sp|O22714|PPR86_ARATH ----> Large ribosomal subunit protein mL101 (rPPR4)

Intron 1 GTAAGGAACA ... TTACATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	33.18	43.9	20	18
A2	37.23	27.3	18	10
A3	27.71	45.3	18	11
A4	30.53	35.5	17	4
A5	26.98	33.4	11	7
A6	28.89	14.6	7	3
A7	34.92	43.6	31	6
A8	34.57	15.1	5	10
A9	36.63	37.1	24	16
A10	38.26	39.8	19	27

>TRINITY_DN126686_c0_g2_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

GATAGGATTTGCACGGAGTTTCAAGACTACCAACCCCATCGAGTTACAAGCCTCGGGCACTCAGATGTTCTCGCTTCTCTAAGATGAGCTATGCGAGAAGCAATAATCTAAAAACGAGAAGCATCATCTAATAAAATTATATCACCCAGCAAACACAAAAAAATTGCAGCAATGAAGAATTTCAAACTTGGAATTTACGG
AAGCCCAAGATTATGATTCCCATTCTCCGAGATTTTCAAGCTCGCAGCATGAGGTCACTCGTTTTCTCAGCCATTTCGAAATGCCTTACCCATTCTTCAAACTCGAGTTCGTCTATACGATTCTGTGAGATGTACATGGTGCCTTTGTGCCCTAACCGCCTGAAAGCCCTACGTTACCGAGAGCTTCATGGATCAGGGTT
TCATGAAACTTATTATGCGAACGGGAAGTTTTATAGGATCAATCATTCATCTGACAACTTTAAGGTTTCGAAAACAGGAATGTTCAGAGCATTTCAAATCCAGGCATTGCCGACTGAAAAACCCTCGTACAAGGAAATGACGGAGGAACCCTTGCCGGAGCCGCGGTCCTTCGATTTGTACAGGGCTATATGCTTCTCGT
CGGTTCGCCAGGGCAATGCAGTTGCAATGCTGGAGGGGTGGTTCAATAAAGGCAGGAAGGCCGCGAAATGGCAGCTAAACCGTATCATTAAGGACCTAATGAAGCACAGTAGAGACAAGCATGCTCTCGAGGTTGGTTTTCATACTTCTTTTCTTTTCAGCTATTTATTTCTGTTTTGTCTATTTTGTTGATCATTTTTC
ATTCCAGCTATGTGTATTGGTTTATTGCTCTTTCCAGCTATATGCATGTATGTTTAAATATATGTATCTCGAGGGGCTGCACAATAGAGAGTGGAGTTCCTTCGCCCG

>TRINITY_DN126686_c0_g2_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GATAGGATTTGCACGGAGTTTCAAGACTACCAACCCCATCGAGTTACAAGCCTCGGGCACTCAGATGTTCTCGCTTCTCTAAGATGAGCTATGCGAGAAGCAATAATCTAAAAACGAGAAGCATCATCTAATAAAATTATATCACCCAGCAAACACAAAAAAATTGCAGCAATGAAGAATTTCAAACTTGGAATTTACGG
AAGCCCAAGATTATGATTCCCATTCTCCGAGATTTTCAAGCTCGCAGCATGAGGTCACTCGTTTTCTCAGCCATTTCGAAATGgtaaggaacagcttccgtgcctttaaattctccactatttcactcacgtcatttgtggaatttgcaaatccaggaaccgttattcatacgtttatttacatgcagCCTTACCCATTC
TTCAAACTCGAGTTCGTCTATACGATTCTGTGAGATGTACATGGTGCCTTTGTGCCCTAACCGCCTGAAAGCCCTACGTTACCGAGAGCTTCATGGATCAGGGTTTCATGAAACTTATTATGCGAACGGGAAGTTTTATAGGATCAATCATTCATCTGACAACTTTAAGGTTTCGAAAACAGGAATGTTCAGAGCATTTC
AAATCCAGGCATTGCCGACTGAAAAACCCTCGTACAAGGAAATGACGGAGGAACCCTTGCCGGAGCCGCGGTCCTTCGATTTGTACAGGGCTATATGCTTCTCGTCGGTTCGCCAGGGCAATGCAGTTGCAATGCTGGAGGGGTGGTTCAATAAAGGCAGGAAGGCCGCGAAATGGCAGCTAAACCGTATCATTAAGGAC
CTAATGAAGCACAGTAGAGACAAGCATGCTCTCGAGGTTTCTGAATGGACGAGAAGCTCTAAGAAGTTTCCTTTCACTCCCGGTGACCATGCTATTCACTTGGAGTTGATAGCTAAAGTGCATGGCATAGCCAGTGCTGAAGATTATTTTTCTGGGTTACCTGACATAGCGAAGAATCAATTAACCTATTATGCACTTTT
GAACTGCCATGTAAAGCACCGGTTGGTTAAAAAAGCAGAGGTTATCATGGAAAAACTGAAGGAGTTGGGCTTTGCCACAAATGCACTTCCCTATAATCAGATGATGTCACTTTATATGGAGAACGGCCAATTTGACAAAGTGCCTTTGGTGATCGAGGAAATGAAAAGGGATGGTGTCATTCTTGACACATGTTCGTATA
AGACTTGGATGATGACCCATGCGGCAATGTCAGAGGTAGACAAAATAGAGAATGTGTTGAGCGAGATGAAATATGACGATAAAGTGAACACGGATTGGACTGTATACAAAGTTCTAGCAAACATTTATATTAAGGCTGGTCACATTGACAATGCACAGTCTGCTTTGAAGGAGATGGAGAATAAGACTACGCAAACTGAT
CGGTCTTCTTATCACTGTCTGATCAGTCTGTATGCTAAGATTGGTAATAAAGAGGAGGTTGATAGGATTTGGCGAACTTTTCAGTTGGTTTTTCGTAAAAGGACAATTGAAGACTATGTTTGCTTGCTTTCTTCACTGATGAAGATTGGGGACATCAAGGGAGCTGAGGAAATATTTGAAGAATGGGAATCACTTACATC
AAGGTATGATATCAGAGTGCCTAATGTTCTTTTTGGTGCTTATATAAGAAAGGGATGGTTGGAAAAGGCAGAGCTGCTTCTTAAGCGCATCTTAGACTCAGGTTGGAAACCTGTTTCCCATACATGGGAAATTTTTGCGGAGGGATATATAGAGAATAATCAGATTGATCAGGCTGTGGAAGCCATGAGAAAAGCCATGT
CAATCGTGAGATTGACTCCATGGAAACCAAAACAAGCAAATGTGTTACACATTCTAGAACATTTCAAGAATAAAGGTGATTTTGAATGTGCAGACGAGTTTTTAAAAATACTCAGAGGTGGGAATTTTCTAAGTACAGAGATTTATAATTCATTATCTTCTACGTATATTCAGGTTGGTAAAGCTGGACCAGAAGATCCG
AGCATATAAAGTTACAGGGTACCTGTCTCAATATTAAAACTGAGAAGTTCCCTAAATAAGCAAGCCATAAGGAGGCAAGTATTTGGTGTGCATACCAATAGTTAAAATTAGTATCATCTTTTCCCGTAAGCTAGCTCTTCTTTGGAAAAACCTTGTATAGAATCATAGATGTAGTCAGACATTACCCTCTAAATTCAACA
ATTTTAATATTCTATGAATTATTTGTGTGATAGCACACGAAAATATGTCATGGTGGAAAATGAGGATAGTGAAATCTGAAGCATTGCCTAAAAGCTTCACTTATAGAATCATGGACAGATATCCATCTCTTATGCTTCCATGGATCAGAGCGAACTCTTTAAGCACTTTATTCACGAGGCATATGATTGTGCAGGGAAAT
TTGTGAGCCTGAACTTCACCACAGCTCAGAGCCAATATTTTAAGTACTTATTCAAAAGTATCTATGATTATGCAGGGAGAATATTATGATCCTTTTTTATTGGCAAGGATAATAGAAGTGAACTCTGAAATAATTATCAGGTTGCTTCTTCTAAGTGGACTTCGGCTTCCTCGCTGGAATTGGGGGTTGGAGCTCACTCT
TTATACATTATTGTAACGATGTATAACTATGGACTGCCGTGCAAGAAAATGCCAATGTTTGCCTGTCTCTCTGGGAAAATGTAAACGTCAAGTGAAGTTTGGACCTGATATTGGATATATCTTCTTCTGGCTTTGGCTTTGCTGCCCTCCTATAAATTACAGATATCCTTGTTTTTGTCTTCAATTACAGTAAATTTTTA
CTGGTTTATAGCAGACGGATATTCTTATCTTTGTTTTTGTCTCAGTGACTATCTGTAGATTAAGAGAAATTACAGTGATTTCCCCATTTGATTTTGAGCAGTGTACCCTAATAAAGGGACATGCTCATGCTCATGCTTGAGTACTTGTAATAAATTTTTTATTGTGAAAATTTGACCCTTTTCTAATTGTACTAAGAGAA
GCGTGGTTGCATTGAGTGAAACGAGGTGCTCTACAGCCCAGTATGGGGGAGATGTTGTAACGTGTGTGATGTAACGTACATGTTTGTTACTAACAAAATAATTAAAAAATAATTAAAAAAATT

Intron 2 GTATGATATC ... AAGAATAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	71.05	11	38	16
A2	70.11	13	44	17
A3	59.42	14	33	8
A4	74	13	54	20
A5	60.56	14	34	9
A6	64.5	41	75	74
A7	63.75	56	125	72
A8	64.97	31	64	51
A9	67.71	36	84	67
A10	66.32	48	104	85

>TRINITY_DN35393_c0_g1_i7 from sample A9 / Example spliced isoform

GAATTTACAATGAAATAAAAAGTGAGAAGTGATAGTTTACTGTGAAATAAAATTTGATTCACTGATAGGATTTGCACGGAGTTTCAAGACTACCAACCCCATCGAGTTACAAGCCTCGGGCACTCAGATGTTCTCGCTTCTCTAAGATGAGCTATGCGAGAAGCAATAATCTAAAAACGAGAAGCATCATCTAATAAAAT
TATATCACCCAGCAAACACAAAAAAATTGCAGCAATGAAGAATTTCAAACTTGGAATTTACGGAAGCCCAAGATTATGATTCCCATTCTCCGAGATTTTCAAGCTCGCAGCATGAGGTCACTCGTTTTCTCAGCCATTTCGAAATGCCTTACCCATTCTTCAAACTCGAGTTCGTCTATACGATTCTGTGAGATGTACAT
GGTGCCTTTGTGCCCTAACCGCCTGAAAGCCCTACGTTACCGAGAGCTTCATGGATCAGGGTTTCATGAAACTTATTATGCGAACGGGAAGTTTTATAGGATCAATCATTCATCTGACAACTTTAAGGTTTCGAAAACAGGAATGTTCAGAGCATTTCAAATCCAGGCATTGCCGACTGAAAAACCCTCGTACAAGGAAA
TGACGGAGGAACCCTTGCCGGAGCCGCGGTCCTTCGATTTGTACAGGGCTATATGCTTCTCGTCGGTTCGCCAGGGCAATGCAGTTGCAATGCTGGAGGGGTGGTTCAATAAAGGCAGGAAGGCCGCGAAATGGCAGCTAAACCGTATCATTAAGGACCTAATGAAGCACAGTAGAGACAAGCATGCTCTCGAGGTTTCT
GAATGGACGAGAAGCTCTAAGAAGTTTCCTTTCACTCCCGGTGACCATGCTATTCACTTGGAGTTGATAGCTAAAGTGCATGGCATAGCCAGTGCTGAAGATTATTTTTCTGGGTTACCTGACATAGCGAAGAATCAATTAACCTATTATGCACTTTTGAACTGCCATGTAAAGCACCGGTTGGTTAAAAAAGCAGAGGT
TATCATGGAAAAACTGAAGGAGTTGGGCTTTGCCACAAATGCACTTCCCTATAATCAGATGATGTCACTTTATATGGAGAACGGCCAATTTGACAAAGTGCCTTTGGTGATCGAGGAAATGAAAAGGGATGGTGTCATTCTTGACACATGTTCGTATAAGACTTGGATGATGACCCATGCGGCAATGTCAGAGGTAGACA
AAATAGAGAATGTGTTGAGCGAGATGAAATATGACGATAAAGTGAACACGGATTGGACTGTATACAAAGTTCTAGCAAACATTTATATTAAGGCTGGTCACATTGACAATGCACAGTCTGCTTTGAAGGAGATGGAGAATAAGACTACGCAAACTGATCGGTCTTCTTATCACTGTCTGATCAGTCTGTATGCTAAGATT
GGTAATAAAGAGGAGGTTGATAGGATTTGGCGAACTTTTCAGTTGGTTTTTCGTAAAAGGACAATTGAAGACTATGTTTGCTTGCTTTCTTCACTGATGAAGATTGGGGACATCAAGGGAGCTGAGGAAATATTTGAAGAATGGGAATCACTTACATCAAGGTTGGTAAAGCTGGACCAGAAGATCCGAGCATATAAAGT
TACAGGGTACCTGTCTCAATATTAAAACTGAGAAGTTCCCTAAATAAGCAAGCCATAAGGAGGCAAGTATTTGGTGTGCATACCAATAGTTAAAATTAGTATCATCTTTTCCCGTAAGCTAGCTCTTCTTTGGAAAAACCTTGTATAGAATCATAGATGTAGTCAGACATTACCCTCTAAATTCAACAATTTTAATATTC
TATGAATTATTTGTGTGATAGCACACGAAAATATGTCATGGTGGAAAATGAGGATAGTGAAATCTGAAGCATTGCCTAAAAGCTTCACTTATAGAATCATGGACAGATATCCATCTCTTATGCTTCCATGGATCAGAGCGAACTCTTTAAGCACTTTATTCACGAGGCATATGATTGTGCAGGGAAATTTGTGAGCCTGA
ACTTCACCACAGCTCAGAGCCAATATTTTAAGTACTTATTCAAAAGTATCTATGATTATGCAGGGAGAATATTATGATCCTTTTTTATTGGCAAGGATAATAGAAGTGAACTCTGAAATAATTATCAGGTTGCTTCTTCTAAGTGGACTTCGGCTTCCTCGCTGGAATTGGGGGTTGGAGCTCACTCTTTATACATTATT
GTAACGATGTATAACTATGGACTGCCGTGCAAGAAAATGCCAATGTTTGCCTGTCTCTCTGGGAAAATGTAAACGTCAAGTGAAGTTTGGACCTGATATTGGATATATCTTCTTCTGGCTTTGGCTTTGCTGCCCTCCTATAAATTACAGATATCCTTGTTTTTGTCTTCAATTACAGTAAATTTTTACTGGTTTATAGC
AGACGGATATTCTTATCTTTGTTTTTGTCTCAGTGACTATCTGTAGATTAAGAGAAATTACAGTGATTTCCCCATTTGATTTTGAGCAGTGTACCCTAATAAAGGGACATGCTCATGCTCATGCTTGAGTACTTGTAATAAATTTTTTATTGTGAAAATTTGACCCTTTTCTAATTGTACTAAGAGAAGCGTGGTTGCAT
TGAGTGA

>TRINITY_DN35393_c0_g1_i3 from sample A9 / Example unspliced isoform:

GAATTTACAATGAAATAAAAAGTGAGAAGTGATAGTTTACTGTGAAATAAAATTTGATTCACTGATAGGATTTGCACGGAGTTTCAAGACTACCAACCCCATCGAGTTACAAGCCTCGGGCACTCAGATGTTCTCGCTTCTCTAAGATGAGCTATGCGAGAAGCAATAATCTAAAAACGAGAAGCATCATCTAATAAAAT
TATATCACCCAGCAAACACAAAAAAATTGCAGCAATGAAGAATTTCAAACTTGGAATTTACGGAAGCCCAAGATTATGATTCCCATTCTCCGAGATTTTCAAGCTCGCAGCATGAGGTCACTCGTTTTCTCAGCCATTTCGAAATGCCTTACCCATTCTTCAAACTCGAGTTCGTCTATACGATTCTGTGAGATGTACAT
GGTGCCTTTGTGCCCTAACCGCCTGAAAGCCCTACGTTACCGAGAGCTTCATGGATCAGGGTTTCATGAAACTTATTATGCGAACGGGAAGTTTTATAGGATCAATCATTCATCTGACAACTTTAAGGTTTCGAAAACAGGAATGTTCAGAGCATTTCAAATCCAGGCATTGCCGACTGAAAAACCCTCGTACAAGGAAA
TGACGGAGGAACCCTTGCCGGAGCCGCGGTCCTTCGATTTGTACAGGGCTATATGCTTCTCGTCGGTTCGCCAGGGCAATGCAGTTGCAATGCTGGAGGGGTGGTTCAATAAAGGCAGGAAGGCCGCGAAATGGCAGCTAAACCGTATCATTAAGGACCTAATGAAGCACAGTAGAGACAAGCATGCTCTCGAGGTTTCT
GAATGGACGAGAAGCTCTAAGAAGTTTCCTTTCACTCCCGGTGACCATGCTATTCACTTGGAGTTGATAGCTAAAGTGCATGGCATAGCCAGTGCTGAAGATTATTTTTCTGGGTTACCTGACATAGCGAAGAATCAATTAACCTATTATGCACTTTTGAACTGCCATGTAAAGCACCGGTTGGTTAAAAAAGCAGAGGT
TATCATGGAAAAACTGAAGGAGTTGGGCTTTGCCACAAATGCACTTCCCTATAATCAGATGATGTCACTTTATATGGAGAACGGCCAATTTGACAAAGTGCCTTTGGTGATCGAGGAAATGAAAAGGGATGGTGTCATTCTTGACACATGTTCGTATAAGACTTGGATGATGACCCATGCGGCAATGTCAGAGGTAGACA
AAATAGAGAATGTGTTGAGCGAGATGAAATATGACGATAAAGTGAACACGGATTGGACTGTATACAAAGTTCTAGCAAACATTTATATTAAGGCTGGTCACATTGACAATGCACAGTCTGCTTTGAAGGAGATGGAGAATAAGACTACGCAAACTGATCGGTCTTCTTATCACTGTCTGATCAGTCTGTATGCTAAGATT
GGTAATAAAGAGGAGGTTGATAGGATTTGGCGAACTTTTCAGTTGGTTTTTCGTAAAAGGACAATTGAAGACTATGTTTGCTTGCTTTCTTCACTGATGAAGATTGGGGACATCAAGGGAGCTGAGGAAATATTTGAAGAATGGGAATCACTTACATCAAGgtatgatatcagagtgcctaatgttctttttggtgctta
tataagaaagggatggttggaaaaggcagagctgcttcttaagcgcatcttagactcaggttggaaacctgtttcccatacatgggaaatttttgcggagggatatatagagaataatcagattgatcaggctgtggaagccatgagaaaagccatgtcaatcgtgagattgactccatggaaaccaaaacaagcaaatg
tgttacacattctagaacatttcaagaataaagGTTGGTAAAGCTGGACCAGAAGATCCGAGCATATAAAGTTACAGGGTACCTGTCTCAATATTAAAACTGAGAAGTTCCCTAAATAAGCAAGCCATAAGGAGGCAAGTATTTGGTGTGCATACCAATAGTTAAAATTAGTATCATCTTTTCCCGTAAGCTAGCTCTTC
TTTGGAAAAACCTTGTATAGAATCATAGATGTAGTCAGACATTACCCTCTAAATTCAACAATTTTAATATTCTATGAATTATTTGTGTGATAGCACACGAAAATATGTCATGGTGGAAAATGAGGATAGTGAAATCTGAAGCATTGCCTAAAAGCTTCACTTATAGAATCATGGACAGATATCCATCTCTTATGCTTCCA
TGGATCAGAGCGAACTCTTTAAGCACTTTATTCACGAGGCATATGATTGTGCAGGGAAATTTGTGAGCCTGAACTTCACCACAGCTCAGAGCCAATATTTTAAGTACTTATTCAAAAGTATCTATGATTATGCAGGGAGAATATTATGATCCTTTTTTATTGGCAAGGATAATAGAAGTGAACTCTGAAATAATTATCAG
GTTGCTTCTTCTAAGTGGACTTCGGCTTCCTCGCTGGAATTGGGGGTTGGAGCTCACTCTTTATACATTATTGTAACGATGTATAACTATGGACTGCCGTGCAAGAAAATGCCAATGTTTGCCTGTCTCTCTGGGAAAATGTAAACGTCAAGTGAAGTTTGGACCTGATATTGGATATATCTTCTTCTGGCTTTGGCTTT
GCTGCCCTCCTATAAATTACAGATATCCTTGTTTTTGTCTTCAATTACAGTAAATTTTTACTGGTTTATAGCAGACGGATATTCTTATCTTTGTTTTTGTCTCAGTGACTATCTGTAGATTAAGAGAAATTACAGTGATTTCCCCATTTGATTTTGAGCAGTGTACCCTAATAAAGGGACATGCTCATGCTCATGCTTGA
GTACTTGTAATAAATTTTTTATTGTGAAAATTTGACCCTTTTCTAATTGTACTAAGAGAAGCGTGGTTGCATTGAGTGA

Intron 3 GTGATTTTGA ... GTATATTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	70.45	15	41	30
A2	75.07	16.2	39	58
A3	72.84	7.7	27	14
A4	55.99	19.7	28	22
A5	59.71	8.5	17	8
A6	62.85	70.7	128	110
A7	59.96	70.8	129	83
A8	63.65	49	94	77
A9	64.33	65	135	99
A10	59.27	82	142	96

>TRINITY_DN95790_c0_g1_i4 from sample A4 / Example spliced isoform

TTTACTGTGAAATAAAATTTGATTCACTGATAGGATTTGCACGGAGTTTCAAGACTACCAACCCCATCGAGTTACAAGCCTCGGGCACTCAGATGTTCTCGCTTCTCTAAGATGAGCTATGCGAGAAGCAATAATCTAAAAACGAGAAGCATCATCTAATAAAATTATATCACCCAGCAAACACAAAAAAATTGCAGCAA
TGAAGAATTTCAAACTTGGAATTTACGGAAGCCCAAGATTATGATTCCCATTCTCCGAGATTTTCAAGCTCGCAGCATGAGGTCACTCGTTTTCTCAGCCATTTCGAAATGGTAAGGAACAGCTTCCGTGCCTTTAAATTCTCCACTGTTTCACTCACGTCATTTGTGGAATTTGCAAATCCAGGAACCGTTATTCATAC
GTTTATTTACATGCAGCCTTACCCATTCTTCAAACTCGAGTTCGTCTATACGATTCTGTGAGATGTACATGGTGCCTTTGTGCCCTAACCGCCTGAAAGCCCTACGTTACCGAGAGCTTCATGGATCAGGGTTTCATGAAACTTATTATGCGAACGGGAAGTTTTATAGGATCAATCATTCATCTGACAACTTTAAGGTT
TCGAAAACAGGAATGTTCAGAGCATTTCAAATCCAGGCATTGCCGACTGAAAAACCCTCGTACAAGGAAATGACGGAGGAACCCTTGCCGGAGCCGCGGTCCTTCGATTTGTACAGGGCTATATGCTTCTCGTCGGTTCGCCAGGGCAATGCAGTTGCAATGCTGGAGGGGTGGTTCAATAAAGGCAGGAAGGCCGCGAA
ATGGCAGCTAAACCGTATCATTAAGGACCTAATGAAGCACAGTAGAGACAAGCATGCTCTCGAGGTTTCTGAATGGACGAGAAGCTCTAAGAAGTTTCCTTTCACTCCCGGTGACCATGCTATTCACTTGGAGTTGATAGCTAAAGTGCATGGCATAGCCAGTGCTGAAGATTATTTTTCTGGGTTACCTGACATAGCGA
AGAATCAATTAACCTATTATGCACTTTTGAACTGCCATGTAAAGCACCGGTTGGTTAAAAAAGCAGAGGTTATCATGGAAAAACTGAAGGAGTTGGGCTTTGCCACAAATGCACTTCCCTATAATCAGATGATGTCACTTTATATGGAGAACGGCCAATTTGACAAAGTGCCTTTGGTGATCGAGGAAATGAAAAGGGAT
GGTGTCATTCTTGACACATGTTCGTATAAGACTTGGATGATGACCCATGCGGCAATGTCAGAGGTAGACAAAATAGAGAATGTGTTGAGCGAGATGAAATATGACGATAAAGTGAACACGGATTGGACTGTATACAAAGTTCTAGCAAACATTTATATTAAGGCTGGTCACATTGACAATGCACAGTCTGCTTTGAAGGA
GATGGAGAATAAGACTACGCAAACTGATCGGTCTTCTTATCACTGTCTGATCAGTCTGTATGCTAAGATTGGTAATAAAGAGGAGGTTGATAGGATTTGGCGAACTTTTCAGTTGGTTTTTCGTAAAAGGACAATTGAAGACTATGTTTGCTTGCTTTCTTCACTGATGAAGATTGGGGACATCAAGGGAGCTGAGGAAA
TATTTGAAGAATGGGAATCACTTACATCAAGGTATGATATCAGAGTGCCTAATGTTCTTTTTGGTGCTTATATAAGAAAGGGATGGTTGGAAAAGGCAGAGCTGCTTCTTAAGCGCATCTTAGACTCAGGTTGGAAACCTGTTTCCCATACATGGGAAATTTTTGCGGAGGGATATATAGAGAATAATCAGATTGATCAG
GCTGTGGAAGCCATGAGAAAAGCCATGTCAATCGTGAGATTGACTCCATGGAAACCAAAACAAGCAAATGTGTTACACATTCTAGAACATTTCAAGAATAAAGGTTGGTAAAGCTGGACCAGAAGATCCGAGCATATAAAGTTACAGGGTACCTGTCTCAATATTAAAACTGAGAAGTTCCCTAAATAAGCAAGCCATAA
GGAGGCAAGTATTTGGTGTGCATACCAATAGTTAAAATTAGTATCATCTTTTCCCGTAAGCTAGCTCTTCTTTGGAAAAACCTTGTATAGAATCATAGATGTAGTCAGACATTACCCTCTAAATTCAACAATTTTAATATTCTATGAATTATTTGTGTGATAGCACACGAAAATATGTCATGGTGGAAAATGAGGATAGT
GAAATCTGAAGCATTGCCTAAAAGCTTCACTTATAGAATCATGGACAGATATCCATCTCTTATGCTTCCATGGATCAGAGCGAACTCTTTAAGCACTTTATTCACGAGGCATATGATTGTGCAGGGAAATTTGTGAGCCTGAACTTCACCACAGCTCAGAGCCAATATTTTAAGTACTTATTCAAAAGTATCTATGATTA
TGCAGGGAGAATATTATGATCCTTTTTTATTGGCAAGGATAATAGAAGTGAACTCTGAAATAATTATCAGGTTGCTTCTTCTAAGTGGACTTCGGCTTCCTCGCTGGAATTGGGGGTTGGAGCTCACTCTTTATACATTATTGTAACGATGTATAACTATGGACTGCCGTGCAAGAAAATGCCAATGTTTGCCTGTCTCT
CTGGGAAAATGTAAACGTCAAGTGAAGTTTGGACCTGATATTGGATATATCTTCTTCTGGCTTTGGCTTTGCTGCCCTCCTATAAATTACAGATATCCTTGTTTTTGTCTTCAATTACAGTAAATTTTTACTGGTTTATAGCAGACGGATATTCTTATCTTTGTTTTTGTCTCAGTGACTATCTGTAGATTAAGAGAAAT
TACAGTGATTTCCCCATTTGATTTTGAGCAGTGTACCCTAATAAAGGGACATGCTCATGCTCATGCTTGAGTACTTGTAATAAATTTTTTATTGTGAAAATTTGACCCTTTTCTAATTGTACTAAGAGAAGCGTGGTTGCATTGAGTGA

>TRINITY_DN95790_c0_g1_i3 from sample A4 / Example unspliced isoform:

TTTACTGTGAAATAAAATTTGATTCACTGATAGGATTTGCACGGAGTTTCAAGACTACCAACCCCATCGAGTTACAAGCCTCGGGCACTCAGATGTTCTCGCTTCTCTAAGATGAGCTATGCGAGAAGCAATAATCTAAAAACGAGAAGCATCATCTAATAAAATTATATCACCCAGCAAACACAAAAAAATTGCAGCAA
TGAAGAATTTCAAACTTGGAATTTACGGAAGCCCAAGATTATGATTCCCATTCTCCGAGATTTTCAAGCTCGCAGCATGAGGTCACTCGTTTTCTCAGCCATTTCGAAATGCCTTACCCATTCTTCAAACTCGAGTTCGTCTATACGATTCTGTGAGATGTACATGGTGCCTTTGTGCCCTAACCGCCTGAAAGCCCTAC
GTTACCGAGAGCTTCATGGATCAGGGTTTCATGAAACTTATTATGCGAACGGGAAGTTTTATAGGATCAATCATTCATCTGACAACTTTAAGGTTTCGAAAACAGGAATGTTCAGAGCATTTCAAATCCAGGCATTGCCGACTGAAAAACCCTCGTACAAGGAAATGACGGAGGAACCCTTGCCGGAGCCGCGGTCCTTC
GATTTGTACAGGGCTATATGCTTCTCGTCGGTTCGCCAGGGCAATGCAGTTGCAATGCTGGAGGGGTGGTTCAATAAAGGCAGGAAGGCCGCGAAATGGCAGCTAAACCGTATCATTAAGGACCTAATGAAGCACAGTAGAGACAAGCATGCTCTCGAGGTTTCTGAATGGACGAGAAGCTCTAAGAAGTTTCCTTTCAC
TCCCGGTGACCATGCTATTCACTTGGAGTTGATAGCTAAAGTGCATGGCATAGCCAGTGCTGAAGATTATTTTTCTGGGTTACCTGACATAGCGAAGAATCAATTAACCTATTATGCACTTTTGAACTGCCATGTAAAGCACCGGTTGGTTAAAAAAGCAGAGGTTATCATGGAAAAACTGAAGGAGTTGGGCTTTGCCA
CAAATGCACTTCCCTATAATCAGATGATGTCACTTTATATGGAGAACGGCCAATTTGACAAAGTGCCTTTGGTGATCGAGGAAATGAAAAGGGATGGTGTCATTCTTGACACATGTTCGTATAAGACTTGGATGATGACCCATGCGGCAATGTCAGAGGTAGACAAAATAGAGAATGTGTTGAGCGAGATGAAATATGAC
GATAAAGTGAACACGGATTGGACTGTATACAAAGTTCTAGCAAACATTTATATTAAGGCTGGTCACATTGACAATGCACAGTCTGCTTTGAAGGAGATGGAGAATAAGACTACGCAAACTGATCGGTCTTCTTATCACTGTCTGATCAGTCTGTATGCTAAGATTGGTAATAAAGAGGAGGTTGATAGGATTTGGCGAAC
TTTTCAGTTGGTTTTTCGTAAAAGGACAATTGAAGACTATGTTTGCTTGCTTTCTTCACTGATGAAGATTGGGGACATCAAGGGAGCTGAGGAAATATTTGAAGAATGGGAATCACTTACATCAAGGTATGATATCAGAGTGCCTAATGTTCTTTTTGGTGCTTATATAAGAAAGGGATGGTTGGAAAAGGCAGAGCTGC
TTCTTAAGCGCATCTTAGACTCAGGTTGGAAACCTGTTTCCCATACATGGGAAATTTTTGCGGAGGGATATATAGAGAATAATCAGATTGATCAGGCTGTGGAAGCCATGAGAAAAGCCATGTCAATCGTGAGATTGACTCCATGGAAACCAAAACAAGCAAATGTGTTACACATTCTAGAACATTTCAAGAATAAAGgt
gattttgaatgtgcagacgagtttttaaaaatactcagaggtgggaattttctaagtacagagatttataattcattatcttctacgtatattcagGTTGGTAAAGCTGGACCAGAAGATCCGAGCATATAAAGTTACAGGGTACCTGTCTCAATATTAAAACTGAGAAGTTCCCTAAATAAGCAAGCCATAAGGAGGCA
AGTATTTGGTGTGCATACCAATAGTTAAAATTAGTATCATCTTTTCCCGTAAGCTAGCTCTTCTTTGGAAAAACCTTGTATAGAATCATAGATGTAGTCAGACATTACCCTCTAAATTCAACAATTTTAATATTCTATGAATTATTTGTGTGATAGCACACGAAAATATGTCATGGTGGAAAATGAGGATAGTGAAATCT
GAAGCATTGCCTAAAAGCTTCACTTATAGAATCATGGACAGATATCCATCTCTTATGCTTCCATGGATCAGAGCGAACTCTTTAAGCACTTTATTCACGAGGCATATGATTGTGCAGGGAAATTTGTGAGCCTGAACTTCACCACAGCTCAGAGCCAATATTTTAAGTACTTATTCAAAAGTATCTATGATTATGCAGGG
AGAATATTATGATCCTTTTTTATTGGCAAGGATAATAGAAGTGAACTCTGAAATAATTATCAGGTTGCTTCTTCTAAGTGGACTTCGGCTTCCTCGCTGGAATTGGGGGTTGGAGCTCACTCTTTATACATTATTGTAACGATGTATAACTATGGACTGCCGTGCAAGAAAATGCCAATGTTTGCCTGTCTCTCTGGGAA
AATGTAAACGTCAAGTGAAGTTTGGACCTGATATTGGATATATCTTCTTCTGGCTTTGGCTTTGCTGCCCTCCTATAAATTACAGATATCCTTGTTTTTGTCTTCAATTACAGTAAATTTTTACTGGTTTATAGCAGACGGATATTCTTATCTTTGTTTTTGTCTCAGTGACTATCTGTAGATTAAGAGAAATTACAGTG
ATTTCCCCATTTGATTTTGAGCAGTGTACCCTAATAAAGGGACATGCTCATGCTCATGCTTGAGTACTTGTAATAAATTTTTTATTGTGAAAATTTGACCCTTTTCTAATTGTACTAAGAGAAGCGTGGTTGCATTGAGTGA

Intron 4 GTATGATATC ... GTATATTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	75.56	11	38	30
A2	79.69	13	44	58
A3	62.67	14	33	14
A4	74.51	13	54	22
A5	60	14	34	8
A6	69.29	41	75	110
A7	65	56	125	83
A8	69.46	31	64	77
A9	71.76	36	84	99
A10	67.57	48	104	96

>TRINITY_DN39378_c0_g1_i4 from sample A8 / Example spliced isoform

TGAGAATTTACAATGAAATAAAAAGTGAGAAGTGATAGTTTACTGTGAAATAAAATTTGATTCACTGATAGGATTTGCACGGAGTTTCAAGACTACCAACCCCATCGAGTTACAAGCCTCGGGCACTCAGATGTTCTCGCTTCTCTAAGATGAGCTATGCGAGAAGCAATAATCTAAAAACGAGAAGCATCATCTAATAA
AATTATATCACCCAGCAAACACAAAAAAATTGCAGCAATGAAGAATTTCAAACTTGGAATTTACGGAAGCCCAAGATTATGATTCCCATTCTCCGAGATTTTCAAGCTCGCAGCATGAGGTCACTCGTTTTCTCAGCCATTTCGAAATGCCTTACCCATTCTTCAAACTCGAGTTCGTCTATACGATTCTGTGAGATGTA
CATGGTGCCTTTGTGCCCTAACCGCCTGAAAGCCCTACGTTACCGAGAGCTTCATGGATCAGGGTTTCATGAAACTTATTATGCGAACGGGAAGTTTTATAGGATCAATCATTCATCTGACAACTTTAAGGTTTCGAAAACAGGAATGTTCAGAGCATTTCAAATCCAGGCATTGCCGACTGAAAAACCCTCGTACAAGG
AAATGACGGAGGAACCCTTGCCGGAGCCGCGGTCCTTCGATTTGTACAGGGCTATATGCTTCTCGTCGGTTCGCCAGGGCAATGCAGTTGCAATGCTGGAGGGGTGGTTCAATAAAGGCAGGAAGGCCGCGAAATGGCAGCTAAACCGTATCATTAAGGACCTAATGAAGCACAGTAGAGACAAGCATGCTCTCGAGGTT
TCTGAATGGACGAGAAGCTCTAAGAAGTTTCCTTTCACTCCCGGTGACCATGCTATTCACTTGGAGTTGATAGCTAAAGTGCATGGCATAGCCAGTGCTGAAGATTATTTTTCTGGGTTACCTGACATAGCGAAGAATCAATTAACCTATTATGCACTTTTGAACTGCCATGTAAAGCACCGGTTGGTTAAAAAAGCAGA
GGTTATCATGGAAAAACTGAAGGAGTTGGGCTTTGCCACAAATGCACTTCCCTATAATCAGATGATGTCACTTTATATGGAGAACGGCCAATTTGACAAAGTGCCTTTGGTGATCGAGGAAATGAAAAGGGATGGTGTCATTCTTGACACATGTTCGTATAAGACTTGGATGATGACCCATGCGGCAATGTCAGAGGTAG
ACAAAATAGAGAATGTGTTGAGCGAGATGAAATATGACGATAAAGTGAACACGGATTGGACTGTATACAAAGTTCTAGCAAACATTTATATTAAGGCTGGTCACATTGACAATGCACAGTCTGCTTTGAAGGAGATGGAGAATAAGACTACGCAAACTGATCGGTCTTCTTATCACTGTCTGATCAGTCTGTATGCTAAG
ATTGGTAATAAAGAGGAGGTTGATAGGATTTGGCGAACTTTTCAGTTGGTTTTTCGTAAAAGGACAATTGAAGACTATGTTTGCTTGCTTTCTTCACTGATGAAGATTGGGGACATCAAGGGAGCTGAGGAAATATTTGAAGAATGGGAATCACTTACATCAAGGTTGGTAAAGCTGGACCAGAAGATCCGAGCATATAA
AGTTACAGGGTACCTGTCTCAATATTAAAACTGAGAAGTTCCCTAAATAAGCAAGCCATAAGGAGGCAAGTATTTGGTGTGCATACCAATAGTTAAAATTAGTATCATCTTTTCCCGTAAGCTAGCTCTTCTTTGGAAAAACCTTGTATAGAATCATAGATGTAGTCAGACATTACCCTCTAAATTCAACAATTTTAATA
TTCTATGAATTATTTGTGTGATAGCACACGAAAATATGTCATGGTGGAAAATGAGGATAGTGAAATCTGAAGCATTGCCTAAAAGCTTCACTTATAGAATCATGGACAGATATCCATCTCTTATGCTTCCATGGATCAGAGCGAACTCTTTAAGCACTTTATTCACGAGGCATATGATTGTGCAGGGAAATTTGTGAGCC
TGAACTTCACCACAGCTCAGAGCCAATATTTTAAGTACTTATTCAAAAGTATCTATGATTATGCAGGGAGAATATTATGATCCTTTTTTATTGGCAAGGATAATAGAAGTGAACTCTGAAATAATTATCAGGTTGCTTCTTCTAAGTGGACTTCGGCTTCCTCGCTGGAATTGGGGGTTGGAGCTCACTCTTTATACATT
ATTGTAACGATGTATAACTATGGACTGCCGTGCAAGAAAATGCCAATGTTTGCCTGTCTCTCTGGGAAAATGTAAACGTCAAGTGAAGTTTGGACCTGATATTGGATATATCTTCTTCTGGCTTTGGCTTTGCTGCCCTCCTATAAATTACAGATATCCTTGTTTTTGTCTTCAATTACAGTAAATTTTTACTGGTTTAT
AGCAGACGGATATTCTTATCTTTGTTTTTGTCTCAGTGACTATCTGTAGATTAAGAGAAATTACAGTGATTTCCCCATTTGATTTTGAGCAGTGTACCCTAATAAAGGGACATGCTCATGCTCATGCTTGAGTACTTGTAATAAATTTTTTATTGTGAAAATTTGACCCTTTTCTAATTGTACTAAGAGAAGCGTGGTTG
CATTGAGTGAAACGAGGTGCTCTAC

>TRINITY_DN39378_c0_g1_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TGAGAATTTACAATGAAATAAAAAGTGAGAAGTGATAGTTTACTGTGAAATAAAATTTGATTCACTGATAGGATTTGCACGGAGTTTCAAGACTACCAACCCCATCGAGTTACAAGCCTCGGGCACTCAGATGTTCTCGCTTCTCTAAGATGAGCTATGCGAGAAGCAATAATCTAAAAACGAGAAGCATCATCTAATAA
AATTATATCACCCAGCAAACACAAAAAAATTGCAGCAATGAAGAATTTCAAACTTGGAATTTACGGAAGCCCAAGATTATGATTCCCATTCTCCGAGATTTTCAAGCTCGCAGCATGAGGTCACTCGTTTTCTCAGCCATTTCGAAATGGTAAGGAACAGCTTCCGTGCCTTTAAATTCTCCACTGTTTCACTCACGTCA
TTTGTGGAATTTGCAAATCCAGGAACCGTTATTCATACGTTTATTTACATGCAGCCTTACCCATTCTTCAAACTCGAGTTCGTCTATACGATTCTGTGAGATGTACATGGTGCCTTTGTGCCCTAACCGCCTGAAAGCCCTACGTTACCGAGAGCTTCATGGATCAGGGTTTCATGAAACTTATTATGCGAACGGGAAGT
TTTATAGGATCAATCATTCATCTGACAACTTTAAGGTTTCGAAAACAGGAATGTTCAGAGCATTTCAAATCCAGGCATTGCCGACTGAAAAACCCTCGTACAAGGAAATGACGGAGGAACCCTTGCCGGAGCCGCGGTCCTTCGATTTGTACAGGGCTATATGCTTCTCGTCGGTTCGCCAGGGCAATGCAGTTGCAATG
CTGGAGGGGTGGTTCAATAAAGGCAGGAAGGCCGCGAAATGGCAGCTAAACCGTATCATTAAGGACCTAATGAAGCACAGTAGAGACAAGCATGCTCTCGAGGTTTCTGAATGGACGAGAAGCTCTAAGAAGTTTCCTTTCACTCCCGGTGACCATGCTATTCACTTGGAGTTGATAGCTAAAGTGCATGGCATAGCCAG
TGCTGAAGATTATTTTTCTGGGTTACCTGACATAGCGAAGAATCAATTAACCTATTATGCACTTTTGAACTGCCATGTAAAGCACCGGTTGGTTAAAAAAGCAGAGGTTATCATGGAAAAACTGAAGGAGTTGGGCTTTGCCACAAATGCACTTCCCTATAATCAGATGATGTCACTTTATATGGAGAACGGCCAATTTG
ACAAAGTGCCTTTGGTGATCGAGGAAATGAAAAGGGATGGTGTCATTCTTGACACATGTTCGTATAAGACTTGGATGATGACCCATGCGGCAATGTCAGAGGTAGACAAAATAGAGAATGTGTTGAGCGAGATGAAATATGACGATAAAGTGAACACGGATTGGACTGTATACAAAGTTCTAGCAAACATTTATATTAAG
GCTGGTCACATTGACAATGCACAGTCTGCTTTGAAGGAGATGGAGAATAAGACTACGCAAACTGATCGGTCTTCTTATCACTGTCTGATCAGTCTGTATGCTAAGATTGGTAATAAAGAGGAGGTTGATAGGATTTGGCGAACTTTTCAGTTGGTTTTTCGTAAAAGGACAATTGAAGACTATGTTTGCTTGCTTTCTTC
ACTGATGAAGATTGGGGACATCAAGGGAGCTGAGGAAATATTTGAAGAATGGGAATCACTTACATCAAGgtatgatatcagagtgcctaatgttctttttggtgcttatataagaaagggatggttggaaaaggcagagctgcttcttaagcgcatcttagactcaggttggaaacctgtttcccatacatgggaaattt
ttgcggagggatatatagagaataatcagattgatcaggctgtggaagccatgagaaaagccatgtcaatcgtgagattgactccatggaaaccaaaacaagcaaatgtgttacacattctagaacatttcaagaataaaggtgattttgaatgtgcagacgagtttttaaaaatactcagaggtgggaattttctaagt
acagagatttataattcattatcttctacgtatattcagGTTGGTAAAGCTGGACCAGAAGATCCGAGCATATAAAGTTACAGGGTACCTGTCTCAATATTAAAACTGAGAAGTTCCCTAAATAAGCAAGCCATAAGGAGGCAAGTATTTGGTGTGCATACCAATAGTTAAAATTAGTATCATCTTTTCCCGTAAGCTAG
CTCTTCTTTGGAAAAACCTTGTATAGAATCATAGATGTAGTCAGACATTACCCTCTAAATTCAACAATTTTAATATTCTATGAATTATTTGTGTGATAGCACACGAAAATATGTCATGGTGGAAAATGAGGATAGTGAAATCTGAAGCATTGCCTAAAAGCTTCACTTATAGAATCATGGACAGATATCCATCTCTTATG
CTTCCATGGATCAGAGCGAACTCTTTAAGCACTTTATTCACGAGGCATATGATTGTGCAGGGAAATTTGTGAGCCTGAACTTCACCACAGCTCAGAGCCAATATTTTAAGTACTTATTCAAAAGTATCTATGATTATGCAGGGAGAATATTATGATCCTTTTTTATTGGCAAGGATAATAGAAGTGAACTCTGAAATAAT
TATCAGGTTGCTTCTTCTAAGTGGACTTCGGCTTCCTCGCTGGAATTGGGGGTTGGAGCTCACTCTTTATACATTATTGTAACGATGTATAACTATGGACTGCCGTGCAAGAAAATGCCAATGTTTGCCTGTCTCTCTGGGAAAATGTAAACGTCAAGTGAAGTTTGGACCTGATATTGGATATATCTTCTTCTGGCTTT
GGCTTTGCTGCCCTCCTATAAATTACAGATATCCTTGTTTTTGTCTTCAATTACAGTAAATTTTTACTGGTTTATAGCAGACGGATATTCTTATCTTTGTTTTTGTCTCAGTGACTATCTGTAGATTAAGAGAAATTACAGTGATTTCCCCATTTGATTTTGAGCAGTGTACCCTAATAAAGGGACATGCTCATGCTCAT
GCTTGAGTACTTGTAATAAATTTTTTATTGTGAAAATTTGACCCTTTTCTAATTGTACTAAGAGAAGCGTGGTTGCATTGAGTGAAACGAGGTGCTCTAC

Intron 5 GCAAGTATTT ... GATTGTGCAG

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A10	78.66	35	128	130

>TRINITY_DN37105_c0_g1_i1 from sample A7 / Example spliced isoform

GAATTTACAATGAAATAAAAAGTGAGAAGTGATAGTTTACTGTGAAATAAAATTTGATTCACTGATAGGATTTGCACGGAGTTTCAAGACTACCAACCCCATCGAGTTACAAGCCTCGGGCACTCAGATGTTCTCGCTTCTCTAAGATGAGCTATGCGAGAAGCAATAATCTAAAAACGAGAAGCATCATCTAATAAAAT
TATATCACCCAGCAAACACAAAAAAATTGCAGCAATGAAGAATTTCAAACTTGGAATTTACGGAAGCCCAAGATTATGATTCCCATTCTCCGAGATTTTCAAGCTCGCAGCATGAGGTCACTCGTTTTCTCAGCCATTTCGAAATGCCTTACCCATTCTTCAAACTCGAGTTCGTCTATACGATTCTGTGAGATGTACAT
GGTGCCTTTGTGCCCTAACCGCCTGAAAGCCCTACGTTACCGAGAGCTTCATGGATCAGGGTTTCATGAAACTTATTATGCGAACGGGAAGTTTTATAGGATCAATCATTCATCTGACAACTTTAAGGTTTCGAAAACAGGAATGTTCAGAGCATTTCAAATCCAGGCATTGCCGACTGAAAAACCCTCGTACAAGGAAA
TGACGGAGGAACCCTTGCCGGAGCCGCGGTCCTTCGATTTGTACAGGGCTATATGCTTCTCGTCGGTTCGCCAGGGCAATGCAGTTGCAATGCTGGAGGGGTGGTTCAATAAAGGCAGGAAGGCCGCGAAATGGCAGCTAAACCGTATCATTAAGGACCTAATGAAGCACAGTAGAGACAAGCATGCTCTCGAGGTTTCT
GAATGGACGAGAAGCTCTAAGAAGTTTCCTTTCACTCCCGGTGACCATGCTATTCACTTGGAGTTGATAGCTAAAGTGCATGGCATAGCCAGTGCTGAAGATTATTTTTCTGGGTTACCTGACATAGCGAAGAATCAATTAACCTATTATGCACTTTTGAACTGCCATGTAAAGCACCGGTTGGTTAAAAAAGCAGAGGT
TATCATGGAAAAACTGAAGGAGTTGGGCTTTGCCACAAATGCACTTCCCTATAATCAGATGATGTCACTTTATATGGAGAACGGCCAATTTGACAAAGTGCCTTTGGTGATCGAGGAAATGAAAAGGGATGGTGTCATTCTTGACACATGTTCGTATAAGACTTGGATGATGACCCATGCGGCAATGTCAGAGGTAGACA
AAATAGAGAATGTGTTGAGCGAGATGAAATATGACGATAAAGTGAACACGGATTGGACTGTATACAAAGTTCTAGCAAACATTTATATTAAGGCTGGTCACATTGACAATGCACAGTCTGCTTTGAAGGAGATGGAGAATAAGACTACGCAAACTGATCGGTCTTCTTATCACTGTCTGATCAGTCTGTATGCTAAGATT
GGTAATAAAGAGGAGGTTGATAGGATTTGGCGAACTTTTCAGTTGGTTTTTCGTAAAAGGACAATTGAAGACTATGTTTGCTTGCTTTCTTCACTGATGAAGATTGGGGACATCAAGGGAGCTGAGGAAATATTTGAAGAATGGGAATCACTTACATCAAGGTATGATATCAGAGTGCCTAATGTTCTTTTTGGTGCTTA
TATAAGAAAGGGATGGTTGGAAAAGGCAGAGCTGCTTCTTAAGCGCATCTTAGACTCAGGTTGGAAACCTGTTTCCCATACATGGGAAATTTTTGCGGAGGGATATATAGAGAATAATCAGATTGATCAGGCTGTGGAAGCCATGAGAAAAGCCATGTCAATCGTGAGATTGACTCCATGGAAACCAAAACAAGCAAATG
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GCCTGTCTCTCTGGGAAAATGTAAACGTCAAGTGAAGTTTGGACCTGATATTGGATATATCTTCTTCTGGCTTTGGCTTTGCTGCCCTCCTATAAATTACAGATATCCTTGTTTTTGTCTTCAATTACAGTAAATTTTTACTGGTTTATAGCAGACGGATATTCTTATCTTTGTTTTTGTCTCAGTGACTATCTGTAGAT
TAAGAGAAATTACAGTGATTTCCCCATTTGATTTTGAGCAGTGTACCCTAATAAAGGGACATGCTCATGCTCATGCTTGAGTACTTGTAATAAATTTTTTATTGTGAAAATTTGACCCTTTTCTAATTGTACTAAGAGAAGCGTGGTTGCATTGAGTG

>TRINITY_DN37105_c0_g1_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GAATTTACAATGAAATAAAAAGTGAGAAGTGATAGTTTACTGTGAAATAAAATTTGATTCACTGATAGGATTTGCACGGAGTTTCAAGACTACCAACCCCATCGAGTTACAAGCCTCGGGCACTCAGATGTTCTCGCTTCTCTAAGATGAGCTATGCGAGAAGCAATAATCTAAAAACGAGAAGCATCATCTAATAAAAT
TATATCACCCAGCAAACACAAAAAAATTGCAGCAATGAAGAATTTCAAACTTGGAATTTACGGAAGCCCAAGATTATGATTCCCATTCTCCGAGATTTTCAAGCTCGCAGCATGAGGTCACTCGTTTTCTCAGCCATTTCGAAATGCCTTACCCATTCTTCAAACTCGAGTTCGTCTATACGATTCTGTGAGATGTACAT
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GAATGGACGAGAAGCTCTAAGAAGTTTCCTTTCACTCCCGGTGACCATGCTATTCACTTGGAGTTGATAGCTAAAGTGCATGGCATAGCCAGTGCTGAAGATTATTTTTCTGGGTTACCTGACATAGCGAAGAATCAATTAACCTATTATGCACTTTTGAACTGCCATGTAAAGCACCGGTTGGTTAAAAAAGCAGAGGT
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AAATAGAGAATGTGTTGAGCGAGATGAAATATGACGATAAAGTGAACACGGATTGGACTGTATACAAAGTTCTAGCAAACATTTATATTAAGGCTGGTCACATTGACAATGCACAGTCTGCTTTGAAGGAGATGGAGAATAAGACTACGCAAACTGATCGGTCTTCTTATCACTGTCTGATCAGTCTGTATGCTAAGATT
GGTAATAAAGAGGAGGTTGATAGGATTTGGCGAACTTTTCAGTTGGTTTTTCGTAAAAGGACAATTGAAGACTATGTTTGCTTGCTTTCTTCACTGATGAAGATTGGGGACATCAAGGGAGCTGAGGAAATATTTGAAGAATGGGAATCACTTACATCAAGGTATGATATCAGAGTGCCTAATGTTCTTTTTGGTGCTTA
TATAAGAAAGGGATGGTTGGAAAAGGCAGAGCTGCTTCTTAAGCGCATCTTAGACTCAGGTTGGAAACCTGTTTCCCATACATGGGAAATTTTTGCGGAGGGATATATAGAGAATAATCAGATTGATCAGGCTGTGGAAGCCATGAGAAAAGCCATGTCAATCGTGAGATTGACTCCATGGAAACCAAAACAAGCAAATG
TGTTACACATTCTAGAACATTTCAAGAATAAAGGTGATTTTGAATGTGCAGACGAGTTTTTAAAAATACTCAGAGGTGGGAATTTTCTAAGTACAGAGATTTATAATTCATTATCTTCTACGTATATTCAGGTTGGTAAAGCTGGACCAGAAGATCCGAGCATATAAAGTTACAGGGTACCTGTCTCAATATTAAAACTG
AGAAGTTCCCTAAATAAGCAAGCCATAAGGAGgcaagtatttggtgtgcataccaatagttaaaattagtatcatcttttcccgtaagctagctcttctttggaaaaaccttgtatagaatcatagatgtagtcagacattaccctctaaattcaacaattttaatattctatgaattatttgtgtgatagcacacgaaa
atatgtcatggtggaaaatgaggatagtgaaatctgaagcattgcctaaaagcttcacttatagaatcatggacagatatccatctcttatgcttccatggatcagagcgaactctttaagcactttattcacgaggcatatgattgtgcagGGAAATTTGTGAGCCTGAACTTCACCACAGCTCAGAGCCAATATTTTA
AGTACTTATTCAAAAGTATCTATGATTATGCAGGGAGAATATTATGATCCTTTTTTATTGGCAAGGATAATAGAAGTGAACTCTGAAATAATTATCAGGTTGCTTCTTCTAAGTGGACTTCGGCTTCCTCGCTGGAATTGGGGGTTGGAGCTCACTCTTTATACATTATTGTAACGATGTATAACTATGGACTGCCGTGC
AAGAAAATGCCAATGTTTGCCTGTCTCTCTGGGAAAATGTAAACGTCAAGTGAAGTTTGGACCTGATATTGGATATATCTTCTTCTGGCTTTGGCTTTGCTGCCCTCCTATAAATTACAGATATCCTTGTTTTTGTCTTCAATTACAGTAAATTTTTACTGGTTTATAGCAGACGGATATTCTTATCTTTGTTTTTGTCT
CAGTGACTATCTGTAGATTAAGAGAAATTACAGTGATTTCCCCATTTGATTTTGAGCAGTGTACCCTAATAAAGGGACATGCTCATGCTCATGCTTGAGTACTTGTAATAAATTTTTTATTGTGAAAATTTGACCCTTTTCTAATTGTACTAAGAGAAGCGTGGTTGCATTGAGTG