sp|Q9C9A2|PP112_ARATH ----> Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g71060, mitochondrial

Intron 1 GCAGTGATAG ... TGTGAATAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	49.15	15	10	19
A2	52.38	10	7	15
A3	64.44	8	13	16
A4	64.52	11	16	24
A5	54.84	7	5	12
A6	75	1	2	4
A7	77.78	1	3	4
A8	100	0	0	3
A9	77.78	4	13	15
A10	77.78	7	18	31

>TRINITY_DN45451_c0_g1_i3 from sample A10 / Example spliced isoform

TTTATATGACTGGTTCTGTAGTATCGGAGTTGCAAAATAGATAAAAACCAAGGTCCCATTTTATCATATACATTAACAACAACATTAGAATTTCGCATGTTCAATTTTTACACCTATTTGCAACTAACGAGGCAAAAGGCCAGGGCAGACAGCTTGGAGCACGAGCTCGTGGTTGGGAGAACATGGAAACCGTGTTCTGT
GTCTACAGGCACTATAATCAGAATCCCTTGTAGATACCTATCACTTATTTGAGCAGATCTCGTGGCTTTAAAGTTATGATGGATATTTAGCAGGGAAGGCCATCATGATAACATTGCCATGGACAGATGAAAGTCAAGAATAGGCTCCTCAGCAGGATCATGGTAGAATGTCTGTGTCAGGCACCTGTTTTATTCTTTCT
GCCACCGTCAAAACCTTTTCCGTGTTCCTTTCGTGGATTGTCGACAAGGGTGTTTTCGGCTACAGCAACCAATAGGATTGGGGACAGGGATGAGAAATTGGAACAGGAAACAAAGGATAAGGGGCCTCGCTCGATCACTTCAAGTAGAAATGCCGAGGATGTTCGGTGCCCGGATCCTCCTTCATTTAATCAGACTCCTT
TTGATGTTAAAGATGAAAGGCTGATTGTCAAAGACCTGTCGCAAAATCCCTTTGCCCAAACAGATAGCCTTCATACAGGCTTTAAGGAAAATGGGATCCCTGTTCCCATCTTGGAGGCAGCTCTTCAGATCAAACGTGGTAGTTTGACAGCTGATCTAGTTTGTCAGGTATTGAGATCTGCTATAGATGATTGGGAGTTG
GGTCTTCGGGTTTTTCTATGGGTTAGGCTGCAGCCTGGTTATAGGCACAATTCAGAGACCTTGGATTTGATGATTCATATTCTGGGCAAGGCTCAGCGATTTCAACTTATGTGGCAATTGATTGAAGAGGTGAAAAAAGAGGCCTATTTGATTAGACCTAAAACCTTTGAGGTCATCGTCCGGAGTTATGTCAAGGCTGG
ATGCGTGGAAGCTGCAGTGGATGCGCTGGAGAGGATGAAAGATTTCAACTGTTGTGTCGGTACATCAGCTCTAAACACTCTAGTCCGGGTTCTTTGCCATGAGAAGCGAATTGAGGATTGTCAATTGATTTTTGAGAGATTGAAAGATACCTACTCCCCTAATGAAAAAACTTATAGTATTCTCATTCAAGGAATGTGTG
AAGCAAATAAACTAACGAAAGCCTTGGAAACGCTGGAAGAGATGATCCAGGAAGGCATTCAACCTACTCTGGGTGCATATACATCCCTTATTGAGACCCTTTGTGCGGCAAACTTGGTGGAAATAGCTAACAAGCTTTTTAATCATATGAAAACTAACATTCTTTACAAGCTTAGAGAAACAAAAGAAGCAGCCAGTACT
TCAGAAGATCTTGCTATATTGAATGAAGTCACTCCAACACTTGATTCTTTCGCGTACAATTGTTTGATTACAAGCCTTTGCACATTAGGTGAAGTAGATGATGCCCGTGAGCTATTGGAGGAAATGGTTAGAAAGGGGTTCACTCCCTGTACAAAGACATACAGTGTTGTTTTCACACAACTTTGCAAAAGAAGAAAGGC
TAGAGAAGCTTTTGAGCTATATAATAATGTTGCGGCAACTGCCTTCTTCCCAACCATACAGATACATGACAATTTGATTGAGATGTTTTGTGGCACTGGGCATGTGGACATGGCTTTAGAACTTTGGAACAAGATGCATGAGAAGCAGTACAGCTGTGGGCACCAAAGTTACAGTGTGCTGATTCACGGTCTTTGTTATA
ATGGTCTTTTTAAAGAAGCTTTTGTGCATTTAAAGAAAATGATAGAGAAGGGAATTGTGCCACTCTATCAAACCTATAGAATGCTACATTTTGGGTTTTTAAAAGATGGCAATATGGAAAATTTCGATGAACTTAAAGAGATTATCAACCAACTCGAGGAAAAAGGGATACAGTTAGCTATGCCCAGGAAGCAGTGGCGT
AAAAGATGATTAAGAGTTGAAGCAGACAGGGGATGGAGTTTGATTTCAAGTGATCAATGATCAGGGAATATCGGTTTCCTGCAGCTGTACAATACGGCTAGCAACAAGAGTCCTGTATGTTCTTATTGAATTCGGCGGCAGATCTGCACGGTGATTTCGGTTCAAATTTTTGGCACATCACAGTTTCTTAGGTTTGCTGC
TTTGTACGGAGTGTCAGGTTTCTGTCACGCAATGTGGCAGACTTGCTTCTCATCAGAATATTGGTCCAAATGGGAACAAAGTATGCAAATAGACTCTTATATAGAGTTCCTGATCCCTAGATGCTTGTCCTTAATAGCAATGGCCGTATTATTGTTGCCATTCCTCCAAAGGAATGCACATATTCTTTTCACACTAAGGG
CATTCTTATCTTTGTCTTGTATTTCATCAAAATTTGTTTCCAAACTATGCCTTAATTATGAAGGATAAAGTTTGGGCACTGTATTGGTTTACAGCTACATGCTTGAGAAGCAGAAAGGTTACTATATGTAAGCTTAACAAGTTCTTAATAATTAGCCACATTTTGGTTAAGGTTGGAGATTTGATAAGTGCACCAACATG
TTGGTATACTCTAATGAGTAGGTATTCATTCTGATTCCCTAGTGGGTTCTCTTAGTTTTTGATGCCATAGCCATGTTTACTGTGACAAGCTGCAAGGGTACCTCGCTGTGATTTAGAAAAGTTCTGACGGTTATGTTACAATCAGTGTTGATAAAATCTCTGATTTCTCCCAATATTTCCGATTTTTCTGAGTTTTTCGG
GTTGCTGATATTTTGGAGTTTTTCAGGTCCAAGTTTATGCTTGCCAATATTTTCTGATAATTTCCGGTATTTCTGATAAATTTATTTCCAAACCC

>TRINITY_DN45451_c0_g1_i4 from sample A10 / Example unspliced isoform:

TACACCTATTTGCAACTAACGAGACAAAAGGCCAGGGCAGAAAGCTTGGAGCAAGAGCTCGTGGTTGGGAGAACATGGAAACCGTGTTCTGTGTCTACAGgcagtgatagaccaaggtaccagcattattgaaaagatgaagattgagcgtgccgtattcaggcttgaaagcttagaatttcatctatgtgttgtgaata
agGCACTATAATCAGAATCCCTTGTAGATACCTATCACTTATTTGAGCAGATCTCGTGGCTTTAAAGTTATGATGGATATTTAGCAGGGAAGGCCATCATGATAACATTGCCATGGACAGATGAAAGTCAAGAATAGGCTCCTCAGCAGGATCATGGTAGAATGTCTGTGTCAGGCACCTGTTTTATTCTTTCTGCCACC
GTCAAAACCTTTTCCGTGTTCCTTTCGTGGATTGTCGACAAGGGTGTTTTCGGCTACAGCAACCAATAGGATTGGGGACAGGGATGAGAAATTGGAACAGGAAACAAAGGATAAGGGGCCTCGCTCGATCACTTCAAGTAGAAATGCCGAGGATGTTCGGTGCCCGGATCCTCCTTCATTTAATCAGACTCCTTTTGATG
TTAAAGATGAAAGGCTGATTGTCAAAGACCTGTCGCAAAATCCCTTTGCCCAAACAGATAGCCTTCATACAGGCTTTAAGGAAAATGGGATCCCTGTTCCCATCTTGGAGGCAGCTCTTCAGATCAAACGTGGTAGTTTGACAGCTGATCTAGTTTGTCAGGTATTGAGATCTGCTATAGATGATTGGGAGTTGGGTCTT
CGGGTTTTTCTATGGGTTAGGCTGCAGCCTGGTTATAGGCACAATTCAGAGACCTTGGATTTGATGATTCATATTCTGGGCAAGGCTCAGCGATTTCAACTTATGTGGCAATTGATTGAAGAGGTGAAAAAAGAGGCCTATTTGATTAGACCTAAAACCTTTGAGGTCATCGTCCGGAGTTATGTCAAGGCTGGATGCGT
GGAAGCTGCAGTGGATGCGCTGGAGAGGATGAAAGATTTCAACTGTTGTGTCGGTACATCAGCTCTAAACACTCTAGTCCGGGTTCTTTGCCATGAGAAGCGAATTGAGGATTGTCAATTGATTTTTGAGAGATTGAAAGATACCTACTCCCCTAATGAAAAAACTTATAGTATTCTCATTCAAGGAATGTGTGAAGCAA
ATAAACTAACGAAAGCCTTGGAAACGCTGGAAGAGATGATCCAGGAAGGCATTCAACCTACTCTGGGTGCATATACATCCCTTATTGAGACCCTTTGTGCGGCAAACTTGGTGGAAATAGCTAACAAGCTTTTTAATCATATGAAAACTAACATTCTTTACAAGCTTAGAGAAACAAAAGAAGCAGCCAGTACTTCAGAA
GATCTTGCTATATTGAATGAAGTCACTCCAACACTTGATTCTTTCGCGTACAATTGTTTGATTACAAGCCTTTGCACATTAGGTGAAGTAGATGATGCCCGTGAGCTATTGGAGGAAATGGTTAGAAAGGGGTTCACTCCCTGTACAAAGACATACAGTGTTGTTTTCACACAACTTTGCAAAAGAAGAAAGGCTAGAGA
AGCTTTTGAGCTATATAATAATGTTGCGGCAACTGCCTTCTTCCCAACCATACAGATACATGACAATTTGATTGAGATGTTTTGTGGCACTGGGCATGTGGACATGGCTTTAGAACTTTGGAACAAGATGCATGAGAAGCAGTACAGCTGTGGGCACCAAAGTTACAGTGTGCTGATTCACGGTCTTTGTTATAATGGTC
TTTTTAAAGAAGCTTTTGTGCATTTAAAGAAAATGATAGAGAAGGGAATTGTGCCACTCTATCAAACCTATAGAATGCTACATTTTGGGTTTTTAAAAGATGGCAATATGGAAAATTTCGATGAACTTAAAGAGATTATCAACCAACTCGAGGAAAAAGGGATACAGTTAGCTATGCCCAGGAAGCAGTGGCGTAAAAGA
TGATTAAGAGTTGAAGCAGACAGGGGATGGAGTTTGATTTCAAGTGATCAATGATCAGGGAATATCGGTTTCCTGCAGCTGTACAATACGGCTAGCAACAAGAGTCCTGTATGTTCTTATTGAATTCGGCGGCAGATCTGCACGGTGATTTCGGTTCAAATTTTTGGCACATCACAGTTTCTTAGGTTTGCTGCTTTGTA
CGGAGTGTCAGGTTTCTGTCACGCAATGTGGCAGACTTGCTTCTCATCAGAATATTGGTCCAAATGGGAACAAAGTATGCAAATAGACTCTTATATAGAGTTCCTGATCCCTAGATGCTTGTCCTTAATAGCAATGGCCGTATTATTGTTGCCATTCCTCCAAAGGAATGCACATATTCTTTTCACACTAAGGGCATTCT
TATCTTTGTCTTGTATTTCATCAAAATTTGTTTCCAAACTATGCCTTAATTATGAAGGATAAAGTTTGGGCACTGTATTGGTTTACAGCTACATGCTTGAGAAGCAGAAAGGTTACTATATGTAAGCTTAACAAGTTCTTAATAATTAGCCACATTTTGGTTAAGGTTGGAGATTTGATAAGTGCACCAACATGTTGGTA
TACTCTAATGAGTAGGTATTCATTCTGATTCCCTAGTGGGTTCTCTTAGTTTTTGATGCCATAGCCATGTTTACTGTGACAAGCTGCAAGGGTACCTCGCTGTGATTTAGAAAAGTTCTGACGGTTATGTTACAATCAGTGTTGATAAAATCTCTGATTTCTCCCAATATTTCCGATTTTTCTGAGTTTTTCGGGTTGCT
GATATTTTGGAGTTTTTCAGGTCCAAGTTTATGCTTGCCAATATTTTCTGATAATTTCCGGTATTTCTGATAAATTTATTTCCAAACCC

Intron 2 GTAATAAATT ... TATTGTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	40.54	11	6	9
A2	26.58	29	6	15
A3	19.05	17	4	4
A4	27.54	25	15	4
A5	11.11	8	0	2
A6	20	6	1	2
A7	10.34	13	1	2
A8	25	3	1	1
A9	19.05	17	6	2
A10	25.49	19	4	9

>TRINITY_DN124080_c8_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

AGACACCCAAGCTCTATTGCGTCTGTAATTCTGAAAGGAGTATTTCTATTTATATGACTGGTTCTGTAGTATCGGAGTTGCAAAATAGATAAAAACAAAGGTCCCATTTTATCATATACATTAACAACAACATTAGAATTTCGTATGTTCAATTTTTACACCTATTTGCAACTAACGAGACAAAAGGCCAGGGCAGAAAG
CTTGGAGCAAGAGCTCGTGGTTGGGAGAACATGGAAACCGTGTTCTGTGTCTACAGGCAGTGATAGACCAAGGTACCAGCATTATTGAAAAGATGAAGATTGAGCGTGCCGTATTCAGGCTTGAAAGCTTAGAATTTCATCTATGTGTTGTGAATAAGGCACTATAATCAGAATCCCTTGTAGATACCTATCACTTATTT
GAGCAGATCTCGTGGCTTTAAAGTTATGATGGATATTTAGCAGGGAAGGCCATCATGATAACATTGCCATGGACAGATGAAAGTCAAGAATAGGCTCCTCAGCAGGATCATGGTAGAATGTCTGTGTCAGGCACCTGTTTTATTCTTTCTGCCACCGTCAAAACCTTTTCTGTGTTCCTTTCGTGGATTGTCGACAAGGG
TGTTTTCGGCTACAGCAACCAATAGGATTGGGGACAGGGATGAGAAATTGGAACAGGAAACAAAGGATAAGGGGCCTCGCTCGATCACTTCAAGTAGAAATGCCGAGGATGTTCGGTGCCCGGATCCTCCTTCATTTAATCAGACTCCTTTTGATGTTAAAGATGAAAGGCTGATTGTCAAAGACCTGTCGCAAAATCCC
TTTGCCCAAACAGATAGCCTTCATACAGGCTTTAAGGAAAATGGGATCCCTGTTCCCATCTTGGAGGCAGCTCTTCAGATCAAACGTGGTAGTTTGACAGCTGATCTAGTTTGTCAGGTATTGAGATCTGCTATAGATGATTGGGAGTTGGGTCTTCGGGTTTTTCTATGGGTTAGGCTGCAGCCTGGTTATAGGCACAA
TTCAGAGACCTTGGATTTGATGATTCATATTCTGGGCAAGGCTCAGCGATTTCAACTTATGTGGCAATTGATTGAAGAGGTGAAAAAAGAGGCCTATTTGATTAGACCTAAAACCTTTGAGGTCATCGTCCGGAGTTATGTCAAGGCTGGATGCGTGGAAGCTGCAGTGGATGCGCTGGAGAGGATGAAAGATTTCAACT
GTTGTGTCGGTACATCAGCTCTAAACACTCTAGTCCGGGTTCTTTGCCATGAGAAGCGAATTGAGGATTGTCAATTGATTTTTGAGAGATTGAAAGATACCTACTCCCCTAATGAAAAAACTTATAGTATTCTCATTCAAGGAATGTGTGAAGCAAATAAACTAACGAAAGCCTTGGAAACGCTGGAAGAGATGATCCAG
GAAGGCATTCAACCTACTCTGGGTGCATATACATCCCTTATTGAGACCCTTTGTGCGGCAAACTTGGTGGAAATAGCTAACAAGCTTTTTAATCATATGAAAACTAACATTCTTTACAAGCTTAGAGAAACAAAAGAAGCAGCCAGTACTTCAGAAGATCTTGCTATATTGAATGAAGTCACTCCAACACTTGATTCTTT
CGCGTACAATTGTTTGATTACAAGCCTTTGCACATTAGGTGAAGTAGATGATGCCCGTGAGCTATTGGAGGAAATGGTTAGAAAGGGGTTCACTCCCTGTACAAAGACATACAGTGTTGTTTTCACACAACTTTGCAAAAGAAGAAAGGCTAGAGAAGCTTTTGAGCTATATAATAATGTTGCGGCAACTGCCTTCTTCC
CAACCATACAGATACATGACAATTTGATTGAGATGTTTTGTGGCACTGGGCATGTGGACATGGCTTTAGAACTTTGGAACAAGATGCATGAGAAGCAGTACAGCTGTGGGCACCAAAGTTACAGTGTGCTGATTCACGGTCTTTGTTATAATGGTCTTTTTAAAGAAGCTTTTGTGCATTTAAAGAAAATGATAGAGAAG
GGAATTGTGCCACTCTATCAAACCTATAGAATGCTACATTTTGGGTTTTTAAAAGATGGCAATATGGAAAATTTCGATGAACTTAAAGAGATTATCAACCAACTCGAGGAAAAAGGGATACAGTTAGCTATGCCCAGGAAGCAGTGGCGTAAAAGATGATTAAGAGTTGAAGCAGACAGGGGATGGAGTTTGATTTCAAG
TGATCAATGATCAGGGAATATCGGTTTCCTGCAGCTGTACAATACGGCTAGCAACAAGAGTCCTGTATGTTCTTATTGAATTCGGCGGCAGATCTGCACGGTGATTTCGGTTCAAATTTTTGGCACATCACAGTTTCTTAGGTTTGCTGCTTTGTACGGAGTGTCAGGTTTCTGTCACGCAATGTGGCAGACTTGCTTCT
CATCAGAATATTGGTCCAAATGGGAACAAAGTATGCAAATAGACTCTTATATAGAGTTCCTGATCCCTAGATGCTTGTCCTTAATAACAATGGCCGTGTTATTGTTGCCATTCCTCCAAAGGAATGCACATATTCTTTTCACACTAAGGGCATTCTTATCTTTGTCTTGTATTTCATCAAAATTTGTTTCCAAACTATGC
CTTAATTATGAAGGATAAAGTTTGGGCACTGTATTGGTTTACAGCTACATGCTTGAGAAGCAGAAAGGTTACTATATGTAAGCTTAACAAGTTCTTAATAATTAGCCACATTTTGGTTAAGGTTGGAGATTGGATAAGTGCACCAACATGTTGGTATACTCTAATGAGTAGGTATTCATTCTGATTCCCTAGTGGGTTCT
CCTAGTTTTTGATGCCATAGCCATGTTTACTGTGACAAGCTGCAAGGGTACCTCGCTGTGATTTAGAAAAGTTCTGACGGTTATGTTACAATCAGTGTTGATAAAATCTCTGATTTCTCCCAATATTTCCGATTTTTTCCGATTTTTTCAGGTTGCCAATATTTCCTAGTTTTTCCAAGTCGAAATTTTCCTTCCAAACC
CTTGGTGATATATTCCCCAAAATGATATTTACTGTTAGAATTTAAGATAGCAATATAATTTTTATCTCTTTCAACTTTAATTGCAATAGAAACAAACACAGGATCACTGAAA

>TRINITY_DN124080_c8_g1_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AGACACCCAAGCTCTATTGCGTCTGTAATTCTGAAAGGAGTATTTCTATTTATATGACTGGTTCTGTAGTATCGGAGTTGCAAAATAGATAAAAACAAAGGTCCCATTTTATCATATACATTAACAACAACATTAGAATTTCGTATGTTCAATTTTTACACCTATTTGCAACTAACGAGACAAAAGGCCAGGGCAGAAAG
CTTGGAGCAAGAGCTCGTGGTTGGGAGAACATGGAAACCGTGTTCTGTGTCTACAGGCAGTGATAGACCAAGGTACCAGCATTATTGAAAAGATGAAGATTGAGCGTGCCGTATTCAGGCTTGAAAGCTTAGAATTTCATCTATGTGTTGTGAATAAGGCACTATAATCAGAATCCCTTGTAGATACCTATCACTTATTT
GAGCAGATCTCGTGGCTTTAAAGTTATGATGGATATTTAGCAGGGAAGGCCATCATGATAACATTGCCATGGACAGATGAAAGTCAAGAATAGGCTCCTCAGCAGGATCATGGTAGAATGTCTGTGTCAGgtaataaattcaaactccatcaaagtaccttgttggcatttgattaagttgctatgtggagtctgaggat
tagaagtagcccttctctatagcgaaatccccccttgtctctgctacaaaattgcccaactcccttatgttgtttttgctgattgttttattgttcagGCACCTGTTTTATTCTTTCTGCCACCGTCAAAACCTTTTCTGTGTTCCTTTCGTGGATTGTCGACAAGGGTGTTTTCGGCTACAGCAACCAATAGGATTGGG
GACAGGGATGAGAAATTGGAACAGGAAACAAAGGATAAGGGGCCTCGCTCGATCACTTCAAGTAGAAATGCCGAGGATGTTCGGTGCCCGGATCCTCCTTCATTTAATCAGACTCCTTTTGATGTTAAAGATGAAAGGCTGATTGTCAAAGACCTGTCGCAAAATCCCTTTGCCCAAACAGATAGCCTTCATACAGGCTT
TAAGGAAAATGGGATCCCTGTTCCCATCTTGGAGGCAGCTCTTCAGATCAAACGTGGTAGTTTGACAGCTGATCTAGTTTGTCAGGTATTGAGATCTGCTATAGATGATTGGGAGTTGGGTCTTCGGGTTTTTCTATGGGTTAGGCTGCAGCCTGGTTATAGGCACAATTCAGAGACCTTGGATTTGATGATTCATATTC
TGGGCAAGGCTCAGCGATTTCAACTTATGTGGCAATTGATTGAAGAGGTGAAAAAAGAGGCCTATTTGATTAGACCTAAAACCTTTGAGGTCATCGTCCGGAGTTATGTCAAGGCTGGATGCGTGGAAGCTGCAGTGGATGCGCTGGAGAGGATGAAAGATTTCAACTGTTGTGTCGGTACATCAGCTCTAAACACTCTA
GTCCGGGTTCTTTGCCATGAGAAGCGAATTGAGGATTGTCAATTGATTTTTGAGAGATTGAAAGATACCTACTCCCCTAATGAAAAAACTTATAGTATTCTCATTCAAGGAATGTGTGAAGCAAATAAACTAACGAAAGCCTTGGAAACGCTGGAAGAGATGATCCAGGAAGGCATTCAACCTACTCTGGGTGCATATAC
ATCCCTTATTGAGACCCTTTGTGCGGCAAACTTGGTGGAAATAGCTAACAAGCTTTTTAATCATATGAAAACTAACATTCTTTACAAGCTTAGAGAAACAAAAGAAGCAGCCAGTACTTCAGAAGATCTTGCTATATTGAATGAAGTCACTCCAACACTTGATTCTTTCGCGTACAATTGTTTGATTACAAGCCTTTGCA
CATTAGGTGAAGTAGATGATGCCCGTGAGCTATTGGAGGAAATGGTTAGAAAGGGGTTCACTCCCTGTACAAAGACATACAGTGTTGTTTTCACACAACTTTGCAAAAGAAGAAAGGCTAGAGAAGCTTTTGAGCTATATAATAATGTTGCGGCAACTGCCTTCTTCCCAACCATACAGATACATGACAATTTGATTGAG
ATGTTTTGTGGCACTGGGCATGTGGACATGGCTTTAGAACTTTGGAACAAGATGCATGAGAAGCAGTACAGCTGTGGGCACCAAAGTTACAGTGTGCTGATTCACGGTCTTTGTTATAATGGTCTTTTTAAAGAAGCTTTTGTGCATTTAAAGAAAATGATAGAGAAGGGAATTGTGCCACTCTATCAAACCTATAGAAT
GCTACATTTTGGGTTTTTAAAAGATGGCAATATGGAAAATTTCGATGAACTTAAAGAGATTATCAACCAACTCGAGGAAAAAGGGATACAGTTAGCTATGCCCAGGAAGCAGTGGCGTAAAAGATGATTAAGAGTTGAAGCAGACAGGGGATGGAGTTTGATTTCAAGTGATCAATGATCAGGGAATATCGGTTTCCTGC
AGCTGTACAATACGGCTAGCAACAAGAGTCCTGTATGTTCTTATTGAATTCGGCGGCAGATCTGCACGGTGATTTCGGTTCAAATTTTTGGCACATCACAGTTTCTTAGGT

Intron 3 GTCAGTAAAC ... TGTGAATAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	48.28	15	10	18
A2	58.33	10	13	15
A3	56.76	8	8	13
A4	66.67	11	21	23
A5	63.16	7	14	10
A6	75	1	2	4
A7	71.43	1	2	3
A8	100	0	0	4
A9	71.43	4	5	15
A10	68.18	7	5	25

>TRINITY_DN45451_c0_g1_i3 from sample A10 / Example spliced isoform

TTTATATGACTGGTTCTGTAGTATCGGAGTTGCAAAATAGATAAAAACCAAGGTCCCATTTTATCATATACATTAACAACAACATTAGAATTTCGCATGTTCAATTTTTACACCTATTTGCAACTAACGAGGCAAAAGGCCAGGGCAGACAGCTTGGAGCACGAGCTCGTGGTTGGGAGAACATGGAAACCGTGTTCTGT
GTCTACAGGCACTATAATCAGAATCCCTTGTAGATACCTATCACTTATTTGAGCAGATCTCGTGGCTTTAAAGTTATGATGGATATTTAGCAGGGAAGGCCATCATGATAACATTGCCATGGACAGATGAAAGTCAAGAATAGGCTCCTCAGCAGGATCATGGTAGAATGTCTGTGTCAGGCACCTGTTTTATTCTTTCT
GCCACCGTCAAAACCTTTTCCGTGTTCCTTTCGTGGATTGTCGACAAGGGTGTTTTCGGCTACAGCAACCAATAGGATTGGGGACAGGGATGAGAAATTGGAACAGGAAACAAAGGATAAGGGGCCTCGCTCGATCACTTCAAGTAGAAATGCCGAGGATGTTCGGTGCCCGGATCCTCCTTCATTTAATCAGACTCCTT
TTGATGTTAAAGATGAAAGGCTGATTGTCAAAGACCTGTCGCAAAATCCCTTTGCCCAAACAGATAGCCTTCATACAGGCTTTAAGGAAAATGGGATCCCTGTTCCCATCTTGGAGGCAGCTCTTCAGATCAAACGTGGTAGTTTGACAGCTGATCTAGTTTGTCAGGTATTGAGATCTGCTATAGATGATTGGGAGTTG
GGTCTTCGGGTTTTTCTATGGGTTAGGCTGCAGCCTGGTTATAGGCACAATTCAGAGACCTTGGATTTGATGATTCATATTCTGGGCAAGGCTCAGCGATTTCAACTTATGTGGCAATTGATTGAAGAGGTGAAAAAAGAGGCCTATTTGATTAGACCTAAAACCTTTGAGGTCATCGTCCGGAGTTATGTCAAGGCTGG
ATGCGTGGAAGCTGCAGTGGATGCGCTGGAGAGGATGAAAGATTTCAACTGTTGTGTCGGTACATCAGCTCTAAACACTCTAGTCCGGGTTCTTTGCCATGAGAAGCGAATTGAGGATTGTCAATTGATTTTTGAGAGATTGAAAGATACCTACTCCCCTAATGAAAAAACTTATAGTATTCTCATTCAAGGAATGTGTG
AAGCAAATAAACTAACGAAAGCCTTGGAAACGCTGGAAGAGATGATCCAGGAAGGCATTCAACCTACTCTGGGTGCATATACATCCCTTATTGAGACCCTTTGTGCGGCAAACTTGGTGGAAATAGCTAACAAGCTTTTTAATCATATGAAAACTAACATTCTTTACAAGCTTAGAGAAACAAAAGAAGCAGCCAGTACT
TCAGAAGATCTTGCTATATTGAATGAAGTCACTCCAACACTTGATTCTTTCGCGTACAATTGTTTGATTACAAGCCTTTGCACATTAGGTGAAGTAGATGATGCCCGTGAGCTATTGGAGGAAATGGTTAGAAAGGGGTTCACTCCCTGTACAAAGACATACAGTGTTGTTTTCACACAACTTTGCAAAAGAAGAAAGGC
TAGAGAAGCTTTTGAGCTATATAATAATGTTGCGGCAACTGCCTTCTTCCCAACCATACAGATACATGACAATTTGATTGAGATGTTTTGTGGCACTGGGCATGTGGACATGGCTTTAGAACTTTGGAACAAGATGCATGAGAAGCAGTACAGCTGTGGGCACCAAAGTTACAGTGTGCTGATTCACGGTCTTTGTTATA
ATGGTCTTTTTAAAGAAGCTTTTGTGCATTTAAAGAAAATGATAGAGAAGGGAATTGTGCCACTCTATCAAACCTATAGAATGCTACATTTTGGGTTTTTAAAAGATGGCAATATGGAAAATTTCGATGAACTTAAAGAGATTATCAACCAACTCGAGGAAAAAGGGATACAGTTAGCTATGCCCAGGAAGCAGTGGCGT
AAAAGATGATTAAGAGTTGAAGCAGACAGGGGATGGAGTTTGATTTCAAGTGATCAATGATCAGGGAATATCGGTTTCCTGCAGCTGTACAATACGGCTAGCAACAAGAGTCCTGTATGTTCTTATTGAATTCGGCGGCAGATCTGCACGGTGATTTCGGTTCAAATTTTTGGCACATCACAGTTTCTTAGGTTTGCTGC
TTTGTACGGAGTGTCAGGTTTCTGTCACGCAATGTGGCAGACTTGCTTCTCATCAGAATATTGGTCCAAATGGGAACAAAGTATGCAAATAGACTCTTATATAGAGTTCCTGATCCCTAGATGCTTGTCCTTAATAGCAATGGCCGTATTATTGTTGCCATTCCTCCAAAGGAATGCACATATTCTTTTCACACTAAGGG
CATTCTTATCTTTGTCTTGTATTTCATCAAAATTTGTTTCCAAACTATGCCTTAATTATGAAGGATAAAGTTTGGGCACTGTATTGGTTTACAGCTACATGCTTGAGAAGCAGAAAGGTTACTATATGTAAGCTTAACAAGTTCTTAATAATTAGCCACATTTTGGTTAAGGTTGGAGATTTGATAAGTGCACCAACATG
TTGGTATACTCTAATGAGTAGGTATTCATTCTGATTCCCTAGTGGGTTCTCTTAGTTTTTGATGCCATAGCCATGTTTACTGTGACAAGCTGCAAGGGTACCTCGCTGTGATTTAGAAAAGTTCTGACGGTTATGTTACAATCAGTGTTGATAAAATCTCTGATTTCTCCCAATATTTCCGATTTTTCTGAGTTTTTCGG
GTTGCTGATATTTTGGAGTTTTTCAGGTCCAAGTTTATGCTTGCCAATATTTTCTGATAATTTCCGGTATTTCTGATAAATTTATTTCCAAACCC

>TRINITY_DN45451_c0_g1_i1 from sample A10 / Example unspliced isoform:

TTTATATGACTGGTTCTGTAGTATCGGAGTTGCAAAATAGATAAAAACCAAGGTCCCATTTTATCATATACATTAACAACAACATTAGAATTTCGCATGTTCAATTTTTACACCTATTTGCAACTAACGAGGCAAAAGGCCAGGGCAGACAGCTTGGAGCACGAGCTCGTGGTTGGGAGAACATGGAAACCGTGTTCTGT
GTCTACAGgtcagtaaacagatctatctcaccttaactttatgcccatctattttttttcatacaaatactagggcagaaaagtgtttgggcgctgccctgaaaattttaatggctctacactgataggcagtgatagaccaaggtaccagcattattgaaaagatgaagattgagcgtgccgtattcaggcttgaaagc
ttagaatttcatctatgtgttgtgaataagGCACTATAATCAGAATCCCTTGTAGATACCTATCACTTATTTGAGCAGATCTCGTGGCTTTAAAGTTATGATGGATATTTAGCAGGGAAGGCCATCATGATAACATTGCCATGGACAGATGAAAGTCAAGAATAGGCTCCTCAGCAGGATCATGGTAGAATGTCTGTGTC
AGGCACCTGTTTTATTCTTTCTGCCACCGTCAAAACCTTTTCCGTGTTCCTTTCGTGGATTGTCGACAAGGGTGTTTTCGGCTACAGCAACCAATAGGATTGGGGACAGGGATGAGAAATTGGAACAGGAAACAAAGGATAAGGGGCCTCGCTCGATCACTTCAAGTAGAAATGCCGAGGATGTTCGGTGCCCGGATCCT
CCTTCATTTAATCAGACTCCTTTTGATGTTAAAGATGAAAGGCTGATTGTCAAAGACCTGTCGCAAAATCCCTTTGCCCAAACAGATAGCCTTCATACAGGCTTTAAGGAAAATGGGATCCCTGTTCCCATCTTGGAGGCAGCTCTTCAGATCAAACGTGGTAGTTTGACAGCTGATCTAGTTTGTCAGGTATTGAGATC
TGCTATAGATGATTGGGAGTTGGGTCTTCGGGTTTTTCTATGGGTTAGGCTGCAGCCTGGTTATAGGCACAATTCAGAGACCTTGGATTTGATGATTCATATTCTGGGCAAGGCTCAGCGATTTCAACTTATGTGGCAATTGATTGAAGAGGTGAAAAAAGAGGCCTATTTGATTAGACCTAAAACCTTTGAGGTCATCG
TCCGGAGTTATGTCAAGGCTGGATGCGTGGAAGCTGCAGTGGATGCGCTGGAGAGGATGAAAGATTTCAACTGTTGTGTCGGTACATCAGCTCTAAACACTCTAGTCCGGGTTCTTTGCCATGAGAAGCGAATTGAGGATTGTCAATTGATTTTTGAGAGATTGAAAGATACCTACTCCCCTAATGAAAAAACTTATAGT
ATTCTCATTCAAGGAATGTGTGAAGCAAATAAACTAACGAAAGCCTTGGAAACGCTGGAAGAGATGATCCAGGAAGGCATTCAACCTACTCTGGGTGCATATACATCCCTTATTGAGACCCTTTGTGCGGCAAACTTGGTGGAAATAGCTAACAAGCTTTTTAATCATATGAAAACTAACATTCTTTACAAGCTTAGAGA
AACAAAAGAAGCAGCCAGTACTTCAGAAGATCTTGCTATATTGAATGAAGTCACTCCAACACTTGATTCTTTCGCGTACAATTGTTTGATTACAAGCCTTTGCACATTAGGTGAAGTAGATGATGCCCGTGAGCTATTGGAGGAAATGGTTAGAAAGGGGTTCACTCCCTGTACAAAGACATACAGTGTTGTTTTCACAC
AACTTTGCAAAAGAAGAAAGGCTAGAGAAGCTTTTGAGCTATATAATAATGTTGCGGCAACTGCCTTCTTCCCAACCATACAGATACATGACAATTTGATTGAGATGTTTTGTGGCACTGGGCATGTGGACATGGCTTTAGAACTTTGGAACAAGATGCATGAGAAGCAGTACAGCTGTGGGCACCAAAGTTACAGTGTG
CTGATTCACGGTCTTTGTTATAATGGTCTTTTTAAAGAAGCTTTTGTGCATTTAAAGAAAATGATAGAGAAGGGAATTGTGCCACTCTATCAAACCTATAGAATGCTACATTTTGGGTTTTTAAAAGATGGCAATATGGAAAATTTCGATGAACTTAAAGAGATTATCAACCAACTCGAGGAAAAAGGGATACAGTTAGC
TATGCCCAGGAAGCAGTGGCGTAAAAGATGATTAAGAGTTGAAGCAGACAGGGGATGGAGTTTGATTTCAAGTGATCAATGATCAGGGAATATCGGTTTCCTGCAGCTGTACAATACGGCTAGCAACAAGAGTCCTGTATGTTCTTATTGAATTCGGCGGCAGATCTGCACGGTGATTTCGGTTCAAATTTTTGGCACAT
CACAGTTTCTTAGGTTTGCTGCTTTGTACGGAGTGTCAGGTTTCTGTCACGCAATGTGGCAGACTTGCTTCTCATCAGAATATTGGTCCAAATGGGAACAAAGTATGCAAATAGACTCTTATATAGAGTTCCTGATCCCTAGATGCTTGTCCTTAATAGCAATGGCCGTATTATTGTTGCCATTCCTCCAAAGGAATGCA
CATATTCTTTTCACACTAAGGGCATTCTTATCTTTGTCTTGTATTTCATCAAAATTTGTTTCCAAACTATGCCTTAATTATGAAGGATAAAGTTTGGGCACTGTATTGGTTTACAGCTACATGCTTGAGAAGCAGAAAGGTTACTATATGTAAGCTTAACAAGTTCTTAATAATTAGCCACATTTTGGTTAAGGTTGGAG
ATTTGATAAGTGCACCAACATGTTGGTATACTCTAATGAGTAGGTATTCATTCTGATTCCCTAGTGGGTTCTCTTAGTTTTTGATGCCATAGCCATGTTTACTGTGACAAGCTGCAAGGGTACCTCGCTGTGATTTAGAAAAGTTCTGACGGTTATGTTACAATCAGTGTTGATAAAATCTCTGATTTCTCCCAATATTT
CCGATTTTTCTGAGTTTTTCGGGTTGCTGATATTTTGGAGTTTTTCAGGTCCAAGTTTATGCTTGCCAATATTTTCTGATAATTTCCGGTATTTCTGATAAATTTATTTCCAAACCC

Intron 4 GTATGTTTTA ... TTTTTGCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	34.55	18	13	6
A2	33.33	11	2	9
A3	26.03	27	11	8
A4	37.93	18	13	9
A5	39.13	7	5	4
A6	35.29	44	28	20
A7	35.85	34	15	23
A8	27.74	56	15	28
A9	34.07	30	13	18
A10	23.89	43	16	11

>TRINITY_DN124080_c8_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

AGACACCCAAGCTCTATTGCGTCTGTAATTCTGAAAGGAGTATTTCTATTTATATGACTGGTTCTGTAGTATCGGAGTTGCAAAATAGATAAAAACAAAGGTCCCATTTTATCATATACATTAACAACAACATTAGAATTTCGTATGTTCAATTTTTACACCTATTTGCAACTAACGAGACAAAAGGCCAGGGCAGAAAG
CTTGGAGCAAGAGCTCGTGGTTGGGAGAACATGGAAACCGTGTTCTGTGTCTACAGGCAGTGATAGACCAAGGTACCAGCATTATTGAAAAGATGAAGATTGAGCGTGCCGTATTCAGGCTTGAAAGCTTAGAATTTCATCTATGTGTTGTGAATAAGGCACTATAATCAGAATCCCTTGTAGATACCTATCACTTATTT
GAGCAGATCTCGTGGCTTTAAAGTTATGATGGATATTTAGCAGGGAAGGCCATCATGATAACATTGCCATGGACAGATGAAAGTCAAGAATAGGCTCCTCAGCAGGATCATGGTAGAATGTCTGTGTCAGGCACCTGTTTTATTCTTTCTGCCACCGTCAAAACCTTTTCTGTGTTCCTTTCGTGGATTGTCGACAAGGG
TGTTTTCGGCTACAGCAACCAATAGGATTGGGGACAGGGATGAGAAATTGGAACAGGAAACAAAGGATAAGGGGCCTCGCTCGATCACTTCAAGTAGAAATGCCGAGGATGTTCGGTGCCCGGATCCTCCTTCATTTAATCAGACTCCTTTTGATGTTAAAGATGAAAGGCTGATTGTCAAAGACCTGTCGCAAAATCCC
TTTGCCCAAACAGATAGCCTTCATACAGGCTTTAAGGAAAATGGGATCCCTGTTCCCATCTTGGAGGCAGCTCTTCAGATCAAACGTGGTAGTTTGACAGCTGATCTAGTTTGTCAGGTATTGAGATCTGCTATAGATGATTGGGAGTTGGGTCTTCGGGTTTTTCTATGGGTTAGGCTGCAGCCTGGTTATAGGCACAA
TTCAGAGACCTTGGATTTGATGATTCATATTCTGGGCAAGGCTCAGCGATTTCAACTTATGTGGCAATTGATTGAAGAGGTGAAAAAAGAGGCCTATTTGATTAGACCTAAAACCTTTGAGGTCATCGTCCGGAGTTATGTCAAGGCTGGATGCGTGGAAGCTGCAGTGGATGCGCTGGAGAGGATGAAAGATTTCAACT
GTTGTGTCGGTACATCAGCTCTAAACACTCTAGTCCGGGTTCTTTGCCATGAGAAGCGAATTGAGGATTGTCAATTGATTTTTGAGAGATTGAAAGATACCTACTCCCCTAATGAAAAAACTTATAGTATTCTCATTCAAGGAATGTGTGAAGCAAATAAACTAACGAAAGCCTTGGAAACGCTGGAAGAGATGATCCAG
GAAGGCATTCAACCTACTCTGGGTGCATATACATCCCTTATTGAGACCCTTTGTGCGGCAAACTTGGTGGAAATAGCTAACAAGCTTTTTAATCATATGAAAACTAACATTCTTTACAAGCTTAGAGAAACAAAAGAAGCAGCCAGTACTTCAGAAGATCTTGCTATATTGAATGAAGTCACTCCAACACTTGATTCTTT
CGCGTACAATTGTTTGATTACAAGCCTTTGCACATTAGGTGAAGTAGATGATGCCCGTGAGCTATTGGAGGAAATGGTTAGAAAGGGGTTCACTCCCTGTACAAAGACATACAGTGTTGTTTTCACACAACTTTGCAAAAGAAGAAAGGCTAGAGAAGCTTTTGAGCTATATAATAATGTTGCGGCAACTGCCTTCTTCC
CAACCATACAGATACATGACAATTTGATTGAGATGTTTTGTGGCACTGGGCATGTGGACATGGCTTTAGAACTTTGGAACAAGATGCATGAGAAGCAGTACAGCTGTGGGCACCAAAGTTACAGTGTGCTGATTCACGGTCTTTGTTATAATGGTCTTTTTAAAGAAGCTTTTGTGCATTTAAAGAAAATGATAGAGAAG
GGAATTGTGCCACTCTATCAAACCTATAGAATGCTACATTTTGGGTTTTTAAAAGATGGCAATATGGAAAATTTCGATGAACTTAAAGAGATTATCAACCAACTCGAGGAAAAAGGGATACAGTTAGCTATGCCCAGGAAGCAGTGGCGTAAAAGATGATTAAGAGTTGAAGCAGACAGGGGATGGAGTTTGATTTCAAG
TGATCAATGATCAGGGAATATCGGTTTCCTGCAGCTGTACAATACGGCTAGCAACAAGAGTCCTGTATGTTCTTATTGAATTCGGCGGCAGATCTGCACGGTGATTTCGGTTCAAATTTTTGGCACATCACAGTTTCTTAGGTTTGCTGCTTTGTACGGAGTGTCAGGTTTCTGTCACGCAATGTGGCAGACTTGCTTCT
CATCAGAATATTGGTCCAAATGGGAACAAAGTATGCAAATAGACTCTTATATAGAGTTCCTGATCCCTAGATGCTTGTCCTTAATAACAATGGCCGTGTTATTGTTGCCATTCCTCCAAAGGAATGCACATATTCTTTTCACACTAAGGGCATTCTTATCTTTGTCTTGTATTTCATCAAAATTTGTTTCCAAACTATGC
CTTAATTATGAAGGATAAAGTTTGGGCACTGTATTGGTTTACAGCTACATGCTTGAGAAGCAGAAAGGTTACTATATGTAAGCTTAACAAGTTCTTAATAATTAGCCACATTTTGGTTAAGGTTGGAGATTGGATAAGTGCACCAACATGTTGGTATACTCTAATGAGTAGGTATTCATTCTGATTCCCTAGTGGGTTCT
CCTAGTTTTTGATGCCATAGCCATGTTTACTGTGACAAGCTGCAAGGGTACCTCGCTGTGATTTAGAAAAGTTCTGACGGTTATGTTACAATCAGTGTTGATAAAATCTCTGATTTCTCCCAATATTTCCGATTTTTTCCGATTTTTTCAGGTTGCCAATATTTCCTAGTTTTTCCAAGTCGAAATTTTCCTTCCAAACC
CTTGGTGATATATTCCCCAAAATGATATTTACTGTTAGAATTTAAGATAGCAATATAATTTTTATCTCTTTCAACTTTAATTGCAATAGAAACAAACACAGGATCACTGAAA

>TRINITY_DN124080_c8_g1_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TAAGAAGAAAGTGATTCATTTAATTGACTTATGAAAGTACATTAACCGAAGGCATGGACATGTTGGTTATTGGCTAATTTTGTTCATCAGGGATACAGTTAGCTATGCCCAGGAAGCAGTGGCGTAAAAGATGATTAAGAGTTGAAGCAGACAGGGGATGGAGTTTGATTTCAAGTGATCAATGATCAGGGAATATCGGT
TTCCTGCAGCTGTACAATACGGCTAGCAACAAGAGTCCTGTATGTTCTTATTGAATTCGGCGGCAGATCTGCACGGTGATTTCGGTTCAAATTTTTGGCACATCACAGTTTCTTAGgtatgttttagtgattccagttactgaactactagattagctgagttggctacttatagtgagaggacatttctttttgccagG
TTTGCTGCTTTGTACGGAGTGTCAGGTTTCTGTCACGCAATGTGGCAGACTTGCTTCTCATCAGAATATTGGTCCAAATGGGAACAAAGTATGCAAATAGACTCTTATATAGAGTTCCTGATCCCTAGATGCTTGTCCTTAATAGCAATGGCCGTATTATTGTTGCCATTCCTCCAAAGGAATGCACATATTCTTTTCAC
ACTAAGGGCATTCTTATCTTTGTCTTGTATTTCATCAAAATTTGTTTCCAAACTATGCCTTAATTATGAAGGATAAAGTTTGGGCACTGTATTGGTTTACAGCTACATGCTTGAGAAGCAGAAAGGTTACTATATGTAAGCTTAACAAGTTCTTAATAATTAGCCACATTTTGGTTAAGGTTGGAGATTGGATAAGTGCA
CCAACATGTTGGTATACTCTAATGAGTAGGTATTCATTCTGATTCCCTAGTGGGTTCTCCTAGTTTTTGATGCCATAGCCATGTTTACTGTGACAAGCTGCAAGGGTACCTCGCTGTGATTTAGAAAAGTTCTGACGGTTATGTTACAATCAGTGTTGATAAAATCTCTGATTTCTCCCAATATTTCCGATTT

Intron 5 GTCCCATTTT ... AAAAGGCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	88.68	3	23	24
A2	62.5	3	1	9
A3	64.29	5	6	12
A4	89.47	1	8	9
A5	100	0	3	7
A6	50	1	1	1
A7	100	0	4	3
A8	100	0	0	1
A9	81.82	2	9	9
A10	75	1	2	4

>TRINITY_DN103403_c0_g1_i1 from sample A3 / Example spliced isoform

GAGTATTTCTATTTATATGACTGGTTCTGCAGTATCGGAGTTGCAAAATAGATAAAAACAAAGGGCAGAAAGCTTGGAGCAAGAGCTCGTGGTTGGGAGAACATGGAAACCGTGTTCTGTGTCTACAGGCAGTGATAGACCAAGGTACCAGCATTATTGAAAAGATGAAGATTGAGCGTGCCGTATTCAGGCTTGAAAGC
TTAGAATTTCATCTATGTGTTGTGAATAAGGCACTATAATCAGAATCCCTTGTAGATACCTATCACTTATTTGAGCAGATCTCGTGGCTTTAAAGTTATGATGGATATTTAGCAGGGAAGGCCATCATGATAACATTGCCATGGACAGATGAAAGTCAAGAATAGGCTCCTCAGCAGGATCATGGTAGAATGTCTGTGTC
AGGCACCTGTTTTATTCTTTCTGCCACCGTCAAAACCTTTTCCGTGTTCCTTTCGTGGATTGTCGACAAGGGTGTTTTCGGCTACAGCAACCAATAGGATTGGGGACAGGGATGAGAAATTGGAACAGGAAACAAAGGATAAGGGGCCTCGCTCGATCACTTCAAGTAGAAATGCCGAGGATGTTCGGTGCCCGGATCCT
CCTTCATTTAATCAGACTCCTTTTGATGTTAAAGATGAAAGGCTGATTGTCAAAGACCTGTCGCAAAATCCCTTTGCCCAAACAGATAGCCTTCATACAGGCTTTAAGGAAAATGGGATCCCTGTTCCCATCTTGGAGGCAGCTCTTCAGATCAAACGTGGTAGTTTGACAGCTGATCTAGTTTGTCAGGTATTGAGATC
TGCTATAGATGATTGGGAGTTGGGTCTTCGGGTTTTTCTATGGGTTAGGCTGCAGCCTGGTTATAGGCACAATTCAGAGACCTTGGATTTGATGATTCATATTCTGGGCAAGGCTCAGCGATTTCAACTTATGTGGCAATTGATTGAAGAGGTGAAAAAAGAGGCCTATTTGATTAGACCTAAAACCTTTGAGGTCATCG
TCCGGAGTTATGTCAAGGCTGGATGCGTGGAAGCTGCAGTGGATGCGCTGGAGAGGATGAAAGATTTCAACTGTTGTGTCGGTACATCAGCTCTAAACACTCTAGTCCGGGTTCTTTGCCATGAGAAGCGAATTGAGGATTGTCAATTGATTTTTGAGAGATTGAAAGATACCTACTCCCCTAATGAAAAAACTTATAGT
ATTCTCATTCAAGGAATGTGTGAAGCAAATAAACTAACGAAAGCCTTGGAAACGCTGGAAGAGATGATCCAGGAAGGCATTCAACCTACTCTGGGTGCATATACATCCCTTATTGAGACCCTTTGTGCGGCAAACTTGGTGGAAATAGCTAACAAGCTTTTTAATCATATGAAAACTAACATTCTTTACAAGCTTAGAGA
AACAAAAGAAGCAGCCAGTACTTCAGAAGATCTTGCTATATTGAATGAAGTCACTCCAACACTTGATTCTTTCGCGTACAATTGTTTGATTACAAGCCTTTGCACATTAGGTGAAGTAGATGATGCCCGTGAGCTATTGGAGGAAATGGTTAGAAAGGGGTTCACTCCCTGTACAAAGACATACAGTGTTGTTTTCACAC
AACTTTGCAAAAGAAGAAAGGCTAGAGAAGCTTTTGAGCTATATAATAATGTTGCGGCAACTGCCTTCTTCCCAACCATACAGATACATGACAATTTGATTGAGATGTTTTGTGGCACTGGGCATGTGGACATGGCTTTAGAACTTTGGAACAAGATGCATGAGAAGCAGTACAGCTGTGGGCACCAAAGTTACAGTGTG
CTGATTCACGGTCTTTGTTATAATGGTCTTTTTAAAGAAGCTTTTGTGCATTTAAAGAAAATGATAGAGAAGGGAATTGTGCCACTCTATCAAACCTATAGAATGCTACATTT

>TRINITY_DN103403_c0_g1_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GAGTATTTCTATTTATATGACTGGTTCTGCAGTATCGGAGTTGCAAAATAGATAAAAACAAAGgtcccattttatcatatacattaacaacaacattagaatttcgtatgttcaatttttacacctatttgcaactaacgagacaaaaggccagGGCAGAAAGCTTGGAGCAAGAGCTCGTGGTTGGGAGAACATGGAAA
CCGTGTTCTGTGTCTACAGGCAGTGATAGACCAAGGTACCAGCATTATTGAAAAGATGAAGATTGAGCGTGCCGTATTCAGGCTTGAAAGCTTAGAATTTCATCTATGTGTTGTGAATAAGGCACTATAATCAGAATCCCTTGTAGATACCTATCACTTATTTGAGCAGATCTCGTGGCTTTAAAGTTATGATGGATATT
TAGCAGGGAAGGCCATCATGATAACATTGCCATGGACAGATGAAAGTCAAGAATAGGCTCCTCAGCAGGATCATGGTAGAATGTCTGTGTCAGGCACCTGTTTTATTCTTTCTGCCACCGTCAAAACCTTTTCCGTGTTCCTTTCGTGGATTGTCGACAAGGGTGTTTTCGGCTACAGCAACCAATAGGATTGGGGACAG
GGATGAGAAATTGGAACAGGAAACAAAGGATAAGGGGCCTCGCTCGATCACTTCAAGTAGAAATGCCGAGGATGTTCGGTGCCCGGATCCTCCTTCATTTAATCAGACTCCTTTTGATGTTAAAGATGAAAGGCTGATTGTCAAAGACCTGTCGCAAAATCCCTTTGCCCAAACAGATAGCCTTCATACAGGCTTTAAGG
AAAATGGGATCCCTGTTCCCATCTTGGAGGCAGCTCTTCAGATCAAACGTGGTAGTTTGACAGCTGATCTAGTTTGTCAGGTATTGAGATCTGCTATAGATGATTGGGAGTTGGGTCTTCGGGTTTTTCTATGGGTTAGGCTGCAGCCTGGTTATAGGCACAATTCAGAGACCTTGGATTTGATGATTCATATTCTGGGC
AAGGCTCAGCGATTTCAACTTATGTGGCAATTGATTGAAGAGGTGAAAAAAGAGGCCTATTTGATTAGACCTAAAACCTTTGAGGTCATCGTCCGGAGTTATGTCAAGGCTGGATGCGTGGAAGCTGCAGTGGATGCGCTGGAGAGGATGAAAGATTTCAACTGTTGTGTCGGTACATCAGCTCTAAACACTCTAGTCCG
GGTTCTTTGCCATGAGAAGCGAATTGAGGATTGTCAATTGATTTTTGAGAGATTGAAAGATACCTACTCCCCTAATGAAAAAACTTATAGTATTCTCATTCAAGGAATGTGTGAAGCAAATAAACTAACGAAAGCCTTGGAAACGCTGGAAGAGATGATCCAGGAAGGCATTCAACCTACTCTGGGTGCATATACATCCC
TTATTGAGACCCTTTGTGCGGCAAACTTGGTGGAAATAGCTAACAAGCTTTTTAATCATATGAAAACTAACATTCTTTACAAGCTTAGAGAAACAAAAGAAGCAGCCAGTACTTCAGAAGATCTTGCTATATTGAATGAAGTCACTCCAACACTTGATTCTTTCGCGTACAATTGTTTGATTACAAGCCTTTGCACATTA
GGTGAAGTAGATGATGCCCGTGAGCTATTGGAGGAAATGGTTAGAAAGGGGTTCACTCCCTGTACAAAGACATACAGTGTTGTTTTCACACAACTTTGCAAAAGAAGAAAGGCTAGAGAAGCTTTTGAGCTATATAATAATGTTGCGGCAACTGCCTTCTTCCCAACCATACAGATACATGACAATTTGATTGAGATGTT
TTGTGGCACTGGGCATGTGGACATGGCTTTAGAACTTTGGAACAAGATGCATGAGAAGCAGTACAGCTGTGGGCACCAAAGTTACAGTGTGCTGATTCACGGTCTTTGTTATAATGGTCTTTTTAAAGAAGCTTTTGTGCATTTAAAGAAAATGATAGAGAAGGGAATTGTGCCACTCTATCAAACCTATAGAATGCTAC
ATTT

Intron 6 GTCAGTAAAC ... ACACTGATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	48.29	12.7	12.7	11
A2	49.94	11.5	13	9.8
A3	30.51	14.8	8	5
A4	48.56	19.6	21	16
A5	51.05	7.7	14	2
A6	50	2	2	2
A7	57.14	3	2	6
A8	100	0	0	1
A9	33.33	13	5	8
A10	27.02	18.9	5	9

>TRINITY_DN124080_c8_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

AGACACCCAAGCTCTATTGCGTCTGTAATTCTGAAAGGAGTATTTCTATTTATATGACTGGTTCTGTAGTATCGGAGTTGCAAAATAGATAAAAACAAAGGTCCCATTTTATCATATACATTAACAACAACATTAGAATTTCGTATGTTCAATTTTTACACCTATTTGCAACTAACGAGACAAAAGGCCAGGGCAGAAAG
CTTGGAGCAAGAGCTCGTGGTTGGGAGAACATGGAAACCGTGTTCTGTGTCTACAGGCAGTGATAGACCAAGGTACCAGCATTATTGAAAAGATGAAGATTGAGCGTGCCGTATTCAGGCTTGAAAGCTTAGAATTTCATCTATGTGTTGTGAATAAGGCACTATAATCAGAATCCCTTGTAGATACCTATCACTTATTT
GAGCAGATCTCGTGGCTTTAAAGTTATGATGGATATTTAGCAGGGAAGGCCATCATGATAACATTGCCATGGACAGATGAAAGTCAAGAATAGGCTCCTCAGCAGGATCATGGTAGAATGTCTGTGTCAGGCACCTGTTTTATTCTTTCTGCCACCGTCAAAACCTTTTCTGTGTTCCTTTCGTGGATTGTCGACAAGGG
TGTTTTCGGCTACAGCAACCAATAGGATTGGGGACAGGGATGAGAAATTGGAACAGGAAACAAAGGATAAGGGGCCTCGCTCGATCACTTCAAGTAGAAATGCCGAGGATGTTCGGTGCCCGGATCCTCCTTCATTTAATCAGACTCCTTTTGATGTTAAAGATGAAAGGCTGATTGTCAAAGACCTGTCGCAAAATCCC
TTTGCCCAAACAGATAGCCTTCATACAGGCTTTAAGGAAAATGGGATCCCTGTTCCCATCTTGGAGGCAGCTCTTCAGATCAAACGTGGTAGTTTGACAGCTGATCTAGTTTGTCAGGTATTGAGATCTGCTATAGATGATTGGGAGTTGGGTCTTCGGGTTTTTCTATGGGTTAGGCTGCAGCCTGGTTATAGGCACAA
TTCAGAGACCTTGGATTTGATGATTCATATTCTGGGCAAGGCTCAGCGATTTCAACTTATGTGGCAATTGATTGAAGAGGTGAAAAAAGAGGCCTATTTGATTAGACCTAAAACCTTTGAGGTCATCGTCCGGAGTTATGTCAAGGCTGGATGCGTGGAAGCTGCAGTGGATGCGCTGGAGAGGATGAAAGATTTCAACT
GTTGTGTCGGTACATCAGCTCTAAACACTCTAGTCCGGGTTCTTTGCCATGAGAAGCGAATTGAGGATTGTCAATTGATTTTTGAGAGATTGAAAGATACCTACTCCCCTAATGAAAAAACTTATAGTATTCTCATTCAAGGAATGTGTGAAGCAAATAAACTAACGAAAGCCTTGGAAACGCTGGAAGAGATGATCCAG
GAAGGCATTCAACCTACTCTGGGTGCATATACATCCCTTATTGAGACCCTTTGTGCGGCAAACTTGGTGGAAATAGCTAACAAGCTTTTTAATCATATGAAAACTAACATTCTTTACAAGCTTAGAGAAACAAAAGAAGCAGCCAGTACTTCAGAAGATCTTGCTATATTGAATGAAGTCACTCCAACACTTGATTCTTT
CGCGTACAATTGTTTGATTACAAGCCTTTGCACATTAGGTGAAGTAGATGATGCCCGTGAGCTATTGGAGGAAATGGTTAGAAAGGGGTTCACTCCCTGTACAAAGACATACAGTGTTGTTTTCACACAACTTTGCAAAAGAAGAAAGGCTAGAGAAGCTTTTGAGCTATATAATAATGTTGCGGCAACTGCCTTCTTCC
CAACCATACAGATACATGACAATTTGATTGAGATGTTTTGTGGCACTGGGCATGTGGACATGGCTTTAGAACTTTGGAACAAGATGCATGAGAAGCAGTACAGCTGTGGGCACCAAAGTTACAGTGTGCTGATTCACGGTCTTTGTTATAATGGTCTTTTTAAAGAAGCTTTTGTGCATTTAAAGAAAATGATAGAGAAG
GGAATTGTGCCACTCTATCAAACCTATAGAATGCTACATTTTGGGTTTTTAAAAGATGGCAATATGGAAAATTTCGATGAACTTAAAGAGATTATCAACCAACTCGAGGAAAAAGGGATACAGTTAGCTATGCCCAGGAAGCAGTGGCGTAAAAGATGATTAAGAGTTGAAGCAGACAGGGGATGGAGTTTGATTTCAAG
TGATCAATGATCAGGGAATATCGGTTTCCTGCAGCTGTACAATACGGCTAGCAACAAGAGTCCTGTATGTTCTTATTGAATTCGGCGGCAGATCTGCACGGTGATTTCGGTTCAAATTTTTGGCACATCACAGTTTCTTAGGTTTGCTGCTTTGTACGGAGTGTCAGGTTTCTGTCACGCAATGTGGCAGACTTGCTTCT
CATCAGAATATTGGTCCAAATGGGAACAAAGTATGCAAATAGACTCTTATATAGAGTTCCTGATCCCTAGATGCTTGTCCTTAATAACAATGGCCGTGTTATTGTTGCCATTCCTCCAAAGGAATGCACATATTCTTTTCACACTAAGGGCATTCTTATCTTTGTCTTGTATTTCATCAAAATTTGTTTCCAAACTATGC
CTTAATTATGAAGGATAAAGTTTGGGCACTGTATTGGTTTACAGCTACATGCTTGAGAAGCAGAAAGGTTACTATATGTAAGCTTAACAAGTTCTTAATAATTAGCCACATTTTGGTTAAGGTTGGAGATTGGATAAGTGCACCAACATGTTGGTATACTCTAATGAGTAGGTATTCATTCTGATTCCCTAGTGGGTTCT
CCTAGTTTTTGATGCCATAGCCATGTTTACTGTGACAAGCTGCAAGGGTACCTCGCTGTGATTTAGAAAAGTTCTGACGGTTATGTTACAATCAGTGTTGATAAAATCTCTGATTTCTCCCAATATTTCCGATTTTTTCCGATTTTTTCAGGTTGCCAATATTTCCTAGTTTTTCCAAGTCGAAATTTTCCTTCCAAACC
CTTGGTGATATATTCCCCAAAATGATATTTACTGTTAGAATTTAAGATAGCAATATAATTTTTATCTCTTTCAACTTTAATTGCAATAGAAACAAACACAGGATCACTGAAA

>TRINITY_DN124080_c8_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AGACACCCAAGCTCTATTGCGTCTGTAATTCTGAAAGGAGTATTTCTATTTATATGACTGGTTCTGTAGTATCGGAGTTGCAAAATAGATAAAAACAAAGGTCCCATTTTATCATATACATTAACAACAACATTAGAATTTCGTATGTTCAATTTTTACACCTATTTGCAACTAACGAGACAAAAGGCCAGGGCAGAAAG
CTTGGAGCAAGAGCTCGTGGTTGGGAGAACATGGAAACCGTGTTCTGTGTCTACAGgtcagtaaacagatctatctcaccttaactttatgcccatctattttttttcatacaaatactagggcagaaaagtgtttgggcgctgccctgaaaattttaatggctctacactgatagGCAGTGATAGACCAAGGTACCAGC
ATTATTGAAAAGATGAAGATTGAGCGTGCCGTATTCAGGCTTGAAAGCTTAGAATTTCATCTATGTGTTGTGAATAAGGCACTATAATCAGAATCCCTTGTAGATACCTATCACTTATTTGAGCAGATCTCGTGGCTTTAAAGTTATGATGGATATTTAGCAGGGAAGGCCATCATGATAACATTGCCATGGACAGATGA
AAGTCAAGAATAGGCTCCTCAGCAGGATCATGGTAGAATGTCTGTGTCAGGCACCTGTTTTATTCTTTCTGCCACCGTCAAAACCTTTTCTGTGTTCCTTTCGTGGATTGTCGACAAGGGTGTTTTCGGCTACAGCAACCAATAGGATTGGGGACAGGGATGAGAAATTGGAACAGGAAACAAAGGATAAGGGGCCTCGC
TCGATCACTTCAAGTAGAAATGCCGAGGATGTTCGGTGCCCGGATCCTCCTTCATTTAATCAGACTCCTTTTGATGTTAAAGATGAAAGGCTGATTGTCAAAGACCTGTCGCAAAATCCCTTTGCCCAAACAGATAGCCTTCATACAGGCTTTAAGGAAAATGGGATCCCTGTTCCCATCTTGGAGGCAGCTCTTCAGAT
CAAACGTGGTAGTTTGACAGCTGATCTAGTTTGTCAGGTATTGAGATCTGCTATAGATGATTGGGAGTTGGGTCTTCGGGTTTTTCTATGGGTTAGGCTGCAGCCTGGTTATAGGCACAATTCAGAGACCTTGGATTTGATGATTCATATTCTGGGCAAGGCTCAGCGATTTCAACTTATGTGGCAATTGATTGAAGAGG
TGAAAAAAGAGGCCTATTTGATTAGACCTAAAACCTTTGAGGTCATCGTCCGGAGTTATGTCAAGGCTGGATGCGTGGAAGCTGCAGTGGATGCGCTGGAGAGGATGAAAGATTTCAACTGTTGTGTCGGTACATCAGCTCTAAACACTCTAGTCCGGGTTCTTTGCCATGAGAAGCGAATTGAGGATTGTCAATTGATT
TTTGAGAGATTGAAAGATACCTACTCCCCTAATGAAAAAACTTATAGTATTCTCATTCAAGGAATGTGTGAAGCAAATAAACTAACGAAAGCCTTGGAAACGCTGGAAGAGATGATCCAGGAAGGCATTCAACCTACTCTGGGTGCATATACATCCCTTATTGAGACCCTTTGTGCGGCAAACTTGGTGGAAATAGCTAA
CAAGCTTTTTAATCATATGAAAACTAACATTCTTTACAAGCTTAGAGAAACAAAAGAAGCAGCCAGTACTTCAGAAGATCTTGCTATATTGAATGAAGTCACTCCAACACTTGATTCTTTCGCGTACAATTGTTTGATTACAAGCCTTTGCACATTAGGTGAAGTAGATGATGCCCGTGAGCTATTGGAGGAAATGGTTA
GAAAGGGGTTCACTCCCTGTACAAAGACATACAGTGTTGTTTTCACACAACTTTGCAAAAGAAGAAAGGCTAGAGAAGCTTTTGAGCTATATAATAATGTTGCGGCAACTGCCTTCTTCCCAACCATACAGATACATGACAATTTGATTGAGATGTTTTGTGGCACTGGGCATGTGGACATGGCTTTAGAACTTTGGAAC
AAGATGCATGAGAAGCAGTACAGCTGTGGGCACCAAAGTTACAGTGTGCTGATTCACGGTCTTTGTTATAATGGTCTTTTTAAAGAAGCTTTTGTGCATTTAAAGAAAATGATAGAGAAGGGAATTGTGCCACTCTATCAAACCTATAGAATGCTACATTTTGGGTTTTTAAAAGATGGCAATATGGAAAATTTCGATGA
ACTTAAAGAGATTATCAACCAACTCGAGGAAAAAGGGATACAGTTAGCTATGCCCAGGAAGCAGTGGCGTAAAAGATGATTAAGAGTTGAAGCAGACAGGGGATGGAGTTTGATTTCAAGTGATCAATGATCAGGGAATATCGGTTTCCTGCAGCTGTACAATACGGCTAGCAACAAGAGTCCTGTATGTTCTTATTGAA
TTCGGCGGCAGATCTGCACGGTGATTTCGGTTCAAATTTTTGGCACATCACAGTTTCTTAGGTATGTTTTAGTGATTCCAGTTACTGAACTACTAGATTAGCTGAGTTGGCTACTTATAGTGAGAGGACATTTCTTTTTGCCAGGTTTGCTGCTTTGTACGGAGTGTCAGGTTTCTGTCACGCAATGTGGCAGACTTGCT
TCTCATCAGAATATTGGTCCAAATGGGAACAAAGTATGCAAATAGACTCTTATATAGAGTTCCTGATCCCTAGATGCTTGTCCTTAATAGCAATGGCCGTATTATTGTTGCCATTCCTCCAAAGGAATGCACATATTCTTTTCACACTAAGGGCATTCTTATCTTTGTCTTGTATTTCATCAAAATTTGTTTCCAAACTA
TGCCTTAATTATGAAGGATAAAGTTTGGGCACTGTATTGGTTTACAGCTACATGCTTGAGAAGCAGAAAGGTTACTATATGTAAGCTTAACAAGTTCTTAATAATTAGCCACATTTTGGTTAAGGTTGGAGATTGGATAAGTGCACCAACATGTTGGTATACTCTAATGAGTAGGTATTCATTCTGATTCCCTAGTGGGT
TCTCCTAGTTTTTGATGCCATAGCCATGTTTACTGTGACAAGCTGCAAGGGTACCTCGCTGTGATTTAGAAAAGTTCTGACGGTTATGTTACAATCAGTGTTGATAAAATCTCTGATTTCTCCCAATATTTCCGATTT