sp|Q43848|TKTC_SOLTU ----> Transketolase, chloroplastic


Intron 1 GTATGATCCT ... ATGGTAACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A121.2316850
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A1017.256331320



>TRINITY_DN99975_c0_g1_i2 from sample A4 / Example spliced isoform
CGAGGCCTTTTTTTTCTTTGAAGACTCCGCCCCCGGTGGATCAGAGTCCCCAGCTTCAATTCTGAGCATTTGGGTAGCATAAGCTGCCGCGTATCTGAACCAGTTGTTCTTAGATTCCTCAACCATGGCCACTTCCTTCACTGTCTCACGGGCTTCTGCGGGCTCTGTTACTGCCACTGCATTGAATAACGCCATACAAT
CTGAACGCCTGAGCTCCTCTGCCTCGCCAGCGGGCTTTGGCTTCAGTAAATTTGCAGGATTGAAGCTCCGGTCACATGGTAAGGTTGCCTGCTCTTCGAGAAGCCCTTCCCATAGGCGCCTGAGATCGTCGGCCCCCAAGGTCGTTAGGGCTGCTGCGGTTGAGACTCTGGAGACCACCAGCACTGCCTTGGTTGAGAAA
TCGATCAATACCATTCGTTTTCTGGCCATCGATGCCGTCGAGAAGGCCAATTCCGGGCACCCTGGGTTGCCCATGGGGTGCGCCCCAATGGGTCATGTTTTATATGATGAGGTCATGAAGTATAATCCCAAGAATCCCTATTGGTTTAACCGGGATCGGTTCGTGCTTAGCGCTGGACACGGGTGTATGTTGCAGTACGC
TCTCTTGCATCTGGCTGGGTTCGACAGCGTGAAGGAAGAGGATTTGAAGAGCTTCCGTCAGTGGGGGAGCAGAGCGCCAGGACATCCTGAGAATTTTGAGACTCCTGGTGTGGAAGTCACAACTGGTAAGCTCATGTATTCAATAAGAGCATGCTATTTCGATGTCACAGTTGCTGCATTAATGATGAAAGAAGTATAAA
TTTGATGTATGCTTATGACCTACCACGCAGGACCACTTGGCCAAGGAATTGCTAATGCAGTTGGTTTGGCACTTGCTGAGAAACATCTAGCGGCTAGATACAATAAGCCAGACTCCACTATTGTTGATCATTACACGTAATGTCATTTTTGGGTTTCAAGATTTGAAAGTTGCATGAATGAATTATTCTTTTGAACATTT
TGGATTAATAGCATCATTAAAATTAAAAAAAATCTATTACATATCTGATGCTCTGAATGATCTCAGATATTGTATTGTTGGCGATGGCTGCCAAATGGAGGGTATTTCCAACGAGGCCTGCTCGATTGCTGGACACTGGGGCCTGGGCAAGCTGATTGCTTTCTATGATGACAATCACATCTCTATAGATGGTGACACCG
AGATTGCATTCACAGAGGATGTTACCACTCGTTTTGAAGGTCTGGGATGGCACACTATCTGGGTTAAGAATGGTAATACAGGTTATGATGAAATTCGTGCTGCTATTGAGGAGGCCAAATCTGTGAAGGATAGACCTACTATGATTAAGGTCACTACTACTATTGGCTTTGGCTCACCAAATAAGGCAAACAGTTACAGT
GTACATGGAAGTGCTTTGGGTGCAAAGGAGGTTGATGCGACCAGGCAGAATTTGGGTTGGCCTCATCCGCCTTTCCACGTACCAGAGGAGGTTAAGAGTCATTGGAGTAGGCACGCGGCAAGAGGTGCAGCTTTTGAAGCAGATTGGTCATCGAAACTTGCAGAACATGAGAAGAAATACCCTGAGGAAGCCGCGGAGTT
CAAGGCACTAATCAGTGGTAAATTGCCTGAAGGGTGGGATAAGGCTCTGCCGGTATATACTACAGAGAGCCCTGCTGATGCTACTCGAAATTTATCTCAACAATGTTTGAATGCACTCGCAAGGGCTCTTCCCGGACTCTTGGGTGGAAGTGCAGATCTTGCATCATCCAACATGACTCTGTTAAAAATGTTTGGTGACT
TCCAGAAGGATACTCCTGCTGAGCGCAATGTCCGTTTTGGAGTGCGTGAGCATTCCATGGGAGCTATCTGCAATGGGATAGCCCACCATGCAAGTGGCCTCATTCCTTATTGTGCTACTTTCTTTGTTTTCACAGATTACATGAGAGCAGCTATTAGAATTTCTGCACTCTCTGAAGCTGGTGTTATCTATGTAATGACC
CATGATTCTATTGGTCTCGGAGAAGATGGGCCCACCCATCAACCAATAGAGCACTTGGCAAGCTTTAGAGCAATGCCCAATGTTTTGATGTTCCGGCCAGCTGATGGAAAGGAGACAGCTGGAGCTTACAAGGTTGCTATTCTCAATAGAAAGAGGCCATCAATACTTGCTCTGTCCCGTCAAAAACTCCCACATCTTGC
TGGTTCTTCTATAGAGGGCGTTGAGAAAGGAGGCTACATTGTCAGTGACAATTCCTCTGGCAATAAGCCTGACGTCATTCTTATGGGTAGTGGTTCTGAGATTGAGATTGCTGAGAAAGCTGCAGTTACTCTGAGGAGTGAAGGGAAAGCTGTTAGAGTTGTTTCCTTCGTCTGTTGGGAATTATTCGAGGAGCAAACTC
CAGCGTACAAGGAAAGTGTGCTCCCAGTAGCAGTTGCTGCAAGGGTCAGTGTGGAAGCTGGTTCAACTTTTGGTTGGGAAAAGTACGTAGGATCCAAAGGAAAGGCTATTGGGATTGACAGGTTTGGTGCTAGCGCTCCGGCTGGAATCTTGTACAAGGAGTTTGGCCTCACTGCTGACAATGTGGTTGCAACTGCTAAA
CAAGTCTTAGCATAGATTTGCTCTGAGATTGTAGTTTGAGAGCAAGCTCATCCTATTGCTGGATGGCGTATTTTCTTTCCATTTTGTAGATTTTTCAGAGGATAGGAGTAGAGTGGGATACATGTCATTTAATAGCAAATGGCTAAATCTCTATGCAATAAATATTTTATTTTGCATGAAGCAGAGTTGCCTACTCTTGC
AGTTGGTATTGAGCCTATCTAAGTGTCTTACAGGACGGTGTAATCAATGTTTCCATTTATTGAAATTCAAGCTGTCTAACCATACTGATCGAAGTTATTGGAAACAGTTTATCTAGTGTTTGCCTTACTAGGAAACATCTTGTGTTCTATGCATGCCTAACTTTATTTTTCGGAAAAAATGGATTTTATTTTTCTTTACT
GAACAGTAAGAATTTGTTAGGAATTGTAATGGGTATT


>TRINITY_DN99975_c0_g1_i1 from sample A4 / Example unspliced isoform:
CGAGGCCTTTTTTTTCTTTGAAGACTCCGCCCCCGGTGGATCAGAGTCCCCAGCTTCAATTCTGAGCATTTGGGTAGCATAAGCTGCCGCGTATCTGAACCAGTTGTTCTTAGATTCCTCAACCATGGCCACTTCCTTCACTGTCTCACGGGCTTCTGCGGGCTCTGTTACTGCCACTGCATTGAATAACGCCATACAAT
CTGAACGCCTGAGCTCCTCTGCCTCGCCAGCGGGCTTTGGCTTCAGTAAATTTGCAGGATTGAAGCTCCGGTCACATGGTAAGGTTGCCTGCTCTTCGAGAAGCCCTTCCCATAGGCGCCTGAGATCGTCGGCCCCCAAGGTCGTTAGGGCTGCTGCGGTTGAGACTCTGGAGACCACCAGCACTGCCTTGGTTGAGAAA
TCGATCAATACCATTCGTTTTCTGGCCATCGATGCCGTCGAGAAGGCCAATTCCGGGCACCCTGGGTTGCCCATGGGGTGCGCCCCAATGGGTCATGTTTTATATGATGAGGTCATGAAGTATAATCCCAAGAATCCCTATTGGTTTAACCGGGATCGGTTCGTGCTTAGCGCTGGACACGGGTGTATGTTGCAGTACGC
TCTCTTGCATCTGGCTGGGTTCGACAGCGTGAAGGAAGAGGATTTGAAGAGCTTCCGTCAGTGGGGGAGCAGAGCGCCAGGACATCCTGAGAATTTTGAGACTCCTGGTGTGGAAGTCACAACTGGACCACTTGGCCAAGGAATTGCTAATGCAGTTGGTTTGGCACTTGCTGAGAAACATCTAGCGGCTAGATACAATA
AGCCAGACTCCACTATTGTTGATCATTACACATATTGTATTGTTGGCGATGGCTGCCAAATGGAGGGTATTTCCAACGAGGCCTGCTCGATTGCTGGACACTGGGGCCTGGGCAAGCTGATTGCTTTCTATGATGACAATCACATCTCTATAGATGGTGACACCGAGATTGCATTCACAGAGGATGTTACCACTCGTTTT
GAAGGTCTGGGATGGCACACTATCTGGGTTAAGAATGGTAATACAGGTTATGATGAAATTCGTGCTGCTATTGAGGAGGCCAAATCTGTGAAGGATAGACCTACTATGATTAAGGTCACTACTACTATTGGCTTTGGCTCACCAAATAAGGCAAACAGTTACAGTGTACATGGAAGTGCTTTGGGTGCAAAGGAGGTTGA
TGCGACCAGGCAGAATTTGGGTTGGCCTCATCCGCCTTTCCACGTACCAGAGGAGGTTAAGAGgtatgatcctctccacagaagttctgcttattctcaaactttcttgagagttcatttcatcagtctttaaaaatctttgttgtatggtaacagTCATTGGAGTAGGCACGCG




Intron 2 GTAAGCTCAT ... TACCACGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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A314.632975312.8
A418.6424159.318.5
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A616.483327012.5
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A814.4820937.514.3
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A1015.74597118.833



>TRINITY_DN113697_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform
TCTCACGTGGTGGCGATCTGATGGTCAAGATCTGTTTTGGTGTTACCGAACAACACGAGCTTCGAGGCCTTTTTTTTCTTTGAAGACTCCGCGCCCCCGGTGGATCAGAGTCTCTAGCTTCAATTCTGAGCATTTGGGTAGCATAAGCTGCCGCGTATCTGAACCAGTTGTTCTTAGATTCCTCAACCATGGCCACTTCC
TTCACTGTCTCACGGGCTTCTGCGGGCTCTGTTACTGCCACTGCATTGAATAACGCCATACAATCTGAACGCCTGAGCTCCTCTGCCTCGCCAGCGGGCTTTGGCTTCAGTAAATTTGCAGGATTGAAGCTCCGGTCACATGGTAAGGTTGCCTGCTCTTCGAGAAGCCCTTCCCATAGGCGCCTGAGATCGTCGGCCCC
CAAGGTCGTTAGGGCTGCTGCGGTTGAGACTCTGGAGACCACCAGCACTGCCTTGGTTGAGAAATCGATCAATACCATTCGTTTTCTGGCCATCGATGCCGTCGAGAAGGCCAATTCCGGGCACCCTGGGTTGCCCATGGGGTGCGCCCCAATGGGTCATGTTTTATATGATGAGGTCATGAAGTATAATCCCAAGAATC
CCTATTGGTTTAACCGGGATCGGTTCGTGCTTAGCGCTGGACACGGGTGTATGTTGCAGTACGCTCTCTTGCATCTGGCTGGGTTCGACAGCGTGAAGGAAGAGGATTTGAAGAGCTTCCGTCAGTGGGGGAGCAGAGCGCCAGGACATCCTGAGAATTTTGAGACTCCTGGTGTGGAAGTCACAACTGGACCACTTGGC
CAAGGAATTGCTAATGCAGTTGGTTTGGCACTTGCTGAGAAACATCTAGCGGCTAGATACAATAAGCCAGACTCCACTATTGTTGATCATTACACATATTGTATTGTTGGCGATGGCTGCCAAATGGAGGGTATTTCCAACGAGGCCTGCTCGATTGCTGGACACTGGGGCCTGGGCAAGCTGATTGCTTTCTATGATGA
CAATCACATCTCTATAGATGGTGACACCGAGATTGCATTCACAGAGGATGTTACCACTCGTTTTGAAGGTCTGGGATGGCACACTATCTGGGTTAAGAATGGTAATACAGGTTATGATGAAATTCGTGCTGCTATTGAGGAGGCCAAATCTGTGAAGGATAGACCTACTATGATTAAGGTCACTACTACTATTGGCTTTG
GCTCACCAAATAAGGCAAACAGTTACAGTGTACATGGAAGTGCTTTGGGTGCAAAGGAGGTTGATGCGACCAGGCAGAATTTGGGTTGGCCTCATCCGCCTTTCCACGTACCAGAGGAGGTTAAGAGTCATTGGAGTAGGCACGCGGCAAGAGGTGCAGCTTTTGAAGCAGATTGGTCATCGAAACTTGCAGAACATGAG
AAGAAATACCCTGAGGAAGCCGCGGAGTTCAAGGCACTAATCAGTGGTAAATTGCCTGAAGGGTGGGATAAGGCTCTGCCGGTATATACTACAGAGAGCCCTGCTGATGCTACTCGAAATTTATCTCAACAATGTTTGAATGCACTCGCAAGGGCTCTTCCCGGACTCTTGGGTGGAAGTGCAGATCTTGCATCATCCAA
CATGACTCTGTTAAAAATGTTTGGTGACTTCCAGAAGGATACTCCTGCTGAGCGCAATGTCCGTTTTGGAGTGCGTGAGCATTCCATGGGAGCTATCTGCAATGGGATAGCCCACCATGCAAGTGGCCTCATTCCTTATTGTGCTACTTTCTTTGTTTTCACAGATTACATGAGAGCAGCTATTAGAATTTCTGCACTCT
CTGAAGCTGGTGTTATCTATGTAATGACCCATGATTCTATTGGTCTCGGAGAAGATGGGCCCACCCATCAACCAATAGAGCACTTGGCAAGCTTTAGAGCAATGCCCAATGTTTTGATGTTCCGGCCAGCTGATGGAAAGGAGACAGCTGGAGCTTACAAGGTTGCTATTCTCAATAGAAAGAGGCCATCAATACTTGCT
CTGTCCCGTCAAAAACTCCCACATCTTGCTGGTTCTTCTATAGAGGGCGTTGAGAAAGGAGGCTACATTGTCAGTGACAATTCCTCTGGCAATAAGCCTGACGTCATTCTTATGGGTAGTGGTTCTGAGATTGAGATTGCTGAGAAAGCTGCAGTTACTCTGAGGAGTGAAGGGAAAGCTGTTAGAGTTGTTTCCTTCGT
CTGTTGGGAATTATTCGAGGAGCAAACTCCAGCGTACAAGGAAAGTGTGCTCCCAGTAGCAGTTGCTGCAAGGGTCAGTGTGGAAGCTGGTTCAACTTTTGGTTGGGAAAAGTACGTAGGATCCAAAGGAAAGGCTATTGGGATTGACAGGTTTGGTGCTAGCGCTCCGGCTGGAATCTTGTACAAGGAGTTTGGCCTCA
CTGCTGACAATGTGGTTGCAACTGCTAAACAAGTCTTAGCATAGATTTGCTCTGAGATTGTAGTTTGAGAGCAAGCTCATCCTATTGCTGGATGGCGTATTTTCTTTCCATTTTGTAGATTTTTCAGAGGATAGGAGTAGAGTGGGATACATGTCATTTAATAGCAAATGGCTAAATCTCTATGCAATAAATATTTTATT
TTGCATGAAGCAGAGTTGCCTACTCTTGCAGTTGGTATTGAGCCTATCTAAGTGTCTTACAGGACGGTGTAATCAATGTTTCCATTTATTGAAATTCAAGCTGTCTAACCATACTGATCGAAGTTATTGGAAACAGTTTATCTAGTGTTTGCCTTACTAGGAAACATCTTGTGTTCTATGCATGCCTAACTTTATTTTTC
GGAAAAAATGGATTTTATTTTTCTTTACTGAACAGTAAGAATTTGTTAGGAATTGTAATGGGT


>TRINITY_DN113697_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:
CTTTTGTAAATCTTAATTTAATGGGTAAAATGGAAGTACTTGAATTTGAAAAATACAAGCTGTCATGGACTACCGTAGGGTTGAATTATCTGAAGTCATATTGTTCTTTCTTTATTTTAGGAAGAGGATTTGAAGAGCTTCCGTCAGTGGGGGAGCAGAGCGCCAGGACATCCTGAGAATTTTGAGACTCCTGGTGTGGA
AGTCACAACTGgtaagctcatgtattcaataagagcatgctatttcgatgtcacagttgctgcattaatgatgaaagaagtataaatttgatgtatgcttatgacctaccacgcagGACCACTTGGCCAAGGAATTGCTAATGCAGTTGGTTTGGCACTTGCTGAGAAACATCTAGCGGCTAGATACAATAAGCCAGACT
CCACTATTGTTGATCATTACACATATTGTATTGTTGGCGATGGCTGCCAAATGGAGGGTATTTCCAACGAGGCCTGCTCGATTGCTGGACACTGGGGCCTGGGCAAGCTGATTGCTTTCTATGATGACAATCACATCTCTATAGATGGTGACACCGAGATTGCATTCACAGAGGATGTTACCACTCGTTTTGAAGGTCTG
GGATGGCACACTATCTGGGTTAAGAATGGTAATACAGGTTATGATGAAATTCGTGCTGCTATTGAGGAGGCCAAATCTGTGAAGGATAGACCTACTATGATTAAGGTCACTACTACTATTGGCTTTGGCTCACCAAATAAGGCAAACAGTTACAGTGTACATGGAAGTGCTTTGGGTGCAAAGGAGGTTGATGCGACCAG
GCAGAATTTGGGTTGGCCTCATCCGCCTTTCCACGTACCAGAGGAGGTTAAGAGTCATTGGAGTAGGCACGCGGCAAGAGGTGCAGCTTTTGAAGCAGATTGGTCATCGAAACTTGCAGAACATGAGAAGAAATACCCTGAGGAAGCCGCGGAGTTCAAGGCACTAATCAGTGGTAAATTGCCTGAAGGGTGGGATAAGG
CTCTGCCGGTATATACTACAGAGAGCCCTGCTGATGCTACTCGAAATTTATCTCAACAATGTTTGAATGCACTCGCAAGGGCTCTTCCCGGACTCTTGGGTGGAAGTGCAGATCTTGCATCATCCAACATGACTCTGTTAAAAATGTTTGGTGACTTCCAGAAGGATACTCCTGCTGAGCGCAATGTCCGTTTTGGAGTG
CGTGAGCATTCCATGGGAGCTATCTGCAATGGGATAGCCCACCATGCAAGTGGCCTCATTCCTTATTGTGCTACTTTCTTTGTTTTCACAGATTACATGAGAGCAGCTATTAGAATTTCTGCACTCTCTGAAGCTGGTGTTATCTATGTAATGACCCATGATTCTATTGGTCTCGGAGAAGATGGGCCCACCCATCAACC
AATAGAGCACTTGGCAAGCTTTAGAGCAATGCCCAATGTTTTGATGTTCCGGCCAGCTGATGGAAAGGAGACAGCTGGAGCTTACAAGGTTGCTATTCTCAATAGAAAGAGGCCATCAATACTTGCTCTGTCCCGTCAAAAACTCCCACATCTTGCTGGTTCTTCTATAGAGGGCGTTGAGAAAGGAGGCTACATTGTCA
GTGACAATTCCTCTGGCAATAAGCCTGACGTCATTCTTATGGGTAGTGGTTCTGAGATTGAGATTGCTGAGAAAGCTGCAGTTACTCTGAGGAGTGAAGGGAAAGCTGTTAGAGTTGTTTCCTTCGTCTGTTGGGAATTATTCGAGGAGCAAACTCCAGCGTACAAGGAAAGTGTGCTCCCAGTAGCAGTTGCTGCAAGG
GTCAGTGTGGAAGCTGGTTCAACTTTTGGTTGGGAAAAGTACGTAGGATCCAAAGGAAAGGCTATTGGGATTGACAGGTTTGGTGCTAGCGCTCCGGCTGGAATCTTGTACAAGGAGTTTGGCCTCACTGCTGACAATGTGGTTGCAACTGCTAAACAAGTCTTAGCATAGATTTGCTCTGAGATTGTAGTTTGAGAGCA
AGCTCATCCTATTGCTGGATGGCGTATTTTCTTTCCATTTTGTAGATTTTTCAGAGGATAGGAGTAGAGTGGGATACATGTCATTTAATAGCAAATGGCTAAATCTCTATGCAATAAATATTTTATTTTGCATGAAGCAGAGTTGCCTACTCTTGCAGTTGGTATTGAGCCTATCTAAGTGTCTTACAGGACGGTGTAAT
CAATGTTTCCATTTATTGAAATTCAAGCTGTCTAACCATACTGATCGAAGTTATTGGAAACAGTTTATCTAGTGTTTGCCTTACTAGGAAACATCTTGTGTTCTATGCATGCCTAACTTTATTTTTCGGAAAAAATGGATTTTATTTTTCTTTACTGAACAGTAAGAATTTGTTAGGAATTGTAATGGGT




Intron 3 GTAATGTCAT ... ATGATCTCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A156.72138.525.543
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A357.2494.515.832
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A657.8113516.350
A755.2820338.348
A857.3381.518.528
A957.3817924.362
A1056.1917730.550



>TRINITY_DN99975_c0_g1_i5 from sample A4 / Example spliced isoform
CGAGGCCTTTTTTTTCTTTGAAGACTCCGCCCCCGGTGGATCAGAGTCCCCAGCTTCAATTCTGAGCATTTGGGTAGCATAAGCTGCCGCGTATCTGAACCAGTTGTTCTTAGATTCCTCAACCATGGCCACTTCCTTCACTGTCTCACGGGCTTCTGCGGGCTCTGTTACTGCCACTGCATTGAATAACGCCATACAAT
CTGAACGCCTGAGCTCCTCTGCCTCGCCAGCGGGCTTTGGCTTCAGTAAATTTGCAGGATTGAAGCTCCGGTCACATGGTAAGGTTGCCTGCTCTTCGAGAAGCCCTTCCCATAGGCGCCTGAGATCGTCGGCCCCCAAGGTCGTTAGGGCTGCTGCGGTTGAGACTCTGGAGACCACCAGCACTGCCTTGGTTGAGAAA
TCGATCAATACCATTCGTTTTCTGGCCATCGATGCCGTCGAGAAGGCCAATTCCGGGCACCCTGGGTTGCCCATGGGGTGCGCCCCAATGGGTCATGTTTTATATGATGAGGTCATGAAGTATAATCCCAAGAATCCCTATTGGTTTAACCGGGATCGGTTCGTGCTTAGCGCTGGACACGGGTGTATGTTGCAGTACGC
TCTCTTGCATCTGGCTGGGTTCGACAGCGTGAAGGAAGAGGATTTGAAGAGCTTCCGTCAGTGGGGGAGCAGAGCGCCAGGACATCCTGAGAATTTTGAGACTCCTGGTGTGGAAGTCACAACTGGACCACTTGGCCAAGGAATTGCTAATGCAGTTGGTTTGGCACTTGCTGAGAAACATCTAGCGGCTAGATACAATA
AGCCAGACTCCACTATTGTTGATCATTACACATATTGTATTGTTGGCGATGGCTGCCAAATGGAGGGTATTTCCAACGAGGCCTGCTCGATTGCTGGACACTGGGGCCTGGGCAAGCTGATTGCTTTCTATGATGACAATCACATCTCTATAGATGGTGACACCGAGATTGCATTCACAGAGGATGTTACCACTCGTTTT
GAAGGTCTGGGATGGCACACTATCTGGGTTAAGAATGGTAATACAGGTTATGATGAAATTCGTGCTGCTATTGAGGAGGCCAAATCTGTGAAGGATAGACCTACTATGATTAAGGTCACTACTACTATTGGCTTTGGCTCACCAAATAAGGCAAACAGTTACAGTGTACATGGAAGTGCTTTGGGTGCAAAGGAGGTTGA
TGCGACCAGGCAGAATTTGGGTTGGCCTCATCCGCCTTTCCACGTACCAGAGGAGGTTAAGAGTCATTGGAGTAGGCACGCGGCAAGAGGTGCAGCTTTTGAAGCAGATTGGTCATCGAAACTTGCAGAACATGAGAAGAAATACCCTGAGGAAGCCGCGGAGTTCAAGGCACTAATCAGTGGTAAATTGCCTGAAGGGT
GGGATAAGGCTCTGCCGGTATATACTACAGAGAGCCCTGCTGATGCTACTCGAAATTTATCTCAACAATGTTTGAATGCACTCGCAAGGGCTCTTCCCGGACTCTTGGGTGGAAGTGCAGATCTTGCATCATCCAACATGACTCTGTTAAAAATGTTTGGTGACTTCCAGAAGGATACTCCTGCTGAGCGCAATGTCCGT
TTTGGAGTGCGTGAGCATTCCATGGGAGCTATCTGCAATGGGATAGCCCACCATGCAAGTGGCCTCATTCCTTATTGTGCTACTTTCTTTGTTTTCACAGATTACATGAGAGCAGCTATTAGAATTTCTGCACTCTCTGAAGCTGGTGTTATCTATGTAATGACCCATGATTCTATTGGTCTCGGAGAAGATGGGCCCAC
CCATCAACCAATAGAGCACTTGGCAAGCTTTAGAGCAATGCCCAATGTTTTGATGTTCCGGCCAGCTGATGGAAAGGAGACAGCTGGAGCTTACAAGGTTGCTATTCTCAATAGAAAGAGGCCATCAATACTTGCTCTGTCCCGTCAAAAACTCCCACATCTTGCTGGTTCTTCTATAGAGGGCGTTGAGAAAGGAGGCT
ACATTGTCAGTGACAATTCCTCTGGCAATAAGCCTGACGTCATTCTTATGGGTAGTGGTTCTGAGATTGAGATTGCTGAGAAAGCTGCAGTTACTCTGAGGAGTGAAGGGAAAGCTGTTAGAGTTGTTTCCTTCGTCTGTTGGGAATTATTCGAGGAGCAAACTCCAGCGTACAAGGAAAGTGTGCTCCCAGTAGCAGTT
GCTGCAAGGGTCAGTGTGGAAGCTGGTTCAACTTTTGGTTGGGAAAAGTACGTAGGATCCAAAGGAAAGGCTATTGGGATTGACAGGTTTGGTGCTAGCGCTCCGGCTGGAATCTTGTACAAGGAGTTTGGCCTCACTGCTGACAATGTGGTTGCAACTGCTAAACAAGTCTTAGCATAGATTTGCTCTGAGATTGTAGT
TTGAGAGCAAGCTCATCCTATTGCTGGATGGCGTATTTTCTTTCCATTTTGTAGATTTTTCAGAGGATAGGAGTAGAGTGGGATACATGTCATTTAATAGCAAATGGCTAAATCTCTATGCAATAAATATTTTATTTTGCATGAAGCAGAGTTGCCTACTCTTGCAGTTGGTATTGAGCCTATCTAAGTGTCTTACAGGA
CGGTGTAATCAATGTTTCCATTTATTGAAATTCAAGCTGTCTAACCATACTGATCGAAGTTATTGGAAACAGTTTATCTAGTGTTTGCCTTACTAGGAAACATCTTGTGTTCTATGCATGCCTAACTTTATTTTTCGGAAAAAATGGATTTTATTTTTCTTTACTGAACAGTAAGAATTTGTTAGGAATTGTAATGGGTA
TT


>TRINITY_DN99975_c0_g1_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:
CGAGGCCTTTTTTTTCTTTGAAGACTCCGCCCCCGGTGGATCAGAGTCCCCAGCTTCAATTCTGAGCATTTGGGTAGCATAAGCTGCCGCGTATCTGAACCAGTTGTTCTTAGATTCCTCAACCATGGCCACTTCCTTCACTGTCTCACGGGCTTCTGCGGGCTCTGTTACTGCCACTGCATTGAATAACGCCATACAAT
CTGAACGCCTGAGCTCCTCTGCCTCGCCAGCGGGCTTTGGCTTCAGTAAATTTGCAGGATTGAAGCTCCGGTCACATGGTAAGGTTGCCTGCTCTTCGAGAAGCCCTTCCCATAGGCGCCTGAGATCGTCGGCCCCCAAGGTCGTTAGGGCTGCTGCGGTTGAGACTCTGGAGACCACCAGCACTGCCTTGGTTGAGAAA
TCGATCAATACCATTCGTTTTCTGGCCATCGATGCCGTCGAGAAGGCCAATTCCGGGCACCCTGGGTTGCCCATGGGGTGCGCCCCAATGGGTCATGTTTTATATGATGAGGTCATGAAGTATAATCCCAAGAATCCCTATTGGTTTAACCGGGATCGGTTCGTGCTTAGCGCTGGACACGGGTGTATGTTGCAGTACGC
TCTCTTGCATCTGGCTGGGTTCGACAGCGTGAAGGAAGAGGATTTGAAGAGCTTCCGTCAGTGGGGGAGCAGAGCGCCAGGACATCCTGAGAATTTTGAGACTCCTGGTGTGGAAGTCACAACTGGTAAGCTCATGTATTCAATAAGAGCATGCTATTTCGATGTCACAGTTGCTGCATTAATGATGAAAGAAGTATAAA
TTTGATGTATGCTTATGACCTACCACGCAGGACCACTTGGCCAAGGAATTGCTAATGCAGTTGGTTTGGCACTTGCTGAGAAACATCTAGCGGCTAGATACAATAAGCCAGACTCCACTATTGTTGATCATTACACgtaatgtcatttttgggtttcaagatttgaaagttgcatgaatgaattattcttttgaacattt
tggattaatagcatcattaaaattaaaaaaaatctattacatatctgatgctctgaatgatctcag
ATATTGTATTGTTGGCGATGGCTGCCAAATGGAGGGTATTTCCAACGAGGCCTGCTCGATTGCTGGACACTGGGGCCTGGGCAAGCTGATTGCTTTCTATGATGACAATCACATCTCTATAGATGGTGACACCG
AGATTGCATTCACAGAGGATGTTACCACTCGTTTTGAAGGTCTGGGATGGCACACTATCTGGGTTAAGAATGGTAATACAGGTTATGATGAAATTCGTGCTGCTATTGAGGAGGCCAAATCTGTGAAGGATAGACCTACTATGATTAAGGTCACTACTACTATTGGCTTTGGCTCACCAAATAAGGCAAACAGTTACAGT
GTACATGGAAGTGCTTTGGGTGCAAAGGAGGTTGATGCGACCAGGCAGAATTTGGGTTGGCCTCATCCGCCTTTCCACGTACCAGAGGAGGTTAAGAGTCATTGGAGTAGGCACGCGGCAAGAGGTGCAGCTTTTGAAGCAGATTGGTCATCGAAACTTGCAGAACATGAGAAGAAATACCCTGAGGAAGCCGCGGAGTT
CAAGGCACTAATCAGTGGTAAATTGCCTGAAGGGTGGGATAAGGCTCTGCCGGTATATACTACAGAGAGCCCTGCTGATGCTACTCGAAATTTATCTCAACAATGTTTGAATGCACTCGCAAGGGCTCTTCCCGGACTCTTGGGTGGAAGTGCAGATCTTGCATCATCCAACATGACTCTGTTAAAAATGTTTGGTGACT
TCCAGAAGGATACTCCTGCTGAGCGCAATGTCCGTTTTGGAGTGCGTGAGCATTCCATGGGAGCTATCTGCAATGGGATAGCCCACCATGCAAGTGGCCTCATTCCTTATTGTGCTACTTTCTTTGTTTTCACAGATTACATGAGAGCAGCTATTAGAATTTCTGCACTCTCTGAAGCTGGTGTTATCTATGTAATGACC
CATGATTCTATTGGTCTCGGAGAAGATGGGCCCACCCATCAACCAATAGAGCACTTGGCAAGCTTTAGAGCAATGCCCAATGTTTTGATGTTCCGGCCAGCTGATGGAAAGGAGACAGCTGGAGCTTACAAGGTTGCTATTCTCAATAGAAAGAGGCCATCAATACTTGCTCTGTCCCGTCAAAAACTCCCACATCTTGC
TGGTTCTTCTATAGAGGGCGTTGAGAAAGGAGGCTACATTGTCAGTGACAATTCCTCTGGCAATAAGCCTGACGTCATTCTTATGGGTAGTGGTTCTGAGATTGAGATTGCTGAGAAAGCTGCAGTTACTCTGAGGAGTGAAGGGAAAGCTGTTAGAGTTGTTTCCTTCGTCTGTTGGGAATTATTCGAGGAGCAAACTC
CAGCGTACAAGGAAAGTGTGCTCCCAGTAGCAGTTGCTGCAAGGGTCAGTGTGGAAGCTGGTTCAACTTTTGGTTGGGAAAAGTACGTAGGATCCAAAGGAAAGGCTATTGGGATTGACAGGTTTGGTGCTAGCGCTCCGGCTGGAATCTTGTACAAGGAGTTTGGCCTCACTGCTGACAATGTGGTTGCAACTGCTAAA
CAAGTCTTAGCATAGATTTGCTCTGAGATTGTAGTTTGAGAGCAAGCTCATCCTATTGCTGGATGGCGTATTTTCTTTCCATTTTGTAGATTTTTCAGAGGATAGGAGTAGAGTGGGATACATGTCATTTAATAGCAAATGGCTAAATCTCTATGCAATAAATATTTTATTTTGCATGAAGCAGAGTTGCCTACTCTTGC
AGTTGGTATTGAGCCTATCTAAGTGTCTTACAGGACGGTGTAATCAATGTTTCCATTTATTGAAATTCAAGCTGTCTAACCATACTGATCGAAGTTATTGGAAACAGTTTATCTAGTGTTTGCCTTACTAGGAAACATCTTGTGTTCTATGCATGCCTAACTTTATTTTTCGGAAAAAATGGATTTTATTTTTCTTTACT
GAACAGTAAGAATTTGTTAGGAATTGTAATGGGTATT




Intron 4 GTAATGTCAT ... ATGATCTCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A119.362778746
A218.821797112
A316.921894532
A418.291724235
A520.431113126
A616.672705652
A717.8140612650
A819.71635030
A917.83589164
A1017.583549853



>TRINITY_DN40671_c0_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoform
CCAGATTGCTCCCCGAACCTCAAACCAACGGTTCCGGCCTCTCACCAACTACATCCGACGGACCAGATTCTATAAATCCTATGGTTCTAAATCTCACGTGGTGGCGATCTGATGGTCAAGATCTGTTTTGGTGTTACCGAACAACACGAGCTTCGAGGCCTTTTTTTTCTTTGAAGACTCCGCCCCCGGTGGATCAGAGT
CCCCAGCTTCAATTCTGAGCATTTGGGTAGCATAAGCTGCCGCGTATCTGAACCAGTTGTTCTTAGATTCCTCAACCATGGCCACTTCCTTCACTGTCTCACGGGCTTCTGCGGGCTCTGTTACTGCCACTGCATTGAATAACGCCATACAATCTGAACGCCTGAGCTCCTCTGCCTCGCCAGCGGGCTTTGGCTTCAGT
AAATTTGCAGGATTGAAGCTCCGGTCACATGGTAAGGTTGCCTGCTCTTCGAGAAGCCCTTCCCATAGGCGCCTGAGATCGTCGGCCCCCAAGGTCGTTAGGGCTGCTGCGGTTGAGACTCTGGAGACCACCAGCACTGCCTTGGTTGAGAAATCGATCAATACCATTCGTTTTCTGGCCATCGATGCCGTCGAGAAGGC
CAATTCCGGGCACCCTGGGTTGCCCATGGGGTGCGCCCCAATGGGTCATGTTTTATATGATGAGGTCATGAAGTATAATCCCAAGAATCCCTATTGGTTTAATCGGGATCGGTTCGTGCTTAGCGCTGGACACGGGTGTATGTTGCAGTACGCTCTCTTGCATCTGGCTGGGTTCGACAGCGTGAAGGAAGAGGATTTGA
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>TRINITY_DN40671_c0_g1_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:
CCAGATTGCTCCCCGAACCTCAAACCAACGGTTCCGGCCTCTCACCAACTACATCCGACGGACCAGATTCTATAAATCCTATGGTTCTAAATCTCACGTGGTGGCGATCTGATGGTCAAGATCTGTTTTGGTGTTACCGAACAACACGAGCTTCGAGGCCTTTTTTTTCTTTGAAGACTCCGCCCCCGGTGGATCAGAGT
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