NA ----> NA

Intron 1 GTATGAAAAT ... TGTGGACCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	80	3	2	12
A2	60	2	1	3
A3	0	2	0	0
A4	100	0	1	4
A5	100	0	0	3
A6	33.78	49	2	25
A7	34.55	36	1	19
A8	33.96	70	5	36
A9	44.07	33	1	26
A10	44.44	15	4	12

>TRINITY_DN42757_c0_g2_i14 from sample A6 / Example spliced isoform

TAATTGTCTTTTTCATTGTCTCTGGTTTGTCATAATTTTCTTTTTCACTATCTTTGGTTTGGTTTCAATGCCATGTCTCTCTGTCATTTTCAGGTGTTCTAGTAATTTTTTGTATGGTGGGTTTATTTTATTGGGGAATGAATGTCCAGGTTGGCCGGTTGGCCCTTAATGGTACAAGAAGGTACATCTGGAGATTTATT
CTTACTATGCGAGCGGTAATTGAAATGTTTGCAGTAATTAATCCGTGGTCGTCCAGCCTGCCCAACTTGTTCATTAAGAATGCCATCGGGTGAGGAATCGATCAGTTTTCATGTTCAAATTAAGGGTTTCATTTGCTTGAAGTGGCGCGTGTATATAATACAGTATGTTATTAGAACTCTGTTGAACTTTTTATAAGATA
ATTCTATCTCATTCTGTATGGCCTCGCCTAGCCTAGATTCGTTCTGTTGTTAGGAGATGAACTAATTGCTAGTTTTTCGCATTTGTACTGTTGAGCTCCATTGTCCTTTCATTTATTTCTTGGAGTAGGATTCGATATGCCAATATCAAATGATTTTCATAGTTTTATAGATCATAATAATATCATAAGACTTAGCTTTT
CCAAAA

>TRINITY_DN42757_c0_g2_i6 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GCCTGCCCAACTTGTTCATTAAGgtatgaaaatattttatatataacaattgtttagtgatgtattaataattttaaatttatttaggaaatagtaattcaaatgattttacgattattttcttagttcaaattttttattttcttataattttttaatactataataccaacatacctgcagtaatttcattttaggat
ttatttctttcctaatactatcttagtatatcgaattagatttatcagaatggtgttgtgcaagataatttggtttctcataatggtgtggaccagAATGCCATCGGGTGAGGAATCGATCAGTTTTCATGTTCAAATTAAGGGTTTCATTTGCTTGAAGTGGCGCGTGTAT

Intron 2 GTAAATATTT ... ATGAATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	79.59	4	15.3	16
A2	68.82	4	6.7	11
A3	60.31	8	10.3	14
A4	69.98	5	12.3	11
A5	100	0	16	4
A6	47.6	21	23.3	15
A7	63.56	30	41.7	63
A8	75.06	16	41.3	55
A9	75.45	19	61	56
A10	88.45	8	57	66

>TRINITY_DN117112_c1_g1_i12 from sample A1 / Example spliced isoform

CGGAGATAAAAAAAAAAAGGATTTCAAATACAGAGAGATAAAAAAAGCATTTGAAATCGTGAGTATCATGCCGTTGTATGAGAACACAACGGCATTCTTGAATCAAAGAACCATTATCAAAGGGAGCGTCCAAAGGGAGGAGTGTCCAATGTGAGAGTGAAGAGCCATACGTGATGGCGTGAATGTCCAGGTGGGTGAAC
TTCCTCCTCTTGACTGAGACGGCGTAAGAAGTCGATCAGTTCCGTGAGCTCTGAGTCCGACTTGAGGCCATCGAAAGGCCTGATTGGGATGGTATTTGTCTGCTAGAACTCGTAGGAAACTGGTTTGTCGTCAATAACAAGGACTCTGCAGATCCCTAGCTTGAATCCCTGTACAGCCTGCAGCTGATGCGCTTATCATT
GCCGATCTGGTCGAGATATTAGTCTGCTCGCGGTGAACACAACGATCTCGAAAACCTCTGACATCTCTCTTAAAAAGCGATCCAAGCCGGGCCTCTTGTAGATGTACTTCTGATACCGCCGTAAGCTCAGGCCGACCCTTCATCTCTGGGCGTCAAAAGGGTATCCCGCTCCTTCAAAATGGTATCGGAGCAAGGGAATC
TCGTGGCAAGGGCGTAAGCCAAGGGGTAATCATCCATTATGATCGCCTTGTCCAGGCAAATCAATTTGAAACATGCATTCTCTTGCTGGGTCTGCCCGCTTGACGCCTAGCTCGGCTCGAGCATGGCATGCAACAAATGGATCAGCTCCTCCCAGGGCTTATTCAAAGGGTGGAAACAGGTCCTAGAATGGATGGATGGA
TTAATGTCCACTGGGCAGACACTTTGGTTTCATTTGCTTGAAGTGGCGCGTGTATGCAGGTGGAACGAGGCAGGAAATTTGGTGGAAACAGGTCATAGAATGAACGAGGCAGGCAGTTTGGTGGAAACAGGTCCTAGAATGG

>TRINITY_DN117112_c1_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TGAGATAGTAGTCTGCAACTTATGAATCCCTGTCGATTTACAGCTCGCGGTGAACACAACGATCTCGAAAACCTCTGACATCTCTCTTAAAAAGCGATCCAAGCCGGGCCTCTTGTAGATGTACTTCTGATACCGCCGTAAGCTCAGGCCGACCCTTCATCTCTGGGCGTCAAAAGGGTATCCCGCTCCTTCAAAATGGT
ATCGGAGCAAGGGAATCTCGTGGCAAGGGCGTAAGCCAAGGGGTAATCATCCATTATGATCGCCTTGTCCAGGTCCCTCCCCAACTTTCTTTCACAAATTCTCATTCTATTTTGGTGCAGGAATATCTGGGTTTGTGTATGCAGCGGGTTCGCTGGCTAGTCGGGTATAATCATTTCATTGCCCACAGAATTCGAAGCTG
CCGGCGTTGATATATATTTCCCTGCAGGCAAATCAATTTGAAACATGCATTCTCTTGCTGGGTCTGCCCGCTTGACGCCTAGCTCGGCTCGAGgtaaatatttcctctccattatgtaacgaacgactttattttgcaatgggttgtacaggtatcgattttgttagatgaatgcagCATGGCATGCAACAAATGGATCA
GCTCCTCCCAGGGCTTATTCAAAGGTCATTTGCTTTGGCTCCCTAATTTTTGAATTTGAATTCTCCTTTTCTGATTGGCTTTACTCAATTAGGGTTACGACAGGCTGTATTAAAATGCTAGATAAAGTTGCCATTCATTATCTATAAATTGGCTCCTTCCCTATTTTTAATATAATATAAATCGGTTCCTTGCCTGTGCA
GTAATTAATGGGTGTCCCTGCGATATGTATGAAAAAGCCTGTGCAACTCCTTTTGTTCATATTTTGGTGTTGTGTAATCTCTGTAATCTGTGTAATCAGTTTGTCCGTGTGTTTCTTGGTTGGTATGGGTTTGTGATTTGGACTCAGAGAGAGAGACACACAACTTTTGGCCAAAGAGTCTTTTAAGCTGAATCCTCTGC
AAACATGGCCGTGAGAGTCTGCTGAATTGATTTCAATTTAGTGAGGGAGGAGATTTGTATTTGTTTCGGCATTTTCTTTATATTTTGATAACAAAAATTATGATTTATGATTTCTTGAATGTGATATTTGCCCATTTTCACAGGGTGGAAACAGGTCCTAGAATGGATGGATGGATTAATGTCCACTGGGCAGACACTTT
GGTTTCATTTGCTTGAAGTGGCGCGTGTATGCAGTATGTTATCGGAAGTCTGTTACTCTGTTAAACTTTTTATTTATTTTTTAAGATAATTCTATCGGGTTATCTATGCCTTAGCCTAGATTCGTTGTGTTGTTAGGAGATGAAATTCGTTGTGTTGTTAAGAGATGAAATAATTGCTTATGTTTCGCATTTGTACTGTT
GAGCTCCATTGTCCTTTCATTTATGTTTTGGAGTACGATTCCATATGCCAACCTGTTAATCTATGTTATCGGAACTCTGTTACTCTGTTAAATAACATTGTCCTTTCATCATCTATAAATCGGCTCCTTCCCTGTTTTAATATAATATAAATCGGTTCCTTGCCTGTGCAGTAATTAATGGGTGTCCCTGCAATATGTAT
GAAAAAGCCTGTGCAACTCCTTTTGTTCATATTTTGGTGTTGTGTAATCTCTGTCATTGTCGTGCTCGTATCAGTTAGTCCCTGTGTTTCTTGGTTGGTATGGGTTTGTGATTTGGACTCACAGAGAGACAGACAACTTTTGGCCAAATAATCTTTTAAAAGCTGAATCCTACTGCAAACATGGCGGTGAGAGTCTGCTG
AATTGATTTCAATTCAGTGAGAGAGAAGATTTGTATTTGTTTCGGCATTTTCTTTATATTTTGATAATAAAAAAATTATGATTTCTGATTTCTTGAATGTGATATTTGCCCATTTTCACAGGGTGGAACGAGGCAGGAAATTTGGTGGAAACAGGTCATAGAATGAACGAGGCAGGCAGTTTGGTGGAAACAGGTCCTAG
AATGG

Intron 3 GTCCCTCTTT ... TTCCCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	76.47	4	12	14
A2	57.14	6	3	13
A3	52.63	9	4	16
A4	74.19	4	3	20
A5	57.14	3	4	4
A6	27.62	48.5	22	15
A7	25.19	55	13	24
A8	24.49	37	12	12
A9	29	35.5	18	11
A10	42.86	22	14	19

>TRINITY_DN107421_c4_g1_i8 from sample A3 / Example spliced isoform

CATTATCAAAGGGAGCGTCCAATGTCACAGGGAGGGAGGAGCCATATGTGATGGCCCGAATGTCGAATTCAGAAAGCAGTGGGTGAACGTCCTCCTTGTGGCCTTCGAACGGCCTGATGGCATTTGTCTGCCGAAACGCGTAGGACTCTCCTAGACAAGATCCAAGCCGCGCCTCTTGTAGATGTACTTCTGGTACGCCG
GATCCTTCAAAATGGTACCGTCCATATCGAAGACGAGCGTATGGCGCCAAATTGAGAACCATGTGTTAGAAGGGCGTAAGCCAAAGAACAAGTCACCTTGCCCAGTCAAATCCATTTGAAACCTGCATCGTCTTGCTGGGTCTGCCCTCTTGATGCCTCACTCGCCTCCAGGTAAATCTTTCCTCTCCATTA

>TRINITY_DN107421_c4_g1_i4 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CATTATCAAAGGGAGCGTCCAATGTCACAGGGAGGGAGGAGCCATATGTGATGGCCCGAATGTCGAATTCAGAAAGCAGTGGGTGAACGTCCTCCTTGTGGCCTTCGAACGGCCTGATGGCATTTGTCTGCCGAAACGCGTAGGACTCTCCTAGACAAGATCCAAGCCGCGCCTCTTGTAGATGTACTTCTGGTACGCCG
GATCCTTCAAAATGGTACCGTCCATATCGAAGACGAGCGTATGGCGCCAAATTGAGAACCATGTGTTAGAAGGGCGTAAGCCAAAGAACAAGTCACCTTGCCCAGgtccctctttcaccaattttccttctatttctgtgcaggaatatcgaggtttgtttatgctgccggctcgttggctggtagggtataataatttt
cttgcccacagaatttgaagatgcgaggtgttatattatttttttgtcaggtgggttatattttattttattgggaatgaatgtttttatatatttccctgcagTCAAATCCATTTGAAACCTGCATCGTCTTGCTGGGTCTGCCCTCTTGATGCCTCACTCGCCTCCAGTAATTAATCCGTGGTCGTCCAGCCTG

Intron 4 GTCGTTTCTG ... TTTAGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	66.67	2	4	5
A2	-1	0	0	0
A3	83.33	1	5	3
A4	-1	0	0	0
A5	100	0	1	0
A6	75	1	3	0
A7	47.62	11	10	0
A8	62.5	6	10	0
A9	50	5	5	0
A10	55.56	16	20	0

>TRINITY_DN44253_c0_g3_i6 from sample A9 / Example spliced isoform

GATCTCAAGTCTTGGTAAATCTTAGCCGGGTCGGGTTGGTGGTAGCCGGGTCGATGCTGGATCTCAAGTCTTGGTAAATCTTTATTTTCAATTTCAGATCGCTGTAAATCTTTCCTCTCAATTATGTAACGAAGGACTTTATTAGGTGGGTTGTACAGGTATCGATTTTGTTAGATGAATGCAGCATGGCATGGAACAAA
GGGATCAGCTCCTTCGCCCTTCTTCAAAGTAATTAATGGGTATCCATTCAATATGTATTGGAAAGTCTGCCCAATTTTTCTCACTGAATGTGGTAAGGTATGTTATGTATAGCAATTGTTTGGTGG

>TRINITY_DN44253_c0_g3_i7 from sample A9 / Example unspliced isoform:

GATCTCAAGTCTTGGTAAATCTTAGCCGGGTCGGGTTGGTGGTAGCCGGGTCGATGCTGGATCTCAAGTCTTGGTAAATCTTTATTTTCAATTTCAGATCGCTGTAAATCTTTCCTCTCAATTATGTAACGAAGGACTTTATTAGGTGGGTTGTACAGGTATCGATTTTGTTAGATGAATGCAGCATGGCATGGAACAAA
GGGATCAGCTCCTTCGCCCTTCTTCAAAGgtcgtttctgtttttaatataatatcgctcttcaaccttccatttttatttggattattgattttgttccggatattaatgtacttcagtttgtagtatctaatctattatttggtttgttgattttgatttagtgcagTAATTAATGGGTATCCATTCAATATGTATTGG
AAAGTCTGCCCAATTTTTCTCACTGAATGTGGTAAGGTATGTTATGTATAGCAATTGTTTGGTGG

Intron 5 GTGAGAGTCT ... ATTTTCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	76.33	8.7	29	22
A2	96.97	0.3	11.7	8
A3	98.29	0.3	26	10.3
A4	68.44	6.3	14.7	12
A5	75	2	5	4
A6	48.12	30	22.3	31.7
A7	70.72	26.7	73.3	48.3
A8	62.53	44.3	81	65.3
A9	50.44	30.7	39.7	22
A10	62.49	24.3	36	35.3

>TRINITY_DN42757_c0_g2_i13 from sample A6 / Example spliced isoform

CTCTGTCATTGTCGTGCTCGTATCAGTTAGTCCCTGTGTTTCTTGGTTGGTATGGGTTTGTGATTTGGACTCACAGAGAGACAGACAACTTTTGGCCAAATAATCTTTTAAAAGCTGAATCCTACTGCAAACATGGCGGGTGGAAGTGGCGCGTGTATGCAGGTGGAACGAGGCAGGAAATTTGGTGGAAACAGGTCATA
GAATGAACGAGGCAGGCAGTTTGGTGGAAACAGGTCCTAGAATGGATGGATTAATGTCCACCGGGCAGGCACTTTGGTTTCATTTGCTTGAAGTGGCGCGTGTATGCAGTATGTTATCGGAACTCTGTTAAACTTTTTAATTATTTTTCAAGATAATTCTATCGCGTTGTTAGGAGATGAAATAATTGCTTGTTTTTCGC
ATTTGTACTGTTGAGTTCCATTGTCCTTGCATTTATGTCTTGGAGTAGGATTCCATATGCCAACCTGCTAATTAATTGTAATTTTTTTTTATAGATCATGATAATATCATAAGACTTAGACTTAACGTTTGAAAAACAGGATTCATTTTATGTCAACCTGCTTATCAATTGCAAAATCTCATAGATCATGATAAATGTAT
GAATATTAATATAAAATGTAGGTTATTATAACTAAAAAAA

>TRINITY_DN42757_c0_g2_i11 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CTCTGTCATTGTCGTGCTCGTATCAGTTAGTCCCTGTGTTTCTTGGTTGGTATGGGTTTGTGATTTGGACTCACAGAGAGACAGACAACTTTTGGCCAAATAATCTTTTAAAAGCTGAATCCTACTGCAAACATGGCGgtgagagtctgctgaattgatttcaattcagtgagagagaagatttgtatttgtttcggcat
tttctttatattttgataataaaaaaattatgatttctgatttcttgaatgtgatatttgcccattttcacagGGTGGAAGTGGCGCGTGTATGCAGGTGGAACGAGGCAGGAAATTTGGTGGAAACAGGTCATAGAATGAACGAGGCAGGCAGTTTGGTGGAAACAGGTCCTAGAATGGATGGATTAATGTCCACCGGG
CAGGCACTTTGGTTTCATTTGCTTGAAGTGGCGCGTGTATGCAGTATGTTATCGGAACTCTGTTAAACTTTTTAATTATTTTTCAAGATAATTCTATCGCGTTGTTAGGAGATGAAATAATTGCTTGTTTTTCGCATTTGTACTGTTGAGTTCCATTGTCCTTGCATTTATGTCTTGGAGTAGGATTCCATATGCCAACC
TGCTAATTAATTGTAATTTTTTTTTATAGATCATGATAATATCATAAGACTTAGACTTAACGTTTGAAAAACAGGATTCATTTTATGTCAACCTGCTTATCAATTGCAAAATCTCATAGATCATGATAAATGTATGAATATTAATATAAAATGTAGGTTATTATAACTAAAAAAA

Intron 6 GTATGAAAAT ... ATCGAATTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	75.73	4.5	2	14
A2	80	1	1	4
A3	41.66	1.5	0	1
A4	80	2	1	8
A5	31.66	6.5	0	3
A6	27.35	51.5	2	19
A7	35.11	36	1	19
A8	36.05	61	5	34
A9	41.94	39	1	28
A10	35.8	26	4	14

>TRINITY_DN42757_c0_g2_i1 from sample A6 / Example spliced isoform

TAAATATTTCCTCTCCATTATGTAACGAACGACTTTATTTTGCAATGGGTTGTACAGGTATCGATTTTGTTAGATGAATGCAGCATGGCATGCAACAAAGGGATCGGCTCCTCCGCCCTTCTTCAAAGTTCATTTGCGTTGGCTCCCTAATTTTTGAATTCTCCTTTTCTCATCGGTTTTAGGGTTATGATACGGATGCA
AAAGCAGCTGGGTTGGCTGGTCGGATATACATAATTTGAAGCTCCAGGGATCCAAAAGCAGTCGTCCAACTCCAGATTACCTTGTCTTCCATTTCCTTATCATAATTGTCTTTTTCATTGTCTCTGGTTTGTCATAATTTTCTTTTTCACTATCTTTGGTTTGGTTTCAATGCCATGTCTCTCTGTCATTTTCAGGTGTT
CTAGTAATTTTTTGTATGGTGGGTTTATTTTATTGGGGAATGAATGTCCAGGTTGGCCGGTTGGCCCTTAATGGTACAAGAAGGTACATCTGGAGATTTATTCTTACTATGCGAGCGGTAATTGAAATGTTTGCAGTAATTAATCCGTGGTCGTCCAGCCTGCCCAACTTGTTCATTAAGATTTATCAGAATGGTGTTGT
GCAAGATAATTTGGTTTCTCATAATGGTGTGGACCAGAATGCCATCGGGTGAGGAATCGATCAGTTTTCATGTTCAAATTAAGGGTTTCATTTGCTTGAAGTGGCGCGTGTATATAATACAGTATGTTATTAGAACTCTGTTGAACTTTTTATAAGATAATTCTATCTCATTCTGTATGGCCTCGCCTAGCCTAGATTCG
TTCTGTTGTTAGGAGATGAACTAATTGCTAGTTTTTCGCATTTGTACTGTTGAGCTCCATTGTCCTTTCATTTATTTCTTGGAGTAGGATTCGATATGCCAATATCAAATGATTTTCATAGTTTTATAGATCATAATAATATCATAAGACTTAGCTTTTCCAAAA

>TRINITY_DN42757_c0_g2_i6 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GCCTGCCCAACTTGTTCATTAAGgtatgaaaatattttatatataacaattgtttagtgatgtattaataattttaaatttatttaggaaatagtaattcaaatgattttacgattattttcttagttcaaattttttattttcttataattttttaatactataataccaacatacctgcagtaatttcattttaggat
ttatttctttcctaatactatcttagtatatcgaattagATTTATCAGAATGGTGTTGTGCAAGATAATTTGGTTTCTCATAATGGTGTGGACCAGAATGCCATCGGGTGAGGAATCGATCAGTTTTCATGTTCAAATTAAGGGTTTCATTTGCTTGAAGTGGCGCGTGTAT

Intron 7 GTATATATCT ... ATGTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	17.3	142.2	32	25
A2	9.18	116.6	9	13
A3	14.75	140.2	26	19
A4	9.88	100.8	5	15
A5	22.94	38.6	13	7
A6	7.21	249.4	21	14
A7	5.55	978.6	60	48
A8	4.87	829.8	46	33
A9	3.43	769	34	17
A10	5.94	821.4	68	26

>TRINITY_DN48486_c0_g1_i20 from sample A7 / Example spliced isoform

CCCAGGTCTTTCACCAATTTTCCTTCTATTTCTGTGCAGGAATATCTGGGTTTGTATATGCAGCGGGCTCGTTGGCTAGTCGGGTATCCATTTTGTTAGATGAATGCAGCATGGCATGCAACAAAGGGATCAGCTCCTCCTCCCTTCTTCAAAGGTTGGCCGGTTGGCCCTTAATGGTACAAGAAGGTATAGGCCTGGAC

CAAAAGGTGCATCTGGAGATTTAGTCTTACTATGCGAGCGGTATTTGAAATGTTTGCAGGTGGATCTCGAGATTTACTCTTACAATTATGCAGGTATTATGAGAGAAGAAAAACACTTTGATGTAATGTTAGATTATGATGAAGAGTTGAGAATGCTAGAAGAATGGATAGAAAATCTAAGGATTTGTGAAGACATTGAT
AAAAAGATTGTAGCAGATGAAGAATCTAAAATCATTATTCCAGAATCAGAAATTAGCATTACAGAAATCCCCGAGGAAACGAAGTTAAGTAACATACACATGCAAGGAATAGAGCTGAACATTGAGATAGAAGAAATGCAAGGAATAGAGTTGAACATTGAGATAGAAGAATTATGGAAATGTTTGCAGAATACTTTTGG
GTGGAGACACAATGCCACAAAGGATATAGTTAACCACAAAGATCAGTTGATTGAAGATACTTTTGAAAGCAAGGCAAGAGGACGACAACAACATCAGATTTGGGATCCATGCGAACATCAGATTCTATATTTGAAGATGAAGATGAAAGAAATAGGCCTAAGTAGCCTAATGTGAAGCTAATTTAGTTTTATGAAATTTT
TGTTAAGGGTTTGTAAGCTTGGCCAAGACATAGACAGCAAGCATTTGCATTTGTGAGATTTGCATTTTAAATTTTTTAGAGTATCATAATTACAAGGGAGTGTTGTGTTTAGTAAGAATGTAACCCTTGAGATTAAGAGGGAGTGTTAGAAATAATAATCTCATTAGTTCAGTGTGTTAGTTACATTCAGTTATTCCGCT

>TRINITY_DN48486_c0_g1_i19 from sample A7 / Example unspliced isoform:

AGGTGTTCTATTAATTTCTTTGTATGGTGGGTTTTATTTGATTGGGGAACGAATGTCCAGGTTGGCCGGTTGGCCCTTAATGGTACAAGAAGGTATAGGCCTGGACCAAAAGgtatatatctttctatttaaaccttttttattcaactttaaaactaggtgtaccgcgctttactcatctttgataatgtgaaatgttt
gcagGTGCATCTGGAGATTTAGTCTTACTATGCGAGCGGTATTTGAAATGTTTGCAGGTGGATCTCGAGATTTACTCTTACAGTATGTCGTTTAATTTTAATGCAGCCATTGATTAGAATTCATGTGTACTTAAACTAGAGGTGGAAACATATTTATAGTTTGTGGATATTGATGCGGCCTGGAATGGGATCCGAGGGTT
ACTTCATATTTCTTGAAAACGTTTTTATTGTTACTGTGGGACCCGAGGGTTACTTCATATTTCTTGAAAAAGTTTTTTTTACTGTTACTGGCTTTCAGATCTGGTGTTATATTGCTTGAAAACATGTCTTTATTGTTATTTGATTTCAGATCTTGTTAGAAATAATAATCTCGTAGGTTTAGTTGTTAGTTAAGTATTAA
CAGTTTTTAGTTAAGTATTAACAGTTTTTAGTTATACAACAGTTTGTTAACAGTCTGAACTGTCAGATTTGTAATACAAATACCATCTAATGCAAACAAATCAGAGTGTGCTTCTGGGTTCATTTTCTGGGTGCATTCTGTTACATTCTTTTTCTGTCTTAAGTTTTTAATAGAGTATTTTTAGCTATGGATCAGGAAGA
TATATTGAGAAGATCTATGCTGATTTTGCCATTTTTCTCAAGTATGGATTATGAAATTTGGGCGAATAAAATGGAAGATTTGTTTTGTTCAGTAAATTTATGGCGTTTTGTCCAAAGAATCTCATGTTTTTGGAACTGAAAATTTGTATGTGTTTGCAGATTATGCAGGTATTATGAGAGAAGAAAAACACTTTGATGTA
ATGTTAGATTATGATGAAGAGTTGAGAATGCTAGAAGAATGGATAGAAAATCTAAGGATTTGTGAAGACATTGATAAAAAGATTGTAGCAGATGAAGAATCTAAAATCATTATTCCAGAATCAGAAATTAGCATTACAGAAATCCCCGAGGAAACGAAGTTAAGTAACATACACATGCAAGGAATAGAGCTGAACATTGA
GATAGAAGAAATGCAAGGAATAGAGTTGAACATTGAGATAGAAGAATTATGGAAATGTTTGCAGAATACTTTTGGGTGGAGACACAATGCCACAAAGGATATAGTTAACCACAAAGATCAGTTGATTGAAGATACTTTTGAAAGCAAGGCAAGAGGACGACAACAACATCAGATTTGGGATCCATGCGAACATCAGATTC
TATATTTGAAGATGAAGATGAAAGAAATAGGCCTAAGTAGCCTAATGTGAAGCTAATTTAGTTTTATGAAATTTTTGTTAAGGGTTTGTAAGCTTGGCCAAGACATAGACAGCAAGCATTTGCATTTGTGAGATTTGCATTTTAAATTTTTTAGAGTATCATAATTACAAGGGAGTGTTGTGTTTAGTAAGAATGTAACC
CTTGAGATTAAGAGGGAGTGTTAGAAATAATAATCTCATTAGTTCAGTGTGTTAGTTACATTCAGTTATTCCGCT

Intron 8 GTATGTCGTT ... GTGTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	29.37	154	40	64
A2	33.12	147.5	34	73
A3	34.45	167.5	55.5	88
A4	23.97	92	40.5	29
A5	36.47	54	15	31
A6	33.92	312	111.5	160
A7	31.66	1250.5	223	579
A8	33.42	1066	229.5	535
A9	31.96	992	183	466
A10	32.12	881.5	172.5	417

>TRINITY_DN48486_c0_g1_i20 from sample A7 / Example spliced isoform

CCCAGGTCTTTCACCAATTTTCCTTCTATTTCTGTGCAGGAATATCTGGGTTTGTATATGCAGCGGGCTCGTTGGCTAGTCGGGTATCCATTTTGTTAGATGAATGCAGCATGGCATGCAACAAAGGGATCAGCTCCTCCTCCCTTCTTCAAAGGTTGGCCGGTTGGCCCTTAATGGTACAAGAAGGTATAGGCCTGGAC
CAAAAGGTGCATCTGGAGATTTAGTCTTACTATGCGAGCGGTATTTGAAATGTTTGCAGGTGGATCTCGAGATTTACTCTTACAATTATGCAGGTATTATGAGAGAAGAAAAACACTTTGATGTAATGTTAGATTATGATGAAGAGTTGAGAATGCTAGAAGAATGGATAGAAAATCTAAGGATTTGTGAAGACATTGAT
AAAAAGATTGTAGCAGATGAAGAATCTAAAATCATTATTCCAGAATCAGAAATTAGCATTACAGAAATCCCCGAGGAAACGAAGTTAAGTAACATACACATGCAAGGAATAGAGCTGAACATTGAGATAGAAGAAATGCAAGGAATAGAGTTGAACATTGAGATAGAAGAATTATGGAAATGTTTGCAGAATACTTTTGG
GTGGAGACACAATGCCACAAAGGATATAGTTAACCACAAAGATCAGTTGATTGAAGATACTTTTGAAAGCAAGGCAAGAGGACGACAACAACATCAGATTTGGGATCCATGCGAACATCAGATTCTATATTTGAAGATGAAGATGAAAGAAATAGGCCTAAGTAGCCTAATGTGAAGCTAATTTAGTTTTATGAAATTTT
TGTTAAGGGTTTGTAAGCTTGGCCAAGACATAGACAGCAAGCATTTGCATTTGTGAGATTTGCATTTTAAATTTTTTAGAGTATCATAATTACAAGGGAGTGTTGTGTTTAGTAAGAATGTAACCCTTGAGATTAAGAGGGAGTGTTAGAAATAATAATCTCATTAGTTCAGTGTGTTAGTTACATTCAGTTATTCCGCT

>TRINITY_DN48486_c0_g1_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:

AGGTGTTCTATTAATTTCTTTGTATGGTGGGTTTTATTTGATTGGGGAACGAATGTCCAGGTTGGCCGGTTGGCCCTTAATGGTACAAGAAGGTATAGGCCTGGACCAAAAGGTGCATCTGGAGATTTAGTCTTACTATGCGAGCGGTATTTGAAATGTTTGCAGGTGGATCTCGAGATTTACTCTTACAgtatgtcgtt
taattttaatgcagccattgattagaattcatgtgtacttaaactagaggtggaaacatatttatagtttgtggatattgatgcggcctggaatgggatccgagggttacttcatatttcttgaaaacgtttttattgttactgtgggacccgagggttacttcatatttcttgaaaaagttttttttactgttactggc
tttcagatctggtgttatattgcttgaaaacatgtctttattgttatttgatttcagatcttgttagaaataataatctcgtaggtttagttgttagttaagtattaacagtttttagttaagtattaacagtttttagttatacaacagtttgttaacagtctgaactgtcagatttgtaatacaaataccatctaatg
caaacaaatcagagtgtgcttctgggttcattttctgggtgcattctgttacattctttttctgtcttaagtttttaatagagtatttttagctatggatcaggaagatatattgagaagatctatgctgattttgccatttttctcaagtatggattatgaaatttgggcgaataaaatggaagatttgttttgttcag
taaatttatggcgttttgtccaaagaatctcatgtttttggaactgaaaatttgtatgtgtttgcagATTATGCAGGTATTATGAGAGAAGAAAAACACTTTGATGTAATGTTAGATTATGATGAAGAGTTGAGAATGCTAGAAGAATGGATAGAAAATCTAAGGATTTGTGAAGACATTGATAAAAAGATTGTAGCAGA
TGAAGAATCTAAAATCATTATTCCAGAATCAGAAATTAGCATTACAGAAATCCCCGAGGAAACGAAGTTAAGTAACATACACATGCAAGGAATAGAGCTGAACATTGAGATAGAAGAAATGCAAGGAATAGAGTTGAACATTGAGATAGAAGAATTATGGAAATGTTTGCAGAATACTTTTGGGTGGAGACACAATGCCA
CAAAGGATATAGTTAACCACAAAGATCAGTTGATTGAAGATACTTTTGAAAGCAAGGCAAGAGGACGACAACAACATCAGATTTGGGATCCATGCGAACATCAGATTCTATATTTGAAGATGAAGATGAAAGAAATAGGCCTAAGTAGCCTAATGTGAAGCTAATTTAGTTTTATGAAATTTTTGTTAAGGGTTTGTAAG
CTTGGCCAAGACATAGACAGCAAGCATTTGCATTTGTGAGATTTGCATTTTAAATTTTTTAGAGTATCATAATTACAAGGGAGTGTTGTGTTTAGTAAGAATGTAACCCTTGAGATTAAGAGGGAGTGTTAGAAATAATAATCTCATTAGTTCAGTGTGTTAGTTACATTCAGTTATTCCGCT

Intron 9 GTATAGGTCG ... ATGTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	61.42	16.3	33	19
A2	81.93	2.3	9	12
A3	64.18	12	27	16
A4	51.52	8	10	7
A5	84.26	1.3	9	5
A6	26.09	62.3	31	13
A7	51.25	45.7	63	33
A8	45.92	53	62	28
A9	36.34	47.3	41	13
A10	40.28	52.7	61	10

>TRINITY_DN42757_c0_g2_i14 from sample A6 / Example spliced isoform

TAATTGTCTTTTTCATTGTCTCTGGTTTGTCATAATTTTCTTTTTCACTATCTTTGGTTTGGTTTCAATGCCATGTCTCTCTGTCATTTTCAGGTGTTCTAGTAATTTTTTGTATGGTGGGTTTATTTTATTGGGGAATGAATGTCCAGGTTGGCCGGTTGGCCCTTAATGGTACAAGAAGGTACATCTGGAGATTTATT
CTTACTATGCGAGCGGTAATTGAAATGTTTGCAGTAATTAATCCGTGGTCGTCCAGCCTGCCCAACTTGTTCATTAAGAATGCCATCGGGTGAGGAATCGATCAGTTTTCATGTTCAAATTAAGGGTTTCATTTGCTTGAAGTGGCGCGTGTATATAATACAGTATGTTATTAGAACTCTGTTGAACTTTTTATAAGATA
ATTCTATCTCATTCTGTATGGCCTCGCCTAGCCTAGATTCGTTCTGTTGTTAGGAGATGAACTAATTGCTAGTTTTTCGCATTTGTACTGTTGAGCTCCATTGTCCTTTCATTTATTTCTTGGAGTAGGATTCGATATGCCAATATCAAATGATTTTCATAGTTTTATAGATCATAATAATATCATAAGACTTAGCTTTT
CCAAAA

>TRINITY_DN42757_c0_g2_i26 from sample A6 / Example unspliced isoform:

TAAATATTTCCTCTCCATTATGTAACGAACGACTTTATTTTGCAATGGGTTGTACAGGTATCGATTTTGTTAGATGAATGCAGCATGGCATGCAACAAAGGGATCGGCTCCTCCGCCCTTCTTCAAAGTTCATTTGCGTTGGCTCCCTAATTTTTGAATTCTCCTTTTCTCATCGGTTTTAGGGTTATGATACGGATGCA
AAAGCAGCTGGGTTGGCTGGTCGGATATACATAATTTGAAGCTCCAGGGATCCAAAAGCAGTCGTCCAACTCCAGATTACCTTGTCTTCCATTTCCTTATCATAATTGTCTTTTTCATTGTCTCTGGTTTGTCATAATTTTCTTTTTCACTATCTTTGGTTTGGTTTCAATGCCATGTCTCTCTGTCATTTTCAGGTGTT
CTAGTAATTTTTTGTATGGTGGGTTTATTTTATTGGGGAATGAATGTCCAGGTTGGCCGGTTGGCCCTTAATGGTACAAGAAGgtataggtcgggaccaaaaagtatatatctttctatttaaacattttctattcatctttaaaaacaggtgtaccgcgctttagtcatctttgataatatgaaatgtttgcagGTACA
TCTGGAGATTTATTCTTACTATGCGAGCGGTAATTGAAATGTTTGCAGGTGGATCTCGAGATTTAGTCTTACAGTATGCCGTTTAATTTTAATGCAGCCATTGATTATAATTCATGTGTACTTAAAC

Intron 10 GTATGTTATC ... ATTTTCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	61.9	12	21	18
A2	61.11	7	14	8
A3	68.42	6	16	10
A4	93.75	1	20	10
A5	42.86	4	4	2
A6	21.09	58	21	10
A7	35.79	61	36	32
A8	37.19	76	52	38
A9	31.88	47	40	4
A10	44.68	39	46	17

>TRINITY_DN117112_c1_g1_i12 from sample A1 / Example spliced isoform

CGGAGATAAAAAAAAAAAGGATTTCAAATACAGAGAGATAAAAAAAGCATTTGAAATCGTGAGTATCATGCCGTTGTATGAGAACACAACGGCATTCTTGAATCAAAGAACCATTATCAAAGGGAGCGTCCAAAGGGAGGAGTGTCCAATGTGAGAGTGAAGAGCCATACGTGATGGCGTGAATGTCCAGGTGGGTGAAC
TTCCTCCTCTTGACTGAGACGGCGTAAGAAGTCGATCAGTTCCGTGAGCTCTGAGTCCGACTTGAGGCCATCGAAAGGCCTGATTGGGATGGTATTTGTCTGCTAGAACTCGTAGGAAACTGGTTTGTCGTCAATAACAAGGACTCTGCAGATCCCTAGCTTGAATCCCTGTACAGCCTGCAGCTGATGCGCTTATCATT
GCCGATCTGGTCGAGATATTAGTCTGCTCGCGGTGAACACAACGATCTCGAAAACCTCTGACATCTCTCTTAAAAAGCGATCCAAGCCGGGCCTCTTGTAGATGTACTTCTGATACCGCCGTAAGCTCAGGCCGACCCTTCATCTCTGGGCGTCAAAAGGGTATCCCGCTCCTTCAAAATGGTATCGGAGCAAGGGAATC
TCGTGGCAAGGGCGTAAGCCAAGGGGTAATCATCCATTATGATCGCCTTGTCCAGGCAAATCAATTTGAAACATGCATTCTCTTGCTGGGTCTGCCCGCTTGACGCCTAGCTCGGCTCGAGCATGGCATGCAACAAATGGATCAGCTCCTCCCAGGGCTTATTCAAAGGGTGGAAACAGGTCCTAGAATGGATGGATGGA
TTAATGTCCACTGGGCAGACACTTTGGTTTCATTTGCTTGAAGTGGCGCGTGTATGCAGGTGGAACGAGGCAGGAAATTTGGTGGAAACAGGTCATAGAATGAACGAGGCAGGCAGTTTGGTGGAAACAGGTCCTAGAATGG

>TRINITY_DN117112_c1_g1_i14 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CGGAGATAAAAAAAAAAAGGATTTCAAATACAGAGAGATAAAAAAAGCATTTGAAATCGTGAGTATCATGCCGTTGTATGAGAACACAACGGCATTCTTGAATCAAAGAACCATTATCAAAGGGAGCGTCCAAAGGGAGGAGTGTCCAATGTGAGAGTGAAGAGCCATACGTGATGGCGTGAATGTCCAGGTGGGTGAAC
TTCCTCCTCTTGACTGAGACGGCGTAAGAAGTCGATCAGTTCCGTGAGCTCTGAGTCCGACTTGAGGCCATCGAAAGGCCTGATTGGGATGGTATTTGTCTGCTAGAACTCGTAGGAAACTGGTTTGTCGTCAATAACAAGGACTCTGCAGATCCCTAGCTTGAATCCCTGTACAGCCTGCAGCTGATGCGCTTATCATT
GCCGATCTGGTCGAGATATTAGTCTGCTCGCGGTGAACACAACGATCTCGAAAACCTCTGACATCTCTCTTAAAAAGCGATCCAAGCCGGGCCTCTTGTAGATGTACTTCTGATACCGCCGTAAGCTCAGGCCGACCCTTCATCTCTGGGCGTCAAAAGGGTATCCCGCTCCTTCAAAATGGTATCGGAGCAAGGGAATC
TCGTGGCAAGGGCGTAAGCCAAGGGGTAATCATCCATTATGATCGCCTTGTCCAGGTCCCTCCCCAACTTTCTTTCACAAATTCTCATTCTATTTTGGTGCAGGAATATCTGGGTTTGTGTATGCAGCGGGTTCGCTGGCTAGTCGGGTATAATCATTTCATTGCCCACAGAATTCGAAGCTGCCGGCGTTGATATATAT
TTCCCTGCAGGCAAATCAATTTGAAACATGCATTCTCTTGCTGGGTCTGCCCGCTTGACGCCTAGCTCGGCTCGAGGTAAATATTTCCTCTCCATTATGTAACGAACGACTTTATTTTGCAATGGGTTGTACAGGTATCGATTTTGTTAGATGAATGCAGCATGGCATGCAACAAATGGATCAGCTCCTCCCAGGGCTTA
TTCAAAGGTCATTTGCTTTGGCTCCCTAATTTTTGAATTTGAATTCTCCTTTTCTGATTGGCTTTACTCAATTAGGGTTACGACAGGCTGTATTAAAATGCTAGATAAAGTTGCCATTCATTATCTATAAATTGGCTCCTTCCCTATTTTTAATATAATATAAATCGGTTCCTTGCCTGTGCAGTAATTAATGGGTGTCC
CTGCGATATGTATGAAAAAGCCTGTGCAACTCCTTTTGTTCATATTTTGGTGTTGTGTAATCTCTGTAATCTGTGTAATCAGTTTGTCCGTGTGTTTCTTGGTTGGTATGGGTTTGTGATTTGGACTCAGAGAGAGAGACACACAACTTTTGGCCAAAGAGTCTTTTAAGCTGAATCCTCTGCAAACATGGCCGTGAGAG
TCTGCTGAATTGATTTCAATTTAGTGAGGGAGGAGATTTGTATTTGTTTCGGCATTTTCTTTATATTTTGATAACAAAAATTATGATTTATGATTTCTTGAATGTGATATTTGCCCATTTTCACAGGGTGGAAACAGGTCCTAGAATGGATGGATGGATTAATGTCCACTGGGCAGACACTTTGGTTTCATTTGCTTGAA
GTGGCGCGTGTATGCAgtatgttatcggaagtctgttactctgttaaactttttatttattttttaagataattctatcgggttatctatgccttagcctagattcgttgtgttgttaggagatgaaattcgttgtgttgttaagagatgaaataattgcttatgtttcgcatttgtactgttgagctccattgtccttt
catttatgttttggagtacgattccatatgccaacctgttaatctatgttatcggaactctgttactctgttaaataacattgtcctttcatcatctataaatcggctccttccctgttttaatataatataaatcggttccttgcctgtgcagtaattaatgggtgtccctgcaatatgtatgaaaaagcctgtgcaac
tccttttgttcatattttggtgttgtgtaatctctgtcattgtcgtgctcgtatcagttagtccctgtgtttcttggttggtatgggtttgtgatttggactcacagagagacagacaacttttggccaaataatcttttaaaagctgaatcctactgcaaacatggcggtgagagtctgctgaattgatttcaattcag
tgagagagaagatttgtatttgtttcggcattttctttatattttgataataaaaaaattatgatttctgatttcttgaatgtgatatttgcccattttcacagGGTGGAACGAGGCAGGAAATTTGGTGGAAACAGGTCATAGAATGAACGAGGCAGGCAGTTTGGTGGAAACAGGTCCTAGAATGG

Intron 11 GTCCCTCCCC ... TTCCCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	44.34	21.5	17	17
A2	53.57	10.5	6	12
A3	45.3	14.5	20	12
A4	63.46	6.5	3	10
A5	97.22	1	1	34
A6	64.11	18	6	32
A7	64.56	28	15	51
A8	75.7	16.5	2	50
A9	68.61	30	23	65
A10	76.23	22	21	70

>TRINITY_DN117112_c1_g1_i12 from sample A1 / Example spliced isoform

CGGAGATAAAAAAAAAAAGGATTTCAAATACAGAGAGATAAAAAAAGCATTTGAAATCGTGAGTATCATGCCGTTGTATGAGAACACAACGGCATTCTTGAATCAAAGAACCATTATCAAAGGGAGCGTCCAAAGGGAGGAGTGTCCAATGTGAGAGTGAAGAGCCATACGTGATGGCGTGAATGTCCAGGTGGGTGAAC
TTCCTCCTCTTGACTGAGACGGCGTAAGAAGTCGATCAGTTCCGTGAGCTCTGAGTCCGACTTGAGGCCATCGAAAGGCCTGATTGGGATGGTATTTGTCTGCTAGAACTCGTAGGAAACTGGTTTGTCGTCAATAACAAGGACTCTGCAGATCCCTAGCTTGAATCCCTGTACAGCCTGCAGCTGATGCGCTTATCATT
GCCGATCTGGTCGAGATATTAGTCTGCTCGCGGTGAACACAACGATCTCGAAAACCTCTGACATCTCTCTTAAAAAGCGATCCAAGCCGGGCCTCTTGTAGATGTACTTCTGATACCGCCGTAAGCTCAGGCCGACCCTTCATCTCTGGGCGTCAAAAGGGTATCCCGCTCCTTCAAAATGGTATCGGAGCAAGGGAATC
TCGTGGCAAGGGCGTAAGCCAAGGGGTAATCATCCATTATGATCGCCTTGTCCAGGCAAATCAATTTGAAACATGCATTCTCTTGCTGGGTCTGCCCGCTTGACGCCTAGCTCGGCTCGAGCATGGCATGCAACAAATGGATCAGCTCCTCCCAGGGCTTATTCAAAGGGTGGAAACAGGTCCTAGAATGGATGGATGGA
TTAATGTCCACTGGGCAGACACTTTGGTTTCATTTGCTTGAAGTGGCGCGTGTATGCAGGTGGAACGAGGCAGGAAATTTGGTGGAAACAGGTCATAGAATGAACGAGGCAGGCAGTTTGGTGGAAACAGGTCCTAGAATGG

>TRINITY_DN117112_c1_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TGAGATAGTAGTCTGCAACTTATGAATCCCTGTCGATTTACAGCTCGCGGTGAACACAACGATCTCGAAAACCTCTGACATCTCTCTTAAAAAGCGATCCAAGCCGGGCCTCTTGTAGATGTACTTCTGATACCGCCGTAAGCTCAGGCCGACCCTTCATCTCTGGGCGTCAAAAGGGTATCCCGCTCCTTCAAAATGGT
ATCGGAGCAAGGGAATCTCGTGGCAAGGGCGTAAGCCAAGGGGTAATCATCCATTATGATCGCCTTGTCCAGgtccctccccaactttctttcacaaattctcattctattttggtgcaggaatatctgggtttgtgtatgcagcgggttcgctggctagtcgggtataatcatttcattgcccacagaattcgaagctg
ccggcgttgatatatatttccctgcagGCAAATCAATTTGAAACATGCATTCTCTTGCTGGGTCTGCCCGCTTGACGCCTAGCTCGGCTCGAGGTAAATATTTCCTCTCCATTATGTAACGAACGACTTTATTTTGCAATGGGTTGTACAGGTATCGATTTTGTTAGATGAATGCAGCATGGCATGCAACAAATGGATCA
GCTCCTCCCAGGGCTTATTCAAAGGTCATTTGCTTTGGCTCCCTAATTTTTGAATTTGAATTCTCCTTTTCTGATTGGCTTTACTCAATTAGGGTTACGACAGGCTGTATTAAAATGCTAGATAAAGTTGCCATTCATTATCTATAAATTGGCTCCTTCCCTATTTTTAATATAATATAAATCGGTTCCTTGCCTGTGCA
GTAATTAATGGGTGTCCCTGCGATATGTATGAAAAAGCCTGTGCAACTCCTTTTGTTCATATTTTGGTGTTGTGTAATCTCTGTAATCTGTGTAATCAGTTTGTCCGTGTGTTTCTTGGTTGGTATGGGTTTGTGATTTGGACTCAGAGAGAGAGACACACAACTTTTGGCCAAAGAGTCTTTTAAGCTGAATCCTCTGC
AAACATGGCCGTGAGAGTCTGCTGAATTGATTTCAATTTAGTGAGGGAGGAGATTTGTATTTGTTTCGGCATTTTCTTTATATTTTGATAACAAAAATTATGATTTATGATTTCTTGAATGTGATATTTGCCCATTTTCACAGGGTGGAAACAGGTCCTAGAATGGATGGATGGATTAATGTCCACTGGGCAGACACTTT
GGTTTCATTTGCTTGAAGTGGCGCGTGTATGCAGTATGTTATCGGAAGTCTGTTACTCTGTTAAACTTTTTATTTATTTTTTAAGATAATTCTATCGGGTTATCTATGCCTTAGCCTAGATTCGTTGTGTTGTTAGGAGATGAAATTCGTTGTGTTGTTAAGAGATGAAATAATTGCTTATGTTTCGCATTTGTACTGTT
GAGCTCCATTGTCCTTTCATTTATGTTTTGGAGTACGATTCCATATGCCAACCTGTTAATCTATGTTATCGGAACTCTGTTACTCTGTTAAATAACATTGTCCTTTCATCATCTATAAATCGGCTCCTTCCCTGTTTTAATATAATATAAATCGGTTCCTTGCCTGTGCAGTAATTAATGGGTGTCCCTGCAATATGTAT
GAAAAAGCCTGTGCAACTCCTTTTGTTCATATTTTGGTGTTGTGTAATCTCTGTCATTGTCGTGCTCGTATCAGTTAGTCCCTGTGTTTCTTGGTTGGTATGGGTTTGTGATTTGGACTCACAGAGAGACAGACAACTTTTGGCCAAATAATCTTTTAAAAGCTGAATCCTACTGCAAACATGGCGGTGAGAGTCTGCTG
AATTGATTTCAATTCAGTGAGAGAGAAGATTTGTATTTGTTTCGGCATTTTCTTTATATTTTGATAATAAAAAAATTATGATTTCTGATTTCTTGAATGTGATATTTGCCCATTTTCACAGGGTGGAACGAGGCAGGAAATTTGGTGGAAACAGGTCATAGAATGAACGAGGCAGGCAGTTTGGTGGAAACAGGTCCTAG
AATGG

Intron 12 GTCATTTGCT ... ATTTTCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	70.27	11	21	31
A2	74.36	5	13	16
A3	64.91	10	18	19
A4	78.38	4	13	16
A5	84.62	1	2	9
A6	36.84	30	9	26
A7	59.59	39	47	68
A8	61.22	38	33	87
A9	50	36	36	36
A10	73.24	19	43	61

>TRINITY_DN123240_c2_g2_i1 from sample A2 / Example spliced isoform

CAATTTGAAACATGCATTCTCTTGCTGGGTCTGCCCGCTTGACGCCTAGCTCGGCTCGAGCATGGCATGCAACAAATGGATCAGCTCCTCCCAGGGCTTATTCAAAGGGTGGAAACAGGTCCTAGAATGGATGGATGGATTAATGTCCACCGGGCAGGCACTTTGGTTTCATTTGCTTGAAGTGGCGCGTGTATGCAGGT
GGAACGAGGCAGGAAATTTGGTGGAAACAGGTCATAGAATGAACGAGGCAGGCAGTTTGGTGGAAACAGGTCCTAGAATGG

>TRINITY_DN123240_c2_g2_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:

AAATATTTCCTCTCCATTATGTAACGAACGACTTTATTTTGCAATGGGTTGTACAGGTATCGATTTTGTTAGATGAATGCAGCATGGCATGCAACAAATGGATCAGCTCCTCCCAGGGCTTATTCAAAGgtcatttgctttggctccctaatttttgaatttgaattctccttttctgattggctttactcaattagggt
tacgacaggctgtattaaaatgctagataaagttgccattcattatctataaattggctccttccctatttttaatataatataaatcggttccttgcctgtgcagtaattaatgggtgtccctgcgatatgtatgaaaaagcctgtgcaactccttttgttcatattttggtgttgtgtaatctctgtcattgtcgtgc
tcgtatcagttagtccctgtgtttcttggttggtatgggtttgtgatttggactcacagagagacagacaacttttggccaaataatcttttaaaagctgaatcctactgcaaacatggcggtgagagtctgctgaattgatttcaatttagtgagggaggagatttgtatttgtttcggcattttctttatattttgat
aacaaaaattatgatttctgatttcttgaatgtgatatttgcccattttcacagGGTGGAAACAGGTCCTAGAATGGATGGATGGATTAATGTCCACCGGGCAGGCACTTTGGTTTCATTTGCTTGAAGTGGCGCGTGTATGCAGTATGTTATCGGAAGTCTGTTACTCTGTTAAACTTTTTATTTATTTTTTAAGATAA
TTCTATCGGGTTATCTATGCCTTAGCCTAGATTCGTTGTGTTGTTAGGAGATGAAATTCGTTGTGTTGTTAAGAGATGAAATAATTGCTTATGTTTCGCATTTGTACTGTTGAGCTCCATTGTCCTTTCATTTATGTTTTGGAGTACGATTCCATATGCCAACCTGTTAATCTATGTTATCGGAACTCTGTTACTCTGTT
AAATAACATTGT

Intron 13 GTGGATCTCG ... GTGTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	24.18	201	64	64
A2	28.53	184	55.5	73
A3	29.26	214.5	81	88
A4	20.46	113.5	49	29
A5	32.05	66	20.5	31
A6	29.57	383.5	159.5	160
A7	26.91	1579	438	579
A8	28.45	1351	393.5	535
A9	28	1207	326.5	466
A10	26.56	1158.5	349.5	417

>TRINITY_DN48486_c0_g1_i22 from sample A7 / Example spliced isoform

AGGTGTTCTATTAATTTCTTTGTATGGTGGGTTTTATTTGATTGGGGAACGAATGTCCAGGTTGGCCGGTTGGCCCTTAATGGTACAAGAAGGTATAGGCCTGGACCAAAAGGTGCATCTGGAGATTTAGTCTTACTATGCGAGCGGTATTTGAAATGTTTGCAGATTATGCAGGTATTATGAGAGAAGAAAAACACTTT
GATGTAATGTTAGATTATGATGAAGAGTTGAGAATGCTAGAAGAATGGATAGAAAATCTAAGGATTTGTGAAGACATTGATAAAAAGATTGTAGCAGATGAAGAATCTAAAATCATTATTCCAGAATCAGAAATTAGCATTACAGAAATCCCCGAGGAAACGAAGTTAAGTAACATACACATGCAAGGAATAGAGCTGAA
CATTGAGATAGAAGAAATGCAAGGAATAGAGTTGAACATTGAGATAGAAGAATTATGGAAATGTTTGCAGAATACTTTTGGGTGGAGACACAATGCCACAAAGGATATAGTTAACCACAAAGATCAGTTGATTGAAGATACTTTTGAAAGCAAGGCAAGAGGACGACAACAACATCAGATTTGGGATCCATGCGAACATC
AGATTCTATATTTGAAGATGAAGATGAAAGAAATAGGCCTAAGTAGCCTAATGTGAAGCTAATTTAGTTTTATGAAATTTTTGTTAAGGGTTTGTAAGCTTGGCCAAGACATAGACAGCAAGCATTTGCATTTGTGAGATTTGCATTTTAAATTTTTTAGAGTATCATAATTACAAGGGAGTGTTGTGTTTAGTAAGAAT
GTAACCCTTGAGATTAAGAGGGAGTGTTAGAAATAATAATCTCATTAGTTCAGTGTGTTAGTTACATTCAGTTATTCCGCT

>TRINITY_DN48486_c0_g1_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:

AGGTGTTCTATTAATTTCTTTGTATGGTGGGTTTTATTTGATTGGGGAACGAATGTCCAGGTTGGCCGGTTGGCCCTTAATGGTACAAGAAGGTATAGGCCTGGACCAAAAGGTGCATCTGGAGATTTAGTCTTACTATGCGAGCGGTATTTGAAATGTTTGCAGgtggatctcgagatttactcttacagtatgtcgtt
taattttaatgcagccattgattagaattcatgtgtacttaaactagaggtggaaacatatttatagtttgtggatattgatgcggcctggaatgggatccgagggttacttcatatttcttgaaaacgtttttattgttactgtgggacccgagggttacttcatatttcttgaaaaagttttttttactgttactggc
tttcagatctggtgttatattgcttgaaaacatgtctttattgttatttgatttcagatcttgttagaaataataatctcgtaggtttagttgttagttaagtattaacagtttttagttaagtattaacagtttttagttatacaacagtttgttaacagtctgaactgtcagatttgtaatacaaataccatctaatg
caaacaaatcagagtgtgcttctgggttcattttctgggtgcattctgttacattctttttctgtcttaagtttttaatagagtatttttagctatggatcaggaagatatattgagaagatctatgctgattttgccatttttctcaagtatggattatgaaatttgggcgaataaaatggaagatttgttttgttcag
taaatttatggcgttttgtccaaagaatctcatgtttttggaactgaaaatttgtatgtgtttgcagATTATGCAGGTATTATGAGAGAAGAAAAACACTTTGATGTAATGTTAGATTATGATGAAGAGTTGAGAATGCTAGAAGAATGGATAGAAAATCTAAGGATTTGTGAAGACATTGATAAAAAGATTGTAGCAGA
TGAAGAATCTAAAATCATTATTCCAGAATCAGAAATTAGCATTACAGAAATCCCCGAGGAAACGAAGTTAAGTAACATACACATGCAAGGAATAGAGCTGAACATTGAGATAGAAGAAATGCAAGGAATAGAGTTGAACATTGAGATAGAAGAATTATGGAAATGTTTGCAGAATACTTTTGGGTGGAGACACAATGCCA
CAAAGGATATAGTTAACCACAAAGATCAGTTGATTGAAGATACTTTTGAAAGCAAGGCAAGAGGACGACAACAACATCAGATTTGGGATCCATGCGAACATCAGATTCTATATTTGAAGATGAAGATGAAAGAAATAGGCCTAAGTAGCCTAATGTGAAGCTAATTTAGTTTTATGAAATTTTTGTTAAGGGTTTGTAAG
CTTGGCCAAGACATAGACAGCAAGCATTTGCATTTGTGAGATTTGCATTTTAAATTTTTTAGAGTATCATAATTACAAGGGAGTGTTGTGTTTAGTAAGAATGTAACCCTTGAGATTAAGAGGGAGTGTTAGAAATAATAATCTCATTAGTTCAGTGTGTTAGTTACATTCAGTTATTCCGCT

Intron 14 GTCATTTGCT ... ATTTTCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	70.27	11	22	30
A2	75	5	14	16
A3	64.29	10	18	18
A4	78.38	4	13	16
A5	83.33	1	2	8
A6	31.31	34	9	22
A7	52.48	48	47	59
A8	56.99	40	33	73
A9	47.37	40	38	34
A10	71.81	21	48	59

>TRINITY_DN117112_c1_g1_i12 from sample A1 / Example spliced isoform

CGGAGATAAAAAAAAAAAGGATTTCAAATACAGAGAGATAAAAAAAGCATTTGAAATCGTGAGTATCATGCCGTTGTATGAGAACACAACGGCATTCTTGAATCAAAGAACCATTATCAAAGGGAGCGTCCAAAGGGAGGAGTGTCCAATGTGAGAGTGAAGAGCCATACGTGATGGCGTGAATGTCCAGGTGGGTGAAC
TTCCTCCTCTTGACTGAGACGGCGTAAGAAGTCGATCAGTTCCGTGAGCTCTGAGTCCGACTTGAGGCCATCGAAAGGCCTGATTGGGATGGTATTTGTCTGCTAGAACTCGTAGGAAACTGGTTTGTCGTCAATAACAAGGACTCTGCAGATCCCTAGCTTGAATCCCTGTACAGCCTGCAGCTGATGCGCTTATCATT
GCCGATCTGGTCGAGATATTAGTCTGCTCGCGGTGAACACAACGATCTCGAAAACCTCTGACATCTCTCTTAAAAAGCGATCCAAGCCGGGCCTCTTGTAGATGTACTTCTGATACCGCCGTAAGCTCAGGCCGACCCTTCATCTCTGGGCGTCAAAAGGGTATCCCGCTCCTTCAAAATGGTATCGGAGCAAGGGAATC
TCGTGGCAAGGGCGTAAGCCAAGGGGTAATCATCCATTATGATCGCCTTGTCCAGGCAAATCAATTTGAAACATGCATTCTCTTGCTGGGTCTGCCCGCTTGACGCCTAGCTCGGCTCGAGCATGGCATGCAACAAATGGATCAGCTCCTCCCAGGGCTTATTCAAAGGGTGGAAACAGGTCCTAGAATGGATGGATGGA
TTAATGTCCACTGGGCAGACACTTTGGTTTCATTTGCTTGAAGTGGCGCGTGTATGCAGGTGGAACGAGGCAGGAAATTTGGTGGAAACAGGTCATAGAATGAACGAGGCAGGCAGTTTGGTGGAAACAGGTCCTAGAATGG

>TRINITY_DN117112_c1_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CGGAGATAAAAAAAAAAAGGATTTCAAATACAGAGAGATAAAAAAAGCATTTGAAATCGTGAGTATCATGCCGTTGTATGAGAACACAACGGCATTCTTGAATCAAAGAACCATTATCAAAGGGAGCGTCCAAAGGGAGGAGTGTCCAATGTGAGAGTGAAGAGCCATACGTGATGGCGTGAATGTCCAGGTGGGTGAAC
TTCCTCCTCTTGACTGAGACGGCGTAAGAAGTCGATCAGTTCCGTGAGCTCTGAGTCCGACTTGAGGCCATCGAAAGGCCTGATTGGGATGGTATTTGTCTGCTAGAACTCGTAGGAAACTGGTTTGTCGTCAATAACAAGGACTCTGCAGATCCCTAGCTTGAATCCCTGTACAGCCTGCAGCTGATGCGCTTATCATT
GCCGATCTGGTCGAGATATTAGTCTGCTCGCGGTGAACACAACGATCTCGAAAACCTCTGACATCTCTCTTAAAAAGCGATCCAAGCCGGGCCTCTTGTAGATGTACTTCTGATACCGCCGTAAGCTCAGGCCGACCCTTCATCTCTGGGCGTCAAAAGGGTATCCCGCTCCTTCAAAATGGTATCGGAGCAAGGGAATC
TCGTGGCAAGGGCGTAAGCCAAGGGGTAATCATCCATTATGATCGCCTTGTCCAGGCAAATCAATTTGAAACATGCATTCTCTTGCTGGGTCTGCCCGCTTGACGCCTAGCTCGGCTCGAGGTAAATATTTCCTCTCCATTATGTAACGAACGACTTTATTTTGCAATGGGTTGTACAGGTATCGATTTTGTTAGATGAA
TGCAGCATGGCATGCAACAAATGGATCAGCTCCTCCCAGGGCTTATTCAAAGgtcatttgctttggctccctaatttttgaatttgaattctccttttctgattggctttactcaattagggttacgacaggctgtattaaaatgctagataaagttgccattcattatctataaattggctccttccctatttttaata
taatataaatcggttccttgcctgtgcagtaattaatgggtgtccctgcgatatgtatgaaaaagcctgtgcaactccttttgttcatattttggtgttgtgtaatctctgtaatctgtgtaatcagtttgtccgtgtgtttcttggttggtatgggtttgtgatttggactcagagagagagacacacaacttttggcc
aaagagtcttttaagctgaatcctctgcaaacatggccgtgagagtctgctgaattgatttcaatttagtgagggaggagatttgtatttgtttcggcattttctttatattttgataacaaaaattatgatttatgatttcttgaatgtgatatttgcccattttcacagGGTGGAAACAGGTCCTAGAATGGATGGAT
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