sp|Q5N749|MOR1_ORYSJ ----> Protein MOR1


Intron 1 GTATGTAGTT ... CTATTTCTAG

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>TRINITY_DN113038_c2_g2_i5 from sample A3 / Example spliced isoform
AAGGTCATTGAGGTTATTACACACATTGTTTCGACTGTGTCAAAGTTTCCAAAAAGATGTGTTGTTTTATGTATTTTAGGGGTTTCTGAAAGAGTGTCGGATATTAAGACTCGTGGACATGCCATGAAGTGTCTTACAGCATTTTGTGAGGCTGTTGGTCCCAGCTTTGTCTTTGATAGAATGTTTAAGATCATGAAAGA
GCACAAAAATCCCAAGGTTCTCAGTGAAGGTTTACTTTGGATGGCCACTGCAGTGGAAGATTTTGGAGTTTCACACATAAAACTGAAGGATGTAATCGATTTTTGCAAGGATGTTGGATTACAATCTAGTACTGCAGCAACAAGAAATTCAACAATCAAGCTTATTGGCATCTTACATAAGTTTGTTGGTCCAGACATTA
AGGGATTTCTGGTAGATGTAAAGCCAGCACTCCTAAGTACCCTTGATGCAGAGTATGAGAAAAATCCCTACGAGGGTCCAGTGACAGCTCCTAAGAAGACCATAAAAGGTTTAGATTCTGCTTCAGTTTTAAGTGGATCTGGCTCTGATGGTTTGCCACGTGAAGATATAAGTGGAAAGATTACGCCAAATTTAATAAAA
AATTTAGGCAGTCCTGATTGGAAGGTTCGGCTTGAATCAATAGAGTCTGTTAGCAAAATTCTTGAAGAAGCAAACAAACGCATACAGCCTACAGGAACTGTTGATCTATTTGGAGCATTGAGAGCTCGTTTATTTGACACAAACAAAAACTTGGTTACGACAACTTTAACTACTATTGGAAACATTGCATCTGCAATGGG
CCCTGCTGTGGAGAAGAGCAGCAAGGGTATTCTATCAGATGTTCTTAAATGTCTTGGTGACAACAAGAAACTGATGCGGGAAAGCACTATTAAGACATTAGACTCATGGGTTCTAGTTGTTCAACTGGATAAAATGGTTCCATACATTGTTTTGGCATTATCTGATGTAAAACTAGGTGCTGATGGTCGTAAGGACCTTT
TTGACTGGTTAGCAAGGCAGCTTACAAAACTGAATGATCAGCCAGATATTGTGCAACTACTGAAGCCTACGGCATCTGCTCTTCTGGATAAGTCTGCAGATGTTCGAAAGGCTGCTGAAGCTTCACTTGTTGAAATCACTCGTGTTTCTGGACATGAAATGGTAATGAAGGGTTTAAAGGATTTGCAAGGGCCGGCTTTG
AATGCAGTACTTGAACGTCAGAGATCTGCAGTTGTACCTCAAGACATTAATGAAGCTATCAGAACGAGTACTTCAAGTATTGGGACAAGGCAAGGCAGTAAGAGTGTTAAGCCAATTGTCAATGCCAGTGGGGAGCGGCCATCTTCACGAGCTGGCACAAGAACTATAGGACATAGAGGTAATCAACCGAAAGTTACAAA
ACAGGCAGCTGCTGTAGCTGCCCAGGATCTTGCAGTTCAAGGACAGGCTTTGTTTAATCTGAAGGATTCAAACAAGGAAGACCGAGAAAGACTAGTTCCACGTAAACACAAATTTGAGGAGCCACGTCCAGAGCAAATTCAAGAAATAGAGAATGATATTATGAGGTATTTTAGAGAAGATTTGCATCGAAGACTCTTAA
GTTCAGACTTCAAGAAACAAGTAGATGGTCTGGAAATGTTGCAAAAGGCTATTCCTTCTCACAGTAAAGAAATGGTTGAGATTGTTGATATACTTATGCGATGGACTGTTTTACGTTTCTGCGAGTCAAACACAACATGCTTGCTTAAGGTTCTTGAATTTCTTCCTGAATATTTTGAGGCTCTAAAAAATGAGGGGTAT
ACCATTACTGAATGTGAAGCTAGCATATTTCTTCCTTGCTTAATTGAGAAGTTAGGGCACAATATTGAGAAGGTACGGGAAAAGATACGCGAGTTAGCAAAACTGACAACATGCATATATCCTACATCGAAGCTATTTACTTTTATATTGGAAGGGTTACGATCAAAAAACAATCGAACAAGAATTGAATCTGTAGATCT
TCTTGGATTTTTGATAGATCGCTATGGGATTGAGATATCTGGACCGACAAAAGCCTTACAGGCTGTTGCTGCCCTGACAACAGAACGTGATGGTGAAATAAGAAAAGCTGCTCTAAATACATTAGCAACCGCTTACAAGATTCTTGGTGAAGATATTTGGAGATTTGTTGGAAAGCTAACAGATGCTCAAAAGAGTATGC
TCGATGACAAATTCAAATGGAAAGCTCGCGAAATGGACAAGAGAAAGGAGGGGAAGCCAGGTGAAGCTAGAGCTTCTTTAAGACGCTCTGTTAGAGACAATGGATCAGAGATTGCAGAACAAAGTGGAGAGGTGATTTCAAGACCAACAACTGTATCAGCTCTTTCAAGTGTCAGGGTCAGCAATGGGCATTTTGAGGCT
TCTGCCGATTCACACTTGCTAACAGCCTCTCAAGTATTGGCAGCAGGACCAGCTGATTGGAATGAAGCGCTTGATATAATTGCATATGGGTCACCGGAGCAGGTTGGCTAGTCATATGATCTTGGCATTTTGTTTTATATTTCTAGTACTTTCAAGTTAAATGTTTGTGTTTGTTTTACAGTATGCCATGGTTTGGACTG
TTTCACCATATGTTGCAGCATTAAAAAGATATTATCAGACAATGGAAGGATCATGATATAATGT


>TRINITY_DN113038_c2_g2_i9 from sample A3 / Example unspliced isoform:
AGAGGTAATCAACCGAAAGTTACAAAACAGGCAGCTGCTGTAGCTGCCCAGGATCTTGCAGTTCAAGGACAGGCTTTGTTTAATCTGAAGGATTCAAACAAGGAAGACCGAGAAAGACTAGTTCCACGTAAACACAAATTTGAGGAGCCACGTCCAGAGCAAATTCAAGAAATAGAGAATGATATTATGAGGTATTTTAG
AGAAGATTTGCATCGAAGACTCTTAAGTTCAGACTTCAAGAAACAAGTAGATGGTCTGGAAATGTTGCAAAAGGCTATTCCTTCTCACAGTAAAGAAATGGTTGAGATTGTTGATATACTTATGCGATGGACTGTTTTACGTTTCTGCGAGTCAAACACAACATGCTTGCTTAAGGTTCTTGAATTTCTTCCTGAATATT
TTGAGGCTCTAAAAAATGAGGGGTATACCATTACTGAATGTGAAGCTAGCATATTTCTTCCTTGCTTAATTGAGAAGTTAGGGCACAATATTGAGAAGGTACGGGAAAAGATACGCGAGTTAGCAAAACTGACAACATGCATATATCCTACATCGAAGCTATTTACTTTTATATTGGAAGGGTTACGATCAAAAAACAAT
CGAACAAGAATTGAATCTGTAGATCTTCTTGGATTTTTGATAGATCGCTATGGGATTGAGATATCTGGACCGACAAAAGCCTTACAGGCTGTTGCTGCCCTGACAACAGAACGTGATGGTGAAATAAGAAAAGCTGCTCTAAATACATTAGCAACCGCTTACAAGATTCTTGGTGAAGATATTTGGAGATTTGTTGGAAA
GCTAACAGATGCTCAAAAGAGTATGCTCGATGACAAATTCAAATGGAAAgtatgtagttggtgaattagatgaatttctagtttttattgctacaatttgctgctgtatgtattacaatgtactatttctatttctagGCTCGCGAAATGGACAAG




Intron 2 GTCTGTTAGT ... TTATCTACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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A1012.943234254



>TRINITY_DN113038_c2_g2_i1 from sample A3 / Example spliced isoform
AAGGTCATTGAGGTTATTACACACATTGTTTCGACTGTGTCAAAGTTTCCAAAAAGATGTGTTGTTTTATGTATTTTAGGGGTTTCTGAAAGAGTGTCGGATATTAAGACTCGTGGACATGCCATGAAGTGTCTTACAGCATTTTGTGAGGCTGTTGGTCCCAGCTTTGTCTTTGATAGAATGTTTAAGATCATGAAAGA
GCACAAAAATCCCAAGGTTCTCAGTGAAGGTTTACTTTGGATGGCCACTGCAGTGGAAGATTTTGGAGTTTCACACATAAAACTGAAGGATGTAATCGATTTTTGCAAGGATGTTGGATTACAATCTAGTACTGCAGCAACAAGAAATTCAACAATCAAGCTTATTGGCATCTTACATAAGTTTGTTGGTCCAGACATTA
AGGGATTTCTGGTAGATGTAAAGCCAGCACTCCTAAGTACCCTTGATGCAGAGTATGAGAAAAATCCCTACGAGGGTCCAGTGACAGCTCCTAAGAAGACCATAAAAGGTTTAGATTCTGCTTCAGTTTTAAGTGGATCTGGCTCTGATGGTTTGCCACGTGAAGATATAAGTGGAAAGATTACGCCAAATTTAATAAAA
AATTTAGGCAGTCCTGATTGGAAGGTTCGGCTTGAATCAATAGAGTCTGTTAGCAAAATTCTTGAAGAAGCAAACAAACGCATACAGCCTACAGGAACTGTTGATCTATTTGGAGCATTGAGAGCTCGTTTATTTGACACAAACAAAAACTTGGTTACGACAACTTTAACTACTATTGGAAACATTGCATCTGCAATGGG
CCCTGCTGTGGAGAAGAGCAGCAAGGGTATTCTATCAGATGTTCTTAAATGTCTTGGTGACAACAAGAAACTGATGCGGGAAAGCACTATTAAGACATTAGACTCATGGGTTCTAGTTGTTCAACTGGATAAAATGGTTCCATACATTGTTTTGGCATTATCTGATGTAAAACTAGGTGCTGATGGTCGTAAGGACCTTT
TTGACTGGTTAGCAAGGCAGCTTACAAAACTGAATGATCAGCCAGATATTGTGCAACTACTGAAGCCTACGGCATCTGCTCTTCTGGATAAGTCTGCAGATGTTCGAAAGGCTGCTGAAGCTTCACTTGTTGAAATCACTCGTGTTTCTGGACATGAAATGGTAATGAAGGGTTTAAAGGATTTGCAAGGGCCGGCTTTG
AATGCAGTACTTGAACGTCAGAGATCTGCAGTTGTACCTCAAGACATTAATGAAGCTATCAGAACGAGTACTTCAAGTATTGGGACAAGGCAAGGCAGTAAGAGTGTTAAGCCAATTGTCAATGCCAGTGGGGAGCGGCCATCTTCACGAGCTGGCACAAGAACTATAGGACATAGAGGTAATCAACCGAAAGTTACAAA
ACAGGCAGCTGCTGTAGCTGCCCAGGATCTTGCAGTTCAAGGACAGGCTTTGTTTAATCTGAAGGATTCAAACAAGGAAGACCGAGAAAGACTAGTTCCACGTAAACACAAATTTGAGGAGCCACGTCCAGAGCAAATTCAAGAAATAGAGAATGATATTATGAGGTATTTTAGAGAAGATTTGCATCGAAGACTCTTAA
GTTCAGACTTCAAGAAACAAGTAGATGGTCTGGAAATGTTGCAAAAGGCTATTCCTTCTCACAGTAAAGAAATGGTTGAGATTGTTGATATACTTATGCGATGGACTGTTTTACGTTTCTGCGAGTCAAACACAACATGCTTGCTTAAGGTTCTTGAATTTCTTCCTGAATATTTTGAGGCTCTAAAAAATGAGGGGTAT
ACCATTACTGAATGTGAAGCTAGCATATTTCTTCCTTGCTTAATTGAGAAGTTAGGGCACAATATTGAGAAGGTACGGGAAAAGATACGCGAGTTAGCAAAACTGACAACATGCATATATCCTACATCGAAGCTATTTACTTTTATATTGGAAGGGTTACGATCAAAAAACAATCGAACAAGAATTGAATCTGTAGATCT
TCTTGGATTTTTGATAGATCGCTATGGGATTGAGATATCTGGACCGACAAAAGCCTTACAGGCTGTTGCTGCCCTGACAACAGAACGTGATGGTGAAATAAGAAAAGCTGCTCTAAATACATTAGCAACCGCTTACAAGATTCTTGGTACTTAGTTTTCAACAAGCATTTTGGTTTAATGGTTTAACAATATTTACTTAG
CATATATCCCGACATAGATTCGTTATTTATATTCAACAGAAGTAATGGATTCTTCTAAAAGGTCATCTGCATGGATGAAATTGTCAGCATACATTTCAAGTTATGAGGCAGGATGTTGCGTTTAATCTTTAATCGGGCACTGCTTATTTGGTTGCTTGTTGCTGCTTTTGCTTATATT


>TRINITY_DN113038_c2_g2_i7 from sample A3 / Example unspliced isoform:
AAGGTCATTGAGGTTATTACACACATTGTTTCGACTGTGTCAAAGTTTCCAAAAAGATGTGTTGTTTTATGTATTTTAGGGGTTTCTGAAAGAGTGTCGGATATTAAGACTCGTGGACATGCCATGAAGTGTCTTACAGCATTTTGTGAGGCTGTTGGTCCCAGCTTTGTCTTTGATAGAATGTTTAAGATCATGAAAGA
GCACAAAAATCCCAAGGTTCTCAGTGAAGGTTTACTTTGGATGGCCACTGCAGTGGAAGATTTTGGAGTTTCACACATAAAACTGAAGGATGTAATCGATTTTTGCAAGGATGTTGGATTACAATCTAGTACTGCAGCAACAAGAAATTCAACAATCAAGCTTATTGGCATCTTACATAAGTTTGTTGGTCCAGACATTA
AGGGATTTCTGGTAGATGTAAAGCCAGCACTCCTAAGTACCCTTGATGCAGAGTATGAGAAAAATCCCTACGAGGGTCCAGTGACAGCTCCTAAGAAGACCATAAAAGGTTTAGATTCTGCTTCAGTTTTAAGTGGATCTGGCTCTGATGGTTTGCCACGTGAAGATATAAGTGGAAAGATTACGCCAAATTTAATAAAA
AATTTAGGCAGTCCTGATTGGAAGGTTCGGCTTGAATCAATAGAGTCTGTTAGCAAAATTCTTGAAGAAGCAAACAAACGCATACAGCCTACAGGAACTGTTGATCTATTTGGAGCATTGAGAGCTCGTTTATTTGACACAAACAAAAACTTGGTTACGACAACTTTAACTACTATTGGAAACATTGCATCTGCAATGGG
CCCTGCTGTGGAGAAGAGCAGCAAGGGTATTCTATCAGATGTTCTTAAATGTCTTGGTGACAACAAGAAACTGATGCGGGAAAGCACTATTAAGACATTAGACTCATGGGTTCTAGTTGTTCAACTGGATAAAATGGTTCCATACATTGTTTTGGCATTATCTGATGTAAAACTAGGTGCTGATGGTCGTAAGGACCTTT
TTGACTGGTTAGCAAGGCAGCTTACAAAACTGAATGATCAGCCAGATATTGTGCAACTACTGAAGCCTACGGCATCTGCTCTTCTGGATAAGTCTGCAGATGTTCGAAAGGCTGCTGAAGCTTCACTTGTTGAAATCACTCGTGTTTCTGGACATGAAATGGTAATGAAGGGTTTAAAGGATTTGCAAGGGCCGGCTTTG
AATGCAGTACTTGAACGTCAGAGATCTGCAGTTGTACCTCAAGgtctgttagtgttgttttgcaagtaatgcttttgataagaatgtctatggtcagttgagaatctctgatattcttttacttattatctacagACATTAATGAAGCTATCAGAACGAGTACTTCAAGTATTGGGACAAGGCAAGGCAGTAAGAGTGTT
AAGCCAATTGTCAATGCCAGTGGGGAGCGGCCATCTTCACGAGCTGGCACAAGAACTATAGGACATAGAGGTAATCAACCGAAAGTTACAAAACAGGCAGCTGCTGTAGCTGCCCAGGATCTTGCAGTTCAAGGACAGGCTTTGTTTAATCTGAAGGATTCAAACAAGGAAGACCGAGAAAGACTAGTTCCACGTAAACA
CAAATTTGAGGAGCCACGTCCAGAGCAAATTCAAGAAATAGAGAATGATATTATGAGGTATTTTAGAGAAGATTTGCATCGAAGACTCTTAAGTTCAGACTTCAAGAAACAAGTAGATGGTCTGGAAATGTTGCAAAAGGCTATTCCTTCTCACAGTAAAGAAATGGTTGAGATTGTTGATATACTTATGCGATGGACTG
TTTTACGTTTCTGCGAGTCAAACACAACATGCTTGCTTAAGGTTCTTGAATTTCTTCCTGAATATTTTGAGGCTCTAAAAAATGAGGGGTATACCATTACTGAATGTGAAGCTAGCATATTTCTTCCTTGCTTAATTGAGAAGTTAGGGCACAATATTGAGAAGGTACGGGAAAAGATACGCGAGTTAGCAAAACTGACA
ACATGCATATATCCTACATCGAAGCTATTTACTTTTATATTGGAAGGGTTACGATCAAAAAACAATCGAACAAGAATTGAATCTGTAGATCTTCTTGGATTTTTGATAGATCGCTATGGGATTGAGATATCTGGACCGACAAAAGCCTTACAGGCTGTTGCTGCCCTGACAACAGAACGTGATGGTGAAATAAGAAAAGC
TGCTCTAAATACATTAGCAACCGCTTACAAGATTCTTGGTGAAGATATTTGGAGATTTGTTGGAAAGCTAACAGATGCTCAAAAGAGTATGCTCGATGACAAATTCAAATGGAAAGCTCGCGAAATGGACAAGAGAAAGGAGGGGAAGCCAGGTGAAGCTAGAGCTTCTTTAAGACGCTCTGTTAGAGACAATGGATCAG
AGATTGCAGAACAAAGTGGAGAGGTGATTTCAAGACCAACAACTGTATCAGCTCTTTCAAGTGTCAGGGTCAGCAATGGGCATTTTGAGGCTTCTGCCGATTCACACTTGCTAACAGCCTCTCAAGTATTGGCAGCAGGACCAGCTGATTGGAATGAAGCGCTTGATATAATTGCATATGGGTCACCGGAGCAGGCAGTT
GAAGGTATGAAGCTTGTTTGTCATGAATTGAGTCAAGCTGCGAATGATGCTGAAAGCACAGCAATGGATGATCTTGTGAGGGATTCAGATCGCCTTGTGATGTCATTGTCAGCGAAGGTAGCTAAAACATTTAATTTAAGTCTTGCTGGTGCTTCTTCAAGGGCCTGTAAATATGTATTGAATACGCTGATGCAGACATT
CCAAATAAAGAAACTTGCTCATGGAGTAAAGGAAGGTACACTTAACATTCTTATAACTGAGCTTCTCCTCTGGCTGCTTGACGAAAGGGTTCCACTAATGGATGATGGTAGCCAACTATTGAAAGCTCTAAACGTTTTAATGCTGAAAATCCTGGAGAACGCCGAGCGAACTTCAGCTTTTGCAGTTTTAATTTATCTGT
TGCAGCCACTAGATCCATCCAGGTGGCCATCTCCAGCATCCGAGGATGCTTCAATTGCCAGAAGTCAGAAGTTCTCTGATCTTGTTGTAAAATGTTTGATCAAACTTACAAAAGTTCTTCAAAATACCATCTTTGAGGTTGATCTTGACCGCCTTCTTCAGAGCATACATGTATATTTACAGGAACTTGGAATGGAAGAA
ATTCGTCGAAGAGCTGGAGCTGACGATAAACCATTACGAATGGTCAAGACTGTATTGCACGAGTTAGTCAAGCTGCGTGGAACTGCAATCAAGGGCCATCTTTCCATGGTTCCTATAGACTTGGAACCCCAGCCTATCATTCTTGCCTATATTGATCTAAATCTTCAGACTTTGGCAGCAGCTAGAATGCTGGCTCCATC
TGGAGCAGTCGGTCAAAGTCACTGGGGAGACTCTTGTGCAAATAGTGCATCCCCTGCAGCGCATTCTGCAGATGCACAATTGAAGCAAGAGCTTGGTGCAGTTTTCAAAAAGATCGGAGATAAACAAACATGTACAATTGGTTTATATGAACTCTACCGCATCACACAATTATATCCACAGGTAGACATATTCTCTCAAC
TCCAAAATGCAAGTGAAGCATTTCGCACATACATCAGAGATGGACTGGCACAGATGGAAAAAAATGCAGCTGCTGGTAGGACAC




Intron 3 GTGTGGAAGT ... GTTTTATCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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>TRINITY_DN113038_c2_g2_i1 from sample A3 / Example spliced isoform
AAGGTCATTGAGGTTATTACACACATTGTTTCGACTGTGTCAAAGTTTCCAAAAAGATGTGTTGTTTTATGTATTTTAGGGGTTTCTGAAAGAGTGTCGGATATTAAGACTCGTGGACATGCCATGAAGTGTCTTACAGCATTTTGTGAGGCTGTTGGTCCCAGCTTTGTCTTTGATAGAATGTTTAAGATCATGAAAGA
GCACAAAAATCCCAAGGTTCTCAGTGAAGGTTTACTTTGGATGGCCACTGCAGTGGAAGATTTTGGAGTTTCACACATAAAACTGAAGGATGTAATCGATTTTTGCAAGGATGTTGGATTACAATCTAGTACTGCAGCAACAAGAAATTCAACAATCAAGCTTATTGGCATCTTACATAAGTTTGTTGGTCCAGACATTA
AGGGATTTCTGGTAGATGTAAAGCCAGCACTCCTAAGTACCCTTGATGCAGAGTATGAGAAAAATCCCTACGAGGGTCCAGTGACAGCTCCTAAGAAGACCATAAAAGGTTTAGATTCTGCTTCAGTTTTAAGTGGATCTGGCTCTGATGGTTTGCCACGTGAAGATATAAGTGGAAAGATTACGCCAAATTTAATAAAA
AATTTAGGCAGTCCTGATTGGAAGGTTCGGCTTGAATCAATAGAGTCTGTTAGCAAAATTCTTGAAGAAGCAAACAAACGCATACAGCCTACAGGAACTGTTGATCTATTTGGAGCATTGAGAGCTCGTTTATTTGACACAAACAAAAACTTGGTTACGACAACTTTAACTACTATTGGAAACATTGCATCTGCAATGGG
CCCTGCTGTGGAGAAGAGCAGCAAGGGTATTCTATCAGATGTTCTTAAATGTCTTGGTGACAACAAGAAACTGATGCGGGAAAGCACTATTAAGACATTAGACTCATGGGTTCTAGTTGTTCAACTGGATAAAATGGTTCCATACATTGTTTTGGCATTATCTGATGTAAAACTAGGTGCTGATGGTCGTAAGGACCTTT
TTGACTGGTTAGCAAGGCAGCTTACAAAACTGAATGATCAGCCAGATATTGTGCAACTACTGAAGCCTACGGCATCTGCTCTTCTGGATAAGTCTGCAGATGTTCGAAAGGCTGCTGAAGCTTCACTTGTTGAAATCACTCGTGTTTCTGGACATGAAATGGTAATGAAGGGTTTAAAGGATTTGCAAGGGCCGGCTTTG
AATGCAGTACTTGAACGTCAGAGATCTGCAGTTGTACCTCAAGACATTAATGAAGCTATCAGAACGAGTACTTCAAGTATTGGGACAAGGCAAGGCAGTAAGAGTGTTAAGCCAATTGTCAATGCCAGTGGGGAGCGGCCATCTTCACGAGCTGGCACAAGAACTATAGGACATAGAGGTAATCAACCGAAAGTTACAAA
ACAGGCAGCTGCTGTAGCTGCCCAGGATCTTGCAGTTCAAGGACAGGCTTTGTTTAATCTGAAGGATTCAAACAAGGAAGACCGAGAAAGACTAGTTCCACGTAAACACAAATTTGAGGAGCCACGTCCAGAGCAAATTCAAGAAATAGAGAATGATATTATGAGGTATTTTAGAGAAGATTTGCATCGAAGACTCTTAA
GTTCAGACTTCAAGAAACAAGTAGATGGTCTGGAAATGTTGCAAAAGGCTATTCCTTCTCACAGTAAAGAAATGGTTGAGATTGTTGATATACTTATGCGATGGACTGTTTTACGTTTCTGCGAGTCAAACACAACATGCTTGCTTAAGGTTCTTGAATTTCTTCCTGAATATTTTGAGGCTCTAAAAAATGAGGGGTAT
ACCATTACTGAATGTGAAGCTAGCATATTTCTTCCTTGCTTAATTGAGAAGTTAGGGCACAATATTGAGAAGGTACGGGAAAAGATACGCGAGTTAGCAAAACTGACAACATGCATATATCCTACATCGAAGCTATTTACTTTTATATTGGAAGGGTTACGATCAAAAAACAATCGAACAAGAATTGAATCTGTAGATCT
TCTTGGATTTTTGATAGATCGCTATGGGATTGAGATATCTGGACCGACAAAAGCCTTACAGGCTGTTGCTGCCCTGACAACAGAACGTGATGGTGAAATAAGAAAAGCTGCTCTAAATACATTAGCAACCGCTTACAAGATTCTTGGTACTTAGTTTTCAACAAGCATTTTGGTTTAATGGTTTAACAATATTTACTTAG
CATATATCCCGACATAGATTCGTTATTTATATTCAACAGAAGTAATGGATTCTTCTAAAAGGTCATCTGCATGGATGAAATTGTCAGCATACATTTCAAGTTATGAGGCAGGATGTTGCGTTTAATCTTTAATCGGGCACTGCTTATTTGGTTGCTTGTTGCTGCTTTTGCTTATATT


>TRINITY_DN113038_c2_g2_i6 from sample A3 / Example unspliced isoform:
AAGGTCATTGAGGTTATTACACACATTGTTTCGACTGTGTCAAAGTTTCCAAAAAGATGTGTTGTTTTATGTATTTTAGGGGTTTCTGAAAGAGTGTCGGATATTAAGACTCGTGGACATGCCATGAAGTGTCTTACAGCATTTTGTGAGGCTGTTGGTCCCAGCTTTGTCTTTGATAGAATGTTTAAGATCATGAAAGA
GCACAAAAATCCCAAGGTTCTCAGTGAAGGTTTACTTTGGATGGCCACTGCAGTGGAAGATTTTGGAGTTTCACACATAAAACTGAAGGATGTAATCGATTTTTGCAAGGATGTTGGATTACAATCTAGTACTGCAGCAACAAGAAATTCAACAATCAAGCTTATTGGCATCTTACATAAGTTTGTTGGTCCAGACATTA
AGGGATTTCTGGTAGATGTAAAGCCAGCACTCCTAAGTACCCTTGATGCAGAGTATGAGAAAAATCCCTACGAGGGTCCAGTGACAGCTCCTAAGAAGACCATAAAAGGTTTAGATTCTGCTTCAGTTTTAAGTGGATCTGGCTCTGATGGTTTGCCACGTGAAGATATAAGTGGAAAGATTACGCCAAATTTAATAAAA
AATTTAGGCAGTCCTGATTGGAAGgtgtggaagtgtttgctataatttggtagaaaatttcaggattatcttcagactttaaaaagaaacagtctaaaaatgttttctactattgttttatcagGTTCGGCTTGAATCAATAGAGTCTGTTAGCAAAATTCTTGAAGAAGCAAACAAACGCATACAGCCTACAGGAACTG
GTAGGTGTATAGTTTTGACTTGTTGCGTTAAATGTCATGTAAATTCGTTAAAGGGTTCAACTTTTGTAATTTTACTGTTAAATTTCAATATTGCTTGCAATATAGCATGTCTTTTATGGTGCATACTAATAAGATACCATATTATTAGTGACCAACGAATGACCATAAAAAGTAGGTCAACGGGACTAAGAATATCTAGT
GTTGGTACAAAGTGGG




Intron 4 GTGAGAATCA ... TGATTGGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A110.94529165
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>TRINITY_DN113038_c2_g2_i7 from sample A3 / Example spliced isoform
AAGGTCATTGAGGTTATTACACACATTGTTTCGACTGTGTCAAAGTTTCCAAAAAGATGTGTTGTTTTATGTATTTTAGGGGTTTCTGAAAGAGTGTCGGATATTAAGACTCGTGGACATGCCATGAAGTGTCTTACAGCATTTTGTGAGGCTGTTGGTCCCAGCTTTGTCTTTGATAGAATGTTTAAGATCATGAAAGA
GCACAAAAATCCCAAGGTTCTCAGTGAAGGTTTACTTTGGATGGCCACTGCAGTGGAAGATTTTGGAGTTTCACACATAAAACTGAAGGATGTAATCGATTTTTGCAAGGATGTTGGATTACAATCTAGTACTGCAGCAACAAGAAATTCAACAATCAAGCTTATTGGCATCTTACATAAGTTTGTTGGTCCAGACATTA
AGGGATTTCTGGTAGATGTAAAGCCAGCACTCCTAAGTACCCTTGATGCAGAGTATGAGAAAAATCCCTACGAGGGTCCAGTGACAGCTCCTAAGAAGACCATAAAAGGTTTAGATTCTGCTTCAGTTTTAAGTGGATCTGGCTCTGATGGTTTGCCACGTGAAGATATAAGTGGAAAGATTACGCCAAATTTAATAAAA
AATTTAGGCAGTCCTGATTGGAAGGTTCGGCTTGAATCAATAGAGTCTGTTAGCAAAATTCTTGAAGAAGCAAACAAACGCATACAGCCTACAGGAACTGTTGATCTATTTGGAGCATTGAGAGCTCGTTTATTTGACACAAACAAAAACTTGGTTACGACAACTTTAACTACTATTGGAAACATTGCATCTGCAATGGG
CCCTGCTGTGGAGAAGAGCAGCAAGGGTATTCTATCAGATGTTCTTAAATGTCTTGGTGACAACAAGAAACTGATGCGGGAAAGCACTATTAAGACATTAGACTCATGGGTTCTAGTTGTTCAACTGGATAAAATGGTTCCATACATTGTTTTGGCATTATCTGATGTAAAACTAGGTGCTGATGGTCGTAAGGACCTTT
TTGACTGGTTAGCAAGGCAGCTTACAAAACTGAATGATCAGCCAGATATTGTGCAACTACTGAAGCCTACGGCATCTGCTCTTCTGGATAAGTCTGCAGATGTTCGAAAGGCTGCTGAAGCTTCACTTGTTGAAATCACTCGTGTTTCTGGACATGAAATGGTAATGAAGGGTTTAAAGGATTTGCAAGGGCCGGCTTTG
AATGCAGTACTTGAACGTCAGAGATCTGCAGTTGTACCTCAAGGTCTGTTAGTGTTGTTTTGCAAGTAATGCTTTTGATAAGAATGTCTATGGTCAGTTGAGAATCTCTGATATTCTTTTACTTATTATCTACAGACATTAATGAAGCTATCAGAACGAGTACTTCAAGTATTGGGACAAGGCAAGGCAGTAAGAGTGTT
AAGCCAATTGTCAATGCCAGTGGGGAGCGGCCATCTTCACGAGCTGGCACAAGAACTATAGGACATAGAGGTAATCAACCGAAAGTTACAAAACAGGCAGCTGCTGTAGCTGCCCAGGATCTTGCAGTTCAAGGACAGGCTTTGTTTAATCTGAAGGATTCAAACAAGGAAGACCGAGAAAGACTAGTTCCACGTAAACA
CAAATTTGAGGAGCCACGTCCAGAGCAAATTCAAGAAATAGAGAATGATATTATGAGGTATTTTAGAGAAGATTTGCATCGAAGACTCTTAAGTTCAGACTTCAAGAAACAAGTAGATGGTCTGGAAATGTTGCAAAAGGCTATTCCTTCTCACAGTAAAGAAATGGTTGAGATTGTTGATATACTTATGCGATGGACTG
TTTTACGTTTCTGCGAGTCAAACACAACATGCTTGCTTAAGGTTCTTGAATTTCTTCCTGAATATTTTGAGGCTCTAAAAAATGAGGGGTATACCATTACTGAATGTGAAGCTAGCATATTTCTTCCTTGCTTAATTGAGAAGTTAGGGCACAATATTGAGAAGGTACGGGAAAAGATACGCGAGTTAGCAAAACTGACA
ACATGCATATATCCTACATCGAAGCTATTTACTTTTATATTGGAAGGGTTACGATCAAAAAACAATCGAACAAGAATTGAATCTGTAGATCTTCTTGGATTTTTGATAGATCGCTATGGGATTGAGATATCTGGACCGACAAAAGCCTTACAGGCTGTTGCTGCCCTGACAACAGAACGTGATGGTGAAATAAGAAAAGC
TGCTCTAAATACATTAGCAACCGCTTACAAGATTCTTGGTGAAGATATTTGGAGATTTGTTGGAAAGCTAACAGATGCTCAAAAGAGTATGCTCGATGACAAATTCAAATGGAAAGCTCGCGAAATGGACAAGAGAAAGGAGGGGAAGCCAGGTGAAGCTAGAGCTTCTTTAAGACGCTCTGTTAGAGACAATGGATCAG
AGATTGCAGAACAAAGTGGAGAGGTGATTTCAAGACCAACAACTGTATCAGCTCTTTCAAGTGTCAGGGTCAGCAATGGGCATTTTGAGGCTTCTGCCGATTCACACTTGCTAACAGCCTCTCAAGTATTGGCAGCAGGACCAGCTGATTGGAATGAAGCGCTTGATATAATTGCATATGGGTCACCGGAGCAGGCAGTT
GAAGGTATGAAGCTTGTTTGTCATGAATTGAGTCAAGCTGCGAATGATGCTGAAAGCACAGCAATGGATGATCTTGTGAGGGATTCAGATCGCCTTGTGATGTCATTGTCAGCGAAGGTAGCTAAAACATTTAATTTAAGTCTTGCTGGTGCTTCTTCAAGGGCCTGTAAATATGTATTGAATACGCTGATGCAGACATT
CCAAATAAAGAAACTTGCTCATGGAGTAAAGGAAGGTACACTTAACATTCTTATAACTGAGCTTCTCCTCTGGCTGCTTGACGAAAGGGTTCCACTAATGGATGATGGTAGCCAACTATTGAAAGCTCTAAACGTTTTAATGCTGAAAATCCTGGAGAACGCCGAGCGAACTTCAGCTTTTGCAGTTTTAATTTATCTGT
TGCAGCCACTAGATCCATCCAGGTGGCCATCTCCAGCATCCGAGGATGCTTCAATTGCCAGAAGTCAGAAGTTCTCTGATCTTGTTGTAAAATGTTTGATCAAACTTACAAAAGTTCTTCAAAATACCATCTTTGAGGTTGATCTTGACCGCCTTCTTCAGAGCATACATGTATATTTACAGGAACTTGGAATGGAAGAA
ATTCGTCGAAGAGCTGGAGCTGACGATAAACCATTACGAATGGTCAAGACTGTATTGCACGAGTTAGTCAAGCTGCGTGGAACTGCAATCAAGGGCCATCTTTCCATGGTTCCTATAGACTTGGAACCCCAGCCTATCATTCTTGCCTATATTGATCTAAATCTTCAGACTTTGGCAGCAGCTAGAATGCTGGCTCCATC
TGGAGCAGTCGGTCAAAGTCACTGGGGAGACTCTTGTGCAAATAGTGCATCCCCTGCAGCGCATTCTGCAGATGCACAATTGAAGCAAGAGCTTGGTGCAGTTTTCAAAAAGATCGGAGATAAACAAACATGTACAATTGGTTTATATGAACTCTACCGCATCACACAATTATATCCACAGGTAGACATATTCTCTCAAC
TCCAAAATGCAAGTGAAGCATTTCGCACATACATCAGAGATGGACTGGCACAGATGGAAAAAAATGCAGCTGCTGGTAGGACAC


>TRINITY_DN113038_c2_g2_i10 from sample A3 / Example unspliced isoform:
CGTTTTAATGCTGAAAATCCTGgtgagaatcatatattaacttgtatggtagtgtgatatcattccttgtactgatgaaaactttgtagttgctttggatttgaatctcatggattttgattggcagGAGAACGCCGAGCGAACTTCAGCTTTTGCAGTTTTAATTTATCTGTTGCAGCCACTAGATCCATCCAGGTGGC
CATCTCCAGCATCCGAGGATGCTTCAATTGCCAGAAGTCAGAAGTTCTCTGATCTTGTTGTAAAATGTTTGATCAAACTTACAAAAGTTCTTCAAAATACCATCTTTGAGGTTGATCTTGACCGCCTTCTTCAGAGCATACATGTATATTTACAGGAACTTGGAATGGAAGAAATTCGTCGAAGAGCTGGAGCTGACGAT
AAACCATTACGAATGGTCAAGACTGTATTGCACGAGTTAGTCAAGCTGCGTGGAACTGCAATCAAGGGCCATCTTTCCATGGTTCCTATAGACTTGGAACCCCAGCCTATCATTCTTGCCTATATTGATCTAAATCTTCAGACTTTGGCAGCAGCTAGAATGCTGGCTCCATCTGGAGCAGTCGGTCAAAGTCACTGGGG
AGACTCTTGTGCAAATAGTGCATCCCCTGCAGCGCATTCTGCAGATGCACAATTGAAGGTTTTTATCCAACTTTGTCAAATATTCAAGTTCTGCAGTGTGAATGGTGAATGATAAATGTCTTTAGATTATAACTCAGCAAAGCTCAGTGAAACCTATCAGTAAAAATTATGTTTTGTATTAGTGTTCCTCGGCTGTGGTT
TAGTGGTTGGGATGTGGCGCTGCTATACAAACCAATGTTGCACGACTCGGACTCGGCAAAGACTCGGCTGGCATATGACTCG




Intron 5 GTGATCTGTC ... TGAATGTCAG

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>TRINITY_DN113038_c2_g2_i1 from sample A3 / Example spliced isoform
AAGGTCATTGAGGTTATTACACACATTGTTTCGACTGTGTCAAAGTTTCCAAAAAGATGTGTTGTTTTATGTATTTTAGGGGTTTCTGAAAGAGTGTCGGATATTAAGACTCGTGGACATGCCATGAAGTGTCTTACAGCATTTTGTGAGGCTGTTGGTCCCAGCTTTGTCTTTGATAGAATGTTTAAGATCATGAAAGA
GCACAAAAATCCCAAGGTTCTCAGTGAAGGTTTACTTTGGATGGCCACTGCAGTGGAAGATTTTGGAGTTTCACACATAAAACTGAAGGATGTAATCGATTTTTGCAAGGATGTTGGATTACAATCTAGTACTGCAGCAACAAGAAATTCAACAATCAAGCTTATTGGCATCTTACATAAGTTTGTTGGTCCAGACATTA
AGGGATTTCTGGTAGATGTAAAGCCAGCACTCCTAAGTACCCTTGATGCAGAGTATGAGAAAAATCCCTACGAGGGTCCAGTGACAGCTCCTAAGAAGACCATAAAAGGTTTAGATTCTGCTTCAGTTTTAAGTGGATCTGGCTCTGATGGTTTGCCACGTGAAGATATAAGTGGAAAGATTACGCCAAATTTAATAAAA
AATTTAGGCAGTCCTGATTGGAAGGTTCGGCTTGAATCAATAGAGTCTGTTAGCAAAATTCTTGAAGAAGCAAACAAACGCATACAGCCTACAGGAACTGTTGATCTATTTGGAGCATTGAGAGCTCGTTTATTTGACACAAACAAAAACTTGGTTACGACAACTTTAACTACTATTGGAAACATTGCATCTGCAATGGG
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TTGACTGGTTAGCAAGGCAGCTTACAAAACTGAATGATCAGCCAGATATTGTGCAACTACTGAAGCCTACGGCATCTGCTCTTCTGGATAAGTCTGCAGATGTTCGAAAGGCTGCTGAAGCTTCACTTGTTGAAATCACTCGTGTTTCTGGACATGAAATGGTAATGAAGGGTTTAAAGGATTTGCAAGGGCCGGCTTTG
AATGCAGTACTTGAACGTCAGAGATCTGCAGTTGTACCTCAAGACATTAATGAAGCTATCAGAACGAGTACTTCAAGTATTGGGACAAGGCAAGGCAGTAAGAGTGTTAAGCCAATTGTCAATGCCAGTGGGGAGCGGCCATCTTCACGAGCTGGCACAAGAACTATAGGACATAGAGGTAATCAACCGAAAGTTACAAA
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GTTCAGACTTCAAGAAACAAGTAGATGGTCTGGAAATGTTGCAAAAGGCTATTCCTTCTCACAGTAAAGAAATGGTTGAGATTGTTGATATACTTATGCGATGGACTGTTTTACGTTTCTGCGAGTCAAACACAACATGCTTGCTTAAGGTTCTTGAATTTCTTCCTGAATATTTTGAGGCTCTAAAAAATGAGGGGTAT
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TCTTGGATTTTTGATAGATCGCTATGGGATTGAGATATCTGGACCGACAAAAGCCTTACAGGCTGTTGCTGCCCTGACAACAGAACGTGATGGTGAAATAAGAAAAGCTGCTCTAAATACATTAGCAACCGCTTACAAGATTCTTGGTACTTAGTTTTCAACAAGCATTTTGGTTTAATGGTTTAACAATATTTACTTAG
CATATATCCCGACATAGATTCGTTATTTATATTCAACAGAAGTAATGGATTCTTCTAAAAGGTCATCTGCATGGATGAAATTGTCAGCATACATTTCAAGTTATGAGGCAGGATGTTGCGTTTAATCTTTAATCGGGCACTGCTTATTTGGTTGCTTGTTGCTGCTTTTGCTTATATT


>TRINITY_DN113038_c2_g2_i12 from sample A3 / Example unspliced isoform:
GCTGGCTTTTATGCTTGTTTAAATTGATGAGCTATTTTTATCCCAAAAATTTCAGATGTTTAAGATCATGAAAGAGCACAAAAATCCCAAGGTTCTCAGTGAAGGTTTACTTTGGATGGCCACTGCAGTGGAAGATTTTGGAGTTTCACACATAAAACTGAAGgtgatctgtcttgctagaatatatattaatggcctgc
tctttgtatgatttagtttatgatatagctgtgcttctataaattatctgtgttttttgctttttttcctgtagtgtttgacatttgatactgtatggtgaatgtcag
GATGTAATCGATTTTTGCAAGGATGTTGGATTACAATCTAGTACTGCAGCAACAAGAAATTCAACAATCAAGCTTATTGGCATCTTACATAA
GTTTGTTGGTCCAGACATTAAGGGATTTCTGGTAGATGTAAAGCCAGCACTCCTAAGTACCCTTGATGCAGAGTATGAGAAAAATCCCTACGAGGGTCCAGTGACAGCTCCTAAGAAGACCATAAAAGGTTTAGATTCTGCTTCAGTTTTAAGTGGATCTGGCTCTGATGGTTTGCCACGTGAAGATATAAGTGGAAAGA
TTACGCCAAATTTAATAAAAAATTTAGGCAGTCCTGATTGGAAGGTTCGGCTTGAATCAATAGAGTCTGTTAGCAAAATTCTTGAAGAAGCAAACAAACGCATACAGCCTACAGGAACTGTTGATCTATTTGGAGCATTGAGAGCTCGTTTATTTGACACAAACAAAAACTTGGTTACGACAACTTTAACTACTATTGGA
AACATTGCATCTGCAATGGGCCCTGCTGTGGAGAAGAGCAGCAAGGGTATTCTATCAGATGTTCTTAAATGTCTTGGTGACAACAAGAAACTGATGCGGGAAAGCACTATTAAGACATTAGACTCATGGGTTCTAGTTGTTCAACTGGATAAAATGGTTCCATACATTGTTTTGGCATTATCTGATGTAAAACTAGGTGC
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ATTTGCAAGGGCCGGCTTTGAATGCAGTACTTGAACGTCAGAGATCTGCAGTTGTACCTCAAGACATTAATGAAGCTATCAGAACGAGTACTTCAAGTATTGGGACAAGGCAAGGCAGTAAGAGTGTTAAGCCAATTGTCAATGCCAGTGGGGAGCGGCCATCTTCACGAGCTGGCACAAGAACTATAGGACATAGAGGT
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CTGGTAGGACAC