sp|Q71V89|H33_GOSHI ----> Histone H3.3

Intron 1 GTTCTGCTTT ... TCTTTTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	14.17	963	0	159
A2	15.96	942.3	3	179
A3	14.74	1081.7	0	187
A4	13.89	849.3	1	137
A5	16.12	520.3	1	100
A6	16.58	10754.7	2	2137
A7	15.63	6838	2	1267
A8	17.36	6090.7	1	1280
A9	15.39	7874.3	2	1432
A10	14.81	6120.3	2	1064

>TRINITY_DN44796_c1_g2_i9 from sample A9 / Example spliced isoform

AGGGAGGAAAGTTTTGGAGGGCCGTCGATCTATTGTGGCTCGACGGTAAGCGCCATCGGGATTCGGATTACGGTAGATGGGGAAAGGGTCAAGCCCGCTAAAATTAGAGTTAGCTCTTACTATAAAATGGAGAGATTATAATTCGAAAACCTATTGGTTGTTTTGCGCTCGCGGGTTCTGGCGTCTCTGAGGTTTAATTC
TTTTCTGCTCTCACATACTTGGCGCGCGACTTTCTTCCCAGGTAAGTTGGTTCACCATCCCATTCTCTGTGTTTGGAAGGCTCTTGTAGCGAGTAAGTTTGTCTTGAAAGGGTTTTAGATGGAAGTGCGGGATTGAGATCCAAGCAAAAACAGGGCATCGACCATAATTTTTTCTTGGGGTGTTTGTAGGTGGGGTTTTT
TCTTGTTTTCTTTCCCACATTACGTTTTTCTGTCTGCTTCTGGTTATGGAGGGCCGTAATTGTTTCCTGCCAGTAATATTTATTTTGCCGTAGGGTTTGTGATCATTATTCTAGCAGTTAGAGTTCTTGCTAAATCGTGGGCTTTTCCCTTTCGTTGATGGTTTTTTGAAGTAGTAAATACTTTTGTTACATTAGGGTTT
TGATGTCGCTGCTTTCACTAGAATTCTCCTTGAACCCTTGGGTTGTTCCCTTGCTGGAGTGTTTTTCCCTTTTTCTAAGGTTCTGTTTGTTTTTCTCCTTTAATATCTAGGGTTTTCTGTTGATCTTTTCCGTTGAGTTTTTGCTGATGGATATCTGACTTGTAATGCGAGGGTTCTGCTTCACAATACGGATTTTTTAA
TATGAGTTTCGTAATATTTTCTTTCTGGTTTTGGTATTTTGGGGTTTCGGCTGCAATGATATTTGGGCTTCGCTTATACCTTCGTTCTTGTGACCATTGTATCAGATTGCATTCTACTTTGCTGATTGTTGATCGCACCTAAAGATGGCTCGTACGAAGCAGACAGCTCGTAAATCGACTGGAGGAAAGGCTCCAAGGAA
GCAGCTGGCAACAAAGGCTGCACGTAAATCTGCTCCCACAACAGGTGGTGTCAAGAAGCCTCATAGATACCGCCCTGGTACAGTTGCTCTTCGAGAAATTCGAAAGTACCAGAAGAGTACTGAGCTGCTTATACGAAAGCTGCCTTTTCAGAGGCTTGTCAGGGAAATTGCCCAAGACTTCAAGACGGATCTGCGTTTCC
AAAGTCATGCAGTGCTAGCTCTCCAGGAGGCTGCAGAGGCCTATCTTGTGGGTCTTTTTGAGGATACTAACTTGTGTGCCATTCATGCCAAGAGGGTGACAATAATGCCCAAGGATATTCAGCTTGCAAGGCGTATCCGTGGGGAAAGGGCTTAGGATAGAATTTTGATAGGAGGGGATGTGAAACAGATTAAGTTTTGT
GTATGAATTTCTGTAGTTTGTGTATATATTTATTCGATATTGACGCCTTTGCAGAAACGCATTGTAGACTGCTTGATTTTGTAATGCTGCATTAATCGAATTTAATTGGAAGTTGGAGATTATATACTTCAAATAAATTGGTTTTCTGCATTAATCGAATTTAATTGGGAGTTGGAGATTATATACTTCAAATAAATTGG
TTTTCTGCATTAATCGAATTTAATTGGGAGTTGGAGATTATATACTTCAAA

>TRINITY_DN44796_c1_g2_i3 from sample A9 / Example unspliced isoform:

AAGGAAGCAGCTGGCAACAAAGgttctgcttttctattttgtctattttttccttcttgttgtgttaagtggctcacagtgtgtattacttgaatgctttctgaaatacttgtcttttccagGCTGCACGTAAATCTGCTCCCACAACAGGTGGTGTCAAGAAGCCTCATAGATACCGCCCTGGTACAGTTGCTCTTCGA
GAAATTCGAAAGTACCAGAAGAGTACTGAGCTGCTTATACGAAAGCTGCCTTTTCAGAGGCTTGTCAGGGAAATTGCCCAAGACTTCAAGACGGATCTGCGTTTCCAAAGTCATGCAGTGCTAGCTCTCCAGGAGGCTGCAGAGGCCTATCTTGTGGGTCTTTTTGAGGATACTAACTTGTGTGCCATTCATGCCAAGAG
GGTGACAATAATGCCCAAGGATATTCAGCTTGCAAGGCGTATCCGTGGGGAAAGGGCTTAGGATAGAATTTTGATAGGAGGGGATGTGAAACAGATTAAGTTTTGTGTATGAATTTCTGTAGTTTGTGTATATATTTATTCGATATTGACGCCTTTGCAGAAACGCATTGTAGACTGCTTGATTTTGTAATGCTGCATTA
ATCGAATTTAATTGGAAGTTGGAGATTATATACTTCAAATAAATTGGTTTTCTGCATTAATCGAATTTAATTGGGAGTTGGAGATTATATACTTCAAATAAATTGGTTTTCTGCATTAATCGAATTTAATTGGGAGTTGGAGATTATATACTTCAAA

Intron 2 GTAAGTTGGT ... ATTGTATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	19.32	497	1	119
A2	19.86	593	8	147
A3	17.85	695	0	151
A4	18.98	461	10	108
A5	16.51	364	4	72
A6	16.68	7931	23	1588
A7	16.71	5501	11	1104
A8	18.09	3848	13	850
A9	18.08	5936	17	1310
A10	19.09	4467	10	1054

>TRINITY_DN44796_c1_g2_i8 from sample A9 / Example spliced isoform

AGGGAGGAAAGTTTTGGAGGGCCGTCGATCTATTGTGGCTCGACGGTAAGCGCCATCGGGATTCGGATTACGGTAGATGGGGAAAGGGTCAAGCCCGCTAAAATTAGAGTTAGCTCTTACTATAAAATGGAGAGATTATAATTCGAAAACCTATTGGTTGTTTTGCGCTCGCGGGTTCTGGCGTCTCTGAGGTTTAATTC
TTTTCTGCTCTCACATACTTGGCGCGCGACTTTCTTCCCAGATTGCATTCTACTTTGCTGATTGTTGATCGCACCTAAAGATGGCTCGTACGAAGCAGACAGCTCGTAAATCGACTGGAGGAAAGGCTCCAAGGAAGCAGCTGGCAACAAAGGCTGCACGTAAATCTGCTCCCACAACAGGTGGTGTCAAGAAGCCTCAT
AGATACCGCCCTGGTACAGTTGCTCTTCGAGAAATTCGAAAGTACCAGAAGAGTACTGAGCTGCTTATACGAAAGCTGCCTTTTCAGAGGCTTGTCAGGGAAATTGCCCAAGACTTCAAGACGGATCTGCGTTTCCAAAGTCATGCAGTGCTAGCTCTCCAGGAGGCTGCAGAGGCCTATCTTGTGGGTCTTTTTGAGGA
TACTAACTTGTGTGCCATTCATGCCAAGAGGGTGACAATAATGCCCAAGGATATTCAGCTTGCAAGGCGTATCCGTGGGGAAAGGGCTTAGGATAGAATTTTGATAGGAGGGGATGTGAAACAGATTAAGTTTTGTGTATGAATTTCTGTAGTTTGTGTATATATTTATTCGATATTGACGCCTTTGCAGAAACGCATTG
TAGACTGCTTGATTTTGTAATGCTGCATTAATCGAATTTAATTGGAAGTTGGAGATTATATACTTCAAATAAATTGGTTTTCTGCATTAATCGAATTTAATTGGGAGTTGGAGATTATATACTTCAAATAAATTGGTTTTCTGCATTAATCGAATTTAATTGGGAGTTGGAGATTATATACTTCAAA

>TRINITY_DN44796_c1_g2_i9 from sample A9 / Example unspliced isoform:

AGGGAGGAAAGTTTTGGAGGGCCGTCGATCTATTGTGGCTCGACGGTAAGCGCCATCGGGATTCGGATTACGGTAGATGGGGAAAGGGTCAAGCCCGCTAAAATTAGAGTTAGCTCTTACTATAAAATGGAGAGATTATAATTCGAAAACCTATTGGTTGTTTTGCGCTCGCGGGTTCTGGCGTCTCTGAGGTTTAATTC
TTTTCTGCTCTCACATACTTGGCGCGCGACTTTCTTCCCAGgtaagttggttcaccatcccattctctgtgtttggaaggctcttgtagcgagtaagtttgtcttgaaagggttttagatggaagtgcgggattgagatccaagcaaaaacagggcatcgaccataattttttcttggggtgtttgtaggtggggttttt
tcttgttttctttcccacattacgtttttctgtctgcttctggttatggagggccgtaattgtttcctgccagtaatatttattttgccgtagggtttgtgatcattattctagcagttagagttcttgctaaatcgtgggcttttccctttcgttgatggttttttgaagtagtaaatacttttgttacattagggttt
tgatgtcgctgctttcactagaattctccttgaacccttgggttgttcccttgctggagtgtttttccctttttctaaggttctgtttgtttttctcctttaatatctagggttttctgttgatcttttccgttgagtttttgctgatggatatctgacttgtaatgcgagggttctgcttcacaatacggattttttaa
tatgagtttcgtaatattttctttctggttttggtattttggggtttcggctgcaatgatatttgggcttcgcttataccttcgttcttgtgaccattgtatcagATTGCATTCTACTTTGCTGATTGTTGATCGCACCTAAAGATGGCTCGTACGAAGCAGACAGCTCGTAAATCGACTGGAGGAAAGGCTCCAAGGAA
GCAGCTGGCAACAAAGGCTGCACGTAAATCTGCTCCCACAACAGGTGGTGTCAAGAAGCCTCATAGATACCGCCCTGGTACAGTTGCTCTTCGAGAAATTCGAAAGTACCAGAAGAGTACTGAGCTGCTTATACGAAAGCTGCCTTTTCAGAGGCTTGTCAGGGAAATTGCCCAAGACTTCAAGACGGATCTGCGTTTCC
AAAGTCATGCAGTGCTAGCTCTCCAGGAGGCTGCAGAGGCCTATCTTGTGGGTCTTTTTGAGGATACTAACTTGTGTGCCATTCATGCCAAGAGGGTGACAATAATGCCCAAGGATATTCAGCTTGCAAGGCGTATCCGTGGGGAAAGGGCTTAGGATAGAATTTTGATAGGAGGGGATGTGAAACAGATTAAGTTTTGT
GTATGAATTTCTGTAGTTTGTGTATATATTTATTCGATATTGACGCCTTTGCAGAAACGCATTGTAGACTGCTTGATTTTGTAATGCTGCATTAATCGAATTTAATTGGAAGTTGGAGATTATATACTTCAAATAAATTGGTTTTCTGCATTAATCGAATTTAATTGGGAGTTGGAGATTATATACTTCAAATAAATTGG
TTTTCTGCATTAATCGAATTTAATTGGGAGTTGGAGATTATATACTTCAAA

Intron 3 GTTTCGTAAT ... ATTGTATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50.42	117	6	119
A2	51.04	141	5	147
A3	50.33	149	4	151
A4	50.23	107	2	108
A5	52.17	66	0	72
A6	50.95	1529	2	1588
A7	50.78	1070	6	1104
A8	51.17	811	3	850
A9	51.21	1248	2	1310
A10	51.09	1009	1	1054

>TRINITY_DN47426_c1_g3_i1 from sample A7 / Example spliced isoform

GTTCACCATCCCATTCTCTGTGTTTGGAAGGCTCTTGTAGCGAGTAAGTTTGTCTTGAAAGGGTTTTAGATGGAAGTGCGGGATTGAGATCCAAGCAAAAACAGGGCATCGACCATAATTTTTTCTTGGGGTGTTTGTAGGTGGGGTTTTTTCTTGTTTTCTTTCCCACATTACGTTTTTCTGTCTGCTTCTGGTTATGG
AGGGCCGTAATTGTTTCCTGCCAGTAATATTTATTTTGCCGTAGGGTTTGTGATCATTATTCTAGCAGTTAGAGTTCTTGCTAAATCGTGGGCTTTTCCCTTTCGTTGATGGTTTTTTGAAGTAGTAAATACTTTTGTTACATTAGGGTTTTGATGTCGCTGCTTTCACTAGAATTCTCCTTGAACCCTTGGGTTGTTCC
CTTGCTGGAGTGTTTTTCCCTTTTTCTAAGGTTCTGTTTGTTTTTCTCCTTTAATATCTAGGGTTTTCTGTTGATCTTTTCCGTTGAGTTTTTGCTGATGGATATCTGACTTGTAATGCGAGGGTTCTGCTTCACAATACGGATTTTTTAATATGAATTGCATTCTACTTTGCTGATTGTTGATCGCACCTAAAGATGGC
TCGTACGAAGCAGACAGCTCGTAAATCGACTGGAGGAAAGGCTCCAAGGAAGCAGCTGGCAACAAAGGCTGCACGTAAATCTGCTCCCACAACAGGTGGTGTCAAGAAGCCTCATAGATACCGCCCTGGTACAGTTGCTCTTCGAGAAATTCGAAAGTACCAGAAGAGTACTGAGCTGCTTATACGAAAGCTGCCTTTTC
AGAGGCTTGTCAGGGAAATTGCCCAGGACTTCAAGACGGATCTGCGTTTCCAAAGTCATGCAGTGCTAGCTCTCCAGGAGGCTGCAGAGGCCTATCTTGTGGGTCTTTTTGAGGATACTAACTTGTGTGCCATTCATGCCAAGAGGGTGACAATAATGCCCAAGGATATTCAGCTTGCAAGGCGTATCCGTGGGGAAAGG
GCTTAGGATAGAATTTTGATAGGAGGGGATGTGAAACAGATTAAGTTTTGTGTATGAATTTCTGTAGTTTGTGTATATATTTATTCGATATTGACGCCTTTGCAGAAACGCATTGTAGACTGCTTGATTTTGTAATGCTGCATTAATCGAATTTAATTGGAAGTTGGAGATTATATACTTCAAATAAATTGGTTTTCTGC
ATTAATCGAATTTAATTGGGAGTTGGAGATTATATACTTCAAATAAATTGGTTTTCTGCATTAATCGAATTTAATTGGGAGTTGGAGATTATATACTTCAAA

>TRINITY_DN47426_c1_g3_i6 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GTTCACCATCCCATTCTCTGTGTTTGGAAGGCTCTTGTAGCGAGTAAGTTTGTCTTGAAAGGGTTTTAGATGGAAGTGCGGGATTGAGATCCAAGCAAAAACAGGGCATCGACCATAATTTTTTCTTGGGGTGTTTGTAGGTGGGGTTTTTTCTTGTTTTCTTTCCCACATTACGTTTTTCTGTCTGCTTCTGGTTATGG
AGGGCCGTAATTGTTTCCTGCCAGTAATATTTATTTTGCCGTAGGGTTTGTGATCATTATTCTAGCAGTTAGAGTTCTTGCTAAATCGTGGGCTTTTCCCTTTCGTTGATGGTTTTTTGAAGTAGTAAATACTTTTGTTACATTAGGGTTTTGATGTCGCTGCTTTCACTAGAATTCTCCTTGAACCCTTGGGTTGTTCC
CTTGCTGGAGTGTTTTTCCCTTTTTCTAAGGTTCTGTTTGTTTTTCTCCTTTAATATCTAGGGTTTTCTGTTGATCTTTTCCGTTGAGTTTTTGCTGATGGATATCTGACTTGTAATGCGAGGGTTCTGCTTCACAATACGGATTTTTTAATATGAgtttcgtaatattttctttctggttttggtattttggggtttcg
gctgcaatgatatttgggcttcgcttataccttcgttcttgtgaccattgtatcagATTGCATTCTACTTTGCTGATTGTTGATCGCACCTAAAGATGGCTCGTACGAAGCAGACAGCTCGTAAATCGACTGGAGGAAAGGCTCCAAGGAAGCAGCTGGCAACAAAGGCTGCACGTAAATCTGCTCCCACAACAGGTGGT
GTCAAGAAGCCTCATAGATACCGCCCTGGTACAGTTGCTCTTCGAGAAATTCGAAAGTACCAGAAGAGTACTGAGCTGCTTATACGAAAGCTGCCTTTTCAGAGGCTTGTCAGGGAAATTGCCCAGGACTTCAAGACGGATCTGCGTTTCCAAAGTCATGCAGTGCTAGCTCTCCAGGAGGCTGCAGAGGCCTATCTTGT
GGGTCTTTTTGAGGATACTAACTTGTGTGCCATTCATGCCAAGAGGGTGACAATAATGCCCAAGGATATTCAGCTTGCAAGGCGTATCCGTGGGGAAAGGGCTTAGGATAGAATTTTGATAGGAGGGGATGTGAAACAGATTAAGTTTTGTGTATGAATTTCTGTAGTTTGTGTATATATTTATTCGATATTGACGCCTT
TGCAGAAACGCATTGTAGACTGCTTGATTTTGTAATGCTGCATTAATCGAATTTAATTGGAAGTTGGAGATTATATACTTCAAATAAATTGGTTTTCTGCATTAATCGAATTTAATTGGGAGTTGGAGATTATATACTTCAAATAAATTGGTTTTCTGCATTAATCGAATTTAATTGGGAGTTGGAGATTATATACTTCA
AA

Intron 4 GTGGGAATTT ... TTGTGTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	11.9	296	40	2
A2	15.3	299	54	5
A3	10.36	320	37	3
A4	10.44	223	26	7
A5	10.8	190	23	3
A6	9.35	2636	272	42
A7	12.33	1714	241	30
A8	10.55	1297	153	8
A9	9.28	1876	192	35
A10	10.7	1602	192	13

>TRINITY_DN42435_c1_g4_i8 from sample A6 / Example spliced isoform

TGTAAGGTGGGTTTAGGGCAGTTGGAAGGGTTTGCAGGTGTATTGTAAGGCCTGCTTAGGTGCAGGCAGTTGAATAAAATGTATCCCTGAGGTGTCAAGCAGGGGATTCTATTGGGCGTTTGCAGGGCTTTCTATTTAATCTTTAAGCGATTTCCCTAGACCTTGTTGGTTATCAATCTTTCTGAGATATGGCTCGTACG
AAGCAGACGGCACGTAAATCTACTGGAGGAAAAGCTCCAAGGAAGCAGCTCGCTACAAAGGCTGCACGCAAGTCTGCTCCAACAACAGGAGGTGTCAAGAAGCCTCATAGATACCGTCCTGGTACAGTTGCCCTTCGAGAAATTCGAAAGTATCAGAAAAGCACAGAGTTGCTAATTCGAAAGCTGCCCTTTCAAAGGCT
TGTTAGGGAAATCGCCCAAGACTTCAAGACGGATCTGCGTTTCCAAAGCCATGCAGTTTTAGCTCTTCAAGAGGCAGCTGAGGCCTACCTCGTCGGTCTCTTTGAAGATACTAACTTGTGTGCCATTCATGCCAAGAGGGTGACCATTATGCCCAAGGACATTCAGCTTGCTAGGCGTATCCGTGGTGAAAGGGCCTAGG
TTTGACTTAGAAGTGCTGTAACGGAAGAAGTTTTGGGTTTGACTTCTATGTTATGTATATATATTTTTAAGGGAATCCCCTCGGAGGGACGCATTGTAGTTTGTTGGACTTCTAATGTGGCATAATTGAATTTTAGTTTAATCGATATGGATAATGTGCCTGGGATAATTTGACTTGTGGGTTCTTTCATCAACCTGATC
CGGTTGTGATTGTTTTGGAGTTCATTGTGATTTGATCTCCGGGATGGTTAACATCTTATGTAAAGATGAACTGTCGAATGTTGATTATAATCTTTTGTCTAAGAATTCCGCTAATTTGTCGTAATGCCTGTTGTTGTTATGTCATTTAATATATCCTACGACTGTAGTGGTTCTTAATTGCTCATGTTTCGCTTCGTTTG
TTAGAGTGGAAGTTTAAGCGGTAAGGTTAGTTGTGTTTGGCTGTGATTGCGTTTGGAATAACACATCAAGGATTATAATTTAAGGTTTCGTGGTTCTGGTTGAATTTTTGGTATTCCTACTGTAACCATTGTTGATCACTCAGTACGAGAACGGACGACTTGATTTGACATCTAGGTCATTGTGGTTATATGTGGTTTAC
GATTTAGAAAGTGATGCTTTGAACGAATTAACGAAGGTTATCATGGTGTTATTATTTCGGAAGTCTCAGAATATGTAAATGTGATTTACGGGACTTTCGAAATTTGCATTACTCAATTATTCATATGTGATTACAATATATAGATCCAAAGAGATGTGGTTATATGTGGTTTACGATTTAGAAAGTGATGCTTTGAACGA
ATTAACGAAGCTTATCATGGTGTTATTATTTCAGAAGTCTCAGAATATGTAAATGTGATTTACGGGACTTTCGAAATTTTCATTACTCAATTATACATATGTGATTACAATATATAGATCCAAAGAGATGTGGTTATATGTGGTTTACGAT

>TRINITY_DN42435_c1_g4_i7 from sample A6 / Example unspliced isoform:

TTGGAAGGGTTTGCAGGTGTATTGTAAGGCCTGCTTAGGTGCAGGCAGTTGAATAAAATGTATCCCTGAGGTGTCAAGCAGGGGATTCTATTGGGCGTTTGCAGGGCTTTCTATTTAATCTTTAAGCGgtgggaatttctacttcgtgttttgcaagcttttctgttgtttaaagggtcgtagttgctgcttgtttgtgc
ttgaattagtaaatattcctgggatttgagggtttgcggtcccctgttcttgtgtttagATTTCCCTAGACCTTGTTGGTTATCAATCTTTCTGAGATATGGCTCGTACGAAGCAGACGGCACGTAAATCTACTGGAGGAAAAGCTCC

Intron 5 GTATGTTGGA ... CGTGCAGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	9.42	1269	33	132
A2	8.67	1401	40	133
A3	7.74	1585	7	133
A4	9.97	1337	40	148
A5	8.76	1104	31	106
A6	5	14546	8	765
A7	5.29	9130	12	510
A8	4.82	6473	4	328
A9	5.14	11046	16	599
A10	5.86	9192	3	572

>TRINITY_DN108222_c1_g2_i7 from sample A5 / Example spliced isoform

TATTTGCGCTTGCGGTTTGTAGCGGCTCTGAGGATTTCTATCTCTGCTGGAATATACTTTTGGCGCGCGACTTTTCTGCACAGATTCCTCTATACCTTGTTGGTGGTTTATCTTTCCGAGACATGGCTCGTACGAAGCAGACGGCACGTAAATCTACTGGAGGAAAAGCTCCTAGGAAGCAGCTCGCTACCAAGGCTGCA
CGCAAGTCTGCTCCAACAACAGGAGGTGTCAAGAAGCCTCATAGATACCGTCCTGGTACAGTTGCTCTGCGAGAAATTCGAAAGTATCAGAAAAGCACAGAGTTGCTAATTCGAAAGCTGCCTTTTCAAAGGCTTGTCAGAGAAATCGCCCAGGACTTCAAGACGGACCTGCGTTTTCAGAGTCATGCAGTTTTAGCTCT
GCAAGAGGCAGCCGAGGCCTACCTCGTCGGTCTCTTTGAAGACACCAACTTGTGTGCCATTCATGCCAAGAGAGTGACCATTATGCCTAAGGACATTCAGCTTGCTAGGCGTATCCGTGGTGAAAGGGCCTAGGTTTGACTTAGAAGTGCTGTAACGGAAGAAGTTTTGGGTTTGACTTCTATGTTATGTATATATATTT
TTAAGGGAATCCCCTCGGAGGGACGCATTGTAGTTTGTTGGACTTCTAATGTGGCATAATTGAATTTTAGTTTAATCGATATGGATAATGTGCCTGGGATAATTTGACTTGTGGGTTCTTTCATCAACCTGATCCGGTTGTGATTGTTTTGGAGTTCATTGTGATTTGATCTCCGGGATGGTTAACATCTTATGTAAAGA
TGAACTGTCGAATGTTGATTATAATCTTTTGTCTAAGAATTCCGCTAATTTGTCGTAATGCCTGTTGTTGTTATGTCATTTAATATATCCTACGACTGTAGTGGTTCTTAATTGCTCATGTTTCGCTTCGTTTGTTAGAGTGGAAGTTTAAGCGGTAAGGTTAGTTGTGTTTGGCTGTGATTGCGTTTGGAATAACACAT
CAAGGATTATAATTTAAGGTTTCGTGGTTCTGGTTGAATTTTTGGTATTCCTACTGTAACCATTGTTGATCACTCAGTACGAGAACTGACGACTTGATTTGACATCTAGGTCATTGTGGTTATATGTGGTTTACGATTTAGAAAGTGATGCTTTGAACGAATTAACGAAGCTTATCATGGTGTTATTATTTCAGAAGTCT
CAGAATATGTAAATGTGATTTACGGGACTTTCGAAATTTGCATTACTCAATTATTCATATGTGATTACAATATATAGATCCAAAGAGATGTGGTTATATGTGGTTTACGATTTAGAAAGTGATGCTTTGAACGAATTAACGAAGCCTTATCATGGTG

>TRINITY_DN108222_c1_g2_i1 from sample A5 / Example unspliced isoform:

TATTTGCGCTTGCGGTTTGTAGCGGCTCTGAGGATTTCTATCTCTGCTGGAATATACTTTTGGCGCGCGACTTTTCTGCACAGgtatgttggatctccattatgtctaatggatttgaaaggcttttatggtactgtaaggtgggtttagggcagttggaagggtttgcaggtgtatttaggtgcaggcagtagaataaa
atctgcccctgaggtattgagccagggggttttgtagggcatttccagggttttctatttgatcttgaagtggcgggacattttacttccgtcttctgttgcttgtttgtgattgaattagcgaacattcctgggattcaagggtttgcggtcccctgttcctgtgtttaggtcctttctttgtcccttggtttatgctg
gggtattatgcctgtgtcttgatttcttggttttaatttccaaatttatatttagggttttgcgggttgttttgttgtgatgcgcatgtgacttgaaagagttgaggttgttttacctgagaatgcttttttgagaaaattggtaatgtttttaaagtgttggatttgggatttatgggtcagagcttgcttttttgaga
aaattggtaatgtttttaaagtgttggatttgggatttatgggtcagagcttgaactttgttgtaatgttcttgttatgttctccgtgcagcagATTCCTCTATACCTTGTTGGTGGTTTATCTTTCCGAGACATGGCTCGTACGAAGCAGACGGCACGTAAATCTACTGGAGGAAAAGCTCCTAGGAAGCAGCTCGCTA
CCAAGGTACTACCCCTTTACAGATTTATCGTTGACTTTTCATGTAGGGTTAAATGCAGCGAACTATTTCTTGTGAGTTTGGAGTGTATTGTAAACAGCTTTTCATTTGCAGGCTGCACGCAAGTCTGCTCCAACAACAGGAGGTGTCAAGAAGCCTCATAGATACCGTCCTGGTACAGTTGCTCTGCGGTATGTATGCTT
GATAATGGATGCCTTTGTATGATGATGTTTATTTCAATAGTCATATTCTTTGAAGCACATCTCATGGGGAAGGAATTGTTTAATTACACAGAGAAATTCGAAAGTATCAGAAAAGCACAGAGTTGCTAATTCGAAAGCTGCCTTTTCAAAGGCTTGTCAGAGAAATCGCCCAGGACTTCAAGACGGACCTGCGTTTTCAG
AGTCATGCAGTTTTAGCTCTGCAAGAGGCAGCCGAGGCCTACCTCGTCGGTCTCTTTGAAGACACCAACTTGTGTGCCATTCATGCCAAGAGAGTGACCATTATGCCTAAGGACATTCAGCTTGCTAGGCGTATCCGTGGTGAAAGGGCCTAGGTTTGACTTAGAAGTGCTGTAACGGAAGAAGTTTTGGGTTTGACTTC
TATGTTATGTATATATATTTTTAAGGGAATCCCCTCGGAGGGACGCATTGTAGTTTGTTGGACTTCTAATGTGGCATAATTGAATTTTAGTTTAATCGATATGGATAATGTGCCTGGGATAATTTGACTTGTGGGTTCTTTCATCAACCTGATCCGGTTGTGATTGTTTTGGAGTTCATTGTGATTTGATCTCCGGGATG
GTTAACATCTTATGTAAAGATGAACTGTCGAATGTTGATTATAATCTTTTGTCTAAGAATTCCGCTAATTTGTCGTAATGCCTGTTGTTGTTATGTCATTTAATATATCCTACGACTGTAGTGGTTCTTAATTGCTCATGTTTCGCTTCGTTTGTTAGAGTGGAAGTTTAAGCGGTAAGGTTAGTTGTGTTTGGCTGTGA
TTGCGTTTGGAATAACACATCAAGGATTATAATTTAAGGTTTCGTGGTTCTGGTTGAATTTTTGGTATTCCTACTGTAACCATTGTTGATCACTCAGTACGAGAACTGACGACTTGATTTGACATCTAGGTCATTGTGGTTATATGTGGTTTACGATTTAGAAAGTGATGCTTTGAACGAATTAACGAAGCTTATCATGG
TGTTATTATTTCAGAAGTCTCAGAATATGTAAATGTGATTTACGGGACTTTCGAAATTTGCATTACTCAATTATTCATATGTGATTACAATATATAGATCCAAAGAGATGTGGTTATATGTGGTTTACGATTTAGAAAGTGATGCTTTGAACGAATTAACGAAGCCTTATCATGGTG

Intron 6 GTATGTATGC ... AATTACACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	2.98	1422	46	41
A2	1.98	1362.5	21	34
A3	0.95	1579.5	13	17
A4	2	1277.5	18	34
A5	2.98	883.5	19	35
A6	0.49	14266	37	103
A7	0.36	8568.5	10	52
A8	0.41	7813.5	20	44
A9	0.27	10777	8	49
A10	0.32	7966.5	10	40

>TRINITY_DN47426_c1_g3_i8 from sample A7 / Example spliced isoform

TTGATTATTTGCGCTTGCGGTTTGTAGCGGCTCTGAGGATTTCTATCTCTGCTGGAATATACTTTTGGCGCGCGACTTTTCTGCACAGATTCCTCTATACCTTGTTGGTGGTTTATCTTTCCGAGACATGGCTCGTACGAAGCAGACGGCACGTAAATCTACTGGAGGAAAAGCTCCTAGGAAGCAGCTCGCTACCAAGG
CTGCACGCAAGTCTGCTCCAACAACAGGAGGTGTCAAGAAGCCTCATAGATACCGTCCTGGTACAGTTGCTCTGCGAGAAATTCGAAAGTATCAGAAAAGCACAGAGTTGCTAATTCGAAAGCTGCCTTTTCAAAGGCTTGTCAGAGAAATCGCCCAGGACTTCAAGGTATTGCGTCTTTTACTGAGAAATGGTCAAAAG
CACTAAGAGACCTTAATTTATAGCTGAATTCTGGATCTATCTTTATCTAATTATTGTTTTGTTATTTTCCAGACGGACCTGCGTTTTCAGAGT

>TRINITY_DN47426_c1_g3_i13 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GACTTTTCTGCACAGATTCCTCTATACCTTGTTGGTGGTTTATCTTTCCGAGACATGGCTCGTACGAAGCAGACGGCACGTAAATCTACTGGAGGAAAAGCTCCTAGGAAGCAGCTCGCTACCAAGGTACTACCCCTTTACAGATTTATCGTTGACTTTTCATGTAGGGTTAAATGCAGCGAACTATTTCTTGTGAGTTT
GGAGTGTATTGTAAACAGCTTTTCATTTGCAGGCTGCACGCAAGTCTGCTCCAACAACAGGAGGTGTCAAGAAGCCTCATAGATACCGTCCTGGTACAGTTGCTCTGCGgtatgtatgcttgataatggatgcctttgtatgatgatgtttatttcaatagtcatattctttgaagcacatctctggggaaggaattgtt
taattacacagAGAAATTCGAAAGTATCAGAAAAGCACAGAGTTGCTAATTCGAAAGCTGCCTTTTCAAAGGCTTGTCAGAGAAATCGCCCAGGACTTCAAGGTATTGCGTCTTTTACTGAGAAATGGTCAAAAGCACTAAGAGACCTTAATTTATAGCTGAATTCTGGATCTATCTTTATCTAATTATTGTTTTGTTAT
TTTCCAGACGGACCTGCGTTTTCAGAGT

Intron 7 GTATGTATGC ... AATTACACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	7.3	1482.3	46	121.1
A2	7.09	1416.1	21	111.9
A3	6.24	1645.9	13	114
A4	7.25	1317.9	18	107.3
A5	9.23	915.9	19	97
A6	6.49	14954.1	37	1092
A7	6.69	8960.1	10	677
A8	6.24	8174.5	19.8	571.8
A9	6.44	11263.8	8	816.9
A10	6.57	8323.1	10	617.9

>TRINITY_DN108222_c1_g2_i7 from sample A5 / Example spliced isoform

TATTTGCGCTTGCGGTTTGTAGCGGCTCTGAGGATTTCTATCTCTGCTGGAATATACTTTTGGCGCGCGACTTTTCTGCACAGATTCCTCTATACCTTGTTGGTGGTTTATCTTTCCGAGACATGGCTCGTACGAAGCAGACGGCACGTAAATCTACTGGAGGAAAAGCTCCTAGGAAGCAGCTCGCTACCAAGGCTGCA
CGCAAGTCTGCTCCAACAACAGGAGGTGTCAAGAAGCCTCATAGATACCGTCCTGGTACAGTTGCTCTGCGAGAAATTCGAAAGTATCAGAAAAGCACAGAGTTGCTAATTCGAAAGCTGCCTTTTCAAAGGCTTGTCAGAGAAATCGCCCAGGACTTCAAGACGGACCTGCGTTTTCAGAGTCATGCAGTTTTAGCTCT
GCAAGAGGCAGCCGAGGCCTACCTCGTCGGTCTCTTTGAAGACACCAACTTGTGTGCCATTCATGCCAAGAGAGTGACCATTATGCCTAAGGACATTCAGCTTGCTAGGCGTATCCGTGGTGAAAGGGCCTAGGTTTGACTTAGAAGTGCTGTAACGGAAGAAGTTTTGGGTTTGACTTCTATGTTATGTATATATATTT
TTAAGGGAATCCCCTCGGAGGGACGCATTGTAGTTTGTTGGACTTCTAATGTGGCATAATTGAATTTTAGTTTAATCGATATGGATAATGTGCCTGGGATAATTTGACTTGTGGGTTCTTTCATCAACCTGATCCGGTTGTGATTGTTTTGGAGTTCATTGTGATTTGATCTCCGGGATGGTTAACATCTTATGTAAAGA
TGAACTGTCGAATGTTGATTATAATCTTTTGTCTAAGAATTCCGCTAATTTGTCGTAATGCCTGTTGTTGTTATGTCATTTAATATATCCTACGACTGTAGTGGTTCTTAATTGCTCATGTTTCGCTTCGTTTGTTAGAGTGGAAGTTTAAGCGGTAAGGTTAGTTGTGTTTGGCTGTGATTGCGTTTGGAATAACACAT
CAAGGATTATAATTTAAGGTTTCGTGGTTCTGGTTGAATTTTTGGTATTCCTACTGTAACCATTGTTGATCACTCAGTACGAGAACTGACGACTTGATTTGACATCTAGGTCATTGTGGTTATATGTGGTTTACGATTTAGAAAGTGATGCTTTGAACGAATTAACGAAGCTTATCATGGTGTTATTATTTCAGAAGTCT
CAGAATATGTAAATGTGATTTACGGGACTTTCGAAATTTGCATTACTCAATTATTCATATGTGATTACAATATATAGATCCAAAGAGATGTGGTTATATGTGGTTTACGATTTAGAAAGTGATGCTTTGAACGAATTAACGAAGCCTTATCATGGTG

>TRINITY_DN108222_c1_g2_i1 from sample A5 / Example unspliced isoform:

TATTTGCGCTTGCGGTTTGTAGCGGCTCTGAGGATTTCTATCTCTGCTGGAATATACTTTTGGCGCGCGACTTTTCTGCACAGGTATGTTGGATCTCCATTATGTCTAATGGATTTGAAAGGCTTTTATGGTACTGTAAGGTGGGTTTAGGGCAGTTGGAAGGGTTTGCAGGTGTATTTAGGTGCAGGCAGTAGAATAAA
ATCTGCCCCTGAGGTATTGAGCCAGGGGGTTTTGTAGGGCATTTCCAGGGTTTTCTATTTGATCTTGAAGTGGCGGGACATTTTACTTCCGTCTTCTGTTGCTTGTTTGTGATTGAATTAGCGAACATTCCTGGGATTCAAGGGTTTGCGGTCCCCTGTTCCTGTGTTTAGGTCCTTTCTTTGTCCCTTGGTTTATGCTG
GGGTATTATGCCTGTGTCTTGATTTCTTGGTTTTAATTTCCAAATTTATATTTAGGGTTTTGCGGGTTGTTTTGTTGTGATGCGCATGTGACTTGAAAGAGTTGAGGTTGTTTTACCTGAGAATGCTTTTTTGAGAAAATTGGTAATGTTTTTAAAGTGTTGGATTTGGGATTTATGGGTCAGAGCTTGCTTTTTTGAGA
AAATTGGTAATGTTTTTAAAGTGTTGGATTTGGGATTTATGGGTCAGAGCTTGAACTTTGTTGTAATGTTCTTGTTATGTTCTCCGTGCAGCAGATTCCTCTATACCTTGTTGGTGGTTTATCTTTCCGAGACATGGCTCGTACGAAGCAGACGGCACGTAAATCTACTGGAGGAAAAGCTCCTAGGAAGCAGCTCGCTA
CCAAGGTACTACCCCTTTACAGATTTATCGTTGACTTTTCATGTAGGGTTAAATGCAGCGAACTATTTCTTGTGAGTTTGGAGTGTATTGTAAACAGCTTTTCATTTGCAGGCTGCACGCAAGTCTGCTCCAACAACAGGAGGTGTCAAGAAGCCTCATAGATACCGTCCTGGTACAGTTGCTCTGCGgtatgtatgctt
gataatggatgcctttgtatgatgatgtttatttcaatagtcatattctttgaagcacatctcatggggaaggaattgtttaattacacagAGAAATTCGAAAGTATCAGAAAAGCACAGAGTTGCTAATTCGAAAGCTGCCTTTTCAAAGGCTTGTCAGAGAAATCGCCCAGGACTTCAAGACGGACCTGCGTTTTCAG
AGTCATGCAGTTTTAGCTCTGCAAGAGGCAGCCGAGGCCTACCTCGTCGGTCTCTTTGAAGACACCAACTTGTGTGCCATTCATGCCAAGAGAGTGACCATTATGCCTAAGGACATTCAGCTTGCTAGGCGTATCCGTGGTGAAAGGGCCTAGGTTTGACTTAGAAGTGCTGTAACGGAAGAAGTTTTGGGTTTGACTTC
TATGTTATGTATATATATTTTTAAGGGAATCCCCTCGGAGGGACGCATTGTAGTTTGTTGGACTTCTAATGTGGCATAATTGAATTTTAGTTTAATCGATATGGATAATGTGCCTGGGATAATTTGACTTGTGGGTTCTTTCATCAACCTGATCCGGTTGTGATTGTTTTGGAGTTCATTGTGATTTGATCTCCGGGATG
GTTAACATCTTATGTAAAGATGAACTGTCGAATGTTGATTATAATCTTTTGTCTAAGAATTCCGCTAATTTGTCGTAATGCCTGTTGTTGTTATGTCATTTAATATATCCTACGACTGTAGTGGTTCTTAATTGCTCATGTTTCGCTTCGTTTGTTAGAGTGGAAGTTTAAGCGGTAAGGTTAGTTGTGTTTGGCTGTGA
TTGCGTTTGGAATAACACATCAAGGATTATAATTTAAGGTTTCGTGGTTCTGGTTGAATTTTTGGTATTCCTACTGTAACCATTGTTGATCACTCAGTACGAGAACTGACGACTTGATTTGACATCTAGGTCATTGTGGTTATATGTGGTTTACGATTTAGAAAGTGATGCTTTGAACGAATTAACGAAGCTTATCATGG
TGTTATTATTTCAGAAGTCTCAGAATATGTAAATGTGATTTACGGGACTTTCGAAATTTGCATTACTCAATTATTCATATGTGATTACAATATATAGATCCAAAGAGATGTGGTTATATGTGGTTTACGATTTAGAAAGTGATGCTTTGAACGAATTAACGAAGCCTTATCATGGTG

Intron 8 GTGGGGTTTT ... ATTGTATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	49.58	121	7	119
A2	49	153	3	147
A3	47.48	167	4	151
A4	48.43	115	9	108
A5	45.57	86	6	72
A6	48.28	1701	28	1588
A7	48.61	1167	16	1104
A8	48.43	905	6	850
A9	48.36	1399	15	1310
A10	47.84	1149	26	1054

>TRINITY_DN47426_c1_g3_i5 from sample A7 / Example spliced isoform

GTTCACCATCCCATTCTCTGTGTTTGGAAGGCTCTTGTAGCGAGTAAGTTTGTCTTGAAAGGGTTTTAGATGGAAGTGCGGGATTGAGATCCAAGCAAAAACAGGGCATCGACCATAATTTTTTCTTGGGGTGTTTGTAGATTGCATTCTACTTTGCTGATTGTTGATCGCACCTAAAGATGGCTCGTACGAAGCAGACA
GCTCGTAAATCGACTGGAGGAAAGGCTCCAAGGAAGCAGCTGGCAACAAAGGCTGCACGTAAATCTGCTCCCACAACAGGTGGTGTCAAGAAGCCTCATAGATACCGCCCTGGTACAGTTGCTCTTCGAGAAATTCGAAAGTACCAGAAGAGTACTGAGCTGCTTATACGAAAGCTGCCTTTTCAGAGGCTTGTCAGGGA
AATTGCCCAGGACTTCAAGACGGATCTGCGTTTCCAAAGTCATGCAGTGCTAGCTCTCCAGGAGGCTGCAGAGGCCTATCTTGTGGGTCTTTTTGAGGATACTAACTTGTGTGCCATTCATGCCAAGAGGGTGACAATAATGCCCAAGGATATTCAGCTTGCAAGGCGTATCCGTGGGGAAAGGGCTTAGGATAGAATTT
TGATAGGAGGGGATGTGAAACAGATTAAGTTTTGTGTATGAATTTCTGTAGTTTGTGTATATATTTATTCGATATTGACGCCTTTGCAGAAACGCATTGTAGACTGCTTGATTTTGTAATGCTGCATTAATCGAATTTAATTGGAAGTTGGAGATTATATACTTCAAATAAATTGGTTTTCTGCATTAATCGAATTTAAT
TGGGAGTTGGAGATTATATACTTCAAATAAATTGGTTTTCTGCATTAATCGAATTTAATTGGGAGTTGGAGATTATATACTTCAAA

>TRINITY_DN47426_c1_g3_i6 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GTTCACCATCCCATTCTCTGTGTTTGGAAGGCTCTTGTAGCGAGTAAGTTTGTCTTGAAAGGGTTTTAGATGGAAGTGCGGGATTGAGATCCAAGCAAAAACAGGGCATCGACCATAATTTTTTCTTGGGGTGTTTGTAGgtggggttttttcttgttttctttcccacattacgtttttctgtctgcttctggttatgg
agggccgtaattgtttcctgccagtaatatttattttgccgtagggtttgtgatcattattctagcagttagagttcttgctaaatcgtgggcttttccctttcgttgatggttttttgaagtagtaaatacttttgttacattagggttttgatgtcgctgctttcactagaattctccttgaacccttgggttgttcc
cttgctggagtgtttttccctttttctaaggttctgtttgtttttctcctttaatatctagggttttctgttgatcttttccgttgagtttttgctgatggatatctgacttgtaatgcgagggttctgcttcacaatacggattttttaatatgagtttcgtaatattttctttctggttttggtattttggggtttcg
gctgcaatgatatttgggcttcgcttataccttcgttcttgtgaccattgtatcagATTGCATTCTACTTTGCTGATTGTTGATCGCACCTAAAGATGGCTCGTACGAAGCAGACAGCTCGTAAATCGACTGGAGGAAAGGCTCCAAGGAAGCAGCTGGCAACAAAGGCTGCACGTAAATCTGCTCCCACAACAGGTGGT
GTCAAGAAGCCTCATAGATACCGCCCTGGTACAGTTGCTCTTCGAGAAATTCGAAAGTACCAGAAGAGTACTGAGCTGCTTATACGAAAGCTGCCTTTTCAGAGGCTTGTCAGGGAAATTGCCCAGGACTTCAAGACGGATCTGCGTTTCCAAAGTCATGCAGTGCTAGCTCTCCAGGAGGCTGCAGAGGCCTATCTTGT
GGGTCTTTTTGAGGATACTAACTTGTGTGCCATTCATGCCAAGAGGGTGACAATAATGCCCAAGGATATTCAGCTTGCAAGGCGTATCCGTGGGGAAAGGGCTTAGGATAGAATTTTGATAGGAGGGGATGTGAAACAGATTAAGTTTTGTGTATGAATTTCTGTAGTTTGTGTATATATTTATTCGATATTGACGCCTT
TGCAGAAACGCATTGTAGACTGCTTGATTTTGTAATGCTGCATTAATCGAATTTAATTGGAAGTTGGAGATTATATACTTCAAATAAATTGGTTTTCTGCATTAATCGAATTTAATTGGGAGTTGGAGATTATATACTTCAAATAAATTGGTTTTCTGCATTAATCGAATTTAATTGGGAGTTGGAGATTATATACTTCA
AA

Intron 9 GTATTGCGTC ... TATTTTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	12.68	989.3	198	151.6
A2	12.38	893.1	182.5	134.5
A3	10.77	982.3	188.2	123.7
A4	12.32	859.3	184.8	128.4
A5	12.42	583.3	142.5	86.4
A6	11.62	9942.3	1743	1380.5
A7	11.72	5679	1053.7	798.4
A8	11.59	5824.3	913.8	811.4
A9	12.03	7530.3	1311.3	1092.2
A10	11.48	5168.2	1042.7	700.9

>TRINITY_DN103062_c1_g1_i2 from sample A4 / Example spliced isoform

GCCTCATAGATACCGTCCTGGTACAGTTGCTCTGCGAGAAATTCGAAAGTATCAGAAAAGCACAGAGTTGCTAATTCGAAAGCTGCCTTTTCAAAGGCTTGTCAGAGAAATCGCCCAGGACTTCAAGACGGACCTGCGTTTTCAGAGTCATGCAGTTTTAGCTCTGCAAGAGGCAGCCGAGGCCTACCTCGTCGGTCTCT
TTGAAGACACCAACTTGTGTGCCATTCATGCCAAGAGAGTGACCATTATGCCTAAGGACATTCAGCTTGCTAGGCGTATCCGTGGTGAAAGGGCCTAGGTTTGACTTAGAAGTGCTGTAACGGAAGAAGTTTTGGGTTTGACTTCTATGTTATGTATATATATTTTTAAGGGAATCCCCTCGGAGGGACGCATTGTAGTT
TGTTGGACTTCTAATGTGGTATAATTGAATTTTAGTTTAATCGATATGGATAATGTGCCTGGGATAATTTGACTTGTGGGTTCTTTCATCAACCTGATCCGGTTGTGATTGTTTTGGAGTTCATTGTGATTTGATCTCCGGGATGGTTAACATCTTATGTAAAGATGAACTGTCGAATGTTGATTATAATCTTTTGTCTA
AGAATTCCGCTAATTTGTCGTAATGCCTGTTGTTGTTATGTCATTTAATATATCCTACGACTGTAGTGGTTCTTAATTGCTCATGTTTCGCTTCGTTTGTTAGAGTGGAAGTTTAAGCGGTAAGGTTAGTTGTGTTTGGCTGTGATTGCGTTTGGAATAACACATCAAGGATTATAATTTAAGGTTTCGTGGTTCTGGTT
GAATTTTTGGTATTCCTACTGTAACCATTGTTGATCACTCAGTACGAGAACGGACGACTTGATTTGACATCTAGGTCATTGTGGTTATATGTGGTTTACGATTTAGAAAGTGATGCTTTGAACGAATTAACGAAGGTTATCATGGTGTTATTATTTCAGAAGTCTCAGAATATGTAAATGTGATTTACGGGACTTTCGAA
ATTTGCATTACTCAATTATTCATATGTGATTACAATATATAGATCCAAAGAGATGTGGTTATATGTGGTTTACGATTTAGAAAGTGATGCTTTGAACGAATTAACGAAGCCTTATCATGGTGTTATTATTTCAGAAGTCTCAGAATATGTAAATGTGATTTACGGGACTTTCGAAATTTGCATTACTCAATTATACATAT
GTGATTACAATATATAGATCCAAAGAGAAGCCTCTTATCCTTTCATAAGGTAAGGTTGAATGTTGTCAGTGCAAGTCAGAAATAGAACTTCATAAAATAGGAGGTGCATTGTGAGTTGATGCGTGTGCATTTTACAATGTTGAATTAATCTGTTGTCTTCTTGAAGAGTGGGTGCAATATATATTTTCATCCTATTTGAG
TGAAGAGTGGGTGCAGTATATATTATCATCTATTTTGAGTGAAGAGTGGGTGCAGTATATATTATCATCTATTTTGAGTGAAGAGTGGGTGCAACATATGTTTTTATCTATTTTGAGAGAAATTCGGTGGGAAATTTGACATTTAATTTGTCATGTTAGGGATTAGTGTTCAGTTGTCAATTGGACGTTGACAGCTTTGA
ACGTCTCACTGAGTATTTTCATCTTAATCAAGTTAAGTTGAGAGATGATCACTGTGTATTCTCATCTTAATCCAGATGAGTTGAGAGATGATCACAGTGAATTTGTATATTTTTGAAATTTGCGATTTGCTTATAGAAATTGCGTAATCATTTAAGTTTGAGTAACATCAAAATGAGTTAAGAATTGTATCTTATTCGTA
GTCATTGACCAGTTTTAACTTGTCTATTTATAAATTAGGTTCAAATTTATGTATCATATCGTGCTAAGATTTAGAGTTTCGGTGATAGAAGGTTTGATTATTTGTTGAATTGACCCTGTGTGAAATTGATGGATGGAAATGTAGCGCTTGTTCTAGTATGGTAAGAAAGCGGAATATTTTTTGTCATAGATGGATATAAA
TGTAATGCCTGTTCCACTTGGTAAGAAAGCTGAAAAAGTTTAATTGATTAGTCTACCCTCAAACTTTAAGATTCGAGAGTGATCATCAAGATCTTTTGTGAAGTATCTGAAAGTACTCTAATCCCTGGAAATATCCCCATTGTCCTTTAAAAGTAAAAATATTTAATGGTTATTTTGTTTGATTTTATAATTGTAAATGG
GTTGAAGTTCATATTGTTTAATGGTGTTTCGGGGTGACATTTTCATTAATGTACTGAATGAACTGATCCATAATCTTAGGAGTTAGGTATGGACAGGAAATAAAGTATTTACAC

>TRINITY_DN103062_c1_g1_i3 from sample A4 / Example unspliced isoform:

GCCTCATAGATACCGTCCTGGTACAGTTGCTCTGCGAGAAATTCGAAAGTATCAGAAAAGCACAGAGTTGCTAATTCGAAAGCTGCCTTTTCAAAGGCTTGTCAGAGAAATCGCCCAGGACTTCAAGgtattgcgtcttttactgagaaatggtcaaaagcactaagagaccttaatttatagctgaattctggatctat
ctttatctaattattgttttgttattttccagACGGACCTGCGTTTTCAGAG

Intron 10 GTGGGAATTT ... TGTGCAGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	11.9	296	40	0
A2	15.3	299	54	1
A3	10.36	320	37	5
A4	10.44	223	26	8
A5	10.8	190	23	2
A6	9.35	2636	272	25
A7	12.33	1714	241	18
A8	10.55	1297	153	6
A9	9.28	1876	192	23
A10	10.7	1602	192	9

>TRINITY_DN42435_c1_g4_i8 from sample A6 / Example spliced isoform

TGTAAGGTGGGTTTAGGGCAGTTGGAAGGGTTTGCAGGTGTATTGTAAGGCCTGCTTAGGTGCAGGCAGTTGAATAAAATGTATCCCTGAGGTGTCAAGCAGGGGATTCTATTGGGCGTTTGCAGGGCTTTCTATTTAATCTTTAAGCGATTTCCCTAGACCTTGTTGGTTATCAATCTTTCTGAGATATGGCTCGTACG
AAGCAGACGGCACGTAAATCTACTGGAGGAAAAGCTCCAAGGAAGCAGCTCGCTACAAAGGCTGCACGCAAGTCTGCTCCAACAACAGGAGGTGTCAAGAAGCCTCATAGATACCGTCCTGGTACAGTTGCCCTTCGAGAAATTCGAAAGTATCAGAAAAGCACAGAGTTGCTAATTCGAAAGCTGCCCTTTCAAAGGCT
TGTTAGGGAAATCGCCCAAGACTTCAAGACGGATCTGCGTTTCCAAAGCCATGCAGTTTTAGCTCTTCAAGAGGCAGCTGAGGCCTACCTCGTCGGTCTCTTTGAAGATACTAACTTGTGTGCCATTCATGCCAAGAGGGTGACCATTATGCCCAAGGACATTCAGCTTGCTAGGCGTATCCGTGGTGAAAGGGCCTAGG
TTTGACTTAGAAGTGCTGTAACGGAAGAAGTTTTGGGTTTGACTTCTATGTTATGTATATATATTTTTAAGGGAATCCCCTCGGAGGGACGCATTGTAGTTTGTTGGACTTCTAATGTGGCATAATTGAATTTTAGTTTAATCGATATGGATAATGTGCCTGGGATAATTTGACTTGTGGGTTCTTTCATCAACCTGATC
CGGTTGTGATTGTTTTGGAGTTCATTGTGATTTGATCTCCGGGATGGTTAACATCTTATGTAAAGATGAACTGTCGAATGTTGATTATAATCTTTTGTCTAAGAATTCCGCTAATTTGTCGTAATGCCTGTTGTTGTTATGTCATTTAATATATCCTACGACTGTAGTGGTTCTTAATTGCTCATGTTTCGCTTCGTTTG
TTAGAGTGGAAGTTTAAGCGGTAAGGTTAGTTGTGTTTGGCTGTGATTGCGTTTGGAATAACACATCAAGGATTATAATTTAAGGTTTCGTGGTTCTGGTTGAATTTTTGGTATTCCTACTGTAACCATTGTTGATCACTCAGTACGAGAACGGACGACTTGATTTGACATCTAGGTCATTGTGGTTATATGTGGTTTAC
GATTTAGAAAGTGATGCTTTGAACGAATTAACGAAGGTTATCATGGTGTTATTATTTCGGAAGTCTCAGAATATGTAAATGTGATTTACGGGACTTTCGAAATTTGCATTACTCAATTATTCATATGTGATTACAATATATAGATCCAAAGAGATGTGGTTATATGTGGTTTACGATTTAGAAAGTGATGCTTTGAACGA
ATTAACGAAGCTTATCATGGTGTTATTATTTCAGAAGTCTCAGAATATGTAAATGTGATTTACGGGACTTTCGAAATTTTCATTACTCAATTATACATATGTGATTACAATATATAGATCCAAAGAGATGTGGTTATATGTGGTTTACGAT

>TRINITY_DN42435_c1_g4_i6 from sample A6 / Example unspliced isoform:

TTGGAAGGGTTTGCAGGTGTATTGTAAGGCCTGCTTAGGTGCAGGCAGTTGAATAAAATGTATCCCTGAGGTGTCAAGCAGGGGATTCTATTGGGCGTTTGCAGGGCTTTCTATTTAATCTTTAAGCGgtgggaatttctacttcgtgttttgcaagcttttctgttgtttaaagggtcgtagttgctgcttgtttgtgc
ttgaattagtaaatattcctgggatttgagggtttgcggtcccctgttcttgtgtttaggttttttctttgtcccttggtccatgccggagtaatatgcctctttcttgacttcttgtttttatttttaaatttatggttagggttttgcgggttacgttttagttatattttgttctgaagcgaatgtgacttgaaatg
tctgatttctgcttacctgagaatgttattcaaggaaattggtaataattttgaagtgttggttttgggattttttgttagtgcctggactttggtgtaatgttcttgttcatgctgtctgtgcagcagATTTCCCTAGACCTTGTTGGTTATCAATCTTTCTGAGATATGGCTCGTACGAAGCAGACGGCACGTAAATC
TACTGGAGGAAAAGCTCC

Intron 11 GTATGTCCAC ... AATTATACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	11.43	992	0	128
A2	14.08	1019	0	167
A3	12.31	1125	0	158
A4	10.68	845	0	101
A5	14.15	558	0	92
A6	16.07	11374	0	2178
A7	16.64	6996	6	1397
A8	15.73	6791.5	0	1268
A9	15.72	8235	0	1536
A10	15.5	6095	0	1118

>TRINITY_DN47426_c1_g3_i1 from sample A7 / Example spliced isoform

GTTCACCATCCCATTCTCTGTGTTTGGAAGGCTCTTGTAGCGAGTAAGTTTGTCTTGAAAGGGTTTTAGATGGAAGTGCGGGATTGAGATCCAAGCAAAAACAGGGCATCGACCATAATTTTTTCTTGGGGTGTTTGTAGGTGGGGTTTTTTCTTGTTTTCTTTCCCACATTACGTTTTTCTGTCTGCTTCTGGTTATGG
AGGGCCGTAATTGTTTCCTGCCAGTAATATTTATTTTGCCGTAGGGTTTGTGATCATTATTCTAGCAGTTAGAGTTCTTGCTAAATCGTGGGCTTTTCCCTTTCGTTGATGGTTTTTTGAAGTAGTAAATACTTTTGTTACATTAGGGTTTTGATGTCGCTGCTTTCACTAGAATTCTCCTTGAACCCTTGGGTTGTTCC
CTTGCTGGAGTGTTTTTCCCTTTTTCTAAGGTTCTGTTTGTTTTTCTCCTTTAATATCTAGGGTTTTCTGTTGATCTTTTCCGTTGAGTTTTTGCTGATGGATATCTGACTTGTAATGCGAGGGTTCTGCTTCACAATACGGATTTTTTAATATGAATTGCATTCTACTTTGCTGATTGTTGATCGCACCTAAAGATGGC
TCGTACGAAGCAGACAGCTCGTAAATCGACTGGAGGAAAGGCTCCAAGGAAGCAGCTGGCAACAAAGGCTGCACGTAAATCTGCTCCCACAACAGGTGGTGTCAAGAAGCCTCATAGATACCGCCCTGGTACAGTTGCTCTTCGAGAAATTCGAAAGTACCAGAAGAGTACTGAGCTGCTTATACGAAAGCTGCCTTTTC
AGAGGCTTGTCAGGGAAATTGCCCAGGACTTCAAGACGGATCTGCGTTTCCAAAGTCATGCAGTGCTAGCTCTCCAGGAGGCTGCAGAGGCCTATCTTGTGGGTCTTTTTGAGGATACTAACTTGTGTGCCATTCATGCCAAGAGGGTGACAATAATGCCCAAGGATATTCAGCTTGCAAGGCGTATCCGTGGGGAAAGG
GCTTAGGATAGAATTTTGATAGGAGGGGATGTGAAACAGATTAAGTTTTGTGTATGAATTTCTGTAGTTTGTGTATATATTTATTCGATATTGACGCCTTTGCAGAAACGCATTGTAGACTGCTTGATTTTGTAATGCTGCATTAATCGAATTTAATTGGAAGTTGGAGATTATATACTTCAAATAAATTGGTTTTCTGC
ATTAATCGAATTTAATTGGGAGTTGGAGATTATATACTTCAAATAAATTGGTTTTCTGCATTAATCGAATTTAATTGGGAGTTGGAGATTATATACTTCAAA

>TRINITY_DN47426_c1_g3_i9 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CGCCCTGGTACAGTTGCTCTTCGgtatgtccacttgtttatttgaatttgtcatgaatgcctgaggattatgttacttgtttgtattgtcttcctctgtctaatacatgtatctaatttacaaattatctaattatacagAGAAATTCGAAAGTACCAGAAGAGTACTGAGCTGCTTATACGAAAGCTGCCTTTTCAGAG
GCTTGTCAGGGAAATTGCCCAGGACTTCAAGACGGATCTGCGTTTCCAAAGTCATGCAGTGCTAGCTCTCCAGGAGGCTGCAGAGGCCTATCTTGTGGGTCTTTTTGAGGATACTAACTTGTGTGCCATTCATGCCAAGAGGGTGACAATAATGCCCAAGGATATTCAGCTTGCAAGGCGTATCCGTGGGGAAAGGGCTT
AGGATAGAATTTTGATAGGAGGGGATGTGAAACAGATTAAGTTTTGTGTATGAATTTCTGTAGTTTGTGTATATATTTATTCGATATTGACGCCTTTGCAGAAACGCATTGTAGACTGCTTGATTTTGTAATGCTGCATTAATCGAATTTAATTGGAAGTTGGAGATTATATACTTCAAATAAATTGGTTTTCTGCATTA
ATCGAATTTAATTGGGAGTTGGAGATTATATACTTCAAATAAATTGGTTTTCTGCATTAATCGAATTTAATTGGGAGTTGGAGATTATATACTTCAAA

Intron 12 GTAAGTTGGT ... GTGTTTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	19.6	496.3	1	121
A2	20.56	591	6	153
A3	19.37	695	0	167
A4	20.01	459.7	8.7	115
A5	19.14	363.3	4	86
A6	17.68	7919	13	1701
A7	17.54	5486.3	5	1167
A8	19.07	3842	7	905
A9	19.08	5930.7	9.7	1399
A10	20.51	4454.3	4	1149

>TRINITY_DN108222_c1_g2_i5 from sample A5 / Example spliced isoform

GGTTGTTTTGCGCTCGCGGGTTCTGGCGTCTCTGAGGTTTAATTCTTTTCTGCTCTCACATACTTGGCGCGCGACTTTCTTCCCAGATTGCATTCTACTTTGCTGATTGTTGATCGCACCTAAAGATGGCTCGTACGAAGCAGACAGCTCGTAAATCGACTGGAGGAAAGGCTCCAAGGAAGCAGCTGGCAACAAAGGCT
GCACGTAAATCTGCTCCCACAACAGGTGGTGTCAAGAAGCCTCATAGATACCGCCCTGGTACAGTTGCTCTTCGAGAAATTCGAAAGTACCAGAAGAGTACTGAGCTGCTTATACGAAAGCTGCCTTTTCAGAGGCTTGTCAGGGAAATTGCCCAGGACTTCAAGACGGATCTGCGTTTCCAAAGTCATGCAGTGCTAGC
TCTCCAGGAGGCTGCAGAGGCCTATCTTGTGGGTCTTTTTGAGGATACAAACTTGTGTGCCATTCATGCCAAGAGGGTGACAATAATGCCCAAGGATATTCAGCTTGCAAGGCGTATCCGTGGGGAAAGGGCTTAGGATAGAATTTTGATAGGAGGGGATGTGAAACAGATTAAGTTTTGTGTATGAATTTCTGTAGTTT
GTGTATATATTTATTCGATATTGACGCCTTTGCAGAAACGCATTGTAGACTGCTTGATTTTGTAATGCTGCATTAATCGAATTTAATTGGAAGTTGGAGATTATATACTTCAAATAAATTGGTTTTCTGCATTAATCGAATTTAATTGGGAGTTGGAGATTATATACTTCAAATAAATTGGTTTTCTGCATTAATCGAAT
TTAATTGGGAGTTGGAGATTATATACTTCAAA

>TRINITY_DN108222_c1_g2_i9 from sample A5 / Example unspliced isoform:

GGTTGTTTTGCGCTCGCGGGTTCTGGCGTCTCTGAGGTTTAATTCTTTTCTGCTCTCACATACTTGGCGCGCGACTTTCTTCCCAGgtaagttggttcaccatcccattctctgtgtttggaaggctcttgtagcgagtaagtttgtcttgaaagggttttagatggaagtgcgggattgagatccaagcaaaaacaggg
catcgaccataattttttcttggggtgtttgtagATTGCATTCTACTTTGCTGATTGTTGATCGCACCTAAAGATGGCTCGTACGAAGCAGACAGCTCGTAAATCGACTGGAGGAAAGGCTCCAAGGAAGCAGCTGGCAACAAAGGCTGCACGTAAATCTGCTCCCACAACAGGTGGTGTCAAGAAGCCTCATAGATACC
GCCCTGGTACAGTTGCTCTTCGAGAAATTCGAAAGTACCAGAAGAGTACTGAGCTGCTTATACGAAAGCTGCCTTTTCAGAGGCTTGTCAGGGAAATTGCCCAGGACTTCAAGACGGATCTGCGTTTCCAAAGTCATGCAGTGCTAGCTCTCCAGGAGGCTGCAGAGGCCTATCTTGTGGGTCTTTTTGAGGATACAAAC
TTGTGTGCCATTCATGCCAAGAGGGTGACAATAATGCCCAAGGATATTCAGCTTGCAAGGCGTATCCGTGGGGAAAGGGCTTAGGATAGAATTTTGATAGGAGGGGATGTGAAACAGATTAAGTTTTGTGTATGAATTTCTGTAGTTTGTGTATATATTTATTCGATATTGACGCCTTTGCAGAAACGCATTGTAGACTG
CTTGATTTTGTAATGCTGCATTAATCGAATTTAATTGGAAGTTGGAGATTATATACTTCAAATAAATTGGTTTTCTGCATTAATCGAATTTAATTGGGAGTTGGAGATTATATACTTCAAATAAATTGGTTTTCTGCATTAATCGAATTTAATTGGGAGTTGGAGATTATATACTTCAAA

Intron 13 GTACTACCCC ... TCATTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	9.41	1716.5	184.6	67.8
A2	10.06	1691.9	197.6	55.8
A3	9.7	2019.8	226.6	46.5
A4	11.11	1615.3	209.9	41.7
A5	13.1	1174.9	187.2	35.4
A6	8.31	18232.8	1748.8	274.9
A7	8.61	11255.3	1116.8	147.1
A8	7.25	9364.5	765.8	147.8
A9	8.82	13622.1	1392.5	197.7
A10	9.34	10836.3	1178.1	152

>TRINITY_DN108222_c1_g2_i7 from sample A5 / Example spliced isoform

TATTTGCGCTTGCGGTTTGTAGCGGCTCTGAGGATTTCTATCTCTGCTGGAATATACTTTTGGCGCGCGACTTTTCTGCACAGATTCCTCTATACCTTGTTGGTGGTTTATCTTTCCGAGACATGGCTCGTACGAAGCAGACGGCACGTAAATCTACTGGAGGAAAAGCTCCTAGGAAGCAGCTCGCTACCAAGGCTGCA

CGCAAGTCTGCTCCAACAACAGGAGGTGTCAAGAAGCCTCATAGATACCGTCCTGGTACAGTTGCTCTGCGAGAAATTCGAAAGTATCAGAAAAGCACAGAGTTGCTAATTCGAAAGCTGCCTTTTCAAAGGCTTGTCAGAGAAATCGCCCAGGACTTCAAGACGGACCTGCGTTTTCAGAGTCATGCAGTTTTAGCTCT
GCAAGAGGCAGCCGAGGCCTACCTCGTCGGTCTCTTTGAAGACACCAACTTGTGTGCCATTCATGCCAAGAGAGTGACCATTATGCCTAAGGACATTCAGCTTGCTAGGCGTATCCGTGGTGAAAGGGCCTAGGTTTGACTTAGAAGTGCTGTAACGGAAGAAGTTTTGGGTTTGACTTCTATGTTATGTATATATATTT
TTAAGGGAATCCCCTCGGAGGGACGCATTGTAGTTTGTTGGACTTCTAATGTGGCATAATTGAATTTTAGTTTAATCGATATGGATAATGTGCCTGGGATAATTTGACTTGTGGGTTCTTTCATCAACCTGATCCGGTTGTGATTGTTTTGGAGTTCATTGTGATTTGATCTCCGGGATGGTTAACATCTTATGTAAAGA
TGAACTGTCGAATGTTGATTATAATCTTTTGTCTAAGAATTCCGCTAATTTGTCGTAATGCCTGTTGTTGTTATGTCATTTAATATATCCTACGACTGTAGTGGTTCTTAATTGCTCATGTTTCGCTTCGTTTGTTAGAGTGGAAGTTTAAGCGGTAAGGTTAGTTGTGTTTGGCTGTGATTGCGTTTGGAATAACACAT
CAAGGATTATAATTTAAGGTTTCGTGGTTCTGGTTGAATTTTTGGTATTCCTACTGTAACCATTGTTGATCACTCAGTACGAGAACTGACGACTTGATTTGACATCTAGGTCATTGTGGTTATATGTGGTTTACGATTTAGAAAGTGATGCTTTGAACGAATTAACGAAGCTTATCATGGTGTTATTATTTCAGAAGTCT
CAGAATATGTAAATGTGATTTACGGGACTTTCGAAATTTGCATTACTCAATTATTCATATGTGATTACAATATATAGATCCAAAGAGATGTGGTTATATGTGGTTTACGATTTAGAAAGTGATGCTTTGAACGAATTAACGAAGCCTTATCATGGTG

>TRINITY_DN108222_c1_g2_i1 from sample A5 / Example unspliced isoform:

TATTTGCGCTTGCGGTTTGTAGCGGCTCTGAGGATTTCTATCTCTGCTGGAATATACTTTTGGCGCGCGACTTTTCTGCACAGGTATGTTGGATCTCCATTATGTCTAATGGATTTGAAAGGCTTTTATGGTACTGTAAGGTGGGTTTAGGGCAGTTGGAAGGGTTTGCAGGTGTATTTAGGTGCAGGCAGTAGAATAAA
ATCTGCCCCTGAGGTATTGAGCCAGGGGGTTTTGTAGGGCATTTCCAGGGTTTTCTATTTGATCTTGAAGTGGCGGGACATTTTACTTCCGTCTTCTGTTGCTTGTTTGTGATTGAATTAGCGAACATTCCTGGGATTCAAGGGTTTGCGGTCCCCTGTTCCTGTGTTTAGGTCCTTTCTTTGTCCCTTGGTTTATGCTG
GGGTATTATGCCTGTGTCTTGATTTCTTGGTTTTAATTTCCAAATTTATATTTAGGGTTTTGCGGGTTGTTTTGTTGTGATGCGCATGTGACTTGAAAGAGTTGAGGTTGTTTTACCTGAGAATGCTTTTTTGAGAAAATTGGTAATGTTTTTAAAGTGTTGGATTTGGGATTTATGGGTCAGAGCTTGCTTTTTTGAGA
AAATTGGTAATGTTTTTAAAGTGTTGGATTTGGGATTTATGGGTCAGAGCTTGAACTTTGTTGTAATGTTCTTGTTATGTTCTCCGTGCAGCAGATTCCTCTATACCTTGTTGGTGGTTTATCTTTCCGAGACATGGCTCGTACGAAGCAGACGGCACGTAAATCTACTGGAGGAAAAGCTCCTAGGAAGCAGCTCGCTA
CCAAGgtactacccctttacagatttatcgttgacttttcatgtagggttaaatgcagcgaactatttcttgtgagtttggagtgtattgtaaacagcttttcatttgcagGCTGCACGCAAGTCTGCTCCAACAACAGGAGGTGTCAAGAAGCCTCATAGATACCGTCCTGGTACAGTTGCTCTGCGGTATGTATGCTT
GATAATGGATGCCTTTGTATGATGATGTTTATTTCAATAGTCATATTCTTTGAAGCACATCTCATGGGGAAGGAATTGTTTAATTACACAGAGAAATTCGAAAGTATCAGAAAAGCACAGAGTTGCTAATTCGAAAGCTGCCTTTTCAAAGGCTTGTCAGAGAAATCGCCCAGGACTTCAAGACGGACCTGCGTTTTCAG
AGTCATGCAGTTTTAGCTCTGCAAGAGGCAGCCGAGGCCTACCTCGTCGGTCTCTTTGAAGACACCAACTTGTGTGCCATTCATGCCAAGAGAGTGACCATTATGCCTAAGGACATTCAGCTTGCTAGGCGTATCCGTGGTGAAAGGGCCTAGGTTTGACTTAGAAGTGCTGTAACGGAAGAAGTTTTGGGTTTGACTTC
TATGTTATGTATATATATTTTTAAGGGAATCCCCTCGGAGGGACGCATTGTAGTTTGTTGGACTTCTAATGTGGCATAATTGAATTTTAGTTTAATCGATATGGATAATGTGCCTGGGATAATTTGACTTGTGGGTTCTTTCATCAACCTGATCCGGTTGTGATTGTTTTGGAGTTCATTGTGATTTGATCTCCGGGATG
GTTAACATCTTATGTAAAGATGAACTGTCGAATGTTGATTATAATCTTTTGTCTAAGAATTCCGCTAATTTGTCGTAATGCCTGTTGTTGTTATGTCATTTAATATATCCTACGACTGTAGTGGTTCTTAATTGCTCATGTTTCGCTTCGTTTGTTAGAGTGGAAGTTTAAGCGGTAAGGTTAGTTGTGTTTGGCTGTGA
TTGCGTTTGGAATAACACATCAAGGATTATAATTTAAGGTTTCGTGGTTCTGGTTGAATTTTTGGTATTCCTACTGTAACCATTGTTGATCACTCAGTACGAGAACTGACGACTTGATTTGACATCTAGGTCATTGTGGTTATATGTGGTTTACGATTTAGAAAGTGATGCTTTGAACGAATTAACGAAGCTTATCATGG
TGTTATTATTTCAGAAGTCTCAGAATATGTAAATGTGATTTACGGGACTTTCGAAATTTGCATTACTCAATTATTCATATGTGATTACAATATATAGATCCAAAGAGATGTGGTTATATGTGGTTTACGATTTAGAAAGTGATGCTTTGAACGAATTAACGAAGCCTTATCATGGTG

Intron 14 GTTTTTTCTT ... TGTGCAGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	76.47	2	13	0
A2	50	5	9	1
A3	60	3	4	5
A4	56.25	7	10	8
A5	62.5	3	8	2
A6	32.8	42	16	25
A7	33.33	30	12	18
A8	40.74	8	5	6
A9	28.57	35	5	23
A10	33.33	13	4	9

>TRINITY_DN42435_c1_g4_i7 from sample A6 / Example spliced isoform

TTGGAAGGGTTTGCAGGTGTATTGTAAGGCCTGCTTAGGTGCAGGCAGTTGAATAAAATGTATCCCTGAGGTGTCAAGCAGGGGATTCTATTGGGCGTTTGCAGGGCTTTCTATTTAATCTTTAAGCGGTGGGAATTTCTACTTCGTGTTTTGCAAGCTTTTCTGTTGTTTAAAGGGTCGTAGTTGCTGCTTGTTTGTGC
TTGAATTAGTAAATATTCCTGGGATTTGAGGGTTTGCGGTCCCCTGTTCTTGTGTTTAGATTTCCCTAGACCTTGTTGGTTATCAATCTTTCTGAGATATGGCTCGTACGAAGCAGACGGCACGTAAATCTACTGGAGGAAAAGCTCC

>TRINITY_DN42435_c1_g4_i6 from sample A6 / Example unspliced isoform:

TTGGAAGGGTTTGCAGGTGTATTGTAAGGCCTGCTTAGGTGCAGGCAGTTGAATAAAATGTATCCCTGAGGTGTCAAGCAGGGGATTCTATTGGGCGTTTGCAGGGCTTTCTATTTAATCTTTAAGCGGTGGGAATTTCTACTTCGTGTTTTGCAAGCTTTTCTGTTGTTTAAAGGGTCGTAGTTGCTGCTTGTTTGTGC
TTGAATTAGTAAATATTCCTGGGATTTGAGGGTTTGCGGTCCCCTGTTCTTGTGTTTAGgttttttctttgtcccttggtccatgccggagtaatatgcctctttcttgacttcttgtttttatttttaaatttatggttagggttttgcgggttacgttttagttatattttgttctgaagcgaatgtgacttgaaatg
tctgatttctgcttacctgagaatgttattcaaggaaattggtaataattttgaagtgttggttttgggattttttgttagtgcctggactttggtgtaatgttcttgttcatgctgtctgtgcagcagATTTCCCTAGACCTTGTTGGTTATCAATCTTTCTGAGATATGGCTCGTACGAAGCAGACGGCACGTAAATC
TACTGGAGGAAAAGCTCC