sp|Q6L4L4|SIZ1_ORYSJ ----> E3 SUMO-protein ligase SIZ1
Intron 1 GTAACTAATT ... ACATTTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 67.44 | 14 | 31 | 27 |
| A2 | 61.29 | 12 | 12 | 26 |
| A3 | 58.44 | 16 | 23 | 22 |
| A4 | 63.11 | 19 | 35 | 30 |
| A5 | 85 | 3 | 17 | 17 |
| A6 | 59.52 | 17 | 25 | 25 |
| A7 | 73.08 | 14 | 40 | 36 |
| A8 | 60.66 | 24 | 43 | 31 |
| A9 | 54.17 | 33 | 28 | 50 |
| A10 | 55.56 | 28 | 33 | 37 |
>TRINITY_DN110874_c0_g1_i3 from sample A3 / Example spliced isoformTAAACCTCAAAAAAAAAAAGAGAGAGTAAAGTGGGAAGCATTTAGCTTTCTACAATCGTTCCTTGTGGCTCTCCTCCATTCCGTCTCAAGTTCGCCGTCTCTCTCTTTCTGCGTGGACGGGGTTGAGGGAGAGGAAGAAGTTACGCGTAAAATCAAGTCAAGGAATATTATTCAGAAAACAAGCAAAGGTGGAAGGATCG
ATCCCTGACGTGCAAGCACCAGATCATCTCAAGTTTTGGCCTACGCAGCTGGTTGTTGTGGGAGATATTGTAGGGTTCTTCCACCGGTGAAATTCGATGGATCAGTGGTGTTTATTTACGGTATGTCGTAGGGTGCCCTAAAATTGGTTTGAACAATTCGAATTGGGAGGGGGGTTTTGCGACCCTTTCACCGAGGGACT
CTGAGCTACATATAGCTAATTGGGCTCGGGAGGGATATGCAGAGGGGCACAAGATAGCGGCCATGGACAGTCTCGTCTCTCGCTATCAGAAAAAACTTGAAACCTTCCGCATCAAAGAGCTAAAAGATGTTCTGGGTAACATTGGCATAGCAAAGCAGGGGAAGAAGCAGGTGCTTTTGGAGAGAATAATAGCAGTGCTC
TCTGCAAGTGATCAACAAGGGTATAAATCCAATGGGTTTGGAAAGAAGCATTCTATAGGCAGGGAGGAGGTTGCAAAAGTCATTGATAACATTTTCAGTAAAAGAAACGGATCTGTGACTCCTGAGCTCAGTTCAAAAAACCAAAATGGCCAAATTTCACATGCTCATTTTCAAGCAGATGAATTTCAGGAGCCTGCTGT
ACCAGAAGCCAAGACCCGCTGCCCTTGTGGAAGCTCAGTGGACGTTGATACAATGATTCAATGTGACGACAAAAAGTGTGGCGTTTGGCAACATTTGGCTTGTGTTATAATTCCTGAAAAGCCAGTTGAAAATTTCCAGCCAGAGATTCCCTCGCAATACTACTGTGAAGTGTGCCGCATCAACCGTGGTGATCCGTTTT
GTGTGACAATGGCACAACCTTTGAATCCTACAAAGCTCACAACTTCTATCATGACGGCAGATGGACCAAGCCAGTTGCAGAATGTGGAGAAAGCCTTTGTATTGACAAAGGCAGACAAGGACTTATTGCAGAAACCTGGTTATGATCTTCAGGCCTGGTGCCTTCTTCTGAATGATAAAGTTCCCTTTAGGATGCACTGG
CCACAATATGCTGATCTGCGGGTAAATGGGATGGCAGTGTGGGTGACAAACAGACAGGGTCCTCAGTTGCTGGGAATCAATGGCCGTGATGATGGTCCTGGGATCACAGCATGGACTAGTGAAGGAACTAATAAAATATCACTCTCAGCATATGATGCCCGTCCTTTCTGCTTGGGAGTAAGAATCATCCATCGCCGGAC
AGTTCAACAGGTGTTGAGCTTGGTGACAAGTCAATCAGAAGGAGAACTATTTGAAGAATCCCTTGGACGTGTTAAGCGTTGTGTTGGAGGTGGTGCATCTCTAGGGAATTCAGATGATAGTGATAGTGATTTAGAAGTGGTAGCAGAATCTGTTTCAATGAATCTTCGCTGCCCTCTAAGTGGATCACGTATAAAGGTTG
CTGGAAGGTTCAAACCTTGCATTCATATGGGGTGTTTTGACATCAACACTTTTGTAGAACTCAACCAGCGTGCACGGAAGTGGCAGTGTCCAATATGTATGAAGAATTATTCATTGGAGGACATTTTAATTGACCCATATTTCAATTGCATTACATCACATATAAAAAACTACCCCGAGGATGTAACTGAAGTTGAAGTG
AAACCGGATGGCTGTTGGCGTCCAAAACATGATGGTGAAAACAAGTTACATGAGGATTGGAGATTGCCTGATGGATCCATCAATATGAAAAGTCAAGATATCAAGAATCAGAATGTAATTTTGAAACAGGTAAAGCAGGACCCTTGGAAAAAGGTAAAGCAGGAGGATGTCTTATCAGAAGGGCGTATGACATTGAAAAT
TGGAATCAAGAGGAATCAAGATGGTTCCTGGAAAGTGAGTGGTGCAGATATTCAACCTTCTGAAGCGAACAATATGTCTAAAGAAATTGGTAAGCAGAAATTCAAAGCCATGCTTCATAGCAGCAGCAGCGCAACTGCTAGCAACAGAGTTGATGAAGATGCAAGTGTTAACCAAGAAGCAAGTTGGAACCTGGAATTTT
CAGAAAATAATGATGCTGACTTTGATTCCACATCTTTAGGCAATGCCTGCCCTCCATGTAAATCTGGCAGGCTTGTTCATTCACAGGCCCATAAAGAGTCTGAAGTTGTAGTTCTAAGTGATTCAGAAGAGGAGAATGGGGATGAACTAAACATTGGTTCGTCAGCTACATCGGCATTTGTGGGTTCAGATAATCTTGGT
CCAGGTGGATCATTAATGTTAAATTGTCAAGAAGTTTTACCAGAGGGTGCACAGGTTGATAGCAGTCATATTCCATTCATTCCTGCTAGTTCATCTAGACCTCGGAATTCCTTTTGCAAAAATTCACTCCATGATAATGTGAATCCTTCCCTTGAATTATTTGTGGGAAATGGTGGTGGTGATTCAACTTTACCACATTG
GCCAGTGCATTCTCAGGATGCAACATTCACCTTGTTTGGAACAGATGCAGATGTTCCTGATGCCACTGGAAACTCATGGCATGATTCTGCGGTACACCCTTCACCTTTCAATACATATAGCATGGATCAACAACAACACCAAGAACAACAAGACAACAGGTTGTTTGGGTCAAGAATTTCTGAATATAGACAGCCCTTGG
ATTGCTCTCCAGGTTATTTGAATACAGCAGCTAGTGATGATCAAAATGACAACTCAAGGGATATTGGAACTGCAAATGTTCCGCTGCAGTTCTTTCTTCCACCCCAGCCAGCTCGAGAATCTGCTCAGGGTGATAGAAGGGAACCAAGGGAGCCATCTATTACTCCTGATGATGTTGTTGAGACCAATTGGATTTCGCTT
GGCTTAGGTGGTGGCAATACATTGGCTGAAACACACACCCAGGAGCGTGTTGAAGAAATGCATGATAGGCCACAGTCTGAACATGAGAGAGGGGGACTGGACTCCTTAGCTAACACAGCTTCTGTGCTTCTGAATATGAGCAACAATAAAGCTCAAAAAGCATCAACCAATAATTGTGGGTCTGCACGCCTATTCTCTTA
TCATCAACGGCCACGATCAGCTCGTCCAAGGTTATATCTTCCAGTCGAATCTGATTCTGATTAAATGGAGCTCCTGTAATATATGAAGCAACTCTAGTCATGTATAAAATTTTGATATTGAGGTCATCAGCTTGTCCATGAGTCAGGAACGACTGCAGTCTTATCACAATTTTGTCTCGGGAGTTAGTAAAATGCATTGG
GCAATGCATAACAATGCAATGCTGCAGCAACTTTAATTCCAAAAGTTACTTTGTCAGTGAGTTTTGTGCTCTGGGCATGGCCAAATGATGTATAAGACAAATCTTTATGAGATGTGAAGCAAGAGAGTAGATGGTATCTGTATATACAATGTATAATTAGATCCGTCCTATCATTGGATGCTGGCTCTTAGCTGTAGCTT
TTGCATGTAAACCTAATTCAGACTGTTGGCAATATTTGGTAAAGACCAGTCTCATGCACGACTCTAAATTTAAGTCGGTTCATGGATCCAAGTAATCCTAATCATGGTGTTTTGAGACCATGTTGCTTGCTGCAACCATGGTTTTCATTATAGTTTCATGGCAGGTACATTCTCTGCTTGTGACAGTTAACAACATATTA
GATTGGACAAAATTTGTGGACAAGCATCAGATCAACTGTTATCTAGCTCGATAACCTGGTCTATACTCTTGCTTGAGACAGGTGACCCTAATCAGTTTTTACTTTGATTCGAGTTTGGGTGACTTGAATTTTGAATCTTGTATGGTACTGTTCTTTGTCAAGCAGTGCTCATGTACTGGATCTGATAGTCACATGTTAGT
CAGATGAACTTTTGAACTGAAATTGAGCTTTCAACTGGCCAGGCCAATCAGATATTGAGGATGTGGGAACCCACGCTCTATCAATATGGAATGGACCAATGATATGGGTTATCTCTATACATGCTTTGCCATGATTACTTATTCTACGGACCAAGGATTTGGTTGAACTTTGAAGCTATTGTTGCTGACCTTGGATGGAT
CACCCCTTATCCCATTCAGTTTTGTTGTTGTAATCATATTTCTGAGTGGAGTTGTGCTGAAACTGACAAGTTACTAATCTGATTTCCCTTGTTTATTGGTATTCTTTCAATTCATTTCAGTTGAACTTGAACAGTGGATCATATCCCAAAAGAACATCATAATGGTGTTCATTAAGCACCAGATTGCTGGTATGACTTGC
ATGCCAGGTTATTAGTGGTGGCAAAGCAATGTACCATGTAAAATATTCATTGATACTAGTTAATATTTGAATTGTGCCATGATCTTAGTGTCTTTCCTTAGTATTAAAAAA
>TRINITY_DN110874_c0_g1_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:TAAACCTCAAAAAAAAAAAGAGAGAGTAAAGTGGGAAGCATTTAGCTTTCTACAATCGTTCCTTGTGGCTCTCCTCCATTCCGTCTCAAGTTCGCCGTCTCTCTCTTTCTGCGTGGACGGGGTTGAGGGAGAGGAAGAAGTTACGCGTAAAATCAAGTCAAGGAATATTATTCAGAAAACAAGCAAAGGTGGAAGGATCG
ATCCCTGACGTGCAAGCACCAGATCATCTCAAGTTTTGGCCTACGCAGCTGGTTGTTGTGGGAGATATTGTAGGGTTCTTCCACCGGTGAAATTCGATGGATCAGTGGTGTTTATTTACGGTATGTCGTAGGGTGCCCTAAAATTGGTTTGAACAATTCGAATTGGGAGGGGGGTTTTGCGACCCTTTCACCGAGGGACT
CTGAGCTACATATAGCTAATTGGGCTCGGGAGGGATATGCAGAGGGGCACAAGATAGCGGCCATGGACAGTCTCGTCTCTCGCTATCAGAAAAAACTTGAAACCTTCCGCATCAAAGAGCTAAAAGATGTTCTGGGTAACATTGGCATAGCAAAGCAGGGGAAGAAGCAGGTGCTTTTGGAGAGAATAATAGCAGTGCTC
TCTGCAAGTGATCAACAAGGGTATAAATCCAATGGGTTTGGAAAGAAGCATTCTATAGGCAGGGAGGAGGTTGCAAAAGTCATTGATAACATTTTCAGTAAAAGAAACGGATCTGTGACTCCTGAGCTCAGTTCAAAAAACCAAAATGGCCAAATTTCACATGCTCATTTTCAAGCAGATGAATTTCAGGAGCCTGCTGT
ACCAGAAGCCAAGACCCGCTGCCCTTGTGGAAGCTCAGTGGACGTTGATACAATGATTCAATGTGACGACAAAAAGTGTGGCGTTTGGCAACATTTGGCTTGTGTTATAATTCCTGAAAAGCCAGTTGAAAATTTCCAGCCAGAGATTCCCTCGCAATACTACTGTGAAGTGTGCCGCATCAACCGTGGTGATCCGTTTT
GTGTGACAATGGCACAACCTTTGAATCCTACAAAGCTCACAACTTCTATCATGACGGCAGATGGACCAAGCCAGTTGCAGAATGTGGAGAAAGCCTTTGTATTGACAAAGGCAGACAAGGACTTATTGCAGAAACCTGGTTATGATCTTCAGGCCTGGTGCCTTCTTCTGAATGATAAAGTTCCCTTTAGGATGCACTGG
CCACAATATGCTGATCTGCGGGTAAATGGGATGGCAGTGTGGGTGACAAACAGACAGGGTCCTCAGTTGCTGGGAATCAATGGCCGTGATGATGGTCCTGGGATCACAGCATGGACTAGTGAAGGAACTAATAAAATATCACTCTCAGCATATGATGCCCGTCCTTTCTGCTTGGGAGTAAGAATCATCCATCGCCGGAC
AGTTCAACAGGTGTTGAGCTTGGTGACAAGTCAATCAGAAGGAGAACTATTTGAAGAATCCCTTGGACGTGTTAAGCGTTGTGTTGGAGGTGGTGCATCTCTAGGGAATTCAGATGATAGTGATAGTGATTTAGAAGTGGTAGCAGAATCTGTTTCAATGAATCTTCGCTGCCCTCTAAGTGGATCACGTATAAAGGTTG
CTGGAAGGTTCAAACCTTGCATTCATATGGGGTGTTTTGACATCAACACTTTTGTAGAACTCAACCAGCGTGCACGGAAGTGGCAGTGTCCAATATGTATGAAGAATTATTCATTGGAGGACATTTTAATTGACCCATATTTCAATTGCATTACATCACATATAAAAAACTACCCCGAGGATGTAACTGAAGTTGAAGTG
AAACCGGATGGCTGTTGGCGTCCAAAACATGATGGTGAAAACAAGTTACATGAGGATTGGAGATTGCCTGATGGATCCATCAATATGAAAAGTCAAGATATCAAGAATCAGAATGTAATTTTGAAACAGGTAAAGCAGGACCCTTGGAAAAAGGTAAAGCAGGAGGATGTCTTATCAGAAGGGCGTATGACATTGAAAAT
TGGAATCAAGAGGAATCAAGATGGTTCCTGGAAAGTGAGTGGTGCAGATATTCAACCTTCTGAAGCGAACAATATGTCTAAAGAAATTGGTAAGCAGAAATTCAAAGCCATGCTTCATAGCAGCAGCAGCGCAACTGCTAGCAACAGAGTTGATGAAGATGCAAGTGTTAACCAAGAAGCAAGTTGGAACCTGGAATTTT
CAGAAAATAATGATGCTGACTTTGATTCCACATCTTTAGGCAATGCCTGCCCTCCATGTAAATCTGGCAGGCTTGTTCATTCACAGGCCCATAAAGAGTCTGAAGTTGTAGTTCTAAGTGATTCAGAAGAGGAGAATGGGGATGAACTAAACATTGGTTCGTCAGCTACATCGGCATTTGTGGGTTCAGATAATCTTGGT
CCAGGTGGATCATTAATGTTAAATTGTCAAGAAGTTTTACCAGAGGGTGCACAGGTTGATAGCAGTCATATTCCATTCATTCCTGCTAGTTCATCTAGACCTCGGAATTCCTTTTGCAAAAATTCACTCCATGATAATGTGAATCCTTCCCTTGAATTATTTGTGGGAAATGGTGGTGGTGATTCAACTTTACCACATTG
GCCAGTGCATTCTCAGGATGCAACATTCACCTTGTTTGGAACAGATGCAGATGTTCCTGATGCCACTGGAAACTCATGGCATGATTCTGCGGTACACCCTTCACCTTTCAATACATATAGCATGGATCAACAACAACACCAAGAACAACAAGACAACAGGTTGTTTGGGTCAAGAATTTCTGAATATAGACAGCCCTTGG
ATTGCTCTCCAGGTTATTTGAATACAGCAGCTAGTGATGATCAAAATGACAACTCAAGGGATATTGGAACTGCAAATGTTCCGCTGCAGTTCTTTCTTCCACCCCAGCCAGCTCGAGAATCTGCTCAGGGTGATAGAAGGGAACCAAGGGAGCCATCTATTACTCCTGATGATGTTGTTGAGACCAATTGGATTTCGCTT
GGCTTAGGTGGTGGCAATACATTGGCTGAAACACACACCCAGGAGCGTGTTGAAGAAATGCATGATAGGCCACAGTCTGAACATGAGAGAGGGGGACTGGACTCCTTAGCTAACACAGCTTCTGTGCTTCTGAATATGAGCAACAATAAAGCTCAAAAAGCATCAACCAATAATTGTGGGTCTGCACGCCTATTCTCTTA
TCATCAACGGCCACGATCAGCTCGTCCAAGGTTATATCTTCCAGTCGAATCTGATTCTGATTAAATGGAGCTCCTGTAATATATGAAGCAACTCTAGTCATGTATAAAATTTTGATATTGAGGTCATCAGCTTGTCCATGAGTCAGgtaactaatttatgttgttaatgattaaatttcccaccttggtcagaagtcatt
atatacatttgtagGAACGACTGCAGTCTTATCACAATTTTGTCTCGGGAGTTAGTAAAATGCATTGGGCAATGCATAACAATGCAATGCTGCAGCAACTTTAATTCCAAAAGTTACTTTGTCAGTGAGTTTTGTGCTCTGGGCATGGCCAAATGATGTATAAGACAAATCTTTATGAGATGTGAAGCAAGAGAGTAGAT
GGTATCTGTATATACAATGTATAATTAGATCCGTCCTATCATTGGATGCTGGCTCTTAGCTGTAGCTTTTGCATGTAAACCTAATTCAGACTGTTGGCAATATTTGGTAAAGACCAGTCTCATGCACGACTCTAAATTTAAGTCGGTTCATGGATCCAAGTAATCCTAATCATGGTGTTTTGAGACCATGTTGCTTGCTG
CAACCATGGTTTTCATTATAGTTTCATGGCAGGTACATTCTCTGCTTGTGACAGTTAACAACATATTAGATTGGACAAAATTTGTGGACAAGCATCAGATCAACTGTTATCTAGCTCGATAACCTGGTCTATACTCTTGCTTGAGACAGGTGACCCTAATCAGTTTTTACTTTGATTCGAGTTTGGGTGACTTGAATTTT
GAATCTTGTATGGTACTGTTCTTTGTCAAGCAGTGCTCATGTACTGGATCTGATAGTCACATGTTAGTCAGATGAACTTTTGAACTGAAATTGAGCTTTCAACTGGCCAGGCCAATCAGATATTGAGGATGTGGGAACCCACGCTCTATCAATATGGAATGGACCAATGATATGGGTTATCTCTATACATGCTTTGCCAT
GATTACTTATTCTACGGACCAAGGATTTGGTTGAACTTTGAAGCTATTGTTGCTGACCTTGGATGGATCACCCCTTATCCCATTCAGTTTTGTTGTTGTAATCATATTTCTGAGTGGAGTTGTGCTGAAACTGACAAGTTACTAATCTGATTTCCCTTGTTTATTGGTATTCTTTCAATTCATTTCAGTTGAACTTGAAC
AGTGGATCATATCCCAAAAGAACATCATAATGGTGTTCATTAAGCACCAGATTGCTGGTATGACTTGCATGCCAGGTTATTAGTGGTGGCAAAGCAATGTACCATGTAAAATATTCATTGATACTAGTTAATATTTGAATTGTGCCATGATCTTAGTGTCTTTCCTTAGTATTAAAAAA
Intron 2 GCCTGGTGCC ... AATGATAAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 58.62 | 30 | 43 | 42 |
| A2 | 55.93 | 26 | 35 | 31 |
| A3 | 57.73 | 41 | 56 | 56 |
| A4 | 52.11 | 28.5 | 31 | 31 |
| A5 | 51.11 | 11 | 13 | 10 |
| A6 | 40 | 6 | 6 | 2 |
| A7 | 64 | 9 | 15 | 17 |
| A8 | 50 | 4 | 4 | 4 |
| A9 | 55.56 | 18 | 20 | 25 |
| A10 | 61.7 | 18 | 29 | 29 |
>TRINITY_DN126984_c4_g1_i9 from sample A1 / Example spliced isoformAAAATTATAATGTTTGTTTGGATGTTTGTCTGACTTGACTTGTCTTTCAGGTTTTGTGTGACAATGGCACAACCTTTGAATCCTACAAAGCTCACAACTTCTATCATGACGGCAGATGGACCAAGCCAGTTGCAGAATGTGGAGAAAGCCTTTGTATTGACAAAGGCAGACAAGGACTTATTGCAGAAACCTGGTTATGA
TCTTCAGTTCCCTTTAGGATGCACTGGCCACAATATGCTGATCTGCGGGTAAATGGGATGGCAGTGTGGGTGACAAACAGACAGGGTCCTCAGTTGCTGGGAATCAATGGCCGTGATGATGGTCCTGGG
>TRINITY_DN126984_c4_g1_i8 from sample A1 / Example unspliced isoform:CATCATTGTTGACTAACTAAACCTCAAAAAAAAAAGAGAGAGTAAAGTGGGAAGCATTTAGCTTTCTACAATCGTTCCTTGTGGCTCTCCTCCATTCCGTCTCAAGTTCGCCGTCTCTCTCTTTCTGCGTGGACGGGGTTGAGGGAGAGGAAGAAGTTACGCGTAAAATCAAGTCAAGGAATATTATTCAGAAAACAAGC
AAAGGTGGAAGGATCGATCCCTGACGTGCAAGCACCAGATCATCTCAAGTTTTGGCCTACGCAGCTGGTTGTTGTGGGAGATATTGTAGGGTTCTTCCACCGGTGAAATTCGATGGATCAGTGGTGTTTATTTACGGTATGTCGTAGGGTGCCCTAAAATTGGTTTGAACAATTCGAATTGGGAGGGGGGTTTTGCGACC
CTTTCACCGAGGGACTCTGAGCTACATATAGCTAATTGGGCTCGGGAGGGATATGCAGAGGGGCACAAGATAGCGGCCATGGACAGTCTCGTCTCTCGCTATCAGAAAAAACTTGAAACCTTCCGCATCAAAGAGCTAAAAGATGTTCTGGGTAACATTGGCATAGCAAAGCAGGGGAAGAAGCAGGTGCTTTTGGAGAG
AATAATAGCAGTGCTCTCTGCAAGTGATCAACAAGGGTATAAATCCAATGGGTTTGGAAAGAAGCATTCTATAGGCAGGGAGGAGGTTGCAAAAGTCATTGATAACATTTTCAGTAAAAGAAACGGATCTGTGACTCCTGAGCTCAGTTCAAAAAACCAAAATGGCCAAATTTCACATGCTCATTTTCAAGCAGATGAAT
TTCAGGAGCCTGCTGTACCAGAAGCCAAGACCCGCTGCCCTTGTGGAAGCTCAGTGGACGTTGATACAATGATTCAATGTGACGACAAAAAGTGTGGCGTTTGGCAACATTTGGCTTGTGTTATAATTCCTGAAAAGCCAGTTGAAAATTTCCAGCCAGAGATTCCCTCGCAATACTACTGTGAAGTGTGCCGCATCAAC
CGTGGTGATCCGTTTTGTGTGACAATGGCACAACCTTTGAATCCTACAAAGCTCACAACTTCTATCATGACGGCAGATGGACCAAGCCAGTTGCAGAATGTGGAGAAAGCCTTTGTATTGACAAAGGCAGACAAGGACTTATTGCAGAAACCTGGTTATGATCTTCAGgcctggtgccttcttctgaatgataaagTTCC
CTTTAGGATGCACTGGCCACAATATGCTGATCTGCGGGTAAATGGGATGGCAGTGTGGGTGACAAACAGACAGGGTCCTCAGTTGCTGGGAATCAATGGCCGTGATGATGGTCCTGGGATCACAGCATGGACTAGTGAAGGAACTAATAAAATATCACTCTCAGCATATGATGCCCGTCCTTTCTGCTTGGGAGTAAGAA
TCATCCATCGCCGGACAGTTCAACAGGTGTTGAGCTTGGTGACAAGTCAATCAGAAGGAGAACTATTTGAAGAATCCCTTGGACGTGTTAAGCGTTGTGTTGGAGGTGGTGCATCTCTAGGGAATTCAGATGATAGTGATAGTGATTTAGAAGTGGTAGCAGAATCTGTTTCAATGAATCTTCGCTGCCCTCTAAGTGGA
TCACGTATAAAGGTTGCTGGAAGGTTCAAACCTTGCATTCATATGGGGTGTTTTGACATCAACACTTTTGTAGAACTCAACCAGCGTGCACGGAAGTGGCAGTGTCCAATATGTATGAAGAATTATTCATTGGAGGACATTTTAATTGACCCATATTTCAATTGCATTACATCACATATAAAAAACTACCCCGAGGATGT
AACTGAAGTTGAAGTGAAACCGGATGGCTGTTGGCGTCCAAAACATGATGGTGAAAACAAGTTACATGAGGATTGGAGATTGCCTGATGGATCCATCAATATGAAAAGTCAAGATATCAAGAATCAGAATGTAATTTTGAAACAGGTAAAGCAGGACCCTTGGAAAAAGGTAAAGCAGGAGGATGTCTTATCAGAAGGGC
GTATGACATTGAAAATTGGAATCAAGAGGAATCAAGATGGTTCCTGGAAAGTGAGTGGTGCAGATATTCAACCTTCTGAAGCGAACAATATGTCTAAAGAAATTGGTAAGCAGAAATTCAAAGCCATGCTTCATAGCAGCAGCAGCGCAACTGCTAGCAACAGAGTTGATGAAGATGCAAGTGTTAACCAAGAAGCAAGT
TGGAACCTGGAATTTTCAGAAAATAATGATGCTGACTTTGATTCCACATCTTTAGGCAATGCCTGCCCTCCATGTAAATCTGGCAGGCTTGTTCATTCACAGGCCCATAAAGAGTCTGAAGTTGTAGTTCTAAGTGATTCAGAAGAGGAGAATGGGGATGAACTAAACATTGGTTCGTCAGCTACATCGGCATTTGTGGG
TTCAGATAATCTTGGTCCAGGTGGATCATTAATGTTAAATTGTCAAGAAGTTTTACCAGAGGGTGCACAGGTTGATAGCAGTCATATTCCATTCATTCCTGCTAGTTCATCTAGACCTCGGAATTCCTTTTGCAAAAATTCACTCCATGATAATGTGAATCCTTCCCTTGAATTATTTGTGGGAAATGGTGGTGGTGATT
CAACTTTACCACATTGGCCAGTGCATGCTCAGGATGCAACATTCACCTTGTTTGGAACAGATGCAGATGTTCCTGATGCCACTGGAAACTCATGGCATGATTCTGCGGTACACCCTTCACCTTTCAATACATATAGCATGGATCAACAACAACACCAAGAACAACAAGACAACAGGTTGTTTGGGTCAAGAATTTCTGAA
TATAGACAGCCCTTGGATTGCTCTCCAGGTTATTTGAATACAGCAGCTAGTGATGATCAAAATGACAACTCAAGGGATATTGGAACTGCAAATGTTCCGCTGCAGTTCTTTCTTCCACCCCAGCCAGCTCGAGAATCTGCTCAGGGTGATAGAAGGGAACCAAGGGAGCCATCTATTACTCCTGATGATGTTGTTGAGAC
CAATTGGATTTCGCTTGGCTTAGGTGGTGGCAATACATTGGCTGAAACACACACCCAGGAGCGTGTTGAAGAAATGCATGATAGGCCACAGTCTGAACATGAGAGAGGGGGACTGGACTCCTTAGCTAACACAGCTTCTGTGCTTCTGAATATGAGCAACAATAAAGCTCAAAAAGCATCAACCAATAATTGTGGGTCTG
CACGCCTATTCTCTTATCATCAACGGCCACGATCAGCTCGTCCAAGGTTATATCTTCCAGTCGAATCTGATTCTGATTAAATGGAGCTCCTGTAATATATGAAGCAACTCTAGTCATGTATAAAATTTTGATATTGAGGTCATCAGCTTGTCCATGAGTCAGGTAACTAATTTATGTTGTTAATGATTAAATTTCCCACC
TTGGTCAGAAGTCATTATATACATTTGTAGGAACGACTGCAGTCTTATCACAATTTTGTCTCGGGAGTTAGTAAAATGCATTGGGCAATGCATAACAATGCAATGCTGCAGCAACTTTAATTCCAAAAGTTACTTTGTCAGTGAGTTTTGTGCTCTGGGCATGGCCAAATGATGTATAAGACAAATCTTTATGAGATGTG
AAGCAAGAGAGTAGATGGTATCTGTATATACAATGTATAATTAGATCCGTCCTATCATTGGATGCTGGCTCTTAGCTGTAGCTTTTGCATGTAAACCTAATTCAGACTGTTGGCAATATTTGGTAAAGACCAGTCTCATGCACGACTCTAAATTTAAGTCGGTTCATGGATCCAAGTAATCCTAATCATGGTGTTTTGAG
ACCATGTTGCTTGCTGCAACCATGGTTTTCATTATAGTTTCATGGCAGGTACATTCTCTGCTTGTGACAGTTAACAACATATTAGATTGGACAAAATTTGTGGACAAGCATCAGATCAACTGTTATCTAGCTCGATAACCTGGTCTATACTCTTGCTTGAGACAGGTGACCCTAATCAGTTTTTACTTTGATTCGAGTTT
GGGTGACTTGAATTTTGAATCTTGTATGGTACTGTTCTTTGTCAAGCAGTGCTCATGTACTGGATCTGATAGTCACATGTTAGTCAGATGAACTTTTGAACTGAAATTGAGCTTTCAACTGGCCAGGCCAATCAGATATTGAGGATGTGGGAACCCACGCTCTATCAATATGGAATGGACCAATGATATGGGTTATCTCT
ATACATGCTTTGCCATGATTACTTATTCTACGGACCAAGGATTTGGTTGAACTTTGAAGCTATTGTTGCTGACCTTGGATGGATCACCCCTTATCCCATTCAGTTTTGTTGTTGTAATCATATTTCTGAGTGGAGTTGTGCTGAAACTGACAAGTTACTAATCTGATTTCCCTTGTTTATTGGTATTCTTTCAATTCATT
TCAGTTGAACTTGAACAGTGGATCATATCCCAAAAGAACATCATAATGGTGTTCATTAAGCACCAGATTGCTGGTATGACTTGCATGCCAGGTTATTAGTGGTGGCAAAGCAATGTACCATGTAAAATATTCATTGATACTAGTTAATATTTGAATTGTGCCATGATCTTAGTGTCTTTCCTTAGTATTTAACTCTGTTA
TGTTATCTGTGATGGGAGGCCCT
Intron 3 GTAACTAATT ... ACGACTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 82.09 | 6 | 31 | 24 |
| A2 | 54.84 | 14 | 12 | 22 |
| A3 | 69.7 | 10 | 23 | 23 |
| A4 | 76.74 | 10 | 35 | 31 |
| A5 | 79.49 | 4 | 17 | 14 |
| A6 | 70.59 | 10 | 25 | 23 |
| A7 | 77.78 | 10 | 40 | 30 |
| A8 | 78.95 | 10 | 45 | 30 |
| A9 | 61.4 | 22 | 28 | 42 |
| A10 | 68.89 | 14 | 33 | 29 |
>TRINITY_DN45274_c0_g1_i5 from sample A10 / Example spliced isoformTCATCAGCTTGTCCATGAGTCAGTCTTATCACAATTTTGTCTCGGGAGTTAGTAAAATGCATTGGGCAATGCATAACAATGCAATGCTGCAGCAACTTTAATTCCAAAAGTTACTTTGTCAGTGAGTTTTGTGCTCTGGGCATGGCCAAATGATGTATAAGACAAATCTTTATGAGATGTGAAGCAAGAGAGTAGATGGT
ATCTGTATATACAATGTATAATTAGATCCGTCCTATCATTGGATGCTGGCTCTTAGCTGTAGCTTTTGCATGTAAACCTAATTCAGACTGTTGGCAATATTTGGTAAAGACCAGTCTCATGCACGACTCTAAATTTAAGTCGGTTCATGGATCCAAGTAATCCTAATCATGGTGTTTTGAGACCATGTTGCTTGCTGCAA
CCATGGTTTTCATTATAGTTTCATGGCAGGTACATTCTCTGCTTGTGACAGTTAACAACATATTAGATTGGACAAAATTTGTGGACAAGCATCAGATCAACTGTTATCTAGCTCGATAACCTGGTCTATACTCTTGCTTGAGACAGGTGACCCTAATCAGTTTTTACTTTGATTCGAGTTTGGGTGACTTGAATTTTGAA
TCTTGTATGGTACTGTTCTTTGTCAAGCAGTGCTCATGTACTGGATCTGATAGTCACATGTTAGTCAGATGAACTTTTGAACTGAAATTGAGCTTTCAACTGGCCAGGCCAATCAGATATTGAGGATGTGGGAACCCACGCTCTATCAATATGGAATGGACCAATGATATGGGTTATCTCTATACATGCTTTGCCATGAT
TACTTATTCTACGGACCAAGGATTTGGTTGAACTTTGAAGCTATTGTTGCTGACCTTGGATGGATCACCCCTTATCCCATTCAGTTTTGTTGTTGTAATCATATTTCTGAGTGGAGTTGTGCTGAAACTGACAAGTTACTAATCTGATTTCCCTTGTTTATTGGTATTCTTTCAATTCATTTCAGTTGAACTTGAACAGT
GGATCATATCCCAAAAGAACATCATAATGGTGTTCATTAAGCACCAGATTGCTGGTATGACTTGCATGCCAGGTTATTAGTGGTGGCAAAGCAATGTACCATGTAAAATATTCATTGATACTAGTTAATATTTGAATTGTGCCATGATCTTAGTGTCT
>TRINITY_DN45274_c0_g1_i7 from sample A10 / Example unspliced isoform:CTAAACCTCAAAAAAAAAAGAGAGAGTAAAGTGGGAAGCATTTAGCTTTCTACAATCGTTCCTTGTGGCTCTCCTCCATTCCGTCTCAAGTTCGCCGTCTCTCTCTTTCTGCGTGGACGGGGTTGAGGGAGAGGAAGAAGTTACGCGTAAAATCAAGTCAAGGAATATTATTCAGAAAACAAGCAAAGGTGGAAGGATCG
ATCCCTGACGTGCAAGCACCAGATCATCTCAAGTTTTGGCCTACGCAGCTGGTTGTTGTGGGAGATATTGTAGGGTTCTTCCACCGGTGAAATTCGATGGATCAGTGGTGTTTATTTACGGTATGTCGTAGGGTGCCCTAAAATTGGTTTGAACAATTCGAATTGGGAGGGGGGTTTTGCGACCCTTTCACCGAGGGACT
CTGAGCTACATATAGCTAATTGGGCTCGGGAGGGATATGCAGAGGGGCACAAGATAGCGGCCATGGACAGTCTCGTCTCTCGCTATCAGGTGCTTTTGGAGAGAATAATAGCAGTGCTCTCTGCAAGTGATCAACAAGGGTATAAATCCAATGGGTTTGGAAAGAAGCATTCTATAGGCAGGGAGGAGGTTGCAAAAGTC
ATTGATAACATTTTCAGTAAAAGAAACGGATCTGTGACTCCTGAGCTCAGTTCAAAAAACCAAAATGGCCAAATTTCACATGCTCATTTTCAAGCAGATGAATTTCAGGAGCCTGCTGTACCAGAAGCCAAGACCCGCTGCCCTTGTGGAAGCTCAGTGGACGTTGATACAATGATTCAATGTGACGACAAAAAGTGTGG
CGTTTGGCAACATTTGGCTTGTGTTATAATTCCTGAAAAGCCAGTTGAAAATTTCCAGCCAGAGATTCCCTCGCAATACTACTGTGAAGTGTGCCGCATCAACCGTGGTGATCCGTTTTGTGTGACAATGGCACAACCTTTGAATCCTACAAAGCTCACAACTTCTATCATGACGGCAGATGGACCAAGCCAGTTGCAGA
ATGTGGAGAAAGCCTTTGTATTGACAAAGGCAGACAAGGACTTATTGCAGAAACCTGGTTATGATCTTCAGGCCTGGTGCCTTCTTCTGAATGATAAAGTTCCCTTTAGGATGCACTGGCCACAATATGCTGATCTGCGGGTAAATGGGATGGCAGTGTGGGTGACAAACAGACAGGGTCCTCAGTTGCTGGGAATCAAT
GGCCGTGATGATGGTCCTGGGATCACAGCATGGACTAGTGAAGGAACTAATAAAATATCACTCTCAGCATATGATGCCCGTCCTTTCTGCTTGGGAGTAAGAATCATCCATCGCCGGACAGTTCAACAGGTGTTGAGCTTGGTGACAAGTCAATCAGAAGGAGAACTATTTGAAGAATCCCTTGGACGTGTTAAGCGTTG
TGTTGGAGGTGGTGCATCTCTAGGGAATTCAGATGATAGTGATAGTGATTTAGAAGTGGTAGCAGAATCTGTTTCAATGAATCTTCGCTGCCCTCTAAGTGGATCACGTATAAAGGTTGCTGGAAGGTTCAAACCTTGCATTCATATGGGGTGTTTTGACATCAACACTTTTGTAGAACTCAACCAGCGTGCACGGAAGT
GGCAGTGTCCAATATGTATGAAGAATTATTCATTGGAGGACATTTTAATTGACCCATATTTCAATTGCATTACATCACATATAAAAAACTACCCCGAGGATGTAACTGAAGTTGAAGTGAAACCGGATGGCTGTTGGCGTCCAAAACATGATGGTGAAAACAAGTTACATGAGGATTGGAGATTGCCTGATGGATCCATC
AATATGAAAAGTCAAGATATCAAGAATCAGAATGTAATTTTGAAACAGGTAAAGCAGGACCCTTGGAAAAAGGTAAAGCAGGAGGATGTCTTATCAGAAGGGCGTATGACATTGAAAATTGGAATCAAGAGGAATCAAGATGGTTCCTGGAAAGTGAGTGGTGCAGATATTCAACCTTCTGAAGCGAACAATATGTCTAA
AGAAATTGGTAAGCAGAAATTCAAAGCCATGCTTCATAGCAGCAGCAGCGCAACTGCTAGCAACAGAGTTGATGAAGATGCAAGTGTTAACCAAGAAGCAAGTTGGAACCTGGAATTTTCAGAAAATAATGATGCTGACTTTGATTCCACATCTTTAGGCAATGCCTGCCCTCCATGTAAATCTGGCAGGCTTGTTCATT
CACAGGCCCATAAAGAGTCTGAAGTTGTAGTTCTAAGTGATTCAGAAGAGGAGAATGGGGATGAACTAAACATTGGTTCGTCAGCTACATCGGCATTTGTGGGTTCAGATAATCTTGGTCCAGGTGGATCATTAATGTTAAATTGTCAAGAAGTTTTACCAGAGGGTGCACAGGTTGATAGCAGTCATATTCCATTCATT
CCTGCTAGTTCATCTAGACCTCGGAATTCCTTTTGCAAAAATTCACTCCATGATAATGTGAATCCTTCCCTTGAATTATTTGTGGGAAATGGTGGTGGTGATTCAACTTTACCACATTGGCCAGTGCATGCTCAGGATGCAACATTCACCTTGTTTGGAACAGATGCAGATGTTCCTGATGCCACTGGAAACTCATGGCA
TGATTCTGCGGTACACCCTTCACCTTTCAATACATATAGCATGGATCAACAACAACACCAAGAACAACAAGACAACAGGTTGTTTGGGTCAAGAATTTCTGAATATAGACAGCCCTTGGATTGCTCTCCAGGTTATTTGAATACAGCAGCTAGTGATGATCAAAATGACAACTCAAGGGATATTGGAACTGCAAATGTTC
CGCTGCAGTTCTTTCTTCCACCCCAGCCAGCTCGAGAATCTGCTCAGGGTGATAGAAGGGAACCAAGGGAGCCATCTATTACTCCTGATGATGTTGTTGAGACCAATTGGATTTCGCTTGGCTTAGGTGGTGGCAATACATTGGCTGAAACACACACCCAGGAGCGTGTTGAAGAAATGCATGATAGGCCACAGTCTGAA
CATGAGAGAGGGGGACTGGACTCCTTAGCTAACACAGCTTCTGTGCTTCTGAATATGAGCAACAATAAAGCTCAAAAAGCATCAACCAATAATTGTGGGTCTGCACGCCTATTCTCTTATCATCAACGGCCACGATCAGCTCGTCCAAGGTTATATCTTCCAGTCGAATCTGATTCTGATTAAATGGAGCTCCTGTAATA
TATGAAGCAACTCTAGTCATGTATAAAATTTTGATATTGAGGTCATCAGCTTGTCCATGAGTCAGgtaactaatttatgttgttaatgattaaatttcccaccttggtcagaagtcattatatacttaagttgagggcgatacatttgtaggaacgactgcagTCTTATCACAATTTTGTCTCGGGAGTTAGTAAAATGC
ATTGGGCAATGCATAACAATGCAATGCTGCAGCAACTTTAATTCCAAAAGTTACTTTGTCAGTGAGTTTTGTGCTCTGGGCATGGCCAAATGATGTATAAGACAAATCTTTATGAGATGTGAAGCAAGAGAGTAGATGGTATCTGTATATACAATGTATAATTAGATCCGTCCTATCATTGGATGCTGGCTCTTAGCTGT
AGCTTTTGCATGTAAACCTAATTCAGACTGTTGGCAATATTTGGTAAAGACCAGTCTCATGCACGACTCTAAATTTAAGTCGGTTCATGGATCCAAGTAATCCTAATCATGGTGTTTTGAGACCATGTTGCTTGCTGCAACCATGGTTTTCATTATAGTTTCATGGCAGGTACATTCTCTGCTTGTGACAGTTAACAACA
TATTAGATTGGACAAAATTTGTGGACAAGCATCAGATCAACTGTTATCTAGCTCGATAACCTGGTCTATACTCTTGCTTGAGACAGGTGACCCTAATCAGTTTTTACTTTGATTCGAGTTTGGGTGACTTGAATTTTGAATCTTGTATGGTACTGTTCTTTGTCAAGCAGTGCTCATGTACTGGATCTGATAGTCACATG
TTAGTCAGATGAACTTTTGAACTGAAATTGAGCTTTCAACTGGCCAGGCCAATCAGATATTGAGGATGTGGGAACCCACGCTCTATCAATATGGAATGGACCAATGATATGGGTTATCTCTATACATGCTTTGCCATGATTACTTATTCTACGGACCAAGGATTTGGTTGAACTTTGAAGCTATTGTTGCTGACCTTGGA
TGGATCACCCCTTATCCCATTCAGTTTTGTTGTTGTAATCATATTTCTGAGTGGAGTTGTGCTGAAACTGACAAGTTACTAATCTGATTTCCCTTGTTTATTGGTATTCTTTCAATTCATTTCAGTTGAACTTGAACAGTGGATCATATCCCAAAAGAACATCATAATGGTGTTCATTAAGCACCAGATTGCTGGTATGA
CTTGCATGCCAGGTTATTAGTGGTGGCAAAGCAATGTACCATGTAAAATATTCATTGATACTAGTTAATATTTGAATTGTGCCATGATCTTAGTGTCT
Intron 4 GTAACTAATT ... ACGACTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 82.09 | 6 | 31 | 24 |
| A2 | 54.84 | 14 | 12 | 22 |
| A3 | 68.75 | 10 | 23 | 21 |
| A4 | 76.74 | 10 | 35 | 31 |
| A5 | 79.49 | 4 | 17 | 14 |
| A6 | 70.59 | 10 | 25 | 23 |
| A7 | 77.78 | 10 | 40 | 30 |
| A8 | 78.72 | 10 | 43 | 31 |
| A9 | 61.4 | 22 | 28 | 42 |
| A10 | 68.89 | 14 | 33 | 29 |
>TRINITY_DN45274_c0_g1_i5 from sample A10 / Example spliced isoformTCATCAGCTTGTCCATGAGTCAGTCTTATCACAATTTTGTCTCGGGAGTTAGTAAAATGCATTGGGCAATGCATAACAATGCAATGCTGCAGCAACTTTAATTCCAAAAGTTACTTTGTCAGTGAGTTTTGTGCTCTGGGCATGGCCAAATGATGTATAAGACAAATCTTTATGAGATGTGAAGCAAGAGAGTAGATGGT
ATCTGTATATACAATGTATAATTAGATCCGTCCTATCATTGGATGCTGGCTCTTAGCTGTAGCTTTTGCATGTAAACCTAATTCAGACTGTTGGCAATATTTGGTAAAGACCAGTCTCATGCACGACTCTAAATTTAAGTCGGTTCATGGATCCAAGTAATCCTAATCATGGTGTTTTGAGACCATGTTGCTTGCTGCAA
CCATGGTTTTCATTATAGTTTCATGGCAGGTACATTCTCTGCTTGTGACAGTTAACAACATATTAGATTGGACAAAATTTGTGGACAAGCATCAGATCAACTGTTATCTAGCTCGATAACCTGGTCTATACTCTTGCTTGAGACAGGTGACCCTAATCAGTTTTTACTTTGATTCGAGTTTGGGTGACTTGAATTTTGAA
TCTTGTATGGTACTGTTCTTTGTCAAGCAGTGCTCATGTACTGGATCTGATAGTCACATGTTAGTCAGATGAACTTTTGAACTGAAATTGAGCTTTCAACTGGCCAGGCCAATCAGATATTGAGGATGTGGGAACCCACGCTCTATCAATATGGAATGGACCAATGATATGGGTTATCTCTATACATGCTTTGCCATGAT
TACTTATTCTACGGACCAAGGATTTGGTTGAACTTTGAAGCTATTGTTGCTGACCTTGGATGGATCACCCCTTATCCCATTCAGTTTTGTTGTTGTAATCATATTTCTGAGTGGAGTTGTGCTGAAACTGACAAGTTACTAATCTGATTTCCCTTGTTTATTGGTATTCTTTCAATTCATTTCAGTTGAACTTGAACAGT
GGATCATATCCCAAAAGAACATCATAATGGTGTTCATTAAGCACCAGATTGCTGGTATGACTTGCATGCCAGGTTATTAGTGGTGGCAAAGCAATGTACCATGTAAAATATTCATTGATACTAGTTAATATTTGAATTGTGCCATGATCTTAGTGTCT
>TRINITY_DN45274_c0_g1_i3 from sample A10 / Example unspliced isoform:CTAAACCTCAAAAAAAAAAGAGAGAGTAAAGTGGGAAGCATTTAGCTTTCTACAATCGTTCCTTGTGGCTCTCCTCCATTCCGTCTCAAGTTCGCCGTCTCTCTCTTTCTGCGTGGACGGGGTTGAGGGAGAGGAAGAAGTTACGCGTAAAATCAAGTCAAGGAATATTATTCAGAAAACAAGCAAAGGTGGAAGGATCG
ATCCCTGACGTGCAAGCACCAGATCATCTCAAGTTTTGGCCTACGCAGCTGGTTGTTGTGGGAGATATTGTAGGGTTCTTCCACCGGTGAAATTCGATGGATCAGTGGTGTTTATTTACGGTATGTCGTAGGGTGCCCTAAAATTGGTTTGAACAATTCGAATTGGGAGGGGGGTTTTGCGACCCTTTCACCGAGGGACT
CTGAGCTACATATAGCTAATTGGGCTCGGGAGGGATATGCAGAGGGGCACAAGATAGCGGCCATGGACAGTCTCGTCTCTCGCTATCAGAAAAAACTTGAAACCTTCCGCATCAAAGAGCTAAAAGATGTTCTGGGTAACATTGGCATAGCAAAGCAGGGGAAGAAGCAGGTGCTTTTGGAGAGAATAATAGCAGTGCTC
TCTGCAAGTGATCAACAAGGGTATAAATCCAATGGGTTTGGAAAGAAGCATTCTATAGGCAGGGAGGAGGTTGCAAAAGTCATTGATAACATTTTCAGTAAAAGAAACGGATCTGTGACTCCTGAGCTCAGTTCAAAAAACCAAAATGGCCAAATTTCACATGCTCATTTTCAAGCAGATGAATTTCAGGAGCCTGCTGT
ACCAGAAGCCAAGACCCGCTGCCCTTGTGGAAGCTCAGTGGACGTTGATACAATGATTCAATGTGACGACAAAAAGTGTGGCGTTTGGCAACATTTGGCTTGTGTTATAATTCCTGAAAAGCCAGTTGAAAATTTCCAGCCAGAGATTCCCTCGCAATACTACTGTGAAGTGTGCCGCATCAACCGTGGTGATCCGTTTT
GTGTGACAATGGCACAACCTTTGAATCCTACAAAGCTCACAACTTCTATCATGACGGCAGATGGACCAAGCCAGTTGCAGAATGTGGAGAAAGCCTTTGTATTGACAAAGGCAGACAAGGACTTATTGCAGAAACCTGGTTATGATCTTCAGGCCTGGTGCCTTCTTCTGAATGATAAAGTTCCCTTTAGGATGCACTGG
CCACAATATGCTGATCTGCGGGTAAATGGGATGGCAGTGTGGGTGACAAACAGACAGGGTCCTCAGTTGCTGGGAATCAATGGCCGTGATGATGGTCCTGGGATCACAGCATGGACTAGTGAAGGAACTAATAAAATATCACTCTCAGCATATGATGCCCGTCCTTTCTGCTTGGGAGTAAGAATCATCCATCGCCGGAC
AGTTCAACAGGTGTTGAGCTTGGTGACAAGTCAATCAGAAGGAGAACTATTTGAAGAATCCCTTGGACGTGTTAAGCGTTGTGTTGGAGGTGGTGCATCTCTAGGGAATTCAGATGATAGTGATAGTGATTTAGAAGTGGTAGCAGAATCTGTTTCAATGAATCTTCGCTGCCCTCTAAGTGGATCACGTATAAAGGTTG
CTGGAAGGTTCAAACCTTGCATTCATATGGGGTGTTTTGACATCAACACTTTTGTAGAACTCAACCAGCGTGCACGGAAGTGGCAGTGTCCAATATGTATGAAGAATTATTCATTGGAGGACATTTTAATTGACCCATATTTCAATTGCATTACATCACATATAAAAAACTACCCCGAGGATGTAACTGAAGTTGAAGTG
AAACCGGATGGCTGTTGGCGTCCAAAACATGATGGTGAAAACAAGTTACATGAGGATTGGAGATTGCCTGATGGATCCATCAATATGAAAAGTCAAGATATCAAGAATCAGAATGTAATTTTGAAACAGGTAAAGCAGGACCCTTGGAAAAAGGTAAAGCAGGAGGATGTCTTATCAGAAGGGCGTATGACATTGAAAAT
TGGAATCAAGAGGAATCAAGATGGTTCCTGGAAAGTGAGTGGTGCAGATATTCAACCTTCTGAAGCGAACAATATGTCTAAAGAAATTGGTAAGCAGAAATTCAAAGCCATGCTTCATAGCAGCAGCAGCGCAACTGCTAGCAACAGAGTTGATGAAGATGCAAGTGTTAACCAAGAAGCAAGTTGGAACCTGGAATTTT
CAGAAAATAATGATGCTGACTTTGATTCCACATCTTTAGGCAATGCCTGCCCTCCATGTAAATCTGGCAGGCTTGTTCATTCACAGGCCCATAAAGAGTCTGAAGTTGTAGTTCTAAGTGATTCAGAAGAGGAGAATGGGGATGAACTAAACATTGGTTCGTCAGCTACATCGGCATTTGTGGGTTCAGATAATCTTGGT
CCAGGTGGATCATTAATGTTAAATTGTCAAGAAGTTTTACCAGAGGGTGCACAGGTTGATAGCAGTCATATTCCATTCATTCCTGCTAGTTCATCTAGACCTCGGAATTCCTTTTGCAAAAATTCACTCCATGATAATGTGAATCCTTCCCTTGAATTATTTGTGGGAAATGGTGGTGGTGATTCAACTTTACCACATTG
GCCAGTGCATGCTCAGGATGCAACATTCACCTTGTTTGGAACAGATGCAGATGTTCCTGATGCCACTGGAAACTCATGGCATGATTCTGCGGTACACCCTTCACCTTTCAATACATATAGCATGGATCAACAACAACACCAAGAACAACAAGACAACAGGTTGTTTGGGTCAAGAATTTCTGAATATAGACAGCCCTTGG
ATTGCTCTCCAGGTTATTTGAATACAGCAGCTAGTGATGATCAAAATGACAACTCAAGGGATATTGGAACTGCAAATGTTCCGCTGCAGTTCTTTCTTCCACCCCAGCCAGCTCGAGAATCTGCTCAGGGTGATAGAAGGGAACCAAGGGAGCCATCTATTACTCCTGATGATGTTGTTGAGACCAATTGGATTTCGCTT
GGCTTAGGTGGTGGCAATACATTGGCTGAAACACACACCCAGGAGCGTGTTGAAGAAATGCATGATAGGCCACAGTCTGAACATGAGAGAGGGGGACTGGACTCCTTAGCTAACACAGCTTCTGTGCTTCTGAATATGAGCAACAATAAAGCTCAAAAAGCATCAACCAATAATTGTGGGTCTGCACGCCTATTCTCTTA
TCATCAACGGCCACGATCAGCTCGTCCAAGGTTATATCTTCCAGTCGAATCTGATTCTGATTAAATGGAGCTCCTGTAATATATGAAGCAACTCTAGTCATGTATAAAATTTTGATATTGAGGTCATCAGCTTGTCCATGAGTCAGgtaactaatttatgttgttaatgattaaatttcccaccttggtcagaagtcatt
atatacatttgtaggaacgactgcagTCTTATCACAATTTTGTCTCGGGAGTTAGTAAAATGCATTGGGCAATGCATAACAATGCAATGCTGCAGCAACTTTAATTCCAAAAGTTACTTTGTCAGTGAGTTTTGTGCTCTGGGCATGGCCAAATGATGTATAAGACAAATCTTTATGAGATGTGAAGCAAGAGAGTAGAT
GGTATCTGTATATACAATGTATAATTAGATCCGTCCTATCATTGGATGCTGGCTCTTAGCTGTAGCTTTTGCATGTAAACCTAATTCAGACTGTTGGCAATATTTGGTAAAGACCAGTCTCATGCACGACTCTAAATTTAAGTCGGTTCATGGATCCAAGTAATCCTAATCATGGTGTTTTGAGACCATGTTGCTTGCTG
CAACCATGGTTTTCATTATAGTTTCATGGCAGGTACATTCTCTGCTTGTGACAGTTAACAACATATTAGATTGGACAAAATTTGTGGACAAGCATCAGATCAACTGTTATCTAGCTCGATAACCTGGTCTATACTCTTGCTTGAGACAGGTGACCCTAATCAGTTTTTACTTTGATTCGAGTTTGGGTGACTTGAATTTT
GAATCTTGTATGGTACTGTTCTTTGTCAAGCAGTGCTCATGTACTGGATCTGATAGTCACATGTTAGTCAGATGAACTTTTGAACTGAAATTGAGCTTTCAACTGGCCAGGCCAATCAGATATTGAGGATGTGGGAACCCACGCTCTATCAATATGGAATGGACCAATGATATGGGTTATCTCTATACATGCTTTGCCAT
GATTACTTATTCTACGGACCAAGGATTTGGTTGAACTTTGAAGCTATTGTTGCTGACCTTGGATGGATCACCCCTTATCCCATTCAGTTTTGTTGTTGTAATCATATTTCTGAGTGGAGTTGTGCTGAAACTGACAAGTTACTAATCTGATTTCCCTTGTTTATTGGTATTCTTTCAATTCATTTCAGTTGAACTTGAAC
AGTGGATCATATCCCAAAAGAACATCATAATGGTGTTCATTAAGCACCAGATTGCTGGTATGACTTGCATGCCAGGTTATTAGTGGTGGCAAAGCAATGTACCATGTAAAATATTCATTGATACTAGTTAATATTTGAATTGTGCCATGATCTTAGTGTCT
Intron 5 GTAAGTGTCT ... TTATTGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 23.17 | 63 | 19 | 1 |
| A2 | 21.62 | 58 | 16 | 0 |
| A3 | 21.74 | 90 | 25 | 0 |
| A4 | 16.85 | 74 | 15 | 1 |
| A5 | 17.78 | 37 | 8 | 2 |
| A6 | 11.11 | 16 | 2 | 0 |
| A7 | 20.37 | 43 | 11 | 0 |
| A8 | 0 | 10 | 0 | 0 |
| A9 | 21.74 | 36 | 10 | 0 |
| A10 | 26.56 | 47 | 17 | 0 |
>TRINITY_DN126984_c4_g1_i14 from sample A1 / Example spliced isoformCATCATTGTTGACTAACTAAACCTCAAAAAAAAAAGAGAGAGTAAAGTGGGAAGCATTTAGCTTTCTACAATCGTTCCTTGTGGCTCTCCTCCATTCCGTCTCAAGTTCGCCGTCTCTCTCTTTCTGCGTGGACGGGGTTGAGGGAGAGGAAGAAGTTACGCGTAAAATCAAGTCAAGGAATATTATTCAGAAAACAAGC
AAAGGTGGAAGGATCGATCCCTGACGTGCAAGCACCAGATCATCTCAAGTTTTGGCCTACGCAGCTGGTTGTTGTGGGAGATATTGTAGGGTTCTTCCACCGGTGAAATTCGATGGATCAGTGGTGTTTATTTACGGTATGTCGTAGGGTGCCCTAAAATTGGTTTGAACAATTCGAATTGGGAGGGGGGTTTTGCGACC
CTTTCACCGAGGGACTCTGAGCTACATATAGCTAATTGGGCTCGGGAGGGATATGCAGAGGGGCACAAGATAGCGGCCATGGACAGTCTCGTCTCTCGCTATCAGAAAAAACTTGAAACCTTCCGCATCAAAGAGCTAAAAGATGTTCTGGGTAACATTGGCATAGCAAAGCAGGGGAAGAAGCAGGTGCTTTTGGAGAG
AATAATAGCAGTGCTCTCTGCAAGTGATCAACAAGGGTATAAATCCAATGGGTTTGGAAAGAAGCATTCTATAGGCAGGGAGGAGGTTGCAAAAGTCATTGATAACATTTTCAGTAAAAGAAACGGATCTGTGACTCCTGAGCTCAGTTCAAAAAACCAAAATGGCCAAATTTCACATGCTCATTTTCAAGCAGATGAAT
TTCAGGAGCCTGCTGTACCAGAAGCCAAGACCCGCTGCCCTTGTGGAAGCTCAGTGGACGTTGATACAATGATTCAATGTGACGACAAAAAGTGTGGCGTTTGGCAACATTTGGCTTGTGTTATAATTCCTGAAAAGCCAGTTGAAAATTTCCAGCCAGAGATTCCCTCGCAATACTACTGTGAAGTGTGCCGCATCAAC
CGTGGTGATCCGTTTTGTGTGACAATGGCACAACCTTTGAATCCTACAAAGCTCACAACTTCTATCATGACGGCAGATGGACCAAGCCAGTTGCAGAATGTGGAGAAAGCCTTTGTATTGACAAAGGCAGACAAGGACTTATTGCAGAAACCTGGTTATGATCTTCAGGTTGGTTGTGTGTCATCTTACATGTCTCATAC
CTTCAGAAATGTATAAGAAAAGTGAGATTTAGACCATCACTTGTATCTGCTTCTTTAGCTTGTCTTTTTTGATTAAATCACTTTTTTTAACCTTTGTTGATTAGATGTTTGGGCTTTGGATATATGCATTATATAGGCATTTGCGGAC
>TRINITY_DN126984_c4_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:CATCATTGTTGACTAACTAAACCTCAAAAAAAAAAGAGAGAGTAAAGTGGGAAGCATTTAGCTTTCTACAATCGTTCCTTGTGGCTCTCCTCCATTCCGTCTCAAGTTCGCCGTCTCTCTCTTTCTGCGTGGACGGGGTTGAGGGAGAGGAAGAAGTTACGCGTAAAATCAAGTCAAGGAATATTATTCAGAAAACAAGC
AAAGGTGGAAGGATCGATCCCTGACGTGCAAGCACCAGATCATCTCAAGTTTTGGCCTACGCAGCTGGTTGTTGTGGGAGATATTGTAGGGTTCTTCCACCGGTGAAATTCGATGGATCAGTGGTGTTTATTTACGGTATGTCGTAGGGTGCCCTAAAATTGGTTTGAACAATTCGAATTGGGAGGGGGGTTTTGCGACC
CTTTCACCGAGGGACTCTGAGCTACATATAGCTAATTGGGCTCGGGAGGGATATGCAGAGGGGCACAAGATAGCGGCCATGGACAGTCTCGTCTCTCGCTATCAGAAAAAACTTGAAACCTTCCGCATCAAAGAGCTAAAAGATGTTCTGGGTAACATTGGCATAGCAAAGCAGGGGAAGAAGCAGGTGCTTTTGGAGAG
AATAATAGCAGTGCTCTCTGCAAGTGATCAACAAGGGTATAAATCCAATGGGTTTGGAAAGAAGCATTCTATAGGCAGGGAGGAGGTTGCAAAAGTCATTGATAACATTTTCAGgtaagtgtctgttttgtattcaagaaaactgaagtatgttgaagcataatagaacttggaagaatagggattggtacatattttag
cacatccatggtcattggaggtatgtttctacaatctttctccagtacagtgtatttactttttttggagacagatcataaaaaatagtatttcgattggtgtaaagtcagaatccatgtgtacattgttggagatgatatgttgattatattgtttgaaggaataatttataattgtgctaggctactattgacgcctg
tagttttttagtgcattaattaaattgcattccaggcaaattctcatatacagttaaataatccatccttgaaatgttattggcagTAAAAGAAACGGATCTGTGA
Intron 6 GTGACCCTAA ... AACTGGCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 58.27 | 29 | 62 | 19 |
| A2 | 69.44 | 11 | 26 | 24 |
| A3 | 60 | 11 | 25 | 8 |
| A4 | 55.22 | 15 | 20 | 17 |
| A5 | 85.19 | 2 | 11 | 12 |
| A6 | 65.96 | 32 | 45 | 79 |
| A7 | 70.29 | 26 | 56 | 67 |
| A8 | 62.56 | 41 | 60 | 77 |
| A9 | 55.56 | 40 | 38 | 62 |
| A10 | 63.81 | 19 | 25 | 42 |
>TRINITY_DN110874_c0_g1_i10 from sample A3 / Example spliced isoformTAAACCTCAAAAAAAAAAAGAGAGAGTAAAGTGGGAAGCATTTAGCTTTCTACAATCGTTCCTTGTGGCTCTCCTCCATTCCGTCTCAAGTTCGCCGTCTCTCTCTTTCTGCGTGGACGGGGTTGAGGGAGAGGAAGAAGTTACGCGTAAAATCAAGTCAAGGAATATTATTCAGAAAACAAGCAAAGGTGGAAGGATCG
ATCCCTGACGTGCAAGCACCAGATCATCTCAAGTTTTGGCCTACGCAGCTGGTTGTTGTGGGAGATATTGTAGGGTTCTTCCACCGGTGAAATTCGATGGATCAGTGGTGTTTATTTACGGTATGTCGTAGGGTGCCCTAAAATTGGTTTGAACAATTCGAATTGGGAGGGGGGTTTTGCGACCCTTTCACCGAGGGACT
CTGAGCTACATATAGCTAATTGGGCTCGGGAGGGATATGCAGAGGGGCACAAGATAGCGGCCATGGACAGTCTCGTCTCTCGCTATCAGAAAAAACTTGAAACCTTCCGCATCAAAGAGCTAAAAGATGTTCTGGGTAACATTGGCATAGCAAAGCAGGGGAAGAAGCAGGTGCTTTTGGAGAGAATAATAGCAGTGCTC
TCTGCAAGTGATCAACAAGGGTATAAATCCAATGGGTTTGGAAAGAAGCATTCTATAGGCAGGGAGGAGGTTGCAAAAGTCATTGATAACATTTTCAGTAAAAGAAACGGATCTGTGACTCCTGAGCTCAGTTCAAAAAACCAAAATGGCCAAATTTCACATGCTCATTTTCAAGCAGATGAATTTCAGGAGCCTGCTGT
ACCAGAAGCCAAGACCCGCTGCCCTTGTGGAAGCTCAGTGGACGTTGATACAATGATTCAATGTGACGACAAAAAGTGTGGCGTTTGGCAACATTTGGCTTGTGTTATAATTCCTGAAAAGCCAGTTGAAAATTTCCAGCCAGAGATTCCCTCGCAATACTACTGTGAAGTGTGCCGCATCAACCGTGGTGATCCGTTTT
GTGTGACAATGGCACAACCTTTGAATCCTACAAAGCTCACAACTTCTATCATGACGGCAGATGGACCAAGCCAGTTGCAGAATGTGGAGAAAGCCTTTGTATTGACAAAGGCAGACAAGGACTTATTGCAGAAACCTGGTTATGATCTTCAGGCCTGGTGCCTTCTTCTGAATGATAAAGTTCCCTTTAGGATGCACTGG
CCACAATATGCTGATCTGCGGGTAAATGGGATGGCAGTGTGGGTGACAAACAGACAGGGTCCTCAGTTGCTGGGAATCAATGGCCGTGATGATGGTCCTGGGATCACAGCATGGACTAGTGAAGGAACTAATAAAATATCACTCTCAGCATATGATGCCCGTCCTTTCTGCTTGGGAGTAAGAATCATCCATCGCCGGAC
AGTTCAACAGGTGTTGAGCTTGGTGACAAGTCAATCAGAAGGAGAACTATTTGAAGAATCCCTTGGACGTGTTAAGCGTTGTGTTGGAGGTGGTGCATCTCTAGGGAATTCAGATGATAGTGATAGTGATTTAGAAGTGGTAGCAGAATCTGTTTCAATGAATCTTCGCTGCCCTCTAAGTGGATCACGTATAAAGGTTG
CTGGAAGGTTCAAACCTTGCATTCATATGGGGTGTTTTGACATCAACACTTTTGTAGAACTCAACCAGCGTGCACGGAAGTGGCAGTGTCCAATATGTATGAAGAATTATTCATTGGAGGACATTTTAATTGACCCATATTTCAATTGCATTACATCACATATAAAAAACTACCCCGAGGATGTAACTGAAGTTGAAGTG
AAACCGGATGGCTGTTGGCGTCCAAAACATGATGGTGAAAACAAGTTACATGAGGATTGGAGATTGCCTGATGGATCCATCAATATGAAAAGTCAAGATATCAAGAATCAGAATGTAATTTTGAAACAGGTAAAGCAGGACCCTTGGAAAAAGGTAAAGCAGGAGGATGTCTTATCAGAAGGGCGTATGACATTGAAAAT
TGGAATCAAGAGGAATCAAGATGGTTCCTGGAAAGTGAGTGGTGCAGATATTCAACCTTCTGAAGCGAACAATATGTCTAAAGAAATTGGTAAGCAGAAATTCAAAGCCATGCTTCATAGCAGCAGCAGCGCAACTGCTAGCAACAGAGTTGATGAAGATGCAAGTGTTAACCAAGAAGCAAGTTGGAACCTGGAATTTT
CAGAAAATAATGATGCTGACTTTGATTCCACATCTTTAGGCAATGCCTGCCCTCCATGTAAATCTGGCAGGCTTGTTCATTCACAGGCCCATAAAGAGTCTGAAGTTGTAGTTCTAAGTGATTCAGAAGAGGAGAATGGGGATGAACTAAACATTGGTTCGTCAGCTACATCGGCATTTGTGGGTTCAGATAATCTTGGT
CCAGGTGGATCATTAATGTTAAATTGTCAAGAAGTTTTACCAGAGGGTGCACAGGTTGATAGCAGTCATATTCCATTCATTCCTGCTAGTTCATCTAGACCTCGGAATTCCTTTTGCAAAAATTCACTCCATGATAATGTGAATCCTTCCCTTGAATTATTTGTGGGAAATGGTGGTGGTGATTCAACTTTACCACATTG
GCCAGTGCATTCTCAGGATGCAACATTCACCTTGTTTGGAACAGATGCAGATGTTCCTGATGCCACTGGAAACTCATGGCATGATTCTGCGGTACACCCTTCACCTTTCAATACATATAGCATGGATCAACAACAACACCAAGAACAACAAGACAACAGGTTGTTTGGGTCAAGAATTTCTGAATATAGACAGCCCTTGG
ATTGCTCTCCAGGTTATTTGAATACAGCAGCTAGTGATGATCAAAATGACAACTCAAGGGATATTGGAACTGCAAATGTTCCGCTGCAGTTCTTTCTTCCACCCCAGCCAGCTCGAGAATCTGCTCAGGGTGATAGAAGGGAACCAAGGGAGCCATCTATTACTCCTGATGATGTTGTTGAGACCAATTGGATTTCGCTT
GGCTTAGGTGGTGGCAATACATTGGCTGAAACACACACCCAGGAGCGTGTTGAAGAAATGCATGATAGGCCACAGTCTGAACATGAGAGAGGGGGACTGGACTCCTTAGCTAACACAGCTTCTGTGCTTCTGAATATGAGCAACAATAAAGCTCAAAAAGCATCAACCAATAATTGTGGGTCTGCACGCCTATTCTCTTA
TCATCAACGGCCACGATCAGCTCGTCCAAGGTTATATCTTCCAGTCGAATCTGATTCTGATTAAATGGAGCTCCTGTAATATATGAAGCAACTCTAGTCATGTATAAAATTTTGATATTGAGGTCATCAGCTTGTCCATGAGTCAGGTAACTAATTTATGTTGTTAATGATTAAATTTCCCACCTTGGTCAGAAGTCATT
ATATACTTAAGTTGAGGGCGATACATTTGTAGGAACGACTGCAGTCTTATCACAATTTTGTCTCGGGAGTTAGTAAAATGCATTGGGCAATGCATAACAATGCAATGCTGCAGCAACTTTAATTCCAAAAGTTACTTTGTCAGTGAGTTTTGTGCTCTGGGCATGGCCAAATGATGTATAAGACAAATCTTTATGAGATG
TGAAGCAAGAGAGTAGATGGTATCTGTATATACAATGTATAATTAGATCCGTCCTATCATTGGATGCTGGCTCTTAGCTGTAGCTTTTGCATGTAAACCTAATTCAGACTGTTGGCAATATTTGGTAAAGACCAGTCTCATGCACGACTCTAAATTTAAGTCGGTTCATGGATCCAAGTAATCCTAATCATGGTGTTTTG
AGACCATGTTGCTTGCTGCAACCATGGTTTTCATTATAGTTTCATGGCAGGTACATTCTCTGCTTGTGACAGTTAACAACATATTAGATTGGACAAAATTTGTGGACAAGCATCAGATCAACTGTTATCTAGCTCGATAACCTGGTCTATACTCTTGCTTGAGACAGGCCAATCAGATATTGAGGATGTGGGAACCCACG
CTCTATCAATATGGAATGGACCAATGATATGGGTTATCTCTATACATGCTTTGCCATGATTACTTATTCTACGGACCAAGGATTTGGTTGAACTTTGAAGCTATTGTTGCTGACCTTGGATGGATCACCCCTTATCCCATTCAGTTTTGTTGTTGTAATCATATTTCTGAGTGGAGTTGTGCTGAAACTGACAAGTTACT
AATCTGATTTCCCTTGTTTATTGGTATTCTTTCAATTCATTTCAGTTGAACTTGAACAGTGGATCATATCCCAAAAGAACATCATAATGGTGTTCATTAAGCACCAGATTGCTGGTATGACTTGCATGCCAGGTTATTAGTGGTGGCAAAGCAATGTACCATGTAAAATATTCATTGATACTAGTTAATATTTGAATTGT
GCCATGATCTTAGTGTCTTTCCTTAGTATTAAAAAA
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ATCCCTGACGTGCAAGCACCAGATCATCTCAAGTTTTGGCCTACGCAGCTGGTTGTTGTGGGAGATATTGTAGGGTTCTTCCACCGGTGAAATTCGATGGATCAGTGGTGTTTATTTACGGTATGTCGTAGGGTGCCCTAAAATTGGTTTGAACAATTCGAATTGGGAGGGGGGTTTTGCGACCCTTTCACCGAGGGACT
CTGAGCTACATATAGCTAATTGGGCTCGGGAGGGATATGCAGAGGGGCACAAGATAGCGGCCATGGACAGTCTCGTCTCTCGCTATCAGAAAAAACTTGAAACCTTCCGCATCAAAGAGCTAAAAGATGTTCTGGGTAACATTGGCATAGCAAAGCAGGGGAAGAAGCAGGTGCTTTTGGAGAGAATAATAGCAGTGCTC
TCTGCAAGTGATCAACAAGGGTATAAATCCAATGGGTTTGGAAAGAAGCATTCTATAGGCAGGGAGGAGGTTGCAAAAGTCATTGATAACATTTTCAGTAAAAGAAACGGATCTGTGACTCCTGAGCTCAGTTCAAAAAACCAAAATGGCCAAATTTCACATGCTCATTTTCAAGCAGATGAATTTCAGGAGCCTGCTGT
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GTGTGACAATGGCACAACCTTTGAATCCTACAAAGCTCACAACTTCTATCATGACGGCAGATGGACCAAGCCAGTTGCAGAATGTGGAGAAAGCCTTTGTATTGACAAAGGCAGACAAGGACTTATTGCAGAAACCTGGTTATGATCTTCAGGCCTGGTGCCTTCTTCTGAATGATAAAGTTCCCTTTAGGATGCACTGG
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AAACCGGATGGCTGTTGGCGTCCAAAACATGATGGTGAAAACAAGTTACATGAGGATTGGAGATTGCCTGATGGATCCATCAATATGAAAAGTCAAGATATCAAGAATCAGAATGTAATTTTGAAACAGGTAAAGCAGGACCCTTGGAAAAAGGTAAAGCAGGAGGATGTCTTATCAGAAGGGCGTATGACATTGAAAAT
TGGAATCAAGAGGAATCAAGATGGTTCCTGGAAAGTGAGTGGTGCAGATATTCAACCTTCTGAAGCGAACAATATGTCTAAAGAAATTGGTAAGCAGAAATTCAAAGCCATGCTTCATAGCAGCAGCAGCGCAACTGCTAGCAACAGAGTTGATGAAGATGCAAGTGTTAACCAAGAAGCAAGTTGGAACCTGGAATTTT
CAGAAAATAATGATGCTGACTTTGATTCCACATCTTTAGGCAATGCCTGCCCTCCATGTAAATCTGGCAGGCTTGTTCATTCACAGGCCCATAAAGAGTCTGAAGTTGTAGTTCTAAGTGATTCAGAAGAGGAGAATGGGGATGAACTAAACATTGGTTCGTCAGCTACATCGGCATTTGTGGGTTCAGATAATCTTGGT
CCAGGTGGATCATTAATGTTAAATTGTCAAGAAGTTTTACCAGAGGGTGCACAGGTTGATAGCAGTCATATTCCATTCATTCCTGCTAGTTCATCTAGACCTCGGAATTCCTTTTGCAAAAATTCACTCCATGATAATGTGAATCCTTCCCTTGAATTATTTGTGGGAAATGGTGGTGGTGATTCAACTTTACCACATTG
GCCAGTGCATTCTCAGGATGCAACATTCACCTTGTTTGGAACAGATGCAGATGTTCCTGATGCCACTGGAAACTCATGGCATGATTCTGCGGTACACCCTTCACCTTTCAATACATATAGCATGGATCAACAACAACACCAAGAACAACAAGACAACAGGTTGTTTGGGTCAAGAATTTCTGAATATAGACAGCCCTTGG
ATTGCTCTCCAGGTTATTTGAATACAGCAGCTAGTGATGATCAAAATGACAACTCAAGGGATATTGGAACTGCAAATGTTCCGCTGCAGTTCTTTCTTCCACCCCAGCCAGCTCGAGAATCTGCTCAGGGTGATAGAAGGGAACCAAGGGAGCCATCTATTACTCCTGATGATGTTGTTGAGACCAATTGGATTTCGCTT
GGCTTAGGTGGTGGCAATACATTGGCTGAAACACACACCCAGGAGCGTGTTGAAGAAATGCATGATAGGCCACAGTCTGAACATGAGAGAGGGGGACTGGACTCCTTAGCTAACACAGCTTCTGTGCTTCTGAATATGAGCAACAATAAAGCTCAAAAAGCATCAACCAATAATTGTGGGTCTGCACGCCTATTCTCTTA
TCATCAACGGCCACGATCAGCTCGTCCAAGGTTATATCTTCCAGTCGAATCTGATTCTGATTAAATGGAGCTCCTGTAATATATGAAGCAACTCTAGTCATGTATAAAATTTTGATATTGAGGTCATCAGCTTGTCCATGAGTCAGGAACGACTGCAGTCTTATCACAATTTTGTCTCGGGAGTTAGTAAAATGCATTGG
GCAATGCATAACAATGCAATGCTGCAGCAACTTTAATTCCAAAAGTTACTTTGTCAGTGAGTTTTGTGCTCTGGGCATGGCCAAATGATGTATAAGACAAATCTTTATGAGATGTGAAGCAAGAGAGTAGATGGTATCTGTATATACAATGTATAATTAGATCCGTCCTATCATTGGATGCTGGCTCTTAGCTGTAGCTT
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Intron 7 GTAACTAATT ... ACATTTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 66.67 | 14 | 31 | 25 |
| A2 | 56.36 | 12 | 12 | 19 |
| A3 | 58.44 | 16 | 23 | 22 |
| A4 | 63.11 | 19 | 35 | 30 |
| A5 | 84.21 | 3 | 17 | 15 |
| A6 | 58.02 | 17 | 25 | 22 |
| A7 | 70.21 | 14 | 40 | 26 |
| A8 | 60.66 | 24 | 45 | 29 |
| A9 | 51.11 | 33 | 28 | 41 |
| A10 | 54.47 | 28 | 33 | 34 |
>TRINITY_DN110874_c0_g1_i3 from sample A3 / Example spliced isoformTAAACCTCAAAAAAAAAAAGAGAGAGTAAAGTGGGAAGCATTTAGCTTTCTACAATCGTTCCTTGTGGCTCTCCTCCATTCCGTCTCAAGTTCGCCGTCTCTCTCTTTCTGCGTGGACGGGGTTGAGGGAGAGGAAGAAGTTACGCGTAAAATCAAGTCAAGGAATATTATTCAGAAAACAAGCAAAGGTGGAAGGATCG
ATCCCTGACGTGCAAGCACCAGATCATCTCAAGTTTTGGCCTACGCAGCTGGTTGTTGTGGGAGATATTGTAGGGTTCTTCCACCGGTGAAATTCGATGGATCAGTGGTGTTTATTTACGGTATGTCGTAGGGTGCCCTAAAATTGGTTTGAACAATTCGAATTGGGAGGGGGGTTTTGCGACCCTTTCACCGAGGGACT
CTGAGCTACATATAGCTAATTGGGCTCGGGAGGGATATGCAGAGGGGCACAAGATAGCGGCCATGGACAGTCTCGTCTCTCGCTATCAGAAAAAACTTGAAACCTTCCGCATCAAAGAGCTAAAAGATGTTCTGGGTAACATTGGCATAGCAAAGCAGGGGAAGAAGCAGGTGCTTTTGGAGAGAATAATAGCAGTGCTC
TCTGCAAGTGATCAACAAGGGTATAAATCCAATGGGTTTGGAAAGAAGCATTCTATAGGCAGGGAGGAGGTTGCAAAAGTCATTGATAACATTTTCAGTAAAAGAAACGGATCTGTGACTCCTGAGCTCAGTTCAAAAAACCAAAATGGCCAAATTTCACATGCTCATTTTCAAGCAGATGAATTTCAGGAGCCTGCTGT
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CCACAATATGCTGATCTGCGGGTAAATGGGATGGCAGTGTGGGTGACAAACAGACAGGGTCCTCAGTTGCTGGGAATCAATGGCCGTGATGATGGTCCTGGGATCACAGCATGGACTAGTGAAGGAACTAATAAAATATCACTCTCAGCATATGATGCCCGTCCTTTCTGCTTGGGAGTAAGAATCATCCATCGCCGGAC
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AAACCGGATGGCTGTTGGCGTCCAAAACATGATGGTGAAAACAAGTTACATGAGGATTGGAGATTGCCTGATGGATCCATCAATATGAAAAGTCAAGATATCAAGAATCAGAATGTAATTTTGAAACAGGTAAAGCAGGACCCTTGGAAAAAGGTAAAGCAGGAGGATGTCTTATCAGAAGGGCGTATGACATTGAAAAT
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CAGAAAATAATGATGCTGACTTTGATTCCACATCTTTAGGCAATGCCTGCCCTCCATGTAAATCTGGCAGGCTTGTTCATTCACAGGCCCATAAAGAGTCTGAAGTTGTAGTTCTAAGTGATTCAGAAGAGGAGAATGGGGATGAACTAAACATTGGTTCGTCAGCTACATCGGCATTTGTGGGTTCAGATAATCTTGGT
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GCCAGTGCATTCTCAGGATGCAACATTCACCTTGTTTGGAACAGATGCAGATGTTCCTGATGCCACTGGAAACTCATGGCATGATTCTGCGGTACACCCTTCACCTTTCAATACATATAGCATGGATCAACAACAACACCAAGAACAACAAGACAACAGGTTGTTTGGGTCAAGAATTTCTGAATATAGACAGCCCTTGG
ATTGCTCTCCAGGTTATTTGAATACAGCAGCTAGTGATGATCAAAATGACAACTCAAGGGATATTGGAACTGCAAATGTTCCGCTGCAGTTCTTTCTTCCACCCCAGCCAGCTCGAGAATCTGCTCAGGGTGATAGAAGGGAACCAAGGGAGCCATCTATTACTCCTGATGATGTTGTTGAGACCAATTGGATTTCGCTT
GGCTTAGGTGGTGGCAATACATTGGCTGAAACACACACCCAGGAGCGTGTTGAAGAAATGCATGATAGGCCACAGTCTGAACATGAGAGAGGGGGACTGGACTCCTTAGCTAACACAGCTTCTGTGCTTCTGAATATGAGCAACAATAAAGCTCAAAAAGCATCAACCAATAATTGTGGGTCTGCACGCCTATTCTCTTA
TCATCAACGGCCACGATCAGCTCGTCCAAGGTTATATCTTCCAGTCGAATCTGATTCTGATTAAATGGAGCTCCTGTAATATATGAAGCAACTCTAGTCATGTATAAAATTTTGATATTGAGGTCATCAGCTTGTCCATGAGTCAGGAACGACTGCAGTCTTATCACAATTTTGTCTCGGGAGTTAGTAAAATGCATTGG
GCAATGCATAACAATGCAATGCTGCAGCAACTTTAATTCCAAAAGTTACTTTGTCAGTGAGTTTTGTGCTCTGGGCATGGCCAAATGATGTATAAGACAAATCTTTATGAGATGTGAAGCAAGAGAGTAGATGGTATCTGTATATACAATGTATAATTAGATCCGTCCTATCATTGGATGCTGGCTCTTAGCTGTAGCTT
TTGCATGTAAACCTAATTCAGACTGTTGGCAATATTTGGTAAAGACCAGTCTCATGCACGACTCTAAATTTAAGTCGGTTCATGGATCCAAGTAATCCTAATCATGGTGTTTTGAGACCATGTTGCTTGCTGCAACCATGGTTTTCATTATAGTTTCATGGCAGGTACATTCTCTGCTTGTGACAGTTAACAACATATTA
GATTGGACAAAATTTGTGGACAAGCATCAGATCAACTGTTATCTAGCTCGATAACCTGGTCTATACTCTTGCTTGAGACAGGTGACCCTAATCAGTTTTTACTTTGATTCGAGTTTGGGTGACTTGAATTTTGAATCTTGTATGGTACTGTTCTTTGTCAAGCAGTGCTCATGTACTGGATCTGATAGTCACATGTTAGT
CAGATGAACTTTTGAACTGAAATTGAGCTTTCAACTGGCCAGGCCAATCAGATATTGAGGATGTGGGAACCCACGCTCTATCAATATGGAATGGACCAATGATATGGGTTATCTCTATACATGCTTTGCCATGATTACTTATTCTACGGACCAAGGATTTGGTTGAACTTTGAAGCTATTGTTGCTGACCTTGGATGGAT
CACCCCTTATCCCATTCAGTTTTGTTGTTGTAATCATATTTCTGAGTGGAGTTGTGCTGAAACTGACAAGTTACTAATCTGATTTCCCTTGTTTATTGGTATTCTTTCAATTCATTTCAGTTGAACTTGAACAGTGGATCATATCCCAAAAGAACATCATAATGGTGTTCATTAAGCACCAGATTGCTGGTATGACTTGC
ATGCCAGGTTATTAGTGGTGGCAAAGCAATGTACCATGTAAAATATTCATTGATACTAGTTAATATTTGAATTGTGCCATGATCTTAGTGTCTTTCCTTAGTATTAAAAAA
>TRINITY_DN110874_c0_g1_i4 from sample A3 / Example unspliced isoform:TAAACCTCAAAAAAAAAAAGAGAGAGTAAAGTGGGAAGCATTTAGCTTTCTACAATCGTTCCTTGTGGCTCTCCTCCATTCCGTCTCAAGTTCGCCGTCTCTCTCTTTCTGCGTGGACGGGGTTGAGGGAGAGGAAGAAGTTACGCGTAAAATCAAGTCAAGGAATATTATTCAGAAAACAAGCAAAGGTGGAAGGATCG
ATCCCTGACGTGCAAGCACCAGATCATCTCAAGTTTTGGCCTACGCAGCTGGTTGTTGTGGGAGATATTGTAGGGTTCTTCCACCGGTGAAATTCGATGGATCAGTGGTGTTTATTTACGGTATGTCGTAGGGTGCCCTAAAATTGGTTTGAACAATTCGAATTGGGAGGGGGGTTTTGCGACCCTTTCACCGAGGGACT
CTGAGCTACATATAGCTAATTGGGCTCGGGAGGGATATGCAGAGGGGCACAAGATAGCGGCCATGGACAGTCTCGTCTCTCGCTATCAGAAAAAACTTGAAACCTTCCGCATCAAAGAGCTAAAAGATGTTCTGGGTAACATTGGCATAGCAAAGCAGGGGAAGAAGCAGGTGCTTTTGGAGAGAATAATAGCAGTGCTC
TCTGCAAGTGATCAACAAGGGTATAAATCCAATGGGTTTGGAAAGAAGCATTCTATAGGCAGGGAGGAGGTTGCAAAAGTCATTGATAACATTTTCAGTAAAAGAAACGGATCTGTGACTCCTGAGCTCAGTTCAAAAAACCAAAATGGCCAAATTTCACATGCTCATTTTCAAGCAGATGAATTTCAGGAGCCTGCTGT
ACCAGAAGCCAAGACCCGCTGCCCTTGTGGAAGCTCAGTGGACGTTGATACAATGATTCAATGTGACGACAAAAAGTGTGGCGTTTGGCAACATTTGGCTTGTGTTATAATTCCTGAAAAGCCAGTTGAAAATTTCCAGCCAGAGATTCCCTCGCAATACTACTGTGAAGTGTGCCGCATCAACCGTGGTGATCCGTTTT
GTGTGACAATGGCACAACCTTTGAATCCTACAAAGCTCACAACTTCTATCATGACGGCAGATGGACCAAGCCAGTTGCAGAATGTGGAGAAAGCCTTTGTATTGACAAAGGCAGACAAGGACTTATTGCAGAAACCTGGTTATGATCTTCAGGCCTGGTGCCTTCTTCTGAATGATAAAGTTCCCTTTAGGATGCACTGG
CCACAATATGCTGATCTGCGGGTAAATGGGATGGCAGTGTGGGTGACAAACAGACAGGGTCCTCAGTTGCTGGGAATCAATGGCCGTGATGATGGTCCTGGGATCACAGCATGGACTAGTGAAGGAACTAATAAAATATCACTCTCAGCATATGATGCCCGTCCTTTCTGCTTGGGAGTAAGAATCATCCATCGCCGGAC
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CTGGAAGGTTCAAACCTTGCATTCATATGGGGTGTTTTGACATCAACACTTTTGTAGAACTCAACCAGCGTGCACGGAAGTGGCAGTGTCCAATATGTATGAAGAATTATTCATTGGAGGACATTTTAATTGACCCATATTTCAATTGCATTACATCACATATAAAAAACTACCCCGAGGATGTAACTGAAGTTGAAGTG
AAACCGGATGGCTGTTGGCGTCCAAAACATGATGGTGAAAACAAGTTACATGAGGATTGGAGATTGCCTGATGGATCCATCAATATGAAAAGTCAAGATATCAAGAATCAGAATGTAATTTTGAAACAGGTAAAGCAGGACCCTTGGAAAAAGGTAAAGCAGGAGGATGTCTTATCAGAAGGGCGTATGACATTGAAAAT
TGGAATCAAGAGGAATCAAGATGGTTCCTGGAAAGTGAGTGGTGCAGATATTCAACCTTCTGAAGCGAACAATATGTCTAAAGAAATTGGTAAGCAGAAATTCAAAGCCATGCTTCATAGCAGCAGCAGCGCAACTGCTAGCAACAGAGTTGATGAAGATGCAAGTGTTAACCAAGAAGCAAGTTGGAACCTGGAATTTT
CAGAAAATAATGATGCTGACTTTGATTCCACATCTTTAGGCAATGCCTGCCCTCCATGTAAATCTGGCAGGCTTGTTCATTCACAGGCCCATAAAGAGTCTGAAGTTGTAGTTCTAAGTGATTCAGAAGAGGAGAATGGGGATGAACTAAACATTGGTTCGTCAGCTACATCGGCATTTGTGGGTTCAGATAATCTTGGT
CCAGGTGGATCATTAATGTTAAATTGTCAAGAAGTTTTACCAGAGGGTGCACAGGTTGATAGCAGTCATATTCCATTCATTCCTGCTAGTTCATCTAGACCTCGGAATTCCTTTTGCAAAAATTCACTCCATGATAATGTGAATCCTTCCCTTGAATTATTTGTGGGAAATGGTGGTGGTGATTCAACTTTACCACATTG
GCCAGTGCATTCTCAGGATGCAACATTCACCTTGTTTGGAACAGATGCAGATGTTCCTGATGCCACTGGAAACTCATGGCATGATTCTGCGGTACACCCTTCACCTTTCAATACATATAGCATGGATCAACAACAACACCAAGAACAACAAGACAACAGGTTGTTTGGGTCAAGAATTTCTGAATATAGACAGCCCTTGG
ATTGCTCTCCAGGTTATTTGAATACAGCAGCTAGTGATGATCAAAATGACAACTCAAGGGATATTGGAACTGCAAATGTTCCGCTGCAGTTCTTTCTTCCACCCCAGCCAGCTCGAGAATCTGCTCAGGGTGATAGAAGGGAACCAAGGGAGCCATCTATTACTCCTGATGATGTTGTTGAGACCAATTGGATTTCGCTT
GGCTTAGGTGGTGGCAATACATTGGCTGAAACACACACCCAGGAGCGTGTTGAAGAAATGCATGATAGGCCACAGTCTGAACATGAGAGAGGGGGACTGGACTCCTTAGCTAACACAGCTTCTGTGCTTCTGAATATGAGCAACAATAAAGCTCAAAAAGCATCAACCAATAATTGTGGGTCTGCACGCCTATTCTCTTA
TCATCAACGGCCACGATCAGCTCGTCCAAGGTTATATCTTCCAGTCGAATCTGATTCTGATTAAATGGAGCTCCTGTAATATATGAAGCAACTCTAGTCATGTATAAAATTTTGATATTGAGGTCATCAGCTTGTCCATGAGTCAGgtaactaatttatgttgttaatgattaaatttcccaccttggtcagaagtcatt
atatacttaagttgagggcgatacatttgtagGAACGACTGCAGTCTTATCACAATTTTGTCTCGGGAGTTAGTAAAATGCATTGGGCAATGCATAACAATGCAATGCTGCAGCAACTTTAATTCCAAAAGTTACTTTGTCAGTGAGTTTTGTGCTCTGGGCATGGCCAAATGATGTATAAGACAAATCTTTATGAGATG
TGAAGCAAGAGAGTAGATGGTATCTGTATATACAATGTATAATTAGATCCGTCCTATCATTGGATGCTGGCTCTTAGCTGTAGCTTTTGCATGTAAACCTAATTCAGACTGTTGGCAATATTTGGTAAAGACCAGTCTCATGCACGACTCTAAATTTAAGTCGGTTCATGGATCCAAGTAATCCTAATCATGGTGTTTTG
AGACCATGTTGCTTGCTGCAACCATGGTTTTCATTATAGTTTCATGGCAGGTACATTCTCTGCTTGTGACAGTTAACAACATATTAGATTGGACAAAATTTGTGGACAAGCATCAGATCAACTGTTATCTAGCTCGATAACCTGGTCTATACTCTTGCTTGAGACAGGTGACCCTAATCAGTTTTTACTTTGATTCGAGT
TTGGGTGACTTGAATTTTGAATCTTGTATGGTACTGTTCTTTGTCAAGCAGTGCTCATGTACTGGATCTGATAGTCACATGTTAGTCAGATGAACTTTTGAACTGAAATTGAGCTTTCAACTGGCCAGGCCAATCAGATATTGAGGATGTGGGAACCCACGCTCTATCAATATGGAATGGACCAATGATATGGGTTATCT
CTATACATGCTTTGCCATGATTACTTATTCTACGGACCAAGGATTTGGTTGAACTTTGAAGCTATTGTTGCTGACCTTGGATGGATCACCCCTTATCCCATTCAGTTTTGTTGTTGTAATCATATTTCTGAGTGGAGTTGTGCTGAAACTGACAAGTTACTAATCTGATTTCCCTTGTTTATTGGTATTCTTTCAATTCA
TTTCAGTTGAACTTGAACAGTGGATCATATCCCAAAAGAACATCATAATGGTGTTCATTAAGCACCAGATTGCTGGTATGACTTGCATGCCAGGTTATTAGTGGTGGCAAAGCAATGTACCATGTAAAATATTCATTGATACTAGTTAATATTTGAATTGTGCCATGATCTTAGTGTCTTTCCTTAGTATTAAAAAA
Intron 8 GTTTGATTTG ... TGTTAAGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 21.06 | 53.5 | 14 | 6 |
| A2 | 29.26 | 49.8 | 20 | 5 |
| A3 | 35.65 | 78.5 | 42 | 0 |
| A4 | 35.98 | 44 | 24 | 1 |
| A5 | 26.98 | 47.3 | 17 | 8 |
| A6 | 0 | 3 | 0 | 0 |
| A7 | 27.99 | 25 | 9 | 0 |
| A8 | 37.27 | 6.8 | 4 | 0 |
| A9 | 28.23 | 29.3 | 11 | 0 |
| A10 | 27.95 | 52.5 | 20 | 0 |
>TRINITY_DN106323_c0_g1_i1 from sample A5 / Example spliced isoformCTAAACCTCAAAAAAAAAAGAGAGAGTAAAGTGGGAAGCATTTAGCTTTCTACAATCGTTCCTTGTGGCTCTCCTCCATTCCGTCTCAAGTTCGCCGTCTCTCTCTTTCTGCGTGGACGGGGTTGAGGGAGAGGAAGAAGTTACGCGTAAAATCAAGTCAAGGAATATTATTCAGAAAACAAGCAAAGGTGGAAGGATCG
ATCCCTGACGTGCAAGCACCAGATCATCTCAAGTTTTGGCCTACGCAGCTGGTTGTTGTGGGAGATATTGTAGGGTTCTTCCACCGGTGAAATTCGATGGATCAGTGGTGTTTATTTACGGTATGTCGTAGGGTGCCCTAAAATTGGTTTGAACAATTCGAATTGGGAGGGGGGTTTTGCGACCCTTTCACCGAGGGACT
CTGAGCTACATATAGCTAATTGGGCTCGGGAGGGATATGCAGAGGGGCACAAGATAGCGGCCATGGACAGTCTCGTCTCTCGCTATCAGAAAAAACTTGAAACCTTCCGCATCAAAGAGCTAAAAGATGTTCTGGGTAACATTGGCATAGCAAAGCAGGGGAAGAAGCAGGTGCTTTTGGAGAGAATAATAGCAGTGCTC
TCTGCAAGTGATCAACAAGGGTATAAATCCAATGGGTTTGGAAAGAAGCATTCTATAGGCAGGGAGGAGGTTGCAAAAGTCATTGATAACATTTTCAGTAAAAGAAACGGATCTGTGACTCCTGAGCTCAGTTCAAAAAACCAAAATGGCCAAATTTCACATGCTCATTTTCAAGCAGATGAATTTCAGGAGCCTGCTGT
ACCAGAAGCCAAGACCCGCTGCCCTTGTGGAAGCTCAGTGGACGTTGATACAATGATTCAATGTGACGACAAAAAGTGTGGCGTTTGGCAACATTTGGCTTGTGTTATAATTCCTGAAAAGCCAGTTGAAAATTTCCAGCCAGAGATTCCCTCGCAATACTACTGTGAAGTGTGCCGCATCAACCGTGGTGATCCGTTTT
GTGTGACAATGGCACAACCTTTGAATCCTACAAAGCTCACAACTTCTATCATGACGGCAGATGGACCAAGCCAGTTGCAGAATGTGGAGAAAGCCTTTGTATTGACAAAGGCAGACAAGGACTTATTGCAGAAACCTGGTTATGATCTTCAGGCCTGGTGCCTTCTTCTGAATGATAAAGTTCCCTTTAGGATGCACTGG
CCACAATATGCTGATCTGCGGGTAAATGGGATGGCAGTGTGGGTGACAAACAGACAGGGTCCTCAGTTGCTGGGAATCAATGGCCGTGATGATGGTCCTGGGATCACAGCATGGACTAGTGAAGGAACTAATAAAATATCACTCTCAGCATATGATGCCCGTCCTTTCTGCTTGGGAGTAAGAATCATCCATCGCCGGAC
AGTTCAACAGGTGTTGAGCTTGGTGACAAGTCAATCAGAAGGAGAACTATTTGAAGAATCCCTTGGACGTGTTAAGCGTTGTGTTGGAGGTGGTGCATCTCTAGGGAATTCAGATGATAGTGATAGTGATTTAGAAGTGGTAGCAGAATCTGTTTCAATGAATCTTCGCTGCCCTCTAAGTGGATCACGTATAAAGGTTG
CTGGAAGGTTCAAACCTTGCATTCATATGGGGTGTTTTGACATCAACACTTTTGTAGAACTCAACCAGCGTGCACGGAAGTGGCAGTGTCCAATATGTATGAAGAATTATTCATTGGAGGACATTTTAATTGACCCATATTTCAATTGCATTACATCACATATAAAAAACTACCCCGAGGATGTAACTGAAGTTGAAGTG
AAACCGGATGGCTGTTGGCGTCCAAAACATGATGGTGAAAACAAGTTACATGAGGATTGGAGATTGCCTGATGGATCCATCAATATGAAAAGTCAAGATATCAAGAATCAGAATGTAATTTTGAAACAGGTAAAGCAGGACCCTTGGAAAAAGGTAAAGCAGGAGGATGTCTTATCAGAAGGGCGTATGACATTGAAAAT
TGGAATCAAGAGGAATCAAGATGGTTCCTGGAAAGTGAGTGGTGCAGATATTCAACCTTCTGAAGCGAACAATATGTCTAAAGAAATTGGTAAGCAGAAATTCAAAGCCATGCTTCATAGCAGCAGCAGCGCAACTGCTAGCAACAGAGTTGATGAAGATGCAAGTGTTAACCAAGAAGCAAGTTGGAACCTGGAATTTT
CAGAAAATAATGATGCTGACTTTGATTCCACATCTTTAGGCAATGCCTGCCCTCCATGTAAATCTGGCAGGCTTGTTCATTCACAGGCCCATAAAGAGTCTGAAGTTGTAGTTCTAAGTGATTCAGAAGAGGAGAATGGGGATGAACTAAACATTGGTTCGTCAGCTACATCGGCATTTGTGGGTTCAGATAATCTTGGT
CCAGGTGGATCATTAATGTTAAATTGTCAAGAAGTTTTACCAGAGGGTGCACAGGTTGATAGCAGTCATATTCCATTCATTCCTGCTAGTTCATCTAGACCTCGGAATTCCTTTTGCAAAAATTCACTCCATGATAATGTGAATCCTTCCCTTGAATTATTTGTGGGAAATGGTGGTGGTGATTCAACTTTACCACATTG
GCCAGTGCATGCTCAGGATGCAACATTCACCTTGTTTGGAACAGATGCAGATGTTCCTGATGCCACTGGAAACTCATGGCATGATTCTGCGGTACACCCTTCACCTTTCAATACATATAGCATGGATCAACAACAACACCAAGAACAACAAGACAACAGGTTGTTTGGGTCAAGAATTTCTGAATATAGACAGCCCTTGG
ATTGCTCTCCAGGTTATTTGAATACAGCAGCTAGTGATGATCAAAATGACAACTCAAGGGATATTGGAACTGCAAATGTTCCGCTGCAGTTCTTTCTTCCACCCCAGCCAGCTCGAGAATCTGCTCAGGGTGATAGAAGGGAACCAAGGGAGCCATCTATTACTCCTGATGATGTTGTTGAGACCAATTGGATTTCGCTT
GGCTTAGGTGGTGGCAATACATTGGCTGAAACACACACCCAGGAGCGTGTTGAAGAAATGCATGATAGGCCACAGTCTGAACATGAGAGAGGGGGACTGGACTCCTTAGCTAACACAGCTTCTGTGCTTCTGAATATGAGCAACAATAAAGCTCAAAAAGCATCAACCAATAATTGTGGGTCTGCACGCCTATTCTCTTA
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AGTGGATCATATCCCT
>TRINITY_DN106323_c0_g1_i2 from sample A5 / Example unspliced isoform:CTAAACCTCAAAAAAAAAAGAGAGAGTAAAGTGGGAAGCATTTAGCTTTCTACAATCGTTCCTTGTGGCTCTCCTCCATTCCGTCTCAAGTTCGCCGTCTCTCTCTTTCTGCGTGGACGGGGTTGAGGGAGAGGAAGAAGTTACGCGTAAAATCAAGTCAAGGAATATTATTCAGAAAACAAGCAAAGGTGGAAGGATCG
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