sp|Q10Q80|ERV1_ORYSJ ----> FAD-linked sulfhydryl oxidase ERV1

Intron 1 GTATGCTTTC ... CTGTGTATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	23.75	13	0	4
A2	5.31	18	2	1
A3	4.17	23.8	0	1
A4	46.67	8	0	7
A5	32	17	0	8
A6	17.73	126.3	1	27
A7	24.75	124.8	2	41
A8	31.46	194.3	3	89
A9	21.29	126	3	34
A10	18.1	117.8	0	26

>TRINITY_DN39938_c0_g1_i2 from sample A8 / Example spliced isoform

AAAAGATTAAAAAGCTAAGCTCGAGGAGTTACTCTTGATATGGCTGGTATCGAATTGTGTTTGCATCAAACTTGAAGGGGTTGTGCAGACTTTCAAGATTAAACAAACGTGATCGACACTGAAGTTTGCTGGACGACTCAGTCCTGTCAAGTAACAAAACGACCAAAATTTTCAGGCCGAGTGCACATAAGGACCAAGTA
TCATAATATCTACGTTTGCACCATCACTCTTCTTGACCCGAGTTCGATTCTCGCTGCCTGCATGTCTCCATATTTGACTGATTCACATGACGAATAATCCAGTGGAACATTTTCTCAAAACCCTGGGAGAAAAAGCAAGGAGCGGGTTATCTGGATACAACTTATTTAGCCGATGCTTTTCAGGGAACAGATGAATCTTC
AATTAAGGACAAGCCAGGAAGGCCAGTATCAAAAGATGAGTTAGGACGGGCAACATGGACATTACTCCACACACTTGGAGCTCAGTTTCCTGACAAGCCAACGAAGCAACAAAAGCGAGATGTGAAAGAATTGATGGCAATATTATCGAGAGTCTATCCATGTAAGGAATGTGCTGAGCATTTCAAAGAAATACTCAAAG
CAAACCCTGTCCAAGCAGACTCGGGGGCAGAACTAGCACAATGGATGTGTCAGGTGCATAATGTTGTTAATCGAAGCTTGGATAAACCCAAATTTCCTTGTCAACGAGTTGATGCAAGATGGGGTGCACTGGACTGCAATGAGGGGGCTTGTGATTTGCAAGGGCGGAGGCATTCTCATATTAGATAGCCTATGATTCTT
CTATGCCATTAGATAAAGTATTGAAAGATGTTAAACATACTAGAAAGTAGCTTCTGGAAAATAAGAATGACTCGTTCCTAAGAAAATGTGTTTCATTTTCCAATGTAAAGAATAGTTTTTATTTGTAAATTACAATAGAATTTGTTTTCCCACTTTGAGTTAAGAGTGGACTAATAGTCATGGCATGAGCTTGGCATCAT
ATTAATGATGTTGTAGGATTGATTGCTTTTCTAATATTATATTTTAAAATAGTTATTAACATATTTGGATTTGAAATCAAATTTGTATTATAATAATAGTAATGGCCTTGGTCAACCCTTGAAAGCATCAGGTGAATTTCATGTAGGTAATAATGCTAAATTACGAAC

>TRINITY_DN39938_c0_g1_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:

ATTGATATAGCTTAATTTAATTCATTCTTGTAAATATGATGAAATGAAAATTTGAATGGAAGTTGTTAGAATAGGAGATTTTTTAATATGGAAGCAGACTTTGGCATGCACAAGAATGATTAGATAGATGGTTTGTAAGGCATTATCCACACCAAAAGCTCTGCTAATTTAAATGTTGGCTTTTGGGTGCAAGTCCCTTG
GTTGATGTGATAACATCCTCCCTCCCGCAATACTAACATTGCTAGTGGTTTTGTTGTCATGCCGTGTAGGTCATCTTTGACTTGTGGTTGTCTTCTTTGTGATATTGCAAGTTATCTTATTGTAGTGGCATAACTTTATGTTGGGATCTGGTTCCACATTAATAATCTCCTTTTGAAAAATTTCAAAAAGCTTTTATTAA
TTTGAAGGCATTATTAAGAATAAGGGAATGAGAATTTCCACAAACATTCAAATGCTTTCTCTTTAGTTTATACACTAAATAACATTGATTTTCCTGTGAATAAATATAATGAAAATTCTGTGAAAGGTTGTATCCAGCGTTTAAGATACCCTTTAATAATGAAGAGGGATACAAAGAATGCGTGAGTTAAATTATGATAA
TGTGTGTTCCATTATCTACAGAGCAAACCCTGTCCAAGCAGACTCGGGGGCAGAACTAGCACAATGGATGTGTCAGGTGCATAATGTTGTTAATCGAAGgtatgctttccgatttgaatatatgataaatgtgtctttttggtgagattgaagaagactcgcgcaatttatactcaccattttctcactgtgtatagCTT
GGATAAACCCAAATTTCCTTGTCAACGAGTTGATGCAAGATGGGGTGCACTGGACTGCAATGAGGGGGCTTGTGATTTGCAAGGGCGGAGGCATTCTCATATTAGATAGCCTATGATTCTTCTATGCCATTAGATAAAGTATTGAAAGATGTTAAACATACTAGAAAGTAGCTTCTGGAAAATAAGAATGACTCGTTCCT
AAGAAAATGTGTTTCATTTTCCAATGTAAAGAATAGTTTTTATTTGTAAATTACAATAGAATTTGTTTTCCCACTTTGAGTTAAGAGTGGACTAATAGTCATGGCATGAGCTTGGCATCATATTAATGATGTTGTAGGATTGATTGCTTTTCTAATATTATATTTTAAAATAGTTATTAACATATTTGGATTTGAAATCA
AATTTGTATTATAATAATAGTAATGGCCTTGGTCAACCCTTGAAAGCATCAGGTGAATTTCATGTAGGTAATAATGCTAAATTACGAAC

Intron 2 GTACATTTAC ... GGCTGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	59.66	14	27	14.5
A2	48.73	16	8	22.7
A3	55.55	36	37	53.5
A4	54.16	13	14	16.7
A5	43.78	8	3	9.5
A6	57.2	58	57	98.5
A7	51.96	95	69	137.7
A8	49.79	101	83	118
A9	52.69	116	115	144.2
A10	53.01	80	77	104.5

>TRINITY_DN112689_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

CTGGTATCGAATTGTGTTTGCATCAAACTTGAAGGGGTTTTTTCAGACTTTCAAGATTAAACAAACGTGATCGACACTGAAGTTTGCTGGACGACTCAGTCCTGTCAAGTAACAAAACGACCAAAATTTTCAGGCCGAGTGCACATAAGGACCAAGTATCATAATATCTACGTTTGCACCATCACTCTTCTTGACCCGAG
TTCGATTCTCGCTGCCTGCATGTCTCCATATTTGACTGATTCACATGACGAATAATCCAGTGGAACATTTTCTCAAAACCCTGGGAGAAAAAGCAAGGAGCGGGTTATCTGGATACAACTTATTTAGCCGATGCTTTTCAGGGAACAGATGAATCTTCAATTAAGGACAAGCCAGGAAGGCCAGTATCAAAAGATGAGTT
AGGACGGGCAACATGGACATTACTCCACACACTTGGAGCTCAGTTTCCTGACAAGCCAACGAAGCAACAAAAGCGAGATGTGAAAGAATTGAGCAAACCCTGTCCAAGCAGACTCGGGGGCAGAACTAGCACAATGGATGTGTCAGGTGCATAATGTTGTTAATCGAAGCTTGGATAAACCCAAATTTCCTTGTCAACGA
GTTGATGCAAGATGGGGTGCACTGGACTGCAATGAGGGGGCTTGTGATTTGCAAGGGCGGAGGCATTCTCATATTAGATAGCCTATGATTCTTCTATGCCATTAGATAAAGTATTGAAAGATGTTAAACATACTAGAAAGTAGCTTCTGGAAAATAAGAATGACTCGTTCCTAAGAAAATGTGTTTCATTTTCCAATGTA
AAGAATAGTTTTTATTTGTAAATTACAATAGAATTTGTTTTCCCACTTTGAGTTAAGAGTGGACTAATAGTCATGGCATGAGCTTGGCATCATATTAATGATGTTGTAGGATTGATTGCTTTTCTAATATTATATTTTAAAATAGTTATTTACATATTTGGATTTGAAATCAAATTTGTATTATAATAATAGTAATGGCC
TTGGTCAACCC

>TRINITY_DN112689_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CTGGTATCGAATTGTGTTTGCATCAAACTTGAAGGGGTTTTTTCAGACTTTCAAGATTAAACAAACGTGATCGACACTGAAGTTTGCTGGACGACTCAGTCCTGTCAAGTAACAAAACGACCAAAATTTTCAGGCCGAGTGCACATAAGGACCAAGTATCATAATATCTACGTTTGCACCATCACTCTTCTTGACCCGAG
TTCGATTCTCGCTGCCTGCATGTCTCCATATTTGACTGATTCACATGACGAATAATCCAGTGGAACATTTTCTCAAAACCCTGGgtacatttacgcaatgcgtccagactaaattatccgattattttcaaagttctgtgaatattagcgcttctaaaacaccaagtagcaaagttggggacgattcgacaatttggccg
ctgagaagggaagctaaaagtggggctgtgcagGAGAAAAAGCAAGGAGCGGGTTATCTGGATACAACTTATTTAGCCGATGCTTTTCAGGGAACAGATGAATCTTCAATTAAGGACAAGCCAGGAAGGCCAGTATCAAAAGATGAGTTAGGACGGGCAACATGGACATTACTCCACACACTTGGAGCTCAGTTTCCTGA
CAAGCCAACGAAGCAACAAAAGCGAGATGTGAAAGAATTGATGGCAATATTATCGAGAGTCTATCCATGTAAGGAATGTGCTGAGCATTTCAAAGAAATACTCAAAGCAAACCCTGTCCAAGCAGACTCGGGGGCAGAACTAGCACAATGGATGTGTCAGGTGCATAATGTTGTTAATCGAAGCTTGGATAAACCCAAAT
TTCCTTGTCAACGAGTTGATGCAAGATGGGGTGCACTGGACTGCAATGAGGGGGCTTGTGATTTGCAAGGGCGGAGGCATTCTCATATTAGATAGCCTATGATTCTTCTATGCCATTAGATAAAGTATTGAAAGATGTTAAACATACTAGAAAGTAGCTTCTGGAAAATAAGAATGACTCGTTCCTAAGAAAATGTGTTT
CATTTTCCAATGTAAAGAATAGTTTTTATTTGTAAATTACAATAGAATTTGTTTTCCCACTTTGAGTTAAGAGTGGACTAATAGTCATGGCATGAGCTTGGCATCATATTAATGATGTTGTAGGATTGATTGCTTTTCTAATATTATATTTTAAAATAGTTATTTACATATTTGGATTTGAAATCAAATTTGTATTATAA
TAATAGTAATGGCCTTGGTCAACCC