sp|Q652N5|PHT44_ORYSJ ----> Probable anion transporter 4, chloroplastic

Intron 1 GTAATACGGC ... TTCATTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	41.6	52	37	19.6
A2	59.02	34.7	50	8.8
A3	34.27	53.9	28	22.3
A4	49.28	24.7	24	11.4
A5	52.95	10.3	11.6	4.5
A6	35.3	92.1	50	29.8
A7	42.27	123.6	90.3	41.8
A8	42.77	159.8	119	75.1
A9	43.16	128.5	97.2	36.2
A10	44.88	108.2	88	17.2

>TRINITY_DN118305_c1_g3_i4 from sample A3 / Example spliced isoform

GCGAATATCCCGTTCTCGGGCACAAATTTACTGGTACTGTGTTCAAAATATCTAACGGAAGATTCTAAAATTGAAAGGATTATCAGTCCGGAACGTTCATCTTGGCCACGGCTTTCAGCAGAGCCAAGTAGCAATGAAAATAATGCGGGATACACAGAGATAAGCAGGGAGTTGCTATATATACATCTAAAGCTGAAGCT
CTTAATCTGCATTTCCTTGCTTCAGTAATAAATATATATTCCAATTGAACCATGACTGTTGGAGCAGTCCTCTCCCAGGGTCCTCTCGGCCATTTCACTCCTCCAGGGTATCAATATAATCAAGCTCTTGCAGTTTACGGGGTTGAGCGCCATGAGACCCACAAAAGGATATTGCTCTCTTGGCCACCTTCATGCTGCCT
AAGTTCTAGGAGAAAGATAATAGCCAAATGGAACATAGACATGAGGAACTTCTTTCGTGGGAGGTTGGAGTATACTTCTTCTGCTCCAGCTTTCAGAAACAGTATTGGCAGAACTTCTTACCATGTAAACTCTCAGAGACAATCAGGGAAATTTCAGTTTTTCCTTTCCTCCGAGTCAGGCAATAGCAACTGGTCAAAGC
CAAGAAATTCAGTAAAAAATGGCTTTTCTTTTATAAAATACAGGCAACACTCTGAAAATCCCGACACAAATGATCCCAGGATTAAGGCACGTGCAGACTTTGAACCTGACATTGGAGCAGATGCACCAGATTCGGTGAGCTCATTCAAAGTATTACCGGGGTCTATTACAGTGCAGCGGGCGATAGACAGAGGATCTTTA
TGGTTGAAGGAGTTTCCAAAGCGCTGGCTGATTGTACTGCTTTGTTTCTCTGCCTTTCTTCTTTGCAACATGGATCGTGTAAACATGAGTATTGCCATCCTTCCCATGTCTACAGAGTTTAATTGGAGCCCAGCAACAGTTGGATTAGTGCAGTCTTCATTTTTCTGGGGTTACCTGCTTACTCAGGTTGCTGGAGGTAT
ATGGGCAGATAAAGTTGGCGGGAAGCATGTATTGGGATTTGGAGTAGTTTGGTGGTCAATTGCCACTATTCTCACACCAATAGCTGCAAAAGTTGGATTGCCTTTCTTGCTTCTGGTTCGTGCATTTATGGGGGTTGGTGAGGGTGTTGCTATGCCTGCTATGAATAATATGCTCTCAAAGTGGATCCCTCCAAAAGAAA
GAAGCAGATCGTTGGCACTAGTGTATAGTGGGATGTACCTTGGTTCTGTAGCTGGGTTGGCCTTCTCTCCTTTGCTGATCCACAAGTTTAGTTGGCCCTCAGTGTTCTATTCTTTTGGTTCCCTTGGAGCCATATGGTTTGCCACCTGGCAACGGAATGCACAGAGTTCACCCCTTGAAGACCTAGAAATTCGTCCAGAA
GAGAAGGAGTTCATTCTAAGGAACAGTGAACTAAAAGAACCTGTTAAAACTATTCCATGGAAATTACTGCTGTCAAAGGCACCAGTTTGGGCACTGATAGTTTGCCACTTTTGTCATAACTGGGGGACATTCATTCTTCTCACATGGATGCCGACATACTACAATCAGGTCTTAAAATTTAACCTCACGGAATCTGGAAT
ATTTTGTGTTTTACCTTGGCTTACTATGGCCTTGAGTGCTAATTTGGGAGGATGGATAGCTGACACTCTTGTGAGTAAGGGAGTATCAATCACAACAGTTCGCAAGGTTATGCAGTCAATTGGCTTTCTTGGACCAGCCTTTTTTTTAACACAACTGAGCCATGTCCGATCTCCAGCAATGGCAGTTTTGTGCATGACAT
GCAGCCAAGGATGCGATGCTTTTTCTCAGTCTGGTCTTTATTCTAATCATCAGGATATTGGTCCACGCTATGCAGGTGTATTGCTTGGGCTGTCAAACACGGCAGGAGTACTAGCTGGCGTTTTTGGAACTGCAGTAACTGGTTACATTCTACAAAATGGTTCTTGGGATGACGTATTCAAGGTTGCAGTTGGTCTCTAT
CTAGTTGGAACTGTAGTATGGAATCTATTTGCAACCGGAGAGCGAGTCTTTGATTAAATACTATTCCATAAAGTATTCTTGATCCTCCTTCATCAGTTAAGAAAGATTCCAAACACAAAGGAGAAAGGAGAGCAATGCTTATCCTGCTTGCAAATCCAAACATGTACACTAGACGAAATCATCAATTCATGTTCTGGAAT
GGAGATGGAGGGATCTGTACGTTCTTAATACTCCATGAAATTTATACTTTTGTCTGATTGAGATTAAATGCTTCATTGCCCAAAGGATGTTATTTATGGCCCGTAAAAATAGTTTATAAGATGCCCAAGTGAGGCATACAGTTTTCTTATATGTGAGTTACACGACATGGCAAGTTCATCAAGTAGTCATGAGCATATTT
GCAATTGATACACGTACAACATGTGTTCAAAACAAAGATGGACTTTAAATAGTATGTTCGAACAGTTGCAATGACCAGACTAACAAGCTTTCAAGTCCGAAGAAGATCTATTTTCCAGTCCCGTTGGTAGTCGAGACCATGGTTCGGCTGTTTATTTAATTGATACAACATGGATTTCAATATTATTGATAAATCTAACC
ATCGATGTATATTAATATTTCAAAATTCTAGTTTGTGAAGTGAAGAGCTTTATATGAGTAGGAAAAAAGCTAATAGATTAAGTAATTTTGGC

>TRINITY_DN118305_c1_g3_i10 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CTGAAACTAATACTTATTGTCAATAACACTCCTTTTCTTGGATTTATTGCGTTGTAATTGATCTTGTTAAAGTTAACCAGTTACATGTCAGAGGCACATTTATCCTAATTGATGTGATCACACCATATCTCTGCTGCAGGGTGTTGCTATGCCTGCTATGAATAATATGCTCTCAAAGTGGATCCCTCCAAAAGAAAGAA
GCAGATCGTTGGCACTAGTGTATAGTGGGATGTACCTTGGTTCTGTAGCTGGGTTGGCCTTCTCTCCTTTGCTGATCCACAAGTTTAGTTGGCCCTCAGTGTTCTATTCTTTTGGTTCCCTTGGAGCCATATGGTTTGCCACCTGGCAACGGAATGCACAGAGTTCACCCCTTGAAGACCTAGAAATTCGTCCAGAAGAG
AAGGAGTTCATTCTAAGGAACAGTGAACTAAAAGAACCTGTTAAAACTATTCCATGGAAATTACTGCTGTCAAAGGCACCAGTTTGGGCACTGATAGTTTGCCACTTTTGTCATAACTGGGGGACATTCATTCTTCTCACATGGATGCCGACATACTACAATCAGGTCTTAAAATTTAACCTCACGGAATCTGGAATATT
TTGTGTTTTACCTTGGCTTACTATGGCCTTGAGTGCTAATTTGGGAGGATGGATAGCTGACACTCTTGTGAGTAAGGGAGTATCAATCACAACAGTTCGCAAGGTTATGCAGTCAATTGGCTTTCTTGGACCAGCCTTTTTTTTAACACAACTGAGCCATGTCCGATCTCCAGCAATGGCAGTTTTGTGCATGACATGCA
GCCAAGGATGCGATGCTTTTTCTCAGTCTGGTCTTTATTCTAATCATCAGGATATTGGTCCACGCTATGCAGGTGTATTGCTTGGGCTGTCAAACACGGCAGGAGTACTAGCTGGCGTTTTTGGAACTGCAGTAACTGGTTACATTCTACAAAATGGTTCTTGGGATGACGTATTCAAGGTTGCAGTTGGTCTCTATCTA
GTTGGAACTGTAGTATGGAATCTATTTGCAACCGGAGAGCGAGTCTTTGATTAAATACTATTCCATAAAGTATTCTTGATCCTCCTTCATCAGTTAAGAAAGgtaatacggccaacatcaaaacaaggtacagagagtgaggggacctctgagtcatagtgacctcttttgagtataccaaatagatctgtcgaataatt
cttatgttggaaatgcaatggtgtccattagtacttaatagaaggaaagaacagacagagacaatactgcgaaaatttatgattatgccaactttttattttccatccgcaacgagacaggagaagtgcaaacactactagagtaacggatgggccatcagtacagcattgaactggtttccgtaatctttccaattatg
catgaacagtgagttctgtgataatgaattcaatttagatcgccatctgagtagagaggaatgtcaaggtatataattataggggtttaatgatgatggatctttattgtaccgtttgactggttttccatatttttcccagtgcttgtttctgtccaaagatatatttaagaaggatgcattaaaagtccgaaaggaag
ttcaatggtctagatgatgcccaaacaaagattatatccaacacttttcacaaagtagcagcaggcttaaattttattatattgaacgtgtgattccctccattgccatttcattgcagATTCCAAACACAAAGGAGAAAGGAGAGCAATGCTTATCCTGCTTGCAAATCCAAACATGTACACTAGACGAAATCATCAAT
TCATGTTCTGGAATGGAGATGGAGGGATCTGTACGTTCTTAATACTCCATGAAATTTATACTTTTGTCTGATTGAGATTAAATGCTTCATTGCCCAAAGGATGTTATTTATGGCCCGTAAAAATAGTTTATAAGATGCCCAAGTGAGGCATACAGTTTTCTTATATGTGAGTTACACGACATGGCAAGTTCATCAAGTAG
TCATGAGCATATTTGCAATTGATACACGTACAACATGTGTTCAAAACAAAGATGGACTTTAAATAGTATGTTCGAACAGTTGCAATGACCAGACTAACAAGCTTTCAAGTCCGAAGAAGATCTATTTTCCAGTCCC

Intron 2 GTCTTAAAAT ... AGTTCGCAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	80.83	15.3	33.7	57
A2	86.75	13.7	29.7	88
A3	80.39	26	41.7	101
A4	81.26	19	29	74
A5	78.5	4.7	12.7	17
A6	82.24	25	37.7	114
A7	82.26	40	57.3	179
A8	87.87	17.7	32	125
A9	81.15	42.7	47	175
A10	81.13	40.7	39.3	168.3

>TRINITY_DN41049_c1_g1_i7 from sample A8 / Example spliced isoform

TCGGGCACAAATTTACTGGTACTGTGTTCAAAATATCTAACGGAAGATTCTAAAATTGAAAGGATTATCAGTCCGGAACGTTCATCTTGGCCACGGCTTTCAGCAGAGCCAAGTAGCAATGAAAATAATGCGGGATACACAGAGATAAGCAGGGAGTTGCTATATATACATCTAAAGCTGAAGCTCTTAATCTGCATTTC
CTTGCTTCAGTAATAAATATATATCCCAATTGAACCATGACTGTTGGAGCAGTCCTCTCCCAGGGTCCTCTCGGCCATTTCACTCCTCCAGGGTATCAATATAATCAAGCTCTTGCAGTTTACGGGGTTGAGCGCCATGAGACCCACAAAAGGATATTGCTCTCTTGGCCACCTTCATGCTGCCTAAGTTCTAGGAGAAA
GATAATAGCCAAATGGAACATAGACATGAGGAACTTCTTTCGTGGGAGGTTGGAGTATACTTCTTCTGCTCCAGCTTTCAGAAACAGTATTGGCAGAACTTCTTACCATGTAAACTCTCAGAGACAATCAGGGAAATTTCAGTTTTTCCTTTCCTCCGAGTCAGGCAATAGCAACTGGTCAAAGCCAAGAAATTCAGTAA
AAAATGGCTTTTCTTTTATAAAATACAGGCAACACTCTGAAAATCCCGACACAAATGATCCCAGGATTAAGGCACGTGCAGACTTTGAACCTGACATTGGAGCAGATGCACCAGATTCGGTGAGCTCATTCAAAGTATTACCGGGGTCTATTACAGTGCAGCGGGCGATAGACAGAGGATCTTTATGGTTGAAGGAGTTT
CCAAAGCGCTGGCTGATTGTACTGCTTTGTTTCTCTGCCTTTCTTCTTTGCAACATGGATCGTGTAAACATGAGTATTGCCATCCTTCCCATGTCTACAGAGTTTAATTGGAGCCCAGCAACAGTTGGATTAGTGCAGTCTTCATTTTTCTGGGGTTACCTGCTTACTCAGGTTGCTGGAGGTATATGGGCAGATAAAGT
TGGTGGGAAGCATGTATTGGGATTTGGAGTAGTTTGGTGGTCAATTGCCACTATTCTCACACCAATAGCTGCAAAAGTTGGATTGCCTTTCTTGCTTCTGGTTCGTGCATTTATGGGGGTTGGTGAGGGTGTTGCTATGCCTGCTATGAATAATATGCTCTCAAAGTGGATCCCTCCAAAAGAAAGAAGCAGATCGTTGG
CACTAGTGTATAGTGGGATGTACCTTGGTTCTGTAGCTGGGTTGGCCTTCTCTCCTTTGCTGATCCACAAGTTTAGTTGGCCCTCAGTGTTCTATTCTTTTGGTTCCCTTGGAGCCATATGGTTTGCCACCTGGCAACGGAATGCACAGAGTTCACCCCTTGAAGACCTAGAAATTCGTCCAGAAGAGAAGGAGTTCATT
CTAAGGAACAGTGAACTAAAAGAACCTGTTAAAACTATTCCATGGAAATTACTGCTGTCAAAGGCACCAGTTTGGGCACTGATAGTTTGCCACTTTTGTCATAACTGGGGGACATTCATTCTTCTCACATGGATGCCGACATACTACAATCAGGTTATGCAGTCAATTGGCTTTCTTGGACCAGCCTTTTTTTTAACACA
ACTGAGCCATGTCCGATCTCCAGCAATGGCAGTTTTGTGCATGACATGCAGCCAAGGATGCGATGCTTTTTCTCAGTCTGGTCTTTATTCTAATCATCAGGATATTGGTCCACGCTATGCAGGTGTATTGCTTGGGCTGTCAAACACGGCAGGAGTACTAGCTGGCGTTTTTGGAACTGCAGTAACTGGTTACATTCTAC
AAAATGGTTCTTGGGATGACGTATTCAAGGTTGCAGTTGGTCTCTATCTAGTTGGAACTGTAGTATGGAATCTATTTGCAACCGGGGAGCGAGTCTTTGATTAAATACTATTCCATAAAGTATTCTTGATCCTCCTTCATCAGTTAAGAAAGATTCCAAACACAAAGGAGAAAGGAGAGCAATGCTTATCCTGCTTGCAT
ATCCTAACATGTACACTAGACGAAATCATCAATTCATGTTCTGGAATGGAGATGGAGGGATCTGTACGTTCTTAATACTCCATGAAATTTATACTTTTGTCTGATTGAGATTAAATGCTTCATTGCCCAAAGGATGTTATTTATGGCCCGTAAAAATAGTTTATAAGATGCCCAAGTGAGGCATACAGTTTTCTTATATG
TGAGTTACACGACATGGCAAGTTCATCAAGTAGTCATGAGCATATTTGCAATTGATACACGTACAACATGTGTTCAAAACAAAGATGGACTTTAAATAGTATGTTCGAACAGTTGCAATGACCAGACTAACAAGCTTTCAAGTCCGAAGAAGATCTATTTTCCAGTCCCGTTGGTAGTCGAGACCATGGTTCGGCTGTTT
ATTTAATTGATACAACATGGATTTCAATATTATTGATAAATCTAACCATCGATGTATATTAATATTTCAAAATTCTAGTTTGTGAAGTGAAGAGCTTTATATGAGTAGGAAAAAAGCTAATAGATTAAGTAATTTTGGCCTCTTTTTCTACAATATATTTTCTCACGGTGCATTAACATGGGAGTTCATGTAGCATTCAA
TGGCTTTTAGATGTGTTCACAGATGGACTTCCTAAAAATGCTTCATAGGACATTATCTTTGTAAATATTAATTAAC

>TRINITY_DN41049_c1_g1_i6 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TCGGGCACAAATTTACTGGTACTGTGTTCAAAATATCTAACGGAAGATTCTAAAATTGAAAGGATTATCAGTCCGGAACGTTCATCTTGGCCACGGCTTTCAGCAGAGCCAAGTAGCAATGAAAATAATGCGGGATACACAGAGATAAGCAGGGAGTTGCTATATATACATCTAAAGCTGAAGCTCTTAATCTGCATTTC
CTTGCTTCAGTAATAAATATATATCCCAATTGAACCATGACTGTTGGAGCAGTCCTCTCCCAGGGTCCTCTCGGCCATTTCACTCCTCCAGGGTATCAATATAATCAAGCTCTTGCAGTTTACGGGGTTGAGCGCCATGAGACCCACAAAAGGATATTGCTCTCTTGGCCACCTTCATGCTGCCTAAGTTCTAGGAGAAA
GATAATAGCCAAATGGAACATAGACATGAGGAACTTCTTTCGTGGGAGGTTGGAGTATACTTCTTCTGCTCCAGCTTTCAGAAACAGTATTGGCAGAACTTCTTACCATGTAAACTCTCAGAGACAATCAGGGAAATTTCAGTTTTTCCTTTCCTCCGAGTCAGGCAATAGCAACTGGTCAAAGCCAAGAAATTCAGTAA
AAAATGGCTTTTCTTTTATAAAATACAGGCAACACTCTGAAAATCCCGACACAAATGATCCCAGGATTAAGGCACGTGCAGACTTTGAACCTGACATTGGAGCAGATGCACCAGATTCGGTGAGCTCATTCAAAGTATTACCGGGGTCTATTACAGTGCAGCGGGCGATAGACAGAGGATCTTTATGGTTGAAGGAGTTT
CCAAAGCGCTGGCTGATTGTACTGCTTTGTTTCTCTGCCTTTCTTCTTTGCAACATGGATCGTGTAAACATGAGTATTGCCATCCTTCCCATGTCTACAGAGTTTAATTGGAGCCCAGCAACAGTTGGATTAGTGCAGTCTTCATTTTTCTGGGGTTACCTGCTTACTCAGGTTGCTGGAGGTATATGGGCAGATAAAGT
TGGTGGGAAGCATGTATTGGGATTTGGAGTAGTTTGGTGGTCAATTGCCACTATTCTCACACCAATAGCTGCAAAAGTTGGATTGCCTTTCTTGCTTCTGGTTCGTGCATTTATGGGGGTTGGTGAGGGTGTTGCTATGCCTGCTATGAATAATATGCTCTCAAAGTGGATCCCTCCAAAAGAAAGAAGCAGATCGTTGG
CACTAGTGTATAGTGGGATGTACCTTGGTTCTGTAGCTGGGTTGGCCTTCTCTCCTTTGCTGATCCACAAGTTTAGTTGGCCCTCAGTGTTCTATTCTTTTGGTTCCCTTGGAGCCATATGGTTTGCCACCTGGCAACGGAATGCACAGAGTTCACCCCTTGAAGACCTAGAAATTCGTCCAGAAGAGAAGGAGTTCATT
CTAAGGAACAGTGAACTAAAAGAACCTGTTAAAACTATTCCATGGAAATTACTGCTGTCAAAGGCACCAGTTTGGGCACTGATAGTTTGCCACTTTTGTCATAACTGGGGGACATTCATTCTTCTCACATGGATGCCGACATACTACAATCAGgtcttaaaatttaacctcacggaatctggaatattttgtgttttacc
ttggcttactatggccttgagtgctaatttgggaggatggatagctgacactcttgtgagtaagggagtatcaatcacaacagttcgcaagGTTATGCAGTCAATTGGCTTTCTTGGACCAGCCTTTTTTTTAACACAACTGAGCCATGTCCGATCTCCAGCAATGGCAGTTTTGTGCATGACATGCAGCCAAGGATGCG
ATGCTTTTTCTCAGTCTGGTCTTTATTCTAATCATCAGGATATTGGTCCACGCTATGCAGGTGTATTGCTTGGGCTGTCAAACACGGCAGGAGTACTAGCTGGCGTTTTTGGAACTGCAGTAACTGGTTACATTCTACAAAATGGTTCTTGGGATGACGTATTCAAGGTTGCAGTTGGTCTCTATCTAGTTGGAACTGTA
GTATGGAATCTATTTGCAACCGGGGAGCGAGTCTTTGATTAAATACTATTCCATAAAGTATTCTTGATCCTCCTTCATCAGTTAAGAAAGATTCCAAACACAAAGGAGAAAGGAGAGCAATGCTTATCCTGCTTGCATATCCTAACATGTACACTAGACGAAATCATCAATTCATGTTCTGGAATGGAGATGGAGGGATC
TGTACGTTCTTAATACTCCATGAAATTTATACTTTTGTCTGATTGAGATTAAATGCTTCATTGCCCAAAGGATGTTATTTATGGCCCGTAAAAATAGTTTATAAGATGCCCAAGTGAGGCATACAGTTTTCTTATATGTGAGTTACACGACATGGCAAGTTCATCAAGTAGTCATGAGCATATTTGCAATTGATACACGT
ACAACATGTGTTCAAAACAAAGATGGACTTTAAATAGTATGTTCGAACAGTTGCAATGACCAGACTAACAAGCTTTCAAGTCCGAAGAAGATCTATTTTCCAGTCCCGTTGGTAGTCGAGACCATGGTTCGGCTGTTTATTTAATTGATACAACATGGATTTCAATATTATTGATAAATCTAACCATCGATGTATATTAA
TATTTCAAAATTCTAGTTTGTGAAGTGAAGAGCTTTATATGAGTAGGAAAAAAGCTAATAGATTAAGTAATTTTGGCCTCTTTTTCTACAATATATTTTCTCACGGTGCATTAACATGGGAGTTCATGTAGCATTCAATGGCTTTTAGATGTGTTCACAGATGGACTTCCTAAAAATGCTTCATAGGACATTATCTTTGT
AAATATTAATTAAC

Intron 3 GTTTGTATTT ... GATTTTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	22.22	42	6.5	12
A2	25.92	27	10.7	9.5
A3	24.02	46	9.3	14.5
A4	14.29	24	6	4
A5	35.29	11	1.1	6
A6	17.14	80	15.3	16.5
A7	19.31	90	15.1	21.5
A8	18.48	103	15.3	23.4
A9	16.23	105	20.2	20.4
A10	15.95	74.2	9.3	14.1

>TRINITY_DN129100_c1_g1_i20 from sample A1 / Example spliced isoform

TGAAGGCGGAGGGAAGGAGAACGATCCGGCAGGAAGGAAGGGGTGTCTATTAAAAGGAAATCGCCATCATGGCGAAGGGGTGGAACTCCTCGTTGTTTCTTTGTATGGGGAGGGTGTTAATCATAGCAGATACGTTGAATGTTTGGCGTAGAGCCATGAGGAGGGAAGAACCCGGTGCTTGGGGAAAAGACCCCATTGGA
GGTTTCATATATGGCAGATTATGTATTAGGTTGGAGGTTGGGGGGAGGATGGTTAAGTCTATCTACTATATGGCGTAGAGGGCGTTACTTTTTGGCTGCGCATGCATTGGGAGGGTTGAATGTATGGAGGAGGACTGCTGGAGCATGCGCAAAGGCTTGGAGAGGGGCGCCATTATGAAAGGAGGAATTACTGGAGCAGG
CGCAGAGGCTTGGAAAGGGGGCGTCGTTATGGAGGAAAACTGTGTGGAGATGGGAGATAGCACGAACTATGGAGGTGGAGAGTATAGTCTCCATCTTTCGAGGAGAAAATTCGAAAAGAAACTGGTCTCCGTATTTTCTTGGTAGAGAAATAAGTGGCCTTCATCTTCTGGGTGGAGACGAAGTAGCAGCTTGGGATTTT
TGATTGATTCCTGTCGTGAACAACATCTCTGGAAAATACCAGGTCTTAAAATTTAACCTCACGGAATCTGGAATATTTTGTGTTTTACCTTGGCTTACTATGGCCTTGAGTGCTAATTTGGGAGGATGGATAGCTGACACTCTTGTGAGTAAGGGAGTATCAATCACAACAGTTCGCAAGGTTATGCAGTCAATTGGCTT
TCTTGGACCAGCCTTTTTTTTAACACAACTGAGCCATGTCCGATCTCCAGCAATGGCAGTTTTGTGCATGACATGCAGCCAAGGATGCGATGCTTTTTCTCAGTCTGGTCTTTATTCTAATCATCAGGATATTGGTCCACGCTATGCAGGTGTATTGCTTGGGCTGTCAAACACGGCAGGAGTACTAGCTGGCGTTTTTG
GAACTGCAGTAACTGGTTACATTCTACAAAATGGTTCTTGGGATGACGTATTCAAGGTTGCAGTTGGTCTCTATCTAGTTGGAACTGTAGTATGGAATCTATTTGCAACCGGGGAGCGAGTCTTTGATTAAATACTATTCCATAAAGTATTCTTGATCCTCCTTCATCAGTTAAGAAAGGTAATACGGCCAACATCAAAA
CAAGGTACAGAGAGTGAGGGGACCTCTGAGTCATAGTGACCTCTTTCGAGTATACCAAATAGATCTGTCGAATAATTCTTATGTTGGAAATGCAATGGTGTCCATTAGTACTTAATAGAAGGAAAGAACAGACAGAGACAATACTGCGAAAATTTATGATTATGCCAACTTTTTATTTTCCATCCGCAACGAGACAGGAG
AAGTGCAAACACTACTAGAGTAACGGATGGGCCATCAGTACAGCATTGAACTGGTTTCCGTAATCTTTCCAATTATGCATGAACAGTGAGTTCTGTGATAATGAATTCAATTTAGATCGCCATCTGAGTAGAGAGAAGTGTCAAGGTATATAATTATAGGGGTTTAATGATGATGGATCTTTATTGTACCGTTTGACTGG
TTTTCCATATTTTTCCCAGTGCTTGTTTCTGTCCAAAGATATATTTAAGAAGGATGCATTAAAAGTCCGAAAGGAAGTTCAATGGTCTAGATGATGCCCAAACAAAGATTATATCCAACACTTTTCACAAAGTAGCAGCAGGCTTAAATTTTATTATATTGAACGTGTGATTCCCTCCATTGCCATTTCATTGCAGATTC
CAAACACAAAGGAGAAA

>TRINITY_DN129100_c1_g1_i10 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TGGTTACATTCTACAAAATGgtttgtatttataagatgaaaaatcgtttctgtaccgtttatgaggaagtaagaagttacccatcttttctaatcaagatgtgatttatataaaaatatttcctgatgatgctctgttattagactttcaactggtcatgtaagtcagataagaagatttacaattttatttttctttct
gattttacagGTTCTTGGGATGACGTATTCAAGGTTGCAGTTGGTCTCTATCTAGTTGGAACTGTAGTATGGAATCTATTTGCAACCGGGGAGCGAGTCTTTGATTAAATACTATTCCATAAAGTATTCTTGATCCTCCTTCATCAGTTAAGAAAGATTCCAAACACAAAGGAGAAAGGAGAGCAATGCTTATCCTGCTT
GCA