sp|O04200|PXN_ARATH ----> Peroxisomal nicotinamide adenine dinucleotide carrier

Intron 1 GTGGGTCTTT ... CTTTATGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	23.56	266	82	1
A2	23.02	214	64	1
A3	23.27	244	74	0
A4	21.3	181	49	0
A5	17.36	119	25	0
A6	25.24	471	159	0
A7	26.09	929	328	5
A8	21.8	653	182	8
A9	25.55	772	265	2
A10	25.26	728	246	11

>TRINITY_DN40050_c0_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

AAAACAACAAACTAGCATCAAGAAGTATAACATAAAGATATTCTGTTTATCCATTTCCCTCGCATTTATATTATTTTTATTTATATTAAATAATTCAACCCGTGTTTTCTCTGCTTTTTCTGTAAGATTCTTCCCCACACTCCAAAGCTTTGGGATCACCTGAATACCACGACCCCCAGACATCAGAAAATCTCCATGTG
TAAACGAGCGGGTGATTCTTTGACGGGGAATCTGTTAGCAGAGCATCTCAAGGCCGAGCGAATTCTGATCACGAACGATTTCGATCAGCAGGAGTTGATCCCGTTCTGTTGTTTCTCTGTGATCGTTGATTCAAGGGATTTCTGTCACAGGTTTTCATAGAATATGCTCTAGATCTATGCATTCTGTCTTCGTATTGGCA
TTCCTTCGTTGAACGTCAGTTGAGGTTTCGTGAAAGAAAGGGCCTAGTCGGTTAATCATGGTTGCCGTCTTTTGAAAGCTACTGAGAAAGGCATATCCCAATTAGTAGCCCTGTCAATCGACGGAGGTTTTTGACCCTTGTACCGGGGCAACTGGTTGGGGCATTTAAAGACGTGCCTGTTAACTCCGTCATTAGTCGTG
AATTGGGTACGAGACAAGGGTCCGGAGCTATTGTCGTCAATAATTGATGACTTTTTGACGGGGAATTCGATTTGCCGGCACCTGACGTCCATTTTTTGCCTTCCAAGATCCGTGTCCAATAACCAACGTGCCATGCAATGCCATAACGTGGGATCGAGGCTTGGGGGTGATCATTATAAAATTAAATTAGGAGTCGAAAT
TCTCAAACACTCGAGGCATTGAATTTTGGGCTTTTTTCCTTATATTCTGTTAATAGACAGAATGTCTGACGCATTGATCAATGGATTGGCTGGTGCCGCGGGAGGGATTGTTGCTCAGCTGATCACATACCCTTTACAAACTGTCAATACAAGACAGCAAACTGAGAGGAAACTCAAAAATGCTTTAAAACAGGATGAGG
AGAGTATATCACAAAAACAGCGTCAGAAGCCCAGTGGAACCTTTCATCTAATGTGCCAGGTTATAAGGGATGAAGGTTGGGGTAGATTATATGGTGGGCTTACGCCTTCTTTAGTGGGCACTGCAGCATCTCAGGGTGTATATTATTATTTCTATCAAATCTTTAGAAGCAAAGCAGAGAACATTGCGCTCAATCGTAAG
AAAAAGGGTGCAGGAGATGGGTCAGTGGGAATGTTTTCATCTCTTCTTGTTGCAGCATTATCTGGGTGTTTGAATGTATTGTTGACCAATCCGATATGGGTTGTAGTTACACGCATGCAGACTCATACAAAGACACTAAAGACAGCAAAGGATGGTGAACCATTAGATCCCATTACCGAGATTCCACCTACTGCTGCAGA
TGATATAATTGTTCCACGGTTGACAGAGGTTCACTATTATGGAACAGGACATGCGGTGCAAGAGCTTTATGATGAATCTGGACTTTTGGGATTCTGGAGAGGTGTTATGCCGACACTTATCATGGTGAGCAATCCTTCTATTCAGTTTATGATCTATGAAAGTTTATTGAAGCGCATTAGAGCCAAGCGTGCCTTGAACA
AGCAGGGCCTTGAAAGTGTGACTGCATTGGAGATTTTCTTGCTTGGAGCTCTCGCTAAACTTGGAGCAACAGTTGTAACATATCCTTTATTGGTTGTTAAATCGAGGCTTCAAGCAAAGCAGGAAACAGACAGAGCACAACAATACACAGGAACCTTGGATGCTATTGCAAAAACAATTCGTTATGAAGGATTATCCGGT
CTTTATAAAGGAATGAGCACAAAAATAGTGCAGAGTGTACTGGCAGCTGCAATACTTTTTATGATTAAAGAGGAGTTAGTAGAGGCAATCCGTGCTTTGGTAACCAAAAATAGAAAGCTGATCAAATAGGAAAGAACAAAACAACTTTGTCATTCTATTTGATGACTTGAGTGAAAGAGACAAAATTGATTCATGCATAT
TTATTTGTGTTGTATTTGACATCGAAACATATTTTGTAAAAAATGTGGAGTCAAATGTCTCTCAATTTGATGAAATATTCATGTTTTAATTAATAACCATAAAATTGTACATACCATTATTTACTTTTGCAACAAAATGAACAAGGGTTTTTAACATTTTATAAACAATTTTGGTTTCTGCAATTTTGTAGAAATCAATG
TTGAGATGCAGTGCTTATAATCTATATCCGTTTTGTAATTGTTATGTAATCTCTATGGTAGTGATATTAATGGAGAGTTTCGCA

>TRINITY_DN40050_c0_g1_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:

AAAACAACAAACTAGCATCAAGAAGTATAACATAAAGATATTCTGTTTATCCATTTCCCTCGCATTTATATTATTTTTATTTATATTAAATAATTCAACCCGTGTTTTCTCTGCTTTTTCTGTAAGATTCTTCCCCACACTCCAAAGCTTTGGGATCACCTGAATACCACGACCCCCAGACATCAGAAAATCTCCATGTG
TAAACGAGCGGGTGATTCTTTGACGGGGAATCTGTTAGCAGAGCATCTCAAGGCCGAGCGAATTCTGATCACGAACGATTTCGATCAGCAGGAGTTGATCCCGTTCTGTTGTTTCTCTGTGATCGTTGATTCAAGGGATTTCTGTCACAGGTTTTCATAGAATATGCTCTAGATCTATGCATTCTGTCTTCGTATTGGCA
TTCCTTCGTTGAACGTCAGTTGAGGTTTCGTGAAAGAAAGGGCCTAGTCGGTTAATCATGGTTGCCGTCTTTTGAAAGCTACTGAGAAAGGCATATCCCAATTAGTAGCCCTGTCAATCGACGGAGGTTTTTGACCCTTGTACCGGGGCAACTGGTTGGGGCATTTAAAGACGTGCCTGTTAACTCCGTCATTAGTCGTG
AATTGGGTACGAGACAAGGGTCCGGAGCTATTGTCGTCAATAATTGATGACTTTTTGACGGGGAATTCGATTTGCCGGCACCTGACGTCCATTTTTTGCCTTCCAAGATCCGTGTCCAATAACCAACGTGCCATGCAATGCCATAACGTGGGATCGAGGCTTGGGGGTGATCATTATAAAATTAAATTAGGAGTCGAAAT
TCTCAAACACTCGAGGCATTGAATTTTGGGCTTTTTTCCTTATATTCTGTTAATAGACAGAATGTCTGACGCATTGATCAATGGATTGGCTGGTGCCGCGGGAGGGATTGTTGCTCAGCTGATCACATACCCTTTACAAACTGTCAATACAAGACAGCAAACTGAGAGGAAACTCAAAAATGCTTTAAAACAGGATGAGG
AGAGTATATCACAAAAACAGCGTCAGAAGCCCAGTGGAACCTTTCATCTAATGTGCCAGGTTATAAGGGATGAAGGTTGGGGTAGATTATATGGTGGGCTTACGCCTTCTTTAGTGGGCACTGCAGCATCTCAGGGTGTATATTATTATTTCTATCAAATCTTTAGAAGCAAAGCAGAGAACATTGCGCTCAATCGTAAG
AAAAAGGGTGCAGGAGATGGGTCAGTGGGAATGTTTTCATCTCTTCTTGTTGCAGCATTATCTGGgtgggtctttcaatcccttcagctgagaggatatggtgattgatgcatagatttaaaaatttgacttgcatgatgttttttatcaacttacaggaacggaaggttgtggtcaatatgattactgttatagttttg
aatttgaactcattgtaaaactttgttattatgcgattctttatgtagGTGTTTGAATGTATTGTTGACCAATCCGATATGGGTTGTAGTTACACGCATGCAGGTATGCTATGTTAGGGAATAGGGATTATATATGTTCTGTTTTGTAAATCACTGAAGTTTCTTGTCTGGTAGTCTGTATAAACACAATTTTTGGCAGG
AAATGAATATTTGTCTTGAATTTTTGAGTAGATGTTATGTACCTGTAATAGTCAATCTGCTGATATTTGTCAAATTTTGATATACTTCTTACAGACTCATACAAAGACACTAAAGACAGCAAAGGATGGTGAACCATTAGATCCCATTACCGAGATTCCACCTACTGCTGCAGATGATATAATTGTTCCACGGTTGACAG
AGGTTCACTATTATGGAACAGGACATGCGGTGCAAGAGCTTTATGATGAATCTGGACTTTTGGGATTCTGGAGAGGTGTTATGCCGACACTTATCATGGTGAGCAATCCTTCTATTCAGTTTATGATCTATGAAAGTTTATTGAAGCGCATTAGAGCCAAGCGTGCCTTGAACAAGCAGGGCCTTGAAAGTGTGACTGCA
TTGGAGATTTTCTTGCTTGGAGCTCTCGCTAAACTTGGAGCAACAGTTGTAACATATCCTTTATTGGTTGTTAAATCGAGGCTTCAAGCAAAGCAGGAAACAGACAGAGCACAACAATACACAGGAACCTTGGATGCTATTGCAAAAACAATTCGTTATGAAGGATTATCCGGTCTTTATAAAGGAATGAGCACAAAAAT
AGTGCAGAGTGTACTGGCAGCTGCAATACTTTTTATGATTAAAGAGGAGTTAGTAGAGGCAATCCGTGCTTTGGTAACCAAAAATAGAAAGCTGATCAAATAGGAAAGAACAAAACAACTTTGTCATTCTATTTGATGACTTGAGTGAAAGAGACAAAATTGATTCATGCATATTTATTTGTGTTGTATTTGACATCGAA
ACATATTTTGTAAAAAATGTGGAGTCAAATGTCTCTCAATTTGATGAAATATTCATGTTTTAATTAATAACCATAAAATTGTACATACCATTATTTACTTTTGCAACAAAATGAACAAGGGTTTTTAACATTTTATAAACAATTTTGGTTTCTGCAATTTTGTAGAAATCAATGTTGAGATGCAGTGCTTATAATCTATA
TCCGTTTTGTAATTGTTATGTAATCTCTATGGTAGTGATATTAATGGAGAGTTTCGCA

Intron 2 GTGTTTGAAT ... ACGCATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	74.69	93	266	283
A2	72.83	75	214	188
A3	74.34	78	244	208
A4	72.68	67	181.5	175
A5	77.85	32	119	106
A6	73.49	155	471.5	388
A7	72	316	929.5	696
A8	74.24	214	653.5	580
A9	70.4	292	772	617
A10	70.48	279	728.5	604

>TRINITY_DN103758_c0_g1_i1 from sample A5 / Example spliced isoform

GATCACTTTTGAATGAGACATTAACTAAATAGAAACAAATACAAAACAACAAACTAGCATCAAGAAGTATAACATAAAGATATTCTGTTTATCCATTTCCCTCGCATTTATATTATTTTTATTTATATTAAATAATTCAACCCGTGTTTTCTCTGCTTTTTCTGTAAGATTCTTCCCCACACTCCAAAGCTTTGGGATCA
CCTGAATACCACGACCCCCAGACATCAGAAAATCTCCATGTGTAAACGAGCGGGTGATTCTTTGACGGGGAATCTGTTAGCAGAGCATCTCAAGGCCGAGCGAATTCTGATCACGAACGATTTCGATCAGCAGGAGTTGATCCCGTTCTGTTGTTTCTCTGTGATCGTTGATTCAAGGGATTTCTGTCACAGGTTTTCAT
AGAATATGCTCTAGATCTATGCATTCTGTCTTCGTATTGGCATTCCTTCGTTGAACGTCAGTCGAGGTTTCGTGAAAGAAAGGGCCTAGTCGGTTAATCATGGTTGCCGTCTTTTGAAAGCTACTGAGAAAGGCATATCCCAATTAGTAGCCCTGTCAATCGACGGAGGTTTTTGACCCTTGTACCGGGGCAACTGGTTG
GGGCATTTAAAGACGTGCCTGTTAACTCCGTCATTAGTCGTGAATTGGGTACGAGACAAGGGTCCGGAGCTATTGTCGTCAATAATTGATGACTTTTTGACGGGGAATTCGATTTGCCGGCAGCTGACGTCCATTTTTTGCCTTCCAAGATCCGTGTCCAATAACCAACGTGCCATGCAATGCCATAACGTGGGATCGAG
GCTTGGGGGTGATCATTATAAAATTAAATTAGGAGTCGAAATTCTCAAACACTCGAGGCATTGAATTTTGGGCTTTTTTCCTTATATTCTGTTAATAGACAGAATGTCTGACGCATTGATCAATGGATTGGCTGGTGCCGCGGGAGGGATTGTTGCTCAGCTGATCACATACCCTTTACAAACTGTCAATACAAGACAGC
AAACTGAGAGGAAACTCAAAAATGCTTTAAAACAGGATGAGGAGAGTATATCACAAAAACAGCGTCAGAAGCCCAGTGGAACCTTTCATCTAATGTGCCAGGTTATAAGGGATGAAGGTTGGGGTAGATTATATGGTGGGCTTACGCCTTCTTTAGTGGGCACTGCAGCATCTCAGGGTGTATATTATTATTTCTATCAA
ATCTTTAGAAGCAAAGCAGAGAACATTGCGCTCAATCGTAAGAAAAAGGGTGCAGGAGATGGGTCAGTGGGAATGTTTTCATCTCTTCTTGTTGCAGCATTATCTGGACTCATACAAAGACACTAAAGACAGCAAAGGATGGCGAACCATTAGATCCCATTACCGAGATTCCACCTACTGCTGCAGATGATATAATTGTT
CCACGGTTGACAGAGGTTCACTATTATGGAACAGGACATGCGGTGCAAGAGCTTTATGATGAATCTGGACTTTTGGGATTCTGGAGAGGTGTTATGCCGACACTTATCATGGTGAGCAATCCTTCTATTCAGTTTATGATCTATGAAAGTTTATTGAAGCGCATTAGAGCCAAGCGTGCCTTGAACAAGCAGGGCCTTGA
AAGTGTGACTGCATTGGAGATTTTCTTGCTTGGAGCTCTCGCTAAACTTGGAGCAACAGTTGTAACATATCCTTTATTGGTTGTTAAATCGAGGCTTCAAGCAAAGCAGGAAACAGACAGAGCACAACAATACACAGGAACCTTGGATGCTATTGCAAAAACAATTCGTTATGAAGGATTATCCGGTCTTTATAAAGGAA
TGAGCACAAAAATAGTGCAGAGTGTACTGGCAGCTGCAATACTTTTTATGATTAAAGAGGAGTTAGTAGAGGCAATCCGTGCTTTGGTAACGAAAAATAGAAAGCTGATCAAATAGGAAAGAACAAAACAACTTTGTCATTCTATTTGATGACTTGAGTGAAAGAGACAAAATTGATTCATGCATATTTATTTGTGTTGT
ATTTGACATCGAAACATATTTTGTAAAAAATGTGGAGTCAAATGTCTCTCAATTTGATGAAATATTCATGTTTTAATTAATAACCA

>TRINITY_DN103758_c0_g1_i3 from sample A5 / Example unspliced isoform:

GATCACTTTTGAATGAGACATTAACTAAATAGAAACAAATACAAAACAACAAACTAGCATCAAGAAGTATAACATAAAGATATTCTGTTTATCCATTTCCCTCGCATTTATATTATTTTTATTTATATTAAATAATTCAACCCGTGTTTTCTCTGCTTTTTCTGTAAGATTCTTCCCCACACTCCAAAGCTTTGGGATCA
CCTGAATACCACGACCCCCAGACATCAGAAAATCTCCATGTGTAAACGAGCGGGTGATTCTTTGACGGGGAATCTGTTAGCAGAGCATCTCAAGGCCGAGCGAATTCTGATCACGAACGATTTCGATCAGCAGGAGTTGATCCCGTTCTGTTGTTTCTCTGTGATCGTTGATTCAAGGGATTTCTGTCACAGGTTTTCAT
AGAATATGCTCTAGATCTATGCATTCTGTCTTCGTATTGGCATTCCTTCGTTGAACGTCAGTCGAGGTTTCGTGAAAGAAAGGGCCTAGTCGGTTAATCATGGTTGCCGTCTTTTGAAAGCTACTGAGAAAGGCATATCCCAATTAGTAGCCCTGTCAATCGACGGAGGTTTTTGACCCTTGTACCGGGGCAACTGGTTG
GGGCATTTAAAGACGTGCCTGTTAACTCCGTCATTAGTCGTGAATTGGGTACGAGACAAGGGTCCGGAGCTATTGTCGTCAATAATTGATGACTTTTTGACGGGGAATTCGATTTGCCGGCAGCTGACGTCCATTTTTTGCCTTCCAAGATCCGTGTCCAATAACCAACGTGCCATGCAATGCCATAACGTGGGATCGAG
GCTTGGGGGTGATCATTATAAAATTAAATTAGGAGTCGAAATTCTCAAACACTCGAGGCATTGAATTTTGGGCTTTTTTCCTTATATTCTGTTAATAGACAGAATGTCTGACGCATTGATCAATGGATTGGCTGGTGCCGCGGGAGGGATTGTTGCTCAGCTGATCACATACCCTTTACAAACTGTCAATACAAGACAGC
AAACTGAGAGGAAACTCAAAAATGCTTTAAAACAGGATGAGGAGAGTATATCACAAAAACAGCGTCAGAAGCCCAGTGGAACCTTTCATCTAATGTGCCAGGTTATAAGGGATGAAGGTTGGGGTAGATTATATGGTGGGCTTACGCCTTCTTTAGTGGGCACTGCAGCATCTCAGGGTGTATATTATTATTTCTATCAA
ATCTTTAGAAGCAAAGCAGAGAACATTGCGCTCAATCGTAAGAAAAAGGGTGCAGGAGATGGGTCAGTGGGAATGTTTTCATCTCTTCTTGTTGCAGCATTATCTGGgtgtttgaatgtattgttgaccaatccgatatgggttgtagttacacgcatgcagACTCATACAAAGACACTAAAGACAGCAAAGGATGGCGA
ACCATTAGATCCCATTACCGAGATTCCACCTACTGCTGCAGATGATATAATTGTTCCACGGTTGACAGAGGTTCACTATTATGGAACAGGACATGCGGTGCAAGAGCTTTATGATGAATCTGGACTTTTGGGATTCTGGAGAGGTGTTATGCCGACACTTATCATGGTGAGCAATCCTTCTATTCAGTTTATGATCTATG
AAAGTTTATTGAAGCGCATTAGAGCCAAGCGTGCCTTGAACAAGCAGGGCCTTGAAAGTGTGACTGCATTGGAGATTTTCTTGCTTGGAGCTCTCGCTAAACTTGGAGCAACAGTTGTAACATATCCTTTATTGGTTGTTAAATCGAGGCTTCAAGCAAAGCAGGAAACAGACAGAGCACAACAATACACAGGAACCTTG
GATGCTATTGCAAAAACAATTCGTTATGAAGGATTATCCGGTCTTTATAAAGGAATGAGCACAAAAATAGTGCAGAGTGTACTGGCAGCTGCAATACTTTTTATGATTAAAGAGGAGTTAGTAGAGGCAATCCGTGCTTTGGTAACGAAAAATAGAAAGCTGATCAAATAGGAAAGAACAAAACAACTTTGTCATTCTAT
TTGATGACTTGAGTGAAAGAGACAAAATTGATTCATGCATATTTATTTGTGTTGTATTTGACATCGAAACATATTTTGTAAAAAATGTGGAGTCAAATGTCTCTCAATTTGATGAAATATTCATGTTTTAATTAATAACCA

Intron 3 GTCAATACAA ... AATGTGCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	66.67	51	84	120
A2	68.73	48	101	110
A3	76.24	36	104	127
A4	65.41	46	50	124
A5	64.1	28	51	49
A6	67.61	63	128	135
A7	67.48	159	296	364
A8	66.71	122	186	303
A9	66.49	162	303	340
A10	67.4	119	233	259

>TRINITY_DN104559_c0_g1_i1 from sample A3 / Example spliced isoform

GTAAGATTCTTCCCCACACTCCAAAGCTTTGGGATCACCTGAATACCACGACCCCCAGACATCAGAAAATCTCCATGTGTAAACGAGCGGGTGATTCTTTGACGGGGAATCTGTTAGCAGAGCATCTCAAGGCCGAGCGAATTCTGATCACGAACGATTTCGATCAGCAGGAGTTGATCCCGTTCTGTTGTTTCTCTGTG
ATCGTTGATTCAAGGGATTTCTGTCACAGGTTTTCATAGAATATGCTCTAGATCTATGCATTCTGTCTTCGTATTGGCATTCCTTCGTTGAACGTCAGTCGAGGTTTCGTGAAAGAAAGGGCCTAGTCGGTTAATCATGGTTGCCGTCTTTTGAAAGCTACTGAGAAAGGCATATCCCAATTAGTAGCCCTGTCAATCGA
CGGAGGTTTTTGACCCTTGTACCGGGGCAACTGGTTGGGGCATTTAAAGACGTGCCTGTTAACTCCGTCATTAGTCGTGAATTGGGTACGAGACAAGGGTCCGGAGCTATTGTCGTCAATAATTGATGACTTTTTGACGGGGAATTCGATTTGCCGGCAGCTGACGTCCATTTTTTGCCTTCCAAGATCCGTGTCCAATA
ACCAACGTGCCATGCAATGCCATAACGTGGGATCGAGGCTTGGGGGTGATCATTATAAAATTAAATTAGGAGTCGAAATTCTCAAACACTCGAGGCATTGAATTTTGGGCTTTTTTCCTTATATTCTGTTAATAGACAGAATGTCTGACGCATTGATCAATGGATTGGCTGGTGCCGCGGGAGGGATTGTTGCTCAGCTG
ATCACATACCCTTTACAAACTGTTATAAGGGATGAAGGTTGGGGTAGATTATATGGTGGGCTTACGCCTTCTTTAGTGGGCACTGCAGCATCTCAGGGTGTATATTATTATTTCTATCAAATCTTTAGAAGCAAAGCAGAGAACATTGCGCTCAATCGTAAGAAAAAGGGTGCAGGAGATGGGTCAGTGGGAATGTTTTC
ATCTCTTCTTGTTGCAGCATTATCTGGGTGTTTGAATGTATTGTTGACCAATCCGATATGGGTTGTAGTTACACGCATGCAGACTCATACAAAGACACTAAAGACAGCAAAGGATGGCGAACCATTAGATCCCATTACCGAGATTCCACCTACTGCTGCAGATGATATAATTGTTCCACGGTTGACAGAGGTTCACTATT
ATGGAACAGGACATGCGGTGCAAGAGCTTTATGATGAATCTGGACTTTTGGGATTCTGGAGAGGTGTTATGCCGACACTTATCATGGTGAGCAATCCTTCTATTCAGTTTATGATCTATGAAAGTTTATTGAAGCGCATTAGAGCCAAGCGTGCCTTGAACAAGCAGGGCCTTGAAAGTGTGACTGCATTGGAGATTTTC
TTGCTTGGAGCTCTCGCTAAACTTGGAGCAACAGTTGTAACATATCCTTTATTGGTTGTTAAATCGAGGCTTCAAGCAAAGCAGGAAACAGACAGAGCACAACAATACACAGGAACCTTGGATGCTATTGCAAAAACAATTCGTTATGAAGGATTATCCGGTCTTTATAAAGGAATGAGCACAAAAATAGTGCAGAGTGT
ACTGGCAGCTGCAATACTTTTTATGATTAAAGAGGAGTTAGTAGAGGCAATCCGTGCTTTGGTAACCAAAAATAGAAAGCTGATCAAATAGGAAAGAACAAAACAACTTTGTCATTCTATTTGATGACTTGAGTGAAAGAGACAAAATTGATTCATGCATATTTATTTGTGTTGTATTTGACATCGAAACATATTTTGTA
AAAAATGTGGAGTCAAATGTCTCTCAATTTGATGAAATATTCATGTTTTAATTAATAACCATAAAATTGTACATACCATTATTTACTTTTGCAACAAAATGAACAAGGG

>TRINITY_DN104559_c0_g1_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GTAAGATTCTTCCCCACACTCCAAAGCTTTGGGATCACCTGAATACCACGACCCCCAGACATCAGAAAATCTCCATGTGTAAACGAGCGGGTGATTCTTTGACGGGGAATCTGTTAGCAGAGCATCTCAAGGCCGAGCGAATTCTGATCACGAACGATTTCGATCAGCAGGAGTTGATCCCGTTCTGTTGTTTCTCTGTG
ATCGTTGATTCAAGGGATTTCTGTCACAGGTTTTCATAGAATATGCTCTAGATCTATGCATTCTGTCTTCGTATTGGCATTCCTTCGTTGAACGTCAGTCGAGGTTTCGTGAAAGAAAGGGCCTAGTCGGTTAATCATGGTTGCCGTCTTTTGAAAGCTACTGAGAAAGGCATATCCCAATTAGTAGCCCTGTCAATCGA
CGGAGGTTTTTGACCCTTGTACCGGGGCAACTGGTTGGGGCATTTAAAGACGTGCCTGTTAACTCCGTCATTAGTCGTGAATTGGGTACGAGACAAGGGTCCGGAGCTATTGTCGTCAATAATTGATGACTTTTTGACGGGGAATTCGATTTGCCGGCAGCTGACGTCCATTTTTTGCCTTCCAAGATCCGTGTCCAATA
ACCAACGTGCCATGCAATGCCATAACGTGGGATCGAGGCTTGGGGGTGATCATTATAAAATTAAATTAGGAGTCGAAATTCTCAAACACTCGAGGCATTGAATTTTGGGCTTTTTTCCTTATATTCTGTTAATAGACAGAATGTCTGACGCATTGATCAATGGATTGGCTGGTGCCGCGGGAGGGATTGTTGCTCAGCTG
ATCACATACCCTTTACAAACTgtcaatacaagacagcaaactgagaggaaactcaaaaatgctttaaaacaggatgaggagagtatatcacaaaaacagcgtcagaagcccagtggaacctttcatctaatgtgccagGTTATAAGGGATGAAGGTTGGGGTAGATTATATGGTGGGCTTACGCCTTCTTTAGTGGGCAC
TGCAGCATCTCAGGGTGTATATTATTATTTCTATCAAATCTTTAGAAGCAAAGCAGAGAACATTGCGCTCAATCGTAAGAAAAAGGGTGCAGGAGATGGGTCAGTGGGAATGTTTTCATCTCTTCTTGTTGCAGCATTATCTGGGTGTTTGAATGTATTGTTGACCAATCCGATATGGGTTGTAGTTACACGCATGCAGA
CTCATACAAAGACACTAAAGACAGCAAAGGATGGCGAACCATTAGATCCCATTACCGAGATTCCACCTACTGCTGCAGATGATATAATTGTTCCACGGTTGACAGAGGTTCACTATTATGGAACAGGACATGCGGTGCAAGAGCTTTATGATGAATCTGGACTTTTGGGATTCTGGAGAGGTGTTATGCCGACACTTATC
ATGGTGAGCAATCCTTCTATTCAGTTTATGATCTATGAAAGTTTATTGAAGCGCATTAGAGCCAAGCGTGCCTTGAACAAGCAGGGCCTTGAAAGTGTGACTGCATTGGAGATTTTCTTGCTTGGAGCTCTCGCTAAACTTGGAGCAACAGTTGTAACATATCCTTTATTGGTTGTTAAATCGAGGCTTCAAGCAAAGCA
GGAAACAGACAGAGCACAACAATACACAGGAACCTTGGATGCTATTGCAAAAACAATTCGTTATGAAGGATTATCCGGTCTTTATAAAGGAATGAGCACAAAAATAGTGCAGAGTGTACTGGCAGCTGCAATACTTTTTATGATTAAAGAGGAGTTAGTAGAGGCAATCCGTGCTTTGGTAACCAAAAATAGAAAGCTGA
TCAAATAGGAAAGAACAAAACAACTTTGTCATTCTATTTGATGACTTGAGTGAAAGAGACAAAATTGATTCATGCATATTTATTTGTGTTGTATTTGACATCGAAACATATTTTGTAAAAAATGTGGAGTCAAATGTCTCTCAATTTGATGAAATATTCATGTTTTAATTAATAACCATAAAATTGTACATACCATTATT
TACTTTTGCAACAAAATGAACAAGGG

Intron 4 GTATGCTATG ... CTTCTTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	16.08	283	11	54.3
A2	12.86	188	9.4	27.8
A3	11.49	208	7.5	27
A4	13.84	175	5.9	28.1
A5	7.83	106	5.8	9
A6	14.73	388	13.6	67
A7	12.89	696	32.1	103
A8	16.76	580	23.5	116.8
A9	15.73	617	23.6	115.1
A10	14.92	603.1	30.8	105.8

>TRINITY_DN112775_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

TCTGCTTTTTCTGTAAGATTCTTCCCCACACTCCAAAGCTTTGGGATCACCTGAATACCACGACCCCCAGACATCAGAAAATCTCCATGTGTAAACGAGCGGGTGATTCTTTGACGGGGAATCTGTTAGCAGAGCATCTCAAGGCCGAGCGAATTCTGATCACGAACGATTTCGATCAGCAGGAGTTGATCCCGTTCTGT
TGTTTCTCTGTGATCGTTGATTCAAGGGATTTCTGTCACAGGTTTTCATAGAATATGCTCTAGATCTATGCATTCTGTCTTCGTATTGGCATTCCTTCGTTGAACGTCAGTTGAGGTTTCGTGAAAGAAAGGGCCTAGTCGGTTAATCATGGTTGCCGTCTTTTGAAAGCTACTGAGAAAGGCATATCCCAATTAGTAGC
CCTGTCAATCGACGGAGGTTTTTGACCCTTGTACCGGGGCAACTGGTTGGGGCATTTAAAGACGTGCCTGTTAACTCCGTCATTAGTCGTGAATTGGGTACGAGACAAGGGTCCGGAGCTATTGTCGTCAATAATTGATGACTTTTTGACGGGGAATTCGATTTGCCGGCAGCTGACGTCCATTTTTTGCCTTCCAAGAT
CCGTGTCCAATAACCAACGTGCCATGCAATGCCATAACGTGGGATCGAGGCTTGGGGGTGATCATTATAAAATTAAATTAGGAGTCGAAATTCTCAAACACTCGAGGCATTGAATTTTGGGCTTTTTTCCTTATATTCTGTTAATAGACAGAATGTCTGACGCATTGATCAATGGATTGGCTGGTGCCGCGGGAGGGATT
GTTGCTCAGCTGATCACATACCCTTTACAAACTGTCAATACAAGACAGCAAACTGAGAGGAAACTCAAAAATGCTTTAAAACAGGATGAGGAGAGTATATCACAAAAACAGCGTCAGAAGCCCAGTGGAACCTTTCATCTAATGTGCCAGGTTATAAGGGATGAAGGTTGGGGTAGATTATATGGTGGGCTTACGCCTTC
TTTAGTGGGCACTGCAGCATCTCAGGGTGTATATTATTATTTCTATCAAATCTTTAGAAGCAAAGCAGAGAACATTGCGCTCAATCGTAAGAAAAAGGGTGCAGGAGATGGGTCAGTGGGAATGTTTTCATCTCTTCTTGTTGCAGCATTATCTGGGTGTTTGAATGTATTGTTGACCAATCCGATATGGGTTGTAGTTA
CACGCATGCAGACTCATACAAAGACACTAAAGACAGCAAAGGATGGTGAACCATTAGATCCCATTACCGAGATTCCACCTACTGCTGCAGATGATATAATTGTTCCACGGTTGACAGAGGTTCACTATTATGGAACAGGACATGCGGTGCAAGAGCTTTATGATGAATCTGGACTTTTGGGATTCTGGAGAGGTGTTATG
CCGACACTTATCATGGTGAGCAATCCTTCTATTCAGTTTATGATCTATGAAAGTTTATTGAAGCGCATTAGAGCCAAGCGTGCCTTGAACAAGCAGGGCCTTGAAAGTGTGACTGCATTGGAGATTTTCTTGCTTGGAGCTCTCGCTAAACTTGGAGCAACAGTTGTAACATATCCTTTATTGGTTGTTAAATCGAGGCT
TCAAGCAAAGCAGGAAACAGACAGAGCACAACAATACACAGGAACCTTGGATGCTATTGCAAAAACAATTCGTTATGAAGGATTATCCGGTCTTTATAAAGGAATGAGCACAAAAATAGTGCAGAGTGTACTGGCAGCTGCAATACTTTTTATGATTAAAGAGGAGTTAGTAGAGGCAATCCGTGCTTTGGTAACGAAAA
ATAGAAAGCTGATCAAATAGGAAAGAACAAAACAACTTTGTCATTCTATTTGATGACTTGAGTGAAAGAGACAAAATTGATTCATGCATATTTATTTGTGTTGTATTTGACATCGAAACATATTTTGTAAAAAATGTGGAGTCAAATGTCTCTCAATTTGATGAAATATTCATGTTTTAATTAATAACCATAAAATTGTA
CATACCATTATTTACTTTTGCAACAAAATGAACAAGGGTTTTTAACATTTTATAAACAATTTTGGTTTCTGCAATTTTGTAGAAATCAATGTTGAGATGCAGTGCTTATAATCTATATCCGTTTTGTAATTGTTATGTAATCTCTATGGTAGTGA

>TRINITY_DN112775_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TCTGCTTTTTCTGTAAGATTCTTCCCCACACTCCAAAGCTTTGGGATCACCTGAATACCACGACCCCCAGACATCAGAAAATCTCCATGTGTAAACGAGCGGGTGATTCTTTGACGGGGAATCTGTTAGCAGAGCATCTCAAGGCCGAGCGAATTCTGATCACGAACGATTTCGATCAGCAGGAGTTGATCCCGTTCTGT
TGTTTCTCTGTGATCGTTGATTCAAGGGATTTCTGTCACAGGTTTTCATAGAATATGCTCTAGATCTATGCATTCTGTCTTCGTATTGGCATTCCTTCGTTGAACGTCAGTTGAGGTTTCGTGAAAGAAAGGGCCTAGTCGGTTAATCATGGTTGCCGTCTTTTGAAAGCTACTGAGAAAGGCATATCCCAATTAGTAGC
CCTGTCAATCGACGGAGGTTTTTGACCCTTGTACCGGGGCAACTGGTTGGGGCATTTAAAGACGTGCCTGTTAACTCCGTCATTAGTCGTGAATTGGGTACGAGACAAGGGTCCGGAGCTATTGTCGTCAATAATTGATGACTTTTTGACGGGGAATTCGATTTGCCGGCAGCTGACGTCCATTTTTTGCCTTCCAAGAT
CCGTGTCCAATAACCAACGTGCCATGCAATGCCATAACGTGGGATCGAGGCTTGGGGGTGATCATTATAAAATTAAATTAGGAGTCGAAATTCTCAAACACTCGAGGCATTGAATTTTGGGCTTTTTTCCTTATATTCTGTTAATAGACAGAATGTCTGACGCATTGATCAATGGATTGGCTGGTGCCGCGGGAGGGATT
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