NA ----> NA

Intron 1 GTTTGTCCAT ... TTAGTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	32.31	88	43	41
A2	40.7	59	39	42
A3	33.82	45	24	22
A4	32.22	61	32	26
A5	26.47	25	6	12
A6	33.67	329	124	210
A7	37.95	282	148	197
A8	39.24	343	168	275
A9	39.31	264	159	183
A10	39.08	152	98	97

>TRINITY_DN43473_c1_g5_i3 from sample A6 / Example spliced isoform

GATCTTGATTTTGGAGCACTTCAAGAAGGATATATAACAGTCACTCCTTTGGGTCTCAAATCCAACATACAGTCAGATGTCTTTAGTTCATTTAAAAATTGGGTATCTATTGTGGCTGAGCTTGGCGTGACATCTGCTTTATGATATGGAGAGTTGAGACAGTACTCTTAGATCTCCAGCCATAAAATCCAGGGTGAATT
ATTGTAAACAGTGTAAACAACCTTTTACTAGTGGTTACAGCCTTCAAGAAGAAAAACACAGAAGATGCAACAACAATGTGCTATTAGATGATTCTTCCATTGGAAGAAACTGTTTCCTGGTTTTGTTTCAATATGCGTCTGTTGTACCGTTCTATGTGCAATGTAGCTTTGTCAGCATGCATTTACAATTTAATATCAAC
ATTATCTAATGATATTATATTACAAATATAATGCTAAGCTGCTTTCACATTAGACACGGTAGCGTATCAAAATGATATTTGCAAAGTGGCTCTAAGTATGGTTAGTGATACTTTTGAAGAGGAGTAAATGGAACTGGTTTCTTTTGAAGATGTGCAGTCCTAAGTCACCTGGTTCATGTTTGGGTTTGAATCGGCAACAA
TTCGCCAGTGCAAAAAGATATGATAAAAGTTGTTGTTTTGTTCTTCAAAACTTAAAATTATATTTCTCAACCATTGTGTATAAATTGAACATAAGTTTATATTTTATAATTATAGTATGTTTTTATTTTTATTTTATTTTTTTACCAAAGTTATACGTATCTTGTTTGAATTTAAAAAAAAAATCGAATTAAATTTATTA
TTCATTATACATAATTGAATTCA

>TRINITY_DN43473_c1_g5_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GATCTTGATTTTGGAGCACTTCAAGAAGGATATATAACAGTCACTCCTTTGGGTCTCAAATCCAACATACAGTCAGATGTCTTTAGTTCATTTAAAAATTGGGTATCTATTGTGGCTGAGCTTGGCGTGACATCTGCTTTATGATATGGAGAGTTGAGACAGTACTCTTAGATCTCCAGCCATAAAATCCAGGGTGAATT
ATTGTAAACAGgtttgtccatttatttctcattacataagcaagtaaatgtcaggtctttctcggtgcaactgaaaaccactgatttcttcataatcgtggccagttttagttgcagTGTAAACAACCTTTTACTAGTGGTTACAGCCTTCAAGAAGAAAAACACAGAAGATGCAACAACAATGTGCTATTAGATGATTC
TTCCATTGGAAGAAACTGTTTCCTGGTTTTGTTTCAATATGCGTCTGTTGTACCGTTCTATGTGCAATGTAGCTTTGTCAGCATGCATTTACAATTTAATATCAACATTATCTAATGATATTATATTACAAATATAATGCTAAGCTGCTTTCACATTAGACACGGTAGCGTATCAAAATGATATTTGCAAAGTGGCTCTA
AGTATGGTTAGTGATACTTTTGAAGAGGAGTAAATGGAACTGGTTTCTTTTGAAGATGTGCAGTCCTAAGTCACCTGGTTCATGTTTGGGTTTGAATCGGCAACAATTCGCCAGTGCAAAAAGATATGATAAAAGTTGTTGTTTTGTTCTTCAAAACTTAAAATTATATTTCTCAACCATTGTGTATAAATTGAACATAA
GTTTATATTTTATAATTATAGTATGTTTTTATTTTTATTTTATTTTTTTACCAAAGTTATACGTATCTTGTTTGAATTTAAAAAAAAAATCGAATTAAATTTATTATTCATTATACATAATTGAATTCA