sp|Q6ESG1|BASS4_ORYSJ ----> Probable sodium/metabolite cotransporter BASS4, chloroplastic

Intron 1 GTGATCTAAA ... TGGTACAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	19.03	40	8.9	10
A2	15.66	74	14.7	13
A3	19.74	69	14.3	20
A4	22.22	44	13.7	12
A5	21.68	26	6.5	8
A6	14.66	88	9.4	21
A7	15.41	101	23.1	14
A8	13.97	46	6.2	9
A9	11.81	116	14.8	17
A10	9.93	128	12.5	16

>TRINITY_DN98264_c0_g1_i6 from sample A4 / Example spliced isoform

TAGATGAGTAGATAGATGGATGGATGTGTGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGAATGAATGAAGGTAGGGAGTGGAAATAGCTATCCACACGCAATAGGGACAGTCAAATTCACGCAATTGAAGGGAACAGGAAATGATTATGATGGCAGAACAGCTACGGTTGCTTTATTCAGTGGGC
GGCCCGCCTCGTCACTCTCTTCTGTTACAGCATGGCGGCCACGTCAGTCCCTGGTTCGAGCAGAGGACAGGACGCCTCTGCTATTTAAGATTACGCCCCTGCGCGAACTTCCGGGCTGAAGCACACCAGGGCAGCCATGGCGACCACCAGAAAGAAGATGGGAATCACTGCCAGCTAAGGCATCTGACTGTAGCAAAGGT
CCTTGATACTGCAAAGCCGGTGCTAAAGTTTGCAAGAACTAACTTTCTCCCATTAGCTCTTATTACTGGAGTGACTATTGGTTTGGCAAACCCAGTGCCAGGTTGCCTTGCTCAGAAATATTCATTGTCAAATTGGAGCACTTTTGGAATTTTTCTGGTCTCAGGTCTCACACTACGAAGTGGGGAGATGAGTGCAGCCA
TTGAAGCTTGGCCCGCAGGAGCGTTTGGTTTGGCTTCAATTCTCTTATTCACACCATTTATTTCAAGGCTTGTTTTGCAATTGAAGTTAATTCCTCAGGAATTTGTTACAGGACTAGCTATGTTTTGTTGCATGCCTACTACCTTATCAAGTGGAGTAGCATTAACACAGCTTGTTGGCGGTAATTCAGCTCTGGCTCTT
TCATTGACGGTGGCATCGAATTTACTGGGTATAGTAACAGTTCCTTTCCTGCTGTCAAAGTTGGTAGCTCAAGGAGTTGGGGTTTCAGTTCCTGCAGGGAAATTGCTAAAGAGCCTAACACTAATGCTTTTGGTGCCTTTACTTCTAGGAAAGG

>TRINITY_DN98264_c0_g1_i8 from sample A4 / Example unspliced isoform:

TAGATGAGTAGATAGATGGATGGATGTGTGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGAATGAATGAAGGTAGGGAGTGGAAATAGCTATCCACACGCAATAGGGACAGTCAAATTCACGCAATTGAAGGGAACAGGAAATGATTATGATGGCAGAACAGCTACGGTTGCTTTATTCAGTGGGC
GGCCCGCCTCGTCACTCTCTTCTGTTACAGCATGGCGGCCACGTCAGTCCCTGGTTCGAGCAGAGGACAGGACGCCTCTGCTATTTAAGATTACGCCCCTGCGCGAACTTCCGGGCTGAAGCACACCAGGGCAGCCATGGCGACCACCAGAAAGAAGATGGGAATCACTGCCAGCTAAGGCATCTGACTGTAGCAAAGGT
CCTTGATACTGCAAAGCCGGTGCTAAAGTTTGCAAGAACTAACTTTCTCCCATTAGgtgatctaaagccatgttgttgaagttttgaggtgagaatcttgatgatgctgcaacaataattaacaataccaatggagaggctgacatggagcttgtgaaggaacaatcaacaaacctggtacaaagCTCTTATTACTGGAG
TGACTATTGGTTTGGCAAACCCAGTGCCAGGTTGCCTTGCTCAGAAATATTCATTGTCAAATTGGAGCACTTTTGGAATTTTTCTGGTCTCAGGTCTCACACTACGAAGTGGGGAGATGAGTGCAGCCATTGAAGCTTGGCCCGCAGGAGCGTTTGGTTTGGTATTGAAAGGTGGTGTTCAGATTCCAATATTATGCCCT
TTCTCTAGAACATGTGACATTGCTTCAATTCTCTTATTCACACCATTTATTTCAAGGCTTGTTTTGCAATTGAAGTTAATTCCTCAGGAATTTGTTACAGGACTAGCTATGTTTTGTTGCATGCCTACTACCTTATCAAGTGGAGTAGCATTAACACAGCTTGTTGGCGGTAATTCAGCTCTGGCTCTTTCATTGACGGT
GGCATCGAATTTACTGGGTATAGTAACAGTTCCTTTCCTGCTGTCAAAGTTGGTAGCTCAAGGAGTTGGGGTTTCAGTTCCTGCAGGGAAATTGCTAAAGAGCCTAACACTAATGCTTTTGGTGCCTTTACTTCTAGGAAAGG

Intron 2 GTATGCCTTC ... TGGTACAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	25.23	40	17	10
A2	18.23	74	20	13
A3	25	69	26	20
A4	29.03	44	22	14
A5	27.78	26	12	8
A6	19.27	88	21	21
A7	17.55	101	29	14
A8	19.3	46	13	9
A9	18.02	116	34	17
A10	13.8	128	25	16

>TRINITY_DN111913_c0_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoform

CAACTTAACATGAGGGTTGTAAGAAATTATTAACCGGGCAAAATGGGTCGTGACGGACATTTTTCCCGTCAAATTCCATCCCTGGATGGATGGATGGATGAATCAATGAAGGTAGGGAGTGGAAATAGCTATCCACACGCAATAGGGACAGTCAAATTCACGCAATTGAAGGGAACAGGAAATGATTATGATGGCAGAAC
AGCTACGGTTGCTTTATTCAGTGGGCGGCCCGCCTCGTCACTCTCTTCTGTTACAGCATGGCGGCCACGTCAGTCCCTGGTTCGAGCAGAGGACAGGACGCCTCTGCTATTTAAGATTACGCCCCTGCGCGAACTTCCGGGCTGAAGCACACCAGGGCAGCCATGGCGACCACCAGAAAGAAGATGGGAATCACTGCCAG
CTAAGGCATCTGACTGTAGCAAAGGTCCTTGATACTGCAAAGCCGGTGCTAAAGTTTGCAAGAACTAACTTTCTCCCATTAGCTCTTATTACTGGAGTGACTATTGGTTTGGCAAACCCAGTGCCAGGTTGCCTTGCTCAGAAATATTCATTGTCAAATTGGAGCACTTTTGGAATTTTTCTGGTCTCAGGTCTCACACT
ACGAAGTGGGGAGATGAGTGCAGCCATTGAAGCTTGGCCCGCAGGAGCGTTTGGTTTGGCTTCAATTCTCTTATTCACACCATTTATTTCAAGGCTTGTTTTGCAATTGAAGTTAATTCCTCAGGAATTTGTTACAGGACTAGCTATGTTTTGTTGCATGCCTACTACCTTATCAAGTGGAGTAGCATTAACACAGCTTG
TTGGCGGTAATTCAGCTCTGGCTCTTTCATTGACGGTGGCATCGAATTTACTGGGTATAGTAACAGTTCCTTTCCTGCTGTCAAAGTTGGTAGCTCAAGGAGTTGGGGTTTCAGTTCCTGCAGGGAAATTGCTAAAGAGCCTAACACTAATGCTTTTGGTGCCTTTACTTCTAGGAAAGGTGTGGCAAAGTTTGTGGACG
AGAGACGTGAACTATTTTCAATGATTAATAGCATCTTCCTTAGCTTGGTTTGTTTTTGCTTGATACTTTCCTTTTAATCTTAAAAATTGTCCTTTTCATTCTGGGGTACTTTTCATGTTTACATATCACATTCCTTATTTAAATTATGAATATAATTGCATCCTTTATTCAGTCAATAAAATGTATGCACCCAGTTAATG
ATCTTCATGATTATATATTTCTTAAATTCAAGTCTTGCAGTATGACTTAAATGGAGGTAGTAGCTAGGGGTGGAAAATTCAAAAGTAATGTTAATGCTTGAATTTGGAATGGTTCTAAACTTCTAAGGTAACTGGAGAATGTACATTGCCACATCATATGATATCCTTCCATTTTGGGTTAGTGTTTGCTAACCACAGGG
GTTAATCCCTATACAACCTGTAAGCAAAGTGTG

>TRINITY_DN111913_c0_g1_i13 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CAACTTAACATGAGGGTTGTAAGAAATTATTAACCGGGCAAAATGGGTCGTGACGGACATTTTTCCCGTCAAATTCCATCCCTGGATGGATGGATGGATGAATCAATGAAGGTAGGGAGTGGAAATAGCTATCCACACGCAATAGGGACAGTCAAATTCACGCAATTGAAGGGAACAGGAAATGATTATGATGGCAGAAC
AGCTACGGTTGCTTTATTCAGTGGGCGGCCCGCCTCGTCACTCTCTTCTGTTACAGCATGGCGGCCACGTCAGTCCCTGGTTCGAGCAGAGGACAGGACGCCTCTGCTATTTAAGATTACGCCCCTGCGCGAACTTCCGGGCTGAAGCACACCAGGGCAGCCATGGCGACCACCAGAAAGAAGATGGGAATCACTGCCAG
CTAAGGCATCTGACTGTAGCAAAGGTCCTTGATACTGCAAAGCCGGTGCTAAAGTTTGCAAGAACTAACTTTCTCCCATTAGgtatgccttctcttaatgattgcaaccatgctcaatccatgtattctgtgagctctaattgaatcccacgaccatattctttccggttgttgatttgcatgcaatctcctattacgag
tgaacgtacattggcagtattttctatgcccattttggccattcagttgccctgtaaagctggcgtagatgaggttaacagatgagtggattcaaatatggctatgatatcttggctaatttttgtggttggagcatcatgaagattcacacctcaaaataaaatgttatggcttcggattacaattttggaacagtctg
cctggctttgtatctcaatcttatatggtgtttagcatgttatggcaatgtctgcatttcagaactagtgcatacacatgatacgcatgaataatcagggtgtcagatttatcatgcaaatattctggttaatttattcttatgggtgacaatccagcgaactctggtagccaagcaaaatactagactcaaaatccagg
gaatattataattaggcggtcagcaatgatacacaaaaattttagcatgacttttgcttgtgggttaggttcctacttataatgtcagctagtcccctcttctttaggtgatctaaagccatgttgttgaagttttgaggtgagaatcttgatgatgctgcaacaataattaacaataccaatggagaggctgacatgga
gcttgtgaaggaacaatcaacaaacctggtacaaagCTCTTATTACTGGAGTGACTATTGGTTTGGCAAACCCAGTGCCAGGTTGCCTTGCTCAGAAATATTCATTGTCAAATTGGAGCACTTTTGGAATTTTTCTGGTCTCAGGTCTCACACTACGAAGTGGGGAGATGAGTGCAGCCATTGAAGCTTGGCCCGCAGGA
GCGTTTGGTTTGGTATTGAAAGGTGGTGTTCAGATTCCAATATTATGCCCTTTCTCTAGAACATGTGACATTGCTTCAATTCTCTTATTC

Intron 3 GTATGCCTTC ... TCTTCTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	56.67	13	17	12
A2	48.78	21	20	10
A3	53.06	23	26	17
A4	48.89	23	22	8
A5	57.14	9	12	3
A6	55.26	17	21	0
A7	46.77	33	29	7
A8	52	12	13	0
A9	51.52	32	34	0
A10	52.08	23	25	0

>TRINITY_DN98264_c0_g1_i8 from sample A4 / Example spliced isoform

TAGATGAGTAGATAGATGGATGGATGTGTGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGAATGAATGAAGGTAGGGAGTGGAAATAGCTATCCACACGCAATAGGGACAGTCAAATTCACGCAATTGAAGGGAACAGGAAATGATTATGATGGCAGAACAGCTACGGTTGCTTTATTCAGTGGGC
GGCCCGCCTCGTCACTCTCTTCTGTTACAGCATGGCGGCCACGTCAGTCCCTGGTTCGAGCAGAGGACAGGACGCCTCTGCTATTTAAGATTACGCCCCTGCGCGAACTTCCGGGCTGAAGCACACCAGGGCAGCCATGGCGACCACCAGAAAGAAGATGGGAATCACTGCCAGCTAAGGCATCTGACTGTAGCAAAGGT
CCTTGATACTGCAAAGCCGGTGCTAAAGTTTGCAAGAACTAACTTTCTCCCATTAGGTGATCTAAAGCCATGTTGTTGAAGTTTTGAGGTGAGAATCTTGATGATGCTGCAACAATAATTAACAATACCAATGGAGAGGCTGACATGGAGCTTGTGAAGGAACAATCAACAAACCTGGTACAAAGCTCTTATTACTGGAG
TGACTATTGGTTTGGCAAACCCAGTGCCAGGTTGCCTTGCTCAGAAATATTCATTGTCAAATTGGAGCACTTTTGGAATTTTTCTGGTCTCAGGTCTCACACTACGAAGTGGGGAGATGAGTGCAGCCATTGAAGCTTGGCCCGCAGGAGCGTTTGGTTTGGTATTGAAAGGTGGTGTTCAGATTCCAATATTATGCCCT
TTCTCTAGAACATGTGACATTGCTTCAATTCTCTTATTCACACCATTTATTTCAAGGCTTGTTTTGCAATTGAAGTTAATTCCTCAGGAATTTGTTACAGGACTAGCTATGTTTTGTTGCATGCCTACTACCTTATCAAGTGGAGTAGCATTAACACAGCTTGTTGGCGGTAATTCAGCTCTGGCTCTTTCATTGACGGT
GGCATCGAATTTACTGGGTATAGTAACAGTTCCTTTCCTGCTGTCAAAGTTGGTAGCTCAAGGAGTTGGGGTTTCAGTTCCTGCAGGGAAATTGCTAAAGAGCCTAACACTAATGCTTTTGGTGCCTTTACTTCTAGGAAAGG

>TRINITY_DN98264_c0_g1_i3 from sample A4 / Example unspliced isoform:

TAGATGAGTAGATAGATGGATGGATGTGTGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGAATGAATGAAGGTAGGGAGTGGAAATAGCTATCCACACGCAATAGGGACAGTCAAATTCACGCAATTGAAGGGAACAGGAAATGATTATGATGGCAGAACAGCTACGGTTGCTTTATTCAGTGGGC
GGCCCGCCTCGTCACTCTCTTCTGTTACAGCATGGCGGCCACGTCAGTCCCTGGTTCGAGCAGAGGACAGGACGCCTCTGCTATTTAAGATTACGCCCCTGCGCGAACTTCCGGGCTGAAGCACACCAGGGCAGCCATGGCGACCACCAGAAAGAAGATGGGAATCACTGCCAGCTAAGGCATCTGACTGTAGCAAAGGT
CCTTGATACTGCAAAGCCGGTGCTAAAGTTTGCAAGAACTAACTTTCTCCCATTAGgtatgccttctcttaatgattgcaaccatgctcaatccatgtattctgtgagctctaattgaatcccacgaccatattctttccggttgttgatttgcatgcaatctcctattacgagtgaacgtacattggcagtattttcta
tgcccattttggccattcagttgccctgtaaagctggcgtagatgaggttaacagatgagtggattcaaatatggctatgatatcttggctaatttttgtggttggagcatcatgaagattcacacctcaaaataaaatgttatggcttcggattacaattttggaacagtctgcctggctttgtatctcaatcttatat
ggtgtttagcatgttatggcaatgtctgcatttcagaactagtgcatacacatgatacgcatgaataatcagggtgtcagatttatcatgcaaatattctggttaatttattcttatgggtgacaatccagcgaactctggtagccaagcaaaatactagactcaaaatccagggaatattataattaggcggtcagcaa
tgatacacaaaaattttagcatgacttttgcttgtgggttaggttcctacttataatgtcagctagtcccctcttctttagGTGATCTAAAGCCATGTTGTTGAAGTTTTGAGGTGAGAATCTTGATGATGCTGCAACAATAATTAACAATACCAATGGAGAGGCTGACATGGAGCTTGTGAAGGAACAATCAACAAACC
TGGTACAAAGGTGGTTATTCAATCTCTTAT