sp|F4JKK0|SUD1_ARATH ----> Probable E3 ubiquitin ligase SUD1
Intron 1 GTGTCTCTTG ... CTCATTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 28 | 9 | 6 | 1 |
| A2 | 41.11 | 14 | 14.6 | 5 |
| A3 | 35.29 | 11 | 10 | 2 |
| A4 | 23.85 | 14 | 6.8 | 2 |
| A5 | 23.81 | 8 | 3 | 2 |
| A6 | 19.88 | 62 | 16.8 | 14 |
| A7 | 20.19 | 56 | 11.3 | 17 |
| A8 | 20.75 | 77 | 27.3 | 13 |
| A9 | 22.23 | 100 | 44.2 | 13 |
| A10 | 14.56 | 72 | 13.6 | 11 |
>TRINITY_DN102580_c0_g1_i6 from sample A3 / Example spliced isoformCTTCAGAATTAATTCTACATCAACTATAAAAGGGTATACGATGAATGATTGAATTAATACTCTGGTTTTGTTGTGGTTGTCCGAGCCGGCCTGGACACCAATTTTTTCCATTCCTCTCCCTTTCTCCATTTTAATTCTATGAACTGCGTTTCACATTAAAGGTCAACGCCTACAAGATTCAGGTCTTTTATTTCCTGAAC
TACTTATCCTATGCTTCATGTATTTGATCTTTGATGGATGCTAAAAGATCAACATTCCCAAGTTAAGCATATCTTCAGATAATCATACTCCTTTGTGATGTCCTCTTATGATGACTAGAGGAAACGAAAATGAAGATGAAAATGAAGATGTGAGGGATACTCAGCCCATTTTATCTCGGGAAACTGTTGTTTATAGCGAT
GATGGGGACATCTCATCAAGTGAGGCTGGATTCTTATTGGGTGATATAGCCCTTGTACATACAGGTCCTAAAATTACTGGAAATAGAGACGAAGACATTGAATCAGTAAATGTAGACCAGCCACAATGCCGGATTTGCCTTGAAACTGGAGGTGAAGATTTGATTGCACCATGCCGTTGCAGAGGCACCCAGAAATTTGT
GCACAGATCATGTCTTGACTACTGGAGGGCAGCCAAGGAGGGCTTTGCTTTTGCCCACTGTACTGAATGCAGGGCAGTGTTCTATTTGCGTGCAAATGTACCACCTGATCGATGGTGGTCAAGGTTGAAATTTCAGCTTCTTGTTATAAGAGATCACACATTCATTTTCATTGTTGTTCAAGTGGTTGTTGCACTCCTGG
GCATGCTGGTCTACAAATTTTATGGCGAGGAACTGAGAGAAATGTTTGGCTATGAACAACACCCTTATGGCTTCTACTTACTGGCAGTGTTTGCTGTGCTTTTGGTGGGTCTGCTATACGGTTTCTTTCTTGCCATAATATGTGGTCAGAAGATCAGTGATCGCCATTATCATGTTCTTGCCAAGCAAGAGTTAACGAAG
GAGTATGTTGTAGAAAGTCGTAACGAGAATGAGACTGAAGAGCCCCCTGAGCTTGATTCTGGGCATATCACTGAGCTGAAAATGCTTGGGCTTTATTGAACAAAAGCTAAATGCTTTGACCCAAGGCCTTTCTGTACATGGCAAGTGATGTGCTATACAGTGAACAAGTTACACAAGTTGTAAATCCATTGTTATCGACT
GTAATGTAAACGGAATAATAATCAGAATGGGAGCTTCTACGCATGGTGAACATATCGACAAAAAGCTTACATCGGGGAGAGGAGGCAACTCCAAATTTGTCACAGGCATTGCATTCCTGTGTTGTTTCATAGTATTTGGTTTATTCAAATATTTTTCCAGTGGGTGAAGTGCTTTTATTTATTTATGTGTACAGCAAAGC
ATATAAGGTCCATGCCATGTTCACAAAAGGTGATGGAAGCCTGTAAGACAGTAGCTGAAGGCTAAAACATGAACGAAAGGGTG
>TRINITY_DN102580_c0_g1_i7 from sample A3 / Example unspliced isoform:CTTCAGAATTAATTCTACATCAACTATAAAAGGGTATACGATGAATGATTGAATTAATACTCTGGTTTTGTTGTGGTTGTCCGAGCCGGCCTGGACACCAATTTTTTCCATTCCTCTCCCTTTCTCCATTTTAATTCTATGAACTGCGTTTCACATTAAAGGTCAACGCCTACAAGATTCAGGTCTTTTATTTCCTGAAC
TACTTATCCTATGCTTCATGTATTTGATCTTTGATGGATGCTAAAAGATCAACATTCCCAAGTTAAGCATATCTTCAGATAATCATACTCCTTTGTGATGTCCTCTTATGATGACTAGAGGAAACGAAAATGAAGATGAAAATGAAGATGTGAGGGATACTCAGCCCATTTTATCTCGGGAAACTGTTGTTTATAGCGAT
GATGGGGACATCTCATCAAGTGAGGCTGGATTCTTATTGGGTGATATAGCCCTTGTACATACAGGTCCTAAAATTACTGGAAATAGAGACGAAGACATTGAATCAGTAAATGTAGACCAGCCACAATGCCGGATTTGCCTTGAAACTGGAGGTGAAGATTTGATTGCACCATGCCGTTGCAGAGGCACCCAGAAATTTGT
GCACAGATCATGTCTTGACTACTGGAGGGCAGCCAAGGAGGGCTTTGCTTTTGCCCACTGTACTGAATGCAGGGCAGTGTTCTATTTGCGTGCAAATGTACCACCTGATCGATGGTGGTCAAGGTTGAAATTTCAGCTTCTTGTTATAAGAGATCACACATTCATTTTCATTGTTGTTCAAGTGGTTGTTGCACTCCTGG
GCATGCTGGTCTACAAATTTTATGGCGAGGAACTGAGAGAAATGTTTGGCTATGAACAACACCCTTATGGCTTCTACTTACTGGCAGTGTTTGCTGTGCTTTTGGTGGGTCTGCTATACGGTTTCTTTCTTGCCATAATATGTGGTCAGAAGATCAGTGATCGCCATTATCATGTTCTTGCCAAGCAAGAGTTAACGAAG
gtgtctcttgtgttcccatttgatacttcttttgctgtagatattcacatagtatgcaattgctggccaattacaattttttatacttttttctgacattaatttgtttatttatttcaagtttcaaccttcaaggtagatgaccattttagattcaatttttgacataaggaagcaaagggaatatatttccaaactga
taaacttattaaaattaaaaaatttcaatggggcttttgaagaagtaaatttctcaaaacgagtagagaaacatgctattcttcggcctgagattttcatttctaaatagtaaatatcaactttgataaatatcaacttcgaccgtgagtcacaaacatgtgtacgtgtactgtgtaatgttctcattgcagGAGTATGT
TGTAGAAAGTCGTAACGAGAATGAGACTGAAGAGCCCCCTGAGCTTGATTCTGGGCATATCACTGAGCTGAAAATGCTTGGGCTTTATTGAACAAAAGCTAAATGCTTTGACCCAAGGCCTTTCTGTACATGGCAAGTGATGTGCTATACAGTGAACAAGTTACACAAGTTGTAAATCCATTGTTATCGACTGTAATGTA
AACGGAATAATAATCAGAATGGGAGCTTCTACGCATGGTGAACATATCGACAAAAAGCTTACATCGGGGAGAGGAGGCAACTCCAAATTTGTCACAGGCATTGCATTCCTGTGTTGTTTCATAGTATTTGGTTTATTCAAATATTTTTCCAGTGGGTGAAGTGCTTTTATTTATTTATGTGTACAGCAAAGCATATAAGG
TCCATGCCATGTTCACAAAAGGTGATGGAAGCCTGTAAGACAGTAGCTGAAGGCTAAAACATGAACGAAAGGGTG
Intron 2 GTCTTTTATT ... TGATGACTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 66.67 | 4 | 15 | 1 |
| A2 | 68.75 | 5 | 7 | 15 |
| A3 | 85.71 | 1 | 10 | 2 |
| A4 | 100 | 0 | 7 | 6 |
| A5 | 66.67 | 4 | 7 | 9 |
| A6 | 76.19 | 5 | 17 | 15 |
| A7 | 61.7 | 9 | 18 | 11 |
| A8 | 64.1 | 7 | 12 | 13 |
| A9 | 84.31 | 4 | 24 | 19 |
| A10 | 65.33 | 13 | 34 | 15 |
>TRINITY_DN39163_c0_g2_i4 from sample A7 / Example spliced isoformTGAGGGGATTACATATAGTCTTGAGTGATTGTGAGGGGATTATATATAGTCTTGAGGTTGACTCGTCGTGTGTTTTGTATTTCTATCAGCATTTTGCTTTGTCTTGGAACCCTTCAGAATTAATTCTACATCAACTATAAAAGGGTATACGATGAATGATTGAATTAATACTCTGGTTTTGTTGTGGTTGTCCGAGCCGG
CCTGGACACCAATTTTTTCCATTCCTCTCCCTTTCTCCATTTTAATTCTATGAACTGCGTTTCACATTAAAGGTCAACGCCTACAAGATTCAGAGGAAACGAAAATGAAGATGAAAATGAAGATGTGAGGGATACTCAGCCCATTTTATCTCGGGAAACTGTTGTTTATAGCGATGATGGGGACATCTCATCAAGTGAGG
CTGGATTCTTATTGGGTGATATAGCCCTTGTACATACAGGTCCTAAAATTACTGGAAATAGAGACGAAGACATTGAATCAGTAAATGTAGACCAGCCACAATGCCGGATTTGCCTTGAAACTGGAGGTGAAGATTTGATTGCACCATGCCGTTGCAGAGGCACCCAGAAATTTGTGCACAGATCATGTCTTGACTACTGG
AGGGCAGCCAAGGAGGGCTTTGCTTTTGCCCACTGTACTGAATGCAGGGCAGTGTTCTATTTGCGTGCAAATGTACCACCTGATCGATGGTGGTCAAGGTTGAAATTTCAGCTTCTTGTTATAAGAGATCACACATTCATTTTCATTGTTGTTCAAGTGGTTGTTGCACTCCTGGGCATGCTGGTCTACAAATTTTATGG
CGAGGAACTGAGAGAAATGTTTGGCTATGAACAACACCCTTATGGCTTCTACTTACTGGCAGTGTTTGCTGTGCTTTTGGTGGGTCTGCTATACGGTTTCTTTCTTGCCATAATATGTGGTCAGAAGATCAGTGATCGCCATTATCATGTTCTTGCCAAGCAAGAGTTAACGAAGGAGTATGTTGTAGAAAGTCGTAACG
AGAATGAGACTGAAGAGCCCCCTGAGCTTGATTCTGGGCATATCACTGAGCTGAAAATGCTTGGGCTTTATTGAACAAAAGCTAAATGCTTTGACCCAAGGCCTTTCTGTACATGGCAAGTGATGTGCTATACAGTGAACAAGTTACACAAGTTGTAAATCCATTGTTATCGACTGTAATGTAAACGGAATAATAATCAG
AATGGGAGCTTCTACGCATGGTGAACATATCGACAAAAAGCTTACATCGGGGAGAGGAGGCAACTCCAAATTTGTCACAGGCATTGCATTCCTGTGTTGTTTCATAGTATTTGGTTTATTCAAATATTTTTCCAGTGGGTGAAGTGCTTTTATTTATTTATGTGTACAGCAAAGCATATAAGGTCCATGCCATGTTCACA
AAAGGTGATGGAAGCCTGTAAGACAGTAGCTGAAGGCTAAAACATGAACGAAAGGGTGTATTACTTTGAATTATTGTAAGAACTCTGAGATTCTTATATCTCCCATTCGGAGGTTCCATGCCTTCTCAATATATAATAATCTTAATAATAATTATGTTTCCATTTGGGAGCCACTCTGAGGATAGCAGTCATTTCATGCT
TTTGAGTTTGCTAGTAATTTCTGTTTCAACCCCTATTACTAGCACAACCACTTAACTTGTGGCCGGTAGTCACAAGTTAAGTGCCATGAACAAGTTATCTGTTGTTCTTTATGCTTAATTATAAT
>TRINITY_DN39163_c0_g2_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:TGAGGGGATTACATATAGTCTTGAGTGATTGTGAGGGGATTATATATAGTCTTGAGGTTGACTCGTCGTGTGTTTTGTATTTCTATCAGCATTTTGCTTTGTCTTGGAACCCTTCAGAATTAATTCTACATCAACTATAAAAGGGTATACGATGAATGATTGAATTAATACTCTGGTTTTGTTGTGGTTGTCCGAGCCGG
CCTGGACACCAATTTTTTCCATTCCTCTCCCTTTCTCCATTTTAATTCTATGAACTGCGTTTCACATTAAAGGTCAACGCCTACAAGATTCAGgtcttttatttcctgaactacttatcctatgcttcatgtatttgatctttgatggatgctaaaagatcaacattcccaagttaagcatatcttcagataatcatact
cctttgtgatgtcctcttatgatgactagAGGAAACGAAAATGAAGATGAAAATGAAGATGTGAGGGATACTCAGCCCATTTTATCTCGGGAAACTGTTGTTTATAGCGATGATGGGGACATCTCATCAAGTGAGGCTGGATTCTTATTGGGTGATATAGCCCTTGTACATACAGGTCCTAAAATTACTGGAAATAGAGA
CGAAGACATTGAATCAGTAAATGTAGACCAGCCACAATGCCGGATTTGCCTTGAAACTGGAGGTGAAGATTTGATTGCACCATGCCGTTGCAGAGGCACCCAGAAATTTGTGCACAGATCATGTCTTGACTACTGGAGGGCAGCCAAGGAGGGCTTTGCTTTTGCCCACTGTACTGAATGCAGGGCAGTGTTCTATTTGC
GTGCAAATGTACCACCTGATCGATGGTGGTCAAGGTTGAAATTTCAGCTTCTTGTTATAAGAGATCACACATTCATTTTCATTGTTGTTCAAGTGGTTGTTGCACTCCTGGGCATGCTGGTCTACAAATTTTATGGCGAGGAACTGAGAGAAATGTTTGGCTATGAACAACACCCTTATGGCTTCTACTTACTGGCAGTG
TTTGCTGTGCTTTTGGTGGGTCTGCTATACGGTTTCTTTCTTGCCATAATATGTGGTCAGAAGATCAGTGATCGCCATTATCATGTTCTTGCCAAGCAAGAGTTAACGAAGGAGTATGTTGTAGAAAGTCGTAACGAGAATGAGACTGAAGAGCCCCCTGAGCTTGATTCTGGGCATATCACTGAGCTGAAAATGCTTGG
GCTTTATTGAACAAAAGCTAAATGCTTTGACCCAAGGCCTTTCTGTACATGGCAAGTGATGTGCTATACAGTGAACAAGTTACACAAGTTGTAAATCCATTGTTATCGACTGTAATGTAAACGGAATAATAATCAGAATGGGAGCTTCTACGCATGGTGAACATATCGACAAAAAGCTTACATCGGGGAGAGGAGGCAAC
TCCAAATTTGTCACAGGCATTGCATTCCTGTGTTGTTTCATAGTATTTGGTTTATTCAAATATTTTTCCAGTGGGTGAAGTGCTTTTATTTATTTATGTGTACAGCAAAGCATATAAGGTCCATGCCATGTTCACAAAAGGTGATGGAAGCCTGTAAGACAGTAGCTGAAGGCTAAAACATGAACGAAAGGGTGTATTAC
TTTGAATTATTGTAAGAACTCTGAGATTCTTATATCTCCCATTCGGAGGTTCCATGCCTTCTCAATATATAATAATCTTAATAATAATTATGTTTCCATTTGGGAGCCACTCTGAGGATAGCAGTCATTTCATGCTTTTGAGTTTGCTAGTAATTTCTGTTTCAACCCCTATTACTAGCACAACCACTTAACTTGTGGCC
GGTAGTCACAAGTTAAGTGCCATGAACAAGTTATCTGTTGTTCTTTATGCTTAATTATAAT