sp|Q42262|RS3A2_ARATH ----> Small ribosomal subunit protein eS1y

Intron 1 GTAAGCTGTT ... CCATGTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	18.71	428	89	108
A2	22.59	406	84	153
A3	21.21	468	86	166
A4	21.57	369	73	130
A5	24.6	236	58	96
A6	23.72	1847	316	833
A7	23.84	1583	270	721
A8	21.79	1021	169	400
A9	23.43	1644	263	743
A10	24.16	1414	249	652

>TRINITY_DN100838_c1_g1_i3 from sample A5 / Example spliced isoform

ATAACCTACTGAAGTGGAATTCCTCTATGCTAGAGATGGTTAATAAGACTATATTGGTTATGGGTTAAACCCCAGGTTAAAATTAGAAGGCAGGGTTAGGGTTTTGGTAGAGCTAGGGTTTCATAATTTCTCTTACATCTTACGAAGATCAGTTTCTTTCACAGAACTTCGAAGCAGCGGTCGAAGATCGATTTGGGAGG
AGGGCGCGGCTGTTTTCTGAACTGCTGCAACAACAATGGCCGTCGGGAAGAACAAGCGCATATCCAAGGGAAAGAAGGGAGGCAAGAAGAAGGCTGTCGATCCCTTCTCAAAGAAGGATTGGTATGATGTGAAGGCCCCTTCTACTTTTAACACAAGGACAGTTGGAAAGACCCTTGTCACACGGACTCAGGGTACTAAG
ATTGCCTCTGAAGGACTTAAGCATCGTGTGTTTGAGATTTCTCTAGCTGATCTTCAGAATGATGAAGATCAGGCTTACAGAAAGATCAAGCTTCGTGCTGAAGATGTTCAGGGAAGGAATGTCCTCACTAACTTCTGGGGAATGGATTTTACCACTGATAAGCTTAGATCCTTGGTCCGCAAGTGGCAGACTTTGATTGA
AGCTCACGTGGATGTTAAGACAACAGATAGCTATGGTTTACGTATGTTCTGCATTGGATTTACAAAGAGGAGGCCCAATCAAGTCAAGCGAACATGCTATGCTCAATCAAGTCAAATAAGACAGATTCGAAGGAAAATGAGAGAGATCATGGTACGTGAAGCTACTTCATGTGATCTGAAAGAGCTTGTGGCAAAATTTA
TTCCTGAGGTGATTGGGAAGGAGATTGAAAAAGCTACTTCCTCAATTTACCCCCTGCAAAATGTATTCATCAGAAAAGTTAAAATTTTGAAGGCTCCAAAATTTGACCTTGGAAAGCTTATGGAGGTACATGGAGATTATTCCGAGGATGTTGGAGTCAAGGTTGATAGGCCAGCTGATGAGGTTCCTGCTGAAGCAGAG
GCTGAACTTGTCGGTGCTTAGGTAGTAGTAAGCTGCAAAAAGTTGATTTAAAAAAGGCGATATTGTTATTGAATAGGAGGGTTGATAAAGCTGAGTTTTTTGTTGCTTAGTTATACTTTGGTTGACTGGTTCTTGGACTTAAAAGTTTTTCAATTTACGGTATTGCTAGCATATGATTATTTCGGAGTAGTTTGAAAGAA
TTGTCTCAATATTTTGTTATGGGACATGAACCATGCTGTTCGTTGCCATGAGCAGCAGATGATGAGAATTGGTTCCTTATCAAAGTTGGTGTTTGCCCAGCAACCTTTCTCTTGTTTCATTTTTGTGCTTTTGGGTATTGAATATCTCTGTATATGCTGACGAAAGTTGCTTTTTGCATATATAACTGGAAGTGTTCTAT
GACATGTTGTTTAGGATTACTAAAATTTCTATAGAATCATTAACATTAGTCTTGCTTTTAGACTAGTTACAAATAGTAACTCTAGACTCTAGAGTACCTATAATGCCTGTTTGCTAACTTAGATTGCAGGTTTTCCTGTTTCTGTACTCTTGATGGGAATGTTTAATATTAAGTTTTTGTTGGGTAGTAATGATTTAATT
TTTGTTACAACTTACATTTAGAGTTTATATTTGGTGTCCTGAAGGCTTAATATTAAGTTTTTGTTGGGTAGTAATGATTTAATATTTGTTACAACTTTCATTTAGAGTTTGTATTTGGTGTCCTGAAGTTGGAGGGA

>TRINITY_DN100838_c1_g1_i5 from sample A5 / Example unspliced isoform:

TACTATTGTTTCTCTTTTCTATGTAGATTGCCTCTGAAGGACTTAAGCATCGTGTGTTTGAGATTTCTCTAGCTGATCTTCAGAATGATGAAGATCAGGCTTACAGAAAGATCAAGCTTCGTGCTGAAGATGTTCAGGGAAGGAATGTCCTCACTAACTTCTGGgtaagctgttaatgtttactgttttattttatttta
ttaattataactaagtaagaacagaataaaatggtctaacatgagttttatttacccatgtccagGGAATGGATTTTACCACTGATAAGCTTAGATCCTTGGTCCGCAAGTGGCAGACTTTGATTGAAGCTCACGTGGATGTTAAGACAACAGATAGCTATGGTTTACGTATGTTCTGCATTGGATTTACAAAGAGGAGG
CCCAATCAAGTCAAGCGAACATGCTATGCTCAATCAAGTCAAATAAGACAGATTCGAAGGAAAATGAGAGAGATCATGGTACGTGAAGCTACTTCATGTGATCTGAAAGAGCTTGTGGCAAAATTTATTCCTGAGGTGATTGGGAAGGAGATTGAAAAAGCTACTTCCTCAATTTACCCCCTGCAAAATGTATTCATCAG
AAAAGTTAAAATTTTGAAGGCTCCAAAATTTGACCTTGGAAAGCTTATGGAGGTACATGGAGATTATTCCGAGGATGTTGGAGTCAAGGTTGATAGGCCAGCTGATGAGGTTCCTGCTGAAGCAGAGGCTGAACTTGTCGGTGCTTAGGTAGTAGTAAGCTGCAAAAAGTTGATTTAAAAAAGGCGATATTGTTATTGAA
TAGGAGGGTTGATAAAGCTGAGTTTTTTGTTGCTTAGTTATACTTTGGTTGACTGGTTCTTGGACTTAAAAGTTTTTCAATTTACGGTATTGCTAGCATATGATTATTTCGGAGTAGTTTGAAAGAATTGTCTCAATATTTTGTTATGGGACATGAACCATGCTGTTCGTTGCCATGAGCAGCAGATGATGAGAATTGGT
TCCTTATCAAAGTTGGTGTTTGCCCAGCAACCTTTCTCTTGTTTCATTTTTGTGCTTTTGGGTATTGAATATCTCTGTATATGCTGACGAAAGTTGCTTTTTGCATATATAACTGGAAGTGTTCTATGACATGTTGTTTAGGATTACTAAAATTTCTATAGAATCATTAACATTAGTCTTGCTTTTAGACTAGTTACAAA
TAGTAACTCTAGACTCTAGAGTACCTATAATGCCTGTTTGCTAACTTAGATTGCAGGTTTTCCTGTTTCTGTACTCTTGATGGGAATGTTTAATATTAAGTTTTTGTTGGGTAGTAATGATTTAATTTTTGTTACAACTTACATTTAGAGTTTATATTTGGTGTCCTGAAGGCTTAATATTAAGTTTTTGTTGGGTAGTA
ATGATTTAATATTTGTTACAACTTTCATTTAGAGTTTGTATTTGGTGTCCTGAAGTTGGAGGGA

Intron 2 GTAATCTTCT ... TACATTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	19.05	187	0	44
A2	18.49	216	0	49
A3	22.44	242	0	70
A4	21.39	147	0	40
A5	17.74	102	0	22
A6	22.7	1852	0	544
A7	22.12	1250	2	355
A8	23.84	1422	5	445
A9	22.7	1410	2	414
A10	21.63	833	0	230

>TRINITY_DN40212_c0_g3_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

CTATTCTTTGTAATCCAACCCTCAAAATCAAAAGAAGACAGCTAAGCAATAAGCAAAAGAATAAAAATCTTACATATGAAAGATTAGGGAGAAATTTGGAAATCCAAACAAATTGATACATAAATTTAGATAACCTACTGAAGTGGAATTCCTCTATGCTAGAGATGGTTAATAAGACTATATTGGTTATGGGTTAAACC
CCAGGTTAAAATTAGAAGGCAGGGTTAGGGTTTTGGTAGAGCTAGGGTTTCATAATTTCTCTTACATCTTACGAAGATCAGTTTCTTTCACAGAACTTCGAAGCAGCGGTCGAAGATCGATTTGGGAGGAGGGCGCGGCTGTTTTCTGAACTGCTGCAACAACAATGGCCGTCGGGAAGAACAAGCGCATATCCAAGGGA
AAGAAGGGAGGCAAGAAGAAGGCTGTCGATCCCTTCTCAAAGAAGGATTGGTATGATGTGAAGGCCCCTTCTACTTTTAACACAAGGACAGTTGGAAAGACCCTTGTCACACGGACTCAGGGTACTAAGATTGCCTCTGAAGGACTTAAGCATCGTGTGTTTGAGATTTCTCTAGCTGATCTTCAGAATGATGAAGATCA
GGCTTACAGAAAGATCAAGCTTCGTGCTGAAGATGTTCAGGGAAGGAATGTCCTCACTAACTTCTGGGGAATGGATTTTACCACTGATAAGCTTAGATCCTTGGTCCGCAAGTGGCAGACTTTGATTGAAGCTCACGTGGATGTTAAGACAACAGATAGCTATGGTTTACGTATGTTCTGCATTGGATTTACAAAGAGGA
GGCCCAATCAAGTCAAGCGAACATGCTATGCTCAATCAAGTCAAATAAGACAGATTCGAAGGAAAATGAGAGAGATCATGGTACGTGAAGCTACTTCATGTGATCTGAAAGAGCTTGTGGCAAAATTTATTCCTGAGGTGATTGGGAAGGAGATTGAAAAAGCTACTTCCTCAATTTACCCCCTGCAAAATGTATTCATC
AGAAAAGTTAAAATTTTGAAGGCTCCAAAATTTGACCTTGGAAAGCTTATGGAGGTACATGGAGATTATTCCGAGGATGTTGGAGTCAAGGTTGATAGGCCAGCTGATGAGGTTCCTGCTGAAGCAGAGGCTGAACTTGTCGGTGCTTAGGTAGTAGTAAGCTGCAAAAAGTTGATTTAAAAAAGGGGATATTGTTATTG
AATAGGAGGGTTGATAAAGCTGAGTTTTTTGTTGCTTAGTTATACTTTGGTTGACTGGTTCTTGGACTTAAAAGTTTTTCAATTTACGGTATTGCTAGCATATGATTATTTCGGAGTAGTTTGAAAGAATTGTCTCAATATTTTGTTATGGGACATGAACCATGCTGTTCGTTGCCATGAGCAGCAGATGATGAGAGTTG
GTTCCTTATCAAAGTTGGTGTTTGCCCAGCAACCTTTCTCTTGTTTCATTTTTGTGCTTTTGGGTATTGAATATCTCTGTATATGCTGACGAAAGTTGCTTTTTGCATATATAACTGGAAGTGTTCTATGACATGTTGTTTAGGATTACTAAAATTTCTATAGAATCATTAACATTAGTCTTGCTTTTAGACTAGTTACA
AATAGTAACTCTAGACTCTAGAGTACCTATAATGCCTGTTTGCTAACTTAGATTGCAGGTTTTCTGTTTCTGTACTCTTGATGGGAATGTTTAATATTAAGTTTTTGTTG

>TRINITY_DN40212_c0_g3_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:

ACCTTGGAAAGCTTATGGAGgtaatcttcttccctttatctcttttattatgtttttaaaaatgttttatacttataattttttattatacattgtagGTACATGGAGATTATTCCGAGGATGTTGGAGTCAAGGTTGATAGGCCAGCTGATGAGGTTCCTGCTGAAGCAGAGGCTGAACTTGTCGGTGCTTAGGTAGTA
GTAAGCTGCAAAAAGTTGATTTAAAAAAGGGGATATTGTTATTGAATAGGAGGGTTGATAAAGCTGAGTTTTTTGTTGCTTAGTTATACTTTGGTTGACTGGTTCTTGGACTTAAAAGTTTTTCAATTTACGGTATTGCTAGCATATGATTATTTCGGAGTAGTTTGAAAGAATTGTCTCAATATTTTGTTATGGGACAT
GAACCATGCTGTTCGTTGCCATGAGCAGCAGATGATGAGAGTTGGTTCCTTATCAAAGTTGGTGTTTGCCCAGCAACCTTTCTCTTGTTTCATTTTTGTGCTTTTGGGTATTGAATATCTCTGTATATGCTGACGAAAGTTGCTTTTTGCATATATAACTGGAAGTGTTCTATGACATGTTGTTTAGGATTACTAAAATT
TCTATAGAATCATTAACATTAGTCTTGCTTTTAGACTAGTTACAAATAGTAACTCTAGACTCTAGAGTACCTATAATGCCTGTTTGCTAACTTAGATTGCAGGTTTTCTGTTTCTGTACTCTTGATGGGAATGTTTAATATTAAGTTTTTGTTG

Intron 3 GTTATATAGA ... CGGTTCTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	19.59	433	107	104
A2	21.71	458	162	92
A3	20.66	407	141	71
A4	20.48	367	124	65
A5	18.02	207	54	37
A6	19.09	2178	619	409
A7	18.73	1811.2	461	374
A8	18.61	1544	407	299
A9	18.99	1798	474	369
A10	20.81	1238.6	368	283

>TRINITY_DN106168_c0_g2_i1 from sample A2 / Example spliced isoform

GTTTTCAATGTCTAAGACCATGTTAAATGAAATGAAACTACTTGGGGCAATCAAGAAAATTGCAGAGGTAGGAAGTATGTCAAAGAAAGTATCTATTTGTGGTGTTTACTAATACTAGGGTAATTGGAACGGTGTCTAGGAAAGCTTGCTGATATCTGGGGGTGAGCAGGAGTTTAAGCTTGGAACGATGCTTTTCTGAC
CAATACATGGCATTATTATTTGTGTAGTGTATCTTTAGTGTATGTGGTAGATACTTATACTTGTGAATCAAAATCTATATATTTCTGGATTCTAAAAGTTACAAGGAATAAAATGAGGGACAACGTGAACTGACCTGTCTGAAGCTAAATTGTTGATCACTGAATTTGAGAAAAAGGTGCATTTGGGTTTGTCTCCAATC
AAACACCATGCTAGCTTTTCTTGTTTTATACTTTGCTGCCCTTTTTAACCTACTATTGTTTCTCTTTTCTATGTAGATTGCCTCTGAAGGACTTAAGCATCGTGTGTTTGAGATTTCTCTAGCTGATCTTCAGAATGATGAAGATCAGGCTTACAGAAAGATCAAGCTTCGTGCTGAAGATGTTCAGGGAAGGAATGTCC
TCACTAACTTCTGGGGAATGGATTTTACCACTGATAAGCTTAGATCCTTGGTCCGCAAGTGGCAGACTTTGATTGAAGCTCACGTGGATGTTAAGACAACAGATAGCTATGGTTTACGTATGTTCTGCATTGGATTTACAAAGAGGAGGCCCAATCAAGTCAAGCGAACATGCTATGCTCAATCAAGTCAAATAAGACAG


ATTCGAAGGAAAATGAGAGAGATCATGGTACGTGAAGCTACTTCATGTGATCTGAAAGAGCTTGTGGCAAAATTTATTCCTGAGGTGATTGGGAAGGAGATTGAAAAAGCTACTTCCTCAATTTACCCCCTGCAAAATGTATTCATCAGAAAAGTTAAAATTTTGAAGGCTCCAAAATTTGACCTTGGAAAGCTTATGGA
GGTACATGGAGATTATTCCGAGGATGTTGGAGTCAAGGTTGATAGGCCAGCTGATGAGGTTCCTGCTGAAGCAGAGGCTGAACTTGTCGGTGCTTAGGTAGTAGTAAGCTGCAAAAAGTTGATTTAAAAAAGGCGATATTGTTATTGAATAGGAGGGTTGATAAAGCTGAGTTTTTTGTTGCTTAGTTATACTTTGGTTG
ACTGGTTCTTGGACTTAAAAGTTTTTCAATTTACGGTATTGCTAGCATATGATTATTTCGGAGTAGTTTGAAAGAATTGTCTCAATATTTTGTTATGGGACATGAACCATGCTGTTCGTTGCCATGAGCAGCAGATGATGAGAGTTGGTTCCTTATCAAAGTTGGTGTTTGCCCAGCAACCTTTCTCTTGTTTCATTTTT
GTGCTTTTGGGTATTGAATATCTCTGTATATGCTGACGAAAGTTGCTTTTTGCATATATAACTGGAAGTGTTCTATGACATGTTGTTTAGGATTACTAAAATTTCTATAGAATCATTAACATTAGTCTTGCTTTTAGACTAGTTACAAATAGTAACTCTAGACTCTAGAGTACCTATAATGCCTGTTTGCTAACTTAGAT
TGCAGGTTTTCTGTTTCTGTACTCTTGATGGGAATGTTTAATATTAAGTTTTTGTTGGGTAGTAATGATTTAATATTTGTTACAACTTCATTTAGAGTTTGTATTTGGTGTCCTGAAGTTGGAGGGAGTTTGTAATCATTTGATACCCTTGTGAGATGGGGTCTTCTCTTACAGGTTCAGCAATAAATAATTTTGCAAAG
GTATTCTTTAAAAGAACAATTAGATTTTGGAGTAACTAAAAGGTATTCTTTACAGGTACGATTAAATTTGGTAGTGTAACTACATCAAGGAAAAA

>TRINITY_DN106168_c0_g2_i4 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GGTTAATAAGACTATATTGGTTATGGGTTAAACCCCAGGTTAAAATTAGAAGGCAGGGTTAGGGTTTTGGTAGAGCTAGGGTTTCATAATTTCTCTTACATCTTACGAAGATCAGTTTCTTTCACAGAACTTCGAAGCAGCGGTCGAAGATCGATTTGGGAGGAGGGCGCGGCTGTTTTCTGAACTGCTGCAACAACAAT
GGCCGTCGGGAAGAACAAGCGCATATCCAAGGGAAAGAAGGGAGGCAAGAAGAAGGCTGTCGATCCCTTCTCAAAGAAGGATTGGTATGATGTGAAGGCCCCTTCTACTTTTAACACAAGGACAGTTGGAAAGACCCTTGTCACACGGACTCAGGGTACTAAGATTGCCTCTGAAGGACTTAAGCATCGTGTGTTTGAGA
TTTCTCTAGCTGATCTTCAGAATGATGAAGATCAGGCTTACAGAAAGATCAAGCTTCGTGCTGAAGATGTTCAGGGAAGGAATGTCCTCACTAACTTCTGGGGAATGGATTTTACCACTGATAAGCTTAGATCCTTGGTCCGCAAGTGGCAGACTTTGATTGAAGCTCACGTGGATGTTAAGACAACAGATAGCTATGGT
TTACGTATGTTCTGCATTGGATTTACAAAGAGGAGGCCCAATCAAGTCAAGCGAACATGCTATGCTCAATCAAGTCAAATAAGACAGgttatatagaacagtagaatgcaattgaatacatatattgttgttagttataacttattctgcatttgcttttaattttacaaggaataaatctattttcttcggttctcagA
TTCGAAGGAAAATGAGAGAGATCATGGTACGTGAAGCTACTTCATGTGATCTGAAAGAGCTTGTGGCAAAATTTATTCCTGAGGTGATTGGGAAGGAGATTGAAAAAGCTACTTCCTCAATTTACCCCCTGCAAAATGTATTCATCAGAAAAGTTAAAATTTTGAAGGCTCCAAAATTTGACCTTGGAAAGCTTATGGAG
GTACATGGAGATTATTCCGAGGATGTTGGAGTCAAGGTTGATAGGCCAGCTGATGAGGTTCCTGCTGAAGCAGAGGCTGAACTTGTCGGTGCTTAGGTAGTAGTAAGCTGCAAAAAGTTGATTTAAAAAAGGCGATATTGTTATTGAATAGGAGGGTTGATAAAGCTGAGTTTTTTGTTGCTTAGTTATACTTTGGTTGA
CTGGTTCTTGGACTTAAAAGTTTTTCAATTTACGGTATTGCTAGCATATGATTATTTCGGAGTAGTTTGAAAGAATTGTCTCAATATTTTGTTATGGGACATGAACCATGCTGTTCGTTGCCATGAGCAGCAGATGATGAGAGTTGGTTCCTTATCAAAGTTGGTGTTTGCCCAGCAACCTTTCTCTTGTTTCATTTTTG
TGCTTTTGGGTATTGAATATCTCTGTATATGCTGACGAAAGTTGCTTTTTGCATATATAACTGGAAGTGTTCTATGACATGTTGTTTAGGATTACTAAAATTTCTATAGAATCATTAACATTAGTCTTGCTTTTAGACTAGTTACAAATAGTAACTCTAGACTCTAGAGTACCTATAATGCCTGTTTGCTAACTTAGATT
GCAGGTTTTCTGTTTCTGTACTCTTGATGGGAATGTTTAATATTAAGTTTTTGTTGGGTAGTAATGATTTAATATTTGTTACAACTTCATTTAGAGTTTGTATTTGGTGTCCTGAAGTTGGAGGGAGTTTGTAATCATTTGATACCCTTGTGAGATGGGGTCTTCTCTTACAGGTTCAGCAATAAATAATTTTGCAAAGG
TATTCTTTAAAAGAACAATTAGATTTTGGAGTAACTAAAAGGTATTCTTTACAGGTACGATTAAATTTGGTAGTGTAACTACATCAAGGAAAAA

Intron 4 GTAAAATCTC ... GCCAATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	6.3	670	37	4
A2	7.41	684.6	46.5	7.5
A3	6.8	767.6	43	6
A4	8.33	596.6	45	4
A5	7.05	386.3	24	0
A6	9.39	2644	226.8	0
A7	8.69	2518.3	197	0
A8	9.01	1311	108	0
A9	9.09	2298.5	190	0
A10	9.1	2104.4	177	0

>TRINITY_DN106168_c0_g2_i7 from sample A2 / Example spliced isoform

GGTTAATAAGACTATATTGGTTATGGGTTAAACCCCAGGTTAAAATTAGAAGGCAGGGTTAGGGTTTTGGTAGAGCTAGGGTTTCATAATTTCTCTTACATCTTACGAAGATCAGTTTCTTTCACAGAACTTCGAAGCAGCGGTCGAAGATCGATTTGGGAGGAGGGCGCGGCTGTTTTCTGAACTGCTGCAACAACAAT
GGCCGTCGGGAAGAACAAGCGCATATCCAAGGGAAAGAAGGGAGGCAAGAAGAAGGCGTAAGTAAAATGACTGGAGCATGCTAAATTGTTTTGTTTGAGCTCTTTGTTAGCTTCAATATGAGATCTCTTTCGATTAACATGAATTTTGCCCCTTCCTGGTCGCATCTTTCGAGATGCAGCACCA

>TRINITY_DN106168_c0_g2_i5 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GGTTAATAAGACTATATTGGTTATGGGTTAAACCCCAGGTTAAAATTAGAAGGCAGGGTTAGGGTTTTGGTAGAGCTAGGGTTTCATAATTTCTCTTACATCTTACGAAGATCAGTTTCTTTCACAGAACTTCGAAGCAGCGGTCGAAGATCGATTTGGGAGGAGGGCGCGGCTGTTTTCTGAACTGCTGCAACAACAAT
GGCCGTCGGgtaaaatctcagctctatagtttctttagcttgtctttattgcttttagtattatcgatcgtgagttgaagagtactaaccgtgttattcggccaatgcagGAAGAACAAGCGCATATCCAAGGGAAAGAAGGGAGGCAAGAAGAAGGCGTAAGTAAAATGACTGGAGCATGCTAAATTGTTTTGTTTGAG
CTCTTTGTTAGCTTCAATATGAGATCTCTTTCGATTAACATGAATTTTGCCCCTTCCTGGTCGCATCTTTCGAGATGCAGCACCA