sp|Q9LE82|RAGP1_ARATH ----> RAN GTPase-activating protein 1

Intron 1 GCTAGGCTTA ... GTCACCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	66.67	17	40	28
A2	50	8	8	8
A3	67.09	13	25	28
A4	60	15	17	28
A5	68.75	5	15	7
A6	48.28	15	12	16
A7	66.67	13	30	22
A8	66.67	6	13	11
A9	65.52	20	44	32
A10	77.27	5	19	15

>TRINITY_DN109443_c0_g2_i1 from sample A2 / Example spliced isoform

CGAACGGGGAAAAACCCAACGCGGATAAAACCCAGAGAGGATATACAATTGCGCTTTGGATGGAAAATTTTGTTATCAGCGGGGACTTTGCCGAATTGTAATTCTGAGACTCACAAATGGCCTCCTCGCTCTCTAATCTTCACCAAAATCGAGTAACATCATATTGGCTATGCATTTCTCCACAGTGCATTGGGGTCCTC
TCACTCTGCTCATTTTGGAGGAAGAGTATTCAGTCCTCTGCATCCAAATTATTTAGCCCGAGGTCATGTGAAAGCAAGATTCTGGGCAGTGAGAGCTGTTAGTAGCAGACAGGGCAGACAAAATTTCTACTATCAGCCGGAGAGCATGAAGGCTGTCTCCCCAACTCCCAGTGGCAAATTCATTGGATTTGTTGTAGGTG
CTGGGCTGGTCTTGGCTGTTGTTTTCGCTTTGTTTAAGCTCACGGGTTCATTGTTCAATGCTGCAACCTCCAATATGGCCTCCACTGGTATTGACTTGCCATTTTCGGCTGGAAGTAATAAACTACAGCGACAATCAAGGGACCGTCTCAGTGATTTTGCAAGAGAACTTCGCTTGCTCCGGAGTGCTGATATGTCAGGC
CGCAATTTTGGTGACGAGGGACTAATATTTTTGTCTGAAGGTTTAGCTTTCAATCAGACCGCAGAAGAGGTAGATTTTTCAGCAAATGGCATAACAGCGGTGGGTTTGAAAGCACTTTCGGACGTTTTACCTTTAAATGGATTTTTAAAGGCGCTCAATCTCTCTGGCAATCCAGTTGGTGACGAAGGAGCTAAGGATAT
TTCGATTATGCTAGAGAAGAACAGAGGTCTCCTGAAGCTTCAGCTGAACAGTGCTAATATTGGAGATGAGGGTGCTAAGGCTCTTGCAGAGATGCTGAAAAAGAATAGCTGCTTATCAGTCATAGAGCTCAACAACAACATGATTGATTATTCTGGATTTTCTGCTCTGGCTGAAGCTTTGATTGAAAATAAGACAATTC
GAGCTATACATTTGAATGGGAATTATGGTGGTGCTCTCGGAGCATCTGCTTTCGCAAAAGGACTTGAAGAGAACAAATCTTTGAGGGA

>TRINITY_DN109443_c0_g2_i5 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CGAACGGGGAAAAACCCAACGCGGATAAAACCCAGAGAGGATATACAATTGCGCTTTGGATGGAAAATTTTGTTATCAGCGGGGACTTTGCCGAATTGTAATTCTGAGACTCACAAATGGCCTCCTCGCTCTCTAATCTTCACCAAAATCGAGTAACATCATATTGGCTATGCATTTCTCCACAGgctaggcttaatggg
tatacattaaatagccaaacaatgagtttagtgctaaatcgtcaccacagTGCATTGGGGTCCTCTCACTCTGCTCATTTTGGAGGAAGAGTATTCAGTCCTCTGCATCCAAATTATTTAGCCCGAGGTCATGTGAAAGCAAGATTCTGGGCAGTGAGAGCTGTTAGTAGCAGACAGGGCAGACAAAATTTCTACTATCA
GCCGGAGAGCATGAAGGCTGTCTCCCCAACTCCCAGTGGCAAATTCATTGGATTTGTTGTAGGTGCTGGGCTGGTCTTGGCTGTTGTTTTCGGTATAATTTTTTACACCCCACTTCAGTGCGAGGCAGGGCACATATATATGAGAGATTTTCAATTTTAATTTGTTAGAATTCATTCTATTTGTATCAGTTTTTTCAGGT
CAATCTATTGGCGTGTCCACTCCTTGAGAGAGTTTACTCTATATAATAATTTATCCAATATTTCGCAAGGTGCAAATCCTGTGCAATTTACTTATTGAATATTCAAGCACGGACTCATCTAAACTTGGGTTTGATACGCACCTCGAGGTTGTGAAGATAGAGATTGCAAATCTCGAATTCCAACCTACCCCACTGTCATT
CAATACAGAGACACAAACACACAAAATGTGGATAGGTCCTTCCACCTCACGTGGGTTGTTGAGCGCCTAGCTTCTCTTGGTTCAGTTATTCACAGTTTCTTATGTTGGGTTAGAGTCACTGTTGATCTCTAGATCGCTAGAGTGGATTTGTAAGAGGAAATGGTTAGGTGAATGATTGCTATTTATTACACTGCTAATTT
CTCTCTTTTGGTCACAGCTTTGTTTAAGCTCACGGGTTCATTGTTCAATGCTGCAACCTCCAATATGGCCTCCACTGGTATTGACTTGCCATTTTCGGCTGGAAGTAATAAACTACAGCGACAATCAAGGGACCGTCTCAGTGATTTTGCAAGAGAACTTCGCTTGCTCCGGAGTGCTGATATGTCAGGCCGCAATTTTG
GTGACGAGGGACTAATATTTTTGTCTGAAGGTTTAGCTTTCAATCAGACCGCAGAAGAGGTAGATTTTTCAGCAAATGGCATAACAGCGGTGGGTTTGAAAGCACTTTCGGACGTTTTACCTTTAAATGGATTTTTAAAGGCGCTCAATCTCTCTGGCAATCCAGTTGGTGACGAAGGAGCTAAGGATATTTCGATTATG
CTAGAGAAGAACAGAGGTCTCCTGAAGCTTCAGCTGAACAGTGCTAATATTGGAGATGAGGGTGCTAAGGCTCTTGCAGAGATGCTGAAAAAGAATAGCTGCTTATCAGTCATAGAGCTCAACAACAACATGATTGATTATTCTGGATTTTCTGCTCTGGCTGAAGCTTTGATTGAAAATAAGACAATTCGAGCTATACA
TTTGAATGGGAATTATGGTGGTGCTCTCGGAGCATCTGCTTTCGCAAAAGGACTTGAAGAGAACAAATCTTTGAGGGA

Intron 2 GTATAATTTT ... TTGGTCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	35.21	23	18	7
A2	37.04	17	12	8
A3	43.75	18	11	17
A4	33.33	15	6	9
A5	40.91	13	10	8
A6	39.13	14	8	10
A7	38.24	21	10	16
A8	61.9	4	4	9
A9	27.9	31	12	12
A10	17.14	29	8	4

>TRINITY_DN109443_c0_g2_i4 from sample A2 / Example spliced isoform

CGAACGGGGAAAAACCCAACGCGGATAAAACCCAGAGAGGATATACAATTGCGCTTTGGATGGAAAATTTTGTTATCAGCGGGGACTTTGCCGAATTGTAATTCTGAGACTCACAAATGGCCTCCTCGCTCTCTAATCTTCACCAAAATCGAGTAACATCATATTGGCTATGCATTTCTCCACAGGCTAGGCTTAATGGG
TATACATTAAATAGCCAAACAATGAGTTTAGTGCTAAATCGTCACCACAGTGCATTGGGGTCCTCTCACTCTGCTCATTTTGGAGGAAGAGTATTCAGTCCTCTGCATCCAAATTATTTAGCCCGAGGTCATGTGAAAGCAAGATTCTGGGCAGTGAGAGCTGTTAGTAGCAGACAGGGCAGACAAAATTTCTACTATCA
GCCGGAGAGCATGAAGGCTGTCTCCCCAACTCCCAGTGGCAAATTCATTGGATTTGTTGTAGGTGCTGGGCTGGTCTTGGCTGTTGTTTTCGCTTTGTTTAAGCTCACGGGTTCATTGTTCAATGCTGCAACCTCCAATATGGCCTCCACTGGTATTGACTTGCCATTTTCGGCTGGAAGTAATAAACTACAGCGACAAT
CAAGGGACCGTCTCAGTGATTTTGCAAGAGAACTTCGCTTGCTCCGGAGTGCTGATATGTCAGGCCGCAATTTTGGTGACGAGGGACTAATATTTTTGTCTGAAGGTTTAGCTTTCAATCAGACCGCAGAAGAGGTAGATTTTTCAGCAAATGGCATAACAGCGGTGGGTTTGAAAGCACTTTCGGACGTTTTACCTTTA
AATGGATTTTTAAAGGCGCTCAATCTCTCTGGCAATCCAGTTGGTGACGAAGGAGCTAAGGATATTTCGATTATGCTAGAGAAGAACAGAGGTCTCCTGAAGCTTCAGCTGAACAGTGCTAATATTGGAGATGAGGGTGCTAAGGCTCTTGCAGAGATGCTGAAAAAGAATAGCTGCTTATCAGTCATAGAGCTCAACAA
CAACATGATTGATTATTCTGGATTTTCTGCTCTGGCTGAAGCTTTGATTGAAAATAAGACAATTCGAGCTATACATTTGAATGGGAATTATGGTGGTGCTCTCGGAGCATCTGCTTTCGCAAAAGGACTTGAAGAGAACAAATCTTTGAGGGA

>TRINITY_DN109443_c0_g2_i5 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CGAACGGGGAAAAACCCAACGCGGATAAAACCCAGAGAGGATATACAATTGCGCTTTGGATGGAAAATTTTGTTATCAGCGGGGACTTTGCCGAATTGTAATTCTGAGACTCACAAATGGCCTCCTCGCTCTCTAATCTTCACCAAAATCGAGTAACATCATATTGGCTATGCATTTCTCCACAGGCTAGGCTTAATGGG
TATACATTAAATAGCCAAACAATGAGTTTAGTGCTAAATCGTCACCACAGTGCATTGGGGTCCTCTCACTCTGCTCATTTTGGAGGAAGAGTATTCAGTCCTCTGCATCCAAATTATTTAGCCCGAGGTCATGTGAAAGCAAGATTCTGGGCAGTGAGAGCTGTTAGTAGCAGACAGGGCAGACAAAATTTCTACTATCA
GCCGGAGAGCATGAAGGCTGTCTCCCCAACTCCCAGTGGCAAATTCATTGGATTTGTTGTAGGTGCTGGGCTGGTCTTGGCTGTTGTTTTCGgtataattttttacaccccacttcagtgcgaggcagggcacatatatatgagagattttcaattttaatttgttagaattcattctatttgtatcagttttttcaggt
caatctattggcgtgtccactccttgagagagtttactctatataataatttatccaatatttcgcaaggtgcaaatcctgtgcaatttacttattgaatattcaagcacggactcatctaaacttgggtttgatacgcacctcgaggttgtgaagatagagattgcaaatctcgaattccaacctaccccactgtcatt
caatacagagacacaaacacacaaaatgtggataggtccttccacctcacgtgggttgttgagcgcctagcttctcttggttcagttattcacagtttcttatgttgggttagagtcactgttgatctctagatcgctagagtggatttgtaagaggaaatggttaggtgaatgattgctatttattacactgctaattt
ctctcttttggtcacagCTTTGTTTAAGCTCACGGGTTCATTGTTCAATGCTGCAACCTCCAATATGGCCTCCACTGGTATTGACTTGCCATTTTCGGCTGGAAGTAATAAACTACAGCGACAATCAAGGGACCGTCTCAGTGATTTTGCAAGAGAACTTCGCTTGCTCCGGAGTGCTGATATGTCAGGCCGCAATTTTG
GTGACGAGGGACTAATATTTTTGTCTGAAGGTTTAGCTTTCAATCAGACCGCAGAAGAGGTAGATTTTTCAGCAAATGGCATAACAGCGGTGGGTTTGAAAGCACTTTCGGACGTTTTACCTTTAAATGGATTTTTAAAGGCGCTCAATCTCTCTGGCAATCCAGTTGGTGACGAAGGAGCTAAGGATATTTCGATTATG
CTAGAGAAGAACAGAGGTCTCCTGAAGCTTCAGCTGAACAGTGCTAATATTGGAGATGAGGGTGCTAAGGCTCTTGCAGAGATGCTGAAAAAGAATAGCTGCTTATCAGTCATAGAGCTCAACAACAACATGATTGATTATTCTGGATTTTCTGCTCTGGCTGAAGCTTTGATTGAAAATAAGACAATTCGAGCTATACA
TTTGAATGGGAATTATGGTGGTGCTCTCGGAGCATCTGCTTTCGCAAAAGGACTTGAAGAGAACAAATCTTTGAGGGA