sp|Q9C533|ZDHC1_ARATH ----> Probable protein S-acyltransferase 22
Intron 1 GTATTCGTGG ... GGGGTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 55.88 | 30 | 38 | 38 |
| A2 | 48.44 | 33 | 35 | 27 |
| A3 | 43.69 | 29 | 19 | 26 |
| A4 | 39.45 | 33 | 23 | 20 |
| A5 | 63.64 | 4 | 6 | 8 |
| A6 | 38.78 | 15 | 8 | 11 |
| A7 | 55.56 | 18 | 17 | 28 |
| A8 | 51.52 | 8 | 7 | 10 |
| A9 | 37.86 | 32 | 21 | 18 |
| A10 | 52.59 | 32 | 28 | 43 |
>TRINITY_DN123650_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoformAGTTAGGGTACACCATGCAATCCTAGAGGGCCAAGCGGAGAGGCACTTGGACCTCTGGGCTTTGGGTGGCGAGCCACTAATGAAGGCTAGATGGGAGGGAAAAGGACACCTGGAGTAGTGGTATGGAGAGTAAGATGCACGAATTAAGTACATAAACCAGGTAGGAGTCTCCATGTACAGTGATTAACCATATCCACATT
GGTGAAACCGACATTGGAAAGAATAACCCAACTATTAATTAAGTGGTTTTTAAGGTGGGCAGAAGCAGGAGGGGATATGGGAGGGAGATTTGTAAGCCAAAGTGTGGATGTTAGCATTGAATGCAAAGGCAGCGGGCAGAAGCAAAGGACATGTCAGAGCTCTAAAGAAGCTGCAGGAGTGAACAGGCAGGAGTAAATAG
TAGTAGTGAGTAGGCATCTTCAAAAGGGAGGGAGGGAAAGAAGCAGAAGCTGTGTTTGGGTCATTATCAGATTGTTGGGGGTGTGGGCATTGGGTGTAAGTATTTGGCTTGTATTGTATTCAAAGAATACATTCCTTGAAGTGGGCCTCCATATGTTAGACTGTGTGTTGATGGAGGTCAAAAGAAAAGAAAAAGGAATG
AAAGAACTTCGGTGGAACGAGGGGGCCATTGCATTGTGACAGGCCAAGTAGCAGATGGCCCATTTTAAGGATGATAACCCATAACTTTTTCCTCTTTTTCTTGGGATGTAAATCTTGTAGGGGAGGCCATCTATGATGATGACAACGAGAGGTGATGATTCCAGACAAGTCATGGTGGTTTAGGTCATTCTCTGATGTGT
GTAATGATTGGAAAACATGTTGCGGTGTTCATGTGTGAGGTGGATGCAATGTTTGATCTCTGTATGAACAGTAATAAGACCTGCATTCCTCCACACTGCTGAGCTGTTTCAGCGAGGCCTGGTATGCATCGGTATCTTTTGGGCTCTGTAAAAGACCGAGCCGATCTCTTTCATTGTTTTAGTTCAAGTCATAAGAGTAG
GCAATCAGAGCTGCTAAGAATTCCTCCATAATGAGGAAGCATGGCTGGGAGCTCCCTTATCATCCTCTGCAGGTGGTGGCTGTGGCAGTGTTCCTTGCTCTGGCATTTGCTTTCTACGTTTTCTTCGTGCCCTTTGTTGGGAAGAAGCTGTTCCAATACATTGCCATGGGCCTCTATTCACCTCTGGTATCACTGGTTTT
CTGTCTATATATATGGTGTGCAGCAACTGACCCAGGAGATCCTGGTGTATTCAGATCTAAAAAGTATGGGAAAATTTCCGATCCTAGAAAAGCTTTATACAATGATCCATTACCTGGATCTGCTGCTTCTGTTGATGATGCAAATACTGAATCTATAGGAGAAAAAGTCCAGTCAGAGGGGCCCCTGGTGACTGTATTGC
CTGTAAAGGAATCGAGGAACTTAGATGAAAAGAAAAGTGGCTTCAATAGTCTTTTATCGTTTTGGATTGTTAGTTGTGCCTGTTTCCCTTTTGCTCATATATGCAAGAGTACTTGTTCCAAAAAACAATCTTCAGAGCAGCAAGTTTGTGATGATGACATGCTGTATTGCAGCCTATGTGAAGTGGAGGTCTTCAAATAC
AGCAAGCACTGTCGAGTATGTGACAAATGTGTTGATGGCTTTGATCATCATTGTCGGTGGCTTAATAACTGCATTGGTAGGAAGAACTACAAGGGCTTTTTCACACTCATGGTATCTGCTCTTTTCCTGCTTATTCTGCAGTGGGTGATAGGAATCGTTGTGCTGGTCTCGTGTTTCATAAATCGGAGTCGTTTTGATGT
GGAGATCATCTCTAAATTGGGCAGCGGTTTCTCGTTGGTGCCATTTATTGTCGTAGTTGCAGCTTGCACCATACTGGCCATGATTGCTTCACTTCCTCTTGGTCAGCTCTTCTTCTTCCACGTTCTGCTTATGAAAAAGGGCATCAGCACTTATGATTACATTATAGCAATGAGGGAACAAGAACAACAAGCTATGGAAG
GAGTACAGAGCCCTCAAATGTCAACTGTAAGCTCTGCTACAGTAATGAGCAGTGCAAGTTCCATCAGTGCTTTACACCGGGGTGCATGGTGCACTCCTCCTCGGCTTCTTTTTGAGGATCAGTTCTCTGTGTTGCCACCAGAAGGAGCAGTGTCTTCTCTTGAGGCAGGGAATAGGAGTGCAAAAAGGAAGCAAGGTGAA
AGAGCAAGACAAAGGAACAGTGCGTCAGTTAAGATAAGCCCGTGGACTCTGGCTCGTTTAAATGCTGAAGAGGTGTCAAAGGCAGCTGCCCAAGCAAGGCAAAAGTCGAAAGTTCTGCAGCCTATATCTAGGCAAGATAGTGCATTAAGGATAGATACGGACAGCAGTTTGGAGAGTAGTAGTAGAGATATAAGCACAGA
CATCATTTCTCGTTCTCAGTACAAGAAGCGGAATTACAAAAGAGGTAGGCAACCATCACCACCCAGACATTTTCCACAAGCAAGGGCATCTAGGCCAACTAGGCTTCCTTTGAAAACTGCGACAGAAGCAGGCTGCAGTGTTGATTATGATAGTGTGGATCGTACCCATCCAATTGCTGAGACTTCTGCTAGTTTGGCTC
CTTTACAATTTGAGGCTAGGAATGCCTTCTGTTCTAATCTAGCAATGTCTACTGGTGGGCAGATTATTTCATCACCTGAAAGTAGTTTAACTTCTCCTGATATTCAACCTTTCAGAGAATCAACATCAAGCAAAGATCTATCAAACCTTTTGGCTGCCCCATTATCTTTTACAAAAGGGGTTCATCTCCACAGGTCTACA
AGCGATGGATATGAAGCATCTGGAGGAGAGAGTCCAGATGATAGTGACCAGGCTTCTGTAAGCCACTGTAAACCAAACTGGAATAAGATGCTTTTTAATCCTGCTTACACTGAAAAATGCCCAGCAGCAGAGCTACTGCCGAATCAGATGAGCATATTGCCTTACAGACCAAACAAAACAAAGTCGACAGGTCAGTCAGC
AGGACTGAGGATGCAGGCGAGTAATGGGAAGGGTGTGATGAGAAAGCTTGCAGAGGAATCCCAGTCAACCAATGAAATCAAATTTTGCCCTTCACAGTACGATTCCCCTGAAAGGGTCTAAAGATTGTTTCCATGTGCGAGAGAGTCTGGCCTGGATAATTATGCTAGGGCAGGGCCTATGGTTTTGGGTTTTGGCTAAT
ACTGTCTTATAAAGACTACAGTTCTCATTTTGTCTCCACGAAGGAGAACCAGAGATGCAAAAAACAAAAATTGTCATTGGTCTACCTCAGCATTGCTGGTTTTGATTAAGTGCCATCAGAGTCATGTTGAAGTCATTCCGTAAATTCCGATAGAGTGCCATGGCATGAAGTCACAGAGAGAAATTGATCTGAGTCTTTAT
CTCTCGATTTCTTTATTATGTTGGGCTATATGCTATAGTATGTGGATTGTTTGGGCCAGTATTCCATTGTTCTGTGATGCCCACCTAAAATATATTTTGGCATCTGCCCGGTTAAGGAAAAAATGCAGCCAAATTTCTTTCATCAGAATATACAAAGGTTTTCATGACTAACAATATGTTAGGGAAGCATAAATGTTTCT
GCTACTACTAACCTCTGTACGATGCAAACAGTTACCTTTTAAATCCTACAACAGGCATCATCAACACAAGCTATGCAAAATTTTGTGTTAACCTATTTGAAGTCTCTTTACAAGCTGCATCCCTTCATTTTCTTGGACACAGCAAAACCTGATCAAGTTGTTTCTATTAAAAATAAATTGGCAGCTGTTGCCAAGCATGT
ATTGTGCTTTCTAGCTTGATAGGTTTTTGGACAGTCTTTAATCCCTCAAATATTGCGAG
>TRINITY_DN123650_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:GTATGAGGCTCTGACACTTTTGCTCTGGGTCTCTTTTTTGGTTTACAAATTTATGAAGGAACAATACCCATGTCTGTGATTGTTGATACATTGCTGTAGGTGGTGGCTGTGGCAGTGTTCCTTGCTCTGGCATTTGCTTTCTACGTTTTCTTCGTGCCCTTTGTTGGGAAGAAGCTGTTCCAATACATTGCCATGGGCCT
CTATTCACCTCTGGTATCACTGGTTTTCTGTCTATATATATGGTGTGCAGCAACTGACCCAGGAGATCCTGGTGTATTCAGATCTAAAAAGTATGGGAAAATTTCCGATCCTAGAAAAGCTTTATACAATGATCCATTACCTGGATCTGCTGCTTCTGTTGATGATGCAAATACTGAATCTATAGGAGAAAAAGTCCAGT
CAGAGGGGCCCCTGGTGACTGTATTGCCTGTAAAGGAATCGAGGAACTTAGATGAAAAGAAAAGTGGCTTCAATAGTCTTTTATCGTTTTGGATTGTTAGTTGTGCCTGTTTCCCTTTTGCTCATATATGCAAGAGTACTTGTTCCAAAAAACAATCTTCAGAGCAGCAAGTTTGTGATGATGACATGCTGTATTGCAGC
CTATGTGAAGTGGAGGTCTTCAAATACAGCAAGCACTGTCGAGTATGTGACAAATGTGTTGATGGCTTTGATCATCATTGTCGGTGGCTTAATAACTGCATTGGTAGGAAGAACTACAAGGGCTTTTTCACACTCATGGTATCTGCTCTTTTCCTGgtattcgtggtttgtacgtcttggaattggggttgcagCTTATT
CTGCAGTGGGTGATAGGAATCGTTGTGCTGGTCTCGTGTTTCATAAATCGGAGTCGTTTTGATGTGGAGATCATCTCTAAATTGGGCAGCGGTTTCTCGTTGGTGCCATTTATTGTCGTAGTTGCAGCTTGCACCATACTGGCCATGATTGCTTCACTTCCTCTTGGTCAGCTCTTCTTCTTCCACGTTCTGCTTATGAA
AAAGGGCATCAGCACTTATGATTACATTATAGCAATGAGGGAACAAGAACAACAAGCTATGGAAGGAGTACAGAGCCCTCAAATGTCAACTGTAAGCTCTGCTACAGTAATGAGCAGTGCAAGTTCCATCAGTGCTTTACACCGGGGTGCATGGTGCACTCCTCCTCGGCTTCTTTTTGAGGATCAGTTCTCTGTGTTGC
CACCAGAAGGAGCAGTGTCTTCTCTTGAGGCAGGGAATAGGAGTGCAAAAAGGAAGCAAGGTGAAAGAGCAAGACAAAGGAACAGTGCGTCAGTTAAGATAAGCCCGTGGACTCTGGCTCGTTTAAATGCTGAAGAGGTGTCAAAGGCAGCTGCCCAAGCAAGGCAAAAGTCGAAAGTTCTGCAGCCTATATCTAGGCAA
GATAGTGCATTAAGGATAGATACGGACAGCAGTTTGGAGAGTAGTAGTAGAGATATAAGCACAGACATCATTTCTCGTTCTCAGTACAAGAAGCGGAATTACAAAAGAGGTAGGCAACCATCACCACCCAGACATTTTCCACAAGCAAGGGCATCTAGGCCAACTAGGCTTCCTTTGAAAACTGCGACAGAAGCAGGCTG
CAGTGTTGATTATGATAGTGTGGATCGTACCCATCCAATTGCTGAGACTTCTGCTAGTTTGGCTCCTTTACAATTTGAGGCTAGGAATGCCTTCTGTTCTAATCTAGCAATGTCTACTGGTGGGCAGATTATTTCATCACCTGAAAGTAGTTTAACTTCTCCTGATATTCAACCTTTCAGAGAATCAACATCAAGCAAAG
ATCTATCAAACCTTTTGGCTGCCCCATTATCTTTTACAAAAGGGGTTCATCTCCACAGGTCTACAAGCGATGGATATGAAGCATCTGGAGGAGAGAGTCCAGATGATAGTGACCAGGCTTCTGTAAGCCACTGTAAACCAAACTGGAATAAGATGCTTTTTAATCCTGCTTACACTGAAAAATGCCCAGCAGCAGAGCTA
CTGCCGAATCAGATGAGCATATTGCCTTACAGACCAAACAAAACAAAGTCGACAGGTCAGTCAGCAGGACTGAGGATGCAGGCGAGTAATGGGAAGGGTGTGATGAGAAAGCTTGCAGAGGAATCCCAGTCAACCAATGAAATCAAATTTTGCCCTTCACAGTACGATTCCCCTGAAAGGGTCTAAAGATTGTTTCCATG
TGCGAGAGAGTCTGGCCTGGATAATTATGCTAGGGCAGGGCCTATGGTTTTGGGTTTTGGCTAATACTGTCTTATAAAGACTACAGTTCTCATTTTGTCTCCACGAAGGAGAACCAGAGATGCAAAAAACAAAAATTGTCATTGGTCTACCTCAGCATTGCTGGTTTTGATTAAGTGCCATCAGAGTCATGTTGAAGTCA
TTCCGTAAATTCCGATAGAGTGCCATGGCATGAAGTCACAGAGAGAAATTGATCTGAGTCTTTATCTCTCGATTTCTTTATTATGTTGGGCTATATGCTATAGTATGTGGATTGTTTGGGCCAGTATTCCATTGTTCTGTGATGCCCACCTAAAATATATTTTGGCATCTGCCCGGTTAAGGAAAAAATGCAGCCAAATT
TCTTTCATCAGAATATACAAAGGTTTTCATGACTAACAATATGTTAGGGAAGCATAAATGTTTCTGCTACTACTAACCTCTGTACGATGCAAACAGTTACCTTTTAAATCCTACAACAGGCATCATCAACACAAGCTATGCAAAATTTTGTGTTAACCTATTTGAAGTCTCTTTACAAGCTGCATCCCTTCATTTTCTTG
GACACAGCAAAACCTGATCAAGTTGTTTCTATTAAAAATAAATTGGCAGCTGTTGCCAAGCATGTATTGTGCTTTCTAGCTTGATAGGTTTTTGGACAGTCTTTAATCCCTCAAATATTGCGAG
Intron 2 GTAGGCAACC ... AACCTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 76.54 | 19 | 71 | 53 |
| A2 | 75.16 | 19 | 68 | 47 |
| A3 | 69.09 | 17 | 55 | 21 |
| A4 | 72.8 | 17 | 61 | 30 |
| A5 | 70 | 9 | 23 | 19 |
| A6 | 68.15 | 25 | 56 | 51 |
| A7 | 66.83 | 68 | 186 | 88 |
| A8 | 71.34 | 45 | 108 | 116 |
| A9 | 64.29 | 60 | 130 | 86 |
| A10 | 61.9 | 76 | 156 | 91 |
>TRINITY_DN40066_c0_g1_i6 from sample A9 / Example spliced isoformAGTTAGGGTACACCATGCAATCCTAGAGGGCCAAGCGGAGAGGCACTTGGACCTCTGGGCTTTGGGTGGCGAGCCACTAATGAAGGCTAGATGGGAGGGAAAAGGACACCTGGAGTAGTGGTATGGAGAGTAAGATGCACGAATTAAGTACATAAACCAGGTAGGAGTCTCCATGTACAGTGATTAACCATATCCACATT
GGTGAAACCGACATTGGAAAGAATAACCCAACTATTAATTAAGTGGTTTTTAAGGTGGGCAGAAGCAGGAGGGGATATGGGAGGGAGATTTGTAAGCCAAAGTGTGGATGTTAGCATTGAATGCAAAGGCAGCGGGCAGAAGCAAAGGACATGTCAGAGCTCTAAAGAAGCTGCAGGAGTGAACAGGCAGGAGTAAATAG
TAGTAGTGAGTAGGCATCTTCAAAAGGGAGGGAGGGAAAGAAGCAGAAGCTGTGTTTGGGTCATTATCAGATTGTTGGGGGTGTGGGCATTGGGTGTAAGTATTTGGCTTGTATTGTATTCAAAGAATACATTCCTTGAAGTGGGCCTCCATATGTTAGACTGTGTGTTGATGGAGGTCAAAAGAAAAGAAAAAGGAATG
AAAGAACTTCGGTGGAACGAGGGGGCCATTGCATTGTGACAGGCCAAGTAGCAGATGGGCCATTTTAAGGATGATAACCCATAACTTTTTCCTCTTTTTCTTGGGATGTAAATCTTGTAGGGGAGGCCATCTATGATGATGACAACGAGAGGTGATGATTCCAGACAAGTCATGGTGGTTTAGGTCATTCTCTGATGTGT
GTAATGATTGGAAAACATGTTGCGGTGTTCATGTGTGAGGTGGATGCAATGTTTGATCTCTGTATGAACAGTAATAAGACCTGCATTCCTCCACACTGCTGAGCTGTTTCAGCGAGGCCTGGTATGCATCGGTATCTTTTGGGCTCTGTAAAAGACCGAGCCGATCTCTTTCATTGTTTTAGTTCAAGTCATAAGAGTAG
GCAATCAGAGCTGCTAAGAATTCCTCCATAATGAGGAAGCATGGCTGGGAGCTCCCTTATCATCCTCTGCAGGTGGTGGCTGTGGCAGTGTTCCTTGCTCTGGCATTTGCTTTCTACGTTTTCTTCGTGCCCTTTGTTGGGAAGAAGCTGTTCCAATACATTGCCATGGGCCTCTATTCACCTCTGGTATCACTGGTTTT
CTGTCTATATATATGGTGTGCAGCAACTGACCCAGGAGATCCTGGTGTATTCAGATCTAAAAAGTATGGGAAAATTTCCGATCCTAGAAAAGCTTTATACAATGATCCATTACCTGGATCTGCTGCTTCTGTTGATGATGCAAATACTGAATCTATAGGAGAAAAAGTCCAGTCAGAGGGGCCCCTGGTGACTGTATTGC
CTGTAAAGGAATCGAGGAACTTAGATGAAAAGAAAAGTGGCTTCAATAGTCTTTTATCGTTTTGGATTGTTAGTTGTGCCTGTTTCCCTTTTGCTCATATATGCAAGAGTACTTGTTCCAAAAAACAATCTTCAGAGCAGCAAGTTTGTGATGATGACATGCTGTATTGCAGCCTATGTGAAGTGGAGGTCTTCAAATAC
AGCAAGCACTGTCGAGTATGTGACAAATGTGTTGATGGCTTTGATCATCATTGTCGGTGGCTTAATAACTGCATTGGTAGGAAGAACTACAAGGGCTTTTTCACACTCATGGTATCTGCTCTTTTCCTGGTATTCGTGGTTTGTACGTCTTGGAATTGGGGTTGCAGCTTATTCTGCAGTGGGTGATAGGAATCGTTGTG
CTGGTCTCGTGTTTCATAAATCGGAGTCGTTTTGATGTGGAGATCATCTCTAAATTGGGCAGCGGTTTCTCGTTGGTGCCATTTATTGTCGTAGTTGCAGCTTGCACCATACTGGCCATGATTGCTTCACTTCCTCTTGGTCAGCTCTTCTTCTTCCACGTTCTGCTTATGAAAAAGGGCATCAGCACTTATGATTACAT
TATAGCAATGAGGGAACAAGAACAACAAGCTATGGAAGGAGTACAGAGCCCTCAAATGTCAACTGTAAGCTCTGCTACAGTAATGAGCAGTGCAAGTTCCATCAGTGCTTTACACCGGGGTGCATGGTGCACTCCTCCTCGGCTTCTTTTTGAGGATCAGTTCTCTGTGTTGCCACCAGAAGGAGCAGTGTCTTCTCTTG
AGGCAGGGAATAGGAGTGCAAAAAGGAAGCAAGGTGAAAGAGCAAGACAAAGGAACAGTGCGTCAGTTAAGATAAGCCCGTGGACTCTGGCTCGTTTAAATGCTGAAGAGGTGTCAAAGGCAGCTGCCCAAGCAAGGCAAAAGTCGAAAGTTCTGCAGCCTATATCTAGGCAAGATAGTGCATTAAGGATAGATACGGAC
AGCAGTTTGGAGAGTAGTAGTAGAGATATAAGCACAGACATCATTTCTCGTTCTCAGTACAAGAAGCGGAATTACAAAAGAGAGAATCAACATCAAGCAAAGATCTATCAAACCTTTTGGCTGCCCCATTATCTTTTACAAAAGGGGTTCATCTCCACAGGTCTACAAGCGATGGATATGAAGCATCTGGAGGAGAGAGT
CCAGATGATAGTGACCAGGCTTCTGTAAGCCACTGTAAACCAAACTGGAATAAGATGCTTTTTAATCCTGCTTACACTGAAAAATGCCCAGCAGCAGAGCTACTGCCGAATCAGATGAGCATATTGCCTTACAGACCAAACAAAACAAAGTCGACAGGTCAGTCAGCAGGACTGAGGATGCAGGCGAGTAATGGGAAGGG
TGTGATGAGAAAGCTTGCAGAGGAATCCCAGTCAACCAATGAAATCAAATTTTGCCCTTCACAGTACGATTCCCCTGAAAGGGTCTAAAGATTGTTTCCATGTGCGAGAGAGTCTGGCCTGGATAATTATGCTAGGGCAGGGCCTATGGTTTTGGGTTTTGGCTAATACTGTCTTATAAAGACTACAGTTCTCATTTTGT
CTCCACGAAGGAGAACCAGAGATGCAAAAAACAAAAATTGTCATTGGTCTACCTCAGCATTGCTGGTTTTGATTAAGTGCCATCAGAGTCATGTTGAAGTCATTCCGTAAATTCCGATAGAGTGCCATGGCATGAAGTCACAGAGAGAAATTGATCTGAGTCTTTATCTCTCGATTTCTTTATTATGTTGGGCTATATGC
TATAGTATGTGGATTGTTTGGGCCAGTATTCCATTGTTCTGTGATGCCCACCTAAAATATATTTTGGCATCTGCCCGGTTAAGGAAAAAATGCAGCCAAATTTCTTTCATCAGAATATACAAAGGTTTTCATGACTAACAATATGTTAGGGAAGCATAAATGTTTCTGCTACTACTAACCTCTGTACGATGCAAACAGTT
ACCTTTTAAATCCTACAACAGGCATCATCAACACAAGCTATGCAAAATTTTGTGTTAACCTATTTGAAGTCTCTTTACAAGCTGCATCCCTTCATTTTCTTGGACACAGCAAAACCTGATCAAGTTGTTTCTATTAAAAATAAATTGGCAGCTGTTGCCAAGCATGTATTGTGCTTTCTAGCTTGATAGGTTTTTGGACA
GTCTTTAATCCCTCAAATATTGCGAGTTCAAATAGGTTTTGTGTTTTCAAATTTGTGAGCTCAATTGTAGCTTAGTTGAAACTTGAAAATGATGTCAAGTGAGGTTTATGGACATTCTTTTGAATCCATTTGGCTTTTGGGATGAAGCTTAGTGACGAAAATAAGTGTTGTACGATAATCATCATGTTGGGGAAGTATGC
CAGAGTTGTACAATGCATAGTATTTGTCTGTTTTGGTAAGAGGTAAGGCTGGTGGTGTACTAAGAAAGGAAGACATGCAGTCATCATTAAAACATGTATCGGCACCAATAGTTTTCTAAGTTCTCTTTTCCCTGGTAATGTTATGAAATATTATTTTATCTGGGAAAATATGCATTGATACATCCGCACAGAGAAGTTTT
TCTCAACTTTACAACTGTGGTGACATTGGATAAGTCTTATGCCACCCAATTGTAACGAGGATAGTAAGAGTAAAAAAAGAACTTCCTGCATCATGAAAGGTACGCAGTTGACTCCTTTCAAGTATCCATTACCACCCAGCATCAGCATGAGGAAACAATAAGCTTCCTGCACCATGAGAGGTATGGGGTTCACTCCTGGC
AAGTATCCTTTATAACTCAATACCCACAAAAGGCACAGGTATTGAGTTATTGGTGGTACCAGTGCCATTTAGGGTATGCACTTTCCAAAAGCTTCAATTTTGCAACCTACCAGCACTTGCTTACAGAGGCTTGGAGCTTTGCTTTGTCATCTCATCTGTCCTAAAAATTGATATCCACTGGCTCTATATGAAAAAATGCA
AGTGTGTTTGCAGCAAGTTTTACAAGATTTTGATCTACTTTGATGGGGGGGGATTTTGTGGTTCGAGTTAACAATTTTTCTTGAGAAGCCCTTCAATCTGCATGCTTGGATGAATGATCAGTGTATTGGCTACTACTTCAATTTTTCTTGAGAAGCCCTTCAATCTGCATGCTTGGATGAATGATCAGTGCATTGGCTAC
TACTAAACATTCAGCGTGCCATAATGATCCGCCAACTACAATGTAACTTGCATCTTGAATTTAAGCTTGCAGTGCGTCATTGGCTCACAACCTCATCAACTAAAATATCCCAAGATAATTAATTCAATGTCTGGACTATTTGTAATAGAAATGTCGC
>TRINITY_DN40066_c0_g1_i7 from sample A9 / Example unspliced isoform:AAAGAAACCAATTTGTCAGATCATTGGTTTTGTTGCATGGCATCTCCTGTTCATGCTTATCTGGTATTGTGTATTTTCTTCATATAATTTCTTTGGGCAAACCCACCTTACAATAAAATCTGAAGCTGAGTTTCTCGGAATGTTTCCCTTCCCCCTGTTTCCTTCCAGGAAATGTTTTGAAAATGGAAACACCCGTGAAA
CTCCTGGCAAACATTTCCTGTCCTCTGGCCGGAAAAAAGGTCTTCAAATACAGCAAGCACTGTCGAGTATGTGACAAATGTGTTGATGGCTTTGATCATCATTGTCGGTGGCTTAATAACTGCATTGGTAGGAAGAACTACAAGGGCTTTTTCACACTCATGGTATCTGCTCTTTTCCTGCTTATTCTGCAGTGGGTGAT
AGGAATCGTTGTGCTGGTCTCGTGTTTCATAAATCGGAGTCGTTTTGATGTGGAGATCATCTCTAAATTGGGCAGCGGTTTCTCGTTGGTGCCATTTATTGTCGTAGTTGCAGCTTGCACCATACTGGCCATGATTGCTTCACTTCCTCTTGGTCAGCTCTTCTTCTTCCACGTTCTGCTTATGAAAAAGGGCATCAGCA
CTTATGATTACATTATAGCAATGAGGGAACAAGAACAACAAGCTATGGAAGGAGTACAGAGCCCTCAAATGTCAACTGTAAGCTCTGCTACAGTAATGAGCAGTGCAAGTTCCATCAGTGCTTTACACCGGGGTGCATGGTGCACTCCTCCTCGGCTTCTTTTTGAGGATCAGTTCTCTGTGTTGCCACCAGAAGGAGCA
GTGTCTTCTCTTGAGGCAGGGAATAGGAGTGCAAAAAGGAAGCAAGGTGAAAGAGCAAGACAAAGGAACAGTGCGTCAGTTAAGATAAGCCCGTGGACTCTGGCTCGTTTAAATGCTGAAGAGGTGTCAAAGGCAGCTGCCCAAGCAAGGCAAAAGTCGAAAGTTCTGCAGCCTATATCTAGGCAAGATAGTGCATTAAG
GATAGATACGGACAGCAGTTTGGAGAGTAGTAGTAGAGATATAAGCACAGACATCATTTCTCGTTCTCAGTACAAGAAGCGGAATTACAAAAGAGgtaggcaaccatcaccacccagacattttccacaagcaagggcttctaggccaactaggcttcctttgaaaactgcgacagaagcaggctgcagtgttgattatg
atagtgtggatcgtacccatccaattgctgagacttctgctagtttggctcctttacaatttgaggctaggaatgccttctgttctaatctagcaatgtctactggtgggcagattatttcatcacctgaaagtagtttaacttctcctgatattcaacctttcagAGAATCAACATCAAGCAAAGATCTATCAAACCTT
TTGGCTGCCCCATTATCTTTTACAAAAGGGGTTCATCTCCACAGGTCTACAAGCGATGGATATGAAGCATCTGGAGGAGAGAGTCCAGATGATAGTGACCAGGCTTCTGTAAGCCACTGTAAACCAAACTGGAATAAGATGCTTTTTAATCCTGCTTACACTGAAAAATGCCCAGCAGCAGAGCTACTGCCGAATCAGAT
GAGCATATTGCCTTACAGACCAAACAAAACAAAGTCGACAGGTCAGTCAGCAGGACTGAGGATGCAGGCGAGTAATGGGAAGGGTGTGATGAGAAAGCTTGCAGAGGAATCCCAGTCAACCAATGAAATCAAATTTTGCCCTTCACAGTACGATTCCCCTGAAAGGGTCTAAAGATTGTTTCCATGTGCGAGAGAGTCTG
GCCTGGATAATTATGCTAGGGCAGGGCCTATGGTTTTGGGTTTTGGCTAATACTGTCTTATAAAGACTACAGTTCTCATTTTGTCTCCACGAAGGAGAACCAGAGATGCAAAAAACAAAAATTGTCATTGGTCTACCTCAGCATTGCTGGTTTTGATTAAGTGCCATCAGAGTCATGTTGAAGTCATTCCGTAAATTCCG
ATAGAGTGCCATGGCATGAAGTCACAGAGAGAAATTGATCTGAGTCTTTATCTCTCGATTTCTTTATTATGTTGGGCTATATGCTATAGTATGTGGATTGTTTGGGCCAGTATTCCATTGTTCTGTGATGCCCACCTAAAATATATTTTGGCATCTGCCCGGTTAAGGAAAAAATGCAGCCAAATTTCTTTCATCAGAAT
ATACAAAGGTTTTCATGACTAACAATATGTTAGGGAAGCATAAATGTTTCTGCTACTACTAACCTCTGTACGATGCAAACAGTTACCTTTTAAATCCTACAACAGGCATCATCAACACAAGCTATGCAAAATTTTGTGTTAACCTATTTGAAGTCTCTTTACAAGCTGCATCCCTTCATTTTCTTGGACACAGCAAAACC
TGATCAAGTTGTTTCTATTAAAAATAAATTGGCAGCTGTTGCCAAGCATGTATTGTGCTTTCTAGCTTGATAGGTTTTTGGACAGTCTTTAATCCCTCAAATATTGCGAGTTCAAATAGGTTTTGTGTTTTCAAATTTGTGAGCTCAATTGTAGCTTAGTTGAAACTTGAAAATGATGTCAAGTGAGGTTTATGGACATT
CTTTTGAATCCATTTGGCTTTTGGGATGAAGCTTAGTGACGAAAATAAGTGTTGTACGATAATCATCATGTTGGGGAAGTATGCCAGAGTTGTACAATGCATAGTATTTGTCTGTTTTGGTAAGAGGTAAGGCTGGTGGTGTACTAAGAAAGGAAGACATGCAGTCATCATTAAAACATGTATCGGCACCAATAGTTTTC
TAAGTTCTCTTTTCCCTGGTAATGTTATGAAATATTATTTTATCTGGGAAAATATGCATTGATACATCCGCACAGAGAAGTTTTTCTCAACTTTACAACTGTGGTGACATTGGATAAGTCTTATGCCACCCAATTGTAACGAGGATAGTAAGAGTAAAAAAAGAACTTCCTGCATCATGAAAGGTACGCAGTTGACTCCT
TTCAAGTATCCATTACCACCCAGCATCAGCATGAGGAAACAATAAGCTTCCTGCACCATGAGAGGTATGGGGTTCACTCCTGGCAAGTATCCTTTATAACTCAATACCCACAAAAGGCACAGGTATTGAGTTATTGGTGGTACCAGTGCCATTTAGGGTATGCACTTTCCAAAAGCTTCAATTTTGCAACCTACCAGCAC
TTGCTTACAGAGGCTTGGAGCTTTGCTTTGTCATCTCATCTGTCCTAAAAATTGATATCCACTGGCTCTATATGAAAAAATGCAAGTGTGTTTGCAGCAAGTTTTACAAGATTTTGATCTACTTTGATGGGGGGGGATTTTGTGGTTCGAGTTAACAATTTTTCTTGAGAAGCCCTTCAATCTGCATGCTTGGATGAATG
ATCAGTGTATTGGCTACTACTTCAATTTTTCTTGAGAAGCCCTTCAATCTGCATGCTTGGATGAATGATCAGTGCATTGGCTACTACTAAACATTCAGCGTGCCATAATGATCCGCCAACTACAATGTAACTTGCATCTTGAATTTAAGCTTGCAGTGCGTCATTGGCTCACAACCTCATCAACTAAAATATCCCAAGAT
AATTAATTCAATGTCTGGACTATTTGTAATAGAAATGTCGC
Intron 3 GTATGAGGCT ... ATTGCTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 18.4 | 51 | 9 | 14 |
| A2 | 25 | 18 | 6 | 6 |
| A3 | 26.67 | 33 | 15 | 9 |
| A4 | 18.18 | 58.5 | 12 | 14 |
| A5 | 11.11 | 16 | 2 | 2 |
| A6 | 20 | 4 | 2 | 0 |
| A7 | 30 | 7 | 3 | 3 |
| A8 | 33.33 | 2 | 1 | 1 |
| A9 | 14.75 | 26 | 8 | 1 |
| A10 | 26.89 | 15 | 1 | 10 |
>TRINITY_DN40276_c0_g1_i3 from sample A8 / Example spliced isoformGTTAGGGTACACCATGCAATCCTAGAGGGCCAAGCGGAGAGGCACTTGGACCTCTGGGCTTTGGGTGGCGAGCCACTAATGAAGGCTAGATGGGAGGGAAAAGGACACCTGGAGTAGTGGTATGGAGAGTAAGATGCACGAATTAAGTACATAAACCAGGTAGGAGTCTCCATGTACAGTGATTAACCATATCCACATTG
GTGAAACCGACATTGGAAAGAATAACCCAACTATTAATTAAGTGGTTTTTAAGGTGGGCAGAAGCAGGAGGGGATATGGGAGGGAGATTTGTAAGCCAAAGTGTGGATGTTAGCATTGAATGCAAAGGCAGCGGGCAGAAGCAAAGGACATGTCAGAGCTCTAAAGAAGCTGCAGGAGTGAACAGGCAGGAGTAAATAGT
AGTAGTGAGTAGGCATCTTCAAAAGGGAGGGAGGGAAAGAAGCAGAAGCTGTGTTTGGGTCATTATCAGATTGTTGGGGGTGTGGGCATTGGGTGTAAGTATTTGGCTTGTATTGTATTCAAAGAATACATTCCTTGAAGTGGGCCTCCATATGTTAGACTGTGTGTTGATGGAGGTCAAAAGAAAAGAAAAAGGAATGA
AAGAACTTCGGTGGAACGAGGGGGCCATTGCATTGTGACAGGCCAAGTAGCAGATGGGCCATTTTAAGGATGATAACCCATAACTTTTTCCTCTTTTTCTTGGGATGTAAATCTTGTAGGGGAGGCCATCTATGATGATGACAACGAGAGGTGATGATTCCAGACAAGTCATGGTGGTTTAGGTCATTCTCTGATGTGTG
TAATGATTGGAAAACATGTTGCGGTGTTCATGTGTGAGGTGGATGCAATGTTTGATCTCTGTATGAACAGTAATAAGACCTGCATTCCTCCACACTGCTGAGCTGTTTCAGCGAGGCCTGGTATGCATCGGTATCTTTTGGGCTCTGTAAAAGACCGAGCCGATCTCTTTCATTGTTTTAGTTCAAGTCATAAGAGTAGG
CAATCAGAGCTGCTAAGAATTCCTCCATAATGAGGAAGCATGGCTGGGAGCTCCCTTATCATCCTCTGCAGGTGGTGGCTGTGGCAGTGTTCCTTGCTCTGGCATTTGCTTTCTACGTTTTCTTCGTGCCCTTTGTTGGGAAGAAGCTGTTCCAATACATTGCCATGGGCCTCTATTCACCTCTGGTATCACTGGTTTTC
TGTCTATATATATGGTGTGCAGCAACTGACCCAGGAGATCCTGGTGTATTCAGATCTAAAAAGTATGGGAAAATTTCCGATCCTAGAAAAGCTTTATACAATGATCCATTACCTGGATCTGCTGCTTCTGTTGATGATGCAAATACTGAATCTATAGGAGAAAAAGTCCAGTCAGAGGGGCCCCTGGTGACTGTATTGCC
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>TRINITY_DN40276_c0_g1_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:GTTAGGGTACACCATGCAATCCTAGAGGGCCAAGCGGAGAGGCACTTGGACCTCTGGGCTTTGGGTGGCGAGCCACTAATGAAGGCTAGATGGGAGGGAAAAGGACACCTGGAGTAGTGGTATGGAGAGTAAGATGCACGAATTAAGTACATAAACCAGGTAGGAGTCTCCATGTACAGTGATTAACCATATCCACATTG
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TTTGGTAAGAGGTAAGGCTGGTGGTGTACTAAGAAAGGAAGACATGCAGTCATCATTAAAACATGTATCGGCACCAATAGTTTTCTAAGTTCTCTTTTCCCTGGTAATGTTATGAAATATTATTTTATCTGGGAAAATATGCATTGATACATCCGCACAGAGAAGTTTTTCTCAACTTTACAACTGTGGTGACATTGGAT
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GATCTACTTTGATGGGGGGGGATTTTGTGGTTCGAGTTAACAATTTTTCTTGAGAAGCCCTTCAATCTGCATGCTTGGATGAATGATCAGTGTATTGGCTACTACTTCAATTTTTCTTGAGAAGCCCTTCAATCTGCATGCTTGGATGAATGATCAGTGCATTGGCTACTACTAAACATTCAGCGTGCCATAATGATCCG
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