcgatttggtccgtaaagaggtcgtttgagtttatgttgatcacccgaccctgtgaagttttttttgaagtagcatatagctttctgtgaagttttcttgaactagcttatagctttagcttaaagcttgaatcctttatttactcaactttgttacgaaaatcttatcca
gAAGGATTTGCAATAGAGGTGGACGGAAGAGGATAAAAGATCGACTATGAATTGAGGGTTTGGCTGAGAGATCAGCTGTTGCATTTGAACTATCGAAGTACCTGTCCAGTAATTTGGTTCAAGATCCGCAGAGTGCGGCAAGAAAAGGACTACATAATGGCAGCTTCAAAATTCCCTTCGACGTCAGCTTCTACTCCAAT
CCTTCCCATATCTCAACCTCTACTTTCCAGCCCTGCGGCCCGAGTTTTCCTGTCCAAAGCCTCAGAAGGGGTTAAAAATGCAATGTACCATCGTCGGCCATGGCTGGAACTCGTGGATCATAACGCGTTCTCCAAGCCCGAGTCCCTCGCTGAGGCAACATCCAGAATCAGGAAAAACTGGACCTATTTCCGCATAAATT
ATGTGATTATGCTATGCTCCATGGTAGCCTTCAGCCTGCTTTCACATCTTGTTTCACTCTTCTTTCTCTTGGTCTTGCTGGGGGGCTGGTCTTTTCTCTACTTTTTCCGCACAGAGCCTCTGGTTTTGTATGGCAGGAGGTTCAGCGAGAGGGAAGTTCTGGGGATTTTGTCAGTCCTCAGTATCGTAATTGTGTTTTTG
ACGGATGTTGGGTCTGTGCTTATTTCTTCCCTCATTTTTGGTATGGCGATTGTTTGTGTGCACGGTGCATTCAGGGCGCCTGAGGATCTTTTCTTAGAGGAGCAATCTGTGGCATCCGGTTTCATGTCTTTCACCGCTAATGTCCCTGTTCAGCCTGTTGTTGCCACCTATGTCTAACTGGCTAACCACAGCATTTGTTT
ATTTTTGTAGTTGGAACTTCATGCTATATGTATCAATTCATACAAGCATAAATTCATTCATAGGGAAAATAAAATGTTCGATTCAGTCCTATATTGTTCTTTCACCTCTGCCTCTATTTTAATATTTTTTTGTAATTCCAAGTTTATCTGGCTGCATAAACATTAAATATGGCTGGCATATCGCAAAAAAGTTCAGATCT
GCTTTCAGTTTTGCTGTAGACCGTGTAACTCTTGAAAACTTTATTTCATACAAAATAAGGATGAGCAGAGCATTGGCATTTTACATGATGGGATGCAGCAGTGATTTAAAGTCCTCTGTTTCTGAGTTGTGTGTGGAGAATATTGTTGAATCTGTATCACCCTGTTGATTTTATTTTCAATGCTGACCTAACACTTTCAG
CCATGCTTGCCAAATGGCCAATGGCTAGCATCTCAAAGAAATCATGAATTATGTATGACCCATAACCATCTTATATTTTGATAAAAAAATATTTTTTTTAAAAAAAAA