sp|P11890|HS23C_OXYRB ----> Small heat shock protein, chloroplastic

Intron 1 GTATCAGTGC ... GCCTCGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	44.44	30	4.3	24
A2	36.59	26	5.4	15
A3	55.11	52	9	63.9
A4	55.67	43	8.3	54
A5	37.14	22	3.9	13
A6	36.25	248	40	141
A7	36.52	255	32.7	146.7
A8	42.59	187	17.1	138.7
A9	39.61	213	32.9	139.7
A10	38.77	287	49.4	181.7

>TRINITY_DN106954_c0_g1_i4 from sample A3 / Example spliced isoform

GCATAAGTTTACATTGGTGAGCATCCCAAAAATTCATTAGTACCTTCGAGTTGTAGCATTTTAAAATGTCAGGCTAGGCATCTAATGTCATACGAGGACGAGGAGAACATTCTAGGACCTTCAATGGAAAATATCAACTCTGCCCTGCTTCCAGAGCCTTCTTTCCCTCGCGCTGCTTCCAGAGCCTTCTTTCCCTTCCA
ATAAATAAAATTGTTTAACAACTCCAGGAATTATTTGGACAGAAATGGCTACTGTAGCATCTGCAAAGAGTAATGTCATGAAGTCGGTAATTCCGGCCGTCAAGAAATACCTGTTGCCTTCAGGCTGTCCAGGGAATTCTGCTGCCTCTGCAATGTGCCGGAGCCTGTCAACAGCTGCAGCAAAATACAGGCCTGAGGAC
GATTCGGCGATTCAGGATGGTAAACAAAGCCGCGAGGCTTCGGAAATCCGCCGTGCGGGTTTCCCTAATATTTTTGAGGATCCATTTTATCCTATGAGAAGCTTAGGGTTTGGCCTCGATCAGCTGTTCGATAATCCTTTCCTGGCCGCGTCTCGCAGAACAGGGGATGCCTTTAGAGGCGAGTCGAGAAAGCCGTGGGG
TGCGACGGAAGACAAGGAAGCTCTGCATCTCCGTGTGGATATGCCGGGTCTGGGGAAGGAAGACGTCAAAGTTTATGCAGAGGGGAATGCGCTGGTGATAAAGGGGGAATCCCTCTCAGAGGCAGAGTTGAACGGTAGTGGACGGAAATACAGCAGCCGGATCGAACTTCCTGCGAAAGTGTACAAGCTGGATCAGATCA
AAGCTCAGATGAAGAATGGCGTCCTCAAAGTGACTGTTCCCAAGCTTACAGAAGAGGAGATCAAGAATGTGATTAACGTGAATATTGAGTAGGGTTTTTAGATTCAAACGCTGATATCGGGAAGTTTTCTTTTCTTTAGTTTTCGTTTTGTTACGATGGTGAGCAAGAATCAGTGTTGAGGATAAAGTTCTGTCAATTTT
GTTTCGATGTAAAAACATTGTGGCAACGAATTTGGCTTTTCATTTAAATATTTGAAAAATGTATTGTTAGATTTTATGTTTTTAATTATTAGATTGAGTACAGGTGTCAAATGTCAAATGTCATACATACCTTACCTCTCTGGATTTGAACCTCTCCAATTTAAACCTATAACCTTTCTGGATTTCCTTTCCCGATTTGA
ACCTATG

>TRINITY_DN106954_c0_g1_i7 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GCATAAGTTTACATTGGTGAGCATCCCAAAAATTCATTAGTACCTTCGAGTTGTAGCATTTTAAAATGTCAGGCTAGGCATCTAATGTCATACGAGGACGAGGAGAACATTCTAGGACCTTCAATGGAAAATATCAACTCTGCCCTGCTTCCAGAGCCTTCTTTCCCTCGCGCTGCTTCCAGAGCCTTCTTTCCCTTCCA
ATAAATAAAATTGTTTAACAACTCCAGgtatcagtgcgcagataattgttagacttatcttcgatatcgttgattcttgaaagtgttttgtttccttttctatttggattcaagggtatgtaatttcagttttctgatcatttcagggtttgtggtgatgactcggagtttttgttatcaggttctttttcagggtttaa
gcggtttgctaactttgtgcatgcctcggcagGAATTATTTGGACAGAAATGGCTACTGTAGCATCTGCAAAGAGTAATGTCATGAAGTCGGTAATTCCGGCCGTCAAGAAATACCTGTTGCCTTCAGGCTGTCCAGGGAATTCTGCTGCCTCTGCAATGTGCCGGAGCCTGTCAACAGCTGCAGCAAAATACAGGCCTG
AGGACGATTCGGCGATTCAGGATGGTAAACAAAGCCGCGAGGCTTCGGAAATCCGCCGTGCGGGTTTCCCTAATATTTTTGAGGGTGAGCCATGCAAAATTTAAAACCCCCTCGAATCTAATGCCTGATAGGTTTTCCATGTCGTCATTAAGGGATTTGACCTTTCCTCTTTTCTGATATGTAGCAGATCCATTTTATCC
TATGAGAAGCTTAGGGTTTGGCCTCGATCAGCTGTTCGATAATCCTTTCCTGGCCGCGTCTCGCAGAACAGGGGATGCCTTTAGAGGCGAGTCGAGAAAGCCGTGGGGTGCGACGGAAGACAAGGAAGCTCTGCATCTCCGTGTGGATATGCCGGGTCTGGGGAAGGAAGACGTCAAAGTTTATGCAGAGGGGAATGCGC
TGGTGATAAAGGGGGAATCCCTCTCAGAGGCAGAGTTGAACGGTAGTGGACGGAAATACAGCAGCCGGATCGAACTTCCTGCGAAAGTGTACAAGCTGGATCAGATCAAAGCTCAGATGAAGAATGGCGTCCTCAAAGTGACTGTTCCCAAGCTTACAGAAGAGGAGATCAAGAATGTGATTAACGTGAATATTGAGTAG
GGTTTTTAGATTCAAACGCTGATATCGGGAAGTTTTCTTTTCTTTAGTTTTCGTTTTGTTACGATGGTGAGCAAGAATCAGTGTTGAGGATAAAGTTCTGTCAATTTTGTTTCGATGTAAAAACATTGTGGCAACGAATTTGGCTTTTCATTTAAATATTTGAAAAATGTATTGTTAGATTTTATGTTTTTAATTATTAG
ATTGAGTACAGGTGTCAAATGTCAAATGTCATACATACCTTACCTCTCTGGATTTGAACCTCTCCAATTTAAACCTATAACCTTTCTGGATTTCCTTTCCCGATTTGAACCTATG

Intron 2 GTTCTTTTTC ... GCCTCGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	31.03	30	9	18
A2	31.58	26	11	13
A3	43.17	52	28	51
A4	39.01	43	13	42
A5	31.25	22	11	9
A6	31.21	248	94	131
A7	29.95	255	82	136
A8	31.5	187	47	125
A9	33.23	213	84	128
A10	33.87	287	115	179

>TRINITY_DN42667_c0_g1_i7 from sample A6 / Example spliced isoform

TTTTAAAGCAATGTGCTTCTATCGCCATGCCCCTAGGGGATTGATAAGCATAAGTTTACATTGGTGAGCATCCCAAAAATTCATTAGTACCTTCGAGTTGTAGCATTTTAAAATGTCAGGCTAGGCATCTAATGTCATACGAGGACGAGGAGAACATTCTAGGACCTTCAATGGAAAATATCAACTCTGCCCTGCTTCCA
GAGCCTTCTTTCCCTCGCGCTGCTTCCAGAGCCTTCTTTCCCTTCCAATAAATAAAATTGTTTAACAACTCCAGGAATTATTTGGACAGAAATGGCTACTGTAGCATCTGCAAAGAGTAATGTCATGAAGTCGGTAATTCCGGCCGTCAAGAAATACCTGTTGCCTTCAGGCTGTCCAGGGAATTCTGCTGCCTCTGCAA
TGTGCCGGAGCCTGTCAACAGCTGCAGCAAAATACAGGCCTGAGGACGATTCGGCGATTCAGGATGGTAAACAAAGCCGCGAGGCTTCGGAAATCCGCCGTGCGGGTTTCCCTAATATTTTTGAGGATCCATTTTATCCTATGAGAAGCTTAGGGTTTGGCCTCGATCAGCTGTTCGATAATCCTTTCCTGGCCGCGTCT
CGCAGAACAGGGGATGCCTTTAGAGGCGAGTCGAGAAAGCCGTGGGGTGCGACGGAAGACAAGGAAGCTCTGCATCTCCGTGTGGATATGCCGGGTATGGGGAAGGAAGACGTCAAAGTTTATGCAGAGGGGAATGCGCTGGTGATAAAGGGGGAATCCCTCTCAGAGGCAGAGTTGAACGGTAGTGGACGGAAATACAG
CAGCCGGATCGAACTTCCTGCGAAAGTGTACAAGCTGGATCAGATCAAAGCTCAGATGAAGAATGGCGTCCTCAAAGTGACTGTTCCCAAGCTTACAGAAGAGGAGATCAAGAATGTGATTAACGTGAATATTGAGTAGGGTTTTTAGATTCAAACGCTGATATCGGGAAGTTTTCTTTTCTTTAGTTTTCGTTTTGTTA
CGATGGTGAGCAAGAATCAGTGTTGAGGATAAAGTTCTGTCAATTTTGTTTCGATGTAAAAACATTGTGGCAACGAATTTGGCTTTTCATTTAAATATTTGAAAAATGTATTGTTAGATTTTATGTTTTTAATTATTAGATTGAGTACAGGTGTCAAATGTCAAATGTCATACATACCTTACCTCTCTGGATTTGAACCT
CTCCAATTTAAACCTATA

>TRINITY_DN42667_c0_g1_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:

TTTTAAAGCAATGTGCTTCTATCGCCATGCCCCTAGGGGATTGATAAGCATAAGTTTACATTGGTGAGCATCCCAAAAATTCATTAGTACCTTCGAGTTGTAGCATTTTAAAATGTCAGGCTAGGCATCTAATGTCATACGAGGACGAGGAGAACATTCTAGGACCTTCAATGGAAAATATCAACTCTGCCCTGCTTCCA
GAGCCTTCTTTCCCTCGCGCTGCTTCCAGAGCCTTCTTTCCCTTCCAATAAATAAAATTGTTTAACAACTCCAGgttctttttcagggtttaagcggtttgctaactttgtgcatgcctcggcagGAATTATTTGGACAGAAATGGCTACTGTAGCATCTGCAAAGAGTAATGTCATGAAGTCGGTAATTCCGGCCGTCA
AGAAATACCTGTTGCCTTCAGGCTGTCCAGGGAATTCTGCTGCCTCTGCAATGTGCCGGAGCCTGTCAACAGCTGCAGCAAAATACAGGCCTGAGGACGATTCGGCGATTCAGGA

Intron 3 GTATGTAATT ... GCCTCGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50	24	9	24
A2	41.67	21	4	15
A3	60.33	42	17	63.9
A4	53.47	47	11.9	54
A5	46.43	15	7	13
A6	44.9	173	24	141
A7	39.57	224	16	146.7
A8	45.37	167	14	138.7
A9	47.09	157	17	139.7
A10	41.32	258	24.7	181.7

>TRINITY_DN106954_c0_g1_i2 from sample A3 / Example spliced isoform

GCATAAGTTTACATTGGTGAGCATCCCAAAAATTCATTAGTACCTTCGAGTTGTAGCATTTTAAAATGTCAGGCTAGGCATCTAATGTCATACGAGGACGAGGAGAACATTCTAGGACCTTCAATGGAAAATATCAACTCTGCCCTGCTTCCAGAGCCTTCTTTCCCTCGCGCTGCTTCCAGAGCCTTCTTTCCCTTCCA
ATAAATAAAATTGTTTAACAACTCCAGGTATCAGTGCGCAGATAATTGTTAGACTTATCTTCGATATCGTTGATTCTTGAAAGTGTTTTGTTTCCTTTTCTATTTGGATTCAAGGGAATTATTTGGACAGAAATGGCTACTGTAGCATCTGCAAAGAGTAATGTCATGAAGTCGGTAATTCCGGCCGTCAAGAAATACCT
GTTGCCTTCAGGCTGTCCAGGGAATTCTGCTGCCTCTGCAATGTGCCGGAGCCTGTCAACAGCTGCAGCAAAATACAGGCCTGAGGACGATTCGGCGATTCAGGATGGTAAACAAAGCCGCGAGGCTTCGGAAATCCGCCGTGCGGGTTTCCCTAATATTTTTGAGGATCCATTTTATCCTATGAGAAGCTTAGGGTTTG
GCCTCGATCAGCTGTTCGATAATCCTTTCCTGGCCGCGTCTCGCAGAACAGGGGATGCCTTTAGAGGCGAGTCGAGAAAGCCGTGGGGTGCGACGGAAGACAAGGAAGCTCTGCATCTCCGTGTGGATATGCCGGGTCTGGGGAAGGAAGACGTCAAAGTTTATGCAGAGGGGAATGCGCTGGTGATAAAGGGGGAATCC
CTCTCAGAGGCAGAGTTGAACGGTAGTGGACGGAAATACAGCAGCCGGATCGAACTTCCTGCGAAAGTGTACAAGCTGGATCAGATCAAAGCTCAGATGAAGAATGGCGTCCTCAAAGTGACTGTTCCCAAGCTTACAGAAGAGGAGATCAAGAATGTGATTAACGTGAATATTGAGTAGGGTTTTTAGATTCAAACGCT
GATATCGGGAAGTTTTCTTTTCTTTAGTTTTCGTTTTGTTACGATGGTGAGCAAGAATCAGTGTTGAGGATAAAGTTCTGTCAATTTTGTTTCGATGTAAAAACATTGTGGCAACGAATTTGGCTTTTCATTTAAATATTTGAAAAATGTATTGTTAGATTTTATGTTTTTAATTATTAGATTGAGTACAGGTGTCAAAT
GTCAAATGTCATACATACCTTACCTCTCTGGATTTGAACCTCTCCAATTTAAACCTATAACCTTTCTGGATTTCCTTTCCCGATTTGAACCTATG

>TRINITY_DN106954_c0_g1_i7 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GCATAAGTTTACATTGGTGAGCATCCCAAAAATTCATTAGTACCTTCGAGTTGTAGCATTTTAAAATGTCAGGCTAGGCATCTAATGTCATACGAGGACGAGGAGAACATTCTAGGACCTTCAATGGAAAATATCAACTCTGCCCTGCTTCCAGAGCCTTCTTTCCCTCGCGCTGCTTCCAGAGCCTTCTTTCCCTTCCA
ATAAATAAAATTGTTTAACAACTCCAGGTATCAGTGCGCAGATAATTGTTAGACTTATCTTCGATATCGTTGATTCTTGAAAGTGTTTTGTTTCCTTTTCTATTTGGATTCAAGGgtatgtaatttcagttttctgatcatttcagggtttgtggtgatgactcggagtttttgttatcaggttctttttcagggtttaa
gcggtttgctaactttgtgcatgcctcggcagGAATTATTTGGACAGAAATGGCTACTGTAGCATCTGCAAAGAGTAATGTCATGAAGTCGGTAATTCCGGCCGTCAAGAAATACCTGTTGCCTTCAGGCTGTCCAGGGAATTCTGCTGCCTCTGCAATGTGCCGGAGCCTGTCAACAGCTGCAGCAAAATACAGGCCTG
AGGACGATTCGGCGATTCAGGATGGTAAACAAAGCCGCGAGGCTTCGGAAATCCGCCGTGCGGGTTTCCCTAATATTTTTGAGGGTGAGCCATGCAAAATTTAAAACCCCCTCGAATCTAATGCCTGATAGGTTTTCCATGTCGTCATTAAGGGATTTGACCTTTCCTCTTTTCTGATATGTAGCAGATCCATTTTATCC
TATGAGAAGCTTAGGGTTTGGCCTCGATCAGCTGTTCGATAATCCTTTCCTGGCCGCGTCTCGCAGAACAGGGGATGCCTTTAGAGGCGAGTCGAGAAAGCCGTGGGGTGCGACGGAAGACAAGGAAGCTCTGCATCTCCGTGTGGATATGCCGGGTCTGGGGAAGGAAGACGTCAAAGTTTATGCAGAGGGGAATGCGC
TGGTGATAAAGGGGGAATCCCTCTCAGAGGCAGAGTTGAACGGTAGTGGACGGAAATACAGCAGCCGGATCGAACTTCCTGCGAAAGTGTACAAGCTGGATCAGATCAAAGCTCAGATGAAGAATGGCGTCCTCAAAGTGACTGTTCCCAAGCTTACAGAAGAGGAGATCAAGAATGTGATTAACGTGAATATTGAGTAG
GGTTTTTAGATTCAAACGCTGATATCGGGAAGTTTTCTTTTCTTTAGTTTTCGTTTTGTTACGATGGTGAGCAAGAATCAGTGTTGAGGATAAAGTTCTGTCAATTTTGTTTCGATGTAAAAACATTGTGGCAACGAATTTGGCTTTTCATTTAAATATTTGAAAAATGTATTGTTAGATTTTATGTTTTTAATTATTAG
ATTGAGTACAGGTGTCAAATGTCAAATGTCATACATACCTTACCTCTCTGGATTTGAACCTCTCCAATTTAAACCTATAACCTTTCTGGATTTCCTTTCCCGATTTGAACCTATG

Intron 4 GTGAGCCATG ... TATGTAGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	16.31	161.8	55	8
A2	19.67	131.1	50	14
A3	19.8	190.6	66	27.7
A4	26.18	105.5	51	23.7
A5	21.08	63.1	18	15.7
A6	15.96	990	251	124.4
A7	15.02	1114.1	273	120.4
A8	15.45	988.7	247	113.6
A9	16.34	1052.6	259.7	151
A10	17.12	947.6	243.1	148

>TRINITY_DN122807_c0_g1_i5 from sample A2 / Example spliced isoform

TCGCCATGCCCCTAGGGGATTGATAAGCATAAGTTTACATTGGTGAGCATCCCAAAAATTCATTAGTACCTTCGAGTTGTAGCATTTTAAAATGTCAGGCTAGGCATCTAATGTCATACGAGGACGAGGAGAACATTCTAGGACCTTCAATGGAAAATATCAACTCTGCCCTGCTTCCAGAGCCTTCTTTCCCTCGCGCT
GCTTCCAGAGCCTTCTTTCCCTTCCAATAAATAAAATTGTTTAACAACTCCAGGGTTTGTGGTGATGACTCGGAGTTTTTGTTATCAGGTTCTTTTTCAGGGTTTAAGCGGTTTGCTAACTTTGTGCATGCCTCGGCAGGAATTATTTGGACAGAAATGGCTACTGTAGCATCTGCAAAGAGTAATGTCATGAAGTCGGT
AATTCCGGCCGTCAAGAAATACCTGTTGCCTTCAGGCTGTCCAGGGAATTCTGCTGCCTCTGCAATGTGCCGGAGCCTGTCAACAGCTGCAGCAAAATACAGGCCTGAGGACGATTCGGCGATTCAGGATGGTAAACAAAGCCGCGAGGCTTCGGAAATCCGCCGTGCGGGTTTCCCTAATATTTTTGAGGATCCATTTT
ATCCTATGAGAAGCTTAGGGTTTGGCCCCGATCAGCTGTTCGATAATCCTTTCCTGGCCGCGTCTCGCAGAACAGGGGATGCCTTTAGAGGCGAGTCGAGAAAGCCGTGGGGTGCGACGGAAGACAAGGAAGCTCTGCATCTCCGTGTGGATATGCCGGGTCTGGGGAAGGAAGACGTCAAAGTTTATGCAGAGG

>TRINITY_DN122807_c0_g1_i8 from sample A2 / Example unspliced isoform:

TCGCCATGCCCCTAGGGGATTGATAAGCATAAGTTTACATTGGTGAGCATCCCAAAAATTCATTAGTACCTTCGAGTTGTAGCATTTTAAAATGTCAGGCTAGGCATCTAATGTCATACGAGGACGAGGAGAACATTCTAGGACCTTCAATGGAAAATATCAACTCTGCCCTGCTTCCAGAGCCTTCTTTCCCTCGCGCT
GCTTCCAGAGCCTTCTTTCCCTTCCAATAAATAAAATTGTTTAACAACTCCAGGAATTATTTGGACAGAAATGGCTACTGTAGCATCTGCAAAGAGTAATGTCATGAAGTCGGTAATTCCGGCCGTCAAGAAATACCTGTTGCCTTCAGGCTGTCCAGGGAATTCTGCTGCCTCTGCAATGTGCCGGAGCCTGTCAACAG
CTGCAGCAAAATACAGGCCTGAGGACGATTCGGCGATTCAGGATGGTAAACAAAGCCGCGAGGCTTCGGAAATCCGCCGTGCGGGTTTCCCTAATATTTTTGAGGgtgagccatgcaaaatttaaaaccccctcgaatctaatgcctgataggttttccatgtcgtcattaagggatttgacctttccttttttctgata
tgtagcagATCCATTTTATCCTATGAGAAGCTTAGGGTTTGGCCCCGATCAGCTGTTCGATAATCCTTTCCTGGCCGCGTCTCGCAGAACAGGGGATGCCTTTAGAGGCGAGTCGAGAAAGCCGTGGGGTGCGACGGAAGACAAGGAAGCTCTGCATCTCCGTGTGGATATGCCGGGTCTGGGGAAGGAAGACGTCAAAG
TTTATGCAGAGGGGAATGCGCTGGTGATAAAGGGGGAATCCCTCTCAGAGGCAGAGTTGAACGGTAGTGGACGGAAATACAGCAGCCGGATCGAACTTCCTGCGAAAGTGTACAAGCTGGATCAGATCAAAGCTCAGATGAAGAATGGCGTCCTCAAAGTGACTGTTCCCAAGCTTACAGAAGAGGAGATCAAGAATGTG
ATTAACGTGAATATTGAGTAGGGTTTTTAGATTCAAACGCTGATATCGGGAAGTTTTCTTTTCTTTAGTTTTCGTTTTGTTACGATGGTGAGCAAGAATCAGTGTTGAGGATAAAGTTCTGTCAATTTTGTTTCGATGTAAAAACATTGTGGCAACGAATTTGGCTTTTCATTTAAATATTTGAAAAATGTATTGTTAGA
TTTTATGTTTTTAAT

Intron 5 GTATCAGTGC ... TTGTTATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	57.14	9	10	14
A2	43.59	11	10	7
A3	50.44	28	20	37
A4	58.06	13	13	23
A5	45	11	9	9
A6	40.69	94	84	45
A7	39.48	82	75	32
A8	44.05	47	36	38
A9	39.35	84	66	43
A10	36.99	115	99	36

>TRINITY_DN42667_c0_g1_i1 from sample A6 / Example spliced isoform

TTTTAAAGCAATGTGCTTCTATCGCCATGCCCCTAGGGGATTGATAAGCATAAGTTTACATTGGTGAGCATCCCAAAAATTCATTAGTACCTTCGAGTTGTAGCATTTTAAAATGTCAGGCTAGGCATCTAATGTCATACGAGGACGAGGAGAACATTCTAGGACCTTCAATGGAAAATATCAACTCTGCCCTGCTTCCA
GAGCCTTCTTTCCCTCGCGCTGCTTCCAGAGCCTTCTTTCCCTTCCAATAAATAAAATTGTTTAACAACTCCAGGTTCTTTTTCAGGGTTTAAGCGGTTTGCTAACTTTGTGCATGCCTCGGCAGGAATTATTTGGACAGAAATGGCTACTGTAGCATCTGCAAAGAGTAATGTCATGAAGTCGGTAATTCCGGCCGTCA
AGAAATACCTGTTGCCTTCAGGCTGTCCAGGGAATTCTGCTGCCTCTGCAATGTGCCGGAGCCTGTCAACAGCTGCAGCAAAATACAGGCCTGAGGACGATTCGGCGATTCAGGA

>TRINITY_DN42667_c0_g1_i14 from sample A6 / Example unspliced isoform:

TTTTAAAGCAATGTGCTTCTATCGCCATGCCCCTAGGGGATTGATAAGCATAAGTTTACATTGGTGAGCATCCCAAAAATTCATTAGTACCTTCGAGTTGTAGCATTTTAAAATGTCAGGCTAGGCATCTAATGTCATACGAGGACGAGGAGAACATTCTAGGACCTTCAATGGAAAATATCAACTCTGCCCTGCTTCCA
GAGCCTTCTTTCCCTCGCGCTGCTTCCAGAGCCTTCTTTCCCTTCCAATAAATAAAATTGTTTAACAACTCCAGgtatcagtgcgcagataattgttagacttatcttcgatatcgttgattcttgaaagtgttttgtttccttttctatttggattcaagggtatgtaatttcagttttctgatcatttcagggtttgt
ggtgatgactcggagtttttgttatcagGTTCTTTTTCAGGGTTTAAGCGGTTTGCTAACTTTGTGCATGCCTCGGCAGGAATTATTTGGACAGAAATGGCTACTGTAGCATCTGCAAAGAGTAATGTCATGAAGTCGGTAATTCCGGCCGTCAAGAAATACCTGTTGCCTTCAGGCTGTCCAGGGAATTCTGCTGCCTC
TGCAATGTGCCGGAGCCTGTCAACAGCTGCAGCAAAATACAGGCCTGAGGACGATTCGGCGATTCAGGATGGTAAACAAAGCCGCGAGGCTTCGGAAATCCGCCGTGCGGGTTTCCCTAATATTTTTGAGGGTGAGCCATGCAAAATTTAAAACCCCCTCGAATCTAATGCCTGATAGGTTTTCCATGTCGTCATTAAGG
GATTTGACCTTTCCTCTTTTCTGATATGTAGCAGATCCATTTTATCCTATGAGAAGCTTAGGGTTTGGCCTCGATCAGCTGTTCGATAATCCTTTCCTGGCCGCGTCTCGCAGAACAGGGGATGCCTTTAGAGGCGAGTCGAGAAAGCCGTGGGGTGCGACGGAAGACAAGGAAGCTCTGCATCTCCGTGTGGATATGCC
GGGTATGGGGAAGGAAGACGTCAAAGTTTATGCAGAGGGGAATGCGCTGGTGATAAAGGGGGAATCCCTCTCAGAGGCAGAGTTGAACGGTAGTGGACGGAAATACAGCAGCCGGATCGAACTTCCTGCGAAAGTGTACAAGCTGGATCAGATCAAAGCTCAGATGAAGAATGGCGTCCTCAAAGTGACTGTTCCCAAGC
TTACAGAAGAGGAGATCAAGAATGTGATTAACGTGAATATTGAGTAGGGTTTTTAGATTCAAACGCTGATATCGGGAAGTTTTCTTTTCTTTAGTTTTCGTTTTGTTACGATGGTGAGCAAGAATCAGTGTTGAGGATAAAGTTCTGTCAATTTTGTTTCGATGTAAAAACATTGTGGCAACGAATTTGGCTTTTCATTT
AAATATTTGAAAAATGTATTGTTAGATTTTATGTTTTTAATTATTAGATTGAGTACAGGTGTCAAATGTCAAATGTCATACATACCTTACCTCTCTGGATTTGAACCTCTCCAATTTAAACCTATA

Intron 6 GTATGTAATT ... ATTTGGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	22.49	501	97.5	145.3
A2	21.22	495	75	133.3
A3	21.17	510	94.3	137
A4	22.33	353	65.8	101.5
A5	21.66	246	36.7	68
A6	20.27	1848	222	469.7
A7	21.03	2287	336.7	609
A8	21.1	1684	237	450.3
A9	20.39	2410.7	380	617.3
A10	18.94	2171	357.5	507.3

>TRINITY_DN106954_c0_g1_i3 from sample A3 / Example spliced isoform

TCCATATAGATGTGATGTGTTCTGCTATGATATCGGGTGAAAATTCCCTAAATCTGCTATTCTTCTATAGGGAAATTTATAACTCTAACTGAATAATAACTGTCAATTTACTTTTAAGAACATATTCAAAACTCATTCGAACTTTCGAGATACAGAAGGGACGTTCCAGGACCTTCCATGGCAAAGACTCATACTGCTTC
CAGAGCCTTCTGCCCGTCTCGATAAATAAACATGTCGATTGACAGCAACAGACATTAGTGAGCAGGTTATCGTCAGACTTGTGTTCGTTCTGATTAATTACAGAAGGTTTCTGTTTCTTCTTGGATTCAACGAAATGGCTGCTGTAGCTTTTGCAAAGAGTAATGCCATGAAGTCGGTTATTCCTGCCGTCAAGAAATAT
ATCTTGCCTTCAGGACGTCCAGGGGATTCTGCTGCCTCTGCAATGAGCCGGAGCTTGTCAACAGCTGCAGCAAAATACAGGCCTGAGGACGATTCGGCGATTCAGGAGGATAAACAAAGCCGTCAGGCTTCGGAAATACGCCGCGGGAGCTACCCTAATATTTTTGAGGATTCGTTTTATCCTCTGAGGAGCTTGGGGTT
TGGCCTCGATCAGCTGTTCGATAATCCATTCCTTGCTGTGTCTCGAGGGACAGAGGATGCCCTGCGAAGCGGTTCGAGAAGGCCGTGGGATGCAATTGAAGACAAGGAGGCTCTGCATCTGCGGGTGGACATGCCGGGTCTGGGGAAGGAAGACGTCAAAGTTTATGCAGAGGAGAACGCGCTGGTGATAAAGGGGGAGT
CCCTCTCAGAGGCAGAGTTGGACGGCAGTGGACGGAAATACAGCAGCCGGATCGAACTTCCTGCGAAAGTGTACAAGCTGGACCAGATTAAAGCTCAGATGAAGAATGGCGTCCTTAAAATCACTGCTCCCAAGTTTACAGAAGAGGAGATCAAGAATGTGATTACCGTGAATATCGACTAGGGTTTTCTACAACTTTCT
ACAACTTTTCAGCATAGTAGTATAATTTGGTTGTATTGGCATTACCGTGAATATCGAGTAGGGTTTTCTACAACTTTCTACAACTTTTCAGCATAGTAGCATAATCAGTAGCATAATTCGGTTGTATTGGCATTTTTTTACGGAAATTCAGAGCAATTAGAATTTGTCTATTGACATGTTATAAATAAACCAATGGTTTT
TAATGTAAAAA

>TRINITY_DN106954_c0_g1_i6 from sample A3 / Example unspliced isoform:

TCCATATAGATGTGATGTGTTCTGCTATGATATCGGGTGAAAATTCCCTAAATCTGCTATTCTTCTATAGGGAAATTTATAACTCTAACTGAATAATAACTGTCAATTTACTTTTAAGAACATATTCAAAACTCATTCGAACTTTCGAGATACAGAAGGGACGTTCCAGGACCTTCCATGGCAAAGACTCATACTGCTTC
CAGAGCCTTCTGCCCGTCTCGATAAATAAACATGTCGATTGACAGCAACAGACATTAGTGAGCAGGTTATCGTCAGACTTGTGTTCGTTCTGATTAATTACAGAAGGTTTCTGTTTCTTCTTGGATTCAACGgtatgtaatttcatctttctgataatttcagtctctggtgatgaatcgcggaatttataattatactt
tttccagggtttaagccgtttgctaactatctccatgtctcggcatgatttatttggacagAAATGGCTGCTGTAGCTTTTGCAAAGAGTAATGCCATGAAGTCGGTTATTCCTGCCGTCAAGAAATATATCTTGCCTTCAGGACGTCCAGGGGATTCTGCTGCCTCTGCAATGAGCCGGAGCTTGTCAACAGCTGCAGC
AAAATACAGGCCTGAGGACGATTCGGCGATTCAGGAGGATAAACAAAGCCGTCAGGCTTCGGAAATACGCCGCGGGAGCTACCCTAATATTTTTGAGGATTCGTTTTATCCTCTGAGGAGCTTGGGGTTTGGCCTCGATCAGCTGTTCGATAATCCATTCCTTGCTGTGTCTCGAGGGACAGAGGATGCCCTGCGAAGCG
GTTCGAGAAGGCCGTGGGATGCAATTGAAGACAAGGAGGCTCTGCATCTGCGGGTGGACATGCCGGGTCTGGGGAAGGAAGACGTCAAAGTTTATGCAGAGGAGAACGCGCTGGTGATAAAGGGGGAGTCCCTCTCAGAGGCAGAGTTGGACGGCAGTGGACGGAAATACAGCAGCCGGATCGAACTTCCTGCGAAAGTG
TACAAGCTGGACCAGATTAAAGCTCAGATGAAGAATGGCGTCCTTAAAATCACTGCTCCCAAGTTTACAGAAGAGGAGATCAAGAATGTGATTACCGTGAATATCGACTAGGGTTTTCTACAACTTTCTACAACTTTTCAGCATAGTAGTATAATTTGGTTGTATTGGCATTACCGTGAATATCGAGTAGGGTTTTCTAC
AACTTTCTACAACTTTTCAGCATAGTAGCATAATCAGTAGCATAATTCGGTTGTATTGGCATTTTTTTACGGAAATTCAGAGCAATTAGAATTTGTCTATTGACATGTTATAAATAAACCAATGGTTTTTAATGTAAAAA

Intron 7 GTATCAGTGC ... ATCATTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	51.63	11	5	11.8
A2	27.27	16	6	6
A3	42.66	31	10	23.3
A4	48.14	19	8.3	18
A5	29.76	20	4.5	8.5
A6	21.86	88	46.3	24.8
A7	18.64	86	38	19.8
A8	27.02	50	18.8	18.8
A9	19.82	74	37.8	18.5
A10	15.63	102	55.5	19

>TRINITY_DN122807_c0_g1_i5 from sample A2 / Example spliced isoform

TCGCCATGCCCCTAGGGGATTGATAAGCATAAGTTTACATTGGTGAGCATCCCAAAAATTCATTAGTACCTTCGAGTTGTAGCATTTTAAAATGTCAGGCTAGGCATCTAATGTCATACGAGGACGAGGAGAACATTCTAGGACCTTCAATGGAAAATATCAACTCTGCCCTGCTTCCAGAGCCTTCTTTCCCTCGCGCT
GCTTCCAGAGCCTTCTTTCCCTTCCAATAAATAAAATTGTTTAACAACTCCAGGGTTTGTGGTGATGACTCGGAGTTTTTGTTATCAGGTTCTTTTTCAGGGTTTAAGCGGTTTGCTAACTTTGTGCATGCCTCGGCAGGAATTATTTGGACAGAAATGGCTACTGTAGCATCTGCAAAGAGTAATGTCATGAAGTCGGT
AATTCCGGCCGTCAAGAAATACCTGTTGCCTTCAGGCTGTCCAGGGAATTCTGCTGCCTCTGCAATGTGCCGGAGCCTGTCAACAGCTGCAGCAAAATACAGGCCTGAGGACGATTCGGCGATTCAGGATGGTAAACAAAGCCGCGAGGCTTCGGAAATCCGCCGTGCGGGTTTCCCTAATATTTTTGAGGATCCATTTT
ATCCTATGAGAAGCTTAGGGTTTGGCCCCGATCAGCTGTTCGATAATCCTTTCCTGGCCGCGTCTCGCAGAACAGGGGATGCCTTTAGAGGCGAGTCGAGAAAGCCGTGGGGTGCGACGGAAGACAAGGAAGCTCTGCATCTCCGTGTGGATATGCCGGGTCTGGGGAAGGAAGACGTCAAAGTTTATGCAGAGG

>TRINITY_DN122807_c0_g1_i9 from sample A2 / Example unspliced isoform:

TAAAATTGTTTAACAACTCCAGgtatcagtgcgcagataattgttagacttatcttcgatatcgttgattcttgaaagtgttttgtttccttttctatttggattcaagggtatgtaatttcagttttctgatcatttcagGGTTTGTGGTGATGACTCGGAGTTTTTGTTATCAGGTTCTTTTTCAGGGTTTAAGCGGT
TTGCTAACTTTGTGCATGCCTCGGCATATCAGTGCGCAGATAATTGTTAGACTTATCTTCGATATCGTTGATTCTTGAAAGTGTTTTGTTTCCTTTTCTATTTGGATTCAAGGGAATTATTTGGACAGAAATGGCTACTGTAGCATCTGCAAAGAGTAATGTCATGAAGTCGGTAATTCCGGCCGTCAAGAAATACCTGT
TGCCTTCAGGCTGTCCAGGGAATTCTGCTGCCTCTGCAATGTGCCGGAGCCTGTCAACAGCTGCAGCAAAATACAGGCCTGAGGACGATTCGGCGATTCAGGATGGTAAACAAAGCCGCGAGGCTTCGGAAATCCGCCGTGCGGGTTTCCCTAATATTTTTGAGGGTGAGCCATGCAAAATTTAAAACCCCCTCGAATCT
AATGCCTGATAGGTTTTCCATGTCGTCATTAAGGGATTTGACCTTTCCTTTTTTCTGATATGTAGCAGATCCATTTTATCCTATGAGAAGCTTAGGGTTTGGCCCCGATCAGCTGTTCGATAATCCTTTCCTGGCCGCGTCTCGCAGAACAGGGGATGCCTTTAGAGGCGAGTCGAGAAAGCCGTGGGGTGCGACGGAAG
ACAAGGAAGCTCTGCATCTCCGTGTGGATATGCCGGGTCTGGGGAAGGAAGACGTCAAAGTTTATGCAGAGGGGAATGCGCTGGTGATAAAGGGGGAATCCCTCTCAGAGGCAGAGTTGAACGGTAGTGGACGGAAATACAGCAGCCGGATCGAACTTCCTGCGAAAGTGTACAAGCTGGATCAGATCAAAGCTCAGATG
AAGAATGGCGTCCTCAAAGTGACTGTTCCCAAGCTTACAGAAGAGGAGATCAAGAATGTGATTAACGTGAATATTGAGTAGGGTTTTTAGATTCAAACGCTGATATCGGGAAGTTTTCTTTTCTTTAGTTTTCGTTTTGTTACGATGGTGAGCAAGAATCAGTGTTGAGGATAAAGTTCTGTCAATTTTGTTTCGATGTA
AAAACATTGTGGCAACGAATTTGGCTTTTCATTTAAATATTTGAAAAATGTATTGTTAGATTTTATGTTTTTAAT

Intron 8 GTGATCCTTG ... TATGTAGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	16.53	345.7	59.5	68.5
A2	17.59	349.6	57.6	74.6
A3	23.24	462.9	74.5	140.2
A4	18.03	217.9	43.1	47.9
A5	24.81	165.9	17.1	54.7
A6	20.74	2372.5	323.3	620.8
A7	21.72	2823	367.5	783.5
A8	20.86	2602.2	304.9	686.2
A9	21.5	2753.1	390.5	754.2
A10	22.9	2482.3	287.7	737.3

>TRINITY_DN125156_c9_g2_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

CTATGATACTCCATATAGATGTGATGTGTTCTGCTATGATATCGGGTGAAAATTCCCTAAATCTGCTATTCTTCTATAGGGAAATTTATAACTCTAACTGAATAATAACTGTCAATTTACTTTTAAGAACATATTCAAAACTCATTCGAACTTTCGAGATACAGAAGGGACGTTCCAGGACCTTCCATGGCAAAGACTCA
TACTGCTTCCAGAGCCTTCTGCCCGTCTCGATAAATAAACATGTCGATTGACAGCAACAGACATTAGTGAGCAGGTTATCGTCAGACTTGTGTTCGTTCTGATTAATTACAGAAGGTTTCTGTTTCTTCTTGGATTCAACGAAATGGCTGCTGTAGCTTTTGCAAAGAGTAATGCCATGAAGTCGGTTATTCCTGCCGTC
AAGAAATATATCTTGCCTTCAGGACGTCCAGGGGATTCTGCTGCCTCTGCAATGAGCCGGAGCTTGTCAACAGCTGCAGCAAAATACAGGCCTGAGGACGATTCGGCGATTCAGGAGGATAAACAAAGCCGTCAGGCTTCGGAAATACGCCGCGGGAGCTACCCTAATATTTTTGAGGATTCGTTTTATCCTCTGAGGAG
CTTGGGGTTTGGCCTCGATCAGCTGTTCGATAATCCATTCCTTGCTGTGTCTCGAGGGACAGAGGATGCCCTGCGAAGCGGTTCGAGAAGGCCGTGGGATGCAATTGAAGACAAGGAGGCTCTGCATCTGCGGGTGGACATGCCGGGTCTGGGGAAGGAAGACGTCAAAGTTTATGCAGAGGAGAACGCGCTGGTGATAA
AGGGGGAGTCCCTCTCAGAGGCAGAGTTGGACGGCAGTGGACGGAAATACAGCAGCCGGATCGAACTTCCTGCGAAAGTGTACAAGCTGGACCAGATTAAAGCTCAGATGAAGAATGGCGTCCTTAAAATCACTGCTCCCAAGTTTACAGAAGAGGAGATCAAGAATGTGATTACCGTGAATATCGACTAGGGTTTTCTA
CAACTTTCTACAACTTTTCAGCATAGTAGTATAATTTGGTTGTATTGGCATTACCGTGAATATCGAGTAGGGTTTTCTACAACTTTCTACAACTTTTCAGCATAGTAGCATAATCAGTAGCATAATTCGGTTGTATTGGCATTTTTTTACGGAAATTCAGAGCAATTAGAATTTGTCTATTGACATGTTATAAATAAACC
AATGGTTTTTAATGTATATTTATGCTATATTGGTTTATATATTTGATTAAAAATATTATATATAAGCAAGCTACTTCCGTATTTTATTAGTATTAGATATTTTCATTACGTATTTTTTCCGTCTTGAATCGTATTCGTAGCCATATTCCTACTCGAATTATGCTACTATGTTATGTACCCCTAACGTCCCTGGCCAGAAC

>TRINITY_DN125156_c9_g2_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CTATGATACTCCATATAGATGTGATGTGTTCTGCTATGATATCGGGTGAAAATTCCCTAAATCTGCTATTCTTCTATAGGGAAATTTATAACTCTAACTGAATAATAACTGTCAATTTACTTTTAAGAACATATTCAAAACTCATTCGAACTTTCGAGATACAGAAGGGACGTTCCAGGACCTTCCATGGCAAAGACTCA
TACTGCTTCCAGAGCCTTCTGCCCGTCTCGATAAATAAACATGTCGATTGACAGCAACAGACATTAGTGAGCAGGTTATCGTCAGACTTGTGTTCGTTCTGATTAATTACAGAAGGTTTCTGTTTCTTCTTGGATTCAACGAAATGGCTGCTGTAGCTTTTGCAAAGAGTAATGCCATGAAGTCGGTTATTCCTGCCGTC
AAGAAATATATCTTGCCTTCAGGACGTCCAGGGGATTCTGCTGCCTCTGCAATGAGCCGGAGCTTGTCAACAGCTGCAGCAAAATACAGGCCTGAGGACGATTCGGCGATTCAGGAGGATAAACAAAGCCGTCAGGCTTCGGAAATACGCCGCGGGAGCTACCCTAATATTTTTGAGGgtgatccttgtaaaaacccttg
aattccattcctgtttggtgcgagtcgtaattaaggtctaatcccttcttgttttccggtatgtagcagATTCGTTTTATCCTCTGAGGAGCTTGGGGTTTGGCCTCGATCAGCTGTTCGATAATCCATTCCTTGCTGTGTCTCGAGGGACAGAGGATGCCCTGCGAAGCGGTTCGAGAAGGCCGTGGGATGCAATTGAA
GACAAGGAGGCTCTGCATCTGCGGGTGGACATGCCGGGTCTGGGGAAGGAAGACGTCAAAGTTTATGCAGAGGAGAACGCGCTGGTGATAAAGGGGGAGTCCCTCTCAGAGGCAGAGTTGGACGGCAGTGGACGGAAATACAGCAGCCGGATCGAACTTCCTGCGAAAGTGTACAAGCTGGACCAGATTAAAGCTCAGAT
GAAGAATGGCGTCCTTAAAATCACTGCTCCCAAGTTTACAGAAGAGGAGATCAAGAATGTGATTACCGTGAATATCGACTAGGGTTTTCTACAACTTTCTACAACTTTTCAGCATAGTAGTATAATTTGGTTGTATTGGCATTACCGTGAATATCGAGTAGGGTTTTCTACAACTTTCTACAACTTTTCAGCATAGTAGC
ATAATCAGTAGCATAATTCGGTTGTATTGGCATTTTTTTACGGAAATTCAGAGCAATTAGAATTTGTCTATTGACATGTTATAAATAAACCAATGGTTTTTAATGTATATTTATGCTATATTGGTTTATATATTTGATTAAAAATATTATATATAAGCAAGCTACTTCCGTATTTTATTCGTACTAGATATTTTCGTTAC
GTATTTTTTCCGTATCGAATCGTATTCGTATCCGTATTTGTACTCGAATTATGCTACTATGGTATCGGAGCAGGCCTGAAAGAGAACATTGTGCAGCTGC