sp|Q41803|EF1A_MAIZE ----> Elongation factor 1-alpha
Intron 1 GTGGGTTTTC ... TCTTGGATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 13.7 | 189 | 0 | 30 |
| A2 | 20.13 | 123 | 7 | 31 |
| A3 | 8.99 | 172 | 0 | 17 |
| A4 | 19.3 | 138 | 4 | 33 |
| A5 | 14.14 | 85 | 0 | 14 |
| A6 | 14.81 | 328 | 0 | 57 |
| A7 | 12.56 | 515 | 0 | 74 |
| A8 | 11.31 | 494 | 0 | 63 |
| A9 | 12.73 | 473 | 0 | 69 |
| A10 | 12.42 | 430 | 0 | 61 |
>TRINITY_DN112891_c1_g1_i12 from sample A2 / Example spliced isoformTGATACTGTATGTGTTTCCCAAGGTTTATGTTTGTATGTGCTGTCTGATCTGTGTAGCTAGCTATTTTTACATTGTAAGGTGTATTCTCAAGTATAAAATGGTCCTTTATTTTTCACATTTTTGTTCATAGCAGGGTGGTTGCAAATGATTTTATGTGACCTGAGCAATTTGATTATAAATCTGAAATGCATTTCATTGT
TCAGATGTGCAGTTTCTTCCAATTTCGGCTCTTCATGGTACTAACATGCAAGACAAGGTCCCAAAAAATGTCTGTGGATGGTGGAATGGTCCTTGCCTTTTTGAAGCTTTGGATGCTGTTGAATTACCTCCAAGAGATCCTCGAGGTCCTTTTAGGATGCCATTAATAGATAGATTCAAGGATATGGGAACTGTGGTTAT
GGGAAAAATAGAGTCAGGCACTGTAACACAAGGAGACAGCTTAATGATAATGCCAAATAAGGTTCACGTGAAAGTTGTAGCTGTATATCGTGAGAGCGACGAACTAAAATATGCAAGACCTGGAGAAAATGTTAGAGTGAAATTATCTGGTGTTGAAGAAGATGATATCTCTACAGGATTTGTTTTGTCTTCCATTTCCA
ATCCGATTCATGCAGTGCTGGAGTTTACTGCACAGTTACAGATATTGGAACTACTGGAACATAAAGCAATATTTACTGCTGGTTATAAAGCTGTACTGCATATTCATTCTGTTGTTGAGGAATGCGAGATAATGGAGCTGTTAGAGCAAATTGATCCAAGGACAAAAAAGCCAATGAAAAAGAAGATTCTTTTTGTTAAA
ACTGGAGCAGTTGTGATGTGTCGCATCCAGGTAAATGACACTATCTGTGTTGAGAAGTTCTCTGATTTTCCTCAACTCGGAAGGTTCACACTTCGTGATGAAGGTAAAACAGTCGCAATTGGAAAAGTCATGAAGCTCCCAACTGTTGCAGGCAGTGCATAACAACCAAACAGAAGTTCACTTAGATTATCCCTCGGCGA
AGATTCCATATGCACGAGTAAAACAAGAGGGGCCTAGAGGGATTCTTTAGTTCATCTTTCTGCACAGATCATGTGAGTCAACCTGTGAAATCGTTTCAGTGTGCTGGTGCAAGGTGAAATATTTATGACTAGAACTCTGTCTTCAAGTGAAGAATGATGCAAGCGATGGATAAAGCTTTTCATTGTGGTAGCTCTGAAGG
GTTAAATATATAGAATGCTTGCTGTTTTTGCAAGCCTGAATTCTACCATGTCATGGAGGCATTAAAACACGAATACACAGATTTAACACAATTAGGTGTTACTATATAATGCGAACCTCAATTATAGGTCTGTTTGTAACTGGTTTATATTTTGTTCAATGATCGTGTGATTTATTTGGTCTTACATAAGAGTTGTAACA
TTTTCAGTGATTTCTTGCGCTGCAATGGCATCAGCATTATTTGTTCAGCTTATATTAAAGATACGTTTATCAGCATTCTATGGTTCGGCCTTTTCTAGTGATCTTATGGCTTGAACGTTATTACTGAATGGCTTTTTATATCAACATTTATTTTGTTTCATGTTCTTTTGAATATTTGGAACTATGATTTGCTCTGGCTG
CTCTATGTATGTAAGATAACCATTTTTCATTATAAGCATATTTTGCTGTGGTGAGAAAATGTTCTGCTGTCTTTCACTTTGGGAGTTCACCTAGAAATCCCGGTGCCACGATTTTTTATATAAAGAATCTATCAGGC
>TRINITY_DN112891_c1_g1_i25 from sample A2 / Example unspliced isoform:TTAATGATAATGCCAAATAAGgtgggttttcctggcatgaaatgaattgcatcttctggtgctgaatatgttttggcatttttaaaagttgattgtttcttggatagGTTCACGTGAAAGTTGTAGCTGTATATCGTGAGAGCGACGAACTAAAATATGCAAGACCTGGAGAAAATGTTAGAGTGAAATTATCTGGTGTT
GAAGAAGATGATATCTCTACAGGATTTGTTTTGTCTTCCATTTCCAATCCGATTCATGCAGTGCTGGAGTTTACTGCACAGTTACAGATATTGGAACTACTGGAACATAAAGCAATATTTACTGCTGGTTATAAAGCTGTACTGCATATTCATTCTGTTGTTGAGGAATGCGAGATAATGGAGCTGTTAGAGCAAATTGA
TCCAAGGACAAAAAAGCCAATGAAAAAGAAGATTCTTTTTGTTAAAACTGGAGCAGTTGTGATGTGTCGCATCCAGGTAAATGACACTATCTGTGTTGAGAAGTTCTCTGATTTTCCTCAACTCGGAAGGTTCACACTTCGTGATGAAGGTAAAACAGTCGCAATTGGAAAAGTCATGAAGCTCCCAACTGTTGCAGGCA
GTGCATAACAACCAAACAGAAGTTCACTTAGATTATCCCTCGGCGAAGATTCCATATGCACGAGTAAAACAAGAGGGGCCTAGAGGGATTCTTTAGTTCATCTTTCTGCACAGATCATGTGAGTCAACCTGTGAAATCGTTTCAGTGTGCTGGTGCAAGGTGAAATATTTATGACTAGAACTCTGTCTTCAAGTGAAGAA
TGATGCAAGCGATGGATAAAGCTTTTCATTGTGGTAGCTCTGAAGGGTTAAATATATAGAATGCTTGCTGTTTTTGCAAGCCTGAATTCTACCATGTCATGGAGGCATTAAAACACGAATACACAGATTTAACACAATTAGGTGTTACTATATAATGCGAACCTCAATTATAGGTCTGTTTGTAACTGGTTTATATTTTG
TTCAATGATCGTGTGATTTATTTGGTCTTACATAAGAGTTGTAACATTTTCAGTGATTTCTTGCGCTGCAATGGCATCAGCATTATTTGTTCAGCTTATATTAAAGATACGTTTATCAGCATTCTATGGTTCGGCCTTTTCTAGTGATCTTATGGCTTGAACGTTATTACTGAATGGCTTTTTATATCAACATTTATTTT
GTTTCATGTTCTTTTGAATATTTGGAACTATGATTTGCTCTGGCTGCTCTATGTATGTAAGATAACCATTTTTCATTATAAGCATATTTTGCTGTGGTGAGAAAATGTTCTGCTGTCTTTCACTTTGGGAGTTCACCTAGAAATCCCGGTGCCACGATTTTTTATATAAAGAATCTATCAGGC
Intron 2 GTACGTCTGC ... ATGTCTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 19.11 | 182 | 48 | 38 |
| A2 | 27.54 | 150 | 67 | 47 |
| A3 | 23.81 | 142.4 | 50 | 39 |
| A4 | 20.26 | 122 | 31 | 31 |
| A5 | 22.89 | 32 | 11 | 8 |
| A6 | 21.34 | 671 | 183 | 181 |
| A7 | 22.66 | 512 | 144 | 156 |
| A8 | 23.39 | 804 | 265 | 226 |
| A9 | 23.04 | 603 | 175 | 186 |
| A10 | 24.28 | 343 | 123 | 97 |
>TRINITY_DN42235_c0_g1_i12 from sample A7 / Example spliced isoformAATTTATGAGATCCGCATCCTAAAGCGATTTCAGATCCGCATTAAGTTCTCAAAGAGTGACTGATAACTCACAGAAAGAAGCGCAGGATCACTCTACCGAGTGGGGCATTTATTTTGAAGGTAACTCGCTCTGAATTTGTTGGTGAACGCACGGAACTCCGATCCTCAAAACAAAACCCCAGAATGGCCGAACCAGACTC
CTGGGAGGAGATGGATGCCCAGCCTTCGCATTCTTCAGCTTCTGCATCATTGATGCATTCAAAATTGAATGCAAACGCCCCGTCGTTTACATTTAATGTTAACGCCCCTGCTTTTTCACCGGTTCCGAACGCCGCCTATATTCCGGCGCAATCTAGTAAGCCGCAGACCTTTTATCCGACCAATCCCGCGAACTCCATCA
ATCCTCAATTCGTAAACCCTACAAACCCTGTAAACCCTATCAACCCTATCAATCCCTCTGCAGGGGTGCCCCTTCCCTACGCTCCGGGGGCCGTTCCGCCGTATGTCGCACCTTCGCACCCCCCTGCTGTCGACTACCAAATGGCGGATGTTGCCTCGAAAATTGGAACCCTACAACAATCCGAGTGCGAGGAAGGGTTT
CATGCGAATCCCCGGAATCCTGGTGAGAGTAATGAAACGAAGCCGGAGTTAACGAATAAGGATGTTGAGATGGAAGTGGATGATGGATCTGCTAAAGCCGAAGCAAAGGGTACAGCGGCCGCCAACGGCGAGAGTAACGGTTATGAGGAGCAGGTTGTATCTAATTTGAAATCGTTGAAATTAAAGGACATGGAACAGAA
TAAAGAAGTTGACATTAAGAATGAAGAAATGGCTCAAGCACATTTTGAGGATTCTCAACAACCAGATGAAGATGTGGAAGCGAAGCCGCACATGAATGTTGTCTTTATTGGTCATGTTGATGCTGGTAAATCAACAACTGGTGGGCAAATATTATATCTATCTAAAATGGTGGATGAACGTACAATTCAAAAATATGAAA
AAGAAGCGAAGGAGAAGAACCGAGAAAGTTGGTATATGGCATATATCATGGACACAAATGAAGAAGAACGAACAAAGGGAAAAACAGTGGAGGTTGGTAGAGCTCATTTTGAAACTGAGAAATCAAGGTTCACAATCCTAGATGCTCCAGGACACAAAAGCTATGTTCCGAACATGATCAGTGGTGCATCACAAGCTGAT
GTGGGAGTTCTGGTGATATCAGCTCGAAAGGGTGAGTTTGAGACTGGATTTGAAAGAGGTGGGCAGACAAGAGAGCATGCTATGTTGGCGAAAACATTAGGAATTAGTAAATTATTTGTTGTGGTTAATAAAATGGATGATCCTTCAGTTGAGTGGGACAAGGACAGGTTTGATGAAATTGAGAAGAAGATAAGCCCCTT
TTTGAAGTCCTGTGGCTACAATTTAAAGAAAGATGTGCAGTTTCTTCCAATTTCGGCTCTTCATGGTACTAACATGCAAGACAAGGTCCCAAAAAATGTCTGTGGATGGTGGAATGGTCCTTGCCTTTTTGAAGCTTTGGATGCTGTTGAATTACCTCCAAGAGATCCTCGAGGTCCTTTTAGGATGCCATTAATAGATA
GATTCAAGGATATGGGAACTGTGGTTATGGGAAAAATAGAGTCAGGCACTGTAACACAAGGAGACAGCTTAATGATAATGCCAAATAAGGTTCACGTGAAAGTTGTAGCTGTATATCGTGAGAGCGACGAACTAAAATATGCAAGACCTGGAGAAAATGTTAGAGTGAAATTATCTGGTGTTGAAGAAGATGATATCTCT
ACAGGATTTGTTTTGTCTTCCATTTCCAATCCGATTCATGCAGTGCTGGAGTTTACTGCACAGTTACAGATATTGGAACTACTGGAACATAAAGCAATATTTACTGCTGGTTATAAAGCTGTACTGCATATTCATTCTGTTGTTGAGGAATGCGAGATAATGGAGCTGTTAGAGCAAATTGATCCAAGGACAAAAAAGCC
AATGAAAAAGAAGATTCTTTTTGTTAAAACTGGAGCAGTTGTGATGTGTCGCATCCAGGTAAATGACACTATCTGTGTTGAGAAGTTCTCTGATTTTCCTCAACTCGGAAGGTTCACACTTCGTGATGAAGGTAAAACAGTCGCAATTGGAAAAGTCATGAAGCTCCCAACTGTTGCAGGCAGTGCATAACAACCAAACA
GAAGTTCACTTAGATTATCCCTCGGCGAAGATTCCATATGCACGAGTAAAACAAGAGGGGCCTAGAGGGATTCTTTAGTTCATCTTTCTGCACAGATCATGTGAGTCAACCTGTGAAATCGTTTCAGTGTGCTGGTGCAAGGTGAAATATTTATGACTAGAACTCTGTCTTCAAGTGAAGAATGATGCAAGCGATGGATA
AAGCTTTTCATTGTGGTAGCTCTGAAGGGTTAAATATATAGAATGCTTGCTGTTTTTGCAAGCCTGAATTCTACCATGTCATGGAGGCATTAAAACACGAATACACAGATTTAACACAATTAGGTGTTACTATATAATGCGAACCTCAATTATAGGTCTGTTTGTAACTGGTTTATATTTTGTTCAATGATCGTGTGATT
TATTTGGTCTTACATAAGAGTTGTAACATTTTCAGTGATTTCTTGCGCTGCAATGGCATCAGCATTATTTGTTCAGCTTATATTAAAGATACGTTTATCAGCATTCTATGGTTCGGCCTTTTCTAGTGATCTTATGGCTTGAACGTTATTACTGAATGGCTTTTTATATCAACATTTATTTTGTTTCATGTTCTTTTGAA
TATTTGGAACTATGATTTGCTCTGGCTGCTCTATGTATGTAAGATAACCATTTTTCATTATAAGCATATTTTGCTGTGGTGAGAAAATGTTCTGCTGTCTTTCACTTTGGGAGTTCACCTAGAAATCCCGGTGCCACGATTTTTTATATAAAGAATCTATCAGGTTTGTGTGAGAAAATGTTCTGCTGTCTT
>TRINITY_DN42235_c0_g1_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:AATTTATGAGATCCGCATCCTAAAGCGATTTCAGATCCGCATTAAGTTCTCAAAGAGTGACTGATAACTCACAGAAAGAAGCGCAGGATCACTCTACCGAGTGGGGCATTTATTTTGAAGGTAACTCGCTCTGAATTTGTTGGTGAACGCACGGAACTGTAAGGATTCTTGCCCTTGCCTCTCATCTGTGATTTTGTCTC
TCTTTTCTAGGTGTTCCTTTGGCTTAATTTGACTAAGATTCAATTAACTACAGCCGATCCTCAAAACAAAACCCCAGAATGGCCGAACCAGACTCCTGGGAGGAGATGGATGCCCAGCCTTCGCATTCTTCAGCTTCTGCATCATTGATGCATTCAAAATTGAATGCAAACGCCCCGTCGTTTACATTTAATGTTAACGC
CCCTGCTTTTTCACCGGTTCCGAACGCCGCCTATATTCCGGCGCAATCTAGTAAGCCGCAGACCTTTTATCCGACCAATCCCGCGAACTCCATCAATCCTCAATTCGTAAACCCTACAAACCCTGTAAACCCTATCAACCCTATCAATCCCTCTGCAGGGGTGCCCCTTCCCTACGCTCCGGGGGCCGTTCCGCCGTATG
TCGCACCTTCGCACCCCCCTGCTGTCGACTACCAAATGGCGGATGTTGCCTCGAAAATTGGAACCCTACAACAATCCGAGTGCGAGGAAGGGTTTCATGCGAATCCCCGGAATCCTGGTGAGAGTAATGAAACGAAGCCGGAGTTAACGAATAAGGATGTTGAGATGGAAGTGGATGATGGATCTGCTAAAGCCGAAGCA
AAGGGTACAGCGGCCGCCAACGGCGAGAGTAACGGTGCGTTGAGAGGTTATGAGGAGCAGGTTGTATCTAATTTGAAATCGTTGAAATTAAAGGACATGGAACAGAATAAAGAAGTTGACATTAAGAATGAAGAAATGGCTCAAGCACATTTTGAGGATTCTCAACAACCAGATGAAGATGTGGAAGCGAAGCCGCACAT
GAATGTTGTCTTTATTGGTCATGTTGATGCTGGTAAATCAACAACTGGTGGGCAAATATTATATCTATCTAAAATGGTGGATGAACGTACAATTCAAAAATATGAAAAAGAAGCGAAGGAGAAGAACCGAGAAAGTTGGTATATGGCATATATCATGGACACAAATGAAGAAGAACGAACAAAGGGAAAAACAGTGGAGG
TTGGTAGAGCTCATTTTGAAACTGAGAAATCAAGGTTCACAATCCTAGATGCTCCAGGACACAAAAGCTATGTTCCGAACATGATCAGTGGTGCATCACAAGCTGATGTGGGAGTTCTGGTGATATCAGCTCGAAAGGGTGAGTTTGAGACTGGATTTGAAAGAGGTGGGCAGACAAGAGAGCATGCTATGTTGGCGAAA
ACATTAGGAATTAGTAAATTATTTGTTGTGGTTAATAAAATGGATGATCCTTCAGTTGAGTGGGACAAGGACAGGTTTGATGAAATTGAGAAGAAGATAAGCCCCTTTTTGAAGTCCTGTGGCTACAATTTAAAGAAAGATGTGCAGTTTCTTCCAATTTCGGCTCTTCATGGTACTAACATGCAAGACAAGGTCCCAAA
AAATGTCTGTGGATGGTGGAATGGTCCTTGCCTTTTTGAAGCTTTGGATGCTGTTGAATTACCTCCAAGAGATCCTCGAGGTCCTTTTAGGATGCCATTAATAGATAGATTCAAGGATATGGGAACTGTGGTTATGGGAAAAATAGAGTCAGGCACTGTAACACAAGGAGACAGCTTAATGATAATGCCAAATAAGGTTC
ACGTGAAAGTTGTAGCTGTATATCGTGAGAGCGACGAACTAAAATATGCAAGACCTGGAGAAAATGTTAGAGTGAAATTATCTGGTGTTGAAGAAGATGATATCTCTACAGGATTTGTTTTGTCTTCCATTTCCAATCCGATTCATGCAGTGCTGGAGTTTACTGCACAGTTACAGATATTGGAACTACTGGAACATAAA
GCAATATTTACTGCTGGTTATAAAGCTGTACTGCATATTCATTCTGTTGTTGAGGAATGCGAGATAATGGAGCTGTTAGAGCAAATTGATCCAAGGACAAAAAAGCCAATGAAAAAGAAGATTCTTTTTGTTAAAACTGGAGCAGTTGTGATGTGTCGCATCCAGGTAAATGACACTATCTGTGTTGAGAAGTTCTCTGA
TTTTCCTCAACTCGGAAGGTTCACACTTCGTGATGAAGGTAAAACAGTCGCAATTGGAAAAGTCATGAAGCTCCCAACTGTTGCAGGCAGTGCATAACAACCAAACAGAAGTTCACTTAGATTATCCCTCGGCGAAGATTCCATATGCACGAGTAgtacgtctgctgcatcaatgcatttcttcttcttaagatttttgg
aatggttaatgtaagaggaacataatgtacaggctaaatacgagcaatttagttttatattacttgcaatctttcataatatattatattataggtagcactattattttacattagaaatggttttggtgtttcattctcatgaattacactttgttagtgtattacataaataaaataaagtagtgataatctttcgg
aatcctagatcatctctatgttcattaatatcccttccaaaatataagaacgaaccaaagatagatgcctattcttttgagtgaagttgtttagactagtggagaatggtgtgaaatctacttgcttttgcactctgctgtctttgatttgtttgcaagtatacttgtagttgttgcttgtatctttgttccattagaat
cctttattttatgtaaatcgggtttgatagagaatgccaagagattccatagcattctgtgtggaaatgtgatgcgatatctcctttaatatttaattttatggtgaaaatttggagatttctgtaccatacagggtaaagattgtggcaacataccctaccaatctttttgtgaactgaaatggaactaattttagcaa
atgaattgaaaaatgttgaagaaatcatttcacatgtacttacggtgaactttcatggtctacatcacattcacatgcataattgtagatcattgttgaaacagatgcattttttttcccttgttggcttccacgtaaataaagacttattgatcttgctatgtttttgacatatgtctacagAAACAAGAGGGGCCTAG
AGGGATTCTTTAGTTCATCTTTCTGCACAGATCATGTGAGTCAACCTGTGAAATCGTTTCAGTGTGCTGGTGCAAGGTGAAATATTTATGACTAGAACTCTGTCTTCAAGTGAAGAATGATGCAAGCGATGGATAAAGCTTTTCATTGTGGTAGCTCTGAAGGGTTAAATATATAGAATGCTTGCTGTTTTTGCAAGCCT
GAATTCTACCATGTCATGGAGGCATTAAAACACGAATACACAGATTTAACACAATTAGGTGTTACTATATAATGCGAACCTCAATTATAGGTCTGTTTGTAACTGGTTTATATTTTGTTCAATGATCGTGTGATTTATTTGGTCTTACATAAGAGTTGTAACATTTTCAGTGATTTCTTGCGCTGCAATGGCATCAGCAT
TATTTGTTCAGCTTATATTAAAGATACGTTTATCAGCATTCTATGGTTCGGCCTTTTCTAGTGATCTTATGGCTTGAACGTTATTACTGAATGGCTTTTTATATCAACATTTATTTTGTTTCATGTTCTTTTGAATATTTGGAACTATGATTTGCTCTGGCTGCTCTATGTATGTAAGATAACCATTTTTCATTATAAGC
ATATTTTGCTGTGGTGAGAAAATGTTCTGCTGTCTTTCACTTTGGGAGTTCACCTAGAAATCCCGGTGCCACGATTTTTTATATAAAGAATCTATCAGGTTTGTGTGAGAAAATGTTCTGCTGTCTT
Intron 3 GTATTCTCAC ... ATTCTTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 12.27 | 271 | 1 | 39.3 |
| A2 | 13.87 | 274 | 8 | 45.7 |
| A3 | 17 | 291 | 26 | 61.9 |
| A4 | 14.98 | 158 | 1 | 29.2 |
| A5 | 6.5 | 114 | 0 | 8 |
| A6 | 15.01 | 269 | 0 | 49.7 |
| A7 | 14.54 | 710.3 | 0 | 126.8 |
| A8 | 14.98 | 452 | 2 | 83.7 |
| A9 | 16.65 | 585 | 0 | 123.7 |
| A10 | 14.3 | 683 | 0 | 119 |
>TRINITY_DN112891_c1_g1_i4 from sample A2 / Example spliced isoformTTTATGAGATCCGCATCCTAAAGCGATTTCAGATCCGCATTAAGTTCTCAAAGAGTGACTGATAACTCACAGAAAGAAGCGCAGGATCACTCTACCGAGTGGGGCATTTATTTTGAAGGTAACTCGCTCTGAATTTGTTGGTGAACGCACGGAACTGTAAGGATTCTTGCCCTTGCCTCTCATCTGTGATTTTGTCTCTC
TTTTCTAGGTGTTCCTTTGGCTTAATTTGACTAAGATTCAATTAACTACAGCCGATCCTCAAAACAAAACCCCAGAATGGCCGAACCAGACTCCTGGGAGGAGATGGATGCCCAGCCTTCGCATTCTTCAGCTTCTGCATCATTGATGCATTCAAAATTGAATGCAAACGCCCCGTCGTTTACATTTAATGTTAACGCCC
CTGCTTTTTCACCGGTTCCGAACGCCGCCTATATTCCGGCGCAATCTAGTAAGCCGCAGACCTTTTATCCGACCAATCCCGCGAACTCCATCAATCCTCAATTCGTAAACCCTACAAACCCTGTAAACCCTATCAACCCTATCAATCCCTCTGCAGGGGTGCCCCTTCCCTACGCTCCGGGGGCCGTTCCGCCGTATGTC
GCACCTTCGCACCCCCCTGCTGTCGACTACCAAATGGCGGATGTTGCCTCGAAAATTGGAACCCTACAACAATCCGAGTGCGAGGAAGGGTTTCATGCGAATCCCCGGAATCCTGGTGAGAGTAATGAAACGAAGCCGGAGTTAACGAATAAGGATGTTGAGATGGAAGTGGATGATGGATCTGCTAAAGCCGAAGCAAA
GGGTACAGCGGCCGCCAACGGCGAGAGTAACGGTTATGAGGAGCAGGTTGTATCTAATTTGAAATCGTTGAAATTAAAGGACATGGAACAGAATAAAGAAGTTGACATTAAGAATGAAGAAATGGCTCAAGCACATTTTGAGGATTCTCAACAACCAGATGAAGATGTGGAAGCGAAGCCGCACATGAATGTTGTCTTTA
TTGGTCATGTTGATGCTGGTAAATCAACAACTGGTGGGCAAATATTATATCTATCTAAAATGGTGGATGAACGTACAATTCAAAAATATGAAAAAGAAGCGAAGGAGAAGAACCGAGAAAGTTGGTATATGGCATATATCATGGACACAAATGAAGAAGAACGAACAAAGGGAAAAACAGTGGAGGTTGGTAGAGCTCAT
TTTGAAACTGAGAAATCAAGGTTCACAATCCTAGATGCTCCAGGACACAAAAGCTATGTTCCGAACATGATCAGTGGTGCATCACAAGCTGATGTGGGAGTTCTGGTGATATCAGCTCGAAAGGGTGAGTTTGAGACTGGATTTGAAAGAGGTGGGCAGACAAGAGAGCATGCTATGTTGGCGAAAACATTAGGAATTAG
TAAATTATTTGTTGTGGTTAATAAAATGGATGATCCTTCAGTTGAGTGGGACAAGGACAGGTTTGATGAAATTGAGAAGAAGATAAGCCCCTTTTTGAAGTCCTGTGGCTACAATTTAAAGAAAGATGTGCAGTTTCTTCCAATTTCGGCTCTTCATGGTACTAACATGCAAGACAAGGTCCCAAAAAATGTCTGTGGAT
GGTGGAATGGTCCTTGCCTTTTTGAAGCTTTGGATGCTGTTGAATTACCTCCAAGAGATCCTCGAGGTCCTTTTAGGATGCCATTAATAGATAGATTCAAGGATATGGGAACTGTGGTTATGGGAAAAATAGAGTCAGGCACTGTAACACAAGGAGACAGCTTAATGATAATGCCAAATAAGGTTCACGTGAAAGTTGTA
GCTGTATATCGTGAGAGCGACGAACTAAAATATGCAAGACCTGGAGAAAATGTTAGAGTGAAATTATCTGGTGTTGAAGAAGATGATATCTCTACAGGATTTGTTTTGTCTTCCATTTCCAATCCGATTCATGCAGTGCTGGAGTTTACTGCACAGTTACAGATATTGGAACTACTGGAACATAAAGCAATATTTACTGC
TGGTTATAAAGCTGTACTGCATATTCATTCTGTTGTTGAGGAATGCGAGATAATGGAGCTGTTAGAGCAAATTGATCCAAGGACAAAAAAGCCAATGAAAAAGAAGATTCTTTTTGTTAAAACTGGAGCAGTTGTGATGTGTCGCATCCAGGTAAATGACACTATCTGTGTTGAGAAGTTCTCTGATTTTCCTCAACTCG
GAAGGTTCACACTTCGTGATGAAGGTAAAACAGTCGCAATTGGAAAAGTCATGAAGCTCCCAACTGTTGCAGGCAGTGCATAACAACCAAACAGAAGTTCACTTAGATTATCCCTCGGCGAAGATTCCATATGCACGAGTAGTACGTCTGCTGCATCAATGCATTTCTTCTTCTTAAGATTTTTGGAATGGTTAATGTAA
GAGGAACATAATGTACAGGCTAAATACGAGCAATTTAGTTTTATATTACTTGCAATCTTTCATAATATATTATATTATAGGTAGCAC
>TRINITY_DN112891_c1_g1_i24 from sample A2 / Example unspliced isoform:CTAGCAGATGGAAGAGCCATCATTCCTTCCCCTTGATGCCAAACATCTCTTTCTTAGTCTATCTGGTTCTTTTGCAAGTTCATTTCCTTGATGTATTACTGTATCCAGTTTCTTCTTTTTAATGTGTATTTTTTATTCTCAAAGGCTGCCACCCTGATTTTACATGGGAGAATTTTTATCGATGAAGGTGATTGGGGATG
TAGTTTGAGAACTCCCAGGGTTCATCTAACCTCTCTATTGCTCTTTCATTTCAAAACTCAAAGGGAGGAGAAGGGATGTGTACCTGGTTTGGGGCTTTTGAAGTTATCTCTATTCTTGGATCAAACCCTAGCAGCCAGTGTTTTAATTAATAAACCTGCTCTGCTCAGAACAGTGATCCTCCCTCAAGAACCATCTTTAT
CTTATATCAAAGCAGTTTTCACCAAAAAATACTTCTTGGCAGCACCAACTGATAATCTATGTTTAATTGCAATCACTATTGACACAGCTGGTGGTTAACATTAATGATCGGTCTATGGTCTTTGCTGAAATTTTCCTCCAAAATGTTTAGCAGCTCTTCCTCTGACAATGTAGAGAAAAACAAAAGTTGTATTTTTGCCA
TAGGTTATACAAATTATATAGCTTTTGTTACCTTGGCTAAAGTCTATTGTTTCCAAGGGATTTGATGAGATTTACAAAGGCAGATTCTAACTTGGTATATATTTTATCTAATCAGTAAGTCCCTTGTAGTGCTCTTCTCTATTCTAAACTAGAAGAACACCTTCTTGGGGTTTAATTATTATTAATTTGTCGTAAACATA
ATATCATTTGATGGTGGTTTTGGTTCGTCTTCTAATCGATAGGCATCGTTTGGTCAGTGTCGACTTCATGAAGTTGGCAATGTAGATCGATGTTGATTTTGTGTATTGACAGTTGGTTTCTTGATGTTTTATGGTTAGATCAATGCTTTTGAACTTTTATATCTATGCGTGATACAACTTGTGGTTTAAGTTGGTATCAT
TGAAATTGCTCTTTTATTTTGAGGAAAACATGTCCCTCGTTATTGGGGCAGTAGAATGGGTTTTCTATATTTTGCTGCTGTTGCATCTGAAGTATATGATGCAGAATTGGAGGTGATAGAACAGGCATGTCTTATTGTCTTATAATGGAGATTTTATGTGATTGGTTTGGAGTATAAACCCGAAAAATCAATATGCTTTG
AATGATGACTTTGCACAGGTATATGGCATATATCATGGACACAAATGAAGAAGAACGAACAAAGgtattctcactttacttcataaaacatatttctgtctatatagttgctatgtctacgatgaccgaaattgattttcattcttacagGGAAAAACAGTGGAGGTTGGTAGAGCTCATTTTGAAACTGAGAAATCAAG
GTTCACAATCCTAGATGCTCCAGGACACAAAAGCTATGTTCCGAACATGATCAGTGGTGCATCACAAGCTGATGTGGGAGTTCTGGTGATATCAGCTCGAAAGGGTGAGTTTGAGACTGGATTTGAAAGAGGTGGGCAGACAAGAGAGCATGCTATGTTGGCGAAAACATTAGGAATTAGTAAATTATTTGTTGTGGTTA
ATAAAATGGATGATCCTTCAGTTGAGTGGGACAAGGACAGGTTTGATGAAATTGAGAAGAAGATAAGCCCCTTTTTGAAGTCCTGTGGCTACAATTTAAAGAAAGATGTGCAGTTTCTTCCAATTTCGGCTCTTCATGGTACTAACATGCAAGACAAGGTCCCAAAAAATGTCTGTGGATGGTGGAATGGTCCTTGCCTT
TTTGAAGCTTTGGATGCTGTTGAATTACCTCCAAGAGATCCTCGAGGTCCTTTTAGGATGCCATTAATAGATAGATTCAAGGATATGGGAACTGTGGTTATGGGAAAAATAGAGTCAGGCACTGTAACACAAGGAGACAGCTTAATGATAATGCCAAATAAGGTTCACGTGAAAGTTGTAGCTGTATATCGTGAGAGCGA
CGAACTAAAATATGCAAGACCTGGAGAAAATGTTAGAGTGAAATTATCTGGTGTTGAAGAAGATGATATCTCTACAGGATTTGTTTTGTCTTCCATTTCCAATCCGATTCATGCAGTGCTGGAGTTTACTGCACAGTTACAGATATTGGAACTACTGGAACATAAAGCAATATTTACTGCTGGTTATAAAGCTGTACTGC
ATATTCATTCTGTTGTTGAGGAATGCGAGATAATGGAGCTGTTAGAGCAAATTGATCCAAGGACAAAAAAGCCAATGAAAAAGAAGATTCTTTTTGTTAAAACTGGAGCAGTTGTGATGTGTCGCATCCAGGTAAATGACACTATCTGTGTTGAGAAGTTCTCTGATTTTCCTCAACTCGGAAGGTTCACACTTCGTGAT
GAAGGTAAAACAGTCGCAATTGGAAAAGTCATGAAGCTCCCAACTGTTGCAGGCAGTGCATAACAACCAAACAGAAGTTCACTTAGATTATCCCTCGGCGAAGATTCCATATGCACGAGTAGTACGTCTGCTGCATCAATGCATTTCTTCTTCTTAAGATTTTTGGAATGGTTAATGTAAGAGGAACATAATGTACAGGC
TAAATACGAGCAATTTAGTTTTATATTACTTGCAATCTTTCATAATATATTATATTATAGGTAGCAC
Intron 4 GTGGGTATAA ... TGTTCGACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 23.9 | 117.8 | 51 | 23 |
| A2 | 21.88 | 67.8 | 27 | 11 |
| A3 | 24.14 | 106.8 | 43 | 25 |
| A4 | 26.86 | 64 | 31 | 16 |
| A5 | 25.15 | 41.7 | 16 | 12 |
| A6 | 23.75 | 70.7 | 26 | 18 |
| A7 | 21.53 | 226 | 67 | 57 |
| A8 | 21.62 | 161.3 | 64 | 25 |
| A9 | 21.33 | 223.2 | 67 | 54 |
| A10 | 21.19 | 236.2 | 72 | 55 |
>TRINITY_DN126633_c1_g3_i2 from sample A1 / Example spliced isoformCCGCATCCTAAAGCGATTTCAGATCCGCATTAAGTTCTCAAAGAGTGACTGATAACTCACAGAAAGAAGCGCAGGATCACTCTACCGAGTGGGGCATTTATTTTGAAGGTAACTCGCTCTGAATTTGTTGGTGAACGCACGGAACTGTAAGGATTCTTGCCCTTGCCTCTCATCTGTGATTTTGTCTCTCTTTTCTAGGT
GTTCCTTTGGCTTAATTTGACTAAGATTCAATTAACTACAGCCGATCCTCAAAACAAAACCCCAGAATGGCCGAACCAGACTCCTGGGAGGAGATGGATGCCCAGCCTTCGCATTCTTCAGCTTCTGCATCATCGATGCATTCAAAATTGAATGCAAACGCCCCGTCGTTTACATTTAATGTTAACGCCCCTGCTTTTTC
ACCGGTTCCGAACGCCGCCTATATTCCGGCGCAATCTAGTAAGCCGCAGACCTTTTATCCGACCAATCCCGCGAACTCCATCAATCCTCAATTCGTAAACCCTACAAACCCTGTAAACCCTATCAACCCTATCAATCCCTCTGCAGGGGTGCCCCTTCCCTACGCTCCGGGGGCCGTTCCGCCGTATGTCGCACCTTCGC
ACCCCCCTGCTGTCGACTACCAAATGGCGGATGTTGCCTCGAAAATTGGAACCCTACAACAATCCGAGTGCGAGGAAGGGTTTCATGCGAATCCCCGGAATCCTGGTGAGAGTAATGAAACGAAGCCGGAGTTAACGAATAAGGATGTTGAGATGGAAGTGGATGATGGATCTGCTAAAGCCGAAGCAAAGGGTACAGCG
GCCGCCAACGGCGAGAGTAACGGTGCGTTGAGAGGTTATGAGGAGCAGGTTGTATCTAATTTGAAATCGTTGAAATTAAAGGACATGGAACAGAATAAAGTTGACATTAAGAATGAAGAAATGGCTCAAGCACATTTTGAGGATTCTCAACAACCAGATGAAGATGTGGAAGCGAAGCCGCACATGAATGTTGTCTTTAT
TGGTCATGTTGATGCTGGTAAATCAACAACTGGTGGGCAAATATTATATCTATCTAAAATGGTGGATGAACGTACAATTCAAAAATATGAAAAAGAAGCGAAGGAGAAGAACCGAGAAAGTTGGTATATGGCATATATCATGGACACAAATGAAGAAGAACGAACAAAGGGAAAAACAGTGGAGGTTGGTAGAGCTCATT
TTGAAACTGAGAAATCAAGGTTCACAATCCTAGATGCTCCAGGACACAAAAGCTATGTTCCGAACATGATCAGTGGTGCATCACAAGCTGATGTGGGAGTTCTGGTGATATCAGCTCGAAAGGGTGAGTTTGAGACTGGATTTGAAAGAGGTGGGCAGACAAGAGAGCATGCTATGTTGGCGAAAACATTAGGAATTAGT
AAATTATTTGTTGTGGTTAATAAAATGGATGATCCTTCAGTTGAGTGGGACAAGGACAGGTTTGATGAAATTGAGAAGAAGATAAGCCCCTTTTTGAAGTCCTGTGGCTACAATTTAAAGAAAGATGTGCAGTTTCTTCCAATTTCGGCTCTTCATGGTACTAACATGCAAGACAAGGTCCCAAAAAATGTCTGTGGATG
GTGGAATGGTCCTTGCCTTTTTGAAGCTTTGGATGCTGTTGAATTACCTCCAAGAGATCCTCGAGGTCCTTTTAGGATGCCATTAATAGATAGATTCAAGGATATGGGAACTGTGGTTATGGGAAAAATAGAGTCAGGCACTGTAACACAAGGAGACAGCTTAATGATAATGCCAAATAAGGTTCACGTGAAAGTTGTAG
CTGTATATCGTGAGAGCGACGAACTAAAATATGCAAGACCTGGAGAAAATGTTAGAGTGAAATTATCTGGTGTTGAAGAAGATGATATCTCTACAGGATTTGTTTTGTCTTCCATTTCCAATCCGATTCATGCAGTGCTGGAGTTTACTGCACAGTTACAGATATTGGAACTACTGGAACATAAAGCAATATTTACTGCT
GGTTATAAAGCTGTACTGCATATTCATTCTGTTGTTGAGGAATGCGAGATAATGGAGCTGTTAGAGCAAATTGATCCAAGGACGAAAAAGCCAATGAAAAAGAAGATTCTTTTTGTTAAAACTGGAGCAGTTGTGATGTGTCGCATCCAGGTAAATGACACTATCTGTGTTGAGAAGTTCTCTGATTTTCCTCAACTCGG
AAGGTTCACACTTCGTGATGAAGGTAAAACAGTCGCAATTGGAAAAGTCATGAAGCTCCCAACTGTTGCAGGCAGTGCATAACAACCAAACAGAAGTTCACTTAGATTATCCCTCGGCGAAGATTCCATATGCACGAGTAAAACAAGAGGGGCCTAGAGGGATTCTTTAGTTCATCTTTCTGCACAGATCATGTGAGTCA
ACCTGTGAAATCGTTTCAGTGTGCTGGTGCAAGGTGAAATATTTATGACTAGAACTCTGTCTTCAAGTGAAGAATGATGCAAGCGATGGATAAAGCTTTTCATTGTGGTAGCTCTGAAGGGTTAAATATATAGAATGCTTGCTGTTTTTGCAAGCCTGAATTCTACCATGTCATGGAGGCATTAAAACACGAATACACAG
ATTTAACACAATTAGGTGTTACTATATAATGCGAACCTCAATTATAGGTCTGTTTGTAACTGGTTTATATTTTGTTCAATGATCGTGTGATTTATTTGGTCTTACATAAGAGTTGTAACATTTTCAGTGATTTCTTGCGCTGCAATGGCATCAGCATTATTTGTTCAGCTTATATTAAAGATACGTTTATCAGCATTCTA
TGGTTCGGCCTTTTCTAGTGATCTTATGGCTTGAACGTTATTACTGAATGGCTTTTTATATCAACATTTATTTTGTTTCATGTTCTTTTGAATATTTGGAACTATGATTTGCTCTGGCTGCTCTATGTATGTAAGATAACCATTTTTTCATTATAAGCATATTTTGCTGTGGTGAGAAAATGTTCTGCTGTCTTTCACTT
TGGGAGTTCACCTAGAAATCCCGGTGCCACGATTTTTTATATAAAGAATCTATCAGGTTTGTGTGAGAGCTTGGCTATAGTATTTACTGTTTATGATTGCTCTTCGATTTCCCTAAGCTGGA
>TRINITY_DN126633_c1_g3_i8 from sample A1 / Example unspliced isoform:CCGCATCCTAAAGCGATTTCAGATCCGCATTAAGTTCTCAAAGAGTGACTGATAACTCACAGAAAGAAGCGCAGGATCACTCTACCGAGTGGGGCATTTATTTTGAAGGTAACTCGCTCTGAATTTGTTGGTGAACGCACGGAACTGTAAGGATTCTTGCCCTTGCCTCTCATCTGTGATTTTGTCTCTCTTTTCTAGGT
GTTCCTTTGGCTTAATTTGACTAAGATTCAATTAACTACAGCCGATCCTCAAAACAAAACCCCAGAATGGCCGAACCAGACTCCTGGGAGGAGATGGATGCCCAGCCTTCGCATTCTTCAGCTTCTGCATCATCGATGCATTCAAAATTGAATGCAAACGCCCCGTCGTTTACATTTAATGTTAACGCCCCTGCTTTTTC
ACCGGTTCCGAACGCCGCCTATATTCCGGCGCAATCTAGTAAGCCGCAGACCTTTTATCCGACCAATCCCGCGAACTCCATCAATCCTCAATTCGTAAACCCTACAAACCCTGTAAACCCTATCAACCCTATCAATCCCTCTGCAGGGGTGCCCCTTCCCTACGCTCCGGGGGCCGTTCCGCCGTATGTCGCACCTTCGC
ACCCCCCTGCTGTCGACTACCAAATGGCGGATGTTGCCTCGAAAATTGGAACCCTACAACAATCCGAGTGCGAGGAAGGGTTTCATGCGAATCCCCGGAATCCTGGTGAGAGTAATGAAACGAAGCCGGAGTTAACGAATAAGGATGTTGAGATGGAAGTGGATGATGGATCTGCTAAAGCCGAAGCAAAGGGTACAGCG
GCCGCCAACGGCGAGAGTAACGGTGCGTTGAGAGGTTATGAGGAGCAGGTTGTATCTAATTTGAAATCGTTGAAATTAAAGGACATGGAACAGAATAAAGAAGTTGACATTAAGAATGAAGAAATGGCTCAAGCACATTTTGAGGATTCTCAACAACCAGATGAAGATGTGGAAGCGAAGCCGCACATGAATGTTGTCTT
TATTGGTCATGTTGgtgggtataattttcatttattgccttggatgacatagttaggattgtttttaaaattcatgcttttgattttctctcatgcagttgcatttccatcgaggcaatgccatttttctcctatatgctcatggatctagatgcacaagaaaattttgagcaatgataatgaaaaaaaacaccaccttt
aagtgtttaattgatccaatttttcatttgtcttatttgtaaatagcctatattggacatttcaaattgattttttgggccaactattcctttttgttattaattttgcaaataatcatattgaatgcaatatggatttaatcatttatctttggcttgggagggaagcttccctgcccctcttcaccctcaggggatag
cattggggggggcattgagctttcctcatgtgatgcctcttccacaggagtctttggttctcagcagaacttgaatgcatgtgtgattcagatttgttttctattccttgatcttagaccatagattaggagtcacctttgcacttccactttgtattttacactttttctactttgcattcccattgacctatttgtgg
tctttattggacattaataaactttttatattatcttagcttatgtggtgttagttggtcaatagaatttgaagatgcgtgttctaactgatctttagttggagtttactaaaacttgtgttgtgacaatcagtctttgttaactccccttgtatatatatgtttccaaatgtctcaaatccttcattcttaattattta
aaaagatgttgccatggcttaagtagtgtttttgttcgacagATGCTGGTAAATCAACAACTGGTGGGCAAATATTATATCTATCTAAAATGGTGGATGAACGTACAATTCAAAAATATGAAAAAGAAGCGAAGGAGAAGAACCGAGAAAGTTGGTATATGGCATATATCATGGACACAAATGAAGAAGAACGAACAAAG
GGAAAAACAGTGGAGGTTGGTAGAGCTCATTTTGAAACTGAGAAATCAAGGTTCACAATCCTAGATGCTCCAGGACACAAAAGCTATGTTCCGAACATGATCAGTGGTGCATCACAAGCTGATGTGGGAGTTCTGGTGATATCAGCTCGAAAGGGTGAGTTTGAGACTGGATTTGAAAGAGGTGGGCAGACAAGAGAGCA
TGCTATGTTGGCGAAAACATTAGGAATTAGTAAATTATTTGTTGTGGTTAATAAAATGGATGATCCTTCAGTTGAGTGGGACAAGGACAGGTTTGATGAAATTGAGAAGAAGATAAGCCCCTTTTTGAAGTCCTGTGGCTACAATTTAAAGAAAGATGTGCAGTTTCTTCCAATTTCGGCTCTTCATGGTACTAACATGC
AAGACAAGGTCCCAAAAAATGTCTGTGGATGGTGGAATGGTCCTTGCCTTTTTGAAGCTTTGGATGCTGTTGAATTACCTCCAAGAGATCCTCGAGGTCCTTTTAGGATGCCATTAATAGATAGATTCAAGGATATGGGAACTGTGGTTATGGGAAAAATAGAGTCAGGCACTGTAACACAAGGAGACAGCTTAATGATA
ATGCCAAATAAGGTTCACGTGAAAGTTGTAGCTGTATATCGTGAGAGCGACGAACTAAAATATGCAAGACCTGGAGAAAATGTTAGAGTGAAATTATCTGGTGTTGAAGAAGATGATATCTCTACAGGATTTGTTTTGTCTTCCATTTCCAATCCGATTCATGCAGTGCTGGAGTTTACTGCACAGTTACAGATATTGGA
ACTACTGGAACATAAAGCAATATTTACTGCTGGTTATAAAGCTGTACTGCATATTCATTCTGTTGTTGAGGAATGCGAGATAATGGAGCTGTTAGAGCAAATTGATCCAAGGACGAAAAAGCCAATGAAAAAGAAGATTCTTTTTGTTAAAACTGGAGCAGTTGTGATGTGTCGCATCCAGGTAAATGACACTATCTGTG
TTGAGAAGTTCTCTGATTTTCCTCAACTCGGAAGGTTCACACTTCGTGATGAAGGTAAAACAGTCGCAATTGGAAAAGTCATGAAGCTCCCAACTGTTGCAGGCAGTGCATAACAACCAAACAGAAGTTCACTTAGATTATCCCTCGGCGAAGATTCCATATGCACGAGTAAAACAAGAGGGGCCTAGAGGGATTCTTTA
GTTCATCTTTCTGCACAGATCATGTGAGTCAACCTGTGAAATCGTTTCAGTGTGCTGGTGCAAGGTGAAATATTTATGACTAGAACTCTGTCTTCAAGTGAAGAATGATGCAAGCGATGGATAAAGCTTTTCATTGTGGTAGCTCTGAAGGGTTAAATATATAGAATGCTTGCTGTTTTTGCAAGCCTGAATTCTACCAT
GTCATGGAGGCATTAAAACACGAATACACAGATTTAACACAATTAGGTGTTACTATATAATGCGAACCTCAATTATAGGTCTGTTTGTAACTGGTTTATATTTTGTTCAATGATCGTGTGATTTATTTGGTCTTACATAAGAGTTGTAACATTTTCAGTGATTTCTTGCGCTGCAATGGCATCAGCATTATTTGTTCAGC
TTATATTAAAGATACGTTTATCAGCATTCTATGGTTCGGCCTTTTCTAGTGATCTTATGGCTTGAACGTTATTACTGAATGGCTTTTTATATCAACATTTATTTTGTTTCATGTTCTTTTGAATATTTGGAACTATGATTTGCTCTGGCTGCTCTATGTATGTAAGATAACCATTTTTTCATTATAAGCATATTTTGCTG
TGGTGAGAAAATGTTCTGCTGTCTTTCACTTTGGGAGTTCACCTAGAAATCCCGGTGCCACGATTTTTTATATAAAGAATCTATCAGGTTTGTGTGAGAGCTTGGCTATAGTATTTACTGTTTATGATTGCTCTTCGATTTCCCTAAGCTGGA
Intron 5 GTAACTCGCT ... TCTTTTCTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 84.35 | 9 | 34 | 63 |
| A2 | 90.31 | 5 | 35.2 | 58 |
| A3 | 81.95 | 12 | 31 | 78 |
| A4 | 84 | 8 | 28 | 56 |
| A5 | 74.92 | 9 | 12.8 | 41 |
| A6 | 85.37 | 3 | 12 | 23 |
| A7 | 81.78 | 17.6 | 56 | 102 |
| A8 | 80 | 7 | 15 | 41 |
| A9 | 74.11 | 27 | 37.6 | 117 |
| A10 | 78.54 | 22 | 41 | 120 |
>TRINITY_DN126633_c1_g3_i14 from sample A1 / Example spliced isoformCCGCATCCTAAAGCGATTTCAGATCCGCATTAAGTTCTCAAAGAGTGACTGATAACTCACAGAAAGAAGCGCAGGATCACTCTACCGAGTGGGGCATTTATTTTGAAGGTGTTCCTTTGGCTTAATTTGACTAAGATTCAATTAACTACAGCCGATCCTCAAAACAAAACCCCAGAATGGCCGAACCAGACTCCTGGGAG
GAGATGGATGCCCAGCCTTCGCATTCTTCAGCTTCTGCATCATCGATGCATTCAAAATTGAATGCAAACGCCCCGTCGTTTACATTTAATGTTAACGCCCCTGCTTTTTCACCGGTTCCGAACGCCGCCTATATTCCGGCGCAATCTAGTAAGCCGCAGACCTTTTATCCGACCAATCCCGCGAACTCCATCAATCCTCA
ATTCGTAAACCCTACAAACCCTGTAAACCCTATCAACCCTATCAATCCCTCTGCAGGGGTGCCCCTTCCCTACGCTCCGGGGGCCGTTCCGCCGTATGTCGCACCTTCGCACCCCCCTGCTGTCGACTACCAAATGGCGGATGTTGCCTCGAAAATTGGAACCCTACAACAATCCGAGTGCGAGGAAGGGTTTCATGCGA
ATCCCCGGAATCCTGGTGAGAGTAATGAAACGAAGCCGGAGTTAACGAATAAGGATGTTGAGATGGAAGTGGATGATGGATCTGCTAAAGCCGAAGCAAAGGGTACAGCGGCCGCCAACGGCGAGAGTAACGGTGCGTTGAGAGGTTATGAGGAGCAGGTTGTATCTAATTTGAAATCGTTGAAATTAAAGGACATGGAA
CAGAATAAAGAAGTTGACATTAAGAATGAAGAAATGGCTCAAGCACATTTTGAGGATTCTCAACAACCAGATGAAGATGTGGAAGCGAAGCCGCACATGAATGTTGTCTTTATTGGTCATGTTGGTGGGTATAATTTTCATTTATTGCCTTGGATGACATAGTTAGGATTGTTTTTAAAATTCATGCTTTTGATTTTCTC
TCATGCAGTTGCATTTCCATCGAGGCAATGCCATTTTTCTCCTATATGCTCATGGATCTAGATGCACAAGAAAATTTTGAGCAATGATAATGAAAAAAAACACCACCTTTAAGTGTTTAATTGATCCAATTTTTCATTTGTCTTATTTGTAAATAGCCTATATTGGACATTTCAAATTGATTTTTTGGGCCAACTATTCC
TTTTTGTTATTAATTTTGCAAATAATCATATTGAATGCAATATGGATTTAATCATTTATCTTTGGCTTGGGAGGGAAGCTTCCCTGCCCCTCTTCACCCTCAGGGGATAGCATTGGGGGGGGCATTGAGCTTTCCTCATGTGATGCCTCTTCCACAGGAGTCTTTGGTTCTCAGCAGAACTTGAATGCATGTGTGATTCA
GATTTGTTTTCTATTCCTTGATCTTAGACCATAGATTAGGAGTCACCTTTGCACTTCCACTTTGTATTTTACACTTTTTCTACTTTGCATTCCCATTGACCTATTTGTGGTCTTTATTGGACATTAATAAACTTTTTATATTATCTTAGCTTATGTGGTGTTAGTTGGTCAATAGAATTTGAAGATGCGTGTTCTAACTG
ATCTTTAGTTGGAGTTTACTAAAACTTGTGTTGTGACAATCAGTCTTTGTTAACTCCCCTTGTATATATATGTTTCCAAATGTCTCAAATCCTTCATTCTTAATTATTTAAAAAGATGTTGCCATGGCTTAAGTAGTGTTTTTGTTCGACAGATGCTGGTAAATCAACAACTGGTGGGCAAATATTATATCTATCTAAAA
TGGTGGATGAACGTACAATTCAAAAATATGAAAAAGAAGCGAAGGAGAAGAACCGAGAAAGTTGGTATATGGCATATATCATGGACACAAATGAAGAAGAACGAACAAAGGGAAAAACAGTGGAGGTTGGTAGAGCTCATTTTGAAACTGAGAAATCAAGGTTCACAATCCTAGATGCTCCAGGACACAAAAGCTATGTT
CCGAACATGATCAGTGGTGCATCACAAGCTGATGTGGGAGTTCTGGTGATATCAGCTCGAAAGGGTGAGTTTGAGACTGGATTTGAAAGAGGTGGGCAGACAAGAGAGCATGCTATGTTGGCGAAAACATTAGGAATTAGTAAATTATTTGTTGTGGTTAATAAAATGGATGATCCTTCAGTTGAGTGGGACAAGGACAG
GTTTGATGAAATTGAGAAGAAGATAAGCCCCTTTTTGAAGTCCTGTGGCTACAATTTAAAGAAAGATGTGCAGTTTCTTCCAATTTCGGCTCTTCATGGTACTAACATGCAAGACAAGGTCCCAAAAAATGTCTGTGGATGGTGGAATGGTCCTTGCCTTTTTGAAGCTTTGGATGCTGTTGAATTACCTCCAAGAGATC
CTCGAGGTCCTTTTAGGTATAATACATGCTAAGTTTCAATTAAAAGTGTTTATTTCTTCCTTTCGCAGGATACTTTGATAATTGGTATCTTGACAACAGATATGCAGG
>TRINITY_DN126633_c1_g3_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:CCGCATCCTAAAGCGATTTCAGATCCGCATTAAGTTCTCAAAGAGTGACTGATAACTCACAGAAAGAAGCGCAGGATCACTCTACCGAGTGGGGCATTTATTTTGAAGgtaactcgctctgaatttgttggtgaacgcacggaactgtaaggattcttgcccttgcctctcatctgtgattttgtctctcttttctagGT
GTTCCTTTGGCTTAATTTGACTAAGATTCAATTAACTACAGCCGATCCTCAAAACAAAACCCCAGAATGGCCGAACCAGACTCCTGGGAGGAGATGGATGCCCAGCCTTCGCATTCTTCAGCTTCTGCATCATCGATGCATTCAAAATTGAATGCAAACGCCCCGTCGTTTACATTTAATGTTAACGCCCCTGCTTTTTC
ACCGGTTCCGAACGCCGCCTATATTCCGGCGCAATCTAGTAAGCCGCAGACCTTTTATCCGACCAATCCCGCGAACTCCATCAATCCTCAATTCGTAAACCCTACAAACCCTGTAAACCCTATCAACCCTATCAATCCCTCTGCAGGGGTGCCCCTTCCCTACGCTCCGGGGGCCGTTCCGCCGTATGTCGCACCTTCGC
ACCCCCCTGCTGTCGACTACCAAATGGCGGATGTTGCCTCGAAAATTGGAACCCTACAACAATCCGAGTGCGAGGAAGGGTTTCATGCGAATCCCCGGAATCCTGGTGAGAGTAATGAAACGAAGCCGGAGTTAACGAATAAGGATGTTGAGATGGAAGTGGATGATGGATCTGCTAAAGCCGAAGCAAAGGGTACAGCG
GCCGCCAACGGCGAGAGTAACGGTGCGTTGAGAGGTTATGAGGAGCAGGTTGTATCTAATTTGAAATCGTTGAAATTAAAGGACATGGAACAGAATAAAGTTGACATTAAGAATGAAGAAATGGCTCAAGCACATTTTGAGGATTCTCAACAACCAGATGAAGATGTGGAAGCGAAGCCGCACATGAATGTTGTCTTTAT
TGGTCATGTTGATGCTGGTAAATCAACAACTGGTGGGCAAATATTATATCTATCTAAAATGGTGGATGAACGTACAATTCAAAAATATGAAAAAGAAGCGAAGGAGAAGAACCGAGAAAGTTGGTATATGGCATATATCATGGACACAAATGAAGAAGAACGAACAAAGGGAAAAACAGTGGAGGTTGGTAGAGCTCATT
TTGAAACTGAGAAATCAAGGTTCACAATCCTAGATGCTCCAGGACACAAAAGCTATGTTCCGAACATGATCAGTGGTGCATCACAAGCTGATGTGGGAGTTCTGGTGATATCAGCTCGAAAGGGTGAGTTTGAGACTGGATTTGAAAGAGGTGGGCAGACAAGAGAGCATGCTATGTTGGCGAAAACATTAGGAATTAGT
AAATTATTTGTTGTGGTTAATAAAATGGATGATCCTTCAGTTGAGTGGGACAAGGACAGGTTTGATGAAATTGAGAAGAAGATAAGCCCCTTTTTGAAGTCCTGTGGCTACAATTTAAAGAAAGATGTGCAGTTTCTTCCAATTTCGGCTCTTCATGGTACTAACATGCAAGACAAGGTCCCAAAAAATGTCTGTGGATG
GTGGAATGGTCCTTGCCTTTTTGAAGCTTTGGATGCTGTTGAATTACCTCCAAGAGATCCTCGAGGTCCTTTTAGGATGCCATTAATAGATAGATTCAAGGATATGGGAACTGTGGTTATGGGAAAAATAGAGTCAGGCACTGTAACACAAGGAGACAGCTTAATGATAATGCCAAATAAGGTTCACGTGAAAGTTGTAG
CTGTATATCGTGAGAGCGACGAACTAAAATATGCAAGACCTGGAGAAAATGTTAGAGTGAAATTATCTGGTGTTGAAGAAGATGATATCTCTACAGGATTTGTTTTGTCTTCCATTTCCAATCCGATTCATGCAGTGCTGGAGTTTACTGCACAGTTACAGATATTGGAACTACTGGAACATAAAGCAATATTTACTGCT
GGTTATAAAGCTGTACTGCATATTCATTCTGTTGTTGAGGAATGCGAGATAATGGAGCTGTTAGAGCAAATTGATCCAAGGACGAAAAAGCCAATGAAAAAGAAGATTCTTTTTGTTAAAACTGGAGCAGTTGTGATGTGTCGCATCCAGGTAAATGACACTATCTGTGTTGAGAAGTTCTCTGATTTTCCTCAACTCGG
AAGGTTCACACTTCGTGATGAAGGTAAAACAGTCGCAATTGGAAAAGTCATGAAGCTCCCAACTGTTGCAGGCAGTGCATAACAACCAAACAGAAGTTCACTTAGATTATCCCTCGGCGAAGATTCCATATGCACGAGTAAAACAAGAGGGGCCTAGAGGGATTCTTTAGTTCATCTTTCTGCACAGATCATGTGAGTCA
ACCTGTGAAATCGTTTCAGTGTGCTGGTGCAAGGTGAAATATTTATGACTAGAACTCTGTCTTCAAGTGAAGAATGATGCAAGCGATGGATAAAGCTTTTCATTGTGGTAGCTCTGAAGGGTTAAATATATAGAATGCTTGCTGTTTTTGCAAGCCTGAATTCTACCATGTCATGGAGGCATTAAAACACGAATACACAG
ATTTAACACAATTAGGTGTTACTATATAATGCGAACCTCAATTATAGGTCTGTTTGTAACTGGTTTATATTTTGTTCAATGATCGTGTGATTTATTTGGTCTTACATAAGAGTTGTAACATTTTCAGTGATTTCTTGCGCTGCAATGGCATCAGCATTATTTGTTCAGCTTATATTAAAGATACGTTTATCAGCATTCTA
TGGTTCGGCCTTTTCTAGTGATCTTATGGCTTGAACGTTATTACTGAATGGCTTTTTATATCAACATTTATTTTGTTTCATGTTCTTTTGAATATTTGGAACTATGATTTGCTCTGGCTGCTCTATGTATGTAAGATAACCATTTTTTCATTATAAGCATATTTTGCTGTGGTGAGAAAATGTTCTGCTGTCTTTCACTT
TGGGAGTTCACCTAGAAATCCCGGTGCCACGATTTTTTATATAAAGAATCTATCAGGTTTGTGTGAGAGCTTGGCTATAGTATTTACTGTTTATGATTGCTCTTCGATTTCCCTAAGCTGGA
Intron 6 GTAAGTTTCA ... TATTTTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 18.35 | 308 | 91.4 | 47 |
| A2 | 14.77 | 311 | 70.8 | 37 |
| A3 | 15.98 | 338 | 81.6 | 47 |
| A4 | 20.28 | 212 | 48.9 | 59 |
| A5 | 21.74 | 123 | 43.4 | 25 |
| A6 | 14.27 | 333 | 89 | 22 |
| A7 | 15.52 | 872 | 223.7 | 97 |
| A8 | 16.74 | 590 | 126.5 | 111 |
| A9 | 15.71 | 818 | 180.9 | 124 |
| A10 | 15.3 | 878 | 193.3 | 124 |
>TRINITY_DN126633_c1_g3_i2 from sample A1 / Example spliced isoformCCGCATCCTAAAGCGATTTCAGATCCGCATTAAGTTCTCAAAGAGTGACTGATAACTCACAGAAAGAAGCGCAGGATCACTCTACCGAGTGGGGCATTTATTTTGAAGGTAACTCGCTCTGAATTTGTTGGTGAACGCACGGAACTGTAAGGATTCTTGCCCTTGCCTCTCATCTGTGATTTTGTCTCTCTTTTCTAGGT
GTTCCTTTGGCTTAATTTGACTAAGATTCAATTAACTACAGCCGATCCTCAAAACAAAACCCCAGAATGGCCGAACCAGACTCCTGGGAGGAGATGGATGCCCAGCCTTCGCATTCTTCAGCTTCTGCATCATCGATGCATTCAAAATTGAATGCAAACGCCCCGTCGTTTACATTTAATGTTAACGCCCCTGCTTTTTC
ACCGGTTCCGAACGCCGCCTATATTCCGGCGCAATCTAGTAAGCCGCAGACCTTTTATCCGACCAATCCCGCGAACTCCATCAATCCTCAATTCGTAAACCCTACAAACCCTGTAAACCCTATCAACCCTATCAATCCCTCTGCAGGGGTGCCCCTTCCCTACGCTCCGGGGGCCGTTCCGCCGTATGTCGCACCTTCGC
ACCCCCCTGCTGTCGACTACCAAATGGCGGATGTTGCCTCGAAAATTGGAACCCTACAACAATCCGAGTGCGAGGAAGGGTTTCATGCGAATCCCCGGAATCCTGGTGAGAGTAATGAAACGAAGCCGGAGTTAACGAATAAGGATGTTGAGATGGAAGTGGATGATGGATCTGCTAAAGCCGAAGCAAAGGGTACAGCG
GCCGCCAACGGCGAGAGTAACGGTGCGTTGAGAGGTTATGAGGAGCAGGTTGTATCTAATTTGAAATCGTTGAAATTAAAGGACATGGAACAGAATAAAGTTGACATTAAGAATGAAGAAATGGCTCAAGCACATTTTGAGGATTCTCAACAACCAGATGAAGATGTGGAAGCGAAGCCGCACATGAATGTTGTCTTTAT
TGGTCATGTTGATGCTGGTAAATCAACAACTGGTGGGCAAATATTATATCTATCTAAAATGGTGGATGAACGTACAATTCAAAAATATGAAAAAGAAGCGAAGGAGAAGAACCGAGAAAGTTGGTATATGGCATATATCATGGACACAAATGAAGAAGAACGAACAAAGGGAAAAACAGTGGAGGTTGGTAGAGCTCATT
TTGAAACTGAGAAATCAAGGTTCACAATCCTAGATGCTCCAGGACACAAAAGCTATGTTCCGAACATGATCAGTGGTGCATCACAAGCTGATGTGGGAGTTCTGGTGATATCAGCTCGAAAGGGTGAGTTTGAGACTGGATTTGAAAGAGGTGGGCAGACAAGAGAGCATGCTATGTTGGCGAAAACATTAGGAATTAGT
AAATTATTTGTTGTGGTTAATAAAATGGATGATCCTTCAGTTGAGTGGGACAAGGACAGGTTTGATGAAATTGAGAAGAAGATAAGCCCCTTTTTGAAGTCCTGTGGCTACAATTTAAAGAAAGATGTGCAGTTTCTTCCAATTTCGGCTCTTCATGGTACTAACATGCAAGACAAGGTCCCAAAAAATGTCTGTGGATG
GTGGAATGGTCCTTGCCTTTTTGAAGCTTTGGATGCTGTTGAATTACCTCCAAGAGATCCTCGAGGTCCTTTTAGGATGCCATTAATAGATAGATTCAAGGATATGGGAACTGTGGTTATGGGAAAAATAGAGTCAGGCACTGTAACACAAGGAGACAGCTTAATGATAATGCCAAATAAGGTTCACGTGAAAGTTGTAG
CTGTATATCGTGAGAGCGACGAACTAAAATATGCAAGACCTGGAGAAAATGTTAGAGTGAAATTATCTGGTGTTGAAGAAGATGATATCTCTACAGGATTTGTTTTGTCTTCCATTTCCAATCCGATTCATGCAGTGCTGGAGTTTACTGCACAGTTACAGATATTGGAACTACTGGAACATAAAGCAATATTTACTGCT
GGTTATAAAGCTGTACTGCATATTCATTCTGTTGTTGAGGAATGCGAGATAATGGAGCTGTTAGAGCAAATTGATCCAAGGACGAAAAAGCCAATGAAAAAGAAGATTCTTTTTGTTAAAACTGGAGCAGTTGTGATGTGTCGCATCCAGGTAAATGACACTATCTGTGTTGAGAAGTTCTCTGATTTTCCTCAACTCGG
AAGGTTCACACTTCGTGATGAAGGTAAAACAGTCGCAATTGGAAAAGTCATGAAGCTCCCAACTGTTGCAGGCAGTGCATAACAACCAAACAGAAGTTCACTTAGATTATCCCTCGGCGAAGATTCCATATGCACGAGTAAAACAAGAGGGGCCTAGAGGGATTCTTTAGTTCATCTTTCTGCACAGATCATGTGAGTCA
ACCTGTGAAATCGTTTCAGTGTGCTGGTGCAAGGTGAAATATTTATGACTAGAACTCTGTCTTCAAGTGAAGAATGATGCAAGCGATGGATAAAGCTTTTCATTGTGGTAGCTCTGAAGGGTTAAATATATAGAATGCTTGCTGTTTTTGCAAGCCTGAATTCTACCATGTCATGGAGGCATTAAAACACGAATACACAG
ATTTAACACAATTAGGTGTTACTATATAATGCGAACCTCAATTATAGGTCTGTTTGTAACTGGTTTATATTTTGTTCAATGATCGTGTGATTTATTTGGTCTTACATAAGAGTTGTAACATTTTCAGTGATTTCTTGCGCTGCAATGGCATCAGCATTATTTGTTCAGCTTATATTAAAGATACGTTTATCAGCATTCTA
TGGTTCGGCCTTTTCTAGTGATCTTATGGCTTGAACGTTATTACTGAATGGCTTTTTATATCAACATTTATTTTGTTTCATGTTCTTTTGAATATTTGGAACTATGATTTGCTCTGGCTGCTCTATGTATGTAAGATAACCATTTTTTCATTATAAGCATATTTTGCTGTGGTGAGAAAATGTTCTGCTGTCTTTCACTT
TGGGAGTTCACCTAGAAATCCCGGTGCCACGATTTTTTATATAAAGAATCTATCAGGTTTGTGTGAGAGCTTGGCTATAGTATTTACTGTTTATGATTGCTCTTCGATTTCCCTAAGCTGGA
>TRINITY_DN126633_c1_g3_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:CCAGGGTTCATCTAACCTCTCTATTGCTCTTTCATTTCAAAACTCAAAGGGAGGAGAAGGGATGTGTACCTGGTTTGGGGCTTTTGAAGTTATCTCTATTCTTGGATCAAACCCTAGCAGCCAGTGTTTTAATTAATAAACCTGCTCTGCTCAGAACAGTGATCCTCCCTCAAGAACCATCTTTATCTTATATCAAAGCA
GTTTTCACCAAAAAATACTTCTTGGCAGCACCAACTGATAATCTATGTTTAATTGCAATCACTATTGACACAGCTGGTGGTTAACATTAATGATCGGTCTATGGTCTTTGCTGAAATTTTCCTCCAAAATGTTTAGCAGCTCTTCCTCTGACAATGTAGAGAAAAACAAAAGTTGTATTTTTGCCATAGGTTATACAAAT
TATATAGCTTTTGTTACCTTGGCTAAAGTCTATTGTTTCCAAGGGATTTGATGAGATTTACAAAGGCAGATTCTAACTTGGTATATATTTTATCTAATCAGTAAGTCCCTTGTAGTGCTCTTCTCTATTCTAAACTAGAAGAACACCTTCTTGGGGTTTAATTATTATTAATTTGTCGTAAACATAATATCATTTGATGG
TGGTTTTGGTTCGTCTTCTAATCGATAGGCATCGTTTGGTCAGTGTCGACTTCATGAAGTTGGCAATGTAGATCGATGTTGATTTTGTGTATTGACAGTTGGTTTCTTGATGTTTTATGGTTAGATCAATGCTTTTGAACTTTTATATCTATGCGTGATACAACTTGTGGTTTAAGTTGGTATCATTGAAATTGCTCTTT
TATTTTGAGGAAAACATGTCCCTCGTTATTGGGGCAGTAGAATGGGTTTTCTATATTTTGCTGCTGTTGCATCTGAAGTATATGATGCAGAATTGGAGGTGATAGAACAGGCATGTCTTATTGTCTTATAATGGAGATTTTATGTGATTGGTTTGGAGTATAAACCCGAAAAATCAATATGCTTTGAATGATGACTTTGC
ACAGGTATATGGCATATATCATGGACACAAATGAAGAAGAACGAACAAAGGGAAAAACAGTGGAGGTTGGTAGAGCTCATTTTGAAACTGAGAAATCAAGGTTCACAATCCTAGATGCTCCAgtaagtttcacaattgctcattttttggtcagttgatatatagttataatcaatgttcctccatttttttgggatgca
gcagtggggaaactcatttgtggaatgtgtgcaagcacccctacaaattatagggaatgtctcaggggatgtcgtggtccttgacatagggaacttcgcttgaaatactaaaagaaggaaattaaaatatacaaatgttgaaacttgaaacataaatcatttaaattctatacataacaatgcacctataccatacactg
ttaatgtaacataataaatcatacatgatgcatgtaattatgtaacataaagtaataatcatgattcacaaatcattgaaatcttatacataacaatgcaggaaaaaaataaatgaacggaaaaaatacatcattatatgtaacataataaatcataaatggtatgtataatgatgtagtgtatgtataatgatgtagca
taacataataatcatgattcacaaattacctatccccatttgcatttcttaatatatttagaaaatttggaagatatatatccaagtcttaagatttttgatctaagaataggtcaaatgacaaatgagcattattaggtgaggcaatgccccaatagtctatgcatccaactactgcaggaaggaataaggaccaacca
tggaaatgttgttatctgaatcagaatcatttgcattctcaataatactaaatgggacactgaccaattcatgtttgtgccttatcaggcctctcctcatcctacctatgcattaggtttactctatgtttgtaaattttatcctcaaaatgacagactttggtcaaaagggagtgtggggagtgtgtccccaacccttc
agaatccgttcaagtaacactagttatctgaatcaggattatttttattctgaagaatactcagtggcacactaaccaacctgagttttgccgcattaaatcactcctcatctacctgtgtgttcggtttacactacttttctgtcattttattccttgaaatgatactctttggtcaaacgtaggcatgggaccatcac
atttttttgatgggacatggggaaatgtctcacttgcatagtggcttatgtattgacgtccgagcttatttgtcaggcagagcttctaaaggtctccactttgaagggagggtagtaggtatgaatggggagcggatccttccctcattgggatatttttgcaacttcttctgttggacatgttccttttattggttgaa
attattctggaattgatttgaagtacctgctattattcattgtttccatttcgtgtttatgttttttagtggtctaacgttcttttcagctatgatgcagtaatttctgttacgtaagaagcatacttttcttaaatctcagtttgacaattgtttttattttgtagGGACACAAAAGCTATGTTCCGAACATGATCAGT
GGTGCATCACAAGCTGATGTGGGAGTTCTGGTGATATCAGCTCGAAAGGGTGAGTTTGAGACTGGATTTGAAAGAGGTGGGCAGACAAGAGAGCATGCTATGTTGGCGAAAACATTAGGAATTAGTAAATTATTTGTTGTGGTTAATAAAATGGATGATCCTTCAGTTGAGTGGGACAAGGACAGGTTTGATGAAATTGA
GAAGAAGATAAGCCCCTTTTTGAAGTCCTGTGGCTACAATTTAAAGAAAGATGTGCAGTTTCTTCCAATTTCGGCTCTTCATGGTACTAACATGCAAGACAAGGTCCCAAAAAATGTCTGTGGATGGTGGAATGGTCCTTGCCTTTTTGAAGCTTTGGATGCTGTTGAATTACCTCCAAGAGATCCTCGAGGTCCTTTTA
GGATGCCATTAATAGATAGATTCAAGGATATGGGAACTGTGGTTATGGGAAAAATAGAGTCAGGCACTGTAACACAAGGAGACAGCTTAATGATAATGCCAAATAAGGTTCACGTGAAAGTTGTAGCTGTATATCGTGAGAGCGACGAACTAAAATATGCAAGACCTGGAGAAAATGTTAGAGTGAAATTATCTGGTGTT
GAAGAAGATGATATCTCTACAGGATTTGTTTTGTCTTCCATTTCCAATCCGATTCATGCAGTGCTGGAGTTTACTGCACAGTTACAGATATTGGAACTACTGGAACATAAAGCAATATTTACTGCTGGTTATAAAGCTGTACTGCATATTCATTCTGTTGTTGAGGAATGCGAGATAATGGAGCTGTTAGAGCAAATTGA
TCCAAGGACGAAAAAGCCAATGAAAAAGAAGATTCTTTTTGTTAAAACTGGAGCAGTTGTGATGTGTCGCATCCAGGTAAATGACACTATCTGTGTTGAGAAGTTCTCTGATTTTCCTCAACTCGGAAGGTTCACACTTCGTGATGAAGGTAAAACAGTCGCAATTGGAAAAGTCATGAAGCTCCCAACTGTTGCAGGCA
GTGCATAACAACCAAACAGAAGTTCACTTAGATTATCCCTCGGCGAAGATTCCATATGCACGAGTAAAACAAGAGGGGCCTAGAGGGATTCTTTAGTTCATCTTTCTGCACAGATCATGTGAGTCAACCTGTGAAATCGTTTCAGTGTGCTGGTGCAAGGTGAAATATTTATGACTAGAACTCTGTCTTCAAGTGAAGAA
TGATGCAAGCGATGGATAAAGCTTTTCATTGTGGTAGCTCTGAAGGGTTAAATATATAGAATGCTTGCTGTTTTTGCAAGCCTGAATTCTACCATGTCATGGAGGCATTAAAACACGAATACACAGATTTAACACAATTAGGTGTTACTATATAATGCGAACCTCAATTATAGGTCTGTTTGTAACTGGTTTATATTTTG
TTCAATGATCGTGTGATTTATTTGGTCTTACATAAGAGTTGTAACATTTTCAGTGATTTCTTGCGCTGCAATGGCATCAGCATTATTTGTTCAGCTTATATTAAAGATACGTTTATCAGCATTCTATGGTTCGGCCTTTTCTAGTGATCTTATGGCTTGAACGTTATTACTGAATGGCTTTTTATATCAACATTTATTTT
GTTTCATGTTCTTTTGAATATTTGGAACTATGATTTGCTCTGGCTGCTCTATGTATGTAAGATAACCATTTTTTCATTATAAGCATATTTTGCTGTGGTGAGAAAATGTTCTGCTGTCTTTCACTTTGGGAGTTCACCTAGAAATCCCGGTGCCACGATTTTTTATATAAAGAATCTATCAGGTTTGTGTGAGAGCTTGG
CTATAGTATTTACTGTTTATGATTGCTCTTCGATTTCCCTAAGCTGGA
Intron 7 GTCAGTGGAC ... CTGATTCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 23.41 | 337 | 103 | 3 |
| A2 | 26.23 | 239 | 85 | 3 |
| A3 | 21.7 | 314 | 87 | 2 |
| A4 | 23.97 | 241 | 76 | 14 |
| A5 | 31.41 | 107 | 49 | 0 |
| A6 | 19.43 | 394 | 95 | 0 |
| A7 | 21.81 | 785 | 219 | 3 |
| A8 | 20.86 | 641 | 169 | 1 |
| A9 | 20.63 | 704 | 183 | 0 |
| A10 | 21.94 | 676 | 190 | 0 |
>TRINITY_DN103931_c3_g3_i3 from sample A4 / Example spliced isoformACCCTACAAACCCTGTAAACCCTATCAACCCTATCAATCCCTCTGCAGGGGTGCCCCTTCCCTACGCTCCGGGGGCCGTTCCGCCGTATGTCGCACCTTCGCACCCCCCTGCTGTCGACTACCAAATGGCGGATGTTGCCTCGAAAATTGGAACCCTACAACAATCCGAGTGCGAGGAAGGGTTTCATGCGAATCCCCGG
ACCCTACAAACCCTGTAAACCCTATCAACCCTATCAATCCCTCTGCAGGGGTGCCCCTTCCCTACGCTCCGGGGGCCGTTCCGCCGTATGTCGCACCTTCGCACCCCCCTGCTGTCGACTACCAAATGGCGGATGTTGCCTCGAAAATTGGAACCCTACAACAATCCGAGTGCGAGGAAGGGTTTCATGCGAATCCCCGG
AATCCTGGTGAGAGTAATGAAACGAAGCCGGAGTTAACGAATAAGGATGTTGAGATGGAAGTGGATGATGGATCTGCTAAAGCCGAAGCAAAGGGTACAGCGGCCGCCAACGGCGAGAGTAACGGTGCGTTGAGAGGTTATGAGGAGCAGGTTGTATCTAATTTGAAATCGTTGAAATTAAAGGACATGGAACAGAATAA
AGAAGTTGACATTAAGAATGAAGAAATGGCTCAAGCACATTTTGAGGATTCTCAACAACCAGATGAAGATGTGGAAGCGAAGCCGCACATGAATGTTGTCTTTATTGGTCATGTTGATGCTGGTAAATCAACAACTGGTGGGCAAATATTATATCTATCTAAAATGGTGGATGAACGTACAATTCAAAAATATGAAAAAG
AAGCGAAGGAGAAGAACCGAGAAAGTTGGTATATGGCATATATCATGGACACAAATGAAGAAGAACGAACAAAGGGAAAAACAGTGGAGGTTGGTAGAGCTCATTTTGAAACTGAGAAATCAAGGTTCACAATCCTAGATGCTCCAGGACACAAAAGCTATGTTCCGAACATGATCAGTGGTGCATCACAAGCTGATGTG
GGAGTTCTGGTGATATCAGCTCGAAAGGGTGAGTTTGAGACTGGATTTGAAAGAGGTGGGCAGACAAGAGAGCATGCTATGTTGGCGAAAACATTAGGAATTAGTAAATTATTTGTTGTGGTTAATAAAATGGATGATCCTTCAGTTGAGTGGGACAAGGACAGGTTTGATGAAATTGAGAAGAAGATAAGCCCCTTTTT
GAAGTCCTGTGGCTACAATTTAAAGAAAGATGTGCAGTTTCTTCCAATTTCGGCTCTTCATGGTACTAACATGCAAGACAAGGTCCCAAAAAATGTCTGTGGATGGTGGAATGGTCCTTGCCTTTTTGAAGCTTTGGATGCTGTTGAATTACCTCCAAGAGATCCTCGAGGTCCTTTTAGGATGCCATTAATAGATAGAT
TCAAGGATATGGGAACTGTGGTTATGGGAAAAATAGAGTCAGGCACTGTAACACAAGGAGACAGCTTAATGATAATGCCAAATAAGGTTCACGTGAAAGTTGTAGCTGTATATCGTGAGAGCGACGAACTAAAATATGCAAGACCTGGAGAAAATGTTAGAGTGAAATTATCTGGTGTTGAAGAAGATGATATCTCTACA
GGATTTGTTTTGTCTTCCATTTCCAATCCGATTCATGCAGTGCTGGAGTTTACTGCACAGTTACAGATATTGGAACTACTGGAACATAAAGCAATATTTACTGCTGGTTATAAAGCTGTACTGCATATTCATTCTGTTGTTGAGGAATGCGAGATAATGGAGCTGTTAGAGCAAATTGATCCAAGGACAAAAAAGCCAAT
GAAAAAGAAGATTCTTTTTGTTAAAACTGGAGCAGTTGTGATGTGTCGCATCCAGGTAGATTACATTCTCTGTTTAATGTCATAACATATCCATTTTTCTTTGCTGTTGAAATGTTTCTTAATGGCTTACCAATTTTGTTATTTCAGGTAAATGACACTATCTGTGTTGAGAAGTTCTCTGATTTTCCTCAACTCGGAAG
GTTCACACTTCGTGATGAAGGTAAAACAGTCGCAATTGGAAAAGTCATGAAGCTCCCAACTGTTGCAGGCAGTGCATAACAACCAAACAGAAGTTCACTTAGATTATCCCTCGGCGAAGATTCCATATGCACGAGTAGTACGTCTGCTGCATCAATGCATTTCTTCTTCTTAAGATTTTTGGAATGGTTAATGTAAGAGG
AACATAATGTACAGGCTAAATACGAGCAATTTAGTTTTATATTACTTGCAATCTTTCATAATATATTATATTATAGGTAGCACTATTATTTTACATTAGAAATGGTTTTGGTGTTTCATTCTCATGAATTACACTTTGTTAGTGTATTACATAAATAAAATAAAGTAGTGATAATCTTTCGGAATCCTAGATCATCTCTA
TGTTCATTAATATCCCTTCCAAAATATAAGAACGAACCAAAGATAGATGCCTATTCTTTT
>TRINITY_DN103931_c3_g3_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:ACCCTACAAACCCTGTAAACCCTATCAACCCTATCAATCCCTCTGCAGGGGTGCCCCTTCCCTACGCTCCGGGGGCCGTTCCGCCGTATGTCGCACCTTCGCACCCCCCTGCTGTCGACTACCAAATGGCGGATGTTGCCTCGAAAATTGGAACCCTACAACAATCCGAGTGCGAGGAAGGGTTTCATGCGAATCCCCGG
ACCCTACAAACCCTGTAAACCCTATCAACCCTATCAATCCCTCTGCAGGGGTGCCCCTTCCCTACGCTCCGGGGGCCGTTCCGCCGTATGTCGCACCTTCGCACCCCCCTGCTGTCGACTACCAAATGGCGGATGTTGCCTCGAAAATTGGAACCCTACAACAATCCGAGTGCGAGGAAGGGTTTCATGCGAATCCCCGG
AATCCTGGTGAGAGTAATGAAACGAAGCCGGAGTTAACGAATAAGGATGTTGAGATGGAAGTGGATGATGGATCTGCTAAAGCCGAAGCAAAGGGTACAGCGGCCGCCAACGGCGAGAGTAACGGTGCGTTGAGAGGTTATGAGGAGCAGGTTGTATCTAATTTGAAATCGTTGAAATTAAAGGACATGGAACAGAATAA
AGAAGTTGACATTAAGAATGAAGAAATGGCTCAAGCACATTTTGAGGATTCTCAACAACCAGATGAAGATGTGGAAGCGAAGCCGCACATGAATGTTGTCTTTATTGGTCATGTTGATGCTGGTAAATCAACAACTGGTGGGCAAATATTATATCTATCTAAAATGGTGGATGAACGTACAATTCAAAAATATGAAAAAG
AAGCGAAGGAGAAGAACCGAGAAAGTTGGTATATGGCATATATCATGGACACAAATGAAGAAGAACGAACAAAGGGAAAAACAGTGGAGGTTGGTAGAGCTCATTTTGAAACTGAGAAATCAAGGTTCACAATCCTAGATGCTCCAGGACACAAAAGCTATGTTCCGAACATGATCAGTGGTGCATCACAAGCTGATGTG
GGAGTTCTGGTGATATCAGCTCGAAAGGGTGAGTTTGAGACTGGATTTGAAAGAGGTGGGCAGACAAGAGAGCATGCTATGTTGGCGAAAACATTAGGAATTAGTAAATTATTTGTTGTGGTTAATAAAATGGATGATCCTTCAGTTGAGTGGGACAAGGACAGgtcagtggacaggttatctgtttttgttttgtttta
tttataagtgattatatgttttcaagtctctttatgttttttctgggagaagattaatctcctttgctgctgattccagGTTTGATGAAATTGAGAAGAAGATAAGCCCCTTTTTGAAGTCCTGTGGCTACAATTTAAAGAAAGGTCATGTTATTGATGGATATTCCATTTTGTTTACCTTTATTTTGAGCTACCAAGAT
AACGATTTTGGCACTTCTATATCTATCTTTCAATTGATACTGTATGTGTTTCCCAAGG
Intron 8 GTATGATGGA ... GATATTCTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 24.2 | 307 | 9 | 98 |
| A2 | 18.7 | 300 | 0 | 69 |
| A3 | 18.86 | 327 | 8 | 76 |
| A4 | 21.09 | 202 | 5 | 54 |
| A5 | 20.14 | 111 | 4 | 28 |
| A6 | 22.33 | 313 | 0 | 90 |
| A7 | 20.94 | 789 | 0 | 209 |
| A8 | 20.46 | 626 | 2 | 161 |
| A9 | 18.81 | 764 | 0 | 177 |
| A10 | 19.16 | 810 | 0 | 192 |
>TRINITY_DN108705_c0_g1_i2 from sample A3 / Example spliced isoformGATAACTCACAGAAAGAAGCGCAGGATCACTCTACCGAGTGGGGCATTTATTTTGAAGGTAACTCGCTCTGAATTTGTTGGTGAACGCACGGAACTCCGATCCTCAAAACAAAACCCCAGAATGGCCGAACCAGACTCCTGGGAGGAGATGGATGCCCAGCCTTCGCATTCTTCAGCTTCTGCATCATTGATGCATTCAA
AATTGAATGCAAACGCCCCGTCGTTTACATTTAATGTTAACGCCCCTGCTTTTTCACCGGTTCCGAACGCCGCCTATATTCCGGCGCAATCTAGTAAGCCGCAGACCTTTTATCCGACCAATCCCGCGAACTCCATCAATCCTCAATTCGTAAACCCTACAAACCCTGTAAACCCTATCAACCCTATCAATCCCTCTGCA
GGGGTGCCCCTTCCCTACGCTCCGGGGGCCGTTCCGCCGTATGTCGCACCTTCGCACCCCCCTGCTGTCGACTACCAAATGGCGGATGTTGCCTCGAAAATTGGAACCCTACAACAATCCGAGTGCGAGGAAGGGTTTCATGCGAATCCCCGGAATCCTGGTGAGAGTAATGAAACGAAGCCGGAGTTAACGAATAAGGA
TGTTGAGATGGAAGTGGATGATGGATCTGCTAAAGCCGAAGCAAAGGGTACAGCGGCCGCCAACGGCGAGAGTAACGGTGCGTTGAGAGGTTATGAGGAGCAGGTTGTATCTAATTTGAAATCGTTGAAATTAAAGGACATGGAACAGAATAAAGAAGTTGACATTAAGAATGAAGAAATGGCTCAAGCACATTTTGAGG
ATTCTCAACAACCAGATGAAGATGTGGAAGCGAAGCCGCACATGAATGTTGTCTTTATTGGTCATGTTGATGCTGGTAAATCAACAACTGGTGGGCAAATATTATATCTATCTAAAATGGTGGATGAACGTACAATTCAAAAATATGAAAAAGAAGCGAAGGAGAAGAACCGAGAAAGTTGGTATATGGCATATATCATG
GACACAAATGAAGAAGAACGAACAAAGGGAAAAACAGTGGAGGTTGGTAGAGCTCATTTTGAAACTGAGAAATCAAGGTTCACAATCCTAGATGCTCCAGGACACAAAAGCTATGTTCCGAACATGATCAGTGGTGCATCACAAGCTGATGTGGGAGTTCTGGTGATATCAGCTCGAAAGGGTGAGTTTGAGACTGGATT
TGAAAGAGGTGGGCAGACAAGAGAGCATGCTATGTTGGCGAAAACATTAGGAATTAGTAAATTATTTGTTGTGGTTAATAAAATGGATGATCCTTCAGTTGAGTGGGACAAGGACAGGTTTGATGAAATTGAGAAGAAGATAAGCCCCTTTTTGAAGTCCTGTGGCTACAATTTAAAGAAAGATGTGCAGTTTCTTCCAA
TTTCGGCTCTTCATGGTACTAACATGCAAGACAAGGTCCCAAAAAATGTCTGTGGATGGTGGAATGGTCCTTGCCTTTTTGAAGCTTTGGATGCTGTTGAATTACCTCCAAGAGATCCTCGAGGTCCTTTTAGGATGCCATTAATAGATAGATTCAAGGATATGGGAACTGTGGTTATGGGAAAAATAGAGTCAGGCACT
GTAACACAAGGAGACAGCTTAATGATAATGCCAAATAAGGTTCACGTGAAAGTTGTAGCTGTATATCGTGAGAGCGACGAACTAAAATATGCAAGACCTGGAGAAAATGTTAGAGTGAAATTATCTGGTGTTGAAGAAGATGATATCTCTACAGGATTTGTTTTGTCTTCCATTTCCAATCCGATTCATGCAGTGCTGGA
GTTTACTGCACAGTTACAGATATTGGAACTACTGGAACATAAAGCAATATTTACTGCTGGTTATAAAGCTGTACTGCATATTCATTCTGTTGTTGAGGAATGCGAGATAATGGAGCTGTTAGAGCAAATTGATCCAAGGACGAAAAAGCCAATGAAAAAGAAGATTCTTTTTGTTAAAACTGGAGCAGTTGTGATGTGTC
GCATCCAGGTAAATGACACTATCTGTGTTGAGAAGTTCTCTGATTTTCCTCAACTCGGAAGGTTCACACTTCGTGATGAAGGTAAAACAGTCGCAATTGGAAAAGTCATGAAGCTCCCAACTGTTGCAGGCAGTGCATAACAACCAAACAGAAGTTCACTTAGATTATCCCTCGGCGAAGATTCCATATGCACGAGTAAA
ACAAGAGGGGCCTAGAGGGATTCTTTAGTTCATCTTTCTGCACAGATCATGTGAGTCAACCTGTGAAATCGTTTCAGTGTGCTGGTGCAAGGTGAAATATTTATGACTAGAACTCTGTCTTCAAGTGAAGAATGATGCAAGCGATGGATAAAGCTTTTCATTGTGGTAGCTCTGAAGGGTTAAATATATAGAATGCTTGC
TGTTTTTGCAAGCCTGAATTCTACCATGTCATGGAGGCATTAAAACACGAATACACAGATTTAACACAATTAGGTGTTACTATATAATGCGAACCTCAATTATAGGTCTGTTTGTAACTGGTTTATATTTTGTTCAATGATCGTGTGATTTATTTGGTCTTACATAAGAGTTGTAACATTTTCAGTGATTTCTTGCGCTG
CAATGGCATCAGCATTATTTGTTCAGCTTATATTAAAGATACGTTTATCAGCATTCTATGGTTCGGCCTTTTCTAGTGATCTTATGGCTTGAACGTTATTACTGAATGGCTTTTTATATCAACATTTATTTTGTTTCATGTTCTTTTGAATATTTGGAACTATGATTTGCTCTGGCTGCTC
>TRINITY_DN108705_c0_g1_i10 from sample A3 / Example unspliced isoform:CAACTTCTTCTGTTGGACATGTTCCTTTTATTGGTTGAAATTATTCTGGAATTGATTTGAAGTACCTGCTATTATTCATTGTTTCCATTTCGTGTTTATGTTTTTTAGTGGTCTAACGTTCTTTTCAGCTATGATGCAGTAATTTCTGTTACGTAAGAAGCATACTTTTCTTAAATCTCAGTTTGACAATTGTTTTTATT
TTGTAGGGACACAAAAGCTATGTTCCGAACATGATCAGTGGTGCATCACAAGCTGATGTGGGAGTTCTGgtatgatggaacttagtggttaaattatataatatatgcaatcatgttgattaatgcatgtcaacaaacattgttgacattgatacatattgagtttgctacttgaatggatattctagGTGATATCAGCT
CGAAAGGGTGAGTTTGAGACTGGATTTGAAAGAGGTGGGCAGACAAGAGAGCATGCTATGTTGGCGAAAACATTAGGAATTAGTAAATTATTTGTTGTGGTTAATAAAATGGATGATCCTTCAGTTGAGTGGGACAAGGACAGGTTTGATGAAATTGAGAAGAAGATAAGCCCCTTTTTGAAGTCCTGTGGCTACAATTT
AAAGAAAGATGTGCAGTTTCTTCCAATTTCGGCTCTTCATGGTACTAACATGCAAGACAAGGTCCCAAAAAATGTCTGTGGATGGTGGAATGGTCCTTGCCTTTTTGAAGCTTTGGATGCTGTTGAATTACCTCCAAGAGATCCTCGAGGTCCTTTTAGGATGCCATTAATAGATAGATTCAAGGATATGGGAACTGTGG
TTATGGGAAAAATAGAGTCAGGCACTGTAACACAAGGAGACAGCTTAATGATAATGCCAAATAAGGTTCACGTGAAAGTTGTAGCTGTATATCGTGAGAGCGACGAACTAAAATATGCAAGACCTGGAGAAAATGTTAGAGTGAAATTATCTGGTGTTGAAGAAGATGATATCTCTACAGGATTTGTTTTGTCTTCCATT
TCCAATCCGATTCATGCAGTGCTGGAGTTTACTGCACAGTTACAGATATTGGAACTACTGGAACATAAAGCAATATTTACTGCTGGTTATAAAGCTGTACTGCATATTCATTCTGTTGTTGAGGAATGCGAGATAATGGAGCTGTTAGAGCAAATTGATCCAAGGACGAAAAAGCCAATGAAAAAGAAGATTCTTTTTGT
TAAAACTGGAGCAGTTGTGATGTGTCGCATCCAGGTAAATGACACTATCTGTGTTGAGAAGTTCTCTGATTTTCCTCAACTCGGAAGGTTCACACTTCGTGATGAAGGTAAAACAGTCGCAATTGGAAAAGTCATGAAGCTCCCAACTGTTGCAGGCAGTGCATAACAACCAAACAGAAGTTCACTTAGATTATCCCTCG
GCGAAGATTCCATATGCACGAGTAAAACAAGAGGGGCCTAGAGGGATTCTTTAGTTCATCTTTCTGCACAGATCATGTGAGTCAACCTGTGAAATCGTTTCAGTGTGCTGGTGCAAGGTGAAATATTTATGACTAGAACTCTGTCTTCAAGTGAAGAATGATGCAAGCGATGGATAAAGCTTTTCATTGTGGTAGCTCTG
AAGGGTTAAATATATAGAATGCTTGCTGTTTTTGCAAGCCTGAATTCTACCATGTCATGGAGGCATTAAAACACGAATACACAGATTTAACACAATTAGGTGTTACTATATAATGCGAACCTCAATTATAGGTCTGTTTGTAACTGGTTTATATTTTGTTCAATGATCGTGTGATTTATTTGGTCTTACATAAGAGTTGT
AACATTTTCAGTGATTTCTTGCGCTGCAATGGCATCAGCATTATTTGTTCAGCTTATATTAAAGATACGTTTATCAGCATTCTATGGTTCGGCCTTTTCTAGTGATCTTATGGCTTGAACGTTATTACTGAATGGCTTTTTATATCAACATTTATTTTGTTTCATGTTCTTTTGAATATTTGGAACTATGATTTGCTCTG
GCTGCTC
Intron 9 GTAGATTACA ... GTTATTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 21.66 | 179 | 46 | 53 |
| A2 | 24.93 | 140 | 49 | 44 |
| A3 | 21.74 | 126 | 33 | 37 |
| A4 | 24.03 | 98 | 34 | 28 |
| A5 | 21.48 | 53 | 14 | 15 |
| A6 | 20.47 | 676 | 126 | 222 |
| A7 | 20.56 | 595 | 137 | 171 |
| A8 | 19.6 | 759 | 150 | 220 |
| A9 | 19.64 | 575 | 113 | 168 |
| A10 | 22.05 | 387 | 107 | 112 |
>TRINITY_DN103931_c3_g3_i1 from sample A4 / Example spliced isoformACCCTACAAACCCTGTAAACCCTATCAACCCTATCAATCCCTCTGCAGGGGTGCCCCTTCCCTACGCTCCGGGGGCCGTTCCGCCGTATGTCGCACCTTCGCACCCCCCTGCTGTCGACTACCAAATGGCGGATGTTGCCTCGAAAATTGGAACCCTACAACAATCCGAGTGCGAGGAAGGGTTTCATGCGAATCCCCGG
ACCCTACAAACCCTGTAAACCCTATCAACCCTATCAATCCCTCTGCAGGGGTGCCCCTTCCCTACGCTCCGGGGGCCGTTCCGCCGTATGTCGCACCTTCGCACCCCCCTGCTGTCGACTACCAAATGGCGGATGTTGCCTCGAAAATTGGAACCCTACAACAATCCGAGTGCGAGGAAGGGTTTCATGCGAATCCCCGG
AATCCTGGTGAGAGTAATGAAACGAAGCCGGAGTTAACGAATAAGGATGTTGAGATGGAAGTGGATGATGGATCTGCTAAAGCCGAAGCAAAGGGTACAGCGGCCGCCAACGGCGAGAGTAACGGTGCGTTGAGAGGTTATGAGGAGCAGGTTGTATCTAATTTGAAATCGTTGAAATTAAAGGACATGGAACAGAATAA
AGAAGTTGACATTAAGAATGAAGAAATGGCTCAAGCACATTTTGAGGATTCTCAACAACCAGATGAAGATGTGGAAGCGAAGCCGCACATGAATGTTGTCTTTATTGGTCATGTTGATGCTGGTAAATCAACAACTGGTGGGCAAATATTATATCTATCTAAAATGGTGGATGAACGTACAATTCAAAAATATGAAAAAG
AAGCGAAGGAGAAGAACCGAGAAAGTTGGTATATGGCATATATCATGGACACAAATGAAGAAGAACGAACAAAGGGAAAAACAGTGGAGGTTGGTAGAGCTCATTTTGAAACTGAGAAATCAAGGTTCACAATCCTAGATGCTCCAGGACACAAAAGCTATGTTCCGAACATGATCAGTGGTGCATCACAAGCTGATGTG
GGAGTTCTGGTGATATCAGCTCGAAAGGGTGAGTTTGAGACTGGATTTGAAAGAGGTGGGCAGACAAGAGAGCATGCTATGTTGGCGAAAACATTAGGAATTAGTAAATTATTTGTTGTGGTTAATAAAATGGATGATCCTTCAGTTGAGTGGGACAAGGACAGGTTTGATGAAATTGAGAAGAAGATAAGCCCCTTTTT
GAAGTCCTGTGGCTACAATTTAAAGAAAGATGTGCAGTTTCTTCCAATTTCGGCTCTTCATGGTACTAACATGCAAGACAAGGTCCCAAAAAATGTCTGTGGATGGTGGAATGGTCCTTGCCTTTTTGAAGCTTTGGATGCTGTTGAATTACCTCCAAGAGATCCTCGAGGTCCTTTTAGGATGCCATTAATAGATAGAT
TCAAGGATATGGGAACTGTGGTTATGGGAAAAATAGAGTCAGGCACTGTAACACAAGGAGACAGCTTAATGATAATGCCAAATAAGGTTCACGTGAAAGTTGTAGCTGTATATCGTGAGAGCGACGAACTAAAATATGCAAGACCTGGAGAAAATGTTAGAGTGAAATTATCTGGTGTTGAAGAAGATGATATCTCTACA
GGATTTGTTTTGTCTTCCATTTCCAATCCGATTCATGCAGTGCTGGAGTTTACTGCACAGTTACAGATATTGGAACTACTGGAACATAAAGCAATATTTACTGCTGGTTATAAAGCTGTACTGCATATTCATTCTGTTGTTGAGGAATGCGAGATAATGGAGCTGTTAGAGCAAATTGATCCAAGGACAAAAAAGCCAAT
GAAAAAGAAGATTCTTTTTGTTAAAACTGGAGCAGTTGTGATGTGTCGCATCCAGGTAAATGACACTATCTGTGTTGAGAAGTTCTCTGATTTTCCTCAACTCGGAAGGTTCACACTTCGTGATGAAGGTAAAACAGTCGCAATTGGAAAAGTCATGAAGCTCCCAACTGTTGCAGGCAGTGCATAACAACCAAACAGAA
GTTCACTTAGATTATCCCTCGGCGAAGATTCCATATGCACGAGTAAAACAAGAGGGGCCTAGAGGGATTCTTTAGTTCATCTTTCTGCACAGATCATGTGAGTCAACCTGTGAAATCGTTTCAGTGTGCTGGTGCAAGGTGAAATATTTATGACTAGAACTCTGTCTTCAAGTGAAGAATGATGCAAGCGATGGATAAAG
CTTTTCATTGTGGTAGCTCTGAAGGGTTAAATATATAGAATGCTTGCTGTTTTTGCAAGCCTGAATTCTACCATGTCATGGAGGCATTAAAACACGAATACACAGATTTAACACAATTAGGTGTTACTATATAATGCGAACCTCAATTATAGGTCTGTTTGTAACTGGTTTATATTTTGTTCAATGATCGTGTGATTTAT
TTGGTCTTACATAAGAGTTGTAACATTTTCAGTGATTTCTTGCGCTGCAATGGCATCAGCATTATTTGTTCAGCTTATATTAAAGATACGTTTATCAGCATTCTATGGTTCGGCCTTTTCTAGTGATCTTATGGCTTGAACGTTATTACTGAATGGCTTTTTATATCAACATTTATTTTGTTTCATGTTCTTTTGAATAT
TTGGAACTATGATTTGCTCTGGCTGCTCTATGTATGTAAGATAACCATTTTTCATTATAAGCATATTTTGCTGTGGTGAGAAAATGTTCTGCTGTCTTTCACTTTGGGAGTTCACCTAGAAATCCCGGTGCCACGATTTTTTATATAAAGAATCTATCAGGTTTGTG
>TRINITY_DN103931_c3_g3_i3 from sample A4 / Example unspliced isoform:ACCCTACAAACCCTGTAAACCCTATCAACCCTATCAATCCCTCTGCAGGGGTGCCCCTTCCCTACGCTCCGGGGGCCGTTCCGCCGTATGTCGCACCTTCGCACCCCCCTGCTGTCGACTACCAAATGGCGGATGTTGCCTCGAAAATTGGAACCCTACAACAATCCGAGTGCGAGGAAGGGTTTCATGCGAATCCCCGG
ACCCTACAAACCCTGTAAACCCTATCAACCCTATCAATCCCTCTGCAGGGGTGCCCCTTCCCTACGCTCCGGGGGCCGTTCCGCCGTATGTCGCACCTTCGCACCCCCCTGCTGTCGACTACCAAATGGCGGATGTTGCCTCGAAAATTGGAACCCTACAACAATCCGAGTGCGAGGAAGGGTTTCATGCGAATCCCCGG
AATCCTGGTGAGAGTAATGAAACGAAGCCGGAGTTAACGAATAAGGATGTTGAGATGGAAGTGGATGATGGATCTGCTAAAGCCGAAGCAAAGGGTACAGCGGCCGCCAACGGCGAGAGTAACGGTGCGTTGAGAGGTTATGAGGAGCAGGTTGTATCTAATTTGAAATCGTTGAAATTAAAGGACATGGAACAGAATAA
AGAAGTTGACATTAAGAATGAAGAAATGGCTCAAGCACATTTTGAGGATTCTCAACAACCAGATGAAGATGTGGAAGCGAAGCCGCACATGAATGTTGTCTTTATTGGTCATGTTGATGCTGGTAAATCAACAACTGGTGGGCAAATATTATATCTATCTAAAATGGTGGATGAACGTACAATTCAAAAATATGAAAAAG
AAGCGAAGGAGAAGAACCGAGAAAGTTGGTATATGGCATATATCATGGACACAAATGAAGAAGAACGAACAAAGGGAAAAACAGTGGAGGTTGGTAGAGCTCATTTTGAAACTGAGAAATCAAGGTTCACAATCCTAGATGCTCCAGGACACAAAAGCTATGTTCCGAACATGATCAGTGGTGCATCACAAGCTGATGTG
GGAGTTCTGGTGATATCAGCTCGAAAGGGTGAGTTTGAGACTGGATTTGAAAGAGGTGGGCAGACAAGAGAGCATGCTATGTTGGCGAAAACATTAGGAATTAGTAAATTATTTGTTGTGGTTAATAAAATGGATGATCCTTCAGTTGAGTGGGACAAGGACAGGTTTGATGAAATTGAGAAGAAGATAAGCCCCTTTTT
GAAGTCCTGTGGCTACAATTTAAAGAAAGATGTGCAGTTTCTTCCAATTTCGGCTCTTCATGGTACTAACATGCAAGACAAGGTCCCAAAAAATGTCTGTGGATGGTGGAATGGTCCTTGCCTTTTTGAAGCTTTGGATGCTGTTGAATTACCTCCAAGAGATCCTCGAGGTCCTTTTAGGATGCCATTAATAGATAGAT
TCAAGGATATGGGAACTGTGGTTATGGGAAAAATAGAGTCAGGCACTGTAACACAAGGAGACAGCTTAATGATAATGCCAAATAAGGTTCACGTGAAAGTTGTAGCTGTATATCGTGAGAGCGACGAACTAAAATATGCAAGACCTGGAGAAAATGTTAGAGTGAAATTATCTGGTGTTGAAGAAGATGATATCTCTACA
GGATTTGTTTTGTCTTCCATTTCCAATCCGATTCATGCAGTGCTGGAGTTTACTGCACAGTTACAGATATTGGAACTACTGGAACATAAAGCAATATTTACTGCTGGTTATAAAGCTGTACTGCATATTCATTCTGTTGTTGAGGAATGCGAGATAATGGAGCTGTTAGAGCAAATTGATCCAAGGACAAAAAAGCCAAT
GAAAAAGAAGATTCTTTTTGTTAAAACTGGAGCAGTTGTGATGTGTCGCATCCAGgtagattacattctctgtttaatgtcataacatatccatttttctttgctgttgaaatgtttcttaatggcttaccaattttgttatttcagGTAAATGACACTATCTGTGTTGAGAAGTTCTCTGATTTTCCTCAACTCGGAAG
GTTCACACTTCGTGATGAAGGTAAAACAGTCGCAATTGGAAAAGTCATGAAGCTCCCAACTGTTGCAGGCAGTGCATAACAACCAAACAGAAGTTCACTTAGATTATCCCTCGGCGAAGATTCCATATGCACGAGTAGTACGTCTGCTGCATCAATGCATTTCTTCTTCTTAAGATTTTTGGAATGGTTAATGTAAGAGG
AACATAATGTACAGGCTAAATACGAGCAATTTAGTTTTATATTACTTGCAATCTTTCATAATATATTATATTATAGGTAGCACTATTATTTTACATTAGAAATGGTTTTGGTGTTTCATTCTCATGAATTACACTTTGTTAGTGTATTACATAAATAAAATAAAGTAGTGATAATCTTTCGGAATCCTAGATCATCTCTA
TGTTCATTAATATCCCTTCCAAAATATAAGAACGAACCAAAGATAGATGCCTATTCTTTT
Intron 10 GTAAGAGGAA ... ATGTCTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 42.7 | 51 | 5 | 38 |
| A2 | 45.19 | 57 | 14 | 47 |
| A3 | 39 | 61 | 10 | 39 |
| A4 | 45.59 | 37 | 6 | 31 |
| A5 | 42.11 | 11 | 2 | 8 |
| A6 | 39.96 | 272 | 34 | 181 |
| A7 | 40.94 | 225 | 38 | 156 |
| A8 | 38.37 | 363 | 69 | 226 |
| A9 | 42.73 | 249.3 | 20.3 | 186 |
| A10 | 38.34 | 156 | 26 | 97 |
>TRINITY_DN42235_c0_g1_i7 from sample A7 / Example spliced isoformAATTTATGAGATCCGCATCCTAAAGCGATTTCAGATCCGCATTAAGTTCTCAAAGAGTGACTGATAACTCACAGAAAGAAGCGCAGGATCACTCTACCGAGTGGGGCATTTATTTTGAAGGTAACTCGCTCTGAATTTGTTGGTGAACGCACGGAACTGTAAGGATTCTTGCCCTTGCCTCTCATCTGTGATTTTGTCTC
TCTTTTCTAGGTGTTCCTTTGGCTTAATTTGACTAAGATTCAATTAACTACAGCCGATCCTCAAAACAAAACCCCAGAATGGCCGAACCAGACTCCTGGGAGGAGATGGATGCCCAGCCTTCGCATTCTTCAGCTTCTGCATCATTGATGCATTCAAAATTGAATGCAAACGCCCCGTCGTTTACATTTAATGTTAACGC
CCCTGCTTTTTCACCGGTTCCGAACGCCGCCTATATTCCGGCGCAATCTAGTAAGCCGCAGACCTTTTATCCGACCAATCCCGCGAACTCCATCAATCCTCAATTCGTAAACCCTACAAACCCTGTAAACCCTATCAACCCTATCAATCCCTCTGCAGGGGTGCCCCTTCCCTACGCTCCGGGGGCCGTTCCGCCGTATG
TCGCACCTTCGCACCCCCCTGCTGTCGACTACCAAATGGCGGATGTTGCCTCGAAAATTGGAACCCTACAACAATCCGAGTGCGAGGAAGGGTTTCATGCGAATCCCCGGAATCCTGGTGAGAGTAATGAAACGAAGCCGGAGTTAACGAATAAGGATGTTGAGATGGAAGTGGATGATGGATCTGCTAAAGCCGAAGCA
AAGGGTACAGCGGCCGCCAACGGCGAGAGTAACGGTTATGAGGAGCAGGTTGTATCTAATTTGAAATCGTTGAAATTAAAGGACATGGAACAGAATAAAGAAGTTGACATTAAGAATGAAGAAATGGCTCAAGCACATTTTGAGGATTCTCAACAACCAGATGAAGATGTGGAAGCGAAGCCGCACATGAATGTTGTCTT
TATTGGTCATGTTGATGCTGGTAAATCAACAACTGGTGGGCAAATATTATATCTATCTAAAATGGTGGATGAACGTACAATTCAAAAATATGAAAAAGAAGCGAAGGAGAAGAACCGAGAAAGTTGGTATATGGCATATATCATGGACACAAATGAAGAAGAACGAACAAAGGGAAAAACAGTGGAGGTTGGTAGAGCTC
ATTTTGAAACTGAGAAATCAAGGTTCACAATCCTAGATGCTCCAGGACACAAAAGCTATGTTCCGAACATGATCAGTGGTGCATCACAAGCTGATGTGGGAGTTCTGGTGATATCAGCTCGAAAGGGTGAGTTTGAGACTGGATTTGAAAGAGGTGGGCAGACAAGAGAGCATGCTATGTTGGCGAAAACATTAGGAATT
AGTAAATTATTTGTTGTGGTTAATAAAATGGATGATCCTTCAGTTGAGTGGGACAAGGACAGGTTTGATGAAATTGAGAAGAAGATAAGCCCCTTTTTGAAGTCCTGTGGCTACAATTTAAAGAAAGATGTGCAGTTTCTTCCAATTTCGGCTCTTCATGGTACTAACATGCAAGACAAGGTCCCAAAAAATGTCTGTGG
ATGGTGGAATGGTCCTTGCCTTTTTGAAGCTTTGGATGCTGTTGAATTACCTCCAAGAGATCCTCGAGGTCCTTTTAGGATGCCATTAATAGATAGATTCAAGGATATGGGAACTGTGGTTATGGGAAAAATAGAGTCAGGCACTGTAACACAAGGAGACAGCTTAATGATAATGCCAAATAAGGTTCACGTGAAAGTTG
TAGCTGTATATCGTGAGAGCGACGAACTAAAATATGCAAGACCTGGAGAAAATGTTAGAGTGAAATTATCTGGTGTTGAAGAAGATGATATCTCTACAGGATTTGTTTTGTCTTCCATTTCCAATCCGATTCATGCAGTGCTGGAGTTTACTGCACAGTTACAGATATTGGAACTACTGGAACATAAAGCAATATTTACT
GCTGGTTATAAAGCTGTACTGCATATTCATTCTGTTGTTGAGGAATGCGAGATAATGGAGCTGTTAGAGCAAATTGATCCAAGGACAAAAAAGCCAATGAAAAAGAAGATTCTTTTTGTTAAAACTGGAGCAGTTGTGATGTGTCGCATCCAGGTAAATGACACTATCTGTGTTGAGAAGTTCTCTGATTTTCCTCAACT
CGGAAGGTTCACACTTCGTGATGAAGGTAAAACAGTCGCAATTGGAAAAGTCATGAAGCTCCCAACTGTTGCAGGCAGTGCATAACAACCAAACAGAAGTTCACTTAGATTATCCCTCGGCGAAGATTCCATATGCACGAGTAGTACGTCTGCTGCATCAATGCATTTCTTCTTCTTAAGATTTTTGGAATGGTTAATAA
ACAAGAGGGGCCTAGAGGGATTCTTTAGTTCATCTTTCTGCACAGATCATGTGAGTCAACCTGTGAAATCGTTTCAGTGTGCTGGTGCAAGGTGAAATATTTATGACTAGAACTCTGTCTTCAAGTGAAGAATGATGCAAGCGATGGATAAAGCTTTTCATTGTGGTAGCTCTGAAGGGTTAAATATATAGAATGCTTGC
TGTTTTTGCAAGCCTGAATTCTACCATGTCATGGAGGCATTAAAACACGAATACACAGATTTAACACAATTAGGTGTTACTATATAATGCGAACCTCAATTATAGGTCTGTTTGTAACTGGTTTATATTTTGTTCAATGATCGTGTGATTTATTTGGTCTTACATAAGAGTTGTAACATTTTCAGTGATTTCTTGCGCTG
CAATGGCATCAGCATTATTTGTTCAGCTTATATTAAAGATACGTTTATCAGCATTCTATGGTTCGGCCTTTTCTAGTGATCTTATGGCTTGAACGTTATTACTGAATGGCTTTTTATATCAACATTTATTTTGTTTCATGTTCTTTTGAATATTTGGAACTATGATTTGCTCTGGCTGCTCTATGTATGTAAGATAACCA
TTTTTCATTATAAGCATATTTTGCTGTGGTGAGAAAATGTTCTGCTGTCTTTCACTTTGGGAGTTCACCTAGAAATCCCGGTGCCACGATTTTTTATATAAAGAATCTATCAGGTTTGTGTGAGAAAATGTTCTGCTGTCTT
>TRINITY_DN42235_c0_g1_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:AATTTATGAGATCCGCATCCTAAAGCGATTTCAGATCCGCATTAAGTTCTCAAAGAGTGACTGATAACTCACAGAAAGAAGCGCAGGATCACTCTACCGAGTGGGGCATTTATTTTGAAGGTAACTCGCTCTGAATTTGTTGGTGAACGCACGGAACTGTAAGGATTCTTGCCCTTGCCTCTCATCTGTGATTTTGTCTC
TCTTTTCTAGGTGTTCCTTTGGCTTAATTTGACTAAGATTCAATTAACTACAGCCGATCCTCAAAACAAAACCCCAGAATGGCCGAACCAGACTCCTGGGAGGAGATGGATGCCCAGCCTTCGCATTCTTCAGCTTCTGCATCATTGATGCATTCAAAATTGAATGCAAACGCCCCGTCGTTTACATTTAATGTTAACGC
CCCTGCTTTTTCACCGGTTCCGAACGCCGCCTATATTCCGGCGCAATCTAGTAAGCCGCAGACCTTTTATCCGACCAATCCCGCGAACTCCATCAATCCTCAATTCGTAAACCCTACAAACCCTGTAAACCCTATCAACCCTATCAATCCCTCTGCAGGGGTGCCCCTTCCCTACGCTCCGGGGGCCGTTCCGCCGTATG
TCGCACCTTCGCACCCCCCTGCTGTCGACTACCAAATGGCGGATGTTGCCTCGAAAATTGGAACCCTACAACAATCCGAGTGCGAGGAAGGGTTTCATGCGAATCCCCGGAATCCTGGTGAGAGTAATGAAACGAAGCCGGAGTTAACGAATAAGGATGTTGAGATGGAAGTGGATGATGGATCTGCTAAAGCCGAAGCA
AAGGGTACAGCGGCCGCCAACGGCGAGAGTAACGGTGCGTTGAGAGGTTATGAGGAGCAGGTTGTATCTAATTTGAAATCGTTGAAATTAAAGGACATGGAACAGAATAAAGAAGTTGACATTAAGAATGAAGAAATGGCTCAAGCACATTTTGAGGATTCTCAACAACCAGATGAAGATGTGGAAGCGAAGCCGCACAT
GAATGTTGTCTTTATTGGTCATGTTGATGCTGGTAAATCAACAACTGGTGGGCAAATATTATATCTATCTAAAATGGTGGATGAACGTACAATTCAAAAATATGAAAAAGAAGCGAAGGAGAAGAACCGAGAAAGTTGGTATATGGCATATATCATGGACACAAATGAAGAAGAACGAACAAAGGGAAAAACAGTGGAGG
TTGGTAGAGCTCATTTTGAAACTGAGAAATCAAGGTTCACAATCCTAGATGCTCCAGGACACAAAAGCTATGTTCCGAACATGATCAGTGGTGCATCACAAGCTGATGTGGGAGTTCTGGTGATATCAGCTCGAAAGGGTGAGTTTGAGACTGGATTTGAAAGAGGTGGGCAGACAAGAGAGCATGCTATGTTGGCGAAA
ACATTAGGAATTAGTAAATTATTTGTTGTGGTTAATAAAATGGATGATCCTTCAGTTGAGTGGGACAAGGACAGGTTTGATGAAATTGAGAAGAAGATAAGCCCCTTTTTGAAGTCCTGTGGCTACAATTTAAAGAAAGATGTGCAGTTTCTTCCAATTTCGGCTCTTCATGGTACTAACATGCAAGACAAGGTCCCAAA
AAATGTCTGTGGATGGTGGAATGGTCCTTGCCTTTTTGAAGCTTTGGATGCTGTTGAATTACCTCCAAGAGATCCTCGAGGTCCTTTTAGGATGCCATTAATAGATAGATTCAAGGATATGGGAACTGTGGTTATGGGAAAAATAGAGTCAGGCACTGTAACACAAGGAGACAGCTTAATGATAATGCCAAATAAGGTTC
ACGTGAAAGTTGTAGCTGTATATCGTGAGAGCGACGAACTAAAATATGCAAGACCTGGAGAAAATGTTAGAGTGAAATTATCTGGTGTTGAAGAAGATGATATCTCTACAGGATTTGTTTTGTCTTCCATTTCCAATCCGATTCATGCAGTGCTGGAGTTTACTGCACAGTTACAGATATTGGAACTACTGGAACATAAA
GCAATATTTACTGCTGGTTATAAAGCTGTACTGCATATTCATTCTGTTGTTGAGGAATGCGAGATAATGGAGCTGTTAGAGCAAATTGATCCAAGGACAAAAAAGCCAATGAAAAAGAAGATTCTTTTTGTTAAAACTGGAGCAGTTGTGATGTGTCGCATCCAGGTAAATGACACTATCTGTGTTGAGAAGTTCTCTGA
TTTTCCTCAACTCGGAAGGTTCACACTTCGTGATGAAGGTAAAACAGTCGCAATTGGAAAAGTCATGAAGCTCCCAACTGTTGCAGGCAGTGCATAACAACCAAACAGAAGTTCACTTAGATTATCCCTCGGCGAAGATTCCATATGCACGAGTAGTACGTCTGCTGCATCAATGCATTTCTTCTTCTTAAGATTTTTGG
AATGGTTAATgtaagaggaacataatgtacaggctaaatacgagcaatttagttttatattacttgcaatctttcataatatattatattataggtagcactattattttacattagaaatggttttggtgtttcattctcatgaattacactttgttagtgtattacataaataaaataaagtagtgataatctttcgg
aatcctagatcatctctatgttcattaatatcccttccaaaatataagaacgaaccaaagatagatgcctattcttttgagtgaagttgtttagactagtggagaatggtgtgaaatctacttgcttttgcactctgctgtctttgatttgtttgcaagtatacttgtagttgttgcttgtatctttgttccattagaat
cctttattttatgtaaatcgggtttgatagagaatgccaagagattccatagcattctgtgtggaaatgtgatgcgatatctcctttaatatttaattttatggtgaaaatttggagatttctgtaccatacagggtaaagattgtggcaacataccctaccaatctttttgtgaactgaaatggaactaattttagcaa
atgaattgaaaaatgttgaagaaatcatttcacatgtacttacggtgaactttcatggtctacatcacattcacatgcataattgtagatcattgttgaaacagatgcattttttttcccttgttggcttccacgtaaataaagacttattgatcttgctatgtttttgacatatgtctacagAAACAAGAGGGGCCTAG
AGGGATTCTTTAGTTCATCTTTCTGCACAGATCATGTGAGTCAACCTGTGAAATCGTTTCAGTGTGCTGGTGCAAGGTGAAATATTTATGACTAGAACTCTGTCTTCAAGTGAAGAATGATGCAAGCGATGGATAAAGCTTTTCATTGTGGTAGCTCTGAAGGGTTAAATATATAGAATGCTTGCTGTTTTTGCAAGCCT
GAATTCTACCATGTCATGGAGGCATTAAAACACGAATACACAGATTTAACACAATTAGGTGTTACTATATAATGCGAACCTCAATTATAGGTCTGTTTGTAACTGGTTTATATTTTGTTCAATGATCGTGTGATTTATTTGGTCTTACATAAGAGTTGTAACATTTTCAGTGATTTCTTGCGCTGCAATGGCATCAGCAT
TATTTGTTCAGCTTATATTAAAGATACGTTTATCAGCATTCTATGGTTCGGCCTTTTCTAGTGATCTTATGGCTTGAACGTTATTACTGAATGGCTTTTTATATCAACATTTATTTTGTTTCATGTTCTTTTGAATATTTGGAACTATGATTTGCTCTGGCTGCTCTATGTATGTAAGATAACCATTTTTCATTATAAGC
ATATTTTGCTGTGGTGAGAAAATGTTCTGCTGTCTTTCACTTTGGGAGTTCACCTAGAAATCCCGGTGCCACGATTTTTTATATAAAGAATCTATCAGGTTTGTGTGAGAAAATGTTCTGCTGTCTT
Intron 11 GTAAGGATTC ... TTAACTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 62.75 | 33.4 | 51.4 | 61 |
| A2 | 66 | 27.6 | 46 | 61 |
| A3 | 66.33 | 33 | 48 | 82 |
| A4 | 70.37 | 20 | 43 | 52 |
| A5 | 75.18 | 11.6 | 24 | 46 |
| A6 | 41.75 | 30 | 16 | 27 |
| A7 | 52.88 | 79.7 | 75.8 | 103 |
| A8 | 53.96 | 32 | 30 | 45 |
| A9 | 63.35 | 59 | 73 | 131 |
| A10 | 61.52 | 68 | 84 | 133.4 |
>TRINITY_DN126633_c1_g3_i3 from sample A1 / Example spliced isoformCCGCATCCTAAAGCGATTTCAGATCCGCATTAAGTTCTCAAAGAGTGACTGATAACTCACAGAAAGAAGCGCAGGATCACTCTACCGAGTGGGGCATTTATTTTGAAGGTAACTCGCTCTGAATTTGTTGGTGAACGCACGGAACTCCGATCCTCAAAACAAAACCCCAGAATGGCCGAACCAGACTCCTGGGAGGAGAT
GGATGCCCAGCCTTCGCATTCTTCAGCTTCTGCATCATCGATGCATTCAAAATTGAATGCAAACGCCCCGTCGTTTACATTTAATGTTAACGCCCCTGCTTTTTCACCGGTTCCGAACGCCGCCTATATTCCGGCGCAATCTAGTAAGCCGCAGACCTTTTATCCGACCAATCCCGCGAACTCCATCAATCCTCAATTCG
TAAACCCTACAAACCCTGTAAACCCTATCAACCCTATCAATCCCTCTGCAGGGGTGCCCCTTCCCTACGCTCCGGGGGCCGTTCCGCCGTATGTCGCACCTTCGCACCCCCCTGCTGTCGACTACCAAATGGCGGATGTTGCCTCGAAAATTGGAACCCTACAACAATCCGAGTGCGAGGAAGGGTTTCATGCGAATCCC
CGGAATCCTGGTGAGAGTAATGAAACGAAGCCGGAGTTAACGAATAAGGATGTTGAGATGGAAGTGGATGATGGATCTGCTAAAGCCGAAGCAAAGGGTACAGCGGCCGCCAACGGCGAGAGTAACGGTGCGTTGAGAGGTTATGAGGAGCAGGTTGTATCTAATTTGAAATCGTTGAAATTAAAGGACATGGAACAGAA
TAAAGAAGTTGACATTAAGAATGAAGAAATGGCTCAAGCACATTTTGAGGATTCTCAACAACCAGATGAAGATGTGGAAGCGAAGCCGCACATGAATGTTGTCTTTATTGGTCATGTTGATGCTGGTAAATCAACAACTGGTGGGCAAATATTATATCTATCTAAAATGGTGGATGAACGTACAATTCAAAAATATGAAA
AAGAAGCGAAGGAGAAGAACCGAGAAAGTTGGTATATGGCATATATCATGGACACAAATGAAGAAGAACGAACAAAGGGAAAAACAGTGGAGGTTGGTAGAGCTCATTTTGAAACTGAGAAATCAAGGTTCACAATCCTAGATGCTCCAGGACACAAAAGCTATGTTCCGAACATGATCAGTGGTGCATCACAAGCTGAT
GTGGGAGTTCTGGTGATATCAGCTCGAAAGGGTGAGTTTGAGACTGGATTTGAAAGAGGTGGGCAGACAAGAGAGCATGCTATGTTGGCGAAAACATTAGGAATTAGTAAATTATTTGTTGTGGTTAATAAAATGGATGATCCTTCAGTTGAGTGGGACAAGGACAGGTTTGATGAAATTGAGAAGAAGATAAGCCCCTT
TTTGAAGTCCTGTGGCTACAATTTAAAGAAAGATGTGCAGTTTCTTCCAATTTCGGCTCTTCATGGTACTAACATGCAAGACAAGGTCCCAAAAAATGTCTGTGGATGGTGGAATGGTCCTTGCCTTTTTGAAGCTTTGGATGCTGTTGAATTACCTCCAAGAGATCCTCGAGGTCCTTTTAGGATGCCATTAATAGATA
GATTCAAGGATATGGGAACTGTGGTTATGGGAAAAATAGAGTCAGGCACTGTAACACAAGGAGACAGCTTAATGATAATGCCAAATAAGGTTCACGTGAAAGTTGTAGCTGTATATCGTGAGAGCGACGAACTAAAATATGCAAGACCTGGAGAAAATGTTAGAGTGAAATTATCTGGTGTTGAAGAAGATGATATCTCT
ACAGGATTTGTTTTGTCTTCCATTTCCAATCCGATTCATGCAGTGCTGGAGTTTACTGCACAGTTACAGATATTGGAACTACTGGAACATAAAGCAATATTTACTGCTGGTTATAAAGCTGTACTGCATATTCATTCTGTTGTTGAGGAATGCGAGATAATGGAGCTGTTAGAGCAAATTGATCCAAGGACGAAAAAGCC
AATGAAAAAGAAGATTCTTTTTGTTAAAACTGGAGCAGTTGTGATGTGTCGCATCCAGGTAAATGACACTATCTGTGTTGAGAAGTTCTCTGATTTTCCTCAACTCGGAAGGTTCACACTTCGTGATGAAGGTAAAACAGTCGCAATTGGAAAAGTCATGAAGCTCCCAACTGTTGCAGGCAGTGCATAACAACCAAACA
GAAGTTCACTTAGATTATCCCTCGGCGAAGATTCCATATGCACGAGTAGTACGTCTGCTGCATCAATGCATTTCTTCTTCTTAAGATTTTTGGAATGGTTAATAAACAAGAGGGGCCTAGAGGGATTCTTTAGTTCATCTTTCTGCACAGATCATGTGAGTCAACCTGTGAAATCGTTTCAGTGTGCTGGTGCAAGGTGA
AATATTTATGACTAGAACTCTGTCTTCAAGTGAAGAATGATGCAAGCGATGGATAAAGCTTTTCATTGTGGTAGCTCTGAAGGGTTAAATATATAGAATGCTTGCTGTTTTTGCAAGCCTGAATTCTACCATGTCATGGAGGCATTAAAACACGAATACACAGATTTAACACAATTAGGTGTTACTATATAATGCGAACC
TCAATTATAGGTCTGTTTGTAACTGGTTTATATTTTGTTCAATGATCGTGTGATTTATTTGGTCTTACATAAGAGTTGTAACATTTTCAGTGATTTCTTGCGCTGCAATGGCATCAGCATTATTTGTTCAGCTTATATTAAAGATACGTTTATCAGCATTCTATGGTTCGGCCTTTTCTAGTGATCTTATGGCTTGAACG
TTATTACTGAATGGCTTTTTATATCAACATTTATTTTGTTTCATGTTCTTTTGAATATTTGGAACTATGATTTGCTCTGGCTGCTCTATGTATGTAAGATAACCATTTTTTCATTATAAGCATATTTTGCTGTGGTGAGAAAATGTTCTGCTGTCTTTCACTTTGGGAGTTCACCTAGAAATCCCGGTGCCACGATTTTT
TATATAAAGAATCTATCAGGTTTGTGTGAGAGCTTGGCTATAGTATTTACTGTTTATGATTGCTCTTCGATTTCCCTAAGCTGGA
>TRINITY_DN126633_c1_g3_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:CCGCATCCTAAAGCGATTTCAGATCCGCATTAAGTTCTCAAAGAGTGACTGATAACTCACAGAAAGAAGCGCAGGATCACTCTACCGAGTGGGGCATTTATTTTGAAGGTAACTCGCTCTGAATTTGTTGGTGAACGCACGGAACTgtaaggattcttgcccttgcctctcatctgtgattttgtctctcttttctaggt
gttcctttggcttaatttgactaagattcaattaactacagCCGATCCTCAAAACAAAACCCCAGAATGGCCGAACCAGACTCCTGGGAGGAGATGGATGCCCAGCCTTCGCATTCTTCAGCTTCTGCATCATCGATGCATTCAAAATTGAATGCAAACGCCCCGTCGTTTACATTTAATGTTAACGCCCCTGCTTTTTC
ACCGGTTCCGAACGCCGCCTATATTCCGGCGCAATCTAGTAAGCCGCAGACCTTTTATCCGACCAATCCCGCGAACTCCATCAATCCTCAATTCGTAAACCCTACAAACCCTGTAAACCCTATCAACCCTATCAATCCCTCTGCAGGGGTGCCCCTTCCCTACGCTCCGGGGGCCGTTCCGCCGTATGTCGCACCTTCGC
ACCCCCCTGCTGTCGACTACCAAATGGCGGATGTTGCCTCGAAAATTGGAACCCTACAACAATCCGAGTGCGAGGAAGGGTTTCATGCGAATCCCCGGAATCCTGGTGAGAGTAATGAAACGAAGCCGGAGTTAACGAATAAGGATGTTGAGATGGAAGTGGATGATGGATCTGCTAAAGCCGAAGCAAAGGGTACAGCG
GCCGCCAACGGCGAGAGTAACGGTGCGTTGAGAGGTTATGAGGAGCAGGTTGTATCTAATTTGAAATCGTTGAAATTAAAGGACATGGAACAGAATAAAGTTGACATTAAGAATGAAGAAATGGCTCAAGCACATTTTGAGGATTCTCAACAACCAGATGAAGATGTGGAAGCGAAGCCGCACATGAATGTTGTCTTTAT
TGGTCATGTTGATGCTGGTAAATCAACAACTGGTGGGCAAATATTATATCTATCTAAAATGGTGGATGAACGTACAATTCAAAAATATGAAAAAGAAGCGAAGGAGAAGAACCGAGAAAGTTGGTATATGGCATATATCATGGACACAAATGAAGAAGAACGAACAAAGGGAAAAACAGTGGAGGTTGGTAGAGCTCATT
TTGAAACTGAGAAATCAAGGTTCACAATCCTAGATGCTCCAGGACACAAAAGCTATGTTCCGAACATGATCAGTGGTGCATCACAAGCTGATGTGGGAGTTCTGGTGATATCAGCTCGAAAGGGTGAGTTTGAGACTGGATTTGAAAGAGGTGGGCAGACAAGAGAGCATGCTATGTTGGCGAAAACATTAGGAATTAGT
AAATTATTTGTTGTGGTTAATAAAATGGATGATCCTTCAGTTGAGTGGGACAAGGACAGGTTTGATGAAATTGAGAAGAAGATAAGCCCCTTTTTGAAGTCCTGTGGCTACAATTTAAAGAAAGATGTGCAGTTTCTTCCAATTTCGGCTCTTCATGGTACTAACATGCAAGACAAGGTCCCAAAAAATGTCTGTGGATG
GTGGAATGGTCCTTGCCTTTTTGAAGCTTTGGATGCTGTTGAATTACCTCCAAGAGATCCTCGAGGTCCTTTTAGGATGCCATTAATAGATAGATTCAAGGATATGGGAACTGTGGTTATGGGAAAAATAGAGTCAGGCACTGTAACACAAGGAGACAGCTTAATGATAATGCCAAATAAGGTTCACGTGAAAGTTGTAG
CTGTATATCGTGAGAGCGACGAACTAAAATATGCAAGACCTGGAGAAAATGTTAGAGTGAAATTATCTGGTGTTGAAGAAGATGATATCTCTACAGGATTTGTTTTGTCTTCCATTTCCAATCCGATTCATGCAGTGCTGGAGTTTACTGCACAGTTACAGATATTGGAACTACTGGAACATAAAGCAATATTTACTGCT
GGTTATAAAGCTGTACTGCATATTCATTCTGTTGTTGAGGAATGCGAGATAATGGAGCTGTTAGAGCAAATTGATCCAAGGACGAAAAAGCCAATGAAAAAGAAGATTCTTTTTGTTAAAACTGGAGCAGTTGTGATGTGTCGCATCCAGGTAAATGACACTATCTGTGTTGAGAAGTTCTCTGATTTTCCTCAACTCGG
AAGGTTCACACTTCGTGATGAAGGTAAAACAGTCGCAATTGGAAAAGTCATGAAGCTCCCAACTGTTGCAGGCAGTGCATAACAACCAAACAGAAGTTCACTTAGATTATCCCTCGGCGAAGATTCCATATGCACGAGTAGTACGTCTGCTGCATCAATGCATTTCTTCTTCTTAAGATTTTTGGAATGGTTAATAAACA
AGAGGGGCCTAGAGGGATTCTTTAGTTCATCTTTCTGCACAGATCATGTGAGTCAACCTGTGAAATCGTTTCAGTGTGCTGGTGCAAGGTGAAATATTTATGACTAGAACTCTGTCTTCAAGTGAAGAATGATGCAAGCGATGGATAAAGCTTTTCATTGTGGTAGCTCTGAAGGGTTAAATATATAGAATGCTTGCTGT
TTTTGCAAGCCTGAATTCTACCATGTCATGGAGGCATTAAAACACGAATACACAGATTTAACACAATTAGGTGTTACTATATAATGCGAACCTCAATTATAGGTCTGTTTGTAACTGGTTTATATTTTGTTCAATGATCGTGTGATTTATTTGGTCTTACATAAGAGTTGTAACATTTTCAGTGATTTCTTGCGCTGCAA
TGGCATCAGCATTATTTGTTCAGCTTATATTAAAGATACGTTTATCAGCATTCTATGGTTCGGCCTTTTCTAGTGATCTTATGGCTTGAACGTTATTACTGAATGGCTTTTTATATCAACATTTATTTTGTTTCATGTTCTTTTGAATATTTGGAACTATGATTTGCTCTGGCTGCTCTATGTATGTAAGATAACCATTT
TTTCATTATAAGCATATTTTGCTGTGGTGAGAAAATGTTCTGCTGTCTTTCACTTTGGGAGTTCACCTAGAAATCCCGGTGCCACGATTTTTTATATAAAGAATCTATCAGGTTTGTGTGAGAGCTTGGCTATAGTATTTACTGTTTATGATTGCTCTTCGATTTCCCTAAGCTGGA